Organik tepkimelerde stereoseçiciliğin modellenmesi. Viktorya Aviyente. Boğaziçi Üniversitesi, FEF-Kimya, Bebek Istanbul

Transkript

1

2 SÖZLÜ SUUMLAR 2

3 rganik tepkimelerde stereoseçiciliğin modellenmesi Viktorya Aviyente Boğaziçi Üniversitesi, FEF-Kimya, Bebek Istanbul Sunumda hidrojen bağlarının, sterik etkenlerin, katalizörün ve çözücünün organik tepkimelerde stereoseçiciliğe etkileri hesapsal yöntemlerle irdelenecektir. Bu bağlamda Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) ile kiral antrasen, oksazolidon, tion türevleri ve kınakına katalizörü ile yapılmış olan çalışmalar gündeme gelecektir. Kiral antrasen türevleri doymamış laktam ve bütenolid gibi biyolojik aktif moleküllerin hazırlanmasında kullanılırlar. Bu çalışmada kiral antrasen içeren Diels-Alder tepkimelerinde eşik enerjilerinin bileşenleri incelenmiş, bükülme/etkileşme modeli kullanarak hidrojen bağlarının stereoseçicilikte önemli rol oynadıkları saptanmıştır. 1,2 Halka-zincir-halka açılma-kapanma tepkimesini anlamak ve benzer heterosiklik sistemlerde ön görülerde bulunmak için aksiyal kiral yapıda olan 2-oksazolidinon türevlerindeki deneysel bulguları açıklayacak mekanizmalar önerilmiştir. 3 Aminlerin asimetrik sentezde oynadıkları katalitik etki birçok araştırmaya konu olmuştur. Mezosiklik anhidridlerin hidroliz tepkimesi aminler tarafından nükleofilik biçimde katalize edilebildiği gibi (nükleofilik mekanizma) bazik biçimde de katalize edilebilir (bazik mekanizma). Bu çalışmada alfaaminoalkollerin ve kınakına alkaloidlerinin katalizör olarak anhidrit açılımında hidrojen bağı oluşturarak anhidritleri kararlı hale getirdikleri ve stereoseçiciliğe neden oldukları tespit edilmiştir. Modelleme çalışmaları, bazik mekanizmanın nükleofilik mekanizmaya tercih edildiğini göstermiştir. 4 Tion türevlerinin nornbornen ile yaptıkları hetero-diels-alder tepkimelerinde seçiciliğin nedenleri bu bileşiklerde mevcut olan M/P kiral yapıya sahip exo/endo geçiş konumları ele alınarak sterik ve elektronik etkilerin ışığında açıklanmıştır. Yukarıda bahsi geçen çalışmalarda kullanılmış olan DFT fonksiyonellerinin tercih sebepleri ve çözücü etkileri hakkında bilgi verilecektir. 1.. Çelebi-Ölçüm, A. Sanyal, V. Aviyente, Understanding the Stereoselection Induced by Chiral Anthracene Templates in Diels-Alder Cycloaddition: A DFT Study, J. rg. Chem. 2009, 74, S. Agopcan,. Celebi-lcum, M..Ucisik, A.Sanyal and V. Aviyente, rigins of the diastereoselectivity in hydrogen bonding directed Diels Alder reactions of chiral dienes with achiral dienophiles: a computational study, rg. Biomol. Chem., 2011, 9, A. Yildirim, F. A. Sungur Konuklar, S. Catak, V. Van Speybroeck, M. Waroquier, I. Dogan, V. Aviyente, Solvent-Catalyzed Ring Chain Ring Tautomerization in Axially Chiral Compounds, Chem. Eur. J. 2012,18, B. Dedeoglu, S. Catak, K.. Houk, V. Aviyente, Theoretical Study of the Mechanism of the Desymmetrization of Cyclic meso-anhydrides by Chiral Amino Alcohols, ChemCatChem 2010, 2,

