Türkiye deki bazı kedi ırklarının mikrosatellit markörler ile genetik karakterizasyonu

Transkript

1 Journal of Cell and Molecular Biology 13(1-2):16-25, 2015 Research Article 16 Haliç University, Printed in Turkey. Türkiye deki bazı kedi ırklarının mikrosatellit markörler ile genetik karakterizasyonu Genetic characterization of various cat breeds in Turkey by using microsatellites Tekin EROĞLU 1, Yusuf ÖZŞENSOY 2, Ercan KURAR 3, Vahdettin ALTUNOK 1*, Mehmet NİZAMLIOĞLU 1, Nazmi YÜKSEK 4 1 Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, 42031, Konya, Türkiye 2 Cumhuriyet Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyometri ve Genetik Anabilim Dalı, 58140, Sivas, Türkiye 3 Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, 42080, Konya, Türkiye 4 Yüzüncüyıl Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, Van, Türkiye (* author for correspondence; valtunok@selcuk.edu.tr) Received: 27 January 2015; Accepted: 25 May 2015 Abstract: Genetic characterization of populations and thereby determination of diversity are critically important for development of management programs for genetic resources and determination of population migrations in the history. The aim of this study was to determine genetic characterization of cat breeds reared in Turkey using microsatellite DNA markers. Ninety six of animals of cat populations, Turkish Van, Turkish Angora, Turkish Tekir, Siamese and Persian were genetically characterized by using 10 microsatellite loci including FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441 and FCA678. The amplified Polymerase Chain Reaction (PCR) products were separated by capillary electrophoresis using a CEQ-8000 Beckman Coulter Genetic Analysis System and allele genotypes were determined. A total of 274 different alleles were observed ranging from 3.7 (Siamese) to 8.3 (Turkish Van). The observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) were ranged from to and from to , respectively. Factorial Correspondence Analysis (FCA) suggested the fact that genetic relationships of present-day Turkish cat breeds are consistent with their historical origins. Lower genetic diversities were observed in these breed. Siamese and Persian cats were separated in a group from the other breeds raised in Turkey. It was observed that Tekir population was totally separated but located close to the Turkish Angora and Turkish Van populations. Keywords: Cat, genetic characterization, genetic diversity, microsatellite Özet: Popülasyonların genetik karakterizasyonu ve çeşitliliğin seviyesinin belirlenmesi genetik kaynakların yönetim programlarının geliştirilmesi ve tarihteki popülasyon göçlerinin belirlenmesi için kritik öneme sahiptir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye de yetiştirilen bazı kedi ırklarının mikrosatellit markörler kullanılarak genetik karakterizasyonunun yapılmasıdır. Van, Ankara, Tekir, Siyam ve İran kedi popülasyonlarından toplam 96 örnek, 10 mikrosatellit markörü (FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441 ve FCA678) kullanılarak genetik karakterizasyonu yapılmıştır. Elde edilen Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ürünleri CEQ-8000 Beckman Coulter Genetik Analiz Sistemi kullanılarak kapiller elektroforez ile ayrıştırılmış ve allel genotipleri belirlenmiştir. Toplam 274 farklı allel ve her lokus için tespit edilen ortalama allel sayısının 8.3 (Van kedisi) ile 3.7 (Siyam) arasında değiştiği gözlenmiştir. Gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterozigotluk değerleri sırasıyla ile arasında değişmektedir. Faktöriyel Benzerlik Analizi (FCA) sonuçları çalışmaya konu olan kedi ırklarının tarihi kökenleri ile uyumlu olduklarını göstermiştir. Çalışılan kedi ırklarında düşük genetik çeşitlilik gözlenmiştir. Siyam

