Non-invaziv Prenatal Test: Fetal Trizomilerin Saptanmasında Yeni Bir Dönem

Transkript

1 Non-invaziv Prenatal Test: Fetal Trizomilerin Saptanmasında Yeni Bir Dönem

2 Trizomi Değerlendirmesinin Evrimi 100% 80% Down Sendromu için Tanı Oranı FPR=5.0% FPR=<0.1% 60% 40% 20% 0% Maternal age AFP only Quad Marker Screen First Trimester Screen Full Integrated Screen Harmony Prenatal Test 2 2

3 Kullanılan Anöploidi Testlerinin Sınırları Yüksek false pozitif oran(%5) Zahmetli Çoklu doktor ziyaretleri Spesifik USG cihazı Geç informasyon Uzamış belirsizlik İnvaziv prosedürler (CVS ve amniosentez) nedeniyle güvenlik kaygıları 3

4 Harmony TM Prenatal Test Cell free fetal DNA nın (cffdna) varlığı (gücü) Harmony ile MPSS nin karşılaştırılması Harmony nin klinik performansı Harmony nin klinik uygulaması 4

5 Harmony TM Prenatal Test Cell free fetal DNA nın (cffdna) varlığı Harmony ile MPSS nin karşılaştırılması Harmony nin klinik performansı Harmony nin klinik uygulaması 5

6 Maternal Kanda Cell-Free DNA Cell-free DNA (cfdna) kısa DNA fragmentleridir. Gebelikte, maternal kanda hem anne ve hem de fetusa ait cfdna bulunur. Mevcut fetal cfdna miktarı, maternal cfdna nın küçük bir kısmıdır. 6

7 cfdna ile Kromozom Sayımı Fetal cfdna Maternal cfdna Referans kromozom fragmentleri Kromozom 21 fragmentleri 7

8 cfdna ile Fetal Trizominin Saptanması Fetal cfdna Fetal trizomi 21 den köken alan ekstra fragmentler Maternal cfdna Referans kromozom fragmentleri Kromozom 21 fragmentleri 8

9 Harmony TM Prenatal Test Cell free fetal DNA nın (cffdna) potansiyeli Harmony ile MPSS nin karşılaştırılması Harmony nin klinik performansı Harmony nin klinik uygulaması 9

10 NIPT Teknolojisi Günümüzde bu alanda kullanılan 2 farklı analiz yöntemi Massively Parallel Shotgun Sequencing (MPSS) Directed Yöntem Harmony Prenatal Test Anahtar farklılıklar pozitif/negatif sonuçlar (z-skordan köken almış) Daha güvenli Kişiye özel risk skorlaması 10

11 Yöntem karşılaştırılması MPSS ve Directed Kandaki cfdna Kromozom 21, 18, 13 cfdna sı Diğer kromozomlara ait cfdna Haritalanmamış cfdna Massively Parallel Shotgun Sequencing (MPSS) Directed analysis (DANSR) 11

12 MPSS ve z-score Analiz Metodu N=1696 cut-off olarak tahmini bir z-score değeri kullanılarak trizomi tespiti yapılır. z-score cut-off reflects the # of SDs from an expected mean z-score=3: normal beklenen ortalama değerden 3SD kadar sapmayı gösterir z-score=2: normal beklenen ortalama değerden 2SD kadar sapmayı gösterir Palomaki GE et al. Genet Med

13 Harmony Prenatal Test Genel Bakış DANSR TM (Digital Analysis of Selected Regions) Directed cfdna testi Daha güvenli Çok sayıda hastanın aynı anda çalışılabilmesi İçeriği: FORTE TM (Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation) Fetal cfdna fraksiyonu Anne Yaşı Gebelik haftası Kişiye özel risk skorlaması 13

14 FORTE Anöploidi Analizi Giren Bilgi Çıkan Bilgi Kromozom 13, 18 ve 21 cfdna sayısı Fetal DNA Klinik bilgi (anne yaşı ve gebelik haftası gibi) FORTE P( x P( x j j T) P( T) D) P( D) Trizomi 21 risk değeri Trizomi 18 risk değeri Trizomi 13 risk değeri *FORTE - Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation 14

15 Fetal cfdna Fraksiyonunun Önemi Fetal cfdna Fetal Fraksiyon Yüzdesi Trizomi için beklenen oran 4% 1.02 Maternal cfdna 10% % 1.10 Referans Kromozom Kromozom 21 40% 1.20 Analiz aşamasına fetal fraksiyonun da eklenmesi daha doğru sonuçlar elde edilmesini sağlar 15

16 Özet Harmony Test ve MPSS MPSS Random analiz Fetal fraksiyon ve diğer klinik risk faktörleri hesaplanamaz Örnekler, çok farklı test değerlerine rağmen random olarak 2 kategoriye ayrılır Directed analiz Fetal fraksiyon ve diğer klinik risk faktörlerini de içerir Her bir trizomi için kişiselleştirilmiş risk skoru ile basit ve anlaşılır sonuçlar (Yüksek risk/düşük risk) 16

