ULUSAL DNA ĠZOLASYON KĠTĠNĠN

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "ULUSAL DNA ĠZOLASYON KĠTĠNĠN"

Transkript

1 ÖZEL EGE LĠSESĠ ULUSAL DNA ĠZOLASYON KĠTĠNĠN GELĠġTĠRĠLMESĠNDE Yarrowia lipolytica MAYASINDAN ELDE EDĠLEN ALKALĠN PROTEAZ VE RĠBONÜKLEAZ ENZĠMLERĠNĠN KULLANILMASI HAZIRLAYAN ÖĞRENCĠLER :Aslı ALDEMĠR Sariye GÜL DANIġMAN ÖĞRETMEN : Onur AKPINAR 2014 ĠZMĠR

2

3 ĠÇERĠK LĠSTESĠ PROJENĠN ADI.1 PROJENĠN AMACI..1 1.GĠRĠġ Mayalar ve Biyoteknolojik Önemi Enzimler DNA ve DNA Ġzolasyonunun Önemi YÖNTEM Organizma Materyalleri ÇalıĢmada Kullanılan Besiyerleri ÇalıĢmada Kullanılan Çözelti ve Tamponlar AEP Enzim Üretiminin Taranması AEP Enziminin Üretimi Alkalin Proteaz Aktivitesinin Belirlenmesi RNaz Enzim Üretiminin Taranması Ekstrasellüler RNaz Enziminin Üretimi RNaz Enzim Aktivitesinin Belirlenmesi Toplam Protein Miktarının Tayini Üretilen AEP ve RNaz Enzimlerinin Ticari Kitlerde Bulunan Proteinase K ve RNase A Enzimleriyle KarĢılaĢtırılması Üretilen AEP ve RNaz Enzimleri ile Birlikte Hazırladığımız Farklı Kimyasal Solüsyonlarla Hazırladığımız DNA Ġzolasyon Protokolünün Farklı Canlılarda Kullanılması DNA nın Saflık Kontrolü SONUÇLAR AEP Enzim Üretiminin Taranması AEP Enziminin Üretimi RNaz Enzim Üretiminin Taranması RNaz Enziminin Üretimi Üretilen AEP ve RNaz Enzimlerinin Ticari Kitlerde Bulunan Proteinase K ve RNase A Enzimleriyle KarĢılaĢtırılması Üretilen AEP ve RNaz Enzimleri ile Birlikte Hazırladığımız Farklı Kimyasal Solüsyonlarla Hazırladığımız DNA Ġzolasyon Protokolünün Farklı Canlılarda Kullanılması..26 TARTIġMA ve ÖNERĠLER.27 TEġEKKÜR...30 KAYNAKLAR.31 1

4 Projenin Adı:ULUSAL DNA ĠZOLASYON KĠTĠNĠN GELĠġTĠRĠLMESĠNDE Yarrowia lipolytica MAYASINDAN ELDE EDĠLEN ALKALĠN PROTEAZ VE RĠBONÜKLEAZ ENZĠMLERĠNĠN KULLANILMASI Projenin Amacı: Bu projenin amacı, patojen olmayan ve toksik metabolit üretmeyen Yarrowia lipolytica mayasından alkalin ekstrasellüler proteaz (AEP) ve ekstrasellüler ribonükleaz (RNaz) enzimlerini üretmek ve bu enzimlerin ticari DNA izolasyon kitlerinde kullanılan enzimlerle rekabet edebilirliğini araģtırmaktır. Ayrıca, AEP ve RNaz enzimlerinin farklı kimyasal tamponlarla birlikte kombine edilmesi ve farklı alemlere ait canlılarda (bakteri, maya ve bitki) alternatif bir DNA izolasyon yöntemiolarak kullanılarak ulusal DNA izolasyon kiti geliģtirilmesi amaçlanmıģtır. 1

5 1. GĠRĠġ 1.1 Mayalar ve Biyoteknolojik Önemi Maya ve maya benzeri organizmalar mantarlar içerisinde homojen ve çok büyük grup oluģturmaktadır (Barnett et al., 2000; Boekhout et al., 2003). Mayalar ticari amaçlar için kullanılan mikroorganizmaların en önemli grubudur. Bilindiği gibi en iyi fermantatif organizmalar olarak mayaların en yüksek aktiviteleri alkol üretimi olup; alkollü içeceklerin üretiminde ticari olarak kullanılmaktadır. Ayrıca mayalar ekmek yapımı, oriantal besinlerin ve turģuların üretiminde, B 12 vitamini, β-karoten gibi vitamin öncüllerininve besinlerin tekstürünün ve içeriğinin düzenlenmesini sağlayan fosfomannan gibi endüstriyel polisakkaritlerin sentezlenmesinde, gliserol ve polihidroksi alkollerin, protein açığının kapanması için tek hücre proteinlerin, lipidlerin üretiminde kullanılmaktadır (Phaff et al., 1966; Deak, 1995; Jakobsen and Norvhus, 1996; Hierro et al., 2004). Yarrowia lipolytica, taģıdığı bazı fizyolojik özelliklere bağlı olarak biyoteknolojik açıdan önemli mikroorganizmalar arasında yer almaktadır (Kurtzman, 2000). Y. lipolytica mayası patojen olmayan, dimorfik, heterotallik, askomisetik bir tür olup yağ asitleri ve alkanların içerildiği alifatik karbon kaynaklarını tek olarak kullanabilen bir obligat aerobtur. Bu durum oksijen varlığında bile respirasyondan çok etanolik fermantasyonu tercih eden Saccharomyces cerevisiae a zıt bir durumdur (Kerscher et al., 2002; Akpınar, 2008). Tüm bunların yanı sıra Y. lipolytica, farklı karbon kaynaklarından (glukoz, etil alkol, gliserin, asetat, hidrokarbonlar veya farklı hidrofobik substratlar vb.) yüksek miktarlarda sitrik asit, izositrik asit, α-ketoglutarik asit ve piruvik asit gibi biyoteknolojik açıdan önemli karboksilik asitleri üretebildikleri (Fickers et al., 2004; Morgunov et al., 2006) ve Y. lipolyticamayasının endüstriyel anlamda sitrik asit üretim proseslerinde kullanıldıkları bilinmektedir (Barth and Gaillardin, 1997; Kurtzman, 2000). Ayrıca proteaz ve lipaz aktivitesine sahip olması ve hidrokarbonları kullanabilme yeteneği, bu maya türünün izole edildiği kaynaklar açısından da belirleyici olmaktadır (Kurtzman, 2000; Fickers et al., 2004). Y. lipolyticamayası ekstrasellüler lipazları (Pignede et al., 2000), alkalin proteazı (Ogrydziak, 1993) ve RNaz ları(cheng and Ogrydziak, 1986) salgılama yeteneğine sahiptir. Son yıllarda bu enzimlerin ticari önemi artmıģ olup birçok alanda kullanılmaktadır (Kumar and Takagi, 1999). Proteolitik ve lipolitik aktivitelerinden dolayı süt ve süt ürünlerinin bozulmasında sorumlu gösterileny. lipolytica en önemli maya türlerinden biridir. Ayrıca bu maya, hayvan besinleri için tek-hücre protein üretiminde ve rekombinant proteinlerin salgılanmasında konukçu organizma olarak da kullanılmaktadır. Y. lipolytica sürekli olarak birçok heterolog proteini çok iyi salgılandığından dolayı, diğer maya türleri ile rekabet edecek durumdadır (Ogrydziak, 1993). 2

6 1.2 Enzimler Enzimler çok sayıda kimyasal reaksiyonu yöneten biyokatalizörler olarak bilinmektedir. Enzimler deterjan, gıda, ilaç sanayi, diagnostik ve kimya endüstrisinde ticari olarak kullanılmaktadır. TanımlanmıĢ 3000 den fazla enzim, mezofilik organizmalardan izole edilmiģtir. Bu enzimler, genel olarak, dar bir ph, sıcaklık ve iyonik etkide fonksiyon göstermektedir. Dolayısıyla, yeni mikrobiyal kaynaklar için araģtırmalar süreklidir, fakat en önemlisi de biyo-çeģitliliği oluģturmaktadır (Kumar and Takagi, 1999). Enzimlerin uygulama alanlarının her geçen gün artması enzimlerin daha ekonomik, daha etkin tekniklerle üretilmesini daha da önemli kılmıģtır. Potansiyel enzim kaynakları olarak da mikroorganizmalar çok caziptir. Bu çekiciliğin sebebi, çevresel etkiler ve genetik manipülasyonlarla enzim miktarlarının arttırılabilmesidir. KuĢkusuz yüksek enzim aktivitesi enzim izolasyonunu da kolaylaģtıracaktır. Endüstriyel uygulama alanı bulmuģ enzimlerin çoğu hidrolaz sınıfındadır ve büyük ölçüde mikrobiyal kaynaklıdır. Hidrolazlar enzimlerin farklı ve büyük bir grubunu oluģturur ve 1500 den fazla hidrolaz karakterize edilmiģtir. Hidrolazlar basit bir substratdaki spesifik bir bağın kırılmasından çeģitli makromoleküllerdeki birçok bağ arasında değiģen geniģ bir substrat molekül grubunu hidrolizlemektedirler (Telefoncu, 1997). Proteazlar hem fizyolojik hem de ticari alanlardaki uygulamaları bakımından enzim sınıfı içinde merkezi bir yer teģkil etmektedir. Proteolitik enzimler proteinlerde bulunan peptid bağlarını hidroliz ederler. Analitik tekniklerdeki ilerlemeler sayesinde proteazların oldukça spesifik ve seçici aktivite gösterdikleri belirtilmiģtir yılında dünya çapında endüstriyel enzim satıģının yaklaģık 1 milyar $ tahmin edilirken 2010 yılında bu rakam 3,3 milyara $ kadar yükselmiģtir (Rao et al., 1998; Abidi et al., 2011). Endüstriyel enzimlerin % 75 ini hidrolitik enzimler oluģtururken; endüstriyel enzimlerin en büyük grubunu oluģturan proteazlar bütün enzim satıģının % 60 ını kapsamaktadır.proteazlar hücresel seviyeden organ ya da organizma seviyesine kadar birçok proseste görev almaktadırlar. Bitki, hayvan ve mikroorganizmalarında olduğu birçok canlıda proteaz enzimi üretilmektedir (Rao et al., 1998). Proteazların gerçekleģtirdikleri hidroliz reaksiyonunun mekanizması ġekil 1 de verilmiģtir. Proteazların içerisinde yer alan alkalin proteazlar, subtilizin ailesi (Enzim Komisyonu numarası ) içinde sınıflandırılmaktadır. Alkalin proteazlar, deterjan, dericilik, gıda endüstrisi, gümüģün geri kazanımı, medikal amaç, gıda iģleme ve atık geri kazanımı gibi kimya endüstrisinde potensiyeli olan stabil enzimdir (Kumar and Takagi, 1999). Moleküler biyolojide ticari olarak kullanılan Proteinaz K, Tritirachium album dan izole edilmiģtir ve birçok araģtırmada hücrede bulunan proteinleri uzaklaģtırmak için sıklıkla kullanılmaktadır (Gross-Bellard, et al., 1973). 3

7 ġekil 1. Proteazların gerçekleģtirdikleri hidroliz reaksiyonunun mekanizması (Aehle, 2007). Nükleazlar, insanlarında içinde bulunduğu bütün organizmalarda nükleik asitlerin (DNA ve RNA) hidrolizini katalizleyen enzimlerdir. Ribonükleazlar (RNaz) nükleotid zincirleri arasındaki fosfodiester bağlarını parçalayarak ribonükleik asidi (RNA) depolimerize ederler (Beintema and Zhao, 2003). Ribonükleazlar (RNaz), moleküler biyoloji, gıda ve farmasötik endüstrisinde yoğun bir Ģekilde kullanımından dolayı ticari öneme sahiptirler. Önemli bir analitik aracı olan RNaz enzimi, RNA nın yapısı ve fonksiyonu üzerine yapılan çalıģmalarda önemli bir görev üstlenirler. Tek hücre proteini üretiminde, biyokütle içerisindeki RNA ların uzaklaģtırılmasında kullanılmaktadır. RNaz lar, ayrıca klinik kullanımlar veya gıda endüstrisi için nükleotidlerin ticari olarak üretimde ve terapötik ajan potansiyellerinden dolayı tıp ve eczacılıkta kullanılmaktadır. Son zamanlarda, bir seri bilimsel çalıģmada; tümör oluģumunun kontrolünde, tümör hücrelerinin etkisiz hale getirilmesinde ve HIV-1 virüs replikasyonunun inhibisyonunda RNaz ların önemli biyolojik fonksiyonlara sahip olduğu gösterilmiģtir (Xiong et al., 2003). Endüstride ticari olarak kullanılanrnaz A, sığır pankreasından izole edilmiģtir ve birçok araģtırmada RNA yı uzaklaģtırmak için sıklıkla kullanılmaktadır (Skvortsova et al., 2002). ribonükleaz enziminin gerçekleģtirdikleri hidroliz reaksiyonunun mekanizması ġekil 2 de verilmiģtir. 4

