Maternal kanda fetal DNA tabanlı testler cfdna ile tarama: Kime? Nasıl? Doç. Dr. Ahmet Gül. MFTP-D, Perinatal Tıp Toplantısı İzmir, Nisan 2017

Transkript

1 Maternal kanda fetal DNA tabanlı testler cfdna ile tarama: Kime? Nasıl? Doç. Dr. Ahmet Gül MFTP-D, Perinatal Tıp Toplantısı İzmir, Nisan 2017

2 cfdna ile tarama: Kime? Nasıl? cfdna yöntemleri cfdna testinin özellikleri/duyarlılığı? Hangi durumda, kime? Dünyadaki uygulamalar, öneriler? Günlük pratikte durum?

3 cfdna: cell free DNA Cell free DNA : Hücre dışı serbest DNA, trofoblast hücre-plasenta kökenli Maternal ve fetal DNA karışık cffdna oranı %2-20 arasında cffdna parçaları genel olarak bp, tümü <300 bp cf-maternal DNA görece daha büyük, %20 i >300 bp

4 1977-Kanser 1989-Kanser cfdna: Kısa tarihçesi 1997, Lo YMD et al., Lancet Maternal kanda fetal DNA Oxford, İngiltere 1948-serum 1951-Romatoid sera 1966-SLE

5 Terminoloji Non-invasive prenatal diagnosis (NIPD) Non-invasive prenatal testing (NIPT) cfdna testi (Hücre dışı serbest DNA testi)

6 cfdna testi için kullanılan yöntemler MPSS (Massively paralel shotgun sequencing Hedeflenmiş dizileme (Targeted sequencing) SNP (Single nucleotid polymorphism) Benzer sonuçlar!

7 Hangi cffdna oranında raporlanıyor cffdna > %4 cfdna raporlanıyor SNP ile %3 cffdna ile çalışabiliyor Bazı testler %3-<%4 ile raporlama yapıyor, literatürde buna ilişkin bir bilgi yok.

8 cffdna oranı ve etkileyen faktörler cffdna oranı (ortalama %10-20) Temel etkenler Gebelik haftası Kilo cffdna oranı artıyor Gebelik haftası ile PAPPA, HCG, T21 ile artıyor (T18, T13 ve X0 da görece az artıyor) cffdna oranı düşük Ashoor G. Et al., 2013, FMF Kilo arttıkça < 10 hf Yaş, etnik köken etkilemiyor Rava RP, Bianchi DW et al., 2014

9 2013, ABD hf cffdna %10, %0.10/hf. artıyor. %2 de cffdna < %4 >21 hf, % 1/hf. artıyor.

10 cfdna: Sensivite ve Spesifite? T21: %99 Sensivite: T18: %97 T13: %93 Spesifite:%99 Yanlış pozitiflik ve negatiflik<%0.5-1 Tanı testi değil, pozitif olması halinde karyotip çalışması ile teyit edilmeli. Gebelik terminasyonu için kullanılmamalı

11 cfdna: PPV, NPV? T21 için PPV: % 45.5 NPV >%99 CARE Study, ABD, 2014 cfdna ve 1.tr. / 2.tr. T21 için PPV: % 80 NPV >%99 NEXT Study, ABD, 2015 cffdna ve 1.tr. T21 için PPV: % T18, T13 için: PPV: %30-40 NPV %99 ACOG, 2015

12 cfdna oranı %4-8 arasında duyarlılık? Fetal anomali / bulgu varsa dikkat! Tahmin edilen cffdna oranı Gerçek cffdna oranı

13 cfdna kime önerelim? ACOG SMFM, 2012, 2014, 2015 TJOD İstanbul, 2013 ve 2014 RCOG İngiliz KD, 2014 SOGC Kanada KD, 2014 ISPD Uluslararası Prenatal Tanı Birliği, 2013 ASMG ve ESMG Amerika ve Avrupa Genetik Dernekleri, 2015 ISUOG Uluslararası KD USG Birliği, 2014 İsrail Genetik Birliği, 2014 FMF, 2015

14 2012, 2014, 2015 ACOG, SMFM ve diğer dernekler Düşük risk grubu, ikiz gebelikler ve mikrodelesyon sendromları için rutin cfdna önermiyor. Cinsiyet kromozomları için bilgilendirme sonrası seçenek

