KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKHA) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI. Aşiyan KARABULUT
|
|
- Yildiz Asani
- 8 yıl önce
- İzleme sayısı:
Transkript
1 KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKHA) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI Aşiyan KARABULUT Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Doç. Dr. Şaban TEKİN 2010 Her hakkı saklıdır
2 T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS TEZİ KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKHA) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI Aşiyan KARABULUT TOKAT 2010 Her hakkı saklıdır
3 Doç. Dr. Şaban TEKİN danışmanlığında, Aşiyan KARABULUT tarafından hazırlanan bu çalışma 15/01/2010 tarihinde aşağıdaki jüri tarafından oy birliği ile Biyoloji Anabilim Dalı nda Yüksek Lisans tezi olarak kabul edilmiştir. Başkan: Prof. Dr. İsa GÖKÇE İmza: Üye : Doç. Dr. Şaban TEKİN İmza: Üye : Yrd. Doç. Dr. Ahmet BURSALI İmza: Yukarıdaki sonucu onaylarım Prof. Dr. Metin YILDIRIM Enstitü Müdürü
4 TEZ BEYANI Tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu tezin yazılmasında bilimsel ahlak kurallarına uyulduğunu, başkalarının eserlerinden yararlanılması durumunda bilimsel normlara uygun olarak atıfta bulunulduğunu, tezin içerdiği yenilik ve sonuçların bir yerden alınmadığını, kullanılan verilerde herhangi bir tahrifat yapılmadığını, tezin herhangi bir kısmının bu üniversite veya başka bir üniversitedeki başka bir tez çalışması olarak sunulmadığını beyan ederim. Aşiyan KARABULUT
5 ÖZET Yüksek Lisans Tezi KIRIM KONGO HEMORAJİK ATEŞ VİRÜSÜ (KKKAV) S SEGMENTİNİN KISMİ KLONLANMASI Aşiyan Karabulut Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Doç. Dr. Şaban Tekin Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA), Bunyaviridae ailesinden Nairovirus cinsi içinde tanımlanan KKKA virüsünün (KKKAV) etken olduğu ciddi bir hastalıktır. KKKAV S, M, ve L segmentleri olmak üzere üç parçalı tek zincirli negatif anlamlı tripartit bir RNA genomuna sahiptir. Bu çalışmada rekombinant peptit üretiminde ve moleküler testlerde pozitif kontrol olarak kullanmak üzere KKKAV nin S segmentinin tam veya kısmi olarak klonlanması hedeflenmiştir. Yapılan klonlama çalışmaları sonunda KKKAV S fragmentinin 536 bazlık bir kısmı ptz57r plazmitine yerleştirilerek E. coli de klonlanmıştır. Sonuç olarak peptit üretiminde ve moleküler testlerde pozitif kontrol olarak kullanılabilecek viral S fragmentin bir kısmını taşıyan bir plazmit üretilmiştir. 2010, 27 Sayfa Anahtar Kelimeler: KKKA, S segment, Plazmit, Klonlama
6 ABSTRACT Master Thesis PARTIAL CLONING OF S SEGMENT OF CRIMEAN CONGO HAEMORRHAGIC VIRUS (CCHFV) Aşiyan KARABULUT Gaziosmanpaşa University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Doç. Dr. Şaban Tekin Crimean-Congo Hemorrhagic Fever (CCHF) is a fatal disease caused by CCHF virus (CCHFV) in Nairovirus genus from Bunyaviridae family. The genome of CCHF virus is composed of S, M, ve L segments which are single stranded negatif sense RNA. The goal of this study was to clone S segment of CCHFV for peptid production and production of a posive control plasmid for molecular assays. In the present study, a 536 bp fragment of S segment of CCHFV was clonned into ptz57r plasmid to produce recombinant partial S peptide and a recombinant plasmid to be used as a positive control in molecular tests. 2010, 27 Sayfa Key Words: CCHF, S Segment, Plasmid, Cloning ii
7 TEŞEKKÜR Çalışmalarımda bilgi ve deneyimleriyle beni yönlendiren değerli hocam Doç. Dr. Şaban TEKİN e, çalışmalarım boyunca bilgilerinden ve laboratuar imkânlarından yararlandığım değerli hocalarım Prof. Dr. İsa GÖKÇE ye ve Yrd. Doç. Dr. İskender PARMAKSIZ a, manevi desteklerinden ötürü Araş. Gör. Tünay KARAN a ve maddi ve manevi her türlü destekleri için aileme teşekkür ederim. iii
8 İÇİNDEKİLER Sayfa ÖZET. i ABSTRACT.. ii TEŞEKKÜR.. iii SİMGE ve KISALTMALAR DİZİNİ.. vi ŞEKİLLER DİZİNİ.. viii 1. GİRİŞ ve LİTERATÜR ÖZETİ Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Hastalığı KKKA Virüsünün Moleküler Biyolojisi Viral RNA nın Yapısı S Segmenti L Segmenti M Segmenti Bunyaviridae Ailesindeki Virüslerin Replikasyonu Replikasyonda Glikoproteinlerin Önemi 7 2. MATERYAL ve YÖNTEM Materyal Kullanılan Kimyasal Madde ve Malzemeler Kullanılan Cihazlar Tampon ve Solüsyonların Hazırlanması ,5 M EDTA Solüsyonu X Tris Asetat EDTA (TAE) Tamponu X TE Tamponu X TE Tamponu Ethidium Bromür Primerlerin Hazırlanması Luria Bertani Besiyerinin Hazırlanması Sıvı LB Besiyerinin Hazırlanması.. 10 iv
9 Katı LB Besiyerinin Hazırlanması Yöntem Kene Dokularının Ayrılması Viral RNA Ekstraksiyonu cdna Sentezi Reverse Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) Agaroz Jel Elektroforezi Agaroz Jelin Hazırlanması Örneklerin Yürütülmesi Klonlama Ligasyon Transformasyon Rekombinant Kolonilerin Analizi Plazmit İzolasyonu Solüsyonların Hazırlanması Plazmit İzolasyon Basamakları Klasik Polimeraz Zincir Reaksiyonu Plazmitin Restriksüyon Endonükleaz Enzimi ile Kesilmesi BULGULAR ve TARTIŞMA SONUÇ.24 KAYNAKLAR.25 ÖZGEÇMİŞ.27 v
10 SİMGE ve KISALTMALAR DİZİNİ Simgeler Açıklama C Santigrat Derece g Gram F Forward GN, GC Glikoproteinler L Large L Litre M Medium M Molar R Reverse S Small S Saniye Kısaltmalar Ark. bp BSA cdna dk DNA DMSO dntp DTT EDTA HCl KKKA mg ml mm NaCl Açıklama Arkadaşları Baz Çifti Sığır Serum Albumini Komplementer DNA Dakika Deoksiribonükleik asit Dimetilsülfoksit Deoksiribonükleotit Trifosfat Ditiotrietol Etilendiamintetraasetik Asit Hidrojen Klorür Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Miligram Mililitre Milimolar Sodyum Klorür vi
11 NP Pmol PCR RNA RNaz rpm RT-PCR TAE TE TNF ul um Nükleokapsit Proteini Pikamol Polimeraz Zincir Reaksiyonu Ribonükleik Asit Ribonükleaz Rotation Per Minute Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu Tris-Asetat EDTA Tris-EDTA Tümör Nekrozis Faktör Mikrolitre Mikromolar vii
12 ŞEKİLLER DİZİNİ Şekil Sayfa Şekil 1.1 KKKA Hastalığının Dünyada Yayılışı...2 Şekil 1.2 KKKA Hastasına Ait Kanamalı Bir Kol.. 3 Şekil 1.3 Bunyaviridae Virionunun Sistemik Yapısı.. 4 Şekil 1.4 Bunyaviridae Ailesindeki Virüslerin Replikasyonu 6 Şekil 2.1 cdna Sentez Basamakları Şekil 2.2 ptz57r/t Vektörü.. 17 Şekil 2.3 PCR Ürününün Klonlanması 18 Şekil 2.4 Rekombinant Koloniler 19 Şekil 2.5 TZ57R/T Plazmitinin Çoklu Klonlama Bölgesinin Haritası 21 Şekil 2.6 KKKA Virüsünün Genomunu Kesen Enzimler.. 22 Şekil bp lik KKKAV S Segmentinin RT-PCR İle Çoğaltılması.23 Şekil 3.2. Pozitif Klonlardaki S Segmentinin PCR İle Doğrulanması.24 viii
