MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I. Mikroorganizmaları Klasik ve Moleküler Tanılama Metotları

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I. Mikroorganizmaları Klasik ve Moleküler Tanılama Metotları"

Transkript

1 MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I Mikroorganizmaları Klasik ve Moleküler Tanılama Metotları

2 Taksonomi ve İsimlendirme Sistematik, canlıların çeşitliliğini araştırıp onları sınıflandıran bir bilim dalıdır. Sistematik üç alanda aktivite gösterir. 1- Taksonomi; organizmaların tanımını ve isimlendirilmesini yapar. 2- Filogenetik sınıflandırma; organizmaların evrimsel olarak akrabalık ilişkilerini araştırır. Taksonomi buradan elde edilen bilgiye göre yapılmaktadır. 3- Klasifikasyon elde edilen filogenetik bilgiyi çok sayıda hiyerarşik kademelerden oluşan bir sisteme yerleştirir.

3 Bilimsel Adlandırma Günümüzde kullanılan klasifikasyon sistemi; tür, cins, familya, takım, sınıf, filum (bölüm) ve âlem olarak sıralanırlar. Günümüzde kullanılan isimlendirme sistemi, 1735 ʼ te Linnaeus tarafından bulunmuştur. Bilimsel adlandırma her organizmada 2 ismin kullanılmasıyla tayin edilir. Cins ismi, daima baştadır ve tür ismi onu takip eder. Organizma her iki etiketle belirtilir ve her iki ismin de altı çizilir. Bilimsel isimler diğer canlılar arasında bir organizmayı tanımlar. Bir araştırmacının adını veya türün yaşadığı habitatını belirtebilir.

4 Bilimsel Adlandırma ** Ör: Staphylococcus aureus insan derisi florasında yaşayan bir bakteridir. - Staphylo, hücrelerin düzenli bir demeti anlamına gelir, - coccus hücre şekillerini belirtir. - aureus, altının latincesidir, bakterinin koloni rengini belirtir. ** E. coli bakterisinin cins ismi bir bilim adamının adıdır; Thedor Escherich, coli; ismi bakterinin yaşadığı bağırsağı işaret eder.

5 Günümüzde Sınıflandırma 1978 ʼ de Carl WOESE organizmaların hücresel organizasyonunu temel alan bir sınıflandırma sistemi öne sürdü. Bu sisteme göre bütün organizmalar 3 kısımda incelenmeliydi. 1. Bacteria (Hücre duvarı peptidoglikandan oluşmuş prokaryotlar) 2. Archaea (Peptidoglikandan yoksun prokaryotlar) 3. Eukarya (Protistalar, Mantarlar, Bitkiler, Hayvanlar)

6 Prokaryot organizmaların sınıflandırılması DNA benzerlikleri Filogenetik sınıflandırma Polifazik taksonomi G- C oranı DNA homolojisi Yağ asit profili Metabolik profili Morfolojik- biyokimyasal ve fizyolojik özellikler İmza DNA dizileri

7 Filogenetik Sınıflandırma Filogenetik sınıflandırma; kromozomal DNA benzerlikleri ve dolayısıyla genetik ilişki üzerine temellenir. organizmaların belli bir şekilde kategorize edilmesi, evrimsel ilişkiler temeline dayalı bir soyağacının oluşturulması, Prokaryot organizmaların genetik yapılarına göre filogenetik sınıflandırılmasında; nükleik asit yapılarının araştırılması ve birbirleriyle karşılaştırılması esas alınır.

8 1. DNA baz kompozisyonları Genetik sınıflandırmada araştırılan konulardan birisi organizmaların DNA baz kompozisyonlarıdır. Guanin ve sitozin miktarları belirlenir. guanin+sitozin yüzdesi denilen bir değer elde edilir. Bir organizmanın DNAʼ sındaki guanin ve sitozinin toplam değeri nesilden nesile değişmez. G+C oranları aynı olan organizmaların birbirleriyle akrabalık derecesinin belirlenmesi için DNA homolojisi adı verilen çok daha sıkı bir testten geçirilmeleri gerekir.

9 2. DNA Homolojisi Bir organizmanın DNA baz sırasının, diğer organizmanın DNA baz sırası ile benzerlik göstermesidir. İki bakteri aynı tipte ise bunların DNA baz sıralarının da benzer olması gerekir. DNA homolojisi bakımından; %20-60 aynı cins içerisinde, %60ʼ dan fazla olan fertler ise aynı türün fertleri, bir tür içerisinde kabul edilen fertler arasında bile %40 oranında farklılıklar olabilmektedir. Bu farklılık fenotipe immünolojik, yapısal ve fizyolojik farklılıklar olarak yansır. ırk; Bir tür içerisinde; biyokimyasal ve morfolojik özellikleri farklı, farklı konakçıları enfekte eden ve farklı antikorlara reaksiyon gösteren strainlerdir.

10 3. Yağ Asit Profilleri Yağ Asitlerinin Hangi Özelliği Bu Tanılamayı Sağlamaktadır? Yağ asitleri, hidrokarbon [CH 3 - (CH 2 ) n - COOH] yapısında olan makromoleküllerdir. Fosfolipid, glikolipid, lipopolisakkarit Yağ asitlerinin sayısı, çeşitliliği ve % olarak miktarları organizmalarda farklılık göstermektedir. Bu farklılık ise genetiksel akrabalığı ifade etmede kullanılan bir özellik olmaktadır. FAMEs (Fatty Acid Methyl Esters)=YAMEs (Yağ asidi Metil esterleri)

11 Glikoprotein Kollesterol Glikolipit Yağ asidi Fosfolipit Hücre membranınınyapısı Stoplazma Protein Peptidoglikan Stoplazmik Membran Teikoik Asit Yüzeysel Protein Lipoteikoik Asit G (+) BAKTERİ HÜCRE DUVARI MEMBRAN Dış Membran Peptidoglikan Stoplazmik Membran Lipopolisakkarit Lipoprotein G (-) BAKTERİ HÜCRE DUVARI Periplazmik Bölge

12 Yağ Asitlerinde Çeşitliliği Sağlayan Özellikler C atomlarının sayısı, C atomları arasında oluşan çift bağ sayısı Hangi C atomları arasında çift bağ olduğu C atomlarının hidrojenle doyurulup doyurulmamaları Dallanmış veya tek zincirli olmaları

13 MIS (Microbial Identification System) Genetik olarak aynı olan mikroorganizmaların hücrelerindeki yağ asitlerinin sayısı, çeşitliliği ve yağ asitleri profili aynı olup çevre koşulları stabil olduğu sürece aynı kalmaktadır. Canlıları yağ asiti (YA) profillerindeki farklılıklara göre karakterize eden ve sisteme ait kütüphanesindeki canlılara olan benzerlik ve farklılıkları veren bir sistemdir. MIDI Inc. firması tarafından geliştirilen IDENTIFICATION SYSTEM (MIS) olarak bilinir. bu yöntem MICROBIAL Kütüphanesi sayesinde veriler değerlendirilir ve tanı sonucu alınır.

14 FAMEs Yöntemi Mikroorganizmaların yağ asit profillerinin belirlenmesi amacıyla; - Bakteriler, TSBA katı besiyerine 4 fazlı çizgi ekim yöntemiyle ekilerek 24 saat süreyle inkübatörde inkübasyona bırakılır. Yağ asit metil ester ekstraksiyonu (FAME) yani yağ asidi metil esterlerinin saflaştırılmasında; önce canlı hücreler parçalanarak, yağ asitlerinin serbest kalması sağlanır. Serbest kalan yağ asitlerine ester bağları ile metil eklenerek, yağ asitlerinden yağ asit metil esterler elde edilir. Son saflaştırmalar yapılarak yağ asit metil esterleri içeren faz pastör pipeti ile alınarak 2 ml'lik gaz kromotografi tüplerine transfer edilir ve cihazın örnek tepsisine yerleştirilir. Böylece bilgisayar kontrollü gaz kromatografi sistemi olan Mikrobiyal Identifikasyon Sistemi (MIDI, Inc., Newark, DE) kullanılarak strainlerin yağ asit profilleri belirlenir.

15 MIDI sistemi (GS- MS)

16

17 4. Metabolik Profilleri Mikroorganizmaların metabolik enzimlerinin çeşitliliğine bağlı olarak göstermiş olduğu farklılıklar metabolik profil olarak adlandırılmakta ve mikroorganizma türleri arasında değişkenlik göstermektedir. Bunun en iyi örneği; kullanmış oldukları farklı C kaynakları sayesinde metabolik profillerinde farklılık sergilemeleridir. API, BIOLOG yöntemleri bu amaçla rutin uygulanan yöntemlerdir. Her iki yöntem de mikroorganizmaların kullanmış oldukları C kaynaklarına göre tanı ve karakterizasyon yapmaktadır. Bu amaçla geliştirilen BIOLOG sistemiyle; patojenik mikroorganizmaların tür altı seviyede tanı, mutasyonların enzim yolunda herhangi bir değişikliğe neden olup olmadığının tespiti ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi mümkün olmaktadır.

