ANADOLU MANDASI. Prof. Dr. M. İHSAN SOYSAL Dr.Emel ÖZKAN Dr.Özden ÇOBANOĞLU Namık Kemal Üniversitesi Tekirdağ Ziraat Fakültesi Zootekni Bl.

Transkript

1 ANADOLU MANDASI Prof. Dr. M. İHSAN SOYSAL Dr.Emel ÖZKAN Dr.Özden ÇOBANOĞLU Namık Kemal Üniversitesi Tekirdağ Ziraat Fakültesi Zootekni Bl.Biyometri Biyometri ve Genetik ABD

2 Dombey,Gedek,Camış,Kömüş gibi adlarla da bilinir.

3 GİRİŞ: (Manda Yetiştiriciliğinin Avantajları) Manda et, süt ve çeki hayvanı olarak özellikle Asya nın tropik ve subtropik bölgelerinde büyük bir ekonomik etkinleğe sahiptir. Yem seçmemesi ve diğer ruminantlara oranla kaba yemlerden daha fazla yararlanılabilme yeteneğinde olması nedeni ile özellikle mera hayvancılığı için oldukça elverişlidir. Sığır ve koyunların yararlanamadığı alanlar mandalar tarafından tehlikesizce kullanılabilmektedirler.

4 FAO istatistiklerine göre dünya manda popülasyonu 1982 de 128 milyon iken 1992 de 148 milyon olmuştur. Buna göre son 10 yılda % 1.2 artış olmuştur. FAO, 1992 istatistiklerine göre dünya manda popülasyonunun %95-96 sı 96 sı Asya da bulunur. Güney Asya,Hindistan gibi büyük ülkelerde Dünya manda popülasyonunun %53 ü bulunur. Hindistan da son 10 yılda manda sayısı adet (yılda %1.1) artmıştır. FAO1996 verilerine göre Hindistan da mandalar sütü alınan (keçi dışındaki) hayvanların %35 ini oluşturur. Aynı istatistikler üretilen sütün %70 i mandadan elde edildiğini göstermektedir. Hindistan da 82 milyon manda varlığı bildirilmektedir.

5 Dünyanın ikinci büyük manda sayısına sahip ülkesi Çin dir. Bu ülkede 1982 de 18.8 milyon olan manda sayısı yıllık %1,6 lık artışla 1992 de 22 milyona çıkmıştır. Dünya manda popülasyonunun en çok sayısına sahip üçüncü ülke Pakistan dır. Bu ülkede yıllık artış oranı %4.7 dir.bangladeş ve Nepal ise sırasıyla yıllık %5.7 ve %2.1 lik artışa sahiptir.sri Lanka da manda sayısı azalmaktadır. Tayland, Filipinler ve Malezya da manda sayısı sırasıyla%1,1, %1.3 ve -%2.3 arasında azalmaktadır. Endonezya, Laos,, Vietnam, Myanmar (Birmanya) gibi ülkelerde artış söz konusudur. Türkiyede halen yüzbin manda bulunduğu tahmin edilmektedir.

6

7 Mitokondrial Genlerin Açıklaması Mitokondrialar eukaryotik hücrelerde bulunan alt hücresel organellerdir.. Bunlar gıda moleküllerinin oksidasyonu ile açığa çıkan enerjinin hücre enerji gereksinim reaksiyonlarında kullanılabilecek depolanmış forma çevrilmesinden sorumludur. Mitokondrial içinde yer alan proteinler ve kofektörler ATP gibi nukleotıdlerde depolanmıştır. Oluşumunu sağlayan karmaşık elektron tranfort sisteminin kapsamın, oluştururlar e kadar mitokondrial proteinlerin çoğunun sitoplazmada üretilip oradan organele geçirildiği çok azının ise mitokondriada mevcut ribozomlarda yapıldığı düşünülüyordu. Neticede bu proteinlerin sadece mitokondriada bulunan belirli DNA molekülleri aracılığı ile taşınan genlerce kodlandığı anlaşıldı. Bu nedenle bu organeller çekirdekten fenomen bağımsız genetik sistemler içerir.