13 1. GİRİŞ VE LİTERATÜR ÖZETİ Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA), kene kaynaklı bir hastalıktır (Ergonul, 2006). KKKA hastalığı, insanlarda şiddetli kanamalar ve yüksek ateş gibi semptomlarla seyreden bir hastalıktır (Nichol, 2001). KKKA hastalığına neden olan Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV), kanamalı virüsler arasında yer alır. Kanamalı virüsler, vücutta ateş, kanama gibi şiddetli semptomlarla seyreden ileriki aşamalarda ölümle sonuçlanabilen zoonoz karakterli hastalığa neden olan virüslere denir. Kanamalı virüsler 4 aileye ayrılır. Bunlar; Flaviviridae, Bunyaviridae, Arenaviridae ve Filoviridae dir (Le Guenno, 1995). Bunyaviridae ailesi birbirinden farklı 5 cins içermektedir. Bunlar; Bunyavirüs, Hantavirüs, Nairovirüs, Phlebovirüs ve Tospovirüs lerdir (Eliot ve ark., 2000). Nairovirüs ler; KKKA virüsü, Dera Ghazi Khan virüsü, Hughes virüs grubu, Nairobi Sheep Disease (NSD) virüs grubu, Qalyup virüs grubu, Sakhalin virüs grubu ve Thaifora virüs grubu (Clerx ve ark., 1981) olmak üzere 7 farklı serogruba ayrılmaktadır. Bunlar da 34 çeşit virüsü kapsamaktadır (Van Regenmorte ve ark., 2000). Bu Nairovirüs lerden, KKKA virüsü hayvanlarda enfeksiyon oluşturmasına rağmen ciddi belirtiler göstermezken insanlarda ölümle sonuçlanabilen yüksek semptomlar gösterir (Clerx ve ark., 1981). Bilinen sadece 3 virüs hastalığa neden olur. Bunlar; KKKA, Dugbe virüs ve Nairobi dir (Haferkamp ve ark., 2005) Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Hastalığı KKKA hastalığı, ülkemizin de içinde bulunduğu geniş bir coğrafyada görülmektedir (Şekil 1.1). Afrika, Asya, Güneydoğu Avrupa ve Ortadoğu da bulunan 30 ülkenin üzerinde hastalığın ortaya çıktığı bildirilmiştir (Lindenbach, 2001). Balkan yarımadası bu hastalık için endemik bölgedir (Vesenjak-Hirjan, 1991). Araştırmacılar, KKKA nin ölümcül durumunu Kongo daki hastalarda gözlemlemişler, kaydetmişlerdir. KKKA nin tanısı, RT-PCR ile doğrulandı. Geç tanıda tedavinin etkisi 1
14 düşmekte ve enfeksiyonun şiddetli komplikasyonları nedeniyle hastalar ölmektedir (Ahmeti ve ark., 2006). Şekil 1.1. KKKA Hastalığı nın Dünya da Yayılışı (Whitehouse, 2004) KKKA klinik olarak ilk defa 1944 de Kırım da ve önceki Sovyetler Birliği nde 200 ün üstünde olayın baş göstermesiyle tanımlanmış ve Kırım Kanamalı Ateşi olarak adlandırılmıştır. Daha sonra 1956 da Kongo da izole edilen bir virüsle benzerliği bulunmuş ve adı Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi olarak kabul edilmiştir (Whitehouse, 2004).. KKKA virüsü insanlarda ölüm oranı %30 a varan şiddetli hastalıklara neden olur (Papa A. ve ark., 2006). Virüs, ilk infekte ettiği bölgeden bölgesel lenf nodlarına, karaciğer ve dalağa yayılır. Bu bölgelerde, virüs, doku makrofajlarını ve dendritik hücreleri infekte eder (Şekil 1.2). Çözünür faktörler, virüsün infekte ettiği monosit ve makrofajlardan salınır. Lokal ve sistemik olarak hareket eder. Virüsün infekte ettiği bu hücrelerden salınan kemokinler makrofajları infeksiyon bölgesine toplar (Whitehouse, 2004). 2
15 Şekil 1.2. KKKA Hastasına Ait Kanamalı Bir Kol (Whitehouse, 2004) Trombositopeni ve lökopeni klinik bulguları arasındadır. Ayrıca aspartat aminotransferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT) ve laktat dehidrogenaz (LDH) oranlarında yükselme görülür. Bu hastalıkta patogenezinde ve sonuçlanmasında sitokinler rol oynar. Serumdaki TNF-alfa, stnf-r, IL-6 ve IL-10 konsantrasyonları hastalığın seyrini ölçer. TNF-alfa ve IL-6 sitokinleri çoğunlukla KKKA viral enfeksiyonu esnasında keşfedilmiştir. IL-6 hem şiddetli hem de hafif durumlarda yükselirken, TNF-alfa, KKKA nin şiddetli formlarında ortaya çıkar (Papa ve ark., 2006). KKKA hastalığında inkübasyon süresinin ardından grip benzeri semptomlar görülmeye başlar. Bunlar yaklaşık bir hafta sonra dinebilir. Belirtileri, ateş, halsizlik, başağrısı, kırıklık, duygu durumda dalgalanma, zihinsel karmaşa ve burun kanaması, dışkıda ve idrarda kanama, yüz ve göğüste kırmızı döküntüler, gövde, kol, bacaklarda morluklar görülür. Bunlar kanama pıhtılaşma bozukluğuna bağlıdır. Kanama yani hemoraji belirtileri rahatsızlığın ilk 3-5 gününde görülmeye başlar. Daha da ilerleyerek, akciğer karaciğer (ağrılı ve büyük karaciğer), böbrek yetmezliği ile ölüm oluşabilir (Ergonul, 2007). Yeni tedavi seçenekleri için yapılan çalışmalar, ilaçların taranması veya yeni moleküllerin geliştirilmesi şeklinde olmaktadır. Dinamin ailesinden interferon indükleyen bir GTPaz olan ve yeni tanımlanmış bir ilaç olan MxA nın KKKA viral 3
16 replikasyonunu engellediği belirtilmiştir. Nükleokapsit bileşenleriyle etkileşerek yeni virüs parçacıklarının üretimini inhibe etmektedir ( Andersson ve ark., 2004) KKKA VİRÜSÜNÜN MOLEKÜLER BİYOLOJİSİ Bunyavirüsler, zarflı, negatif kutuplu, 3 parçalı, tek zincirli RNA genomuna sahiptirler (Şekil 1.3 ). Üç genom parçası, 4 yapısal proteinle şifrelenmiştir (Schmaljohn ve ark., 1998). RNA bağımlı RNA polimeraz (L protein) L (Large) segmenti tarafından, glikoproteinler (GN, GC), M (Medium) segmenti tarafından, nükleokapsit proteini (NP) ise, S (Small) segmenti tarafından şifrelenmiştir (Elliot ve ark., 1991 ). KKKA virüsünde, yaklaşık 45 kda ağırlığında, GN ve GC den ayrı olarak üçüncü bir yapısal glikoprotein belirlenmiştir. Fakat bu glikoproteinin şifrelenme stratejisi henüz analiz edilememiştir (Morikawa ve ark., 2002). Üç RNA segmentinin hepsinin 3 ucundaki ilk 8 ila 13 nükleotitlik dizi korunmuş dizidir, 5 ucundaki komplementer olan konsensus dizisiyle birlikte, segmentlerin sonu nonkovalent olarak bağlıdır, dolayısıyla RNA, nükleokapsit içerisinde serbest bağlı dairesel konfigürasyondadır (Papa ve ark., 2002). KKKA virüsünün, M segmentinin L ve S segmentlerinin uçlarına çok fazla komplementer olduğu gösterilmiştir. Bunların rolü RNA polimerazın bağlanması için önemli cis-acting elementler olarak kuvvetlendirilmiştir (Mettenleiter, 2002). Şekil 1.3. Bunyaviridae Virionunun Sistemik Yapısı (Whitehouse, 2004) 4
17 1.3. VİRAL RNA NIN YAPISI S Segmenti S segmenti 1672 bp dir (Marriott ve Nuttall, 1992) ve nükleokapsit proteinini kodlar (Papa ve ark., 2002A). S segmenti analizi, 3 nonkodlama bölgesinin KKKA virüsünün Avrupa, Orta Asya ve Çin deki sirkülasyonunun, infeksiyonun global bir odaktan orjin almış olabileceğini pek çok KKKA virüs genovaryantını içerdiğini ileri sürmektedir. Evrimleşme esnasında, Fragmental değişimin S segmentinin 3 kodlanmayan bölgesinde homolojik rekombinasyonun bir sonucu olarak meydana gelmiştir (Seregin ve ark., 2006) L Segmenti AST/T dizisi, Hyalomma marginatum kenelerinden (2002 de Astrakhan bölgesinden toplanmış) izole edilmiş ve RT-PCR ile çoğaltılmıştır. AST/ T L segment dizisi, nükleotit uzunluğunda olup %41.3 ü G+C (guanin+sitozin) den oluşur. L segmenti, kodlama bölgesi dizisinin tamamı için KKKA virüsünün dizisi TAJ/HU8966, 1990 da Tacikistan daki hastalardan izole edilmiştir. Bu L segmenti nükleotit uzunluğunda olup %41.1 oranında G+C içerir (Meissner ve ark., 2006) M Segmenti M segmenti 5366 bp dir. M segmenti, glikoprotein öncülerini kodlar bunlar da zar glikoproteinleri olan GN ve GC yi oluşturur (Papa ve ark., 2002A). KKKA virüsünün M segmenti, nükleotiti kapsar ve şifrelediği protein aminoasiti kapsar (Morikawa ve ark., 2002) BUNYAVIRIDAE AİLESİNDEKİ VİRÜSLERİN REPLİKASYONU Virionlar ilk olarak hücre yüzeyindeki reseptörlere yapışırlar. Membran füzyonunu takiben, endositoz ile nükleokapsit ve RNA bağımlı RNA polimerazlar stoplazmaya geçer. İlk transkripsiyon ve viral proteinlerin translasyonu gerçekleşir. Viral RNA, 5
18 cdna aracılığıyla replike olur (Şekil 1.4). Golgi cisimciğinde veya plazma membranında yapı taşları birleştirilir. Plazma membranında tomurcuklanma ve zarlanarak hücre dışına çıkış veya golgi cisimciğinde zarlanma ve ekzositoz ile hücre dışına çıkış gerçekleşir (Whitehouse, 2004). Şekil 1.4 Bunyaviridae Ailesindeki Virüslerin Replikasyonu (Whitehouse, 2004) Virüsün konak hücre yüzeyindeki spesifik reseptöre bağlanmasıyla, virüsün hücre içine giriş basamağı tamamlanmış olur. KKKA virüsünün şu an için reseptörü bilinmemektedir. Araştırmalar, KKKA virüsünün hücre içine girişinin klatrin bağımlı endositozla gerçekleştiğini göstermiştir. Ayrıca, KKKA virüsünün girişine kolesterolle zenginleştirilmiş plazma membranına spesifik mikrodomainler aracılık etmektedir (Simon, 2008). Çünkü stoplazma yoğundur ve uzun geçişli difüzyona izin vermez. Hücre içi taşıma mikrotübüller veya aktin filamentler ve onlarla ilişkili motorlar aracılığıyla gerçekleşir. 6
19 Viral transkripsiyon işleminde, sabit ya da dinamik mikrotübüllere ihtiyaç vardır. Mikrotübüller viral montajda ve/veya çıkışta çok önemlidir. Bunun yanında taşıma trafiğinde aktin filamentler hazırdır ve moleküllerin hücre içine ve dışına salınımında önemlidir. KKKA virüsünün yaşam döngüsünde virüs proteinleri aktinle doğrudan ilişkili olup hücre içi pozisyonda önemlidir (Simon ve ark., 2009). KKKA virüsünün nükleokapsit proteini (NP) infekte ettiği hücrenin perinükleer bölgesinde lokalize olmuştur. Viral NP nin de perinükleer bölgeleri hedef alabilmesi için aktin filamentleri gereklidir (Andersson ve ark., 2004) Replikasyonda Glikoproteinlerin Önemi Viral glikoproteinler, hedef hücrelerin üzerindeki reseptör bölgelerini tanımaktan sorumludurlar. Virüsler bağlanmayı takiben endositoz ile hücre içine girerler. Stoplazmada replikasyon meydana gelir ve virionlar golgi bölgesindeki stoplazmik veziküller içerisinde endoplazmik retikulum boyunca tomurcuklanarak olgunlaşırlar. Olgunlaşan virionlar endoplazmik retikulumdan tomurcuklanarak ayrılırlar ve golgi bölgesinde, stoplazmik veziküller içerisine alınırlar. Buradan da füzyon işlemi ile virüs en dıştaki zarını almış olarak çıkar (Flick ve ark., 2003). N terminal glikoproten (GN), golgi kompleksine lokalize olmuştur. Tersine, C terminal glikoproteinler (GC) endoplazmik retikulumda bulunur (Ahmeti ve Raka, 2006). 7
20 2. MATERYAL VE YÖNTEM 2.1. Materyal Çalışmada 2008 yılında Tokat ve ilçelerinden toplanan keneler ile KKKA hastalığı öyküsü olan kişilerden alınan serum örneklerinden izole edilmiş viral RNA kullanılmıştır Kullanılan Kimyasal Madde ve Malzemeler Agaroz, Ethidium Bromür, Bromfenol Blue (Sigma), Tris, Gliserol, Asetat, EDTA, HCl, NaOH, Ethanol, amfisilin, agar, BamHI, XhoI, BSA, triptofan, maya ekstraktı, NaCl, Escherichia coli GM2163, Escherichia coli JM107, M13/pUC-F (Iontek) ve M13/pUC-R (Iontek), T7 PRMTR (Iontek) ve SP6 PRMTR (Iontek), KK536-F ve KK536-R primer setleri, Viral RNA İzolasyon Kiti (Roche), Plazmit İzolasyon Kiti (Roche), cdna Sentez Kiti (Roche), Klasik PCR Kiti (Promega), RT-PCR Kiti (Roche), Klonlama Kiti (Fermentas) kullanıldı. Bunların yanı sıra, erlen, beher, termometre, mezür, bistüri, falkon tüpleri, petri kapları, steril pipet uçları, steril appendorflar, steril PCR tüpleri ve cam şişeler kullanıldı Kullanılan Cihazlar Thermal Cycler (Peqlab), Santrifüjler (Appendorf, Hettich), UV transillüminatör (Syngene), Güç Kaynağı (Consort), Yatay Elektroforez (Scie-plas), Hassas Terazi (Acculab), ph metre (Hana), Otomatik Pipetler (Appendorf, Brand), Manyetik Karıştırıcılar, Vorteks (Ika), Buz makinası (Scotsman), Otoklav (Hiclave), Etüv (Memmert), Mikrodalga Fırın (Arçelik), +4 C deki, -20 C deki ve -80 C deki buz dolapları (Uğur, Arçelik, U410 Premium), Fotoğraf makinası (Sony), Saf Su Cihazları (Mes mp minipure, Millipore), Steril Kabin (Esco) ve Çalkalayıcı Etüv (Heidolph) kullanıldı. 8
21 Tampon ve Solüsyonların Hazırlanması M EDTA Solüsyonu g EDTA 90 ml saf su içerisinde manyetik karıştırıcı yardımıyla tamamen çözünene kadar karıştırıldı. ph: 8.0 a ayarlandıktan sonra hacim 100 ml ye tamamlandı. Otoklavda 121 C de 20 dk. steril edilip +4 C deki buz dolabında saklandı X Tris Asetat EDTA (TAE) Tamponu 242 g Tris, 57.1 ml Glasiyal asetik asit ve 100 ml 0.5 M EDTA manyetik karıştırıcı yardımıyla tamamen çözününceye kadar karıştırıldı. Hazırlanan çözeltinin ph ı Glasiyal asetik asit ile 8.5 e ayarlandı. Toplam hacim saf su ile 1 L ye tamamlandı. Otoklavda steril edilip +4 C deki buz dolabında saklandı X TE Tamponu 10 ml 1 M Tris HCl (ph: 8.0), 2 ml 0.5 M EDTA (ph: 8.0) homojenize edilip, hacim saf su ile 1 L ye tamamlandı. Hazırlanan tampon otoklavlanıp +4 C deki buz dolabında saklandı X TE Tamponu 1 ml 1 M Tris HCl (ph: 8.0), 0.2 ml 0.5 M EDTA (ph: 8.0) homojenize edilip, hacim saf su ile 1 L ye tamamlandı. Hazırlanan tampon otoklavlanıp +4 C deki buz dolabında saklandı Ethidium Bromür 10 mg Ethidium Bromür, 10 ml saf su içerisinde çözülerek hazırlandı ve +4 C deki buz dolabında saklandı. 9
22 Primerlerin Hazırlanması Çalışmada kullanılan pirmerlerden bazıları aşağıda verilmiştr; T7 PRMTR (GTA ATA CGA CTC ACT ATA), SP6 PRMTR (CAT TTA GGT GAC ACT ATAG), M13/pUC- F -20 (5 GTA AAA CGA CGG CCA GT 3 ), M13/pUC-R (5 AAC AGC TAT GAC CAT 3 ), KK536-R (5 TGG CAC ACC TTC ACA AAC TC 3 ) ve KK536-F (TGG ACA CAC CTT CAC AAA CTC) primerleri. T7 PRMTR primerine, 68,1 pmol/ul ve SP6 PRMTR primerine ise 65,5 pmol/ul 1X TE tamponu eklendi. KK536-R ve KK536-F primerlerine 62.4 pmol/ul 1XTE eklendi. M13/pUC-R ve M13/pUC-F primerleri de 1XTE ile sulandırıldı. Primerler tamamen çözünmeleri için +4 C de bekletildi. Stok primerler 100 um konsantrasyonda hazırlanmışken, çalışma kullanım stokları 10 um konsantrasyonunda hazırlanmıştır LB Besiyerinin Hazırlanması Rekombinant plazmit, Escherichia coli (E. coli) hücrelerine transforme edildi. Transforme olan hücrelerin seçimi ve çoğaltılması amfisilin içeren katı ve sıvı Luria Bertani (LB) besiyerlerinde gerçekleştirildi. Ayrıca toz halinde gelen E.coli hücreleri bir miktar LB besiyeri ile canlandırıldı Sıvı LB Besiyerinin Hazırlanması 10 g triptofan, 5 g maya ekstraktı, 10 g NaCl cam bir şişeye konup 950 ml distile su içerisinde manyetik karıştırıcı yardımıyla çözündü. Çözeltinin ph ı 7.0 a ayarlandı. Hacim, distile suyla 1000 ml ye tamamlandı. Otoklavda 20 dakika sterilizasyonu yapıldı. Hazırlanan bu besiyere, gerektiği kadar soğuduktan sonra, kullanım amacına göre 500 ul amfisilin eklendi. 10
23 Katı LB Besiyerinin Hazırlanması 10 g triptofan, 5 g maya ekstraktı, 10 g NaCl ve 15 g agar cam bir şişeye konup 950 ml distile su içerisinde manyetik karıştırıcı yardımıyla çözündü. Çözeltinin ph ı 7.0 a ayarlandı. Hacim, distile suyla 1000 ml ye tamamlandı. Otoklavda 20 dakika sterilizasyonu yapıldı. Hazırlanan bu besiyeri, gerektiği kadar soğuduktan sonra, kullanım amacına göre 500 ul amfisilin eklendi. Hazırlanan besiyeri petri kaplarına döküldü ve soğuyup katılaşması beklendi. 11
24 2.2. Yöntem Kene Dokularının Ayrılması Keneler -80 C den çıkarılarak sıvı azot içerisine alındı. Ardından petri kabına konan kene, steril bir bisturi yardımı ile enine olarak ikiye kesildi, iç organları çıkarıldı ve ul steril PBS tamponuyla karıştırıldı. Bu karışım enjektör yardımı ile çekilip bir appendorf tüplerine alındı. Enjektörün iğnesinden 5-10 kez geçirilen dokuların tamamen homojenize olması ve oluşan homojenat rpm de 5 dk. Santrifüj edilerek süpernatantı RNA izolasyonu için kullanıldı Viral RNA Ekstraksiyonu Kenenin ayrılan dokularından ve insan serumundan KKKA virüsüne ait RNA yı izole etmek için Roche High Pure Viral RNA Isolation kiti kullanılmıştır. İzolasyon, kit prosedürüne uygun olarak kısaca şu şekilde yapılmıştır: 1. İlk olarak çalışma solüsyonu hazırlandı. 12 numune için, bir appendorf tüpüne 5 ml Binding Buffer kondu. Üzerine 0,4 ml Elution Buffer ile çözdüğümüz carrier RNA dan 50 ul ekleyerek karıştırdık. Çalışma solüsyonu her zaman taze olarak hazırlandı ul serum veya plazmaya, 400 ul çalışma solüsyonu eklendi. İyice karıştırılarak filtreli tüplere aktarıldı rpm de 15 s santrüfüj edidi. Collection tüp değiştirildi. 4. Filtreli tüpe, 500 ul İnhibitör Removal Buffer (İlk kullanımda üzerine 20ml absolute ethanol eklendi) eklendi de 1dk. santrüfüj edildi. Collection tüp değiştirildi. 12
25 6. Filtreli tüpe, 450 ul Wash Buffer (İlk kullanımda üzerine 40 ml ethanol eklendi) eklendi de 1 dk. santrüfüj edildi. Collection tüp değiştirildi. 8. Tekrar 450 ul Wash Buffer eklendi de 1dk. santrüfüj edildi. Ardından maksimum hızda 10 s Santrifüj edildi. Collection tüp atıldı. Filtre bir appendorf tüp içerisine yerleştirildi ul Elution Buffer filtre içerisine eklendi de 1dk santrüfüj edildi. Filtre atıldı. Appendorf tüpü içerisinde kalan saflaştırılmış viral RNA 80 C de saklandı cdna Sentezi Elde edilen viral RNA dan cdna sentezlemek için Roche Transcriptor High Fidelity cdna Synthesis kiti kullanıldı. Prosedüre göre basamaklar kısaca şu şekildedir (Şekil 2.1): 1. Viral RNA dan 9 ul alınıp, PCR tüpüne kondu. 2. cdna sadece tek çeşit primerle üretileceğinden primer seçimi yapılır. Seçilen primerden 1 veya 2 ul kullanıldı. Bizim çalışmamızda Anchored-oligo (dt), Random Hexamer ve 536 primerleri kullanılmıştır. 3. Son hacim su ile 11,4 ul ye tamamlandı. 4. Isıtıcı kapaklı Thermal Block Cycler da, template-primer karışımı, 65 C de 10 dak ısıtılarak denatüre edildi. 5. Template- primer karışımını içeren tüp buz üzerinde tutuldu. 6. Üzerine Reverse Transkriptaz Reaksiyon Buffer dan 4ul eklendi. 7. Protector RNaz Inhibitör den 0,5 ul eklendi. 13
26 8. Deoksynükleotid Mix den 2 ul eklendi. 9. Son olarak DTT den 1ul, Reverse Transkriptaz dan 1,1 ul eklendi. Son hacmin 20 ul ye ulaşmasına dikkat edildi. 10. Karışım, ısıtıcı kapaklı Thermal Block Cycler da 30 dk. 55 C de 10 dk. 45 C de, 5 dk 85 C de inkübe edildi. 11. Sentezlenen cdna, -20 C de saklandı. Elde edilen cdna ların KKKA virüsüne ait olup olmadığı Real Time PCR da kontrol edildi. 14
27 Şekil 2.1 cdna Sentez Basamakları ( Reverse Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) Elde edilen viral RNA ların Roche kitine göre RT-PCR ları yapıldı. Prosedürün basamakları takip edildi. 1. Kullanılacak komponentler buz üzerinde çözüldü. 2. dntp mix den 0.8 ul, PCR tüpüne eklendi. 3. DMSO dan ve DTT solution dan 2.5 ul eklendi. 4. RNaz inhibitor den 0.5 ul eklendi. 5. Upstream ve Downstream primerlerden 1 ul kullanıldı. Bu çalışmamızda 536 R, 536 F primerleri kullanıldı. 6. Template RNA dan 5 ul kullanıldı. 7. RNaz free su ile son hacim 25 ul ye tamamlandı. 8. Ardından tekrar 13 ul RNaz free su eklendi 9. 5X RT-PCR buffer dan 10 ul, C. therm. polymeraz mixture dan 2 ul eklendi. 10. Toplam hacim 50 ul ye ulaştı. RT-PCR işlemi KK536-R (5 TGG CAC ACC TTC ACA AAC TC 3 ) ve KK536-F (TGG ACA CAC CTT CAC AAA CTC) primerleri kullanılarak yapılmıştır. RT-PCR 55 o C 30 dak, 94 o C 10 dak., 35 döngü 94 o C 30 s, 55 o C 1 dak., ve 72 o C de 10 s ve 72 o C de 5 dak. son uzama koşullarında gerçekleştirilmiştir. RT-PCR ürünleri %1 lik agaroz jel elektroforezinde koşturularak görüntülenmiştir Agaroz Jel Elektroforezi Agaroz Jelin Hazırlanması Elektroforez tanklarını doldurmak ve jel hazırlamak için ph ı olan yaklaşık 50 mm konsantrasyonda tris-asetat (TAE) tamponu kullanıldı. Steril ve kuru bir erlene, 100 ml TAE tamponu, 1 g agaroz ilave edildi. Tampon içerisindeki agaroz tamamen eriyene kadar mikrodalga fırında tutuldu. Erlen düzenli olarak karıştırılarak agarozun 15