2 17 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu ve İran kedisinin Türkiye deki ırklardan ayrı grup oluşturduğu, Tekir popülasyonunun Ankara ile Van popülasyonlarına yakın olmakla birlikte tamamen ayrıldığı gözlenmiştir. Anahtar sözcükler: Genetik çeşitlilik, genetik karakterizasyon, kedi, mikrosatellit GİRİŞ Popülasyonların genetik karakterizasyonu ve popülasyonlar arasındaki genetik çeşitliliğin belirlenmesi genetik kaynakların yönetim programlarının geliştirilmesi ve tarihte göçlerin belirlenmesi için kritik öneme sahiptir. M.Ö yılında Mısır da başlayan kedilerde evcilleştirmenin M.Ö yılından itibaren tamamlandığı ileri sürülmüştür (Eizirik et al., 2001; Tamada et al., 2005; Lipinski et al., 2008). Avrupa da ise evcilleştirme yıl öncesine dayanmaktadır (Tamada et al., 2005). Türkiye de, kedilere ait evcilleştirmeyi destekleyen Hacılar'da, M.Ö. VI. yüzyıla ait, kedi ile oynayan kadın heykelleri bulunmuştur (Demirsoy, 1992). Bugünkü evcil kedilerin atalarının, Avrupa (Felis silvestris) ve Afrika yaban kedisi (Felis silvestris lybica) olduğu kabul edilmektedir (Eizirik et al., 2001; Tamada et al., 2005). Kedilerde yapılan genetik karakterizasyon çalışmaları, vahşi ve evcil kedilerde gerçekleştirilmiştir. Vahşi kedilerden Puma (Culver et al., 2000), Asya aslanları ve Hindistan kaplanları (Shankaranarayanan et al., 1997), Rusya panterleri (Uphyrkina et al., 2002), Güney Afrika çitaları (O Brien et al., 1985), Kalifornia dağ aslanları (Ernest et al., 2000), leopar (Uphyrkina et al., 2001), Tanzanya leoparları (Spong et al., 2000), Hindistan daki büyük kediler (Singh et al., 2004) ve kaplanlarda (Xu et al., 2005) farklı sayıda markör kullanılarak genetik karakterizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Lipinski ve ark. (2008) nın çalışmasında 22 saf kedi ırkında, çeşitli ülkelerden rastgele seçilen 17 popülasyon ve 3 vahşi ırka ait DNA örnekleri üzerinde 38 mikrosatellit markör kullanılarak filogenetik ilişkiler incelenmiştir. Bu çalışma sonucunda Akdeniz, Avrupa, Asya ve Afrika kedilerinin genetik açıdan ayrılabilen gruplar oluşturduğu, Kuzey Amerika kedilerinin ise Avrupa kedileriyle genetik benzerlik gösterdiği belirlenmiştir (Lipinski et al., 2008). Mikrosatellit markör kullanılarak yapılan bir çalışmada sokak kedilerinin oluşturduğu kolonilerin belirgin olarak heterozigot olduğu belirlenmiştir (Say et al., 2003). Kedilerde biyokimyasal genetik varyasyonun özelliklerinin araştırıldığı çalışmada (O Brien, 1980), jel elektroforezi ile 55 biyokimyasal markörün analizi gerçekleştirilmiştir. Kedilerde polimorfik lokusların genetik frekansları ilk defa bahsi geçen çalışma ile hesaplanmış ve Hardy- Weinberg dengesinde olan popülasyonda ortalama heterozigotluk düzeyi 0.07 olarak tespit edilmiştir (O Brien, 1980). Afrika vahşi kedileri ile evcil kedilerin birbirleri ile farklılaşması ve melezlenme miktarını belirlemek için vahşi kedilerle evcil kedilerin karşılaştırıldığı çalışmada Afrika vahşi kedilerinin belirgin bir şekilde melezlenme tehdidi altında olduğu belirlenmiştir (Wiseman et al., 2000). Ayrıca evcil kedilerin kendi aralarında karşılaştırıldığı (Menotti-Raymond et al., 1999; Say et al., 1999) ve evcil kediler ile vahşi kediler arasında karşılaştırmaların (Beaumont et al., 2001; Pierpaoli et al., 2003) yapıldığı çalışmalar da bulunmaktadır. Dünya nın farklı bölgelerinde yetiştirilen kedilerin tarihteki evcilleştirmeye ve ırkların genomik çeşitliliğe nasıl ışık tuttuğu mikrosatellit markörler kullanılarak araştırılmıştır (Driscoll et al., 2007). Mikrosatellitler, genomda yaygın olarak bulunmaları, yüksek oranda polimorfizm göstermeleri, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) teknolojisi ile kolayca analiz edilebilmeleri, ko-dominant özellikte olmaları nedeniyle farklı genom ve popülasyon analizlerinde tercih edilmektedir (Özşensoy ve Kurar, 2012). Bu çalışmada, Türkiye de yetiştirilen bazı kedi ırklarının mikrosatellit markörler

3 Eroğlu T. et al. 18 kullanılarak genetik karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. MATERYAL ve METOT Türkiye de yetiştirilen Van (62), Ankara (6), Tekir (18), Siyam (6) ve İran (6) kedilerinden toplam 98 kan örneği Vena cephalica antebrachii den antikuagulantlı (K 3EDTA lı) tüplere alınmış ve analize kadar -20 С de saklanmıştır. DNA örnekleri standart Lokus FCA069 FCA075 FCA105 FCA149 FCA220 FCA229 FCA240 FCA310 FCA441 FCA678 Kromozom B4 E2 A2 B1 F2 A1 X C2 D3 A1 Tablo 1. Kullanılan mikrosatellit lokusları Primer Sekansı (5 > 3 ) AATCACTCATGCACGAATGC AATTTAACGTTAGGCTTTTTGCC ATGCTAATCAGTGGCATTTGG GAACAAAAATTCCAGACGTGC TTGACCCTCATACCTTCTTTGG TGGGAGAATAAATTTGCAAAGC CCTATCAAAGTTCTCACCAAATCA GTCTCACCATGTGTGGGATG CGATGGAAATTGTATCCATGG GAATGAAGGCAGTCACAAACTG CAAACTGACAAGCTTAGAGGGC GCAGAAGTCCAATCTCAAAGTC TCTTTAAGATGGCCGGACTG TCCCCTCAAATATGCAAAGG TTAATTGTATCCCAAGTGGTCA TAATGCTGCAATGTAGGGCA ATCGGTAGGTAGGTAGATATAG GCTTGCTTCAAAATTTTCAC AGCAATCTCCAGAATGTGTGG TCAAAAGATTAAAGCCTTCCAA fenol/kloroform metodu (Sambrook et al., 1989) kullanılarak elde edilmiştir. Çalışmada kullanılan 10 mikrosatellit markör (FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441 ve FCA678) Uluslararası Hayvan Genetiği Derneği (ISAG) tarafından tavsiye edilen listeden (Lyons, 2004) seçilmiştir (Tablo 1). PZR Ürünü (bç) PZR protokolü olarak bir reaksiyonunda 1X Mg suz PZR buffer, 200 mm dntp, 1.5 mm MgCl ++, ünite Taq polimeraz, 5 pmol her bir primer çifti (Tablo 1) ve 50 ng kalıp DNA kullanılarak her bir PZR reaksiyonu toplam 15 µl hacimde hazırlanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonları, MJ Research PTC-200 thermal cycler ve Touchdown PZR profili (Don et al., 1991) kullanılarak iki aşamada gerçekleştirilmiştir. PZR profili; 95 C de 4 dk ile tam bir denatürasyon sağlandıktan sonra I. aşamada 16 döngü için 94 C de 30 saniye denatürasyon, primerlerin ideal bağlanma noktasının sağlanması için 60 C den başlayarak her bir döngüde 0.5 C düşürülen ve 30 saniye süren bağlanma ve 72 C de 30 saniye uzama sağlanmıştır. II. aşamada ise 94 C de 30 saniye denatürasyon, 52 C de 30 saniye bağlanma ve 72 C de 30 saniye uzama olacak şekilde toplam 25 döngü kullanılmıştır. Son olarak örnekler 72 C de 10 dk tutularak tam bir adenilizasyona olanak sağlanmıştır. Elde edilen PZR ürünleri CEQ-8000 Beckman Coulter Genetik Analiz Sisteminde daha önce tanımlandığı (Özşensoy et al., 2010) gibi ayrıştırılmıştır. Allel genotipleri, FragTest ve size standart-400 kullanılarak tespit edilmiştir.

