METOT ve ARAÇLAR programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT)

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "METOT ve ARAÇLAR $AMBERHOME@TRGRID programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT)"

Transkript

1 AMBER WORKSHOP AMACI TR-GRID $AMBERHOME programları kullanılarak : 1) İlaç-reseptör etkileşimlerinin Autodock_vina ile incelenmesi 2) AMBER Molecular Mechanics 3) İlaçların bağlanma değerlerinin (Ka ve G) MM-PBSA (Molecular Mechanics/Poisson-Boltzmann Surface Area) yöntemi ile belirlenmesi 4) Madde 1-3 için gerekli programların TR-GRID de çalıştırılması KONU Oseltamivir, Zanamivir ve Peramivir gibi nöraminidaz ilaçların influenza A tipi retrovirüs enfeksiyonlarına karşı etki mekanizmalarının in siliko yöntemlerle incelenmesi METOT ve ARAÇLAR programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT) GAMESS QUANTUM MECHANICS WORKSHOP AMACI 1) GAMESS input dosyalarının GAPEDIT ile hazırlanması 2) GAMESS işlerinin PBS script ile node lara gönderilmesi

2 İnsanlara bulaşan İnfluenza-A retrovirüs tipleri

3 Figure was adapted from A. Moscona (2005). Neuraminidase İnhibitors for Influenza. Drug Therapy, 353,

4 Taylor NR, von Itzstein M (March 1994). "Molecular modeling studies on ligand binding to sialidase from influenza virus and the mechanism of catalysis". Journal of Medicinal Chemistry 37 (5):

5 Anti-influenza ilaç geliştirme çabaları nöraminidaz enziminin kristal yapısını 1983 te Colman 1 grubu yayınladıktan sonra hızlandı. 1. PM Colman, JN Varghese, WG Laver (1983). Structure of the catalytic and antigenic sites in influenza virus neuraminidase. Nature; 303: İçerik: Zanamivir, 1989 Ticari isim: Relenza Firma:GlaxoSmithKline (UK) Uygulama: Oral inhalation Metot: In Siliko, GRID (Molecular Discovery Ltd.) İçerik: Oseltamivir Ticari isim: Tamiflu Firma:GlaxoSmithKline (USA) Uygulama: Capsulles Metot: In Siliko İçerik: Peramivir, 2009 Ticari isim: Faz-III test aşaması Firma:BioCryst Pharmaceuticals (USA), Allience of U.S. Department of Health and Human Services Uygulama: Intravenous or intramascular Metot: Kristalografi, In Siliko (2R,3R,4S)- 4-[(diaminomethylidene)amino]- 3-acetamido- 2-[(1R,2R)- 1,2,3- trihydroxypropyl]- 3,4-dihydro- 2H-pyran- 6- carboxylic acid ethyl (3R,4R,5S)-5-amino-4-acetamido-3- (pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1- carboxylate (1S,2S,3S,4R)-3-[(1S)-1-acetamido-2-ethylbutyl]-4- (diaminomethylideneamino)-2- hydroxy-cyclopentane- 1-carboxylic acid

6 $AMBERHOME module load tr-01-ulakbim/application/amber10/intel AMBER v10 GAMESS QM GABEDIT Discovery Studio Visualizer v2.0 AutoDock (MGL) Tools v1.x.x Autodock_vina VMD

7 En sık kullanılan koordinat dosyaları 1) Protein Data Bank (PDB) formatı (makro moleküller, ligand, su, iyonlar, vb.) REMARK HELIX SHEET SSBOND atom # atom type residue chain res.# x y z ATOM 1 N VAL A TER HETATM 2 CA MOL A/B TER CONECT END 2) SYBYL mol2 formatı (makromoleküller, küçük moleküller) #Creation time: Mon Apr 03 11:57:47 GTB Daylight Time zanamivir PROTEIN # atom type x y z atom type chain C C.2 1 ZMR

8 Uygun PDB dosyası seçimi PROTEIN DATA BANK Protein, RNA, DNA, Glikoprotein, reseptör-ilaç komplex yapıları Dosya formatı : PDB Search (Arama) ile molekül(ler) bulunabilir 1) Kristal (susuz ortamda) yapı koordinatları. Metot: X-RAY kristalografisi -Tek bir yapı. -Monomerler kristallenirken dimer veya tetramer yapı oluşturabilirler. Bu durumda birinci monomer yapı koordinatları tercih edilir -Hidrojen atomları dahil değildir. Mümkünse <2.5 A o çözünürlük tercih edilmelidir. -Çok az miktarda kristallenmiş su molekülleri içerebilir. 2) Çözelti (sulu ortamda) yapı koordinatları. Metot: NMR yapı tayini -Ortalama bir yapı veya birden fazla üst-üste çakıştırılmış yapılar olabilir. -Gerekli olmadıkça su molekülleri içermezler BIOMAGNETIC RESONANCE BANK (BMRB) PDB formatında Biomoleküllerin NMR çözelti yapıları DOCKING ve MOLECULAR MECHANICS için kristal yapıları tercih ediniz.

9 Protein Data Bank ta uygun H1N1 tipi nöraminidaz enzim koordinatları seçimi

10 amino asitler

11 RESEPTÖR VE LİGAND KOORDİNATLARI CHIMERA kullanımı --chimera yı çalıştırınız chimera File>Fetch By ID >PDB seçiniz > kutuya 2hu4 yazınız > Fetch --2 adet tetramer kristal yapısı. Monomerler: A, B, C, D, E, F, G, H --sadece monomer A ile çalışılacak. Monomer A koordinatlarını 2HU4_A.pdb olarak kaydediniz Select>Chain>A File> Save PDB File name : 2HU4_A.pdb Save Selected atoms only ve Use untransformed atoms only işaretleyiniz > Save -- 2HU4.pdb dosyasını kapatınız ve 2HU4_A.pdb dosyasını yükleyiniz. File>Close File>Open File name : 2HU4_A.pdb > Open -- Actions>Atoms/Bonds>delete -- Ligandı (oseltamivir) PDB formatında kaydediniz Select>Residue>G39 File>SavePDB>Save Selected Atoms Only> Filename: oseltamivir.pdb

12 RESEPTÖR VE LİGAND HAZIRLANMASI EDİTÖR KULLANIMI nedit veya vi editörleri 2HU4.pdb dosyasındaki reseptör (nöraminidaz) koordinatları -- 2HU4 dosyasında ATOM 1 ile TER 2963 arasındaki atom koordinatlarını kopyalayıp -- bir başka dosyaya yapıştırınız ve rec.pdb olarak kaydediniz ATOM 1 N VAL A N.... TER 2963 ILE A 468 2HU4.pdb dosyasındaki ligand (oseltamivir) koordinatları -- 2HU4 dosyasında HETATM23705 ile HETATM23724 arasındaki atom koordinatlarını kopyalayıp -- bir başka dosyaya yapıştırınız ve oseltamivir.pdb olarak kaydediniz. HETATM23705 C1 G39 A C.... HETATM23724 N4 G39 A N

13 CYSTINE BAĞLARININ BELİRLENMESİ -- cystine (-S-S-)AMBER kodu : CYX -- cystein (-SH) AMBER kodu : CYS -- 2HU4.pdb dosyasını less, vi veya nedit ile text olarak görüntüleyiniz -- SSBOND satırlarını bulunuz ve A monomerine karşılık gelen cystine bağlarını kaydediniz 2HU4.pdb SSBOND 1 CYS A 92 CYS A 417 SSBOND 2 CYS A 124 CYS A 129 SSBOND 3 CYS A 183 CYS A 230 SSBOND 4 CYS A 232 CYS A 237 SSBOND 5 CYS A 278 CYS A 291 SSBOND 6 CYS A 280 CYS A 289 SSBOND 7 CYS A 318 CYS A 336 SSBOND 8 CYS A 421 CYS A rec.pdb dosyasını açınız. -- CYS aminoasitler (residue): 92, 417, 124, 129, 183, 230, 232, 237, 278, 291, 280, 289, 318, 421, Belirlenen CYS aminoasitlerin PDB dosyasındaki KOD isimlerini CYS CYX olarak değiştiriniz ve pdb dosyasını rec_amber.pdb olarak kaydediniz. Örnek ; CYS: ATOM 62 N CYS A N CYX: ATOM 62 N CYX A N

14 DOCK AutoDOCK Tools (ADT) ile reseptör ve ligandı hazırlama Önemli hususlar Kısmi atom yükleri : Gestaiger yükleri Protein : Polar atomlar hidrojen içerir. Polar olmayan atomlar hidrojen içermez. Ligand : Atomlar hidrojen içermez. Autodock dosya formatı : PDBQT -- ADT yi çalıştırınız adt --Auto Dock button una basınız ve beliren pencerede Dismiss e basınız Ligand hazırlama: Ligand>Input>Open klasörünüzden oseltamivir.pdb seçiniz Ligand > Tosrion Tree>Choose Torsions Ligand>Output>Save as PDBQT> oseltamivir.pdbqt olarak kaydediniz Protein hazırlama: File > Read Molecule > klasörünüzden pdb formatında rec.pdb seçiniz Edit > Hydrogens > Add > Polar Only Ok Grid > Macromolecule > Choose > rec>select Molecule> File name : rec.pdbqt Grid > Grid Box Spacing : 1 Button ları kullanarak GRID kutunuzun boyutlarını belirleyiniz ve aşağıdaki gibi kaydediniz Grid Points Center Grid Box x_dimension 26 x_center : y_dimension 28 y_center : z_dimension 30 z_center :