8 Şekil Mitokondriyal proteinlerin sentezi için iki yer

9 Şekil.10.2.Bira mayası mitokondriya genomunun genetik haritası

10 Mitokondrial Genler Standart Tekniklerle Haritalanır Mitokondrial genlerle çalışmak (1990) larda özellikle bira mayası S.Cerevisae'nin klasik genetik analizlerle incelenmesi sonucu ilerlemiştir. Bira mayası mitokondrial genleri ile hangi proteinlerin kodladığı mitokondrial genomun nisbi pozisyonlarına ilişkin haritalar klasik standart tekniklerle tanımlanmıştır. Bindokuzyüzseksende ayrıntılı genetik harita yapılmıştır. Bira mayası ile bu çalışmalar sürerken diğer araştırma grupları diğer organizmaların mitokondria genlerini araştırmışlardır. Neticede tüm mitokondriaların kendi ribozomlarına sahip oldukları anlaşıldı. Ancak mitokondrial DNA moleküllerinin büyüklüğü değişkenlik gösterir. Birçok hayvansal mitokondrial DNA molekülleri 15 kilobazlığı bazı bitki genomları 1000 kilobazdır. Biramayası genomu ise 80 kilabozdır. Biramayası nükleaz kromozomu ise 600 kilobazdır.

11 Bu büyüklükteki varyasyonu tüm organizmaların mitokondrial genomlarının yeni gen unsurlarının içerip içermediği yada daha küçük hayvansal genomun bira mayasından daha az genom içerip içermediği sorusuna yol açmıştır. Bu soruya klasik genetikte tam cevap verilemez. Ancak mitokondrial genler ayrıntılı elde edildikten sonra daha iyi cevap beklenebilir. Çünkü birçok genetik teknikler incelenen gende bir mutasyon oluşturmaya dayanır. Organizmaların çoğunda mitokondrial genler için gendeki mutasyonlar letaldir. Çünkü bu şekilde enerji üretimi yok edilmektedir. Ama maya olağan dışı durumlarda facultatif Anerob olan organizma gerektiğinde mitokondrial aktivite olmaksızında işlev sürdürür.

12 DNA Diziliş Sıra Analiz Yöntemleri Mitokondrial Genoma Uygulanması 1975 lerde hızlı DNA diziliş sıra analiz teknikleri ilk geliştirildiğinde mitokondrial genomlar bu konuma uygulandığı ilk molekül tipi olmuştur. Bu olgu kısmen bu moleküllerin gizeminden ve kısmen daha küçük genom içeren (mesela hayvanlar ve ipliksi mantarlar) nitelikleri ile uygulama alanı arayan diziliş sırası analiz projelerinin kapsamına girmekteydiler. Bu projeler birçok gen klonlama tekniklerini kullanmıştır. Mesela 33 kilobazlık Aspergillus nidulans isimli mitokondria genomu böyle bir örnektir. Bu 1979 da başlamış 5 yıl sonra bitirilmiştir. İlk adım saf mitokondrial DNA hazırlığıdır. Bunun için standart toplam hücre için DNA hazırlanmasına nazaran bir modifikasyon yöntemle örnek hazırlanmıştır. Çünkü mitokondrial DNA nükleaz DNA'dan tamamen arı olmak zorundadır. Orijinal eldeğmemiş mitokondrialar hazırlanır, yıkanır tüm hücresel materyal uzaklaştırır ve lisise edilerek (DNA) saflaştırılır. Saf mitokondria DNA örneği bir seri (R.E) enzimleri ile kesilir ve ayrıntılı restriksiyon haritaları yapılır.

13 Şekil Aspergillus nidilans mitokondrial genomunun tam DNA diziliş sırasını elde etmek için kullanılan stretejinin özeti

14 Klon Kütüphaneleri mitokontrial (DNA) nın HındlII, EcoRI ve Bal II gibi nükleotid endunükleazlar ile kesilerek ve parçaları pbr322 ye ekleyerek hazırlanır. Gendeki DNA parçaları kendileride Sau3A, Alu.. I ve Tagl gibi tetranükleotid endonükleazlarla kesilmiştir. Elde edilen parçalar ister Maxam Gilbert yöntemi ile dizilim analizine sabit tutulur yada eğer Coulson diziliş analizi için M13'e aşılanır. Neticede giderek çakışmalar mitokondrial DNA dizilimi elde edilmiş olur.

15 Mitokondrial DNA Analizi Önemli Sürpriz Sonuçlar Vermiştir. A.Nidulans genomu mitokondrial (DNA) dizilim analizi fenemlere mantar genomudur. Bunun ardından insan, böcek, fare gibi memeli hayvanlarında mitokondrial DNA dizilimi tamamlanmıştır. Bu üç proje yanısıra bira mayası, diğer mantarlar böcekler ve az sayıda bitkiden elde edilen bilgiler büyüklük söz konusu olmaksızın mitokondrial (DNA) nın çok az varyasyon olmakla beraber hemen hemen aynı genler uzunluğuna sahiptir. Büyüklük farkıda genler arasındaki aralık (boşluk) DNA'lardan ileri gelmektedir. Daha küçük genomlar oldukça sıkı ve genler arasında çok az aralık bulunurken bitkiler gibi daha büyük genomların daha gevşek organize olduğu anlaşılmaktadır. Böyle DNA dizilimleri mitokondrial genom organizasyonunu anlamakdan daha fazla bilgi sağlarlar. Diziliş sıraları analizi aşağıda belirtilen beklenmeyen sonuçlar sağlamıştır. Bu bulguların araştırmaları ateşlemesi beklenir. Elde edilen sürpriz sonuçlar şunlardır.

