METOT ve ARAÇLAR programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT)

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "METOT ve ARAÇLAR $AMBERHOME@TRGRID programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT)"

Transkript

1 AMBER WORKSHOP AMACI TR-GRID $AMBERHOME programları kullanılarak : 1) İlaç-reseptör etkileşimlerinin Autodock_vina ile incelenmesi 2) AMBER Molecular Mechanics 3) İlaçların bağlanma değerlerinin (Ka ve G) MM-PBSA (Molecular Mechanics/Poisson-Boltzmann Surface Area) yöntemi ile belirlenmesi 4) Madde 1-3 için gerekli programların TR-GRID de çalıştırılması KONU Oseltamivir, Zanamivir ve Peramivir gibi nöraminidaz ilaçların influenza A tipi retrovirüs enfeksiyonlarına karşı etki mekanizmalarının in siliko yöntemlerle incelenmesi METOT ve ARAÇLAR programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT) GAMESS QUANTUM MECHANICS WORKSHOP AMACI 1) GAMESS input dosyalarının GAPEDIT ile hazırlanması 2) GAMESS işlerinin PBS script ile node lara gönderilmesi

2 İnsanlara bulaşan İnfluenza-A retrovirüs tipleri

3 Figure was adapted from A. Moscona (2005). Neuraminidase İnhibitors for Influenza. Drug Therapy, 353,

4 Taylor NR, von Itzstein M (March 1994). "Molecular modeling studies on ligand binding to sialidase from influenza virus and the mechanism of catalysis". Journal of Medicinal Chemistry 37 (5):

5 Anti-influenza ilaç geliştirme çabaları nöraminidaz enziminin kristal yapısını 1983 te Colman 1 grubu yayınladıktan sonra hızlandı. 1. PM Colman, JN Varghese, WG Laver (1983). Structure of the catalytic and antigenic sites in influenza virus neuraminidase. Nature; 303: İçerik: Zanamivir, 1989 Ticari isim: Relenza Firma:GlaxoSmithKline (UK) Uygulama: Oral inhalation Metot: In Siliko, GRID (Molecular Discovery Ltd.) İçerik: Oseltamivir Ticari isim: Tamiflu Firma:GlaxoSmithKline (USA) Uygulama: Capsulles Metot: In Siliko İçerik: Peramivir, 2009 Ticari isim: Faz-III test aşaması Firma:BioCryst Pharmaceuticals (USA), Allience of U.S. Department of Health and Human Services Uygulama: Intravenous or intramascular Metot: Kristalografi, In Siliko (2R,3R,4S)- 4-[(diaminomethylidene)amino]- 3-acetamido- 2-[(1R,2R)- 1,2,3- trihydroxypropyl]- 3,4-dihydro- 2H-pyran- 6- carboxylic acid ethyl (3R,4R,5S)-5-amino-4-acetamido-3- (pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1- carboxylate (1S,2S,3S,4R)-3-[(1S)-1-acetamido-2-ethylbutyl]-4- (diaminomethylideneamino)-2- hydroxy-cyclopentane- 1-carboxylic acid

6 $AMBERHOME module load tr-01-ulakbim/application/amber10/intel AMBER v10 GAMESS QM GABEDIT Discovery Studio Visualizer v2.0 AutoDock (MGL) Tools v1.x.x Autodock_vina VMD

7 En sık kullanılan koordinat dosyaları 1) Protein Data Bank (PDB) formatı (makro moleküller, ligand, su, iyonlar, vb.) REMARK HELIX SHEET SSBOND atom # atom type residue chain res.# x y z ATOM 1 N VAL A TER HETATM 2 CA MOL A/B TER CONECT END 2) SYBYL mol2 formatı (makromoleküller, küçük moleküller) #Creation time: Mon Apr 03 11:57:47 GTB Daylight Time zanamivir PROTEIN # atom type x y z atom type chain C C.2 1 ZMR

8 Uygun PDB dosyası seçimi PROTEIN DATA BANK Protein, RNA, DNA, Glikoprotein, reseptör-ilaç komplex yapıları Dosya formatı : PDB Search (Arama) ile molekül(ler) bulunabilir 1) Kristal (susuz ortamda) yapı koordinatları. Metot: X-RAY kristalografisi -Tek bir yapı. -Monomerler kristallenirken dimer veya tetramer yapı oluşturabilirler. Bu durumda birinci monomer yapı koordinatları tercih edilir -Hidrojen atomları dahil değildir. Mümkünse <2.5 A o çözünürlük tercih edilmelidir. -Çok az miktarda kristallenmiş su molekülleri içerebilir. 2) Çözelti (sulu ortamda) yapı koordinatları. Metot: NMR yapı tayini -Ortalama bir yapı veya birden fazla üst-üste çakıştırılmış yapılar olabilir. -Gerekli olmadıkça su molekülleri içermezler BIOMAGNETIC RESONANCE BANK (BMRB) PDB formatında Biomoleküllerin NMR çözelti yapıları DOCKING ve MOLECULAR MECHANICS için kristal yapıları tercih ediniz.

9 Protein Data Bank ta uygun H1N1 tipi nöraminidaz enzim koordinatları seçimi

10 amino asitler

11 RESEPTÖR VE LİGAND KOORDİNATLARI CHIMERA kullanımı --chimera yı çalıştırınız chimera File>Fetch By ID >PDB seçiniz > kutuya 2hu4 yazınız > Fetch --2 adet tetramer kristal yapısı. Monomerler: A, B, C, D, E, F, G, H --sadece monomer A ile çalışılacak. Monomer A koordinatlarını 2HU4_A.pdb olarak kaydediniz Select>Chain>A File> Save PDB File name : 2HU4_A.pdb Save Selected atoms only ve Use untransformed atoms only işaretleyiniz > Save -- 2HU4.pdb dosyasını kapatınız ve 2HU4_A.pdb dosyasını yükleyiniz. File>Close File>Open File name : 2HU4_A.pdb > Open -- Actions>Atoms/Bonds>delete -- Ligandı (oseltamivir) PDB formatında kaydediniz Select>Residue>G39 File>SavePDB>Save Selected Atoms Only> Filename: oseltamivir.pdb

12 RESEPTÖR VE LİGAND HAZIRLANMASI EDİTÖR KULLANIMI nedit veya vi editörleri 2HU4.pdb dosyasındaki reseptör (nöraminidaz) koordinatları -- 2HU4 dosyasında ATOM 1 ile TER 2963 arasındaki atom koordinatlarını kopyalayıp -- bir başka dosyaya yapıştırınız ve rec.pdb olarak kaydediniz ATOM 1 N VAL A N.... TER 2963 ILE A 468 2HU4.pdb dosyasındaki ligand (oseltamivir) koordinatları -- 2HU4 dosyasında HETATM23705 ile HETATM23724 arasındaki atom koordinatlarını kopyalayıp -- bir başka dosyaya yapıştırınız ve oseltamivir.pdb olarak kaydediniz. HETATM23705 C1 G39 A C.... HETATM23724 N4 G39 A N

13 CYSTINE BAĞLARININ BELİRLENMESİ -- cystine (-S-S-)AMBER kodu : CYX -- cystein (-SH) AMBER kodu : CYS -- 2HU4.pdb dosyasını less, vi veya nedit ile text olarak görüntüleyiniz -- SSBOND satırlarını bulunuz ve A monomerine karşılık gelen cystine bağlarını kaydediniz 2HU4.pdb SSBOND 1 CYS A 92 CYS A 417 SSBOND 2 CYS A 124 CYS A 129 SSBOND 3 CYS A 183 CYS A 230 SSBOND 4 CYS A 232 CYS A 237 SSBOND 5 CYS A 278 CYS A 291 SSBOND 6 CYS A 280 CYS A 289 SSBOND 7 CYS A 318 CYS A 336 SSBOND 8 CYS A 421 CYS A rec.pdb dosyasını açınız. -- CYS aminoasitler (residue): 92, 417, 124, 129, 183, 230, 232, 237, 278, 291, 280, 289, 318, 421, Belirlenen CYS aminoasitlerin PDB dosyasındaki KOD isimlerini CYS CYX olarak değiştiriniz ve pdb dosyasını rec_amber.pdb olarak kaydediniz. Örnek ; CYS: ATOM 62 N CYS A N CYX: ATOM 62 N CYX A N

14 DOCK AutoDOCK Tools (ADT) ile reseptör ve ligandı hazırlama Önemli hususlar Kısmi atom yükleri : Gestaiger yükleri Protein : Polar atomlar hidrojen içerir. Polar olmayan atomlar hidrojen içermez. Ligand : Atomlar hidrojen içermez. Autodock dosya formatı : PDBQT -- ADT yi çalıştırınız adt --Auto Dock button una basınız ve beliren pencerede Dismiss e basınız Ligand hazırlama: Ligand>Input>Open klasörünüzden oseltamivir.pdb seçiniz Ligand > Tosrion Tree>Choose Torsions Ligand>Output>Save as PDBQT> oseltamivir.pdbqt olarak kaydediniz Protein hazırlama: File > Read Molecule > klasörünüzden pdb formatında rec.pdb seçiniz Edit > Hydrogens > Add > Polar Only Ok Grid > Macromolecule > Choose > rec>select Molecule> File name : rec.pdbqt Grid > Grid Box Spacing : 1 Button ları kullanarak GRID kutunuzun boyutlarını belirleyiniz ve aşağıdaki gibi kaydediniz Grid Points Center Grid Box x_dimension 26 x_center : y_dimension 28 y_center : z_dimension 30 z_center :

