Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji. Dr. Burak Aksu M.Ü. Tıp Fakültesi T.Mikrobiyoloji AD.

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji. Dr. Burak Aksu M.Ü. Tıp Fakültesi T.Mikrobiyoloji AD."

Transkript

1 Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji Dr. Burak Aksu M.Ü. Tıp Fakültesi T.Mikrobiyoloji AD.

2 Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji DNA dizileme yöntemleri Tüm genom analizi Mikrobiyolojide kullanım alanları Klinik Mikrobiyolojide kullanım alanları Bakteri tanımlama Antibiyotik direnci saptama Virulans saptama Klinik Virolojide kullanım alanları Sonuç

3 DNA Dizileme Yöntemleri 1975, Sanger Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA 1977; 74:

4 DNA Dizileme Yöntemleri 2002, Yeni nesil sistemler 2. nesil dizileme Schadt EE, Turner S, Kasarskis A A window into third-generation sequencing. Hum Mol Genet. 19(R2):R

5 DNA Dizileme Yöntemleri 2005, 3. nesil dizileme Schadt EE, Turner S, Kasarskis A A window into third-generation sequencing. Hum Mol Genet. 19(R2):R

6 DNA Dizileme Yöntemleri Bertelli C, Greub G. Rapid bacterial genome sequencing: methods and applications in clinical microbiology. Clin Microbiol Infect. 2013;19(9):

7 DNA Dizileme Yöntemleri

8 Tüm Genom Dizileme 1995, Haemophilus influenzae 1.8 Mb genom 13 ay 1.5 milyon $ 2016, Genomes OnLine Database (GOLD) bakteri genomu dizisi 1.8 Mb genom <24 saat 10 $ Reddy TBK et al. The Genomes OnLine Database (GOLD) v.5: a metadata management system based on a four level (meta)genome project classification. Nucl. Acids Res. (2014) doi: /nar/gku950

9 Tüm Genom Dizileme Son birkaç yıldır dizilemeye alınan genom sayısı her 6-9 ayda bir katlanmaktadır Caboche S, Audebert C, Hot D. High-Throughput Sequencing, a VersatileWeapon to Support Genome-Based Diagnosis in Infectious Diseases: Applications to Clinical Bacteriology. Pathogens ;3(2):

10 Yeni Nesil Dizileme ve Mikrobiyoloji Mikrobiyota çalışmaları Barsak Cilt Mukoza Transkriptom Virom Mikobiyom Metagenomik çalışmaları Deniz, göl Kanalizasyon Toprak

11 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide Kullanım Bakteri tanımlama 2010 MALDI TOF MS (matriks aracılı lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometresi) Hızlı, doğru tanımlama*** Epidemiyolojik tiplendirme Toksin tespiti Antibiyotik duyarlılığını saptama Mikroorganizmanın tüm özellikleri

12 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide Kullanım Bakteri tanımlama 16s rdna ~1500 bp 16s rdna PCR AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT Dizileme Veri tabanıyla karşılaştırma Cins tür düzeyinde tanımlama Tüm Genom Dizisi

13 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide Kullanım Bakteri tanımlama 16s rdna PCR 16s rdna ~1500 bp AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT Dizileme Veri tabanıyla karşılaştırma Cins tür düzeyinde tanımlama Tüm Genom Dizisi Veri tabanıyla karşılaştırma Cins tür düzeyinde tanımlama

14 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Kültürden tanımlama Doğrudan örnekten tanımlama Özgün primer seçimine gerek yok Özellikle üretilmesi zor, zaman alıcı veya mümkün olmayan patojenler İnsan/patojen DNA oranı yüksek Daha etkin nükleik asit saflaştırma yöntemleri gerekli PCR duyarlılığına ulaşmak zor Kullanılan solüsyonlarda bakteri kontaminasyonu

15 14 yaş erkek çocuk 4 ay süren ateş ve başağrısı Hidrosefali ve epilepsi nöbetleri Menenjit?

16 Menenjit?

17

18 İdrar yolu enfeksiyonu şüphesi 35 idrar örneği İdrar kültürü 19 üreme (+) Örnekten Tüm Genom Dizileme Klasik tanımlama Koloniden Tüm Genom Dizileme

19

20

21 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Antibiyotik direnci saptama In siliko antibiyotik duyarlılık testi Genotip Fenotip Büyük hata: Bir genin varlığı, direnç ile eş anlamlı olmayabilir Çok büyük hata: Bir genin yokluğu, direnç olmaması ile eş anlamlı olmayabilir

22 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Antibiyotik direnci saptama Gen aktarımı ile gelişen direnç (beta laktamaz genleri gibi) Özgül genlerdeki mutasyonlara bağlı gelişen direnç (rpob, gyra..) Ekspresyon artışı, birden fazla geni ilgilendiren karmaşık düzenleyici sistemlerde oluşan değişiklikler

23 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Antibiyotik direnci saptama

24 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım A.baumannii enfeksiyonu Tedavi sırasında tigesikline direnç Tedavi öncesi/sonrası izolatlarda genom analizi 18 tek nükleotid değişimi (SNP) ve 3 delesyon Hornsey M et al. Whole-genome comparison of two Acinetobacter baumannii isolates from a single patient, where resistance developed during tigecycline therapy. J Antimicrob Chemother 2011,66:

25 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Tüm genom dizileme verisinin antibiyotik duyarlılığını belirlemede kullanımı sınırlı: Direnç geni veya mutasyonu, dirence neden olmayabilir indüklenebilir dirençle ilişkili olabilir antibiyotik duyarlılığına ait kantitatif veri sağlamaz

26 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Antibiyotik duyarlılığını belirleme amacıyla hazırlanmış ve sürekli güncellenen veri tabanları Tüm genom dizileme verisinden antibiyotik duyarlılığına ait bilgiyi süzecek yazılımlar Sürekli kontrolün sağlanabilmesi için fenotipik direnç testleri de yapılmalı

