ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR. Dr. Ömer KALAYCI Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR. Dr. Ömer KALAYCI Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi"

Aylin Elmas Bozkurt
4 yıl önce
İzleme sayısı:

1 ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR Dr. Ömer KALAYCI Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

2 Mendelian Kompleks Hastalıklar Mendelian Kistik fibrozis Nadir Tek gen Ağır mutasyonlar Büyük fenotipik efekt Kompleks Astım, allerji Sık Birçok gen Hafif mutasyonlar Küçük fenotipik etki

3 Genler Genler Çevre Astım

4 ASTIM İLE İLİŞKİLİ GENLERİN ARAŞTIRILMASI METODLAR

5 astım genlerinin araştırılması (I) Aday gen çalışmaları

6 Aday gen çalışmaları Bilinen SNP lerin tanımlanması Tanımlanmamaış SNP lerin bulunması

7 Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3 5' 3' Yabanıl tip Mutant tip TGTTAGGGCCCCCCTCCCTGAA TGTTAGGGTCCCCCTCCCTGAA -159

8 AGGGTCACACAGCTTGTTAGTGACACCTGGAA T CTGGAACAAAGATTGCTCATCTCCTTTCCTCGT TCACCTTTCTTGCTGTTCTGGGCTGACCTTCTCT GCCTCCTCCAGCTCAGCCCAGCTTCTGTCTCGG TACCGACCTCGGCC GGCC GGCC GGCCTTATG GCAGCAGTCATTGCTGTCACCCGCTCTGCCCAG GCTGCCCGCCAGGTCCACTTATGCCGAGGAGT CTTCCCCTTGCTTTACCGTGAACCTCCAGAAGC CATCTGGGCAGATGATGTAGATCGCCGGGTGC AATTTGGCATTGAAAGTGGTGAGCTACCTAGA CCTTCCCTGCCACTCCTACCATTTGTATCAGGA GCCCCCCAACCCAGCTTCCCATACCCACTCAAA GGGCCTTGCCT CTCTCCTGTG GTCCCAGGTT TTCCCTGTGA GAGTCACTAA

9 X geninde gösterilen polimorfizmler Ulrich Wahn ın makalesinden tablo 2 eklenecek. Bierbaum S. ARJCCM 2005 Sep

10 yabanıl C A A T C T A G G C mutant

11 X geni promoter Bölgesinde saptanan SNP Jel görüntüsü

12 TTCAACCATTTT TCCAACCATTCT

13 SAĞLIKLI ASTIM p n X geni Normal 153 (0.814) 316 (0.798) >0.05 Heterezigot 33 (0.176) 75 (0.189) Mutant 2 (0.011) 5 (0.013)

14 KARDİOPULMONER HASTALIKLARDA FENOTİPLER Kardiovasküler Koroner arter hst İkincil Hipertansiyon Serum kolesterol HLDL/LDL/Trigliserid Sol vent hipertrofisi Solunum AstIM İkincil Bronş aşırı duyarlılığı Serum IgE düzeyleri Atopi İnflamatuvar belirteçler Solunum fonksiyonları Astım şiddeti

15 mm + mw genotype Kontrol hafif orta ağır

16 İLİŞKİLENDİRME ÇALIŞMASI (ASSOCIATION) Hastalık ve hastalık fenotipleri çok iyi tanımlanmalı Büyük olgu kontrol grubu sağlanmalı Gelişigüzel (random) seçilmeli Olgu-kontrol grupları dengeli olmalı Fenotipler çok iyitanımlanmalı

17 TANIMLANAN SNP İN İŞLEVİ NE?

18 Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3 5' 3' Yabanıl tip Mutant tip TGTTAGGGCCCCCCTCCCTGAA TGTTAGGGTCCCCCTCCCTGAA -159 TF X GGCCC GGTCC

19 Transfection analysis with PromoterReporter Construct - A549 cells n=4 Luciferase activity ww mm PGL-3 basic PGL-3 control Constructs Kalaycı O, AJRCMB 2003

20 astım genlerinin araştırılması (II) Genom boyu tarama + Pozisyonel klonlama

21 Genom boyu tarama Hastalığı taşıyan aileler Polimorfik belirteçler Hastalık ile kromozomal bölge arasında istatistiksel bağlantı (linkage analizi) 5q, 6p, 12q, 13q Am J Hum Genet 2001;68:

22 460 aile En az iki astımlı kardeş Genom boyu tarama + Linkage analizi 20 kromozomun kısa kolunda bir DNA bölgesi Etkilenen kardeşlerde X1000 daha sık Polimorfik belirteçler ADAM 33 20p13

