MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI"

Transkript

1 MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI Biyoteknoloji, genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipülasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir. Biyoteknolojinin kullanım alanları her gün biraz daha önem kazanmaktadır. Kendi içinde sınıflandırılacak olursa mikrobik biyoteknoloji, tarımsal biyoteknoloji, hayvan biyoteknolojisi, adli biyoteknoloji ve tıbbi biyoteknoloji gibi birçok alanda biyoteknoloji kullanılmaktadır. Biyoteknolojinin gelişiminde en önemi adımlar restriksiyon enzimlerinin saptanması ile atılmaya başlanmıştır. Restriksiyon endonukleazlar; dışarıdan hücrelere giren yabancı DNA dizilimlerinin*, bakterideki özel gen ya da markerlar taşıyan genetik materyalleri ayrıştırarak, mutasyonlar meydana getirmesini engelleyen, böylece türlerin genetik karakterlerinin stabilitesini korumakla görevli enzimlerdir. Bu enzimler, dışarıdan gelecek olan genetik materyalleri ayrıştırma işlemlerini rastgele yapmamakta, kısa DNA dizilerini özgül olarak tanıyıp, bu dizilimlere yakın bölgelerden veya bu dizilimler içindeki spesifik bölgelerden DNA yı kesim işlemini gerçekleştirmektedirler. Bakterilerin büyük bir bölümü, bir ya da birkaç türde restriksiyon enzimi sentezleyebilmektedirler ve her enzimin keseceği bölge de bilinmektedir. İşte bu spesifik olarak kesme yetenekleri sayesinde bilim insanları birçok genetik materyal üzerinde işlem yapma, onları istedikleri yerden kesip yerine başka özellikler yerleştirm hareketliliğine kavuşmuşlardır. Nukleik asit (DNA/RNA) çoğaltma yöntemleri Biyoteknoloji alanındaki gelişmeler sayesinde infeksiyöz ajanların tanımlanmasında da hız, spesifite gibi birçok avantaja sahip yöntemler geliştirilmeye başlanmıştır. Böylece klasik yöntemlerle tanısında sorunlarla karşılaşılan hastalıkların tanısında hızlı ve spesifik sonuçlar almak mümkün olmaya başlanmıştır. Buna bağlı olarak infeksiyöz hastalıklardan korunma ve kontrolde daha etkili sonuçlar almak ve aynı zamanda ulusal kapsamda epidemiyolojik analizlerde de bulunmak mümkün olmuştur. Nükleik asit çoğaltma ve saptama yöntemleri temelde iki farklı prensip üzerinde 1

2 oluşturulmuştur; nükleik asit prob hibridizasyon yöntemleri ve nükleik asit amplifikasyon yöntemleri. POLYMERASE CHAIN REACTION (POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU-PCR) PCR ilk kez 1983 yılında uygulamaya konulmuş bir test olmasına rağmen günümüze kadar oldukça geliştirilmiş olup, araştırmaların yanı sıra infeksiyonların tanısından genetik hastalıkların tanısı ve adli tıbba, ekolojiden gıda kontrolüne kadar uzanan bir yelpazede rutin amaçlarla da kullanılmaktadır. Özellikle çok zor ya da uzun sürede üreyen ve kültürü yapılamayan mikroorganizmaların tanısında tercih edilen bir yöntemdir. PCR istenilen DNA gen bölgelerinin (hedef-target) in-vitro olarak bir tüp içinde çoğaltılması ve elde edilen bu ürünlerin gözle görülebilir hale getirilerek saptanmasıdır. Bu sayede çok az miktardaki hedef DNA çoğaltılarak saptanabilmektedir. Çalışma presibi: Hedef genetik materyallerin (DNA/RNA*) spesifik kısa zincirli oligonukleotid primerler yardımı ile enzimatik olarak sayısal çoğaltılması prensibi ile çalışan PCR üç aşama bulunmaktadır. Bunlar; denatürasyon, bağlanma/hibridizasyon (annealing) ve sentez (uzama) dır ve bu üç basamak bir döngüyü/siklusu oluşturur. Denatürasyon: DNA nın iki polinükleotid iplikçiğini bir arada tutan hidrojen bağlarının, yüksek ısı kullanarak, eriterek tek iplikçikli moleküller oluşturulduğu aşamadır. Bu reaksiyon 30 saniye süreyle 90-96º C ısı uygulanarak gerçekleştirilir. Ayrıca birçok PCR çalışmasında, özellikle denatürasyonu zor olan kalıp DNA lar için C de 3-5 dakika süre ile bir ön denatürasyon işlemi uygulanması önerilmektedir. Bağlanma/hibridizasyon: Primer adı verilen tek iplikçi kısa oligonükotidlerin uygun ısı (30-60 C) ve uygun sürede kalıp DNA üzerindeki hedef bölgelere bağlandığı aşamadır. Primer sekansları 5 ve 3 olmak üzere iki uca sahip olup, bağlanma her zaman DNA polimeraz enziminin çalışma prensibine uygun olarak 5 den 3 yönüne doğru gerçekleşmektedir. Bu basamak için gerekli olan ısı genellikle primerlerin erime ısısına göre ayarlanmaktadır. 2