18 BIOLOG Testi 1. Çalışılan bakteriler BUG+M besiyerine ekilerek geliştirilir. 2. Uygun sıcaklıkta 24 saat inkübasyona bırakılan bakteriler eküvyonla alınarak, içerinde %0.85ʼ lik NaCl bulunan tüplerde süspanse edilir. 3. Turbidimetre ile yoğunlukları ayarlanan mikroorganizma süspansiyonlarından uygun mikroplate üzerindeki her bir çukurcuğa 150 µl eklenerek, 16 saat süreyle uygun sıcaklıkta inkübasyona bırakılır. 4. İnkübasyon sonrası mikroplateler üzerinde gelişen metabolik reaksiyon renklenme şeklinde (mor) gözlenerek test edilen mikroorganizmaların metabolik reaksiyon profilleri biolog kinetik (Program: Biolog MicroLog3 4.20, λ1=405 nm λ2=750 nm) ile okunur. 5. Sistemin paket programındaki bilinen mikroorganizmaların metabolik profilleri, test edilen mikroorganizmaların profilleri ile karşılaştırılarak tanı ve karakterizasyonu yapılır.

19 BIOLOG PLATE

20 BIOLOG sistemi

21

22 5. Signatür (imza) sekansları Signatür (imza) sekansları adı verilen diziler; 16 S ribozomal RNA ların belli bölgelerinde bulunan kısa oligonükleotitlerdir ve belirli bir organizmanın veya ilişkili organizma grubunun teşhisi için çok seçicidir. (urokaryot hücreler), eubacteria ve archaeobacteria gibi hücrelerin her birisinin kendisine özel 16 S rrna nükleotid sıraları vardır. Bu temel hücre tiplerinin belirlenmesinden sonra; canlılar âlemi üç temel hücre tipine göre üç âlem şeklinde sınıflandırılmıştır. Bu sekanslar ile yapılan sınıflandırma aynı zamanda endosimbiyont teorisini de desteklemektedir. Bu hücre tiplerinin Sinyal dizileri; özel filogenetik probların oluşturulmasında kullanılabildiği gibi, FlSH veya mikrobiyal topluluk analizleri için de kullanışlıdır.

23 Determinatif Sınıflandırma Determinatif sınıflandırma; daha çok gözlenebilen özelliklere göre yapılmaktadır. Bu özellikler; morfoloji, gram reaksiyonu, beslenme şekli, hücre duvarının kimyasal özellikleri vb. gibi klasik yöntemelere dayalı sınıflandırma olarak bilinir.

24 Mikrobiyoloji de Tanı Yöntemleri : minyatu rize biyokimyasal identifikasyon yo ntemlerinin (cȩs itli sıvı veya katı besiyerlerine saf ku ltu rler inokule edilip inku be edilir ve enzim- substrat ilis kisine bag lı olus an renk degĭs imi ya da gaz olus umu ile bakteri) gelis imi, : immunolojik testlerin gelis imi, : moleku ler sistemlerin ve polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) uygulanması, : dizi sekanslama, hibridizasyon, biyosenso r ve mikroarray gibi sistemlerin gelis imi

25 TANI YÖNTEMLERİ Klasik Yöntemler Moleküler yöntemler Morfolojik Fizyolojik Patolojik Biyokimyasal vb.

26 1. Konvensiyonel (Klasik Testler) I. Morfolojik testler a. Hücre ve koloni morfolojisi b. Hareketlilik testi II. Fizyolojik Testler O 2, sıcaklık, ph, tuzluluk istekleri vb. III. Patolojik Testler Hastalık yapma yeteneğinin tespiti IV. Biyokimyasal testler a. Oksidaz testi b. Potasyum hidroksit (KOH) testi c. Katalaz testi d. Arginine dehydrolase testi e. Levan (Fructan) testi f. Nitrat üretimi testi g. Amilaz testi h. Üreaz testi i. Floresan pigment testi j. Pektolitik aktivite testi vb.

27 Klasik Yöntemin Dezavantajları Nelerdir? Bakterilerin geleneksel olarak morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre sınıflandırılmaları, strainler arası farklılıklar ile tür ve tür altı taksonomik gruplarını belirlemede yetersiz kalmaktadır. Sadece fenotipik özellikler hakkında bilgi verir. Klasik testlerin uzun süreli deneylere, fazla iş gücüne, tecrübeli ve yetişmiş araştırmacılara ihtiyaç oluşturması, ekonomik olmaması ve alınan sonuçların yorumlara açıklığı gibi birçok dezavantajları bulunmaktadır. Klasik yöntemlerin bu tür dezavantajlarını ortadan kaldırmak amacıyla mikroorganizmaların tanısında moleküler yöntemler geliştirilmiştir.

28 2. Moleküler yöntemler Moleküler yöntemler; karbonhidratları, lipidleri, proteinleri ve genetik materyalleri (DNA ve RNA) çalışma materyali olarak kabul etmekte ve bunlardan birinin veya kombinasyonlarının kullanımıyla mikroorganizmaların tanı ve karakterizasyonunu gerçekleştirilmektedir. Mikroorganizmaların tanımlanması ve sınıflandırılması amacıyla birçok fenotipik ve genotipik metot uygulanmakta olup, bu metotların her biri sırasıyla cinsten, türe, alt türe, biovara kadar belirli oranlarda filogenetik sınıflamaya imkan sağlamaktadır. DNA temelli metotlar, mikropların tanılanması ve sınıflandırılmalarında daha uygun ve pahalı olmayan, evrensel olarak uygulanabilen, oldukça güvenilir ve basit metotlardır.

29 2. Moleküler yöntemler Moleküler teknikler, hızlı sonuç vermesi, güvenilir olması, kolay uygulanabilirliği ve çok sayıda mikroorganizmanın tanısına imkan sağlamasından dolayı hemen hemen tüm tanı ve araştırma laboratuvarlarında yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Canlı organizmaları meydana getiren makromoleküllerin içeriklerine, çeşitliliklerine ve oranlarına bağlı olarak elde edilen farklılıklardan hareket edilerek oluşturulmuştur. Lipidler (MIS- FAMEs) Karbonhidratlar (API, BIOLOG) Proteinler (Serolojik testler, SDS- PAGE) Genetik Materyal (DNA- RNA)

30 Nükleik Asitlere Dayalı Moleküler Tanı Teknikleri DNA Baz Kompozisyonu (G+C oranı) Hibridizasyon Teknikleri Baz Sekanslama Analizi (Dizi Analizi) PCR Yöntemi LFRFA-RFLP AFLP Fingerprinting (Genomik parmak izi analizi)

31 Genotipik özelliklerine göre tanıda; DNA homoloji denemeleri ve 16S rdna dizi analiz yöntemi mikroorganizmaların sınıflandırılmasında önemli bir rol oynarken, taksonomik veya filogenetik seviyede tanılanmamış olan bakterileri sınıflandırmada yeterli değildir. Tür tanısında DNA dizi analizi, hibridizasyon yeterli olabilirken, Tür içindeki çeşitliliğin ortaya çıkarılmasında bunlardan ziyade dört farklı genomik parmakizi analiz yöntemi daha kullanılır. 1. LFRFA (Low- frequency restriction fragment analysis) 2. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 3. PCR- RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) 4. PCR a dayalı genomik parmak izi analizleri

32 Karry Mullis, Saiki et al. ve PCR 1988ʼ de Thermus aquaticus bakterisinden yüksek sıcaklıklara dayanıklı olan Taq DNA polimeraz enziminin izolasyonu ve bu enzimin DNA amplifikasyonunda kullanılmasıyla PCR ʼ ın uygulanabilirliği artmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu; bakteri, viru s, fungus, parazit ve protozoon gibi hastalık etmenlerine ait hedef nu kleik asit zincirlerinin, primerler (o zgu l tamamlayıcı oligonu kleotitler) ile ısıya dayanıklı enzimleri kullanarak laboratuvar ortamında c ogăltılmasını sag layan o zgu n ve gu venilir bir yo ntemdir. U zerinde c alıs ma yapılan genetik materyal, c ok az sayıda ve hatta birc ok ilgisiz DNA moleku llerinin arasında olsa bile c ogăltılabilir, homojen bir DNA materyali haline getirilebilir ve boÿleliklekolayca tanımlanabilir.

33 PCR PCR tekniği günümüzde, temel moleküler biyolojik araştırmalarda, klinik tıpta, analık babalık tayininde, tıbbın diğer kollarında, in vitro şartlarda çoğalabilen veya çoğalamayan patojen mikroorganizmaların neden oldukları hastalıkların tespitinde, tohum saflığının belirlenmesinde, doğadaki çeşitli canlı türlerinin tanısında, türler arasındaki polimorfizmin belirlenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. PCR a dayalı; imza sekanslarının çoğaltılması, RFLP, AFLP, genomik parmak izi analiz yöntemleri, sekanslama vb.

34 Genotipik özelliklerin araştırıldığı moleküler yöntemler 2 temel esasa dayandırılır. 1. Her mikroorganizmanın genomunda çok iyi korunmuş, sadece o mikroorganizmaya özgü dizilerin bulunması 2. Bu iyi korunmuş diziler içinde türden türe göre değişiklik gösteren daha küçük dizilerin bulunmasıdır. Türler arasındaki polimorfizm; imza sekansları, ERIC, REP, BOX, (GTG) 5

35 BOX PCR Elektroforez Sonuçları. M: Marker REP PCR sonuçlarına göre cluster analizi

36 HİBRİDİZASYON TEKNİKLERİ Hibridizasyon teknikleri; patolojik materyallerde (doku, organ, hücre kültürü) hastalık ajanlarının genetik maddelerini işaretli problar yardımıyla tespit etmeyi amaçlamaktadır. Bu sebeple bu yöntemler prob hibridizasyon yöntemleri olarak da tanınır. Southern Blot Hibrizidasyon, Nouthern Blot Hibridizasyon, İn Situ Hibridizasyon, Dot Blot Hibridizasyon olarak 4 çeşittir.

