Haplotip ve Bağlantı Analizi. Linkage= Bağlantı Association= İlişkilendirme

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Haplotip ve Bağlantı Analizi. Linkage= Bağlantı Association= İlişkilendirme"

Yonca Ergün
7 yıl önce
İzleme sayısı:

1 Haplotip ve Bağlantı nalizi Nurten karsu, MD, PhD Hacettepe University Medical Faculty Linkage= Bağlantı ssociation= İlişkilendirme Linkage Linkage disequilibrium Polimorfizim Mayozda parça değişimi 1 1

2 dım 1 Polimorfizim kavramını çok iyi anla EXON INRON Polimorfizim 5 3 EXON SRP SNP RFLP VNR EXON EXON Mutasyon 2 SRP (1-3) (5-5) (1-5) (1-5) (1-5) (3-5) ENOİP Size Baba nne Ç-1 Ç-2 Ç-3 Ç

3 RFLP + + B B SNP DN dizi analizi Otomatik yöntemler 5 lele özgü amplifikasyon 3

4 FRMKOENEİK İlaç nasıl metabolize oluyor? Enzim polimorfizimi metabolizmayı değiştiriyor mu? (FRMKOKİNEİK EKİ) Enzim polimorfizimi ilaca yanıtı değiştiriyor mu? (FRMKODİNMİK EKİ) enetik kimliğe göre ilaç dozu ayarlanabilir mi? İlacın birey için güven aralığı tanımlanabilir mi? İlaç kombinasyonları olayı nasıl değiştirir? 6 Hacettepe Universitesi dım 2 Mayozda parça değişimini anla a B ab Non-recombinant B b b ab Recombinant 7 4

5 Bağlantı (Linkage) hastalık ile markır alel arasında tam segregasyondur Polimorfik DN markırları Pozisyonu biliniyor Hastalık Pozisyonu bilinmiyor Linkage D M D M rossing over Bağımsız tertiplenme 8 Mayozda parça değişimi (rossing Over) SNP 1 SNP 2 SNP 3 SNP 4 SNP 5 Haplotip enotip RE 9 5

6 dım 3 enetik modeli belirle Kalıtım kalıbı 10 Nuclear Otozom Mitokondri ek gen onozom Diğer en + çevre Oligo/poligen Imprinting Penetrans Sex limited 5:6 2:6 Sex influenced Kriptik mutationlar OD-%90 penetrance OD-%30 penetrance dım 4 naliz stratejisini belirle l Model bağımlı Parametric (Linkage) Modelden bağımsız Non-parametric (ssociation) oplum tabanlı ile tabanlı W: enetic analysis workshop na-baba çocuk Farklı kardeşler Kardeş çiftleri 11 6

7 Linkage H h H h B durumu R R R B durumu NR NR NR 12 Linkage H 1 h R R R Hacettepe 7

8 dım 7 Linkage hesapla Doğrudan tahmin Rekombinant Rec + Nonrec cm % 50 (No linkage) % 1 (LINKE) LOD SORE Dolaylı tahmin Z= log 10 (Likelihood of linkage) (Likelihood of no linkage) 15 8

9 LOD SORE Dolaylı tahmin Logarithm of Odds Ratio Pedigrinin olasılık dağılım fonksiyonunu yaz 1-2 NR R L= (1-θ) θ 16 Hacettepe LOD SORE (Farklı θ fraksiyonlarında lod score hesapla) Z= log 10 (Likelihood of linkage) (Likelihood of no linkage) Z= log 10 (1-θ) θ (1-θ) θ = (1-0.01) 0.01 (1-0.5) Hacettepe Universitesi 9

10 Lod skor tablosu oluştur Recombination fraction (θ) FM No LOD Scores otal Z > 3 = 10 3 Z < -2 = 10-2 Linkage No linkage 18 İlişki (association) Zaman 19 Eski mutasyonlar, küçük LD alanı, kuvvetli ilişki 10

11 Bağlantı /İlişki Bağlantı= Segregasyon önemli ile 1 ile 2 ile İlişki= lel önemli Vaka Kontrol 4-4 Kontrol grubu Hardy-Weinberg denkliğine uyuyor mu? (p + q) 2 = p 2 +2pq + q 2 Vaka: -> 166 ; -> 416 ; -> 241 oplam: 823 enotip lel- lel- oplam oplam Kontrol: -> 102; -> 307; -> 246 oplam: 655 enotip lel- lel- oplam oplam p ( aleli frekansı) = 511/1310 = 0.39 q ( aleli frekansı) = 799/1310= Beklenen genotip frekansları : (0.39) 2 = X 655 =100 (102) : 2x(0.39 x 0.61) =0.475 x 655 = 312 (307) : (0.61) 2 =0.372 x 655 =243 (246) 11

12 Linkage Disequilibrium İki alelli sistem a1 a2 b1 b2 a1 (p) a2 (1-p) b1 (q) pq (1-p)q b2 (1-q) p(1-q) (1-p) (1-q) Beklenen frekanslar D =gözlenen frekans-beklenen frekans D=0 equilibrium D>0 a1 ve b1 associate D<0 a2 ve b2 associate 22 Linkage Disequilibrium Mutasyon İki farklı populasyonun karışımı Seleksiyon Drift 23 12

13 oplum tabanlı çalışmalar Hardy-Weinberg denkliği (p + q) 2 = p 2 +2pq + q 2 Vaka Kontrol lel ilişkisi nne (112), (212) (112), (122), (212), (222) M1 M2 M3 (1-2) (1-1) (2-2) (1-2) (1-2) (2-2) Baba (212), (211) (222), (221), (212), (211) Haplotip ilişkisi EM lgoritmi 24 HPMP HPLOİP BLOKLRI 25 Özlem Yalçın ın izni ile 13

14 HPLOVIEW 26 Özlem Yalçın ın izni ile HPLOVIEW 27 Özlem Yalçın ın izni ile 14

15 ÖZE-Parametrik Pedigri bul enetik modeli belirle Simulation yap (SLINK) enotiple (day gen/enom- boyu analiz) Linkage hesapla (Pairwise or multipoint) LINKE ENE-HUNER MERLIN LLERO Sensitivite analizi 28 ÖZE-Parametre bağımsız Fonksiyonel SNP olduğu düşünülüyorsa ek SNP-ilişki analizi Hardy-Weinberg denkliği SNP ler kullanılarak olası gen bulunmak isteniyorsa day gende bir dizi SNP ile Haplotip analizi Markırlar ve haplotip-nitelik arası LD Haplotip fazı tahmin ovariate- regresyon analizleri HPLOVIEW PHSE PB Deney desenini değiştir (D, sd vs.) 29 15

Benzer belgeler

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Doç. Dr. Sibel Aylin Uğur İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü-Genetik 13. Ulusal Sinirbilim