15 DOCK AUTODOCK_VINA -- mkdir ile kendinize bir $HOME/klasor yaratınız. Bu klasörde olması gereken dosyalar: rec.pdbqt, oseltamivir.pdbqt, vina.in run.sh vina.in: receptor = rec.pdbqt ligand = oseltamivir.pdbqt out = docked_results.pdbqt size_x = 26 size_y = 28 size_z = 30 center_x = center_y = center_z = exhaustiveness = 8 run.sh : #!/bin/sh #PBS -q #PBS -N swineflu #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -V CALISMA_DIZINI="/home_palamut1/cenk/klasor" cd $CALISMA_DIZINI AMBERBIN="/home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin" if [ "x$pbs_nodefile"!= "x" ] ; then echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE" HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE fi if [ "x$lsb_hosts"!= "x" ] ; then echo "LSF Hosts: $LSB_HOSTS" HOST_NODEFILE=`pwd`/lsf_nodefile.$$ for host in ${LSB_HOSTS} do echo $host >> ${HOST_NODEFILE} done fi if [ "x$host_nodefile" = "x" ]; then echo "No hosts file defined. Exiting..." exit fi echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Node count: $CPU_NEEDED" echo "Nodes in $HOST_NODEFILE: " cat $HOST_NODEFILE echo "***********************************************************************" echo $HOME echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Checking ssh for each node:" NODES=`cat $HOST_NODEFILE` for host in ${NODES} do echo "Checking $host..." ssh $host hostname done echo "***********************************************************************" DO_PARALLEL="mpirun -np $CPU_NEEDED ";export DO_PARALLEL /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamboot $HOST_NODEFILE ########################################################################## $AMBERBIN/vina --config $CALISMA_DIZINI/vina.in --log $CALISMA_DIZINI/vina.log /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamhalt

16 DOCK AUTODOCK_VINA -- vina işini gönderiniz qsub run.sh Output : vina.out (energy scores) docked_results.pdbqt (dock olmuş molekül koordinatları) vina.out : mode affinity dist from best mode (kcal/mol) rmsd l.b. rmsd u.b Dock koordinatları görüntüleme --adt çalıştırınız. --Float Dashboard Widget button una basıp Phyton Molecule Viewer (PMV) pencerini ekranınızın farklı bir yerine taşıyınız File > Read Molecule > rec.pdb File > Read Molecule > docked_results.pdbqt PMV de MS ile reseptörün yüzey görünümünü açınız PMV de birinci oseltamivir dışında diğer ligandların line button nunu inaktif ediniz. PMV de birinci oseltamivir için Display S&B ve Atom opsiyonlarını işaretleyiniz. PMV de birinci oseltamivir I Select ile seçiniz Edit>Add Hydrogens> All Hydrogens >OK File > Save > Write PDB>oseltamivir_docked.pdb olarak kaydediniz.

17 AMBER v10 (2008) Assisted Model Building with Energy Refinement D.A. Case, T.A. Darden, T.E. Cheatham, III, C.L. Simmerling, J. Wang, R.E. Duke, R. Luo, K.M. Merz, B. Wang, D.A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J.W. Caldwell, W.S. Ross, and P.A. Kollman (2008), AMBER 10, University of California, San Francisco.

18 AMBER v10 Mighty AMBER Force Field for amino acids, (deoxy) ribonucleot(s)ides, sugars, small organic molecules Determines semiempirical quantum charges for small molecules (AM1-BCC ~ RESP) Molecular Dynamics (MM) Explicit solvent simulations Particle Mesh Ewald NMR restraints Poisson Boltzmann Implicit solvent simulations Poisson Boltzmann Generalized Born Stand-alone simulations NMR restraints (NOE distance, dihedral angle, dipolar couplings, chemical shifts) X-Ray restraints (distance and torsion angles) Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) ~ QSAR Study Enzyme (receptor) Substrate (ligand) interactions Substrate (ligand) = QM_semiempirical Hemiltonian (AM1-BCC, PM3, MINDO/2), Gaussian Enzyme (receptor) = MM Thermodynamics G, H, S, Cv, Binding constant Constant ph simulations, pka shifts for titratible groups Transition state analysis Docking (locus of the receptor must be known)

19 antechamber AMBER Force Field ligand GAFF, AM1, PM3, MINDO/2 LeaP receptor, receptor+ligand X-Ray, NMR gamess, gaussian redii HF/6-31G*, B3LYP/6-31G*, RESP charges prepare amber parameters MM prmtop, xyz input parameters QM/MM NMR or X-Ray restraints sander sander.less pmemd sander.qmmm ptraj trajectory trajectory ptraj pbsa vmd delphi mm-pbsa sander vmd G, H, S, Cv, Gsolv, Kd nmode molsurf Chimera Sirius

20 atoms [ - ( 1/2) Σ μ ind. E (o) polarization MM by AMBER10 EP tot = Σ K r (r r eq ) 2 bond bonds + Σ K Θ (Θ Θ eq ) 2 angle angles + Σ (V n /2) (1 + cos[nф γ]) dihedral dihedral Waals atoms + Σ (A ij / R 12 ) - (B / ij ij R6 ) van der ij i j electrostatic atoms + Σ (q i q j / ε s R ij ) i j [ + E EP extra points (optional) ]

21 AMBER ile 10 ns Molecular Dynamics Aşağıda belirtilen klasörleri mkdir ile yaratınız ve bu klasörlere gerekli input ve pdb dosyalarını taşıyınız ante : oseltamivir_docked.pdb prmtop : rec_amber.pdb relax : relax.in temp : temp.in md : md.in ptraj : ptraj.in mmpbsa : coord.in, mmpbsa.in mdout Relax.in: Relax the entire system &cntrl imin = 1, maxcyc = 1000, ncyc = 500, ntb = 1, ntr = 0, cut = 9, ntx = 1 / Temp.in: Temperature equilibration &cntrl imin=0, nstlim=10000, ntb=1, irest=0, ntx=1, ntc=2, ntf=2, ntt=3, tempi=0, temp0=298.15, gamma_ln=1, vlimit=5, dt=0.002, ntpr=250, ntwx=250, cut=9, &end Md.in : Pressure equilibration and Molecular dynamics &cntrl imin=0, nstlim=500000, dt=0.002, cut=9, irest=1, ntx=5, ntt=3, gamma_ln= 1.0, tempi=298.15, temp0=298.15, ntb=2, ntp=1, pres0=1, taup=2, ntc = 2, ntf = 2, ntpr=2500, ntwx=2500, ntr=0, &end

22 Antechamber ile AM1-BCC kısmi atom yükleri hesaplama -- AM1-BCC-Austin Model 1 with Bond and Charge Correction -- DFT HF/6-31 G* kısmi yüklerine benzer sonuçlar cd ante antechamber i oseltamivir.pdb fi pdb o ligand.mol2 fo mol2 at gaff c bcc nc 0 rn MOL j 4 parmchk i ligand.mol2 f mol2 o ligand.params

23 AMBER ile 10 ns Molecular Dynamics XLEAP, TLEAP, SLEAP, Parameter&Topology ve Coordinate dosyaları cd prmtop -- xleap veya tleap çalıştırınız source leaprc.ff99sb source leaprc.gaff loadamberparams../ante/ligand.params lig=loadmol2 ligand.mol2 rec=loadpdb rec_amber.pdb com=combine {rec lig} check com charge com saveamberparm com com_mmpbsa.prmtop com_mmpbsa.x saveamberparm rec rec_mmpbsa.prmtop red_mmpbsa.x saveamberparm lig lig_mmpbsa.prmtop lig_mmpbsa.x addions2 com Na+/Cl- 0/sayı (0: nötrallemek için ; sayı: counterion sayısı) solvateoct com TIP3PBOX (su molekülleri 10 veya 8 A o olabilir) saveamberparm com mol.prmtop mol.x savepdb com com.pdb Output dosyaları : com.prmtop (parameter&topology) ve com.x (coordinates) com.incrd com.pdb

24 run.sh AMBER Molecular Dynamics #!/bin/sh #PBS -q #PBS -N swineflu #PBS -l nodes=20:ppn=1 ## Export all my environment variables to the job #PBS -V CALISMA_DIZINI="/home_palamut1/cenk/klasor" cd $CALISMA_DIZINI AMBERBIN="/home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin" if [ "x$pbs_nodefile"!= "x" ] ; then echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE" HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE fi if [ "x$lsb_hosts"!= "x" ] ; then echo "LSF Hosts: $LSB_HOSTS" HOST_NODEFILE=`pwd`/lsf_nodefile.$$ for host in ${LSB_HOSTS} do echo $host >> ${HOST_NODEFILE} done fi if [ "x$host_nodefile" = "x" ]; then echo "No hosts file defined. Exiting..." exit fi echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Node count: $CPU_NEEDED" echo "Nodes in $HOST_NODEFILE: " cat $HOST_NODEFILE echo "***********************************************************************" echo $HOME echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Checking ssh for each node:" NODES=`cat $HOST_NODEFILE` for host in ${NODES} do echo "Checking $host..." ssh $host hostname done

