Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu"

Transkript

1 Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2011; 45(4): Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu Development and Optimization of an In-House PCR Method for Molecular Diagnosis of Pertussis Dilek GÜLDEMİR 1, Efsun AKBAŞ 1, Selin NAR ÖTGÜN 1, Alicem TEKİN 2, Berrin ESEN 1 1 Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü, Ankara. 1 Refik Saydam National Public Health Agency, Department of Communicable Diseases Research, Ankara, Turkey. 2 Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Diyarbakır. 2 Dicle University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Diyarbakir, Turkey. Geliş Tarihi (Received): Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): ÖZET Bordetella pertussis in etken olduğu boğmaca, her yaştan duyarlı bireyi, özellikle de çocukları etkileyen, akut, bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonu olup, ağır bir klinik tablo ile karakterizedir. Tanıda kullanılan geleneksel kültür yönteminin özgüllüğü yüksek olmasına rağmen, duyarlılığı düşüktür. Bu nedenle boğmaca tanısında duyarlı, özgül ve hızlı bir tanı yöntemine gereksinim vardır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), boğmaca tanısında son yıllarda kullanılmaya başlanan yeni bir yaklaşımdır ve kültür yönteminden daha duyarlı olduğu gösterilmiştir. Çeşitli çalışmalarda PCR için seçilen hedef gen bölgeleri arasında; pertusis toksin geni (ptxa-pr), insersiyon sekans genleri (IS481 ve IS1001), adenilat siklaz geni, yapısal genlerden porin ve flajellin geni yer almaktadır. Bu araştırmada, ptxa-pr ve IS481 gen bölgelerine özgül primerlerin kullanıldığı bir in-house PCR tanı yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu amaçlanmıştır. Çalışmada, ptxa-pr genine özgül PTp1/PTp2 primerleri ve IS481 genine özgül PIp1/PIp2 primerleri ve çeşitli standart bakteri suşlarının DNA ları kullanılarak bir in-house PCR yöntemi geliştirilmiştir. Sağlıklı 45 bireyden alınan boğaz sürüntüsü ile azalan konsantrasyonlarda B.pertussis standart bakteri suşu karıştırılmak suretiyle oluşturulan temsili nitelikte klinik örnekler ile yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğü test edilmiş ve optimizasyon yapılmıştır. PTp1/PTp2 primerlerinin kullanıldığı in-house PCR yönteminin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise düşük [34.4 cfu/rm (koloni oluşturan ünite/reaksiyon karışımı)] olduğu görülmüştür. PIp1/PIp2 primerlerinin kullanıldığı in-house PCR yönteminin ise B.pertussis ile B.bronchiseptica arasında çapraz reaksiyon vermesi nedeniyle özgüllüğünün düşük olmasına rağmen, yüksek duyarlılık (1.12 cfu/rm) gösterdiği tespit edilmiştir. Temsili İletişim (Correspondence): Mik. Uzm. Dilek Güldemir, Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü, Moleküler Mikrobiyoloji Araştırma ve Uygulama Laboratuvarı, Sıhhiye, Ankara, Türkiye. Tel (Phone): , E-posta ( ):

2 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B. nitelikteki klinik örnekler ile yapılan in-house PCR denemelerinden de benzer sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca yaptığımız eş zamanlı kültür çalışmasında, yöntemin B.pertussis saptama duyarlılığı 2 x 10 3 cfu/ml olarak saptanmıştır. Çalışmamızda, IS481 genini hedef alan PCR nin duyarlılığı yüksek bulunurken, ptxa-pr genini hedef alan PCR nin özgüllüğü yüksek bulunmuş; bu nedenle boğmacanın moleküler tanısında, IS481 i hedef alan PCR ile ön tanı konulması, ptxa-pr yi hedef alan PCR nin de konfirmasyon amaçlı kullanılmasının uygun olacağı kanısına varılmıştır. Anahtar sözcükler: Bordetella pertussis; boğmaca; moleküler tanı; in-house PCR; IS481; ptxa-pr. ABSTRACT Pertussis (whooping cough), caused by Bordetella pertussis is a severe, acute contagious disease of the respiratory system and it affects mostly children and also susceptible individuals of all ages. Although the conventional culture method used for diagnosis is highly specific, it has a lower sensitivity. Therefore, there is a need for a sensitive, specific and rapid method for diagnosis of pertussis. Polymerase chain reaction (PCR), introduced recently as a new approach for diagnosis of pertussis, has been shown to be more sensitive than culture method. Pertussis toxin gene (ptxa-pr), insertion sequence genes (IS481 and IS1001), adenylate cyclase genes and structural porin and flagellin genes were chosen as targets for PCR, in different studies. This study aimed to develop and optimize a diagnostic inhouse PCR method by using primers specific for ptxa-pr and IS481 gene regions. An in-house PCR method was developed by using primer pairs of PTp1/PTp2 specific for ptxa-pr gene and PIp1/PIp2 specific for IS481 gene and DNAs of various bacterial reference strains. Throat samples obtained from 45 healthy individuals and B.pertussis reference strain with decreasing concentrations were mixed to constitute a group of representative clinical samples and used to test and optimize sensitivity and specificity of the method. The in-house PCR with PTp1/PTp2 primers showed a very high specificity but a low sensitivity with a value of 34.4 cfu/rm (colony forming unit/reaction mixture). Whereas, the inhouse PCR with PIp1/PIp2 primers exhibited a low specificity due to cross-reactivity with B. pertussis and B.bronchiseptica but much higher sensitivity with a value of 1.12 cfu/rm. The experiments performed with the representative clinical samples yielded similar results. Simultaneously applied cultivation studies indicated the detection limit of the PCR method as 2 x 10 3 cfu/ml. Based on our results, the PCR targeting IS481 gene had high sensitivity while the PCR targeting ptxa-pr gene had high specificity. It was concluded that, PCR method targeting the IS481 gene might be used for pre-diagnosis and then PCR for ptxa-pr gene might be applied for the confirmation of B.pertussis in the molecular diagnosis of pertussis. Key words: Bordetella pertussis; whooping cough; molecular diagnosis; in-house PCR; IS481; ptxa-pr. GİRİŞ Her yaştaki duyarlı bireyi etkileyebilen ve özellikle çocukluk çağında ağır klinik tablo ile seyreden boğmaca, Bordetella pertussis tarafından oluşturulan akut bir solunum sistemi enfeksiyonudur. Dünyada her yıl milyon boğmaca olgusunun gözlendiği, den fazla ölüme neden olduğu ve hastada da uzun dönemli nörolojik sekel bıraktığı bilinmektedir 1-3. Boğmaca tanısının erken dönemde konulması, tedavi ve bulaşın önlenmesinde son derece önemlidir. Bu amaçla kullanılan kültür yöntemi özgül olmakla birlikte yeterince duyarlı değildir. Ayrıca, kültür yöntemi ile izolasyon ve doğrulama için ortalama 7-10 günlük bir süre gerekmektedir. Bu nedenle boğmaca tanısında hızlı, özgül ve duyarlı bir tanı yöntemine gereksinim vardır

3 Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), boğmaca tanısında son yıllarda uygulanmaya başlanan yeni bir yaklaşımdır. PCR nin kültürden çok daha duyarlı olduğu, çeşitli araştırmalarla gösterilmiştir 7,8. B.pertussis in PCR ile tespit edilmesine yönelik ilk çalışma 1989 yılında Houard ve arkadaşları 9 tarafından yapılmıştır. Seçilen hedef gen bölgeleri arasında; pertusis toksin geni (ptxa-pr), insersiyon sekans [IS] genleri (IS481 ve IS1001), adenilat siklaz geni, yapısal genlerden porin ve flajellin geni yer almaktadır B.pertussis tanısında IS481 gen bölgesini hedef alan PCR yöntemi oldukça duyarlıdır; ancak B.holmesii ile çapraz reaksiyonlara sık rastlanmaktadır. ptxa-pr gen bölgesi hedeflendiğinde ise PCR nin özgüllüğü oldukça yüksektir, ancak duyarlılık IS481 PCR den daha düşük bulunmaktadır. Bu nedenle çalışmamızda B.pertussis in ptxa-pr ve IS481 gen bölgelerine yönelik primerler kullanılarak, in-house PCR nin hem bir tanı yöntemi olarak geliştirilmesi ve optimize edilmesi hem de duyarlılığının ve özgüllüğünün artırılması amaçlanmıştır. GEREÇ ve YÖNTEM Bu çalışma, Kasım 2007-Nisan 2008 tarihleri arasında Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü bünyesindeki Ulusal Boğmaca Referans Laboratuvarında yürütüldü. Çalışmada, ptxa-pr ve IS481 gen bölgelerini hedef alan primerler kullanılarak in-house PCR yönteminin; (i) özgüllüğünün araştırılarak optimize edilmesi, (ii) duyarlılığının araştırılarak optimize edilmesi, (iii) temsili nitelikteki klinik örneklerde duyarlılığının araştırılması şeklinde üç ayrı etap izlendi. Test Bakterileri ve Bakteri Süspansiyonları PCR yönteminin özgüllüğü için, pozitif kontrol olarak B.pertussis Tohama phase I (B. pertussis Tp-I), B.pertussis ATCC 9797, B.pertussis klinik izolatı; negatif kontrol olarak B.parapertussis ATCC 15311, B.bronchiseptica ATCC 4617, H.influenzae ATCC 49247, N. meningitidis RSKK 645, S.aureus ATCC 95106, S.epidermidis ATCC 12228, C.diphtheriae varyant belfanti NCTC 10356, L.pneumophila serogrup 1 ATCC 43111, E.coli ATCC 25922, S.pyogenes ATCC suşları ile S.pneumoniae ve M.catarrhalis izolatları kullanıldı. B.pertussis Tp-I suşu ayrıca, PCR yönteminin özellikle temsili nitelikteki klinik örneklerdeki duyarlılığını araştırmak için kullanıldı. Kullanılan suş ve izolatların taze pasajlarından birkaç koloni seçilip %0.85 lik NaCl, temsili nitelikteki klinik örneklerden ise ph: 7.2 PBS (phosphate buffer saline) içerisinde McFarland-1 yoğunluğunda bakteri süspansiyonları ile bakteri süspansiyonlarının 1/3 lük dilüsyonları ve ayrıca tüm süspansiyonların logaritmik dilüsyonları hazırlandı. Bakteri Konsantrasyonlarının Tespiti Duyarlılığı araştırmak için kullanılan hem B.pertussis Tp-I suşu hem de temsili nitelikteki klinik örneklerden hazırlanan süspansiyonların x 10-9 oranlarında dilüsyonları hazırlandı ve bu dilüsyon oranlarına karşılık gelen bakteri konsantrasyonları belirlendi (Tablo I). Bu amaçla spektrofotometre (Bacharach, Coleman Model 35) ile 650 nm dalga boyunda optik dansiteleri (OD) ölçüldü ve Sato 17 tarafından geliştirilmiş olan 634

