TOKAT VE ORDU ÇEVRESĐ DEKĐ SERT KE ELERDE (ACARI: IXODIDAE) KE E-KÖKE LĐ E SEFALĐT VĐRÜSÜ VARLIĞI I TESPĐTĐ. Tünay KARA

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "TOKAT VE ORDU ÇEVRESĐ DEKĐ SERT KE ELERDE (ACARI: IXODIDAE) KE E-KÖKE LĐ E SEFALĐT VĐRÜSÜ VARLIĞI I TESPĐTĐ. Tünay KARA"

Transkript

1 TOKAT VE ORDU ÇEVRESĐ DEKĐ SERT KE ELERDE (ACARI: IXODIDAE) KE E-KÖKE LĐ E SEFALĐT VĐRÜSÜ VARLIĞI I TESPĐTĐ Tünay KARA Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Doç. Dr. Şaban TEKĐ 2010 Her hakkı saklıdır.

2

3 TEZ BEYA I Tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu tezin yazılmasında bilimsel ahlak kurallarına uyulduğunu, başkalarının eserlerinden yararlanılması durumunda bilimsel normlara uygun olarak atıfta bulunulduğunu, tezin içerdiği yenilik ve sonuçların başka bir yerden alınmadığını, kullanılan verilerde herhangi bir tahrifat yapılmadığını, tezin herhangi bir kısmının bu üniversite veya başka bir üniversitedeki başka bir tez çalışması olarak sunulmadığını beyan ederim. Tünay KARAN

4 ÖZET Yüksek Lisans Tezi TOKAT VE ORDU ÇEVRESĐNDEKĐ SERT KENELERDE (ACARI: IXODIDAE) KENE-KÖKENLĐ ENSEFALĐT VĐRÜSÜ VARLIĞININ TESPĐTĐ Tünay KARAN Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsi Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Doç. Dr. Şaban TEKĐN Kene Kökenli Ensefalit Virüsü (TBE) Flaviviridae familyasına ait olan Flavivirüs genusu üyesidir. TBE Avrupa dan Asya ya kadar uzanan bir kuşakta endemik olarak görülmektedir. Hastalığın üç büyük formu vardır; Merkez Avrupa, Uzak Doğu ve Sibiryan alt tipi. TBE insanlara genellikle Ixodes ricinius, Ixodes persulcatus ve Haemphysalis concinna türü kenelerin ısırmasıyla bulaşır. Türkiye deki kene türlerinde Kene Kökenli Ensefalit Virüsü (TBEV) varlığıda dair yeterli bilgi bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Tokat, Ordu merkez ve Fatsa ilçelerinden toplanan değişik sert kene türlerinde TBEV ünün varlığı RT-PCR ile test edilmiştir. RT-PCR sonuçlarına göre çalışmamız da toplanan sert kene türlerinde TBEV varlığına rastlanmamıştır. Bu sonuç, en azından çalışma bölgemizde toplanan kene türlerinin TBEV ile bulaşık olmadığını ve TBEV bulaştırma riski taşımadıklarını göstermektedir. 2010, sayfa 33 Anahtar kelimeler: Kene, TBEV, RT-PCR, Tokat, i

5 ABSTRACT Master Thesis DETERMINATION OF TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS IN IXODES TICKS (ACARI: IXODIDAE) FROM TOKAT AND ORDU VICINITY Tünay KARAN Gaziosmanpaşa University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Saban TEKĐN Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is a member of the genus Flavivirus in the family of Flaviviridae. TBE is an endemic disease from Europe to Asia. TBE is an infectious disease involving the central nervous system, which may result in death. There are three major forms of the disease; Central European, Far Eastern and Siberian subtypes. TBEV is tranmitted to humans by ixodid tick species such as Ixodes ricinius, Ixodes persulcatus and Haemphysalis concinna. There are no evidence for the presence of TBEV in ticks species in Turkey. In the present study, presence of TBEV in hard ticks from Tokat and Ordu and Fatsa provinces were tested using revers transcriptasepolimerase chain reaction (RT-PCR). According to RT-PCR results, no TBEV detected in ticks collected in this study. This result indicated that hard ticks of the region tested were not harbored TBEV and have no potential for transmission of TBEV. 2010, pages 33 Anahtar Kelimeler: Ticks, TBEV, RT-PCR, Tokat, Ordu ii

6 Ö SÖZ Bu tez çalışmasının belirlenmesinde, yürütülmesinde ve çalışmalarımın yönlendirilmesinde her zaman yardımcı olan, danışman hocam Doç. Dr. Şaban TEKĐN e ve sayın Yrd. Doç. Dr. Ahmet BURSALI ya teşekkür ederim. Yüksek lisans eğitimim boyunca beni destekleyen, yönlendiren, bilimsel ve sosyal katkılarını esirgemeyen bölüm başkanımız sayın Prof. Dr. Zekeriya ALTUNER e ve bilgi ve deneyimlerinden faydalandığım Biyomühendislik Fakültesi öğretim üyesi sayın Prof. Dr. Đsa GÖKÇE ye tüm içtenliğimle teşekkür ederim. Çalışmalarım süresince her zaman yanımda olup, hiçbir emeği ve desteği benden esirgemeyen sevgili aileme ve arkadaşlarım Aşiyan KARABULUT, Şule KÜÇÜKYAĞCI ve Uzman Adem KESKĐN e destekleri için teşekkür ederim. Ayrıca, çalışmalarımızda tez örneklerimin sağlanmasında katkıda bulunan Tokat Devlet Hastanesi, Ordu Devlet ve Fatsa Devlet Hastanesi Başhekimleri ve personeline de teşekkür ederim. iii

7 ĐÇĐ DEKĐLER Sayfa ÖZET. i ABSTRACT... ii TEŞEKKÜR... iii SĐMGE VE KISALTMALAR DĐZĐNĐ.. Vi ŞEKĐLLER DĐZĐNĐ... Vii ÇĐZELGELER DĐZĐNĐ. Đx 1.GĐRĐŞ ve LĐTERATÜRÖZETĐ Tarihçe Kene kökenli Ensefalit Hastalığı nın Dünyada ve Türkiye deki Epidemileri Dünya daki Epidemileri Türkiye de TBE Epidemileri TBE Virüsünün Yapısı, Özellikleri ve Taşınımı TBE Virüsünün Yapısı Flaviviriade Ailesindeki Virüslerin Replikasyonu TBE Virüsünün Özellikleri Kene Kökenli Ensefalit Virüsünün Taşınımı TBE Hastalığında Enfeksiyon Oluşumu, Klinik Yol,Tanısı,Tedavisi ve Korunma Yolları TBE Hastalığında Enfeksiyon Oluşumu Klinik Yol ve Hastalığın Ortaya çıkması TBE Hastalığının Tanısı TBE Hastalığından Korunma Yolları TBE Aşısı MATERYAL VE YÖ TEM Materyal Kullanılan Kimyasal madde ve Malzemeler Cihazlar Tampon ve solisyonların Hazırlanışı M EDTA Solisyonu X Tris Aceteta EDTA (TAE) Tamponu X TE Tamponu M Sodyum Asetat Solüsyonu Etidium Bromür X Bromophenol Blue Çalışmada Kullanılan Primerler Yöntem Kene Dokularının Ayrılması Viral RNA Ekstrasyonu One Step Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) Thermal cycler ın Program Ayarı Agaroz Jel Elektroforezi Örneklerin Agaroz Jele Yüklenmesi ve Yürütülmesi iv

8 ĐÇĐ DEKĐLER Sayfa DNA Dizi Analizi BULGULAR Tokat ve Amasya Bölgesi Kenelerinde TBEV Varlığı Ordu Merkez ve Fatsa Bölgesi Kenelerinde TBE Varlığı TARTIŞMA ve SO UÇ 28 KAY AKLAR 30 ÖZGEÇMĐŞ v

9 SĐMGE ve KISALTMALAR DĐZĐ Đ Simgeler Açıklama o C g L M % Yüzde o Santigrat Derecesi Gram Litre Molar Derece Kısaltmalar Açıklama Ark. TBE Bç cdna dk DNA dntp DTT EDTA ELISA HCL IgG IgM Kb KKKA CNS BOS Arkadaşları Kene Kökenli Ensefalit Baz çifti Komplementer DNA Dakika Deoksiribonükleik asit Deoksiribonükleosit Trifosfat Ditiotrietol Etilendiamintetraasetik Asit Enzim Bağlı Đmmün Assay Hidrojen Klorür Đmmunoglobulin G Đmmunoglobulin M Kilobaz Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Merkezi Sinir Sistemi Beyin Omurilik Sıvısı vi

10 ma Miliamper mg Miligram ml Mililitre TBEV Kene Kökenli Ensefalit Virüsü mm Milimolar MW Moleküler Ağırlık nmol Nanomolar ppm part per million PCR Polimeraz Zincir Reaksiyonu RNA Ribonükleik asit RNAase RNAaz RSHM Refik Saydam Hıfzısıhha Merkezi RT-PCR Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu TAE Tris-Asetat EDTA TE Tris-EDTA UV Ultraviyole Pmol Pikomol µl Mikrolitre µl Mikromol vii

11 ŞEKĐLLER DĐZĐ Đ Şekil Sayfa Şekil 1.1 Kene Kökenli Ensefalit Hastalığı nın Dünya daki yayılışı...4 Şekil 1.2 Mevsimsel kene aktivitesi ile TBE insidansı arasındaki ilişki 5 Şekil 1.3 Arbovirüs ailesi...7 Şekil 1.4 TBE virüsünün yapısı ve elektron mikroskoptaki görünümü...8 Şekil 1.5 TBE Virüsü nün yapısal ve yapısal olmayan proteinleri 8 Şekil 1.6 Flaviviridae ailesindeki virüslerin replikasyonu 10 Şekil 1.7 TBE Virüsü'nü taşıyan bazı kene türleri...12 Şekil 1.8 TBE hastalığının real-time PCR ile tanısı..16 Şekil 3.1 RT-PCR sonrası PCR ürününün agaroz jel görüntüsü...27 viii

12 ÇĐZELGELER DĐZĐ Đ Çizelge Sayfa Çizelge yılları arasında çeşitli ülkelerde TBE'li vaka sayısı..3 Çizelge yılları arasında TBE hastalık sıklığının arttığı ülkeler..6 Çizelge 1.3 TBE virüsünü kene dışında bulaştıran diğer hayvanlar 11 Çizelge 1.4 TBEV suşlarının görüldüğü kene türleri.. 13 Çizelge 1.5 TBE aşısının içeriği.. 18 Çizelge 2.1 Bu çalışmada TBEV varlğını test etmek için toplanan kene cinsleri.19 Çizelge 2.2 Bu çalışmada TBEV varlığını test etmek için kullanılan primerler...22 ix