15 Maternal Kanda Hücre Dışı Fetal DNA (cffdna) ile Non-Invasive Prenatal Test (NIPT) Uzman Görüşü Katkıda bulunanlar (Soyadı sırasına göre); ASLAN Halil, BAKSU Başak, BAŞARAN Seher, BAŞGÜL Alin, BATUKAN Cem, ERMİŞ Hayri, GÜL Ahmet, 2014 HAS Recep, KALELİOĞLU İbrahim, PEKİN Oya, ŞAHİNOĞLU Zeki, ULUDOĞAN Mehmet, TUĞRUL Semih, YAZICIOĞLU Fehmi, YILDIRIM Gökhan, YÜKSEL Atıl Yayınlanma tarihi: Ocak 2014 TJOD İstanbul, Nisan 2013 ve Fetal kromozomal hastalıklar için tarama programları 30 yıl önce biyokimyasal testler olarak başlamış, daha sonraları ultrasonografi ve biyokimyasal testlerin birlikte kullanımı şeklinde devam etmiştir. Aynı dönemde maternal kandan elde edilen fetal hücrelerde prenatal tanı cfdna nın çalışmaları yapılmış ancak klinik olası uygulamaya kullanım geçecek bir başarı elde alanları edilememiştir. Lo YM ve arkadaşları 1, 1997 yılında maternal kanda hücre dışı serbest fetal DNA (cffdna) tespit ettiklerini bildirmişlerdir. Son 15 yılda, özellikle yıllarında cffdna çalışmaları artmış ve klinik uygulamaya girmeye başlamıştır. Önümüzdeki yıllarda günlük klinik kullanımının giderek artması beklenmektedir. Maternal kandaki cffdna oranı gebelik haftalarında yaklaşık %10 iken, ilerleyen gebelik haftası ile artmakta ve genel olarak %3-20 arasında değişmektedir 2,3. Doğum sonrası maternal kandaki düzeyi hızla azalmakta ve postpartum iki saat sonra ise tespit edilememektedir. Başlangıçta maternal kanda prenatal tanı sözcüğü kullanıldı ise de, testin pozitifliği durumunda amniyosentez (AS) ve koryon villus biyopsisi (KVB) gibi yöntemlerle elde edilen fetal hücrelerde geleneksel kromozom analiz tekniklerinin uygulanması gerektiğinden ve henüz %100 duyarlılık ve özgüllüğe sahip olmadığından, yöntem ileri tarama testi olarak kabul edilmektedir ve genel olarak non-invasive prenatal test (NIPT) olarak adlandırılmaktadır 4,5. cffdna ile prenatal tarama, Fetal DNA (fdna) ile prenatal tarama, Maternal kandan fdna ile prenatal tarama olarak da adlandırmak mümkündür. Henüz tarama testi ise de, önümüzdeki yıllarda tanı testi olması beklenmektedir.

16 ASMG ve ESMG Mart 2015 Sensivitesi ve spesifitesi yüksek, >%99 (rapor verilenlerde), PPV %45-80 arası. T21:Yanlış pozitiflik oranı <%0.5 ( kat az), yanlış negatiflik <%1 (Next study, 2015) Pozitif cfdna testi, amniosentez ile teyit edilmeli. Rutin öneri yok, Birincil veya ikincil test olarak kullanılması ülke şartları ve maliyet benzeri etkilere göre karar. Seks kromozom anomalileri (SCA) ve mikrodelesyon sendromları için rutin önerilmiyor. Mikrodelesyon sendromlarının rutin taranması halinde %3 yanlış pozitiflik, girişim oranının artması beklenir.

17 NHS / FMF, populasyonun %20-25 i cfdna 1/ , cfdna veya izlem, S:%98 >1/100, CVS/cfDNA, (FMF, >1/10 CVS)

18 Intermediate Ara grup? Avusturya/Almanya/İsviçre: cfdna birincil veya ikincil test, >1/1000 veya FMF-D:>1/500 Genel olarak 1/1000 içindeki ara grup

19 Düşük riskli grupta cfdna nın durumu? ACOG, 2015 Düşük ve yüksek risk grubunda sensivite ve spesifite benzer, %99 ancak PPV %33 (25y) ve %87 (40y) X0, XXY için sensivite %91, PPV %20-40

20 Sonuç veremeyen cfdna testi: Ne yapmalıyız?

21 Sonuç veremeyen cfdna testi: Sıklık ve Nedenleri Sonuç veremeyen: %2-5, (tekrar sonrası<%1-3) Nedenleri: cfdna oranı <%4 Gebelik haftası Obezite T13, T18, T21, Triploidi vb. Kan almada teknik sorunlar Kan transfer sorunları Yeterli cfdna kopya elde edilememesi... Neden sonuç verilemediği rapor edilmeli!

22 SNP yöntemi Sonuç verilemeyen (%6), >7 hf itibaren >9 hf çalışmaya dahil edilmiş Sonuç verilemeyen: %23 anöploidi (%75 i düşük cffdna oranı)

23 Sonuç veremeyen cfdna testi Norton M et al., 2015 Hedeflenmiş MPSS Sonuç verilemeyen (%3) 15,841 vaka, anöploidi:%0.4 cfdna sonuç yok, anöploidi:%2,7 ccfdna <%4 ve cfdna sonuç yok, anöploidi oranı: %4.7

24 Sonuç veremeyen cfdna testi: Ne yapmalıyız? ACOG, SMFM, 2015 ISPD, 2015 Tekrar test / Genetik danışmanlık Detaylı fetal USG-Eko Tanı testi, AS (CVS?)-karyotip / mikroarray AS-karyotip, ISPD, ACMG 2015

25 cfdna ile Mikrodelesyon/Mikrodublikasy on Sendromları (MDS/MDbS) ve Cinsiyet Kromozom Anomalileri (CKA) Taranmalı mı?

