İnvaziv S.pneumoniae İzolatlarının Serotip, MLST ve PFGE Sonuçlarının Karşılaştırılması

Transkript

1 T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk SağlığıKurumu İnvaziv S.pneumoniae İzolatlarının Serotip, MLST ve PFGE Sonuçlarının Karşılaştırılması Mik.Uzm. Dilek Güldemir 12 Kasım 2013 Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı

2 T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk SağlığıKurumu Amaç Bu çalışmada invaziv pnömokokkal hastalığa (İPH) neden olan Streptococcus pneumoniae serotipleri arasındaki çapraz bulaş, Multilocus Sequence Typing (MLST) profilleri, Bu tiplendirme yöntemleri arasındaki ilişkinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı

3 T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk SağlığıKurumu Metod İPH a neden olan S.pneumoniae izolatları, Pnömokokkal Hastalıklar Ulusal Laboratuvar Surveyans Ağı (PHULSA) kapsamında toplanmıştır. Bu çalışmaya, yılları arasında toplanan 68 klinik izolat dahil edilmiştir. Toplanan suşlar serotiplendirme, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) ve MLST yöntemleriyle karakterize edilmiştir. Kapsüler serotiplendirmede Quellung reaksiyonu kullanılmıştır. PFGE de kromozomal DNA nın SmaI enzimi ile kesim profilleri araştırılmıştır. MLST, yedi house-keeping gen bölgesi (aroe, gdh, gki, recp, spi, xpt ve ddl) seçilerek yapılmıştır. MLST çalışmasına PFGE profili aynı olanlardan birer tane olmak üzere toplam 45 S.pneumoniae suşu alınmıştır. Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı

4 kırmızı renk ile işaretlenmiştir. *:MLST çalışmasına alınan suşlar Tablo1. 68 S.pneumoniae suşunun Serotip ve Pulsotip Dağılımı Suş No Serotip Pulsotip MLST* Geldiği yer İzolasyon yılı F 1 1 Ankara F 1 Konya F 1 Ankara F 1 Urfa F 1 Urfa F 1,1 2 Konya F 2 3 Ankara F 3 4 Ankara C 4 5 Malatya Ankara Ankara L/N 4,1 6 Sanliurfa ,1 Ankara Gaziantep F 5,1 Ankara A/B 6 8 Diyarbakir ,1 Istanbul Erzurum B 8 10 Bursa Ankara Istanbul F Denizli A 11 Ankara F 11 Urfa Diyarbakir ,1 14 Diyarbakir C 11,1 Diyarbakir Sakarya Istanbul Pool C Sanliurfa F Ankara F Diyarbakir F Ankara F/A Istanbul F Ankara Belirtilmemiş Belirtilmemiş A Ankara ,1 Kayseri Pool G Istanbul F 22,1 Istanbul F Konya F 23 Konya F 23 Antalya F 23 Urfa A Belirtilmemiş F 24,1 Konya Erzurum F 25 Ankara ,1 Ankara A Adiyaman F/A/B/C Sanliurfa A Bolu L/N Sanliurfa F Ankara F Belirtilmemiş F Ankara Pool I Siirt Pool I 33 Diyarbakir F 33 Ankara A Bursa C Malatya F Sanliurfa B Sanliurfa Sanliurfa F Ankara Pool I Denizli F/A/B/C Ankara 2010 Tablo 1: Farklı 41 pulsotip dışında, yakın ilişkili olduğu için MLST çalışmasına alınan suşlar 25 farklı serotip En sık serotipler (%52.8): 19F (%19) 23F (%11,8) 1 (%8,8) 14 (%7,3) 7F (%5,9) 41 farklı PFGE profili (pulsotip): 25/68 (%38) ayırt edilemez, 8 pulsotip 9 suş %85-%95 benzerlik 34 suş ilişkisiz Bulgular Çapraz bulaş %50

5 Tablo İnvaziv S.pneumoniae suşunun ST, PFGE ve Serotip Dağılımı Alelik profil Suş No Serotip PFGE Tip Sekans Tip (ST) aroe gdh gki recp spi xpt ddl Klonal Grup Singleton A A B B F F F/A F A A L/N L/N F/A/B/C F C C F F F F F F Singleton F Singleton 24 19F A F F F A/B F/A/B/C Singleton 249 Pool C Singleton 172 Pool G Pool I Pool I Tablo.1. Yeni ST ler ve yeni aleller sırasıyla sarıve mavi ile, SLV ler ise pembe ile gösterilmiştir. MLST ile 36 farklı sekans tipi (ST): 12 yeni ST (12/36, %33,3) tanımlanmıştır. Dört yeni allel tanımlanmıştır: İkisi gdh 387 Biri xpt 521 Biri ise ddl 568 dir. MLST ile suşlarımızın 20 farklıklonal grup içinde yer aldığısaptanmıştır. MLST veritabanı 36 ST 5 ST, singleton 18 ST, 7 klonal grup Suşlarımız 31 ST, 20 farklı klonal grup

6 eburst v3 Analizi ile Klonal Grup 1

7 eburst v3 Analizi ile Klonal Grup 1

8 eburst v3 Analizi ile Suşların Dağılımı

9 eburst v3 Analizi ile Suşların Global Dağılımı

10 eburst v3 Analizi ile Türkiye Suşlarının Dağılımı

11 T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk SağlığıKurumu Sonuç İPH ye neden olan S.pneumoniae suşları arasında yüksek oranda (%50) çapraz bulaş saptanmıştır. Serotip ile genotip arasında ilişki olmadığı gözlenmiştir. PFGE nin MLST den daha fazla ayrım gücüne sahip olduğu anlaşılmıştır. MLST ile suşlar arasında filogenetik açıdan yüksek düzeyde heterojenite olduğu gösterilmiştir. Saptadığımız ST lerin üçte biri (12 ST) mlst veritabanında daha önceden yer almamaktaydı... Üç yeni allel tanımlandı: gdh 387 (2), xpt 521 (1), ddl 568 (1) Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı