Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul"

Chagatai Karakaya
7 yıl önce
İzleme sayısı:

1 İrritabl Bağırsak Sendromu ve Mikrobiyota: Türk Hastalardan Oluşan bir Kohortta Dientamoeba fragilis, Blastocystis ve Yeme Alışkanlıkları Ekseninde bir Ön Çalışma Özgür Kurt 1, Munkhtsetseg Banzragch 2, Christen Rune Stensvold 3, Orhan Özcan 4, Lee O brien Andersen 3, Sinem Öktem Okullu 1, Osman Uğur Sezerman 4, Henrik Vedel Nielsen 3, Ayşe Nurdan Tözün 2 1 Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul 2 Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı Gastroenteroloji Bilim Dalı, İstanbul 3 Statens Serum Institute, Dept of Microbiology and Infection Control, Parasitology Lab, Kopenhag-Danimarka 4 Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı, İstanbul

2 Horwitz BJ, Fisher RS. The irritable bowel syndrome. N Engl J Med 2001;344(24): Drossman DA, Camilleri M, Mayer EA, Whitehead WE. AGA technical review on irritable bowel syndrome. Gastroenterology 2002;123(6): Manning AP, Thompson WG, Heaton KW, Morris AF. Towards positive diagnosis of the irritable bowel. BMJ 1978;2(6138): Drossman DA, Corazziari E, Talley NJ, et al. Rome II: The Functional Gastrointestinal Disorders: Diagnosis, Pathophysiology, and Treatment: A Multinational Consensus. 2nd ed. McLean, VA: Degnon Associates; 2000 İrritabl Bağırsak Sendromu Genç, sağlıklı bireylerde, iş gücü kaybı, yaşam kalitesi Modern yaşam tarzı, yoğun iş, dengesiz beslenme Manning (1979) ve Rome (2000) Tanısal Kriterleri Etiyoloji? Fonksiyonel Hastalık Günümüzde NGS teknolojisi => mikrobiyota İBS organik köken?

3 Blastocystis & Dientamoeba fragilis: Yıllarca non patojen bağırsak ökaryotları olarak değerlendirildi. Blastocystis Dientamoeba fragilis Trichrome, x1000 CBU Parasitology

4 90 ların sonunda D. fragilis ile Blastocystis i gastrointestinal sistemde ve dermatolojik klinik olgulara yol açabilen parazitler olarak gösteren çok sayıda çalışma yayınlandı..

5 Sonra, konuya bakış açımızda değişiklik olmaya başladı! 1. Özgün PCR protokollerinin geliştirilmesi D. fragilis & Blastocystis => toplumlarda çok yaygın! (Danimarka: 43% / Hollanda: 22% / Senegal: 100%) Patojenler mi? Bağırsağın Doğal Sakinleri mi?

6 2. Yeni Nesil Sekanslama=> Bağırsak Mikrobiyotası ndaki Bileşenlerin İyi Tanımlanması

7 Blastocystis & D. fragilis => Dost mu Düşman mı? İBS etiyopatogenezinde etkileri?

8 Amaçlar Türkiye'den İBS kriteri karşılayan hasta ve sağlıklı insan topluluklarında bağırsak mikrobiotası içeriğinin, Blastocystis ve Dientamoeba fragilis dahil olmak üzere, yeni moleküler yöntemler ve ileri dizi analizi uygulamalarıyla saptanması, Mikrobiyota içeriğindeki bakteriler ile adı geçen iki protozoonun (Blastocystis ve Dientamoeba fragilis) patojenite ya da sağlıklılık üzerindeki rollerinin değerlendirilmesi, Hastaların yaşam tarzı ile bu mikroorganizmalar arası korelasyonların araştırılması

9 Gereç ve Yöntem Çalışma Grubu: ACU İç Hastalıkları Gastroenteroloji Bilim Dalı na çeşitli gastrointestinal yakınmalarla başvurmuş, ayırıcı tanı için kolonoskopi uygulanmış, İBS tanı kriterlerini karşılayan 14 hasta. Kontrol Grubu: Kolorektal Ca taraması ya da klinik ya da radyolojik açıdan şüpheli bir lezyonun biyopsisi için kolonoskopi uygulanan ve sonuç negatif çıkan, yaşı ve cinsiyeti uyumlu 14 birey.

