ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ"

Transkript

1 ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ YÜKSEK LİSANS TEZİ Murat ÖZMEN TAVUK TRAKELERİNDE MYCOPLASMA GALLISEPTICUM UN REAL-TİME PCR TEKNİĞİ İLE SAPTANMASI VE İSTATİSTİK ANALİZİ BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI ADANA, 2011

2 ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TAVUK TRAKELERİNDE MYCOPLASMA GALLİSEPTICUM UN REAL-TİME PCR TEKNİĞİ İLE SAPTANMASI VE İSTATİSTİK ANALİZİ Murat ÖZMEN YÜKSEK LİSANS TEZİ BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI Bu Tez./../. Tarihinde Aşağıdaki Jüri Üyeleri Tarafından Oybirliği/ Oyçokluğu ile Kabul Edilmiştir Prof. Dr. G. Tamer KAYAALP Prof. Dr. Numan ÖZCAN Prof. Dr. Sevim POLAT DANIŞMAN ÜYE ÜYE Bu Tez Enstitümüz Biyoteknoloji Anabilim Dalı nda hazırlanmıştır. Kod No: Prof. Dr. İlhami YEĞİNGİL Enstitü Müdürü Not: Bu tezde kullanılan özgün ve başka kaynaktan yapılan bildirişlerin, çizelge, şekil ve fotoğrafların kaynak gösterilmeden kullanımı, 5846 sayılı Fikir ve Sanat Eserleri Kanunundaki hükümlere tabidir.

3 ÖZ YÜKSEK LİSANS TEZİ TAVUK TRAKELERİNDE MYCOPLASMA GALLISEPTICUM UN REAL TİME PCR TEKNİĞİ İLE SAPTANMASI VE İSTATİSTİK ANALİZİ Murat ÖZMEN ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI Danışman : Prof. Dr. G. Tamer KAYAALP Yıl : 2011, Sayfa: 56 Jüri : Prof. Dr. G. Tamer KAYAALP Prof. Dr. Numan ÖZCAN Prof. Dr. Sevim POLAT Tüm dünyada ve ülkemizde tavukçuluk endüstrisinde ciddi ekonomik kayıplara yol açan ve tavuklarda yaygın olarak kronik solunum yolu hastalığına (CRD) sebep olan Mycoplasma gallisepticum' un tavuk trakelerinde Real-time PCR yöntemi ile kesin ve hızlı tanıları gerçekleştirilmiştir. Real-time PCR yöntemiyle saf Mycoplasma gallisepticum' un moleküler düzeyde tespit limiti 10 CFU/ml'den daha az ve yapay kontamine edilmiş örneklerde ise tespit limiti 1.0x10 3 CFU/ml olarak belirlendi. Canlı tavuklardan alınan 110 (5'li pasajlar halinde) trakeal svab örneği incelendi. Mikrobiyolojik yöntemlerle 8 (% 7.2) svab örneğinde Mycoplasma spp. izolasyonu yapıldı. Real-time PCR yöntemi ile 32 (%29.1) örnekte Mycoplasma gallisepticum DNA' sı tespit edildi. Çalışmada Mycoplasma gallisepticum DNA düzeyleri 6.39x10 4 kopya/ml ile 2 kopya/ml arasında değişim gösterdiği saptandı. Mycoplasma gallisepticum genomik DNA kopya sayıları ile bu örneklere ait crossing point değerleri arasında önemli bir ilişki olduğu doğrusal regresyon analizi ile test edildi (R 2 = %96.6, p<0.01). Bu sonuçlar Real-time PCR yöntemiyle Mycoplasma gallisepticum infekte sürülerin belirlenmesinde, enfeksiyonun şiddetinin belirlenmesinde ve rutin çalışmalarda kullanılabilecek hızlı ( dakika) ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Tavuk, Mycoplasma gallisepticum, mgc2 geni, Real-time PCR, Doğrusal Regresyon Analizi I

4 ABSTRACT MSc. Thesis REAL-TIME PCR TECHNIQUES FOR DETECTION MYCOPLASMA GALLİSEPTİCUM IN CHICKEN TRACHEA AND STATISTICAL ANALYSIS Murat ÖZMEN ÇUKUROVA UNIVERSITY INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY Supervisor : Prof. Dr. G. Tamer KAYAALP Year : 2011, Page: 56 Jurors : Prof. Dr. G. Tamer KAYAALP Prof. Dr. Numan ÖZCAN Prof. Dr. Sevim POLAT All over the world and in Turkey the poultry industry in our country and causing serious economic losses in chickens as a common chronic respiratory disease (CRD) caused by Mycoplasma gallisepticum's chicken trachea Real-time PCR method was accurate by and rapidly diagnosesed. Real-time PCR of Mycoplasma gallisepticum pure molecular level detection limit of 10 CFU / ml less than the detection limit and the samples were artificially contaminated with 1.0x10 3 CFU / ml respectively. Live chickens received 110 units (5 swabs per sample) swab tracheal samples were analyzed. Microbiological methods, 8 (7.2%) swab case of Mycoplasma spp. isolation was performed. Real-time PCR method was detected 32 (29.9%) samples of Mycoplasma gallisepticum DNA. Mycoplasma gallisepticum DNA levels in the study 6.39x10 4 copies/ml and 2 copies/ml was found to change. Mycoplasma gallisepticum genomic DNA copy numbers of these examples is an important relationship between crossing point values were tested with linear regression analysis (R 2 = 96.6%, p <0.01). These results suggest that the determination of the real-time PCR of Mycoplasma gallisepticum infected flocks, and routine studies to determine the severity of infection a rapid (40 to 45 minutes) and that it was concluded that a reliable method. Key Words: Chicken, Mycoplasma gallisepticum, mgc2 gene, Real-time PCR, Linear Regression Analysis II

5 TEŞEKKÜR Tez konumu vererek beni araştırmaya teşvik eden, tez çalışmam süresince bilgisini, yardımlarını ve desteğini esirgemeyen çok değerli danışman hocam Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü Biyometri ve Genetik Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. G. Tamer KAYAALP e, laboratuar çalışmalarım sırasında ilgi ve yardımlarını esirgemeyen değerli arkadaşlarım Adana Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Müdürü Süleyman ASLAN a, Moleküler Biyoloji Laboratuar Şefi Dr. Atilla YOLDAŞ a ve Kanatlı Laboratuar Şefi S. Reyhan KARAKOÇ a teşekkür ederim. Tezim süresince bana destek veren Adana Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Eski Müdürü Dr. Mehmet TUZCU ya teşekkür ederim. Hayatımın her aşamasında olduğu gibi yüksek lisans çalışmalarım sırasında da maddi ve manevi hiçbir desteğini esirgemeyen ve beni destekleyen ailemin tüm fertlerine sonsuz teşekkürlerimi sunarım. III

6 İÇİNDEKİLER SAYFA ÖZ... I ABSTRACT... II TEŞEKKÜR... III İÇİNDEKİLER... IV ÇİZELGELER DİZİNİ... VI ŞEKİLLER DİZİNİ... VII SİMGELER ve KISALTMALAR... VIII 1. GİRİŞ Polimeraz Zincir Reaksiyonu PCR İşleminin Uygulama Aşamaları ve Prensipleri DNA nın Denatürasyonu Aşaması Primerlerin Bağlanması (hibridizasyon, annealing) Aşaması Primerlerin Uzatılması (polimerizasyon, extention, elongation) Aşaması Real-time PCR ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR MATERYAL ve METOD Materyal Trakeal Svab Örnekleri Standart Mycoplasma gallisepticum S6 Suşu Besiyeri Metod Etken İzolasyonu ve İdentifikasyonu Trakeal Svab Örneklerinden DNA İzolasyonu Kültürden DNA İzolasyonu İzole edilen DNA ların Kontrolü Real-time PCR Analizleri Çalışmada Geçen Primerler ve Taqman Prob Primer ve Prob Dizaynı IV