25 Run.sh devamı AMBER Molecular Dynamics echo "***********************************************************************" DO_PARALLEL="mpirun -np $CPU_NEEDED ";export DO_PARALLEL /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamboot $HOST_NODEFILE ########################################################################## $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/relax/relax.in -o $CALISMA_DIZINI/relax/relax.out \ p $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.x -r $CALISMA_DIZINI/relax/mol.relax.x $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/temp/temp.in -o $CALISMA_DIZINI/temp/temp.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/relax/mol.relax.x -r $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.x -x $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md1.out p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md2.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md3.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md4.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md5.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md6.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md7.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md8.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md9.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md10.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md10.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md10.traj /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamhalt

26 AMBER Molecular Dynamics -- Hesaplamaların yürümesini tail ile kontrol ediniz. Mesela; cd md tail f md3.out (cntrl+c to quit tail.) -- Potansiyel enerji, sıcaklık dengelenmesi, basınç dengelenmesi, cd mdout mdout.pl../md/md1.out../md/md2.out../md/md3.out../md/md4.out../md/md5.out../md/md6.out../md/md7.out../md/md8.out../md/md9.out../md/md10.out Outputs: summary.eptot, summary.pres, summary.temp xmgrace, EXCEL Temperature (K), Pressure (bar) TEMP PRES time (ps)

27 Potential energy equilibration plot of a 20 ps of MD routine for distamycin-dna in explicit water Energy (kcal/mol) EPTOT time (ps)

28

29 cd ptraj ptraj p../prmtop/mol.prmtop ptraj.in ptraj.in: Trajectory analizi, PTRAJ, rmsd, CHIMERA trajin../md/mol.md1.traj trajin../md/mol.md2.traj trajin../md/mol.md3.traj reference../prmtop/mol.x rms reference :1-385 out rec.rms.out time 5 rms reference :386 out lig.rms.out time 5 rms reference :1-386 out com.rms.out time 5 Output: rec.rms.out, com.rms.out, lig.rms.out Plotting: xmgrace, EXCEL

30 MMPBSA (Molecular Mechanics/Poisson Boltzman Surface Area) Bağlanma serbest enerjisi, bağlanma sabiti hesaplanması Thermodynamic computations are conducted at 300 K by the mm-pbsa module of AMBER v9-10 for the complex, the receptor and the ligand, exhibiting the following 1:1 binding interaction. Kon Kon Receptor + Ligand Complex Ka= Koff Koff The Absolute free energy (G) for the complex, the receptor, and the ligand is computed in a classical manner as in EQ.1, G = H T. S EQ.1 in which T is the temperature of the system at 300 K. The binding free energy (ΔG) of the complex system is computed as in EQ.2 ΔG = Gcomp [ Grec + Glig ] EQ.2 ΔG = Δ H - TΔS The entropy term is a sum of translational, rotational and vibrational entropies and is disfavorable in total. 100 snapshots are extracted for the coordinates of the solute species (complex, receptor and ligand) within the last 10-20% of the trajectory. H and S terms are computed for each snapshots and averaged out of the 100 snapshots to constitute mean absolute H and mean absolute S terms.

31 MMPBSA cd mmpbsa mm_pbsa.pl coord.in/mmpbsa.in \ >& mmpbsa.out PREFIX anti-influenza PATH./ COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop RECPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop LIGPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop GC 1 AS 0 DC 0 MM 0 GB 0 PB 0 MS 0 NM BOX YES/NO NTOTAL?? (pdb dosyasında toplam atom sayısı) NSTART?? trajectoryde ilk snapshot NSTOP?? trajectory de son snapshot NFREQ?? aralık frekansı NUMBER_LIG_GROUPS 1 LSTART 5750 LSTOP 5795 NUMBER_REC_GROUPS 1 RSTART 1 RSTOP TRAJECTORY SANDER /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/sander NMODE /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ nmode AMBPDB /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ ambpdb MOLSURF /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/molsurf AMBERHOME /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/

32 PREFIX anti-influeza PATH /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/com_mmpbsa.prmtop RECPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/rec_mmpbsa.prmtop LIGPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/com_mmpbsa.prmtop GC 0 AS 0 DC 0 MM 1 GB 0 PB 1 MS 1 NM PROC 2 REFE 0 INDI 1.0 EXDI 80 SCALE 4 LINIT 1000 PRBRAD 1.4 ISTRNG 0 RADIOPT 0 NPOPT 1 CAVITY_SURFTEN CAVITY_OFFSET 0.00 SURFTEN SURFOFF DIELC PROBE DIELC 4 MAXCYC DRMS SANDER /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/sander NMODE /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/nmode AMBPDB /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ambpdb MOLSURF /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/molsurf AMBERHOME /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/

33

34 module load tr-01- ulakbim/application/gamess/intelparallel rungms optimize 00 2

TR-GRID ÇALŞTAYI Nisan 5-9, 2010, TUBİTAK-ULAKBİM, Ankara

TR-GRID ÇALŞTAYI Nisan 5-9, 2010, TUBİTAK-ULAKBİM, Ankara TR-GRID ÇALŞTAYI Nisan 5-9, 2010, TUBİTAK-ULAKBİM, Ankara H1N1 (domuz gribi) ve H5N5 (kuş gribi) tipi retrovirüslere karşı in-siliko ilaç geliştirilmesi ve TR-GRID de $AMBERHOME (autodock_vina, amber v10,

Detaylı

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları. Feyza Eryol feyza@ulakbim.gov.tr

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları. Feyza Eryol feyza@ulakbim.gov.tr PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları Feyza Eryol feyza@ulakbim.gov.tr İçerik TR-Grid Altyapısı PBS Betik Dili PBS Seçenekleri PBS Betiğinin Hazırlanması PBS Komutları Uygulamalar TR-Grid Altyapısı - I

Detaylı

Çalışma Grupları Eğitimleri. TÜBİTAK ULAKBİM / ANKARA 5-9 Nisan 2010

Çalışma Grupları Eğitimleri. TÜBİTAK ULAKBİM / ANKARA 5-9 Nisan 2010 ULAKBİM - TR-Grid TR-Grid Çalışma Grupları Eğitimleri TÜBİTAK ULAKBİM / ANKARA 5-9 Nisan 2010 İçerik TR-Grid altyapısı Kullanıcı başvuruları, üyelik ve sertifikalar Hesap kümelerine erişim Kullanıcı kaynakları

Detaylı

Epi Info Kullanımı AMACI: Epi Info Programı ile veri tabanı hazırlayabilme ve veri girişi yapabilme becerisi kazanmak ÖĞRENİM HEDEFLERİ Epi Info bileşenlerini tanımlayabilmek Epi Info Make View programında

Detaylı

Problem B. Beton duvar (perde) Beton. E = 29500 ksi, Poisson oranı = 0.2. Yapılacaklar

Problem B. Beton duvar (perde) Beton. E = 29500 ksi, Poisson oranı = 0.2. Yapılacaklar Problem B Beton duvar (perde) Beton E = 29500 ksi, Poisson oranı = 0.2 Yapılacaklar Duvarı modellerken shell (kabuk) elemanları kullanınız. A Perdesindeki kesme kuvvetini, eksenel kuvveti ve momenti hesaplayınız.

Detaylı

Problem F. Hidrostatik Basınca Maruz Duvar. Beton. E = 3600 ksi, Poisson oranı = 0.2. Sınır Şartları

Problem F. Hidrostatik Basınca Maruz Duvar. Beton. E = 3600 ksi, Poisson oranı = 0.2. Sınır Şartları Problem F Hidrostatik Basınca Maruz Duvar Beton E = 3600 ksi, Poisson oranı = 0.2 Sınır Şartları 1. Durum: Duvar sadece altından tutulmuş 2. Durum: Duvar altından ve kenarlarından tutulmuş Yapılacaklar

Detaylı

Sadece kabloda sıcaklığın 100º Fahrenheit düşmesine bağlı olarak oluşan mesnet reaksiyonlarını ve yer değiştirmeleri belirleyiniz.

Sadece kabloda sıcaklığın 100º Fahrenheit düşmesine bağlı olarak oluşan mesnet reaksiyonlarını ve yer değiştirmeleri belirleyiniz. Problem V Sıcaklık Yüklemesi Çelik E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Sıcaklık genleşme katsayısı = 0.0000065 (Fahrenheit) Kiriş-kolon bağlantıları rijit Kablo her iki ucundan mafsallı Yapılacaklar Sadece

Detaylı

Problem X. Kafes Kirişli Köprü. Çelik. E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanlar W6X12 Fy = 36 ksi. Betonarme Köprü Tabliyesi

Problem X. Kafes Kirişli Köprü. Çelik. E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanlar W6X12 Fy = 36 ksi. Betonarme Köprü Tabliyesi Problem X Kafes Kirişli Köprü Çelik E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanlar W6X12 Fy = 36 ksi Betonarme Köprü Tabliyesi E = 3600 ksi Poisson oranı = 0.2 Kalınlığı 12 inch Hareketli Yük = 250 pcf

Detaylı

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr Üniversitelerde kullanılan mail sisteminin iki belirgin özelliği vardır. 1. Çok sayıda kullanıcı

Detaylı

Kullanıcı Dökümanı. Flash B2B. Versiyon 0.1

Kullanıcı Dökümanı. Flash B2B. Versiyon 0.1 Kullanıcı Dökümanı Flash B2B Versiyon 0.1 12 Kasım 2004 Geçmiş Değişiklikler İsim Tarih Değişiklik Nedeni Versiyon İçindekiler GEÇMİŞ DEĞİŞİKLİKLER... 2 1. KURULUM... 4 2. KULLANIM... 5 2.1. MAP OLUŞTURMA...

