RIDASCREEN Norovirüs. Makale no: C 1401

Transkript

1 RIDASCREEN Norovirüs Makale no: C 1401 R-Biopharm AG, Landwehrstr. 54, D Darmstadt, Germany Tel: +49 (0) / Fax: +49 (0) Χ

2 1. Kullanım amacı In vitro diyagnostik kullanım için. RIDASCREEN Norovirüs bir ELISA testi olup gaitada Genogrup I ve II gruplarının Norwalk virüslerinin kalitatif tespiti için kullanılır. 2. Özel ve testin açıklaması Norovirus insanlara patojen olan virüs grupları içinde bulunur.bunlar klasik Calici virüsünden ayırt edildi, küçük yapılı yuvarlak virüsler gibi. Calicivirüsler benzer tipik yüzey yapısının benzerliğin bu şekilde adlandırıldı.(lat. calix = cup). Bugün, Norovirüsler ve klasik Calicivirüsleri tek bir ailede toplanır, Caliciviridae. Tüm bu SRS virüslerin ayırmı yapıldıktan sonra adlandırıldı deki USA Ohio eyaletinin Norwalk kasabasında gastroenteretit salgınında tüm virüsler ilk olrak burada belirlendi. Norwalk virüsü bugünün norovirüslerinin Prototipiydi. Daha sonra ayrılan diğerleri, Snow Mountain ajanı olarak adlandırıldı. Hawaii ajanı ve Montgomery şehri ajanı vs. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) 2002 deki açıklamalarına göre, Calicivirüsleri,insanda iki sınıfa ayrılır: Norovirüs ve Sapovirüs. Hayvanlar için iki patojen tür daha var.hayvanlardan geçen Calicivirüslerinin insan enfeksiyonlarında rol oynayıp oynamadığı bilinmiyor. Tüm bu virüsler icosahedral, single-stranded, RNA virüsler bir yapısal proteinin çoklu kopyasından oluşurlar.bu virüslerin hiç biri kültürle üretilemez. Onların her ikiside enfeksiyonun kaynağı olup tüm yaş gruplarında salgına sebep olur. Norovirüs türü, bakterial omayan gastroenteretitin çoğundan sorumludur.yüksek seviyenin genetik değişkenliği, Norovirüs 2 gen gruba (I ve II) ayrılır, 7 (GGI) ya da 8 (GGII) genotip olarak bölümlenir. Norovirüs tarafından olan gastroenteretitte, bulantı, kusma ve ishal görülür. İnkübasyon periyodu 6-48 saat arası surer, bazı durumlarda saate kadar çıkar. Yalnızca 100 virüs partikülü, enfeksiyon dozu çok küçük olmasına rağmen etkin bir şekilde yayılır. Gaita ve kusma ile çıkarılan virüsler, fekal oral bulaşmaya ilave olarak hava yolu ile geçiş, virüsün yayılmasında önemli bir yer tutar. Bir kaç harici durum dışında, 2 hafta sonra virüs eliminasyonu dindirilir, böylece yayılma engellenir. Enfeksiyonun tekrarı belki görülebilir, çünkü Norovirüslerin çeşitliliğinden dolayı, kapsamlı bir bağışıklık mümkün değil. Elektron mikroskobundan başka, en çok kullanılan metotlardan biri PCR dır. Bu metotlar özen isteyen özellikle eğitimli bir personel tarafından çalışılmalıydı. Uzun bir süre, çabuk, basit bir tarama testine ihtiyaç duyuldu.elisa testinin üretilmesinin en büyük sebebi budur. RIDASCREEN Norovirüs ELISA testi Norovirüslerin her iki genotipte hassas bir şekilde tespit edilmesini sağlar. RIDASCREEN Norovirüs