15 DOCK AUTODOCK_VINA -- mkdir ile kendinize bir $HOME/klasor yaratınız. Bu klasörde olması gereken dosyalar: rec.pdbqt, oseltamivir.pdbqt, vina.in run.sh vina.in: receptor = rec.pdbqt ligand = oseltamivir.pdbqt out = docked_results.pdbqt size_x = 26 size_y = 28 size_z = 30 center_x = center_y = center_z = exhaustiveness = 8 run.sh : #!/bin/sh #PBS -q #PBS -N swineflu #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -V CALISMA_DIZINI="/home_palamut1/cenk/klasor" cd $CALISMA_DIZINI AMBERBIN="/home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin" if [ "x$pbs_nodefile"!= "x" ] ; then echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE" HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE fi if [ "x$lsb_hosts"!= "x" ] ; then echo "LSF Hosts: $LSB_HOSTS" HOST_NODEFILE=`pwd`/lsf_nodefile.$$ for host in ${LSB_HOSTS} do echo $host >> ${HOST_NODEFILE} done fi if [ "x$host_nodefile" = "x" ]; then echo "No hosts file defined. Exiting..." exit fi echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Node count: $CPU_NEEDED" echo "Nodes in $HOST_NODEFILE: " cat $HOST_NODEFILE echo "***********************************************************************" echo $HOME echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Checking ssh for each node:" NODES=`cat $HOST_NODEFILE` for host in ${NODES} do echo "Checking $host..." ssh $host hostname done echo "***********************************************************************" DO_PARALLEL="mpirun -np $CPU_NEEDED ";export DO_PARALLEL /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamboot $HOST_NODEFILE ########################################################################## $AMBERBIN/vina --config $CALISMA_DIZINI/vina.in --log $CALISMA_DIZINI/vina.log /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamhalt

16 DOCK AUTODOCK_VINA -- vina işini gönderiniz qsub run.sh Output : vina.out (energy scores) docked_results.pdbqt (dock olmuş molekül koordinatları) vina.out : mode affinity dist from best mode (kcal/mol) rmsd l.b. rmsd u.b Dock koordinatları görüntüleme --adt çalıştırınız. --Float Dashboard Widget button una basıp Phyton Molecule Viewer (PMV) pencerini ekranınızın farklı bir yerine taşıyınız File > Read Molecule > rec.pdb File > Read Molecule > docked_results.pdbqt PMV de MS ile reseptörün yüzey görünümünü açınız PMV de birinci oseltamivir dışında diğer ligandların line button nunu inaktif ediniz. PMV de birinci oseltamivir için Display S&B ve Atom opsiyonlarını işaretleyiniz. PMV de birinci oseltamivir I Select ile seçiniz Edit>Add Hydrogens> All Hydrogens >OK File > Save > Write PDB>oseltamivir_docked.pdb olarak kaydediniz.

17 AMBER v10 (2008) Assisted Model Building with Energy Refinement D.A. Case, T.A. Darden, T.E. Cheatham, III, C.L. Simmerling, J. Wang, R.E. Duke, R. Luo, K.M. Merz, B. Wang, D.A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J.W. Caldwell, W.S. Ross, and P.A. Kollman (2008), AMBER 10, University of California, San Francisco.

18 AMBER v10 Mighty AMBER Force Field for amino acids, (deoxy) ribonucleot(s)ides, sugars, small organic molecules Determines semiempirical quantum charges for small molecules (AM1-BCC ~ RESP) Molecular Dynamics (MM) Explicit solvent simulations Particle Mesh Ewald NMR restraints Poisson Boltzmann Implicit solvent simulations Poisson Boltzmann Generalized Born Stand-alone simulations NMR restraints (NOE distance, dihedral angle, dipolar couplings, chemical shifts) X-Ray restraints (distance and torsion angles) Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) ~ QSAR Study Enzyme (receptor) Substrate (ligand) interactions Substrate (ligand) = QM_semiempirical Hemiltonian (AM1-BCC, PM3, MINDO/2), Gaussian Enzyme (receptor) = MM Thermodynamics G, H, S, Cv, Binding constant Constant ph simulations, pka shifts for titratible groups Transition state analysis Docking (locus of the receptor must be known)

19 antechamber AMBER Force Field ligand GAFF, AM1, PM3, MINDO/2 LeaP receptor, receptor+ligand X-Ray, NMR gamess, gaussian redii HF/6-31G*, B3LYP/6-31G*, RESP charges prepare amber parameters MM prmtop, xyz input parameters QM/MM NMR or X-Ray restraints sander sander.less pmemd sander.qmmm ptraj trajectory trajectory ptraj pbsa vmd delphi mm-pbsa sander vmd G, H, S, Cv, Gsolv, Kd nmode molsurf Chimera Sirius

20 atoms [ - ( 1/2) Σ μ ind. E (o) polarization MM by AMBER10 EP tot = Σ K r (r r eq ) 2 bond bonds + Σ K Θ (Θ Θ eq ) 2 angle angles + Σ (V n /2) (1 + cos[nф γ]) dihedral dihedral Waals atoms + Σ (A ij / R 12 ) - (B / ij ij R6 ) van der ij i j electrostatic atoms + Σ (q i q j / ε s R ij ) i j [ + E EP extra points (optional) ]

21 AMBER ile 10 ns Molecular Dynamics Aşağıda belirtilen klasörleri mkdir ile yaratınız ve bu klasörlere gerekli input ve pdb dosyalarını taşıyınız ante : oseltamivir_docked.pdb prmtop : rec_amber.pdb relax : relax.in temp : temp.in md : md.in ptraj : ptraj.in mmpbsa : coord.in, mmpbsa.in mdout Relax.in: Relax the entire system &cntrl imin = 1, maxcyc = 1000, ncyc = 500, ntb = 1, ntr = 0, cut = 9, ntx = 1 / Temp.in: Temperature equilibration &cntrl imin=0, nstlim=10000, ntb=1, irest=0, ntx=1, ntc=2, ntf=2, ntt=3, tempi=0, temp0=298.15, gamma_ln=1, vlimit=5, dt=0.002, ntpr=250, ntwx=250, cut=9, &end Md.in : Pressure equilibration and Molecular dynamics &cntrl imin=0, nstlim=500000, dt=0.002, cut=9, irest=1, ntx=5, ntt=3, gamma_ln= 1.0, tempi=298.15, temp0=298.15, ntb=2, ntp=1, pres0=1, taup=2, ntc = 2, ntf = 2, ntpr=2500, ntwx=2500, ntr=0, &end

22 Antechamber ile AM1-BCC kısmi atom yükleri hesaplama -- AM1-BCC-Austin Model 1 with Bond and Charge Correction -- DFT HF/6-31 G* kısmi yüklerine benzer sonuçlar cd ante antechamber i oseltamivir.pdb fi pdb o ligand.mol2 fo mol2 at gaff c bcc nc 0 rn MOL j 4 parmchk i ligand.mol2 f mol2 o ligand.params

23 AMBER ile 10 ns Molecular Dynamics XLEAP, TLEAP, SLEAP, Parameter&Topology ve Coordinate dosyaları cd prmtop -- xleap veya tleap çalıştırınız source leaprc.ff99sb source leaprc.gaff loadamberparams../ante/ligand.params lig=loadmol2 ligand.mol2 rec=loadpdb rec_amber.pdb com=combine {rec lig} check com charge com saveamberparm com com_mmpbsa.prmtop com_mmpbsa.x saveamberparm rec rec_mmpbsa.prmtop red_mmpbsa.x saveamberparm lig lig_mmpbsa.prmtop lig_mmpbsa.x addions2 com Na+/Cl- 0/sayı (0: nötrallemek için ; sayı: counterion sayısı) solvateoct com TIP3PBOX (su molekülleri 10 veya 8 A o olabilir) saveamberparm com mol.prmtop mol.x savepdb com com.pdb Output dosyaları : com.prmtop (parameter&topology) ve com.x (coordinates) com.incrd com.pdb

24 run.sh AMBER Molecular Dynamics #!/bin/sh #PBS -q #PBS -N swineflu #PBS -l nodes=20:ppn=1 ## Export all my environment variables to the job #PBS -V CALISMA_DIZINI="/home_palamut1/cenk/klasor" cd $CALISMA_DIZINI AMBERBIN="/home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin" if [ "x$pbs_nodefile"!= "x" ] ; then echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE" HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE fi if [ "x$lsb_hosts"!= "x" ] ; then echo "LSF Hosts: $LSB_HOSTS" HOST_NODEFILE=`pwd`/lsf_nodefile.$$ for host in ${LSB_HOSTS} do echo $host >> ${HOST_NODEFILE} done fi if [ "x$host_nodefile" = "x" ]; then echo "No hosts file defined. Exiting..." exit fi echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Node count: $CPU_NEEDED" echo "Nodes in $HOST_NODEFILE: " cat $HOST_NODEFILE echo "***********************************************************************" echo $HOME echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE wc -l` echo "Checking ssh for each node:" NODES=`cat $HOST_NODEFILE` for host in ${NODES} do echo "Checking $host..." ssh $host hostname done