Detaylı

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr Üniversitelerde kullanılan mail sisteminin iki belirgin özelliği vardır. 1. Çok sayıda kullanıcı

Detaylı

Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı. 16 Kasım 11 Çarşamba

Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı. 16 Kasım 11 Çarşamba Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Prof. Dr. Turgut BAŞTUĞ NAMD TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Prof. Dr. Turgut BAŞTUĞ

Detaylı

Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals

Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals The European Union s Making the Labour Market more Inclusive III programme For North Cyprus Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals Module

Detaylı

SOKKIA LINK PROGRAMI KULLANILARAK SOKKIA ELEKTRONIK TOTAL STATION CIHAZLARINA ( 10K VE 30RK SERILERI) DATA GÖNDERME VE ALMA İŞLEMİ

SOKKIA LINK PROGRAMI KULLANILARAK SOKKIA ELEKTRONIK TOTAL STATION CIHAZLARINA ( 10K VE 30RK SERILERI) DATA GÖNDERME VE ALMA İŞLEMİ SOKKIA LINK PROGRAMI KULLANILARAK SOKKIA ELEKTRONIK TOTAL STATION CIHAZLARINA ( 10K VE 30RK SERILERI) DATA GÖNDERME VE ALMA İŞLEMİ A. Cihazdan Bilgisayara Data Transfer işlemleri : * Bu yazıda belirtilen

Detaylı

Önce Access açıp,masaüstü ne, vt.mdb adlı veri tabanı dosyasını oluşturuyoruz. Kayıt türünü 2002-2003 seçiyoruz

Önce Access açıp,masaüstü ne, vt.mdb adlı veri tabanı dosyasını oluşturuyoruz. Kayıt türünü 2002-2003 seçiyoruz 9 Şubat 2012 / Perşembe Önce Access açıp,masaüstü ne, vt.mdb adlı veri tabanı dosyasını oluşturuyoruz. Kayıt türünü 2002-2003 seçiyoruz 1) emlakkategorisi adlı tabloyu oluşturuyoruz 1 2) ilanlar adlı tabloyu

Detaylı

#include int main(void) { FILE * dosya; dosya = fopen("soru1.txt", "w"); fprintf(dosya, "Merhaba Dunya!"); fclose(dosya); return 0; }

#include <stdio.h> int main(void) { FILE * dosya; dosya = fopen(soru1.txt, w); fprintf(dosya, Merhaba Dunya!); fclose(dosya); return 0; } Ege University Electrical and Electronics Engineering Introduction to Computer Programming Laboratory Lab 12 - Text IO 1) Working Directory Create a file named Question1.txt and write Hello World! to the

Detaylı

Web Formlar ve Sayfalar Arasında Bilgi Gönderme. BATML İnternet Programcılığı 1

Web Formlar ve Sayfalar Arasında Bilgi Gönderme. BATML İnternet Programcılığı 1 Web Formlar ve Sayfalar Arasında Bilgi Gönderme BATML İnternet Programcılığı 1 Bazı web sitelerinde sayfalar arasında bilgi veya değişken göndermek gerekebilir. Gönderilen bu bilgi kullanıcı adı ve şifre

Detaylı

TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Turgut BAŞTUĞ

TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Turgut BAŞTUĞ TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Turgut BAŞTUĞ Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Mühendisliği Membran Proteinlerinin Moleküler Dinamik Modellemesi I İçerik Giriş Moleküler Dinamik NAMD Örnek Dijital

Detaylı

Hesaplamalı Organik Kimya

Hesaplamalı Organik Kimya Hesaplamalı Organik Kimya Kimya Bölümü 1. Hafta 2017 - Bahar I. DERSİN TANIMI Ders Kodu: KİM 402 Ders Adı: Hesaplamalı Organik Kimya (3 0 0/3) AKTS: 8 II. DERSİN AMACI Hesapsal kimyanın temel kavramları,

Detaylı

Problemin çözümünde şu program olanakları kullanılmaktadır

Problemin çözümünde şu program olanakları kullanılmaktadır Problem U Tünel Kemer (Tonoz) Yapı Beton E= 3600 ksi Poison Oranı = 0.2 Betonarme duvar ve döşeme 12'' kalınlığındadır Yapılacaklar Yapının kendi ağırlığından dolayı üst ve alt kemerlerin merkezinde meydana

Detaylı

Adım Adım SPSS. 1- Data Girişi ve Düzenlemesi 2- Hızlı Menü. Y. Doç. Dr. İbrahim Turan Nisan 2011

Adım Adım SPSS. 1- Data Girişi ve Düzenlemesi 2- Hızlı Menü. Y. Doç. Dr. İbrahim Turan Nisan 2011 Adım Adım SPSS 1- Data Girişi ve Düzenlemesi 2- Hızlı Menü Y. Doç. Dr. İbrahim Turan Nisan 2011 File (Dosya) Menüsü Excel dosyalarını SPSS e aktarma Variable View (Değişken Görünümü 1- Name (İsim - Kod)

Detaylı

2B Dirsek Analizi. Uygulamanın Adımları. 1. Parçaya ait geometrinin oluşturulması 2. Malzeme özelliklerinin tanıtılması

2B Dirsek Analizi. Uygulamanın Adımları. 1. Parçaya ait geometrinin oluşturulması 2. Malzeme özelliklerinin tanıtılması 2B Dirsek Analizi Uygulamanın Adımları 8 in 1.5 D 1.5 in 1. Parçaya ait geometrinin oluşturulması 2. Malzeme özelliklerinin tanıtılması 3 in 1.5 in 3. Modelin bölgelerine ait özelliklerin atanması 4. Parça

Detaylı

NicProxy Registrar AWBS Modül Kurulumu Versiyon 1.0

NicProxy Registrar AWBS Modül Kurulumu Versiyon 1.0 NicProxy Registrar AWBS Modül Kurulumu Versiyon 1.0 Tescil Bilgisi 2009 NicProxy. Tüm Hakları Saklıdır. Bu belge, NicProxy mülkiyetinde ve NicProxy e ait özel bilgiler içermektedir. NicProxy yetkili temsilcisinin

Detaylı

B düğüm noktasında aşağıya doğru 1'' lik yer değiştirme nedeniyle oluşacak mesnet reaksiyonlarını hesaplayınız.

B düğüm noktasında aşağıya doğru 1'' lik yer değiştirme nedeniyle oluşacak mesnet reaksiyonlarını hesaplayınız. Problem G Mesnet Çökmeli Çerçeve Çelik E = 29000 ksi, Poisson oranı = 0.3 Temel mafsallı Tüm kiriş-kolon bağlantıları rijit Yapılacaklar B düğüm noktasında aşağıya doğru 1'' lik yer değiştirme nedeniyle

Detaylı

DOĞU AKDENİZ ÜNİVERSİTESİ BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ BLGM223 SAYISAL MANTIK TASARIMI : QUARTUS II TASARIM ORTAMI: TEMEL VHDL KULLANIMI

DOĞU AKDENİZ ÜNİVERSİTESİ BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ BLGM223 SAYISAL MANTIK TASARIMI : QUARTUS II TASARIM ORTAMI: TEMEL VHDL KULLANIMI DOĞU AKDENİZ ÜNİVERSİTESİ BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ BLGM223 SAYISAL MANTIK TASARIMI DENEY V : QUARTUS II TASARIM ORTAMI: TEMEL VHDL KULLANIMI AMAÇLAR: ALTERA tarafından geliştirilen son teknoloji

Detaylı

OPNET IT Guru- Güvenlik Duvarı ve Sanal Özel Ağ (Firewalls and Virtual Private Network, VPN)

OPNET IT Guru- Güvenlik Duvarı ve Sanal Özel Ağ (Firewalls and Virtual Private Network, VPN) OPNET IT Guru- Güvenlik Duvarı ve Sanal Özel Ağ (Firewalls and Virtual Private Network, VPN) Amaç: Bu laboratuvar uygulamasının amacı, Internet gibi kamuya açık paylaşımlı ağların güvenliğinde Güvenlik

Detaylı

Önsöz. İçindekiler Algoritma Algoritma Nasıl Hazırlanır? Yazılımda Algoritma Mantığı Nedir? 1.2. Algoritma Örnekleri ve Sorular

Önsöz. İçindekiler Algoritma Algoritma Nasıl Hazırlanır? Yazılımda Algoritma Mantığı Nedir? 1.2. Algoritma Örnekleri ve Sorular Önsöz Giriş İçindekiler V VII IX 1.1. Algoritma 1.1.1. Algoritma Nasıl Hazırlanır? 1.1.2. Yazılımda Algoritma Mantığı Nedir? 1.2. Algoritma Örnekleri ve Sorular 2.1. Programın Akış Yönü 19 2.2. Başlama

Detaylı

KANTAR UYGULAMASI Kurulum Kılavuzu

KANTAR UYGULAMASI Kurulum Kılavuzu KANTAR UYGULAMASI Kurulum Kılavuzu Serhat Öztürk Medyasoft Danışmanlık ve Eğitim A.Ş. v.1.0 Kantar Uygulaması üç temel parçadan oluşur. Veritabanı, WCF servisi ve Masaüstü uygulaması. Bu nedenle sistemde

Detaylı

Her bir şeride eş zamanlı olarak uygulanan HS20-44 kamyon yükü ve HS20-44L şerit yükünden en elverişsiz olanı için kontrol yapınız.