4 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B. Tablo I. B.pertussis Tohama Phase I Suşu ve Temsili Klinik Örneklerden Hazırlanan Süspansiyonların Dilüsyon Oranları ve Bu Oranlara Karşılık Gelen Bakteri Konsantrasyonları Bakteri konsantrasyonu (cfu/ml) B.pertussis Tp-I Temsili klinik örnek No Dilüsyon oranı süspansiyonu süspansiyonları x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x B.pertussis üreme grafiğinde OD ye karşılık gelen bakteri konsantrasyonu [cfu (koloni oluşturan ünite)/ml] olarak tespit edildi. Bakteri Süspansiyonlarından Kalıp DNA Hazırlanması Özgüllük çalışmasında kullanılmak üzere izolatların taze pasajlarından hazırlanan bakteri süspansiyonları ile duyarlılık çalışmasında kullanılmak üzere hazırlanan B.pertussis Tp- I süspansiyonları (4.3 x cfu/ml arası), ekstraksiyon yapılmaksızın test gününe kadar -20 C de saklandı ve kalıp DNA olarak kullanıldı. Temsili Klinik Örneklerden Kalıp DNA Hazırlanması Duyarlılığının araştırılmasında B.pertussis Tp-I ile yapılan duyarlılık çalışmasının sonuçları esas alınarak, test edilecek konsantrasyon aralığı 5.5 x x 10 2 cfu/ml olarak 635

5 Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu belirlendi. B.pertussis içermeyen klinik örnekler elde etmek amacıyla, sağlıklı bireylerden rayon uçlu eküvyon ile 45 adet boğaz sürüntüsü örneği alındı ve belirlenen konsantrasyon aralığında dokuz ayrı bakteri dilüsyonunun her biri beş farklı klinik örnekle test edildi. Hazırlanan bakteri dilüsyonlarının her birinden beş ayrı, 1.5 ml lik mikrosantrifüj tüpüne 50 µl konularak bunların içine birer adet klinik örnek eküvyonu batırıldı ve bakteri süspansiyonunu absorbe etmesi sağlandı. Eküvyonların absorbe ettiği bakteri süspansiyonları kalıp DNA olarak kullanıldı. Ekstraksiyon işlemi QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN, ABD) ile üretici firmanın önerileri doğrultusunda uygulandı. Kontrol Ekimi Yapılması Temsili nitelikteki klinik örneklerle ekstraksiyona devam etmeden önce her bir süspansiyondan 50 µl alınarak BG (Bordet-Gengou) agar besiyerine ekim yapıldı ve uygun şartlarda inkübe edilerek inkübasyonun üçüncü ve yedinci günlerinde değerlendirildi. Üçüncü günde plaklarda üreyen koloniler içerisinden B.pertussis şüpheli olanlar seçilerek BG agara pasaj yapıldı ve uygun şartlarda inkübasyona kaldırılarak üç gün sonra değerlendirildi. Buna göre 1 ile 30 arasında örnek numarasına sahip temsili klinik örneklerden yapılan ekimlerden bazılarında B.pertussis izole edilebildi. BG agar besiyerinde B.pertussis in tespit edildiği en düşük bakteri konsantrasyonuna sahip olan plağa 30 no lu örnekten ekim yapıldı. 30 no lu örneğe karşılık gelen bakteri konsantrasyonu 2 x 10 3 cfu/ml olarak hesaplandı (Tablo II). Temsili klinik örneklerle yapılan ekimlerin yedinci gün değerlendirmesinde, üçüncü gün yapılan değerlendirmeye eklenebilecek başka şüpheli kolonilere rastlanmadı. Hedef Gen Bölgeleri ve Reaksiyon Karışımı B.pertussis ptxa-pr gen bölgesinin (191 bp) amplifikasyonu için PTp1 (F; 5 -CCA ACG CGC ATG CGT GCA GAT TCG TC-3 ) ve PTp2 (R; 5 -CCC TCT GCG TTT TGA TGG TGC CTA TTT TA-3 ) primer çifti ile IS481 gen bölgesinin (121 bp) amplifikasyonu için PIp1 (F; 5 -CCC ATA AGC ATG CCC GAT TGA C-3 ) ve PIp2 (R; 5 -CGC ACA GTC GGC GCG GTG AC-3 ) primer çifti kullanıldı. Hazırlanan kalıp DNA lar her bir primer çifti ile ayrı ayrı test edildi. Her bir test için; 10X PCR tamponu [750 mm Tris HCI, ph: 8.8, 200 mm (NH 4 ) 2 SO 4, %0.1 Tween 20; MBI Fermentas], 25 mm MgCl 2, 10 mm dntp ve 50 pmol/µl primer ve Taq DNA polimeraz (5 U/µl, MBI Fermentas) reaktifleri kullanılarak reaksiyon karışımı hazırlandı. Bu reaktiflerin reaksiyon karışımı içerisindeki konsantrasyonları tekrarlayan denemelerle optimize edildi. Bakteri DNA larının Çoğaltılması ve Amplifikasyon Ürünlerinin Gösterilmesi Reaksiyon karışımlarının üzerine kalıp DNA lar (tekrarlayan denemelerde 1, 2 ve 4 µl lik hacimler halinde) eklendi ve termal döngü cihazında (Touchgene Techne, İngiltere), 95 C de 5 dakika ilk denatürasyonu takiben, denatürasyon, primer bağlanma, uzama basamaklarından sonra son uzama için 72 C de 10 dakika bekletilerek amplifikasyon tamamlandı. Uygulanacak amplifikasyon döngüleri tekrarlayan denemelerle standardize edildi. 636

6 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B. Tablo II. Temsili Nitelikteki Klinik Örneklerde PTp1/PTp2 ve PIp1/PIp2 Primerleri Kullanılarak Uygulanan In-House PCR Yöntemi ve Kültür ile Saptanabilen B.pertussis Tohama Phase I (Bp Tp-I) Suşunun Konsantrasyonları ve Duyarlılık Sonuçları Kültür PCR değerlendirmesi değerlendirmesi Ekstraksiyon sonrasında Ekstraksiyon (kalıp DNA öncesinde ve olarak PTp1/PTp2 ile BG agarda BG agara kullanılan) pozitif saptama PIp1/PIp2 ile pozitif B.pertussis Örnek Dilüsyon Bp Tp-I ekilen Bp Tp-I Bp Tp-I oranları (%) saptama oranları (%) saptama no oranı (cfu/ml) (cfu/ml) (cfu/ml) +++ a ++ b + c Toplam +++ a ++ b + c Toplam oranı (%) x x x / /5 5/ /5 2/5 (100) (100) (100) (100) (40) x x x x /5 1/5 2/5 5/5 3/5 2/5 0 5/5 3/5 (40) (20) (40) (100) (60) (40) (100) (60) x x x /5 2/5 1/5 5/5 1/5 (40) (40) (20) (100) (20) x x x x / /5 3/5 (100) (100) (60) x x x /5 3/5 5/5 0 (40) (60) (100) x x x x /5 2/5 1/5 (40) (40) (20) x x x x x x x x a : Kuvvetli bant pozitifliği (Resim 1 de görülen arası bantlar); b : Zayıf bant pozitifliği (Resim 1 de görülen arası bantlar) ; c : Çok zayıf bant pozitifliği (Resim 1 de görülen 9. bant). 637

7 Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu Amplifikasyon ürünleri 0.5 µg/ml etidyum bromür eklenmiş %2.5 lik agaroz jel (3:1 Nusieve agarose; FMC BioProducts, ABD; BioRad, İtalya) kullanılarak görüntülendi. BULGULAR Bu çalışmada in-house PCR yöntemi, ptxa-pr ve IS481 genlerini hedef alan özgül PTp1/PTp2 ve PIp1/PIp2 primer çiftleri kullanılarak üç ayrı aşamada standardize edilmiştir. 1. Özgüllüğün Standardize Edilmesi a. PTp1/PTp2 primerleri ile yapılan özgüllük çalışması: PTp1/PTp2 primer çifti ile yapılan PCR nin özgüllüğünü artırmak amacıyla; reaksiyon karışımı ve bakteri DNA sının çoğaltılması basamakları ile ilgili değişkenler test edilmiştir. Elde edilen verilere göre; (i) Her test için reaksiyon karışımının toplam hacminin 50 µl olmasına ve DNA kalıp olarak 4 µl bakteri süspansiyonu kullanılmasına, (ii) Bu amaçla her bir reaksiyon tüpünde 5 µl 10X PCR tamponu [750 mm Tris HCI, ph: 8.8, 200 mm (NH 4 ) 2 SO 4, %0.1 Tween 20; MBI Fermentas], 2 mm MgCl 2, 0.2 mm dntp, 0.5 pmol/µl primer ve 1.3 U Taq DNA polimeraz (5 U/µl, MBI Fermantas) bulunacak şekilde reaksiyon karışımı hazırlanmasına, (iii) Bakteri DNA sının çoğaltılması için termal döngü (Touchgene Techne) cihazında, 95 C de 5 dakika ilk denatürasyonu takiben 94 C de 45 saniye denatürasyon, 57 C de 45 saniye primer bağlanma ve 72 C de 45 saniye uzama basamaklarından oluşan 35 döngü tamamlandıktan sonra, son uzama için 72 C de 10 dakika bekletilerek amplifikasyonun tamamlanmasına karar verilmiş ve reaktiflerin optimal konsantrasyonları ve amplifikasyon döngüleri bu şekilde optimize edilmiştir. Bu denemelerde üç pozitif (B.pertussis Tohama phase I, B.pertussis ATCC 9797 ve B.pertussis klinik izolat) ve altı negatif (B.parapertussis ATCC 15311, B.bronchiseptica ATCC 4617, H.influenzae ATCC 49247, N.meningitidis RSKK 645, S.aureus ATCC ve E.coli ATCC 25922) kontrol suşu kullanılarak yöntemin özgül olduğu gösterilmiştir. Yukarıda bahsi geçen üç pozitif kontrol suşu arasında herhangi bir farklılık görülmediği için pozitif kontrol olarak çalışmaya B.pertussis Tohama phase I (Tp-I) ile devam edilmiştir. Bu aşamada özgüllük çalışmamıza negatif kontrol olarak S.epidermidis ATCC 12228, C.diphtheriae varyant belfanti NCTC 10356, L.pneumophila serogrup 1 ATCC 43111, S.pyogenes ATCC suşları ile S.pneumoniae ve M.catarrhalis de ilave edilmiş ve bunlarda da hiçbir çapraz bant pozitifliğine rastlanmamıştır. Böylece bu primer çifti ile yapılan özgüllük çalışmaları tamamlanmıştır. b. PIp1/PIp2 primerleri ile yapılan özgüllük çalışması: PIp1/PIp2 primer çifti ile yapılan PCR deneylerinde; özgüllüğün artırılmasına odaklanarak, reaksiyon karışımı hazırlanması ve bakteri DNA sının çoğaltılması basamakları ile ilgili değişkenler test edilmiştir. Öncelikle PTp1/PTp2 primer çifti ile yapılan özgüllük çalışmaları ile elde edilen reaksiyon karışımı hazırlanması ve bakteri DNA sının çoğaltılması basamakları bu primer çifti ile yapılan deneylerde de uygulanmış ve sonuç olarak pozitif kontrol suşları pozitif olarak saptanırken; negatif kontrol suşlarından biri olan B.bronchiseptica ATCC 4617 ile çapraz bant pozitifliği gözlenmiştir. Daha sonra negatif kontrol olarak S.epidermidis ATCC 638

