MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA&RNA
|
|
- Elmas Gülpınar
- 6 yıl önce
- İzleme sayısı:
Transkript
1 MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA&RNA
2 Moleküler biyoloji Moleküler düzeyde biyolojik olayları, çeşitli hücresel sistemler arasındaki etkileşimleri inceler DNA, RNA, proteinler Arasındaki ilişkiler Etkileşimler Etkileşimlerin nasıl düzenlendiği çalışma konularıdır.
3 Moleküler biyologlar Genetik Biyokimya Biyofizik tekniklerini kullanırlar. Bu farklı disiplinler iç içedir.
4 Moleküler biyoloji - diğer biyolojik bilimler ilişkisi işlev Biyokimya Genetik proteinler Moleküler biyoloji genler
5 lar Moleküler hücre bileşenlerinin Tanımlanması İzolasyonu Kullanımları olası hale gelmiştir.
6 Moleküler hücre bileşenleri; DNA genetik bilgi deposu RNA transkripsiyon, translasyon Proteinler yapısal ve enzimatik bileşenler
7 Moleküler hücre bileşenleri (DNA,RNA ve Proteinler) ile moleküler çalışmalar Biyolojik olayların mekanizmalarının anlaşılması Biyoteknoloji - Tıp - Tarım & Hayvancılık - Gıda - Çevre & Enerji
8 Nükleik Asitlerin İzolasyonu Yapı ve işlevlerinin aydınlatılması Gen anlatımı Gen anlatımının düzenlenmesi Genetik mühendisliği Genomik ve proteomik çalışmaları Bu amaçlar için öncelikle nükleik asitlerin yüksek saflıkta izole edilmeleri gerekir.
9 DNA İzolasyonu DNA hücrede proteinler, katyonlar yardımıyla yoğunlaşmış durumda bulunur. Proteinlerle ilişkisi işlevleri gereğidir. ÖR: gen anlatımı - düzenleyici proteinler transkripsiyon - RNA polimerazlar hasar onarımı - DNA polimeraz, DNA ligaz bakteriyofaj - protein kılıf
10 DNA saflaştırılmasının temel aşamaları 1) Hücre çeperi ve membranlarının parçalanarak yüksek molekül ağırlıklı DNA nın serbestleştirilmesi 2) Denatürasyon veya proteoliz yoluyla DNA-protein kompleksinin çözülmesi 3) DNA nın diğer moleküllerden ayrılması Çalışma amacına (klonlama, dizi analizi vb.) bağlı olarak ileri saflaştırma yöntemlerinin uygulanması Farklı DNA moleküllerinin (kromatografik, spektrofotometrik yöntemlerle) fraksiyonlandırılması
11 Prokaryotik DNA İzolasyonu Bakteri DNA sı asal (kromozomal) ya da ekstrakromozomal (plazmit, bakteriyofaj) oluşuna bağlı olarak farklı yöntemlerle izole edilir.
12 Prokaryotik kromozomal DNA İzolasyonu AŞAMA 1 Hücre duvarının zayıflatılması: Fiziksel yöntem: dondurup-çözme Kimyasal yöntem: lizozim uygulaması kelatör (EDTA) kullanımı Lizozim: Kelatör: metal iyonlarının bağlanmasını artırarak çökelmeyi hızlandıran kimyasal ajanlar
13 Prokaryotik kromozomal DNA İzolasyonu AŞAMA 2 Hücre zarının parçalanması: 1. Fiziksel yöntemler: Homojenizasyon Ultrasonikasyon Ozmotik şok
14 Prokaryotik kromozomal DNA İzolasyonu AŞAMA 3 Hücre zarının parçalanması: 2. Kimyasal yöntemler: Deterjan kullanımı SDS (sodyum dodesil sülfat) SDS ph ve uygun iyon konsantrasyonunda lipoproteinlerle birleşir, membranların lipoprotein kısımlarını suda çözünür hale getirir HÜCRE PARÇALANIR (LİZİZ)
15 Prokaryotik kromozomal DNA İzolasyonu AŞAMA 4 RNA nın parçalanması için RNAaz Proteinlerin parçalanması için Proteazlar Kalan proteinler ve oligopeptitler için fenolkloroform ekstraksiyonu
16 Prokaryotik kromozomal DNA İzolasyonu AŞAMA 5 DNA içeren fazın alkolle (Etanol) çöktürülmesi DNA gözle görülebilir, cam çubuğa sarılır!!!
17 Prokaryotik kromozomal DNA İzolasyonu İleri saflaştırmalar Diyaliz ile kalıntıların uzaklaştırılması CsCl 2 derecelenme santrifügasyonu Kromatografik ayırım
18 Ekstrakromozomal DNA İzolasyonu Kromozomal DNA uzaklaştırılır!!! Bakteriyofaj DNA sı izolasyonu: 1. İnfekte olmuş bakteriden faj partiküllerinin izolasyonu ile kromozomal DNA nın eliminasyonu 2. Proteaz ve/veya fenol uygulaması 3. İleri saflaştırmalar
19 Ekstrakromozomal DNA İzolasyonu Plazmit DNA sı izolasyonu: Kromozomal DNA izolasyonuna benzer! 1. (Hücre çeperi ve membranlarının parçalanarak yüksek molekül ağırlıklı DNA nın serbestleştirilmesi) ve 2. (Denatürasyon veya proteoliz yoluyla DNAprotein kompleksinin çözülmesi) aşamalar aynıdır.
20 Ekstrakromozomal DNA İzolasyonu Plazmit DNA sı izolasyonu: FARK; kromozomal ve plazmit DNA sı konfigürasyonlarının farkı nedeniyledir. Plazmit DNA sı: halkasal ve süper dönümlüdür. Kromozomal ve plazmit DNA larının denatürasyonlarını (yüksek sıcaklık, ph gibi) takiben renatürasyon sürelerinin farkları ayırma için kullanılır. ÖR: ph plazmit DNA sı denatüre olmaz.