8 ġekil 2. Ribonükleazlar tarafından katalizlenen iki etkin reaksiyon gösterilmiģtir (Luhtala and Parker, 2010). 1.3 DNA ve DNA Ġzolasyonunun Önemi Genetik materyalin (DNA) yapısının aydınlatılması kuģkusuz 20. yüzyılın en önemli bilimsel buluģlarından birisidir(ġekil 3). James Watson ve Francis Crick, deoksiribonükleik asidin (D.N.A.) yapısı isimli çalıģmaları ile 1962 yılında fizyoloji ve tıp alanında Nobel Ödülünü kazanmıģlardır. Deoksiribonükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmalara ve bazı virüslerin canlılık iģlevleri ve biyolojik geliģmeleri için gerekli olan genetik talimatları taģıyan bir nükleik asittir. DNA nın baģlıca rolü bilginin uzun süreli saklanmasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileģenlerinin inģası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA bir kalıba benzetilebilir. Hayvan, bitki, mantar ve protistalar gibi ökaryotik canlılar DNA larını hücre çekirdeği içinde bulundururken arkea ve bakteriler gibi prokaryotik canlılarda hücre sitoplazmasında yer alır(glick et al., 2010). Kimyasal olarak DNA nükleotit olarak adlandırılan basit birimlerden oluģan iki uzun polimerden oluģur. Bu polimerlerin omurgaları, ester bağlarıyla birbirine bağlanmıģ Ģeker ve fosfat gruplarından meydana gelir. Bu iki iplik birbirlerine ters yönde uzanırlar. Her bir Ģeker grubunda baz olarak adlandırılan dört tip molekülden biri bağlıdır. DNA nın omurgası boyunca bu bazıların oluģturduğu dizi, genetik bilgiyi kodlar. Protein sentezi sırasında bu bilgi, genetik kod aracılığı ile okununca proteinlerin aminoasit dizisini belirler. Bu süreç sırasında DNA daki bilgi, DNA ya benzer yapıya sahip baģka bir nükleik asit olan RNA ya kopyalanır. Bu iģleme transkripsiyon denir(glick et al., 2010). 5

9 ġekil 3.A. DNA çift sarmalının genel görünümü. B. DNA çift sarmalının nükleotitleri ve arasındaki hidrojen bağlarının Ģematik gösterimi (Campbell and Reese, 2011). Biyolojinin genetik konusu hakkındaki bilgiler DNA nın keģfedilmesiyle yeni bir boyut kazanmıģtır. Çünkü DNA; bitki ve hayvanların birbirinden farklı olup türlerin nasıl evrimleģtiği, türler arası filogenetik (akrabalık) iliģkilerin belirlenmesini sağlar. Bu amaçla DNA keģfedildiğinden bu yana DNA izolasyonu çalıģmaları devam etmektedir. DNA izolasyonu genlerin çoğaltılması, türlerin tanımlanması, adli olaylarda suçluların yakalanması, genetik hastalıkların belirlenmesi gibi pek çok alanda insanlığa fayda sağlamaktadır. Bunun sonucunda DNA izolasyonunu hızlı ve standart bir hale getirmek için ticari kitler geliģtirilmiģtir. DNA izolasyonu, biyolojik örneklerden fiziksel ve kimyasal yöntemler kullanılarak DNA nın saflaģtırılması süreci olarak isimlendirilir. Ġlk DNA izolasyonunu Friedrich Miesher tarafından 1869 yılında gerçekleģtirmiģtir. Günümüzde DNA izolasyonu moleküler biyolojide rutin bir prosedür halini almıģtır (Dahm, 2008). DNA izolasyonunun temel prosedürü: genel olarak üç temel (hücre parçalanması, yıkama ve elüsyon aģamaları) ve iki de opsiyonel aģamadan oluģmaktadır. 6

10 Hücrenin parçalanması ya da hücre lizizi olarak bilinen aģamada, hücrelerden DNA ların açığa çıkması sağlanmaktadır. Hücre lizizinde bir deterjan ya da surfaktan ekleyerek membran lipitleri uzaklaģtırılmaktadır. Proteinleri uzaklaģtırmak için proteaz kullanılmaktadır. RNA ları uzaklaģtırmak için ise RNaz kullanılmaktadır. Deterjanlar, tuzlar ve reaktifler hücre parçalanması sırasında kullanılır. Bu aģamadan sonra; genellikle soğuk etanol veya izopropanol kullanılarak DNA nın bir araya gelerek çökmesi ve santrifüj yoluyla pellet oluģturması sağlanır. DNA izolasyonunda proteinleri uzaklaģtırmak için kullanılan ticari enzim olan Proteinaz K geniģ substrat spesifitesi ile stabil bir serin alkali proteaz olup Tritirachium album küfünden izole edilmektedir. Proteinaz K enziminin kristalizasyon ve moleküler yapı çalıģmaları ile aktif bölgesinde katalitik triatında aspartik asit, histidin ve serin amino asitlerinin olduğu ve serin proteazların subtilisinin ailesine üye olduğu gösterilmiģtir. Proteinaz K sıklıkla moleküler biyoloji uygulamalarında mikroorganizma, kültüre edilmiģ organizma veya bitki gibi örneklerden DNA ve RNA izolasyonusırasında istenmeyen proteinlerin parçalanmasında kullanılmaktadır. ph 7,5-12 aralığında ve 60 C de aktif olan bir proteazdır. Proteinaz K enzimi PMSF varlığında inhibe olduğundan bir serin proteaz olduğu bulunmuģtur (Betzel, 1988). DNA izolasyonunda kullanılan diğer bir enzim olan RNaz A sığır pankreasından elde edilmektedir. Bu enzim bir primidin nükleotidinin 3 fosfatına etki eden bir endoribonükleazdır. En yüksek aktivitesi tek iplikli RNA da bulunmuģtur. RNaz A nın aktivatörleri potasyum ve sodyum tuzlarıdır. Optimum sıcaklığı 60 C dir. Optimum ph 7.6 olup ph 6-10 aralığında aktiftir. RNaz A sıcaklık ve deterjanlara karģı stabildir. Bu enzim hem moleküler biyoloji çalıģmalarında hem de ilaç araģtırmalarında kullanılmaktadır. RNaz A nın en sık uygulama alanı plazmid DNA sı izole edilirken RNA nın uzaklaģtırılırken kullanılmasıdır (Sambrook et al., 1989). Moleküler biyolojik çalıģmalarda en temel basamak olan organizmalardan nükleik asitlerin özellikle de DNA nın izolasyonu veya saflaģtırılması yurt dıģı kaynaklı kitlerle gerçekleģtirilmektedir. Yeni yöntemlerin uygulanmasında DNA nın kullanılması bu konunun önemini daha da arttırmaktadır. Özellikle DNA izolasyonuna yönelik yeni enzim kaynaklarının araģtırılması ve olası yeni kitlerin geliģtirilmesi oldukça önemli görülmektedir. AraĢtırıldığı kadarıyla ülkemizde DNA izolasyon kiti ticari hale getirilememiģtir. Bu çalıģmada yurtdıģına bağımlılığı azaltacak ve ulusal ekonomiye büyük kazanç sağlayacak DNA izolasyon kitlerinin en önemli parçaları olan proteaz ve ribonükleaz enzimlerinin elde edilmesi amaçlanmıģtır. 7

11 2. YÖNTEM 2.1 Organizma Materyalleri Bu araģtırmada, alkalin ekstrasellüler proteaz (AEP) ve ekstrasellüler ribonükleaz (RNaz) üretiminde patojen olmayan ve toksik madde üretmeyen Yarrowia lipolytica suģları kullanılmıģtır. Ayrıca, DNA izolasyon denemelerinde prokaryotik hücre kültürü olarak bakterilerden patojen olmayan Escherichia coli ve Staphylococcus aureus; ökaryotik organizma olarak bitkilerden Arabidopsis thaliana; tek hücreli mayalardan Saccharomyces cerevisiae kullanılmıģtır. 2.2 ÇalıĢmada Kullanılan Besiyerleri Yeast Pepton Dekstroz (YPD) Broth/Agar Yeast Ekstrakt Pepton 10 g 20 g D- Dekstroz 20 g (Agar) Distile Su 20 g 1000 ml Besiyeri, distile suda çözülerek otoklavda 121 C de 15 dakika süre ile steril edilmiģtir. Bu besiyeri, mayaların stok kültür halinde saklanmasında ve maya hücrelerinin aktifleģtirilmesinde kullanılmıģtır (Atlas, 2004). Yağsız Süt Agar Yeast nitrogen base (amino asitsiz amonyum sülfatsız) Adenin Agar ph 7,0 fosfat tamponu 2 g 30 mg 20 g 900 ml Besiyeri, otoklavda 121 C de 15 dakika süre ile steril edilmiģ ve strerilizasyon sonucunda üzerine 100 ml steril yağsız süt ilave edilir ve karıģtırılmıģtır. Bu besiyeri ekstrasellüler alkalin proteaz enzim aktivitesinin tarandığı besiyeridir. Ġnkübasyon sonunda, proteolitik aktiviteye sahip Y. lipolytica strainleri opak besiyerinde açılma zonu oluģturmaktadır. (Cheng and Ogrydziak, 1987; Ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011). 8

12 Gliserol Proteoz Pepton (GPP) (ph 7,0) Gliserol Proteoz pepton (Difco) Yeast nitrogen base (amino asitsiz amonyum sülfatsız) Adenin 6,7 g 1,6 g 1,7 g 30 mg 100 mm fosfat tamponu (ph 7,0) 1000 ml Besiyeri, fosfat tamponunda çözülerek otoklavda 121 C de 15 dakika süre ile steril edilmiģtir. Bu besiyeri, mikroorganizmaların ekstrasellüler olarak ürettikleri enzimlerini salgıladığı ortamdır. (Cheng and Ogrydziak, 1987; Ogrydziak, 2003). RNA Agar Glukoz Proteoz-pepton (Difco) RNA (Torula yeast type VI) KH 2 PO 4 MgSO 4 7H 2 O CaCl 2 2H 2 O NaCl Tiamin Adenin Agar Distile su 10 g 4 g 2 g 0,145 g 0,4 g 0,15 g 0,1 g 1 mg 25 mg 20 g 1000 ml Besiyeri, distile suda çözülerek otoklavda 121 C de 15 dakika süre ile steril edilmiģtir. Bu besiyeri, ekstrasellüler ribonükleaz enzim aktivitesinin tarandığı besiyeridir. Ġnkübasyon sonunda, petrilerin üzerine Toluidine Blue O solüsyonu spreylenerek birkaç dakika sonra petrilerde koyu mavi zona karģı oluģan pembe zonun ekstrasellüler ribonükleaz aktivitesine sahip olduğunu göstermektedir (Cheng and Ogrydziak, 1987; Ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011). Gliserol Proteose Pepton-Sitrat (ph 5,0) Gliserol Proteoz pepton (Difco) 20 g 6 g 9