28 tamamen erimesi sağlanır. Ardından erimiş agaroza 5 ul ethidium bromür eklendi ve jel elektroforez tankına dökülür. Jelin katılaştıktan sonra üzerine TAE tamponu döküldü ve taraklar çıkarıldı Örneklerin Yürütülmesi Örneklerin sayısı kadar tüp alındı. Her bir tüpe 2 ul bromfenol mavisi (BFB) eklenerek kısa süreli spin yapıldı. İlk kuyucuğa standart diğerlerine de numuneler konuldu. Güç kaynağı 100 ampere ayarlanarak 20 dakika koşturuldu Klonlama Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKHA) virüsü genomunun klonlanması için Fermentas ın K1213, K1214 Instaclone PCR Cloning Kiti kullanıldı. Prosedüre göre: Ligasyon Ligasyon mix hazırlandı. Bunun için: Vektör ptz57r (Şekil 2.2) den 3ul kullanıldı. 5X Ligasyon Buffer dan 6ul kullanıldı. T4 DNA Ligaz dan 1 ul kullanıldı. PCR ürünü saflaştırılmadan kullanıldığında, T4 DNA ligazın tuzlarla inhibe olmasını önlemek için 4ul den fazla kullanılmadı. Saflaştırılmış PCR ürününden değişken miktarlarda kullanılabilir. Son hacmin 30 ul olması için kalan miktar su ile tamamlandı. Biz bu çalışmada 15 ul saflaştırılmış PCR ürünü kullandık. 1. Ligasyon mix, oda sıcaklığında (22 C) 1saat inkübe edildi. Bakteriyel transformasyon için ligasyon mix den 2.5 ul kullanıldı. 16
29 Şekil 2.2 ptz57r/t vektörü ( Transformasyon Transformasyon işlemi (Şekil 2.3) için taze bakteri kolonileri kullanılmalıdır. Biz bu çalışmamızda, bir gece önce 10 ml amfisilinsiz sıvı LB besiyerinde, 37 C de çalkalanarak inkübe edilen E. coli GM2163 ve E. coli JM107 bakterilerini kullandık. Bakteriler ilk olarak kompotent hale getirildi. Prosedüre göre: 1. Overnight bakteriyel kültürün 150 ul sine, pre-warmed C mediumdan 1,5 ml eklenir. 37 C de inkübatörde 20 dk çalkalanarak inkübe edildi. 2. Bakteri hücreleri 1 dk santrifüj edilerek pelleti ayrıldı, süpernatant atıldı. 3. Hücreler 300 ul T-solution içerisinde resuspanse edildi. Buz üzerinde 5 dk inkübe edildi. 4. Hücreler 1 dakika mikrosantrifüjde santrifüj edildi, süpernatant atıldı. 5. Pellet, 120 ul T-solution içerisinde resuspanse edildi. Buz üzerinde 5 dk. inkübe edildi. 17
30 6. Temiz mikrosantrifüj tüplerine 2,5 ul ligasyon mix veya 1 ul supercoiled DNA eklendi. 7. Hazırlanan hücrelerden, her biri DNA içeren tüplere 50 ul eklenir, karıştırılır ve 5 dk. buz üzerinde inkübe edildi. 8. Hemen pre-warmed LB ampisilinli agar tabaklarına ekildi. Tüm gece 37 C de inkübe edildi. Şekil 2.3 PCR ürününün klonlanması ( 18
31 Rekombinant Kolonilerin Analizi Plazmit İzolasyonu Petri tabağında oluşan kolonilerden (Şekil 2.4) rastgele seçim yapıldı. Steril bir falkon tüpüne 20ml amfisilinli sıvı LB konuldu. Seçilen koloni bir öze yardımıyla sıvı LB içerisine ekildi ve çalkalayıcı etüvde, 37 C de bir gece inkübe edildi. Ertesi gün, oluşan klonlar rpm de 10 dk. santrifüj edildi. Pellet süpernatanttan ayrıldı. Süpernatant atıldı ve pelletten plazmit izolasyonu yapıldı. Plazmit izolasyonu için Roche High Pure Isolation kiti kullanıldı. Şekil 2.4 Rekombinant Koloniler Solüsyonların Hazırlanması Süspansiyon tamponundan 1 ul alınıp liyofilize RNaz içeren cam şişeye eklendi. Oluşan RNaz/Süspansiyon karışımı +4 C de saklandı. İlk kullanımdan önce wash buffer I içerisine 20 ml ethanol eklendi ve oda sıcaklığında saklandı. İlk kullanımdan önce wash buffer II içersine 40 ml ethanol eklendi ve oda sıcaklığında saklandı. 19
32 Plazmit İzolasyon Basamakları 1. Appendorf tüpü içerisindeki pellete 250 ul RNaz/süspansiyon tamponu eklendi ve 30 s, 6000 rpm de santrifüj edildi. 2. Süpernatant atıldı ul lizis tamponu eklenir. Nazikçe karıştırılır, oda sıcaklığında 5 dk inkübe edilir ul buz üzerindeki binding tamponundan eklendi. Nazikçe karıştırılıp 5 dk buz üzerinde inkübe edildi. Maksimum hızda 10 dk santrifüj edildi. 5. Pellet atıldı. 6. Süpernatant filtreli tüpe alınıp, maksimum hızda s santrifüj edildi. 7. Altta kalan atıldı ul wash buffer I eklenip rpm de 1 dk santrifüj edildi. 9. Altta kalan atıldı ul wash buffer II eklendi rpm de 1 dakika santrifüj edildi. Altta kalan atıldı ul elution buffer eklenip rpm de 1 dk santrifüj edildi. Filtre atılıp, altta kalan, appendorf tüpünde -20 C de saklandı. Saflaştırılan plazmitlerler PCR ile test etmek için -20 o C de saklandı. Bazıları ise uygun restriksüyon endonükleazlarla kesilerek agaroz jelde yürütüldü Klasik Polimeraz Zincir Reaksiyonu Pozitif klonlardaki rekombinant plazmitlerde klonlanacak DNA fragmentinin varlığını tespit etmek için PCR yapıldı. PCR testleri Promega PCR kiti kullanılarak yapıldı. 10X Tag tamponundan 2.0 ul PCR tüpüne konur. dntp karışımından 2.0 ul eklenir. MgCl2 den 1.2 ul konur. 0.6 ul forward primerden, 0.6 ul reverse primerden eklenir. Tag DNA polimeraz enziminden 0.1 ul konur. Saflaştırdığımız plazmitten 5 ul kullanıldı. 20
33 Total hacmin 25 ul ye ulaşması için kalan hacim su ile tamamlanmak üzere 11.4 ul saf su kullanıldı. PCR işlemi 94 o C 5 dak., 35 döngü 94 o C 30 s, 55 o C 1 dak., ve 72 o C de 10 s ve 72 o C de 5 dak. son uzama koşullarında gerçekleştirilmiştir. PCR ürünleri %1 lik agaroz jel elektroforezinde koşturularak görüntülenmiştir. Klonlanan DNA ya ait pozitif bantlar jelden ekstrakte edildi ve dizi analizine gönderildi Plazmitin Restriksüyon Endonükleaz Enzimi İle Kesilmesi Plazmit, çoklu klonlama bölgesinin (Şekil 2.5) özelliğine göre uygun enzimle kesilir. Aynı anda klonlanan DNA nın da bu enzimler tarafından kesilip kesilmediğine bakılarak uygun enzim seçilir (Şekil 2.6) ve agaroz jelde oluşan bantlar yorumlanır. Şekil 2.5 TZ57R/T plazmitinin çoklu klonlama bölgesinin haritası 21
34 15 ul plazmit DNA 3 ul 10X BSA 3 ul 10X Buffer Multicore 1 ul XBaI 1 ul BamHI 7 ul distile su Total hacmin 30 ul olmasına dikkat edildi. 37 C deki thermal block içerisinde 4 saat inkübe edildi. Her saat başı spin yapıldı. Şekil 2.6 KKKA Virüsünün Genomunu Kesen Enzimler 22
35 3. BULGULAR ve TARTIŞMA 3.1. KKHAV S Fragment Taşıyan Rekombinant Plazmit Üretimi ve Klasik PCR Yöntemi ile Test edilmesi Bu çalışmada KKKA pozitif 2 örnekten viral RNA izole edilmiş ve bu RNA örneklerinden KK536-R (5 TGG CAC ACC TTC ACA AAC TC 3 ) ve KK536-F (TGG ACA CAC CTT CAC AAA CTC) primerleri kullanılarak RT-PCR yapılmıştır. 536 baz çiftlik RT-PCR ürünleri (Şekil 3.1) bir klonlama kiti kullanarak TZ57R/T plazmitine aktarılmıştır. Daha sonra E. coli hücreleri rekombinant TZ57R/T plazmit (TZ57R/T-CCS536) ile taransfekte edilerek plazmit klonlanmıştır. Hücreler bir gece 37 C deki etüvde inkübe edildi. Oluşan kolonilerden rastgele seçim yapılarak amfisilinli sıvı LB besiyerine ekimleri yapıldı. Bir gece çalkalayıcı etüvde 37 C de inkübe edildi. Ertesi gün pellet oluşturulup plazmit izolasyonları yapılmış ve bu plazmit, 536 R ve M13/pUC F primerleri kullanılarak PCR ile test edilmiştir. Oluşan PCR ürünlerin agaroz jelde görüntülenerek baz çifti büyüklükteki DNA bandı varlığı doğrulanmıştır (Şekil 3.2). Şekil bp lik KKKAV S Segmentinin RT-PCR İle Çoğaltılması. S, DNA standardı; Ö, Test edilen örnek. İkinci sıradaki yaklaşık 536 baz çiftlik 23