37 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) Geleneksel jel elektroforez yo ntemleri, DNA o rneklerinin katı matrikse (agaroz ya da poliakrilamit) yerlesţirilmesi ve jel ic indeki moleku llerin statik elektrik alanında go c ettirilmesidir. DNA moleku lleri bu elektrik alanında uzayıp bir hizaya girer ve anota dog ru go c eder. Bu olaya su ru nme denir. DNA nın jelde go c u ne etki eden bir dizi parametre vardır: jelin yog unlugŭ ve icȩrigĭ, tampon c o zelti, sıcaklık ve elektrik alanının voltaj farkı. Standart yo ntemli DNA elektroforezinde, 20kb dan buÿu k DNA moleku lleri elektrik alanında aynı hareketliligĭ go sterdig inden DNA moleku lleri arasındaki farkı go rmek imkansızdır. Bu buÿu k kesitleri c o zmeye yo nelik ilk giris imler, du s u k yogŭnlukta agaroz jel ve du s u k voltaj farkının kullanımıdır. Bu uc kos ullar altında bile buÿu k DNA moleku llerinin birbirinden ayrılması zordur yılında David Schwartz yeni bir teknik o nermis tir. O nerisine go re elektrik alanının yo nu nu du zenli olarak degĭsţirmek, ilk elektrik alanının ortadan kalkmasından dolayı jel ic indeki DNA moleku llerini gevs emesine ve yeni alanda uzayarak hizaya girmesine neden olacaktır. Darbeli alan jel elektroforezi ilk kez 1982 de isļevsel hale getirilmis ve bu tarihten itibaren bu yu k DNA moleku llerini ayırmak ic in c oklu elektrik alanlarını kullanan c es itli aygıtlar gelisţirilmisţir. Tu m sistemler DNA moleku llerini aynı boyutta ayırır, ancak ayırma hızı ve netlig inde farklılıklar vardır.

38 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) Sistemin dog ru s ekilde anlas ılması ic in bazı terimlerin bilinmesinde yarar vardır ki bunlar s u s ekilde sıralanabilir; Darbeli Alan (Pulsed Field): Alternatif olarak birden fazla elektrik alanı kullanan herhangi elektroforez isļemi Degĭs im Aralıg ı (Switch Interval): Alternatif alanların etkin oldugŭ zaman Yeniden Yo nlendirme Ac ısı (Reorientation Angle): I ki alternatif elektrik alanı arasındakidar ac ı Alan Do nu s u mu (Field Inversion): I ki alternatif alanın birbirinin kars ısında yo nlendirildigĭ PFGE sistemleri Voltaj Farkı (Voltage Gradient): Jele uygulanan elektrik potansiyeli Homojen Alan (Homogenous Field): Tu m alan boyunca tekdu zepotansiyelfarkıolan elektrik alanı

39 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) Buÿu k DNA c ok kırılgandır ve yu ksek viskozitesinden dolayı genellikle pipetlenmesi zordur. Bu nedenle DNA nın PFGE ic in hazırlanması, standart DNA hazırlama yo ntemlerine go re biraz daha farklıdır. Kromozomal DNA o nce agaroz dolguların ic ine go mu lu r ve bu dolgular proteinlerin sindirilip geriye yalın DNA'nın kalması ic in enzimler ile muamele edilir. Bu dolgular daha sonra belli boyutlarda kesilip restriksiyon enzimleri ile muamele edildikten sonra jeldeki ku c u k kuyulara aktarılır ve agaroz ile oldukları konuma sabitlenir. Kosţurulan jelde voltaj farkı elektroforezlenen o rneg in boyutuna go re du zenlenmis olmalıdır. Daha buÿu k DNA o rnekleri jel u zerinde du zgu n ilerleyebilmek ic in daha du s u k voltaj farkına ihtiyac duyar. Agaroz secȩrken de o rnek boyutunun unutulmaması gerekir. EEO (elektroendoozmoz) agaroz, moleku ler biyolojide 2,5 Mbc 'den buÿu k moleku llerin ayrılabilmesi ic in sertifikalandırılmıs tır. Digĕr yandan, darbeli alan agarozlarının kosţurma su resi daha az oldug undan buÿu k moleku ller ic in daha uygundur. Jelde DNA'nın hareketliligĭni etkileyen bir parametre de sıcaklıktır. Sıcaklıgĭ arttırmak daha fazla harekete yol ac ar. Bu nedenle C en c ok kullanılan sıcaklık aralıgĭdır. Buna ilaveten DNA'nın, iyonik gu cu du s u k tampon c o zeltiler ic inde daha hızlı yol aldıg ı da go z o nu ndebulundurulmalıdır.

40

41

42 Sinyal Dizileri, Filogenetik Problar ve Mikrobiyal Topluluk Analizleri Ribozomal RNA dizilerinin bilgisayar analizleri, belirli grup organizmalara özgü kısa oligonükleotitler olarak bilinen sinyal dizilerini ortaya çıkarmıştır. Hücresel yaşamın her bir domaini için spesifik sinyal dizileri vardır. Bir domain içerisindeki spesifik bir grubu veya bazı durumlarda belirli bir cinsi ve hatta tek bir türü tanımlayan sinyaller olduğu bilinmekte olup, bu sinyaller sıralanmış dizileri bilgisayarda denetleyerek de belirlenebilir.

43 Yaşamın 3 domainini tanımlayan 16S veya 18S rrna daki sinyal dizileri.

44 Sinyal Dizileri ve Filogenetik Problar Prob, bir karışımdaki nükleik asit dizisine komplementer dizi taşıyan, etiketlenebilen ve hibridize olabilen bir nükleik asit zinciridir. Problar genel veya spesifik olabilir. Domaini ne olursa olsun tüm organizmalardaki ribozomal RNA'ların korunmuş dizilerine bağlanan evrensel ribozomal RNA probları sentezlenebilir. Bunun aksine sadece Bacteria domainine ait türlerin hücrelerinde bulunan RNA'lara özgü sinyallerle reaksiyona girebilecek özel problar da dizayn edilebilir. Benzer şekilde archaealara ve eukaryatlara özgü problar da sadece Archaea ve Eukarya türleri ile reaksiyona girecektir.

45 Filogenetik Problar ve FISH Cins veya familya gibi bir domain içerisindeki belirli temel gruplar bile özel problar ile hedeflenebilmektedir. Prob floresan bir boya ile işaretlendiğinde, probun hücresel ribozomlara bağlandığı mikroskobik olarak görülebilir. Hücreleri uygun reaktiflerle muamele ettiğimizde, membran geçirgen hale gelir ve prob/boya karışımının hücre içine girişine izin verir. Probun direk olarak ribozomlardaki ribozomal RNA ile hibridizasyonundan sonra, hücreler benzer şekilde floresan özellik kazanır ve bir floresan mikroskobu altında incelenebilir.

46 Filogenetik Problar ve FISH Kısa adı FISH olarak bilinen bu tekniğe floresan in- situ hibridizasyon denilip, kültüre edilmiş veya doğal ortamlarındaki hücrelere direk olarak uygulanabilir ("in situ" terimi "ortamın içerisinde" anlamına gelir). Kısacası FISH filogenetik bir boyadır. FISH ekolojide mikroskobik teşhiste ve organizmaları yaşam ortamlarında direk olarak izlemek amacıyla kullanılabilir. FISH aynı zamanda mikrobiyal toplulukların komposizyonunu direk olarak mikroskop ta belirlemede kullanılan bir yöntemdir Klinik tanıda, hasta numunelerinden spesifik patojenlerin hızlı teşhisi amacıyla kullanılmaktadır. Bu teknik, kültüre edilmiş bir organizmaya ihtiyaç duyar.

47 Floresan etiketli ribozomal RNA probları: Filogenetik boyalar, (a) Bacillus megaterium hücreleri ile Saccharomyces cerevisiae nın faz- kontrast fotomikrografı (prob kullanılmamıştır). (b) Aynı alanda hücreler san- yeşil bir evrensel rrna probu ile boyanmıştır (bu prob herhangi bir domaindeki bir türle reaksiyona girer), (c) Aynı alan eukaryatik bir prob ile boyanmıştır (sadece S. cerevisiae hücreleri reaksiyona girer). B. megaterium hücreleri yaklaşık 1.5 mikrometre ve S. cerevisiae hücreleri ise yaklaşık 6 mikrometreçapındadır. Aktive edilmiş bir atık su granülünde, nitrifikasyon yapan bacterileri görünür hale getirmek için filogenetik boyaların kullanımı.