13 Yeast nitrogen base (amino asitsiz amonyum sülfatsız) 5 g Adenin 60 mg 100 mm sitrat tamponu (ph 5,0) 1000 ml Besiyeri, distile suda çözülerek otoklavda 121 o C de 15 dakika süre ile steril edilmiģtir. Bu besiyeri mikroorganizmaların ekstraselüler olarak ürettikleri enzimlerini salgıladığı ortamdır. Bu besiyerinde organizmaların ürettikleri ekstrasellüler ribonükleaz enzimin üretildiği besiyeridir (Cheng and Ogrydziak, 1986; Cheng and Ogrydziak, 1987; Ogrydziak, 2003). Triptik Soya Broth/Agar Triptik Soya Broth (Agar) Distile Su 30 g 20 g 1000 ml Besiyeri, distile suda çözülerek otoklavda 121 C de 15 dakika süre ile steril edilmiģtir. Bu besiyeri, bakteri kültürlerinin aktifleģtirilmesinde kullanılmıģtır (Atlas, 2004). Patetes Dekstroz Agar Potato Dextrose Agar Distile Su 39 g 1000 ml Besiyeri, otoklavda 121 C de 15 dakika süre ile steril edilmiģtir. Bu besiyeri, maya kültürünün aktifleģtirilmesinde kullanılmıģtır (Atlas, 2004). 2.3 ÇalıĢmada Kullanılan Çözelti ve Tamponlar 100 mm Fosfat Tamponu (ph 7,0) 39 ml 0,1 M NaH 2 PO 4 ve 61 ml 0,1 M Na 2 HPO 4 çözeltileri karıģtırılarak oluģturulmuģtur. 100 mm Sitrat Tamponu (ph 5,0) 20 ml 0,1 M sitrik asit ve 30 ml 0,1 M Na-sitrat çözeltileri karıģtırılmıģ ve distile su ile hacim 100 ml ye tamamlanarak oluģturulmuģtur. Toluidine Blue O (Sigma type O) % 50 lik etanolde % 0,1 lik toluidine blue O eklenerek solüsyon hazırlanır. Bu solüsyon RNA petrilerinde inkbasyon sonucunda besiyerine spraylenir ve koyu lacivert zemine karģı pembe zon oluģumu RNaz aktivitesini taranmasında kullanılmaktadır (Cheng and Ogrydziak, 1987; Ogrydziak, 2003). 10

14 50 mm Glisin-NaOH tamponu (ph 10,5) Glisin NaOH 3,75 g 2 g 1 L distile suda, glisin ve sodyum hidroksit ayrı ayrı çözülmüģ ve bu iki çözelti ph 10,5 olana dek birbiriyle karıģtırılmıģtır. Kazein çözeltisi 50 mm Glisin-NaOH tampon çözeltisinin 100 ml sinde 0,6 g olacak Ģekilde çözülerek hazırlanmıģtır. Trikloroasetikasit (TCA) çözeltisi (0,44 M) 7,19 g (0,44 M) TCA 100 ml distile suda çözülerek hazırlanmıģtır. Sodyum karbonat çözeltisi (0,5 M) 5,3 g (0,5 M) Na2CO3 100 ml distile suda çözülerek hazırlanmıģtır. Folin-Ciocalteau reaktifi (yarı yarıya seyreltilmiģ) 100 ml Folin-Ciocalteu fenol, 100 ml distile suda seyreltilerek hazırlanmıģtır. RNA çözeltisi 100 mm sitrat tampon çözeltisinin 100 ml sinde 1,5 g RNA olacak Ģekilde çözülerek hazırlanmıģtır. Perkorik asit çözeltisi Perklorik asit % 12 Uranil asetat % 0,4 Tris-borat-EDTA tamponu (TBE) (5x/L) Trisma base (Sigma) Borik asit (Sigma) 54,0 g 27,5 g 0.5 M EDTA (Sigma) ph ,0 ml Bu tampon, agaroz jel elektroforezinde DNA ve PCR ürünlerinin yürütülmesinde kullanılmıģtır (Liu et al., 2000). Jel yükleme tamponu (6x) Orange G % 0,4 Sükroz % 40 11

15 Ultra saf su 10 ml Lizis tamponu EDTA (Sigma) ph 8,0 NaCl (Sigma) 60 mm 150 mm SDS (Sigma) % 1 Tris-HCl (Sigma) ph 8,0 400 mm Bu tampon, kendi oluģturduğumuz DNA izolasyonunda hücreyi parçalamada kullanılan tampondur (Liu et al., 2000). 2.4 Alkalin Ekstrasellüler Proteaz (AEP) Enzim Üretiminin Taranması AEP enzim aktivitesinin belirlenmesinde kullanılan Y. lipolytica maya kültürlerinin büyütülmesinde sıvı YPD besiyeri, maya strainlerinin AEP aktivite taramasında ise yağsız süt agar besiyeri kullanılmıģtır (Ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011). 27 C de 24 saat boyunca sıvı YPD besiyerinde 10 7 hücre/ml mertebesinde büyütülmüģ maya strainleri, daha önceden hazırlanmıģ olan yağsız süt agar petrilerine her bir petriye 20 μl maya kültürü gelecek Ģekilde spotlanmıģtır. Petriler, 27 C de 48 saat inkübe edilmiģtir. Yağsız süt agar petrileri azot kaynağı olarak kazein içermektedir. Belirtilen inkübasyon sürelerinin sonunda, yağsız süt agar petrilerinde meydana gelen kazeinin parçalanması sonucunda oluģan zon açıklıklarının çapları ölçülmüģtür (Ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011; Chitra et al., 2011). 2.5 AEP Enziminin Üretimi Yağsız süt agarda AEP aktivite taramasında semikantitatif olarak en yüksek alkalin proteaz enzim aktivitesi gösteren Y. lipolytica TEM YL 5 straini ile çalıģmalara devam edilmiģtir.18 saatlik sıvı YPD kültürlerinden alınan 250 μl maya hücre süspansiyonları, 250 ml 100 mm fosfat tamponu ile tamponlanmıģ gliserol proteose pepton (GPP ph 6,8) besiyerini içeren 1000 ml lik erlenlere inoküle edilmiģ ve 27 C 150 rpm de 72 saat inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonucunda, ekstrasellüler enzimin olduğu düģünülen süpernatant, 4 C de 6000 rpm 10 dakika santrifüjlenmiģtir. Santrifüjden sonra, süpernatant 0,22 μm lik milipor membranlar ile süpernatant filtre edilerek maya hücrelerinden tamamen arındırılmıģtır. Elde edilen süpernatantlar steril bir ortam ĢiĢesinde toplanmıģ, toplam protein miktarı ve alkali proteaz aktivitesi aģağıda belirtildiği Ģekilde ölçülmüģtür(ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011). 12

16 2.6 Alkalin Proteaz Aktivitesinin Belirlenmesi Proteaz aktivitesi Takami ve ark. (1989) a göre modifiye yöntem kullanılarak ölçülmüģtür. 0,05 ml enzim 50 mm glisin-naoh tamponunda (ph 10,5) hazırlanan % 0,6 lık kazein çözeltisinin 0,5 ml si ile karıģtırılarak 30 C da 20 dakika su banyosunda inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonunda reaksiyon, ortama 0,5 ml 0,44 M trikloroasetik asit çözeltisi ilave edilerek durdurulmuģ ve 10 dakika oda sıcaklığında inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonunda karıģım 10 dk süre ile 8000 rpm de santrifüjlenmiģtir. 0,25 ml süpernatant, 1,25 ml 0,5 M Na2CO3 ve karıģıma 2 kat seyreltilmiģ Folin-Ciocalteu reaktifinden 0,25 ml ile karıģtırıldıktan sonra oda sıcaklığında 30 dk bekletilmiģtir. Süre sonunda örneklerin 660 nm deki absorbans değerleri (Cary 50, Varian) ölçülmüģtür. Enzim aktivitesi standart tirozin grafiği oluģturularak aģağıda verilen formül ile hesaplanmıģtır. (OD / Eğim) x Seyreltme Faktörü x Toplam Hacim(ml) Enzim Aktivitesi (U/ml/dak) = Enzim Hacmi ml x İnkübasyon Süresi(dak) Bir birim alkalin proteaz aktivitesi, kazeinin hidrolizi sonunda, 30 C de, ph 10,5 da dakikada 1μg tirozin oluģturan enzim miktarı olarak ifade edilmiģtir (Kazan et al., 2005; Kazan et al., 2009) Tirozin standart grafiğinin hazırlanması Alkalin proteaz aktivitesi hesaplamasında kullanılacak olan tirozin standart grafiğinin çıkarılması için, 50 mm glisin-nacl-naoh tamponunda (ph 10,5) μg/ml tirozin içeren çözeltiler hazırlanmıģtır. Farklı konsantrasyonda tirozin içeren her bir çözeltiden 0,5 ml temiz tüplere aktarılarak üzerine 2,5 ml 0,5 M Na 2 CO 3 ve iki kez seyreltilmiģ Folin reaktifi ilave edilmiģtir. Reaksiyon karıģımı, oda sıcaklığında 30 dakika bekletilerek 660 nm deki absorbans değerleri (Cary 50, Varian) okunmuģtur. Tirozin miktarına bağlı olarak okunan 660 nm deki absorbanslardan yararlanılarak, tirozin standart grafiği çizilmiģtir (ġekil 4). Bu eğriden yararlanılarak örneklerdeki alkalin proteaz aktiviteleri hesaplanmıģtır (Takami et al., 1989). ġekil 4.Tirozin standart grafiği. 13

17 2.7 Ekstrasellüler Ribonükleaz (RNaz) Enzim Aktivitesinin Taranması Ekstrasellüler RNaz aktivite taramasında kullanılan Y. lipolytica maya kültürlerinin büyütülmesinde sıvı YPD besiyeri, maya strainlerinin RNaz aktivite taramasında ise RNA agar besiyeri kullanılmıģtır (Ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011).27 C de 24 saat boyunca sıvı YPD besiyerinde 10 7 hücre/ml mertebesinde büyütülmüģ maya strainleri, daha önceden hazırlanmıģ olan RNA agar petrilerine her bir petriye 20 μl maya kültürü gelecek Ģekilde spotlanmıģtır. Petriler, 27 C de saat inkübe edilmiģtir. Belirtilen inkübasyon sürelerinin sonunda, her RNA agar petrisine daha önceden hazırlanmıģ Toluidine Blue O solüsyonu spreylenmiģ ve birkaç dakika sonucunda RNA agar petrilerinde koyu lacivert zemine karģı hücrelerin etrafında oluģan pembe zon çapları ölçülmüģtür. (Ogrydziak, 2003). 2.8 Ekstrasellüler RNaz Enziminin Üretimi RNA agarda ekstrasellüler RNaz enzim aktivite taramasında semikantitatif olarak en yüksek ekstrasellüler RNaz enzim aktivitesi gösteren Y. lipolytica TEM YL 21 straini ile çalıģmalara devam edilmiģtir.18 saatlik sıvı YPD kültürlerinden alınan 100 μl maya hücre süspansiyonları, 250 ml 100 mm sitrat tamponu ile tamponlanmıģ gliserol proteose pepton sitrat (GPP-sitrat ph 5,0) besiyerini içeren 1000 ml lik erlenlere inoküle edilmiģ ve 27 C 150 rpm de 72 saat inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonucunda, ekstrasellüler enzimin olduğu düģünülen süpernatant, 4 C de 6000 rpm 10 dakika santrifüjlenmiģtir. Santrifüjden sonra, süpernatant 0,22 μm lik milipor membranlar ile süpernatant filtre edilerek maya hücrelerinden tamamen arındırılmıģtır. Elde edilen süpernatantlar steril bir ortam ĢiĢesinde toplanmıģ, protein miktarı ve RNaz aktivitesi yöntemde belirtildiği Ģekilde ölçülmüģtür(ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011). 2.9 RNaz Aktivitesinin Belirlenmesi Ribonükleaz (RNaz) aktivitesi, Cheng ve Ogrydziak (1986) tarafından belirtilen RNA hidroliz yöntemi kullanılarak saptanmıģtır. 50 µl enzim solüsyonu, 100 µl 100 mm sodyum sitrat tamponu (ph 5,0), 300 µl ultra saf su ve 50 µl sodyum sitrat tamponunda hazırlanmıģ % 1,5 lik RNA (Torula Tip VI) ile karıģtırılarak 30 C de 45 dakika su banyosunda inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonunda reaksiyon, ortama 500 µl % 0,4 uranil asetat içeren % 12 perklorik asit (v/v) ilave edilerek durdurulmuģ ve karıģım buz içinde soğutularak santrifüjlenmiģtir. Santrifüjleme sonucunda örnekler uygun oranda seyreltilerek 260 nm deki absorbans değerleri (Cary 50, Varian) ölçülmüģtür. Bir birim ribonükleaz (RNaz) aktivitesi, RNA hidrolizi sonucunda 30 C de 1 dakikada 260 nm absorbansdaki 0,1 lik değer artıģına sebep olan enzim miktarı olarak ifade edilmiģtir (Cheng and Ogrydziak, 1986). 14