21 Plazmit DNA sı
22 Ökaryotik Kromozomal DNA İzolasyonu Ökaryotlardan DNA izolasyonunun zorluğu: organel (mitokondri, kloroplast) DNA larının varlığı Total hücresel DNA izolasyonu için; modifiye alkali-lizis yöntemi kullanılır. (Alkali-lizis yöntemi: plazmit DNA sı izolasyonu için kullanılır)
23 Ökaryotik Kromozomal DNA İzolasyonu 1. Hücre zarının lizisi 2. Parçalanmamış organellerin izolasyonu 3. Boyut, yoğunluk, deterjan duyarlılık farklarına göre nukleus ve organel DNA larının ayrılması 4. Organeller için; organel zarı lizisi RNA ve proteinlerden arındırma (organel DNA ları plazmit DNA sı gibi halkasal, kapalıdır ve izolasyonları plazmit DNA izolasyonuna benzer)
24 Bitki Hücre DNA sı izolasyonu İzolasyonda en önemli ayırıcı özellik; kalın hücre çeperidir. Çeperin parçalanması için genellikle Homojenizasyon Sıvı nitrojenle dondurup parçalama Bunun dışındaki aşamalar diğer ökaryotik hücrelerden DNA izolasyonuna benzer.
25 Sıvı Fazdan DNA nın Saflaştırılması ve Konsantre edilmesi Yöntemleri Fenol ekstraksiyonu, etanolle çöktürme: Küçük hacimlerden (0.4 ml den az) 1mg/ml den az konsantrasyonlarda DNA izolasyonu için (çoğunlukla tercih edilen yöntem) İzopropanolle çöktürme: DNA solusyonu ile eşit hacimde kullanılarak çöktürme yapılır.
26 Sıvı Fazdan DNA nın Saflaştırılması ve Konsantre edilmesi Yöntemleri Cam boncukla saflaştırma: Süspansion halindeki cam boncuklar DNA, RNA ve protein çöktürmede hızlı ve etkin yöntemdir. Oligonükleotidlerin ve trifosfatların etanolle çöktürülerek uzaklaştırılması: 30 bç den kısa oligonükleotidler ve nükleotidlerin DNA solüsyonundan uzaklaştırılması için amonyum asetat ile etanol çöktürmesi (2 aşamalı) uygulanır.
27 Anyon Değiştirici Kromatografi ile DNA saflaştırması Seçici olarak nükleik asitlere bağlanan anyon değiştirici reçine içeren kolon kullanılır DNA nın RNA, protein, karbohidrat ve metabolitlerden hızlı olarak ayrılması sağlanır. Kolon dolgu maddesi
28 DNA örneklerinin saklanması : İzole edilmiş DNA örnekleri, degredasyonun en aza indirgenmesi amacıyla uygun koşullar altında saklanmalıdır. Uzun dönem saklamada, deamidasyon u engellemek için, DNA nın içinde bulunduğu tamponun ph sı 8.5 dan büyük olmalıdır ve en azından 0.15 M NaCl ve 10 mm EDTA içermelidir. Aşağıdaki faktörler saklama sırasında DNA nın parçalanmasına yol açabilirler.
29 DNaz kontaminasyonu: DNaz kontaminasyonun ana kaynağı insan derisidir. Bu tip kontaminasyon lastik eldiven kullanmak, steril solüsyon ve tüpler kullanılmak suretiyle önlenebilir. DNA cam yüzeylere kolayca absorbe olabildiğinden dolayı saklama için sadece steril plastik tüpler kullanılmalıdır. Ağır metallerin varlığı: Ağır metaller fosfodiester bağlarının kopmasını kolaylaştırır. Bu nedenle uzun dönem saklamada DNA tamponu 10 mm veya daha fazla EDTA içermelidir.
30 Etidyum bromür varlığı: Moleküler oksijen varlığında, etidyum bromür görünür ışıkla birlikte DNA nın fotooksidasyonuna neden olur. Bu madde ile muamele edilmiş DNA örneklerinden etidyum bromürün tamamen uzaklaştırılması mümkün olmadığından, örnekler daima karanlıkta saklanmalıdır. Sıcaklık: Yüksek molekül ağırlıklı DNA nın kısa dönem saklanması için en uygun sıcaklık 4 C ile 6 C arasındadır. Bu sıcaklıkta, DNA örnekleri DNA nın parçalanmasına sebep olan dondurma ve çözdürme işlemleri olmaksızın saklanabilir. Uzun dönem saklamada ( 5 yıl veya daha uzun), DNA -70 C veya altında muhafaza edilmeli ve dondurma ve çözdürme işlemi yapılmamalıdır. Dondurma ve çözdürme işleminden kaçınmak için, DNA örnekleri küçük hacimlerde ayrı tüplere paylaştırılmalıdır.
31
32 RNA İzolasyonu Bakteri hücresinin %6 sı Memeli hücresinin %1.1 i Total 10-15mg RNA nın RNA dır %80-85 i rrna %15-20 si trna ve nukleusa ait küçük RNA lar %1-5 i mrna
33 RNA Protein translasyonu için geçici olarak bilgi iletir. Sinyalin işlevi bitince durdurulması kritik önem taşır. Riboz rezidüleri 2 ve 3 pozisyonunda halkasal grup taşıdıklarından kimyasal olarak DNA dan daha reaktiftir ve Rnaz ile kolayca yıkılır.
34 RNA Rnaz tüm dokularda bulunup çevresel etkilere karşı çok dayanıklıdır. Disülfit bağlarından dolayı uzun süre kaynatmaya, denatüranlara dirençlidir ve denatüre olduğunda hızla yenilenebilir. Aktivitesi için katyonlara gereksinim duymadığından EDTA gibi şelatörlerle inhibe olmaz.
