Akciğer Kanseri. Moleküler Tanı Panelleri ve Bilgilendirme Kartı

Transkript

1 Akciğer Kanseri Moleküler Tanı Panelleri ve Bilgilendirme Kartı Klinik vemoleküler Profil Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), tüm akciğer kanserlerinin %85 ini oluşturur ve çoğunlukla adenokarsinom patolojisi gösterir. Hastanın klinik durumuna göre tedavi opsiyonları içerisinde cerrahi yaklaşım, radyoterapi ve kemoterapi yer alır. Kemoterapi, tedavinin en önemli parçalarından biri olmakla birlikte, moleküler hedefe yönelik tedaviler bazı seçilmiş hastalarda uygulanabilmektedir. EGFR, KRAS ve ALK onkogenlerdeki mutasyonların tespit edilmesi, tedaviden faydalanabilecek olan hasta seçimi açısından büyük önem taşır 1 (Tablo 1). EGFR Epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR), protein tirozin kinazları stimüle ederek büyüme, hücre bölünmesi ve sağkalım gibi sinyal yolaklarını aktive eder. EGFR nin normalden fazla ekspresyonu ya da tirozin kinaz bölgesindeki aktive edici mutasyonlar, tümör oluşumu ve büyümesine yol açmaktadır. EGFR bu özelliğinden dolayı anti-kanser ilaç hedeflerinden biri haline gelmiştir. Erlotinib ve Gefitinib, EGFR tirozin kinaz inhibitörleri (TKİ) için iki önemli örnektir ve aktive edici mutasyonları etkisiz kılarak KHDAK hastalarında tedaviye yanıtı arttırır. EGFR mutasyonları çoğunlukla hiç sigara içmemiş, kadın ve adenokarsinom histolojisine sahip bireylerde görülür. Ancak bu göstergeler TKİ tedavisi için doğru hastaları seçmeye yeterli değildir 2. En sık görülen EGFR mutasyonları exon 19 delesyonu ve L858R mutasyonudur 3. Bu mutasyonların tedaviye cevap oranları >%70 dir 2,4, ekzon 20 insersiyonları ya da T790M mutasyonu, TKİ tedavisine direnç gösteren hastaları belirler 3. KRAS KRAS geni, EGFR yolağında yer alır ve KRAS aktivasyonu yolağın devamındaki genleri aktive eder. EGFR TKİ leri EGFR yi inhibe etseler de KRAS aktivasyonuna bir etkileri olamamaktadır. Bu sebeple KRAS mutasyonları TKİ tedavisine direnç gösterir 2,5-7. KRAS mutasyonları çoğunlukla adenokarsinomlarda, sigara içen Kafkas popülasyonunda görülür. Tedaviden bağımsız olarak, KRAS mutasyonları kötü prognoza işaret etmektedir 1,6,7. ALK Anaplastik Lenfoma Kinazı (ALK) genindeki translokasyonlar KHDAK nde anormal hücre proliferasyonu ile bağdaştırılmıştır. Bu tür mutasyona sahip hastalar genellikle daha genç yaştadırlar 8, sigara kullanımları az ya da hiç yoktur ve EGFR ve KRAS mutasyonları bulunmaz. En çok görülen ALK translokasyonu 2p23 deki 5 EML4-3 ALK translokasyonudur. ALK mutasyonu taşıyan bir hasta EGFR spesifik TKİ tedavisinden faydalanamaz fakat ALK TKİ leri için uygundurlar. Crizotinib (Xalkori ), FDA onaylı ilk ALK TKİ dir. ALK mutasyonu varlığında metastatik KHDAK hastalarında ALK TKİ tedavisine cevap %50-61 dir 9, 10. ROS1 Akciğer kanserilerinin yaklaşık %2 sinde ROS1 füzyon mutasyonu görülür 11. ALK füzyon mutasyonlarına benzer bir histoloji gösterir. Az ya da hiç sigara içmeyen, genç hastalarla ve adenokarsinomlarla ilişkilendirilmiştir. Klinik öncesi modellerde ROS1 füzyon genlerine sahip hastalarda Crizotinib e kısmen