18 2.10 Toplam Protein Miktarının Tayini Protein miktarı sığır serum albumininin (BSA) standart olarak kullanıldığı, Bradford yöntemi kullanılarak tayin edilmiģtir (Bradford, 1976). Protein standart grafiğinin oluģturulması için, 10 mg BSA 10 ml distile suda çözülmüģtür. 1 mg/ml BSA çözeltisine 9 ml distile su eklenerek seyreltme yapılmıģtır. Konsantrasyonu duyarlılık içinde kalan standartlar (10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 ve 100 μg BSA/ml olacak Ģekilde) uygun seyreltme yapılarak hazırlanmıģtır. 0,05 ml örnek üzerine 1 ml Coomasie Blue reaktifi eklendikten sonra karıģımın 595 nm deki absorbans değeri (Cary 50, Varian) ölçülmüģtür (ġekil 5). Elde edilen verilerden aģağıdaki formül yardımıyla protein miktarı hesaplanmıģtır (Spector, 1978). Protein (mg/ml) = OD595 x Seyreltme Faktörü Eğim ġekil 5. Protein standart grafiği Üretilen AEP ve RNaz Enzimlerinin Ticari Kitlerde Bulunan Proteinase K ve RNase A Enzimleriyle KarĢılaĢtırılması Gram Negatif Bakterilerden DNA Ġzolasyonu Gram negatif bir bakteri olan E.coli den DNA izolasyonu, NanoHelix firmasının PureHelix Genomic DNA Prep Kitinin (Bacteria) Gram-negative bacteria protokolü kullanılarak gerçekleģtirilmiģtir µl triptik soya agar besiyerinde kültüre edilmiģ E.coli bakterisi rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant uzaklaģtırılmıģtır. 2. Hücre pelleti üzerine 350 µl NGD1 tamponu ilave edilmiģtir ve yaklaģık 1 dakika vorteks ile Ģiddetli bir Ģekilde karıģtırılmıģtır. 15

19 3. Hücre lizatı üzerine 8 µl Proteinaz K* (10 mg/ml) ilave edilmiģ ve pipetle karıģtırılmıģtır. 70 C 10 dakika inkübe edildikten sonra 5 dakika buzda soğutulmuģtur rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. 4. Süpernatant yeni bir 1,5 ml mikrosantrifüj tüpüne aktarılmıģ ve üzerine 400 µl NGD2tamponu ilave edilmiģtir. Daha sonra, yaklaģık 1 dakika vorteks ile Ģiddetli bir Ģekilde karıģtırılmıģ ve rpm de 5 dakika santrifüjlenmiģtir. 5. Süpernatant, bir 2 ml lik toplama tüpüne yerleģtirilen bir spin kolona aktarılmıģtır ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. Toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. 6. Spin kolona 500 µl WB tamponu eklenmiģtir ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. Toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. (Bu basamak 2 kere tekrarlanmıģtır) 7. Kalan WB tamponu uzaklaģtırmak için spin kolon rpm de 2 dakika santrifüjlenmiģtir. 8. Santrifüjden sonra 2 ml lik toplama tüpü atılmıģ ve spin kolon dikkatli bir Ģekilde temiz bir ependorf tüpüne aktarılmıģtır. Spin kolonun tam merkezine 50 µl Elutiontamponu ilave edilmiģtir. Spin kolon rpm de 2 dakika santrifüjlendikten sonra spin kolon atılmıģ ve DNA -20 C de saklanmıģtır. * Proteinase K yerine 200 µl AEP enzim süpernatantı ilave edilmiģtir ve hücre lizatı 30 C de inkübe edilmiģtir Gram Pozitif Bakterilerden DNA Ġzolasyonu Gram pozitif bir bakteri olan S. aureus tan DNA izolasyonu, NanoHelix firmasının PureHelix Genomic DNA Prep Kitinin (Bacteria) Gram-positive bacteria protokolü kullanılarak gerçekleģtirilmiģtir µl triptik soya agar besiyerinde kültüre edilmiģ S. aureus bakterisi rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant uzaklaģtırılmıģtır. 2. Hücre pelleti 300 µl Cell Resuspension Solution ile yeniden homojen hale getirilmiģtir. 3. Daha sonra bu solüsyona 2 µl Lysosyme (100 mg/ml) eklenmiģtir ve pipetle iyi bir Ģekilde karıģtırılmıģtır ve 37 C 1 saat inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonucunda, rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant uzaklaģtırılmıģtır. 4. Hücre pelleti üzerine 350 µl NGD1 tamponu ilave edilmiģtir ve yaklaģık 1 dakika vorteks ile Ģiddetli bir Ģekilde karıģtırılmıģtır. 5. Hücre lizatı üzerine 8 µl Proteinaz K* (10 mg/ml) ilave edilmiģ ve pipetle karıģtırılmıģtır. 70 C 10 dakika inkübe edildikten sonra 5 dakika buzda soğutulmuģtur rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. 16

20 6. Süpernatant yeni bir 1,5 ml mikrosantrifüj tüpüne aktarılmıģ ve üzerine 400 µl NGD2tamponu ilave edilmiģtir. Daha sonra, yaklaģık 1 dakika vorteks ile Ģiddetli bir Ģekilde karıģtırılmıģ ve rpm de 5 dakika santrifüjlenmiģtir. 7. Süpernatant, bir 2 ml lik toplama tüpüne yerleģtirilen bir spin kolona aktarılmıģtır ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. Toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. 8. Spin kolona 500 µl WB tamponu eklenmiģtir ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. Toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. (Bu basamak 2 kere tekrarlanmıģtır) 9. Kalan WB tamponu uzaklaģtırmak için spin kolon rpm de 2 dakika santrifüjlenmiģtir. 10. Santrifüjden sonra 2 ml lik toplama tüpü atılmıģ ve spin kolon dikkatli bir Ģekilde temiz bir ependorf tüpüne aktarılmıģtır. Spin kolonun tam merkezine 50 µl Elutiontamponu ilave edilmiģtir. Spin kolon rpm de 2 dakika santrifüjlendikten sonra spin kolon atılmıģ ve DNA -20 C de saklanmıģtır. * Proteinase K yerine 200 µl AEP enzim süpernatantı ilave edilmiģtir ve hücre lizatı 30 C de inkübe edilmiģtir Maya Hücresinden DNA Ġzolasyonu S. cerevisiae mayasından DNA izolasyonu, Intron Biotechnology firmasının i-genomic BYF DNA Mini Kitinin Yeast protokolü kullanılarak gerçekleģtirilmiģtir µl patetes dekstroz agar besiyerinde kültüre edilmiģ S. cerevisiae mayası rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant uzaklaģtırılmıģtır. 2. Hücre pelleti üzerine 200 µl BYP tamponu ve 2 µl 2-Mercaptoethanolilave edilmiģ ve 30 saniye Ģiddetli bir Ģekilde vorteksle karıģtırılmıģtır. 37 C de 15 dakika inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonunda, oda sıcaklığında rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant atılmıģtır. 3. Hücre lizatı üzerine 100 µl MP tamponu ve 3 µl Litikaz enzim solüsyonu ilave edilmiģ ve 30 saniye Ģiddetli bir Ģekilde vorteksle karıģtırılmıģtır. 37 C de 15 dakika inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonunda, oda sıcaklığında rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant atılmıģtır. 4. Maya hücrelerini tamamen parçalamak için 200 µl MG tamponu, 10µl Proteinaz K* ve 5µl RNaz** enzim solüsyonları ilave edilmiģ ve 30 saniye Ģiddetli bir Ģekilde vorteksle karıģtırılmıģtır. 65 C de 30 dakika inkübe edilmiģtir. 5. Hücre lizatı üzerine 250 µl MB tamponu ilave edilmiģtir ve ependorf tüpü 5-6 kez ters düz yapılarak karıģtırılmıģtır. Daha sonra, bu karģımın üzerine 250 µl % 80 17

21 Etanolsolüsyonu ilave edilmiģtir ve ependorf tüpü 5-6 kez ters düz yapılarak karıģtırılmıģtır. 6. Bu karıģımın 750 µl si yeni bir spin kolona aktarılmıģ ve oda sıcaklığında rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve toplama tüpüne geçen solüsyon atılmıģtır. 7. Spin kolon yeni bir toplama tüpüne yerleģtirilmiģ ve spin kolona 700 µl MW tamponu ilave edilmiģtir. Oda sıcaklığında rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve toplama tüpüne geçen solüsyon atılmıģtır. Spin kolonun membranı kuru hale gelinceye kadar santrifüj iģlemi devam etmiģtir. 8. Son aģamada, spin kolon yeni bir ependorf tüpünün içine yerleģtirilmiģ, spin kolonun membranının üzerine gelecek Ģekilde 50 µl ME tamponu ilave edilmiģ ve oda sıcaklığında 1 dakika inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonunda, spin kolon rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve spin kolondan ependorfa geçen solüsyon kalıp DNA olarak kullanılmıģtır. * Proteinaz K yerine 400 µl AEP enzim süpernatantı ilave edilmiģtir ve hücre lizatı 30 C de inkübe edilmiģtir. **RNaz A yerine 200 µl RNaz enzim süpernatantı ilave edilmiģtir ve hücre lizatı 30 C de inkübe edilmiģtir Bitki Hücresinden DNA Ġzolasyonu A. thaliana bitkisinden DNA izolasyonu, Geneaid firmasının Genomic DNA Mini Plant Kitinin protokolü kullanılarak gerçekleģtirilmiģtir. 1. 0,1 g taze A. thaliana yaprağı sıvı azot ile dondurulmuģ ve bir havan yardımıyla dövülerek toz haline getirilmiģtir. Daha sonra, toz haline getirilmiģ yaprak bir ependorf tüpüne aktarılmıģtır. 2. Örneğe 400 µl GPX1 tamponu ve 5 µl RNaz A* enzimi ilave edilmiģ ve vorteks ile karıģtırılmıģtır. Daha sonra 60 C de 10 dakika inkübe edilmiģtir. 3. Ġnkübasyon sonucunda, hücre lizatına 100 µl GP2 tamponu eklenmiģ, vorteksle karıģtırılmıģ ve buzda 3 dakika inkübe edilmiģtir. 4. Bu hücre lizatı toplama tüpü ile kombine bir filtreli kolona aktarılmıģ ve 2500 rpm de 30 saniye santrifüjlenmiģtir. 5. Toplama tüpüne geçen yaklaģık 400 µl hücre lizatı yeni bir ependorf tüpüne aktarılmıģ ve üzerine 600 µl GP3 tamponu ilave edilmiģ ve yeni bir GD kolona aktarılmıģtır. Daha sonra rpm de 5 dakika santrifüjlenmiģ ve toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. 6. Daha sonra, GD kolonuna 400 µl W1 tamponu eklenmiģ ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. 18