25 Run.sh devamı AMBER Molecular Dynamics echo "***********************************************************************" DO_PARALLEL="mpirun -np $CPU_NEEDED ";export DO_PARALLEL /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamboot $HOST_NODEFILE ########################################################################## $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/relax/relax.in -o $CALISMA_DIZINI/relax/relax.out \ p $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.x -r $CALISMA_DIZINI/relax/mol.relax.x $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/temp/temp.in -o $CALISMA_DIZINI/temp/temp.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/relax/mol.relax.x -r $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.x -x $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md1.out p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md2.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md3.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md4.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md5.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md6.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md7.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md8.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md9.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md10.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md10.x x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md10.traj /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamhalt

26 AMBER Molecular Dynamics -- Hesaplamaların yürümesini tail ile kontrol ediniz. Mesela; cd md tail f md3.out (cntrl+c to quit tail.) -- Potansiyel enerji, sıcaklık dengelenmesi, basınç dengelenmesi, cd mdout mdout.pl../md/md1.out../md/md2.out../md/md3.out../md/md4.out../md/md5.out../md/md6.out../md/md7.out../md/md8.out../md/md9.out../md/md10.out Outputs: summary.eptot, summary.pres, summary.temp xmgrace, EXCEL Temperature (K), Pressure (bar) TEMP PRES time (ps)

27 Potential energy equilibration plot of a 20 ps of MD routine for distamycin-dna in explicit water Energy (kcal/mol) EPTOT time (ps)

28

29 cd ptraj ptraj p../prmtop/mol.prmtop ptraj.in ptraj.in: Trajectory analizi, PTRAJ, rmsd, CHIMERA trajin../md/mol.md1.traj trajin../md/mol.md2.traj trajin../md/mol.md3.traj reference../prmtop/mol.x rms reference :1-385 out rec.rms.out time 5 rms reference :386 out lig.rms.out time 5 rms reference :1-386 out com.rms.out time 5 Output: rec.rms.out, com.rms.out, lig.rms.out Plotting: xmgrace, EXCEL

30 MMPBSA (Molecular Mechanics/Poisson Boltzman Surface Area) Bağlanma serbest enerjisi, bağlanma sabiti hesaplanması Thermodynamic computations are conducted at 300 K by the mm-pbsa module of AMBER v9-10 for the complex, the receptor and the ligand, exhibiting the following 1:1 binding interaction. Kon Kon Receptor + Ligand Complex Ka= Koff Koff The Absolute free energy (G) for the complex, the receptor, and the ligand is computed in a classical manner as in EQ.1, G = H T. S EQ.1 in which T is the temperature of the system at 300 K. The binding free energy (ΔG) of the complex system is computed as in EQ.2 ΔG = Gcomp [ Grec + Glig ] EQ.2 ΔG = Δ H - TΔS The entropy term is a sum of translational, rotational and vibrational entropies and is disfavorable in total. 100 snapshots are extracted for the coordinates of the solute species (complex, receptor and ligand) within the last 10-20% of the trajectory. H and S terms are computed for each snapshots and averaged out of the 100 snapshots to constitute mean absolute H and mean absolute S terms.

31 MMPBSA cd mmpbsa mm_pbsa.pl coord.in/mmpbsa.in \ >& mmpbsa.out PREFIX anti-influenza PATH./ COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop RECPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop LIGPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop GC 1 AS 0 DC 0 MM 0 GB 0 PB 0 MS 0 NM BOX YES/NO NTOTAL?? (pdb dosyasında toplam atom sayısı) NSTART?? trajectoryde ilk snapshot NSTOP?? trajectory de son snapshot NFREQ?? aralık frekansı NUMBER_LIG_GROUPS 1 LSTART 5750 LSTOP 5795 NUMBER_REC_GROUPS 1 RSTART 1 RSTOP TRAJECTORY SANDER /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/sander NMODE /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ nmode AMBPDB /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ ambpdb MOLSURF /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/molsurf AMBERHOME /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/

32 PREFIX anti-influeza PATH /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/com_mmpbsa.prmtop RECPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/rec_mmpbsa.prmtop LIGPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/com_mmpbsa.prmtop GC 0 AS 0 DC 0 MM 1 GB 0 PB 1 MS 1 NM PROC 2 REFE 0 INDI 1.0 EXDI 80 SCALE 4 LINIT 1000 PRBRAD 1.4 ISTRNG 0 RADIOPT 0 NPOPT 1 CAVITY_SURFTEN CAVITY_OFFSET 0.00 SURFTEN SURFOFF DIELC PROBE DIELC 4 MAXCYC DRMS SANDER /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/sander NMODE /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/nmode AMBPDB /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ambpdb MOLSURF /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/molsurf AMBERHOME /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/

33

34 module load tr-01- ulakbim/application/gamess/intelparallel rungms optimize 00 2

TR-GRID ÇALŞTAYI Nisan 5-9, 2010, TUBİTAK-ULAKBİM, Ankara

TR-GRID ÇALŞTAYI Nisan 5-9, 2010, TUBİTAK-ULAKBİM, Ankara TR-GRID ÇALŞTAYI Nisan 5-9, 2010, TUBİTAK-ULAKBİM, Ankara H1N1 (domuz gribi) ve H5N5 (kuş gribi) tipi retrovirüslere karşı in-siliko ilaç geliştirilmesi ve TR-GRID de $AMBERHOME (autodock_vina, amber v10,

Detaylı

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları. Feyza Eryol feyza@ulakbim.gov.tr

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları. Feyza Eryol feyza@ulakbim.gov.tr PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları Feyza Eryol feyza@ulakbim.gov.tr İçerik TR-Grid Altyapısı PBS Betik Dili PBS Seçenekleri PBS Betiğinin Hazırlanması PBS Komutları Uygulamalar TR-Grid Altyapısı - I

Detaylı

Çalışma Grupları Eğitimleri. TÜBİTAK ULAKBİM / ANKARA 5-9 Nisan 2010

Çalışma Grupları Eğitimleri. TÜBİTAK ULAKBİM / ANKARA 5-9 Nisan 2010 ULAKBİM - TR-Grid TR-Grid Çalışma Grupları Eğitimleri TÜBİTAK ULAKBİM / ANKARA 5-9 Nisan 2010 İçerik TR-Grid altyapısı Kullanıcı başvuruları, üyelik ve sertifikalar Hesap kümelerine erişim Kullanıcı kaynakları

Detaylı

Epi Info Kullanımı AMACI: Epi Info Programı ile veri tabanı hazırlayabilme ve veri girişi yapabilme becerisi kazanmak ÖĞRENİM HEDEFLERİ Epi Info bileşenlerini tanımlayabilmek Epi Info Make View programında

Detaylı

Problem B. Beton duvar (perde) Beton. E = 29500 ksi, Poisson oranı = 0.2. Yapılacaklar

Problem B. Beton duvar (perde) Beton. E = 29500 ksi, Poisson oranı = 0.2. Yapılacaklar Problem B Beton duvar (perde) Beton E = 29500 ksi, Poisson oranı = 0.2 Yapılacaklar Duvarı modellerken shell (kabuk) elemanları kullanınız. A Perdesindeki kesme kuvvetini, eksenel kuvveti ve momenti hesaplayınız.

Detaylı

Problem F. Hidrostatik Basınca Maruz Duvar. Beton. E = 3600 ksi, Poisson oranı = 0.2. Sınır Şartları

Problem F. Hidrostatik Basınca Maruz Duvar. Beton. E = 3600 ksi, Poisson oranı = 0.2. Sınır Şartları Problem F Hidrostatik Basınca Maruz Duvar Beton E = 3600 ksi, Poisson oranı = 0.2 Sınır Şartları 1. Durum: Duvar sadece altından tutulmuş 2. Durum: Duvar altından ve kenarlarından tutulmuş Yapılacaklar

Detaylı

Sadece kabloda sıcaklığın 100º Fahrenheit düşmesine bağlı olarak oluşan mesnet reaksiyonlarını ve yer değiştirmeleri belirleyiniz.