13 1 1. GĐRĐŞ ve LĐTERATÜR ÖZETĐ Tick-borne encephalit (TBE), Avrupa dan Asya ya kadar birçok ülkede görülen ve insanların merkezi sinir sistemini etkileyen önemli viral enfeksiyon hastalıklarından biridir. Enfeksiyon, farklı zamanlarada değişik isimlerle anılmıştır. Frühsommermeningoenzephalitis, Western subtype (FSME), Kumlinge s disease, Western subtype (Central European encephalitis), ve Russian Spring and Summer Encephalisitis, Eastern subtype (RSSE) olarakta adlandırılan enfeksiyon son zamanlarda TBE olarak isimlendirilmektedir (Gritsun ve ark., 2003). 1.1 Tarihçe Enfeksiyon klinik olarak ilk kez 1931 yılında Avusturyalı Schneider tarafından bildirilmiş, 1937 yılında Rus Lev Zilber kene ısırması ile ilişkili akut ensefalitis olgularını, 1947 yılında da Rusya dan Pavlovsky kene ve insanlar arasındaki zoonotik bulaşmayı tanımlamıştır. Bu hastalığa, kene ile bulaşan kene kökenli ensefalit virüsünün (TBEV) yol açtığı ise 1937 yılında Zilber tarafından bulunmuştur (Dumpis ve Crook, 1999) Kene Kökenli Ensefalit Hastalığı nın Dünya da ve Türkiye ki Epidemileri Dünyada ki Epidemileri TBEV enfeksiyonu Avusturya, Beyaz Rusya, Bosna, Hırvatistan, Çin, Çek Cumhuriyeti, Danimarka, Estonya, Finlandiya, Fransa, Almanya, Yunanistan, Đtalya, Japonya, Macaristan, Kazakistan, Letonya, Litvanya, Norveç, Polonya, Romanya, Rusya, Sırbistan, Slovak Cumhuriyeti, Slovenya, Đsveç, Đsviçre ve Ukrayna gibi birçok ülkede görülmüş ve virüs serolojik olarak tanımlanmıştır. Çizelge 1.1 de bazı ülkelerdeki TBE epidemileri verilmiştir (Süss, 2003). Avusturya TBE in en çok görüldüğü ülkelerden biri olup, 2003 yılında 87 TBE vakası bildirmiştir (insidans: de 1.9). Kene kaynaklı ensefalit vakaları daha çok

14 2 Avusturya nın güneyinde görülmektedir. Bütün bu vakalar aşılanmayan veya bildirilen aşı takvimine uymayan kişilerden oluşmaktadır. Geçen 5 yılda aşılanma oranı %79 dan %87 ye çıkmıştır. Aşılanma oranı küçük çocuklarda ve 65 yaş üstü grupta %70 lerde kalmıştır. Yaşlılardaki bu düşük aşılanma oranı Avusturya daki TBE e karşı mücadeleyi zorlaştırmaktadır (Kunz, 2003). Finlandiya da 1990' lı yıllarda ve 2001 yılında kene kaynaklı ensefalit vakaları bildirilmiştir yılında vaka sayısı yıllık 40 ın üzerine ulaşmıştır. TBE Almanya da da görülen bir hastalıktır de 276 vaka bildirilmiştir. Bu vakalar özellikle Almanya nın güneyinde Baden-Württemberg (%42) ve Bavaria da (%38) görülmüştür. Almanya TBE riski açısından üç bölgeye ayrılmıştır. Bir bölgede yılları arasındaki 5 yıllık periyotta en az 25 TBE vakası varsa yüksek riskli alan, bir yılda iki veya daha az vaka ya da yılları arasındaki 5 yıllık periyotta 5 veya daha az vaka varsa riskli alan olarak sınıflandırılmıştır. Aşılanmamış orman işçilerinde yapılan çalışmalarda kene kaynaklı ensefalit seroprevelansının yüksekliğine dayanılarak bazı bölgeler endemik olarak kabul edilmiştir yılında üç yeni riskli alan tanımlanmıştır. Keneyle temas riski yüksek olan ve riskli alanlarda yaşayan kişilere aşılama önerilmektedir (Roggendorf, 1996). Macaristan da 1977 den beri TBE bildirimi zorunludur ve tüm veriler National Center for Epidemiology tarafından toplanmaktadır. Aseptik menenjit ve ensefalitli hastaların TBE için tek tanı laboratuvarı olan merkezin viroloji bölümünde 1977 den beri düzenli olarak test edilmektedir yılları arasında ortalama yıllık insidans 2.5/ (range ) olup yılları arasında en yüksek düzeyde saptanmıştır den 2000 e kadar tanı konulan TBE vakalarında önemli bir düşüş görülmüş, 2000 de insidans de 0.5 olmuştur den itibaren insidansda tekrar artış görülmüştür. Son 3 yılda yıllık ortalama rapor edilen vaka sayısı, 63 dür. Yüksek risk grubundakiler (çiftçi, orman işçileri vb.) için aşılama yapılmaktadır. Norveç te TBE de dahil bütün ensefalit vakalarının bildirimi zorunludur de bir vaka bildirilmişke, Norveç te toplam 8 vaka rapor edilmiştir. Bir sağlık merkezinde düzenli takip edilen hastalar arasında yapılan küçük ölçekli bir seroprevalans çalışmasında %24 oranında TBE virus antikorları saptanmıştır. Norveç teki düşük insidansdan dolayı ülkelerarası yayılıma karşı aşılama son zamanlarda tavsiye edilmiştir (Scarpaas, 2004). TBE Polonya da 30 yıldan beri endemiktir ve bildirimi yapılmıştır.

15 ten beri ülkede rapor edilen vaka sayısı 100 ile 350 arasındadır yılında bu sayı 126 (insidans de 0.33) ve 2003 yılında 339 (insidans de 0.89)dur. Vakaların %8 i Polonya nın Litvanya ve Belarus a komşu iki güney batı ilinde gözlemlenmiştir. Polonya nın Çek Cumhuriyeti ne komşu olan kuzey doğu bölgeleri bu hastalığın ikincil merkezidir. TBE nin Slovakya da bildirimi zorunludur. Son on yılda rapor edilen vaka sayısı her yıl 54 ile 101 arasındadır de 62 vaka (insidansı de 1.15) ve 2003 de 74 vaka (insidansı de 1.38) rapor edilmiştir. Rapor edilen bazı vakalar çiğ olarak tüketilen keçi ve koyun sütünden (ev yapımı) kaynaklanmıştır (Gresikova, 1968). TBE ve Lyme hastalıkları, Slovenya nın güneyinde endemik ve bildirimi yapılan hastalıklardır yılında 272 vaka rapor edilmiştir (insidansı de 13.6) yılında (262 vaka) ve 2001 yılında (260 vaka) rapor edilen vaka sayıları yaklaşık olarak aynıdır. TBE Đsveç te isteğe bağlı olarak laboratuvar bildirimine dahil olan bir enfeksiyon hastalığıdır lerin sonunda ve 1990 ların başında yıllık yaklaşık kadar vaka rapor edilmiştir yılında 75 i erkek, 32 si kadın 107 TBE vakası bildirilmiştir. Endemik bölgelerde yaşayanlar veya buraları ziyarete gidenler gibi yüksek risk grubuna aşılama, tavsiye edilir (Gustawson, 1993). Çizelge Yılları arasında çeşitli ülkelerde TBE li vaka sayısı ve insidansı (Süss, 2003) Ülke Yıl Rapor edilen vaka (S) Đnsidans ( ) Avusturya Çek Cumhuriyeti Danimarka Finlandiya 2001 >40 - Almanya Macaristan Litvanya Letonca Norveç Polonya

16 4 TBE virüsü (kenelerde ve omurgalı konaklarda) tropik olmayan Avrupa orman kuşaklarının tüm güney kısmında, Batıda Alsae Lorraine de ve doğuda Çin in kuzey ve güneye ait bölgelerinde dağılım göstermektedir (Şekil1.1) de Japonya da izole edilmiş endemik bir virüs Hokkoida da belirlenmiştir. Norveç ve Đsveç in güneye ait kısmında bilinen risk bölgelerine ek olarak yeni risk bölgeleri oluştuğu bildirilmiştir (Scarpaas, 2004). Şekil 1.1 Kene kökenli ensefalit hastalığının Dünya daki yayılımı (Takeda, 2004) TBE Uluslar arası bilimsel çalışma grub(isw TBE), TBE hastalığının Avrupa da bir sağlık sorunu olduğu bildirilmiştir (Kunze, 2006). TBE insidansının, son yıllarda Avusturya hariç hemen hemen TBE riskli tüm Avrupa ülkelerinde arttığı ve bunun sebebinin küresel ısınmaya bağlı olarak değişen kene biyolojisi olduğu düşünülmektedir. TBE endemik bölgelere artan seyehat, seyehat sezonunun kene aktivitesinin yüksek olduğu periyoda uyması, koruyucu giysilerin kullanılmaması ve aşılanmama neticesinde TBE vakalarıda son zamanlarda artış rapor edilmiştir. Çizelge1.2 de görüldüğü kadarıyla özellikle Almanya, Güney Kore, Çek Cumhuriyeti, Đsveç, Đsviçre de hastalık vakalarında artış görülmüştür (Kim ve ark., 2009).