8 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B , C.diphtheriae varyant belfanti NCTC 10356, L.pneumophila serogrup 1 ATCC 43111, S.pyogenes ATCC suşları ile S.pneumoniae ve M.catarrhalis in de ilave edildiği özgüllük çalışmaları yapılmış ve bu çalışmada da B.bronchiseptica ATCC 4617 ile çapraz bant pozitifliği gözlenmiştir. Bu çalışmada, özgül ürünler elde etmeyi hedefleyerek çalışmalar en fazla bu primer çifti kullanılarak yapılan PCR nin özgüllüğünün artırılması konusuna yoğunlaştırılmıştır. Ancak negatif kontrol suşu olan B.bronchiseptica ATCC 4617 ile oluşan çapraz bant pozitifliği engellenememiştir. 2. Duyarlılığın Standardize Edilmesi In-house PCR nin duyarlılığı, B.pertussis Tp-I suşu ile araştırılmıştır. %0.85 lik NaCl de McFarland-1 yoğunluğunda hazırlanan bakteri süspansiyonunun 650 nm dalga boyunda OD si olarak ölçülmüş ve Yuji Sato nun geliştirmiş olduğu B.pertussis üreme grafiğinde bu OD ye karşılık gelen bakteri konsantrasyonu 4.3 x 10 9 cfu/ml olarak tespit edilmiştir. Bakteri süspansiyonlarının ve 1/3 sulandırımlarının logaritmik dilüsyonları ile bu dilüsyon oranlarına karşılık gelen bakteri konsantrasyonları hesaplanmıştır. PCR nin duyarlılığının saptanmasında, özgüllük çalışmaları ile optimize edilen PCR tekniği kullanılmıştır. a. PTp1/PTp2 primerleri ile yapılan duyarlılık çalışması: Bu çalışmalarda bantlar arasında sırayla azalan parlaklıkta pozitiflik saptanmıştır (Resim I). Dokuzuncu bant için dilüsyon oranı 10-4, buna karşılık gelen ve DNA kalıp olarak kullanılan bakteri konsantrasyonu 4.3 x 10 5 cfu/ml olup; bu da 34.4 cfu/rm [colony forming unit (koloni oluşturan ünite)/reaction mixture (reaksiyon karışımı)] olarak hesaplanabilir ( bantlar: cfu/rm olup; yapılan çalışmalarda ortalama olarak 9. bant). b. PIp1/PIp2 primerleri ile yapılan duyarlılık çalışması: Bu çalışmalarda bantlarda pozitiflik saptanmıştır (Resim II). On ikinci bant için dilüsyon oranı 0.33 x 10-5, buna karşılık gelen ve kalıp DNA olarak kullanılan bakteri konsantrasyonu 1.4 x 10 4 cfu/ml olup; bu da 1.12 cfu/rm olarak hesaplanabilir ( bantlar: cfu/rm olup; yapılan çalışmalarda ortalama olarak 12. bant). Resim 1. PTp1/PTp2 primerleri ile B.pertussis Tohama phase I suşu kullanılan in-house PCR yönteminin duyarlılık çalışması [M: DNA Ladder (100 bp), 1-13: B.pertussis Tohama phase I in sırasıyla dilüsyonları, (-)K: Reaksiyon karışım kontrol, SK: Su kontrol, M: DNA Ladder (100 bp)]. 639

9 Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu Resim 2. PIp1/PIp2 primerleri ile B.pertussis Tohama phase I suşu kullanılan in-house PCR yönteminin duyarlılık çalışması. [M: DNA Ladder (100 bp), 1-13: B.pertussis Tohama phase I in sırasıyla dilüsyonları, (-)K: Reaksiyon karışım kontrol, SK: Su kontrol, M: DNA Ladder (100 bp)]. 3. Temsili Klinik Örneklerde Duyarlılığın Araştırılması Temsili nitelikteki klinik örneklerde in-house PCR nin duyarlılığının araştırılmasında B.pertussis Tp-I ile yapılan duyarlılık çalışmasının sonuçları esas alınarak, test edilecek dilüsyon aralığı olarak belirlenmiştir (Tablo II). B.pertussis Tp-I suşu ile ph: 7.2 PBS içerisinde McFarland-1 yoğunluğunda hazırlanan bakteri süspansiyonunun 650 nm dalga boyunda OD si olarak ölçülmüş ve Yuji Sato nun geliştirdiği B.pertussis üreme grafiğinde bu OD ye karşılık gelen bakteri konsantrasyonu 5.5 x 10 9 cfu/ml olarak tespit edilmiştir. Buna göre test edilecek dilüsyon oranları; 1-5 arası örnekler için 10-3, 6-10 arası örnekler için 0.33 x 10-3, arası örnekler için 10-4, arası örnekler için 0.33 x 10-4, arası örnekler için 10-5, arası örnekler için 0.33 x 10-5, arası örnekler için 10-6, arası örnekler için 0.33 x 10-6 ve arası örnekler için 10-7 olup, bunlara karşılık gelen bakteri konsantrasyonları sırasıyla 5.5 x 10 6, 1.8 x 10 6, 5.5 x 10 5, 1.8 x 10 5, 5.5 x 10 4, 1.8 x 10 4, 5.5 x 10 3, 1.8 x 10 3 ve 5.5 x 10 2 cfu/ml dir (Tablo II). Bu çalışmada eş zamanlı olarak, B.pertussis içermeyen klinik örnekler elde etmek amacıyla sağlıklı bireylerden alınan 45 adet boğaz sürüntüsü örneği, seçilen 10-3 ile 10-7 dilüsyon oranlarına karşılık gelen 5.5 x 10 6 ile 5.5 x 10 2 cfu/ml arası bakteri konsantrasyonlarında herbiri beş ayrı klinik örnekle test edilmiştir. Bu şekilde içinde normal flora üyeleri, sekresyonlar ve bilinen konsantrasyonlarda B.pertussis Tp-I suşu bulunan gerçek hasta örnekleri simüle edilmiştir. Test ettiğimiz aralıktaki her bakteri dilüsyonu ile hazırlanan temsili nitelikteki klinik örnekler, ekstraksiyonun başlangıcında bir kez daha 1/9 oranında dilüe edilmiştir. Buradan ekstraksiyona devam etmeden önce her bir süspansiyondan 50 µl alınarak BGA besiyerine ekim yapılmış ve ardından ekstraksiyon işlemine devam edilerek kalıp DNA hazırlanmıştır. Ekstraksiyon sonrasında yaklaşık 150 µl kalıp DNA elde edilmiş olup; bu kalıp DNA lar için gerekli bakteri konsantrasyonları da hesaplanmıştır (Tablo II). 640