3 Sentez: Polimeraz enzimi yardımı ile tek iplikçikli DNA kalıplarına bağlanan primerlerin 5 3 yönde uzatıldığı aşamadır. Sentez işlemi 65-72º C de 1-2 dakika sürede gerçekleştirilmektedir. Yukarıda açıklanan üç basamaktan oluşan bir siklus sonunda örnekteki mevcut DNA miktarı iki katuna çıkmış olacaktır ve bu döngü yaklaşık 30 defa tekrarlandığında hedef DNA nın milyarlarca kopyası elde edilebilmiş olacaktır. PCR reaksiyon karışımı: İdeal bir amplifikasyon için gerekenler şu şekildedir; Hedef DNA sekansları İki tür spesifik oligonukleotid primerleri Termostabil DNA polimeraz Nükleotidler (Dört tür dntp) Tampon çözelti, Magnezyum Primerler: Amplifiye edilmek istenen bölgeyi belirleyen oligonükleotidlerdir. İstenilen bölgeye spesifik olarak dizayn edilmelidirler. Genellikle nükleotidten oluşmuşlardır. Nükleotidler (dntpler): Reaksiyon karışımındaki konsantrasyonları µm olmalıdır ve çoğunlukla her dört nükleotit de eşit oranda katılmalıdır. Hedef DNA: Varlığı aranan, çoğaltılmak istenen hedef DNA sekansları, kan, serum, plazma, gaita, doku parçaları, idrar, sperm saç teli ve hatta mumya gibi inceleme örneklerinden ayrıştırılarak ve saflaştırılarak karışıma eklenirler. DNA polimeraz: 5 u/µl enzim ilavesi genellikle tavsiye edilir. Tampon çözelti: Primerlerin bağlanması ve reaksiyonların gerçekleşmesi için tavsiye edilen tampon çözeltide mm Tris-HCl ve 50mM KCl olması gerekir. Ayrıca, jelatin, sığır albumini ve tween 20 gibi deterjanlar da DNA polimeraz enziminin stabilitesi için katılabilir. MgCl2: Reaksiyon karışımında mm MgCl2 olması istenir. Enzim aktivitesine, primerlerin bağlanmasına ve DNA nın erime ısılarına etki ederler. PCR sonuçlarının belirlenmesi: Bu yöntemler arasında en basit ve yaygın olanı elektroforez yöntemidir. Çoğaltılan PCR ürünleri (amplikon) agaroz ya da poli-akrilamid jele, bilinen işaret DNA lar (DNA marker; DNA ladder) ve kontrol 3

4 PCR ürünleri ile birlikte yüklenerek elektrik akımına tabi tutulurlar. Oluşan DNA bantları ethidium bromür ile boyanarak ve U.V. ışığı kullanılarak incelenir. Farklı PCR çeşitleri: Nested PCR: Bu yöntemle birbirini takip eden iki PCR yapılır. İlk PCR sonucunda elde edilen ürünler, ikinci PCR da hedef DNA olarak kullanılır. Reverse-Transcriptase PCR (Geri Transkripsiyon PCR/ RT-PCR): Hedef molekül DNA değil RNA ise; bu iki aşamalı PCR yöntemi uygulanır. İlk basamakta RNA dan cdna sentezinin (geri transkripsiyon) gerçekleşir. İkinci basamakta da bu komlementer DNA nın satandart PCR yoluyla çoğaltılması gerçekleşir. Multiplex (Çoklu) PCR: Bir PCR ile birden fazla DNA segmentinin (hedefin), birden fazla primer çifti kullanarak aynı amplifikasyon reaksiyonunda çoğaltılmasını sağlayan PCR çeşididir. Real Time PCR: Elektroforez aşaması yoktur, amplifikasyon ürünleri kullanılan problar sayesinde eş zamanlı olarak bilgisayar ekranında gözlemlenir. Yukarıda açıklananların dışında tek iplikçikli DNA nın amplifikasyonunu mümkün kılan Asimetrik PCR; çok düşük miktardaki hedef DNA nın amplifiye edilmesini sağlayan Booster PCR; rastgele DNA dizilerinden teşekkül eden primerlerin kullanılmasına dayalı RAPD-PCR; lam üzerindeki doku parçalarından hedef DNA nın PCR ile çoğaltılmasını sağlayan in- situ PCR gibi farklı PCR çeşitleri de kullanılmaktadır. PCR ın avantajları ve dezavantajları Avantajları: Hızlı, seçilen primerlere bağlı olarak spesifik bir yöntemdir. Etkenin vücutta çok az sayıda bulunduğu durumlarda da duyarlı sonuçlar alınabilen PCR protokolleri geliştirilmiştir. Kültürü zor ve uzun olan bakteriyel infeksiyonların tanısında kolaylık ve hız sağlamaktadır. Özellikle bakteriyel infeksiyonlarda incelenen materyalin eski ya da kontamine olması durumlarından daha az etkilenmektedir (viral hastalıklarda virusların daha hızlı denatüre oldukları unutulmamalı). Personel hatalarını ve insan gücünü minimuma indirger. Dezavantajları: İlk kurulumu açısından pahalıdır, ancak temel ekipmanları tamamlandıktan sonra günümüzde firmalar arası rekabat sayesinde sarf malzemeler açısında maliyetin çok fazla olması sorunu fazla kalmamıştır. Çalışma 4