35 RNA İzolasyonu Gen anlatımı Gen anlatımının analizi Gen anlatımının düzenlenmesi İşlenme Klonlama çalışmalarının önemli kısmı RNA izolasyonuna dayanır. Klonlama çalışmalarında cdna kitaplığının kurulması ve kitaplıktan istenen genin izolasyonu için total RNA dan mrna izolasyonu gereklidir.
36 RNA Analizi Northern Analizi (Gen ekspresyonu için) cdna kütüphanesi için kaynak RT-PCR RNase koruma metotları Splicing defects
37 GEN EKSPRESYONU ANALİZİ 5 3 PROMOTOR exon 1 intron exon 2 Reporter gene analysis hnrna 5 transcription 3 RNA processing RNA analysis mrna 5 m 7 GpppN 3 AAAAAA degradation protein
38 RNA Ekstraksiyonu Hücre çeperi ve membranının parçalanması (LİZİS) Hücre lizatının santrifüjlenmesi (diğer makromoleküllerden ayrılması) Genomik DNA dan ayrılması için asidik solüsyonlarla muamele Trizol, Guanidinium HCl veya guanidinium tiyosiyanat (güçlü denaturanlar) homojenatı, ile fenol:kloroform ekstraktı uygulanabilir. Pürifikasyon RNA nın yoğunlaştırılması Kalite ve saflığının tespiti
39 RNA ekstraksiyonu için çok sayıda protokol ve ticari kit mevcuttur.
40
41 Manuel RNA İzolasyonu 1. RNA Homojenizasyon bufferında hücrelerin süspansiyonu (NaCl, MgCl2, Tris, Nonidet P-40, DTT, RNase Inhibitor) 2. RNA ekstraksiyon bufferı eklenir (Tris ph 8, EDTA, NaCl, SDS, Proteinase K -37C/30min) 3. Fenol kloroform ekstraksiyonu 4. RNA nın yoğunlaştırılması (presipitasyonu) 5. Dnaz I den free RNaz, Rnaz inhibatörü, MgCl 2 ve DTT (37C/60min) ekleyerek yeniden süspanse edilir stepler tekrarlanır ve TE de yeniden süspanse edilir.
42 RNA İzolasyonu Örnek prosedür (bitki total RNA izolasyonu Fenol yöntemi) 1) Homojenizasyon 2) Fenol-kloroform (proteinlerin uzaklaştırılması) 3) NaOAc ile nükleik asitlerin çöktürülmesi 4) NaOAc ile RNA nın çöktürülmesi 5) Polisakkaritlerin uzaklaştırılması için CsCl 2 derecelenme santrifüjlemesi 6) mrna izolasyonu için oligo dt / poli U sefaroz ile kromatografi (yüksek tuz konsantrasyonunuda polia kuyruğu bağlanır, tuz konsantrasyonu düşürüldüğünde mrna kolonda elde edilir)
43 RNA Extraksiyonu (Column) Total RNA kitleri (Qiagen ve Ambion) Hücreler guanidine tiyosiyanat ile muamele edilerek lizat etanol ile dilüe edilir. RNA matrixi yada cama uygulanarak protein ve diğer kontaminantlar uzaklaştırılır. Böylece Total RNA elde edilir.
44 RNA İzolasyonu BAŞARILI BİR RNA İZOLASYONU, diğer moleküllerle kontamine olmamış ve yıkılmamış RNA ların saflaştırılması demektir RNA saflaştırılmasının en güç yanı endojen RNaz ların RNA yı parçalamalarıdır!!!
45 Endojen ve Eksojen RNaz ile Savaşı Kazanım Yolları; Endojen RNaz için; Guanidinium isothiocyanate (GITC) RNAzol/Trizol/Ultraspec (14M GITC and urea salts) Qiagen RNeasy kullanılmalı Eksojen RNaz profilaktik tedbirlerin dikkatli kullanılması ile ortadan kaldırılabilir. Eksojen Rnaz kontaminasyonu en sık; - Kontamine bufferlar - Otomatik pipet uçları ile olur.
46 Eksojen RNaz ile Savaşı Kazanım Yolları; Mutlaka eldiven (tam koruma??) Özel pipet seti Mümkünse tüm kimyasallar, elektroforez tankları, diğer tüm malzemeler sadece RNA çalışması için kullanılmalı Tüm çözeltiler (DEPC=dietilpirokarbonat), cam ve plastik eşyalar Rnaz aktivitesini yok etmek amacıyla özel hazırlanmalı **Tris DEPC I inaktive ettiğinden Tris li çözeltiler DEPC ile hazırlanmamalı
47 Eksojen RNaz ile Savaşı Kazanım Yolları; Bazı cam eşyalar %0.1 oranında çözünmüş DEPC bulunan suda 2 h 37 C de bekletilip steril dh 2 O ile yıkanarak 15 d. otoklavlanır. Cam eşyalar 180 C de 8 h, 300 C de 4h veya kloroform ile yıkanarakda Rnaz inaktive edilebilir. DEPC ciddi karsinojen maddedir!!
48 Başarılı RNA İzolasyonu için; Kelatörler (EDTA, EGTA) Deterjanlar (SDS) Guanidium izotiosiyanat kullanılmalıdır. RNaz inhibitörleri CAM EŞYA İÇİN; DEPC (dietilpirokarbonat) ın %0.002 lik solusyonu DEPC den geçişilmiş cam eşyanın otoklavlanması Çok temiz çalışma koşulları (İzolasyon sırasında da solusyonlar için %0.005 lik DEPC kullanılır) RNA deterjan varlığında -20 o C -80 o C da saklanır.
49 NÜKLEİK ASİTLERİN SAFLIK KONTROLÜ İzole edilen DNA ve RNA nın saflık kontrolü ve miktarının belirlenmesi daha sonra yapılacak çalışmalar için gereklidir!!! Bu amaçla kullanılan iki temel yöntem: 1) Spektral yöntem 2) Elektroforetik yöntem kullanılır.
