KONGRE PROGRAMI.

Transkript

1 KONGRE PROGRAMI

2 1 ANA SPONSORLAR SPONSORLAR

3 2 İÇİNDEKİLER Düzenleme Kurulu 3 Bilim Kurulu 4 Panel 5 Biyomühendislik Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar 7-23 Çevre Biyoteknolojisi Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar Endüstriyel Biyoteknoloji Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar Gıda Biyoteknolojisi Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar Hayvansal Biyoteknoloji Sözlü Sunumlar 159 Poster Sunumlar Nanobiyoteknoloji Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar Tarımsal Biyoteknoloji Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar Tıbbi Biyoteknoloji Sözlü Sunumlar Poster Sunumlar

4 3 18. ULUSAL BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ (18-19 Aralık, 2015, KONYA) Düzenleme Kurulu Prof. Dr. Meral Yücel, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem, Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi (Kongre Düzenleme Kurulu Başkanı) Prof. Dr. Cumhur Çökmüş, Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi Prof. Dr. Füsun Eyidoğan, Başkent Üniversitesi Prof. Dr. Ahmet Çabuk, Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Doç. Dr. Remziye Yılmaz, Hacettepe Üniversitesi Doç. Dr. Mehmet Cengiz Baloğlu, Kastamonu Üniversitesi Yrd. Doç. Dr. Abdullah Tahir Bayraç, Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi Yrd. Doç. Dr. Ceren Bayraç, Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi Araş. Gör. Dr. Tuğrul Öntürk, Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Araş. Gör. Onur Bulut, Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi Araş. Gör. Cansu Değirmenci, Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi

5 4 Bilim Kurulu Prof. Dr. Mehmet Akan Prof. Dr. Bülent Gümüşel Prof. Dr. Erhan Pişkin Prof. Dr. Ayşe Nurten Akarsu Prof. Dr. Ekrem Gürel Prof. Dr. Osman Sağdıç Prof.Dr. Mustafa Akçelik Prof. Dr. K. Arzum Erdem Gürsan Prof. Dr. Necdet Sağlam Prof. Dr. Nilüfer Aksöz Prof. Dr. İhsan Gürsel Prof. Dr. Cengiz Sancak Prof. Dr. Sezen Arat Prof. Dr. Kıymet Güven Dr. Ali Osman Sarı Prof. Dr. Şule Arı Prof. Dr. A. Kadir Halkman Doç. Dr. Nezire Saygılı Prof. Dr. Mehmet Yakup Arıca Prof. Dr. Haluk Hamamcı Prof. Dr. Atalay Sökmen Prof. Dr. Muhammet Arıcı Doç. Dr. Esin Hameş Prof. Dr. Fazilet Vardar Sükan Prof. Dr. Fikret Arpacı Prof. Dr. Vasıf Nejat Hasırcı Prof. Dr. Fikrettin Şahin Prof. Dr. Orhan Arslan Prof. Dr. Nezih Hekim Prof. Dr. Nefise Özlen Şahin Prof. Dr. Haydar Bağış Prof. Dr. İsmail Karaboz Prof. Dr. Zekiye Serpil Takaç Prof. Dr. Ufuk Bakır Doç. Dr. Halil Kavaklı Prof. Dr. Kenan Turgut Doç. Dr. Mehmet Cengiz Baloğlu Prof. Dr. Neşe Kırımer Prof. Dr. İsmail Türkan Yrd. Doç. Dr. Abdullah Tahir Bayraç Prof. Dr. Nazif Kolankaya Prof. Dr. Sezai Türkel Yrd. Doç. Dr. Ceren Bayraç Prof. Dr. Gamze Torun Köse Prof. Dr. Aysel Uğur Prof. Dr. Yavuz Beyatlı Prof. Dr. Semra Mirici Prof. Dr. Ahu Altınkut Uncuoğlu Prof. Dr. Mithat Bozdayı Prof. Dr. A. Naci Onus Prof. Dr. Mustafa Yamaç Doç. Dr. Hikmet Budak Prof. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Prof. Dr. Hakan Yardımcı Prof. Dr. Emir Cansunar Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem Prof. Dr. Özfer Yeşilada Prof. Dr. Ahmet Çabuk Doç. Dr. Veli Cengiz Özalp Prof. Dr. Ülkü Yetiş Doç. Dr. Yelda Özden Çiftçi Prof. Dr. Numan Özcan Prof. Dr. Mustafa Yıldız Prof. Dr. Cumhur Çökmüş Prof. Dr. Sebahattin Özcan Doç. Dr. Remziye Yılmaz Prof. Dr. Fatih Demirci Prof. Dr. Gülay Özcengiz Prof. Dr. Meral Yücel Prof. Dr. Emir Baki Denkbaş Prof. Dr. Hilal Özdağ Prof. Dr. Ş. Şebnem Ellialtıoğlu Prof. Dr. Güven Özdemir Prof. Dr. Altan Erarslan Prof. Dr. Meral Özgüç Prof. Dr. Füsun Eyidoğan Dr. İsa Özkan Prof. Dr. Kayahan Fışkın Prof. Dr. Melek Özkan Prof. Dr. Sedef Tunca Gedik Prof. Dr. Aykut Özkul Prof. Dr. Nermin Gözükırmızı Prof. Dr. Mehmet E. Şengün Özsöz Bilim%Kurulu%%üyeleri%soyisimlerine%göre%alfabetik%olarak%sunulmuştur.%

6 5 18. ULUSAL BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ 18Aralık2014Cuma 9:00510:00 Kayıt 10:00510:30 Açılış 10:30511:00 Çay3KahveArası 11:00512:30 PANEL BİLGİTEMELLİBİYOEKONOMİ MODERATÖR :PROF.DR.CUMHURÇÖKMÜŞ KONUŞMACILAR :PROF.DR.ŞULEARI PROF.DR.HAKANYARDIMCI PROF.DR.HALUKATAOĞLU 12:30514:30 Yemek/PosterSunumları 14:30516:10 SözlüSunumlar 16:10516:50 Çay3KahveArası 16:50518:10 SözlüSunumlar 19Aralık2015Cumartesi 09:00510:40 SözlüSunumlar 10:40511:20 Çay3KahveArası 11:20513:00 SözlüSunumlar 13:00515:00 Yemek/PosterSunumları 15:00516:40 SözlüSunumlar 16:40517:00 PosterÖdülTöreni

7 6 BİYOMÜHENDİSLİK

8 7 P-BM-1 Düşük Yoğunlukta Hazırlanan LDPE (polietilen) Formulasyonlarının Antifouling Özellikleri Atakan Şurdum Avcı 1, Fikrettin Şahin 1, Okan Demir 1, Hikmet Katırcıoğlu 2 1 Yeditepe Üniversitesi, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü, Ataşehir-İSTANBUL 2 Gazi Üniversitesi, Eğit. Fak., Biyoloji Eğt. A.B.D., Teknikokullar-ANKARA e-posta: atakansurdumavci@gmail.com, hturk@gazi.edu.tr Suyla temas halinde olan makine parçalarında, mühendislerin karşılaştığı sorunlardan en önemlilerinden biri mikroalgler ve siyanobakteriler olarak karşımıza çıkar. Bu mikroorganizmalar ürediklerinde, deniz araçlarının karinelerinde ya da genel olarak su içerisinde bulunan makine parçalarında tortu oluşuma sebep olurlar; bu iki durumda da makinelerin verimi düşer ve bakım masrafları artar. Bu mikroorganizmalara karşı uygulanan stratejilerin başında biyosidal kimyasal uygulamalar, biyomimetikle diğer su canlılarının vücut özelliklerini taklit ederek geliştirilen çareler ve tortuların oluşumlarına müsaade edilip sonrasında elle bunların temizliği gelmektedir. Şu an için bu yöntemlerin en etkilisi kimyasal uygulamalardır; bu uygulamalarda bir yüzey özel bir çeşit boyayla kaplanıp üzerinde bu mikroorganizmaların üremesi engellenir ya da kirlenmiş olan su kaynağı direkt olarak bu kimyasalla temizlenmeye çalışılır. Bu tip uygulamaların kötü tarafı, etkilerini kaybetmemeleri için sürekli yeniden yapılmaları gerekmeleridir ve bu da iş kaybı ya da bakım maliyetlerinde artışlara yol açar. Bu tip harcamaların azaltılabilmesi için söz konusu kimyasalların, madde içerisine işlenmelerini, yavaş ve kontrollü bir şekilde ortama salınımlarını sağlamak ve sonucunda bu etkilerini uzun süre göstermelerini mümkün kılmaktır. Bu çalışmada düşük yoğunluktaki polietilen (LDPE) içine, biyosidal etkileri kanıtlanmış çeşitli çinko ve bor bileşiklerinden çeşitli formulasyonlar hazırlanmuş ve bu materyallerin antifouling özellikleri araştırılmıştır. Bu çalışmada, LPDE diskleri Yeditepe Üniversitesi laboratuvarlarında hazırlanmıştır. Formulasyon olarak 5 adet formulasyon denenmiştir. Gazi Üniversitesi Biy. Eğt. A.B.D. kültür koleksiyonunda bulunan 2 suş (Chlorella vulgaris H1and Chroococcus sp. H2) antifouling denemeleri için kullanılmıştır. Hazırlanan formüllerden en etkili olanı Formül 5 olarak tespit edilmiştir. Antifouling ajanlar, fouling organizmaları dediğimiz; insan tarafından yapılmış araç ve gereç yüzeyleri üzerinde tutunarak gelişen bitkisel ve hayvansal organizmalar topluluğunun üzerinde bulundukları araç ve gereçlere zarar vermelerini engelleyerek bu mikroorganizmaların barınamadığı ortamlar oluşturur. Günümüz teknolojisinde, özellikle denizcilik sektöründe, antifouling ajanlar büyük önem taşımaktadır. Bu nedenle yapılan araştırmada geliştirilen formülasyon 5 in etkili bir antifouling olduğu belirtilebilir. Anahtar Kelimeler: Antifouling,, Mikroalg, Poietilen, Biofouling Organizmalar