Sadece kabloda sıcaklığın 100º Fahrenheit düşmesine bağlı olarak oluşan mesnet reaksiyonlarını ve yer değiştirmeleri belirleyiniz. Problem V Sıcaklık Yüklemesi Çelik E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Sıcaklık genleşme katsayısı = 0.0000065 (Fahrenheit) Kiriş-kolon bağlantıları rijit Kablo her iki ucundan mafsallı Yapılacaklar Sadece

Detaylı

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr Üniversitelerde kullanılan mail sisteminin iki belirgin özelliği vardır. 1. Çok sayıda kullanıcı

Detaylı

Kullanıcı Dökümanı. Flash B2B. Versiyon 0.1

Kullanıcı Dökümanı. Flash B2B. Versiyon 0.1 Kullanıcı Dökümanı Flash B2B Versiyon 0.1 12 Kasım 2004 Geçmiş Değişiklikler İsim Tarih Değişiklik Nedeni Versiyon İçindekiler GEÇMİŞ DEĞİŞİKLİKLER... 2 1. KURULUM... 4 2. KULLANIM... 5 2.1. MAP OLUŞTURMA...

Detaylı

Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı. 16 Kasım 11 Çarşamba

Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı. 16 Kasım 11 Çarşamba Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı Moleküler Dinamik Çalıştayı Programı TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Prof. Dr. Turgut BAŞTUĞ NAMD TOBB EKONOMİ ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Prof. Dr. Turgut BAŞTUĞ

Detaylı

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr

qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr qmail ile üniversite mail sistemi yönetimi Devrim Sipahi Dokuz Eylül Üniversitesi devrim.sipahi@deu.edu.tr Üniversitelerde kullanılan mail sisteminin iki belirgin özelliği vardır. 1. Çok sayıda kullanıcı

Detaylı

Problem X. Kafes Kirişli Köprü. Çelik. E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanlar W6X12 Fy = 36 ksi. Betonarme Köprü Tabliyesi

Problem X. Kafes Kirişli Köprü. Çelik. E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanlar W6X12 Fy = 36 ksi. Betonarme Köprü Tabliyesi Problem X Kafes Kirişli Köprü Çelik E = 29000 ksi Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanlar W6X12 Fy = 36 ksi Betonarme Köprü Tabliyesi E = 3600 ksi Poisson oranı = 0.2 Kalınlığı 12 inch Hareketli Yük = 250 pcf

Detaylı

Önce Access açıp,masaüstü ne, vt.mdb adlı veri tabanı dosyasını oluşturuyoruz. Kayıt türünü 2002-2003 seçiyoruz

Önce Access açıp,masaüstü ne, vt.mdb adlı veri tabanı dosyasını oluşturuyoruz. Kayıt türünü 2002-2003 seçiyoruz 9 Şubat 2012 / Perşembe Önce Access açıp,masaüstü ne, vt.mdb adlı veri tabanı dosyasını oluşturuyoruz. Kayıt türünü 2002-2003 seçiyoruz 1) emlakkategorisi adlı tabloyu oluşturuyoruz 1 2) ilanlar adlı tabloyu

Detaylı

SOKKIA LINK PROGRAMI KULLANILARAK SOKKIA ELEKTRONIK TOTAL STATION CIHAZLARINA ( 10K VE 30RK SERILERI) DATA GÖNDERME VE ALMA İŞLEMİ

SOKKIA LINK PROGRAMI KULLANILARAK SOKKIA ELEKTRONIK TOTAL STATION CIHAZLARINA ( 10K VE 30RK SERILERI) DATA GÖNDERME VE ALMA İŞLEMİ SOKKIA LINK PROGRAMI KULLANILARAK SOKKIA ELEKTRONIK TOTAL STATION CIHAZLARINA ( 10K VE 30RK SERILERI) DATA GÖNDERME VE ALMA İŞLEMİ A. Cihazdan Bilgisayara Data Transfer işlemleri : * Bu yazıda belirtilen

Detaylı

Web Formlar ve Sayfalar Arasında Bilgi Gönderme. BATML İnternet Programcılığı 1

Web Formlar ve Sayfalar Arasında Bilgi Gönderme. BATML İnternet Programcılığı 1 Web Formlar ve Sayfalar Arasında Bilgi Gönderme BATML İnternet Programcılığı 1 Bazı web sitelerinde sayfalar arasında bilgi veya değişken göndermek gerekebilir. Gönderilen bu bilgi kullanıcı adı ve şifre

Detaylı

Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals

Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals The European Union s Making the Labour Market more Inclusive III programme For North Cyprus Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals Module

Detaylı

Problemin çözümünde şu program olanakları kullanılmaktadır

Problemin çözümünde şu program olanakları kullanılmaktadır Problem U Tünel Kemer (Tonoz) Yapı Beton E= 3600 ksi Poison Oranı = 0.2 Betonarme duvar ve döşeme 12'' kalınlığındadır Yapılacaklar Yapının kendi ağırlığından dolayı üst ve alt kemerlerin merkezinde meydana

Detaylı

Adım Adım SPSS. 1- Data Girişi ve Düzenlemesi 2- Hızlı Menü. Y. Doç. Dr. İbrahim Turan Nisan 2011

Adım Adım SPSS. 1- Data Girişi ve Düzenlemesi 2- Hızlı Menü. Y. Doç. Dr. İbrahim Turan Nisan 2011 Adım Adım SPSS 1- Data Girişi ve Düzenlemesi 2- Hızlı Menü Y. Doç. Dr. İbrahim Turan Nisan 2011 File (Dosya) Menüsü Excel dosyalarını SPSS e aktarma Variable View (Değişken Görünümü 1- Name (İsim - Kod)

Detaylı

NicProxy Registrar AWBS Modül Kurulumu Versiyon 1.0

NicProxy Registrar AWBS Modül Kurulumu Versiyon 1.0 NicProxy Registrar AWBS Modül Kurulumu Versiyon 1.0 Tescil Bilgisi 2009 NicProxy. Tüm Hakları Saklıdır. Bu belge, NicProxy mülkiyetinde ve NicProxy e ait özel bilgiler içermektedir. NicProxy yetkili temsilcisinin

Detaylı

KANTAR UYGULAMASI Kurulum Kılavuzu

KANTAR UYGULAMASI Kurulum Kılavuzu KANTAR UYGULAMASI Kurulum Kılavuzu Serhat Öztürk Medyasoft Danışmanlık ve Eğitim A.Ş. v.1.0 Kantar Uygulaması üç temel parçadan oluşur. Veritabanı, WCF servisi ve Masaüstü uygulaması. Bu nedenle sistemde

Detaylı

OPNET IT Guru- Güvenlik Duvarı ve Sanal Özel Ağ (Firewalls and Virtual Private Network, VPN)

OPNET IT Guru- Güvenlik Duvarı ve Sanal Özel Ağ (Firewalls and Virtual Private Network, VPN) OPNET IT Guru- Güvenlik Duvarı ve Sanal Özel Ağ (Firewalls and Virtual Private Network, VPN) Amaç: Bu laboratuvar uygulamasının amacı, Internet gibi kamuya açık paylaşımlı ağların güvenliğinde Güvenlik

Detaylı

Her bir şeride eş zamanlı olarak uygulanan HS20-44 kamyon yükü ve HS20-44L şerit yükünden en elverişsiz olanı için kontrol yapınız.

Her bir şeride eş zamanlı olarak uygulanan HS20-44 kamyon yükü ve HS20-44L şerit yükünden en elverişsiz olanı için kontrol yapınız. Problem R Hareketli Yük Katarlı Köprü Beton Malzeme Özellikleri E = 5000 ksi, Poisson oranı = 0.2 Eleman Özellikeri Kolon A = 40 ft^2 I = 400 ft ^3 AS = 30 ft^2 Kiriş A = 35 ft^2 I = 500 ft^3 AS = 12 ft^2

Detaylı

ihmal edilmeyecektir.

ihmal edilmeyecektir. q h q q h h q q q y z L 2 x L 1 L 1 L 2 Kolon Perde y x L 1 L 1 L 1 = 6.0 m L 2 = 4.0 m h= 3.0 m q= 50 kn (deprem) tüm kirişler üzerinde 8 kn/m lik düzgün yayılı yük (ölü), tüm döşemeler üzerinde 3 kn/m

Detaylı

B düğüm noktasında aşağıya doğru 1'' lik yer değiştirme nedeniyle oluşacak mesnet reaksiyonlarını hesaplayınız.

B düğüm noktasında aşağıya doğru 1'' lik yer değiştirme nedeniyle oluşacak mesnet reaksiyonlarını hesaplayınız. Problem G Mesnet Çökmeli Çerçeve Çelik E = 29000 ksi, Poisson oranı = 0.3 Temel mafsallı Tüm kiriş-kolon bağlantıları rijit Yapılacaklar B düğüm noktasında aşağıya doğru 1'' lik yer değiştirme nedeniyle

Detaylı

Diyaframlar kendi düzlemlerinde rijittir Kolon temelleri ankastredir 250 pound 'luk adamın kütlesini 0.00065 kip-sec^2/in olarak alınız.

Diyaframlar kendi düzlemlerinde rijittir Kolon temelleri ankastredir 250 pound 'luk adamın kütlesini 0.00065 kip-sec^2/in olarak alınız. Problem Z Davranış Spektrumu Analizi Bina Özellikleri Bina betonarme kolonlarla desteklenmiş, perdeli, kirişsiz betonarme döşemeden oluşan, dört katlı bir yapıdır. Binanın çatısının bir köşesinde 30 foot

Detaylı

Mesnetler A, B ve C noktalarõ şekildeki gibi Z doğrultusunda mesnetlenmiş (sabitlenmiş) tir.