16 Şekil İnsan mitokondrial genlerinde kullanılan genetik kodun universal koddan farklı olduğuna dair kanıt. Nükleotid diziliş sırası gösterilen unsur sitokrom C ksidaz II alt ünitesinin bir kısmıdır.universal. koda göre TGA kodonu durdur ancak saflaştırılmış sitokrom C oksidaz II alt ünitesi protein bu noktada triptofan içerir. Sonuç olarak insan mitokondrial genomunda TGA sonlandırmadan ziyade Triptofandır.

17 MİKROSATELLİTLER Mikrosatellitler değişik sayıda kısa ard arda nükleotid dizilim tekrarları içeren bölgelerdir (yukarıdaki şekilde (CA) tekrarları söz konusudur). Her mikrosatellit lokusu bu lokusa özgü primer ile tanınır. Primer bitişikteki tekrarlanan bölgeye özgü özgün dizilimi ifade eder. Mikrosatellitler iyi genetik işaretleyicidir. Çünkü her biri farklı birçok allele sahiptir. Mesela birçok tekrar bölgesi uzunluğu olabilir. Bu durumda birçok allel söz konusu ise bireylerin çoğu heterozigot olur.

18 İŞARETLEYİCİ TİPLERİ Minisatellit (Mini s) : Genellikle 10 baz çifti içeren değişken sayı da tekrarlanan DNA baz çifti dizilimi Tek Nukleotid Polimorfizmi (Single Nucleotid Polimorfizm = SNP): Genom dizilişinde nokta mutasyonu olup esas itibariyle bi allelik, fakat her biri aynı lokasyonda 4 nükleotid bazdan her biri ile (4) allel oluşturan yapısal çok şekillilik. Mikrosatellit : (Mıcro s): Aynı kısa dizilimi çok kere tekrarlandığı yerler esasına göre oluşmuş dizilim.

19 EVCİLLEŞME ÇALIŞMALARINDA MOLEKÜLER İŞARETLEYİCİLER Mitokondriyal DNA Polimorfizm mtdna daki değişkenlik genetik çeşitlilik için şu nedenlerle uygundur. mtdna ana yoluyla kalıtlanır. Rekombinasyon göstererek genomdaki tüm işaretleyiciler bir haplotip gibi etkili bağlı haldedir. Bu nedenle mitokondrial genomdaki nükleotid farklılığı genetik farklılığı direk gösterir. Her hücre mtdna nın binlerce kopyasını içerir. mtdna bölgelerinin çekirdek DNA dan 5-10 misli. daha çok mutasyon gösterir. Bu durum evcil ve yabani populasyonun farklılaşmasını çalışmak için kısa zaman diliminde avantaj verir. mtdna analizinden uygun yol diğer mtdna bölgelere göre daha çok varyasyon gösteren. Sitokron B geni ve kontrol bölgesi dizilimini belirlemektir. (Y) Kromozomu : mtdna nın anasal kalıtımla ilgisinde olduğu gibi populasyonda babadan geçen özellikler bakımından varyasyonu incelemeye uygundur. Burada rekombinasyon kromozomun küçük bir alanı ile sınırlıdır.

20 Microsatellites Kısa tekrar sayılarındaki varyasyon (farklılık) allel 1 allel 2

21

22 DNA İŞARETLEYİCİLERİN TİPLERİ, AVANTAJLARI, NİTELİKLERİ İşaretleyici Nitelikler : Aşağıdaki işaretleyicilerde istenilen özellikler tanımlanmıştır. Yaygın Dağılım : Genom boyunca yaygın değişik haritalamaya elverişlilik Yerel Yoğunluk : Küçük genomik bölge içinde de ince ayar haritalama yapmaya uygun işaretleyiciler olma kabiliyeti Genomda Bulunabilirliği : Genomda fiziksel bir lokalize olma yeri bulunmak Yüksek Polimorfik : Homolog kromozom segmentleri arasından ayırt edilebilirlik, bu durum işaretleyici lokusda allel sayısı çok içerikde heterozigotluk artışına bağlıdır. Kodominant : Her iki allelin tanımlanabilirliği Düşük Mutasyon : Generasyonlar boyunca uzun dönem stabilite niteliği Yüksek Elverişlilik : PCR sürecine elverişlilik dahil,aynı miktar DNA dan daha çok genotiplendirmeye olanak veren otomasyona uygun nitelik Düşük Teknik Maliyet: Tekrarlanabilirlik:

23 Farklı İşaretleyici Tiplerin Vasıfları NitelikD Mini S Parmakizi RFLD RAPD Mıcro s AFLP SNP Yaygın Dağı ğılım Orta Orta Çok iyi Çok iyi Çok iyi Çok iyi Çok iyi Yerel Yoğunluk Zayıf Zayıf Orta Orta İyi Orta Çok iyi Genomda Bulunabili rlik Zayıf Çok iyi Çok iyi Zayıf Çok iyi Orta Çok iyi Polimorfizm Çok iyi Çok iyi Zayıf Orta Çok iyi Zayıf Zayıf Kodominantlı k Evet Hayır Evet Hayır Evet Hayır Evet Mutasyon Hızı Hızlı Hızlı Makul Makul Hızlı Makul Makul Yüksek elverişlilik lilik Çok düş ük Çok düşükd Orta Orta Orta Orta Çok Yükse k Teknik Maliyet Çok yük sek Çok yükse k Çok yükse k Çok yükse k Orta Orta Çok düşükd Tekrarlanırl rlık Zayıf Zayıf İyi Çok zayıf İyi yi İyi Çok iyi

24

25 Bu şekil farklı mikrosatellit DNA parçalarını farklı eletroforez işlemi sonucu gözlenen allellerini temsil eder. Daha küçük DNA parçaları daha hızlı ilerler. Bu örnekde dört allel vardır. Kuşkusuz her birey sadece ikisini taşır. Dört hayvanın genotipleri sırasıyla bd, ac, ad, bc, biçiminde olur.

26 Manda Yetiştiriciliği: Dünya da manda yetiştiriciliği : Asya, Kuzey Afrika, Kuzey ve Güney Amerika, Akdeniz ülkeleri (Fransa dışında), Balkanlar ile bazı Orta Avrupa ülkelerinde ve Avusturalya da yetiştirilmektedir. Bir çok ülkede manda yetiştiriciliği yapılmakla birlikte evcil manda populasyonlarının çoğunun Asya da olduğu u belirtilmektedir (~%95 i- Hindistan, Çin, Parkistan,, Endonezya, Filipinler vs...).

27

28 Türkiye de Manda Yetiştiriciliği: Anadolu Mandası nın yogun olarak bulunduğu bölgeler: Kuzey Anadolu Bölgesinin kıyı şeridi (Sinop, Samsun), Orta Anadolu nun kıyılara yakın kuzey kesimleri (Çorum, Amasya), İç Batı Anadolu ( Afyon, Balıkesir), Doğu Anadolu (Sivas, Muş) Güney Doğu Anadolu ( Diyarbakır) da bulunmaktadır.

29

30 NİÇİN ANADOLU MANDASI : Türkiye deki Anadolu Mandası populasyonlarında genetik çeşitliliğin yüksek olabileceği düşünülmektedir. Anadolu Mandası nın mtdna ve mikrosatellit polimorfimzi ilk kez çalışılacak, populasyonların genetik yapısı incelenecektir. Asya, Avrupa ve Afrika da yetiştirilen manda ırkları karşılaştırılması yapılmamıştır.

31 Genetik Çeşitlililiğin yüksek olmasının nedenleri: Türkiye konum olarak geçişg bölgesinde (Asya, Avrupa ve Afrika) Türkiye nin birçok çiftlik hayvanının ilk evrimleşme merkezine yakın olması (Güney Anadolu ve civarı) (koyun,, sığıs ığır, keçi ve manda)*. Türkiye deki yerli ırklardaki genetik çeşitliliğin yüksek olması başka ırklarda kaybolmuş genetik enformasyonu da içerdiği için korunmada öncelikli olabileceğini düşündürmektedir (Bruford( ve ark., 2003; Loftus,, 1999). *Clutton-Brock, 1981; Meadow, 1993; Loftus ve ark., 1994; Legge, 1996; Uerpmann, 1996; Bradley et al., 1996; Tanaka ve ark., 1996; Loftus ve ark., 1999; Luikard ve ark., 1999; Troy ve ark., 2001; Luikard ve ark., 2001, Hiendleder ve ark., 2002; Bruford ve ark., 2003; Bruford and Townsend, 2004.