9 8 P-BM-2 Üreaz Enziminin Dekstran Aldehit Polimeriyle Modifikasyonu Azra Destanoglu 1, Gökay Vardar 1, Melda Altıkatoğlu 1 ve İbrahim Işıldak 2 1-Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, İstanbul 2- Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya Metalürji Fakültesi, Biyomühendislik Bolumu, İstanbul Davutpaşa Mah.Davutpaşa Caddesi Esenler- İstanbul azra.destanoglu@hotmail.com Enzimler reaksiyonun yolunu değiştirerek, reaksiyonun daha düşük aktivasyon enerjili yoldan gerçekleşmesini sağlarlar. Bir başka deyişle, reaktanlarla düşük enerjili bir geçiş kompleksi oluşturarak kısa sürede, daha az enerji harcanarak urunun oluşmasına yardımcı olurlar. Endüstriyel enzimlerin stabilite çalışmaları, biyoteknolojinin en önemli konularından biridir. Enzim stabilizasyonu, enzim denatürasyonunu engelleyen ve proteinin doğal yapısını koruyan bir yöntemdir. Kullanılan Gereçler: Spektrofotometre, mikropipetler, su banyosu, beher, erlen, penisilin şişesi, manyetik karıştıricı, hassas terazi. Yöntem: Bu çalışmada, doğal polimerler ile üreaz enziminin stabilitesini arttirmak amaçlanmiştir. Bu maksatla, ilk olarak farklı molekül ağırlıklarına sahip dekstranin aldehid türevi sentezlenmistir. Dekstran aldehit türevleri dekstranın sodyum periodat ile yükseltgenmesiyle elde edilmiştir. Daha sonra farklı mol oranlarında üreazdekstran aldehid kompleksleri 4 ve 25 C de su banyosunda fiziksel olarak etkileşime sokulmuştur. Elde edilen komplekslerin farklı sıcaklıklarda ve bekletme sürelerinde aktivite tayinleri yapilmiştir. Aktivite tayinleri Berthelot yöntemi kullanılarak, spektrofotometrede 630nm dalga boyundaki absorbans değerleri bulunmuştur. Üreaz dekstran aldehid kompleksleri farklı mol oranlarında n üreaz: /n dekstran aldehit : 1:1 1:10 1:20 10:1 20:1 ve 30:1 olacak şekilde sentezlenmiştir. Elde edilen komplekslerin farklı sıcaklıklar (25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65,70, 80 ve 90 C) ve bekletme sürelerinde (1, 2, 3, 4, 5, 6 ve 7saat) fiziksel etkileşimleri sonucundaki 630nm dalga boyundaki absorbans değerleri bulunmuştur. Farklı oranlardaki komplekslerin aktivite değerleri, serbest enzim çözeltisinin göstermiş olduğu aktivite değerleriyle kıyaslanmıştır. Yüksek sıcaklıklarda serbest enzimin aktivitesini kaybettiği saptanmıştır. Sonuçlar ve Tartışmalar Bu verilere göre, yapılan farklı oranda üreaz ve dekstran aldehit komplekslerinden, 1 saat sonunda, 4 C'de 1:10 ve 20:1 nun en yüksek absorbans değerine sahip olduğu gözlemlenmiştir. 1:10 ve 20:1 nin fiziksel etkileşimleri kıyaslandığında ise 20:1 lik kompleksin ve C lerde absorbans değerinin en yüksek olduğunu saptanmıştır. Bu çalışmada yüksek sıcaklıklarda aktivitesini kaybeden enzimlerin fiziksel etkileşim yoluyla daha kararlı ve dayanıklı olması hedeflenmiştir.

10 9 P-BM-3 Tokat Sulusaray Kaplıca Suyunun Enzimatik ve Antimikrobiyal Özellikleri Hüseyin Anıl Diblen, Bilge Hilal Çadırcı 1 Gaziosmanpaşa Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, Tokat 1 bilgehilal.cadirci@gop.edu.tr Değişen ve yaşamın sınırlarını zorlayan çevre koşullarında organizmaların yaşamlarını sürdürebilmeleri için adaptasyon mekanizması geliştirdikleri ve bunu çeşitli polipeptit, lipit, glikoprotein gibi moleküller sentezleyerek gerçekleştirdikleri bilinmektedir. Bu ikincil metabolitler, diğer mikroorganizmalara ve hasta vücudun bazı fizyolojik durumlarına karşı biyoaktif değeri olan metabolitlerdir ve insanların faydasına kullanılabilmektedir. Örneğin, denizlerde predatörlere karşı savunma için üretilen biyoaktif bileşikler adaptasyon mekanizmasının bir ürünüdür ve bunlar antiinflamatuar, antikarsinojen olarak kullanılmalarının yanında infeksiyon hastalıklarına karşı ilaçların bileşimi olarak da kullanılmaktadırlar. Kaplıca suları, ticari olarak Dermstore, Spalook, Avene, Skincare, London Bathecary gibi firmalar tarafından kozmetik ürünler şeklinde de satılmaktadır. Bu bilgiler ışığında yapılan çalışmada, Tokat bölgesinde bulunan ve dermatolojik hastalıklar için tercih edilen Sulusaray kaplıcası suyu, tedavi edici etkisinin araştırılması amacıyla, enzimatik ve antimikrobiyal özellikler açısından incelenmiştir. Sulusaray kaplıcasından alınan su örnekleri ilk önce 0,45 µm daha sonra 0,22 µm por çaplı membranlar ve ardından da 3 kda luk membranlar kullanılarak filtre edilmiştir. Filtre kağıtlarından protein ekstraksiyonu Ng ve ark., 2010 yöntemine göre yapılmıştır. Protein konsantrasyonu Bradford yöntemine göre belirlenmiştir (Bradford, 1976). Ekstrakte edilen proteinler biyoaktivite yönünde taranmıştır. Bu kapsamda S.enteritidis, P.aeruginosa, S.pyogenes, K.pneumonie, S.aureus, C.utilis, C.albicans, E.coli, B.subtilis ve P.vulgaris mikroorganizmalarına karşı spot on lawn yöntemi ile antimikrobiyal aktivite tayini (Jian-Jin ve ark., 2011), Lipaz ve Katalaz enzimatik aktivite tayinleri (Cadirci ve Yasa, 2010; Devi ve ark., 2010) yapılmıştır. Daha sonra aktiviteleri ölçülen polipeptitlerin tanılanması SDS-PAGE jel elektroforezi yöntemi ile yapılmıştır (Laemmli, 1970). Membranlardan ekstrakte edilmiş ve Bradford yöntemi ile yapılan protein analizi sonucunda 27 µg/ml konsantrasyonunda protein belirlenmiştir. Bu konsantrasyondaki proteinlerin S. enteritidis, C. utilis, C. albicans, E. coli, B. subtilis ve P. vulgaris üzerinde antimikrobiyal aktivite gösterdikleri belirlenmiştir. Elde edilen protein karışımının 0,12 U/ml lipolitik aktiviteye sahiptir. Son yıllarda direnç mekanizmalarının gelişmesi nedeniyle yeni antimikrobiyal madde arayışları ve enzim terapi ile amilaz, lipaz, proteaz, tripsin gibi pankreatik enzimleri içeren çeşitli kremler, deri kanseri, egzama gibi çeşitli deri hastalıklarının tedavisinde kullanılması nedeniyle elde edilen biyoaktif polipeptitler yeni ilaçların yapımında aktif olarak kullanılabilecek ve böylelikle hem bölgemize hem de ülkemize ekonomik dönüşü olabilecektir. Anahtar Kelimeler: Sulusaray Kaplıcası, antimikrobiyal aktivite, enzim aktivitesi, biyoaktif polipeptitler Teşekkür: Bu çalışma Gaziosmanpaşa Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri tarafından 2014/34 nolu proje ve TUBİTAK 215M161 projeleri ile desteklenmiştir.