17 5 Çizelge yılları arasında TBE hastalık sıklığının arttığı ülkeler (Kim ve ark., 2009) Ülke Prevalans (%) Çek Cumhuriyeti Almanya Güney Kore Đsveç Đsviçre TBE hastalığı artan ülkelerde kene aktivitesi ilkbahar ve sonbahar aylarında olmak üzere 2 mevsimsel zirvesi göstermektedir ve TBE klinik vakaları özellikle mevsimsel kene aktivitesinin yaklaşık 4 haftasında ortaya çıkmaktadır (Şekil1.2). Şekil 1.2 Mevsimsel kene aktivitesi ile TBE insidansı arasındaki ilişki (Klaus, 2008)

18 Türkiye de TBE Epidemileri Diğer ülkelerin aksine, ülkemizde TBEV ile ilgili ve özellikle keneleri ihtiva eden çalışmalar çok sınırlıdır. Ülkemizde özellikle Karadeniz bölgesinde TBEV bulaşmasına sebep olabilecek kene türlerinin bulunması bu virüsün de kenelerle bulaşma ihtimalini güçlendirmektedir. Avrupa ülkelerinde aşılama proğramlarında bulunmasına rağmen, ülkemizde bu hastalık çoğunlukla asemptomatik seyretmesi ve düşük mortaliteye sahip olması nedeniyle fazla dikkat önemsenmemektedir. Hastalığın kalıcı ve yıllar sonradan çıkan etkileri insanlarda değişik sağlık sorunlarının oluşmasına ve hayat kalitesinin düşmesine neden olduğu göz ardı edilmektedir. Türkiye de TBE virüsü seroprevalansı ile ilgili çeşitli veriler bulunmakla birlikte bunların çoğundaki seropozitiflikler viral nötralizasyon ile doğrulanmamıştır. Bununla birlikte özellikle Türkiye nin Güneydoğu Anadolu bölgesinde yapılan bir seroprevalans çalışmasında olguların % 9.5 ğunda TBE virus seropozitifliği viral nötralizasyon yöntemi ile doğrulanmıştır (Ergunay ve ark., 2007). Türkiye de KKKA nin endemik olduğu bir bölgede, 39 KKKA şüpheli serumun birinin TBEV IgM pozitif olduğu bulunmuştur (Eser ve ark., 2007) TBE Virüsünün Yapısı, Özellikleri ve Taşınımı TBE Virüsünün Yapısı TBE virüsü tek zincirli pozitif RNA genomuna sahip, zarflı virüslerdir. Ortalama 50 nanometre (nm) çapında virionları vardır. 11 kb büyüklüğünde bir RNA olan genomu tek bir büyük açık okunan bölge içerir (Şekil 1.4). Açık okunan bölge yaklaşık 3400 amino asit büyüklüğünde bir polipeptidi kodlar (Heinz and Collet, 2000).. Bu polipeptid konak hücresi ve viral proteaz enzimleri tarafından çeşitli bölgelerden kesilerek işlemlendikten sonra virüsün yapısal (C, E ve M) ve yapısal olmayan proteinleri (NA1, NS2A,NS2B, NS3, NS4A, NS4B ve NS5) açığa çıkar. E protein, hücre reseptörüne bağlanma, füzyon ve nötralizan antikor yanıtı için önemlidir (Chambers,1990). Açık okunan bölgenin 3' ve 5' uçlarında virüsün genom replikasyonu, translasyon ve paketlenmesin de önemli rol oynayan özelleşmiş yapılarını içeren kodlamayan bölgeler bulunur (Şekil1.5). Bu virüsler Uluslararası Virüs Taksonomi Komitesinin sınıflandırma

19 7 tablosunda Flaviviridae Ailesinin Flavivirus cinsi içerisinde tek tür olarak sınıflandırılmış (Şekil 1.3) ve Avrupa, Sibirya ve Uzak Doğu olmak üzere üç alt tipe ayrılmıştır (Heinz and Collet, 2000). TBE ETİYOLOJİSİ Reoviridae dsrna segmentli,zarfsız Coltivirüs Kene vektörü Colarado kene ateşi Grup A Togaviridae ailesi Zarflı İkosohedral ss+rna Sitoplazmik membradan zarflı Rubivirüs genusu Rubella Alfavirüs genusu EEE WEE Arbovirüs Grup B Flaviviridae ailesi Zarflı İkosohedral ss+rna Sitoplazmik membrandan zarflı TBE Flavivirüs genusu Denque ateşi Japon ensefalit virüsü St Louis Ensefaliti Batı Nil Virüs Bunyaviridae Zarflı 3 helikal nükleotid Negatif sens, segmentli RNA Bunyavirüs genusu Kalifornia Ensefalit Grubu La Crosse Virüs Toscana virus Arbovirus ailesi Şekil 1.3 Arbovirüs ailesi (Heinz, 1999) 8

20 8 Şekil 1.4 TBE Virüsü nün yapısı ve elektron mikroskoptaki görünümü (Chambers,1990) Şeki1 1.5 TBE Virüsü nün yapısal ve yapısal olmayan proteinleri (Heinz, 2000)

21 Flaviviridae Ailesindeki Virüslerin Replikasyonu Viral glikoproteinlerin, duyarlı hücrelerdeki reseptör bölgelerini tanımaktan sorumlu olduğuna inanılmaktadır. Bu hücrelerdeki reseptörlere bağlanan virüsler, endositoz ile hücre içine alınırlar. Sitoplazmaya alınan virüsler, replike olduktan sonra tomurcuklanarak endoplazmikretikulumdan ayrılırlar ve Golgi bölgesinde sitoplazmik veziküller içerisine alınırlar. Bu bölgeden de füzyon işlemi ile virüs en dıştaki zarını da alarak hücre dışına çıkar (Şekil 1.6) (Heinz,1991) TBE Virüsünün Özellikleri TBEV, lipid zarfından dolayı organik solventler ve deterjanlarla inaktif olur. Zarf, çıplak nükleokapsiti ve hücresel nükleazdan da genomu korur. RNA nın farelere intracerebral injeksiyonu ile enfeksiyöz olduğu gösterilmiştir. Flavivirusların infektivite ve viral hemaglutininleri ph arasında stabil olmasına karşın, TBEV geniş bir ph da (ph ) canlı kalabilmektedir. Virusun E proteini asidik ph ile infektivitesini kaybetse de, virionlar süt ve mide sıvısında infektivitesini korurlar, bu durum TBEV nin oral yolla da infektivitesini açıklamaktadır. TBEV, 50 C de 10 dakikada infektivitesinin %50 sini kaybederler, tam bir inaktivasyon için 56 C de 30 dak. yeterlidir. Sıvı arerosol süspansiyonlardaki virusler oda ısısı %23-80 nem oranında 6 saat, dondurularak kurutulduğunda ise yıllarca stabil kalırlar. Pasterizasyon, Ultraviole ve gama ışınları, %3-8 lik formaldehid, %2 lik gluteraldehid, %2-3 lük hidrojen peroksit, ppm chlorine, alkol, %1 lik iyot ve fenol ile inaktive olurlar (Rey, 1995).

22 Şekil 1.6 Flaviviridae ailesindeki virüslerin replikasyonu (Anonim, 2007) 10

23 Kene Kökenli Ensefalit Virüsünün Taşınımı TBE virüsleri doğadaki yaşam döngüsü keneler ile omurgalılar arasında gerçekleşir. Kan emici keneler omurgalı konaklardan beslenme sırasında aldıkları virüsle enfekte olurlar ve yaşamları boyunca enfekte kalarak virüsü taşırlar (Süss 1992). Doğada özellikle Avrasya bölgesinde Ixodes ricinus, Ixodes persulcatus, Haemaphysalis concinna türü kenelerle taşınırlar (Şekil 1.6). Bu kene türleri ülkemizde de bulunmaktadır (Ozkan ve ark., 1987). Keneler haricinde Apodemus cinsi fareler virüsün en belirgin taşıyıcı konakları olarak bildirilmiştir. Đnsan ise tıpkı dana, keçi, koyun, geyik, kuğu gibi diğer büyük omurgalılarla birlikte yanlışlıkla konak olabilmektedir (Çizelge 1.3). Çizelge 1.3 TBE virüsünü kene dışında bulaştıran diğer hayvanlar (Bodemann, 2000) Konak Sıklık (%) Sarı boyunlu tarla faresi 47.9 Kırmızı astarlı köstebek 29.4 Tilki 18.0 Geyik 83 Köpek Keçi 44.0 Sığır

24 12 Ixodes sp. (dişi) Haemaphysalis sp. Ixodes ricinius dorsal görüntüsü (Erkek) dorsal görüntüsü (dişi) ventral görüntüsü Şekil 1.7 TBE virüsünü taşıyan bazı kene türleri (Anonim,2006) TBE virüsü insanlara veya larva, nimf ve yetişkin keneler tarafından diğer konaklara taşınır. Sıcaklık kene kökenli hastalık dinamiklerinin belirleyicisidir. Kene aktivitesi Mart-Nisan ayında toprak sıcaklığı 5-7 o C derece arttığında başlar ve ortalama hava sıcaklığı Ekim veya Kasım da yaklaşık aynı değerde azaldığı zamanda yılın sonlarına doğru sonlanır. Kene aktivitisi aynı zamanda toprak nemliliği ve ilişkili nemlilik üzerine dayanır. Ixodes ricinius Avrupada TBEV bulaşında rol oynayan başlıca kene türü olup TBEV nün yayılması için esas sorumludur (batı alt tipi). TBE virüsünün Uzak Doğu alt tipi Ural Dağlarının ötesinde bulunmuştur ve temel vektörü Ixodes persulcatus tur (Çizelge 1.4).

25 13 Çizelge 1.4 Kene kökenli ensefalit virüsü suşlarının görüldüğü kene türleri TBEV suşu Taşıyıcı Kene Türü Referans Avrupa Uzak Doğu Ixodes ricinius Ixodes nipponensis Haemaphysalis concinna Haemaphysalis longicornis Haemahysalis flava Ixodes persulcatus Haemaphysalis japonica (Kim ve ark., 2009) (Ternovi, 2003) Sibiryan Ixodes persulcatus Haemaphysalis concinna (Kunze, 2006) 1.4. TBE Hastalığında Enfeksiyon Oluşumu, Klinik Yol, Tanısı, Tedavisi ve Koruma Yolları TBE Hastalığında Enfeksiyon Oluşumu Enfekteli kenenin insanı ısırmasından sonra, virüs kene ısırığının olduğu bölgedeki dermal hücrelerde replike olur. Kenenin salyası ile immün sistemin baskılanması nedeniyle virüs nötrofilik granülositlerin yanında Langerhans hücrelerinde de replike olur. TBE virüsü replikasyon için sadece Langerhans hücrelerini ve granülositleri kullanmaz, aynı zamanda lenf kapilerleri yolu ile bölgesel lenf bezlerine ulaşır. Böylece virüs lenfatik sistem yolu ile yayılır ve birkaç gün sonra, kan dolaşımı (viremi) safhasına ulaşır. Daha sonra diğer duyarlı organ ve dokulara istila eder, özellikle retiküloendotelyal sistemde (timus, dalak, karaciğer) etkili olarak replike olur. Bu basamaktan sonra virüs merkezi sinir sistemine ulaşmak için, beyin kapiler endotelyum hücrelerini enfekte eder. Beyin kapiler endotelyum hücrelerinin enfekte olması yüksek