duyarlılık tespit edilmiştir 12. RET RET geni (rearranged during transfection) adenokarsinom histolojisine sahip akciğer kanseri hastalarında %1.3 oranında füzyon mutasyonu görülen bir tirozin kinaz reseptörünü kodlar 13. RET füzyon mutasyonlarını hedef alan bir tedavi henüz olmamakla birlikte, Vandetanib 14, Sorafenib 15, Sunitinib 16 gibi mevcut bazı tirozin kinaz reseptör inhibitörleri klinik çalışma aşamalarındadır. En fazla görülen füzyon gen partnerleri CCDC6, KIF5B ve TRIM33 dür. Tablo 1: KHDAK hastalarında gen mutasyon ve tedaviye cevap oranları Gen Prevelans Tedaviye cevap Tepki Oran EGFR Asya: 40% Kafkas: 10 15% KRAS Asya: 10% Kafkas: 30% Çoğu mutasyon TKİ lerine hassasiyeti gösterir. EGFR TKİ lere dirençlidir. 0% 5% 2,5,7 ALK 2 7% ALK inhibitörlerine hassasiyet gösterir. EGFR TKİ lere dirençlidir. Erlotinib: ~82% 83% 4 Gefitinib: ~71% 73% 4 Crizotinib : 50%- 61% 9,10 Referanslar: 1. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology. Non-small cell lung cancer. v Jackman DM, Miller VA, Cioffredi LA, et al. Clin Cancer Res. 2009; 3. Jänne PA, Johnson BE. Clin Cancer Res. 2006; 4. West H, Lilenbaum R, Harpole D, et al. J Thorac Oncol. 2009; 5. Pao W, Wang TY, Riely GJ, et al. PLosMed. 2005;. 6. Eberhard DA, Johnson BE, Amler LC, et al. J Clin Oncol. 2005; 7. Massarelli E, Varella-Garcia M, Tang X, et al. Clin Cancer Res. 2007; 8. Shaw AT, Yeap BY, Mino-Kenudson M, et al. J Clin Oncol. 2009; 9. XALKORI (crizotinib) [package insert]. New York, NY: Pfizer; Kwak EL, Bang Y-J, Camidge DR, et al. N Engl J Med. 2010; 11. Doebele RC, Pilling AB, Aisner DL, et al.clin Cancer Res. 2012; 12.Bergethon et al. 2012; 13. Ju et al. 2012; Kohno et al. 2012; Takeuchi et al. 2012; Lipson et al. 2012; 14. Lee et al. 2012; 15. Gridelli et al. 2011, Dy et al. 2010; 16. Schneider et al. 2011, Novello et al GenEra Diagnostik Sağlık Hizmetleri A.Ş.

2 Şekil 1: National Comprehensive Cancer Network (NCCN) Akciğer Kanseri Algoritması 1. Moleküler Tanı Yöntemleri Multiplicom MASTR Assay yeni nesil dizileme parametreleri Multiplicom un diagnostik tanı parametreleri, genetik ve klinik laboratuvarlarda moleküler testler için doğan ihtiyacı karşılama amacıyla kurulmuştur. Amacı kişiselleştirilmiş tedaviyi olası kılmaktır. MASTR Assay ler yeni nesil dizileme sistemleri için örnek hazırlama aşamasını ve barkodlama reaksiyonunu kapsayan optimize ve multipleks primer setleri içerir. Genetik ve ailevi onkolojik sendromlar için hazırlanmış olan MASTR Assay ler kısa okumalı (Illumina MiSeq ve Ion Torrent) sistemlerde olduğu gibi uzun okumalı (Roche) yeni nesil dizileme sistemleri için de optimize edilmiştir (Şekil2). Kullanılan sisteme uygun amplifikasyon kitleri ve barkodlar, homopolimer bölgeleri ve CNV taraması için özel kitleri de bulunur. AmoyDx Real-Time PCR Onkoloji Parametreleri Onkoloji alanında birçok örneği görülen kişiselleştirilmiş tedavi olanakları, insan yaşam beklentisini doğru yöntemlerle uzatmaya katkı sağladığı gibi ülke sağlık ekonomisi için de büyük bir avantajdır. In vitro diagnostik kullanım için valide edilmiş kitler ile