10 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B. a. Temsili nitelikte klinik örneklerde PTp1/PTp2 primerleri ile duyarlılık çalışması: Bu çalışmaların sonunda bantlarda pozitiflik saptanmıştır bantlara karşılık gelen ve DNA kalıp olarak kullanılan bakteri konsantrasyonu 3.1 x 10 5 cfu/ml olup; bu da 28.4 cfu/rm olarak hesaplanabilir (Tablo II). Bu sonuçlara göre bu primer çifti ile B.pertussis Tp-I kullanılarak yapılan duyarlılık çalışmalarının sonuçları ile temsili nitelikteki klinik örneklerde B.pertussis Tp-I i saptama duyarlılığı yaklaşık olarak birbirine eşit bulunmuştur. b. Temsili nitelikte klinik örneklerde PIp1/PIp2 primerleri ile duyarlılık çalışması: Bu çalışmaların sonunda bantlarda pozitiflik saptanmıştır bantlara karşılık gelen ve DNA kalıp olarak kullanılan bakteri konsantrasyonu 3.1 x 10 3 cfu/ml olup; bu da 0.25 cfu/rm olarak hesaplanabilir (Tablo II). Bu sonuçlara göre, bu primer çifti ile B.pertussis Tp-I kullanılarak yapılan duyarlılık çalışmalarının sonuçları ve temsili nitelikteki klinik örneklerde B.pertussis Tp-I i saptama duyarlılığı birbirine yakın bulunmuştur. TARTIŞMA Boğmaca enfeksiyonunun morbiditesi, 1940 lı yıllardan itibaren ülkemiz de dahil olmak üzere dünyanın birçok ülkesinde uygulanan standart aşılama programlarıyla belirgin azalma sağlamıştır. Ancak boğmaca, çocukluk çağı hastalıkları arasında halen önemini korumaktadır 1-3. Erken dönemde tanı konulması, tedavi başarısı ve bulaşın önlenmesinde son derece önemlidir 6. DSÖ tarafından boğmacanın konfirmasyonu için altın standart olarak değerlendirilen kültür yönteminin özgüllüğü %100 olmakla birlikte, duyarlılığı hastalığın evresi, hastanın yaşı, uygulanan tedavinin etkinliği, örneğin alınması, taşınması ve kültür şartlarına göre %30-80 (ortalama %50) arasında değişmektedir 5,11. Kültür ile ancak, klinik örnekler öksürüğün başlamasından sonraki ilk 2-3 hafta içinde alınırsa başarı sağlanabilmekte ve en yüksek izolasyon oranı bebekler ve aşılı olmayan çocuklarda elde edilmektedir. Özellikle nükleik asit amplifikasyon testleri (NAT) nin geliştirilmesiyle birlikte boğmaca tanısında tanısal ve analitik duyarlılık büyük ölçüde artmıştır. Grimprel ve arkadaşları 11, kültür ve PCR nin duyarlılığını bebek/çocuklarda sırasıyla %54.1 ve %95.8, yetişkinlerde ise sırasıyla %15.4 ve %61.5 olarak bildirmişlerdir. Ayrıca kültür ile izolasyon ve konfirmasyon için uzun süre (3-12 gün) gerekmesi, boğmaca tanısında hızlı, özgül ve duyarlı tanı yöntemlerini gerekli kılmaktadır 4. Bu amaçla PCR, güncel bir yaklaşım olmakla birlikte henüz yeterli özgüllük ve duyarlılığa ulaşılamamış ve standardize edilememiştir. Ancak uygulamalardaki hızlı ilerlemeler PCR ın gelecekte boğmaca tanısında daha yaygın ve hızlı bir yöntem olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir 4,18. Bununla beraber PCR nin duyarlılığı, örneğin kalitesi, hastalığın dönemi ve antimikrobiyal tedaviden etkilenmekte; nükleik asit ekstraksiyon yöntemine, amplifiye edilen örneğin miktarına, amplifikasyon koşulları ve etkinliğine, hedef bölgeye ve DNA saptama formatına bağlı olarak değişiklik göstermektedir. PCR, örnekte az sayıda bulunan bakteriyi ve canlı olmayan organizmaları da tespit edebildiğinden kültüre göre daha yüksek duyarlılığa sahiptir. Ek olarak hastalık süresince kültürden daha uzun süre pozitif olarak saptanabilir ve antibiyotik tedavisini takiben pozitif kalma olasılığı daha fazladır. B.pertussis in PCR ile tespitine yönelik 1989 yılında Houard ve arkadaşları 9 tarafından yapılan çalışmada, ptxa-pr genini hedef alan PTp1/PTp2 ve IS481 genini hedef alan 641

11 Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu PIp1/PIp2 primer çiftleri kullanılmış; daha sonra 1993 yılında Grimprel ve arkadaşlarının 11 PTp1/PTp2 primer çifti ile yaptıkları çalışmada da destekleyici veriler elde edilmiştir. Her iki çalışmada da in-house PCR testinin yeterince özgül ve duyarlılığının 10 2 cfu/ml olduğu tespit edilmiştir. B.pertussis tanısında IS481 gen bölgesini hedef alan PCR yöntemi oldukça duyarlıdır; ancak bu dizi B.bronchiseptica, B.holmesii ve B.pettrii gibi diğer Bordetella türleri ile yüksek homoloji gösterdiği için çapraz reaksiyonlarla sık karşılaşılmaktadır 6,11, ptxa-pr gen bölgesi hedeflendiğinde ise özgüllük oldukça yüksek olmakla birlikte; duyarlılık, IS481 i hedef alan PCR yönteminden daha düşüktür 4,6,10,11. Bu nedenle tanı, genellikle IS481 i hedef alan PCR ile konulmakta ve ptxa-pr yi hedef alan PCR ile konfirmasyon yapılmaktadır 22. Çalışmamızda da, ptxa-pr ve IS481 e yönelik primerler kullanılarak, in-house PCR, tanı yöntemi olarak standardize edilmiştir. Araştırmada, özgüllüğün standardizasyonu amacıyla PTp1/PTp2 primer çifti ile yapılan çalışmalarda, tüm pozitif kontrol suşları pozitif, negatif kontrol suşları negatif olarak saptanmış; reaksiyonun özgül olduğu belirlenmiş ve reaktiflerin optimal konsantrasyonları ile amplifikasyon döngüleri buna göre standardize edilmiştir. PTp1/PTp2 primer çifti ile özgüllük çalışmalarında elde ettiğimiz veriler, daha önceden yapılan çalışmaları destekler niteliktedir. Sonraki etapta, PIp1/PIp2 primer çifti ile yapılan PCR nin özgüllüğünün artırılmasına odaklanılarak; reaksiyon karışımı hazırlanması ve bakteri DNA sının çoğaltılması ile ilgili değişkenler test edilmiştir. Reaksiyonun özgüllüğünü artırmak amacıyla yapılan çalışmalar sonucunda, negatif kontrol suşlarından biri olan B.bronchiseptica ATCC 4617 ile oluşan çapraz bant pozitifliği engellenememiştir. Bu veriler doğrultusunda ve bu konuda yapılan araştırmalar temel alınarak, PIp1/PIp2 primer çifti ile yapılan PCR testlerinde yeterli düzeyde özgüllük sağlanamayacağı sonucuna varılmış ve PTp1/PTp2 primer çifti için optimize ettiğimiz oranlardaki reaksiyon karışımı bileşenleri ve amplifikasyon döngülerinin PIp1/PIp2 primer çifti ile yapılan PCR testlerinde de kullanılmasına karar verilmiştir. Bu çalışmadan elde ettiğimiz veriler, bu konuda yapılan diğer çalışmaları destekler niteliktedir 4. B.pertussis IS481 ve IS1001 bölgelerini hedef alan in-house PCR çalışmalarında yöntemin analitik duyarlılığı 1 cfu/rm (bakteri konsantrasyonu/reaksiyon karışımı) olarak saptanmış; IS481 i hedef alan PCR nin özgüllüğü ise bu konuda yapılan diğer çalışmalardan farklı olarak %100 oranında belirlenerek bu yüksek özgüllüğün kullanılan yönteme bağlı olduğu ifade edilmiştir 10,19. Van der Zee ve arkadaşları 14 da, IS481 ve IS1001 genlerini hedef alan primerler kullanmışlar ve amplikonların dot blot hibridizasyon ile tespit edildiği bu in-house PCR yönteminin analitik duyarlılığını B.pertussis için 1 cfu/rm olarak saptamışlardır. Özellikle son 10 yılda ortaya çıkan ilerlemeler sonucu kullanılan ekstraksiyon, amplifikasyon, hibridizasyon ve tespit yöntemlerinde önemli gelişmeler olmuştur. Gerçek zamanlı [Real-time (Rt)]-PCR gibi yeni kuşak sistemler ile birlikte kontaminasyon olasılığı azalmış, prob ve primerlerin birarada kullanılması ve özgül floresan boyaların uygulamaya girmesi ile özgüllük ve duyarlılığın artışı sağlanmıştır 4,18. Real-time multiplex LightCycler PCR (LC-PCR) teknolojisinin kullanıldığı bir çalışmada, IS481 ve IS1001 i hedef alan yöntemin (LC-PCR-IS) analitik duyarlılığı 0.75 cfu/rm; ptxa-pr ı hedef alan yöntemin (LC-PCR-PTG) analitik duyarlılığı ise < 10 cfu/rm olarak bulunmuştur

12 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B. Çalışmamızın sonraki aşamasında, in-house PCR yönteminin duyarlılığı araştırılmış ve bu amaçla, özgüllük çalışmaları ile standardize edilen PCR prosedürü kullanılmıştır. ptxa-pr bölgesini hedef alan PTp1/PTp2 primerleri ile yaptığımız analitik duyarlılık çalışmalarında, yöntemin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise düşük (34.4 cfu/rm) olduğu görülmüştür. Elde edilen değer 6.9 x 10 2 cfu/ml olarak hesaplanabilir. Bu bölgeyi hedef alan çeşitli PCR çalışmalarında da reaksiyonun duyarlılığı düşük ve x 10 2 cfu/ml değerleri arasında tespit edilmiştir 4,11. IS481 bölgesini hedef alan PIp1/PIp2 primerleri ile yaptığımız analitik duyarlılık çalışmalarında ise, reaksiyonun duyarlılığı 1.12 cfu/rm olarak saptanmış; konu ile ilgili diğer çalışmalarda bu değerin cfu/rm aralığında bulunduğu görülmüştür 10,14,19,23. Elde ettiğimiz değerlerin, diğer çalışmalardan elde edilen sonuçlara yakın olmakla beraber biraz daha düşük bulunması, diğer çalışmalarda kullanılan LC-PCR-IS gibi tekniklerin daha duyarlı olmasından kaynaklanmış olabilir. Çalışmamızın son basamağında, elde edilen verilerin klinik örnekler için geçerli olup olmadığı, temsili nitelikte klinik örneklerin kullanıldığı bir araştırma ile desteklenmiştir. Bu amaçla temsili klinik örneklere, ptxa-pr ve IS481 genlerini hedef alan primerler kullanılarak in-house PCR uygulanmış ve elde edilen duyarlılık sonuçları, önceki duyarlılık çalışmamızın sonuçlarını destekler nitelikte bulunmuştur. Ayrıca yaptığımız eş zamanlı kültür çalışmasında; yöntemin B. pertussis saptama duyarlılığı 2 x 10 3 cfu/ml olarak saptanmıştır. Bu sonuç aynı zamanda PCR yönteminin duyarlılığının kültürden daha yüksek olduğunu gösteren pek çok araştırmayı destekler niteliktedir 7,8,10,11,13,24,25. Dolayısıyla birçok laboratuvarda PCR, kültürün yerini almaya başlamıştır. Bu durum, B.pertussis in moleküler tanısında standardizasyonun sağlanması gereğini ortaya koymuş ve yapılan bir araştırmada EQA (External Quality Control) programına katılan Avrupa laboratuvarlarının performansları karşılaştırılmıştır 4. Değerlendirmeye katılan toplam 11 laboratuvarın verilerine göre; en duyarlı (3 x x 10 2 cfu/ml) ve yüksek özgüllükteki (%100) sonuçların gerçek zamanlı (Rt)-PCR ile alındığı, bunu in-house nested PCR ve in-house single PCR yöntemlerinin izlediği görülmektedir 4,26. Boğmacanın tanısında, mükemmel bir standart yöntem olarak düşünebileceğimiz tek bir laboratuvar testi yoktur. Kültüre göre duyarlılığı daha yüksek olan NAT ın en önemli sınırlamaları; potansiyel kontaminasyona bağlı yanlış pozitif sonuç alınması, ölçümler arasında standardizasyonun olmaması ve kültür ile bakterinin saptanamadığı durumlarda pozitif sonuçların yorumlanmasındaki zorluktur. Bu nedenle B.pertussis tanısında tek başına PCR pozitifliğinin, klinik ve epidemiyolojik verilerle bir arada değerlendirilmesi gerekmektedir. Nitekim CDC (Centers for Disease Control and Prevention), PCR nin kültür ile birlikte ve hızlı bir şekilde ön tanıya gidilebilmesi amacıyla kullanılmasını önermektedir 27. Günümüzde boğmaca hastalığı açısından en riskli grup, üç doz aşısı tamamlanmamış olan < 6 ay bebekler ve aşılanmış okul öncesi dönemdeki çocuklardır. Bu yaş gruplarında PCR nin oldukça duyarlı olduğu dikkate alındığında, tanı amacıyla kullanılması yararlı olacaktır. PCR ayrıca, hastalığın genellikle atipik seyrettiği antibiyotik tedavisi alanların tanısı ve erişkinlerde epidemiyolojik çalışmalar açısından da önem taşımaktadır. Çalışma- 643