3 3. Test prensibi RIDASCREEN Norovirüs testi, spesifik antikorlarısandviç metodunda kullanır. Bir kaç farklı genotipe karşı olan spesifik antijenler kuyucukların yüzeylerine kaplanmıştır.gaita numunesinin süspansiyonu ve kontroller kuyucuklara pipetlenir, oda sıcaklığında (20 25 C) inkübasyona bırakılır.yıkama basamağından sonra Norovirüs antijenine karşı olan konjuge edilmiş antikorlar yabanturplu peroksidaz birlikte eklenir oda ısısında (20 25 C) de inkübe edilir. Norovirüsün mevcudiyetinde sandviç kompleks oluşur, bu kompleks sabitlenmiş antikorlar, norovirüs antijenleri ve konjuge edilmiş antikorlardan oluşur. Bağlanmayan, enzimle etiketlenmiş antikorlar yıkanarak atılır.önce reksiz olan substrat eklendikten sonra, eğer numune pozitif ise kuyucukda mavi renge döner. Stop solüsyonu eklendikten sonra da renk sarıya döner. Oluşan rengin şiddeti numunede bulunan norovirüs antijenlerinin konsantrasyonu ile doğru orantılıdır. 4. Sağlanan Reaktifler Pakette 96 teste yetecek kadar reaktif bulunur. Pleyt 96 test. Mikro kuyucuklu pleyt, 12 mikro kuyucuklu stripler (kırılabilir); Norovirüslere karşı antikor ile kaplı Diluent ml Numune dilüsyon bufer, protein-buffer NaCl solüsyonu; % 0,1 NaN 3 ; içerir kullanıma hazırdır, kırmızı renkli Yıkama 100 ml Yıkama bufer, fosfat bufer NaCl solüsyonu (10-kat konsantre); % 0.1 Thimerosal içerir. Kontrol ml Rekombinant Norovirüs antijenleri; kullanıma hazırdır, kırmızı renkte. Konjugat 10 ml Norovirüse karşı,stabilize edilmiş protein solüsyonu içinde peroksidaz konjugat antikorlar; % 0.05 Proclin 300; kullanıma hazırdır; yeşil renkte Substrat 10 ml Ure peroksidaz/tmb; kullanıma hazır Stop 6 ml Stop reaktifi, 1 N sülfirik asit; kullanıma hazır 5. Saklama gereklilikleri Tüm reaktifler 2 8 C de saklanabilir ve etiketin üzerinde basılı tarih kadar kullanılabilir. Dilüe edilen yıkama solüsyonu 2 8 C de saklanır. Maksimum 4 hafta kullanılabilir.mikrobiyal kontaminasyona mutlaka önlenmelidir. Miadı geçtikten sonra kalite garantisi geçerli değildir. Alüminyum çanta kilidinden açılmalı, kilit yırtılmamalı. Kullanılmayan kuyucular çantanın içine geri konulmalıdır ve 2 8 C de inkübe edilmelidir. Renksiz substrat, bozulmasını engellemek ya da okside olarak mavi renge dönüşmesinin önüne geçmek için, direk olarak gün ışığından korunarak saklanmalıdır. Açılan substrat mavi renge dönerse kullanılmamalıdır. RIDASCREEN Norovirus

4 6. Ek olarak gerekli reaktifler ve ekipmanlar 6.1. Reaktifler - Distile ya da deiyonize su 6.2. Aksesuarlar - Test tüpleri - Tek kullanımlık pipetler (Makale no: Z 0001) - Vorteks mikser (opsiyonel, Bölüm9.3. bakınız) - Mikropipet µl ve 1 ml hacim çekebilen - Mezür (1000 ml) - Saat - Mikropleyt yıkayıcı (300 µl) - Mikropleyt okuyucu (450 nm ve referans filtre 600 nm ) - Filtre kağıdı (laboratuvar havlusu) - %0.5 hipoklorit solüsyonu içeren atı kabı 7. Kullanıcılar için önlemler Sadece in vitro diyagnostik kullanım içindir. Mutlaka eğitimli bir personel tarafından kullanılmalıdır.medikal laboratuvar çalışanları için olan rehber takip edilmeli ve oradaki direktiflere tamamen uyulmalıdır. Kitte bulunan pozitif kontroller inaktive edilmiş Norovirüs içerir. Buna rağmen kontroller ve numuneler mutlaka enfekte materyal gibi, ulusal güvenlik kurallarına göre muamele görmelidir. Numuneler ya da reaktifler ağız ile pipetlememeli ve yaralı deriyle, mukoz membran ile teması önlemelidir. Numuneler, eldiven giyilerek çalışılmalı ve test bittiği zaman eller yıkanmalıdır. Numuneler veya reaktifler ile çalışırken sigara içmeyiniz, yemek yiyip içmeyiniz. Numune dilüsyon buffer, koruyucu olarak % 0.1 sodyum azid, konjugat ve pozitif kontrol % 0.05 Proklin 300 içerir. Bu madde deri veya mukoz membran ile temas edilmesine müsade edilmemelidir. Yıkama buferı koruyucu olarak, %0.1 Thimerosal içerir. Deri ve mukoz membran bu madde ile temas ettirilmemelidir. Stop reaktifi 1N sülfürik asit içerir. Bu sebepten derinizi ve giysilerinizi koruyunuz.eğer deri ile temas ederse bol su ile yıkayınız. RIDASCREEN Norovirüs