48 MLST (Multi Locus Sequence Typing) Birinci kuşak yöntemler q Plazmid analizi q Restriksiyon enzim analizi İkinci kuşak yöntemler q Genomik DNA izolasyonu, restriksiyon ve Southern Blotting Üçüncü kuşak yöntemler q RAPD q PFGE HÜCRE Dördüncü kuşak yöntemler q MLST q Mikro satellit analizi q Mantar hücresi

49 MLST (Multi Locus Sequence Typing) Her yapısal (housekeeping) gen için bakteri türlerindeki farklı diziler farklı alellerde bulunmaktadır. Her izolat için lokuslardaki aleller, alellik profili ve sekans tipini belirler. Birçok lokusun tiplendirilmesi Çeşitli yapısal (housekeeping) genlerin internal parçalarının DNA dizileri Her genin bp internal parçaları

50 MLST (Multi Locus Sequence Typing) Hem ribozomal RNA dizilemesi hem de ribotiplendirmedeki kısıtlamalardan biri de, analizlerin sadece tek bir gen üzerine odaklanmasıdır. Çok lokuslu dizi tiplendirmesi (MLST), bu sorunun üstesinden gelir ve bir tür içerisindeki suşların karakterizasyonunda kullanılan yararlı bir tekniktir. MLTS, bir organizmadaki "yaşamsal faaliyetleri kodlayan" (housekeeping) altı yedi adet gene ait parçaların dizilimleri ile aynı organizmanın farklı suşlarındaki özdeş gen gruplarını karşılaştırılmasını içerir. Bu genler, hücrenin temel fonksiyonlarını kodlamakta ve plazmitlerden ziyade kromozomlar üzerinde yerleşmektedir. Her bir gen için yaklaşık olarak 450- bç'lik dizi PCR ile çoğaltılır ve dizilenir. Daha sonra karşılaştırmalı dizileme verileri bir dendogram ile ifade edilir.

51 MLST (Multi Locus Sequence Typing) MLST çok yakın akraba suşları bile ayırt edebilme gücüne sahiptir. Bu nedenle organizmaları tür seviyesine kadar tanımlamada, rrna dizilemesine göre çok daha iyi bir yöntemdir. MLST organizmaları tür seviyesinin üzerinde karşılaştırmak için uygun değildir. MLST şimdiye kadar belirli bir patojenin suşlarını ayırt etmek için klinik mikrobiyolojiye önemli bir katkıda bulunmuştur. MLST aynı zamanda epidemiyolojik çalışmalarda da oldukça yararlıdır.

52 Ribotiplendirme ve çok lokuslu dizi tiplendirmesi (MLST). (a) Dört farklı laktik asit bakterisinin ribotiplendirme sonucu. Her bir bakterinin tek kolonisinden izole edilen DNA'ya ait restriksiyon enzim kesimlerinin bir türe hatta bir tür içerisindeki suşlara özgü 16S rrna genleri ile problanması sonucu oluşan DNA fragmetlerinin deseni. Bilinen organizmalarla beraber jelde görüntülenen desenler numaralandırılır ve çevresel veya klinik izolatlann teşhisinde karşılaştırmak amacıyla bir veri tabannda saklanır. Bantların yerlerindeki değişiklikler ve bant yoğunluğu teşhiste önemlidir. (b) Çok lokuslu dizi tiplemesindeki (MLST) basamakları.

53 MLST (Multi Locus Sequence Typing) MLST yaklaşımı, korunan çoklu gen lokuslarındaki farklılıkları hedeflemede MLEE(Multi locus enzyme electrophoresis) nin gösterdiği başarıya dayanmaktadır. Bununla beraber bu farkın MLST ile kesin olarak tanımlanması, gen kesitlerindeki nükleotit dizilimlerinin saptanmasıyla mümkün kılınmıştır. Nükleotit diziliminin avantajı, sonuçlarının kolayca onaylanabilmesi, saklanabilmesi ve elektronik olarak paylaşılabilmesidir. MLST için gerek duyulan örnekler, uygun ambalaj içinde olması koşuluyla taşınmasında herhangi bir problem ortaya çıkarmayan DNA dizileri veya ölü hücre süspansiyonudur. Ayrıca hazırlanan örnekler, posta yoluyla bir laboratuvardan diğerine kolaylıkla gönderilebilir. Bu durum, MLST nin diğer bir avantajıdır.

54 MLST (Multi Locus Sequence Typing) Protokoller ve primer dizilimleri elektronik olarak dağıtılabilir ve tercih edilen MLST parametreleri kolaylıkla otomatize edilebilir. MLST; korunan 7 temel gen (housekeeping gene) içindeki belirli kısımlar kullanılarak, bakteri izolatlarının tanımlandığı güvenilir bir yöntemdir. Her bir genin iç kısmında yaklaşık baz çifti (bç) büyüklüğündeki parçalar, otomatik DNA dizilimleyicisi aracılığıyla iki iplikçik yönünden de doğru bir şekilde dizilimlenerek kullanılır. Bakteri türündeki farklı dizilimler, her bir korunan temel gen için farklı alleller olarak atanır ve her bir izolat için 7 lokustaki alleller, allellik profili ya da dizilim analizini tanımlar. MLST de alleller arasındaki nükleotit farklılıklarının sayısı gözardı edilerek, bu farklılıkların tek bir nükleotid alanında mı yoksa birkaç alanda mı meydana geldiği göz önünde bulundurulur ve farklı allel numaraları verilir. Buradaki mantık, yeni bir allel oluşumuna neden olan tek bir genetik olayın nokta mutasyonu ya da sonradan meydana gelecek olan allelden çok orjinal allelle ilişkili olan yeniden birleşim anındaki yer değişimi ile meydana gelmesidir.

55 MLST (Multi Locus Sequence Typing) İzolatların bu yöntemle incelenmesi için önce polimeraz zincir reaksiyonundan faydalanılır. Sonuç, elde edilen PCR ürünlerinin çoklu lokus dizilim analiziyle elde edilir. Tüm potansiyel lokuslar için çeşitli kriterler kullanılmaktadır. Bunları içeren genler, DNA onarımı, replikasyonu ve amino asit sentezi için önemli olan temel ürünleri kapsamaktadır.

56 Yeni bir MLST sisteminin düzenlenmesinin üç yolu vardır: Ø Başlangıç değerlendirmesinde kullanılacak izolatların seçimi, Ø Karakterize edilecek genetik lokusların seçimi, Ø Gen yükseltilmesi ve nükleotit dizilim tespiti için primerlerin dizaynıdır.

57 MALDI- TOF (Matriks Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight Matriks Destekli Lazer Desorpsiyonu/Iẏonizasyonu - Uc us Su resi) Matriks destekli lazer desorpsiyonu/iyonizasyonu (MALDI); proteinler, peptitler ve sȩkerler gibi biyomoleku llerin ve eski iyonizasyon yo ntemleriyle iyonize edildig inde kırılıp parc alanmaya eg ilimli olan polimerler, dendrimerler gibi buÿu k organik moleku llerin analizine olanak sag layan, ku tle spektromektresinde kullanılan hassas bir tekniktir. Bu yo ntem her ne kadar daha az yu klu iyonların meydana gelmesine neden olsa da hem hassasiyet hem de u retilen iyonlar ac ısından en c ok elektrosprey iyonizasyonuna benzemektedir. Lazer ıs ımasıyla iyonizasyonun sag lanması ic in genellikle nitrojen lazer kullanılır. Dog rudan lazer ıs ımasının biyomoleku le verecegĭ zararın engellenmesi, buharlas ma ve iyonlas ma, matriksle sag lanır.

58 Kuẗle Spektrometresi ile Tür Tayini Ku tle Spektrometresi numunenin temel icȩrigĭnin belirlenmesinde kullanılan analitik bir tekniktir. MS prensibi yu klu moleku ller olusţurup onların ku tle yu k oranını o lcȩrek kimyasal biles igĭn iyonizasyonu esasına dayanır. Dog rudan koloniden MALDI- TOF mass spectrometry (Matrix Assisted Laser Desorption / Ionisation - Time of Flight) ile bakteri/maya/mantarların hızlı tanımlanması. Ku tle Spektrometresi VITEK MS ile tanılama GC- MS (MIDI) ile tanılama

59

60

61 MALDI- TOF Spektrumlar mikroorganizmaların tanımlanmasında kullanılmaktadır. Iṅcelenmek istenen mikroorganizmaya ait koloni dog rudan hedef noktasının u zerine yayılır ve matriksle kaplanır. Meydana gelen ku tle spektrumları, ilgili yazılımla incelendikten sonra kayıtlı profillerle kars ılasţırılır. Tu rlerin bu teknik ile tanımlanması, gu nu mu z standart immu nolojik ve biyokimyasal yo ntemlerden daha gu venilir ve ucuz olmasından kaynaklanmaktadır (Seng vd. 2009).

62

63

64

65

66

67 MALDI- TOF

68 16S ve 18S rrna

69 RNA NIN ÖZELLİKLERİ RNA genellikle tek zincirlidir, daha esnek bir yapıya sahiptir ve daha kompleks ve çeşitlilik gösteren 3 boyutlu yapılar oluşturur. Bir RNA zinciri kıvrılabilir ve kendi bazlarıyla çift oluşturabilir. Bu molekül içi baz eşleşmesi RNA nın biçimini ve şeklini belirler. RNA nükleotidlerinde riboz şekeri taşır. Adından da anlaşılacağı gibi iki şeker arasındaki tek fark 2. C atomuna bağlı oksijenin olup olmamasıdır. Tek bir DNA zinciri gibi RNA zinciri de şeker- P omurgasından oluşur ve bazlar kovalent olarak ribozun 1 C atomuna bağlıdır. DNA da olduğu gibi şekerin 3-5 fosfodiester bağıyla nükleotidlereklenir. RNA, DNA dan farklı ama proteinlere benzer biçimde önemli biyolojik reaksiyonları katalizler. Enzim gibi çalışan bu RNA moleküllerine ribozimadı verilir.