4 19 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu Toplam allel sayısı (Na), gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterozigotluk değerleri, F IS ve F ST değerleri ile filogenetik ağaçlar; Population 1.0 (Goldstein ve Pollock, 1997), TreeWiev (Nei et al., 1983), GenePop (Raymond ve Rousset, 1995), GenAlEx6 (Peakall ve Smouse, 2006) paket programları kullanılarak hesaplanmıştır. Popülasyon içi akraba olan bireylerin tespiti amacıyla Identy testi Cervus v2.0 (Marshall et al., 1998) paket programı kullanılarak yapılmıştır. Farklı kedi popülasyonların birbirleri ile genetik olarak benzerliği veya ayrılmasının tespit edilmesi amacıyla Faktöriyel Benzerlik Analizinde (FCA), Genetix 4.0 (Belkhir et al., 1996) paket programı kullanılmıştır. (Tablo 2). SONUÇLAR Çalışmada kullanılan 98 örnekten, Identy testi sonucunda iki farklı kedinin diğer iki kedi ile aynı genotipe sahip olması nedeniyle 2 kediye ait genotipik veri çıkarılarak popülasyon analizinde 96 kediye ait genotip verileri kullanılmıştır. Toplam 274 farklı allel gözlenmiş ve ortalama allel sayısı 5.48 bulunmuştur. Ortalama allel sayısının 8.3 (Van kedisi) ile 3.7 (Siyam) arasında değiştiği gözlenmiştir. Her lokus için heterozigotluk seviyeleri incelendiğinde gözlenen (H O) ve beklenen (He) heterozigotluk değerlerinin sırasıyla ile arasında değiştiği belirlenmiştir

5 Eroğlu T. et al. 20 Tablo 2. Popülasyonlarda gözlenen allel sayısı (Na), beklenen (He) ve gözlenen (Ho) heterozigotluk değerleri Van Ankara Siyam İran Tekir N A Lokus N A Ho He N A Ho He N A Ho He N A Ho He N A Ho He Toplam Ortalama FCA FCA FCA FCA FCA FCA FCA FCA FCA FCA Ortalama

6 21 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu Fıs, alt popülasyonlar da birbirine akraba olan bireylerin içinde homolog alleller arasındaki korelasyonları tanımlamaktadır. F ST ise alt popülasyonların genetik farklılaşma derecelerini hesaplamada kullanılmaktadır. Popülasyonlar için hesaplanan genel F IS değerleri (Van Kedisi) ile (Siyam Kedisi) arasında değişmektedir ve Ankara kedisi hariç tüm popülasyonlarda istatistiksel olarak önemli bulunmuştur (Tablo 3). Bu değerler, Siyam kedisinin daha saf olarak kaldığını, Van kedisinin ise saf yetiştirmeden uzaklaştığını ancak heterozigot fazlalığını göstermektedir. Popülasyonlar arası varyasyonun önemli olup olmadığının araştırılmasında F ST değerleri hesaplanmıştır (Tablo 4). Ankara popülasyonu ile Van ve Tekir popülasyonları arasında hesaplanan F ST değerlerinin istatistiksel olarak anlamsız olduğu, diğer tüm popülasyonlar arasında ise F ST değerlerinin önemli olduğu görülmüştür. Ankara kedisi ile Van ve Tekir kedileri arasında varyasyonun düşük ve genetik olarak daha benzer olduğu görülmektedir. Tablo 3. Popülasyonlar arasında bulunan genetik farklılıkların F IS değerleri Van Kedisi **** Ankara Kedisi * Siyam Kedisi ** İran Kedisi ** Tekir Kedisi *** *önemsiz, **P<0.05, ***P<0.01, ****P<0.001 Tablo 4. Popülasyonlar arası F ST değerleri Van Ankara Siyam İran Tekir Van * **** **** ** Ankara ** ** * Siyam ** *** İran *** Tekir 0 *önemsiz, **P<0.05, Nei nin D A genetik uzaklığı kullanılarak komşu birleştirme metodu ile çizilen ağaç (NJT) Şekil 1 de sunulmuştur. Siyam ve İran kedisinin Türkiye deki ***P<0.01, ****P<0.001 ırklardan ayrı grup oluşturduğu, Tekir popülasyonunun Ankara ile Van popülasyonlarına yakın olmakla birlikte tamamen ayrıldığı gözlenmiştir.