22 7. GD kolonuna 600 µl Wash Buffer tamponu eklenmiģ ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģ ve toplama tüpüne geçen fraksiyon atılmıģtır. Ayrıca kuru kolon yüzeyi elde etmek için boģ GD kolonu rpm de 3 dakika santrifüjlenmiģ ve toplama tüpü atılmıģtır. 8. GD kolonu temiz bir ependorf tüpüne aktarılmıģ ve GD kolonunun filtresinin üzerine gelecek Ģekilde 50 µl Elution Buffer eklenmiģ, 5 dakika oda sıcaklığında inkübe edilmiģ ve rpm de 1 dakika santrifüjlenmiģtir. Ependorf tüpüne geçen solüsyon kalıp DNA olarak kullanılmıģtır. * RNaz A yerine 200 µl RNaz enzim süpernatantı ilave edilmiģtir ve hücre lizatı 30 C de inkübe edilmiģtir Üretilen AEP ve RNaz Enzimleriyle Birlikte Farklı Kimyasal Solüsyonlarla Hazırladığımız DNA Ġzolasyon Protokolünün Farklı Canlılarda Kullanılması E.coli, S. aureus, S. cerevisiae, A. thaliana gibi farklı canlılardan DNA izolasyonu, geliģtirdiğimiz DNA izolasyon yöntemiyle gerçekleģtirilmiģtir. 1. Yukarıda belirtilen canlılar uygun besiyerlerinde ve Ģartlarda üretilmiģtir (E.coli ve S. aureus bakterileri ve S. cerevisiae maya hücreleri sıvı kültürde üretilmiģ, A. thaliana bitki kültüründen alınmıģtır). 2. 0,1 g taze Arabidopsis thaliana yaprağı sıvı azot ile dondurulmuģ ve bir havan yardımıyla dövülerek toz haline getirilmiģtir. Daha sonra, toz haline getirilmiģ yaprak bir ependorf tüpüne aktarılmıģtır. Diğer canlılar ise sıvı besiyerinde bir gece büyütülen kültür steril bir ependorf tüpüne aktarılmıģ, rpm de 5 dakika santrifüjlenerek hücreler çöktürülmüģ ve daha sonra süpernanat uzaklaģtırılmıģtır. 3. Pellet üzerine 500 μl lizis tamponu ilave edilmiģ ve karıģım homojen olana dek karıģtırılmıģtır. 4. Hücre lizatı üzerine 200 µl AEP ve 200 µl RNaz enzim süpernatantları ilave edilmiģtir ve hücre lizatı 30 C de inkübe edilmiģtir. 5. KarıĢım rpm de, 4 C de, 5 dakika santrifüjlenmiģ, süpernatant yeni ve steril bir ependorf tüpüne aktarılmıģtır. 6. Yeni tüpe aktarılan sıvının üzerine eģit hacimde izopropil alkol ilave edilmiģ ve homojen karıģım sağlana dek karıģtırılmıģtır. 7. KarıĢım rpm de, 4 C de, 2 dakika santrifüjlenmiģ ve süpernatant uzaklaģtırılmıģtır. 8. Daha sonra 300 μl %70 lik soğuk etanol ilave edilir ve rpm de, 4 C de, 1 dakika santrifüjlenmiģ ve etanol uçana kadar beklenilmiģtir. 19

23 9. Etanol uçtuktan sonra örnekler 50 μl ultra saf suda tekrar süspanse edilmiģ ve kullanılana kadar -20 C de saklanmıģtır DNA ın Saflık Kontrolü Elde edilen genomik DNA lar bütünlükleri bakımından agaroz jel elektroforezinde yürütülmüģtür. Agaroz jel elektoroforezi, 5 μl/100 ml SafeView ve %1 agaroz içeren mini jelde gerçekleģtirilmiģtir. Jel hazırlanmasında ve elektroforezde TBE tamponu kullanılmıģ, 5 μl DNA solüsyonu, 1,5 μl yükleme solüsyonu ile karıģtırılarak 90 voltta 75 dakika süreyle yürütülmüģtür. Elektroforezde marker olarak GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder (Fermentas) kullanılmıģtır. Elektroforez sonucunda baģlangıç noktasına yakın, yüksek molekül ağırlıklı tek bir bant gözlenmesi, izole edilen DNA ların bütünlüğünün tam olduğunu göstermiģtir (Sambrook et al., 1989; Ausubel et al., 1997). Agaroz jel elektroforezinin yanı sıra nükleik asitlerin saflık kontrolleri ve miktarları Nanodrop 2000 (Thermo Scientific) spektrofotometre kullanılarak A 260 /A 280 oranlarının ölçülmesi ile de kontrol edilmiģtir. 20

24 3. SONUÇLAR 3.1 AEP Enzim Üretiminin Taranması Denemeye alınan Y. lipolytica TEM YL 5 straini yağsız süt agar besiyerinde aktiviteye sahip olduğu bulunmuģ ve meydana getirdiği açılma zonu ġekil 6 da görülmektedir. ġekil 6. AEP enzim aktivitesi taranması sonrası Y. lipolytica TEM YL 5 straini tarafından yağsız süt agarda 27 C 48 saat inkübasyon sonucunda oluģan açılma zonu. 3.2 AEP Enziminin Üretimi Nitelolarak AEP enzimi üreten Y. lipolytica TEM YL 5 straini seçildikten sonra, bu strainin daha önceki araģtırmada (Akpınar et al., 2011) AEP enzimini en fazla gliserol proteose pepton (GPP, ph 6,8) besiyerinde ürettiği saptandığından AEP enzim üretimi GPP besiyerinde yapılmıģ ve 48. saat inkübasyonu sonucunda en fazla miktarda AEP enzimini ürettiği ve bu saatten sonra enzim miktarının azaldığı, alkalin proteaz aktivite tayini ile saptanmıģtır (ġekil 7). 21

25 ġekil 7.Y. lipolytica TEM YL 5 straininden AEP enziminin zamanla üretim grafiği. AEP enziminin en fazla üretim Ģartlarının belirlenmesinden sonra, Y. lipolytica TEM YL 5 suģu GPP besiyerinde (ph 6,8) 150 rpm de çalkalamalı olarak 27 C de 48 saat boyunca inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonucunda, AEP enzimi olduğu düģünülen enzim solüsyonu, 4 C de 8000 rpm 10 dakika santrifüjlenerek süpernatant elde edilmiģ ve maya hücreleri uzaklaģtırılmıģtır. Santrifüjden sonra, süpernatant 0,22 μm lik milipor membran ile filtre edilerek maya hücrelerinden tamamen uzaklaģtırılmıģ ve 500 ml ham AEP enzimi elde edilmiģtir. Elde edilen süpernatant steril bir ortam ĢiĢesinde toplanmıģ, süpernatantın toplam protein miktarı 80 mg (0,16 mg/ml protein) olarak bulunmuģtur. Aynı süpernatantın alkalin proteaz aktivitesi 79,305 U/ml/dak bulunmuģtur. 3.3 RNaz Enzim Üretiminin Taranması Denemeye alınan Y. lipolytica TEM YL 21 suģunun RNaz enzimini üretip üretmediği RNA agar besiyerinde inkübasyonu sonucunda Toluidine Blue O solüsyonu spreylenmesinden sonra meydana gelen koyu lacivert zemine karģı oluģan pembe açılma zonu meydana getirdiğinden RNA agar besiyerinde RNaz aktiviteye sahip olduğu bulunmuģ ve meydana getirdiği açılma zonu ġekil 8 de görülmektedir. ġekil 8. RNaz enzim aktivitesi taranması sonrası Y. lipolytica TEM YL 21 straini tarafından RNA agarda 27 C 48 saat inkübasyon sonucunda oluģan açılma zonu. 3.4 RNaz Enziminin Üretimi Nitel olarak AEP enzimi üreten Y. lipolytica TEM YL 21 straini seçildikten sonra, bu strainin daha önceki araģtırmada (Akpınar et al., 2011) RNaz enzimini en fazla gliserol proteose pepton sitrat (GPP-sitrat, ph 5,0) besiyerinde ürettiği saptandığından RNaz enzim üretimi GPP sitrat besiyerinde yapılmıģ ve 48. saat inkübasyonu sonucunda en fazla miktarda RNaz 22

26 Aktivite (U/ml) enzimini ürettiği ve bu saatten sonra enzim miktarının azaldığı, RNaz aktivite tayini ile saptanmıģtır (ġekil 9) Zaman (saat) ġekil 9.Y. lipolytica TEM YL 21 straininden RNaz enziminin zamanla üretim grafiği. RNaz enziminin en fazla üretim Ģartlarının belirlenmesinden sonra, Y. lipolytica TEM YL 21 suģu GPP-sitrat besiyerinde (ph 5,0) 150 rpm de çalkalamalı olarak 27 C de 48 saat boyunca inkübe edilmiģtir. Ġnkübasyon sonucunda, ekstrasellüler RNaz enzimi olduğu düģünülen enzim solüsyonu, 4 C de 8000 rpm 10 dakika santrifüjlenerek süpernatant elde edilmiģ ve maya hücreleri uzaklaģtırılmıģtır. Santrifüjden sonra, süpernatant 0,22 μm lik milipor membran ile filtre edilerek maya hücrelerinden tamamen uzaklaģtırılmıģ ve 500 ml ham RNaz enzimi elde edilmiģtir. Elde edilen süpernatant steril bir ortam ĢiĢesinde toplanmıģ, süpernatantın toplam protein miktarı 148 mg (0,296 mg/ml) olarak bulunmuģtur. Aynı süpernatantın ribonükleaz aktivitesi 20,745 U/ml/dak olarak bulunmuģtur. 3.5 Üretilen AEP ve RNaz Enzimlerinin Ticari Kitlerde Bulunan Proteinaz K ve RNaz A Enzimleriyle KarĢılaĢtırılması Gram Negatif Bakterilerden DNA Ġzolasyonu Gram negatif bakterilerden model organizma olan E. coli bakterisinden DNA izolasyonu, NanoHelix firmasının PureHelix Genomic DNA Prep Kitinin (Bacteria) Gram-negative bacteria protokolü değiģtirilmeden ve kitte bulunan ticari Proteinase K enzimi yerine AEP enzimi kullanılarak iki tekrarlı olarak gerçekleģtirilmiģtir. DNA izolasyonları sonucunda hem kit hem de AEP enziminin kullanıldığı protokollerde Nanodrop cihazı kullanılarak A 260 /A 280 oranları yaklaģık 1,8 çıkmıģ ve bu oran DNA ın saf olduğunu göstermektedir (Çizelge 1). Her iki protokolün elektroforez sonuçları incelendiğinde baģlangıç noktasına yakın, yüksek molekül ağırlıklı tek bir bant gözlenmiģ ve izole edilen DNA ların bütünlüğünün tam olduğunu saptanmıģtır (ġekil 10). 23

27 Çizelge 1.Farklı organizmalardan ticari DNA izolasyon kitleri ile AEP ve RNaz enzimleri kullanılarak izole edilen DNA ların spektrofotometrik yöntem ile saflık kontrolü. Organizma E. coli S. aureus S. cerevisiae A. thaliana Prosedür Nükleik Asit Konsantrasyonu (ng/µl) A 260 /A 280 Kit 25,13 1,75 Kit 20,54 1,76 AEP 30,08 1,82 AEP 25,17 1,81 Kit 22,46 1,72 Kit 23,81 1,70 AEP 44,21 1,80 AEP 49,13 1,81 Kit 30,73 1,92 Kit 33,09 1,95 AEP + RNaz 28,76 1,83 AEP + RNaz 27,12 1,82 Kit 25,18 1,84 Kit 23,56 1,82 RNaz 29,27 1,83 RNaz 28,45 1,83 ġekil 10.Farklı organizmalardan ticari DNA izolasyon kitleri ile AEP ve RNaz enzimleri kullanılarak izole edilen DNA ların agaroz jel elektroforezinde görünümü. M: marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder), 1, 2; E. coli bakterisinin ticari kit ile DNA izolasyonu, 3, 4; E. coli bakterisinin AEP enzimiyle birlikte DNA izolasyonu, 5,6; S. aureusbakterisinin ticari kit ile DNA izolasyonu, 7, 8; S. aureus bakterisinin AEP enzimiyle birlikte DNA izolasyonu, 9, 10; S. cerevisiae mayasının ticari kit ile DNA izolasyonu; 11, 12; S. cerevisiae mayasınınaep ve 24