27 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım

28 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Virulans saptama Hastadaki patolojik değişiklikler ve sonuçları ile patojenin genom bilgisi arasındaki ilişkinin incelenmesi ile yeni virulans faktörlerini belirleme imkanı Güncel veritabanı/yazılım gereksinimi

29 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Epidemiyolojik tiplendirme Enfeksiyon kontrolü Sürveyans

30 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Epidemiyolojik tiplendirme Tüm genom dizileme verisi = son durak

31 Tüm Genom Analizi Klinik Bakteriyolojide kullanım Kong Z, Zhao P, Liu H, Yu X, Qin Y, Su Z, et al. (2016) Whole-Genome Sequencing for the Investigation of a Hospital Outbreak of MRSA in China. PLoS ONE 11(3): e

32 Tüm Genom Dizileme Klinik Virolojide Kullanım Tüm viral genom dizileme Virus hastalık ilişkisi Virus florasının içeriği ve insan sağlığına etkileri Rezervuarların ve bulaş yollarının saptanması Türümsülerin (quasispecies) aynı konakta veya konaklar arasında çeşitliliği, virus bulaşı, viral adaptasyon dinamiği ve hastalık progresyonu üzerindeki etkileşimleri

33 Tüm Genom Dizileme Klinik Virolojide Kullanım Antiviral ilaç direnci saptama İlaca dirençli virus (mutant) oranı Sanger dizileme ile saptama sınırı >%15 20 Yeni nesil dizileme ile saptama sınırı: %0.1 1 Reseptör tropizminin belirlenmesi HIV

34

35 Tüm Genom Dizileme & Klinik Mikrobiyoloji Teknolojideki gelişmeler, rekabet ve maliyetlerin düşmesi ile bu yöntemler artık daha ulaşılabilir Elde edilen veri çok kapsamlı ve büyük Veri depolama!!! Biyoinformatik!!! Kullanılan teknolojiden bağımsız veri analizi yazılımlarına gereksinim Sürekli güncellenen ve denetlenen veri tabanlarına gereksinim

36 Sonuç Bugün için; Düşük hata oranı, yüksek okuma kapasitesi ve uygun maliyete sahip, mükemmel bir yeni nesil dizileme platformu henüz yok Tüm genom dizileme yöntemlerinin klinik mikrobiyolojide kullanıma girmesi artık sadece bir zaman meselesi

37 İlginiz için teşekkürler

Mikobakteriyolojide yeni nesil dizileme ile analiz

Mikobakteriyolojide yeni nesil dizileme ile analiz Mikobakteriyolojide yeni nesil dizileme ile analiz Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir Mikobakteriyolojide kullanım alanları Moleküller epidemiyoloji

Detaylı

İlaç direnci saptanmasında yeni yöntemler. Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR

İlaç direnci saptanmasında yeni yöntemler. Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR İlaç direnci saptanmasında yeni yöntemler Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR 2050 TB Eliminasyon Hedefi (WHO; Global Tuberculosis Report 2012)

Detaylı

İnsan Mikrobiyom Projesi. Prof. Dr. Tanıl Kocagöz

İnsan Mikrobiyom Projesi. Prof. Dr. Tanıl Kocagöz İnsan Mikrobiyom Projesi Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Human Microbiome Project İnsan Mikrobiyom Projesi (İMP) 2007 yılında NIH tarafından başlatıldı 300 gönüllünün 5 vücut bölgesinden değişik zamanlarda, toplam

Detaylı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 16S rrna Analizi Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum içeriği Genel bilgi Uygulanışı Kullanım alanları Avantajları Dezavantajları Neden

Detaylı

Dirençli Kolonizasyonda Mikrobiyotanın Yeri. Prof. Dr. Z. Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Dirençli Kolonizasyonda Mikrobiyotanın Yeri. Prof. Dr. Z. Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Dirençli Kolonizasyonda Mikrobiyotanın Yeri Prof. Dr. Z. Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum İçeriği AnCbiyoCk direnci, direncin kaynağı, yayılımı Bağırsak

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

HIV: ALGORİTMALAR VE DİRENÇ: HIV Anti-Retro Viral Direnç: Ülkemizdeki Son Durum

HIV: ALGORİTMALAR VE DİRENÇ: HIV Anti-Retro Viral Direnç: Ülkemizdeki Son Durum HIV: ALGORİTMALAR VE DİRENÇ: HIV Anti-Retro Viral Direnç: Ülkemizdeki Son Durum Prof. Dr. Kenan Midilli İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı DSÖ: HIV in ilaç

Detaylı

Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ»

Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ» Antimikrobial Farkındalık Simpozyumu Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ» Dr Gökhan AYGÜN Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Kültür Tarihsel, toplumsal gelişme süreci içinde yaratılan

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

Bakteri ve Mantarların MALDI TOF ile Tanımlanması Tanıl Kocagöz Mikroorganizmaların Tanımlanmasında Spektroskopik Yöntemler Çağrı Ergin Nükleik Asit

Bakteri ve Mantarların MALDI TOF ile Tanımlanması Tanıl Kocagöz Mikroorganizmaların Tanımlanmasında Spektroskopik Yöntemler Çağrı Ergin Nükleik Asit Bakteri ve Mantarların MALDI TOF ile Tanımlanması Tanıl Kocagöz Mikroorganizmaların Tanımlanmasında Spektroskopik Yöntemler Çağrı Ergin Nükleik Asit Temelli Mikroorganizma Tanımlama Yöntemleri Barış Otlu

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri. Bilimsel Program Nisan. Askeri Müze, Harbiye - İstanbul

12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri. Bilimsel Program Nisan. Askeri Müze, Harbiye - İstanbul 12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri Bilimsel Program 01-03Nisan Askeri Müze, Harbiye - İstanbul Gülçin Anmaç, "Erguvan Dalında Kuşlar" 2010, İstanbul 12.40-13.20 13.20-13.50 13:50-14:50 01 NİSAN 2016,

Detaylı

Metagenom Analiz Stratejileri

Metagenom Analiz Stratejileri Metagenom Analiz Stratejileri Prof.Dr. Engin Yılmaz Acıbadem Üniversitesi Tıbbi Biyoloji AD 1. Ulusal İnsan Mikrobiyotası ve Sağlığımıza Etkileri Kongresi 8-10 Aralık 2016, Ankara İnsan Genom Projesi İnsan