AmoyDx farkli onkolojik patolojilerin araştırılmasına olanak sağlar. FFPE, taze ya da donmuş dokudan izole edilmiş DNA/RNA dan çalışmak mümkündür. AmoyDx DNA/RNA FFPE izolasyon kitleri ile deparafinizasyon ardından izolasyon gerçekleştirilir ve AmoyDx Mutation Detection kitleri 90dakikada sonuç verir. RT-PCR çalışması Bio-Rad, Roche, Applied Biosystems, Stratagene sistemleri ile uyumludur. Her parametre için kit içerisinde uygun master miks, Taq Polimeraz ve kontrol bulunmaktadır. EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, ROS1, EML4-ALK füzyon kitleri IVD kullanımı için CE validasyonu almıştır. Tablo 2: GenEra Real-time PCR ve Dizileme Parametreleri Şekil 2: Multiplicom yeni nesil dizileme iş akışı Gen Era Diagnostik Sağlık Hizmetleri A.Ş. Adres : My Office İş Merkezi Barbaros Mah. Çiğdem Sok. No:1 Bölüm: Batı Ataşehir İstanbul/Türkiye Telefon : Fax : info@gen-era.com.tr Gen Era 2014

3 Meme ve Ailevi Meme Kanseri Moleküler Tanı Panelleri ve Bilgilendirme Kartı Klinik vemoleküler Profil Kadınlarda en sık tanısı konulan ve dünyada kanserden ölüme en sık sebep olan (%23) hastalıkdır 1 Tedavi seçeneği genelde tümör histolojisine ve 3 biyomarkere göre yönlendirilir: Östrojen reseptörü (ER), progesteron reseptörü (PR) ve HER2/neu. PIK3CA/AKT yolağı Meme kanserlerinde, PI3K/AKT yolağında oluşan mutasyonlar %30 oranında görülür ve PIK3CA, AKT1 ve AKT2 de aktivasyon mutasyonlarına ve PTEN kaybına yol açar 3. PIK3CA «hotspot» mutasyonları ekzon 9 helizon bölgesinde (E542K, E545K) ve ekzon 20 katalitik bölgesinde görülür 4. Mutant PIK3CA nın ekspresyonu büyüme hormonundan bağımsız yolak aktivasyonuna ve hücrelerin hücre ölümünden ve kemoterapiden kaçmasına yol açar. PIK3CA aktive edici mutasyonların anti-her2 ve anti-estrojen terapilerine direnç oluşturduğu bilinmektedir. Örneğin PIK3CA aktive edici mutasyon ve Her2 ekspres eden kanserlerde PTEN kaybı durumunda, Trastuzumab ve Lapatinib e düşük cevap kaydedilmiştir 5. PIK3CA, AKT, mtor ve dual PIK3CA/mTOR inhibtörleri geliştirilme aşamasında olup, ana hedefleri PIK3CA mutasyonlu tümörler olacaktır (Tablo 1). Ailevi Meme Kanseri Kadın meme kanserlerinin %5-10 u, erkek meme kanserlerinin ise %4-40 ı ailevi meme kanseri hastalarıdır6. En çok bilinen mutasyonlar, tümör baskılayıcı genler olan BRCA1 ve BRCA2 genlerinde yer alır. Günümüze kadar 1600 den fazla otozomal dominant geçiş gösteren mutasyon tespit edilmiştir. Bu genlerdeki mutasyonlar aynı zamanda over kanserine de yol açar ve %15 sıklıkla görülür 7. BRCA mutasyon prelevansı 1:300-1:800 oranındadır 3 ve bazı etnik gruplar için bu oran 1:40 a kadar çıkabilir 8,9,10. İki büyük meta analiz çalışması, 70 yaş için meme kanseri kümülatif riskini, BRCA1 mutasyonu için %55-65 ve BRCA2 mutasyonu için %45-47 olarak tespit etmiştir 6. Over kanseri için kümülatif risk ise BRCA1 mutasyonu için %39, BRCA2 mutasyonu için %11-17 dir 11,12. Hastanın risk altında olup olmadığı kapsamlı testler sayesinde tespit edilebilir ve bazı algoritmalar bunu önerir. BRCA1 ya da 2 pozitif olan hastalar takip edilir ve profilaktik mastektomi, kemoterapi