11 10 P-BM-4 Mobil Cihaz ve Bilgisayar Üzerinden Kontrol Edilebilen Taşınabilir PCR Cihazının Yapımı Burhan Esen 1, Mehmet Can Özgüzar 1, Ayşegül Öktem 2, Hüseyin Avni Öktem 1 1 Nanobiz Nano-Biyoteknolojik Sistemler Eğitim Bilişim Danışmanlık Ar-Ge San. Tic. Ltd. Şti.,ODTÜ Teknokent Galyum Blok NO14-18, Ankara burhan.esen@nanobiz.com.tr 2 ODTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü PCR (Polymerase Chain Reaction Polimeraz Zincirleme Tepkimesi), DNA içerisinde yer alan, dizisi bilinen iki segment arasındaki özgün bir bölgeyi enzimatik olarak çoğaltmak için uygulanan tepkimelere verilen ortak bir isimdir. Bu tepkimelerin gerçekleştirimi piyasada bulunan çeşitli cihazlarda, farklı ayar menüleri ile cihaz veya bilgisayar üzerinden girişi sağlanarak uygulanmaktadır. Bu ayarlar, polimeraz zincirleme tepkimesinin gerçekleştirimini sağlayan 6 adet adım için sayısal verilerin girişi şeklinde tanımlanmaktadır. Bu tanımlamalar her cihaz için cihaz üzerinde bulunan ekran aracılığı ile veya cihazın bağlı olduğu bilgisayar üzerinden yönetilmektedir. Ekran eklentisi cihazın boyutlarını ve ağırlığını artırmakta, bilgisayar bağlantısı zorunluluğu ise cihazın taşınabilir olma özelliğini ortadan kaldırmaktadır. Günümüzde gelinen mobil cihazların yaygınlığı ve teknolojik değerlerin taşınabilirlik yönlerinin artışı ile birlikte PCR cihazının da bu yeniliklere ayak uydurabilmesi gerekliliğinden dolayı mobil cihazlar üzerinden kablosuz veri iletişimi kullanılarak yönetilebilen bir cihaz geliştirilmiştir. PCR cihazı tasarımında ısıtma ve soğutma işlemlerinde Peltier komponenti kullanılacak şekilde hazırlanmıştır. Bu komponent birçok cihazda kullanılıyor olsa da geliştirilmiş olan özel bir PID algoritması sayesinde doğru sıcaklıklara erişim için verimlilik, doğruluk ve kararlılık özellikleri üst seviyelere çıkartılmıştır. PID algoritmasının hesaplanması için yüksek frekanslarda çalışabilen bir mikroişlemci tercih edilmiş böylece sıcaklık değişimlerinin daha hızlı ve hatasız geçişi sağlanarak yapılan deneylerin güvenilirliği artırılmıştır. Cihazın mobil cihazlar üzerinden kontrol ve yönetimi, gelecekteki birçok platformlarda da bulunması öngörülen bluetooth teknolojisi temel alınarak kablosuz veri iletişimi sisteme entegre edilmiş olup; veri akışı, tasarlanmış olan özel bir veri iletişimi protokolü üzerinden gerçekleştirilmiştir. Gerçekleştirilen deneyin, cihaza yerleştirilmiş olan tüm örneklerde aynı sıcaklık değerlerine erişmesi gerekliliğinden dolayı blok delikleri arasında sıcaklık farklarının asgari seviyede tutulması gerekmektedir. Bloklar arası sıcaklık farklarını ölçebilmek için her bir tüp deliğinden alınan anlık sıcaklık değerleri ile oluşturulan grafikte delikler arasında sıcaklık farkının deney tolerans aralığında ve kabul edilebilir düzeyde olduğu tespit edilmiştir. Yüksek hassasiyet ve çözünürlüğe sahip sensörler kullanılarak sıcaklıkların doğru değerlere ulaştığı, kalibre edilmiş harici sensörler tarafından doğrulanmıştır. Yapılan deneylerde sıcaklık artış hızının 3 3,5 C/sn. de olduğu gözlemlenmiş ve bu değerin piyasada bulunan birçok cihazda da bu seviyelerde olduğu tespit edilmiştir. Geliştirilmiş PID algoritması sayesinde gerek istenilen sıcaklık değerine erişiminde gerekse de sıcaklık seviyesinin sabit tutulması işlemi sırasında yukarı ve aşağı yönlü sıcaklık salınımları minimuma indirgenmiş olup, elde edilen değerler piyasada bulunan birçok cihazdan daha iyi seviyeye getirilmiştir. Bunun sonucunda gerçekleştirilen deneylerin tekrarlana bilirlik oranı artırılarak daha istikrarlı deney sonuçları elde edilmesi sağlanmıştır. Ayrıca geliştirilimiş olan Android uygulama aracılığı ile PCR işlemi için adım verileri hızlıca girilerek kablosuz olarak cihaz kontrolü sağlanmaktadır. Teşekkür: Bu proje, SAN-TEZ Ar-Ge destek programı tarafından desteklenmektedir.

12 11 P-BM-5 Bakteriyel Selüloz Üretiminin Alternatif Hammadde İçeren Yeni Bir Besiyeri Kullanılarak İstatistiksel Optimizasyonu Eyüp Bilgi 1, Ece Bayır 1,2, Aylin Şendemir-Ürkmez 1-3, Elif Esin Hameş 3 1 Biyomedikal Teknolojiler ABD, Ege Üniversitesi, İzmir 2 Merkezi Araştırma Test ve Analiz Laboratuvarı Uyg. ve Araş. Mrk (EGE-MATAL) Ege Üniversitesi, İzmir 3 Biyomühendislik Bölümü, Mühendislik Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir esin.hames@ege.edu.tr Bakteriyel selüloz (BS) bazı mikroorganizmalar tarafından hücre dışı sentezlenen ve çok ince fiberlerden (<100nm) oluşan üç boyutlu ağ yapısına sahip bir biyopolimerdir. BS; yüksek saflık, su tutma kapasitesi, mekanik dayanım, biyouyumluluk gibi eşsiz özellikleri nedeniyle medikal, kozmetik, biyomedikal, elektronik, gıda ve kağıt sektörlerinde farklı amaçlarla kullanılabilmektedir. Bu çalışma kapsamında uygun maliyetli BS üretiminin gerçekleştirilebilmesi amacıyla Gluconacetobacter xylinus suşu kullanılarak istatistiksel besiyeri optimizasyonu gerçekleştirilmiştir. Besiyerinde keçiboynuzu özütü karbon, kuru fasulye özütü ise azot kaynağı olarak kullanılmıştır (Patent başvuru no: 2013/08604). Statik kültürde 8 parametre (karbon, protein ve inokulum miktarı, başlangıç ph sı, yüzey alanı/hacim, inkübasyon süresi, sitrik asit, sıcaklık) Plackett-Burman Tasarımı ile incelenmiş ardından anlamlı üç parametre [inkübasyon süresi (%63,50), protein miktarı (%12,23), inokulum miktarı (%9,57)] Merkezi Bileşen Tasarımı (central composite design) ile optimize edilerek doğrulama deneyleri gerçekleştirilmiştir. BS örneklerinin karakterizasyonu X-Ray Diffraction (XRD), Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR), Scanning Electron Microscopy (SEM) ile gerçekleştirilmiştir. Statik kültürde BS üretimi için optimum koşullar: 2,5 g/l karbon, 2,75 g/l protein, % 9,3 v/v inokulum oranı, 1,15 g/l sitrik asit, 2,7 g/l Na 2 HPO 4, 30 C inkübasyon sıcaklığı, ph 5,5 ve 9 gün inkübasyon süresi olarak tespit edilmiştir. Bu çalışma ile geliştirilen CHb (Carob-Haricot bean) besiyerinde üretim optimizasyonu sonrası elde edilen BS örneklerinin FTIR spektrumları, SEM görüntüleri ve XRD analizleri hem kontrol besiyeri hem de literatür verileri ile benzerlik göstermiştir. Yeni geliştirilen CHb besiyerinin yüksek tamponlama kapasitesi ile BS üretiminde kullanılabilirliği gösterilmiştir. Ayrıca oluşturulan istatistiksel model %95 güven aralığında BS üretiminin tahmin edilmesini sağlamıştır. Anahtar Kelimeler: Bakteriyel selüloz, Gluconacetobacter xylinus, Plackett-Burman Tasarımı, Merkezi Bileşen Tasarımı, CHb besiyeri, Teşekkür: Bu çalışma Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı ve Biored Laboratuvar Ürünleri Ltd. Şti. tarafından (SANTEZ Proje No:0198-STZ-2013) ve Ege Üniversitesi EBİLTEM BAP (Proje No: 2014/BİL/015) tarafından desteklenmiştir.