Mesnetler A, B ve C noktalarõ şekildeki gibi Z doğrultusunda mesnetlenmiş (sabitlenmiş) tir. Problem M X-Y Düzleminde A Noktasında Dönebilen Düz Plak Beton E =3600 ksi, Poisson Oranõ= 0.2 Mevcut Serbestlikler UZ, RX, RY Mesnetler A, B ve C noktalarõ şekildeki gibi Z doğrultusunda mesnetlenmiş

Detaylı

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı. Prof. Dr. Esin AKI

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı. Prof. Dr. Esin AKI -YALÇIN Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı 5000 in üzerinde ilaç etken maddesi var. 20000 in üzerinde farmasötik ürün var. ABD de Yaşam süresinin uzaması 2010 Kadınlarda

Detaylı

ABAQUS Programına Giriş Kullanılacak Sürümler

ABAQUS Programına Giriş Kullanılacak Sürümler ABAQUS Programına Giriş Kullanılacak Sürümler (1) Abaqus Öğrenci Sürümü (Student Edition) (Abaqus SE): Akademik öğrenciler tarafında indirilebilen ücretsiz Sonlu Elemanlar probram sürümüdür. İndirilme

Detaylı

Dosya(FILE) araç çubuğu

Dosya(FILE) araç çubuğu Dosya(FILE) araç çubuğu NEW DESİGN, Yeni çalışma sayfası açmayı sağlar. OPEN DESIGN, Yüklü ve/veya önceki çalışmaları açar. SAVE current DESIGN, Geçerli çalışmayı kaydetmeyi sağlar. IMPORT SECTION, Mevcut

Detaylı

Fluent Launcher File > Read > Mesh Scale View Length Unit Mesh Was Created In Scale Close General>Time Gravity

Fluent Launcher File > Read > Mesh Scale View Length Unit Mesh Was Created In Scale Close General>Time Gravity FLUENT VOF 2014 1. Fluent Launcher 3-D seçili olarak başlatılır. 2. File > Read > Mesh tıklanarak ankflush.msh.gz adlı mesh dosyası açılır. 3. Domain in büyüklüğü için Scale menüsü tıklanır. View Length

Detaylı

Bu makalede 2003 sunucu, Windows 2003 Server anlamına gelmektedir. Aşağıda yapılan işlemler 2003 R2 sunucu üzerinde denenmiş ve çalıştırılmıştır.

Bu makalede 2003 sunucu, Windows 2003 Server anlamına gelmektedir. Aşağıda yapılan işlemler 2003 R2 sunucu üzerinde denenmiş ve çalıştırılmıştır. WINDOWS 2003 SUNUCULARI ÜZERĐNE PHP YÜKLENMESĐ ERDAL YAZICIOĞLU erdal(at)gmail.com http://barbarossa41.wordpress.com Merhabalar, Çözümpark.com adresinde bir kullanıcı ASP ve PHP yi aynı sunucu üzerinde

Detaylı

Teknoloji Servisleri; (Technology Services)

Teknoloji Servisleri; (Technology Services) Antalya International University Teknoloji Servisleri; (Technology Services) Microsoft Ofis Yazılımları (Microsoft Office Software), How to Update Office 365 User Details How to forward email in Office

Detaylı

A ve B düğüm noktalarında X yönündeki yer değiştirmeleri ve mesnet reaksiyonlarını bulunuz.

A ve B düğüm noktalarında X yönündeki yer değiştirmeleri ve mesnet reaksiyonlarını bulunuz. Problem D Eğimli Mesnetler Çelik E = 29000 ksi, Poisson oranı = 0.3 Tüm elemanların 10 feet uzunluğundadır. Yapılacaklar A ve B düğüm noktalarında X yönündeki yer değiştirmeleri ve mesnet reaksiyonlarını

Detaylı

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları

PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları I. Ulusal Yüksek Başarım ve Grid Konferansı 15-18 Nisan 2009, ODTÜ, Ankara http://www.grid.org.tr/basarim09/ www.grid.org.tr İÇERİK PBS Betik Dili PBS Seçenekleri

Detaylı

ACS790 Programından OZW672 Web Server a tesis diyagramının aktarılması

ACS790 Programından OZW672 Web Server a tesis diyagramının aktarılması ACS790 Programından OZW672 Web Server a tesis diyagramının aktarılması 1. OCI 700 servis aracını RVS serisi kontrol cihazı kullanıyorsanız sol taraftaki resimde görüldüğü gibi BSB soketine, LMS kazan kontrol

Detaylı

(KESİN RAPORU) 2010-2012 ANKARA ORTAMLARINDA FARKLI PARAMETRELER İLE PROJE KODU: 21/2010-05

(KESİN RAPORU) 2010-2012 ANKARA ORTAMLARINDA FARKLI PARAMETRELER İLE PROJE KODU: 21/2010-05 GAZİ ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ (KESİN RAPORU) ZP3 PROTEİN YAPISININ ÇEŞİTLİ ÇÖZELTİ ORTAMLARINDA FARKLI PARAMETRELER İLE MOLEKÜLER DİNAMİK SİMÜLASYON ÇALIŞMASI PROJE KODU: 21/2010-05 PROJE

Detaylı

Örnek 1 (Virtüel iş çözümü için; Bakınız : Ders Notu Sayfa 23 - Örnek 4)

Örnek 1 (Virtüel iş çözümü için; Bakınız : Ders Notu Sayfa 23 - Örnek 4) Örnek 1 (Virtüel iş çözümü için; Bakınız : Ders Notu Sayfa 23 - Örnek 4) Şekil 1.1. İzostatik sistem EA GA 0, EI = 2.10 4 knm 2, E = 2.10 8, t =10-5 1/, h =60cm (taşıyıcı eleman yüksekliği, her yerde)

Detaylı

www.mekatroncnc.com.tr

www.mekatroncnc.com.tr Sayfa 1 Sayfa 2 Sayfa 3 MACH3 PROGRAMI KULLANMA KLAVUZU 1. ADIM: İlk olarak MACH3 MILL programı içerisine giriyoruz ve alttaki ekran karşımıza geliyor.(reset butonun yeşil yanmasına dikkat ediyoruz ve

Detaylı

1) Visual Studio da WebSiteemlakci adında yeni bir site oluşturuyoruz.

1) Visual Studio da WebSiteemlakci adında yeni bir site oluşturuyoruz. Ödev: Daha önce veritabanını oluşturduğumuz uygulamanın sitesini yapmak. Emlakçı sitesi. Kategoriler olacak. kategorilere satılık arsa, satılık konut, kiralık ev gibi bilgiler eklenecek. ve bu kategorilerin

Detaylı

yapılandırıp, performansını analiz etmektir.

yapılandırıp, performansını analiz etmektir. OPNET IT Guru-OSPF (Bağlantı-Durumu Tabanlı Yönlendirme Algoritması) Amaç: Bu laboratuvar uygulamasının amacı Open Shortest Path First (OSPF) yönlendirme protokolünü yapılandırıp, performansını analiz

Detaylı

YAYGIN OLARAK KULLANILAN ADSL MODEMLER VE ROUTER AYARLARI

YAYGIN OLARAK KULLANILAN ADSL MODEMLER VE ROUTER AYARLARI YAYGIN OLARAK KULLANILAN ADSL MODEMLER VE ROUTER AYARLARI D-Link 500G Router Ayarları web arayüzüne ulaşmak için modemin standart IP adresi olan 10.1.1.1 yazıyoruz. o Modeminizin IP adresini web tarayıcınızın

Detaylı

Gerekli bağlantıları yapıp, ACS420 V3.03 programını çalıştırınız. Program açıldığında, LMS14 ün içindeki parametrelerin okunmasını bekleyiniz.

Gerekli bağlantıları yapıp, ACS420 V3.03 programını çalıştırınız. Program açıldığında, LMS14 ün içindeki parametrelerin okunmasını bekleyiniz. Gerekli bağlantıları yapıp, ACS420 V3.03 programını çalıştırınız. Program açıldığında, LMS14 ün içindeki parametrelerin okunmasını bekleyiniz. Aşağıdaki pencereyi gördükten sonra cihazınız parametre ayarı

Detaylı

12. HAFTA BLM323 SAYISAL ANALİZ. Okt. Yasin ORTAKCI. yasinortakci@karabuk.edu.tr

12. HAFTA BLM323 SAYISAL ANALİZ. Okt. Yasin ORTAKCI. yasinortakci@karabuk.edu.tr 1. HAFTA BLM33 SAYISAL ANALİZ Okt. Yasin ORTAKCI yasinortakci@karabuk.edu.tr Karabük Üniversitesi Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi DIVIDED DIFFERENCE INTERPOLATION Forward Divided Differences

Detaylı

Sekil 1 de plani verilen yapisal sistemin dinamik analizini yaparak, 1. ve 5. modlara ait periyotlari hesaplayiniz.