5 esnasında en küçük DNA kontaminasyonu, yanlış sonuçların oluşmasına neden olabilir. Sonuçların yorumlanmasında deneyimli personele gereksinim vardır. MOLEKÜLER TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Benzer klinik bulgulara neden olan infeksiyöz etkenlerin, antijeniteleri ve patojeniteleri farklı alt tipleri görülebilmektedir ve bu durum özellikle hastalıklardan korunma ve tedavisinde önemli olmaktadır. Aynı şekilde ulusal ve uluslar arası bazda epidemiyolojik verilerin oluşturulmasında da önemlidir. Bu alt tipleri saptamak için birçok yöntem vardır; serotiplendirme, biyotiplendirme, faj ile tiplendirme, morfolojik, fizyolojik özelliklerine göre tiplendirme ve moleküler tiplendirme. Epidemiyolojik açıdan tiplendirme yöntemlerinin başlıca kullanım amaçları aşağıdaki gibi sıralanabilir; Salgınların kaynağı ve yayılma yolları hakkındaki hipotezlerin test edilmesi, Hastalıkların epidemiyolojik olarak birbirleri ile ilişkisinin belirlenmesi, Re-aktivasyon ile yeni infeksiyonların birbirinden ayırt edilmesi, Hastane infeksiyonları ile toplumsal kaynaklı infeksiyonların belirlenmesi, Laboratuvar kontaminasyonlarının saptanması, Populasyondaki epidemi klonlarının belirlenmesi, buna göre kontrol yöntemlerinin değerlendirilmesi. Tiplendirme yöntemlerinin yaygın kullanılabilmesi için sahip olması gereken bazı özellikler vardır. Hiçbir test bu özelliklerin hepsini kapsamamaktadır ancak bir yöntem seçilirken araştırmanın amacına uygun olan ve aşağıdaki kriterlerden olabildiğince çoğuna sahip olan testlerin seçimine özen gösterilir. Bu özellikle şu şekildedir; Tiplendirebilirlik özelliğine sahip olmalı, Ayrım gücünün yüksek olması, Tekrarlanabilir ve her seferinde aynı sonuçları verecek şekilde stabiliteye sahip olmalı, Kullanım kolaylığı, maliyeti, testin süresi uygun olmalı 5

6 Kullanım spektrumu geniş olmalı Sonuçların kolayca yorumlanabilir olması Sonuçların laboratuvarlar arasında paylaşılabilir olması Moleküler tiplendirmede kullanılan bazı önemli terimler Klon: Ortak bir atadan gelen, genetik olarak aynı bir ya da daha fazla organizmadır. Epidemiyolojik olarak ilişkili izolatlar: Belli bir bölgeden ya da belli bir zaman diliminde hastalardan toplanan örneklerden izole edilen ve ortak bir kaynaktan geldikleri düşünülen izolatlardır. Genetik olarak ilişkili izolatlar (klonlar): Genetik tiplendirme yöntemleri ile birbirinden ayırt edilemeyen ya da ortak bir atadan köken aldıklarını düşündürecek kadar yakın olan izolatlardır. Salgın suşu: Aynı türün hem epidemiyolojik (zaman, yer, ortak kaynak) hem de genetik olarak ilişkili, aynı genetik profile sahip izolatlarıdır. Endemik suş: Belli bir popülasyonda, infekte bireylerden sıklıkla izole edilen, tiplendirme yöntemleri ile birbirinden ayırt edilemeyen ya da yakın ilişkili bulunan ancak direkt epidemiyolojik bir bağlantı gösterilemeyen izolatlardır. Yakın ilişkili izolatlar: Salgın suşundan yalnızca bir genetik olay bakımından farklı olan izolatlardır. Olası ilişkili izolatlar: Salgın suşundan iki genetik olay bakımından farklı olan izolatlardır. Bu izolatlar salgın suşu ile aynı genetik soydan olabilir ancak genetik olarak yakın ilişkili değildir. İlişkisiz izolatlar: Salgın suşundan üç genetik olay bakımından farklı olan izolatlar 6