13 12 P-BM-6 Toxoplasma gondii'nin In Vivo ve In Vitro Kültürde Çoğaltma Yöntemlerinin İncelenmesi Kübra Gözütok 1, Rabia Çakir Koç 1, 1 Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Biyomühendislik ABD, İstanbul Sorumlu yazar e-posta: kubragozutok12@gmail.com Toxoplasma gondii (T. gondii), zorunlu hücre içi bir parazittir ve protozoa ailesinin bir üyesidir. T. gondii nin birkaç formu vardır: Ookist, takizoit ve bradizoit. İnsanlar ookist bulaşmış toprak ve suyun tüketilmesi, az pişmiş etteki doku kistlerinden, doku nakli, kan transfüzyonu, laboratuvar kazaları ile sonradan ya da doğuştan kazanılır. Ara konak olan tüm memeli hayvanlar, sporlanmış ookistleri ağız yoluyla alarak enfekte olurlar. Memeli hayvanlar, doku kistlerini taşıyan başka bir ara konağı yiyerek enfekte olabilirler. İnsanlarda T.gondii enfeksiyonu; yeni doğanlarda fetal anomalilere yol açan konjenital toksoplazmosis, körlüğe sebep olan retinokoroidit, immün sistem yetmezliği olan kişilerde fatal seyreden toksoplazmik ensefalit ve organ naklinde organ reddi ve ölüme sebep olmaktadır. T. gondii için in vivo ve in vitro kültür sistemleri, toksoplazmosis araştırmaları için temeldir ve düzenli olarak çok sayıda T. gondii takizoidi sağlamaktadır. Zorunlu parazit olan T. gondii genellikle, farelerin peritonal boşluklarında (in vivo) ya da doku kültürlerinde (in vitro) çoğaltılmaktadır. In vivo ve in vitro takizoit üretimi tüm deney modelleri, genetik çalışmalar, biyokimyasal yolaklar ve ilaç çalışmaları ve serolojik testlerin geliştirilmesi için gereklidir. Bu çalışmada Toxoplasma gondii'nin in vivo ve in vitro kültürde çoğaltma yöntemleri incelenmiştir. Gereçler ve Yöntem Birçok çalışmada Toxoplasma gondii parazitleri, BALB/c farelerde in vivo şartlar altında üretilmektedir. Parazitler farelere intraperitoneal olarak enjekte edilmekte ve çoğaltılmaktadır. Peritoneal sıvıdan izole edilen parazitler; farklı hücre kültürlerinde in vitro olarak çoğaltılmaktadır. Farelerde oluşabilecek bakteri, mantar ve diğer kontaminasyonlara karşı penisilin-streptomisin, gentamisin, amfoterisin gibi antimikrobiyal maddeler ve çeşitli bileşenler (fetal sığır serumu, PBS, Hepes solüsyonu, L-glutamin vb.) içeren besiyerlerine ekim yapılmaktadır. 25cm 2 flasklarda, 37 C ve %5 CO 2 ortamında çoğaltılan kültürler, tripsin-edta ile kaldırılmakta ve alt kültür yapılması amacıyla yeni flasklara aktarılmaktadır. Elde edilen parazitlerin karakterizasyonu, ışık mikroskobu ve tripan mavisi ile yapılmaktadır. Boyanmayan parazitlerin canlılığı saptanmakta ve sayımı yapılmaktadır. T. gondii paraziti yukarıda anlatıldığı gibi in vivo ve in vitro olarak çoğaltılmaktadır. Devamlı hücre kültürleriyle düzenli olarak canlı parazitler elde edilebilmektedir. Birçok çalışmada kültürlerden elde edilen T. gondii parazitleri kullanılmaktadır. Yüksek kalitede, kararlı ve kontamine olamayan parazitler elde etmek yapılacak çalışmalar için gereklidir. Anahtar Kelimeler: Toxoplasma gondii, in vitro, in vivo, hücre kültürü Teşekkür: Bu çalışma TAGEM/ 15 / AR-GE / 41 nolu Toxoplasma Gondii ye Karşı Nano Boyutta Aşı Formülasyonlarının Geliştirilmesi ve Deney Hayvanlarında Etkinliğinin İncelenmesi projesi kapsamında desteklenmektedir.

14 13 P-BM-7 Yeşil Floresan Protein için RNA Aptamer Kütüphanesi Tasarımı ve Amplifikasyonu Dilber Ece Sezgin 1, Mehmet Mutlu 1 Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Anabilim Dalı, Eskişehir 2 TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği Bölümü, Ankara decesezgin@gmail.com Aptamer molekülleri, Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) adı verilen in vitro seçim ve amplifikasyon tekniği ile belirlenen, hedef moleküllere yüksek özgüllük ile bağlanabilen tek zincirli özgül oligonükleotidlerdir. SELEX prosesinin başlangıç noktasını kimyasal olarak sentezlenmiş çok sayıda rastgele ssdna (~10 15 molekül) oligonükleotidlerinden oluşan kütüphane oluşturur. SELEX deneylerinin büyük çoğunluğunda tamamen rastgele bölge içeren oligonükleotid kütüphaneleri kullanılır. Afiniteyi artırabilmek veya uygulamaya yönelik fayda sağlayabilmek için bölgesel olarak randomize edilmiş aptamerlerle yapılan çalışmalar da mevcuttur (Davis ve Szostak, 2002; Nutiu ve Li, 2005). RNA SELEX prosesi için rastgele DNA oligonükleotid kütüphanesinin RNA kütüphanesine dönüştürülmesi gerekmektedir. Kütüphane tasarımında, merkezde rastgele diziler ve 5 ve 3 uçlarında promotor ve primer bölgelerini içeren sabit dizilerin bulunması gerekmektedir. Bu dizilerin tasarımı SELEX prosesinin başarıyla uygulanması için büyük önem taşımaktadır. Çalışma kapsamında önceden tanımlanmış (Mallik et al., 2010) GFP aptamer dizisinin olası sekonder yapıları M-Fold programıyla (Zuker, 2003) incelenerek belirlenmiş ve GFP ye bağlanmada aktif olmayan stem bölgeleri arasına rastgele diziler yerleştirilerek, kısmi olarak randomize edilmiş yeni bir oligonükleotid kütüphanesi oluşturulmuştur. Sabit primer bağlanma dizileri 5 sabit ucunda T7 RNA polimeraz enziminin evrensel promotor dizisi ve PCR için ileri primer dizisi; 3 ucunda ise PCR için geri primer dizisinin bağlanacağı bölgeler oluşturulmuştur. Sabit bölgelerin komplementer primer dizileri ve ters-transkripsiyon reaksiyonundan sonra T7 promotorunun tekrar diziye katılabilmesi için ikinci bir 5 primer dizisi tasarlanmıştır. Başlangıç dsdna kütüphanesi PCR ile çoğaltılmış, in vitro transkripsiyon ile RNA kütüphanesine dönüştürülmüştür. Başlangıç DNA kütüphanesi, çoğaltılması ve hasara uğramış oligonükleotidlerin uzaklaştırılması amacıyla PCR ile amplifiye edilmiştir. Optimum kalıp DNA miktarı, primer ve MgCl 2 son konsantrasyonları sırasıyla 0,25pmol, 1,2pmol, 3mM olarak belirlenmiştir. In vitro transkripsiyonun optimum reaksiyon süresi 4 saat olarak belirlenmiştir. In vitro transkripsiyon öncesi fill-in reaksiyonunun gerekliliği araştırılmış ve hibridizasyon için kullanılan cihazlar karşılaştırılmıştır. fill-in reaksiyonu yapılmayan ve termal döngü cihazı ile yapılan in vitro transkripsiyonun daha spesifik olduğu görülmüştür. RNA SELEX için gerekli olan kütüphane ve RNA oligonükleotid havuzu başarıyla oluşturulmuş, gerekli optimal parametreler belirlenmiştir. Ayrıca, RNA SELEX prosedürünün gerçekleştirilmesi için fill-in reaksiyonuna ihtiyaç duyulmadığı, sadece promotor bölgesinin hibridizasyonu ile oluşan dspromotor-ssdna yapısının yeterli olduğu saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Yeşil floresan protein (GFP), RNA, aptamer, SELEX Teşekkür: Bu çalışma ZipPrime tarafından desteklenmiştir.