4 Monoamin ksidaz Enzimlerinin Hidrür Mekanizmasının Dispersiyon Etkili DFT Yöntemleri İle Enzim Aktif Bölgesinde Modellenmesi Mehmet Ali Akyüz, Safiye Sağ Erdem Marmara Üniversiesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Göztepe, İstanbul,Türkiye Monoaminoksidazlar (MA-A ve MA-B), nörotransmitteraminlerin oksitlenmesinde görevli önemli flavoenzimlerdir. Depresyon, Parkinson, Alzheimer gibi hastalıkların tedavisinde MA inhibitörleri kullanıldığından mekanizmaları merak konusudur. MA mekanizmasıyla ilgili çeşitli önerilere hem destekleyici hem de karşıt deliller bulunduğundan hiçbiri tam olarak kanıtlanamamıştır. Bu konudaki ilk teorik modellemeler 1 grubumuz tarafından literatüre kazandırılmış olup son bir yıl içinde konu yoğun ilgi görerek yeni deneysel 2 ve teorik çalışmalar yayınlanmıştır 3,4. Bu çalışmada, MA reaksiyon mekanizmasını aydınlatmak amacıyla direk hidrür transferi mekanizması kuantum mekanik yöntemlerle modellenmiştir 4. Benzilamin ve fenetilamin substratlarının MA-A ve MA-B enzimleri ile oksidasyonları aktif bölgelerinin yaklaşık 300 atomluk bölümü kullanılarak modellenmiştir. IM yaklaşımı ile birinci katmanda DFT, ikinci katmanda yarı-deneysel PM6 yöntemi uygulanarak QM/QM optimizasyonları yapılmış ve reaksiyon koordinatları oluşturulmuştur. Birinci katmana uygulanan 4 farklı DFT fonksiyoneli (B3LYP, B97X-D, CAM-B3LYP, M06-2X) kullanılarak elde edilen IM Gibbs serbest aktivasyon enerjileri karşılaştırılmıştır. Dispersiyon etkisini hesaplamalara katan M06-2X ve B97X-D ile B3LYP arasında aktivasyon enerjileri açısından önemli bir farklılık gözlenmemiştir. Ancak, ilginç bir şekilde, IM (M06-2X/6-31+G**: PM6) hesaplamaları MA-A nın tek basamaklı, MA-B nin ise çok basamak içeren farklı hidrür mekanizmalarına sahip olabileceğini göstermiştir. Aktif bölgedeki su moleküllerinin substrat, flavin ve aminoasitlerle çok sayıda hidrojen bağı yaparak ara ürün kararlılığını ve böylece reaksiyon mekanizmasının basamak sayısını etkilediği tespit edilmiştir. Bu projeye verdiği maddi destekten dolayı Marmara Üniversitesi BAPK ya teşekkür ederiz (FE-C- DRP ). 1) a) Erdem, S.S., Karahan, Ö., Yıldız, İ., Yelekçi, K., rg. Biomol. Chem. 2006, 4, b) Akyüz, M.A., Erdem, S.S., Edmondson, D.E. J. eural Transm. 2007, 114, c) Erdem, S.S., Büyükmenekşe, B., J. eural Transm. 2011, 118: ) rru, R., Aldeco, A., Edmondson, D.E., J. eural Transm. 2013, 120, ) a) Vianello, R., Repic, M., Mavri, J. Eur. J. rg. Chem., 2012, 36, b) Abad, E., Zenn R.K., and Kastner, J., J. Phys. Chem. B, 2013, 117, c) Atalay, V. E., Erdem S.S., Computational Biology and Chemistry 2013, 47, ) Akyüz, M.A., Erdem, S.S., J. eural Transm. 2013, 120,