Her bir şeride eş zamanlı olarak uygulanan HS20-44 kamyon yükü ve HS20-44L şerit yükünden en elverişsiz olanı için kontrol yapınız. Problem R Hareketli Yük Katarlı Köprü Beton Malzeme Özellikleri E = 5000 ksi, Poisson oranı = 0.2 Eleman Özellikeri Kolon A = 40 ft^2 I = 400 ft ^3 AS = 30 ft^2 Kiriş A = 35 ft^2 I = 500 ft^3 AS = 12 ft^2

Detaylı

ihmal edilmeyecektir.

ihmal edilmeyecektir. q h q q h h q q q y z L 2 x L 1 L 1 L 2 Kolon Perde y x L 1 L 1 L 1 = 6.0 m L 2 = 4.0 m h= 3.0 m q= 50 kn (deprem) tüm kirişler üzerinde 8 kn/m lik düzgün yayılı yük (ölü), tüm döşemeler üzerinde 3 kn/m

Detaylı

VoIP ve VoIP-PoE DUVARA MONTAJ HIZLI KURULUM EL KİTABI. VoIP & VoIP-PoE. Wi-SOS, Wi-CALL, Wi-PHONE SURFACE MOUNT TYPE QUICK INSTALLATION GUIDE

VoIP ve VoIP-PoE DUVARA MONTAJ HIZLI KURULUM EL KİTABI. VoIP & VoIP-PoE. Wi-SOS, Wi-CALL, Wi-PHONE SURFACE MOUNT TYPE QUICK INSTALLATION GUIDE VoIP ve VoIP-PoE Wi-SOS, Wi-CALL, Wi-PHONE DUVARA MONTAJ HIZLI KURULUM EL KİTABI VoIP & VoIP-PoE Wi-SOS, Wi-CALL, Wi-PHONE SURFACE MOUNT TYPE QUICK INSTALLATION GUIDE WIND İTH.İHR. LTD. ŞTİ. Tel. : (0216)

Detaylı

Mesnetler A, B ve C noktalarõ şekildeki gibi Z doğrultusunda mesnetlenmiş (sabitlenmiş) tir.

Mesnetler A, B ve C noktalarõ şekildeki gibi Z doğrultusunda mesnetlenmiş (sabitlenmiş) tir. Problem M X-Y Düzleminde A Noktasında Dönebilen Düz Plak Beton E =3600 ksi, Poisson Oranõ= 0.2 Mevcut Serbestlikler UZ, RX, RY Mesnetler A, B ve C noktalarõ şekildeki gibi Z doğrultusunda mesnetlenmiş

Detaylı

Diyaframlar kendi düzlemlerinde rijittir Kolon temelleri ankastredir 250 pound 'luk adamın kütlesini 0.00065 kip-sec^2/in olarak alınız.

Diyaframlar kendi düzlemlerinde rijittir Kolon temelleri ankastredir 250 pound 'luk adamın kütlesini 0.00065 kip-sec^2/in olarak alınız. Problem Z Davranış Spektrumu Analizi Bina Özellikleri Bina betonarme kolonlarla desteklenmiş, perdeli, kirişsiz betonarme döşemeden oluşan, dört katlı bir yapıdır. Binanın çatısının bir köşesinde 30 foot

Detaylı

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı. Prof. Dr. Esin AKI

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı. Prof. Dr. Esin AKI -YALÇIN Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı 5000 in üzerinde ilaç etken maddesi var. 20000 in üzerinde farmasötik ürün var. ABD de Yaşam süresinin uzaması 2010 Kadınlarda

Detaylı

MÜHENDİSLİ ÇİZİMLERİ LABORATUVAR UYGULAMASI

MÜHENDİSLİ ÇİZİMLERİ LABORATUVAR UYGULAMASI MÜHENDİSLİ ÇİZİMLERİ LABORATUVAR UYGULAMASI Önemli Not: Geçen haftaki uygulamada AutoCAD in menü ve kısayolları yüklenememişti. Bu sorun hala devam ediyorsa aşağıda verilen işlem sırasını takip ederek

Detaylı

ABAQUS Programına Giriş Kullanılacak Sürümler

ABAQUS Programına Giriş Kullanılacak Sürümler ABAQUS Programına Giriş Kullanılacak Sürümler (1) Abaqus Öğrenci Sürümü (Student Edition) (Abaqus SE): Akademik öğrenciler tarafında indirilebilen ücretsiz Sonlu Elemanlar probram sürümüdür. İndirilme

Detaylı

Dosya(FILE) araç çubuğu

Dosya(FILE) araç çubuğu Dosya(FILE) araç çubuğu NEW DESİGN, Yeni çalışma sayfası açmayı sağlar. OPEN DESIGN, Yüklü ve/veya önceki çalışmaları açar. SAVE current DESIGN, Geçerli çalışmayı kaydetmeyi sağlar. IMPORT SECTION, Mevcut

Detaylı

Atomlar ve Moleküller

Atomlar ve Moleküller Atomlar ve Moleküller Madde, uzayda yer işgal eden ve kütlesi olan herşeydir. Element, kimyasal tepkimelerle başka bileşiklere parçalanamayan maddedir. -Doğada 92 tane element bulunmaktadır. Bileşik, belli

Detaylı

Atomların bir arada tutulmalarını sağlayan kuvvetlerdir Atomlar daha düşük enerjili duruma erişmek (daha kararlı olmak) için bir araya gelirler

Atomların bir arada tutulmalarını sağlayan kuvvetlerdir Atomlar daha düşük enerjili duruma erişmek (daha kararlı olmak) için bir araya gelirler Kimyasal Bağlar; Atomların bir arada tutulmalarını sağlayan kuvvetlerdir Atomlar daha düşük enerjili duruma erişmek (daha kararlı olmak) için bir araya gelirler İki ana gruba ayrılır Kuvvetli (birincil,

Detaylı

Fluent Launcher File > Read > Mesh Scale View Length Unit Mesh Was Created In Scale Close General>Time Gravity

Fluent Launcher File > Read > Mesh Scale View Length Unit Mesh Was Created In Scale Close General>Time Gravity FLUENT VOF 2014 1. Fluent Launcher 3-D seçili olarak başlatılır. 2. File > Read > Mesh tıklanarak ankflush.msh.gz adlı mesh dosyası açılır. 3. Domain in büyüklüğü için Scale menüsü tıklanır. View Length

Detaylı

P-TECH RF MODEM MODBUS SERİ HABERLEŞME KILAVUZU

P-TECH RF MODEM MODBUS SERİ HABERLEŞME KILAVUZU P-TECH RF MODEM MODBUS SERİ HABERLEŞME KILAVUZU Z Telemetri Telekomünikasyon Yazılım San. Tic. LTD. ŞTI. Kavaklıdere Mah. Atatürk Bulvarı No: 151/804 Çankaya / Ankara info@ztelemetry.com Tel: +90 312 417

Detaylı

Teknoloji Servisleri; (Technology Services)

Teknoloji Servisleri; (Technology Services) Antalya International University Teknoloji Servisleri; (Technology Services) Microsoft Ofis Yazılımları (Microsoft Office Software), How to Update Office 365 User Details How to forward email in Office

Detaylı

Bu makalede 2003 sunucu, Windows 2003 Server anlamına gelmektedir. Aşağıda yapılan işlemler 2003 R2 sunucu üzerinde denenmiş ve çalıştırılmıştır.

Bu makalede 2003 sunucu, Windows 2003 Server anlamına gelmektedir. Aşağıda yapılan işlemler 2003 R2 sunucu üzerinde denenmiş ve çalıştırılmıştır. WINDOWS 2003 SUNUCULARI ÜZERĐNE PHP YÜKLENMESĐ ERDAL YAZICIOĞLU erdal(at)gmail.com http://barbarossa41.wordpress.com Merhabalar, Çözümpark.com adresinde bir kullanıcı ASP ve PHP yi aynı sunucu üzerinde

Detaylı

Ölü ve hareketli yük toplamına göre moment diyagramını çiziniz ve aşağıya doğru maksimum yer değiştirmeyi hesaplayınız.