7 3.3. İstatistiksel Analiz Basit Doğrusal Regresyon Analizi Regresyon Katsayısının Hesaplanması ve Önem Kontrolü a Katsayısının Hesaplanması ve Önem Kontrolü Belirtme Katsayısı R ARAŞTIRMA BULGULARI Saf Mycoplasma gallisepticum S6 kültürünün Real-time PCR Yöntemi ile Tespit limitinin Belirlenmesi Yapay Kontamine Mycoplasma gallisepticum S6 Örneklerinden Real-time PCR Yöntemi ile Tespit Limitinin Belirlenmesi Standart Eğrinin Oluşturulması ve mgc2 Geninin Üretkenliği Standart Eğriye Ait Verilerin İstatistiksel Analizi Klinik Bulgu Sonuçları Real-time PCR ve Kültür Yöntemi Sonuçları Kantitatif Real-time PCR Analiz Sonuçları İstatistiksel Analiz TARTIŞMA ve SONUÇ KAYNAKLAR ÖZGEÇMİŞ EKLER 56 V

8 ÇİZELGELER DİZİNİ SAYFA Çizelge 3.1. Grodio ve ark., (2008) nın Dizayn Ettiği Primerler ve Taqman Probu Kullanılarak Yapılan Real-time PCR İşleminde Kullanılan Reaksiyon Karışımın İçeriği Çizelge 3.2. Mgc2 Protein Geni İçin Real-time PCR Programı Çizelge 3.3. Primerlerin Çoğaltacağı DNA Bölgesinin Uzunluğu Çizelge 3.4. Bu çalışmada Kullanılan Primerler ve Taqman Probunun Genel özellikleri Çizelge 4.1. Real- time PCR da Sulandırmalarda Reaksiyona Giren Bakteri Sayısı ve Reaksiyon Sonucunda Elde Edilen Crossing Point Değerleri Çizelge 4.2. Real-time PCR da Yapay Kontamine Örneklerin Sulandırmalarında Reaksiyona Giren Bakteri Sayısı ve Reaksiyon Sonucunda Elde Edilen Crossing Point Değerleri Çizelge 4.3. Standart Eğrinin Oluşturulması ve mgc2 Geninin Üretkenliği Çizelge 4.4. Standart Eğri Verilerine Ait Parametre Tahminleri ve Önem Testleri Çizelge 4.5. Standart Eğriye Ait Varyans Analiz Tablosu Çizelge 4.6. Mycoplasma gallisepticum Yönünden Real-time PCR ve Kültür Sonuçları Çizelge İşletmede Real-time PCR Yöntemiyle Tavuk Trakeal Svablarında Mycoplasma gallisepticum DNA Düzeyleri Çizelge işletmede Real-time PCR Yöntemiyle Tavuk Trakeal Svablarında Mycoplasma gallisepticum DNA Düzeyleri Çizelge İşletmede Real-time PCR Yöntemiyle Tavuk Trakeal Svablarında Mycoplasma gallisepticum DNA Düzeyleri Çizelge Ham Verilere Ait Parametre Tahminleri ve Önem Testleri Çizelge Ham Verilere Ait Varyans Analiz Tablosu VI

9

10 ŞEKİLLER DİZİNİ SAYFA Şekil 1.1. PCR Siklusunun basamakları... 4 Şekil 1.2. Thermocycler Cihazı... 5 Şekil 1.3. Light Cycler 2.0 Real-Time PCR sistemi... 9 Şekil 3.1. Broyler çiftliği Şekil 3.2. Stereo mikroskopta Mycoplasma şüpheli koloniler Şekil 4.1. Mycoplasma gallisepticum mgc2 genomik DNA standart eğrisi Şekil 4.2. Real-time PCR cihazında Mycoplasma gallisepticum genomik DNA standart eğrisi ve oluşturdukları amplifikasyon eğrileri Şekil 4.3. Hastalık septomları gösteren tavuklar Şekil 4.4. Hastalık septomları gösteren tavuklar VII

11

12 SİMGELER ve KISALTMALAR bp : Baz çifti C : Santigrat derece CFU : Koloni oluşturan Ünite Cp : Crossing point değeri CRD : Kronik Solunum Yolu Hastalığı dak. : Dakika dev. : Devir DNA : Deoksiribonükleik asit ELISA : Enzim bağlı immunolojik deney (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) gr : Gram HI : Hemaglütinasyon inhibisyon testi kop : Kopya sayısı LP : Lipoprotein MgCI 2 : Magnezyum Klorür ml : Mililitre ng : Nanogram NCBI : National Center for Biotechnology Information OIE : Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü PBS : Fosfat Buffer-tuz Tamponu PCR : Polimeraz Zincir Reaksiyonu pg : Pikogram PPLO : Pleura pneumonia like organism Rpm : Dakikadaki Devir Sayısı RSA : Rapid Serum Aglütinasyon testi s. : Saniye spp. : Türler μm : Mikromolar μl : Mikrolitre VIII

13

14 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN 1. GİRİŞ Kanatlı hayvanlarda hastalığa neden olan farklı mikoplazma etkenleri bulunmaktadır. Bu etkenlerden Mycoplasma gallisepticum en önemli tür olup, Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü (OIE) listesinde yer almaktadır (Anonim, 2008). Mycoplasma gallisepticum prokaryotik bir patojen olup tavuklarda kronik solunum yolu hastalığına (CRD) sebep olur. Mycoplasma gallisepticum enfeksiyonu sonucu ortaya çıkan hastalık tüm dünyadaki tavukçuluk endüstrisinde ciddi etkilere sahiptir. Mycoplasma gallisepticum, gram negatif, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüzdür. Hücre duvarından yoksun olan bu mikroorganizma fakültatif anaerobtur (Arda ve ark., 1990). Araştırmamıza konu olan Mycoplasma gallisepticum un sistematiği aşağıdaki gibidir: Alem: Bacteria Bölüm: Tenericutes Sınıf: Mollicutes Takım: Mycoplasmatales Aile: Mycoplasmataceae Cins: Mycoplasma Tür: Mycoplasma gallisepticum Kanatlılarda görülen solunum sistemi hastalıkları içerisinde mikoplazmozis oldukça önemli bir yer tutmaktadır. Mikoplazmaların varlığı ilk defa sığırların bulaşıcı pleura pneumonia hastalığı etkeni olarak 1898 yılında ortaya konmuştur. Daha sonra mikoplazmaya benzer tüm etkenler pleura pneumonia like organism (PPLO) adı altında isimlendirilmiştir (Nascimento ve ark., 2005). Avian mikoplazmozis Mollicutes sınıfına ait türler tarafından meydana getirilen bir hastalıktır (Kleven, 2003). Mikoplazma enfeksiyonlarında oluşan kronik bağışıklığın sebebi henüz yeteri kadar anlaşılamamıştır. Mycoplasma gallisepticum a karşı oluşan humoral ve hücresel antikor cevabı incelendiğinde hücreye bağımlı bağışıklık önemli 1