26 MDS / CKA taraması yapalım mı? Prenatal tanı konulması halinde terminasyon gerektiren durumlarda terminasyon seçeneği? Prenatal tanı ile postnatal erken tedavi ve izlem planı yapılabilmesi... Bazı firmalar MDS/CKA ni rutin olarak çalışıyor MDS ve CKA çalışmama seçeneği olmalı!

27 MDS ve sıklık 22q11 del., 1/ sıklık... (refere vakalarda 1/1000) Diğer taranan MDS sıklığı <1/5,000-10,000 Prader-Willi:1/15,000-30,000 Angelman : 1/12,000-20,000 5p del., Cri du chat: 1/15,000-50,000 1p36 del.: 1/ ,000 2q33.1 del.:? 16p12.2 del.: 1/15,000 11q del., Jacobsen : 1/100,000 10p del.:? Van Der Woude: 1/35, ,000 Görece nadir sendromlar...

28 MDS ve cfdna literatür Sensivite, spesifite, PPV, NPV net değil Literatürde yeterli veri yok (1 çalışma) %0,5-3 yanlış pozitif oranlar bildirilmekte

29 SNP yöntemi ile 2016 %0,5 yüksek risk olarak raporlanmış

30 gerçek pozitif, 9/11 (%82) anomali (+) SNP yöntemi ile 22q11 in büyük delesyonları tespit edilmiş 22q11 in %87 ini kapsıyor!?

31 2016 PPV %18 bildirilmiş! NPV, Sensivite, Spesifite bilinmiyor Diğer MDS ları ile ilgili veri yok

32 ACOG, SMFM 2015 ISPD, 2015 ESHG, ASHG, 2015 MDS taraması bu aşamada önerilmiyor

33 Cinsiyet kromozom anomalileri (CKA) X0 Turner sendromu XXY Klinefelter sendromu XYY Jacobs sendromu XXX Trizomy (triple) X sendromu

34 CKA: Sıklık 1/500, X0, XXY, XYY, XXX Nicolaides K et al., 2013 %1,1, cfdna ile X0, XXY, XYY, XXX, (gebeliklerin %1-1,5 X0) Bianchi D et al., 2015 XXX, XXY, XYY cinsiyet kromozom trizomileri, %36 terminasyon oranı, Boyd AP et al., 2011, Eurocat study-2.5 milyon Genel olarak hafif klinik bulgu ancak bazı durumlarda ögrenme ve infertilite sorunları

35 ACOG, SMFM 2015 ACMG, 2016 ISPD, 2015 ESHG, ASHG, 2015 Potansiyel yanlış pozitif, negatif sonuçlar, girişim gerektiren durumlar, anneye ilişkin genetik bilgi Bilgilendirme sonrası seçenek %1 e yakın yanlış pozitif, ACMG, 2016

36 CKA ACOG, SMFM, 2015 CKA için: Sensivite: %91 Spesifite: %99,6 CKA için: PPV%20-40 NPV: %99

37 MDS/CKA: Pratik durum nedir? Test yapılmış ve MDS/CKA için pozitif veya yüksek risk olarak rapor edilmiş ise; Detaylı fetal USG-Eko Teyit edilmesi veya dışlanması için AS / CVS seçeneği

38 22q11: Pratik durum nedir? USG de konotrunkal anomaliler vb... (TOF, DORV, TA, dtga-kompleks kardiak, Damak yarığı (%2.8), Velocardio-Facial Synd.) RAA Durumunda cfdna yerine, AS (CVS)- karyotip, 22q11, FISH/Array İzole ARSA: cfdna çalışması yeterli olabilir

39 İkiz gebeliklerde cfdna? İkiz gebeliklerde cfdna testi önerilmiyor İkizlerde sensivite % Yeterli veri yok Koryonisite den bağımsız çalışılıyor MK ikizler tekiz gibi vanishing ikiz, test sonuçlarını etkiliyor

40 cfdna testi pozitif- kaybolan ikiz Kaybolan ikiz (vanishing), cfdna testi yanlış pozitif. Fetal karyotip normal

41 cfdna: Sonuçlar cfdna testi: T21 için %99, T18 için %97, T13 için %91 duyarlılık CVS-AS ile teyit edilmesi gerekiyor Majör anomali varsa ve NT>3.5 mm, CVS/AS Yüksek risk grubunda olası kullanım alanı Düşük risk grubunda taramadan önce bilgilendirme yapılabilir

42 cfdna: Sonuçlar Şu aşamada cinsiyet kromozomları, 22q11 ve benzeri MDS da önerilmiyor %1-3 sonuç veremiyor ki bu grup riskli grup olarak kabul edilmeli, ek çalışma yapılmalı Birinci / ikinci trimester tarama >1/10 CVS/AS Ara grup nasıl olmalı: 1/1000 (veya 1/500?) içersinde aileye seçenek olarak sunulması sınır değerler tartışılmakta...

43 TEŞEKKÜRLER