Detaylı

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara Taksonomik terimler Alem (Kingdom) Bölüm veya şube (divisio, filum)

Detaylı

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011 SİTOMEGALOVİRUS (CMV) Prof. Dr. Seyyâl ROTA Gazi Ü.Tıp Fakültesi LOW SYSTEMIC GANCICLOVIR EXPOSURE AND PREEMPTIVE TREATMENT FAILURE OF CYTOMEGALOVIRUS REACTIVATION IN A TRANSPLANTED CHILD J Popul Ther

Detaylı

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM Doç. Dr. Alpaslan Alp Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Dünya Sağlık Örgütü 2009 Yılı Raporu Aktif tüberkülozlu hasta

Detaylı

Doğrudan klinik örnekte hızlı tanı. Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR

Doğrudan klinik örnekte hızlı tanı. Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR Doğrudan klinik örnekte hızlı tanı Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR TİCARİ KONVANSİYONEL PCR SİTEMLERİ TİCARİ REAL-TIME PCR SİTEMLERİ IN-HOUSE

Detaylı

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları Dr Dilara

Detaylı

HİPERVİRÜLAN ESCHERİCHİA COLİ ST131 KLONU ÜLKEMİZDE YENİ Mİ?

HİPERVİRÜLAN ESCHERİCHİA COLİ ST131 KLONU ÜLKEMİZDE YENİ Mİ? HİPERVİRÜLAN ESCHERİCHİA COLİ ST131 KLONU ÜLKEMİZDE YENİ Mİ? Elif Aktaş, Nezahat Gürler, Nafia Canan Gürsoy, Barış Otlu, Bahar Akgün Karapınar, Zuhal Kalaycı Çekin, Gülsüm İnanç, Emin Bulut, Çiğdem Kayacan

Detaylı

ANTİFUNGAL DİRENÇ MEKANİZMALARI ve DUYARLILIK TESTLERİ. Nilgün ÇERİKÇİOĞLU 2014 MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ AD

ANTİFUNGAL DİRENÇ MEKANİZMALARI ve DUYARLILIK TESTLERİ. Nilgün ÇERİKÇİOĞLU 2014 MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ AD ANTİFUNGAL DİRENÇ MEKANİZMALARI ve DUYARLILIK TESTLERİ Nilgün ÇERİKÇİOĞLU 2014 MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ AD İn Vitro Duyarlılık Test Sonuçları Duyarlı (MİK) Doza bağımlı duyarlı

Detaylı

Emrah Salman, Zeynep Ceren Karahan Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi. Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Emrah Salman, Zeynep Ceren Karahan Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi. Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Emrah Salman, Zeynep Ceren Karahan Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Antibiyotik kullanımına bağlı ishal etkeni olan Clostridium difficile, nozokomiyal diyarenin en sık

Detaylı

Makrolid dirençli Staphylococcus aureus ile kolonize kistik fibrozis hastalarında MLS B direnç genlerinde yıllar içerisinde değişim var mı?

Makrolid dirençli Staphylococcus aureus ile kolonize kistik fibrozis hastalarında MLS B direnç genlerinde yıllar içerisinde değişim var mı? Makrolid dirençli Staphylococcus aureus ile kolonize kistik fibrozis hastalarında MLS B direnç genlerinde yıllar içerisinde değişim var mı? Muharrem ÇİÇEK, Banu SANCAK, Burçin ŞENER Hacettepe Üniversitesi

Detaylı

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE (yalnızca CLSI mı?) Dr.ELViN DiNÇ OKMEYDANI E.A.H ENFEKSİYON HASTALIKLARI VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KLİNİĞİ Antibiyotik tedavisi gerektiren bir enfeksiyonda rolü olan

Detaylı

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI ÖĞRETĠM ÜYESĠ : Prof. Dr. O. ġadi Yenen Ders: VĠROLOJĠYE GĠRĠġ, TARĠHÇE ve EVRĠM 1. Virusların tanımlanması ve rolüne ilişkin önemli tarihsel gelişmelerin

Detaylı

Kolistine Dirençli E. coli Suşuyla Gelişen ÜSİ Olgusu ve Sonuçlar

Kolistine Dirençli E. coli Suşuyla Gelişen ÜSİ Olgusu ve Sonuçlar Kolistine Dirençli E. coli Suşuyla Gelişen ÜSİ Olgusu ve Sonuçlar Dr. Okan Derin Kocaeli VM Medical Park Hastanesi Sunum Planı Gerekçe Hastane kökenli Gram negatif enterik patojenlerde direncin epidemiyolojisi

Detaylı

Tüberküloz Basilinin Evrimi

Tüberküloz Basilinin Evrimi Tüberküloz Basilinin Evrimi Dr. Ahmet Görkem Er Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi { İç Hastalıkları Anabilim Dalı Mycobacterium tuberculosis & Homo sapiens Birlikte evrimleşme (Co-evolution) Patojen

Detaylı

Gereç ve yöntem. Şişli Hamidiye Etfal EAH- 700-yataklı. Yenidoğan yoğun bakım ünitesi -29 yataklı Bir izolasyon odası Üç farklı bölüm

Gereç ve yöntem. Şişli Hamidiye Etfal EAH- 700-yataklı. Yenidoğan yoğun bakım ünitesi -29 yataklı Bir izolasyon odası Üç farklı bölüm Amaç Şişli Hamidiye Etfal EAH yenidoğan yoğun bakım ünitesinde üç haftalık süreçte üç hastanın idrar örneğinden karbapenem dirençli Klebsiella oxytoca üremesi üzerine yapılan salgın incelemesi Gereç ve

Detaylı

Mikrobiyotanın En Etkili Analizi: Yeni Nesil Dizileme Sistemleri. Barış Otlu İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilimdalı

Mikrobiyotanın En Etkili Analizi: Yeni Nesil Dizileme Sistemleri. Barış Otlu İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilimdalı Mikrobiyotanın En Etkili Analizi: Yeni Nesil Dizileme Sistemleri Barış Otlu İnönü Üniversitesi ıp Fakültesi ıbbi Mikrobiyoloji Anabilimdalı Yeni Nesil Dizileme Sistemleri Dünya Sağlık Örgütü yeni nesil

Detaylı

SAĞLIK HİZMETİ İLE İLİŞKİLİ KLEBSİELLA ENFEKSİYONLARI

SAĞLIK HİZMETİ İLE İLİŞKİLİ KLEBSİELLA ENFEKSİYONLARI SAĞLIK HİZMETİ İLE İLİŞKİLİ KLEBSİELLA ENFEKSİYONLARI KLEBSİELLA ENFEKSİYONLARI VE KLİNİK ÖNEMİ Dr. Aysun Yalçı Ankara Üniversitesi İbni Sina Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana

Detaylı

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Altın Standart Yöntem Olan rdna ITS1/2 Dizi Analizi ile VITEK 2 YEAST ID, API ID 32C ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması D i l a r a Y ı

Detaylı

Türkiye'de Antibiyotik Direncinin Durumu

Türkiye'de Antibiyotik Direncinin Durumu Türkiye'de Antibiyotik Direncinin Durumu Dr. Hüsniye ŞİMŞEK Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Birimi Antimikrobiyal Yönetim Simpozyumu 06-08

Detaylı

Acil Serviste Akılcı Antibiyotik Kullanımının Temel İlkeleri Dr. A. Çağrı Büke

Acil Serviste Akılcı Antibiyotik Kullanımının Temel İlkeleri Dr. A. Çağrı Büke Acil Serviste Akılcı Antibiyotik Kullanımının Temel İlkeleri Dr. A. Çağrı Büke Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji 12/o4/2014 Akılcı antibiyotik kullanımı Antibiyotiklere

Detaylı

Yeni Nesil Genomik Sistemler. ve Uygulamaları

Yeni Nesil Genomik Sistemler. ve Uygulamaları Yeni Nesil Genomik Sistemler ve Uygulamaları Sunum Başlıkları Mikroarray Sistemleri (iscan) Ekspresyon Array SNP Array Metilasyon Array Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri Ekspresyon Array Tüm Genom Gen

Detaylı

HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ

HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ SELÇUK KILIÇ, BEKİR ÇELEBİ, MEHMET GENÇ, CANAN KETRE, MUSTAFA KOLUKIRIK 1, Ankara 2 Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri

Detaylı

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar Haziran 2015 İletişim adresleri : "Güven Külekçi" gkulekci@istanbul.edu.tr, "Turk Mikrobiyoloji Cemiyeti" tmc@tmc-online.org Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop

Detaylı

Dr. Aysun Yalçı Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbn-i Sina Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji

Dr. Aysun Yalçı Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbn-i Sina Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dr. Aysun Yalçı Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbn-i Sina Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji HKP Prognostik Faktör Tedavi Önceden antibiyotik kullanımı (90 gün içinde), 5 gün

Detaylı

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD Tanıtım Rehberi İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi Elazığ yolu 10. Km MALATYA Telefon: 0 (422) 3410660 Faks: 0 (422) 3410727

Detaylı

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR Literatür Tanı Rehberleri Kongre İyileştirme Ğereksinimi Uzman Klinisyen İsteği

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı?

Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı? Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı? Dr. Funda YETKİN İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum Planı Klorheksidin

Detaylı

Gelişen teknoloji Tanı ve tedavide kullanım Uygulanan teknikler çok gelişmiş bile olsalar kendine özgü komplikasyon riskleri taşımaktadırlar

Gelişen teknoloji Tanı ve tedavide kullanım Uygulanan teknikler çok gelişmiş bile olsalar kendine özgü komplikasyon riskleri taşımaktadırlar Gelişen teknoloji Tanı ve tedavide kullanım Uygulanan teknikler çok gelişmiş bile olsalar kendine özgü komplikasyon riskleri taşımaktadırlar 2 Hastanın hastanede yatış süresini uzatmakta Tedavi maliyetini

Detaylı

Fungal Etkenler. Toplantı sunumları Dr.AyşeKalkancı. Santral Sinir Sistemi Enfeksiyonlarında Tanı. Ege Mikrobiyoloji Günleri-3

Fungal Etkenler. Toplantı sunumları Dr.AyşeKalkancı. Santral Sinir Sistemi Enfeksiyonlarında Tanı. Ege Mikrobiyoloji Günleri-3 Toplantı sunumları Dr.AyşeKalkancı Santral Sinir Sistemi Enfeksiyonlarında Tanı Fungal Etkenler Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı SSS enfeksiyonları Mortalite

Detaylı

Bağışıklama ve Mikrobiyolojik Sürveyans İnvaziv Bakteriyel Etkenler

Bağışıklama ve Mikrobiyolojik Sürveyans İnvaziv Bakteriyel Etkenler Bağışıklama ve Mikrobiyolojik Sürveyans İnvaziv Bakteriyel Etkenler Dr. Selin NAR ÖTGÜN Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı 3.Ulusal Klinik Mikrobiyoloji

Detaylı

N. Tiryakioğlu, B. Aksu, M. U. Hasdemir. Marmara Üni. Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul

N. Tiryakioğlu, B. Aksu, M. U. Hasdemir. Marmara Üni. Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul Eritromisine dirençli klinik Streptococcus pneumoniae izolatlarında makrolid direncinin genetik profili ile serotip ilişkisi N. Tiryakioğlu, B. Aksu, M. U. Hasdemir Marmara Üni. Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji

Detaylı

HCV Proteaz İnhibitörlerinde Türkiye Direnç Profili

HCV Proteaz İnhibitörlerinde Türkiye Direnç Profili HCV Proteaz İnhibitörlerinde Türkiye Direnç Profili Doç. Dr. Murat Sayan Kocaeli Üniv. Hast. PCR Birim Sorumlusu Öğr. Üyesi. E-posta: sayanmurat@hotmail.com Tel: 0533 6479020 VHÇG Atölye 21 Eylül 2013,