15 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN bulunmuştur. Mycoplasma gallisepticum dan tam anlamıyla kurtulmak için hem hücresel hem de humoral bağışıklığa ihtiyaç olduğu tespit edilmiştir (Gaunson ve ark., 2000). Mycoplasma gallisepticum'un doğal şartlarda çoğunlukla diğer enfeksiyonlarla komplike olduğu bildirilmektedir (Lutrell ve ark. 1996). Tavuklarda önemli solunum yolu enfeksiyonuna sebep olan Mycoplasma gallisepticum un teşhisinde kullanılan etken izolasyonu uzun sürmekte, izolasyonu çeşitli nedenlerden dolayı güç olmakta ve serolojik testler pek çok sebepten dolayı hatalı sonuçlar vermektedir. Ayrıca aşılı sürülerde serolojik teşhis mümkün olmamaktadır (Çarlı ve Eyıgor, 2003). Mycoplasma gallisepticum kümes hayvanları içinde en patojen ve neden olduğu ekonomik kayıpların büyüklüğü açısından da birinci derecede önemli bir mikoplazma türüdür (Jordan, 1990). Mycoplasma gallisepticum ile doğal enfeksiyonda en karakteristik bulgular; trakeal sesler, burun akıntısı ve öksürüktür (Branton ve ark., 1997). Mycoplasma gallisepticum bulguları sürüde yavaş gelişebilir. Solunum sistemi bulguları haftalarca kalabilir. İlk bulgu burun akıntısıdır, bunu gözlerin akıntısı izler. Hayvanlarda öksürük, tıksırık ve trakeal sesler tesbit edilir. Broylerlerde bulguların ortaya çıkışı şiddetlidir. Fazla oranda canlı ağırlık kaybı ve yem tüketiminde azalma ile kendini gösterir. Yumurtacı tavuklarda yem tüketiminde azalma ve yumurta veriminde düşüş görülür. Hindilerde ilk lezyonlar hava keseleri ve akciğerlerdir. Broylerlerde çevresel şartlar ve kümes koşulları iyi değil, stres ve sekonder enfeksiyonlar devreye girmişse ölüm oranları yüksek olur. Yumurtacı tavuklarda ölüm oranı genelde düşüktür, hayvanlarda halsizlik vardır. Hindilerde yüksek ölüm oranları görülür. Mikoplazmaların saha materyallerinden izolasyonu güçtür ve birçok faktörlerden etkilenmektedir. Bunlar konakçı ve mikroorganizmanın üreme gereksinimiyle ilgili faktörler olmak üzere iki grupta toplanabilir. Enfeksiyonun erken dönemlerinde organizmanın miktarı azalmadan ya da konakçı dokusu tarafından elemine edilmeden ve diğer mikroorganizmaların dokulara yayılmasından önce izolasyon oranı daha fazla görülmektedir. Bununla beraber araya giren bakteriyel, viral, mantar ve diğer mikoplazma enfeksiyonları konakçı direncini kırarak etkenin daha fazla çoğalmasına neden olabilir (Jordan, 1979). 2

16 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN Mycoplasma gallisepticum infeksiyonunun teşhisinde bakteriyolojik izolasyon ve identifikasyon, serolojik testler (RSA, HI ve ELISA) kullanılmaktadır. Mikoplazma infeksiyonlarında; kesin teşhis için kültür metodu kullanılmasına rağmen çok uzun zaman gerektirmesi kültür sırasında diğer mikroorganizmalar tarafından kontamine olması, antibiyotik kullanımı ve kültürün tam oluşabilmesi için mikroorganizmaların canlı olması gerekliliği bu metodun dezavantajları olarak görülmüştür. Pozitif sonuçlar genelde 4 7 gün arasında alınmasına rağmen kesin negatif sonuçlar için 30 günlük bir sürenin geçmesi gerekmektedir (Türkaslan ve Salihoğlu, 1989). Mikoplazmaların oldukça zor üreyen mikroorganizmalar olmaları ve pasajlarla birlikte yaklaşık 3-4 hafta gibi uzun bir inkübasyon süresine ihtiyaç duymaları, kanatlı sürülerinde geçirilen diğer enfeksiyonlara karşı kullanılan antibiyotiklerin mikoplazma etkenlerinin üremesini baskılaması gibi olumsuzluklar, teşhis konulduğunda sürünün sağaltımını ve etkili ve koruyucu önlemlerin alınmasını engellemektedir (Frey ve ark. 1968; Esendal ve Türkyılmaz, 2002) Polimeraz Zincir Reaksiyonu 1985 yılında Amerika Birleşik Devletleri' nde bulunan Cetus şirketine bağlı olarak çalışan Henry A. Erlich, Kary Mullis ve Randall K. Saiki tarafından geliştirilen yöntem, nükleik asitlerin, uygun in vitro koşullar altında çoğaltılmasına dayanmaktadır. Hem bilimsel araştırmalar hem de klinik laboratuar tanısındaki uygulama alanlarıyla büyük öneme sahip olan PCR nin geliştirilmesindeki çalışmaları nedeniyle Kary Mullis, 1993 yılı Nobel Kimya Ödülü nü almaya hak kazanmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonu bir çeşit in vitro klonlamadır ( Birben, 2006) PCR İşleminin Uygulama Aşamaları ve Prensipleri PCR reaksiyonu; DNA nın iki zincirinin yüksek sıcaklıkla birbirinden ayrılmasını (denatürasyon), sonra sırasıyla sentetik oligonükleotidlerin hedef DNA 3

17 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN ya bağlanmasını (hibridizasyon), zincirin uzamasını (polimerizasyon, çift iplikçikli DNA ların sentezi), ve tüm bu siklusların belirli sayıda tekrarlanmasını kapsamaktadır (Şekil 1.1.). PCR tekniğinin otomasyonu, her bir siklus esnasındaki ısıtma ve soğutma işlemlerini yazılım programları doğrultusunda gerçekleştiren thermocycler adı verilen PCR cihazları (Şekil 1.2.) yardımıyla sağlanmaktadır. Günümüzde değişik firmalar tarafından sıcaklık, inkübasyon süresi ve siklus sayısının programlanabildiği thermocycler cihazları ticari olarak sunulmaktadır. Thermocycler cihazlarına değişik hacim ve sayıdaki eppendorf tüpleri yerleştirilebilmektedir. Bu cihazlarda sıcaklık 4 ile 100 C ler arasında programlanabilmekte ve reaksiyon işlemlerinin sona ermesiyle 4 C ye ayarlanarak eppendorf tüpleri uzun süre bu sıcaklıkta tutulabilmektedir (Arda, 1980; Erol ve ark., 1990). Şekil 1.1. PCR Siklusunun basamakları (Andy, 1999) 4

18 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN Şekil 1.2. Thermocycler Cihazı (Adana Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Moleküler Biyoloji Laboratuarı) DNA nın Denatürasyonu Aşaması Bu aşamada çift zincirli hedef DNA nın birbirinden ayrılması sağlanmaktadır. Çift sarmallı DNA, hidrojen bağlarının kopmasıyla tek sarmal haline getirilmektedir. Denatürasyon aşamasında, yüksek sıcaklık dereceleri G+C yönünden zengin olan hedef zincirler için daha uygun olsa da, sık kullanılan denatürasyon sıcaklıkları 95 C de 30 saniye veya 97 C de 15 saniyedir. Thermocycler cihazlarında, bu sıcaklıkların uygulanmasıyla DNA nın denatürasyonu gerçekleştirilmektedir. Bunun yanı sıra denatürasyon sıcaklığının çok yüksek veya süresinin uzun olması enzim aktivitesinin olumsuz etkilenmesine neden olmaktadır (Erlich ve ark., 1991). 5

