Barış BİNAY KİŞİSEL BİLGİLER Doğum Tarihi Yazışma Adresi Elektronik posta adresi : Telefon EĞİTİM Doktora Sonrası Doktora Yüksek Lisans

Transkript

1 Barış BİNAY KİŞİSEL BİLGİLER Doğum Tarihi : Yazışma Adresi :Cumhuriyet Mah. Adil Sok. 3/4 Bahçelievler/İstanbul Elektronik posta adresi Telefon : Doktora Sonrası EĞİTİM Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Bölümü (2013-sürüyor) Doktora İ.T.Ü, Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Prog. ( ) Yüksek Lisans İ.T.Ü, Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Prog. ( ) Yüksek Lisans Y.T.Ü, Kimya/Biyokimya Bölümü (2003-tamamlanamadı) Lisans Ankara Üniversitesi, Kimya Bölümü ( ) Hazırlık Okulu Ankara Üniversitesi, TÖMER-İngilizce Hazırlık Okulu, Kontenjanla Sınırlı, Fen Fakültesinde ilk on(10) kişiye ( ) Ortaöğretim İstanbul Bahçelievler Lisesi ( ) YAPTIĞI STAJLAR 06-09/2000 BAYER TÜRK İlaç Fabrikası A.Ş., Kalite Kontrol ve Üretim Bölümü 06-09/1999 SİKA KİMYA ve Yapı Kimyasalları A.Ş., Kalite Kontrol ve Üretim Bölümü 06-09/1998 DETEKS KİMYA ve Tekstil Kimyasalları A.Ş., Kalite Kontrol ve Üretim Bölümü EĞİTİM SERTİFİKALARI İ.T.Ü. 6. Yüksek Başarımlı Hesaplama ve Paralel Programlama Yaz Okulu, Haziran 2010, İ.T.Ü. Bilişim Enstitüsü, Hesaplı Bilişim ve Mühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye Katılımcı International Non-coding RNAs: Computational Challenges and Applications of Workshop- RNA 08-, Nisan 2008, Antalya, Türkiye, Katılımcı İŞ DENEYİM Öğretim Görevlisi, Yardımcı Doçent Dr. Arel Üniversitesi, FEF, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Araştırmacı; Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye Araştırma Görevlisi; İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, İstanbul, Türkiye Barış Binay 1 Özgeçmiş 2013

2 Araştırma Görevlisi; Manchester Üniversitesi, Manchester İnterdisipliner Biyomerkez (MIB), Manchester, İngiltere Araştırmacı; Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik, Sabancı Üniversitesi, İstanbul, Türkiye 05-08/2006 Araştırma Görevlisi; Bristol Üniversitesi, Biyokimya Okulu, Bristol, İngiltere 06-09/2002 Kalite Kontrol ve Üretim Planlama Sorumlusu; MER-SU Tekstil Tic. San. Ltd. Lüleburgaz, Kırklareli, Türkiye 06-09/2001 Plastik Üretim Bölümü, Kalite Kontrol ve Üretim Sorumlusu Yardımcısı; Vİ-KO Elektrik ve Elektronik End. San. ve Tic. A.Ş. Sancaktepe, İstanbul, Türkiye ARAŞTIRMA DENEYİMİ Sabancı Üniversitesi, Tekstil Biyoteknolojisi için CLEA selülaz enzimi üretimi, DNA hibrid shuflling yöntemi ile endüstriyel lipaz üretimi Prof. O. Uğur Sezerman (Sabancı Universitesi), Manchester Üniversitesi, İngiltere. Fenilalanin liyaz enziminin substrat tanımasının genetik mühendisliği ile değiştirilmesi ve elde edilen mutant enzimin karakterizasyonu ve büyük hacimlerde üretim prosesinin tasarlanması. Danışman: Prof. Dr. N. J. TURNER (Manchester Üniversitesi), (TÜBİTAK-2214 ve İngiltere Biyoteknoloji ve Biyolojik Bilimler Araştırma Merkezi (BBSRC) tarafından desteklendi) İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Protein mühendisliği ile Laktat dehidrogenaz enzmine mandelik asitin substrat olarak tanıtılması ve mutant enzimin karakterizasyonu. Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R. B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü), Sabancı Üniversitesi, İstanbul, Türkiye. Endüstriyel öneme sahip enzimlerin tolere eden bölgelerine fonksiyonel peptitler yerleştirerek ikili fonksiyonel hale getirme. Danışman: Doç. Dr. Osman Uğur Sezerman (Sabancı Üniversitesi) İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. İmmobilize metal afinite kromatografi yöntemiyle laktat dehidrogenaz enziminin saflaştırılmasının iyileştirilmesi ve daha yüksek miktarlarda elde edilmesi, Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) 05-08/2005 Bristol Üniversitesi, İngiltere. Protein mühendisliği ile laktat dehidrogenaz ve format dehidrogenaz enzimlerinin endüstriyel uygulamalar için yeniden tasarlanması ve üretilmesi, Bristol Üniversitesi, İngiltere, Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R.B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) (DPT tarafından desteklendi) İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Protein mühendisliği teknikleri kullanılarak laktat dehidrogenaz enziminin substratlarını değiştirme ve mutant enzimin karakterizasyonu. Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R. B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. İlaç sanayisi için enzim bazlı hammadde üretimi (DPT-90188) Danışmanlar: Prof. Dr. Candan Tamerler (İ.T.Ü.), Doç.Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü.) İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Laktat dehidrogenaz enziminin yönlendirilmiş mutasyonlarla Barış Binay 2 Özgeçmiş 2013