70 Hücresel yaşam formlarının RNA yaşam formlarından evrimleştiğini gösteren muhtemel senaryo. Kendini eşleyen RNA'lar, lipoprotein kesecikleri içerisine daimi olarak yerleşip hücresel yapılar haline gelebilirler. Zamanla RNA'nın katalitik işlevini proteinler devralmış ve RNA'nınkodlama fonksiyonudna ile yer değiştirmiştir.

71 rrna rrna'ları kodlayan genler, translasyonel sistemdeki temel bileşenler, ATPaz proteinleri, ATP sentezleyen veya hidrolizini yapan enzim kompleksleri, genetik rekombinasyona yardımcı olan RecA enzimi ve belirli translasyonel proteinler mikroorganizmalar hakkında en çok kabul edilebilir filogenetik bilgiyi edinmemizi sağlamışlardır. Ribozomal RNA'lar, onların mükemmel evrimsel kronometreler olmasını sağlayacak çeşitli özellikleresahiptirler. Ribozomal RNA'lar, oldukça büyük, işlevsel olarak sabit, evrensel olarak yaygın moleküller olup, tüm hücrelerde nükleotid dizisinin korunduğu çok sayıda bölge içerirler. ProkaryotIarda büyüklükleri 5S, 16Sve 23S ("S", "Svedberg'i simgeler ve bir partikülün santrifüj edildiğinde çökmesini esas alan bir kütie ölçüsüdür) olan üç çeşit ribozomalrna molekülü vardır.

72 Ökaryot Hücrelerde Bulunan RNA Polimerazlar Polimerazın Tipi Transkribe ettiği genler RNA polimeraz I 5.8S, 18S ve 28S rrna genleri RNA pol II RNA poliii Tüm protein kodlayan genler, snorna genleri ve bazı snrna genleri trna genleri, 5S rrna genleri, bazı snrna genleri ve diğer küçük RNA genlerinin sentezi

73 Prokaryothücrelerde mrna sentezi. Ökaryot hücrelerde mrna sentezi.

74 Neden 16S rrna Geni? Fonksiyonel olarak korunmuştur ve tüm bakterilerde bulunur. Uygun büyüklüktedir (~1550 bç). Üzerinde iyi korunmuş ve heterojen bölgeler içerir. PCR primerleri oluşturulabilir. Cins/tür düzeyinde ayrım sağlar. Yeterli veri tabanı vardır.

75 16S ve 18S rrna 16S rrna prokaryotlarda ribozomların küçük alt birimi olarak görev yapan büyük polinükleotidler (yaklaşık 1550 baz) olup, dizilimi evrimsel bilgi edinilmesinde kullanılır. Ökaryotik karşılığı 18S rdna dır.

76 Thermus thermophilus 30S alt birimi atomik yapısı. Proteinler, mavi ve turuncu tek RNA sarmalı gösterilmiştir.

77 (a) Escherichia coii'nin 70S ribozomunu gösteren elektron mikrograf (b) Ribozomun kısımları; 5S, 16S ve 23S ribozomun küçük alt birimindeki farklı RNA formlarını ifade eder. (c) 16S ribozomal RNA'nın (rrna) primer ve sekonder yapısı. Bu Escherichia coli'ye (Bacteria) ait 16S rrna'dır; Archaea nın 16S rrna'lan bütün sekonder yapıya (katlanma) benzerlik gösterir, ama primer yapılarında (dizi) çok sayıda farklılık vardır. 16S rrna nın eukaryatlardaki benzeri sitoplazmadabulunan 18S rrna'dır. Ribozomal RNA elektron mikrogrofu.

78 16S rrna siteleri ve rrna fonksiyonları

79 18S Ribozomal rrna'lardan 28S, 5.8S ve 18S rrna'lar, tek bir RNA molekülünün işlemden geçmesi sonucu oluşur. Memelilerde bu öncül rrna (pre- rrna) 45S büyüklüğündedir, bunun başından ve sonundan birer parça, iç kısmından da iki parça çıkınca kalan parçalar 28S, 5.8S ve 18S büyüklüğünde olur. Bu işlemden sonra 5.8S rrna ve 28S rrna birbirlerine hidrojen bağlarıyla bağlanırlar.

80 18S Büyümekte olan hücreler pek çok ribozoma gerek duyduklarından çok sayıda rrna sentezlemek durumundadırlar. Bu yüzden genomda çok sayıda rrna geni bulunur. 45S rdna geni, her biri tekrardan oluşan (kromozom 13, 14, 15, 21 ve 22'de) beş küme halindedir. Bunların transkripsiyonu RNA polimeraz I tarafından yapılır. 5S rrna'nın transkripsiyonu ise RNA polimeraz III tarafından yapılır. 5S rrna, gen tarafından kodlanır, bunlar da art arda dizilmiş tekrarlardan oluşur. Bu tekrar kümelerinden en büyüğü kromozom 1q (41-42)'dedir. 28S, 5.8S ve 18S rrna'ları çekirdekçikte sentezlenir, 5S rrna'sı ise çekirdeğin farklı bir bölgesinde sentezlenir.

81 YENİ TÜR TEŞHİSİ 16S rrna dizisinde, diğer tüm organizmalardan %3 ten fazla farklılık gösteren bir prokaryotun (veri tabanındaki diğer tüm dizilere %97 den daha az benzerlik gösteren) yeni bir tür olduğu düşünülmektedir. Bu öneriyi destekleyen en önemli gözlem, 16S rrna dizisinde %97 den daha az benzerlik gösteren iki prokaryotun genomik DNA larının genel olarak %70 ten daha az hibridize olmasıdır. Minimal bir değer bulunduğunda ise iki mikroorganizmanın aynı tür oldukları düşünülür. 16S dizisi diğer tüm organizmalardan %3 ten fazla farklılık gösteren bir organizma, DNA hibridizasyon kriterine göre yeni bir olarak kabul edilse de, rrna dizisi çok benzediği hatta bire bir olduğu bazı organizmalarda da oldukça farklı bir genoma sahip olabilirler. Bu nedenle, SSU dizilemesi sonunda %97 den fazla dizi benzerliği görülen durumlarda, genomik hibridizasyon yeni türlerin tanımlanması için önemli bir taksonomik araçtır.

82 (a) Test edilen organizmanın DNA'sı izole edilir. DNA'lardan biri etiketlenmiştir (Organizma l'in DNA'sında radyoaktif fosfat olarak gösterilmiştir), (b) Hibridizasyon deneyi. Etiketlenmiş DNA nın kendi kendine tekrar birleşmemesi için ortama fazla miktarda etiketlenmemiş DNA eklenir. Hibridizasyonu takiben, sadece hibridize olmuş DNA'daki radyoaktiviteyi ölçmek için, hibridize olmamış DNA ortamdan uzaklaştırılır, (c) Sonuçlar. Kontroldeki radyoaktivite (Organizma 1 'in DNA'sı kendisi ile hibridize edilir) %100 hibridizasyon değeri olarak kabul edilir. Taksonomik bir araç olarak genomik hibridizasyon.

83 rrna Dizileri rrna dizilerine ait çok geniş bir veri tabanı mevcuttur. Örneğin Ribozomal Veri Tabanı Projesi (RDP) şu an sayısı 'i aşan bu tür dizilere ait çok büyük bir kolleksiyona sahiptir. SSU rrna'ların filogenetik bir araç olarak kullanımına, 1970'lerde Illinois Üniversitesinden CarI Woese öncülük etmiştir. EukaryatIarda ise dizileme çalışmaları, işlevsel olarak benzer fakat biraz daha büyük olan 18S molekülü üzerine odaklanmıştır. 16Sve 18S rrna'ları ribozomun küçük alt biriminin (30S veya 40S) bir parçası olduklarından, SSU (küçük alt birim) dizilemesi, 16S veya 18S dizilemesi ile eş anlama gelmektedir. Ribozomal RNA dizilerinin karşılaştırılması, organizmalar arasındaki evrimsel ilişkinin belirlenmesinde kullanılabilir.

84 rrna Dizileri Ribozomal RNA dizilerinin elde edilmesi ve filogenetik ağaçların oluşturulması, moleküler biyoloji ve bilgisayar analizlerinin beraber yürütülmesi sonucu şu an oldukça rutin hale gelmiştir. Yeni bulunan diziler, RDP'deki veya GenBank (Amerika), DDBS (Japonya) ve EMBL (Almanya) gibi diğer genetik veri tabanlarındaki mevcut dizilerle karşılaştırılabilir. SSU rrna dizilerinin karşılaştırılmasında, saf bir mikroorganizma kültürü ile çalışılabileceği gibi mutlaka saf kültürle çalışmak da şart değildir. İşleme başlamak için PCR kullanılarak genomik DNA'dan 16S ribozomal RNA'yı kodlayan gen çoğaltılır. Daha sonra PCR ürünü ddna dizileme metodu (Sanger dizilemesi) ile dizilenir. Ham dizi verileri, daha önce sıralanmış dizilerle bir dizi editörü yardımı ile sıralanır. rrna'ların hepsi tamamen aynı uzunlukta değildir. Bu sebeple sıralama esnasında bir dizinin diğerinden daha kısa olduğu bölgelerdeki gerekli boşluklar doldurulmalıdır.