23 Pozisyonel klonlama Fonksiyonunu bilmeksizin bir hastalık geninin tanımlanması Bilinmeyen bir genin tanımlanması

24 astım genlerinin araştırılması (III) Genom boyu polimorfizm taraması

26 ORMDL3 p=10-22 Endoplasmik retikulumda bulunan transmembran protein

27 Astım ve atopi ile ilişkili fentotiplerle >10 bağımsız çalışmada ilişkili bulunan genler IL-4 IL-13 CD14 ADRB2 HLA-DRB1 HLA-DQB1 TNF FCεR1β IL4Rα ADAM 33

28 Astımın ailevi özelliği vardır. Genetik polimorfizmler astım riskini etkiler Çevresel faktörler astım riskini etkiler Genetik yatkınlıkla çevresel faktörler arasında çok sıkı bir ilişki vardır

29 Astma genetiği Astma genlerinin araştırılması Fizyopatoloji Presemptomatik tedavi Koruyucu tedavi Fonksiyonel genomik çalışmalar Farmakogenetik

30 Astım Farmakogenetiği Genetik bilgiyi kullanarak hangi hastanın tedaviye iyi / kötü yanıt vereceğini saptamak

31 Populasyon değişkenliği Montelukast FEV 1 12 hafta Beclomethasone* Plasebo Çıft kör izlem Aktıf Tedavı 2 hafta 12 hafta Malmstrom et al. Ann Intern Med. 1999;130:

32 % değişiklik (ort ± SE) FEV Hafta Beclomethasone Montelukast Bazal=2.2 L Malmstrom et al. Arch Intern Med. 1999;130:

33 Populasyon değişkenliği 30 Hastaların yüzdesi Beclomethasone Montelukast 0 < to < to < to <0 0 to <10 10 to <20 20 to <30 30 to <40 40 to <50 ³50 FEV 1 Bazal değerden % değişiklik Malmstrom et al. Ann Intern Med. 1999;130:

34 Val 34 Met (GTG ATG) β 2 AR Polimorfizmleri D P A H S R N P A L L F A S G N G P Q G MNH H 2 D Arg 16 Gly V Y A (AGA GGA) C N T N E Q I T Q Gln 27 Glu A C R E C D (CAA GAA) Q D E H V W T F G N F 175 (CGG AGG) M F T F W K W A T D N L V I Q R V M C R N K G M G L I H E F W Y W H Q A Y I V H E V Y I V M S A A G F T S I D M Q I P A I A S V I N V I L L N L I V I P V V V L C L F S S I V I F F W I G L A I V A L G M V T A S T L G S S F Y V P L W C Y V N S F G N V L D I E T V I W P L V L T F G F N V L V I A C A L L C V I V M L I I M V F T G M I P L I Y T A I S T I A V D I V R V Y S I G L C R S A F R K Y F N E R L Q T V T A F Y A R T P K V K D L F R I A N F A F K H E Q I K Q L C K E T S P F K Y Q S L L T E F A K R Q L Q L K K I L V Q H F R G E S K D S 84 (CTG CTA) C S L N R Thr 164 Ile L S Q V E Q D G R T G H G L R R R (ACC ATC) S 366 (TAT TAC) S Y G S G Y L Q E G T N G N S S Y G N A K H V E Q E K E N K L L C E D L P G T E D F V G H C N R G Q S D I N D S P V T G Q HOOC L L S D N T S 413 (CTG CTA) 351 (GGG GGC) Liggett et al. AJRCCM, 1997

35 NHLBI BAGS ÇALIŞMASI Salbutamol inhaler x4 + Gerektikçe salbutamol Run-in 6 hafta Randomize kör tedavi 16 hafta Placebo inhaler 4x+ Gerektikçe salbutamol Run-out 4 hafta

36 BAGS Genetik Analiz Δ Sabah PEF (L/min) Arg/Arg-LH Gly/Gly-Düzenli Arg/Arg-Düzenli Randomizasyon sonrası hafta Israel EJ et al., AJRCCM; 2000

37 SONUÇ Genetik çalışmalar astım tanı ve tedavisinde önümüzdeki yılların en önemli beklentisidir

Benzer belgeler

Klinik Araştırmalarda Farmakogenetik Bilginin Kullanılmasına Giriş ve Örnekler

Klinik Araştırmalarda Farmakogenetik Bilginin Kullanılmasına Giriş ve Örnekler Dr. Muradiye Nacak Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Farmakoloji Anabilim Dalı 4Kasım, 2009 Sunum Planı Farmakogenetik,