32

33 AMAÇ: Türkiye de Anadolu Mandası populasyonlarının genetik yapısının moleküler genetik teknikler (mtdna ve mikrosatellitler) ) ile incelenmesi yapılabilecektir. Mevcut literatür verilerinden yola çıkarak Türkiye de yetiştirilen Anadolu Mandası ile Dünya daki manda ırkları arasında karşılaştırmalar yapılabilecektir. Anadolu Mandası nın kökeni hakkında bilgi sahibi olunacaktır. Anadolu Mandası populasyonlarının genetik saflık düzeyi incelenebilecek,

34 MATERYAL VE METOD: Türkiye nin yerli gen kaynaklarından biri olan ve sayısı her geçen gün azalmakta olan Anadolu mandasının genetik yapısı 20 mikrosatellit lokusu ve mtdna polimorfizm tekniğine göre incelenecektir. Anadolu Mandası nın genetik yapısı ilk kez moleküler teknikler kullanılarak incelenecektir.

35

36 Çalışmada farklı populasyonlarından seçilen ortalama 50 bireyin genetik çeşitliliği ve mevcut populasyonların genetik yapısının incelenmesi planlanmaktadır. Çalışılacak mikrosatellit lokusları ISAG ve FAO çalışma grubunun belirlediği 30 mikrosatellit lokusu arasından seçilmiştir (ISAG, 2004). Anadolu mandasında mtdna polimorfizminin incelenmesinde kullanılacak primer

37 Çalışılacak Mikrosatellit Lokuslar ve Kromozomları : Mikrosatellit İsmi Allel Sayısı Kromoz om No CSSM DRB3 9 2p (23) BMC p CSSM CSSME p(19) ETH q ILSTS q ILSTSO33 b b 13(12) ILSTS (10) ILSTS (14) Mikrosatellit İsmi Allel Sayısı Kromozom No CSSM CSSM CSSM p(27) CSSM q(8 CSSM q (1) CSRM (10) CSSM (7) CSSM (20) CSSM (7) ETH p (19)

38

39 Mandanın Sınıflandırılması ve Kökeni

40 Mandalar morfoloji ve davranış kriterlerine göre iki tipe ayrılmaktadır. Bataklık Mandaları : (2n= 48) Filipinler ve Batı Hindistan da bulunur. Bataklık mandaları iş güçü yönünde gelişmiş olup süt verimi oldukça azdır. Son yıllarda et yönünde seleksiyon yapılmaktadır. Nehir Mandaları : (2n=50) Batı Hindistan, Mısır ve Avrupa ya kadar yayılan alanlarda bulunur. Süt ve et verimleri oldukca iyidir.

41 Amerikan Buffaloları (bizon),ile Zebu sığırları (Indıcus ) karyotipleri bakımından benzerdir(2n=60). Afrika buffaloları: Ya da Kongo buffaloları denilen( syncerus caffer nannus ) kromozom sayısı (2n=54) ve yine Latince adı syncerus caffer caffer olan diğer Afrika mandalarının kromozom sayısı (2n=52) dir dir. Yabani Hindistan mandası uysal/evcil niteliğinde olmayıp Madhya Pradesh ve Assam isimli bölge ormanlarında yaşarlar. Yabani yaşayan bu mandalar ise Arni mandası diye bilinir. Nehir ve Bataklık mandaları arasındaki coğrafi sınırların Burma daki Arakan-Yoma ve Patkai, Barail dağ silsileleri olduğu var sayılmaktadır. Bu dağların batısı Nehir mandaları doğusu ise Bataklık mandası tipi olarak öngörülmektedir.

42 Güney Hindistan mandalarının tümü dış (düşük süt verimi, küçük cüsse bakımından) karakteristikler bakımından bataklık mandalarına benzer. Orissa adı verilen mandalar 49 kromozom sayısı ile Bataklık mandalarına benzer. Hindistan içinde de Bataklık ve Nehir mandaları için sınır bölgelerinde sitotaksonomi bakımından karyotip esasına göre yeterli çalışma yapılmamıştır. Kuzey Hindistan mandaları üzerinde yapılan çalışmalar (2n=50) kromozom sayısına sahip nehir mandaları tipinin varlığını göstermiştir. Özellikle pestisitler bakımından çevre kirliliği gösteren, fabrika atığı içeren sulardan içen, içinde yüzen mandalarda kromozom sayısı değişmeleri görülmüştür. Bu olgu etkilenen mandalar arasında sterilitiye de yol açar. Nehir mandalarının genomunun (2n=50) olduğu yönündeki hipotez deneysel doğrulama gerektirir. Ancak Nehir mandaları (2n=50) ve Bataklık mandaları (2n=48) arasındaki melezlerin (F1) ve (F2) döllerinde kromozom sayısı 49 olmasına karşın döl verimliliği gözlenmektedir.