Detaylı

Antibiyotik Direncinde ve Kontrolünde Güncel Durum

Antibiyotik Direncinde ve Kontrolünde Güncel Durum Antibiyotik Direncinde ve Kontrolünde Güncel Durum Dr. Çağrı Büke Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji 17.11.16 Ç.Büke KLİMİK-İstanbul 2016 1 Konuşma içeriği Antibiyotik

Detaylı

Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Sistemi (UAMDSS)

Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Sistemi (UAMDSS) Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Sistemi (UAMDSS) Uzm.Dr.Hüsniye Şimşek, Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları DB Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Birimi 37. TMC Kongresi 16-20 Kasım 2016,

Detaylı

Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi

Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi Yrd. Doç. Dr. Affan DENK Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hst. ve Klin. Mik. Araştırmacılar Yasemin

Detaylı

SOLİT ORGAN TRANSPLANTASYONU ve BK VİRUS ENFEKSİYONLARI Doç. Dr. Derya Mutlu Güçlü immunsupresifler Akut, Kronik rejeksiyon Graft yaşam süresi? Eskiden bilinen veya yeni tanımlanan enfeksiyon etkenleri:

Detaylı

Türkiye de ilk kez NDM-1 karbapenemaz üreten. ve IncI2, IncA/C ile IncY plazmitlerini taşıyan. Escherichia coli ST471 infeksiyonu

Türkiye de ilk kez NDM-1 karbapenemaz üreten. ve IncI2, IncA/C ile IncY plazmitlerini taşıyan. Escherichia coli ST471 infeksiyonu Türkiye de ilk kez NDM-1 karbapenemaz üreten ve IncI2, IncA/C ile IncY plazmitlerini taşıyan Escherichia coli ST471 infeksiyonu Mahir Kapmaz 1, Fatma Erdem 2, Ayham Abulaila 2, Erhan Yeniaras 3, Oral Öncül

Detaylı

FEN TEDAVİSİNDE GENEL ANTİBİYOTERAPİ EĞİLİMİ

FEN TEDAVİSİNDE GENEL ANTİBİYOTERAPİ EĞİLİMİ FEN TEDAVİSİNDE GENEL ANTİBİYOTERAPİ EĞİLİMİ Prof. Dr. Esin ŞENOL Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD Fen Antibiyotik Kullanımında Yeni Karşılaşılan Problemler

Detaylı

Toplum başlangıçlı Escherichia coli

Toplum başlangıçlı Escherichia coli Toplum başlangıçlı Escherichia coli nin neden olduğu üriner sistem infeksiyonlarında siprofloksasin direnci ve risk faktörleri: Prospektif kohort çalışma Türkan TÜZÜN 1, Selda SAYIN KUTLU 2, Murat KUTLU

Detaylı

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Doç. Dr. Sibel Aylin Uğur İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü-Genetik 13. Ulusal Sinirbilim

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

Enfeksiyon Hastalıklarında Son Bir Yılda Öne Çıkan Literatürler Türkiye den Yayınlar

Enfeksiyon Hastalıklarında Son Bir Yılda Öne Çıkan Literatürler Türkiye den Yayınlar Enfeksiyon Hastalıklarında Son Bir Yılda Öne Çıkan Literatürler Türkiye den Yayınlar Dr. Behice Kurtaran Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik 1 Mikrobiyoloji AD 2 HEPATİT 3 4 AMAÇ KHB enfeksiyonunda

Detaylı

HEMATOLOJİK MALİGNİTELİ OLGUDA KLEBSİELLA PNEUMONİAE İLE GELİŞEN BAKTEREMİ OLGUSU VE TEDAVİ SEÇENEKLERİ

HEMATOLOJİK MALİGNİTELİ OLGUDA KLEBSİELLA PNEUMONİAE İLE GELİŞEN BAKTEREMİ OLGUSU VE TEDAVİ SEÇENEKLERİ HEMATOLOJİK MALİGNİTELİ OLGUDA KLEBSİELLA PNEUMONİAE İLE GELİŞEN BAKTEREMİ OLGUSU VE TEDAVİ SEÇENEKLERİ Dr. Seyit Ali BÜYÜKTUNA CUMHURİYET ÜNİVERSİTESİ OLGU SUNUMU K, 67 yaşında Özgeçmiş: AML (2013 yılında

Detaylı

Enterobacteriaceae Ġzolatlarında Karbapenemazların Saptanmasında Modifiye Hodge Testi ve Carba NP Testlerinin Karşılaştırılması

Enterobacteriaceae Ġzolatlarında Karbapenemazların Saptanmasında Modifiye Hodge Testi ve Carba NP Testlerinin Karşılaştırılması Enterobacteriaceae Ġzolatlarında Karbapenemazların Saptanmasında Modifiye Hodge Testi ve Carba NP Testlerinin Karşılaştırılması Gülçin BAYRAMOĞLU 1, Gülşen ULUÇAM 1, Çiğdem GENÇOĞLU ÖZGÜR 2, Ali Osman

Detaylı

ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TEST SİSTEMLERİNİN VERİFİKASYONU

ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TEST SİSTEMLERİNİN VERİFİKASYONU ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TEST SİSTEMLERİNİN VERİFİKASYONU Yrd.Doç.Dr. Murat TELLİ Adnan Menderes Üniversitesi tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Çalışma Planı Verifikasyon planı Kabul kriterleri Çalışmada

Detaylı

Antimikrobiyal tedavide yeni yaklaşım: Doripenem. İn vitro Veriler. Prof.Dr.Güner Söyletir Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi, İstanbul

Antimikrobiyal tedavide yeni yaklaşım: Doripenem. İn vitro Veriler. Prof.Dr.Güner Söyletir Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi, İstanbul Antimikrobiyal tedavide yeni yaklaşım: Doripenem İn vitro Veriler Prof.Dr.Güner Söyletir Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi, İstanbul Karbapenemler GRUP 1 Ertapenem GRUP 2 Imipenem Meropenem Biapenem Panipenem

Detaylı

Direnç hızla artıyor!!!!