Ölü ve hareketli yük toplamına göre moment diyagramını çiziniz ve aşağıya doğru maksimum yer değiştirmeyi hesaplayınız. Problem J Elastik Zemine Oturan Kiriş Beton E = 3120 ksi Poisson oranı = 0.2 Yapılacaklar Ölü ve hareketli yük toplamına göre moment diyagramını çiziniz ve aşağıya doğru maksimum yer değiştirmeyi hesaplayınız.

Detaylı

3B Kiriş Analizi. Uygulamanın Adımları

3B Kiriş Analizi. Uygulamanın Adımları Uygulamanın Adımları 3B Kiriş Analizi 1. Parçaya ait geometrinin oluşturulması 2. Malzeme özelliklerinin tanıtılması 3. Modelin bölgelerine ait özelliklerin atanması 4. Parça örneği ve montaj 5. Yapılacak

Detaylı

A ve B düğüm noktalarında X yönündeki yer değiştirmeleri ve mesnet reaksiyonlarını bulunuz.

A ve B düğüm noktalarında X yönündeki yer değiştirmeleri ve mesnet reaksiyonlarını bulunuz. Problem D Eğimli Mesnetler Çelik E = 29000 ksi, Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanların 10 feet uzunluğundadır. Yapılacaklar A ve B düğüm noktalarında X yönündeki yer değiştirmeleri ve mesnet reaksiyonlarını

Detaylı

Gerekli bağlantıları yapıp, ACS420 V3.03 programını çalıştırınız. Program açıldığında, LMS14 ün içindeki parametrelerin okunmasını bekleyiniz.

Gerekli bağlantıları yapıp, ACS420 V3.03 programını çalıştırınız. Program açıldığında, LMS14 ün içindeki parametrelerin okunmasını bekleyiniz. Gerekli bağlantıları yapıp, ACS420 V3.03 programını çalıştırınız. Program açıldığında, LMS14 ün içindeki parametrelerin okunmasını bekleyiniz. Aşağıdaki pencereyi gördükten sonra cihazınız parametre ayarı

Detaylı

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları I. Ulusal Yüksek Başarım ve Grid Konferansı 15-18 Nisan 2009, ODTÜ, Ankara http://www.grid.org.tr/basarim09/ www.grid.org.tr İÇERİK PBS Betik Dili PBS Seçenekleri

Detaylı

(KESİN RAPORU) 2010-2012 ANKARA ORTAMLARINDA FARKLI PARAMETRELER İLE PROJE KODU: 21/2010-05

(KESİN RAPORU) 2010-2012 ANKARA ORTAMLARINDA FARKLI PARAMETRELER İLE PROJE KODU: 21/2010-05 GAZİ ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ (KESİN RAPORU) ZP3 PROTEİN YAPISININ ÇEŞİTLİ ÇÖZELTİ ORTAMLARINDA FARKLI PARAMETRELER İLE MOLEKÜLER DİNAMİK SİMÜLASYON ÇALIŞMASI PROJE KODU: 21/2010-05 PROJE

Detaylı

ACS790 Programından OZW672 Web Server a tesis diyagramının aktarılması

ACS790 Programından OZW672 Web Server a tesis diyagramının aktarılması ACS790 Programından OZW672 Web Server a tesis diyagramının aktarılması 1. OCI 700 servis aracını RVS serisi kontrol cihazı kullanıyorsanız sol taraftaki resimde görüldüğü gibi BSB soketine, LMS kazan kontrol

Detaylı

Kirişte açıklık ortasındaki yer değiştirmeyi bulunuz. Kirişin kendi ağırlığını ihmal ediniz. Modeli aşağıdaki gibi hazırlayınız:

Kirişte açıklık ortasındaki yer değiştirmeyi bulunuz. Kirişin kendi ağırlığını ihmal ediniz. Modeli aşağıdaki gibi hazırlayınız: Problem W Trapez Yüklü Basit Kiriş Çelik E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Kiriş = W21X50 Yapılacaklar Kirişte açıklık ortasındaki yer değiştirmeyi bulunuz. Kirişin kendi ağırlığını ihmal ediniz. Modeli

Detaylı

Temel Linux Eğitimi. İçindekiler

Temel Linux Eğitimi. İçindekiler Temel Linux Eğitimi İçindekiler 1. Linux Topluluğu ve Açık Kaynak Sistemlerde Kariyer İmkanları...3 1.1 Linux tarihsel gelişim ve popüler İşletim Sistemleri...3...3...3...3 1.2 Ana Açık Kaynak Uygulamalar...3...3...3...3

Detaylı

MOLEKÜL MODELLEME DENEY. HyperChem kullanarak MO diagramlarını oluşturma. 1. Giriş

MOLEKÜL MODELLEME DENEY. HyperChem kullanarak MO diagramlarını oluşturma. 1. Giriş 8 DENEY MOLEKÜL MODELLEME HyperChem kullanarak MO diagramlarını oluşturma 1. Giriş Kuantum teorisinin geliştirilmesinden hemen sonra, kuantum mekanik kanunları atom ve moleküllere uygulanmaya başlanmıştır.

Detaylı

www.mekatroncnc.com.tr

www.mekatroncnc.com.tr Sayfa 1 Sayfa 2 Sayfa 3 MACH3 PROGRAMI KULLANMA KLAVUZU 1. ADIM: İlk olarak MACH3 MILL programı içerisine giriyoruz ve alttaki ekran karşımıza geliyor.(reset butonun yeşil yanmasına dikkat ediyoruz ve

Detaylı

Örnek 1 (Virtüel iş çözümü için; Bakınız : Ders Notu Sayfa 23 - Örnek 4)

Örnek 1 (Virtüel iş çözümü için; Bakınız : Ders Notu Sayfa 23 - Örnek 4) Örnek 1 (Virtüel iş çözümü için; Bakınız : Ders Notu Sayfa 23 - Örnek 4) Şekil 1.1. İzostatik sistem EA GA 0, EI = 2.10 4 knm 2, E = 2.10 8, t =10-5 1/, h =60cm (taşıyıcı eleman yüksekliği, her yerde)

Detaylı

Her madde atomlardan oluşur

Her madde atomlardan oluşur 2 Yaşamın kimyası Figure 2.1 Helyum Atomu Çekirdek Her madde atomlardan oluşur 2.1 Atom yapısı - madde özelliği Elektron göz ardı edilebilir kütle; eksi yük Çekirdek: Protonlar kütlesi var; artı yük Nötronlar

Detaylı

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry Chapter 4: Biomolecules, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry/Hikmet Geckil Chapter 4: Biomolecules 2 BİYOMOLEKÜLLER Bilim adamları hücreyi

Detaylı

DETERMINATION OF VELOCITY FIELD AND STRAIN ACCUMULATION OF DENSIFICATION NETWORK IN MARMARA REGION

DETERMINATION OF VELOCITY FIELD AND STRAIN ACCUMULATION OF DENSIFICATION NETWORK IN MARMARA REGION DETERMINATION OF VELOCITY FIELD AND STRAIN ACCUMULATION OF DENSIFICATION NETWORK IN MARMARA REGION by İlke Deniz B.S. Geodesy and Photogrametry Engineering, in Yıldız Technical University, 2004 Submitted

Detaylı

Linux Dosya Yapısı. Eren BAŞTÜRK.

Linux Dosya Yapısı. Eren BAŞTÜRK. Linux Dosya Yapısı Eren BAŞTÜRK basturkeren@gmail.com Giriş Kernel Derleme Ramdisk oluşturma /dev/shm Aygıtı Kabuk Programlama Dosya Türlerinin Sisteme Yüklenmesi Linux Dosya Yapısı Giriş Kernel Derleme

Detaylı

1) Visual Studio da WebSiteemlakci adında yeni bir site oluşturuyoruz.

1) Visual Studio da WebSiteemlakci adında yeni bir site oluşturuyoruz. Ödev: Daha önce veritabanını oluşturduğumuz uygulamanın sitesini yapmak. Emlakçı sitesi. Kategoriler olacak. kategorilere satılık arsa, satılık konut, kiralık ev gibi bilgiler eklenecek. ve bu kategorilerin

Detaylı

yapılandırıp, performansını analiz etmektir.

yapılandırıp, performansını analiz etmektir. OPNET IT Guru-OSPF (Bağlantı-Durumu Tabanlı Yönlendirme Algoritması) Amaç: Bu laboratuvar uygulamasının amacı Open Shortest Path First (OSPF) yönlendirme protokolünü yapılandırıp, performansını analiz

Detaylı

Çalıştayın amacı Hesaplamalı Kimya alanında yaygın olarak kullanılan Gaussian 2009, Amber, Molpro ve Turbomole programlarının yüksek başarımlı

Çalıştayın amacı Hesaplamalı Kimya alanında yaygın olarak kullanılan Gaussian 2009, Amber, Molpro ve Turbomole programlarının yüksek başarımlı Çalıştayın amacı Hesaplamalı Kimya alanında yaygın olarak kullanılan Gaussian 2009, Amber, Molpro ve Turbomole programlarının yüksek başarımlı sistemler üzerindeki çeşitli uygulamalarıyla katılımcıların

Detaylı

Türkiye'de İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu

Türkiye'de İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu Türkiye'de 2015-2016 İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu Dilek Güldemir 1,Ayşe Başak Altaş 1,Fatma Filiz Arı 1,Zekiye Bakkaloğlu 1,Özlem Ünaldı 1,Fatma