5 Üre peroksidaz yanmaya sebep olur.dikkatli kullanınız. Enekte numunelerle kontak halinde olan, tüm reaktifler ve materyaller potansiyel enfekte madde olarak uygun bir dezenfektan madde ile ya da otoklavda 121 C de en az 1 saat dezenfekte edilmelidir. DİKKAT: Zehirli gazların oluşumunu engellemek için, atılmadan önce nötralize edilmelidir. 8. Numune toplama ve sakla Gaita numuneleri test başlamadan önce 2 8 C de bekletilmelidir.eğer 3 günden fazla saklamak gerekiyorsa, numuneler 20 C de saklanmalıdır. Bu durumda da numuneler test edilmeden önce oda ısısında tamamen çözülmelidir. Tekrar tekrar çözüp dondurmaktan kaçınılmalıdır. Gaita numunesi ve rektal swap taşıma konteynır ile toplanmalıdır, bu transport medianın içindeki koruyucular, hayvan serumu, metal iyonları, oksitleme ajanı ya da deterjan içerir bunlarda RIDASCREEN Noravirüs testine olumsuz etki yapabilir. Eğer rektal swap kullanıldıysa, test için, yeteri kadar gaita (yaklaşık 100 mg) alındığından emin olunuz. 9. Test prosedürü 9.1. Genel bilgi Tüm reaktifler ve mikropleyt Pleyt kullanmadan önce oda sıcaklığına getirilmeli (20 25 C) Kuyucuklar oda sıcaklığına gelene kadar alüminyum çantadan çıkarılmamalıdır.reaktifler kullanılmadan önce karıştırılmalıdır.kullanılmayan kuyucuklar ve reaktifler 2 8 C de saklanmalıdır.kullanılan kuyucuklar tekrar kullanılmamalıdır.zarar görmüş paketteki malzemeler kullanılmamalıdır. Çapraz reaksiyonu önlemek için numunelerin kit komponentleri ile temasından sakınılmalıdır.test direk olarak gün ışığına maruz kalmamalıdır. Kuyucuğun üzerini kapatıp buharlaşma kayıplarını engellemenizi tavsiye ederiz. RIDASCREEN Norovirus