13 Boğmacanın Moleküler Tanısı İçin Laboratuvar Yapımı Bir PCR Yönteminin Geliştirilmesi ve Optimizasyonu mızda, konu ile ilgili diğer çalışmaların sonuçlarına paralel olarak, IS481 gen bölgesini hedef alan primerler ile yapılan PCR testinin duyarlılığı yüksek bulunmuş ancak, B.bronchiseptica ATCC 4617 ile çapraz reaksiyonlara rastlanmıştır. ptxa-pr gen bölgesi hedeflendiğinde ise, yine diğer çalışmalarda belirtildiği gibi yeterli özgüllük sağlanmış, ancak duyarlılık IS481 i hedef alan PCR yönteminden daha düşük bulunmuştur. Bu nedenle boğmacanın moleküler tanısında, genellikle IS481 i hedef alan PCR ile ön tanı konulması ve ptxa-pr yi hedef alan PCR ile konfirmasyon yapılması önerilmektedir 18,22. Çalışmamızda elde edilen deneyimler sonucunda, biz de bu düşünceyi paylaşmaktayız. Sonuç olarak verilerimiz, B. pertussis enfeksiyonlarının tanısında PCR nin hızlı ve duyarlı bir yöntem olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir. TEŞEKKÜR Metnin İngilizce özet kısmını düzenleyen Dr. Bio. Fatma Filiz Arı ya teşekkür ederiz. KAYNAKLAR 1. World Health Organization. Pertussis surveillance: A global meeting October 2000, Geneva. 2001, WHO, Geneva. Available from: 2. World Health Organization. WHO Recommended Surveillance Standards. WHO/CDS/CSR/ISR/99.2, A37.0 Pertussis (Whooping Cough). WHO, Geneva. 3. World Health Organization. WHO vaccine-preventable disease: monitoring system Global Summary. WHO, Geneva. 4. Muyldermans G, Soetens O, Antoine M, et al. External quality assessment for molecular detection of Bordetella pertussis in European laboratories. J Clin Microbiol 2005; 43(1): Reizenstein E, Lindberg L, Möllby R, Hallander HO. Validation of nested Bordetella PCR in pertussis vaccine trial. J Clin Microbiol 1996; 34(4): Knorr L, Fox JD, Tilley PA, Ahmed-Bentley J. Evaluation of real-time PCR for diagnosis of Bordetella pertussis infection. BMC Infect Dis 2006; 6: Ewanowich CA, Chui LW, Paranchych MG, Peppler MS, Marusyk RG, Albritton WL. Major outbreak of pertussis in northern Alberta, Canada: analysis of discrepant direct fluorescent-antibody and culture results by using polymerase chain reaction methodology. J Clin Microbiol 1993; 31(7): Dragsted DM, Dohn B, Madsen J, Jensen JS. Comparison of culture and PCR for detection of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis under routine laboratory conditions. J Med Microbiol 2004; 53(Pt 8): Houard S, Hackel C, Herzog A, Bollen A. Specific identification of Bordetella pertussis by the polymerase chain reaction. Res Microbiol 1989; 140(7): Farrell DJ, McKeon M, Daggard G, Loeffelholz MJ, Thompson CJ, Mukkur TK. Rapid-cycle PCR method to detect Bordetella pertussis that fulfills all consensus recommendations for use of PCR in diagnosis of pertussis. J Clin Microbiol 2000; 38(12): Grimprel E, Bégué P, Anjak I, Betsou F, Guiso N. Comparison of polymerase chain reaction, culture, and western immunoblot serology for diagnosis of Bordetella pertussis infection. J Clin Microbiol 1993; 31(10): Glare EM, Paton JC, Premier RR, Lawrence AJ, Nisbet IT. Analysis of a repetitive DNA sequence from Bordetella pertussis and its application to the diagnosis of pertussis using the polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1990; 28(9): He Q, Mertsola J, Soini H, Skurnik M, Ruuskanen O, Viljanen MK. Comparison of polymerase chain reaction with culture and enzyme immunoassay for diagnosis of pertussis. J Clin Microbiol 1993; 31(3):

14 Güldemir D, Akbaş E, Nar Ötgün S, Tekin A, Esen B. 14. Van der Zee A, Agterberg C, Peeters M, Schellekens J, Mooi FR. Polymerase chain reaction assay for pertussis: simultaneous detection and discrimination of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis. J Clin Microbiol 1993; 31(8): Douglas E, Coote JG, Parton R, McPheat W. Identification of Bordetella pertussis in nasopharyngeal swabs by PCR amplification of a region of the adenylate cyclase gene. J Med Microbiol 1993; 38(2): Hozbor D, Fouque F, Guiso N. Detection of Bordetella bronchiseptica by the polymerase chain reaction. Res Microbiol 1999; 150(5): Imaizumi A, Suzuki Y, Ono S, Sato H, Sato Y. Effect of heptakis (2,6-O-dimethyl) beta-cyclodextrin on the production of pertussis toxin by Bordetella pertussis. Infect Immun 1983; 41(3): Riffelmann M, Wirsing von König CH, Caro V, Guiso N; Pertussis PCR Consesus Group. Nucleic acid amplification tests for diagnosis of Bordetella infections. J Clin Microbiol. 2005; 43(10): Farrell DJ, Daggard G, Mukkur TK. Nested duplex PCR to detect Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis and its application in diagnosis of pertussis in nonmetropolitan southeast Queensland, Australia. J Clin Microbiol 1999; 37(3): Reischl U, Lehn N, Sanden GN, Loeffelholz MJ. Real-time PCR assay targeting IS481 of Bordetella pertussis and molecular basis for detecting Bordetella holmesii. J Clin Microbiol 2001; 39(5): Lingappa JR, Lawrence W, West-Keefe S, Gautom R, Cookson BT. Diagnosis of community-acquired pertussis infection: comparison of both culture and fluorescent-antibody assays with PCR detection using electrophoresis or dot blot hybridization. J Clin Microbiol 2002; 40(8): Herwegh S, Carnoy C, Wallet F, Loïez C, Courcol RJ. Development and use of an internal positive control for detection of Bordetella pertussis by PCR. J Clin Microbiol 2005; 43(5): Sloan LM, Hopkins MK, Mitchell PS, et al. Multiplex LightCycler PCR assay for detection and differentiation of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis in nasopharyngeal specimens. J Clin Microbiol 2002; 40(1): Loeffelholz MJ, Thompson CJ, Long KS, Gilchrist MJ. Comparison of PCR, culture, and direct fluorescentantibody testing for detection of Bordetella pertussis. J Clin Microbiol 1999; 37(9): Heininger U, Schmidt-Schläpfer G, Cherry JD, Stehr K. Clinical validation of a polymerase chain reaction assay for the diagnosis of pertussis by comparison with serology, culture, and symptoms during a large pertussis vaccine efficacy trial. Pediatrics 2000; 105(3): E Muyldermans G, Soetens O, Lauwers S. Second External Quality Assessment for the molecular detection of Bordetella pertussis, p: In: Second External Quality Assessment in Belgian Laboratories Performing Molecular Microbiology. Organised by the Working Group of Molecular Microbiology of the National Committee for Molecular Diagnostics, Available from: 2nd%20EQA%20Microbiology% doc 27. Centers for Disease Control and Prevention. Guidelines for the Control of Pertussis Outbreaks. 2000, CDC, Atlanta. Available from: 645

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM Doç. Dr. Alpaslan Alp Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Dünya Sağlık Örgütü 2009 Yılı Raporu Aktif tüberkülozlu hasta

Detaylı

Uzamış Öksürüğü Olan Çocuklarda Kültür, Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve Seroloji ile Bordetella pertussis Enfeksiyonunun Araştırılması*

Uzamış Öksürüğü Olan Çocuklarda Kültür, Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve Seroloji ile Bordetella pertussis Enfeksiyonunun Araştırılması* Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2012; 46(2): 211-224 Uzamış Öksürüğü Olan Çocuklarda Kültür, Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve Seroloji ile Bordetella pertussis Enfeksiyonunun

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE (yalnızca CLSI mı?) Dr.ELViN DiNÇ OKMEYDANI E.A.H ENFEKSİYON HASTALIKLARI VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KLİNİĞİ Antibiyotik tedavisi gerektiren bir enfeksiyonda rolü olan

Detaylı

Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması. Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması. Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD 8. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi 2014 Laboratuvarda

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

* 14. Avrupa Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi nde (1-4 Mayıs 2004, Prag/Çek Cumhuriyeti) poster olarak sunulmuştur.