28 RNaz enzimleriyle birlikte DNA izolasyonu; 13, 14; A. thaliana bitkisinin ticari kit ile DNA izolasyonu, 15, 16; A. thaliana bitkisininrnaz enzimiyle birlikte DNA izolasyonu sonuçları Gram Pozitif Bakterilerden DNA Ġzolasyonu Gram pozitif bakterilerden model organizma olan Staphylococcus aureus bakterisinden DNA izolasyonu, NanoHelix firmasının PureHelix Genomic DNA Prep Kitinin (Bacteria) Grampositive bacteria protokolü değiģtirilmeden ve kitte bulunan ticari Proteinase K enzimi yerine AEP enzimi kullanılarak iki tekrarlı olarak gerçekleģtirilmiģtir. DNA izolasyonları sonucunda kitin kullanıldığı protokolde Nanodrop cihazı kullanılarak A 260 /A 280 oranları 1,8 in altında çıkmıģtır. Dolayısıyla, kit protokolünde kullanılan ticari Proteinase K enziminin proteinlerin uzaklaģtırılmasında verimli sonuçlar vermediği bulunmuģtur. Bunun aksine AEP enziminin kullanıldığı protokolde Nanodrop cihazı kullanılarak A 260 /A 280 oranları yaklaģık 1,8 civarında ölçülmüģ ve AEP enziminin proteinleri uzaklaģtırmada verimli sonuçlar verdiği gözlemlenmiģtir (Çizelge 1). Her iki protokolün elektroforez sonuçları incelendiğinde baģlangıç noktasına yakın, yüksek molekül ağırlıklı tek bir bant gözlenmiģ ve izole edilen DNA ların bütünlüğünün tam olduğunu saptanmıģtır. Bununla birlikte kitin kullanıldığı protokolde gözlemlenen bantlar AEP enziminin kullanıldığı protolde gözlenen bantlara kıyasla daha az parlak olduğu bulunmuģtur. (ġekil 10) Maya Hücresinden DNA Ġzolasyonu Mayalardan model organizma olan Saccharomyces cerevisiae mayasından DNA izolasyonu, Intron Biotechnology firmasının i-genomic BYF DNA Mini Kitinin Yeast protokolüdeğiģtirilmeden ve kitte bulunan ticari Proteinase K enzimi yerine AEP enzimi ve RNaz A enzimi yerine RNaz enzimi kullanılarak iki tekrarlı olarak gerçekleģtirilmiģtir. DNA izolasyonları sonucunda hem kit hem de AEP ve RNaz enziminin kullanıldığı protokollerde Nanodrop cihazı kullanılarak A 260 /A 280 oranları yaklaģık 1,8 çıkmıģ ve bu oran DNA ın saf olduğunu göstermektedir (Çizelge 1). Her iki protokolün elektroforez sonuçları incelendiğinde baģlangıç noktasına yakın, yüksek molekül ağırlıklı tek bir bant gözlenmiģ ve izole edilen DNA ların bütünlüğünün tam olduğunu saptanmıģtır (ġekil 10) Bitki Hücresinden DNA Ġzolasyonu Çiçekli bitkilerden model organizma olan Arabidopsis thaliana bitkisinden DNA izolasyonugeneaid firmasının Genomic DNA Mini Plant Kitinin protokolü değiģtirilmeden ve kitte bulunan ticari RNaz A enzimi yerine RNaz enzimi kullanılarak iki tekrarlı olarak gerçekleģtirilmiģtir. DNA izolasyonları sonucunda hem kit hem de RNaz enziminin kullanıldığı protokollerde Nanodrop cihazı kullanılarak A 260 /A 280 oranları yaklaģık 1,8 çıkmıģ ve bu oran DNA ın saf olduğunu göstermektedir (Çizelge 1). Her iki protokolün elektroforez sonuçları 25

29 incelendiğinde baģlangıç noktasına yakın, yüksek molekül ağırlıklı tek bir bant gözlenmiģ ve izole edilen DNA ların bütünlüğünün tam olduğunu saptanmıģtır (ġekil 10). 3.6 Üretilen AEP ve RNaz Enzimleriyle Birlikte Farklı Kimyasal Solüsyonlarla Hazırladığımız DNA Ġzolasyon Protokolünün Farklı Canlılarda Kullanılması E.coli, S. aureus, S. cerevisiae, A. thaliana gibi farklı canlılardan DNA izolasyonu, geliģtirdiğimiz DNA izolasyon yöntemiyle gerçekleģtirilmiģtir.dna izolasyonları sonucunda AEP ve RNaz enzimlerinin kullanıldığı protokollerde Nanodrop cihazı kullanılarak A 260 /A 280 oranları 1,8 civarında çıkmıģ ve bu oran DNA ın saf olduğunu göstermektedir (Çizelge 2). Her iki protokolün elektroforez sonuçları incelendiğinde baģlangıç noktasına yakın, yüksek molekül ağırlıklı tek bir bant gözlenmiģ ve izole edilen DNA ların bütünlüğünün tam olduğunu saptanmıģtır (ġekil 11). Çizelge 2.Farklı organizmalardan hazırladığımız DNA izolasyon protokolü kullanılarak izole edilen DNA ların spektrofotometrik yöntem ile saflık kontrolü. Organizma E. coli S. aureus S. cerevisiae A. thaliana Prosedür Nükleik Asit Konsantrasyonu (ng/µl) A 260 /A 280 AEP 27,03 1,84 AEP 27,67 1,83 AEP 45,92 1,81 AEP 46,35 1,80 AEP + RNaz 27,72 1,82 AEP + RNaz 28,63 1,83 RNaz 29,12 1,85 RNaz 30,83 1,84 ġekil 11. Farklı organizmalardan hazırladığımız DNA izolasyon protokolü kullanılarak izole edilen DNA ların agaroz jel elektroforezinde görünümü. M: marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder), 1, 2; E. coli bakterisinin AEP ve RNaz enzimleriyle birlikte DNA izolasyonu, 3,4; S. aureus bakterisinin AEP ve RNaz enzimleriyle birlikte DNA izolasyonu, 5, 6; S. cerevisiae 26

30 mayasının AEP ve RNaz enzimleriyle birlikte DNA izolasyonu; 7, 8; A. thaliana bitkisinin RNaz enzimiyle birlikte DNA izolasyonu sonuçları. TARTIġMA ve ÖNERĠLER Literatürde Y. lipolytica mayasından elde edilen AEP ve RNaz enzimlerinin üretimi, saflaģtırılması ve karakterizasyonu ile ilgili çalıģmalar mevcuttur (Ogrydziak and Mortimer, 1977; Simms and Ogrydziak, 1981; Ogrydziak and Scharf,1982; Cheng and Ogrydziak, 1986; Cheng and Ogrydziak, 1987; Matoba et al., 1988; Matoba and Ogrydziak, 1989;Ogrydziak, 2003; Akpınar et al., 2011). Y. lipolytica mayasından elde edilen AEP ve RNaz enzimlerinin moleküler biyolojide DNA izolasyonunda kullanılmasıyla ilgili literatür taramasında herhangi bir bilgiye rastlanmamıģtır. Ayrıca, ticari DNA izolasyonunda kullanılan ticari enzimler arasında AEP ve RNaz enzimleri yer almamaktadır. Dolayısıyla bu projede kullanılan enzimlerin DNA izolasyonunda ilk kez kullanılması çok büyük bir önem teģkil etmektedir. Ülkemizde Y. lipolytica mayasından AEP ve RNaz enzimlerinin üretimi, saflaģtırılması ve karakterizasyonu hakkında literatür taramalarında tek bir çalıģmanın olduğu ve bu çalıģmada bir Y. lipolytica suģunun Gliserol-Proteoz-Pepton (GPP) besiyerinde 27 C, ph 6,8, 48 saat süre sonucunda AEP enzimini en yüksek seviyede ürettiği bildirilmiģtir. Ayrıca AEP enziminin C aralığında aktivite gösterdiği ve optimum sıcaklığının 30 Colduğu, ph 8,0-11 aralığında aktivite gösterdiği ve optimum ph sının 10,5 olduğu, sodyum dodesil sülfat (SDS) gibi farklı yüzey aktif maddelere karģı dayanıklı olduğu, birçok monovalent ve divalent metal iyonlarıyla aktivitesinin arttırdığı,nano LC-ESI-MS/MS analizi ile kimotripsin benzeri serin proteaz olduğu açıklanmıģtır. Aynı çalıģmada, baģka bir Y. lipolytica suģunun Gliserol- Proteoz-Pepton sitrat (GPP-sitrat) besiyerinde 27 C, ph 5,0, 48 saat süre sonucunda RNaz enzimini en yüksek seviyede ürettiği bulunmuģtur. Ayrıca RNaz enziminin C aralığında aktivite gösterdiği ve optimum sıcaklığının 30 C olduğu, ph 3-8 aralığında aktivite gösterdiği ve optimum ph sının 5,0 olduğu; birçok monovalent ve divalent metal iyonlarıyla aktivitesinin arttırdığı; ribonükleotid parçalama spesifitesinin yüksek olduğu ve bütün ribonükletitleri parçaladığı; nano LC-ESI-MS/MS analizi ile ribonükleaz T2 sınıfına ait bir ribonükleaz olduğu bildirilmiģtir (Akpınar, 2013). Daha önce yapılan çalıģmalarda, Y. lipolytica mayasından elde edilen AEP ve RNaz enzimlerininin karakteristikleri saptanmıģ ancak DNA izolasyonunda kullanımı ile ilgili bir çalıģmaya rastlanmamıģtır. Bu projede, ülkemizde izole edilmiģ, patojen olmayan ve toksik metabolit üretmeyen bir maya türünden elde edilen AEP ve RNaz enzimlerinin DNA izolasyonunda kullanımı araģtırılmıģ, her iki enzimin de ticari kitlerde bulunan enzimlerle rekabet edebilirliği saptanmıģ olup iyi bir potansiyel vadettiği gözlenmiģtir. ÇalıĢmamızdan 27

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI

NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI Dr. Zafer KÜÇÜKODACI GATA HEH Patoloji Servisi 22. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ 7 Kasım 2012 Manavgat DNA ve RNA NIN KANTİTASYONU Spektrofotometrik ölçüm Floresans teknik

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

BT 28 MİKROBİYAL KAYNAKLI LİPAZ ÜRETİMİNE KARBON KAYNAĞI OLARAK BİTKİSEL YAĞLARIN VE GLUKOZUN ETKİSİ

BT 28 MİKROBİYAL KAYNAKLI LİPAZ ÜRETİMİNE KARBON KAYNAĞI OLARAK BİTKİSEL YAĞLARIN VE GLUKOZUN ETKİSİ BT 28 MİKROBİYAL KAYNAKLI LİPAZ ÜRETİMİNE KARBON KAYNAĞI OLARAK BİTKİSEL YAĞLARIN VE GLUKOZUN ETKİSİ B. Ş. Şengel 1, S. Takaç 1, G. Dönmez 2 1 Ankara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri 1. Enzimler GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri Enzimler, hücreler ve organizmalardaki reaksiyonları katalizleyen ve kontrol eden protein yapısındaki bileşiklerdir. Reaksiyon hızını

Detaylı

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Hatice YILDIRAN. Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ

Hatice YILDIRAN. Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ Hatice YILDIRAN Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ GIDA TAKVİYELERİ Eğitim Yeri Eğitim Konusu : HOLLANDA-TNO : Gıda Takviyeleri Eğitim Süresi : 21 Aralık 2012-20 Mart 2013 Danışman : Dr. Koen VENEMA Eğitim

Detaylı

BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK

BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ Doç. Dr. Nurettin YÖREK DNA ile çalıģırken göz önünde bulundurmanız gereken temel özellikler: DNA basit bir moleküldür. Gerçekten! Sadece A, T, C ve G nükleotidlerini

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

TOPLAM NĐŞASTA-05 AACC Metodu (76-13)

TOPLAM NĐŞASTA-05 AACC Metodu (76-13) 1 GĐRĐŞ Nişasta α-d-glukoz birimlerinin polimerleşmesiyle oluşan polisakkaritir. Nişasta bitkilerin enerji deposu olup bitkilerin tohum, kök, yumru, gövde, meyve ve/veya yapraklarında bulunabilmektedir.