Detaylı

12. HAFTA BLM323 SAYISAL ANALİZ. Okt. Yasin ORTAKCI. yasinortakci@karabuk.edu.tr

12. HAFTA BLM323 SAYISAL ANALİZ. Okt. Yasin ORTAKCI. yasinortakci@karabuk.edu.tr 1. HAFTA BLM33 SAYISAL ANALİZ Okt. Yasin ORTAKCI yasinortakci@karabuk.edu.tr Karabük Üniversitesi Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi DIVIDED DIFFERENCE INTERPOLATION Forward Divided Differences

Detaylı

İM 205-İnşaat Mühendisleri için MATLAB. Irfan Turk Fatih Üniversitesi,

İM 205-İnşaat Mühendisleri için MATLAB. Irfan Turk Fatih Üniversitesi, İM 205-İnşaat Mühendisleri için MATLAB Irfan Turk Fatih Üniversitesi, 2013-14 MATLAB Nedir? MATLAB ın açılımı MATrix LABoratory dir. MATLAB yüksek performanslı tekniksel bir programlama dilidir. Matematik,

Detaylı

YAYGIN OLARAK KULLANILAN ADSL MODEMLER VE ROUTER AYARLARI

YAYGIN OLARAK KULLANILAN ADSL MODEMLER VE ROUTER AYARLARI YAYGIN OLARAK KULLANILAN ADSL MODEMLER VE ROUTER AYARLARI D-Link 500G Router Ayarları web arayüzüne ulaşmak için modemin standart IP adresi olan 10.1.1.1 yazıyoruz. o Modeminizin IP adresini web tarayıcınızın

Detaylı

Sekil 1 de plani verilen yapisal sistemin dinamik analizini yaparak, 1. ve 5. modlara ait periyotlari hesaplayiniz.

Sekil 1 de plani verilen yapisal sistemin dinamik analizini yaparak, 1. ve 5. modlara ait periyotlari hesaplayiniz. Örnek: Sekil 1 de plani verilen yapisal sistemin dinamik analizini yaparak, 1. ve 5. modlara ait periyotlari hesaplayiniz. Giris Bilgileri Sistem Geometrisi ve Eleman Bilgileri: Sekil 1 Kat plani (Ölçüler

Detaylı

Sekil 1 de plani verilen radye temelin statik analizini yaparak, isletme yükleri için S11 gerilme konturunu çizdiriniz.

Sekil 1 de plani verilen radye temelin statik analizini yaparak, isletme yükleri için S11 gerilme konturunu çizdiriniz. Örnek 3: Sekil 1 de plani verilen radye temelin statik analizini yaparak, isletme yükleri için S11 gerilme konturunu çizdiriniz. Giris Bilgileri Sistem Geometrisi ve Eleman Bilgileri: Sekil 1 Radye temel

Detaylı

APRS I-GATE DIGI KURULUMU

APRS I-GATE DIGI KURULUMU APRS I-GATE DIGI KURULUMU Hazırlayan: TA9J İsmail Çakmak-TRAC Kars Şubesi Başkanı, Kars e-mail: ismailcakmak@gmail.com Teşekkür: APRS konusunda bilgilerinden yararlandığımız TA7OM Hüdaverdi Güneş ve TA1DX

Detaylı

F8914 ZİGBEE RF MODEM İLE MODBUS HABERLEŞME KILAVUZU

F8914 ZİGBEE RF MODEM İLE MODBUS HABERLEŞME KILAVUZU F8914 ZİGBEE RF MODEM İLE MODBUS HABERLEŞME KILAVUZU Z Telemetri Telekomünikasyon Yazılım San. Tic. LTD. ŞTI. Kavaklıdere Mah. Atatürk Bulvarı No: 151/804 Çankaya / Ankara info@ztelemetry.com Tel: +90

Detaylı

Bilgisayarım My Computer

Bilgisayarım My Computer My Computer Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2012 2013 Bahar Yarıyılı 12-13 Mar. 2012 Öğr. Gör. Murat KEÇECİOĞLU Bilgisayarım (my computer) simgesine sağ tıklar ve özellikler (properties) seçeneğini seçeriz.

Detaylı

1.0 klf Ölü Yük (Çelik çerçeve elemanlarının zati ağırlığı dahil değil.) 0.5 klf Hareketli Yük

1.0 klf Ölü Yük (Çelik çerçeve elemanlarının zati ağırlığı dahil değil.) 0.5 klf Hareketli Yük Problem K Çelik Moment Çerçevesi Çelik E = 29000 ksi, Poisson oranı = 0.3 Temel mafsallı Tüm kiriş-kolon bağlantıları rijit Kirişler: W24X55, Fy = 36 ksi Kolonlar: W14X90, Fy = 36 ksi Tüm Kirişlerde Açıklık

Detaylı

P-nitrofenil pivalat Molekülünün Yoğunluk Fonksiyonu Teorisi ile İncelenmesi. Can ALAŞALVAR 1, Nuri ÖZTÜRK 2

P-nitrofenil pivalat Molekülünün Yoğunluk Fonksiyonu Teorisi ile İncelenmesi. Can ALAŞALVAR 1, Nuri ÖZTÜRK 2 KFBD Karadeniz Fen Bilimleri Dergisi / The Black Sea Journal of Sciences 6(14):54-65, 2016 ISSN: 1309-4726 http://kfbd.giresun.edu.tr P-nitrofenil pivalat Molekülünün Yoğunluk Fonksiyonu Teorisi ile İncelenmesi

Detaylı

Columns : * Next Text Query veri tabanındaki urunler tablosu görülüyor. Finish, çalıştırınca direk veri tabanındaki bilgileri alıyor.

Columns : * Next Text Query veri tabanındaki urunler tablosu görülüyor. Finish, çalıştırınca direk veri tabanındaki bilgileri alıyor. Masa üstünde webvturunler adlı klasör var, bunu web sitemiz olarak açacağız. File Open Web Site açılan pencerede masa üstü webvturunler 13 Ocak 2012 / Cuma Master Page den urunler adlı yeni bir sayfa oluşturup,

Detaylı

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI 1-Primer Yapı (1 o ) 2-Sekonder Yapı (2 o ) -Alfa heliks -Beta kırmalı tabaka -Beta bendler (kıvrım, dirsek) -Tesadüfi

Detaylı

Mezuniyet Yılı Üniversite Bölümü. Lisans 2007 Muğla (Sıtkı Koçman) Üniversitesi Fizik. Y. Lisans 2009 Afyon Kocatepe Üniversitesi Atom ve Mol.

Mezuniyet Yılı Üniversite Bölümü. Lisans 2007 Muğla (Sıtkı Koçman) Üniversitesi Fizik. Y. Lisans 2009 Afyon Kocatepe Üniversitesi Atom ve Mol. Yrd. Doç. Dr. Etem KÖSE BÖLÜMÜ Elektronik ve Otomasyon Bölümü DOĞUM TARİHİ 984 TELEFON NO 05369805643 FAX - E-POSTA etem.kose@cbu.edu.tr WEB: http://etemkose.cbu.edu.tr YABANCI DİL ÜDS:77.500 EĞİTİM Mezuniyet

Detaylı

Kaynak Kodlardan Derleme. Turquaz Muhasebe. Versiyon 0.2. Hüseyin Ergün. 26 Mart 2005

Kaynak Kodlardan Derleme. Turquaz Muhasebe. Versiyon 0.2. Hüseyin Ergün. 26 Mart 2005 Kaynak Kodlardan Derleme Turquaz Muhasebe Versiyon 0.2 Hüseyin Ergün 26 Mart 2005 Turquaz Muhasebe, Kaynak Kodları Derleme Sayfa 2 İçindekiler İÇİNDEKİLER 2 GEÇMİŞ DEĞİŞİKLİKLER 3 1. GİRİŞ 4 1.1 AÇIKLAMA

Detaylı

OPNET IT Guru-Switched LANs

OPNET IT Guru-Switched LANs Amaç: OPNET IT Guru-Switched LANs Bu laboratuvar uygulaması anahtarlanmış yerel ağlar hakkında fikir edinmek amaçlı tasarlanmıştır. Laboratuvardaki benzetimler (simülasyonlar), anahtar (switch) ve çoklayıcı

Detaylı

Elektrik - Elektronik Fakültesi

Elektrik - Elektronik Fakültesi İ.T.Ü. Elektrik - Elektronik Fakültesi Ele222 Elektroniğe Giriş Ödev #1 Birol Çapa-040060450 Dr. Yük.Müh. H.Bülent YAGCI 23.03.2009 1 kesimde iletimde Soru-1)Aşağıda gösterilen devrede v G giriş gerilimi

Detaylı

İlaç Tasarımında Kuantum Kimya Uygulamaları - I

İlaç Tasarımında Kuantum Kimya Uygulamaları - I İlaç Tasarımında Kuantum Kimya Uygulamaları - I Doç.Dr. Hatice CAN Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fen Fakültesi, Kimya Bölümü Gebze-Kocaeli İçerik 1. Moleküler Model Oluşturulması 2. Geometri Optimizasyonu

Detaylı

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler)

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Biyokimya Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Bölüm 1: Biyokimya ve önemi: 1. Biyokimya tanımı, önemi ve boyutsal

Detaylı

INTERNET KAYNAKLARI. Wik.is Kılavuzu GRUP OTANTİK GRURLA SUNAR

INTERNET KAYNAKLARI. Wik.is Kılavuzu GRUP OTANTİK GRURLA SUNAR INTERNET KAYNAKLARI Wik.is Kılavuzu GRUP OTANTİK GRURLA SUNAR Bir Wiki ye Kayıt Olma 1. Öğrencileriniz ya da kurs katılımcılarınız için e- posta adresleri alın. 2. www.wik.is* adresine gidin. 3. Wik.is

Detaylı

OPNET IT Guru- Queuing Disciplines (Kuyruklama Disiplinleri)

OPNET IT Guru- Queuing Disciplines (Kuyruklama Disiplinleri) Amaç: OPNET IT Guru- Queuing Disciplines (Kuyruklama Disiplinleri) Bu laboratuvar uygulamasının amacı değişik kuyruklama disiplinlerinin, değişik servislerdeki paket iletimi ve gecikmesi üzerindeki etkisini

Detaylı

Ege Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Kontrol Sistemleri II Dersi Grup Adı: Sıvı Seviye Kontrol Deneyi.../..