7 Eroğlu T. et al. 22 FCA grafiğinde (Şekil 2) İran, Siyam, Ankara ve Van popülasyonlarının birbirlerinden ayrılarak kendi gruplarını oluşturdukları, yerli kedi popülasyonlarının (Van, Ankara ve Tekir kedisi) Şekil 1. Komşu Birleştirme Ağacı birbirleri ile yakın oldukları ve Tekir popülasyonunun ise diğer popülasyonlara dağılmış durumda olduğu gözlenmiştir. Şekil 2. Faktöriyel Benzerlik Analizi Grafiği TARTIŞMA Dünyadaki diğer evcil kedi ırklarıyla karşılaştırıldığında, Türkiye deki kedilerde görülen genetik çeşitliğin birkaç kedi popülasyonu hariç belirgin düzeyde yüksek olduğu görülmektedir (Lipinski et al., 2007; Lipinski et al., 2008). Özellikle Van kedisinde gözlenen ortalama allel sayısının (8.3) diğer çalışmalarda incelenen kedi popülasyonlarından (Lipinski et al., 2007; Lipinski et al., 2008) daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Lipinski ve ark. (2007) tarafından yapılan çalışmada kullanılan mikrosatellitlerden 9 tanesi (FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220, FCA229, FCA310, FCA441 ve FCA678) bu çalışma ile aynı olmasına rağmen, elde ettikleri Ho değerlerinin hepsi, bu çalışmanın değerlerinden daha düşük seviyede bulunmuştur. Bu çalışmada Türkiye de bulunan kedi ırklarının (Van ve Ankara kedisi) Ho ve He değerlerinin diğer çalışmalara (Lipinski et al., 2007; Lipinski et al., 2008; Menotti-Raymond et al., 2008) göre daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada kullanılan örnek sayısının sınırlı olmasına rağmen Siyam ve İran kedilerinde Ho değerleri diğer çalışmalar (Lipinski et al., 2007; Lipinski et al., 2008; Menotti-Raymond et al., 2008) ile benzer olduğu tespit edilmiştir. F IS değerleri de diğer çalışmalarla (Lipinski et al., 2007; Menotti-Raymond et al., 2008) benzer bulunmuştur. Bu çalışmada tespit edilen pozitif ve sıfıra yakın F IS değerleri, popülasyonlarda genel olarak saf yetiştirmeden uzaklaşıldığı ancak heterozigot

8 23 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu fazlalığını göstermektedir. Yeni bir kedi ırkı olarak tanımlanan Selkirk Rex kedi popülasyonunda yapılan karakterizasyon çalışmasında (Filler et al., 2012) elde edilen ortalama allel sayısı (3.04), F IS (0.057), Ho (0.630) ve He (0.654) değerleri Türkiye yerli kedi popülasyonlarından (Ankara, Van ve Tekir) daha düşük bulunmuştur. Türkiye de bulunan kedi ırklarında görülen ortalama allel sayılarının yüksek olmasının sebebinin Türkiye nin coğrafi konum itibariyle eski medeniyetlerin yaşam alanı olması ve kedilerin evcilleştirmelerinin başladığı Mısır a yakın ve ticaret yolları üzerinde olmasından kaynaklanmış olabileceği düşünülmektedir. Nei nin D A genetik uzaklığı kullanılarak çizilen komşu birleştirme (NJ) ağacında 2 ana grup oluşmuştur. Türkiye yerel kedi ırklarının birlikte bir grup oluşturduğu, Siyam ve İran kedilerinin ise birbirlerine benzediği ve aynı grup içerisinde diğerlerinden ayrıldığı görülmektedir. NJ ağacında Tekir popülasyonunun, Van ve Ankara popülasyonlarıyla