85 rrna Dizileri Sıralanmış diziler daha sonra bir ağaç oluşturma programına taşınarak karşılaştırmalı analizleri yapılır. En çok kullanılan ağaç oluşturma algoritmaları uzaklık ve parsinomidir. Uzaklık metodu kullanıldığında, diziler sıralanır ve sonra bilgisayar kayıtlarında dizi verilerinin her bir pozisyonundaki farklılıklar belirlenerek evrimsel uzaklık (E D ) hesaplanır. Filogenetik analizlerde kullanılan diğer popüler yöntem ise parsinomidir. Parsinomi, evrimsel yayılış esnasında ortak bir atadan iki farklı nesile ayrılmak için meydana gelmesi gereken minimum miktardaki dizi değişikliklerinin hesaplanması temeline dayanan evrimsel ağaçlar oluşturur.

86 16S rrna dizileri kullanılarak filogenetik uzaklık ağaçlarının hazırlanışı. Örneklemek amacıyla sadece kısa diziler gösterilmiştir. Evrimsel uzaklık ED (b) herhangi iki organizmadaki benzer olmayan dizilerin yüzdesi şeklinde hesaplanır. Düzeltilmiş ED, orjinal genotipte oluşabilecek geri mutasyonlar veya aynı bölgede oluşabilecek ileri mutasyonlar hesaba katmak için gerekli istatistiksel bir düzeltmedir. Ağaç (c) veriye en çok uygunluk gösteren bilgisayar analizi ile oluşturulmuştur, (d) Yelpaze şeklinde veya iki parçaya ayrılmış şekilde olan farklı biçimdeki filogenetik ağaçlar. Her iki biçimde de herhangi iki organizmayı ayıran dalların toplam uzunluğu, evrimsel uzaklık ile doğru orantılıdır.

87 rrna ların Uygulanma Aşamaları 1.DNA Ekstraksiyonu 2.16S rrna PCR 3.Pürifikasyon 4.Sekans döngüsü 5.Pürifikasyon 6.Sekans analizi 7.Elektroferogramların değerlendirilmesi 8.Verilerin yorumlanması

88 1. DNA Ekstraksiyonu Klinik örnekten Kültür kolonisinden Basit yöntemler tercih edilmeli

89 2. 16S rrna PCR Yaklaşık 500 bç Sıklıkla yeterli yaklaşık 1500 bç Birden fazla sekans analizi < 500 bç DNA nın hasarlı olma ihtimali varsa

90 Kullanılan Primerler Dizi (5-3 ) Lokalizasyon 27f AGA GTT TGA TYM TGG CTC AG f ACT CCT ACG GGA GGC AGC r GCT GCC TCC CGT AGG AGT f GTG CCA GCM GCC GCG GTA A r TTA CCG CGG CKG CTG GCA C r CTT TAC GCC CAR TRA WTC CG f ATT AGA TAC CCT GGT AGT CC r GGA GTA CCA GGG TAT CTA AT f AAA CTY AAA KGA ATT GAC CG r CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT f AAA CTY AAA KGA ATT GAC GG r CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT f GAG GAA GGT TGG GGA TGA CGT r ACG TCA TCC CCA ACC TTC CTC r AGG CCC GGG AAC GTA TTC AC r TGA CGG GCG GTG WGT RCA r GGT TAC CTT GTT ACG ACT T r AAG GAG GTG WTC CAR CC

91 3. Pürifikasyon Standart yöntemler Ticari kitler Jelden PCR ürününden

92 4. Sekanslama Döngüsü ( Cyclesequencing ) Yaklaşık 25 döngü Yeni PCR ürünü oluşmaz. Farklı uzunluklarda ürünler oluşur. Tek primer dntp Sonlandırıcı boyalar (Farklı dalga boyunda floresans veren boyalarla işaretli ddntp)

93 5. Sekans Analizi Kapiller elektroforez sistemli otomatik sekans cihazları Sanger yöntemiyle çalışır. Sonlandırıcı boyaları okur. Elektroferogram oluşturur.

94 ddntp Dalga boyu Floresans Pik rengi G 540 nm yeşil siyah A 570 nm yeşil/sarı yeşil T 595 nm kırmızı kırmızı C 620 nm turuncu/kırmızı mavi

95 6.Elektroferogramların Değerlendirilmesi Otomatik raporlanır. Gözle değerlendirilir!!! Karşılaştırılır.

96 16S rrna SEKANSLAMA

97 rrna ların Kullanım Alanları Yeni patojenlerin keşfi Bartonellahenselae Tropherymawhipplei Mycobacterium genavanse Moleküler Koch Postülatları! Taksonomik güncellemeler, yeni cins ve türlerin belirlenmesi Kültürde üretilemeyen/ zor üreyen mikroorganizmalarıntanısı Klinik önemi olan patojenlerin tanımlanması Antibiyotik tedavisi altında etken belirlenmesi Steril örneklerde etkenin hızlı belirlenmesi

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 16S rrna Analizi Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum içeriği Genel bilgi Uygulanışı Kullanım alanları Avantajları Dezavantajları Neden

Detaylı

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER

BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER www.benimdershanem.esy.es Bilgi paylaştıkça çoğalır. BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER NÜKLEİK ASİTLER Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ

TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON Translasyonda nükleik asit kullanılır fakat son ürün bir nükleik asit değil proteindir. Translasyon mekanizması 4 ana bileşenden oluşmaktadır: 1. mrnalar 2. trnalar

Detaylı

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını

Detaylı

RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri

RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri RNA (Ribonükleik Asit) Nükleik asitler, Friedrich Miescher tara2ndan 1869'da keşfedildi. İl=haplı bandajlardan izole edilen bu maddeye nüklein adını

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON

Biyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON Biyoteknoloji ve Genetik II Hafta 8 TRANSLASYON Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com TRANSLASYON Translasyon a. mrna ribozoma

Detaylı

DNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta:

DNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta: DNA Replikasyonu Doç. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/202 Eposta: hilalozdag@gmail.com 1 Watson ve Crick Gözümüzden kaçmamış olan bir nokta da.. Replikasyon

Detaylı

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara Taksonomik terimler Alem (Kingdom) Bölüm veya şube (divisio, filum)

Detaylı

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Salı 9.00-11.45, D9 Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik Tanımlar: Gen,

Detaylı

TRANSLASYON ve PROTEİNLER

TRANSLASYON ve PROTEİNLER TRANSLASYON ve PROTEİNLER Prof. Dr. Sacide PEHLİVAN 13 Aralık 2016 mrna daki baz sırasının kullanılarak amino asitlerin doğru sıra ile proteini oluşturmasını kapsayan olayların tümüne Translasyon veya

Detaylı

KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ

KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ Değişik canlı gruplarında kalıtsal molekülün çeşidi, sayısı, biçimi ve organizasyonu bakımından farklılıklar bulunur. Ortak özellik: nükleik

Detaylı

YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI. 12. Sınıf 1 GENDEN PROTEİNE

YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI. 12. Sınıf 1 GENDEN PROTEİNE YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI 12. Sınıf 1 GENDEN PROTEİNE Protein sentezini tüm canlılar gerçekleştirir. Bir mrna molekülünde en fazla 64 çeşit kodon bulunur. DOĞRU YANLIŞ SORULARI Canlıların heterotrof beslenenleri

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Altın Standart Yöntem Olan rdna ITS1/2 Dizi Analizi ile VITEK 2 YEAST ID, API ID 32C ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması D i l a r a Y ı

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry Chapter 4: Biomolecules, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry/Hikmet Geckil Chapter 4: Biomolecules 2 BİYOMOLEKÜLLER Bilim adamları hücreyi

Detaylı

12. SINIF KONU ANLATIMI 2 DNA VE RNA

12. SINIF KONU ANLATIMI 2 DNA VE RNA 12. SINIF KONU ANLATIMI 2 DNA VE RNA DNA (DEOKSİRİBONÜKLEİK ASİT) Temel nükleik asittir. Prokaryot hücrelerin sitoplazmasında, ökaryot hücrelerde çekirdek, mitokondri ve kloroplast organelinde bulunur.

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ DNA Polimorfizminin tanımlanması Bireyler arasındaki genetik farklılıkların belirlenmesini sağlar. Polimorfizm

Detaylı

Ders 8 trna-rrna yapısı, İşlenmesi ve İşlevleri

Ders 8 trna-rrna yapısı, İşlenmesi ve İşlevleri Ders 8 trna-rrna yapısı, İşlenmesi ve İşlevleri mrna trna - rrna Taşıyıcı (transfer) RNA (trna) Nispeten küçük moleküllerdir. Bir öncu molekülün nükleusta işlenmesiyle oluşurlar. trna molekülleri, mrna

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #13

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #13 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #13 1) Canlılarda özelliklerin genlerle kontrol edildiği ve her genin en az bir özellikten sorumlu olduğu bilindiğine göre, I. Diploid canlılarda her özellik için iki gen bulunması

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Bitki nüklear, mitokondriyal ve kloroplast DNA'ları *Burada yer alan bugünkü bilgilerimizin çoğu, moleküler evrim mekanizması ve oranları kullanılarak

Detaylı

Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi

Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ Eposta: ozdag@medicine.ankara.edu.tr Tel: 2225826/202 Ders Notları Đçin: http://bteml.biotek.ankara.edu.tr/wiki/index.php/ana_sayfa adresinden Genombilimde

Detaylı

2. Histon olmayan kromozomal proteinler

2. Histon olmayan kromozomal proteinler 12. Hafta: Nükleik Asitler: Nükleik asitlerin yapısal üniteleri, nükleozitler, nükleotidler, inorganik fosfat, nükleotidlerin fonksiyonları, nükleik asitler, polinükleotidler, DNA nın primer ve sekonder

Detaylı

ADIM ADIM YGS-LYS 43. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-3 BAKTERİLER ALEMİ

ADIM ADIM YGS-LYS 43. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-3 BAKTERİLER ALEMİ ADIM ADIM YGS-LYS 43. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-3 BAKTERİLER ALEMİ BAKTERİLER ALEMİ Prokaryot hücre yapısına sahip olan tek hücreli canlıların oluşturduğu alemdir. Mikroskobun icadından sonra keşfedilmişlerdir.