* 14. Avrupa Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi nde (1-4 Mayıs 2004, Prag/Çek Cumhuriyeti) poster olarak sunulmuştur. MİKROBİYOL MİKROBİYOLOJİ BÜL 27; 41: BÜLTENİ 495-52 495 ORTA KULAK EFÜZYONU VE BEYİN OMURİLİK SIVILARINDA HAEMOPHILUS INFLUENZAE, STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE VE MORAXELLA CATARRHALIS İN SAPTANMASINDA KÜLTÜR

Detaylı

MİKOBAKTERİYEL DNA İZOLASYONUNDA ÜÇ FARKLI YÖNTEMİNİN KARŞILAŞTIRILMASI* COMPARISON OF THREE DIFFERENT MYCOBACTERIAL DNA ISOLATION METHODS

MİKOBAKTERİYEL DNA İZOLASYONUNDA ÜÇ FARKLI YÖNTEMİNİN KARŞILAŞTIRILMASI* COMPARISON OF THREE DIFFERENT MYCOBACTERIAL DNA ISOLATION METHODS MİKROBİYOL MİKROBİYOLOJİ BÜLT 2007; 41: BÜLTENİ 395-402 395 MİKOBAKTERİYEL DNA İZOLASYONUNDA ÜÇ FARKLI YÖNTEMİNİN KARŞILAŞTIRILMASI* COMPARISON OF THREE DIFFERENT MYCOBACTERIAL DNA ISOLATION METHODS Alpaslan

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı:

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı: Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı: Katılımcılara; klinik mikrobiyoloji laboratuarlarında doğru, geçerli ve

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar Haziran 2015 İletişim adresleri : "Güven Külekçi" gkulekci@istanbul.edu.tr, "Turk Mikrobiyoloji Cemiyeti" tmc@tmc-online.org Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop

Detaylı

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER)

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER) VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER) Dr. Tijen ÖZACAR Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR TANIM Ticari veya laboratuvarda geliştirilmiş bir testin, laboratuvardaki performansının

Detaylı

Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi

Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi Doç Dr Ayşen BAYRAM Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. GİRİŞ İnsan Papilloma Virus

Detaylı

Geliş Tarihi (Received): 27.06.2012 Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 05.09.2012

Geliş Tarihi (Received): 27.06.2012 Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 05.09.2012 Kısa Bildiri/Short Communication Mikrobiyol Bul 2012; 46(4): 676-681 Akut Orta Kulak İltihabı Örneklerinde Streptococcus pneumoniae ve Haemophilus influenzae nın Saptanmasında Kültür ve Gerçek Zamanlı

Detaylı

BELGELER. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

BELGELER. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD BELGELER Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Belgeler - 1 ISO 15189, 2003 (2009 da revizyon) A global quality standart for medical laboratories 4. bölüm -

Detaylı

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60 Dr. Tolga BAŞKESEN GİRİŞ Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60 Erken ve doğru tedavi ile mortaliteyi azaltmak mümkün GİRİŞ Kan

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Kaynaklar Mikrobiyolojik prosedürleri doğrulama / geçerli kılmaya ilişkin aşağıdaki uluslararası kaynaklar önerilir

Detaylı

BELGELER. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

BELGELER. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD BELGELER Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Belgeler - 1 ISO 15189, 2003 (2009 da revizyon) Tıbbi laboratuvarlar için uluslar arası kalite standardı 4. bölüm

Detaylı

Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması. Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması. Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Testler farklı amaçlarla uygulanabilir: - Tanı, tarama, doğrulama,

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

KLİNİK ÖRNEKLERDEN İZOLE EDİLEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUŞLARINDA PANTON-VALENTİN LÖKOSİDİN (PVL) VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI

KLİNİK ÖRNEKLERDEN İZOLE EDİLEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUŞLARINDA PANTON-VALENTİN LÖKOSİDİN (PVL) VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI MİKROBİYOL MİKROBİYOLOJİ BÜLT 2007; 41: BÜLTENİ 357-362 357 KLİNİK ÖRNEKLERDEN İZOLE EDİLEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUŞLARINDA PANTON-VALENTİN LÖKOSİDİN (PVL) VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI INVESTIGATION OF THE

Detaylı

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Doç.Dr. Aynur KARADENİZLİ Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD, Kocaeli Francisella tularensis Küçük, aerobik, pleomorfik,

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

Minimum Bakterisidal. Prof.Dr.Ayşe Willke Topcu Mart 2010, Aydın

Minimum Bakterisidal. Prof.Dr.Ayşe Willke Topcu Mart 2010, Aydın Minimum Bakterisidal Konsantrasyon (MBC) Prof.Dr.Ayşe Willke Topcu Mart 2010, Aydın Antimikrobik Tedavinin Başarısı Esas olarak konak defans mekanizmasına bağlıdır Konak antibiyotikle etkisi azalmış mikroorganizmayı

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Çalışma Programı Örneği (Bir Haftalık Kurs) M. Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

ALT SOLUNUM YOLU ENFEKSİYONU OLAN ÇOCUKLARDA SOLUNUM SİNSİTYAL VİRUS VARLIĞININ ÜÇ FARKLI YÖNTEMLE ARAŞTIRILMASI

ALT SOLUNUM YOLU ENFEKSİYONU OLAN ÇOCUKLARDA SOLUNUM SİNSİTYAL VİRUS VARLIĞININ ÜÇ FARKLI YÖNTEMLE ARAŞTIRILMASI Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2009; 43: 433-438 ALT SOLUNUM YOLU ENFEKSİYONU OLAN ÇOCUKLARDA SOLUNUM SİNSİTYAL VİRUS VARLIĞININ ÜÇ FARKLI YÖNTEMLE ARAŞTIRILMASI INVESTIGATION OF RESPIRATORY

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

SERVİKAL ÖRNEKLERDE HPV DNA ve SİTOLOJİK İNCELEME SONUÇLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ

SERVİKAL ÖRNEKLERDE HPV DNA ve SİTOLOJİK İNCELEME SONUÇLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ SERVİKAL ÖRNEKLERDE HPV DNA ve SİTOLOJİK İNCELEME SONUÇLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ Begüm Nalça Erdin 1, Alev Çetin Duran 1, Ayça Arzu Sayıner 1, Meral Koyuncuoğlu 2 1 Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi,

Detaylı

Prof. Dr. Bülbin SunarReeder. L.T. Daum and G.W. Fischer Longhorn Vaccines and Diagnostics, San Antonio 78208, TX, USA. Longhorn-VandD@sbc.global.

Prof. Dr. Bülbin SunarReeder. L.T. Daum and G.W. Fischer Longhorn Vaccines and Diagnostics, San Antonio 78208, TX, USA. Longhorn-VandD@sbc.global. Klinik Örneklerdeki RNA in korunması, Patojenlerin inaktivasyonu ve Soğuk zincire ihtiyaç olmadan taşınabilmesi için geliştirilmiş özgün moleküler taşıma ortamı (PrimeStoreMTM) Prof. Dr. Bülbin SunarReeder

Detaylı

EPSTEIN-BARR VİRUS ENFEKSİYONLARI TANISINDA ELISA VE İMMUNOBLOT TESTLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

EPSTEIN-BARR VİRUS ENFEKSİYONLARI TANISINDA ELISA VE İMMUNOBLOT TESTLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI EPSTEIN-BARR VİRUS ENFEKSİYONLARI TANISINDA ELISA VE İMMUNOBLOT TESTLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Nilgün Kaşifoğlu, Tercan Us, Nazmiye Ülkü Koçman, Yurdanur Akgün Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi

Detaylı

ÜST SOLUNUM YOLU ÖRNEKLERİNE LABORATUVAR YAKLAŞIMI. Doç. Dr. Aynur EREN TOPKAYA Maltepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

ÜST SOLUNUM YOLU ÖRNEKLERİNE LABORATUVAR YAKLAŞIMI. Doç. Dr. Aynur EREN TOPKAYA Maltepe Üniversitesi Tıp Fakültesi ÜST SOLUNUM YOLU ÖRNEKLERİNE LABORATUVAR YAKLAŞIMI Doç. Dr. Aynur EREN TOPKAYA Maltepe Üniversitesi Tıp Fakültesi 05.12.2012 2 1. Olgu 10 yaşında kız çocuğu, boğaz ağrısı ve hafif ateşle doktora başvuruyor

Detaylı

Daptomisin: Laboratuvar Yaklaşım. Prof. Dr. Güner Söyletir Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi İstanbul

Daptomisin: Laboratuvar Yaklaşım. Prof. Dr. Güner Söyletir Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi İstanbul Daptomisin: Laboratuvar Yaklaşım Prof. Dr. Güner Söyletir Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi İstanbul Daptomisin: Mikrobiyolojik Yaklaşım İn vitro çalışma sonuçları İn vitro testler Direnç gelişimi DAPTOMİSİN

Detaylı

Aşı ile Önlenebilir Hastalıklar Gerçekten Önleniyor mu? Difteri ve Boğmaca

Aşı ile Önlenebilir Hastalıklar Gerçekten Önleniyor mu? Difteri ve Boğmaca Aşı ile Önlenebilir Hastalıklar Gerçekten Önleniyor mu? Difteri ve Boğmaca Dr. Selin NAR ÖTGÜN Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı I.Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresi 12-16 Kasım 211, Antalya

Detaylı

ÖZGEÇMİŞ. Cep Tel : 0533 882 66 08 : Marmara Bölgesi 31. Sok. No:6 / Lefkoşa KKTC : ayseseyer@hotmail.com ayseseyer@gau.edu.tr

ÖZGEÇMİŞ. Cep Tel : 0533 882 66 08 : Marmara Bölgesi 31. Sok. No:6 / Lefkoşa KKTC : ayseseyer@hotmail.com ayseseyer@gau.edu.tr ÖZGEÇMİŞ KİŞİSEL BİLGİLER Ad, Soyad : Ayşe SEYER Doğum Tarihi : 12.08.1986 Medeni Durum : Evli Uyruk : KKTC Cep Tel : 0533 882 66 08 Adres : Marmara Bölgesi 31. Sok. No:6 / Lefkoşa KKTC E-posta : ayseseyer@hotmail.com

Detaylı

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ Emine Yeşilyurt, Sevgi Özyeğen Aslan, Ayşe Kalkancı, Işıl Fidan, Semra Kuştimur Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

Doç.Dr.Yeşim Gürol Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji

Doç.Dr.Yeşim Gürol Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Doç.Dr.Yeşim Gürol Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında kalite uygulamaları son yıllarda başta ISO 15189 kriterlerinin laboratuvarlarımıza girmesiyle

Detaylı

Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Solunum yolları infeksiyonlarının % 80 i viral ABD de yıllık 41M antibiyotik reçetesinin 22M si (% 55) solunum yolları

Detaylı

MUKOİD SALMONELLA ENTERİTİDİS SUŞUNUN PCR YÖNTEMİ İLE TANIMLANMASI

MUKOİD SALMONELLA ENTERİTİDİS SUŞUNUN PCR YÖNTEMİ İLE TANIMLANMASI MUKOİD SALMONELLA ENTERİTİDİS SUŞUNUN PCR YÖNTEMİ İLE TANIMLANMASI Uz Dr Fulya BAYINDIR BİLMAN 1, Uz Dr Elçin GÜNAYDIN 2, Uz Dr Mine TURHANOĞLU 1 1 Diyarbakır Eğitim ve Araştırma Hastanesi 2 Veteriner