7 PULSED-FIELD GEL ELECTROPHORESIS (PFGE) Moleküler tiplendirme yöntemleri içerisinde en eski yöntemlerden biridir ve günümüzde bazı bakteriler için hala altın standart olarak görlmektedir. Düz elektroforez yöntemlerinde kb dan daha büyük DNA moleküller,i büyüklükleri fark etmeksizin aynı hızla aynı miktarda hareket ederler, jel içerisinde göç ederler. Bu da jel üzerinde tek bir bant olarak gözlemlenir. Eğer DNA elektoforez işlemi sırasında yön değiştirmeye zorlanırsa, birbirlerinden ayrımı yapılabilecek şekilde farklı bantlar oluşur. Bu da tiplendirmeyi olanaklı hale getirir. PFGE yöntemi de bu prensipte çalışan bir tekniktir. Sıvı ya da katı besiyerinde üretilen bakteriler düşük erime ısılı agarozda karıştırılıp kalıplara dökülürler. Lizis işlemleri bu agar blokları içerisinde yapılır. Lizis aşamasında DNA nın parçalanmaması gerekir. Lizis aşaması sonucunda agar bloklarının içerisinde bulunan çıplak DNA molekülleri, uygun restriksiyon enzimleri aracılığı ile kesilir, özel elektroforez işlemi başlatılır. Oluşan bantlar bilgisayar programları aracılığı değerlendirilir. Yöntemin ayrım gücü çok yüksektir ancak zaman alıcı (yaklaşık 4-5 gün) ve kompleks bir yöntemdir ve laboratuvarlar arasında standardizasyon problemi de bulunmaktadır. Nükleik Asit Blotlama ve Hibridizasyon Yöntemleri Blotlama yöntemlerinin prensibi, elektriksel ortamda jel üzerinde göç ettirilen ve fraksiyonlarına ayrılan proteinlerin veya nükleik asitlerin bir destek tabakaya aktarıldıktan sonra özgül olarak belirlenmesidir. Southern Blotlama E.M. Southern adlı bilim adamı tarafından 1975 yılında geliştirilmiştir. Herhangi bir kaynaktan elde edilen DNA nın analizi için kullanılan membran blotlama ve görüntüleme tekniğidir. Kısaca aşamaları sırasıyla aşağıdaki şekildedir: 1- DNA izolasyonu: Genomik ya da plazmid DNA sı değişik yöntemlerle ekstrakte edilir. 7

8 2- Restriksiyon endonükleazlar (RE) ile kesim: Bir önceki aşamada saf olarak elde edilen DNA süspansiyonu ve RE lar birlikte inkube edilir. Bu süre içerisinde RE lar DNA üzerinde spesifik bölgeleri keser ve böylece farklı büyüklüklerde DNA segmentleri oluşur. 3- Elektroforez: Fragmentlere ayrılmış DNA lar, büyüklüklerine göre elektriksel bir ortamda, jel içerisinde büyükten küçüğe doğru bir sıralama ile bantlar oluştururlar. 4- Membrana transfer:jel üzerindeki DNA ların, nitrosellüloz ya da naylon membranlara aktarılma aşamasıdır. 5- Denatürasyon ve Fikzasyon: Membran üzerine transfer edilen DNA bantları 0.5 N NaOH ile muamele edilerek denatüre edilir; çift iplikçikli DNA, bazlar arası bağlar koparak, tek iplikçikli hale gelir. Bunu takiben naylon membran 80º C ye ısıtılarak iplikçiklerin membran üzerine fikze edilmesi (yapışması) sağlanır. 6- Hibridizasyon: Üç temel adımda gerçekleşir; a- prehibiridizasyon: özgül olmayan bağlanmaları en aza indirmek için, blotlanması tamamlanan membranın bloklandığı aşama; b- hibridizasyon: hedef DNA ile probun birleştiği aşama c- hibridize olmayan probların yıkanması ve görüntülenme aşaması. 7-Sonuçların gözle görülmesi: Kullanılan probun özelliğine göre otoradiografi, ya da özel boyama yöntemleri ile oluşan hibrib bantlar gözle görülür hale getirilir. Northern Blotlama J.Alwine ve G. Stark tarafından 1979 yılında, herhangi bir kaynaktan elde edilen RNA nın analizi amacıla geliştirilmiş bir yöntemdir. Aşamaları; 1-RNA nın izolasyonu, 2-Elektroforez, 3-Membrana aktarma, 4-Blotting, 5-RNA nın saptanmasıdır. Bu teknikten, genlerin transkripsiyon düzeyinde iken analizlerini yapmada, doku veya organlardaki mrna seviyesini belirlemede ve viral RNA ları saptamada yararlanılır. 8