Detaylı

25.03.2015. Mikroorganizmalar; nükleus özelliklerine göre prokaryot ve ökaryot olmak üzere iki grupta incelenir.

25.03.2015. Mikroorganizmalar; nükleus özelliklerine göre prokaryot ve ökaryot olmak üzere iki grupta incelenir. BAKTERİLERİN DİĞER MİKROORGANİZMALARLA KARŞILAŞTIRILMASI BAKTERİLERİN DİĞER MİKROORGANİZMALARLA KARŞILAŞTIRILMASI Mikroorganizmalar; nükleus özelliklerine göre prokaryot ve ökaryot olmak üzere iki grupta

Detaylı

LYS ANAHTAR SORULAR #4. Nükleik Asitler ve Protein Sentezi

LYS ANAHTAR SORULAR #4. Nükleik Asitler ve Protein Sentezi LYS ANAHTAR SORULAR #4 Nükleik Asitler ve Protein Sentezi 1) İncelenen bir nükleotidin DNA ya mı yoksa RNA ya mı ait olduğu; I. Bağ çeşidi II. Pürin bazı çeşidi III. Pirimidin bazı çeşidi IV. Şeker çeşidi

Detaylı

HAYVANSAL HÜCRELER VE İŞLEVLERİ. YRD. DOÇ. DR. ASLI SADE MEMİŞOĞLU RESİM İŞ ZEMİN KAT ODA: 111

HAYVANSAL HÜCRELER VE İŞLEVLERİ. YRD. DOÇ. DR. ASLI SADE MEMİŞOĞLU RESİM İŞ ZEMİN KAT ODA: 111 HAYVANSAL HÜCRELER VE İŞLEVLERİ YRD. DOÇ. DR. ASLI SADE MEMİŞOĞLU RESİM İŞ ZEMİN KAT ODA: 111 asli.memisoglu@deu.edu.tr KONULAR HAYVAN HÜCRESİ HAYVAN, BİTKİ, MANTAR, BAKTERİ HÜCRE FARKLARI HÜCRE ORGANELLERİ

Detaylı

İşlevsel Genomik Nedir?

İşlevsel Genomik Nedir? İşlevsel Genomik Nedir? İşlevsel Genomik, yapısal genomik tarafından sağlanan bileşenlerin ve bilginin kullanımı ile gen işlevinin değerlendirilmesinde, deneysel yaklaşımların (genom veya sistem boyunca)

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ SORU KAMPI 2015

MİKROBİYOLOJİ SORU KAMPI 2015 Canlıların prokaryot ve ökoaryot olma özelliğini hücre komponentlerinden hangisi belirler? MİKROBİYOLOJİ SORU KAMPI 2015 B. Stoplazmik membran C. Golgi membranı D. Nükleer membran E. Endoplazmik retikulum

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12 1) İnsanda döllenme sırasında, I. Spermdeki çekirdek, sentrozomun yumurtaya geçmesi II. Spermdeki akrozomun patlayarak zona pellusidayı eritmesi III. Yumurtadaki salgı maddelerinin

Detaylı

Yrd. Doç. Dr. Tuba ŞANLI

Yrd. Doç. Dr. Tuba ŞANLI Yrd. Doç. Dr. Tuba ŞANLI Genel olarak gözle net olarak görülemeyecek kadar küçük canlıları inceleyen ve onları konu olarak ele alan bilim dalıdır. Gözle ayırt edilemeyen canlılar; Virüsler, bakteriler,

Detaylı

ayxmaz/biyoloji 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki ana DNAdan yeni DNA molekülleri hangi sonulca üretilir A B C D

ayxmaz/biyoloji 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki ana DNAdan yeni DNA molekülleri hangi sonulca üretilir A B C D 1. DNA replikasyonu.. için gereklidir A) sadece mitoz B) sadece mayoz C) mitoz ve mayoz D) sadece gamet oluşumu E) sadece protein sentezi 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki

Detaylı

A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ

A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ DNA nın Yapısı ve Replikasyonu Biyoloji Ders Notları A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ İlk olarak Friedrich Miescher (1869) akyuvar hücreleri ve balık sperminde yönetici molekülleri tespit etmiştir. Çekirdekte

Detaylı

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml

Detaylı

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ Prof.Dr.Behnan ALPER Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adana DNA İnceleme Teknikleri DNA Jel Elektroforezi RFLP Restriksiyon

Detaylı

İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1: MİKROBİYOLOJİYE GİRİŞ...1 BÖLÜM 2: MİKROORGANİZMALARIN MORFOLOJİLERİ.13 BÖLÜM 3: MİKROORGANİZMALARIN HÜCRE YAPILARI...

İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1: MİKROBİYOLOJİYE GİRİŞ...1 BÖLÜM 2: MİKROORGANİZMALARIN MORFOLOJİLERİ.13 BÖLÜM 3: MİKROORGANİZMALARIN HÜCRE YAPILARI... İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1: MİKROBİYOLOJİYE GİRİŞ...1 1.1. Tanım ve Kapsam...1 1.2. Mikrobiyoloji Biliminin Gelişmesi...2 1.3. Mikroorganizmaların Hayatımızdaki Önemi...5 1.3.1. Mikroorganizmaların Yararları...5

Detaylı

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU DOKTORA DERS KATALOĞU ERCİYES ÜNİVERSİTESİ GDM 638 Lipid Kimyası Zorunlu DERS SAATİ: 3 Bahar Yrd. Doç. Dr. Hasan YALÇIN KREDİSİ :3 Tel:(352) 4374901 (32731), E-mail: hyalcin@erciyes.edu.tr, Web sayfası

Detaylı

Kan kültürü örneklerinde üreyen Candida türlerinin tanımlanmasında MALDI TOFTOF-MS yönteminin değerlendirilmesi Görkem Yaman1, Işın Akyar1, Simge Can2 1Acıbadem Üniversitesi, Tıbbi Mikrobiyoloji AD, İstanbul

Detaylı

YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI. 9. Sınıf

YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI. 9. Sınıf YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI 9. Sınıf DOĞRU YANLIŞ SORULARI Nitel gözlemlerin güvenilirliği nicel gözlemlerden fazladır. Ökaryot hücrelerde kalıtım materyali çekirdek içinde bulunur. Ototrof beslenen canlılar

Detaylı

DNA Dizileme (Sekanslama)

DNA Dizileme (Sekanslama) T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi

Detaylı

Çekirdek 4 bölümden oluşur Çekirdek zarı: karyolemma Kromatin: Chromatin Çekirdekcik: Nucleolus Çekirdek sıvısı: karyolymph

Çekirdek 4 bölümden oluşur Çekirdek zarı: karyolemma Kromatin: Chromatin Çekirdekcik: Nucleolus Çekirdek sıvısı: karyolymph NUKLEUS Bir hücrenin tüm yapılarının ve etkinliklerinin kodlandığı kromozomu Ayrıca, DNA sını dublike edecek ve 3 tip RNA yı ribozomal (rrna), haberci (mrna) ve transfer (trna)-sentezleyecek ve işleyecek

Detaylı

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD Tanıtım Rehberi İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi Elazığ yolu 10. Km MALATYA Telefon: 0 (422) 3410660 Faks: 0 (422) 3410727

Detaylı

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015 Mikrobiyal Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde funguslarda görülen

Detaylı

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 1 Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde

Detaylı

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir DNA REPLİKASYONU Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir Hücre yaşam döngüsü G 1, S, G 2, Mitoz,evreleri ile tamamlar.

Detaylı

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI ÖĞRETĠM ÜYESĠ : Prof. Dr. O. ġadi Yenen Ders: VĠROLOJĠYE GĠRĠġ, TARĠHÇE ve EVRĠM 1. Virusların tanımlanması ve rolüne ilişkin önemli tarihsel gelişmelerin

Detaylı

GEN KLONLAMASI. copyright cmassengale

GEN KLONLAMASI. copyright cmassengale GEN KLONLAMASI copyright cmassengale 1 Klonlama nedir? Bir genin vekto re yerleştirilmesi ve bu vekto ru n bakteri hu crelerine transformasyonu sonucunda hu crelerin bo lu nmesi sırasında vekto ru n de

Detaylı

HÜCRE. Yrd.Doç.Dr. Mehtap ÖZÇELİK Fırat Üniversitesi

HÜCRE. Yrd.Doç.Dr. Mehtap ÖZÇELİK Fırat Üniversitesi HÜCRE Yrd.Doç.Dr. Mehtap ÖZÇELİK Fırat Üniversitesi Hücre Canlıların en küçük yapı taşıdır Bütün canlılar hücrelerden oluşur Canlılar tek hücreli ya da çok hücreli olabilir Bitki ve hayvan hücresi = çok

Detaylı

1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10

1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10 İçindekiler 1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10 1. BÖLÜM: BİLİMSEL BİLGİNİN DOĞASI ve BİYOLOJİ... 12 A. BİLİMSEL ÇALIŞMA YÖNTEMİ... 12 1. Bilim İnsanı ve Bilim... 12 B. BİLİMSEL YÖNTEMİN AŞAMALARI...