5 Yoğunluk Fit Edilmiş ve Cholesky Ayrıştırması Uygulanmış ptimize rbitalli İkinci Dereceden Möller-Plesset Perturbasyon Teorisi Uğur BZKAYA a a Atatürk Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölüm, 25240, ERZURUM, TURKİYE ugrbzky@mail.com 4-indisli iki elektron integrallerinin yaklaşık faktorizasyonu, modern hesaplamalı kimyada hem hesaplamaları hızlandırmak hem de 4-indisli elektronlar arası itme integrallerinin (ERI) saklanması ya da oluşturulmasından kaçınmak için uygulanan bir yöntem olarak, hızlı bir şekilde popüler olmaya başlamıştır. Bu amaçla uygulanan modern yaklaşımlardan birisi yoğunkuk fit edilmesi (Density Fitting, DF) tekniğidir. DF yöntemi literatürde bire çözümleme (Resolution of the Identity, RI) yöntemi olarak da adlandırılmaktadır. DF yaklaşımı 4-indisli iki elektron integrallerinin 3-indisli tensörler cinsinden ifade edilmesine olanak sağlar. Böylece ERI tensörü için gerekli disk ya da bellek gereksinimi çok büyük ölçüde azaltılmış olunur. Bir başka integral yaklaştırma yöntemi Cholesky ayrıştırmasıdır (CD). Cholesky faktörizasyonu uygulanmış yöntemlerin doğruluğunun CD toleransıyla kontrol edilebilmesi CD tekniğinin güçlü yönlerinden birisidir. Bu çalışmada, DF ve CD teknikleri uygulanmış optimize orbitalli ikinci dereceden Möller-Plesset pertürbasyon teorisi (MP2) 1,2 ve geliştirilen yöntemlerin (DF-MP2 ve CD- MP2) 2 etkin programlanması sunulmuştur. Şekil 1. DF-MP2 yönteminin performansının MP2 1 ve -RI-MP2 3 yöntemleriyle karşılaştırılması. 1) Bozkaya, U.; Turney, J. M.; Yamaguchi, Y.; Schaefer, H. F.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2011, 135, ) Bozkaya, U. J. Chem. Theory. Comput. 2014, (submitted). 3) eese, F.; Schwabe, T.; Kossmann, S.; Schirmer, B.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5,

6 Adenilate Kinaz Proteininin Kapalı Konformasyondan Açık Konformasyona Geçişinin Moleküler Dinamik Yöntemi ile İncelenmesi Ahmet YILDIRIM a, Hülya UA b, Mustafa TEKPIAR b a Siirt Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, SİİRT, TÜRKİYE b Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, VA, TÜRKİYE ahmedoyildirim@gmail.com Adenilate kinaz, adenine nükleotitleri arasında dönüşümü sağlayan ve bu nedenle hücre enerji üretiminde önemli rol oynayan bir enzimdir. Bu enzim, fonksiyonunu icra ederken açık ve kapalı formları arasında konformasyonel dönüşümler gerçekleştirir. Bu çalışmada, adenilat kinazın kapalı konformasyondan açık konformasyona geçişini moleküler dinamik yönteminin dört farklı kuvvet alanını (CHARMM27 1, AMBER99 2, PLS-AA 3 ve GRMS-53A6 4 ) kullanarak inceledik. Kapalı formdan açık konformasyona tam geçişi, CHARMM27 kuvvet alanı ile yapılan 200 nanosaniyelik bir simülasyondan elde ettik. Bu geçişin yapısal detaylarını ele aldık ve bu konformasyonel dönüşüm için kuvvet alanlarının genel bir karşılaştırmasını gerçekleştirdik. Bu çalışmamızın sonuçlarının, konformasyonel dönüşümlerin farklı kuvvet alanları kullanılarak araştırılması konusuna ışık tutacağına inanıyoruz. 1) A. D. MacKerell, Jr.,. Banavali, and. Foloppe, "Development and current status of the CHARMM force field for nucleic acids," Biopolymers 56 (4), (2000). 2) J. M. Wang, P. Cieplak, and P. A. Kollman, "How well does a restrained electrostatic potential (RESP) model perform in calculating conformational energies of organic and biological molecules?," Journal of Computational Chemistry 21 (12), (2000). 3) G. A. Kaminski, R. A. Friesner, J. Tirado-Rives, and W. L. Jorgensen, "Evaluation and reparametrization of the PLS-AA force field for proteins via comparison with accurate quantum chemical calculations on peptides," Journal of Physical Chemistry B 105 (28), (2001). 4) C. ostenbrink, A. Villa, A. E. Mark, and W. F. Van Gunsteren, "A biomolecular force field based on the free enthalpy of hydration and solvation: The GRMS force-field parameter sets 53A5 and 53A6," Journal of Computational Chemistry 25 (13), (2004). 6