3 substrat özgüllüğünün değiştirilmesi ve mutant enzimin karakterizasyonu (TÜBİTAK-TBAG-2249), Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü.) YTÜ, İstanbul, Türkiye. Sentetik aşı geliştirme, YTÜ Kimya/Biyokimya Bölümü Yüksek Lisans Projesi (tamamlanamadı), Danışman: Prof. Dr. M. Mustafaev Akdeste (Y.T.Ü) 01-06/2002 Ankara Üniversitesi, Ankara, Türkiye. Gıda endüstrisinde kullanılan lipaz enzimleri, Prof. Dr. Sibel Sungur (Ankara Üniversitesi) YÜRÜTÜLEN PROJELER Proje No Projedeki Görevi Proje Adı Başlama-Bitiş Tarihi Destek Miktarı (TL) TBAG T178 DPT TUBİTAK Yurtdışı Doktora Araştırma Programı SAN-TEZ STZ TUBİTAK- 3001/ 213S099 Araştırmacı Araştırmacı Bursiyer, Araştırmacı Yardımcı Araştırmacı Yürütücü Bacillus Stearothermophillus tan İzole Edilen L-Laktat Dehidrogenaz Enziminin Substrat Spesifikliğinin DNA Shuffling Yöntemi Kullanılarak Genişletilmesi. İlaç Endüstrisine Yönelik Enzim Bazlı Hammadde Üretimi Biyokatalizör olarak fenil amonya liyazın klonlanması ve endüstriyel uygulamalar için yeniden tasarlanması_bbsrc_manchester Üniversitesi-İngiltere Tekstil Sanayiine Yönelik Katma Değerli Selülaz Enzimi Üretimi Bacillus Stearothermophillus Laktat Dehidrogenazın (Bs LDH), Endüstriyel Öneme Sahip Kiral α- Hidroksi Asitlerin Asimetrik Sentezi için, Tekrarlamalı Doygunluk Mutagenez (Ism) Metoduna Dayalı Tasarlanması TÜBİTAK katkısı /BBSRC Katkısı İngiliz Poundu ÖĞRETİM DENEYİMİ Laboratuar Asistanı, BIO311Biyokimya, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, BIO311 Biyokimya1-2, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, BIO342E Enzimoloji, İTÜ, İstanbul Laboratuar Asistanı, BIO112 Genel Biyoloji, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, MBG514 Endüstriyel Enzimoloji, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, MBG621E Nükleik Asit ve Protein Biyokimyası, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, MBG514 Endüstriyel Enzimoloji, İTÜ, İstanbul Barış Binay 3 Özgeçmiş 2013