26 14 virüs miktarına bağlıdır. Endotel hücreler istila edildikten sonra virüs replike olur ve beyin dokusu içerisinde beyindeki kapiler endotelyum hücrelerinden merkezi sinir sistemine geçer. TBE virüsü ayrıca sinir fibrilleri boyunca da yayılabilir. Bu durum özellikle laboratuar enfeksiyonlarında havadan virüs alındığında görülebilir Klinik Yol ve Hastalığın Ortaya Çıkması Hastalık dört periyodluk bir seyir gösterir: Đnkübasyon Periyodu: Çoğu vakalarda ilk basamağın saldırı öncesi, inkübasyon periyodu 7-14 gün veya 2-28 gün sürebilen periyodudur. Đlk Basamak: Ortalama ilk basamak 2-4 gün sürer (1-8 gün devam süresi nadir olarak incelenir) ve viremik fazla karşılaşır. Karakteristik olmayan grip benzeri semptomları ve çoğu vakada 38 o C bir artışla ilişkilidir. Bazen istisna olarak yüksek baş sıcaklıklar oluşabilir. Aseptomatik Aralık: Đlk basamak yaklaşık 8 gün süren aseptomatik aralık tarafından takip edilir. Bu periyod esnasında hastalar genelde septomsuzdur. Đkinci Faz: Enfeksiyondan sonra yaklaşık 2-4 hafta içinde hastaların üçte birinde hastalığın ikinci basamağı görülebilir ki, bu faz merkezi sinir sistemi (CNS) ile ilişkisi tarafından karakterize edilir. Klinik resmi meninjit, ensefalit, meningoenfalomyelitis, veya meningoensefaloradikulustur. Avrupa da yetişkin hastalarda ölüm oranı yaklaşık % 1 dir ve meningoensefalit, meningoensefalomyelitis ve otonom sinir sisteminin disfonksiyonu dahil TBE li hastalarda yaklaşık % 3 e çıkar. (Radda, 1983). Meninjitin asıl septomları ciddi baş ağrısı, mide bulantısı, kusma, ense sertliği, ve yüksek ateştir. Ensefalit, bilinçsizlik, uyuşukluktan derin uyku haline değişen ve bazı nadir durumlarda, koma gibi rahatsızlıklarla karakterize edilir. Hastalığın ileriki safhalarında vücutta bir takım değişiklikler görülebilir. Bunlardan bazıları karakterize edilmiştir. Özellikle merkezi sinir sistemini etkileyecek septomları vardır. Beyin bariyerini geçtikten sonra omurilik ve ensefalit sonrası septomlar olası. Diğer septomları uykusuzluk, kolların ve yüz kasının aşırı hareketliliği, dil titremesi, kasılma, baş dönmesi, konuşma bozukluklarıdır. Kranial (kafatasına ait) sinirleri içerdiğinde, esas olarak göz merceği, yüz kısmı ve boğaz kasları etkilenir. Bazı durumlarda nöropsiyatrik septomlar hakim olur ve hastalar psikiyatrik gözetime yollanır. TBE li nörolojik

27 15 anormalliklerin en büyük uzantısı hastalığın ortaya çıkan meningoensefalomyelitikte bulunur ki bu durum öncelikle ekstremitelerin zayıf paralizi tarafından karakterize edilir. Paraliz genellikle üst kolları, omuz eklem miyelitini ve baş kaslarını etkiler (Mickiene, 2005) TBE Hastalığının Tanısı TBE virüsünün tanısı için değişik yöntemler kullanılmaktadır. Bunlardan bazıları aşağıda özetlenmiştir (Haglund, 2000). BOS (Beyin omurilik sıvısı) incelemesi: BOS ta orta derecede pleositozis ( hücre/µl), segmentli granülositler % 60-70, lenfositler %30-40 görülmektedir. Kan BOS bariyeri orta derecede bozulmuş olup, BOS / Serum albumin oranı artmıştır ve IgM ön planda olmak üzere intratekal antikor üretimi artmıştır. Nadiren ölümcül vakalarda beyin dokusunda elektron mikroskobu ile virus gösterilebilmiştir. Hücre kültüründe izolasyon: TBEV, hastalara ait serum ve / veya BOS örneklerinin memeli hücre kültürü ortamlarına (Vero, BHK-21, PK, RH, 293 veya A549 hücreleri) veya fare beynine inokülasyonundan sonra yapılabilmektedir. Serolojik tanı: 1980 lerden önce, tanıda kompleman fiksasyonu veya hemaglütinasyon inhibisyon testi kullanılmıştır. Hızlı tanı için, hemaglütinasyon inhibisyon testinde 2- merkaptoetanol ile muamele sonrası TBEV spesifik IgM antikorları saptanabilir. Bu testte erken akut dönem serumunda 0.05M 2-ME ile muameleden önce ve sonra serum Hemaglutinasyon inhibisyonu (HI) ile test edilmelidir (Allwinn, 2002). Günümüzde, TBE tanısında Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) serum ve BOS da serolojik tanı için oldukça iyi ve kullanışlı bir yöntemdir. Capture ELISA yöntemiyle, romatoid faktör veya heterofil antikorların interferansı nedeniyle oluşabilecek yalancı pozitifliklerden uzaklaşılarak TBEV-IgM çalışılabilmektedir. ELISA yöntemi ile IgM in gösterilmesi oldukça güvenilir bir serolojik testtir. Ancak, erken dönemde antikoru saptayamaması ile aşı sonrası ve doğal vakalarda 10 aya kadar devam eden IgM antikor varlığı bazen tanıda sorun oluşturabilmektedir. Bu nedenle TBEV spesifik IgG ELISA testi veya seronötralizasyon testleri ile konfirmasyon yapılması önerilmektedir (Sonnenberg, 2004).

28 16 Moleküler tanı: Hastalığın ilk fazı boyunca, hem kan hem de BOS örneğinden RT-PCR tekniği ile TBEV genomu saptanabilmektedir. Buna rağmen, bu teknikler pratikte tanıda minör derecede önemlidir, çünkü hastaların çoğu hastalığın ikinci fazında hekim muayenesine başvurmaktadır ve bu dönemde zaten kan ve BOS tan virüs temizlenmiş olmaktadır. Bu nedenle, RT-PCR tekniği TBE nin laboratuar tanısında hastalığın birinci faz dönemi hariç kullanılışlı değildir. Yeni real-time RT-PCR yöntemleri TBEV tanısında daha başarılıdır. Omurgalılarda vireminin araştırılması ve kenelerde virüs prevalansının epidemiyolojik surveyinde TBEV RNA sının RT-PCR ile taranması ile başarılı sonuçlar alınmıştır (Şekil 1.8). Ancak, TBE nin rutin tanısında virus izolasyonu ve moleküler yöntemlerin önemli bir rolü yoktur, genellikle ikinci fazın başlamasıyla beraber spesifik antikorların saptanmasıyla tanı konmaktadır (Puchhammer-Stock and Kunz, 1995). Şekil 1.8 TBE hastalığının real-time PCR ile tanısı (Schwaiger, 2003) TBE Hastalığından Korunma Yolları Genel olarak diğer kene kökenli hastalıklarda uyulması gereken korunma yolları (Kenelerle mücadele, keneli alanlara girmeme, kene kovucu veya ilaçlı elbise kullanma, aşılanma) burada da gecerlidir.

29 TBE Aşısı TBE hastalığını önlemede en etkili yol aktif aşılamadır. TBE için halen çok sayıda aşı bulunmakta ve birçok ülkede rutin, bazı ülkelerde ise isteğe bağlı kullanılmaktadır. Örneğin, Avrupada Baxter firması tarafından TBE ye karşı kullanılmak üzere formaldehitle inaktive edilmiş sükroz gradienti ile saflaştırılmış TBEV antijeni içeren FSME-IMMUN adlı bir aşı yoğun olarak kullanılmaktadır (Baxter 2007). Bu aşının içeriği Çizelgede verilmiştir (Kunz 2003). Bu aşı üç dozda kullanılmakta ve yaşlara göre farklı dozda uygulanmaktadır. Avusturya da özellikle bu aşının uygulanmasıyla TBEV vakalarında çarpıcı bir şekilde azaldığı ispat edilmiştir. Diğer bir şekilde ticari olarak elde edilen aşı Encepur (Behringwerke AG, Marburg, Almanya ) piyasaya sunulmuştur. Bu aşı ile Almanya da TBEV ünün yüksek riskli bölgelerinde yaşayan bebek ve çocuklarda yaygın bir şekilde kullanılmıştır. Üçüncü olarak Rusya da üretilerek kullanılan aşı da rapor edilmiştir. Endemik TBE bölgelerine ziyaret eden ve kene ısırma riskinde olan kişilere TBE aşısı alması önerilir (Baxter 2007).

30 18 Çizelge 1.5 TBE aşısının içeriği (Kunz, 2003) FSME-Đmmün 0.5 ml FSME-Đmmün0.25ml (Genç) Aktif madde: inaktive edilmiş Formaldehit, saflaştırılmış Sukroz gradienti, TBE virüs antijeni 2.4 µg (hedef) µg (aralık) 1.2 µg (hedef) µg (aralık) Adjuvant: sulandırılmış 0.35 mg Al 0.17 mg Al Alüminyum hidroksit Tampon sistem: 3.45 mg mg Sodyum klorit Sukroz Max. 15 mg Max. 7.5 mg Formaldehit Max. 5 µg Max. 2.5 µg Protamin sülfat Az miktar Az miktar Neomisin ve gentamisin Az miktar Az miktar Dengeleyici 0.5 mg 0.25 mg Enjeksiyon için su 0.5 ml 0.25 ml