Ege Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Kontrol Sistemleri II Dersi Grup Adı: Sıvı Seviye Kontrol Deneyi.../.. Ege Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Kontrol Sistemleri II Dersi Grup Adı: Sıvı Seviye Kontrol Deneyi.../../2015 KP Pompa akış sabiti 3.3 cm3/s/v DO1 Çıkış-1 in ağız çapı 0.635 cm DO2

Detaylı

D-Link DSL 500G için ayarları

D-Link DSL 500G için ayarları Celotex 4016 YAZILIM 80-8080-8081 İLDVR HARDWARE YAZILIM 80-4500-4600 DVR2000 25 FPS YAZILIM 5050-5555-1999-80 EX-3004 YAZILIM 5555 DVR 8008--9808 YAZILIM 80-9000-9001-9002 TE-203 VE TE-20316 SVDVR YAZILIM

Detaylı

1 STUNNEL NEDİR? 2 STUNNEL KURULUMU

1 STUNNEL NEDİR? 2 STUNNEL KURULUMU /*******************************************************\ * Gökhan ALKAN * gokhan [at] enderunix [dot] org * EnderUNIX Yazılım Gelistirme Takımı * http://www.enderunix.org * * Sürüm : 1.0 * Tarih : 06.08.2006

Detaylı

3. BÖLÜM: EN KÜÇÜK KARELER

3. BÖLÜM: EN KÜÇÜK KARELER 3. BÖLÜM: EN KÜÇÜK KARELER Bu bölümde; Kilo/Boy Örneği için Basit bir Regresyon EViews Denklem Penceresinin İçeriği Biftek Talebi Örneği için Çalışma Dosyası Oluşturma Beef 2.xls İsimli Çalışma Sayfasından

Detaylı

Genel Bilgiler. Sistemimiz Güvenli Kabuk (Secure Shell/SSH) Protokülünü kullanan bağlan:ları kabul etmektedir.

Genel Bilgiler. Sistemimiz Güvenli Kabuk (Secure Shell/SSH) Protokülünü kullanan bağlan:ları kabul etmektedir. Sisteme Erişim İstanbul Teknik Üniversitesi Bilişim Enstitüsü Yüksek Başarımlı Hesaplama Laboratuvarı yayınıdır. Laboratuvar kullanıcılarının eğitimleri için düzenlenmiştir. İzin alınmaksızın ve referans

Detaylı

Komut Penceresi ile Çalışmaya Başlamak

Komut Penceresi ile Çalışmaya Başlamak Komut Penceresi ile Çalışmaya Başlamak Gökhan SELAMET Terminal Penceresi / CLI Nasıl Açılır Standart Olarak Bilgisayar Adı Bulunduğu Dizin Kullanıcı Yetki Klasör Sistemi Terminalde çalışırken üç önemli

Detaylı

BİLGİSAYAR DESTEKLİ TASARIM II

BİLGİSAYAR DESTEKLİ TASARIM II 0 BÖLÜM 1 ORCAD PROGRAMINA GİRİŞ: OR-CAD programını başlatmak için Başlat menüsünden programlara gelinir. Programların içerisinde ORCAD Release 9 ve bunun içerisinden de ORCAD Capture seçilir. Karşımıza

Detaylı

BÖLÜM 9 - DİFÜZYON. Difüzyon nasıl oluşur? Neden önemlidir? Difüzyon hızı nasıl tahmin edilebilir?

BÖLÜM 9 - DİFÜZYON. Difüzyon nasıl oluşur? Neden önemlidir? Difüzyon hızı nasıl tahmin edilebilir? BÖLÜM 9 - DİFÜZYON Difüzyon nasıl oluşur? Neden önemlidir? Difüzyon hızı nasıl tahmin edilebilir? Difüzyon malzemenin yapısına ve sıcaklığa göre nasıl değişir Malzemelerde üretim ve uygulama sırasında

Detaylı

BIL411 - BİLGİSAYAR AĞLARI LABORATUVARI

BIL411 - BİLGİSAYAR AĞLARI LABORATUVARI BIL411 - BİLGİSAYAR AĞLARI LABORATUVARI ITS-101A INTERNET EĞİTİM SİSTEMİ TCP/IP ICMP Ping ve Checksum İstanbul Ticaret Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Araş. Gör. Can EYÜPOĞLU ICMP Ping ve Checksum

Detaylı

WEEK 11 CME323 NUMERIC ANALYSIS. Lect. Yasin ORTAKCI.

WEEK 11 CME323 NUMERIC ANALYSIS. Lect. Yasin ORTAKCI. WEEK 11 CME323 NUMERIC ANALYSIS Lect. Yasin ORTAKCI yasinortakci@karabuk.edu.tr 2 INTERPOLATION Introduction A census of the population of the United States is taken every 10 years. The following table

Detaylı

SPSS (Statistical Package for Social Sciences)

SPSS (Statistical Package for Social Sciences) SPSS (Statistical Package for Social Sciences) SPSS Data Editor: Microsoft Excel formatına benzer satır ve sütunlardan oluşan çalışma sayfası (*sav) Data Editör iki arayüzden oluşur. 1. Data View 2. Variable

Detaylı

ONÜÇÜNCÜ HAFTA: ZAMAN-FREKANS AYRIŞIMI BİLGİSAYAR YAZILIMLARI VE UYGULAMALAR Program listesi metin sonunda verilmiştir.

ONÜÇÜNCÜ HAFTA: ZAMAN-FREKANS AYRIŞIMI BİLGİSAYAR YAZILIMLARI VE UYGULAMALAR Program listesi metin sonunda verilmiştir. ONÜÇÜNCÜ HAFTA: ZAMAN-FREKANS AYRIŞIMI BİLGİSAYAR YAZILIMLARI VE UYGULAMALAR Program listesi metin sonunda verilmiştir. VERININ TURU 1. veri dosyadan okutulacak 2. sinama verisi (sinuzoidallerin toplami

Detaylı

MOLEKÜLER MODELLEME YÖNTEMLERİ

MOLEKÜLER MODELLEME YÖNTEMLERİ MOLEKÜLER MODELLEME YÖNTEMLERİ -YALÇIN Farmasötik Kimya Anabilim Dalı http://kisisel.ankara.edu.tr/ankara.edu.tr/esinaki/ BAŞARI HİKAYELERİ Aricept, Eisai Trusopt, Merck Viracept, Pfizer, NOROXİN, Kyorin

Detaylı

Mühendislikte Veri Tabanları Dersi Uygulamaları (ArcGIS-SQL)

Mühendislikte Veri Tabanları Dersi Uygulamaları (ArcGIS-SQL) Mühendislikte Veri Tabanları Dersi Uygulamaları (ArcGIS-SQL) İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Geomatik Mühendisliği Bölümü 2014 2015 Güz Yarıyılı Uygulama 2 ArcGIS Yazılımı ile Mekânsal

Detaylı

ATILIM UNIVERSITY Department of Computer Engineering

ATILIM UNIVERSITY Department of Computer Engineering ATILIM UNIVERSITY Department of Computer Engineering COMPE 350 Numerical Methods Fall, 2011 Instructor: Fügen Selbes Assistant: İsmail Onur Kaya Homework: 1 Due date: Nov 14, 2011 You are designing a spherical

Detaylı

Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme

Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme Dr. Fethiye Aylin Sungur Date and Location İÇERİK UYBHM de G03/G09 kullanımı Görselleş?rme Araçları G09 daki yenilikler Biomoleküllerde G09 ile modelleme Örnek

Detaylı

ÖZGEÇMİŞ. Adresi : Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü

ÖZGEÇMİŞ. Adresi : Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü ÖZGEÇMİŞ Adı Soyadı : Halil İLKİMEN Doğum Tarihi : 13 Ekim 1982 Doğum Yeri : Tavas/DENİZLİ Adresi : Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Unvan : Araştırma Görevlisi Doktor Öğrenim

Detaylı