50 Spektral Yöntem DNA ve RNA miktarının ve saflığının belirlenmesi için kullanılır. Nükleotidlerin bazları UV ışığı 260 nm de maksimum düzeyde absorbe etme özelliğinden yaralanarak ölçüm yapılır.
51 Spektral Yöntem A 260 = 260nm deki absorbsiyon değeri miktar belirlemede kullanılır. Çift zincirli DNA için 1 A 260 = 50mg/ml Tek zincirli DNA/RNA için 1 A 260 = 40mg/ml
52 Spektral Yöntem Miktar belirlemek için Çift iplikli DNA (mg/ml)=a 260 x sulandırım oranı x 50 Tek iplikli DNA ya da RNA (mg/ml)=a 260 x sulandırım oranı x 40
53 Spektral Yöntem Saflık belirlemek için; A 260 /A 280 oranından yararlanılır. Proteinler UV ışığı 280nm de maksimum absorbe ederler. A 260 /A 280 =1.95 (saf DNA için), E.coli için A 260 /A 280 =2 (saf RNA için) Fenol, protein gibi safsızlıklar varlığında değerler düşer.
54 spektrofotometre Spektral Yöntem
55 Elektroforetik Yöntem Avantajlar Basit Hızlı Güçlü Nükleik asit fragmentlerinin gösterilebilmesi
56 Elektroforetik Yöntem Elektroforez; çözünmüş haldeki yüklü moleküllerin elektriksel bir alanda kitlelerine bağlı oranda hareket etmeleri (göç) ve buna bağlı olarak birbirlerinden ayrılmalarıdır. _ +
57 Jel Elektroforezi Elektrik akımı varlığında jele uygulanmış negatif yüklü DNA nötral ph da anoda doğru hareket eder.
58 Jel Elektroforezi Nükleik asitleri ayırmada sıklıkla kullanılır. Nükleik asitler bir destek materyaline (matriks) uygulanırlar. Matriks materyalleri Agaroz Poliakrilamid Nişasta Agaroz-poliakrilamid
59 Jel Elektroforezi Kullanılan matriks tipine göre Agaroz jel elektroforezi - DNA Poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) - Protein Matriks konumuna göre Yatay elekroforez- DNA Dikey elektroforez - Protein
60 Jel Elektroforezi Jele uygulanmış nükleik asitler UV ışık altında fluoresan veren boya etidyum bromid (EB) varlığında gözle görülebilir (bant) parlak bantlar halinde ayrılırlar. EB kanserojen!!! UV göze zararlı!!!
61 Jel Elektroforezi 1-10 ng kadar az miktardaki DNA nın jeldeki Yerini belirlemek Jelden kesip almak mümkündür.
62 Jel Elektroforezi 1) Matriks materyali tarak yerleştirilmiş olan elektroforez kasetine dökülür. 2) Matriks donduktan sonra tarak çıkarılır. 3) Örneklerin yükleneceği kuyucuklar oluşur. 4) Örnek yükleme işi kaset içinde elektroforez tamponu bulunan tankta yapılır. 5) EB genellikle jel hazırlanırken eklenir. 6) Sistemin kapağı kapatılır. 7) Elektrodlar yerleştirilir. 8) Güç kaynağından istenen güçte akım geçirilir.
63
64 Jel Elektroforezi AGAROZ JELLER Hazırlaması kolay Genellikle yatay Çözünürlüğü düşük Ayırma alanı fazla 200bç bç POLİAKRİLAMİD JELLER Hazırlaması zor Genellikle dikey Çözünürlüğü yüksek 1bç lik fark Ayırma alanı dar bç
65 Agarozun DNA ayırım etkinliği Agaroz miktarı (% w/v) Linear DNA nın etkin bir biçimde ayrılabileceği boyut (kb) 0,3 0,6 0,7 0,9 1,2 1,5 2, ,8-10 0,5-7 0,4-6 0,2-3 0,1-2
66 Poliakrilamid jellerin DNA ayırma etkinlikleri Akrilamid Etkin Ayırma (% [w/v]) a Alanı (bp) Ksilen Siyanol FF b Bromofenol mavisi b 3, , , , , , a) N,N' metilenbisakrilamid akrilamidin 1/30 u kadar b) Boya ile birlikte göç eden çift iplikli DNA moleküllerinin baz çifti sayısı
67 Agaroz jel elektroforezi Göç oranı çeşitli faktörlere bağlıdır. 1) DNA nın molekül büyüklüğü Büyük molekül yavaş hareket eder. 2) Agaroz konsantrasyonu Yüksek agaroz konsantrasyonu küçük, düşük ise büyük moleküllerin ayrılmasında kullanılır.
68 Agaroz jel elektroforezi 3) DNA konformasyonu DNA süper dönümler yapar Süper dönüm Aynı molekül ağırlığına sahip DNA molekülünün süperdönümlü halkasal (form 1) Kesilmiş halkasal (form 2) Doğrusal (form 3) formları agaroz jelde farklı hızda hareket ederler.
69 Agaroz jel elektroforezi 1. DNA ağırlık standartı 2. Farklı plazmit formları 3. B. subtilis genomik DNA sı
70 Agaroz jel elektroforezi tamponun iyonik kuvveti, elektrik akımı, süper kıvrım yoğunluğuna EB e bağlı olarak bu formların birbirlerine göre hareketlilikleri değişir.