9 Dot/Slot Blotlama DNA/RNA nın elektroforez yapılmadan membrana damlatılması ve bu membranda sabitlendikten sonra özgül dizilimlerinin belirlenmesi prensibi ile geliştirilen bir blotlama yöntemidir. Aşamaları şu şekildedir: 1-Klinik materyalden DNA izolasyonu, 2- İki ya da beş katlı seri dilüsyon yapılması ve her dilüsyondan naylon membran üzerine damlatma, 3-Denatürasyon ve fikzasyon, 4-Hibridizasyon, 5-Otoradiografi ile görüntüleme. Çalışılan örnekteki DNA miktarı önemlidir, genellikle fazla miktarda DNA ile çalışılması gerekmektedir. In situ Hibridizasyon Yöntemin prensibi, doku, organ ve hücrelerdeki özgül nükleik asitlerin belirlenmesidir. Hücre ve doku içindeki hedef nükleik asidin lokalizasyonunu belirleme imkanı sağlar. 5 temel adımda gerçekleşir; 1-Dokuların işlenmesi (fikze edilme ve kesilme), 2-Spesifik olmayan bağlanmaların engellenmesi, 3-Hibridizasyon, 4-Yıkama, 5-Görüntüleme. 9

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim PCR nedir? DNA Polimeraz enzimi kullanılarak DNA nın spesifik bir parçasının in vitro (bir tüp içerisinde)

Detaylı

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak BİYOFİZİK 2015 1 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak 2 Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, polimeraz zincir

Detaylı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod

Detaylı

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür

Detaylı

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları

Detaylı

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Prof. Dr. Nedime Serakıncı, Yrd. Doç. Dr. Umut Fahrioğlu Adem Aköl Kalite Konseyi Başkanı Sinan Özyavaş Kalite Koordinatörü

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

cdna Kitaplık Hazırlanışı

cdna Kitaplık Hazırlanışı cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki

Detaylı

DNA HİBRİDİZASYONU. HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ ( ) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ

DNA HİBRİDİZASYONU. HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ ( ) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ DNA HİBRİDİZASYONU HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ (040559019) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ DNA hibritleşmesi; birbirine komplementer iki tek zincir nükleik asit sekansının çift zincirli tek

Detaylı

Rekombinant DNA Teknolojisi-I

Rekombinant DNA Teknolojisi-I BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-I Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2

Detaylı

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD Tanıtım Rehberi İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi Elazığ yolu 10. Km MALATYA Telefon: 0 (422) 3410660 Faks: 0 (422) 3410727

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5

Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (DNA nın in vitro çoğaltılması) 2 Hücrede doğal olarak (in vivo)gerçekleşen replikasyon, in vitro koşullarda da (hücre dışında)

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir DNA REPLİKASYONU Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir Hücre yaşam döngüsü G 1, S, G 2, Mitoz,evreleri ile tamamlar.

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER

BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER www.benimdershanem.esy.es Bilgi paylaştıkça çoğalır. BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER NÜKLEİK ASİTLER Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON Western blotting: Akrilamit jeldeki protein bantlarının daha kararlı ve sabit bir ortama (örneğin,

Detaylı

Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler

Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler ADANA BİLİM ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler Ar. Gör. Sevgin DIBLAN Yrd. Doç. Dr. Pınar KADİROĞLU 1 İçerik Tağşiş nedir ve etkileri Gıda tağşişinin

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT

SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi Gürbüz POLAT SSO Diziye özgü oligonükleotid problarıyla PCR da çoğaltılmış DNA nın hibridizasyonu ile HLA allellerini saptamak için kullanılan moleküler tipleme yöntemidir.