7 Substitue-1,3,5-Heksatrienlerin Elektrosiklik Halka Kapanması ile Yöre-seçici Anilin Sentez Mekanizmasının Teorik Yöntemler ile İncelenmesi Vildan ADAR Hacettepe Üniversitesi, Kimya Bölümü, 06532, Beytepe, Ankara Vinamidiniyum tuzları(1a) ile metilasetoasetatın reaksiyonu sonucu anilin(2a) ve fenol(3) olmak üzere iki aromatik bileşiği elde edildi. Kinetik çalışmalar sonucunda bu reaksiyon için, elektrosiklik halka kapanması ve (1,5)- H göçmesini içeren bir mekanizma önerildi. i Bu çalışma yayınlandıktan sonra, önerilen mekanizmanın doğruluğu teorik hesaplamalar ile incelendi. Önerilen mekanizma B3LYP yöntemi ile incelendiğinde hem mekanizmanın ve hem de oluşan anilinin(2a) yapısının hatalı olduğu bulundu ve bir düzeltme yayınlandı. ii Hesaplamaların ışığında, deneysel çalışmaların tekrar gözden geçirilmesi sonucunda anilin(2a) yapısındaki,-dimetil grubunun doğru konumu belirlendi. rijinal mekanizma önerisi yerine yeni bir mekanizma önerildi. Önerilen elektrosiklik halka kapanmasını içeren yeni mekanizma teorik ve deneysel yöntemler ile ispatlandı. iii Substitue-1,3,5-heksatrienin elektrosiklik halka kapanmasına substituentlerin etkisi açıklandı. C2 atomuna bağlı elektron çekici grupların( 2, S 2 Ph, ve C= + Me 2 ) aktivasyon enerjisini kcal/mol kadar düşürdüğü bulundu. iv Kaynaklar 1 Davies I.W., Marcaoux J-F., Taylor J.D.., Dormer P.G. Deeth R.J., Marcotte F-A., Hughes D.L., Reider PJ., An Unexpected [1,5]-H Shift in the Synthesis of itroanilines rganic Letters 2002, 4(3) Addition and Correction: Davies J.W., Marcoux J-F., Taylor J.D.., Dormer P.G., Deeth R.J., Marcotte F-A., Hughes D.L., Reider PJ. rganic Letters 2002, 4(17), Davies I.W., Marcoux J-F, Kuethe J.T., Lankshear M.D.,Taylor J.D.., Tsou., Dormer P.G., and Hughes D.L., Houk K.. and Vildan Guner Demonstrating the Synergy of Synthetic, Mechanistic, and Computational Studies in a Regioselective Aniline Synthesis The Journal of rganic Chemistry (4), Guner V.A., Houk K.., and Davies J.W. Computational Studies on the Electrocyclizations of 1-Amino-1,3,5-hexatrienes J. rg. Chem., 2004, 69 (23),

8 Azotça Zengin ve Çevre Dostu (Yeşil) Bir Enerjetik Malzeme lan 5,5 -Bistetrazol'ün Dekompozisyon Mekanizmalarının DFT Yöntemiyle İncelenmesi Çağlar ÇELİK BAYAR a, Selçuk GÜMÜŞ a a Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, Van, TÜRKİYE caglarbayar@yyu.edu.tr, sgumus@yyu.edu.tr Son yıllarda enerjetik malzemeler konusundaki eğilim azotça zengin materyallere kaymıştır. Bol azotlu (yeşil) piroteknik malzemeler bunlara iyi birer örnektir. Bu malzemeler genellikle hava yastıklarında veya havai fişeklerin içeriğinde dekompoze olan bileşen olarak ya da roket itekleyicilerinde (rocket-propellants) katkı maddesi olarak kullanılırlar. Yandıklarında renklendirici olarak kullanılanlar da mevcuttur. 1 Yeşil piroteknik malzemelerin tercih edilme sebepleri birkaç başlık altında sıralanabilir: a) Dekompoze olduklarında genellikle temiz gaz üretirler (azot gazı), b) Dekompozisyon sırasında yüksek spesifik itme gücüne (specific impulse) sahiptirler, c) Alev alma sıcaklıkları yüksektir. 1 5,5 -Bistetrazol bu piroteknik malzemelerden biridir. Bu çalışmada, bu malzemenin dışarıdan bir etki karşısında azot gazı açığa çıkararak dekompoze olma mekanizmaları aydınlatılmaya çalışılmıştır. 2,3 Kinetik anlamda hangi mekanizmanın daha olası olduğu irdelenmiştir. Hesaplamalarda DFT B3LYP/ G(d,p) metodu kullanılmıştır. 4,5 1) Steinhauser, G.; Klapötke, T. M. Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, ) Wang, J.; Gu. J; Tian, A. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, ) Kiselev, V. G.; Cheblakov, P. B.; Gritsan,. P. J. Phys. Chem. A 2011, 115, ) Leach, A. R., Molecular Modelling: Principles and Applications, 2 nd Ed., Prentice Hall, Harlow, England, ) Jensen, F., Introduction to Computational Chemistry, 2 nd Ed., Wiley, Chichester, West Sussex, England,