Sekil 1 de plani verilen yapisal sistemin dinamik analizini yaparak, 1. ve 5. modlara ait periyotlari hesaplayiniz. Örnek: Sekil 1 de plani verilen yapisal sistemin dinamik analizini yaparak, 1. ve 5. modlara ait periyotlari hesaplayiniz. Giris Bilgileri Sistem Geometrisi ve Eleman Bilgileri: Sekil 1 Kat plani (Ölçüler

Detaylı

APRS I-GATE DIGI KURULUMU

APRS I-GATE DIGI KURULUMU APRS I-GATE DIGI KURULUMU Hazırlayan: TA9J İsmail Çakmak-TRAC Kars Şubesi Başkanı, Kars e-mail: ismailcakmak@gmail.com Teşekkür: APRS konusunda bilgilerinden yararlandığımız TA7OM Hüdaverdi Güneş ve TA1DX

Detaylı

Bilgisayarım My Computer

Bilgisayarım My Computer My Computer Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2012 2013 Bahar Yarıyılı 12-13 Mar. 2012 Öğr. Gör. Murat KEÇECİOĞLU Bilgisayarım (my computer) simgesine sağ tıklar ve özellikler (properties) seçeneğini seçeriz.

Detaylı

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI 1-Primer Yapı (1 o ) 2-Sekonder Yapı (2 o ) -Alfa heliks -Beta kırmalı tabaka -Beta bendler (kıvrım, dirsek) -Tesadüfi

Detaylı

INTERNET KAYNAKLARI. Wik.is Kılavuzu GRUP OTANTİK GRURLA SUNAR

INTERNET KAYNAKLARI. Wik.is Kılavuzu GRUP OTANTİK GRURLA SUNAR INTERNET KAYNAKLARI Wik.is Kılavuzu GRUP OTANTİK GRURLA SUNAR Bir Wiki ye Kayıt Olma 1. Öğrencileriniz ya da kurs katılımcılarınız için e- posta adresleri alın. 2. www.wik.is* adresine gidin. 3. Wik.is

Detaylı

İlaç Tasarımında Kuantum Kimya Uygulamaları - I

İlaç Tasarımında Kuantum Kimya Uygulamaları - I İlaç Tasarımında Kuantum Kimya Uygulamaları - I Doç.Dr. Hatice CAN Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fen Fakültesi, Kimya Bölümü Gebze-Kocaeli İçerik 1. Moleküler Model Oluşturulması 2. Geometri Optimizasyonu

Detaylı

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler)

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Biyokimya Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Bölüm 1: Biyokimya ve önemi: 1. Biyokimya tanımı, önemi ve boyutsal

Detaylı

OPNET IT Guru- Queuing Disciplines (Kuyruklama Disiplinleri)

OPNET IT Guru- Queuing Disciplines (Kuyruklama Disiplinleri) Amaç: OPNET IT Guru- Queuing Disciplines (Kuyruklama Disiplinleri) Bu laboratuvar uygulamasının amacı değişik kuyruklama disiplinlerinin, değişik servislerdeki paket iletimi ve gecikmesi üzerindeki etkisini

Detaylı

Kaynak Kodlardan Derleme. Turquaz Muhasebe. Versiyon 0.2. Hüseyin Ergün. 26 Mart 2005

Kaynak Kodlardan Derleme. Turquaz Muhasebe. Versiyon 0.2. Hüseyin Ergün. 26 Mart 2005 Kaynak Kodlardan Derleme Turquaz Muhasebe Versiyon 0.2 Hüseyin Ergün 26 Mart 2005 Turquaz Muhasebe, Kaynak Kodları Derleme Sayfa 2 İçindekiler İÇİNDEKİLER 2 GEÇMİŞ DEĞİŞİKLİKLER 3 1. GİRİŞ 4 1.1 AÇIKLAMA

Detaylı

F8914 ZİGBEE RF MODEM İLE MODBUS HABERLEŞME KILAVUZU

F8914 ZİGBEE RF MODEM İLE MODBUS HABERLEŞME KILAVUZU F8914 ZİGBEE RF MODEM İLE MODBUS HABERLEŞME KILAVUZU Z Telemetri Telekomünikasyon Yazılım San. Tic. LTD. ŞTI. Kavaklıdere Mah. Atatürk Bulvarı No: 151/804 Çankaya / Ankara info@ztelemetry.com Tel: +90

Detaylı

Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals. Module 3: Cloud Computing. Laboratuar Notları

Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals. Module 3: Cloud Computing. Laboratuar Notları The European Union s Making the Labour Market more Inclusive III programme For North Cyprus Upgrading Internet Technology skills of Information and Communication Technologies (ICT) Professionals Module

Detaylı

1 STUNNEL NEDİR? 2 STUNNEL KURULUMU

1 STUNNEL NEDİR? 2 STUNNEL KURULUMU /*******************************************************\ * Gökhan ALKAN * gokhan [at] enderunix [dot] org * EnderUNIX Yazılım Gelistirme Takımı * http://www.enderunix.org * * Sürüm : 1.0 * Tarih : 06.08.2006

Detaylı

Bilgisayarım My Computer. Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2013 2014 Bahar Yarıyılı

Bilgisayarım My Computer. Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2013 2014 Bahar Yarıyılı Bilgisayarım My Computer Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2013 2014 Bahar Yarıyılı Öğr.Gör. Murat KEÇECİOĞLU 11-12 Mar. 2014 Bilgisayarım (my computer) simgesine sağ tıklar ve özellikler (properties) seçeneğini

Detaylı

3. BÖLÜM: EN KÜÇÜK KARELER

3. BÖLÜM: EN KÜÇÜK KARELER 3. BÖLÜM: EN KÜÇÜK KARELER Bu bölümde; Kilo/Boy Örneği için Basit bir Regresyon EViews Denklem Penceresinin İçeriği Biftek Talebi Örneği için Çalışma Dosyası Oluşturma Beef 2.xls İsimli Çalışma Sayfasından

Detaylı

BİLGİSAYAR DESTEKLİ TASARIM II

BİLGİSAYAR DESTEKLİ TASARIM II 0 BÖLÜM 1 ORCAD PROGRAMINA GİRİŞ: OR-CAD programını başlatmak için Başlat menüsünden programlara gelinir. Programların içerisinde ORCAD Release 9 ve bunun içerisinden de ORCAD Capture seçilir. Karşımıza

Detaylı

BIL411 - BİLGİSAYAR AĞLARI LABORATUVARI

BIL411 - BİLGİSAYAR AĞLARI LABORATUVARI BIL411 - BİLGİSAYAR AĞLARI LABORATUVARI ITS-101A INTERNET EĞİTİM SİSTEMİ TCP/IP ICMP Ping ve Checksum İstanbul Ticaret Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Araş. Gör. Can EYÜPOĞLU ICMP Ping ve Checksum

Detaylı

Genel Bilgiler. Sistemimiz Güvenli Kabuk (Secure Shell/SSH) Protokülünü kullanan bağlan:ları kabul etmektedir.

Genel Bilgiler. Sistemimiz Güvenli Kabuk (Secure Shell/SSH) Protokülünü kullanan bağlan:ları kabul etmektedir. Sisteme Erişim İstanbul Teknik Üniversitesi Bilişim Enstitüsü Yüksek Başarımlı Hesaplama Laboratuvarı yayınıdır. Laboratuvar kullanıcılarının eğitimleri için düzenlenmiştir. İzin alınmaksızın ve referans

Detaylı

ATILIM UNIVERSITY Department of Computer Engineering

ATILIM UNIVERSITY Department of Computer Engineering ATILIM UNIVERSITY Department of Computer Engineering COMPE 350 Numerical Methods Fall, 2011 Instructor: Fügen Selbes Assistant: İsmail Onur Kaya Homework: 1 Due date: Nov 14, 2011 You are designing a spherical

Detaylı

ÖZGEÇMİŞ. Adresi : Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü

ÖZGEÇMİŞ. Adresi : Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü ÖZGEÇMİŞ Adı Soyadı : Halil İLKİMEN Doğum Tarihi : 13 Ekim 1982 Doğum Yeri : Tavas/DENİZLİ Adresi : Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Unvan : Araştırma Görevlisi Doktor Öğrenim

Detaylı

SPSS (Statistical Package for Social Sciences)

SPSS (Statistical Package for Social Sciences) SPSS (Statistical Package for Social Sciences) SPSS Data Editor: Microsoft Excel formatına benzer satır ve sütunlardan oluşan çalışma sayfası (*sav) Data Editör iki arayüzden oluşur. 1. Data View 2. Variable

Detaylı

Ege Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Kontrol Sistemleri II Dersi Grup Adı: Sıvı Seviye Kontrol Deneyi.../..