4 Ders Asistanı, MBG514 Endüstriyel Enzimoloji, İTÜ, İstanbul Laboratuar Asistanı, BIO331E Moleküler Genetik, İTÜ, İstanbul Laboratuar Asistanı, BIO411 Moleküler Biyoloji, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, BIO332E Biyolojide Modern Teknikler, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, MBG513 Enzim Kinetiği, İTÜ, İstanbul Ders Asistanı, MBG511 Fermantasyon Biyoteknolojisi, İTÜ, İstanbul DANIŞMANLIK DENEYİMİ Musa Özboyacı Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler Osman Doluca Yüksek Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler Osman Doluca Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler gözetiminde ) H. İbrahim Kısakesen Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler Zafer Candan Yüksek Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler Hasan Karaman Lisans Mezuniyet Tezi, (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler Duygu Altıntaş Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler Emrah Yelboğa Lisans Mezuniyet Tezi (Doç. Dr. Nevin G. Karagüler A. TEZLER YAYINLAR Doktora Tez Çalışması: Development of Novel Biocatalysts for Industrial Applications, Danışmanlar: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü), Prof. Dr. N.J.TURNER, (Manchester Üniversitesi) Yüksek Lisans Tez Çalışması: Protein Engineering Applicationson NAD-dependent L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus, Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) Lisans Tez Çalışması: Gıda Endüstrisinde Lipaz Enzimlerinin Kullanılması, Danışman: Prof. Dr. Sibel Sungur(Ankara Üniversitesi) B. PATENT Barış Binay 4 Özgeçmiş 2013

5 I. Rowles, B. Binay, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner, Mutant PAL enzyme Avrupa Patent Ofisi, AMRI Global tarafından, 2010 C. ULUSLARARASI HAKEMLİ DERGİLERDE YAYINLANAN MAKALELER Binay B., Karagüler N.G., Attempting to remove the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. Appl. Biochem. Biotechnol, 2007 May- Jun;141(2-3): Karagüler N.G., Binay B., Ordu E.B., Clarke A.R., Protein engineering applications of industrially exploitable enzymes: Geobacillus stearothermophilus LDH and Candida methylica FDH. Biochem Soc Trans, 2007 Dec;35(Pt 6): Binay B., Shoemark D.K., Sessions R.B., Clarke A.R. and Karaguler N.G., Increasing the substrate specificity of the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling. Biochemical Engineering Journal, 2009,48, Binay B., Sessions R. B., Gül-Karagüler N., A double mutant of highly prufied Geobacillus stearothermophilus LDH recognizes mandelic acid as a subsbstrate. Enzyme and Microbial Technology, 2013, 52, Binay,B. Rowles, I.,Malone, Fotheringham, KI., and Turner,NJ. Ammonia Lyase Biocatalysts: Cloning, Mutagenesis and Screening and characterisation. Journal of American Chemical Society a gönderildi. Patentin tamamlanmasını bekliyor D. ULUSLARARASI KONGRELERDE SUNULAN BİLDİRİLER Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Removing the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. 6 th International conference on Protein Stabilization ProtStab2004, Eylül Bratislava, Slovakya (Poster) Meray Akkor, Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Arzu Karabay. Relations of microtubules with LDH: clue for neurodegenerative diseases. 31 st FEBS Congress, Haziran 2006, FEBS JOURNAL, 2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: İstanbul, Türkiye (Poster) Barış Binay 5 Özgeçmiş 2013

6 Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Increasing the substrate specificity of bacillus stearothermophillus lactate dehydrogenase by DNA shuffling. 31 st FEBS Congress, Haziran 2006, FEBS JOURNAL, 2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: İstanbul, Türkiye (Poster) Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Changing the substrate specificity of the bsldh. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster) Doluca O., Bıçakçı E., Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Tamerler Behar C., Gül-Karagüler N. Enhancing thermal stability of the cmfdh by cysteine-cysteine bridge. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster) Yelboga E., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Alteration the coenzyme specificity of cm FDH. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster) Binay B., Sezerman O.U., Predict Permissive Sites of Protein for Insertion Domains. International Symposium on Health Informatics and bioinformatics, HIBIT 08, Mayıs 2008, İstanbul, Türkiye (Poster) Yelboga E., Candan Z., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., and Gül-Karagüler N. Crucial residues in NAD + /NADP+ specificity of Candida methylica FDH. 33 rd FEBS Congress and 11 th IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, FEBS JOURNAL, 2008, Volume: 275 Supplement: 1 Pages: , Atina, Yunanistan (Poster) Doluca O., Bıçakçı E., Binay B.,Kısakesen H.I., Session R.B., Clarke A.R., Tamerler C., Gül-Karagüler N. Effects of cysteine/cysteine engineering on thermal stability of candida methylica FDH. 33 rd FEBS Congress and 11 th IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan (Poster) Barış Binay, Kemal Şanlı, Emel Ordu, Nevin Gül Karagüler. Application of computational methods to design thermostable Candida methylica FDH. International Enzyme Engineering Symposium-IEES 08-,01-05 Ekim 2008, Kuşadası, Türkiye (Poster) Binay B., Özboyacı M., Sessions R. B., Gül-Karagüler N. Construction of 246Gly and 240Ala mutant for changing the substrate specificity of the bacillus sterothermophillus Lactate dehydrogenase. ESF Research Conference on Protein Design and Evolution for Biocatalysis, Ekim 2008, Saint Feliu de Guixols, İspanya (Poster) Barış Binay 6 Özgeçmiş 2013