43

44 Mandalar orjinalde Asya hayvanı olup, Yakın Doğuya ve Kuzey Afrika ya buradan geçtiği düşünülmektedir (Soysal M.İ., 2006, Şekerden, Ö., 2001; Kumar ve ark., 2006) Mandanın M.Ö.5000 yıllarında önce Güney hindistanda Arni Mandasından evcilleştirildiği düşünülmektedir. (Soysal M.İ., 2006) Avrupa ya bir rivayete göre Haçlı seferleri ile Ortaçağda getirildiği; başka bir rivayete göre ise İtalya Kralı Arululava ya ( yılları)avar Hanından hediye olarak verilerek getirildiğinden bahsedilmektedir.(soysal M.İ., 2006, Kumar ve ark., 2006). Türkiye de yetiştirilen mandalar Anadolu mandası olarak adlandırılmakta olup Akdeniz mandasının nehir mandası sınıfına girmektedir. Akdeniz mandalarının ise Hindistan mandasından köken aldığı belirtilmektedir ( Dellal, 1994, Şekerden, 2001; Soysal M.İ., 2006; Kumar ve ark., 2006).

45 Mandalarda Yapılan mtdna Çalışmaların Özetleri Asya mandalarında mtdna polimorfizminin incelendiği bir çalışmada (Lau( ve ark., 1998); 303 bp uzunluğunda Cytochrome b gen bölgesi 14 farklı populasyondan alınan 54 bireyde çalışılmıştır. 158 bp uzunluğundaki D-loopD bölgesi, 11 farklı populasyondan alınan 80 bireyde çalışılmıştır.

46 Şekil: İnsan mt DNA sının gen haritası

47 Bu çalışmada (Lau( ve ark., 1998);; Bir tane cytochrome b haplotipinin sadece nehir mandalarında olduğu belirlenmiştir. 4 tane cytochrome b haplotipinin ise sadece bataklık mandalarında olduğu belirlenmiştir. Bir haplotipin ise hem nehir hemde bataklık mandalarında olduğu belirlenmiştir. D-loop gen bölgesinde 33 farklı haplotip belirlenmiş olup bu haplotiplerden sadece 11 tanesinin bataklık mandalarında görüldüğü beirlenmiştir.

48 D-loop gen bölgesinin sonuçlarının analiz edilmesi sonucunda, bataklık ve nehir mandalarının ortak bir atadan geldiği tahmin edilmekte olup, bu ortak atanın yabani Asya mandası (Bubalus arnee) olabileceği belirtilmiştir. D-loop bölgesi verilerinden, nehir ve bataklık manda tiplerinin birbirlerinden ila yıl önce olmuş olabileceği belirlenmiştir. Haplotip : Bir kromozom üzerinde bulunan çok yakın bağlı genler veya işaretleyicilerle ilgili allelin kombinasyonu. Haplotipler birbirine bağlı genler ünitesi oluşu nedeniyle bir ünite olarak kalıtlanır ancak generasyonlar boyunca rekombinasyonla değişir

49 Bu çalışma sonucunda mandanın yayılışı hakkında ortaya atılan hipotez: Güney Doğu Asya dan bir kol Çin in kuzeyine ve bir diğer kolunda Hindistan ın kuzeyindeki alt kısımlara gitmiş olabileceği yönündedir. Nehir mandalarının Hindistanda evcilleştirildiği, bunu izleyen evcilleştirmenin ise Çin de bataklık mandalarında olduğu belirtilmiştir. Çin den de Tayvan, Filipinler, Borneo, Sulawesi, güneydoğu Asya ve Endonezya nın batısındaki adalara yayılmış olabileceği tahmin edilmektedir.

50

51 Afrika manda ırklarında mtdna polimorfizminin incelendiği bir çalışmada ise ( Simonsen ve ark., 1998); 348 bç uzunluğundaki mtdna kontrol bölgesi, Afrika nın doğusunda ve güneyinde yetiştirilen 11 farklı populasyonda çalışılmıştır. Afrika manda populasyonlarında kıtasal düzeyde yüksek düzeyde genetik varyasyon olduğu belirlenmiş olmasına rağmen populasyonlar arasındaki farklılıkların bölgesel bazda düşük olduğu belirlenmiştir. Cografik olarak birbirine yakın olan populasyonlar arasındaki farklılıkların düşük olduğu belirlenmiştir.