36 bant pozitif ürünü göstermektedir. Bu ürün klonlamada kullanılan üründür. Şekil 3.2 Pozitif klonlardaki S Segmentinin PCR İle Doğrulanması. STD, DNA standardı; NK1/2, negatif plazmitler; PK1/2 pozitif plazmiler. PK2, yaklaşık 540 baz çiftlik pozitif ürünü taşıyan pozitif rekombinant plazmittir. Bu PCR testlerinde NK1/2 için M13F/R ve PK1/2 için M13F/536R primerleri kullanılmıştır. 4. SONUÇ Sonuç olarak bu çalışmada hedeflediğimiz ve KKHAV S segmentine ait kısmı peptit üretebileceğimiz ve aynı zamanda moleküler testlerde pozitif kontrol olarak kullanılabilecek bir kontrol plazmit (TZ57R/T-CCS536) üretilmiştir. Bu rekombinant plazmitin modifiye edilmesi veya daha büyük fragmentler taşıyan yeni plazmitler üretilmesi mümkündür. Bu çalışmamız virüsün diğer fragmentlerinin klonlanmasına yönelik çalışmalarımıza ışık tutacaktır. 24
37 KAYNAKLAR Ahmeti, S., Raka, L., Crimean Congo Haemorrhagic fever in Kosova: a fatal case report. Virology Journal, 3: 85doi: 10,1186/ X Andersson, I., Simon, M., Lundkvist, A., Nilsson, M., Holmstrom, A., Elgh, F., Mirazimi, M., Role of actin filaments in targeting of Crimean Congo hemorrhagic fever virus nucleocapsid protein to perinuclear regions of mammalian cells. J Med virol, 72 (1), Eliot, R.M., Schmaljohn C.S., Collet, M.S., Bunyaviridae genom structure and gene expression. Curr Top Microbiol Immunol, 169, Eliot, R.M., Bouloy, M., Calisher, C.M., Goldbach, R., Moyer, J.T., Nichol, S.t., Pettersson, R., Plyusnin, A., Schmalijohn, c.s., Family Bunyaviridae. Virus taxonomy. Seventh report international committee for the taxonomy of viruses. Ed: Van Regenmortel, M.H.V., Fauquet, C.M., Bishop, D.H.L., Carstens, E.B., Estes, M.K., Lemon, S., Maniloff, J., Mayo, M.A., McGeorgh, D., Pringle, C.r., Wickner, R.B. Academic Pres, San Diego, CA, pp Ergonul, O., Crimean-Congo haemorrhagic fever. Lancet Infect Dis 2006, 6: Ergonul, O., Kırım Kongo hemorajik ateşi: geçmiş ve gelecek. Klimik 2007 XIII. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi. Flick, R., Flick, K., Feldmann, H., Elgh, F., Reverse genetics for Crimean Congo hemorrhagic fever virus. J Virol, 77 (10), Haferkamp, S., Fernando, L., Schwarz, T.F., Feldmann, H., Flick, R., Intracellular localization of Crimean Congo hemorrhagic fever (CCHF) virus glycoproteins. Virology Journal, 2: 42 doi: 10,1186/ X Le Guenno, B., Emerging viruses. Sci Am, 273, Lindenbach, B.D., Rice, C.M., Chanock, R.M., Flaviviridae: the viruses and their replication. In Fields virology. 4th edition. Edited by: Knippe DM, Howley PM, et al.. Philadelphia, PA:Lippincot, Williamd & Willkins, Marriott, A.C., Nuttall, P.A., Comparison of the S RNA segments and nucleoprotein sequences of Crimean-Congo hemorrhagic fever, Hazara, and Dugbe viruses. Virology, 189(2), Meissner, J.D., Seregin, S.S., Seregin, S.V., Yakimenko, N.V.,Vyshemirskii, O.I., Netesov, S.V., Petrov, V.S., Complete L segment coding-region sequences of Crimean Congo hemorrhagic fever virus strains from the Russian Federation and Tajikistan. Arch Virology, 151(3),
38 Mettenleiter T.C., Herpesvirus assembly and egress. J Virol 2002, 76(4), Morikawa, S., Qing, T., Xinqin, Z., Saijo, M., Kurane, I., Genetic diversity of the M RNA segment among Crimean-Congo hemorrhagic fever virus isolates in China. Virology, 296(1), Nichol, S.T., Bunyaviruses. Ed: Knipe, D.M., Howley, P.M. Fields Virology, vol. 1, 4th ed. Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, Papa, A., Ma, B., Kouidou, S., Tang, Q., Hang, C., Antoniadis, A, Genetic characterization of the M RNA segment of Crimean Congo hemorrhagic fever virus strains, China. Emerg Infect Dis, 8(1), Papa, A., Bino, S., Velo, E., Harxhi, A., Kota, M., Antoniadis, A., Cytokine levels in Crimean Congo hemorrhagic fever. Journal of Clinical Virology, Volume 36, Issue 4, Pages Seregin, S.V., Tumanova, I.Iu., Petrova, I.D., Iashina, L.N., Kuzina, I.I., Vyshemirskii, O.I., Gutorov, V.V., Seregin, S.S., Tiunnikov, G.I., Samokhvalov, E.I., L'vov, D.K., Netesov, S.V., Petrov, V.S., Genomic S segment of Crimean- Congo hemorrhagic fever virus circulating in Russia and Bulgaria. Vopr Virusol, 51(3), Simon, M., Crimean Congo hemorrhagic fever Virus: Interactions with host cell structures in viral replication (Ph. D.), Karolinska Instituet Stockholm. Simon, M., Johansson, C., Lundkwist, A., Miraazimi, A., Microtubule dependent and microtubule independent steps in Crimean Congo hemorrhagic fever virus replication. Virology, 385 (2), Simpson, D.L., Viral hemorrhagic fevers of man. Bull WHO, 56, Van Regenmorte, M.H.V., Fauguet, C.M., Bishop, D.M.L., Carstens, E.B., Estek, M.K., Lemon, S.M., Manilaff, J., Mago, M.A., McGeach, D.J., Pringle, C.R., Wicknen, R.B., th report of the international committee of taxonomy of viruses. Virus Taxonomy, Vesenjak-Hirjan, J., Punda-Polic, V., Dobe, M., Geographical distribution of arboviruses in Yugoslavia. J Hyg Epidemiol Microbiol Immunol, 35(2), Whitehouse, C.A., Crimean-Congo hemorrhagic fever. Antiviral Res, 64(3),
39 ÖZGEÇMİŞ Kişisel Bilgiler Adı Soyadı : Aşiyan Karabulut Doğum Tarihi ve Yer : /Alaçam Medeni Hali : Bekâr Yabancı Dili : İngilizce Telefon : asiyan_karabulut@mynet.com Eğitim Derece Eğitim Birimi Mezuniyet Tarihi Yüksek Lisans GOÜ Fen Bil. Enst. Moleküler Biyoloji Lisans PÜ Fen Edb. Fak. Biyoloji Bölümü Lise Bafra Kızılırmak Lisesi İş Deneyimi Yıl Yer Görev Yakakent Sarıköy İlköğretim Okulu Sınıf Öğretmeni Yakakent Çamalan İlköğretim Okulu Sınıf Öğretmeni Yayınlar Hobiler Kitap okumak, Müzik dinlemek. 27
Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virusu
Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virusu Aykut ÖZKUL Ankara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi Viroloji Anabilim Dalı İçerik Tarihçe Sınıflandırma Virion Yapısı Genom Kültivasyon Replikasyon Genetik Stabilite
DetaylıPOLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)
Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid
DetaylıProtein Ekstraksiyonu
Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri
DetaylıHafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri
GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli
DetaylıDNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.
DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış
DetaylıKromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar
Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A
DetaylıREAKSİYON PRENSİPLERİ
REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda
DetaylıREAKSİYON PRENSİPLERİ
REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION
DetaylıPROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI
PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak
DetaylıProtokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon
Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen
DetaylıREKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL 1960 lardan bu yana genetik ve moleküler biyolojideki kavrayışımızın hızla artması, biyoteknolojide heyecan verici buluşlar ve uygulamalara yol açtı. DNA yapısı ve fonksiyonlarının
DetaylıATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ
ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEM YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Fenolik maddeler uçucu özellik göstermeyen safsızlıklardan distilasyon işlemiyle ayrılır ve ph 7.9 ± 0.1 de potasyum ferriksiyanür
DetaylıProtokolü PD S Reaksiyon
Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 www.bmlabosis.com İnternal Pozitif
DetaylıRTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti
RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050
DetaylıDÜNYADA VE TÜRKİYEDE KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ EPİDEMİYOLOJİSİ
DÜNYADA VE TÜRKİYEDE KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ EPİDEMİYOLOJİSİ Doç. Dr. Fazilet Duygu Başkan Yardımcısı 08.04.2016 Sunum İçeriği - KKKA Genel Bilgiler - Dünyada KKKA Epidemiyolojisi - Türkiye de KKKA
DetaylıRTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca
DetaylıRekombinant DNA Teknolojisi-II
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-II Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2
DetaylıMikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D
Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya
DetaylıAgaroz jel elektroforezi
MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük
Detaylıattomol apo B-100 quicktype
attomol apo B-100 quicktype İnsan apolipoprotein B-100 (apo B-3500 mutasyonu) gen inde 10708G>A geçiş tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1015
DetaylıKırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi
Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi Bakır M¹, Engin A¹, Kuşkucu MA², Bakır S³, Gündağ Ö¹, Midilli K² Cumhuriyet Üniversitesi
DetaylıTÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF
TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF PROJE ÖNERİSİ ADI TUHAF MATERYALLERDEN İZOLE EDİLEN DNA
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI güz dönemi 2. HAFTA GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 2014-2015 güz dönemi 2. HAFTA GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARINDA KULLANILAN CİHAZLAR ÇEKER OCAK STERİL KABİN HASSAS TERAZİ
DetaylıM47 MICROGEN STREP MICROGEN
M47 MICROGEN STREP MICROGEN Strep; kültür ortamından Streptococcus Lancefield gruplarının (A, B, C, D, F ve G) tespitini hızlı bir şekilde gerçekleştiren latex slide aglütasyon testidir. İnsanda enfeksiyona
DetaylıListeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti
Listeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti Protokol PD LM00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 W www.bmlabosis.com İnternal
DetaylıOsmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri
Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü
DetaylıReplikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ
Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK
DetaylıMİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI
MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI Çevre Mühendisliği Laboratuarlarında yaptığımız mikrobiyolojik deneylerde en çok buyyon ve jeloz besiyerlerini
DetaylıPCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi
Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade
DetaylıKIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ HASTALIĞI (KKKA) VE KARADENİZ BÖLGESİ NDEKİ DURUMU
KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ HASTALIĞI (KKKA) VE KARADENİZ BÖLGESİ NDEKİ DURUMU Hamza KADI Veteriner Hekim Samsun Veteriner Kontrol Enstitüsü Viroloji Laboratuvarı Tarihçe 12. yy da bugünkü Tacikistan bölgesinde
DetaylıLizis tamponu (50mL) : NaC 0,15M, EDTA 5mM, Tris-HCL 50mM, Np40 %1, Proteaz inhibitör kokteyli-1 tablet (Roche 50mL için ETDA free)
4. UYGULAMALI PROTEİN ELDESİ YÖNTEMLERİ A. BİLGİ Organlarda, dokularda ve hücre içerisinde bulunan proteinlerin analiz edilebilmesi için önce hücrenin dışına, bir sıvı içerisinde çıkarılmalıdırlar. Bu
DetaylıTEKNİK ŞARTNAME. 1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react
1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react TEKNİK ŞARTNAME 1) Kit hot-start PCR reaksiyonları, kantitasyon, SNP ve mutasyon çalışmaları için uygun 2) Kit ; primer, Prob ve template DNA haricind başka malzeme
DetaylıDÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)
DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel
DetaylıJELATİN VE JELATİN İÇEREN ÜRÜNLERDE DNA İZOLASYON YÖNTEMİ İLE TÜR TESPİTİ
MARMARA ARAŞTIRMA MERKEZİ GIDA ENSTİTÜSÜ Gebze, Kocaeli JELATİN VE JELATİN İÇEREN ÜRÜNLERDE DNA İZOLASYON YÖNTEMİ İLE TÜR TESPİTİ Mediha Esra ALTUNTOP YAYLA, Canan DOĞAN EKİNCİ, Serkan SAVSAR 2016 12.
DetaylıRTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti
RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100
DetaylıPOYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK
POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK EDVOTEK VİZYON Edvotek, bir çok disiplini bir araya getirerek karmaşık gibi görünen birçok bilimin temellerini anlatarak «Nasıl bilim adamı yetiştiririz?» sorusuna karşılık
DetaylıGenom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri
Salgınların Araştırılmasında Hızlı Genotiplendirme Yöntemleri Avantajları-Dezavantajları Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobioyoloji Anabilim Dalı Moleküler Genetik
DetaylıKAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA
İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7
DetaylıAmasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi
Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL GC Kantitatif
DetaylıRTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı
DetaylıKırım-Kongo Kanamalı Ateş hastalarında tip I (α, β) interferon ve viral yük düzeyleri ile klinik seyir arasındaki ilişkinin araştırılması
Kırım-Kongo Kanamalı Ateş hastalarında tip I (α, β) interferon ve viral yük düzeyleri ile klinik seyir arasındaki ilişkinin araştırılması Büyükhan İ, Bakır M, Engin A, Sümer Z, Gözel MG, Elaldı N, Dökmetaş
DetaylıKIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ (KKKA) Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Komitesi 2015
KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ (KKKA) Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Komitesi 2015 KKKA-Türkiye 2002 yılının ilkbahar ve yaz aylarında özellikle,
Detaylı18- Teklif veren firma üretici firmadan aldığı yetki belgesini sunmalıdır.
1- TOPLAM ANTİOKSİDAN KAPASİTE ÖLÇÜM (TAS) KİTİ TEKNİK ŞARTNAMESİ 1- Kitin reaktifleri ve standartları tamamen likit 2- Toplam Antioksidan Kapasite Direkt olarak ölçmelidir. 3- Kit kullanıma hazır 4- Kit
DetaylıUygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!
Uygulamalı Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları Yaz Dönemi Başlıyor! : DNA izolasyonu, Primer tasarımı, PCR Teknikleri, Agaroz Jel Elektroforezi,
DetaylıTRANSLASYON ve PROTEİNLER
TRANSLASYON ve PROTEİNLER Prof. Dr. Sacide PEHLİVAN 13 Aralık 2016 mrna daki baz sırasının kullanılarak amino asitlerin doğru sıra ile proteini oluşturmasını kapsayan olayların tümüne Translasyon veya
DetaylıEnzimlerinin Saptanmasında
Gram Negatif Bakterilerde Karbapenemaz Enzimlerinin Saptanmasında OXA-48 K-Se T, Blue-Carba Test ve PCR Testlerinin Etkinliğinin Karşılaştırılması Ayham Abulaila, Fatma Erdem, Zerrin Aktaş, Oral Öncül
DetaylıAMASYA ÜNİVERSİTESİ. GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL
GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif GC Kantitatif 75 TL 100 TL 125 TL GC Kantitatif İlave Bileşen Başına GAZ KROMATOGRAFİSİ KÜTLE SPEKTROMETRESİ ANALİZLERİ (GC/MS) GC/MS Kalitatif GC/MS
DetaylıNÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN
Detaylı(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)
T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER
DetaylıBAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ
BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür
Detaylıİstanbul daki El Ayak Ağız Hastalığı Vakalarında Coxsackievirus A6 ve Coxsackievirus A16 nın Saptanması
İstanbul daki El Ayak Ağız Hastalığı Vakalarında Coxsackievirus A6 ve Coxsackievirus A16 nın Saptanması Dr. Ayşe Nur CEYLAN Antalya 11/11/2017 Sunum Planı 1. Amaç 2. Enterovirüsler 3. El Ayak Ağız Hastalığı(EAAH)
DetaylıGen Klonlanması. & DNA kütüphanelerinin oluşturulması. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
8. Ha&a Gen Klonlanması & DNA kütüphanelerinin oluşturulması Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Gen Klonlanması Klonlama ne demektir? Gen klonlaması nedir? Bütün bir organizmayı klonlamadan farkı nedir? Gen klonlaması
DetaylıRTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Klavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Maya örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09002050