Detaylı

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları Dr Dilara

Detaylı

Yoğun Bakım Ünitesinde Gelişen Kandida Enfeksiyonları ve Mortaliteyi Etkileyen Risk Faktörleri

Yoğun Bakım Ünitesinde Gelişen Kandida Enfeksiyonları ve Mortaliteyi Etkileyen Risk Faktörleri Yoğun Bakım Ünitesinde Gelişen Kandida Enfeksiyonları ve Mortaliteyi Etkileyen Risk Faktörleri Emel AZAK, Esra Ulukaya, Ayşe WILLKE Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik

Detaylı

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ KLİNİK Bağışıklık sistemi sağlam kişilerde akut infeksiyon Bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde akut infeksiyon veya

Detaylı

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015 Mikrobiyal Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde funguslarda görülen

Detaylı

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI * VİRAL V HEPATİTLERDE TLERDE SEROLOJİK/MOLEK K/MOLEKÜLER LER TESTLER (NE ZAMANHANG HANGİ İNCELEME?) *VİRAL HEPATİTLERDE TLERDE İLAÇ DİRENCİNİN SAPTANMASI *DİAL ALİZ Z HASTALARININ HEPATİT T AÇISINDAN

Detaylı

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun etkin kontrolü için; Yayma sonuçları Kültür ve identifikasyon Duyarlılık testleri ; 24 saat ; 21 gün ; 30 günde bildirilmeli CDC, 1995

Detaylı

EYLÜL 2010 S0461&S0462

EYLÜL 2010 S0461&S0462 İSTANBUL İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2010 S0461&S0462 İstanbul İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ

PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ Yrd. Doç. Dr. Hakan GÜRKAN Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı PGT NEDİR? Gebelik öncesi genetik tanı (PGT) adı verilen

Detaylı

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011 SİTOMEGALOVİRUS (CMV) Prof. Dr. Seyyâl ROTA Gazi Ü.Tıp Fakültesi LOW SYSTEMIC GANCICLOVIR EXPOSURE AND PREEMPTIVE TREATMENT FAILURE OF CYTOMEGALOVIRUS REACTIVATION IN A TRANSPLANTED CHILD J Popul Ther

Detaylı

Tüberküloz Tanısında Yeni Moleküler Testler

Tüberküloz Tanısında Yeni Moleküler Testler Tüberküloz Tanısında Yeni Moleküler Testler Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bornova-İZMİR Hızlı tanıda kullanılan yöntemler PCR (Polymerase chain

Detaylı

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden

Detaylı

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 1 Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji de Enzimli İmmün Deney Enzyme Immuno Assay. Dr. Dilek Çolak

Klinik Mikrobiyoloji de Enzimli İmmün Deney Enzyme Immuno Assay. Dr. Dilek Çolak Klinik Mikrobiyoloji de Enzimli İmmün Deney Enzyme Immuno Assay Dr. Dilek Çolak İmmün Yanıt C. Macrophage A. Pathogen B. B cells D. Macrophage E. Macrophage F. T cell G. B cell H. Memory B cells I. Plasma

Detaylı

Vankomisine Dirençli Enterokokların Sürveyansında GeneXpert vana/vanb PCR Sistemi ile Kültür Yönteminin Karşılaştırılması

Vankomisine Dirençli Enterokokların Sürveyansında GeneXpert vana/vanb PCR Sistemi ile Kültür Yönteminin Karşılaştırılması Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 538-544 Vankomisine Dirençli Enterokokların Sürveyansında GeneXpert vana/vanb PCR Sistemi ile Kültür Yönteminin Karşılaştırılması Comparison of

Detaylı

Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı?

Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı? Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı? Dr. Funda YETKİN İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum Planı Klorheksidin

Detaylı

ÜÇ FARKLI YÖNTEMDE SALİSİLAT KONSANTRASYONUNA GÖRE İNTERFERANS DEĞERLENDİRİLMESİ

ÜÇ FARKLI YÖNTEMDE SALİSİLAT KONSANTRASYONUNA GÖRE İNTERFERANS DEĞERLENDİRİLMESİ ÜÇ FARKLI YÖNTEMDE SALİSİLAT KONSANTRASYONUNA GÖRE İNTERFERANS DEĞERLENDİRİLMESİ Arzu ALYAKUT 04.11.2015 AMAÇ Salisilat (asetilsalisilik asit) en sık kullanılan analjezik, antiinflamatuar ve antipiretik

Detaylı

EYLÜL 2011 S0485&S0486

EYLÜL 2011 S0485&S0486 İSTANBUL İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2011 S0485&S0486 İstanbul İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

PCR ve RFLP YÖNTEMLERİ İLE MYCOBACTERIUM TÜRLERİNİN İDENTİFİKASYONU

PCR ve RFLP YÖNTEMLERİ İLE MYCOBACTERIUM TÜRLERİNİN İDENTİFİKASYONU 21. Yüzyılda Tüberküloz Sempozyumu ve II. Tüberküloz Laboratuvar Tanı Yöntemleri Kursu, Samsun PCR ve RFLP YÖNTEMLERİ İLE MYCOBACTERIUM TÜRLERİNİN İDENTİFİKASYONU Prof.Dr. Ahmet SANİÇ 1, Doç.Dr. Cafer

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Sonuçların Gönderildiği Son Tarihi : 10 Ekim 2014

Sonuçların Gönderildiği Son Tarihi : 10 Ekim 2014 İSTANBUL GIDA KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2014 S0557&S0558 İstanbul Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

TRANSFÜZYON MERKEZİ HASTALARDA KULLANILAN MİKROBİYOLOJİK TARAMA TESTLERİ TALİMATI

TRANSFÜZYON MERKEZİ HASTALARDA KULLANILAN MİKROBİYOLOJİK TARAMA TESTLERİ TALİMATI 1.AMAÇ.Hastalara ait kan örneklerinde yapılması gereken mikrobiyolojik testleri, bu testlerin çalışma yöntemlerini ve kalite kontrol gereklerini belirlemektir.. 2.KAPSAM : Bu talimat transfüzyon merkezinde

Detaylı

Moleküler Testlerde İç Kalite Kontrol Dr. Aydan ÖZKÜTÜK

Moleküler Testlerde İç Kalite Kontrol Dr. Aydan ÖZKÜTÜK Moleküler Testlerde İç Kalite Kontrol Dr. Aydan ÖZKÜTÜK Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum planı Kalite kontrolün önemi, amacı Kalite kontrolü etkileyen faktörler

Detaylı

DSÖ SÜRVEYANSI GISN: 1952

DSÖ SÜRVEYANSI GISN: 1952 Melis Kanturvardar DSÖ SÜRVEYANSI GISN: 1952 Atlanta Londra Tokyo 104 ülke + 134 Ulusal İnfluenza Referans Laboratuvarı Melbourne Neden Grip Sürveyansına Başladık? DSÖ FLUNET sitesinde veri eksikliği Dolaşımdaki

Detaylı

METOT VALİDASYONU VE VERİFİKASYONU. Sedat Abuşoğlu Konya

METOT VALİDASYONU VE VERİFİKASYONU. Sedat Abuşoğlu Konya METOT VALİDASYONU VE VERİFİKASYONU Sedat Abuşoğlu Konya İki Tanım Validasyon (CLSI): Bir sistem veya yöntemin beklendiği şekilde çalıştığını kanıtlama eylemi veya sürecidir. Validasyon (WHO-BS/95.1793):

Detaylı

PANDEMİK İNFLUENZA H1N1 TANISINDA LABORATUVARIN YERİ VE DÜNYA SAĞLIK ÖRGÜTÜ ALGORİTMASI DOÇ.DR.MUSTAFA ERTEK 23.10.2009-ANKARA

PANDEMİK İNFLUENZA H1N1 TANISINDA LABORATUVARIN YERİ VE DÜNYA SAĞLIK ÖRGÜTÜ ALGORİTMASI DOÇ.DR.MUSTAFA ERTEK 23.10.2009-ANKARA PANDEMİK İNFLUENZA H1N1 TANISINDA LABORATUVARIN YERİ VE DÜNYA SAĞLIK ÖRGÜTÜ ALGORİTMASI DOÇ.DR.MUSTAFA ERTEK 23.10.2009-ANKARA İnfluenza A Pandemik İnfluenza(H1N1) Yeni bir reassortant virus A/California/04/2009

Detaylı

TONSİLLOFARENJİT TANI VE TEDAVİ ALGORİTMASI

TONSİLLOFARENJİT TANI VE TEDAVİ ALGORİTMASI TONSİLLOFARENJİT TANI VE TEDAVİ ALGORİTMASI Akut tonsillofarenjit veya çocukluk çağında daha sık karşılaşılan klinik tablosu ile tonsillit, farinks ve tonsil dokusunun inflamasyonudur ve doktora başvuruların

Detaylı

SOLİT ORGAN TRANSPLANTASYONU ve BK VİRUS ENFEKSİYONLARI Doç. Dr. Derya Mutlu Güçlü immunsupresifler Akut, Kronik rejeksiyon Graft yaşam süresi? Eskiden bilinen veya yeni tanımlanan enfeksiyon etkenleri:

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 11 Roundup Ready Soya nın Eş Zamanlı (Real-Time) PCR ile Nicel Saptanması N. Foti WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE

Detaylı

doğrudur? Veya test, sağlıklı dediği zaman hangi olasılıkla doğrudur? Bu soruların yanıtları

doğrudur? Veya test, sağlıklı dediği zaman hangi olasılıkla doğrudur? Bu soruların yanıtları DÖNEM III HALK SAĞLIĞI-ADLİ TIP-BİYOİSTATİSTİK-TIP TARİHİ VE ETİK Ders Kurulu Başkanı : Prof. Dr. Günay SAKA TANI TESTLERİ (30.04.2014 Çrş. Y. ÇELİK) Duyarlılık (Sensitivity) ve Belirleyicilik (Specificity)

Detaylı

Akciğer Tüberkülozunda Balgam Numunelerinden Mycobacterium tuberculosis in Direkt Mikroskopi, Kültür ve PCR ile Saptanması #