7 Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Richard Sessions. Introducing malate dehydrogenase based on rational design to the lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus by DNA shuffling.23th Annual Symposium of The Protein Society & 20th Anniversary Celebration.5-9 Ağustos 2006, Boston, ABD (Poster) I.Rowles, B. Binay, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner,Ammonia Lyase Biocatalysts: Cloning, Mutagenesis and Screening. 5th International Congress on Biocatalysis 2010 (Biocat2010), Ağustos 29 - Eylül 2, 2010 Hamburg, Almanya (Poster) Binay, B., Rowles, I., Turner, N. J., and Karaguler, N.G. (2012). Protein Engineering Applications for Increasing Substrate Specificity of PAL and LDH Enzymes. 9th International Conference on Protein Stabilization ProtStab2012, 2-5 Mayıs 2012, Lizbon, Portekiz (Poster) E. ULUSAL KONGRELERDE SUNULAN BİLDİRİLER Nevin Gül Karagüler, Emel Ordu, Baris Binay, Emrah Yelboğa, Gülşah Par, R.B. Session, A.R Clarke. Nanobiyokatalizör geliştirilmesinde Protein Mühendisliği Uygulamaları. İTÜ Nano-Bilim ve Nano- Teknoloji Çalıştayı, Şubat 2009, İstanbul, Türkiye (Poster) E. Bıçakçı, B. Binay, R. B. Sessions, A. R. Clarke, N. Gül Karagüler, Protein Engineering Applications on Pharmaceutically Important Enzymes: LDH&FDH, PROTEOMICS, Protein Structure and Function Workshop, With International Participation, Eylül 2006, Antalya, Türkiye. Barış Binay, Emrah Yelboğa, Nevin Gül Karagüler. Characterisation and inhibition studies of D38R mutant L-lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus, 1.Ulusal Moleküler Tıp Kongresi, Nisan 2005, İstanbul, Türkiye (Poster) ÖDÜLLER TÜBİTAK_2214 Yurtdışı Doktora Araştırma Bursu (8 ay) Manchester Üniversitesi, Producing unnatural amino acids by novel mutant PAL enzyme, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBRSC) Bursu, İngiltere (4ay) TÜBİTAK Yayın Teşvik Ödülleri ve Kongre Katılım Bursları YETENEKLER Kimya Lab Teknikleri Barış Binay 7 Özgeçmiş 2013

8 HPLC, FPLC, GC ve diğer Kromatografi Teknikleri Enzim Mühendisliği Protein Saflaştırma ve Karakterizasyon Teknikleri Mutant Enzimin Üretimi için Hücrenin Büyütülmesi için Proses Tasarımı DNA Saflaştırma, Sekanslama ve Klonlama Teknikleri Gen Modifikasyonu ve Mutasyonu PCR ve İlgili Metotları Elektroforez (SDS-polyakrilamid jel ve agaroz jel) Moleküler Modelleme; MS-Office, LINUX, Mol Script, Raster 3D, Bob Script, Biyoinformatik Araçları (TESSER homology, NACCESS vb.) ve NCBI, EMBI, VMD-NAMD, HyperChem, Spdbv, INSIGHTII Moleküler Modelleme Programları Biyoinformatik Akıcı İngilizce Almanca bilgisi REFERANSLAR Doç. Dr. Nevin Gül KARAGÜLER M.Sc. ve Ph.D. Tez Danışmanı İstanbul Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, 34469, Maslak, İstanbul, TÜRKİYE Tel: Prof. Dr. Nicholas James TURNER Ph.D. Eş Tez Danışmanı Manchester Institute of Biotechnology,131 Princess Street, Manchester, M1 7DN, UK. Tel:+44 (0) Barış Binay 8 Özgeçmiş 2013