31 19 2. MATERYAL ve YÖ TEM 2.1. Materyal Çalışmada, yılları arasında Tokat, ve çevresinden yapılan arazi çalışmaları sonucunda ve sağlık kuruluşlarından kene ısırığı olan insanlardan toplam 690 kene örneği toplanmış ve TBEV varlığı için test edilene kadar -80 o C de muhafaza edilmiştir. Ayrıca 2010 yılı Temmuz-Ağustos ayları arasında Ordu Merkez ve Fatsa ilçelerinde insanlardan toplanan 228 kene (özellikle Ixodes ricinius) bu çalışmada kullanılmıştır (Çizelge 2.1). Çizelge 2.1 Bu çalışmada TBEV varlğını test etmek için toplanan kene cinsleri ve sayıları Keneler Tokat- Amasya Đlleri Ordu-Fatsa Bölgesi Hyalomma sp 630 _ Haemaphysalis sp 20 _ Ixodes sp TOPLAM Tokat ve Amasya ili için 630 adet Hyalomma cinsine kene örneği, 40 adet Ixodes cinsi kene örneği ve 20 adet Haemaphysalis cinsi kene örneği kullanılarak 10 keneden oluşan 69 adet kene havuzu oluşturulmuştur. Ayrıca Ordu merkez ve Fatsa ilçelerinden 205 adet ergin Ixodes ricinus örneği, 20 adet Ixodes cinsi nimf ve 3 adet larva 5 li gruplar halinde gruplanarak 46 adet kene havuzu oluşturulmuştur. Bu kene havuzları viral RNA izolasyonu için kullanılmıştır Kullanılan Kimyasal Madde ve Malzemeler Agaroz, Etidium bromür, Bromophenol blue (Sigma), Etanol, Glasiyal asetik asit (Merck), Sodyum asetat, HCI (Carlo Erba), Tris, EDTA, Gliserol, Xylene cyanol, Đsopropanol (Amresco), Sıvı azot, Moleküler ağırlık standartı (Vivantis), TBENC5'R- OF, TBEN5'CR-OR, TBENS4B-NS5-OF, TBENS4B-NS5-OR, TBENS4B-NS5-IF,

32 20 TBENS4B-NS5-IR, TBE913F, TBE1739R, TBE1192F TBE1669R (Đontek) primer seti, Viral RNA izolasyon kiti (Roche), RT-PCR kiti (Roche), Erlen, Beher, Cam Şişeler (100 ml, 500 ml, 1000 ml lik), Mezür, Bistüri, Forcep, Enjektör, Petri kapları (Isolab), Pipet uçları (Corning, Neptune, Eppendorf), Mikrosantrifüj ve PCR tüpleri (Axygen) ile diğer laboratuvar malzemeleri kullanıldı Cihazlar Thermal cycler (Peqlab), Santrifüjler (Eppendorf, Hettich), UV transillüminatör (Syngene), Yatay elektroforez (Scie-plas), Güç kaynağı (Consort), Hassas terazi (Acculab), ph metre (Hanna), Otomatik pipetler (Eppendorf, Brand), Manyetik karıştırıcılar, Vorteks (Ika), Buz makinesi (Scotsman), Otoklav (Hiclave), Etüv (Memmert), Mikrodalga fırın (Arçelik), 4, -20 ve -80 o C deki buzdolapları (Uğur, Arçelik, U410 premium), Fotoğraf makinesi (Sony) ve Saf su cihazları (Mes mp minipure, Millipore) kullanıldı Tampon ve Solüsyonların Hazırlanışı M EDTA Solüsyonu g EDTA 90 ml H 2 0 içerisinde manyetik karıştırıcı yardımı ile partiküller tamamen çözününceye kadar karıştırıldı. ph:8.0 e ayarlandıktan sonra hacim 100 ml. ye tamamlandı. Otoklavda 121 o C de 20 dk. steril edildikten sonra, +4 o C deki buzdolyaplarında muhafaza edildi X Tris Asetat EDTA (TAE) Tamponu 242 g Tris, 57.1 ml Glasiyal asetik asit ve 100 ml 0.5 M EDTA (ph:8) manyetik karıştırıcı yardımı ile partüküller çözününceye kadar karıştırıldı. Hazırlanan çözeltinin ph ı Glasiyal asetik asitle 8.5 e ayarlandı ve toplam hacim distile su il ye tamamlandı. Steril edildikten sonra +4 o C deki buzdolaplarında muhafaza edildi.

33 X TE Tamponu 1.2 g 10 mm Tris HCI ile 0.37 g 1 mm EDTA, 900 ml distile su içerinde manyetik karıştırıcı yardımı ile çözüldü. ph:8 e ayarlandıktan sonra hacim 1000 ml ye tamamlandı. Hazırlanan tampon steril edildikten sonra +4 o C deki buzdolaplarında muhafaza edildi M Sodyum Asetat Solüsyonu 41 g Sodyum asetat, 90 ml distile su içerisinde çözüldü. ph:5.0 a ayarlandıktan sonra hacim 100 ml ye tamamlanır. Otoklavda steril edilerek +4 o C de muhafaza edildi Etidyum Bromür 10 mg Etidium bromür, 10 ml steril distile su içerinde hazırlandı ve 4 o C de muhafaza edildi X Bromophenol Blue 15 ml Gliserol, 0.25 g Bromophenol blue ile 0.25 g Xylene cyanol; 100 ml distile su içerisinde çözününceye kadar karıştırılarak hazırlandı.

34 Çalışmada Kullanılan Primerler Çizelge 2.2 Bu çalışmada TBEV varlığını test etmek için kullanılan primerler (Melik, 2007, Ternovi 1999) Primerler Sekans TBEV bölge (nt) 5'NCR-OF 5'NCR-OR NS4B-NS5-OF NS4B-NS5-OR NS4B-NS5-IF NS4B-NS5-IR TBE1738R TBE1192F (5'-AGA TTT TCT TGC ACG TGC AT-3') (5'-CTC TTT CGA CAC TCG TCG AGG-3') (5'-ATG AGT GGT GTG GTC AGG GGG-3') (5'-TGC ATG CTG AAC ACG TCC ATT CC-3') (5'-GGG GTT TTT GCC TCT TGG GC-3') (5'-CCC AGG CTT GTT ACC ATC TTT GG-3') 5'-TGG CCA CTT TTC AGG TGG TAC TTG GTT CC-3') (5'-CAG AGT GAT CGA GGC CTG GGG GYA A-3') 1-20( +sense) (-sense) (195 bp) (+sense) (-sense) (490 bp) (+sense) (-sense) (413 bp) (-sense) (+ sense) (546 bp) TBE1669R TBE913F (5'-AAC ACT CCA GTC TGG TCY CCT AGG TTG TA-3') (5'-TGC AAA TGC CAG GGA- 3') (-sense) (+sense) (756 bp)

35 Yöntem Kene Dokularının Ayrılması Keneler -80 C den çıkarılarak petri kabı içine koyulduktan sonra, 400 µl RNAlater içinde steril bir bistüri yardımı ile boşaltım açıklığının hemen üst kısmından enine olarak ikiye kesildi, bütün dokuları dış iskelet kalacak şekilde dışarıya çıkarıldı. Dışarı çıkarılan dokular enjektör yardımı ile toplanıp ependorf tüplerine alındı. Enjektörün iğnesinden geçirilen dokuların tamamen parçalanması sağlandı. Oluşan bu homojenat rpm de 5 dk. santrifüj edilerek süpernatantı pelletinden ayrıldı Viral R A Ekstraksiyonu Kenenin ayrılan dokularından viral RNA izolasyonu için Roche un High Pure Viral RNA kiti kullanılmıştır. Đzolasyon, kit prosedürüne uygun olarak şu şekilde yapılmıştır: 1. Poly(A) carrier RNA içerisine 400 µl Elution Buffer, Inhibitor Removal Buffer a 20 ml, Wash Buffer a ise 40 ml etanol ilave edilerek solüsyonlar hazırlandı numune için, 5 ml Binding Buffer a (4.5 M guanidine-hci, 50 mm Tris-HCI, %30 Triton X-100, ph: 6.6) 50µl carrier RNA eklendi. Akabinde filtreli kolonlara her bir numune için 200 µl serum ile 400 µl Binding Buffer+carrier RNA ilave edildi x g de 15 s santrifüj edildi ve sonrasında collection tüpleri atılırak yeni tüpler kullanıldı. 4. Sonra, filtreli kolonlara 500 µl Inhibitor Removal Buffer (5 M guanidine- HCI, 20 mm Tris-HCI, ph: 6.6) ilave edildi x g de 1 dk. santrifüj edildi ve collection tüpleri atılarak yerlerine yeni tüpler yerleştirildi 6. Sonrasında her bir tüpe 450 µl Wash Buffer (20 mm NaCI, 2 mm Tris- HCI, ph: 7.5) eklendi ve x g de 1 dk. santrifüj edildikten sonra collection tüpleri atılırak yeni tüpler yerleştirildi. 7. Tekrar 450 µl Wash Buffer eklenerek x g de 1 dk. santrifüj edildi. 8. Sonrasında 10 s kadar tekrar santrifüj yapıldıktan sonra collection tüpleri atıldı ve yerine eppendorf tüpleri yerleştirildi.

36 24 9. Filtreli kısıma 50 µl Elution Buffer (Nükleaz saf su) eklenerek, x g de 1 dk. santrifüj edildi. 10. Son aşamada ise, filtreli kolonlar atıldı ve eppendorf tüplerindeki ekstraksiyon ürünleri etiketlenerek -80 C de saklandı One-Step Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT- PCR) RNA ekstraksiyonu sonucunda elde edilen örnekler, Roche transcriptor one-step RT- PCR kiti kullanılarak, RT-PCR ı yapıldı. Kit içeriğine göre: RNase free su (Vial 3) 13.5 µl 5X RT-PCR buffer (Vial 2) 5 µl Upstream primer 1 µl Downstream primer 1 µl Transcriptor Enzim mix (Vial 1) 0.5 µl Templete RNA 4 µl Bu işlemler sonucunda numunelerin toplam hacmi 25 µl olacak sekilde hazırlanmıştır Thermal cycler ın Program Ayarı Thermal cycler ın programı; Denatürasyon için 94 C de 2dk. ya, C de 15 s (annealing), 72 C de 1dk. ya (extension) ve Final extension için ise 72 C de 5 dk. ya ayarlandı Agaroz Jel Elektroforezi Agaroz Jelin Hazırlanması 1 gr agaroz ve 5 ul etidyum bromid eklendikten sonra bir mikro dalga fırında jel haline getirildi. Agaroz jel eletroferez tankına döküldü ve jelin soğuyup katılaşması beklendi.