71 Agaroz jel elektroforezi 4) Uygulanan voltaj Düşük voltajda doğrusal DNA hareketi voltajla doğru orantılıdır, güç artışı harekette farkılaşmaya yol açar. 2kb den büyük DNA için 5V/cm den fazla olmalı 5)Elektrik alanının yönü kb lik DNA lar için elektrik alan yönü aynı kaldıkça DNA ayrılma oranı aynıdır, ama yön değişirse DNA harekete karşı koyar (pulse field jel elektroforez)
72 Agaroz jel elektroforezi 6) Baz içeriği ve temparatür Poliakrilamid jel elektroforezinin aksine baz içeriği göçü etkilemez. Oda sıcaklığında uygulanır. %0.5 lik jel kullanımında 4 0 C
73 Agaroz jel elektroforezi 7) Boya EB baz çiftleri arasına yerleştiğinden DNA hareketini %15 azaltır. 8) Elektroforez tampon kompozisyonu Tamponunu iyonik kuvveti göçü etkiler. İyon kuvveti az/yok göç yavaş/yok İyon kuvveti çok ısınma, erime
74 Elektroforez tamponları Tris-asetat (TAE) ph 8.0 Tris-fosfat (TPE) ph 8.0 Tris-borat (TBE) ph 8.0 Alkalin ph 8.0
75 Jel yükleme tamponu DNA örneği kuyuya yüklenmede önce tamponla karıştırılır. Kullanım amaçları: 1. Kuyuya çökmeyi sağlar. 2. Örneği boyar, görünür yapar. 3. Yürüme yerini belirler.
76 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) Akrilamid polimeri Hazırlanması agarozdan güç Hazırlamada hassasiyet ve deneyim gerekli
77 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) İki cam arası kullanım Dikey kullanım Jel boyu cm
78 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) Agaroza üstünlükleri 1) Ayırma gücü yüksek 1bç bakımından birbirinden ayırır. farklı DNA ları 2) Daha fazla miktarda DNA (10mg dan fazla) uygulanabilir. 3) Jelden geri kazanılan DNA daha saftır ÖR: fare edilebilir. embriyosuna enjekte
79 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) Poliakrilamid jellerin moleküler biyolojide iki tipi kullanılır. 1) Non-denatüre poliakrilamid jeller: Çift iplikli DNA nın ayrılması ve saflaştırılması için kullanılır. Jel düşük voltajda (1-8V/cm) yürütüldüğünden çift ipliğin açılması engellenir.
80 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) 2) Denatüre poliakrilamid jeller: Tek iplikli DNA parçalarının ayrılması ve saflaştırılması için kullanılır Jeller hazırlanırken eklenen üre/formamid; Nükleik asitlerin baz çifti oluşturmasını engeller
81 Pulse Field Jel Elektroforezi (PFGE) Büyük DNA moleküllerinin ayrılması için kullanılır. 2Mb büyüklüğündeki DNA lar (kromozomlar) bile ayrılabilir. Elektrik akımının yönü periyodik olarak değiştirilerek uygulanır. Genom projesinde kullanımı çok yararlı olmuştur.
82 Pulse Field Jel Elektroforezi (PFGE) PFGE Shigella sonnei nin XbaI kesiminin PFGE analizi
83 DNA nın Jelden Geri Kazanılması Jel elektroforezi ile ayrılıp, saflaştırılmış DNA nın, çeşitli amaçlar için (klonlama, dizi analizi vb.) jelden geri kazanılması gerekebilir.
84 DNA nın Jelden Geri Kazanılması JELDEN GERİ KAZANMADA KARŞILAŞILAN GÜÇLÜKLER: 1. Agarozun daha sonraki işlemler için istenmeyen maddeler içermesi (saf agaroz kullanımı sorunu ortadan kaldırır) 2. Büyük DNA moleküllerinin etkin biçimde geri kazanılamaması (5kb den büyük DNA moleküllerinin geri kazanımı zordur)
85 DNA nın Jelden Geri Kazanılması JELDEN GERİ KAZANMADA KARŞILAŞILAN GÜÇLÜKLER: 3. Az miktardaki DNA nın etkin biçimde geri kazanılamaması (500ng dan daha aza miktarlar geri kazanım için yeterli değildir) 4. Farklı DNA moleküllerinin aynı anda geri kazanımlarının güçlüğü
86 DNA nın Jelden Geri Kazanılması Yöntemleri DEAE-selüloz membran üzerinde elektroforez 1. Jel parçalarının kolona yüklenmesi 2. Elüsyon tamponu ile kolondan DNA nın alınması Diyaliz tüpünde elektroelüsyon 1. Yürütme tamponu içeren diyaliz tüpüne jel parçasının konması 2. DNA nın jelden tüp içindeki dilüsyon tamponuna geçişi Low melting temperature agoroz jel kullanımı 65 o C nin altında eriyebilen agaroz jeller kullanarak erimeden sonra DNA nın saflaştırılması
NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK
DetaylıSODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı
DetaylıDNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler
DNA ve RNA İzolasyonu Dr Gülnur Güler DNA genetik bilgi deposu özellikle inaktif DNA nükleusda çok sıkı paketli çevresel, kimyasal ve fiziksel zararlı etkenlere dayanıklı Bu nedenlerle taze, dondurulmuş,
DetaylıPOLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)
Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid
DetaylıProtein Ekstraksiyonu
Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri
DetaylıElektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez
Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ Elektroforez Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alandaki hareketlerinin izlendiği bir tekniktir. Bir örnekteki maddelerin tümü veya bazıları iyonlaşabiliyorsa
DetaylıDNA nın restriksiyon enzimleriyle (RE) kesilmesi. Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler DNA nın RE leri ile kesilmesi
DNA nın restriksiyon enzimleriyle (RE) kesilmesi Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-4 Günümüzde 500 den fazla RE ticari olarak üretilmektedir. RE ler genellikle 10 U/ul konsantrasyonda satışa sunulmaktadır.
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI güz dönemi 2. HAFTA GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 2014-2015 güz dönemi 2. HAFTA GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARINDA KULLANILAN CİHAZLAR ÇEKER OCAK STERİL KABİN HASSAS TERAZİ
DetaylıBİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
BİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL BİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER Canlılık olayları hücreler içerisindeki biyolojik moleküllerin yapı ve işlevlerine bağlı olarak ortaya
DetaylıKALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ
KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ Değişik canlı gruplarında kalıtsal molekülün çeşidi, sayısı, biçimi ve organizasyonu bakımından farklılıklar bulunur. Ortak özellik: nükleik
DetaylıRTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti
RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100
DetaylıKromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar
Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A
DetaylıRTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti
RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050
DetaylıDNA izolasyonu hangi amaçlarla yapılır?