karışım içerisinde bulunmasının, bu ırkın saf bir ırk olmadığının göstergesi olarak düşünülmektedir. Lipinski ve ark. (2008) nın yaptığı çalışmada NJ ağacında Ankara ve Van kedi popülasyonları benzer şekilde birbirleri ile genetik olarak yakın mesafede olduğu tespit edilmiştir. Ancak, Siyam ve İran kedilerinin ise birbirlerine genetik olarak çok uzak olduğu gözlenmiştir. Bu farklılığın Siyam kedisi ve İran kedisi için bu çalışmada kullanılan ancak sınırlı sayıda örnek sayısından kaynaklanmış olabileceği tahmin edilmektedir. FCA grafiğinde İran kedisi ve Siyam kedisinin belirgin bir şekilde diğer ırklardan ayrıldığı gözlenmektedir. Van kedisi ile Ankara kedisinin de birbirlerinden ayrıldığı görülmektedir. Tekir popülasyonunun öbeklenme oluşturmadığı ve diğer popülasyonların arasına yayıldığı gözlemlenmektedir. Bu sonuçlar, Tekir ırkının saf bir ırk olmadığının göstergesi olarak düşünülmektedir. FCA sonuçları genel olarak günümüzdeki Türk kedi ırklarının tarihi kökenleri ile uyumlu olduklarını göstermiştir. Her ne kadar bu çalışmada nispeten daha yüksek oranda heterozigotluk tespit edilmiş olsa da, Lipinski ve ark (2008) kedilerde kan yakınlığının diğer hayvan türlerine göre yüksek olması nedeniyle, kedi yetiştirme programlarının daha dikkatli yapılması gerekliliğini ileri sürmüşlerdir. Özellikle mevcut kedi ırklarından bazılarının son yılda tespit edilmesi, bu ırkların yalnızca sınırlı oranda genetik varyasyona sahip olduklarını akla getirmektedir (Lipinski et al., 2008; Kurushima et al., 2013). Sonuç olarak, Van ve Ankara kedisi popülasyonlarında daha önce yayınlanan çalışmalara göre daha yüksek oranda genetik çeşitlilik tespit edilmiştir. Siyam ve İran kedilerinin ise nispeten daha düşük seviyede genetik çeşitlilik gösterdiği, bu iki kedi ırkının (Siyam ve İran kedisi) Türkiye deki ırklardan ayrı grup oluşturduğu ve Tekir popülasyonunun Ankara ile Van kedisi popülasyonlarına yakın olmakla birlikte tamamen ayrıldığı belirlenmiştir. Siyam ve İran kedilerinde örnek ve mikrosatellit lokusu sayısının artırılarak genetik karakterizasyon çalışmalarının yapılması, bu popülasyonların genetik yapılarının daha detaylı incelenmesine olanak sağlayacaktır. TEŞEKKÜR Çalışma Selçuk Üniversitesi BAP Koordinatörlüğü tarafından (BAP ) desteklenmiştir. Çalışma ilk yazarın tezinden özetlenmiştir. Ayrıca bu çalışma uluslararası kongrede (33. FEBS Congrees & 11. IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Yunanistan) sunulmuştur KAYNAKLAR Beaumont M, Barratt EM, Gottelli D, Kitchener AC, Daniels MJ, Pritchars JK, Bruford MW. Genetic diversity and introgression in the Scottish wildcat. Mol Ecol, 10(2): , Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Goudet J, Bonhomme F. GENETİX 4.00 WindowsTM software for sample genetics. Laboratoire Genome, Populations, Interactions, University of Montpellier, France, Culver M, Johnson WE, Pecon-Slattery J, O Brien SJ. Genomic ancestry of the American Puma (Puma concolor). J Hered, 91(3): , Demirsoy A. Yaşamın temel kuralları- Omurgalılar/Amniyota. Meteksan A.