37 25 Katılaşan jelin üzerine TAE tamponu döküldü, tarak çıkarıldı ve yükleme yapmak için jel hazır hale getirildi Örneklerin Agaroz Jele Yüklenmesi ve Yürütülmesi PCR sonrasında elde edilen ürünler %1 lik agaroz jel elektroferezi kullanılarak görüntülendi. Kısaca her bir tüpe 2 µl bromfenol mavisi (BFB) ile 5 µl DNA örneği eklenerek kısa süreli spin yapıldı. Đlk kuyucuğa 2-4 µl DNA MW standardı diğerlerine de PCR ürünleri koyuldu. Güç kaynağı 100 ampere ayarlandı ve yaklaşık 30 dakika koşturuldu. Jeller jel dökümantasyon cihazında ultraviyole ışık altında görüntülendi ve jel görüntüleri bilgisayara kaydedildi D A Dizi Analizi Jel elektroforezi sonucunda elde edilen şüpheli DNA bantları veren örneklere ait PCR ürünleri DNA dizisinin belirlenmesi için REFGEN (Ankara) firmasına gönderildi. Elde edilen sekanslar NCBI BLAST proğramı kullanılarak bilinen viral sekanslarla karşılaştırıldı.

38 26 3. BULGULAR Bu çalışmada Tokat, Amasya, Ordu ve Fatsa bölgelerinden toplanan kenelerde kene kökenli ensefalit virüsünün varlığı RT-PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışmamızda, Tokat, Amasya, Ordu ve Fatsa bölgelerinden toplanan toplam 918 kene örneği TBEV varlığı için RT-PCR yöntemiyle test edilmiştir Tokat ve Amasya Bölgesi Kenelerinde TBE Varlığı: Bu çalışmada, yılları arasında arazi çalışmaları sonucunda toplanmış 690 kene örneği TBEV spesifik primerler setleri kullanılarak RT-PCR ı yapılmıştır. Test edilen kenelerden RT-PCR ürünleri pozitif bant veren 4 şüpheli örnek DNA dizi analizi yaptırılmış ve bunlarında nonspesisfik bantlar olduğu anlaşılmıştır (Şekil 3.1.a). Dolayısyla RT-PCR sonuçlarına göre Tokat bölgesinde test edilen kene örneklerinde TBEV varlığı saptanamamıştır Ordu Merkez ve Fatsa Bölgesi Kenelerinde TBE Varlığı: Bu çalışmada, 2010 yılı yaz aylarında Ordu Merkez ve Fatsa ilçelerinde insanlardan toplanan 228 adet Ixodes ricinus kene örneği TBEV spesifik primerler setleri kullanılarak RT-PCR ile test edilmiştir. Test edilen keneler arasında RT-PCR ürünleri pozitif bant veren 6 şüpheli örnek DNA dizi analizi yaptırılmış ve fakat bunlarında nonspesisfik bantlar olduğu anlaşılmıştır (Şekil 3.1.b). Sonuç olarak RT-PCR sonuçlarına göre Ordu ve Fatsa bölgesinde test edilen kene örneklerinde de TBEV varlığı saptanamamıştır.

39 bp 350 bp b. ) STD K bp 500 bp Şekil 3.1 RT-PCR sonrası dizi analizine giden PCR ürününün agaroz jel elektroforezi (%1 lik) yöntemi kullanarak görüntülenmesi a.) TBENS4B-NS5-IF ve- NS5-IR primer setleri b.) TBENS4B-NS5-OF ve TBE-NS4B-NS5-OR primer setleri kullanılmıştır.

T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ

T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ Bilimsel Araştırma Projeleri Komisyonu Sonuç Raporu Proje No: 2009/44 Tokat ve Ordu Çevresindeki Sert Kenelerde (Acari: Ixodidae) Kene Kökenli Ensefalit Virisü Varlığının

Detaylı

SANTRAL SİNİR SİSTEMİ ENFEKSİYONU ETKENİ ARBOVİRÜSLER

SANTRAL SİNİR SİSTEMİ ENFEKSİYONU ETKENİ ARBOVİRÜSLER Toplantı sunumları Dr.Mehmet Ali Öktem SANTRAL SİNİR SİSTEMİ ENFEKSİYONU ETKENİ ARBOVİRÜSLER Dr. İ. Mehmet Ali ÖKTEM Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ali.oktem@deu.edu.t

Detaylı

TİCK BORNE ENCEPHALİTİS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı

TİCK BORNE ENCEPHALİTİS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı TİCK BORNE ENCEPHALİTİS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı ARBOVİRUS Giriş CCHF WEST NİLE VİRUS (Manisa vs) TBE Asya ve Avrupa Sinir sistemi enfeksiyonu Kırsal alan Sosyo-ekonomik durum Mevsimsel

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

SİNOP TA KIRSAL KESİMDE YAŞAYAN KİŞİLERDE KENE KAYNAKLI ENSEFALİT VİRUSU (TBEV) SEROPREVALANSI*

SİNOP TA KIRSAL KESİMDE YAŞAYAN KİŞİLERDE KENE KAYNAKLI ENSEFALİT VİRUSU (TBEV) SEROPREVALANSI* Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2010; 44: 585-591 SİNOP TA KIRSAL KESİMDE YAŞAYAN KİŞİLERDE KENE KAYNAKLI ENSEFALİT VİRUSU (TBEV) SEROPREVALANSI* SEROPREVALENCE OF TICK-BORNE ENCEPHALITIS

Detaylı

KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ (KKKA) Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Komitesi 2015

KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ (KKKA) Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Komitesi 2015 KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ (KKKA) Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Komitesi 2015 KKKA-Türkiye 2002 yılının ilkbahar ve yaz aylarında özellikle,

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

Vektör kaynaklı Viral Enfeksiyonlar. Koray Ergünay

Vektör kaynaklı Viral Enfeksiyonlar. Koray Ergünay Vektör kaynaklı Viral Enfeksiyonlar Koray Ergünay Arbovirus... (arthopod-borne virus) Artropod vektörler ile vertebralılar arasında nakledilen viruslar Robovirus... (rodent-borne virus) Kemirici (rodent)

Detaylı

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ KLİNİK Bağışıklık sistemi sağlam kişilerde akut infeksiyon Bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde akut infeksiyon veya

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

BOS GLUKOZ DÜġÜKLÜĞÜ ĠLE SEYREDEN TÜBERKÜLOZ MENENJĠT ÖN TANILI VARİCELLA ZOSTER MENENJİTİ OLGUSU

BOS GLUKOZ DÜġÜKLÜĞÜ ĠLE SEYREDEN TÜBERKÜLOZ MENENJĠT ÖN TANILI VARİCELLA ZOSTER MENENJİTİ OLGUSU BOS GLUKOZ DÜġÜKLÜĞÜ ĠLE SEYREDEN TÜBERKÜLOZ MENENJĠT ÖN TANILI VARİCELLA ZOSTER MENENJİTİ OLGUSU Ramazan Gözüküçük 1, Yunus Nas 2, Mustafa GÜÇLÜ 3 1 Hisar Intercontinental Hospital, Enfeksiyon Hastalıkları

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

KKKAH ve Aşı Çalışmaları. Prof. Dr. AYKUT ÖZDARENDELİ ERCİYES ÜNİVERSİTESİ AŞI ARAŞTIRMA VE GELİŞTİRME MERKEZİ

KKKAH ve Aşı Çalışmaları. Prof. Dr. AYKUT ÖZDARENDELİ ERCİYES ÜNİVERSİTESİ AŞI ARAŞTIRMA VE GELİŞTİRME MERKEZİ KKKAH ve Aşı Çalışmaları Prof. Dr. AYKUT ÖZDARENDELİ ERCİYES ÜNİVERSİTESİ AŞI ARAŞTIRMA VE GELİŞTİRME MERKEZİ 12.yy Tacikistan da tanımlanmış KKKA ilk tarihçesi Kanama Burun kanaması Kara ölüm Kırım 1944-45

Detaylı

VİROLOJİYE GİRİŞ. Dr. Sibel AK

VİROLOJİYE GİRİŞ. Dr. Sibel AK VİROLOJİYE GİRİŞ Dr. Sibel AK Bugün; Virüs nedir? Virüslerin sınıflandırılması Virüsler nasıl çoğalır? Solunum yoluyla bulaşan viral enfeksiyonlar Gıda ve su kaynaklı viral enfeksiyonlar Cinsel temas yoluyla

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

İklim ve vektör bağımlı güncel viral enfeksiyonlar

İklim ve vektör bağımlı güncel viral enfeksiyonlar İklim ve vektör bağımlı güncel viral enfeksiyonlar Prof.Dr. Ayşen Gargılı Marmara Üniversitesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Epidemiyoloji Araştırma Merkezi Ulusal Kan Merkezler ve Transfüzyon Tıbbı Kursu

Detaylı

Isırıkla İlgili Literatür İncelemesi

Isırıkla İlgili Literatür İncelemesi Isırıkla İlgili Literatür İncelemesi Prof. Dr. Tuna DEMİRDAL İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları AD, SB Atatürk Eğitim Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kliniği, İzmir Avcılarda

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

Gebelerde Rubella (Kızamıkçık) Yrd.Doç.Dr.Çiğdem Kader

Gebelerde Rubella (Kızamıkçık) Yrd.Doç.Dr.Çiğdem Kader Gebelerde Rubella (Kızamıkçık) Yrd.Doç.Dr.Çiğdem Kader OLGU 1 İkinci çocuğuna hamile 35 yaşında kadın gebeliğinin 6. haftasında beş yaşındaki kız çocuğunun rubella infeksiyonu geçirdiğini öğreniyor. Küçük

Detaylı

Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral

Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

Tatarcık Ateşi Doç. Dr. Üner Kayabaş İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Malatya

Tatarcık Ateşi Doç. Dr. Üner Kayabaş İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Malatya Tatarcık Ateşi Doç. Dr. Üner Kayabaş İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Malatya uner.kayabas@inonu.edu.tr Tatarcık-Yakarca (Filebotom) Takım:

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

Gebelik ve Enfeksiyonlar. Prof.Dr. Levent GÖRENEK

Gebelik ve Enfeksiyonlar. Prof.Dr. Levent GÖRENEK Gebelik ve Enfeksiyonlar Prof.Dr. Levent GÖRENEK Olgulara Yaklaşım 2 1. TORCH grubu enfeksiyon etkenleri nelerdir? Toxoplasmosis Other (Sifiliz, Varicella zoster ) Rubella Cytomegalovirus Herpes simplex

Detaylı

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI * VİRAL V HEPATİTLERDE TLERDE SEROLOJİK/MOLEK K/MOLEKÜLER LER TESTLER (NE ZAMANHANG HANGİ İNCELEME?) *VİRAL HEPATİTLERDE TLERDE İLAÇ DİRENCİNİN SAPTANMASI *DİAL ALİZ Z HASTALARININ HEPATİT T AÇISINDAN

Detaylı

Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması. Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması. Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Testler farklı amaçlarla uygulanabilir: - Tanı, tarama, doğrulama,

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

Dünya da ve Türkiye de. İnfluenza Salgınları. Dr. Alpay Azap Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hst AD

Dünya da ve Türkiye de. İnfluenza Salgınları. Dr. Alpay Azap Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hst AD Dünya da ve Türkiye de İnfluenza Salgınları Dr. Alpay Azap Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hst AD İnfluenza virüsü: Orthomyxovirus ailesinden, zarflı RNA virüsü. NP,

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

HIV ENFEKSİYONUNUN PATOFİZYOLOJİSİ VE DOĞAL SEYRİ

HIV ENFEKSİYONUNUN PATOFİZYOLOJİSİ VE DOĞAL SEYRİ HIV ENFEKSİYONUNUN PATOFİZYOLOJİSİ VE DOĞAL SEYRİ Dr. Hayat Kumbasar Karaosmanoğlu Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Sunum Planı HIV in morfolojik ve

Detaylı

Hepatit Hastalığı Gebelikten Etkilenir mi?