19 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN Primerlerin Bağlanması (hibridizasyon, annealing) Aşaması PCR işlemlerinin bu aşamasında, primer olarak adlandırılan ve çoğaltılması istenen DNA için spesifik olan oligonükleotidler, denatürasyon aşamasında elde edilen DNA tek sarmalı üzerinde kendisine komplementer olan diziye bağlanmaktadır. Ortamda bulunan iki tür primerin her birinin komplementeri olduğu tek iplikçikli hedef DNA üzerindeki spesifik bölgelere bağlanması için, programlanan thermocycler sıcaklığı C ye indirmektedir. Primerlerden birinin kendine ait olan 5 ucu, hedef DNA lardan birinin 3 ucuyla, diğer primer de ikinci tek iplikçik DNA nın anti paralel olan diğer ucunda bulunan 3 ucuna DNA polimerazın çalışma yönüne uygun olarak (5 3 ) bağlanırlar. Bu işlemlerin tamamlanması yaklaşık dakika sürmektedir. Primerlerin bağlanması aşamasında gerekli olan sıcaklık ve sürenin uzunluğu; primerlerin nükleotid yapısına, uzunluğuna ve PCR solüsyonundaki konsantrasyonlarına bağlıdır. Bağlanma sıcaklığı, genellikle primerlerin erime sıcaklıklarının 5 C altında olup C lerde en iyi sonucu vermektedir. Optimal bağlanma sıcaklığı; G-C, A-T bazlarının miktarı ve baz sayısıyla hesaplanır. G ve C bazları arasında üç hidrojen bağı bulunurken, A ve T bazları arasında iki hidrojen bağı bulunmaktadır. Her bir G-C bazları arasındaki bağlanma sıcaklığı 4 C, A-T bazları arasındaki bağlanma sıcaklıkları da 2 C olarak hesaplanır. Örneğin; 20 bazdan oluşmuş bir primer yapısında, 11 G-C, 9 A-T bulunduğu kabul edilirse optimal bağlanma sıcaklığı şu şekilde hesaplanmaktadır = 62 C Hesaplanan 62 C den 5 C güven payı çıkarılarak optimal bağlanma sıcaklığı elde edilir (Erol ve ark., 1990; Aldemir ve Uçan, 2001) Primerlerin Uzatılması (polimerizasyon, extention, elongation) Aşaması Primerlerin uzatılması aşaması genellikle 72 C de gerçekleştirilir. Primerlerin bağlanması aşaması tamamlandıktan sonra, primerlerin hibritleştiği tek sarmalların karşılığı DNA polimeraz tarafından sentezlenir. PCR işlemlerinde, 6

20 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN genellikle her bir siklus için iki dakikalık bir uzatılma süresi yeterli olmakla birlikte, bu süre amplifiye edilecek DNA bölgesinin uzun olması halinde arttırılabilmektedir. Daha uzun DNA fragmanlarının çoğaltılabilmesi için ortalama her kb için bir dakika eklenmesi önerilmektedir. Bu aşamada Taq polimeraz enzimi 5 3 yönünde aktivite göstererek, primerlerin 3 uçlarından başlamak üzere ortamdaki nükleotidleri kullanarak hedef DNA dizisinin kopyasını yapmaktadır. Reaksiyon sıcaklığı tekrar arttırılarak son uzama sıcaklığı 95 C ye yükseltilmektedir. Böylece PCR nin üç aşamadan oluşan ve yaklaşık olarak dakika kadar devam eden birinci amplifikasyon aşaması, tekrar sıcaklığın 95 C ye yükseltilmesi ve aynı aşamaların kez tekrarlanmasıyla sonlandırılır. Böylece tek bir hedef DNA segmenti, 2 n formülüne göre yaklaşık 33.6 milyon çoğaltılmış olur. Bir PCR işleminde, 20 PCR siklusundan sonra aranan DNA nın eksponensiyal olarak 2 20 kat artmış olması beklenir. Ancak bu sayıya her bir siklustaki ürünün % 100 olması koşuluyla ulaşılabilir. Her bir siklusta değişik faktörler etkili olarak % 100 ürün oluşumunu engellemekte ve bu durum daha sonraki PCR sikluslarında daha belirgin ortaya çıkmaktadır. Bu şekilde siklus sonunda DNA miktarındaki artış ve azalan enzim miktarı arasındaki dengesizlik reaksiyonu sınırlamaktadır. Bu süreç içerisinde enzimin aktivasyonu da azalmaktadır. (Birben, 2006; Caner ve Çarlı, 2001) Real-time PCR Nükleik asit çoğalmasıyla eş zamanlı olarak artış gösteren floresans sinyalin ölçülmesiyle, kısa sürede kantitatif sonuç verebilen bir PCR yöntemidir. Ticari olarak geliştirilmiş üç tipi bulunmaktadır. Bunlar; LightCyler (Roche), TaqMan (PE Biosystem) ve icycler (BIO-RAD) dır. LightCycler (Şekil 1.3) sisteminin uygulanmasında; yalnızca çift zincirli DNA ya bağlandıklarında floresans veren boyalar (Syber green 1) kullanılarak, çoğalmaya bağlı DNA artışı, ortaya çıkan floresansın miktarıyla ölçülmektedir. Primerin bağlanmasını takiben gerçekleştirilen uzama aşamasında, hedef DNA nın çift sarmal hale gelmesiyle DNA ya bağlanan Syber green 1 miktarı artmakta ve 7

21 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN buna bağlı olarak yayılan floresans miktarında artış gözlenmektedir (Heid ve ark. 1996; Grove 1999; Kubista ve ark. 2006). Bu uygulamada, floresans artışı her zaman spesifik amplifikasyonu gösterme yebilir. Çünkü, çift sarmal DNA ya entegre olan Syber green 1 ortamda hedef moleküller olmadığında primerlerin kendi aralarında gerçekleşecek olan bağlanmalar (primer dimer) sonucunda da yapıya katılarak floresans oluşumuna sebep olabilmektedir. Bu olumsuz faktörü gidermek için amplifikasyon ürünlerinin melting curve (erime eğrisi) analizi yapılmaktadır. Her çift sarmal DNA, kendine özgü melting temperature (Tm, çift sarmal DNA nın %50 sinin tek sarmal hale gelmesi için gerekli sıcaklık) değerine sahiptir. PCR çoğalmasının ardından sıcaklık yavaş yavaş yükseltilerek, belirli aralıklarla tüpteki floresans miktarı kaydedilir. Çift sarmal DNA zincirleri birbirinden ayrılmaya başlayınca Syber green 1 boya serbest kalmakta ve floresans miktarı azalmaktadır. Denatürasyon olduğunda floresans sinyal aniden düşmektedir. Erime eğrisinden yararlanılarak amplikonun Tm derecesi saptanabilmektedir. İncelenen örneğe ait Tm derecesi, aynı koşullarda işleme alınan pozitif kontrolün Tm derecesiyle karşılaştırılarak, PCR sonucunun doğru veya hatalı olduğuna karar verilmektedir. LightCycler ın diğer bir uygulama şekli, hedefe özgül problar kullanmaktır. Burada problarla testin özgüllüğü arttırılmıştır. Problardan biri 3 ucundan floresans boyayla işaretli (donör boya), diğeri 5 ucundan alıcı boyayla (acceptor dye) işaretlenmiştir. Problar, hedef amplikonlar üzerinde birbirine yakın (1-5 nükleotid uzaklıkta) yere bağlanmakta ve işaretli uçlar yan yana gelmektedir. İki boyanın yan yana gelmesiyle açığa çıkan enerji, ikinci prob üzerindeki alıcı boyayı etkileyerek floresans oluşumuna yol açmaktadır. FRET (Fluoresance resonance energy transfer) olarak adlandırılan bu enerji transferi sonucunda oluşan floresans miktarı, ortamdaki hibridizasyonun derecesine, diğer bir ifadeyle PCR siklusu süresince oluşan amplikonların miktarına bağlı olarak artmaktadır. TaqMan sisteminde, 5 ve 3 uçlarından florokrom (floresans veren) maddelerle işaretli prob kullanılmaktadır. Probun 5 ucunda raportör florokrom (6- carboxyfluorescein= 6-FAM), 3 ucunda ise baskılayıcı (quencher) florokrom (6- carboxy-tetramethyl-rhodamine=tamra) bulunmaktadır. Prob, tek sarmal hale 8