52 Bu 2 çalışmanın incelenmesi sonucunda mtdna polimorfizminde; D-loop bölgesi (158 bç), Cytochrome b (303 bç) ) ve mtdna kontrol bölgelerinin (348 bç) ) çalışılması ile; Türkiye deki Anadolu mandasının kökeni hakkında bilgi sahibi olunabileceği gibi, cografi uzaklık ile populasyonlar arası genetik farklılıkların arasında bir bağlantının olup olmadığı incelenebilecektir.

53 Kierstein ve ark yilindaki mandalarin evcillestirilmesine yonelik yapilan Avrupa ve Latin Amerika manda irklarini iceren bir calismada, Butun mt DNA D-loop D bolgesini 4 farkli irkdan 80 mandada analiz ettiler. Analizlerinde 128 polimorfik bolgeyi iceren 36 haplotip belirlediler. Gerek nehir gereksede bataklik mandalarinin Hindistan da ayni sekilde evcillestirildigi kanisina vardilar. Çindeki mandalarinda digerlerinden bagimsiz olarak evcillestirildiklerine dair dusunclerini ifade ettiler.

54 Iki manda sinifinin bagimsiz olarak evcillestirilip evcillestirilimedigine yonelik yapilan calismada (Kumar ve ark, 2007). Sekans analizi Mt dna Dloop ve cyt b gene sirasiyla 217 ve 80 manda yapildi (8 farkli irkdan) Data sonuclari nehir ve bataklik mandalarinin iki farkli sinif olduklarini ve 2 sinifin birbirinden bagimsiz olarak evcillestirildigini ortaya koydular.

55 Faruque,, MD nin Banglades mandalariyla yaptigi diger bir calismada; 6 farkli populasyondan 36 mandada,1140 bc uzunlugundaki mt DNA tamamiyla sekans edilmis. 13 farkli haplotip tesbit edilmis. Bunlarda 11 si nehir mandalariyla,, 2 si bataklik mandalariyla,, 1 i de her iki sinifla homoloji gostermistir. Genetik olarak ulkenin bati ve orta kesimlerinindeki mandalar Hindistan daki nehir ve Nili-Ravi irkina benzerken, dogu bolgesindekilerin ise hem nehir hemde bataklik mandalarindan genler tasidigi tespit edilmistir

56

57 Mandalarda Yapılan Mikrosatellit Çalışmaların Özetleri Hindistan da yetiştiriciliği yapılan 8 nehir mandası ırkından oluşan 383 bireyde 27 mikrosatellit lokusunun çalışıldığı bir çalışmada ( Kumar ve ark., 2006); ırklar arası genetik çeşitliliğin yüksek olduğu belirlenmiştir. Çalışmada bazı ırklarda Hardy-Weinberg dengesinden sapma olduğu belirlenmiş olup bu sapmanın nedeninin heterozigotluk eksikliğinden olduğu belirlenmiştir. Bu ırklarda görülen heterozigotluk eksikliğinin nedenleri tahmin edilmeye çalışılmış ve bu ırkların yetiştirilme sistemlerinde düzenlemeye gidileceği belirtilmiştir.

58 Çalışmada populasyonların genetik yapısı incelenmiş olup ırklar arası genetik uzaklıklar, ırklar arası karışım oranları ve ırklar arası genetik farklılıklar incelenmiştir. Çalışmada elde edilen sonuçların, Hindistan manda populasyonlarının koruma stratejilerinin oluşturulmasında ve uygun yetiştirme programlarının geliştirilmesinde yararlı olacağı belirtilmiştir.

59 Navani ve ark, (2002). Sigirda tanimlanan 108 sigir mikrosatelit primer ciftinin sigira uygulanabilirligini incelemistir. 81 marker (%75)basarili bir sekilde cogaltilirken Bunlardan 61 marker (% 56) 25 manda DNA panelinda polimorfik band sekli gostermislerdir. Allel sayi ortalamasi 4.5 (SE 0.20) Ortalama heterozigotluk ise 0.66 (SE 0.02)

60 Kumar S. ve ark (2006) yaptiklari bir calismaya gore 8 Hindistan nehir mandasi irkinda genetik degiskenlik ve aralarindaki iliskiler incelenmistir. 27 mikrosatelit lokusu kullanilan bu calismada HW dengesidan onemli olcude sapmalar gorulmustur. Fst indexi bakimindan irk farkliliklari analiz edildiginde % değerleri gözlenmiştir. Komsu birlestirme diyagramlari onemli olcude farkliliklari ortaya koymustur.