Detaylı

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

HIZLI YÖNTEMLER (III)

HIZLI YÖNTEMLER (III) 1 Doç.. Dr. Serap COŞANSU AKDEMİR HIZLI YÖNTEMLER (III) 2 MOLEKÜLER GENETİK YÖNTEMLER Gıda kaynaklı patojenlerin tanımlanmasında ve karakterizasyonunda fenotipik yöntemler halen yaygın olarak kullanılmakla

Detaylı

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml

Detaylı

Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması

Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması Uğur Özbek İstanbul Üniversitesi DETAE, Genetik A.D. 2. Ulusal Lenfoma Myeloma Kongresi Lenfomalarda Moleküler Patogenez ve Hematopatoloji 16.04.2011 Sunum I. İnsan Genomu

Detaylı

TÜBERKÜLOZ TANISINDA PCR

TÜBERKÜLOZ TANISINDA PCR 21. Yüzyılda Tüberküloz Sempozyumu ve II. Tüberküloz Laboratuvar Tanı Yöntemleri Kursu, Samsun TÜBERKÜLOZ TANISINDA PCR Doç. Dr. Cafer EROĞLU Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara Taksonomik terimler Alem (Kingdom) Bölüm veya şube (divisio, filum)

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

MIKROARRAY TEKNOLOJİSİ. Veysel Sabri HANÇER Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı

MIKROARRAY TEKNOLOJİSİ. Veysel Sabri HANÇER Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı MIKROARRAY TEKNOLOJİSİ Veysel Sabri HANÇER Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602040083 vshancer@yahoo.com EŞ ANLAMLILAR Biochip DNA chip DNA microarray Gene array 2 Neden bu teknolojiye ihtiyaç

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON

Biyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON Biyoteknoloji ve Genetik II Hafta 8 TRANSLASYON Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com TRANSLASYON Translasyon a. mrna ribozoma

Detaylı

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

MICROARRAY TEKNOLOJİSİ

MICROARRAY TEKNOLOJİSİ MICROARRAY TEKNOLOJİSİ Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece,biyoteknolojinin kavramsal olarak ulasabileceği son

Detaylı

MICROARRAY TEKNOLOJİSİ

MICROARRAY TEKNOLOJİSİ MICROARRAY TEKNOLOJİSİ Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece, biyoteknolojinin kavramsal olarak ulasabileceği son

Detaylı

Kanatlı Hayvan Hastalıkları

Kanatlı Hayvan Hastalıkları Kanatlı Hayvan Hastalıkları Kanatlı sektörü ile ilgili genel bilgiler 1930 Merkez Tavukçuluk Enstitüsü 1952 Saf ırkların ilk kez ithal edilmesi 1963 Damızlık (Parent stock) ithali 1970 Yatırımlarda artma

Detaylı

ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ

ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ Genetik mühendisliği gelişmeden önce insanlar yapay seçilim yoluyla istenen özelliklerin yavru canlılarda görülmesini sağlamışlardır. Örneğin seçici üretim

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ Prof.Dr.Behnan ALPER Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adana DNA İnceleme Teknikleri DNA Jel Elektroforezi RFLP Restriksiyon

Detaylı

2. Histon olmayan kromozomal proteinler

2. Histon olmayan kromozomal proteinler 12. Hafta: Nükleik Asitler: Nükleik asitlerin yapısal üniteleri, nükleozitler, nükleotidler, inorganik fosfat, nükleotidlerin fonksiyonları, nükleik asitler, polinükleotidler, DNA nın primer ve sekonder

Detaylı

Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi

Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ Eposta: ozdag@medicine.ankara.edu.tr Tel: 2225826/202 Ders Notları Đçin: http://bteml.biotek.ankara.edu.tr/wiki/index.php/ana_sayfa adresinden Genombilimde

Detaylı

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Gen Anlatımının Belirlenmesi DNA mikroçalışmaları Makroçalışmaları EST (Expressed sequence tag) Gen anlatımının seri analizi

Detaylı

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Doç.Dr. Aynur KARADENİZLİ Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD, Kocaeli Francisella tularensis Küçük, aerobik, pleomorfik,

Detaylı

İşlevsel Genomik Nedir?