Ş. Yayın Evi, Ankara, Don RH, Cox PT, Wainwright BJ, Baker K, Mattick JS. Touchdown PCR to circumvent spurious priming during gene amplification. Nucleic Acids Res, 19(14): 4008, Driscoll CA, Menotti-Raymond M, Roca AL, Hupe K, Johnson WE, Geffen E, Harley EH, Delibes M, Pontier D, Kitchener AC, Yamaguchi N, O Brien SJ, Macdonald DW. The Near Eastern origin of cat domestication. Science, 317(5837): , Eizirik E, Kim JH, Menotti-Raymond M, Crawshaw PG Jr, O Brien SJ, Johnson WE. Phylogeography, population history and conservation genetics of jaguars (Panthera onca, Mammalia, Felidae). Mol Ecol, 10(1): 65-79, Ernest HB, Penedo MCT, May BP, Syvanen M, Boyce WM. Molecular tracking of mountain lions in the Yosemite Valley region in California: genetic analysis using microsatellites and faecal DNA. Mol Ecol, 9(4): , 2000.

9 Eroğlu T. et al. 24 Filler S, Alhaddad H, Gandolfi B, Kurushima JD, Cortes A, Veit C, Lyons LA, Brem G. Selkirk Rex: Morphological and genetic characterization of a new cat breed. J Hered, 103(5): , Goldstein DB, Pollock DD. Launching microsatellites: A review of mutation processes and methods of phylogenetic inference. J Hered, 88: , Kurushima JD, Lipinski MJ, Gandolfi B, Froenicke L, Grahn JC, Grahn RA, Lyons LA. Variation of cats under domestication: genetic assignment of domestic cats to breeds and worldwide random-bred populations. Anim Genet, 44, , Lipinski MJ, Amigues Y, Blasi M, Broad TE, Cherbonnel C, Cho GJ, Corley S, Daftari P, Delattre DR, Dileanis S, Flynn JM, Grattapaglia D, Guthrie A, Harper C, Karttunen PL, Kimura H, Lewis GM, Longeri M, Meriaux J-C, Morita M, Morrin-O'Donnell RC, Niini T, Pedersen NC, Perrotta G, Polli M, Rittler S, Schubbert R, Strillacci MG, Van Haeringen H, Van Haeringen W, Lyons LA. An international parentage and identification panel for the domestic cat (Felis catus). Anim Genet, 38(4): , Lipinski MJ, Froenicke L, Baysac KC, Billings NC, Leutenegger CM, Levy AM, Longeri M, Niini T, Ozpinar H, Slater MR, Pedersen NC, Lyons LA. The ascent of cat breeds: Genetic evaluations of breeds and wordwide randombred populations. Genomics, 91(1): 12-21, Lyons LA Report by Leslie Lyons on allele sequencing of panel markers for the cat. ISAG Tokyo, Marshall TC, Slate J, Kruuk LEB, Pemberton JM. Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol Ecol, 7(5): , Menotti-Raymond M, David VA, Lyons LA, Schaffer AA, Tomlin JF, Hutton MK, O Brien SJ. A genetic linkage map of microsatellites in the domestic cat (Felis catus). Genomics, 57(1): 9-23, Menotti-Raymond M, David VA, Pflueger SM, Lindblad-Toh K, Wade CM, O'Brien SJ, Johnson WE. Patterns of molecular genetic variation among cat breeds. Genomics, 91(1): 1-11, Nei M, Tajima F, Tateno Y. Accuracy of estimated phylogenetic trees from molecular data II. Gene frequency data. J Mol Evol, 19(2): , O Brien SJ, Roelke ME, Marker L, Newman A, Winkler