Ege Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Kontrol Sistemleri II Dersi Grup Adı: Sıvı Seviye Kontrol Deneyi.../.. Ege Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Kontrol Sistemleri II Dersi Grup Adı: Sıvı Seviye Kontrol Deneyi.../../2015 KP Pompa akış sabiti 3.3 cm3/s/v DO1 Çıkış-1 in ağız çapı 0.635 cm DO2

Detaylı

Mühendislikte Veri Tabanları Dersi Uygulamaları (ArcGIS-SQL)

Mühendislikte Veri Tabanları Dersi Uygulamaları (ArcGIS-SQL) Mühendislikte Veri Tabanları Dersi Uygulamaları (ArcGIS-SQL) İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Geomatik Mühendisliği Bölümü 2014 2015 Güz Yarıyılı Uygulama 2 ArcGIS Yazılımı ile Mekânsal

Detaylı

Bu not Havaalanları ve Gümrük Kapılarına Konulan Kameralar için hazırlanmıştır.

Bu not Havaalanları ve Gümrük Kapılarına Konulan Kameralar için hazırlanmıştır. Bu not Havaalanları ve Gümrük Kapılarına Konulan Kameralar için hazırlanmıştır. A) Parça Listesi 1) A320 FLIR Termal Kamera i) 1 adet Güç Adaptörü ii) 1 adet Ethernet Kablosu 2) 1 adet Kasa ( IR Monitör

Detaylı

Atıksu Arıtma Tesislerinde Hava Dağıtımının Optimize Edilmesi ve Enerji Tasarrufu

Atıksu Arıtma Tesislerinde Hava Dağıtımının Optimize Edilmesi ve Enerji Tasarrufu Optimization of Air Distribution in Waste Water Treatment Plants to Save Energy Atıksu Arıtma Tesislerinde Hava Dağıtımının Optimize Edilmesi ve Enerji Tasarrufu Jan Talkenberger, Binder Group, Ulm, Germany

Detaylı

1 PDF Import ve Arama Özelliği

1 PDF Import ve Arama Özelliği ResearchSoftware.com 1 1 PDF Import ve Arama Özelliği, bir PDF dosyasının yada bir klasörde bulunan birden fazla PDF dosyasının doğrudan EndNote kütüphanesine importu ile PDF yönetim özelliklerini geliştirmeye

Detaylı

COPERT 4. Charis Kouridis charis.k@emisia.com. Dimitris Gkatzoflias dimitris.g@emisia.com. EMISIA S.A. Selanik +30 2310 473374 www.emisia.

COPERT 4. Charis Kouridis charis.k@emisia.com. Dimitris Gkatzoflias dimitris.g@emisia.com. EMISIA S.A. Selanik +30 2310 473374 www.emisia. COPERT 4 Charis Kouridis charis.k@emisia.com Dimitris Gkatzoflias dimitris.g@emisia.com EMISIA S.A. Selanik +30 2310 473374 www.emisia.com Ankara, 19-20 Eylül, 2012 Genel Bakış Kurulum 7 Adım + Veri dışa

Detaylı

Teknik Doküman. Revit te 2B profil (family) nesne yaratmak

Teknik Doküman. Revit te 2B profil (family) nesne yaratmak Teknik Doküman Teknik Doküman Numarası: 10829 Yayım Tarihi: 31.07.2007 Ürün: Autodesk Revit 8-2008 Tür: Öğretici Konu: Revitte 2B profil (family) nesne yaratmak Revizyon No: 0 Revizyon Tarihi: Revit te

Detaylı

Eagle ve Diğer PCB Tasarım Programlarında Karşılaşılan Katmanların Eşleşme Problemine Çözüm

Eagle ve Diğer PCB Tasarım Programlarında Karşılaşılan Katmanların Eşleşme Problemine Çözüm Eagle ve Diğer PCB Tasarım Programlarında Karşılaşılan Katmanların Eşleşme Problemine Çözüm PCB tasarladıktan sonra, katmanlara ait aldığınız çıktılar eşleşmeyebilir veya farklı yerlerde gözükebilir. Bu

Detaylı

CityEngine 2012.1. Yardım Dokümanı. Bölüm 9 COĞRAFİ KOORDİNATLANDIRMA. Esri Türkiye www.esriturkey.com.tr

CityEngine 2012.1. Yardım Dokümanı. Bölüm 9 COĞRAFİ KOORDİNATLANDIRMA. Esri Türkiye www.esriturkey.com.tr CityEngine 2012.1 Yardım Dokümanı Bölüm 9 COĞRAFİ KOORDİNATLANDIRMA Esri Türkiye www.esriturkey.com.tr İçindekiler 1. Ekran Koordinat Sistemi (Scene Coordinate System)... 1 Varsayılan Ekran Koordinat Sistemi

Detaylı

Module 2 Managing User And Computer accounts

Module 2 Managing User And Computer accounts 16 Creating Users Accounts With Command ( Komutla Kullanıcı Hesabı Oluşturma ) Organization Unit i komutla oluşturmak istersek aşağıda bulunan şekildeki yönergeleri takip ediyoruz. Module 2 Managing User

Detaylı

Prof. Dr. Esin AKI E-Mail: esinaki@ankara.edu.tr. CADD 3D QSAR > 3D İlaç Tasarımının Uygulanma Yöntemleri

Prof. Dr. Esin AKI E-Mail: esinaki@ankara.edu.tr. CADD 3D QSAR > 3D İlaç Tasarımının Uygulanma Yöntemleri E-Mail: esinaki@ankara.edu.tr CADD 3D QSAR > 3D İlaç Tasarımının Uygulanma Yöntemleri MOLEKÜLER ELEKTROSTATİK POTANSİYEL (MEP) HESAPLAMALARI 2 Molekülün belli bir uzaklıkta iken etkileşmesinde ilk önemli

Detaylı

3682715757-4377 ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ/FİZİK BÖLÜMÜ/KATIHAL FİZİĞİ ANABİLİM DALI

3682715757-4377 ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ/FİZİK BÖLÜMÜ/KATIHAL FİZİĞİ ANABİLİM DALI ZARİFE SİBEL ŞAHİN YARDIMCI DOÇENT E-Posta Adresi zarifesibel@sinop.edu.tr Telefon (İş) Telefon (Cep) Faks Adres 3682715757-4377 5464077397 Sinop Üniversitesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Enerji

Detaylı

Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme

Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme Dr. Fethiye Aylin Sungur Date and Location İÇERİK UYBHM de G03/G09 kullanımı Görselleş?rme Araçları G09 daki yenilikler Biomoleküllerde G09 ile modelleme Örnek

Detaylı

Sun Solaris Jumpstart Sistemi

Sun Solaris Jumpstart Sistemi Sun Solaris Jumpstart Sistemi Ömer Faruk Şen EnderUNIX Yazılım Geliştirme Takımı Üyesi ofsen at enderunix nokta org 4 Aralık 2007 Bu makalenin son halini http://www.enderunix.org/docs/solaris-jumpstart.pdf

Detaylı

ENCOM DISCOVER & 3D KURS İÇERİĞİ

ENCOM DISCOVER & 3D KURS İÇERİĞİ ENCOM DISCOVER & 3D KURS İÇERİĞİ Başar Bilgisayar Sistemleri Ve İletişim Teknolojileri San. Ve Tic. Ltd. Şti. Web site: http://www.basarsoft.com.tr Kontak mail: basar@basarsoft.com.tr ODTÜ Teknokent Gümüş

Detaylı

BÖLÜM 8 BİLGİSAYAR UYGULAMALARI - 2

BÖLÜM 8 BİLGİSAYAR UYGULAMALARI - 2 1 BÖLÜM 8 BİLGİSAYAR UYGULAMALARI - 2 Bu bölümde bir veri seti üzerinde betimsel istatistiklerin kestiriminde SPSS paket programının kullanımı açıklanmaktadır. Açıklamalar bir örnek üzerinde hareketle

Detaylı

RNAi Teknolojisinin Deneysel Aşamaları ve Tedavideki Geleceği

RNAi Teknolojisinin Deneysel Aşamaları ve Tedavideki Geleceği RNAi Teknolojisinin Deneysel Aşamaları ve Tedavideki Geleceği sirna Doç.Dr. Metiner Tosun EÜ Eczacılık Fakültesi Farmakoloji AD Trabzon Ekim 07 Geleneksel ilaç geliştirme fazları: Doğrusal süreç 1-5 yıl

Detaylı

CAPTURE Capture kısmını açtığımızda karşımıza Capture session frame gelir (Şekil 4.1.).

CAPTURE Capture kısmını açtığımızda karşımıza Capture session frame gelir (Şekil 4.1.). BÖLÜM 4 CAPTURE Capture kısmını açtığımızda karşımıza Capture session frame gelir (Şekil 4.1.). Şekil 4.1 Capture Ortamı Genel Yüzeyi Bütün şematik dizayn ve işlemler bu pencerede (capture window) yapılacaktır.

Detaylı

NOT: VERİTABANINDAKİ TABLOLARI OLUŞTURMAYI DA UNUTMAYACAĞIZ.