İşlevsel Genomik Nedir? İşlevsel Genomik Nedir? İşlevsel Genomik, yapısal genomik tarafından sağlanan bileşenlerin ve bilginin kullanımı ile gen işlevinin değerlendirilmesinde, deneysel yaklaşımların (genom veya sistem boyunca)

Detaylı

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Altın Standart Yöntem Olan rdna ITS1/2 Dizi Analizi ile VITEK 2 YEAST ID, API ID 32C ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması D i l a r a Y ı

Detaylı

Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot

Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Dr. Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Elektroforez DNA, RNA ve protein moleküllerini büyüklük, şekil

Detaylı

BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER

BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER Plazmid ve Epizomlar Bakterilerin kendi kromozomlarının yanı sıra, kromozom dışı bazı genetik parçacıklar bulunmaktadır Bakteri kromozomundan daha küçük yapıda

Detaylı

Genetik Yöntemlerle Bakterilere Gen Transferleri. (Cüneyt Akdeniz)

Genetik Yöntemlerle Bakterilere Gen Transferleri. (Cüneyt Akdeniz) Genetik Yöntemlerle Bakterilere Gen Transferleri (Cüneyt Akdeniz) Bakterilerde genetik maddenin bir kısmı bakteriden bakteriye aktarılabilmekte ve bunun sonucunda önemli genetik değişmeler olmaktadır.

Detaylı

DNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta:

DNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta: DNA Replikasyonu Doç. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/202 Eposta: hilalozdag@gmail.com 1 Watson ve Crick Gözümüzden kaçmamış olan bir nokta da.. Replikasyon

Detaylı

Doç. Dr. Fatih ÇALIŞKAN Sakarya Üniversitesi, Teknoloji Fak. Metalurji ve Malzeme Mühendisliği EABD

Doç. Dr. Fatih ÇALIŞKAN Sakarya Üniversitesi, Teknoloji Fak. Metalurji ve Malzeme Mühendisliği EABD BİYOUYUMLULUK (BIO-COMPATIBILITY) 10993-1 Bir materyalin biyo-uyumluluğunun test edilmesi için gerekli testlerin tümünü içerir. (Toksisite, Hemoliz, sitotoksisite, sistemik toksisite,...vs.) Hammaddelerin

Detaylı

BAKTERİLERDE GENETİK MADDE AKTARILMASI

BAKTERİLERDE GENETİK MADDE AKTARILMASI BAKTERİLERDE GENETİK MADDE AKTARILMASI Bakterilerde genetik maddenin bir kısmı bakteriden bakteriye aktarılabilmekte ve bunun sonucunda önemli genetik değişmeler olmaktadır Verici hücre ile alıcı hücre

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

FISH ve in situ melezleme

FISH ve in situ melezleme FISH ve in situ melezleme In situ melezleme belirli bir mrna nın doku içinde nerede bulunduğunu görmemize yarar. Bu metod inceleyenin ilgilendiği mrna nın normal yerini görmesine olanak sağlar. In situ

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ DNA Polimorfizminin tanımlanması Bireyler arasındaki genetik farklılıkların belirlenmesini sağlar. Polimorfizm

Detaylı

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011 SİTOMEGALOVİRUS (CMV) Prof. Dr. Seyyâl ROTA Gazi Ü.Tıp Fakültesi LOW SYSTEMIC GANCICLOVIR EXPOSURE AND PREEMPTIVE TREATMENT FAILURE OF CYTOMEGALOVIRUS REACTIVATION IN A TRANSPLANTED CHILD J Popul Ther

Detaylı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun etkin kontrolü için; Yayma sonuçları Kültür ve identifikasyon Duyarlılık testleri ; 24 saat ; 21 gün ; 30 günde bildirilmeli CDC, 1995

Detaylı

8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için

8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için 8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için koruyucu kalkan görevi görmektedir. Protein kendi kendine

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

DNA REPLİKASYONU. Yrd.Doç.Dr. Seda Örenay Boyacıoğlu

DNA REPLİKASYONU. Yrd.Doç.Dr. Seda Örenay Boyacıoğlu DNA REPLİKASYONU Yrd.Doç.Dr. Seda Örenay Boyacıoğlu DNA REPLİKASYONU Replikasyon genetik materyelin tamamen kendi benzeri yeni bir molekül oluşturma işlemidir. DNA kendini eşleyebilen yegane biyomoleküldür

Detaylı

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI ÖĞRETĠM ÜYESĠ : Prof. Dr. O. ġadi Yenen Ders: VĠROLOJĠYE GĠRĠġ, TARĠHÇE ve EVRĠM 1. Virusların tanımlanması ve rolüne ilişkin önemli tarihsel gelişmelerin

Detaylı

DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ

DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER DNA Düzenlenmesi İnsan DNA sı ile yapılan ilk çalışmalar için yani çalışma yöntemi geliştirilmesi için yaklaşık 1 milyon dolar

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA ET ÜRÜNLERİNDE TAĞŞİŞ Tağşiş; gıda maddesinin mevzuata veya izin verilen özelliklerine aykırı olarak üretilmesi hali olarak tanımlanmaktadır. Gıda ürünlerinde; tağşiş bir çok şekilde yapılabilmektedir.