17 Geniş Klinik Data 2012 yılında yayınlanmış çalışmalar: 8 Harmony den bağımsız çalışmalar: 2 Özellikle 1. trimester gebeliklerde yapılmış çalışmalar: Bugüne kadar yayınlanmış çalışmalardaki toplam hasta sayısı: 2013 yılı içerisinde bugüne kadar yayınlanmak için submit edilmiş veya kabul edilmiş çalışmalar: 2 >6,000 (2.000 olgu ort. risk grubunda) 4 17

18 Klinik Çalışmalar Karşılaştırmalı Data Yayınlanmış çalışmalardaki toplam hasta sayısı Klinik çalışma sayısı Bağımsız çalışma sayısı 2 MaterniT21 1,2,3,4 0 Verifi 5,6 0 Panorama 7 * 0 *unblinded study 1 Ehrich, et al. Noninvasive Detection of Fetal Trisomy 21 by Sequencing of DNA in Maternal Blood: A Study in a Clinical Setting. Am J Obstet Gynecol Mar;204(3): Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to Detect Down syndrome: An International Clinical Validation Study Genet Med. Vol 13:No 11. Nov Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma Reliably Identifies Trisomy 18 and Trisomy 13, as well as Down syndrome: An International Collaborative Study. Genet Med Mar;14(3): Canick, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to Identify Down syndrome and Other Trisomies in Multiple Gestations. Prenat Diagn Aug;32(8): Sehnert, et al. Optimal detection of fetal chromosomal abnormalities by massively parallel DNA sequencing of cell-free fetal DNA from maternal blood. Clin Chem, 2011 Jul;57(7): Bianchi, et al. Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing. Obstet Gynecol, 2012 May;119(5): Zimmermann, et al. Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci. Prenat Diagn 2012 Dec;32(13):

19 Klinik Çalışma& Yayın - Genel Bakış Çalışma Durum Açıklama NICE (Non-Invasive Chromosomal Evaluation) Average Risk (Nicolaides) Ariosa Blinded Nicolaides Blinded Proof of Concept Trisomy 13 Fetal Fraction NICE substudy Fetal Fraction NITE (Non-Invasive Trisomy Evaluation) NEXT (Non-invasive Examination of Trisomy) Yayınlandı Editor ün seçimi The Gray Journal (August 2012) Yayınlandı The Gray Journal (2012, available online) Yayınlandı Editor ün seçimi The Gray Journal (April 2012) Yayınlandı Editor ün seçimi The Gray Journal (April 2012) Yayınlandı Kapak Makalesi Prenatal Diagnosis (Jan 2012) Yayınlandı The White Journal (Jan 2013) Yayınlandı J Mat Fet Med (Jan 2013) Yayınlandı Fetal Diagnosis and Therapy (2012) Tamamlandı ve inceleme aşamasında Kaydedildi 19 Çok merkezli (50 merkez) klinik validasyon çalışması (yüksek ve düşük riskli kadınlar kullanılmış) En geniş NIPT kohort çalışması 1. trimester gebeliklerde Harmony test ile ortalama risk çalışması (bu konuda tek çalışma) Risk skoru raporlaması ile kör çalışma 1. trimester kör çalışma Ortalama ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu grupta directed cfdna yaklaşımının ilk olarak kullanılması Ortalama riskli ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu grupta T13 taramasının performansı Ortalama ve yüksek riskli kadınlarda fetal fraksiyonun aynı miktarda olduğunun gösterilmesi Fetal fraksiyon ile plesental yapının korelasyonun gösterilmesi Çok merkezli (Avrupa) kör çalışma Harmony ile 1. trimester tarama testlerinin karşılaştırılması için ortalama riske sahip kadınlarda yapılmış çok merkezli kör çalışma 19

21 Klinik Performans den fazla hasta çalışıldı (2,000 den fazlası ortalama riske sahip kadın) Saptama Oranı Yanlış Pozitiflik Oranı T21 >99% (231/232) <0.1% T18 >98% (103/105) <0.1% T13 Harmony ile 10 olgunun 8 i saptandı <0.1% Source: Sparks et al, Prenat Diagn, 2012; Sparks et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Ashoor et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Norton et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Nicolaides et al, Am J Obstet Gynecol 2012;Ashoor et al, Ultrasound Obstet Gynecol

22 22

23 Harmony Test Genel Populasyon Taraması Bağımsız kör çalışma Hasta populasyonu Sonuçlar: 1. trimester gebelikler ( gebelik haftası) kadında genel populasyon taraması Saptama Oranı: 10/10 olguda trizomi saptanmış (8/8 trizomi 21; 2/2 trizomi 18) Yanlış Pozitiflik Oranı: Harmony %0,1 (2/1,939) 1. trimester taraması %4.5 (87/1,939)* *based on a 1:150 risk cut-off Nicolaides KH et al. (2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 23