gibi tedavi yöntemlerine başvurulur. Bu tür yaklaşımların kanser riskini %50-90 azalttığı görülmüştür 9,10. Ailevi geçmişi ve riski olan bireylerin test edilmesi National Comprehensive Cancer Network (NCCN) yönetmeliğindeki algoritmaya uygun olarak önerilmektedir. Örneğin aile bireyleri içerisinde tanısı ilk konulan bireyin öncelikle test edilmesi gibi. Şekil 1: National Comprehensive Cancer Network (NCCN) Ailevi Meme Kanseri Algoritması 9. Ailedeki mtasyon bilinmiyor ise kapsamlı bir test önerilir ve riski enfazla olan aile bireyinden başlanır. Referanslar: 1. Jemal et al. 2011; 2. Engelman, Luo, and Cantley 2006; 3. Engelman, Luo, and Cantley 2006; 4. Bachman et al. 2004; Saal et al. 2005; 5. Berns et al. 2007; Nagata et al. 2004; Serra et al. 2008; 6. American Cancer Society. Cancer facts & figures 2013; 7. Pal T, Permuth-Wey J, Betts JA, et al. Cancer. 2005; 8. Whittemore AS, Gong G, Itnyre J. Am J Hum Genet. 1997; 9. NCCN clinical practice guidelines in oncology. Genetic/familial highrisk assessment: breast and ovarian. V4.2013; 10. ACOG Practice Bulletin No. 103 Obstet Gynecol. 2009; 11. Antoniou A, Pharoah PDP, Narod S, et al. Am J Hum Genet. 2003; 12. Chen S, Parmigiani G., J Clin Oncol GenEra Diagnostik Sağlık Hizmetleri A.Ş.

4 Tablo 1: GenEra Real-time PCR ve Dizileme Parametreleri Moleküler Tanı Yöntemleri Multiplicom MASTR Assay Yeni nesil Dizileme Parametreleri MASTR Assay ler Yeni Nesil Dizileme sistemleri için örnek hazırlama aşamasını ve barkodlama reaksiyonunu kapsayan optimize ve multipleks primer setleri içerir. Genetik ve ailevi onkolojik sendromlar için hazırlanmış olan MASTR Assay ler kısa okumalı (Illumina MiSeq ve Ion Torrent) sistemlerde olduğu gibi uzun okumalı (Roche) yeni nesil dizileme sistemleri için de optimize edilmiştir. BRCA1 ve BRCA2 genlerinin kodlayan bölgelerini kapsayan BRCA MASTR Assay kiti ile tüm kodlayan bölgenin dizi analizi yapılabilir. Toplam 93 amplikondan oluşan BRCA1 ve 2 genleri, sadece 5 multipleks PCR ile çoğaltılıp, yeni nesil dizileme için uygun MID (multiplex identifier) dizileri ile barkodlanır. BRCA1 ve 2 genlerinde homopolimer bölge analizi için BRCA HP Assay kiti, CNV analizi için BRCA MAQ Assay kitleri de kullanılabilir. AmoyDx Real-Time PCR Onkoloji Parametreleri Onkoloji alanında birçok örneği görülen kişiselleştirilmiş tedavi olanakları, insan yaşam beklentisini doğru yöntemlerle uzatmaya katkı sağladığı gibi ülke sağlık ekonomisi için de büyük bir avantajdır. In vitro diagnostik kullanım için valide edilmiş kitler ile AmoyDx farkli onkolojik patolojilerin araştırılmasına olanak sağlar FFPE, taze ya da donmuş dokudan izole edilmiş DNA/RNA dan çalışmak mümkündür. AmoyDx DNA/RNA FFPE izolasyon kitleri ile deparafinizasyon ardından izolasyon gerçekleştirilir ve AmoyDx Mutation Detection kitleri 90dakikada sonuç verir. RT-PCR çalışması Bio-Rad, Roche, Applied Biosystems, Stratagene sistemleri ile uyumludur. Her parametre için kit içerisinde uygun master miks, Taq Polimeraz ve kontrol bulunmaktadır. EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, ROS1, EML4-ALK füzyon kitleri IVD kullanımı için CE validasyonu almıştır. Tablo 1: Meme kanseri ile ilişkilendirilmiş genlerinde mutasyon görülme sıklığı. a: N 100 Gen Era Diagnostik Sağlık Hizmetleri A.Ş. Adres : My Office İş Merkezi Barbaros Mah. Çiğdem Sok. No:1 Bölüm: Batı Ataşehir İstanbul/Türkiye Telefon : Fax : info@gen-era.com.tr Gen Era 2014