15 14 P-BM-8 Bakteriyel Selüloz Tabanlı Biyokompozit Üretimi, Karakterizasyonu ve Biyoyapay Deri Olarak Kullanım Potansiyeli Zalike Keskin 1, Aylin Şendemir Ürkmez 1,2,3, Elif Esin Hameş 1,2 1 Biyomühendislik Bölümü, Mühendislik Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir 2 Biyomedikal Teknolojiler ABD, Ege Üniversitesi, İzmir 3 Merkezi Araştırma Test ve Analiz Laboratuvarı (EGE-MATAL) Ege Üniversitesi, İzmir esin.hames@ege.edu.tr Bakteriyel selüloz (BS) üretim prosesi, kimyasal yapısı ve eşsiz özellikleri sayesinde biyokompozit oluşturmaya uygun doğal bir biyopolimerdir. Bu çalışmada istenilen büyüklük ve şekilde üretilebilen, biyouyumlu, eklenen keratin sayesinde deri fibroblast ve keratinosit hücreleri için üreme ve gelişmeyi destekleyici, fibroblastların ürettiği kollajeni selülozun gözenekli ağ yapısı ile tutabilen ve keratinosit hücreleri için hücre dışı matrisi sağlayan, biyoyapay deri oluşturma potansiyeline sahip BS tabanlı yeni bir biyomalzeme üretimi ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Çalışmada üretimle eş zamanlı (in situ) ve üretim sonrasında (post) olmak üzere iki farklı yaklaşım kullanılarak keratin içeren BS tabanlı yeni bir biyokompozit malzeme üretilmiştir. İnsan saç keratini Shindai yöntemi ile izole edilerek in situ üretimde %1, 2 ve 3 w/v oranında Acetobacter xylinum üretim besiyerine eklenmiştir. Post modifikasyon üretimde ise keratin çözeltisi (3,66 mg/ml) 0,1 ml/ BS cm 2 olacak şekilde örneklere uygulanmıştır. Elde edilen malzemelerin karakterizasyonunda taramalı elektron mikroskopisi (SEM), Enerji dağılım spektrometresi (EDS), Fourier dönüşüm kızılötesi spektrometresi (FTIR), X-ışınları difraktometresi (XRD) testleri gerçekleştirilmiştir. Ardından biyoyapay deri geliştirmede kullanım potansiyelinin değerlendirilmesi amacıyla örneklerin sitotoksisite (HS2 ve L929 hayvan hücre hatları) ve endotoksisite analizleri yapılmış ardından in vitro hayvan hücre kültürü teknikleri (insan deri fibroblast-detroit ve keratinosit hücreleri-hs2) ile ko-kültür etkileşimlerine bakılmıştır. Shindai ekstraksiyonu ile saçtan izole edilen keratin diyalizatının protein miktarı Bradford analiz sonucu 3,66 µg/ml olarak belirlenmiştir. Keratin karakterizasyonunda ortalama partikül boyutu zeta sizer ile 68,31 nm olarak ölçülmüştür. In situ ve post modifiye keratin içeren BS örneklerinin FTIR ve XRD sonuçları malzeme yapısında hem BS hem de keratin varlığını doğrulamıştır. HS2 ve L929 hayvan hücre hatları üzerinde yapılan sitotoksisite testleri BS/keratin biyokompozit malzemelerinin biyouyumlu olduğunu göstermiştir. İnsan deri hücreleri ile yapılan in vitro hayvan hücre kültürü çalışmaları ile her iki üretim yöntemi ile elde edilen yeni biyokompozit malzemelerin deri hücrelerinin büyüme ve gelişimini desteklediği gösterilmiştir. In situ ve post modifikasyon ile keratin içeren bakteriyel selüloz biyokompozitin üretimi ve yapay deri olarak kullanılabilirliği ilk kez bu çalışma ile gerçekleştirilmiştir. Literatürde BS üzerinde tutunma afinitelerinin zayıf olduğu bildirilen deri fibroblastları, keratin içeren bakteriyel selüloz tabanlı biyokompozitler üzerinde iyi bir tutunma profili sergilemiş ve kendi morfolojilerinde gelişim göstermişlerdir. Anahtar sözcükler: Bakteriyel selüloz (BS), keratin, deri, biyokompozit, biyomalzeme Teşekkür: Bu çalışma TÜBİTAK (Proje no:114m082) ve Ege Üniversitesi EBİLTEM-BAP (Proje no:15bil022) tarafından desteklenmiştir.

16 15 P-BM-9 Bazı Citrus Türlerinde Amonyum (NH 4 + ) Transport Proteinlerinin In Silico Analizi Muavviz Ayvaz 1, Çiğdem Yamaner 1, Murat Kemal Avci 1, Hüseyin Uysal 1, Emre Sevindik 1 1 Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Aydın, Türkiye cigdem.yamaner@adu.edu.tr Bitkiler büyüme ve gelişmeleri için gerekesinim duydukları azotu (N) ortamdan amonyum (NH + 4 ) ve nitrat (NO - 3 ) iyonları şeklinde kökleri aracılığıyla alırlar. Azot bitkiler için gerekli mineral maddeler arasında en fazla gereksinim duyulan elementtir. Her iki bileşik ortamda eşit miktarda bulunduğunda bitkilerin amonyumu (NH + 4 ), nitrata (NO - 3 ) göre daha hızlı aldığı ortaya konmuştur. Amonyum (NH + 4 ) bitkiler tarafından plazma membranında bulunan amonyum transport taşıyıcıları tarafından alınır. Ülkemizin sahip olduğu iklim ve ekolojik koşullar birçok citrus tür ve çeşidinin üretimine imkan sağlamaktadır. Turunçgiller dünyada en çok yetiştirilen ve tüketilen meyve grubu arasında yer almaktadır. Citrus cinsine ait türlerin meyvelerinden gıda olarak yararlanıldığı gibi kabuklarından, yapraklarından ya da çiçeklerinden parfümeri sanayiinde kullanılan uçucu yağlar da elde edilmektedir. Bu çalışmadaki amacımız bitki beslemede oldukça önemli bir yere sahip amonyum azotunun bitkilere alınımı sağlayan amonyum transport proteinlerinin In silico analizinin gerçekleştirilmesidir. Çalışma sonucunda elde edilecek bulgular; amonyum transport gen ve proteinlerinin citrus türleri özelinde detaylı bir şekilde anlaşılmasını kolaylaştırması ve konu ile ilgili bilimsel bir temel oluşturması hedeflenmektedir. Bu çalışmada Citrus sinensis (Portakal) ve Citrus clementina (Klemantin mandarini) türlerine ait 22 adet amonyum transport protein dizisi veri bankalarından FASTA formatında elde edilerek In silico analizler gerçekleştirilmiştir. Amonyum transport proteinlerine ait; molekül ağırlığı, amino asit sayısı, alifatik indeksi, instabilite indeksi, extinction coefficient ve GRAVY değerleri Expasy ProtParam ile hesaplanmıştır. Proteinlere ait korunmuş bölge motifleri ve domainler Pfam, MEME ve MAST serverları kullanılarak oluşturulmuştur. Filogenetik ağaç MEGA 6 programı ile oluşturulmuştur. Proteinlere ait molekül ağırlığı ile kda arasında, amino asit sayısı (aa), 513 ile 321 arasında, ile arasında, instabilite indeksi ile arasında, extinction coefficient ile ve GRAVY değerleri ile arasında değişmektedir. Analiz edilen tüm proteinlerde Ammonium Transporter ailesine ait domaine rastlanmıştır. Filogenetik analizler sonucunda oluşturulan Neighbour-Joining (NJ) ağacında iki ana grup oluşmuştur. Birinci ve ikinci ana gruplar kendi içinde 2 alt gruba ayrılmıştır. Dünyada en çok tüketilen meyveler arasında bulunan citrus türlerine ait yapılan çalışmalar bilimsel literatürde hiç kuşkusuz önemli bir yer teşkil etmektedir. Ayrıca bitki besleme elementleri arasında en fazla gereksinim duyulan azot un alınımı çalışmaları da önemli bir yere sahiptir. Bu noktadan hareketle iki farklı citrus türüne ait amonyum transport proteinlerinde gerçekleştirilen in silico analizler ve oluşturulan 3D yapı modelleri proteinlerin daha detaylı bir şekilde anlaşılmasına ve gelecekteki çalışmalara bilimsel temel oluşturacaktır. Anahtar Kelimeler: Citrus, Amonyum Transport Proteini, in silico, biyoinformatik analiz.

