KLİMUD 2017 KONGRESİ SÖZLÜ SUNUM

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "KLİMUD 2017 KONGRESİ SÖZLÜ SUNUM"

Adem Dikmen
4 yıl önce
İzleme sayısı:

HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz

dirençlerinin Yeni Nesil Dizileme (YND-NGS) ile

Gökengin 2, Selda Erensoy 1 KLİMUD 2017 KONGRESİ

Hastanesi Tıbbı Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, İzmir 2

2 HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve integraz inhibitörlerine karşı gelişen ilaç dirençlerinin Yeni Nesil Dizileme (YND-NGS) ile araştırılması Duygu Tekin 1, Rüçhan Sertöz 1, Deniz Gökengin 2, Selda Erensoy 1 KLİMUD 2017 KONGRESİ SÖZLÜ SUNUM 1 Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbı Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, İzmir 2 Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı,İzmir

3 HIV Taksonomi ve Replikasyon Döngüsü Aile Retroviridae Alt aile Lentivirinae Tipler HIV-1 HIV-2 Gruplar HIV-1 grup M,N,O,P Subtipler A-K/CRF Subsubtipler A1/A2 ve F1/F2

A controlled trial of two nucleoside analogues plus indinavir in persons with human

4 Antiretroviral Tedavi Ölümcül hastalık HAART Highly Active Anti- Retroviral Therapy Kronik hastalık Hastaneye yatış ve ölüm %60-80 azalma Hammer SM, Squires KH, Hughes MD, et al. A controlled trial of two nucleoside analogues plus indinavir in persons with human immunodeficiency virus infection and CD4 cell counts of 200 per cubic millimeter or less. N. Engl. J. Med. 1997; 337(11):

5 Antiretroviral Tedavi HAART Temel Prensip 2 NRTI + NNRTI 2 NRTI + PI 2 NRTI+ INSTI

6 Antiretroviral İlaç Direnci En büyük engel antiretroviral ilaç direnci İlaç direnç testleri!!!

7 Antiretroviral İlaç Direnci Direnç tanı testleri Fenotipik yöntemler Genotipik yöntemler HIV-1 in genetik çeşitliliği!!! İlaç dirençli minör varyantlar antiretroviral tedavi etkinliğini Evaluation of GS Junior and MiSeq next-generation sequencing technologies as an alternative to Trugene population sequencing in the clinical HIV laboratory. Ram D ve ark. J Virol Methods Feb;212:12-6.

8 Antiretroviral İlaç Direnci SANGER ZİNCİR SONLANDIRMA REAKSİYONU Altın standart >%20 viral popülasyondaki mevcut mutasyonlar Ticari kitler - Proteaz ve Revers transkriptaz

9 Antiretroviral İlaç Direnci YENİ NESİL DİZİLEME %0,1 %1 sıklığındaki varyantlar < %1 Klinik anlamlılık??? Multi-step inhibition against HIV lifecycle-underlying the "magic" of protease inhibitors. Poveda E. AIDS Rev Jan-Mar;16(1):52.

10 GEREÇ VE YÖNTEM Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik kurul Onay tarihi: ve Onay numarası:17-2/15 Bilimsel Araştırma Projesi Onay tarihi: Proje no:17-tip-020 Tez Danışmanı Prof.Dr.Rüçhan sertöz Araştırmacılar Prof.Dr.Selda Erensoy, Prof.Dr.Deniz Gökengin Teknisyen:Ergül Utkun

11 GEREÇ VE YÖNTEM Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbı Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Moleküler Viroloji Laboratuvarı Sanger zincir sonlandırma temelli ViroSeq (Abbott/CeleraDiagnostics, ABD) PROTEAZ RT