3. Ha&a DNA izolasyonu hangi amaçlarla yapılır? Klonlama Teşhis PCR Hibridizasyon yöntemleri (Southern blotting) Tiplendirme (RFLP) Korunma Örn. DNA aşıları " DNA fingerprinting ile adli tıp " analık babalık
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. RNA Çalışmaları Transkriptom
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II RNA Çalışmaları Transkriptom RNA Bakteri hücresinin %6 sı Memeli hücresinin %1.1 i Total 10-15µg RNA nın RNA dır %80-85 i rrna %15-20 si trna ve nukleusa ait
DetaylıRTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca
DetaylıDNA JEL ELEKTROFOREZİ. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
5. Ha&a DNA JEL ELEKTROFOREZİ Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tanımı Electro elektrik enerjisi anlamına gelmektedir. Phoresis ise, Yunanca phoros tan türeyerek içinden taşımak anlamına gelmektedir. Elektroforez
DetaylıNÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI
NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI Dr. Zafer KÜÇÜKODACI GATA HEH Patoloji Servisi 22. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ 7 Kasım 2012 Manavgat DNA ve RNA NIN KANTİTASYONU Spektrofotometrik ölçüm Floresans teknik
DetaylıPROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI
PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak
DetaylıAmaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin elektroforez yöntemi ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak
Biyofizik 2015 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin elektroforez yöntemi ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, Elektroforez yönteminin önemi,
DetaylıAgaroz jel elektroforezi
MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük
DetaylıRTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı
DetaylıDNA izolasyonu ve analizi
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-3 DNA izolasyonu ve analizi DNA ile yapılacak çalışmalarda moleküler biyoloji tekniklerinin uygulanabilmesi için öncelikle yüksek molekül ağırlıklı DNA molekülünün
DetaylıRTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05
RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı
DetaylıDNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.
DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış
DetaylıSoru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:
Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml
DetaylıSDS-PAGE Jel Elektroforezi İÇERİK
İÇERİK Tanım...2 SDS-PAGE jel elektroforez metodu...3 SDS-PAGE jel elektroforezi yürütme ortamının hazırlanması...4 Protein örneklerinin yüklenmesi...8 Jelin yürütülmesi...9 Jelin boyanması ve boyanın
DetaylıHücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz
Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde
DetaylıRTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 5. Agaroz Jel Elektroforezi. M. Somma, M. Querci
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 5 Agaroz Jel Elektroforezi M. Somma, M. Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE
Detaylı2. Histon olmayan kromozomal proteinler
12. Hafta: Nükleik Asitler: Nükleik asitlerin yapısal üniteleri, nükleozitler, nükleotidler, inorganik fosfat, nükleotidlerin fonksiyonları, nükleik asitler, polinükleotidler, DNA nın primer ve sekonder
DetaylıPCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi
Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade
DetaylıRTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Klavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Maya örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09002050
Detaylı1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)
KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,
Detaylıhendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Salı 9.00-11.45, D9 Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik Tanımlar: Gen,
DetaylıKAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA
İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7
DetaylıBĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK
BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ Doç. Dr. Nurettin YÖREK DNA ile çalıģırken göz önünde bulundurmanız gereken temel özellikler: DNA basit bir moleküldür. Gerçekten! Sadece A, T, C ve G nükleotidlerini
DetaylıSANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER
SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç
DetaylıATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ
ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEM YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Fenolik maddeler uçucu özellik göstermeyen safsızlıklardan distilasyon işlemiyle ayrılır ve ph 7.9 ± 0.1 de potasyum ferriksiyanür
DetaylıBİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
BİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL Kromatografi, katı veya sıvı bir durağan fazın yüzeyine veya içine uygulanmış bir karışımdaki moleküllerin, sıvı veya gaz halindeki bir hareketli
DetaylıRTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti
RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-10 IVD In vitro tanı amaçlı insan serum veya plazma (EDTA) örneklerinden viral DNA ve RNA izolasyon ve saflaştırılması amacıyla
DetaylıBiyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON
Biyoteknoloji ve Genetik II Hafta 8 TRANSLASYON Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com TRANSLASYON Translasyon a. mrna ribozoma
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 2.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 10 I. MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARINDA
DetaylıI. DÖNEM - 2. DERS KURULU ( )
Açıklamalar: I. DÖNEM - 2. DERS KURULU (2014-2015) Kısaltmalar: DK: Ders kurulu, IHU: İyi hekimlik uygulamaları, Mİng: Akademik/Medikal İngilizce, TDE: Türk Dili ve Edebiyatı, Bilgisayar Okur yazarlığı:
DetaylıNilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans
DetaylıHücrede Genetik Bilgi Akışı
Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması DNA nın tam olarak kopyalanması ve hücre bölünmesiyle yeni kuşak hücrelere aktarılması 2) Genetik bilginin çevrimi Hücre içerisinde bilginin DNA dan RNA
DetaylıRNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında
Bazlar : Nükleik Asitlerin karakteristik Özellikleri DNA RNA Yasin EREN Recep LiMAN Muhsin KONUK Nükleik Asitlerin Yapısı Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında TU T,U ve Sdışında d bazı theobromin, kafein,
DetaylıGenetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören
Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu Dr. Mahmut Çerkez Ergören Genetik materyal; Kendini çoğaltır. Bilgi depolar. Bilgiyi ifade eder. Mutasyonla varyasyonlara izin verir. Genetik Tarihçe
DetaylıSODYUM DODESĠL SÜLFAT POLĠAKRĠLAMĠD JEL ELEKTROFOREZĠ TASARIMI
SODYUM DODESĠL SÜLFAT POLĠAKRĠLAMĠD JEL ELEKTROFOREZĠ TASARIMI YAKIN DOĞU ÜNĠVERSĠTESĠ BĠYOMEDĠKAL MÜHENDĠSLĠĞĠ BÖLÜMÜNE SUNULAN BĠTĠRME PROJESĠ RAPORU BENGĠSU ÇOBAN FAHRĠ TEZCAN Biyomedikal Mühendisliği
Detaylı15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ
15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ İyonlaştırıcı radyasyonların biyomoleküllere örneğin nükleik asitler ve proteinlere olan etkisi hakkında yeterli bilgi yoktur. Ancak, nükleik asitlerden
DetaylıAgarose ve Akrilamid Jellerde Nükleik asitlerin Gözlenmesi
Agarose ve Akrilamid Jellerde Nükleik asitlerin Gözlenmesi Elektroforez, Moleküler Biyoloji ve Biyokimya deneylerinde sıklıkla kullanılan, makro molekülleri ayrıştırmamızı ve bazı durumlarda saflaştırmamızı
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)
MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma
DetaylıDNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta:
DNA Replikasyonu Doç. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/202 Eposta: hilalozdag@gmail.com 1 Watson ve Crick Gözümüzden kaçmamış olan bir nokta da.. Replikasyon
DetaylıBiyolistik - Gen Silahı. İlker Gönülalp Yıldız Teknik Üniversitesi Biyoloji Bölümü
Biyolistik - Gen Silahı İlker Gönülalp Yıldız Teknik Üniversitesi Biyoloji Bölümü Biyolistik Biyolistik, biyolojik ve balistik kelimelerinin kısaltmalarının birleştirilmesi şeklinde adlandırılan, hücrelerin
DetaylıReplikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ
Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II PROTEİNLERİN İZOLASYONU VE ANALİZİ
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II PROTEİNLERİN İZOLASYONU VE ANALİZİ more of an art than a science MOLEKÜLER BİYOLOJİDE ANA KURAL ve TEMEL ÇALIŞMA ALANLARI Gen dizisi 8 8 transkriptler 8 8 primer
DetaylıAdnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)
Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler
DetaylıBAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ
BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür
DetaylıKALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ
KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ Kalıtsal madde (kalıtsal molekül, genetik materyal) (1) canlının yapı ve işlevlerinin belirlenmesinden, (2) canlının kendine benzer bir canlıyı meydana getirmesinden,
Detaylıcdna Kitaplık Hazırlanışı
cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki
DetaylıDNA dan Kromozomlara
DNA dan Kromozomlara Giriş DNA nın genetik bilgiyi barındırdığının anlaşılmasından sonra; DNA nın genler halinde nasıl organize olduğu ve Genetik işlevin kromozomlar halinde nasıl organize olduğu araştırılmaya
DetaylıNÜKLEİK ASİTLER. Nükleotitler, nükleik asitlerin yapı taşlarıdır. Nükleotitlerin, hücre
NÜKLEİK ASİTLER Nükleotitler, nükleik asitlerin yapı taşlarıdır. Nükleotitlerin, hücre metabolizmasında çeşitli görevleri vardır. Nükleotitler, metabolik dönüşümlerde enerji birimi, hücrelerin hormonlara
DetaylıTRANSLASYON ve PROTEİNLER
TRANSLASYON ve PROTEİNLER Prof. Dr. Sacide PEHLİVAN 13 Aralık 2016 mrna daki baz sırasının kullanılarak amino asitlerin doğru sıra ile proteini oluşturmasını kapsayan olayların tümüne Translasyon veya
DetaylıMAIA Pesticide MultiTest
MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda
DetaylıRT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler
RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod
DetaylıNükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ
Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş
DetaylıLizis tamponu (50mL) : NaC 0,15M, EDTA 5mM, Tris-HCL 50mM, Np40 %1, Proteaz inhibitör kokteyli-1 tablet (Roche 50mL için ETDA free)
4. UYGULAMALI PROTEİN ELDESİ YÖNTEMLERİ A. BİLGİ Organlarda, dokularda ve hücre içerisinde bulunan proteinlerin analiz edilebilmesi için önce hücrenin dışına, bir sıvı içerisinde çıkarılmalıdırlar. Bu
DetaylıKONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar
KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar AMAÇ: - Moleküler Biyoloji laboratuvarında kullanılan çözeltileri ve hazırlanışlarını öğrenmek. - Biyolojik tamponların kullanım amaçlarını,
DetaylıTÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF
TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF PROJE ÖNERİSİ ADI TUHAF MATERYALLERDEN İZOLE EDİLEN DNA
DetaylıTEMEL ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ II
TEMEL ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ II 6,7,8 HAFTA Prof. Dr. Eser ELÇİN Hücre kültüründe temel işlemler: besiyeri hazırlama, hücre ekimi, besiyeri değiştirme, alt kültüre geçiş, hücre sayımı, pasajlama, kontaminasyon
DetaylıDNA HİBRİDİZASYONU. HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ ( ) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ
DNA HİBRİDİZASYONU HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ (040559019) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ DNA hibritleşmesi; birbirine komplementer iki tek zincir nükleik asit sekansının çift zincirli tek