6 9.2. Yıkama buferı hazırlama 1 hacim yıkama konsantre bufer ile Yıkama 9 hacim distile suyu karıştırın. Yıkama bufer içinde olan herhangi bir kristalleşme kullanmadan önce 37 C de su banyosunda çözülerek kullanılmalıdır Numune hazırlama 1 ml RIDASCREEN numune dilüsyon buferı Diluent 3 etiketlediğiniz test tüpüne koyunuz. Tek kullanımlık pipet ile gaitayı çekiniz.(makale no: Z 0001) yaklaşık olarak 200 µl ikinci işareti geçene kadar.numune dilüsyon bufer içine koyunuz.katı gaitalar için, yaklaşık olarak 200 mg kadar spatül ile alınır ve numune dilüenti bufer içine bırakılır.gaita süspansiyonunu pipetle çekip bırakarak ya da alternatif olarak mikser veya vorteks ile karıştırınız.kısa bir süre partiküllerin çökmesi için bekletilir. Temiz süpernatant kullanılır.eğer test prosedürü ELISA cihazında çalışılacaksa mutlaka süpernatantın temiz olması gerekir.bu durumda,numuneyi 5000 rpm de (yaklaşık olarak g) 5 dakika boyunca santrifüj edilmelidir 9.4. İlk İnkübasyon Yeteri kadar kuyucuk çalışma çerçevesine yerleştirildikten sonra 2 damla (100 µl) pozitif kontrol Kontrol +, numune dilüsyon buferı Diluent 3 (= negatif kontrol) ve numune süspansiyonu kuyucuklara konur.oda sıcaklığında (20 25 C) de 60 dakika inkübasyona bırakılır Yıkama Yıkamada tamamen direktiflere uymak doğru sonuç elde etmek için çok önemlidir. Kuyucuklarda inkübe edilen madde mutlaka dezenfeksiyon için hipoklorit içeren atık kabına atılmalıdır. Bundan sonra, kalan damlaları için emici bir kağıt üzerinde vurarak alınız.bundan sonra her seferinde 300 µl olmak üzere, yıkama bufer ile 5 defa yıkayınız.her yıkamadan sonra her yıkamadan sonra, emici kağıda vurarak kalan damlalar emdirilir. ELISA yıkayıcı kullanıyorsanız, cihazın mikropleyt tipine uygun olduğu kontrol edin.daha da ötesi partiküle sahip olan numune süspansiyonu pipetlenmiş ise ilk yıkama manuel olarak yapılmalıdır, yoksa yıkayıcının uçlarını tıkayabilir. Aynı zamanda yıkama işleminde tüm sıvının emildiğinden emin olunuz.her yıkamadan sonra kalan damlaları absorbe edecek bir kağıda veya havluya emdiriniz.optimum RIDASCREEN Norovirüs

7 yıkama sonucunu elde etmek için kuyucuk başına en az 600 μl yıkama buffer kullanılması önerilir.yıkama sayısı daha iyi sonuç elde etmek için 5 den fazla yapılabilir İkinci İnkübasyon Her kuyucuğa 2 damla (100 μl) substrat Konjugat eklenir.daha sonra karanlıkta oda sıcaklığında (20-25 C) 30 dakika inkübe edilir. 9.7.Yıkama Yıkama Bölüm 9.5 e bakınız 9.8. Üçüncü İnkübasyon Her kuyucuğa 2 damla (100 μl) substrat Substrat eklenir.daha sonra karanlıkta oda sıcaklığında (20-25 C) 15 dakika inkübe edilir.her kuyucuğa, bir damla (50 µl) stop reaktifi Stop eklenerek reaksiyon bitirilir.dikkatlice karıştırılır.(yavaşca pleytin kenarını çarparak karıştırınız.) Oluşan rengi 450 nm de okuyunuz.referans filtre olarak 600 nm (opsiyonel) kullanılır. Sonra mikropleyt olmadan havaya karşı kalibre ediniz. Not: Yüksek pozitif numuneler,substratı siyah sediment olarak çöktürebilir. 10. Kalite Kontrol reaktifin miadı Kalite kontrol amacı için, negatif ve pozitif numune çalışılır; testin doğru çalıştığından ve reaktiflerin stabilitesinden emin olunur.negatif kontrol (O.D.) 450 nm de < 0.2 ise ve pozitif kontrol > 0.8 at 450 nm doğru çalışılmıştır. Eğer negatif kontrol >0.2 ise yıkamanın yetersiz olduğunu ifade eder.eğer bulunan değerler beklenenlerden farklı ise ve substratta bulanıklık varsa ya da maviye dönüşmüş ise reaktifin eskidiğini gösterebilir. Şart koşulan değerlerle sonuçlar çakışmazsa, test tekrar edilmeden önce aşağıdaki noktalar kontrol edilmelidir: Kullanılan reaktiflerin miadı Kullanılan ekipmanların fonksiyonları(örn:kalibrasyon) Test prosedürünü kontrol edin Kit kontaminasyonuna yönelik akma veya herhangi bir gözle görülen bir bozulma substrat maviye dönmüş olmamalıdır. Bunlardan emin olduktan sonra, yeni kaset ile testi tekrar ettiğinizde, eğer kontrol bandı görünür değilse, lütfen üretici ya da R-Biopharm distirübütörü ile kontak kurunuz. RIDASCREEN Norovirus