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI

MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI Çevre Mühendisliği Laboratuarlarında yaptığımız mikrobiyolojik deneylerde en çok buyyon ve jeloz besiyerlerini

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-10 IVD In vitro tanı amaçlı insan serum veya plazma (EDTA) örneklerinden viral DNA ve RNA izolasyon ve saflaştırılması amacıyla

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015 Mikrobiyal Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde funguslarda görülen

Detaylı

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması)

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) Gerek hayvansal yağlar gerekse bitkisel (nebati) yağlar, yağ asitlerinin gliserin (gliserol) ile oluşturdukları oldukça kompleks esterlerdir. Bu

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı

TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı Programa Kabul Koşulları: TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı Yüksek Lisans: Eczacılık Fakültesi, Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Kimya Bölümü, Mühendislik Fakültesi

Detaylı

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 1 Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde

Detaylı

ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ

ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEM YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Fenolik maddeler uçucu özellik göstermeyen safsızlıklardan distilasyon işlemiyle ayrılır ve ph 7.9 ± 0.1 de potasyum ferriksiyanür

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

Şarap Üretiminde Fermantasyon Süreci Doç. Dr. Elman BAHAR Öğretim Görevlisi Burcu ÖZTÜRK

Şarap Üretiminde Fermantasyon Süreci Doç. Dr. Elman BAHAR Öğretim Görevlisi Burcu ÖZTÜRK WINE CLUSTER IN TEKIRDAG: WCT TR0135.03-02/015 Şarap Üretiminde Fermantasyon Süreci Doç. Dr. Elman BAHAR Öğretim Görevlisi Burcu ÖZTÜRK Sunum İçeriği Fermantasyon tanımlar Spontan & Saf Kültür Fermantasyonu

Detaylı

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 8. Hafta (04.04.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 8. Hafta (04.04. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 8. Hafta (04.04.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği Bazı Temel Kavramlar Şekerlerin Tayini Enzimlerin

Detaylı

GÖRÜNÜR IŞIĞIN HAVUZ SULARININ DEZENFEKSİYONUNDA ALTERNATİF BİR YÖNTEM OLARAK KULLANILMASI

GÖRÜNÜR IŞIĞIN HAVUZ SULARININ DEZENFEKSİYONUNDA ALTERNATİF BİR YÖNTEM OLARAK KULLANILMASI GÖRÜNÜR IŞIĞIN HAVUZ SULARININ DEZENFEKSİYONUNDA ALTERNATİF BİR YÖNTEM OLARAK KULLANILMASI Hazırlayan Öğrenciler Dila Berfin UÇAN 7-F Ekin Ladin TÜRKMEN 7-F Danışman Öğretmen Melike TURAN İZMİR, 2014 İÇİNDEKİLER

Detaylı

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar AMAÇ: - Moleküler Biyoloji laboratuvarında kullanılan çözeltileri ve hazırlanışlarını öğrenmek. - Biyolojik tamponların kullanım amaçlarını,

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi

DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI Genel Bilgi 1. Çözelti İki ya da daha fazla maddenin herhangi bir oranda bir araya gelerek oluşturdukları homojen karışıma çözelti denir. Diğer bir deyişle, bir maddenin

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü. Doç.Dr.Engin DEVECİ HÜCRE KÜLTÜRÜ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak araştırmacılara kanser, kök hücre, hücre mekaniği çalışmaları gibi konularda hücre

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler DNA ve RNA İzolasyonu Dr Gülnur Güler DNA genetik bilgi deposu özellikle inaktif DNA nükleusda çok sıkı paketli çevresel, kimyasal ve fiziksel zararlı etkenlere dayanıklı Bu nedenlerle taze, dondurulmuş,

Detaylı

ZEDELENMĐŞ NĐŞASTA AACC Metodu (76-31)

ZEDELENMĐŞ NĐŞASTA AACC Metodu (76-31) GĐRĐŞ Buğdayın öğütülmesi prosesinde nişasta granülleri fiziksel olarak zarar görmekte olup zarar gören nişasta granülleri zedelenmiş nişasta olarak tanımlanmaktadır. Zedelenmiş nişasta miktarı unun su

Detaylı

Riketsia, Bedsonia, Klamidya ve virüsler canlı ortamlarda ürerler. Canlı ortamlar üç kısma ayrılır.

Riketsia, Bedsonia, Klamidya ve virüsler canlı ortamlarda ürerler. Canlı ortamlar üç kısma ayrılır. MİKRO ORGANİZMALARIN ÜRETİLMESİ İÇİN BESİYERLERİ Mikroorganizmaları izole etmek ve saf kültür olarak üretebilmek için birçok ortamlar geliştirilmiştir (Besiyerleri, vasatlar). Besi yerleri başlıca iki

Detaylı

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR?

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? Prof. Dr. METİN ATAMER Dr. EBRU ŞENEL ANKARA ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ SÜT TEKNOLOJİSİ BÖLÜMÜ Kaliteli süt üretimi için sağlanması gereken koşullar; Sağlıklı inek Özenli

Detaylı

00220 Gıda Biyokimyası

00220 Gıda Biyokimyası 00220 Gıda Biyokimyası Hazırlayan: Doç.Gökhan DURMAZ 00220 Gıda Biyokimyası-Şubat 2013 1 Bu notların hazırlanmasında aşağıdaki eserlerden yararlanılmıştır; Biyokimya, Engin Gözükara, Nobel Tip Kitabevi,

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

-1- Biüret Yöntemi. ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR Mikro pipet (1000 µl) Makro küvet (3 ml) 1 Vorteks Analitik terazi Spektrofotometre (540 nm)

-1- Biüret Yöntemi. ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR Mikro pipet (1000 µl) Makro küvet (3 ml) 1 Vorteks Analitik terazi Spektrofotometre (540 nm) 1 GĐRĐŞ Protein tayin kiti takip edilerek hazırlanmıştır. Protein tayin kiti kullanılarak örneklerde hızlı, güvenilir ve kolay bir şekilde protein miktarı saptanabilmektedir. Protein tayin kitinde gerçekleştirilen

Detaylı

İ Ç İ NDEKİ LER. Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1. Fiziksel Kimya ile İlgili Temel Kavramlar 52.

İ Ç İ NDEKİ LER. Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1. Fiziksel Kimya ile İlgili Temel Kavramlar 52. İ Ç İ NDEKİ LER Ön Söz xiii K I S I M 1 Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1 BÖLÜM 1 Giriş 3 1.1 Su 4 1.2 Atık Sular ve Su Kirliliği Kontrolü 5 1.3 Endüstriyel ve Tehlikeli Atıklar

Detaylı

ÖZEL EGE LİSESİ BUĞDAY YETİŞTİRİCİLİĞİNDE KULLANILAN HERBİSİDLERİN YARATTIĞI BİYOKİMYASAL DEĞİŞİMLER VE TOPRAK MİKROORGANİZMALARININ ÜZERİNE ETKİSİ

ÖZEL EGE LİSESİ BUĞDAY YETİŞTİRİCİLİĞİNDE KULLANILAN HERBİSİDLERİN YARATTIĞI BİYOKİMYASAL DEĞİŞİMLER VE TOPRAK MİKROORGANİZMALARININ ÜZERİNE ETKİSİ ÖZEL EGE LİSESİ BUĞDAY YETİŞTİRİCİLİĞİNDE KULLANILAN HERBİSİDLERİN YARATTIĞI BİYOKİMYASAL DEĞİŞİMLER VE TOPRAK MİKROORGANİZMALARININ ÜZERİNE ETKİSİ HAZIRLAYAN ÖĞRENCİ: Umut Can YAĞAN İZMİR 2006 İÇİNDEKİLER

Detaylı

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3

Detaylı

ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ

ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ ÇEVRE KİMYASI LABORATUVARI ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ 1. GENEL BİLGİLER Doğal sular ve atıksulardaki çözünmüş oksijen (ÇO) seviyeleri su ortamındaki fiziksel, kimyasal ve biyokimyasal aktivitelere bağımlıdır.

Detaylı

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ YAPILAN ÇALIŞMALAR ANALİZLER 1.1 GENEL ANALİZLER 1. KİMYASAL ANALİZLER kodu GM1101 Nem tayini Etüv yöntemi GM1102 Kül tayini Fırın yöntemi kuru yakma GM1103 Protein tayini Kjeldahl

Detaylı

RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında

RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında Bazlar : Nükleik Asitlerin karakteristik Özellikleri DNA RNA Yasin EREN Recep LiMAN Muhsin KONUK Nükleik Asitlerin Yapısı Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında TU T,U ve Sdışında d bazı theobromin, kafein,

Detaylı

YENĠ NESĠL ORTAM ve YÜZEY DEZENFEKSĠYONU (akacid plus )

YENĠ NESĠL ORTAM ve YÜZEY DEZENFEKSĠYONU (akacid plus ) YENĠ NESĠL ORTAM ve YÜZEY DEZENFEKSĠYONU (akacid plus ) MANTAR, VĠRÜS, KÜF VE BAKTERĠLERĠ YOK EDER, SAĞLIKLI YAġAM ALANLARI OLUġTURUR. % 100 EKOLOJĠK DEZENFEKSĠYONU SAĞLIYOR ve KÖTÜ KOKUKULARA SON VERĠYORUZ

Detaylı

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 2008, 25(1):59-69 ISSN 1300-3496 BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Özhan ŞİMŞEK 1 Fırat Ege KARAAT

Detaylı

0,5 ml numuneden manüel DNA pürifikasyonu için laboratuar protokolü

0,5 ml numuneden manüel DNA pürifikasyonu için laboratuar protokolü 0,5 ml numuneden manüel DNA pürifikasyonu için laboratuar protokolü Oragene ve ORAcollect ailesi toplama kitleriyle toplanan genomik DNA nın pürifikasyonu için. Diğer dillerdeki sürümleri ve diğer protokoller

Detaylı

I. DÖNEM - 2. DERS KURULU ( )

I. DÖNEM - 2. DERS KURULU ( ) Açıklamalar: I. DÖNEM - 2. DERS KURULU (2014-2015) Kısaltmalar: DK: Ders kurulu, IHU: İyi hekimlik uygulamaları, Mİng: Akademik/Medikal İngilizce, TDE: Türk Dili ve Edebiyatı, Bilgisayar Okur yazarlığı:

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU 1 Adana Bilim ve Teknoloji Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü CİHAZLAR: Analitik Terazi (DENVER).3 Analitik Terazi (AND GX600)..3 Biyogüvenlik Kabini (NUAIRE)

Detaylı

Bimes Biyomedikal Sistemler ve Sağlık Hizmetleri Tic. Ltd. Şti Çetin Emeç Bulvarı 6. Cad. 64/4 06460 A.Öveçler ANKARA Tel: (0 312) 473 17 83 Fax: (0

Bimes Biyomedikal Sistemler ve Sağlık Hizmetleri Tic. Ltd. Şti Çetin Emeç Bulvarı 6. Cad. 64/4 06460 A.Öveçler ANKARA Tel: (0 312) 473 17 83 Fax: (0 3M PETRİFİLM ENTEROBAKTER SAYIM PLAKALARI Birçok gıda ve içecek işletmecilerinin, patojen bakterileri öldürmek için uyguladıkları en az bir basamak vardır. Yalnız ambalajlama öncesinde tekrar kontaminasyon

Detaylı

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama

Detaylı

EYLÜL 2011 S0485&S0486

EYLÜL 2011 S0485&S0486 İSTANBUL İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2011 S0485&S0486 İstanbul İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

1. KİMYASAL ANALİZLER

1. KİMYASAL ANALİZLER 1. KİMYASAL ANALİZLER HPLC VE LC-MS/MS CİHAZLARI İLE YAPILAN ANALİZLER SORBAT TAYİNİ BENZOAT TAYİNİ KAFEİN TAYİNİ HMF TAYİNİ SUDAN TÜREVLERİ TAYİNİ VANİLİN TAYİNİ GLUKOZ, FRUKTOZ VE SUKROZ TAYİNİ SAPONİN

Detaylı

EVDE KİMYA SABUN. Yağ asitlerinin Na ve ya K tuzuna sabun denir. Çok eski çağlardan beri kullanılan en önemli temizlik maddeleridir.