5 Kolon ve Ailevi Kolon Kanseri Moleküler Tanı Panelleri ve Bilgilendirme Kartı Klinik vemoleküler Profil Sporadik kolon kanserlerinde ve ailevi adenopolipoz koli (FAP) hastalarında %80-85 oranında kromozom instabilitesi görülür. Kalan %15-20 oranında ise nükleotid eşleşme onarım mekanizmasında yer alan genlerde mutasyon görülmektedir. Lynch Sendromu (HNPCC) buna bir örnektir. İlgili genlerde gözüken mutasyon dağılımları: %51 MLH1, %38 MSH2, %10 MSH6 ve %2 PMS2. Ailevi adenopolipoz koli hastalığına ise APC ve MUTHY genlerindeki mutasyonlar yol açar. Dünyada görülme sıklığı 1:8000 dir 1. Klinik bilgi Kolon Kanseri oluşumunda birçok yolak yer alır. Bunlardan EGFR çoğunlukla aktive edici mutasyon dolayısıyla aşırı ifade edilmektedir. Cetuximab ve Panitumumab, EGFR yi bloke eden iki monoklonal antikordur ancak yolağın devamında aktive edici mutasyona sahip genler bulunduğunda bu immunoterapiler etkili değildir. Bu sebeple EGFR yolağının devamında bulunan genlerdeki mutasyonları tespit etmek, EGFR monoklonal antikor tedavisine direnç ya da duyarlılık hakkında bilgi verir. Örneğin KRAS, BRAF ve NRAS mutasyonları, EGFR yolağının devamında bulunan RAS-RAF-MAPK yolağını aktive eder. Bu mutasyonlardan birine sahip olan hastaların sadece %10 undan azı EGFR imünotedavisine cevap verir 2,3. The American Society of Clinical Oncology (ASCO) ve National Comprehensive Cancer Network (NCCN) metastatik kolon kanseri hastalarında EGFR antagonist terapiye başlamadan önce KRAS mutasyon testini önerir ve mutasyon bulunduğu takdirde farklı bir tedaviye yönelinmesi gerektiği belirtilir 4,5. KRAS mutasyonu negatif olma durumunda, NCCN yönetmeliğine göre BRAF mutasyon testi önerilir 5 (Tablo 1). PIK3CA mutasyonları, EGFR ve RAS yolaklarının devamında bulunan, PIK3-PTEN-AKT yolağını aktive eder. PIK3CA mutasyonları bazı anti-egfr çalışmalarında direnç mutasyonu olarak tespit edilmiştir 3,6 diğerlerinde ise bu bağlantıya rastlanılmamıştır 7,8. PIK3CA mutasyonları BRAF, KRAS, NRAS 2 mutasyonları ile çakışabilir ancak BRAF, KRAS ve NRAS genlerinde sadece bir mutasyon bulunur. Metastatik kolon kanseri hastalarında mutasyon profilleme, anti-egfr imüntedavisine cevap verecek hastaları tespit etme konusunda yardımcı olur 2,4,8. Kalıtımsal Kolon Knaseri Geniş çaplı HNPCC yönetmelikleri Bethesta kriterleri 9 ve Amsterdam kriterleride belirtilmiştir 10 (Tablo 3). HNPCC, hızlı ilerleyen ve erken yaşta (~45) beliren bir kolon kanseri çeşididir. Birinci derece aile bireylerinin yakın takipte olması gerekir, bu şekilde mortalite ~%65 oranında azaltılabilir. HNPCC mutasyonlarının erken yaşta tespiti, hastaların yakın takibini kolaylaştırır. Klinik olarak FAP, erken yaşta (<30 yaş) kolonda binlerce polip olarak ortaya çıkar. Kolektomi yapılmadığı takdirde FAP, kolon knaserine dönüşebilir. FAP aynı zamanda başka kanser oluşumları için de ömür boyu risk oluşturmaktadır (örn. Duodenal kanser: % ). Tablo 1: Mutasyon görülme sıklığı ve tedaviye cevap oranları Referanslar: 1. Lynch HT, de la Chapelle A., N Engl J Med. 2003;348: Heinemann V, Stintzing S, Kirchner T, et al., Cancer Treat Rev. 2009;35: DeRoock W, Claes B, Bernasconi D, et al., Lancet Oncol. 