8 11. Değerlendirme ve yorumlama cut-off hesaplama Cut-off oluşturmak için, 0.15 O.D. negatif kontrolün O.D. sine eklenir. Cut-off = negatif kontrol O:D: Test sonucu Cut off değerinden % 10 da yüksek O.D. ye sahip numuneler pozitif olarak değerlendirilir. Eğer sonuç Cut of değerinin % ± 10 arasında ise şüpheli olarak değerlendirilir.eğer testin taze numune ile tekrarı da gri zonda çıkarsa numune negatif olarak değerlendirilmelidir. Cut off değerinin %10 altında çıkan değerler ise negatif olarak değerlendirilir. 12. Test Limitleri RIDASCREEN Noravirus test gaitadaki rotavirus antijenlerini tespit eder. Testin şiddeti, klinik semptomların şiddetini ortaya çıkarmak için kullanılamaz. Sonuçlar klinik tablo ile birlikte yorumlanmalıdır. Pozitif sonuçlar, diğer enfekte patojenlerin varlığını dışlamaz. Negatif sonuçlar noravirüs enfeksiyonu olmadığını göstermez. Bu enfeksiyon aralıklı olarak salgılanan patojenler ya da numune olan çok küçük miktardaki patojenler tarafından olabilir. Eğer hasta anemik ya da aran patojen tarafından enfekte olduğu şüphesi varsa bir başka gaita numunesi alınarak test tekrar edilmelidir. Şüpheli sonuçlara sebep gaitada virüslerin homojen dağılımında olmamasından kaynaklanabilir. Eğer bu olursa, aynı veya yeni numuneden ikinci bir süspansiyon hazırlanıp test tekrar edilmelidir. RIDASCREEN Norovirüs

9 13. Performans niteliği Test kalitesi RIDASCREEN Norovirüs Elisa testi vaildasyonu için,,5 farklı klinikten, yıllarında ile tespit edilen, rotavirüs hastalarından numunelerle çalışıldı ve bu sonuçlar daha sonra kullanmak üzere Dresten Üniversitesinin Viroloji bölümünde muhafaza edildi.çocuklardan alınan 80 Rotavirüs negatif ve Norovirus pozitif (RT-PCR çalışmasında )numune ikinci jenerasyon RIDASCREEN Norovirus Elisa ile çalışıldı.104 numunede Norovirus RT-PCR ile negatif bulundu.sonuçlar Table 1 dedir. Tablo 1: RIDASCREEN Norovirus Elisa ile RT-PCRkorrelasyonu RIDASCREEN + - PCR Hassasiyet: 95.0 % PPW: 93.8 % Özgüllük: 95.2 % NPW: 96.1 % Çapraz Reaksiyon Boşaltım yolunun diğer patojenik organizmaları RIDASCREEN Norovirüs ile test edildi.çapraz bir reaksiyon görülmedi. Test edilen bakterial süspansiyondaki organizma konsantrasyonu 10 5 t organizma /ml bulunur.sonuçlar Tablo 2 dedir. RIDASCREEN Norovirus

10 Tablo 2: Patojenik mikro organizmalarla çapraz reaksiyonlar. Test edilen mikroorganizmalar E 450 nm dilüe edilmemiş Acitenobacter lwoffii Aeromonas hydrophila anaerogenes Aeromonas hydrophila hydrophila 0.1 Campylobacter coli Campylobacter fetus Campylobacter jejuni Candida albicans Citrobacter freundii Enterobacter cloacae Enterobacter faecalis Enterococcus faecium Escherichia hermannii Lactoccocus lactis Listeria innocua Morganella morganii Proteus mirabilis Proteus vulgaris Providencia stuartii Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas fluorescens Pseudomonas putida Salmonella enteritis Salmonella agona Salmonella choleraesuis Salmonella infantis Salmonella Ohio Salmonella typhimurium Serratia proteamaculans Shigella flexneri Shigella sonnei Staphylococcus aureus Streptococcus agalactiae Streptococcus dysgalactiae Streptococcus uberis E. coli (O157:H-) E. coli (O116:H21) E. coli (O111:H-) E. coli (O26:H8) RIDASCREEN Norovirüs