CA, Meltzer D, Colly L, Evermann JF, Bush M, Wildt DE. Genetic basis for species vulnerability in the cheetah. Science, 227(4693): , O Brien SJ. The extent and character of biochemical genetic variation in the domestic cat. J Hered, 71: 3-8, Özşensoy Y, Kurar E, Doğan M, Bulut Z, Altunok V, Işık A, Çamlıdağ A, Nizamlıoğlu M. Türkiye de bulunan bazı yerli sığır ırklarının STR markörler ile genetik karakterizasyonu. BİBAD, 3(1): , Özşensoy Y, Kurar E (2012): Markör sistemleri ve genetik karakterizasyon çalışmalarında kullanımları. J Cell Mol Biol, 10(2): 11-19, Peakall R, Smouse PE. GENALEX 6: Genetic analysis in Excel, population genetic software for teaching and research. Mol Ecol Notes, 6: , Pierpaoli M, Biro ZS, Herrmann M, Hupe K, Fernandes M, Ragni B, Szemethy L, Randi E. Genetic distinction of wildcat (Felis silvestris) populations in Europe, and hybridization with domestic cats in Hungary. Mol Ecol, 12(10): , Raymond M, Rousset F. GENEPOP (v 1.2). A population genetics software for exact test and ecumenicism. Montpellier, France, Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular clonning: A laboratory manual. Second edition, Volume 2, pp: Cold-Spring Harbor, New York, USA, Say L, Bonhomme F, Desmarais E, Pontier D. Microspatial genetic heterogeneity and gene flow in stray cats (Felis catus L.): a comparison of coat colour and microsatellite loci. Mol Ecol, 12(6): , Say L, Pontier D, Natoli E. High variation in multiple paternity of domestic cats (Felis catus L.) in relation to environmental conditions. Proc R Soc Lond B, 266(1433): , Shankaranarayanan P, Banerjee M, Kacker RK, Aggarwal RK, Singh L. Genetic variation in Asiatic lions and Indian tigers. Electrophoresis, 18(9): , Singh A, Gaur A, Shailaja K, Bala BS, Singh L. A novel microsatellite (STR) marker for forensic identification of big cats in India. Forensic Sci Int, 141(2-3): , Spong G, Johansson M, Bjorklund M. High genetic variation in leopards indicates large and long-term stable effective population size. Mol Ecol, 9(11): , Tamada T, Kurose N, Masuda R. Genetic diversity in domestic cats Felis catus of the Tsushima Islands, based on mitochondrial DNA cytochrome b and control region nucleotide sequences. Zool Sci, 22(6): , Uphyrkina O, Johnson WE, Quigley H, Miquelle D, Marker L, Bush M, O Brien SJ. Phylogenetics, genome diversity and origin of modern leopard, Panthera pardus. Mol Ecol, 10(11): , Uphyrkina O, Miquelle D, Quigley H, Driscoll C, O Brien SJ. Conservation genetics of the Far

10 25 Kedi ırklarının mikrosatellitlerle karakterizasyonu Eastern Leopard (Pantera pardus orientalis). J Hered, 93(5): , Wiseman R, O Ryan C, Harley EH. Microsatellite analysis reveals that domestic cat (Felis catus) and southern African wild cat (F. lybica) are genetically distinct. Anim Conserv, 3(3): , Xu YC, Li B, Li WS, Bai SY, Jin Y, Li XP, Gu MB, Jing SY, Zhang W. Individualization of tiger by using microsatellites. Forensic Sci Int, 151(1): 45-51, 2005.