DetaylıWESTERN BLOT. Yrd. Doç. Dr. Eda Becer. Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı
WESTERN BLOT Yrd. Doç. Dr. Eda Becer Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı Northern Blot (RNA) James Alwine George Stark Western Blot (Protein) Eastern Blot (??) George Stark
DetaylıHücre içinde bilginin akışı
Hücre içinde bilginin akışı 1 DNA Çift Zincir Heliks 2 Hücre Çekirdeği ve Çekirdek Zarının Yapısal Organizasyonu Hatırlıyor musunuz? DNA Kromatin Kromatid Kromozom RNA Protein Çekirdek Çekirdekcik Nükleotid
DetaylıPEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara
PE-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI E.DİLAN ve U.ÜNDÜZ azi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Mepe, Ankara 1.ÖZET Model protein olarak seçilen Bovine
DetaylıBAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI
Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 2008, 25(1):59-69 ISSN 1300-3496 BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Özhan ŞİMŞEK 1 Fırat Ege KARAAT
DetaylıMoleküler biyolojiye giriş. Doç.Dr.Pınar AKSOY SAĞIRLI
Moleküler biyolojiye giriş Doç.Dr.Pınar AKSOY SAĞIRLI Molecular biology terimi ilk kez Warren Weaver tarafından 1938 de kullanıldı. Hayatın fiziksel ve kimyasal olarak açıklanması olarak tanımlandı. 1977
DetaylıTissue_LC_200_V7_DSP ve Tissue_HC_200_V7_DSP (QIAsymphony DSP DNA Mini Kiti için kullanıcı açısından doğrulanmıştır)
Ağustos 2015 QIAsymphony SP Protokol Sayfası Tissue_LC_200_V7_DSP ve Tissue_HC_200_V7_DSP (QIAsymphony DSP DNA Mini Kiti için kullanıcı açısından doğrulanmıştır) Bu belge Kit Versiyonu 1 için Tissue_LC_200_V7_DSP
DetaylıELEKTROFORESİS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim
ELEKTROFORESİS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Giriş TANIM : Elektriksel bir alanın tesiri altında kolloidal dispers fazların taşıdıkları elektriksel yükün aksi kutbuna doğru göç etmeleri Bir elektriksel alanda
DetaylıRTA Viral RNA İzolasyon Kiti
RTA Viral RNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-09 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı
DetaylıHAFTA IV DNA nın kalıtım materyali olduğunun anlaşılması DNA nın Yapısı
Biyoteknoloji ve Genetik I HAFTA IV DNA nın kalıtım materyali olduğunun anlaşılması DNA nın Yapısı Prof. Dr. Hilâl Özdağ Genetik materyal ; 1. Kendini eşleyebilmeli 2. Bilgi depolamalı 3. Bu bilgiyi ifade
DetaylıIII-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler
III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler
DetaylıPROTEİNLERİN AYRIŞTIRILMASI (İKİ YÖNLÜ JEL ELEKTROFOREZİ)
7. İKİ BOYUTLU JEL ELEKTROFOREZİ UYGULAMALARI PROTEİNLERİN AYRIŞTIRILMASI (İKİ YÖNLÜ JEL ELEKTROFOREZİ) A.BİLGİ İki yönlü jel elektroforezi, çok sayıda farklı kompleks protein içeren karışımlarının ayrılmasında
DetaylıDÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)
DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel
DetaylıTRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ
TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON Translasyonda nükleik asit kullanılır fakat son ürün bir nükleik asit değil proteindir. Translasyon mekanizması 4 ana bileşenden oluşmaktadır: 1. mrnalar 2. trnalar
DetaylıHafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri
GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON Western blotting: Akrilamit jeldeki protein bantlarının daha kararlı ve sabit bir ortama (örneğin,
DetaylıMoleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (DNA nın in vitro çoğaltılması) 2 Hücrede doğal olarak (in vivo)gerçekleşen replikasyon, in vitro koşullarda da (hücre dışında)
DetaylıÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Eğitim Yılı
Dönem I. 2. Ders Kurulu II. HÜCRE BİLİMLERİ-I Eğitim Programı Eğitim Başkoordinatörü: Dönem Koordinatörü: Koordinatör Yardımcısı: Doç. Dr. Erkan Melih ŞAHİN Prof. Dr. Alirıza ERDOĞAN Yrd. Doç. Ders Kurulu
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2 DNA İzolasyonu
DetaylıWestern Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar
İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama
DetaylıSunum planı. Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar
Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar Yüksek basınçlı sıvı kromatografi (High- pressure liquid chromatography, HPLC). Kağıt
DetaylıFinal Sınavı Soruları
Final Sınavı Soruları Soru1: PCR döngüsünü kısaca anlatılınız. Cevap1: İlk adımda solüsyonun sıcaklığı artırılarak DNA zincirinin denatüre olması sağlanır. Bu sırada Bundan sonra primerlerin tekli DNA
DetaylıGENOMİKS & PROTEOMİKS
GENOMİKS & PROTEOMİKS VĠZE SONRASI EK NOTLAR Yrd. Doç. Dr. NaĢit ĠĞCĠ GEN İFADE ANALİZLERİ 1 Gen Ġfade Analizleri mrna seviyesinde gen ifade analizleri: Northern blot (Tek gen analizi) qrt-pcr (Tek gen
DetaylıHücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik)
Hücre Biyoloji Laboratuarı 2014-2015 Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik Konular: ph ve tamponlar, hücre kültür tekniği, mikrometrik ölçüm ph ve Tamponlar 1. ph sı 8.2 olan 500 ml. 20mM Tris/HCl
DetaylıGÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 ELEKTROFOREZ. Doç. Dr. Hilâl Özdağ. Elektroforez
GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 ELEKTROFOREZ Doç. Dr. Hilâl Özdağ Elektroforez Yüklü moleküllerin bir elektrik alanı içinde yürütülerek ayrıştırılması tekniğine elektroforez denir. DNA,
DetaylıDNA Tamiri ve Rekombinasyonu
DNA Tamiri ve Rekombinasyonu Bitkilerdeki 3 genom UV ve radyosyonun diğer formları, kimyasallar, ve diğer streslerle (örneğin oksidatif, ısı vb.) devamlı hasar görür. Bazı proteinler onarımda ve rekombinasyonda
DetaylıDENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi
DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI Genel Bilgi 1. Çözelti İki ya da daha fazla maddenin herhangi bir oranda bir araya gelerek oluşturdukları homojen karışıma çözelti denir. Diğer bir deyişle, bir maddenin
Detaylı