10 Gereç ve Yöntem

11 Gereç ve Yöntem Dışkı örnekleri kolonoskopi sırasında alındı, +4 C'de saklandı! DNA izolasyonu: Acıbadem Üniversitesi Ar-Ge laboratuvarlarında (Qiagen Stool Mini Kit, Almanya)

12 Gereç ve Yöntem Mikrobiyota analizi: Kopenhag daki Statens Serum Enstitüsü nde => Genomik DNA nın 16S ve 18S ribozomal DNA gen bölgeleri üzerinden yeni nesil sekanslama (Illumina MiSeq Platformu nda) ile

13 Gereç ve Yöntem Biyoinformatik Analiz => Acıbadem Üniversitesi Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi A.D. nda Ham veriler İBS hastaları ve kontrol grubuna uygulanıp eşleştirildi ve yorumlandı

14 Gereç ve Yöntem Dientamoeba fragilis => Real Time PCR (Verweij ve ark., 2007)

GEREÇ ve YÖNTEM (İstatistik) Olgu sayısı az => Öngörü Modeli (Prediktif model) oluşturuldu => R programı Her bir bakteri türü kaç hastada / kaç kontrolde?

15 GEREÇ ve YÖNTEM (İstatistik) Olgu sayısı az => Öngörü Modeli (Prediktif model) oluşturuldu => R programı Her bir bakteri türü kaç hastada / kaç kontrolde? Belirlendi Hasta/Kontrol veya Kontrol/Hasta <2 bakteri türleri değerlendirme dışı bırakıldı Prediktif modelin çizimi => RPart programı (Olgu sayısı az) Oluşturulan Model için ki-kare analizi yapıldı.

16 BULGULAR

17 BULGULAR Geliştirilen öngörü modelinin ki-kare analiz değeri => (Yüksek) Model %82 lik başarı oranı ile Hasta ve Kontrol leri ayırmayı başardı.

18 BULGULAR Öngörü modelinde analizler tür düzeyinde yapılıp anlamlı sonuçlar elde edildi.

19 BULGULAR Analizler Class düzeyinde yapıldığında bakterilerin dağılımında Hasta/Kontrol ayrımı mümkün değil! (Tür düzeyinde mümkün!)

20 BULGULAR Anket bulguları Özellik Hasta Grubu (n=14) Kontrol Grubu (n=14) Şehirde ikamet edenler (Kocaeli) Hayvan besleme 4 1 Son 1 ay içinde antibiyotik kullananlar 3 0 Süt sonrası şişkinlik 7 3 Hiç et yemediğini bildiren (vejeteryan) 2 6

21 BULGULAR Yağlı öğünleri tüketen hastalarda => Erysipelotrichaceae türleri! Erysipelotrichaceae, Escherichia/Shigella unclassified, Phascolarctobacterium faecium, Bacteriodes nordi hasta grubunda anlamlı düzeyde daha sık (p<0,05)!

22 BULGULAR Bacteriodetes nordii basit karbonhidrat (simit, bal, reçel, alkol) tüketenlerde İBS ile ilişkili bulundu! Hem Escherichia/Shigella unclassified ile birlikte Bacteriodetes nordii nin olduğu tüm hastalarda Blastocystis de pozitif! İBS!

23 BULGULAR Dientamoeba fragilis => Hasta Grubunda 2, Kontrol grubunda 4 kişide (+) => parazit mi, sağlıklı flora üyesi mi? => Allisenolla histominofarmans bakterisi saptanan iki hastada D. fragilis (+) Histidin üreten bakteri! Vücut histidini almak için bağırsak hareketlerini yavaşlatır!

24 Tartışma Geliştirilen prediktif model Mikrobiota&İBS ilişkisini %82 düzeyinde gösterebilmekte! Tür düzeyinde sonuç alınabilmekte! İBS fonksiyonel + organik? Kökenli Veriler yeni örneklerle değerlendirilmeli! Cross validation

25 Sonraki Aşamalarda Aynı hastalar ve yeni hastaların kolon biyopsi, kan ve dışkı örnekleri ile: - Mikrobiyota analizi - İmmünolojik parametrelerin (örn. IL-17) analizi - Metabolomics çalışmaları (bütçe???)

26 Teşekkürler

Benzer belgeler

İntestinal Mikrobiyota Nedir? Ne yapar? Dr. Taylan Kav Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji BD

İntestinal Mikrobiyota Nedir? Ne yapar? Dr. Taylan Kav Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji BD En iyi mikrop ölü mikrop (mu)? Vücudumuzdaki Mikroplar Bakteriler Mantarlar Virüsler Bakterilerle