2010;11: Allegra CJ, Jessup JM, Somerfield MR, et al., J Clin Oncol. 2009;27: NCCN Oncology Guidelines 6. Sartore-Bianchi A, Martini M, Molinari F, et al., Cancer Res. 2009;69: Tol J, Dijkstra JR, Klomp M, et al., Eur J Cancer. 2010;46: Prenan H, DeSchutter J, Jacobs B, et al., Clin Cancer Res.2009;15: Umar A, Boland CR, Terdiman JP, et al., J Natl Cancer Inst. 2004;96: Vasen HF, Watson P, Mecklin J-P, et al., Gastroenterology. 1999;116: GenEra Diagnostik Sağlık Hizmetleri A.Ş.

6 Tablo 1: GenEra Real-time PCR ve Dizileme Parametreleri Moleküler Tanı Yöntemleri Multiplicom MASTR Assay yeni nesil dizileme parametreleri Multiplicom un diagnostik tanı parametreleri, genetik ve klinik laboratuvarlarda moleküler testler için doğan ihtiyacı karşılama amacıyla kurulmuştur. Amacı kişiselleştirilmiş tedaviyi olası kılmaktır. MASTR Assay ler yeni nesil dizileme sistemleri için örnek hazırlama aşamasını ve barkodlama reaksiyonunu kapsayan optimize ve multipleks primer setleri içerir. Genetik ve ailevi onkolojik sendromlar için hazırlanmış olan MASTR Assay ler kısa okumalı (Illumina MiSeq ve Ion Torrent) sistemlerde olduğu gibi uzun okumalı (Roche) yeni nesil dizileme sistemleri için de optimize edilmiştir. Kullanılan sisteme uygun amplifikasyon kitleri ve barkodlar (MID: multiplex identifier), homopolimer bölgeleri ve CNV taraması için özel kitleri de bulunur. AmoyDx Real-Time PCR Onkoloji Parametreleri Onkoloji alanında birçok örneği görülen kişiselleştirilmiş tedavi olanakları, insan yaşam beklentisini doğru yöntemlerle uzatmaya katkı sağladığı gibi ülke sağlık ekonomisi için de büyük bir avantajdır. In vitro diagnostik kullanım için valide edilmiş kitler ile AmoyDx farkli onkolojik patolojilerin araştırılmasına olanak sağlar. FFPE, taze ya da donmuş dokudan izole edilmiş DNA/RNA dan çalışmak mümkündür. AmoyDx DNA/RNA FFPE izolasyon kitleri ile deparafinizasyon ardından izolasyon gerçekleştirilir ve AmoyDx Mutation Detection kitleri 90 dakikada sonuç verir. RT-PCR çalışması Bio-Rad, Roche, Applied Biosystems, Stratagene sistemleri ile uyumludur. Her parametre için kit içerisinde uygun master miks, Taq Polimeraz ve kontrol bulunmaktadır. EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, ROS1, EML4-ALK füzyon kitleri IVD kullanımı için CE validasyonu almıştır. Şekil 1. NCCN yönetmeliğine uygun Lynch sendrom mutasyon testi uygulaması 5 İzolasyon Örnek hazırlığı : Master Mix & Primer Real Time-PCR Şekil 2: AmoyDx onkoloji parametre iş akışı Gen Era Diagnostik Sağlık Hizmetleri A.Ş. Adres : My Office İş Merkezi Barbaros Mah. Çiğdem Sok. No:1 Bölüm: Batı Ataşehir İstanbul/Türkiye Telefon : Fax : info@gen-era.com.tr Gen Era 2014