17 16 P-BM-10 Biyoinformatik Araçlar Kullanılarak Asteraceae Familyasına ait Bazı Türlerin Rubisco Enzimlerinin In silico Analizi 1 Hüseyin Uysal, 1 Murat Kemal Avcı, 1 Çiğdem Yamaner, 1 Muavviz Ayvaz, 1 Emre Sevindik 1 Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Aydın, Türkiye cigdem.yamaner@adu.edutr Fotosentez dünyanın en önemli enerji dönüşüm süreci olup, ışık enerjisinin kimyasal enerjiye dönüştüğü anabolik bir reaksiyondur. Bitkiler fotosentez boyunca atmosferdeki CO 2 yi kullanarak karbonhidrat sentezini sağlamaktadır. RuBisCo (Ribulozbifosfat karboksilaz/oksigenaz), dünyada en fazla bulunan enzimlerden biri olup, fotosentez de karbon fiksasyonundan sorumludur. Rubisco, kloroplast genomu tarafından kodlanan 55 kda luk 8 büyük alt birim (rbcl) ve nükleus genomu tarafından kodlanan 14 kda luk 8 küçük katalitik alt birimden birimden (rbcs) oluşmaktadır. Bu çalışmada Dünya Gen Bankasından (NCBI) ( alınan, Asteraceae familyasına ait 22 bitki türünün rbcl protein dizileri biyoinformatik araçlar kullanılarak in silico analiz yapılmıştır. Gen bankasından alınan protein dizileri FASTA formatına getirilerek CLUSTAL W ( programında hizalanmıştır. Daha sonra protein dizileri Expasy ProtParam programında 22 örneğe ait molekül ağırlığı, aminoasit sayısı, alifatik indeksi, instabilite indeksi ve GRAVY değerleri hesaplanmıştır. Amino asit dizilerine ait motifler ve domainler Pfam, MEME ve MAST programları aracılığıyla yapılmıştır. Filogenetik analizler, MEGA 6 programında Neighbour- Joining (NJ) ağacı şeklinde ile elde edilmiştir. Amino asit sayısı (aa), 163 ile 477 arasında, molekül ağırlığı ile kda arasında, alifatik indeks, ile 81.13, instabilite indeksi ile ve GRAVY değerleri, ile -0,231 arasında değişmektedir. Analiz edilen proteinlerde 2 domain tespit edilmiştir. Bunlar N-terminal domain ve Catalytic domain ailesidir. Filogenetik analizler sonucunda oluşturulan Neighbour-Joining (NJ) ağacında iki claddan oluşmuştur. Birinci clade kendi içinde 4 gruba ayrılmıştır. : Bu çalışmanın sonucunda Asteraceae familyasına ait bazı türlerin RuBsCo gerçekleştirilen in silico analizler ve oluşturulan 3D yapı modelleri proteinlerin daha detaylı bir şekilde anlaşılmasına ve gelecekteki çalışmalara bilimsel temel oluşturacaktır. Anahtar Kelimeler: Asteraceae, RuBisCo, in silico, biyoinformatik analiz.

18 17 P-BM-11 Manyetik Nanopartikül Tabanlı PSA İmmünosensörü Tasarımı Nagihan Soyer Tuzlalı 1 *, Sema Salgın 1, Uğur Salgın 1 1 Cumhuriyet Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 58140, Sivas *nagehansoyer@hotmail.com 2015 yılında Amerika da yapılan kanser istatistiklerine göre prostat kanseri erkeklerde en sık görülen kanser türü olmakla birlikte kansere bağlı ölümler arasında ikinci sırada yer almaktadır. Prostat kanserini diğer üro-onkolojik hastalıklardan ayıran en önemli özellik ise 1980 li yılların ikinci yarısında prostat spesifik antijenin (PSA) bir tümör belirteci olarak tanımlanıp kullanıma girmesidir. Prostat kanserinin erken teşhis edilebilir bir kanser türü olması nedeniyle PSA nın insan vücudundaki seviyesinin belirlenmesinde; yüksek hassasiyet, kolay hazırlanabilir ve düşük maliyet gibi özelliklere sahip biyosensörlerin tasarımına yönelik çalışmalar hızla artmıştır. Literatürde yer alan PSA ya yönelik biyosensör çalışmalarında yer alan elektrokimyasal sensörlerden farklı olarak bu çalışmada; tepkime ortamından kolaylıkla ayrılabilen manyetik demir nanopartikül (FeNP) tabanlı bir PSA immünosensörü tasarlanmıştır. Birlikte çöktürme yöntemi ile manyetik FeNP üretiminde 1:2 mol (Fe 2+ :Fe 3+ ) oranında demir tuzları kullanılmıştır. Sentezlenen FeNP'lerin yüzeyi, aminopropiltrimetoksisilan (APTMS) kullanılarak silanlama tepkimesiyle fonksiyonelleştirilmiştir. Yüzeyi fonksiyonelleştirilen FeNP yüzeyine sırasıyla birincil anti-psa, PSA ve horseradish peroksidaz (HRP) enzimi ile etiketlenmiş ikincil anti-psa 1-etil-3-(3-dimetilaminopropil) karbodiimid hidroklorid (EDC) çapraz bağlayıcısı kullanılarak antijen-antibadi etkileşiminine dayalı olarak bağlanması ile sandviç formunda PSA immünosensörü sentezlenmiştir. HRP enzimi ve antibadinin bağlanma tepkimesi 1:1 stokiyometrik oranda gerçekleştiğinden, HRP aktivitesi PSA miktarıyla doğrudan ilişkilidir. Manyetik PSA immünosensörünün etkinliği HRP enziminin 450 nm dalga boyunda UV-spektroskopisinde aktivitesi ölçülerek belirlenmiştir. PSA immünosensörünün sentezinde her bir aşamada FeNP yüzeyine herhangi bir yapının konjügasyonunun gerçekleşip/gerçekleşmediğini belirlemek için partiküllerin zeta potansiyeli (ZP) ve ortalama hidrodinamik çap (Z ort ) ve FTIR analizleri gerçekleştirilmiştir. Birlikte çöktürme yöntemine göre üretilen FeNP nin Z ort ve ZP değerleri sırasıyla nm ve mv, APTMS ile modifiye edilen FeNP için bu değerler sırasıyla nm ve mv iken, yüzeyine antibadiantijen biyomolekülleri sandviç yöntemi ile bağlandıktan sonra oluşan PSA immünosensörünün Z ort ve ZP değerleri ise sırasıyla 1417 nm ve 17.8 mv olarak belirlenmiştir. Manyetik PSA immünosensörünün yapısında işaretleyici olarak kullanılan HRP enziminin aktivitesi inkübasyon süresi sonunda U/mg katı olarak hesaplanmıştır. Manyetik PSA immünosensörünün tasarımında her bir aşama sonunda ZP ve Z ort değerlerinin değişmesi FeNP yüzeyine yeni grupların bağlandığını göstermektedir. Gerçekleştirilen FTIR analizleri sonucunda 1600 cm -1 dalga sayısında görülen amid I bandının şiddetindeki artma sonucunda biyomoleküllerin FeNP yüzeyine bağlandığı gözlenmiş, PSA immünosensörü başarıyla sentezlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Prostat kanseri, prostat spesifik antijen, manyetik demir nanopartikül, immünosensör