9 HIV-1 İntegrazın Katalitik Öz Bölgesinin Farklı Konformasyonlarına, Bazı Diketo Asit Türevlerinin Yerleştirilmesi ve Moleküler Dinamik Hesaplamaları Selami ERCA a a Batman Üniversitesi, Sağlık Yüksekokulu, 72100, BATMA, TURKİYE selami.ercan@batman.edu.tr HIV-1 (Human Immunodeficiency Virus Type-1, İnsan İmmün Yetmezlik Virüsü Tip-1) dünyadaki salgın hastalıklardan biri olan AIDS in etken virüsüdür. HIV-1 pol geni, virüsün yaşam döngüsü için elzem olan Ters Transkriptaz (RT), İntegraz (I) ve Protez (PR) enzimlerini kodlamaktadır. RT ve PR enzimlerini hedef alan ve Amerika Birleşik Devletleri Gıda ve İlaç Bakanlığı (FDA) tarafından onaylanan çok sayıda ilaç bulunmaktadır. Ancak, HIV-1 I ile ilgili çalışmalar yapısının geç aydınlatılmasından dolayı diğer iki enzime göre azdır. Spesifik DA bağlanma bölgesi -terminal bölgesi (TD), katalitik işlemlerin gerçekleştiği bölge katalitik öz bölgesi (CD) ve spesifik olmayan biçimde DA bağlayan C-terminal bölgesi (CTD) integrazın yapı ve fonksiyonlarına göre ayrıldıkları bölgelerdir. Diğer taraftan, -terminal, katalitik öz ve C-terminal bölgelerinin tek başına ve -terminal-katalitik öz ile katalitik öz-c-terminal ikili bölgeleri MR ve x-ray yöntemleriyle belirlenmiştir. Ancak bütün yapılar da çözümlenememiş kalıntılar mevcuttur. HIV-1 I enzimini hedef alan inhibitörlerden biri (Raltegravir) 2007 yılına FDA tarafından onaylanarak ilk I ilacı olmuştur. 1 Yapısal olarak farklı çok sayıda bileşiğin HIV-1 I inhibitörü olarak rapor edilirken, bunlardan sadece β-diketo asitler ümit vaad edici, biyolojik olarak onaylanmış inhibitörlerdir. Bu çalışmada HIV-1 I enziminin çeşitli kristal yapıları kullanılarak katalitik öz bölgesinin bütün kalıntılarını içeren model oluşturuldu. Daha sonra moleküler dinamik (MD) hesaplamaları ile proteinin çözücü ortamındaki davranışları incelenerek proteinin düşük enerjili bazı konformasyonları seçildi. Katalitik bölgenin seçilen konformasyonlarına tasarlanan ligandlar ve çalışmanın uygunluğunu görebilmek açısından daha önceden çalışılmış bazı ligandlar yerleştirildi. luşturulan komplekslerin MD hesaplamaları yapıldıktan sonra ligandların bağlanma enerjileri hesaplanacaktır. Bu adımlar henüz devam etmektedir. Şekil 1. Raltegravirin, HIV-1 I ın katalitik öz bölgesindeki etkileşimleri 9