Detaylı

TRANSLASYON VE TRANKRİPSİYON

TRANSLASYON VE TRANKRİPSİYON TRANSLASYON VE TRANKRİPSİYON GEN İFADESİ (GEN EKSPRESYONU) Gen ifadesinin düzenlenmesi çeşitli aşamalarda olur: 1) Primer transkriptlerin oluşumu 2) Primer mrna dan matür (olgun) mrna oluşumu 3) mrna nın

Detaylı

BAKTERİLER ALEMİ SELİN HOCA

BAKTERİLER ALEMİ SELİN HOCA BAKTERİLER ALEMİ SELİN HOCA Prokaryot hücre yapısına sahip olan tek hücreli canlılardır. Gözle göremediğimiz için keşfedilmeleri ancak mikroskobun icadı ile olmuştur. Keşfedilmemiş bakteri çeşidi sayısının

Detaylı

T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI MÜFREDATI

T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI MÜFREDATI I. YARIYILI T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2016-2017 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI MÜFREDATI B 601 Temel Biyokimya I Zorunlu 3 0 3 4 B

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #5

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #5 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #5 Miktar 1) I.Hemoglobinin yapısındaki karbon atomu sayısını tespit etmek II. Solunumda kullanılacak gazların hangi molekülle taşınacağını tespit etmek III. Kanın ph ını tespit

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

Hücrede Genetik Bilgi Akışı

Hücrede Genetik Bilgi Akışı Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması DNA nın tam olarak kopyalanması ve hücre bölünmesiyle yeni kuşak hücrelere aktarılması 2) Genetik bilginin çevrimi Hücre içerisinde bilginin DNA dan RNA

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

cdna Kitaplık Hazırlanışı

cdna Kitaplık Hazırlanışı cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki

Detaylı

Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu

Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Dr. Ayşe KALKANCI Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara 24-25 Şubat 2011, İzmir Sunum Planı Teorik

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON Western blotting: Akrilamit jeldeki protein bantlarının daha kararlı ve sabit bir ortama (örneğin,

Detaylı

TEST 1. Hücre Solunumu. 4. Aşağıda verilen moleküllerden hangisi oksijenli solunumda substrat olarak kullanılamaz? A) Glikoz B) Mineral C) Yağ asidi

TEST 1. Hücre Solunumu. 4. Aşağıda verilen moleküllerden hangisi oksijenli solunumda substrat olarak kullanılamaz? A) Glikoz B) Mineral C) Yağ asidi 1. Termometre Çimlenen bezelye tohumlar Termos Çimlenen bezelye tohumları oksijenli solunum yaptığına göre yukarıdaki düzenekle ilgili, I. Termostaki oksijen miktarı azalır. II. Termometredeki sıcaklık

Detaylı

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ Protein analizleri, fen bilimleri araştırmaları ve farmosötik endüstrisinde önemli bir araç olarak karşımıza çıkar. Protein Analizinin Amaçları: Hastalıkların Kesin Tanısının

Detaylı

Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5

Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (DNA nın in vitro çoğaltılması) 2 Hücrede doğal olarak (in vivo)gerçekleşen replikasyon, in vitro koşullarda da (hücre dışında)

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13. Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13. Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13 Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com Gen İfadesi

Detaylı

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Gen Anlatımının Belirlenmesi DNA mikroçalışmaları Makroçalışmaları EST (Expressed sequence tag) Gen anlatımının seri analizi

Detaylı

Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören

Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu Dr. Mahmut Çerkez Ergören Genetik materyal; Kendini çoğaltır. Bilgi depolar. Bilgiyi ifade eder. Mutasyonla varyasyonlara izin verir. Genetik Tarihçe

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor! Uygulamalı Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları Yaz Dönemi Başlıyor! : DNA izolasyonu, Primer tasarımı, PCR Teknikleri, Agaroz Jel Elektroforezi,

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

MİTOKONDRİ Doç. Dr. Mehmet GÜVEN

MİTOKONDRİ Doç. Dr. Mehmet GÜVEN MİTOKONDRİ Doç.. Dr. Mehmet GÜVENG Hemen hemen bütün b ökaryotik hücrelerde ve ökaryotik mikroorganizmalarda bulunur. Eritrositlerde, bakterilerde ve yeşil alglerde mitokondri yoktur. Şekilleri (küremsi

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 12. Prokaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 12. Prokaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 12 Prokaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com Gen İfadesi

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

FISH ve in situ melezleme

FISH ve in situ melezleme FISH ve in situ melezleme In situ melezleme belirli bir mrna nın doku içinde nerede bulunduğunu görmemize yarar. Bu metod inceleyenin ilgilendiği mrna nın normal yerini görmesine olanak sağlar. In situ

Detaylı

DNA Sekanslama ve Filogenetik Analizler. Dr. Eda UĞURTAY

DNA Sekanslama ve Filogenetik Analizler. Dr. Eda UĞURTAY DNA Sekanslama ve Filogenetik Analizler Dr. Eda UĞURTAY DNA baz dizilimlerinin belirlenmesidir. İlk dizi analiz çalışmaları 1960 lı yılların başında 75-80 nükleotitlik trna larla başlanmıştır. Kullanım

Detaylı

2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI

2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. BÖLÜM 1. Aşağıdaki tabloda bazı canlı türlerinin kromozom sayıları verilmiştir. Bu tablodaki bilgilere göre, I. İki canlı türünün kromozom sayılarına bakılarak

Detaylı

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3

Detaylı

Transkripsiyon ve Transkripsiyonun Düzenlenmesi

Transkripsiyon ve Transkripsiyonun Düzenlenmesi MBG 505 BAKTERİ GENETİĞİ Transkripsiyon ve Transkripsiyonun Düzenlenmesi Emrah ÖZÇELİK Ribonükleik asit (RNA) 3 tip RNA Mesajcı RNA (mrna) (genetik seviyede) Transfer RNA (trna) Ribozomal RNA (rrna) (fonksiyonel

Detaylı

www.demiraylisesi.com

www.demiraylisesi.com YÖNETİCİ MOLEKÜLLER C, H, O, N, P atomlarından meydana gelir. Hücrenin en büyük yapılı molekülüdür. Yönetici moleküller hücreye ait genetik bilgiyi taşır, hayatsal faaliyetleri yönetir, genetik bilginin

Detaylı

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. METABOLİZMA ve ENZİMLER METABOLİZMA Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. A. ÖZÜMLEME (ANABOLİZMA) Metabolizmanın yapım reaksiyonlarıdır. Bu tür olaylara

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #16

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #16 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #16 1) Topraktaki azotlu bileşik miktarını, I. Denitrifikasyon bakteri sayısındaki artış II. Saprofit bakterilerce gerçekleşen çürüme III. Şimşek ve yıldırım olaylarındaki artış

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...

Detaylı

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar Haziran 2015 İletişim adresleri : "Güven Külekçi" gkulekci@istanbul.edu.tr, "Turk Mikrobiyoloji Cemiyeti" tmc@tmc-online.org Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop

Detaylı

Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları. Doç. Dr. Ahmet Özaydın

Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları. Doç. Dr. Ahmet Özaydın Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları Doç. Dr. Ahmet Özaydın Nükleus (çekirdek) ökaryotlar ile prokaryotları ayıran temel özelliktir. Çekirdek hem genetik bilginin deposu hem de kontrol merkezidir.

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması

Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması Uğur Özbek İstanbul Üniversitesi DETAE, Genetik A.D. 2. Ulusal Lenfoma Myeloma Kongresi Lenfomalarda Moleküler Patogenez ve Hematopatoloji 16.04.2011 Sunum I. İnsan Genomu

Detaylı

Genden proteine Genler, transkripsiyon ve translasyon yolu ile proteinleri belirler Transkripsiyon, DNA yönetiminde RNA sentezidir Ökaryotik

Genden proteine Genler, transkripsiyon ve translasyon yolu ile proteinleri belirler Transkripsiyon, DNA yönetiminde RNA sentezidir Ökaryotik Genden proteine Genler, transkripsiyon ve translasyon yolu ile proteinleri belirler Transkripsiyon, DNA yönetiminde RNA sentezidir Ökaryotik hücreler, transkripsiyondan sonra RNA yı değişikliğe uğratırlar

Detaylı

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL GC Kantitatif

Detaylı

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş

Detaylı

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur.

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur. Enerji Dönüşümleri Enerji Enerji; bir maddeyi taşıma veya değiştirme kapasitesi anlamına gelir. Enerji : Enerji bir formdan diğerine dönüştürülebilir. Kimyasal enerji ;moleküllerinin kimyasal bağlarının

Detaylı

Mustafa EMREM

Mustafa EMREM Mustafa EMREM 162161022 Bakterilerdeki transformasyonun ilk kanıtları İngiliz bilim adamı Frederick Griffith tarafından elde edilmiştir. Genetik materyal aktarımı Dikey Gen Transferi ebeveyn ile yavru

Detaylı