19 18 P-BM-12 In Vitro Kondrogeneze Hidrojel Liflerin ve Poröz İskelelerin Etkisi Nuray Emin 1,2, A. Eser Elçin 2,3 and Y. Murat Elçin 2,3 1 Kastamonu Üniversitesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği, Kastamonu. 2 Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Doku Mühendisliği, Biyomalzeme ve Nanobiyoteknoloji Laboratuvarı, 3 Ankara Üniversitesi, Kök Hücre Enstitüsü, Ankara. nurayemin@kastamonu.edu.tr Yaralanmalar ve hastalıklar nedeniyle çeşitli dejeneratif hastalıklar kıkırdak dokuda sıkça gözlenmektedir. Tedavi amacıyla geliştirilen çeşitli ortopedik cerrahi yöntemleri ise gerekli olan tedaviyi tam olarak sağlayamamaktadır. Bu nedenle son yıllarda doku mühendisliği ve hücresel terapilere dayalı yeni teknikler artiküler kıkırdaktaki büyük lezyonların tedavisinde kullanılmaya başlanmıştır. Bu amaçla doku mühendisliğinde farklı yapıdaki ve özellikteki polimerik malzemeler test edilerek kullanılmakta ve kültür şartları bu uygulamalara göre optimize edilmektedir. Bu çalışmada, kıkırdak doku mühendisliğinde sıklıkla kullanılan hidrojel yapılar ile açık gözenekliliğe sahip polimerik iskelelerin in vitro kondrogeneze etkilerini tespit edebilmek amacıyla; Alginat hidrojel fiberler içerisine tutuklanmış hiyalin-tip kondrosit kültürleri ile poröz PLGA iskeleler üzerine ekilmiş hiyalin-tip kondrosit kültürleri model olarak seçilmiş ve kondrojenik indüksiyon altında neokıkırdak oluşumu karşılaştırmalı olarak test edilmiştir. Kondrositler genç Wistar sıçanların femoral-patellar eklem uçlarından aseptik koşullarda alınan artiküler kıkırdaktan kollajenaz ve hiyalüronidaz enzimleri kullanılarak izole edildi. (Hücre canlılığı 90%, Tripan Mavisi testi). İzole edilen kondrositeler iki deney grubuna ayrıdı: (i) İzole edilen kondrositler %4 lük sodyum alginat içerisinde süspanse edildikten sonra 0.4M CaCl 2 çözeltisi içerisine enjekte edilerek calsiyum alginat fiberlerinin oluşumu sağlandı, (ii) Çözücüde çözme ve porojen arındırma yöntemiyle üretilen PLGA iskeler üzerine kondrositler dinamik koşullarda ekildi ve mekanotransdüksiyon etkisini sağlayan RCCS-STLV biyoreaktör sisteminde (dönme hızı rpm) kültüre başlandı. Statik kültürler kontrol olarak yürütüldü. Her grup, DMEM içerisinde 20%FCS, non-esansiyel amino asit çözeltisi, L-glutamin, askorbik asit, ITS +, antibiyotik-antimikotik çözeltisi ve 10ng/ml TGF-β 1 içeren kondrojenik vasat içerisinde kültüre edildi. Hücre proliferasyonu MTT-testi ile kalitatif ve kantitatif (570nm de) olarak test edildi. Kültürlerdeki neodoku oluşumlarının takibi haftalık periyotlarla (1-4hafta) alınan örnekler üzerinde; alsiyan mavisi ve safranin-o histokimyasal boyamaları ve kollajen tip-1 ve tip-2 ile agrekan ekspresyonları indirekt immünhistokimyasal boyamalarla test edildi. Dinamik STLV kültürü ve TGF-β 1 her gruptaki hücrelerin kondrojenik karakterine pozitif etkimiştir. MTTanalizi, alginat-liflerde tutuklanmış kondrositlerin daha yüksek mitokondriyal aktivite sahip olduğunu göstermiştir. Alsiyan-mavisi ve safranin-o boyaması, matriks oluşumunun her grupta gerçekleştiğini göstermiştir. Hiyalin kıkırdak için spesifik olan kollajen-tip2 ve agrekan için imünhistokimya boyamaları özellikle alginat liflerde daha yoğun ve güçlü gerçekleşmiştir. Hidrojel yapıların kullanıldığı kapalı-polimerik sistemlerin kullanıldığı statik ve dinamik kültürlerde benzer sonuçlar elde edilmiştir. Buna karşın PLGA iskeleleri gibi açık-polimerik yapıların kullanıldığı statik ve dinamik kültürler arasında önemli farklılıklar olduğu tespit edilmiştir. Bu durum dinamik kültür şartlarının statik kültür şartlarına göre hücreler üzerindeki olumlu etkisinden ve polimerik materyalin yapısından kaynaklanmaktadır. Bu sonuçlar göz önüne alındığında alginatlifler-içerisine kondrositlerin tutuklanmasıyla hazırlanan kültürlerde invitro kıkırdak dokusu geliştirmek için en uygun ortamın, üç boyutlu hidrojel liflerin ve TGF-β içeren vasat ortamı ile dinamik kültür şartlarının bir arada kullanıldığı kültür sisteminin olduğu tespit edilmiştir.

20 19 P-BM-13 Yeni Damar Görüntüleme Sprey Formülasyonunun Geliştirilmesi Sedanur Keleş, İbrahim Işıldak 1 1 Yıldız Teknik Üniversitesi Kimya Metalürji Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, İstanbul keles.sedanur@hotmail.com Sağlık sektöründe sıkça uygulanan kan alma veya vücuda sıvı enjekte etme işlemlerinde damar yolunun bulunması zaman zaman büyük sorun olmaktadır. Özellikle küçük çocuklarda, obezlerde ve kemoterapi alan hastalarda periferik toplardamarların görülmesi zordur. Toplardamarların görülmesi için en çok kullanılan yöntem turnike yöntemidir. Fakat bu yöntem çoğu hastada işe yaramamaktadır. Bir diğer yöntem ise ultrason cihazı kullanılarak görüntüleme yapılmasıdır. Bu yöntem ise pahalı olduğu için çok yaygın değildir. Bu çalışmada, altından damar geçen deri ile, damar geçmeyen deri arasındaki sıcaklık farkından yararlanılarak toplardamarın görüntülenmesini sağlayacak yeni bir hidrojel formülasyonun geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Amaçlanan hidrojel formülasyonu ile, sağlık çalışanları tarafından günlük hayatta sıklıkla kullanılan invaziv uygulamalar için ucuz, taşınabilir ve kullanımı kolay püskürtülebilir yeni bir damar görüntüleme spreyinin üretilmesi hedeflenmektedir. Geliştirilmesi amaçlanan püskürtülebilir hidrojel formülasyonu sıcaklıkla renk değiştiren termokromik madde kombinasyonu içermektedir. Bu termokromik madde kombinasyonu toplardamar üzerinde renk değiştirerek damar yollarının hızlı bir şekilde görüntülenmesini sağlamaktadır. Deriye püskürtüldükten sonra yaklaşık 30 saniye içerisinde hidrojel hale geçen formülasyon elde edildi. Hidrojel deri yüzeyinde ince bir film oluşturmaktadır. Hidrojel formülasyon bioyouyumlu maddeler ve su içerdiğinden gazlı bez veya ıslak mendille silinebilmekteydi. Geliştirilen formülasyon içerdiği termokromik maddeler nedeniyle damar bulunan bölgelerde rengini kaybetmekte ve damar yollarının görünür hale getirmektedir. Çalışma sonucu geliştirilen yeni damar görüntüleme sprey formülasyonun, sağlık çalışanlarının günlük olarak yaptıkları kan alma veya enjeksiyon işlemi gibi acı içeren (invasive) uygulamalarda büyük kolaylık sağlayacağı, ayrıca hasta ve hasta yakınlarını psikolojik ve fizyolojik olarak rahatlatacağı öngörülmektedir. Anahtar kelimeler: Damar görüntüleme, hidrojel, termokromik sprey, damar görüntüleme spreyi