10 Koromorforların Uyarılmış Hallerinden Modern Elektronik Yapı Teorisi ile Üretilen Kimyasal Kavramlar Yavuz Dede a a Gazi Üniversitesi, Fen Fakültesi Kimya Bölümü, 06500, AKARA, TÜRKİYE dede@gazi.edu.tr Hesaplamalı kimya teknikleri geliştikçe kuramsal çalışmalar ölçüm ve deneylerin ayrılmaz bir parçası olmaya başlamıştır. Bu noktada zamanımız, bilimin doğasına ve bilimsel metoda en uygun hesaplamalı kimya çalışmalarını yapmak için büyük fırsatlar sunmaktadır. Deney ve kuramın (olması gerektiği gibi) el ele ilerlemesi için kuantum kimyasal çalışmaları sayı öğütmekten (number chrunching) öteye götürmek, modern elektronik yapı teorisinin uygulamalarından en verimli şekilde faydalanabileceğimiz bakış açısıdır. Bu görüş doğrultusunda kimyasal konseptleri üretmeye ve genelleştirmeye yönelik olarak gerçekleştirdiğimiz teorik kimyasal analizlerden (concept driven theoretical chemistry) bahsedilecektir. Yakın zamanda, organik kromoforların uyarılmış halleri ile ilgili olarak; (i) eldeki problemlerin nasıl formüle edildiği; (ii) çözümde modern elektronik yapı teorisinin nasıl uygulandığı; (iii) sonuçların güvenilirliğinin yeni sistemlerle nasıl test edildiği; (iv) incelenen sistemlerde kimyasal konseptlerin nasıl şekillendirildiği; (v) sonuçların basit ve anlaşılır mesajlara nasıl indirgenmeye çalışıldığı açıklanacaktır. Şekil 1 de gösterilen yapıların uyarılmış halleri hakkındaki en son bulgularımız, 1-3 flüoresans özellikler, sitemler arası geçiş (ISC) verimleri ve bunlara yol açan temel nedenler çerçevesinde tartışılacaktır. Şekil 1. BDIPY (1), 4 dipirin (2), 5 8,8 ortogonal tetrametil-bdipy dimeri (3), 6,7 porfin (4) ve aminofenilkuinolizinyum (5). 1 (1) Yalcin, S.; Thomas, L.; Tian, M.; Seferoglu,.; Ihmels, H.; Dede, Y. J. rg. Chem. 2014, baskıda, DI: /jo402756y (2) Kolemen, S.; Cakmak, Y.; zdemir, T.; Erten-Ela, S.; Buyuktemiz, M.; Dede, Y.; Akkaya, E. U. Tetrahedron, 2014, baskıda, (3) zdemir, T.; Kostereli, Z.; Guliyev, R.; Yalcin, S.; Dede, Y.; Akkaya, E. U. RSC Advances, 2014, 4, (4) Duman, S. M.S., Gazi University, (5) Buyuktemiz, M.; Duman, S.; Dede, Y. J. Phys. Chem. A 2013, 117, (6) Duman, S.; Cakmak, Y.; Kolemen, S.; Akkaya, E. U.; Dede, Y. J. rg. Chem. 2012, 77, Featured Article. (7) Cakmak, Y.; Kolemen, S.; Duman, S.; Dede, Y.; Dolen, Y.; Kilic, B.; Kostereli, Z.; Yildirim, L. T.; Dogan, A. L.; Guc, D.; Akkaya, E. U. Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50,

11 Pirolotriazepin Türevlerinin Sentezi ve Reaksiyon Mekanizmasının DFT Yöntemi ile Modellenmesi Özlem Sarı a,b, urettin Mengeş a,c, Yusif Abdullayev a,d, Safiye Erdem e, Metin Balcı a a rta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Ankara b Ahi Evran Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Kırşehir c Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya, Van d Kafkas Üniversitesi, Kimya Mühendisliği, Azerbeycan e Marmara Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, İstanbul sari.ozlem@metu.edu.tr Triazepinler, 3 adet azot atomu içeren 7-halkalı heterosiklik sistemlerdir. 1 Literatürde, benzotriazepin türevlerinin sentezine sıkça rastlanılmakta iken, pirolotriazepin türevlerinin sentezi oldukça azdır. Bu çalışmada metal katalizör kullanılmadan -alkinil-pirol türevleri, hidrazin monohidrat ile geri soğutucu altında ısıtılarak triazepin türevlerine dönüştürüldü (Şema 1). 2 Şema 1 Pirol halkasının C-2 karbonunda ester grubu bulunduran -alkinil türevi 4 ün de hidrazin monohidrat ile reaksiyonu incelendiğinde beklenen ürün 5 oluşurken, pirolopirazinon türevi 6 ise ana ürün olarak gözlendi (Şema 2). Şema 2 Pirolotrizapin 3, pirolotriazepinon 5 ve pirolopirazinon 6 türevlerinin oluşum mekanizmalarını aydınlatmak amacıyla Gaussian 09 programı kullanıldı. Reaktant, ara ürün, geçiş konumu ve ürünlerin, gaz fazında DFT(B3LYP)/6-31+G(d,p) yöntemi ile optimizasyonu gerçekleştirildi. Gaz fazında optimize olmuş yapılar için solvent metanolde PCM (polarizable continuum model) yöntemi kullanılarak tek nokta enerji (SPE) hesaplamaları yapıldı. Potansiyel enerji yüzeyleri oluşturulup, aktivasyon bariyerleri hesaplandı. 1. Gupta, M., Paul, S., Gupta, R. Eur. J. Med. Chem. 2011, 46, Menges,., Sari,., Abdullayev, Y., Erdem, S.S., Balci, M. J. rg. Chem. 2013, 78,