11 13.2. Presizyon Intra-test 24 kit kontrolü (pozitif kontroller ve negatif kontroller) ve bir yüksek (HPR), bir orta (MPR) ve bir düşük pozitif (LPR) genogrup I (GG1), ve24 gaita numunesi bir yüksek (HPR), bir orta (MPR) ve bir düşük pozitif (LPR) genogrup II (GG2) ile test çalışıldı.sonuçlar Tablo 3 de verilmiştir. Tablo 3: İntra-test Genogrup I (GG1) HPR MPR LPR NC MW (OD) SD CV % Genogrop II (GG2) HPR MPR LPR NC MW (OD) SD CV % Inter-test RIDASCREEN Norovirüs testi 5 numune ve 6 kontrol 5 gün de bir lottan 5 farklı kit ile test edildi. Sonuçlar Tablo 4 de dir. Tablo 4: Inter-test Genogrup I (GG1) HPR MPR LPR NC MW (OD) SD CV % Genogrup II (GG2) HPR MPR LPR NC MW (OD) SD CV % RIDASCREEN Norovirus

12 Referanslar 1. Corwin A. L. et al.: Shipboard impact of a probable Norwalk virus outbreak from coastal Japan; Am. J. Trop. Med. Hyg., 61(6),1999, pp Daniels N. A. et al: A foodborne outbreak of gastroenteritis associated with Norwalk-like viruses: First molecular traceback to deli sandwiches contaminated during preparation; The Journal of Infectious Diseases, 2000; 181: Gaulin C. et al.: Transmission of calicivirus by a foodhandler in the pre-symptomatic phase of illness; Epidemiol. Infect. (1999), 123, Jiang X. et al.: Outbreaks of gastroenteritis in elderly nursing homes and retirement facilities associated with human caliciviruses; Journal of Medical Virology 50: (1996). 5. Jiang X. et al.: Expression, self-assembly, and antigenicity of the Norwalk virus capsid protein; Journal of Virology, Nov. 1992, p Kohn M. A., MD, et al.: An outbreak of Norwalk virus gastroenteritis associated with eating raw oysters; Jama, 1995; 273: Kukkula M. et al.: Outbreak of viral gastroenteritis due to drinking water contaminated by Norwalk-like viruses; The Journal of Infectious Diseases, 1999; 180: Lodder W. J. et al.: Molecular detection of Norwalk-like caliciviruses in Sewage; Applied and Environmental Microbiology, Dec. 1999, p Otsu R. et al.: Detection of small round structured viruses in stool specimens from outbreaks of gastroenteritis by electron microscopy and reverse transcription-polymerase chain reaction; Acta virologica 44: 53-55, Oyofo B. A. et al.: Norwalk-like virus and bacterial pathogens associated with cases of gastroenteritis onboard a U.S. navy ship; Am. J. Trop. Med. Hyg. 61(6), 1999, pp Payment P. et al.: Incidence of Norwalk virus infections during a prospective epidemiological study of drinking water related gastrointestinal illness; Can. J. Microbiol. 1994, 40: Pönkä A. et. al.: An outbreak of calicivirus associated with consumption of frozen raspberries; Epidem. Infect. (1999), 123; Prasad B. V. Venkataram et al.: X-ray crystallographic structure of the Norwalk virus capsid; Science Vol. 286, 8 th October Schreier E. et al.: Molecular epidemiology of outbreaks of gastroenteritis associated with small round structured viruses in Germany in 1997/98; Arch Virol (2000) 145: Taylor M. B. et al.: An epidemiological investigation of Norwalk virus infection in South Africa; Epidemiol. Infect. (1996), 116, Wright Peter J. et al.: Small round-structured (Norwalk-like) viruses and classical human caliciviruses in southeastern Australia, ; Journal of Medical Virology 55: (1998). RIDASCREEN Norovirüs

13 RIDASCREEN Norovirus