NOT: VERİTABANINDAKİ TABLOLARI OLUŞTURMAYI DA UNUTMAYACAĞIZ. 20 Ocak 2012 / Cuma Yeni uygulama Yönetim adlı bir klasör oluşturacağız. Yönetim klasörü içerisine bir masterpage oluşturacağız. (tabloyla) Örneğin; Ana Sayfa Albüm ekle Fotoğraf ekle Content Place Holder(Değişecek

Detaylı

METANOJENLERDE TİYAZOL SENTEZİNİN MEKANİZMASI VE TİYAZOLDEKİ KÜKÜRTÜN KAYNAĞI

METANOJENLERDE TİYAZOL SENTEZİNİN MEKANİZMASI VE TİYAZOLDEKİ KÜKÜRTÜN KAYNAĞI METANOJENLERDE TİYAZOL SENTEZİNİN MEKANİZMASI VE TİYAZOLDEKİ KÜKÜRTÜN KAYNAĞI Yrd. Doç. Dr. Bekir Engin Eser Bekir E. Eser 1, Prem Chanani 2, Xuan Zhang 3, Steven E. Ealick *3 ve Tadhg P. Begley *2 1 Zirve

Detaylı

Fen-Edebiyat Fakültesi. Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu

Fen-Edebiyat Fakültesi. Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu 1. KİŞİSEL BİLGİLER 1.1. Adı Soyadı: Gökhan ALPASLAN 1.2. Doğum Tarihi ve Yeri: 29.06.1982 / ANKARA 1.3. Ünvanı: Yrd.Doç.Dr 1.4. Öğrenim Durumu: Doktora 2. AKADEMİK DERECELER 2.1. Eğitim (dereceler, alan,

Detaylı

Window Script Host. Message Box Kullanımı. Pupup(Acilir)Message Kullanımı. Arslan ACAR www.andabilgi.com www.arslanacar.com

Window Script Host. Message Box Kullanımı. Pupup(Acilir)Message Kullanımı. Arslan ACAR www.andabilgi.com www.arslanacar.com Message Box Kullanımı Dim MsgBaslik Dim MsgIcerik MsgBaslik="Mesaj Başlığı" MsgIcerik="Mesaj içeriği" MsgBox MsgIcerik, 64, MsgBaslik 'Mesaj kutusundaki simge için kod değerleri: '16(Hata) '64(Dikkat)

Detaylı

C - 01-9cm. Lazer Kesim Dikey / Laser Cut Vertical. Kesim Kodu / Cut Code

C - 01-9cm. Lazer Kesim Dikey / Laser Cut Vertical. Kesim Kodu / Cut Code 107.5 mm 82.5 mm 175 mm 107.5 mm 175 mm Kesim Kodu / Cut Code C - 01-9cm Kesim Kodu / Cut Code C - 01-13cm 127 mm 102 mm 214 mm 127 mm 82.5 mm 214 mm 107.5 mm 82.5 mm 175 mm 107.5 mm 175 mm Kesim Kodu

Detaylı

FLUID MECHANICS PRESSURE AND MOMENTUM FORCES A-PRESSURE FORCES. Example

FLUID MECHANICS PRESSURE AND MOMENTUM FORCES A-PRESSURE FORCES. Example A-PRESSURE FORCES FLUID MECHANICS PRESSURE AND MOMENTUM FORCES Consider a duct as shown in figure. First identify the control volume on which to conduct a force balance. The inner passage is filled with

Detaylı

Açilan pencerede sertifika olmadigını bildiriyor sertifika almak istiyormusun diye soruyor (certificate request) istiyor iseniz (YES)!

Açilan pencerede sertifika olmadigını bildiriyor sertifika almak istiyormusun diye soruyor (certificate request) istiyor iseniz (YES)! LotW Logbook kayıt Günümüzde DX peşinde koşan radio-amatörler için DXCC sertifikasına sahip olma açısından yaygın olan LotW sertifikası ile ilgili kısa bir değerlendime yapmaya çalıştık DL2IE ve TA3IW.Elimizden

Detaylı

MODÜL BİLGİ SAYFASI : MAKİNE TEKNOLOJİLERİ : AUTOCAD İLE KATI MODELLEME VE GÖRSELLEŞTİRME

MODÜL BİLGİ SAYFASI : MAKİNE TEKNOLOJİLERİ : AUTOCAD İLE KATI MODELLEME VE GÖRSELLEŞTİRME ALAN MODÜL KODU : SÜRE : 40/24 MODÜL BİLGİ SAYFASI : MAKİNE TEKNOLOJİLERİ : AUTOCAD İLE KATI MODELLEME VE GÖRSELLEŞTİRME ÖN KOŞUL : AÇIKLAMA : Bu modül uygulamalı olarak bilgisayar destekli tasarım laboratuvarında

Detaylı

Ulak-CSIRT Balküpü Çalışma Grubu

Ulak-CSIRT Balküpü Çalışma Grubu Ulak-CSIRT Balküpü Çalışma Grubu Onur BEKTAŞ onur at ulakbim. gov. tr Murat SOYSAL msoysal at ulakbim. gov.tr 1 Mayıs Konya 1 İÇERİK Balküpü nedir? Balküpü Çalışma Grubu & ULAKNET Balküpü ULAKNET Balküpü

Detaylı

GENEL KİMYA 101 ÖDEV 3

GENEL KİMYA 101 ÖDEV 3 TOBB EKONOMİ VE TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ-27 Kasım 2013 Bütün Şubeler GENEL KİMYA 101 ÖDEV 3 ÖNEMLİ! Ödev Teslim Tarihi: 6 Aralık 2013 Soru 1-5 arasında 2 soru Soru 6-10 arasında 2 soru Soru 11-15 arasında

Detaylı

Internet Programming II. Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2014 2015 Bahar Yarıyılı

Internet Programming II. Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2014 2015 Bahar Yarıyılı Internet Programming II Elbistan Meslek Yüksek Okulu 2014 2015 Bahar Yarıyılı Öğr. Gör. Murat KEÇECĠOĞLU 11-14 May. 2014 Form Form İşlemleri Tarayıcıdan bilgi alarak işlem gerçekleştirme FORM elemanları

Detaylı

2. Use Dns lookup, Use relay server aralarında seçim yapınız. Biz Dns lookup ile SMTP-mizi çalıştırdık. DNS lookup kısmında domain adınızı yazınız.

2. Use Dns lookup, Use relay server aralarında seçim yapınız. Biz Dns lookup ile SMTP-mizi çalıştırdık. DNS lookup kısmında domain adınızı yazınız. SMTP ayarları 1. Hostname kısmında ana makinanızın adınızı(ip adresini yazınız) 2. Use Dns lookup, Use relay server aralarında seçim yapınız. Biz Dns lookup ile SMTP-mizi çalıştırdık. DNS lookup kısmında

Detaylı

NANO KURġUN ÜRETĠMĠ VE KARAKTERĠZASYONU

NANO KURġUN ÜRETĠMĠ VE KARAKTERĠZASYONU NANO KURġUN ÜRETĠMĠ VE KARAKTERĠZASYONU AHMET GÜNGÖR MERSĠN ÜNĠVERSĠTESĠ FEN BĠLĠMLERĠ ENSTĠTÜSÜ KĠMYA MÜHENDĠSLĠĞĠ ANA BĠLĠM DALI YÜKSEK LĠSANS TEZĠ MERSĠN TEMMUZ 2015 NANO KURġUN ÜRETĠMĠ VE KARAKTERĠZASYONU

Detaylı

FRONT PAGE EĞİTİM NOTLARI BAŞLANGIÇ. 1- Open araç çubuğu düğmesinin yanındaki aşağı oku tıklayarak, web seçeneğini işaretleyin

FRONT PAGE EĞİTİM NOTLARI BAŞLANGIÇ. 1- Open araç çubuğu düğmesinin yanındaki aşağı oku tıklayarak, web seçeneğini işaretleyin FRONT PAGE EĞİTİM NOTLARI BAŞLANGIÇ 1- Open araç çubuğu düğmesinin yanındaki aşağı oku tıklayarak, web seçeneğini işaretleyin 2- Açılan sayfadan, oluşturulmak istenen sitenin içeriğine göre hazır şablon

Detaylı

10 EYLÜL 2010 ORMAN MAKİNE YAYINLARI SOFTSERVO YAZILIM KURULUMU KİTABI MURAT ORMAN

10 EYLÜL 2010 ORMAN MAKİNE YAYINLARI SOFTSERVO YAZILIM KURULUMU KİTABI MURAT ORMAN 10 EYLÜL 2010 ORMAN MAKİNE YAYINLARI SOFTSERVO YAZILIM KURULUMU KİTABI MURAT ORMAN 1 BÖLÜM-4 = CNC YAZILIMININ KURULMASI 1- SOFTSERVOYA KAYIT YAPTIRARAK LİSANS KODUNU ALALIM. ADIM AÇIKLAMA ŞEKİL 1 CNC

Detaylı

TR-Grid Üzerinde Atlas Analizi

TR-Grid Üzerinde Atlas Analizi TR-Grid Üzerinde Atlas Analizi Emrah AKKOYUN Yüksek Başarım ve Grid Hesaplama Merkezi, TÜBİTAK-ULAKBIM emrah@ulakbim.gov.tr Tülay Çuhadar-Dönszelmann Sheffield Üniversitesi tcuhadar@cern.ch Erkcan Özcan

Detaylı