Direnç hızla artıyor!!!! Direnç hızla artıyor!!!! http://www.cdc.gov/drugresistance/about.html Yoğun Bakım Üniteleri (YBÜ) Fizyolojik bakımdan stabil olmayan hastaların yaşam fonksiyonlarının düzeltilmesi Altta yatan hastalığın

Detaylı

Eski sorunlar-yeni yaklaşımlar

Eski sorunlar-yeni yaklaşımlar Eski sorunlar-yeni yaklaşımlar Dr Hakan Abacıoğlu Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD 8. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi, Ankara Haziran 2014 Çıkar çatışması

Detaylı

Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz Üreten Gram Negatif Kan İzolatları: Karbapenemlere Duyarlılık ve Fenotipik/Genotipik Direnç Mekanizmaları

Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz Üreten Gram Negatif Kan İzolatları: Karbapenemlere Duyarlılık ve Fenotipik/Genotipik Direnç Mekanizmaları Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz Üreten Gram Negatif Kan İzolatları: Karbapenemlere Duyarlılık ve Fenotipik/Genotipik Direnç Mekanizmaları 1. ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 12-16 KASIM 2011, ANTALYA

Detaylı

KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ

KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ YAYIN TARİHİ 01/07/2011 REVİZYON TAR.-NO 00 BÖLÜM NO 04 STANDART NO 11 DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTÜ 00 Kısıtlı Bildirim : Duyarlılık test sonuçları klinikteki geniş spektrumlu antimikrobik

Detaylı

HASTANE VE TOPLUM KAYNAKLI STAPHYLOCOCCUS AUREUS İZOLATLARINDA ÇEŞİTLİ VİRÜLANS FAKTÖRLERİNİN REAL-TİME PZR YÖNTEMİ İLE ARAŞTIRILMASI

HASTANE VE TOPLUM KAYNAKLI STAPHYLOCOCCUS AUREUS İZOLATLARINDA ÇEŞİTLİ VİRÜLANS FAKTÖRLERİNİN REAL-TİME PZR YÖNTEMİ İLE ARAŞTIRILMASI HASTANE VE TOPLUM KAYNAKLI STAPHYLOCOCCUS AUREUS İZOLATLARINDA ÇEŞİTLİ VİRÜLANS FAKTÖRLERİNİN REAL-TİME PZR YÖNTEMİ İLE ARAŞTIRILMASI Soner YILMAZ1, Abdullah KILIÇ1, Aylin Üsküdar Güçlü1, Orhan BEDİR1,

Detaylı

Türkiye'de İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu

Türkiye'de İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu Türkiye'de 2015-2016 İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu Dilek Güldemir 1,Ayşe Başak Altaş 1,Fatma Filiz Arı 1,Zekiye Bakkaloğlu 1,Özlem Ünaldı 1,Fatma

Detaylı

Sorunlu Mikroorganizmalar, Sorunlu Antibiyotikler ve E Test. Prof.Dr.Güner Söyletir Marmara Üniversitesi, İstanbul

Sorunlu Mikroorganizmalar, Sorunlu Antibiyotikler ve E Test. Prof.Dr.Güner Söyletir Marmara Üniversitesi, İstanbul Sorunlu Mikroorganizmalar, Sorunlu Antibiyotikler ve E Test Prof.Dr.Güner Söyletir Marmara Üniversitesi, İstanbul Sorunlu Mikroorganizmalar Nonfermentatif bakteriler Acinetobacter sp. Stenotrophomonas

Detaylı

Karbapenemlere dirençli Bacteroides fragilis grubu bakterilerin varlığını araştırmak için rektal sürüntü örnekleriyle tarama

Karbapenemlere dirençli Bacteroides fragilis grubu bakterilerin varlığını araştırmak için rektal sürüntü örnekleriyle tarama Karbapenemlere dirençli Bacteroides fragilis grubu bakterilerin varlığını araştırmak için rektal sürüntü örnekleriyle tarama Öncü Akgül, Nurver Ülger, Gülşen Altınkanat Gelmez, Hüseyin Bilgin, Nilüfer

Detaylı

HIV TANISINDA YENİLİKLER

HIV TANISINDA YENİLİKLER HIV/AIDS KURSU HIV TANISINDA YENİLİKLER Dr. Mert Ahmet KUŞKUCU İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Dünya Sağlık Örgütü Verileri (2016) YILLARA GÖRE HIV (+) SAPTANAN VAKA SAYISI

Detaylı

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI * VİRAL V HEPATİTLERDE TLERDE SEROLOJİK/MOLEK K/MOLEKÜLER LER TESTLER (NE ZAMANHANG HANGİ İNCELEME?) *VİRAL HEPATİTLERDE TLERDE İLAÇ DİRENCİNİN SAPTANMASI *DİAL ALİZ Z HASTALARININ HEPATİT T AÇISINDAN

Detaylı

Epidemiyolojik Çalışmalar

Epidemiyolojik Çalışmalar GRAM NEGATİF BAKTERİLERDE ANTİBİYOTİK DUYARLILIĞI : EPİDEMİYOLOJİ Dr. Ş. Barçın ÖZTÜRK Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. Epidemiyolojik Çalışmalar

Detaylı

EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI DÖNEM II I. KURUL DERS PROGRAMI (SĠNĠR SĠSTEMĠ) 18 EYLÜL KASIM 2017 (8 HAFTA)

EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI DÖNEM II I. KURUL DERS PROGRAMI (SĠNĠR SĠSTEMĠ) 18 EYLÜL KASIM 2017 (8 HAFTA) 2017-2018 EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI DÖNEM II I. KURUL DERS PROGRAMI (SĠNĠR SĠSTEMĠ) 18 EYLÜL 2017 10 KASIM 2017 (8 HAFTA) DEKAN BAŞKOORDİNATÖR DÖNEM II KOORDİNATÖRÜ DÖNEM II KOORDİNATÖR YARDIMCISI DÖNEM II

Detaylı

Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi

Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi Bakır M¹, Engin A¹, Kuşkucu MA², Bakır S³, Gündağ Ö¹, Midilli K² Cumhuriyet Üniversitesi