61 Trakya Üniv.Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümünce Anadolu mandası populasyonunda yapılan Micro sattalite DNA polimorfizmi çalışmadan aşağıdaki sonuçlar çıkmıştır. The table shows the name of the microsatellite loci used in the study, their primer sequences, Polymorphism information contents (PIC), annealing temperature, the chromosome number the belong to, and the references articles. Locus Name Primer Sequence PIC Annealing Temp. ( 0 C) Chromosome Number Reference TGLA227 CGAATTCCAAATCTGTTAATTTGCT ACAGACAGAAACTCAATGAAAGCA Steigleder et al, (2004) ILSTS005 GGAAGCAATGAAATCTATAGCC TGTTCTGTGAGTTTGTAAGC Arora et al, (2003) CSSM66 ACACAAATCCTTTCTGCCAGCTGA AATTTAATGCACTGAGGAGCTTGG Arora et al, (2003) BM1818 AGCTGGGAATATAACCAAAGG AGTGCTTTCAAGGTCCATGC Arora et al, (2003)

62 LOCUS Number of alleles (n A ) Observed Heterozygosity (H O ) Expected Heterozygosity (He) H n.b. F IS TGLA ILSTS CSSM BM Mean Characteristics of Bovine Microsatellite Markers Tested on Anatolian Water Buffalo Population.

63 Bizleri korumak için gösterdiğiniz ilgiye teşekkür ederiz.

64 Türkiye Anadolu Manda Populasyonunun 20 mikrosatellit lokusu ile incelenmesi sonucunda, Mevcut populasyonların genetik yapısı ve populasyonlarının genetik saflık düzeyi incelenebilecek, Diğer manda populasyonları ile karşılaştırması yapılacaktır. Genetik yapısı saf olan bireylerin koruma altına alınması sağlanacaktır.

65

66

67

68

69

70

71

72

73

74

75

76

77

78

79 Sucuk: İçindekiler: Sığıt eti, manda eti, kuyruk yağı, sarımsak, tuz, kimyon, kırmızıbiber, karabiber, antimikrobiyal madde (sodyum nitrat ) asitliği düzenleyici madde ( gulukono delta lakton ).Muhafaza: Vakumlu ambalajlarda +4 C da 3 ay

80 Boynuzda Yaşa Göre Oluşan Kertik ve Halkalar.

81 Biyometri ve Genetik Anabilim dalının laboratuvar olanakları

82

83

84

85

86

87 MANDA DA İLK 6 AYLIK PLAN

88 İlk 6 Aylık Süre içerisinde: Manda örneklerinin gelmesine bağlı olarak mevcut DNA ların Izolasyonu. DNA izolasyonunda Fenol Kloroform İsoamil alkol metodunun uygulanması düşünülmektedir. Yapılan literatür taramalarının çoğunda ve FAO DAD-IS kapsamında yürütülmekte olan çalışmalarda bu metod ile DNA izolasyonunun yapıldığı belirtilmektedir.

89 Uluslar Arası Standartlara göre Mikrosatellit Sonuçlarını Düzenleme Ortak bir çalışmada birlikte çalıştığımız Prof. Dr. Alessio Valentini nin nin laboratuvarına (Department of Animal Production, University of Tuscia,, ViaV de lellis,, Viterbo,, Italy) 5-10 örnek gönderilip 20 lokus standardize edilecektir.

90 Mikrosatellit primerlerinden ilk 10 tanesinin siparişi verilecek ve PCR koşullarının optimizasyonuna geçilecektir. Allel uzunluklarına göre ve yükseltgenme sıcaklıklarına göre multipleks PCR koşulları optimize edilecektir. PCR koşullarının ve optimizasyonların yapılmasında elimizde şu anda bulunan TÜBAP 626 nolu projenin manda örneklerinden yararlanılacaktır.

91 mtdna kontrol bölgesinin primerleri sipariş verilecektir. Elimizdeki örneklerden tanesinde ön çalışmalar yapılacaktır. 6. ayın sonunda elimizdeki örneklerden yararlanılarak mtdna-rflp analizleri ön çalışması yapılmış, RFLP sonucuna göre seçilen örneğin mtdna dizi analizi yapılacak, 10 mikrosatelit lokusunun PCR koşulları optimize edilerek standart örneklerin genotipi analiz edilecek. Ayrıca I. Gelişme raporu yazılacak.

92

93 Filmi izlemek için aşağıdaki yazıya tıklayn manda.film.avi manda.film.avi