Hepatit Hastalığı Gebelikten Etkilenir mi? GEBELİKTE HEPATİT Gebelik ve hepatit Gebelik ve hepatit iki ayrı durumu anlatır. Birincisi gebelik sırasında ortaya çıkan akut hepatit tablosu, ikincisi ise kronik hepatit hastasının gebe kalmasıdır. Her

Detaylı

KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKHA) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI. Aşiyan KARABULUT

KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKHA) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI. Aşiyan KARABULUT KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKHA) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI Aşiyan KARABULUT Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Doç. Dr. Şaban TEKİN 2010 Her hakkı saklıdır T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ

Detaylı

SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı. Hazırlayan. Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim

SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı. Hazırlayan. Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı Hazırlayan Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim Etlik Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü Virolojik Teşhis Laboratuvarı Etken: Etken,

Detaylı

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ Örnekleme Çalışmaları: Önemli Noktalar DNA ÇALIŞMASI Projenin

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

TOKAT VE ORDU ĐLLERĐNDEKĐ BAL ARILARINDA

TOKAT VE ORDU ĐLLERĐNDEKĐ BAL ARILARINDA TOKAT VE ORDU ĐLLERĐNDEKĐ BAL ARILARINDA (Apis mellifera L.) DEFORME KANAT VĐRÜSÜ (DWV) VE TULUMSU YAVRU ÇÜRÜKLÜĞÜ VĐRÜSÜ (SBV) VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI Buket ARICI Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI

SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI Hacı SAVAŞ-SÜMAE, Su Ürünleri Sağlığı Bölüm Başkanı Su Ürünleri Sağlığı Bölüm Başkanlığı enstitümüz bünyesinde faaliyet gösteren bölümlerden birisidir. 2000 yılı başından

Detaylı

KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞ HASTALIĞI. Hastalık ilk defa 1944 yılında Kırım da görülmüş ve Kırım Kanamalı Ateşi olarak tanımlanmıştır.

KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞ HASTALIĞI. Hastalık ilk defa 1944 yılında Kırım da görülmüş ve Kırım Kanamalı Ateşi olarak tanımlanmıştır. KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞ HASTALIĞI VE KENELER Derleyen: Yusuf AKBABA KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞ HASTALIĞI Hastalık ilk defa 1944 yılında Kırım da görülmüş ve Kırım Kanamalı Ateşi olarak tanımlanmıştır.

Detaylı

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ Emine Yeşilyurt, Sevgi Özyeğen Aslan, Ayşe Kalkancı, Işıl Fidan, Semra Kuştimur Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji

Detaylı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 16S rrna Analizi Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum içeriği Genel bilgi Uygulanışı Kullanım alanları Avantajları Dezavantajları Neden

Detaylı

Yrd. Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. Viroloji Ünitesi

Yrd. Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. Viroloji Ünitesi Hepatit C enfeksiyonlarında yeni bir laboratuvar testi: HCV kor (özyapı) antijeni Yrd. Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. Viroloji Ünitesi Hepatit

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

HEPATİT A MİKROBİYOLOJİ EPİDEMİYOLOJİ. Dr. Asım ÜLÇAY

HEPATİT A MİKROBİYOLOJİ EPİDEMİYOLOJİ. Dr. Asım ÜLÇAY HEPATİT A MİKROBİYOLOJİ EPİDEMİYOLOJİ Dr. Asım ÜLÇAY SUNUM PLANI Genel bilgi Mikrobiyoloji Genom yapısı Direnç-duyarlılık Risk faktörleri Epidemiyoloji HEPATİT A Primer hepatotrop virüsler Hepatit A virüs

Detaylı

BLACK QUEEN CELL VİRUS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı

BLACK QUEEN CELL VİRUS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı BLACK QUEEN CELL VİRUS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı Giriş Bal arısı(apis Mellifera) yetiştiriciliği Bakteriyel ve paraziter arı hastalıkları İzole edilen 18 arı virusu Black Queen Cell

Detaylı

BİYOLOJİ BÖLÜMÜ. http://fened.gop.edu.tr/bolumler/biyoloji/index.asp

BİYOLOJİ BÖLÜMÜ. http://fened.gop.edu.tr/bolumler/biyoloji/index.asp BİYOLOJİ BÖLÜMÜ http://fened.gop.edu.tr/bolumler/biyoloji/index.asp HAKKIMIZDA Bölümümüz, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı nın 26.02.1993 tarihli yazısında belirtilen yürütme kurulunun 25.02.1992 tarihli

Detaylı

GASTROENTERİT YAPAN VİRUSLAR VE ENFEKSİYON OLUŞTURMA MEKANİZMALARI

GASTROENTERİT YAPAN VİRUSLAR VE ENFEKSİYON OLUŞTURMA MEKANİZMALARI GASTROENTERİT YAPAN VİRUSLAR VE ENFEKSİYON OLUŞTURMA MEKANİZMALARI GASTROENTERİT YAPAN VİRÜSLER Viral gastroenteritler fekal oral yolla bulaşmaları nedeniyle, alt yapı yetersizliği bulunan gelişmekte olan

Detaylı

Türkiye nin mevcut HPAI Durumu. o Türkiye, de OIE ye HPAI yönünden arilik bildirimini yapmıştır.

Türkiye nin mevcut HPAI Durumu. o Türkiye, de OIE ye HPAI yönünden arilik bildirimini yapmıştır. Türkiye nin mevcut HPAI Durumu o Türkiye, 14.07. 2008 de OIE ye HPAI yönünden arilik bildirimini yapmıştır. Survey Çalışmaları PASİF SURVEY (1) 2005-2006 salgınlar sonrası 01/04/2006-05/02/2007 *Muayeneye

Detaylı

BRUSELLOZUN İNSANLARDA ÖNLENMESİ VE KONTROLÜ

BRUSELLOZUN İNSANLARDA ÖNLENMESİ VE KONTROLÜ BRUSELLOZUN İNSANLARDA ÖNLENMESİ VE KONTROLÜ Prof. Dr. Fatma Ulutan Gazi Üniversitesi Tıp T p Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklar kları Anabilim Dalı BRUSELLOZ KONTROLÜ VE ERADİKASYONU

Detaylı

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Spesifik tanı yöntemleri: 1. Direk (kült ltür r ve bakterinin gösterilmesi) g 2. Antikorların n gösterilmesig 1.Standart tüp aglütinasyonu 2.Rose Bengal

Detaylı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

EPSTEIN-BARR VİRUS ENFEKSİYONLARI TANISINDA ELISA VE İMMUNOBLOT TESTLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

EPSTEIN-BARR VİRUS ENFEKSİYONLARI TANISINDA ELISA VE İMMUNOBLOT TESTLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI EPSTEIN-BARR VİRUS ENFEKSİYONLARI TANISINDA ELISA VE İMMUNOBLOT TESTLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Nilgün Kaşifoğlu, Tercan Us, Nazmiye Ülkü Koçman, Yurdanur Akgün Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi

Detaylı

KUDUZ HASTALIĞINA KARŞI HAVADAN AŞILAMA VE KUDUZ HASTALIĞI İLE MÜCADELE

KUDUZ HASTALIĞINA KARŞI HAVADAN AŞILAMA VE KUDUZ HASTALIĞI İLE MÜCADELE KUDUZ HASTALIĞINA KARŞI HAVADAN AŞILAMA VE KUDUZ HASTALIĞI İLE MÜCADELE KUDUZ HASTALIĞI; İnsan ve tüm sıcak kanlı hayvanlarda Merkezi sinir sistemini etkileyerek ölüme neden olan, önlenebilir bulaşıcı

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

Rhabdoviridae. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ

Rhabdoviridae. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Rhabdoviridae Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Sınıflandırma Lyssavirus (rabies virus) Vesiculovirus (vesicular stomatitis virus) Ephemerovirus (bovine ephemeral fever virus) Cytorhabdovirus (lettuce necrotic yellows

Detaylı

EVDE BİYOTEKNOLOJİ. Yrd. Doç. Dr. Hüseyin UYSAL ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ 5. DERS

EVDE BİYOTEKNOLOJİ. Yrd. Doç. Dr. Hüseyin UYSAL ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ 5. DERS EVDE BİYOTEKNOLOJİ Yrd. Doç. Dr. Hüseyin UYSAL ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ 5. DERS STERİLİZASYON; BİTKİ DOKU KÜLTÜRLERİNDE KULLANILAN STERİLİZASYON YÖNTEMLERİ VE BU STERİLİZASYON

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

Seyahat ve Aşılama Dr. Kenan Hızel

Seyahat ve Aşılama Dr. Kenan Hızel Seyahat ve Aşılama Dr. Kenan Hızel Gazi Ü.T.F. Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Turistlerde sağlık riskleri 100 bin turistte (1 ay gelişmekte olan ülkede kalan): 50,000 sağlık problemi

Detaylı

SOLİT ORGAN TRANSPLANTASYONU ve BK VİRUS ENFEKSİYONLARI Doç. Dr. Derya Mutlu Güçlü immunsupresifler Akut, Kronik rejeksiyon Graft yaşam süresi? Eskiden bilinen veya yeni tanımlanan enfeksiyon etkenleri:

Detaylı

Dünyada ve Türkiyede Hepatit B ve Hepatit C Epidemiyolojisi. Dr Meral Sönmezoğlu Yeditepe Üniversitesi Hastanesi