Detaylı

KRONİK VİRAL HEPATİT C Lİ HASTALARDA IL28B NİN İNTERFERON TEDAVİSİNE YANITLA İLİŞKİSİ. Dr. Gülay ÇEKİÇ MOR

KRONİK VİRAL HEPATİT C Lİ HASTALARDA IL28B NİN İNTERFERON TEDAVİSİNE YANITLA İLİŞKİSİ. Dr. Gülay ÇEKİÇ MOR KRONİK VİRAL HEPATİT C Lİ HASTALARDA IL28B NİN İNTERFERON TEDAVİSİNE YANITLA İLİŞKİSİ Dr. Gülay ÇEKİÇ MOR Giriş-Amaç IL28B geni ve yakınındaki single nucleotide polymorphism lerinin(snp, özellikle rs12979860

Detaylı

Moleküler Dizileme Teknolojileri

Moleküler Dizileme Teknolojileri Moleküler Dizileme Teknolojileri Dr. Güven Toksoy, PhD İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik AD 31.10.2014 22:44 1 Klasik dizileme Sanger dizileme Maxim Gilbert dizileme tekniği Yeni

Detaylı

Antimikrobiyal Direnç Sorunu

Antimikrobiyal Direnç Sorunu Antimikrobiyal Direnç Sorunu Dr.Hüsniye ŞİMŞEK Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Birimi VI. Türkiye Zoonotik Hastalıklar Sempozyumu 4-5 kasım

Detaylı

Klinik Bakteriyolojide Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. Ne zaman? Nerede? Ne kadar? Dr.Füsun CÖMERT Z.K.Ü.Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D.

Klinik Bakteriyolojide Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. Ne zaman? Nerede? Ne kadar? Dr.Füsun CÖMERT Z.K.Ü.Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Klinik Bakteriyolojide Moleküler Yöntemlerin Kullanımı Ne zaman? Nerede? Ne kadar? Dr.Füsun CÖMERT Z.K.Ü.Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. 1 Klinik bakteriyoloji laboratuvarı Etken bakterinin; izolasyonu,

Detaylı

Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae

Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae Dr. Onur KARATUNA Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Acıbadem Labmed Tıbbi Laboratuvarları Sunum Akışı Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae

Detaylı

Enfektif Endokardit, Myokardit ve Perikardit Laboratuvar Tanı. Dr. Ali O. KILIC 19 Nisan 2014

Enfektif Endokardit, Myokardit ve Perikardit Laboratuvar Tanı. Dr. Ali O. KILIC 19 Nisan 2014 Enfektif Endokardit, Myokardit ve Perikardit Laboratuvar Tanı Dr. Ali O. KILIC 19 Nisan 2014 Enfektif Endokardit, Myokardit ve Perikardit Laboratuvar Tanı Mikrobiyolojik Tanı Kültür Yöntemi o Örnekler

Detaylı

Prof. Dr. Neyhan ERGENE

Prof. Dr. Neyhan ERGENE DEKAN BAŞKOORDİNATÖR BAŞKOORDİNATÖR YARDIMCILARI DÖNEM I KOORDİNATÖRÜ DÖNEM I KOORDİNATÖR YARCIMCILARI Prof. Dr. Neyhan ERGENE Prof. Dr. Taner ZİYLAN Prof. Dr. Hasan CÜCE Prof. Dr. S. Sennur DEMİREL Yrd.

Detaylı

Febril Nötropenik Hastada Antimikrobiyal Direnç Sorunu : Kliniğe Yansımalar

Febril Nötropenik Hastada Antimikrobiyal Direnç Sorunu : Kliniğe Yansımalar Febril Nötropenik Hastada Antimikrobiyal Direnç Sorunu : Kliniğe Yansımalar Prof.Dr.Halit Özsüt İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Detaylı

Dr. Aysun YALÇI Gülhane Eğitim Araştırma Hastanesi , ANKARA

Dr. Aysun YALÇI Gülhane Eğitim Araştırma Hastanesi , ANKARA Dr. Aysun YALÇI Gülhane Eğitim Araştırma Hastanesi 29.03.2017, ANKARA Sunum Planı Giriş Antimikrobiyal direnci önleme Direncin önlenmesinde WHO, İDSA,CDC önerileri El hijyeni Temas izolasyonu önlemleri

Detaylı

KAN DOLAŞIMI İNFEKSİYONLARI VE DAPTOMİSİN

KAN DOLAŞIMI İNFEKSİYONLARI VE DAPTOMİSİN KAN DOLAŞIMI İNFEKSİYONLARI VE DAPTOMİSİN Dr. Kaya Süer Yakın Doğu Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kan dolaşımı enfeksiyonlarının tanımı Primer (hemokültür

Detaylı

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test Yeni Nesil DNA Dizileme (NGS), İmmünHistoKimya (IHC) ile Hastanızın Kanser Tipinin ve Kemoterapi İlacının Belirlenmesi Kanser Tanı

Detaylı

Kinolon Dirençli Escherichia coli ve Klebsiella spp. Suşlarında Direnç Genlerinin Araştırılması

Kinolon Dirençli Escherichia coli ve Klebsiella spp. Suşlarında Direnç Genlerinin Araştırılması Kinolon Dirençli Escherichia coli ve Klebsiella spp. Suşlarında Direnç Genlerinin Araştırılması Oya PAZARLI, Füsun CÖMERT, Elif AKTAŞ, Füruzan KÖKTÜRK 1, Canan KÜLAH Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Tıp

Detaylı

UYGUN OLMAYAN ANTİBİYOTİK KULLANIMI VE BEKLENMEYEN SONUÇLARI. Dr. Şiran Keske Amerikan Hastanesi İnfeksiyon Hastalıkları Bölümü

