PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları

Transkript

1 PBS Betiği Hazırlama ve PBS Komutları I. Ulusal Yüksek Başarım ve Grid Konferansı Nisan 2009, ODTÜ, Ankara

2 İÇERİK PBS Betik Dili PBS Seçenekleri PBS Betiğinin Hazırlanması PBS Komutları Uygulamalar

3 PBS İşleri PBS in temel işlevi gönderilmiş olan işleri yönetmektir. Sisteme gönderilmiş olan her iş: İhtiyaç duyulan kaynakları tanımlayabilir, Öncelik belirtebilir, Çalışma zamanını belirleyebilir, Çalışmasının başlama ve bitiş zamanında e-posta gönderebilir, Diğer işler ile zamanlama uyumunu sağlayabilir.

4 PBS Kullanımı En basit anlamda, PBS ile birlikte iş çalıştırabilmek için: Bir PBS betiği oluşturmak (ornek.sh) qsub <pbs betik ismi> komutu yardımıyla hazırlanan işi kuyruk sistemine göndermek gerekmektedir. Gönderilen iş tamamlandıktan sonra, çalışma dizininizde, İşİsmi.eİşNumarası İşİsmi.oİşNumarası olmak üzere standart hata ve standart çıktı dosyaları oluşturur.

5 PBS Betik Dili PBS Betikleri, herhangi bir betik dilinde yazılabilir: csh, bash, tcsh, sh, perl, etc. Hazırlanan betiğin çalıştırılabilir olması önemli değil, göndermek istediğiniz işin çalıştırılabilir olması önemlidir. PBS betiğinin ana yapısını şu şekilde özetleyebiliriz: PBS seçenekleri Shell komutları Çalıştırmak istediğiniz dosyanız ve bu dosyanın parametreleri

6 PBS Seçenekleri #PBS V : İşin gönderildiği shellden çevre değişkenlerinin taşınmasını sağlar. #PBS l : İşin gereksinim duyduğu kaynakları listeler. #PBS l nodes=2:ppn=2 #PBS l mem=4gb #PBS l walltime=10:00:00 #PBS N: İşin ismini belirler. #PBS N hello_world #PBS q : İşin gönderildiği kuyruğu ve bu kuyruğun bulunduğu PBS sunucusunu tanımlar. #PBS q sgdemo@ce.ulakbim.gov.tr #PBS M : İş ile ilgili bilgilendirmelerin gönderileceği e-posta adresini belirler. #PBS M feyza@ulakbim.gov.tr #PBS m : İş ile ilgili bilgilendirme durumlarını belirler. #PBS m bae : [b]egin, [a]bort, [e]nd

7 PBS Betikleri - I SSH terminallerinden: Sunucu adı: lufer.ulakbim.gov.tr Kullanıcı Adı: egitimxx Kullanıcı Şifresi: xxxxxxx $ cd pbs $ ls -la

8 PBS Betikleri - II /home_palamut2/egitim/egitimxx/pbs/ornek_pbs1.sh Kendi derlediğimiz bir C kodu /home_palamut2/egitim/egitimxx/pbs/ornek_pbs2.sh Mevcut sistem komutlarından hostname komutu /home_palamut2/egitim/egitimxx/pbs/ornek_pbs3.sh Hello World MPI kodu

9 PBS Komutları qsub qstat f qstat u qdel Yığın işleri PBS sunucuya teslim eder Bir PBS işinin ayrıntılı durumunu gösterir Belirli bir kullanıcının PBS işlerini gösterir PBS işinin silinmesini sağlar

10 PBS Komutları - qsub qsub [seçenekler] betik_dosyası PBS betiği içinde yer alan, PBS seçeneklerini qsub komutu ile birlikte komut satırından da vermemiz mümkündür. qsub l nodes=4:ppn=2 betik_dosyasi qsub l mem=4gb betik_dosyasi... Detaylı bilgi için Torque PBS qsub yardım dosyalarından edinilebilir.

11 PBS Komutları - qstat qstat [seçenekler] Bir işin durumu: E : İş çalışmış ve bitti (ended) H : İş beklemeye alındı (held) Q : İş kuyrukta bekliyor (queued) R : İş çalışıyor (running) W: İş çalışma zamanını bekliyor (waiting)

12 PBS Komutları qstat, qdel qstat -u {kullanici_adi} qdel {is_numarasi}

13 Uygulamalar - I SSH terminallerinden: Sunucu adı: lufer.ulakbim.gov.tr Kullanıcı Adı: egitimxx Kullanıcı Şifresi: xxxxxxx $ cd pbs $ less helloworld.c $ gcc o helloworld helloworld.c $ less ornek_pbs1.sh $ qsub ornek_pbs1.sh $ qstat u egitimxx $ ls lrt $ less helloworld.out

14 Uygulamalar - II $ less ornek_pbs2.sh $ qsub ornek_pbs2.sh $ qstat u egitimxx $ ls lrt $ less hostname.out

15 Uygulamalar - III $ module avail $ module {un}load tr-10-ulakbim/library/mpich-1.2.7p1/gcc $ module list $ less MPItest.c $ mpicc o MPItest MPItest.c $ less ornek_pbs3.sh $ qsub ornek_pbs3.sh $ qstat u egitimxx $ ls lrt $ less mpitest.out

16 TR-Grid Okulu, TAEK, ANKARA