21 20 P-BM-14 Antibakteriyel Etkinliğini Uzun Süre Koruyabilen Kompozit Materyal Geliştirilmesi Selda Güler, Emine Erdoğan Özşeker, Alper Akkaya Ege Üniversitesi/Fen Fakültesi/Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir İnsan nüfusunun hızlı artışı ile kalabalıklaşan şehirlerde ortaya çıkan çevre kirliliği ile birlikte bakterilerin hastalıklara yol açacak kadar çoğalmaları, antibakteriyel maddelerin tekstil sanayisinden boya sanayisine, sağlık sektöründen ambalaj sanayisine kadar çok geniş bir alanda kullanılmasını gerekli hale getirmiştir. Bu alanlarda kullanılan antibakteriyel maddelerin en önemli problemi kısa süreli antibakteriyel özellik göstermeleridir. Amoksisilin (AMX), beta-laktam penisilin grubunda yer alan aminopenisilin ailesi içerisinde en çok karşılaşılan antibiyotiklerdendir. AMX Staphylococcus aureus, Streptococcus faecalis, Corynebacterium diphtheriae gibi Gram-pozitif ve Haemophilus influenzae, Escherichia coli, Neisseria meningitidis gibi Gram-negatif bakterilere etki eder. Bu çalışmada; aljinata AMX i kovalent olarak immobilize ederek, kalıcı antibakteriyel özelliğe sahip biyomateryal geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada öncelikle aljinatın yapısında yer alan karboksilik asit grupları, 1-Etil-3-(3-dimetilaminopropil) karbodiimid ile reaksiyona yatkın hale getirilmiş ve bu gruplar üzerinden kovalent immobilizasyon gerçekleştirilmiştir. İmmobilizasyonun optimizasyonu çalışmaları yapılmıştır. Geliştirilen ürün antibakteriyel olarak tasarlandığından dolayı antibakteriyel teste tabi tutulmuştur. Antibakteriyel testler, 4 o C ve 25 o C de saklanan Ca-aljinat ve AMX immobilize Ca-aljinat boncukları için uygulanmıştır. Test aşamasında Disk Difüzyon (Yayma Plak) tekniği kullanılmıştır. Geliştirilen ürünün antimikrobiyal etkinliği bir Gram-pozitif (S. aureus (ATCC 6538)) ve bir Gram-negatif bakteri (E. coli (ATCC 8739)) için test edilmiştir. Yapılan denemeler sonucunda, 4 ay sonunda, 4ºC de depolanan boncukların antibakteriyel özelliklerini kaybetmedikleri, 25ºC de saklanan örneklerin ise antibakteriyel etkinliklerinde azalma olduğu görülmüştür. 25ºC de saklanan örneklerin, E. coli üzerinde antimikrobiyal etki göstermediği gözlemlenmiştir. Aljinat tuzlarının, biyoteknoloji alanında immobilizasyon materyali olarak kullanımı yaygındır. Tutuklama yöntemi ile hücreler ve biyomoleküllerin, aljinik asidin monovalent ve multivalent katyonlar ile bir araya gelerek oluşturduğu jel içerisine immobilizasyonu sağlanır. Bu çalışmanın özgünlüğü AMX in Ca-aljinat boncuklarına kovalent olarak immobilize edilmesidir. değerlendirildiğinde, AMX in Gram pozitif bakteriler üzerindeki antibakteriyel etkisi Gram negatif bakteriler üzerindeki etkisinden daha fazladır. Uygun saklama koşullarında muhafaza edildiği takdirde antibakteriyel etkisini 4 ay gibi uzun bir süre korumaktadır. Geliştirilen ürün herhangi bir tekstil materyaline uygulanarak kompozit haline getirilebilir ve yara örtüsü, koltuk altı pedi vb. olarak kullanılabilir.

22 21 P-BM-15 Aptamer Seçiliminde Yeni Nesil DNA Dizileme Abdullah Tahir Bayraç 1 Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, Karaman bayrac@kmu.edu.tr Aptamerler farklı hedeflere yüksek etkinlik ve özgünlükte bağlanabilen tek zincirli oligonükleotidlerdir. Aptamerler hedeflerine farklı dizilerin oluşturduğu üç boyutlu yapı sayesinde bağlanırlar. Aptamer ve hedef molekülü arasındaki etkileşim geniş bir yüzey alanında gerçekleşmektedir. Yüzey alanının geniş olması sebebi ile hedef moleküldeki en küçük değişiklikler bile aptamerin bağlanmasını engelleyebilmektedir. Aptamerler SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (Üssel Zenginleştirmeyle Ligandların Sistemik Evrimi)) isimli bir in vitro çoğaltma seçme tekniği ile geliştirilmektedir. SELEX tekrar eden zenginleştirme ve ayrıştırma turlarından oluşan ve aylarca süren zor bir tekniktir. Seçilim işlemi hedefin kompleksliğine bağlı olarak 8 ile 20 tur arasında sürmektedir. SELEX işlemi sonucunda elde edilen son DNA havuzu klonlanarak Sanger dizileme metodu ile dizilenmektedir. Bu çalışmada Illumina ve SOLID dizileme sistemleri kullanılarak SELEX in birçok turunun dizilenmesi için gerekli yöntem optimize edilmiştir. Yeni nesil dizilme sistemleri kullanılarak SELEX esnasında elde edilen birçok DNA havuzu dizilenebilmekte, elde edilen yüksek dizi sayısı sayesinde SELEX daha erken turlarda sonuçlandırılabilmektedir. Bununla birlikte uzun SELEX turları sonucu hedeflerine iyi bağlanmalarına rağmen PZR ile zor çoğaltılmaları sebebi ile erken turlarda elemine olan aday aptamerler belirlenebilmektedir. Çalışmanın SOLID dizileme bölümünde 5500 Genetic Analyzer kullanılmış ve 18 turluk bir SELEX in 4 farklı turu dizilenmiştir. SOLID dizileme için 454 Primer A ve Primer B dizisi barkod dizilerde eklenerek sentezlenmiş belirlenen SELEX turları bu primer yolu ile çoğaltılarak dizileme işlemi yapılmıştır. Çalışmanın Illumina dizileme bölümünde Miseq dizileme cihazı 300 turluk kitle tek yönlü okuma yapılarak kullanılmıştır. Miseq dizilemede 10 turluk bir SELEX in 2 farklı türü dizilenmiştir. Dizileme için metagenomik araştırmalarda kullanılan ve örneklerde bulunan organizma çeşitlerini belirlemede kullanılan prosedür tarafımızca modifiye edilmiştir. 16S rrna genini hedefleyen bu dizileme metodunda geni hedefleyen primer bölge kütüphanemizi hedefleyen bölge ile değiştirilerek dizilerin okunması sağlanmıştır. SOLID dizileme sonucunda 4 SELEX turunda toplam dizi elde edilmiştir. Farklı primerlere eklenmiş MID barkodları kullanılarak yapılan okuma sonucunda SELEX turları dizi sonuçları ayırt edilmiştir. Elde edilen sonuçlar 18. SELEX turu sonucunda elde edilen zenginleşmiş dizilerin 15., 11. hatta tekrar sayıları az da olsa 9. turda da belirlenebildiğini göstermiştir. İllumina tabanlı dizileme sonucunda adet okuma yapılmış dizilerden Goodbase QV 20 altı olanlar ve bç dışında olanlar elendikten sonra dizi elde edilmiştir. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda tekrarlanan dizi sayıları belirlenmiş ve motiflerin erken turlarda tespit edilebildiği belirlenmiştir. Tartışma Çalışma kapsamında iki farklı SELEX çalışmasında grubumuz tarafından modifiye edilmiş SOLID ve İllumina dizileme metotları kullanılmış ve tek dizileme reaksiyonu ile birçok SELEX turu dizilenebilmiştir. Dizayn edilen primerler sayesinde aptamer adaylarına kolaylıkla dizileme için gerekli bölgeler ve barkodlar eklenmiş bu sayede genom dizileme için üretilmiş bu yüksek verimli sistemlerde kullanılması gereken kütüphane hazırlama ve barkotlama kitlerine bağımlılık ortadan kaldırılmıştır. Bununla birlikte yüksek verimli yeni nesil dizileme kullanılarak oldukça zahmetli ve uzun bir süreç olan SELEX işleminin kısaltılabildiği ve zenginleşen dizilerin daha erken turlarda belirlenebildiği gösterilmiştir. Anahtar Sözcükler: Miseq, SOLID, SELEX, Aptamer, Dizileme