UYGUN OLMAYAN ANTİBİYOTİK KULLANIMI VE BEKLENMEYEN SONUÇLARI. Dr. Şiran Keske Amerikan Hastanesi İnfeksiyon Hastalıkları Bölümü UYGUN OLMAYAN ANTİBİYOTİK KULLANIMI VE BEKLENMEYEN SONUÇLARI Dr. Şiran Keske Amerikan Hastanesi İnfeksiyon Hastalıkları Bölümü 94 yaş Erkek Pnömoni YATIŞ Generalize tonik klonik nöbet 8. gün 11. gün Beyin

Detaylı

Yeliz Çağan Appak¹, Hörü Gazi², Semin Ayhan³, Beyhan Cengiz Özyurt⁴, Semra Kurutepe², Erhun Kasırga ⁵

Yeliz Çağan Appak¹, Hörü Gazi², Semin Ayhan³, Beyhan Cengiz Özyurt⁴, Semra Kurutepe², Erhun Kasırga ⁵ Helicobacter pylori enfeksiyonlu çocuklarda klaritromisin direncinin ve 23s rrna gen nokta mutasyonlarının parafin bloklarda polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile belirlenmesi Yeliz Çağan Appak¹, Hörü

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Kaynaklar Mikrobiyolojik prosedürleri doğrulama / geçerli kılmaya ilişkin aşağıdaki uluslararası kaynaklar önerilir

Detaylı

YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER. Dr. Behice Kurtaran Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD

YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER. Dr. Behice Kurtaran Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER Dr. Behice Kurtaran Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD Son üç dekatta her yıl yeni patojenler 2 3 4 Yeni veya yeniden önem kazanan patojenlerin

Detaylı

T. C. İZMİR KÂTİP ÇELEBİ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DÖNEM II I

T. C. İZMİR KÂTİP ÇELEBİ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DÖNEM II I T. C. İZMİR KÂTİP ÇELEBİ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ 2014 2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DÖNEM II I. DERS (SİNİR SİSTEMİ) KURULU (15 EYLÜL 2014-14 KASIM 2014) DEKAN BAŞKOORDİNATÖR DÖNEM II KOORDİNATÖRÜ DÖNEM

Detaylı

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD NAT Yöntem onayı Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Yöntem onayı (minimum) Doğruluk Ticari test (Verifikasyon) Tekrarlanabilirlik (intra-,inter-assay) Doğrusallık

Detaylı

Uluslararası Verilerin

Uluslararası Verilerin Uluslararası Verilerin Karşılaştırılması Dr. Funda Şimşek SB Okmeydanı EAH Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji USBİS 2017 UHESA -Türkiye (Ulusal Hastane Enfeksiyonları Surveyans Ağı) NHSN -

Detaylı

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI DERS KODU MİK 0001 MİK 0002 MİK 0003 MİK 0004 MİK 0005 MİK 0006 MİK 0007 MİK 1000 MİK 4000 MİK 5000 KONU ADI Vaka Değerlendirme

Detaylı

TÜRKİYE DE SAĞLIK HİZMETİ İLİŞKİLİ ENFEKSİYONLAR SÜRVEYANS VERİLERİ 2016

TÜRKİYE DE SAĞLIK HİZMETİ İLİŞKİLİ ENFEKSİYONLAR SÜRVEYANS VERİLERİ 2016 TÜRKİYE DE SAĞLIK HİZMETİ İLİŞKİLİ ENFEKSİYONLAR SÜRVEYANS VERİLERİ 2016 Can Hüseyin Hekimoğlu Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı Sağlık Hizmeti ile İlişkili Enfeksiyonların Kontrolü

Detaylı

Moleküler Yöntemlerin Klinik Mikrobiyolojide Kullanımı Ne zaman? Nerede? Ne kadar? Klinik Parazitoloji

Moleküler Yöntemlerin Klinik Mikrobiyolojide Kullanımı Ne zaman? Nerede? Ne kadar? Klinik Parazitoloji Moleküler Yöntemlerin Klinik Mikrobiyolojide Kullanımı Ne zaman? Nerede? Ne kadar? Klinik Parazitoloji Metin Korkmaz Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Parazitoloji AD İnsandaki Paraziter Hastalıkların

Detaylı

Antibiyotik Yönetiminde Güncel Durum. Dr. Oral ÖNCÜL İÜ İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hst.ve Kl. Mik. ABD

Antibiyotik Yönetiminde Güncel Durum. Dr. Oral ÖNCÜL İÜ İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hst.ve Kl. Mik. ABD Antibiyotik Yönetiminde Güncel Durum Dr. Oral ÖNCÜL İÜ İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hst.ve Kl. Mik. ABD Alexander Fleming.. 1928 Penicillium notatum olabilecek öngörü.. 1938 Penisilin üretimi Düşük

Detaylı

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60 Dr. Tolga BAŞKESEN GİRİŞ Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi ABD de yılda 200.000 KDE, mortalite % 35-60 Erken ve doğru tedavi ile mortaliteyi azaltmak mümkün GİRİŞ Kan

Detaylı

Prof.Dr. Müzeyyen MAMAL TORUN. İ.Ü.Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Prof.Dr. Müzeyyen MAMAL TORUN. İ.Ü.Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Prof.Dr. Müzeyyen MAMAL TORUN İ.Ü.Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Haemophilus influenzae de Antibiyotiklere Direnç Haemophilus influenzae de duyarlılık testleri-1 Disk difüzyon

Detaylı

VRE ile Gelişen Kan Dolaşımı Enfeksiyonu Olgusunda Tedavi

VRE ile Gelişen Kan Dolaşımı Enfeksiyonu Olgusunda Tedavi VRE ile Gelişen Kan Dolaşımı Enfeksiyonu Olgusunda Tedavi Dr. Sabri ATALAY SBÜ İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği KLİMİK 2017 Kongresi -

Detaylı

Dr.Müge Ayhan Doç.Dr.Osman Memikoğlu

Dr.Müge Ayhan Doç.Dr.Osman Memikoğlu Dr.Müge Ayhan Doç.Dr.Osman Memikoğlu Bakterilerde antimikrobiyal direncinin artması sonucu,yeni antibiyotik üretiminin azlığı nedeni ile tedavi seçenekleri kısıtlanmıştır. Bu durum eski antibiyotiklere

Detaylı