Dünyada ve Türkiyede Hepatit B ve Hepatit C Epidemiyolojisi. Dr Meral Sönmezoğlu Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Dünyada ve Türkiyede Hepatit B ve Hepatit C Epidemiyolojisi Dr Meral Sönmezoğlu Yeditepe Üniversitesi Hastanesi EKMUD İstanbul Günleri 1 Mart 2016 Kronik hepatit B ve C Kronik hepatit B ve C dünyada önemli

Detaylı

UNAIDS Dünya AIDS Günü Raporu 2011

UNAIDS Dünya AIDS Günü Raporu 2011 UNAIDS Dünya AIDS Günü Raporu 2011 AIDS Epidemisinin Küresel Özeti 2010 HIV ile yaşayan sayısı Toplam Yetişkin Kadın Çocuk (

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji de Enzimli İmmün Deney Enzyme Immuno Assay. Dr. Dilek Çolak

Klinik Mikrobiyoloji de Enzimli İmmün Deney Enzyme Immuno Assay. Dr. Dilek Çolak Klinik Mikrobiyoloji de Enzimli İmmün Deney Enzyme Immuno Assay Dr. Dilek Çolak İmmün Yanıt C. Macrophage A. Pathogen B. B cells D. Macrophage E. Macrophage F. T cell G. B cell H. Memory B cells I. Plasma

Detaylı

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar AMAÇ: - Moleküler Biyoloji laboratuvarında kullanılan çözeltileri ve hazırlanışlarını öğrenmek. - Biyolojik tamponların kullanım amaçlarını,

Detaylı

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM Doç. Dr. Alpaslan Alp Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Dünya Sağlık Örgütü 2009 Yılı Raporu Aktif tüberkülozlu hasta

Detaylı

Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi

Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi Dr.Hilal GÜREL Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi

Detaylı

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi

Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi Doç Dr Ayşen BAYRAM Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. GİRİŞ İnsan Papilloma Virus

Detaylı

İnfektobezite: Çocuklardaki Obezitede Adenovirüslerin Rolü

İnfektobezite: Çocuklardaki Obezitede Adenovirüslerin Rolü İnfektobezite: Çocuklardaki Obezitede Adenovirüslerin Rolü Elçin Kal Çakmaklıoğulları 1, Tamer Şanlıdağ 1, Betül Ersoy 2, Sinem Akçalı 1, Ahmet Var 3, Candan Çiçek 4 1 Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi,

Detaylı

HANTAVİRÜSLER: Neredeydik, ne oldu? Dr. M. Ali ÖKTEM

HANTAVİRÜSLER: Neredeydik, ne oldu? Dr. M. Ali ÖKTEM HANTAVİRÜSLER: Neredeydik, ne oldu? Dr. M. Ali ÖKTEM BUNYAVIRIDAE Genus Bunyavirus Genus Phlebovirus Genus Nairovirus Genus Hantavirus* Genus Tospovirus Genel Özellikler Zarflı S, M, L olmak üzere üç segmentli

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

VİRAL GASTROENTERİTLER. Dr. Fatma SIRMATEL 30.1.2013

VİRAL GASTROENTERİTLER. Dr. Fatma SIRMATEL 30.1.2013 VİRAL GASTROENTERİTLER Dr. Fatma SIRMATEL 30.1.2013 Viral gastroenteritler Her yıl yeni enterik viruslar izole edilmektedir. Her yıl 2.2. milyon insan AGE nedeni ile ölmektedir Rotaviruslar < 2 çocuklarda

Detaylı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Doç. Dr. Işın N. Geren Yrd. Doç. Dr. Turgay Çakmak Yrd. Doç. Dr. Filiz Kısaayak Çollak Uzman Zeynep N. Koytak Araş. Gör. Fatma Sağır Araş. Gör. Kuaybe Yücebilgili (ÖYP)

Detaylı

Ebola virüsü İstanbul'a geldi!

Ebola virüsü İstanbul'a geldi! On5yirmi5.com Ebola virüsü İstanbul'a geldi! Ebola Virüsü İstanbul'a Geldi! Ebola Nedir? Afrika'da birçok insanın ölmesine sebep olan Ebola virüsünün İstanbul'a gelmiş olduğundan şüpheleniliyor. Yayın

Detaylı

BİRİNCİ BASAMAKTA PRİMER İMMÜN YETMEZLİK

BİRİNCİ BASAMAKTA PRİMER İMMÜN YETMEZLİK 1 AŞILAMADA AMAÇ Aşı ile korunulabilir hastalıkları engellemek Enfeksiyon kaynaklı mortaliteyi azaltmak Enfeksiyon kaynaklı morbiditeyi azaltmak HİÇBİR AŞININ HERKES İÇİN TAMAMEN ETKİN VE GÜVENİLİR OLMASI

Detaylı

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü. Doç.Dr.Engin DEVECİ HÜCRE KÜLTÜRÜ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak araştırmacılara kanser, kök hücre, hücre mekaniği çalışmaları gibi konularda hücre

Detaylı

DOMUZ GRİBİ BELİRTİLERİ VE TANISI

DOMUZ GRİBİ BELİRTİLERİ VE TANISI DOMUZ GRİBİ BELİRTİLERİ VE TANISI Domuz gribi nedir? Domuz gribi, A(H1N1) tipi virüsten kaynaklanan, insanlarda hastalığa yol açan viral bir hastalıktır. Hastalık ilk kez Meksika ve ABD de görülmüş ve

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu

Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Dr. Ayşe KALKANCI Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara 24-25 Şubat 2011, İzmir Sunum Planı Teorik

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU 1 Adana Bilim ve Teknoloji Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü CİHAZLAR: Analitik Terazi (DENVER).3 Analitik Terazi (AND GX600)..3 Biyogüvenlik Kabini (NUAIRE)

Detaylı

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60 Dr. Tolga BAŞKESEN GİRİŞ Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60 Erken ve doğru tedavi ile mortaliteyi azaltmak mümkün GİRİŞ Kan

Detaylı

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit

Detaylı

TOKAT ĐLĐ SERT KENE FAUNASININ BELĐRLENEREK FARKLI KENE CĐNSLERĐNDE AKTĐN GENLERĐNĐN MOLEKÜLER KARŞILAŞTIRILMASI. Mehmet ORHAN

TOKAT ĐLĐ SERT KENE FAUNASININ BELĐRLENEREK FARKLI KENE CĐNSLERĐNDE AKTĐN GENLERĐNĐN MOLEKÜLER KARŞILAŞTIRILMASI. Mehmet ORHAN TOKAT ĐLĐ SERT KENE FAUNASININ BELĐRLENEREK FARKLI KENE CĐNSLERĐNDE AKTĐN GENLERĐNĐN MOLEKÜLER KARŞILAŞTIRILMASI Mehmet ORHAN Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Doç. Dr. Şaban TEKĐN 2009 Her hakkı

Detaylı

EPIDEMIYOLOJIK VERILER DEĞIŞTI MI? DR. SERAP İSKENDER KANUNI EĞITIM VE ARAŞTIRMA HASTANESI, TRABZON

EPIDEMIYOLOJIK VERILER DEĞIŞTI MI? DR. SERAP İSKENDER KANUNI EĞITIM VE ARAŞTIRMA HASTANESI, TRABZON EPIDEMIYOLOJIK VERILER DEĞIŞTI MI? DR. SERAP İSKENDER KANUNI EĞITIM VE ARAŞTIRMA HASTANESI, TRABZON SUNUM PLANI Dünyada HIV /AIDS Avrupada HIV/ AIDS Türkiye de HIV/ AIDS 2020 Küresel Hedef HIV/ AIDS Kontrol

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu

DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu ANTİMİKROBİYAL MADDELERİ ARAŞTIRMA GELİŞTİRME VE TEST LABORATUAR HİZMETLERİ

Detaylı

KONU 24A HEPATİT C. Tekin AKPOLAT, Cengiz UTAŞ

KONU 24A HEPATİT C. Tekin AKPOLAT, Cengiz UTAŞ 165 KONU 24A HEPATİT C Tekin AKPOLAT, Cengiz UTAŞ Hepatit C virusu (HCV) hemodiyaliz hastalarında kronik karaciğer hastalığının en sık nedenidir. Hepatit C virus infeksiyonu, ülkemizde hemodiyaliz ünitelerinin

Detaylı

İmmünkompromize Konakta Aşılama Rehberi. Uzm.Dr. Ebru DİK İzmir Bozyaka E.A.H

İmmünkompromize Konakta Aşılama Rehberi. Uzm.Dr. Ebru DİK İzmir Bozyaka E.A.H İmmünkompromize Konakta Aşılama Rehberi Uzm.Dr. Ebru DİK İzmir Bozyaka E.A.H 2013 IDSA İmmünkompromize Kişilerin Aşılanması İçin Klinik Uygulama Rehberi Bu rehber, immünkompromise hastaların ve onlarla

Detaylı

SAĞLIKLI KAN VERİCİLERİNDE BATI NİL VİRUSU SEROPREVALANSININ ARAŞTIRILMASI*

SAĞLIKLI KAN VERİCİLERİNDE BATI NİL VİRUSU SEROPREVALANSININ ARAŞTIRILMASI* Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2010; 44: 425-430 SAĞLIKLI KAN VERİCİLERİNDE BATI NİL VİRUSU SEROPREVALANSININ ARAŞTIRILMASI* INVESTIGATION OF WEST NILE VIRUS SEROPREVALENCE IN HEALTHY BLOOD

Detaylı

Gebelikte İnfeksiyonların Değerlendirilmesi

Gebelikte İnfeksiyonların Değerlendirilmesi Gebelikte İnfeksiyonların Değerlendirilmesi Ergin AYAŞLIOĞLU Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D Gebelikte İnfeksiyonların Değerlendirilmesi Maternal

Detaylı

İmmünyetmezlikli Konakta Viral Enfeksiyonlar

İmmünyetmezlikli Konakta Viral Enfeksiyonlar İmmünyetmezlikli Konakta Viral Enfeksiyonlar Dr. Dilek Çolak 10 y, erkek hasta Olgu 1 Sistinozis Böbrek transplantasyonu Canlı akraba verici HLA 2 antijen uyumsuz 2 Olgu 1 Transplantasyon öncesi viral

Detaylı

HÜCRE ZARINDA TAŞINIM

HÜCRE ZARINDA TAŞINIM HÜCRE ZARINDA TAŞINIM Yrd. Doç. Dr. Aslı AYKAÇ YDÜ TIP FAKÜLTESİ BİYOFİZİK AD Küçük moleküllerin zardan geçişi Lipid çift tabaka Polar moleküller için geçirgen olmayan bir bariyerdir Hücre içindeki suda

Detaylı