24 Trizomi Riski (%) Trizomi riski (%) Risk Skoru Karşılaştırması Her iki figür aynı hasta grubunu (1.949) göstermektedir Trizomili 10 olgu Trizomili olmayan 1,939 olgu Trizomi Yanlış pozitif Normal 1. trimester taraması ,1 0,1 0, Fetal Fraksiyon (%) 0, Fetal Fraksiyon (%) Nicolaides KH et al. (Sept. 2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 24

25 NIPT nin Sunduğu Avantajlar Kanıtlanmış İddaları destekleyen en büyük klinik veritabanı den fazla analizi yapılmış örnek ve birbiriyle tutarlı sonuçlar Güvenilirlik Şeffaf, eğitim ve hasta odaklı güvenilir bir organizasyon Tüm dünya çapında bu alandaki öncü kişilerce desteklenen Erişilebilirlik NIPT için en düşük test ücreti Sürekli eklenen yeni erişim noktaları ile kolayca ulaşılabilme Kalite Her test en az 12 ayrı kalite kontrol ölçümünden geçer İlave olarak, en az 50 laboratuvar performans ölçümü kullanılır 25

26 Test Raporu 26

27 Test Raporu (T21) 27

28 Kişiselleştirilmiş Risk Hesaplaması Risk skoru değerlerinin %99.5 i her iki uçtan birisindedir 28

29 Testin Sunduğu Yenilikler Harmony test with Y Y kromozomunun incelenmesini içerir Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir Şu anda uygulanabilmektedir Harmony test with X,Y X ve Y kromozomlarının incelenmesini içerir Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir Mayıs 2013 ten önce uygulanmaya başlanacak * Sadece Amerika için geçerli olup Türkiye de kullanımı yasalar gereği mümkün değildir. 29

31 Potansiyel Klinik Uygulama Serum taramasına alternatif? Pozitif tarama sonrası? İnvaziv işlemin alternatifi? NIPT + Ultrason: NIPT, yaygın fetal trizomileri saptayabilir Ultrason, diğer genetik hastalıkların bulgularına odaklanabilir Diğer genetik hastalıklar ile bağlantılı NT Tanıda gecikme İnvaziv işlem gerekliliğinin devamı NIPT, tanı amaçlı bir test değildir Diğer kromozom anomalilerini saptayamaz Mikroarray 1. Norton, M., Brar, H., Weiss, J., Karimi, A., et al. Non-Invasive Chromosomal Evaluation (NICE) Study: Results of a Multicenter, Prospective, Cohort Study for Detection of Fetal Trisomy 21 and Trisomy 18, Am J Obstet Gynecol. (2012), doi: /j.ajog ; 2. Nicolaides KH, Syngelaki A, Ashoor G, et al. Noninvasive prenatal testing for fetal trisomies in a routinely screened first-trimester population. Am J Obstet Gynecol (2012);207:x.ex-x.ex. 31

32 Beklentilerin Klinik Testler ile Karşılanması Düşünülen Klinik Test Standart bir analiz isteyen hasta NIPT (T21, T18, T13) Karşılaştırmalı genetik analiz isteyen hasta Fetusun genetik açıdan tam bir analizini isteyen Sadece endişe edilen anomaliler: T21, T18, T13, ve seks kromozomu anöploidileri (after counseling re: sex chromosome aneuploidy) Kesin bir bilgi isteyen Güvenilir bir test isteği: %1-2* kümülatif yalancı pozitiflik oranı Mozaisizm için bilinmeyen saptama oranı İnvaziv test ile karyotipleme & mikroarray İnvaziv test ile karyotipleme Genişletilmiş NIPT * eg. verinata health >1.7% 32

33 Fetal Medicine Center (Nicolaides): Uygulama Protokolü CVS 10 hafta: Fetus ölçümleri için tarama cfdna testi için kan örneği Kombine testler için kan örneği 12 hafta: Detaylı ultrason taraması Sonuçların tartışılması CVS gerekli ise karar verme + cfdna testi Fetal defektler NT >3.5 mm 33

34 Ürün Profili Kısa açıklama ve kullanım amaçları: The Harmony Prenatal Test, maternal kanda cell-free DNA (cfdna) analizi için geliştirilmiş bir laboratuvar testidir Bu testin amacı, fetal trizomi 21 (down), trizomi 18 ve trizomi 13 riskini belirlemektir Test bir tarama testi olup tanı amaçlı valide edilmemiştir Mozaisizm, parsiyel kromozomal anöploidiler ve translokasyonlar için valide edilmemiştir Hasta populasyonu: En az 10 haftalık olan ve tekiz gebeliğe sahip kadınlarda uygulanabilir. Çoğul gebeliklerde (ikiz vb) kullanılması uygun değildir Örnek Gereksinimleri: Siyah ve kahverengi kan tüpleri içine 2x10ml tam kan alınır Örnekler alındığı gün gönderilmelidir. Sonuç oranı: Test edilen örneklerin %96 sında sonuç alınmaktadır Rapor süresi: 7-10 takvim günü 34