22 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN getirilen hedef molekül üzerinde, primerlerin bağlanma bölgesinin arasında kalan yere bağlanır. Probla hedef molekül arasındaki hibridizasyon devam ettiği sürece raportör florokrom maddenin sinyal oluşturması, 3 uçtaki baskılayıcı florokrom tarafından engellenmektedir. Primerlerin hedef nükleik asite bağlanmasını takiben başlatılan primer uzaması probun bağlandığı noktaya kadar geldiğinde, sentezin devam edebilmesi için Taq DNA polimeraz enzimi 5 3 nükleaz aktivitesini kullanarak probu 5 uçtan yıkmaya başlar. Böylece raportör florokrom serbest hale geçer ve sinyal oluşturur. Her siklusta üretilen amplikon miktarına paralel olarak sinyal şiddeti de artmaktadır (Holland ve ark., 1991; Livak ve ark., 1995). Real-time PCR, kısa sürede kantitatif sonuç verebilmektedir. Tüpler açılmadan tanıya gidildiği için kontaminasyon riski düşüktür. Elektroforeze gerek kalmadan çoğalma esnasında sonuç alınabilmektedir. Ayrıca floresan veren problar kullanılarak hedef nükleik asitteki mutasyonlar saptanabilmektedir (Morris ve ark., 1996). Şekil 1.3. Light Cycler 2.0 Real-Time PCR sistemi (Adana Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Moleküler Biyoloji Laboratuarı) 9

23 1. GİRİŞ Murat ÖZMEN Bu çalışmanın amacı aşağıda maddeler halinde sıralanmıştır. 1. Adana ve çevresindeki broyler işletmelerinde kronik solunum yolu hastalığı semptomları gösteren tavuklarda Real-time PCR yöntemi ile Mycoplasma gallisepticum infeksiyonunun tanısı, 2. Kantitatif Real-time PCR yöntemi kullanılarak trakeal svab örneklerinden Mycoplasma gallisepticum un sayısal olarak belirlenmesi ve verilerin istatistiksel analizi, 3. Mycoplasma gallisepticum infeksiyonunun teşhisinde Real-time PCR yönteminin rutin çalışmalarda kullanılabilirliğinin sağlanması, 4. Elde edilecek verilerle ilerde Mycoplasma gallisepticum ile yapılacak çalışmalara kaynak oluşturulması amaçlanmaktadır. 10

24 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Murat ÖZMEN 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Khan ve ark. (1987), yaptıkları çalışmada sensivitesi yüksek olan sodyum dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) veya restriction fragment lenght polymorphism (RFLP) metotlarıyla örneklerin DNA sının protein bantlarının direk karşılaştırmasıyla Mycoplasma gallisepticum suşları birbirinden ayırt edilebileceğini ve bu metotlar özellikle Mycoplasma gallisepticum aşı suşlarının identifikasyonunda ve epidemiyolojik araştırmalarda kullanılabileceğini belirtmişlerdir. Ülgen (1991), Kanatlılarda Kronik Solunum yolu Hastalığı (CRD) üzerinde karşılaştırmalı bakteriyolojik ve serolojik yöntemlerle yaptığı çalışmada Mycoplasma gallisepticum un trakeadan % 8.3, akciğerden %0.7, hava keselerinden %3 oranlarında izole edildiğini bildirmişlerdir. Mycoplasma gallisepticum u üretmek için kompleks zenginleştirilmiş besiyerine gerek vardır. Tüm vasatlar temel olarak % at, domuz veya kanatlı serumu ile zenginleştirilip, maya faktörleri, glukoz, arginin ve bakteriyel inhibitörler katılır (Frey ve ark., 1968; Türkaslan ve Salihoğlu, 1989; Kleven 1998). Kleven (1998). ve Dakman ve ark. (2009). Mycoplasma izolasyonu için Frey s broth ve Frey s agar besiyerlerinin uygun olduğunu belirtmişlerdir. Ülgen ve Kahraman (1993), yaptıkları çalışmada 137 tavuğun 21 inden Mikoplasma suşu izole edildiğini, bu suşların 15 inin Mycoplasma gallisepticum, 6 sının Mycoplasma gallinarum olduğunu belirtmişlerdir. Bu araştırıcılar çalışmalarında 25 işletmenin sadece 9 undan etken izolasyonu yaptıkları ve etken izole edilmeyen işletmelerde ise antibiyotik kullanıldığını belirtmişlerdir. Güler (1995), Konya bölgesinde yaptığı çalışmada kronik solunum yolu hastalığı şüpheli 40 işletmenin 22 sinde başta E. coli olmak üzere diğer enfeksiyonlarında mevcut olduğunu tesbit etmiştir. 40 sürüde 126 kanatlının 19 unda (% 15.07) değişik organlardan alınan svab örneklerinden Mycoplasma gallisepticum izole etmiştir. Fan ve ark (1995), AP-PCR (arbitrarily primed polymerase chain reaction) metoduyla Mycoplasma gallisepticum saha izolatları ile suşlar arasındaki antijenik 11

25 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Murat ÖZMEN farklılığı tesbit etmişler. Bu metodun populasyonların gen haritasının çıkarılmasında, filojenik çalışmalarda genotip identifikasyonlarında kullanılabileceğini bildirmişlerdir. Lutrell ve ark. (1996), konjunktivisli 31 housefinch ve 5 goldfinch sürülerinde Mycoplasma gallisepticum u tesbit etmek için yaptığı çalışmada PCR metoduyla örneklerin % 95 inde pozitif bulurken, kültür metodu ile de % 24 ünde bakteriyi izole etmişlerdir. Kanatlılarda mikoplazmanın bulaşmasında infekte tavuk ve hindilerle olan direkt temas sonucunda oluşan horizantal bulaşma, damızlıklardan geçen vertikal bulaşma önemlidir (Kleven, 1998). Buna rağmen çevrede Mycoplasma gallisepticum bulunan yerlerdeki insanların ve ekipmanların vasıtasıyla oluşan indirekt bulaşma da olabilmektedir (Ley ve Yoder, 1997). Salisch ve ark. (1998), Mycoplasma gallisepticum ve Mycoplasma snoyia kültürünü ve DNA probe tabanlı PCR ile teşhisini kapsayan çalışmada Mycoplasma gallisepticum şüpheli 10 kümeste yaptıkları incelemelerde sürülerin 2 si hariç hepsinde serolojik olarak seropozitif sonuç elde etmişlerdir. Yine bu sürülerden alınan toplam 294 svab örneğinden 41 tanesi Mycoplasma gallisepticum yönünden yapılan kültürlerde pozitif, 45 tanesi ise MGAV8/31 prob testinde Mycoplasma gallisepticum yönünden pozitif sonuç verdiğini belirtmişlerdir. Winner ve ark. (2000) yaptıkları çalışmada, Mycoplasma gallisepticum un insan epitelyum hücrelerine ve in vitro koşullarda tavuk embriyo fibroblastlarına adapte olabildiklerini göstermişlerdir. Bu araştırmacılar Mycoplasma gallisepticum un fagositik olmayan konakçı hücrelere girebildiğini ve konakçının immun sisteminden kaçarak kronik enfeksiyona ve solunum sistemi mukozal engelini aşarak sistemik enfeksiyonlara neden olma kabiliyetinde olduğu doku bazında yapılan çalışmalarda göstermişlerdir. İnfeksiyonların teşhisinde genellikle direkt ve indirekt yöntemler kullanılır. İnfeksiyonların teşhisini sağlayan klasik direkt yöntemler (konvansiyonel teşhis yöntemleri) klinik bulgulara, otopsi bulgularına etken izolasyonu ve identifikasyonuna, antijenik materyallerin saptanmasına ve serolojik tekniklere dayanmaktadır. Bu yöntemler bazen başarılı sonuçlar vermediği gibi latent 12