EVDE KİMYA SABUN. Yağ asitlerinin Na ve ya K tuzuna sabun denir. Çok eski çağlardan beri kullanılan en önemli temizlik maddeleridir. EVDE KİMYA SABUN Yağ asitlerinin Na ve ya K tuzuna sabun denir. Çok eski çağlardan beri kullanılan en önemli temizlik maddeleridir. CH 3(CH 2) 16 COONa: Sodyum stearat (Beyaz Sabun) CH 3(CH 2) 16 COOK:

Detaylı

Biyokimya ya ya Giriş. Prof. Dr. Arif Altınta

Biyokimya ya ya Giriş. Prof. Dr. Arif Altınta Biyokimya ya ya Giriş Prof. Dr. Arif Altınta ntaş Biyokimya Yunanca canlı anlamındaki bios sözcüğünden köken alır Biyokimya canlı kimyası anlamına gelir Biyokimya canlı varlıkların yapı, oluşum, işlev

Detaylı

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara PE-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI E.DİLAN ve U.ÜNDÜZ azi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Mepe, Ankara 1.ÖZET Model protein olarak seçilen Bovine

Detaylı

SĠTOGENETĠK VE MOLEKÜLER TEKNĠKLERĠN KLĠNĠKTE UYGULAMA ALANLARI

SĠTOGENETĠK VE MOLEKÜLER TEKNĠKLERĠN KLĠNĠKTE UYGULAMA ALANLARI T.C. TRAKYA ÜNĠVERSĠTESĠ SAĞLIK BĠLĠMLERĠ ENSTĠTÜSÜ TIBBĠ BĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI YÜKSEK LĠSANS PROGRAMI Tez Yöneticisi Yrd. Doç. Dr. Hilmi TOZKIR SĠTOGENETĠK VE MOLEKÜLER TEKNĠKLERĠN KLĠNĠKTE UYGULAMA

Detaylı

Bacillus Amyloliquefaciens Kullanılarak α-amilaz Üretimine Substrat Partikül Boyutunun Etkisi

Bacillus Amyloliquefaciens Kullanılarak α-amilaz Üretimine Substrat Partikül Boyutunun Etkisi Gıda Teknolojileri Elektronik Dergisi Cilt: 9, No: 1, 2014 (1-5) Electronic Journal of Food Technologies Vol: 9, No: 1, 2014 (1-5) TEKNOLOJİK ARAŞTIRMALAR www.teknolojikarastirmalar.com e-issn:1306-7648

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

MAYIS 2012 S0501&S0502

MAYIS 2012 S0501&S0502 İSTANBUL GIDA KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU MAYIS 2012 S0501&S0502 İstanbul Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

MOLEKÜLER MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI ÇALIŞMA PROSEDÜRÜ

MOLEKÜLER MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI ÇALIŞMA PROSEDÜRÜ KOD.MİK.PR.02 YAYIN TRH. KASIM 2011 REV. TRH. EYLÜL 2012 REV. NO.1 SAYFA NO.1/14 1. AMAÇ: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında yürütülen faaliyetleri tanımlamak. 2. KAPSAM: Bu talimat, Moleküler mikrobiyoloji

Detaylı

EYLÜL 2010 S0461&S0462

EYLÜL 2010 S0461&S0462 İSTANBUL İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2010 S0461&S0462 İstanbul İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Doç. Dr. Işın N. Geren Yrd. Doç. Dr. Turgay Çakmak Yrd. Doç. Dr. Filiz Kısaayak Çollak Uzman Zeynep N. Koytak Araş. Gör. Fatma Sağır Araş. Gör. Kuaybe Yücebilgili (ÖYP)

Detaylı

EVDE BİYOTEKNOLOJİ. Yrd. Doç. Dr. Hüseyin UYSAL ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ 5. DERS

EVDE BİYOTEKNOLOJİ. Yrd. Doç. Dr. Hüseyin UYSAL ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ 5. DERS EVDE BİYOTEKNOLOJİ Yrd. Doç. Dr. Hüseyin UYSAL ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ 5. DERS STERİLİZASYON; BİTKİ DOKU KÜLTÜRLERİNDE KULLANILAN STERİLİZASYON YÖNTEMLERİ VE BU STERİLİZASYON

Detaylı

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ Koliform Bakteri Grubunun Tanımı Koliform grubunu oluşturan bakteriler; tamamı aerobik veya fakültatif anaerobik olan, gram negatif, spor oluşturmayan,

Detaylı

SIKÇA KARŞILAŞILAN HİLELER VE SAPTAMA YÖNTEMLERİ

SIKÇA KARŞILAŞILAN HİLELER VE SAPTAMA YÖNTEMLERİ SIKÇA KARŞILAŞILAN HİLELER VE SAPTAMA YÖNTEMLERİ Doğada yeterli ve dengeli beslenmenin gerektirdiği ögelerin tümünü amaca uygun biçimde içeren ve her yaştaki insanın beslenme kaynağı olarak kullanılabilecek

Detaylı

Envirocheck Contact plates; Yüzey Testi için 09.01

Envirocheck Contact plates; Yüzey Testi için 09.01 Envirocheck Contact plates; Yüzey Testi için 09.01 Mikrobiyel açıdan temiz olması gereken tüm yüzeylerde mikrobiyel kontaminasyonun belirlenmesinde kullanılan basit ve etkili bir araçtır. Plastik Petri

Detaylı

Adana Bilim ve Teknolji Üniversitesi. Biyomühendislik. Bölüm Tanıtım Katalogu. Yasamın İçinde...

Adana Bilim ve Teknolji Üniversitesi. Biyomühendislik. Bölüm Tanıtım Katalogu. Yasamın İçinde... Adana Bilim ve Teknolji Üniversitesi Biyomühendislik Bölüm Tanıtım Katalogu Yasamın İçinde.... Hakkımızda Bölümümüz Adana nın yükselen akademik değeri Adana Bilim ve Teknoloji Üniversitesi nde kurulmuştur.

Detaylı

İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1: MİKROBİYOLOJİYE GİRİŞ...1 BÖLÜM 2: MİKROORGANİZMALARIN MORFOLOJİLERİ.13 BÖLÜM 3: MİKROORGANİZMALARIN HÜCRE YAPILARI...

İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1: MİKROBİYOLOJİYE GİRİŞ...1 BÖLÜM 2: MİKROORGANİZMALARIN MORFOLOJİLERİ.13 BÖLÜM 3: MİKROORGANİZMALARIN HÜCRE YAPILARI... İÇİNDEKİLER BÖLÜM 1: MİKROBİYOLOJİYE GİRİŞ...1 1.1. Tanım ve Kapsam...1 1.2. Mikrobiyoloji Biliminin Gelişmesi...2 1.3. Mikroorganizmaların Hayatımızdaki Önemi...5 1.3.1. Mikroorganizmaların Yararları...5

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ

KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ Karbonun önemi Hücrenin % 70-95ʼ i sudan ibaret olup, geri kalan kısmın çoğu karbon içeren bileşiklerdir. Canlılığı oluşturan organik bileşiklerde karbon atomuna

Detaylı

TOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ)

TOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ) TOPRAK Toprak esas itibarı ile uzun yılların ürünü olan, kayaların ve organik maddelerin türlü çaptaki ayrışma ürünlerinden meydana gelen, içinde geniş bir canlılar âlemini barındırarak bitkilere durak

Detaylı

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ Örnekleme Çalışmaları: Önemli Noktalar DNA ÇALIŞMASI Projenin

Detaylı

LYS BÝYOLOJÝ. Biyolojiye Giriþ ve Bilimsel Yöntem Canlýlarýn Temel Bileþenleri Enzimler Canlýlarýn Sýnýflandýrýlmasý

LYS BÝYOLOJÝ. Biyolojiye Giriþ ve Bilimsel Yöntem Canlýlarýn Temel Bileþenleri Enzimler Canlýlarýn Sýnýflandýrýlmasý LYS BÝYOLOJÝ Soru Çözüm Dersi Kitapçığı 1 (MF) Biyolojiye Giriþ ve Bilimsel Yöntem Canlýlarýn Temel Bileþenleri Enzimler Canlýlarýn Sýnýflandýrýlmasý Bu yayýnýn her hakký saklýdýr. Tüm haklarý bry Birey

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2 DNA İzolasyonu

Detaylı

Hazırlayanlar İpek KARŞI Ayda ZEYBEK Sezgi KIPÇAK Türker GÜL. Danışmanlar Araş.Gör.Dr. Ali KOÇYİĞİT Araş.Gör. Caner VURAL 2012

Hazırlayanlar İpek KARŞI Ayda ZEYBEK Sezgi KIPÇAK Türker GÜL. Danışmanlar Araş.Gör.Dr. Ali KOÇYİĞİT Araş.Gör. Caner VURAL 2012 Ege Üniverstesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Uygulamalı Mikrobiyoloji Laboratuar Dersi Sauerkraut Turşusu Yapımı ve Mikrobiyolojik Analizi Hazırlayanlar

Detaylı

İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ

İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ Sema SALGIN *, Serpil TAKAÇ **, H.Tunçer ÖZDAMAR ** * Cumhuriyet Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Kimya Mühendisliği Bölümü

Detaylı

www.demiraylisesi.com

www.demiraylisesi.com YÖNETİCİ MOLEKÜLLER C, H, O, N, P atomlarından meydana gelir. Hücrenin en büyük yapılı molekülüdür. Yönetici moleküller hücreye ait genetik bilgiyi taşır, hayatsal faaliyetleri yönetir, genetik bilginin

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR. Mikro pipet (1000 µl) Ependorf tüpü (1.5 ml) Cam tüp (16X100 mm)

ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR. Mikro pipet (1000 µl) Ependorf tüpü (1.5 ml) Cam tüp (16X100 mm) 1 GĐRĐŞ Toplam lipid tayininde sülfo-fosfo-vanillin reaksiyonu takip edilmekte olup hızlı güvenilir ve kolay bir yöntem olduğu için tercih edilmiştir. Serum içerisindeki toplam lipid miktarının kantitatif

Detaylı

KLİMALARDA ÜREYEN BAKTERİLERE BİTKİSEL YAĞLARIN ETKİSİ

KLİMALARDA ÜREYEN BAKTERİLERE BİTKİSEL YAĞLARIN ETKİSİ KLİMALARDA ÜREYEN BAKTERİLERE BİTKİSEL YAĞLARIN ETKİSİ Hazırlayan Öğrenciler Fulya MORDOĞAN 7-B Pırıl ALP 7-B Danışman Öğretmen Demet EROL İZMİR, 2012 1 İÇİNDEKİLER 1. Proje özeti...3 2. Projenin amacı...3

Detaylı

TUTUKLANMIŞ SHIPWORM BAKTERİSİ (Teredinobacter turnirae) İLE PROTEAZ ÜRETİMİ

TUTUKLANMIŞ SHIPWORM BAKTERİSİ (Teredinobacter turnirae) İLE PROTEAZ ÜRETİMİ TUTUKLANMIŞ SHIPWORM BAKTERİSİ (Teredinobacter turnirae) İLE PROTEAZ ÜRETİMİ M. ELİBOL, M.Ş. TANYILDIZI, Ş. BULUT, D. ÖZER Fırat Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 23119, Elazığ

Detaylı

ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ/İSTASYONLARI MÜDÜRLÜKLERİ DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ 2014 YILI BİRİM FİYAT LİSTESİ. 1 ph 14,00. 2 Elektriksel İletkenlik 14,00

ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ/İSTASYONLARI MÜDÜRLÜKLERİ DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ 2014 YILI BİRİM FİYAT LİSTESİ. 1 ph 14,00. 2 Elektriksel İletkenlik 14,00 ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ/İSTASYONLARI MÜDÜRLÜKLERİ DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ 2014 YILI BİRİM FİYAT LİSTESİ Sıra No: SULAMA SUYU ANALİZLERİ: 2014 FİYATI 1 ph 14,00 2 Elektriksel İletkenlik 14,00 3 Sodyum (Na)

Detaylı

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. METABOLİZMA ve ENZİMLER METABOLİZMA Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. A. ÖZÜMLEME (ANABOLİZMA) Metabolizmanın yapım reaksiyonlarıdır. Bu tür olaylara

Detaylı

04.11.2008. Genel Bakış. PROTEĐNLERĐN TANIMLANMASI ve TAYĐN YÖNEMLERĐ. Protein moleküllerinin yapısı ve konformasyonu

04.11.2008. Genel Bakış. PROTEĐNLERĐN TANIMLANMASI ve TAYĐN YÖNEMLERĐ. Protein moleküllerinin yapısı ve konformasyonu Genel Bakış Proteinler, amino asitlerin belirli türde, belirli sayıda ve belirli diziliş sırasında karakteristik düz zincirde birbirlerine kovalent bağlanmasıyla oluşmuş polipeptitlerdir. PROTEĐNLERĐN

Detaylı