GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA. Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi

Transkript

1 GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi

2 DNA RNA Genomik Transkriptomik Gen Dizileri, SNPs RNA Protein Hücre Doku Organ Proteomik Diferansiyel Proteomik Fonksiyonel Proteomik Metabolomik Farmakogenomik/ Farmakoproteomik Tüm Protein içeriği Normal ve değişen koşulda protein farklanmaları Protein Modifikasyonları; Protein/DNA, Protein/RNA, Protein/Ligand, Protein/Protein Etkileşimleri Protein Fonksiyonu; Hücre, Doku, Organ, Etkileşimler Nereden örnek alabiliriz?

3 70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok

4 Erken yaşta MI Buerger hastalığı Buerger hastalığı Erken yaşta MI

5 70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var Faktör V 1691 GA Faktör V 1691 AA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG

6 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?

7 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

8 FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR Türkler (AKAR, Thromb Haemost, 1997) 1

9 FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR Türkler DVT 97 20/ (AKAR, 1997) 1

10 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir gendeki mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

11 FV 1691G-A ve PT G-A BİRLİKTELİĞİ N FV1691G-A (%) OR PT20210G-A(%) OR İkisi (%) OR Kontrol (10,5) 1 4 (2.1) 1 1 (0.5) 1 DVT (21,5) 2 25 (9.2) (3.7) 7 (AKAR,Thromb Research, 2000)

12 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / gen içi 2. RNA da bir değişim olabilir mi? * başka bir protein 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

13 FV A4070G polimorfizminin DVT de etkisi N R1R2 OR Cl R2R2 OR Cl Kontrol DVT (AKAR,TJH, 2002)

14 DVT DE FV 1691 A & FV4070 G SIKLIĞI n 1691 A 4070G İkisi OR Kontrol(%) DVT (%) OR (Akar, Am J Hematol, 1999, 2000 )

15 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / başka bir gen 2. RNA da bir değişim olabilir mi? * başka bir protein 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

16 MTHFR 677 C-T n 677T TT % Sıklık OR Kontrol DVT (AKAR,Tromb Research, 1998)

17 Ankara Üniversitesi Pediatrik Moleküler Genetik

18 SNP array 10 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

19 SNP array 250K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

20 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

21 PC Va Pro Xa SO4 T TM T PC FVII EPCR EPCR A P C S A P C Va Va Vi ENDOTEL MMP sepcr?

22 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

23 RNA Ekspresyonu

24 Transkriptom 250 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

25 MİKRO RNA

26 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4.Tedavi takibinde farmakogenetik

27 Genom aynı, proteom farklı

28 Tıp da Karşılaştırmalı Proteomiks Normal Birey - Hasta Tedavi Verilmeyen Hasta - Tedavi Verilen Hasta Tedavi-I Verilen Hasta - Tedavi-II Verilen Hasta

29 70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Faktör V 1691 GA 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Faktör V 1691 AA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG Reviparin-sodium : 100 IU/kg

30 Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) ile PROTEOMIKS Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

31 Proteomik Analiz(2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

32 Proteomik Analiz (2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

33 Protein Mikroarray

34 70 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok 45 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü var 40 yaş / kadın Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok

35 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Astım oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?

36 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Kanser oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?