Gerçek Zamanlı (Real-Time) Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tavuk Trakealarında Mycoplasma gallisepticum un Tespiti ve Sayımsal Analizi*

Gerçek Zamanlı (Real-Time) Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tavuk Trakealarında Mycoplasma gallisepticum un Tespiti ve Sayımsal Analizi* AVKAE Derg. 2013, 3 (1),1-6 Araştırma Makalesi/Research Article Gerçek Zamanlı (Real-Time) Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tavuk Trakealarında Mycoplasma gallisepticum un Tespiti ve Sayımsal Analizi* Murat

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler

Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler ADANA BİLİM ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler Ar. Gör. Sevgin DIBLAN Yrd. Doç. Dr. Pınar KADİROĞLU 1 İçerik Tağşiş nedir ve etkileri Gıda tağşişinin

Detaylı

Kanatlı Hayvan Hastalıkları

Kanatlı Hayvan Hastalıkları Kanatlı Hayvan Hastalıkları Kanatlı sektörü ile ilgili genel bilgiler 1930 Merkez Tavukçuluk Enstitüsü 1952 Saf ırkların ilk kez ithal edilmesi 1963 Damızlık (Parent stock) ithali 1970 Yatırımlarda artma

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları

Detaylı

Protokolü PD S Reaksiyon

Protokolü PD S Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 www.bmlabosis.com İnternal Pozitif

Detaylı

Tavuklarda Mikoplazma İnfeksiyonları: Koruma ve Kontrol

Tavuklarda Mikoplazma İnfeksiyonları: Koruma ve Kontrol Tavuklarda Mikoplazma İnfeksiyonları: Koruma ve Kontrol Solunum Sistemi İnfeksiyonlarında Mikoplazmaların Rolü Mycoplasma gallisepticum (Mg) M. synoviae (Ms) M. meleagridis (Mm) M. iowae (Mi) M. gallinarum

Detaylı

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak BİYOFİZİK 2015 1 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak 2 Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, polimeraz zincir

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

MİKOPLAZMA İNFEKSİYONLARI HÜCRE DUVARI YOK!!!

MİKOPLAZMA İNFEKSİYONLARI HÜCRE DUVARI YOK!!! MİKOPLAZMA İNFEKSİYONLARI HÜCRE DUVARI YOK!!! 1 Özellikle mukoz membranlara tutunma özellikleri var Kronik infeksiyonlar Genellikle solunum kanalı ve akciğerlere yerleşme eğilimi gösterir Fiziksel ve kimyasal

Detaylı

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015 Mikrobiyal Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde funguslarda görülen

Detaylı

SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI

SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI Hacı SAVAŞ-SÜMAE, Su Ürünleri Sağlığı Bölüm Başkanı Su Ürünleri Sağlığı Bölüm Başkanlığı enstitümüz bünyesinde faaliyet gösteren bölümlerden birisidir. 2000 yılı başından

Detaylı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod

Detaylı

1. HP PCR Template Preparation DNA isolation Kit özellikler

1. HP PCR Template Preparation DNA isolation Kit özellikler Genel Şartlar: 1. Teklif edilen kitler, orjinal ambalajında olmalıdır. Kitlerin ve kutuların içindeki reaktiflerin/sarf malzemelerin üzerinde üretici firma adı, testin adı, test sayısı, son kullanma tarihi

Detaylı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması İ.Ü. CERRAHPAŞA TIP FAKÜLTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması Araş.Gör. Yener KURMAN İSTANBUL

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim PCR nedir? DNA Polimeraz enzimi kullanılarak DNA nın spesifik bir parçasının in vitro (bir tüp içerisinde)

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 1 Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde

Detaylı

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Doç.Dr. Aynur KARADENİZLİ Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD, Kocaeli Francisella tularensis Küçük, aerobik, pleomorfik,

Detaylı

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml

Detaylı

attomol apo B-100 quicktype

attomol apo B-100 quicktype attomol apo B-100 quicktype İnsan apolipoprotein B-100 (apo B-3500 mutasyonu) gen inde 10708G>A geçiş tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1015

Detaylı

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir DNA REPLİKASYONU Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir Hücre yaşam döngüsü G 1, S, G 2, Mitoz,evreleri ile tamamlar.

Detaylı

Hücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik)

Hücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik) Hücre Biyoloji Laboratuarı 2014-2015 Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik Konular: ph ve tamponlar, hücre kültür tekniği, mikrometrik ölçüm ph ve Tamponlar 1. ph sı 8.2 olan 500 ml. 20mM Tris/HCl

Detaylı

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını

Detaylı

ANALİTİK YÖNTEMLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004

ANALİTİK YÖNTEMLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004 ANALİTİK YÖNTEMLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004 1 Laboratuvarlarda yararlanılan analiz yöntemleri performans kalitelerine göre üç sınıfta toplanabilir: -Kesin yöntemler

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü. Doç.Dr.Engin DEVECİ HÜCRE KÜLTÜRÜ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak araştırmacılara kanser, kök hücre, hücre mekaniği çalışmaları gibi konularda hücre

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

QIAsymphony DSP Dolaşan DNA Kiti

QIAsymphony DSP Dolaşan DNA Kiti QIAsymphony DSP Dolaşan DNA Kiti Şubat 2017 Performans Özellikleri 937556 Sample to Insight İçindekiler Performans Özellikleri... 4 Temel performans... 4 Çalışma kesinliği... 5 2 ml ve 4 ml protokollerinin

Detaylı

attomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş 2. Genel Açıklamalar

attomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş   2. Genel Açıklamalar attomol HLA-B*27 HLA-B*27 in tespitine yönelik kit (Doku tiplemesi için kullanmayın!) Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 40 tespit sipariş numarası: 1030 1.Giriş İnsan lökosit antijenleri(hla)

Detaylı

TÜBERKÜLOZ TANISINDA PCR

TÜBERKÜLOZ TANISINDA PCR 21. Yüzyılda Tüberküloz Sempozyumu ve II. Tüberküloz Laboratuvar Tanı Yöntemleri Kursu, Samsun TÜBERKÜLOZ TANISINDA PCR Doç. Dr. Cafer EROĞLU Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji

Detaylı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5

Detaylı

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr

Detaylı

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA ET ÜRÜNLERİNDE TAĞŞİŞ Tağşiş; gıda maddesinin mevzuata veya izin verilen özelliklerine aykırı olarak üretilmesi hali olarak tanımlanmaktadır. Gıda ürünlerinde; tağşiş bir çok şekilde yapılabilmektedir.