Akciğer Tüberkülozunda Balgam Numunelerinden Mycobacterium tuberculosis in Direkt Mikroskopi, Kültür ve PCR ile Saptanması # Akciğer Tüberkülozunda Balgam Numunelerinden Mycobacterium tuberculosis in Direkt Mikroskopi, Kültür ve PCR ile Saptanması # Mehmet Hamdi MUZ*, Teyfik TURGUT*, Adile MUZ** * Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi

Detaylı

MAYIS 2012 S0501&S0502

MAYIS 2012 S0501&S0502 İSTANBUL GIDA KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU MAYIS 2012 S0501&S0502 İstanbul Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

Kutanöz Leyşmanyazis Tanısında Direkt Mikroskopi, Kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemlerinin Karşılaştırılması*

Kutanöz Leyşmanyazis Tanısında Direkt Mikroskopi, Kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemlerinin Karşılaştırılması* Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2015; 49(1): 77-84 Kutanöz Leyşmanyazis Tanısında Direkt Mikroskopi, Kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemlerinin Karşılaştırılması* Comparison of Direct

Detaylı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 16S rrna Analizi Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum içeriği Genel bilgi Uygulanışı Kullanım alanları Avantajları Dezavantajları Neden

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

STREPTOMİSİNE DİRENÇLİ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KOMPLEKS İZOLATLARINDA rpsl VE rrs GEN BÖLGESİ MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI*

STREPTOMİSİNE DİRENÇLİ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KOMPLEKS İZOLATLARINDA rpsl VE rrs GEN BÖLGESİ MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI* Kısa Bildiri/Short Communication Mikrobiyol Bul 2009; 43: 115-120 STREPTOMİSİNE DİRENÇLİ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KOMPLEKS İZOLATLARINDA rpsl VE rrs GEN BÖLGESİ MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI* INVESTIGATION

Detaylı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması İ.Ü. CERRAHPAŞA TIP FAKÜLTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması Araş.Gör. Yener KURMAN İSTANBUL

Detaylı

KLİNİK ÖRNEKLERDEN KANTİTATİF OLARAK HEPATİT C VİRUS RNA SININ SAPTANMASINDA COBAS AMPLICOR VE COBAS TAQMAN SİSTEMLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

KLİNİK ÖRNEKLERDEN KANTİTATİF OLARAK HEPATİT C VİRUS RNA SININ SAPTANMASINDA COBAS AMPLICOR VE COBAS TAQMAN SİSTEMLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2008; 42: 627-634 KLİNİK ÖRNEKLERDEN KANTİTATİF OLARAK HEPATİT C VİRUS RNA SININ SAPTANMASINDA COBAS AMPLICOR VE COBAS TAQMAN SİSTEMLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

Detaylı

Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral

Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik

Detaylı

MEME KARSİNOMUNDA HER2/NEU DURUMUNU DEĞERLENDİRMEDE ALTERNATİF YÖNTEM: REAL TİME-PCR

MEME KARSİNOMUNDA HER2/NEU DURUMUNU DEĞERLENDİRMEDE ALTERNATİF YÖNTEM: REAL TİME-PCR MEME KARSİNOMUNDA HER2/NEU DURUMUNU DEĞERLENDİRMEDE ALTERNATİF YÖNTEM: REAL TİME-PCR Nuket Eliyatkın Hakan Özgür Pınar Erçetin Safiye Aktaş Ali Küpelioğlu Sunum Planı Meme Kanserinde HER2 nin yeri HER2

Detaylı

VİRAL MARKER PROGRAMI EKİM-2013 DÖNEMİ DEĞERLENDİRMESİ

VİRAL MARKER PROGRAMI EKİM-2013 DÖNEMİ DEĞERLENDİRMESİ VİRAL MARKER PROGRAMI EKİM-2013 DÖNEMİ DEĞERLENDİRMESİ Viral marker programında katılımcı sayısı 180 e ulaşmıştır. Bu artışla birlikte tüm çalışma yöntemleri için de katılımcı sayıları artmaktadır. Çalışma

Detaylı

GENİŞLEMİŞ SPEKTRUMLU BETA-LAKTAMAZ ÜRETEN SUŞLARIN TANISINDA İKİ FARKLI KROMOJENİK AGARIN PERFORMANSI

GENİŞLEMİŞ SPEKTRUMLU BETA-LAKTAMAZ ÜRETEN SUŞLARIN TANISINDA İKİ FARKLI KROMOJENİK AGARIN PERFORMANSI Kısa Bildiri/Short Communication Mikrobiyol Bul 2010; 44: 105-110 GENİŞLEMİŞ SPEKTRUMLU BETA-LAKTAMAZ ÜRETEN SUŞLARIN TANISINDA İKİ FARKLI KROMOJENİK AGARIN PERFORMANSI THE PERFORMANCE OF TWO DIFFERENT

Detaylı

Acinetobacter Salgını Kontrolü. 07.03.2014 Uzm. Hem. H. Ebru DÖNMEZ

Acinetobacter Salgını Kontrolü. 07.03.2014 Uzm. Hem. H. Ebru DÖNMEZ Acinetobacter Salgını Kontrolü 07.03.2014 Uzm. Hem. H. Ebru DÖNMEZ Acinetobacter baumannii Hastalarda kolonize olarak ciddi enfeksiyonlara, septik şoka ve ölümlere yol açan nonfermentatif, gram-negatif

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

Isırıkla İlgili Literatür İncelemesi

Isırıkla İlgili Literatür İncelemesi Isırıkla İlgili Literatür İncelemesi Prof. Dr. Tuna DEMİRDAL İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları AD, SB Atatürk Eğitim Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Kliniği, İzmir Avcılarda

Detaylı

HERPES SİMPLEKS VİRUS (HSV) ENFEKSİYONU ŞÜPHESİ OLAN HASTALARIN KLİNİK ÖRNEKLERİNDE ÜÇ FARKLI YÖNTEMLE HSV VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI

HERPES SİMPLEKS VİRUS (HSV) ENFEKSİYONU ŞÜPHESİ OLAN HASTALARIN KLİNİK ÖRNEKLERİNDE ÜÇ FARKLI YÖNTEMLE HSV VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI Özgün Çalışma/Original Article Mikrobiyol Bul 2010; 44: 47-56 HERPES SİMPLEKS VİRUS (HSV) ENFEKSİYONU ŞÜPHESİ OLAN HASTALARIN KLİNİK ÖRNEKLERİNDE ÜÇ FARKLI YÖNTEMLE HSV VARLIĞININ ARAŞTIRILMASI INVESTIGATION

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

Mikrobiyolojide Kalite İndikatörü Örnekleri

Mikrobiyolojide Kalite İndikatörü Örnekleri Mikrobiyolojide Kalite İndikatörü Örnekleri Dr. Ü. Gül Erdem SB. DışkapıYıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü KLİMUD-2013 [idrar kültürü] * [lökosit/alan] * [CRP] [hastanın

Detaylı

İnvazif Mantar Enfeksiyonlarında Diğer Tanı Yaklaşımları. Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi 17.03.2015

İnvazif Mantar Enfeksiyonlarında Diğer Tanı Yaklaşımları. Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi 17.03.2015 İnvazif Mantar Enfeksiyonlarında Diğer Tanı Yaklaşımları Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi 17.03.2015 Mantar Enfeksiyonunun Etiyolojik Tanı Mikroskobik inceleme ile etkeni gösterme Besiyerlerinde

Detaylı

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Verem Savaşı Daire Başkanlığı

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Verem Savaşı Daire Başkanlığı T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Verem Savaşı Daire Başkanlığı Uzm. Dr. Feyzullah GÜMÜŞLÜ Verem Savaşı Dairesi Başkanı Kurs Programı Tüberküloz tanı ve tedavisi TB bakteriyolojik tanısında yeni yöntemler 23 Nisan

Detaylı

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/11) Akreditasyon Kapsamı

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/11) Akreditasyon Kapsamı Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/11) Tıbbi Laboratuar Adresi :Sağlık Mahallesi Saygun Caddesi No:55 Sıhhiye 06100 ANKARA / TÜRKİYE Tel : 0 312 565 53 62 Faks : 0 312 565 54 55 E-Posta : mikrobiyolojirldb@thsk.gov.tr

Detaylı

Klinik Araştırma ÖZET

Klinik Araştırma ÖZET doi:10.5222/buchd.2011.063 Klinik Araştırma Chlamydia trachomatis tanısında kullanılan hücre kültürü, hibridizasyon ve direkt flöresan antikor testlerinin karşılaştırılması The comparison of cell culture,

Detaylı

Klinik Çalışanlarına Önerilen Sağlık Girişimleri

Klinik Çalışanlarına Önerilen Sağlık Girişimleri Klinik Çalışanlarına Önerilen Sağlık Girişimleri Sağlık kuruluşları hizmet, eğitim, araştırma faaliyetlerinin yürütüldüğü kompleks yapılardır. Bu nedenle, sağlık çalışanlarının iş yerinde karşılaştıkları

Detaylı

EK-4 ÖRNEK ÖZGEÇMİŞ. Derece Alan Üniversite Yıl. Biyoteknoloji (ing) Yeditepe Üniversitesi 2007-2009 Biyoloji (ing) Abant İzzet Baysal Üniversitesi

EK-4 ÖRNEK ÖZGEÇMİŞ. Derece Alan Üniversite Yıl. Biyoteknoloji (ing) Yeditepe Üniversitesi 2007-2009 Biyoloji (ing) Abant İzzet Baysal Üniversitesi 1. Adı Soyadı: Sinem Öktem Okullu 2. Doğum Tarihi: 25/04/1984 3. Unvanı: Öğretim Görevlisi 4. Öğrenim Durumu: EK-4 ÖRNEK ÖZGEÇMİŞ Derece Alan Üniversite Yıl 5. Akademik Unvanlar Öğretim Görevlisi Moleküler

Detaylı

ÖZGEÇMİŞ. Derece Alan Üniversite Yıl. Lisans Biyoloji (İngilizce) Fatih Üniversitesi 2003. Ünvan Üniversite Yıl

ÖZGEÇMİŞ. Derece Alan Üniversite Yıl. Lisans Biyoloji (İngilizce) Fatih Üniversitesi 2003. Ünvan Üniversite Yıl ÖZGEÇMİŞ 1. Adı Soyadı: Bora Kazım BÖLEK İletişim Bilgileri Mail: bolekbora@gmail.com 2. Doğum Tarihi: 27.07.1980 3. Ünvan: Dr. (Ph.D.) 4. Öğrenim Durumu: Derece Alan Üniversite Yıl Doktora Yüksek Lisans

Detaylı