12 GEREÇ VE YÖNTEM İlaç direnç mutasyonları ve genotip Stanford Üniversitesi HIV-1 ilaç Direnci Veri (

13 GEREÇ VE YÖNTEM MiSeq (Illumina, ABD) Sistemi Flow cell

14 GEREÇ VE YÖNTEM MiSeq (Illumina, ABD) Sistemi

15 GEREÇ VE YÖNTEM MiSeq (Illumina, ABD) Sistemi

16 BULGULAR 40 HIV-1 pozitif hasta ( ) 1 Kadın, 39 Erkek Yaş aralığı: yaş, ortanca yaş: 36 yaş, Naiv: 38, tedavi durumu bilinmeyen: 1, ART alan:1 Ortalama HIV-RNA düzeyi 5.05 (aralık: ) log 10 kopya/ml

17 BULGULAR YND ile 2892 bç RT (1-560 kodon) Proteaz (1-99 kodon) İntegraz (1-288 kodon) gen bölge mutasyonları Veri analizi CLC Genomics Workbench versiyon 8.1 %1 ve %5 cut off Ortalama okuma sayısı

18 BULGULAR ALTTİP DAĞILIM ORANLARI G+J; 2; 5% CRF07_BC; 1; 3% B+F; 1; 3% Alttip A; 3; 7% B+CRF02_AG; 6; 15% Alttip B 67% Alttip B B+CRF02_AG Alttip A G+J CRF07_BC B+F

19 BULGULAR Direnç mutasyonu oranı - %17,5 NRTI- %5 NNRTI -%12,5 PI ve INSTI direnç mutasyonu ise saptanmadı

20 BULGULAR Tablo.1. YND Dizileme İlaç Direnç ve Genotip Sonuçları

21 BULGULAR Tablo.2. YND Dizileme İlaç Direnç ve Genotip Sonuçları

22 BULGULAR Tablo.3.Yardımcı mutasyonlar ve Direnç Etki Durumu Yardımcı Mutasyonlar Hasta Sayısı Direnç Etki Durumu K20R 4 (%10) PI polimorfik mutasyon A71V/T 1 (%2,5) L10I/V 5 (%12,5) 18 (%42,5) örnekte yardımcı mutasyonlar saptanmıştır; V179I 1 (%2,5) S68G 6 (%15) K20I 4 (%10) L74I/M 3(%7,5) V118I 4 (%10) Etravirin ve Rilpivirin baskısı altında sık görülen NNRTI polimorfik mutasyondur K65R mutasyonu ile birlikteliği NNRTI duyarlılığında azamaya neden olur Alttip G ve CRF02_AG dışındaki alttiplerde NFV duyarlılığında azalmaya neden olur RAL ve EVG tedavisi altında sık görülen INSTI Polimorfik mutasyonudur TAM ile birlikte NRTI lara karşı duyarlılığın azalmasına katkıda bulunur PI %20 (8/40), NNRTI-NRTI %27,5 (11/40) INSTI %5 (2/40)

23 BULGULAR YENİ NESİL DİZİLEME Majör ve yardımcı direnç mutasyonları açısından Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu ile %100 uyum On örneğin RT bölgesinde 12 ekstra varyant kodon Beş örneğin proteaz bölgesinde 10 ekstra varyant kodon

24 BULGULAR VİROSEQ (ABBOTT, ABD) 1144 TL YENİ NESİL DİZİLEME 109 TL SUT KOD 1480 TL

25 SONUÇLAR YENİ NESİL DİZİLEME RT, proteaz, İntegraz gen bölgesi Multipleks kullanım Maliyet düşüklüğü Duyarlılık yüksek

26 TEŞEKKÜR EDERİM

Benzer belgeler

Türkiye deki HIV Genotip Dağılımı ve İlaç Direnci Durumu

Türkiye deki HIV Genotip Dağılımı ve İlaç Direnci Durumu Doç.Dr.Murat Sayan Merkez Laboratuvarı PCR Birim Sorumlusu Öğretim Üyesi HIV/AIDS Sempozyumu 26-27 Kasım 2011 Antakya HIV genotipleme ve subtiplemede