Detaylı

Örnek. Aşağıdaki veri setlerindeki X ve Y veri çiftlerini kullanarak herbir durumda X=1,5 için Y nin hangi değerleri alacağını hesaplayınız.

Örnek. Aşağıdaki veri setlerindeki X ve Y veri çiftlerini kullanarak herbir durumda X=1,5 için Y nin hangi değerleri alacağını hesaplayınız. Örnek Aşağıdaki veri setlerindeki X ve Y veri çiftlerini kullanarak herbir durumda X=1,5 için Y nin hangi değerleri alacağını hesaplayınız. i. ii. X 1 2 3 4 1 2 3 4 Y 2 3 4 5 4 3 2 1 Örnek Aşağıdaki veri

Detaylı

Laboratuvarda Tularemi Örnekleriyle Çalışma Rehberi

Laboratuvarda Tularemi Örnekleriyle Çalışma Rehberi Laboratuvarda Tularemi Örnekleriyle Çalışma Rehberi Doç.Dr. Aynur Karadenizli Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD, Kocaeli Bakteri ile çalışmaya uygun laboratuar

Detaylı

RTA DNA qpcr Probe Master Mix

RTA DNA qpcr Probe Master Mix RTA DNA qpcr Probe Master Mix Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi -- 2012-01 DNA'nın gerçek zamanlı tayini ve miktar ölçümü için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09030025 25 test 09030100 100 test 09030500

Detaylı

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun etkin kontrolü için; Yayma sonuçları Kültür ve identifikasyon Duyarlılık testleri ; 24 saat ; 21 gün ; 30 günde bildirilmeli CDC, 1995

Detaylı

ı. BCR-ABL Mbcr Kiti(p210) 144 test

ı. BCR-ABL Mbcr Kiti(p210) 144 test C.B.Ü. TIP FAKÜLTESi TıBBi GENETiK ANABiLiM DAlı Moleküler Genetik Hematolojik Malignensi Translokasyon Testleri ve Cihaz Teknik Şartnamesi ı. BCR-ABL Mbcr Kiti(p210) 144 test 2. BCR-ABL mbcr Kiti(p190)

Detaylı

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria Mikotoksin nedir? Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria belirli nem ve ısı koşullarında oluşturdukları fungal metabolitler En sık karşılaşılan mikotoksinler; o aflatoksinler, o okratoksin, o trikotesen,

Detaylı

SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT

SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi Gürbüz POLAT SSO Diziye özgü oligonükleotid problarıyla PCR da çoğaltılmış DNA nın hibridizasyonu ile HLA allellerini saptamak için kullanılan moleküler tipleme yöntemidir.

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI Tıbbi Mikrobiyoloji Programı

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI Tıbbi Mikrobiyoloji Programı TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI Tıbbi Mikrobiyoloji Programı Programa Kabul Koşulları: Yüksek Lisans: Fen, Eczacılık ve Mühendislik Fakültelerinin Biyoloji, Gıda, Çevre ve Kimya ile ilgili bölümlerinden

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

ORTOPEDİK PROTEZ ENFEKSİYONLARINDA SONİKASYON DENEYİMİ

ORTOPEDİK PROTEZ ENFEKSİYONLARINDA SONİKASYON DENEYİMİ ORTOPEDİK PROTEZ ENFEKSİYONLARINDA SONİKASYON DENEYİMİ Dr. Şua Sümer Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Enf. Hast. ve Klin. Mikr. AD 17 Mayıs 2016 Prostetik eklem ameliyatları yaşlı popülasyonun artışına

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

Listeria monocytogenes in Asit Dirençli Türlerinin Benzalkonyum Klorür Direnci ve Biyofilm Oluşumu. Emel ÜNAL TURHAN, Karin Metselaar, Tjakko Abee

Listeria monocytogenes in Asit Dirençli Türlerinin Benzalkonyum Klorür Direnci ve Biyofilm Oluşumu. Emel ÜNAL TURHAN, Karin Metselaar, Tjakko Abee Listeria monocytogenes in Asit Dirençli Türlerinin Benzalkonyum Klorür Direnci ve Biyofilm Oluşumu Emel ÜNAL TURHAN, Karin Metselaar, Tjakko Abee Çalışmanın İçeriği L. monocytogenes ve asit dirençli türler,

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

Hollanda da Avian Influenza nın İzleme (Monitoring) ve Sürveyansı. Ruth Bouwstra DVM PhD GD Animal Health

Hollanda da Avian Influenza nın İzleme (Monitoring) ve Sürveyansı. Ruth Bouwstra DVM PhD GD Animal Health Hollanda da Avian Influenza nın İzleme (Monitoring) ve Sürveyansı Ruth Bouwstra DVM PhD GD Animal Health Hollanda Hollanda; küçük bir ülke İhracatçı ülke: ürünler Tarımsal gıda endüstrisinden ihraç edilen

Detaylı

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst.

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst. Gıda ve Yemlerde Salmonella Gelişimi imi ve Analiz Metotları Şebnem Ö Budak 08-09 09 Ekim 2008, İzmir Salmonella spp. Salmonella spp., enterobacteriaceae familyası üyesi, fakültatif anaerob, gram negatif,

Detaylı

Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi

Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi Bakır M¹, Engin A¹, Kuşkucu MA², Bakır S³, Gündağ Ö¹, Midilli K² Cumhuriyet Üniversitesi

Detaylı

attomol lactose intolerance C>T quicktype

attomol lactose intolerance C>T quicktype attomol lactose intolerance -13910C>T quicktype İnsan laktase-genine karşı -13910C>T geçiş tespitine yönelik mutasyon testi Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1045

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/7) Akreditasyon Kapsamı

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/7) Akreditasyon Kapsamı Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/7) Deney Laboratuvarı Adresi : Erzene Mahallesi Ankara Caddesi No: 172/155 35010 İZMİR / TÜRKİYE Tel : 0232 388 00 10 Faks : 0232 388 50 52 E-Posta : kyb@bornovavet.gov.tr

Detaylı

artus BK Virus QS-RGQ Kit

artus BK Virus QS-RGQ Kit artus BK Virus QS-RGQ Kit Performans Özellikleri artus BK Virus QS-RGQ Kit, Versiyon 1, 4514363 Testi gerçekleştirmeden önce www.qiagen.com/products/artusbkvirusrgpcrkit.aspx adresinde yeni elektronik

Detaylı

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR VERİFİKASYON Dr. Tijen ÖZACAR Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR TANIM Ticari veya laboratuvarda geliştirilmiş bir testin, laboratuvardaki performansının ölçülerek dökümante

Detaylı

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Spesifik tanı yöntemleri: 1. Direk (kült ltür r ve bakterinin gösterilmesi) g 2. Antikorların n gösterilmesig 1.Standart tüp aglütinasyonu 2.Rose Bengal

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma

Detaylı

Performans Özellikleri

Performans Özellikleri Performans Özellikleri QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kiti, Sürüm 1 60404 Sürüm yönetimi Bu belge, QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kiti Performans Özellikleri, Sürüm 1, R3 belgesidir. Testi gerçekleştirmeden önce

Detaylı

KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ

KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ Kalıtsal madde (kalıtsal molekül, genetik materyal) (1) canlının yapı ve işlevlerinin belirlenmesinden, (2) canlının kendine benzer bir canlıyı meydana getirmesinden,

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI

MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI Biyoteknoloji, genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipülasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

İnsan Mikrobiyom Projesi. Prof. Dr. Tanıl Kocagöz

İnsan Mikrobiyom Projesi. Prof. Dr. Tanıl Kocagöz İnsan Mikrobiyom Projesi Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Human Microbiome Project İnsan Mikrobiyom Projesi (İMP) 2007 yılında NIH tarafından başlatıldı 300 gönüllünün 5 vücut bölgesinden değişik zamanlarda, toplam

Detaylı

Hatice YILDIRAN. Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ

Hatice YILDIRAN. Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ Hatice YILDIRAN Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ GIDA TAKVİYELERİ Eğitim Yeri Eğitim Konusu : HOLLANDA-TNO : Gıda Takviyeleri Eğitim Süresi : 21 Aralık 2012-20 Mart 2013 Danışman : Dr. Koen VENEMA Eğitim

Detaylı

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ Bitki Doku Kültürü Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (08.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...