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

TRANSLASYON ve PROTEİNLER

TRANSLASYON ve PROTEİNLER TRANSLASYON ve PROTEİNLER Prof. Dr. Sacide PEHLİVAN 13 Aralık 2016 mrna daki baz sırasının kullanılarak amino asitlerin doğru sıra ile proteini oluşturmasını kapsayan olayların tümüne Translasyon veya

Detaylı

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama

Detaylı

LYS ANAHTAR SORULAR #4. Nükleik Asitler ve Protein Sentezi

LYS ANAHTAR SORULAR #4. Nükleik Asitler ve Protein Sentezi LYS ANAHTAR SORULAR #4 Nükleik Asitler ve Protein Sentezi 1) İncelenen bir nükleotidin DNA ya mı yoksa RNA ya mı ait olduğu; I. Bağ çeşidi II. Pürin bazı çeşidi III. Pirimidin bazı çeşidi IV. Şeker çeşidi

Detaylı

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

1. HP PCR Template Preparation DNA isolation Kit özellikler

1. HP PCR Template Preparation DNA isolation Kit özellikler Genel Şartlar: 1. Teklif edilen kitler, orjinal ambalajında olmalıdır. Kitlerin ve kutuların içindeki reaktiflerin/sarf malzemelerin üzerinde üretici firma adı, testin adı, test sayısı, son kullanma tarihi

Detaylı

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor! Uygulamalı Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları Yaz Dönemi Başlıyor! : DNA izolasyonu, Primer tasarımı, PCR Teknikleri, Agaroz Jel Elektroforezi,

Detaylı

Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez

Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ Elektroforez Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alandaki hareketlerinin izlendiği bir tekniktir. Bir örnekteki maddelerin tümü veya bazıları iyonlaşabiliyorsa

Detaylı

Final Sınavı Soruları

Final Sınavı Soruları Final Sınavı Soruları Soru1: PCR döngüsünü kısaca anlatılınız. Cevap1: İlk adımda solüsyonun sıcaklığı artırılarak DNA zincirinin denatüre olması sağlanır. Bu sırada Bundan sonra primerlerin tekli DNA

Detaylı

KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ

KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ Değişik canlı gruplarında kalıtsal molekülün çeşidi, sayısı, biçimi ve organizasyonu bakımından farklılıklar bulunur. Ortak özellik: nükleik

Detaylı

GOÜ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I III. KURUL

GOÜ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I III. KURUL III. Kurul Hücresel Metabolizma ve Moleküler Tıp III. Kurul Süresi: 6 hafta III. Kurul Başlangıç Tarihi: 23 Aralık 2009 III. Kurul Bitiş ve Sınav Tarihi: 1 2 Şubat 2010 Ders Kurulu Sorumlusu: Yrd. Doç.

Detaylı

Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi

Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi Yrd. Doç. Dr. Affan DENK Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hst. ve Klin. Mik. Araştırmacılar Yasemin

Detaylı

A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ

A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ DNA nın Yapısı ve Replikasyonu Biyoloji Ders Notları A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ İlk olarak Friedrich Miescher (1869) akyuvar hücreleri ve balık sperminde yönetici molekülleri tespit etmiştir. Çekirdekte

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #21

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #21 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #21 1) Aşağıda bazı dönüşüm tepkimeleri gösterilmiştir. a 2) Enzimlerin çalışma hızına etki eden faktörlerle ilgili; RH RH ADP + Pi ATP I II b Buna göre a ve b yönlerindeki değişimlerle

Detaylı

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL GC Kantitatif

Detaylı

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria Mikotoksin nedir? Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria belirli nem ve ısı koşullarında oluşturdukları fungal metabolitler En sık karşılaşılan mikotoksinler; o aflatoksinler, o okratoksin, o trikotesen,

Detaylı

Çiftlik Hayvanlarında Cinsiyetin Denetimi

Çiftlik Hayvanlarında Cinsiyetin Denetimi Çiftlik Hayvanlarında Cinsiyetin Denetimi Cinsiyetin belirlenmesi Demokritus (MÖ: 470-402) Sağ testisten erkek, sol testisten dişi yavruların dünyaya geldiğini ileri sürmüştür. Fötal yaşamda cinsiyetin

Detaylı

attomol apo B-100 quicktype

attomol apo B-100 quicktype attomol apo B-100 quicktype İnsan apolipoprotein B-100 (apo B-3500 mutasyonu) gen inde 10708G>A geçiş tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1015

Detaylı