DetaylıArboviruslar. Prof.Dr.Ali Ağaçfidan İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Arboviruslar Prof.Dr.Ali Ağaçfidan İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Arboviruslar Arthropod-borne virus İnsan da hastalık etkeni olabilen 130 dan fazla arbovirus bilinmektedir. Viruslar,
DetaylıGEN KLONLAMASI. copyright cmassengale
GEN KLONLAMASI copyright cmassengale 1 Klonlama nedir? Bir genin vekto re yerleştirilmesi ve bu vekto ru n bakteri hu crelerine transformasyonu sonucunda hu crelerin bo lu nmesi sırasında vekto ru n de
DetaylıGonca Dönmez Ergün Pınarbaşı Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, Sivas, Türkiye
Araştırma Makalesi / Research Paper Öz Ege Tıp Dergisi / Ege Journal of Medicine 2016;55(4):168-174 Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteininin rekombinant olarak elde edilmesi ve da kullanımı
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı
DetaylıKLONLAMA VEKTÖRLERİ DR. ONUR YILMAZ ADÜ ZİRAAT FAKÜLTESİ ZOOTEKNİ BÖLÜMÜ BİYOMETRİ & GENETİK ABD
KLONLAMA VEKTÖRLERİ DR. ONUR YILMAZ ADÜ ZİRAAT FAKÜLTESİ ZOOTEKNİ BÖLÜMÜ BİYOMETRİ & GENETİK ABD Vektörler, kendilerine eklenen yabancı DNA parçasını konakçı hücreye taşıyan ve burada çoğalmasını sağlayan
DetaylıKONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar
KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar AMAÇ: - Moleküler Biyoloji laboratuvarında kullanılan çözeltileri ve hazırlanışlarını öğrenmek. - Biyolojik tamponların kullanım amaçlarını,
DetaylıAliye Baştuğ Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi. Ekmud VHA Kursu
Aliye Baştuğ Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Ekmud VHA Kursu 11.5.2016 Virus Karakteristikleri Tarihçe Ekoloji Epidemiyoloji Yüksek riskli bölgelerde neler yapılabilir? KKKA virusu Nairovirus
DetaylıRT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler
RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod
DetaylıRTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit
DetaylıM. Kerem ÇALGIN 1, Fikret ŞAHİN 1, Melike ATASEVER 2, Deniz KÖKSAL 2, Djursun KARASARTOVA 1, Mehmet KIYAN 1. AÜTF Tıbbi Mikrobiyoloji ABD 2
Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Eflüks Pompa Yapısına Katılan Gen Ekspresyonlarının Çoklu İlaç Direnci Gelişimi Üzerine Olan Etkisinin Araştırılması M. Kerem ÇALGIN 1, Fikret ŞAHİN 1, Melike ATASEVER
DetaylıRTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05
RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı
DetaylıVİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)
VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen
DetaylıAvian Flu Screening&Typing H5, H7
REF V-34-50R VER 04.03.08 Avian Flu Screening&Typing H5, H7 Kullanılan Semboller REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın RUO Sadece Araştırma Kullanımı için Dikkat! LOT Lot Numarası VER Versiyon Son
Detaylıcdna Kitaplık Hazırlanışı
cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki
DetaylıMAIA Pesticide MultiTest
MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda
DetaylıHalis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral
Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik
DetaylıHücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz
Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde
Detaylıattomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş 2. Genel Açıklamalar
attomol HLA-B*27 HLA-B*27 in tespitine yönelik kit (Doku tiplemesi için kullanmayın!) Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 40 tespit sipariş numarası: 1030 1.Giriş İnsan lökosit antijenleri(hla)
DetaylıSoru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:
Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml
DetaylıBrusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1
Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Spesifik tanı yöntemleri: 1. Direk (kült ltür r ve bakterinin gösterilmesi) g 2. Antikorların n gösterilmesig 1.Standart tüp aglütinasyonu 2.Rose Bengal
DetaylıKKKAH ve Aşı Çalışmaları. Prof. Dr. AYKUT ÖZDARENDELİ ERCİYES ÜNİVERSİTESİ AŞI ARAŞTIRMA VE GELİŞTİRME MERKEZİ
KKKAH ve Aşı Çalışmaları Prof. Dr. AYKUT ÖZDARENDELİ ERCİYES ÜNİVERSİTESİ AŞI ARAŞTIRMA VE GELİŞTİRME MERKEZİ 12.yy Tacikistan da tanımlanmış KKKA ilk tarihçesi Kanama Burun kanaması Kara ölüm Kırım 1944-45
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)
MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma
Detaylı00220 Gıda Biyokimyası
00220 Gıda Biyokimyası Hazırlayan: Doç.Gökhan DURMAZ 00220 Gıda Biyokimyası-Şubat 2013 1 Bu notların hazırlanmasında aşağıdaki eserlerden yararlanılmıştır; Biyokimya, Engin Gözükara, Nobel Tip Kitabevi,
Detaylıα1-antitrypsin quicktype
attomol α1-antitrypsin quicktype İnsan α-1 antitripsin gen inde M-, Z- and S-alellerin tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! Z-mutasyonun tespiti için 10 sipariş numarası:
DetaylıULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ
ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ Örnekleme Çalışmaları: Önemli Noktalar DNA ÇALIŞMASI Projenin
Detaylı7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ
7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ Başlıklar 1. Prokaryotlar gen ifadesini çevre koşullarına göre düzenler 2. E. Coli de laktoz metabolizması 3. Lac operonu negatif kontrol 4. CAP pozitif kontrol
Detaylı7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ
7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ Başlıklar 1. Prokaryotlar gen ifadesini çevre koşullarına göre düzenler 2. E. Coli de laktoz metabolizması 3. Lac operonu negatif kontrol 4. CAP pozitif kontrol
DetaylıBRCA 1/2 DNA Analiz Paneli
FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5
DetaylıSİNOP ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL VE TEKNOLOJİK ARAŞTIRMALAR UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ ANALİZ-METOT ÜCRET LİSTESİ X-Işınları Tek Kristal Analizi (XRD)
XRD-1 Ön İnceleme 50 TL 60 TL 75 TL XRD-2 Data Toplama 100 TL 150 TL 200 TL XRD-3 Data Toplama 50 $ Yurt Dışındaki Üniversiteler SİNOP ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL VE TEKNOLOJİK ARAŞTIRMALAR UYGULAMA VE ARAŞTIRMA
Detaylı1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)
KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,
DetaylıDEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu
DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu ANTİMİKROBİYAL MADDELERİ ARAŞTIRMA GELİŞTİRME VE TEST LABORATUAR HİZMETLERİ
DetaylıDNA nın restriksiyon enzimleriyle (RE) kesilmesi. Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler DNA nın RE leri ile kesilmesi
DNA nın restriksiyon enzimleriyle (RE) kesilmesi Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-4 Günümüzde 500 den fazla RE ticari olarak üretilmektedir. RE ler genellikle 10 U/ul konsantrasyonda satışa sunulmaktadır.
DetaylıVİRUSLARIN HÜCRE KÜLTÜRÜNDE ÜRETİLMESİ
VİRUSLARIN HÜCRE KÜLTÜRÜNDE ÜRETİLMESİ Prof.Dr. Yılmaz Akça Prof.Dr. Feray Alkan Prof.Dr. Aykut Özkul Prof.Dr. Seval Bilge-Dağalp Prof.Dr. M. Taner Karaoğlu Prof.Dr. Tuba Çiğdem Oğuzoğlu VİRUSLARIN HÜCRE
DetaylıHücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik)
Hücre Biyoloji Laboratuarı 2014-2015 Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik Konular: ph ve tamponlar, hücre kültür tekniği, mikrometrik ölçüm ph ve Tamponlar 1. ph sı 8.2 olan 500 ml. 20mM Tris/HCl
DetaylıDENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi
DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI Genel Bilgi 1. Çözelti İki ya da daha fazla maddenin herhangi bir oranda bir araya gelerek oluşturdukları homojen karışıma çözelti denir. Diğer bir deyişle, bir maddenin
DetaylıBakteri Hücrelerinde Bölünme
Bakteri Hücrelerinde Bölünme Bakteri hücrelerinde eşeysiz çoğalma görülür. Bu da ana hücrenin DNA miktarını ikiye (replikasyon) çıkardıktan sonra yaşadığı bir sitokinezle gerçekleşir. Yrd.Doç.Dr. Yosun
DetaylıDÜNYADA VE TÜRKİYE DE KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ EPİDEMİYOLOJİSİ
DÜNYADA VE TÜRKİYE DE KIRIM KONGO KANAMALI ATEŞİ EPİDEMİYOLOJİSİ Doç. Dr. Fazilet Duygu 12.05.2016 Sunum İçeriği - KKKA Genel Bilgiler - Dünyada KKKA Epidemiyolojisi - Türkiye de KKKA Epidemiyolojisi KKKA
Detaylıattomol lactose intolerance C>T quicktype
attomol lactose intolerance -13910C>T quicktype İnsan laktase-genine karşı -13910C>T geçiş tespitine yönelik mutasyon testi Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1045
DetaylıRekombinant DNA Teknolojisi-I
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-I Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2
DetaylıKIRIM-KONGO KANAMALI ATEŞİ
KIRIM-KONGO KANAMALI ATEŞİ Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi nedir? Kırım-Kongo Kanamalı Ateş (KKKA), keneler tarafından taşınan Nairovirüs isimli bir mikrobiyal etkenin neden olduğu ateş, cilt içi ve diğer alanlarda
DetaylıMİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU 1 Adana Bilim ve Teknoloji Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü CİHAZLAR: Analitik Terazi (DENVER).3 Analitik Terazi (AND GX600)..3 Biyogüvenlik Kabini (NUAIRE)
DetaylıCANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ
CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ Emine Yeşilyurt, Sevgi Özyeğen Aslan, Ayşe Kalkancı, Işıl Fidan, Semra Kuştimur Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji
Detaylı8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için
8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için koruyucu kalkan görevi görmektedir. Protein kendi kendine
DetaylıHLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD
HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden
Detaylı