Detaylı

α1-antitrypsin quicktype

α1-antitrypsin quicktype attomol α1-antitrypsin quicktype İnsan α-1 antitripsin gen inde M-, Z- and S-alellerin tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! Z-mutasyonun tespiti için 10 sipariş numarası:

Detaylı

IDC Savunma Sanayii. Antikor tabanlı tanımlama sistemleri birçok üstün özellikler sahiptir. Yüksek hassasiyette ve kısa sürede hızlı sonuç üretme.

IDC Savunma Sanayii. Antikor tabanlı tanımlama sistemleri birçok üstün özellikler sahiptir. Yüksek hassasiyette ve kısa sürede hızlı sonuç üretme. IDC Savunma Sanayii Biyolojik Tabanlı Tanımlama Sistemleri Antikor tabanlı tanımlama sistemleri, biyolojik madde ve mikroorganizmaların tespitinde sayısal ve ayırt edici sonuçlar ile ortamda bulunan biyolojik

Detaylı

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Prof. Dr. Nedime Serakıncı, Yrd. Doç. Dr. Umut Fahrioğlu Adem Aköl Kalite Konseyi Başkanı Sinan Özyavaş Kalite Koordinatörü

Detaylı

MAYIS 2012 S0501&S0502

MAYIS 2012 S0501&S0502 İSTANBUL GIDA KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU MAYIS 2012 S0501&S0502 İstanbul Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

FISH ve in situ melezleme

FISH ve in situ melezleme FISH ve in situ melezleme In situ melezleme belirli bir mrna nın doku içinde nerede bulunduğunu görmemize yarar. Bu metod inceleyenin ilgilendiği mrna nın normal yerini görmesine olanak sağlar. In situ

Detaylı

Avian Flu Screening&Typing H5, H7

Avian Flu Screening&Typing H5, H7 REF V-34-50R VER 04.03.08 Avian Flu Screening&Typing H5, H7 Kullanılan Semboller REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın RUO Sadece Araştırma Kullanımı için Dikkat! LOT Lot Numarası VER Versiyon Son

Detaylı

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor! Uygulamalı Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları Yaz Dönemi Başlıyor! : DNA izolasyonu, Primer tasarımı, PCR Teknikleri, Agaroz Jel Elektroforezi,

Detaylı

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD NAT Yöntem onayı Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Yöntem onayı (minimum) Doğruluk Ticari test (Verifikasyon) Tekrarlanabilirlik (intra-,inter-assay) Doğrusallık

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu

DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu ANTİMİKROBİYAL MADDELERİ ARAŞTIRMA GELİŞTİRME VE TEST LABORATUAR HİZMETLERİ

Detaylı

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ Emine Yeşilyurt, Sevgi Özyeğen Aslan, Ayşe Kalkancı, Işıl Fidan, Semra Kuştimur Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji

Detaylı

SALMONELLA ARANMASI. a. GENEL ÖZELLİKLERİ

SALMONELLA ARANMASI. a. GENEL ÖZELLİKLERİ SALMONELLA ARANMASI a. GENEL ÖZELLİKLERİ Enterobacteriaceae familyasına ait, Gram negatif, spor oluşturmayan, fakültatif anaerob, çubuk formunda olup, çoğu (S.pullorum, S.gallinarum ve S.arizonea türleri

Detaylı

M47 MICROGEN STREP MICROGEN

M47 MICROGEN STREP MICROGEN M47 MICROGEN STREP MICROGEN Strep; kültür ortamından Streptococcus Lancefield gruplarının (A, B, C, D, F ve G) tespitini hızlı bir şekilde gerçekleştiren latex slide aglütasyon testidir. İnsanda enfeksiyona

Detaylı

İÇİNDEKİLER. BÖLÜM 1 Değişkenler ve Grafikler 1. BÖLÜM 2 Frekans Dağılımları 37

İÇİNDEKİLER. BÖLÜM 1 Değişkenler ve Grafikler 1. BÖLÜM 2 Frekans Dağılımları 37 İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1 Değişkenler ve Grafikler 1 İstatistik 1 Yığın ve Örnek; Tümevarımcı ve Betimleyici İstatistik 1 Değişkenler: Kesikli ve Sürekli 1 Verilerin Yuvarlanması Bilimsel Gösterim Anlamlı Rakamlar

Detaylı

Sıvı Besiyeri Kullanılan Yöntemler 1

Sıvı Besiyeri Kullanılan Yöntemler 1 Sıvı Besiyeri Kullanılan Yöntemler 1 Velittin GÜRGÜN, A. Kadir HALKMAN 01. Genel Bilgiler 02. Tüp Dilüsyonu Yöntemi 03. En Muhtemel Sayı (EMS) Yöntemi 03.01. EMS Yönteminde Dilüsyon Kavramı 03.02. Diğer

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ Koliform Bakteri Grubunun Tanımı Koliform grubunu oluşturan bakteriler; tamamı aerobik veya fakültatif anaerobik olan, gram negatif, spor oluşturmayan,

Detaylı

EYLÜL 2010 S0461&S0462

EYLÜL 2010 S0461&S0462 İSTANBUL İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2010 S0461&S0462 İstanbul İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı:

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı: Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı: Katılımcılara; klinik mikrobiyoloji laboratuarlarında doğru, geçerli ve

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Altın Standart Yöntem Olan rdna ITS1/2 Dizi Analizi ile VITEK 2 YEAST ID, API ID 32C ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması D i l a r a Y ı

Detaylı

GIDA LABORATUVARLARI. 2015 Yılı Eğitim Programı

GIDA LABORATUVARLARI. 2015 Yılı Eğitim Programı GIDA LABORATUVARLARI 2015 Yılı Eğitim Programı Gıda Laboratuvarları Eğitim Hizmetleri Intertek, sağladığı eğitim hizmetleri ile teknik farkındalık yaratmakta ve sektörde faaliyet gösteren şirketlere uzman

Detaylı

HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ

HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ SELÇUK KILIÇ, BEKİR ÇELEBİ, MEHMET GENÇ, CANAN KETRE, MUSTAFA KOLUKIRIK 1, Ankara 2 Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri

Detaylı

DNA Dizileme (Sekanslama)

DNA Dizileme (Sekanslama) T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi

Detaylı

Minimum Bakterisidal. Prof.Dr.Ayşe Willke Topcu Mart 2010, Aydın

Minimum Bakterisidal. Prof.Dr.Ayşe Willke Topcu Mart 2010, Aydın Minimum Bakterisidal Konsantrasyon (MBC) Prof.Dr.Ayşe Willke Topcu Mart 2010, Aydın Antimikrobik Tedavinin Başarısı Esas olarak konak defans mekanizmasına bağlıdır Konak antibiyotikle etkisi azalmış mikroorganizmayı

Detaylı