12 Monosilasiklopropilidenoid Yapılarının Halka Açılma Mekanizmaları Üzerine Sübstitüent Etkisi: Teorik Çalışma Cem Burak YILDIZ a,b, Akın Azizoğlu a a Balıkesir Üniversitesi, Fen-Edabiyat Fakültesi, Kimya Bölümü,10145, BALIKESİR, TÜRKİYE b Aksaray Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 68100, AKSARAY,TÜRKİYE. cemburakyildiz@bau.edu.tr Grup 14 elementlerinden (Si, Ge, Sn ve Pb) meydana gelen heteorallenler, göstermiş oldukları olağandışı yapısal ve elektronik özelliklerinden dolayı kimyagerlerin oldukça ilgisini çekmektedir. 1 Örneğin, 1-silaallen yapıları hacimli sübstitüentler yardımıyla kimyasal olarak sentezlenmiş ve X-Ray spektroskopisiyle yapısı tam olarak aydınlatılmıştır. Sonuç olarak, Si=C=C bağ açısı o civarında tespit edilmiştir. 2 Buna karşın, ilk trisilaallen yapısı o bağ açısına sahiptir. 3 Lityum bromosiklopropilidenoid bileşiklerinin allen bileşiklerine konserted (concerted) ve basamak basamak (stepwise) olmak üzere iki farklı yönde halka açılma mekanizması verebileceği teorik yöntemler yardımıyla ortaya konulmuştur. 5 İlgili mekanizmalarla çalışmalar, siklopropilidenoidlerin mono-, di-, ve tri-silikon analoglarında da devam etmiştir. Sonuç olarak 1-bromo-1-lithiosilirane yapısının stepwise, 2-bromo-2-lithiosilirane yapısının ise, concerted halka açılma verdiği gözlemlenmiştir (Şekil 1). 6,7 Şekil 1. 2-Silaallen ve 1-Silaallene Halka Açılma Mekanizmaları Bu çalışmada, LiBr-siklopropilidenoid ve siklopropiliden yapılarının mono-silikon analoglarının halka açılma mekanizmaları ve bu yapılar üzerine sübstituent etkileri irdelenmiştir. Sonuç olarak, 2- silaallen bileşiklerine halka açılmalar genel itibarıyla önerilen her iki mekanizmayı verirken, 1-silaallen yapısı için geçerli mekanizma concerted olarak tespit edilmiştir. Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu na (TUBITAK-KBAG-212T049) maddi desteklerinden ötürü çok teşekkür ederiz. Kaynaklar 1) Escudie, J.; Ranaivonjatovo, H. rganometallics 2007, 26, ) Trommer, M.; Miracle, G. E.; Eichler, B. E.; Powell, D. R.; West, R. rganometallics 1997, 16, ) Ishida, S.; Iwamoto, T.; Kabuto, C.; Kira, M. ature 2003, 421, ) Azizoglu, A.; Balci, M.; Mieusset, J-L.; Brinker, U. H. J. rg. Chem. 2008, 73, ) Azizoglu, A.; Yildiz, C. B. rganometallics 2010, 29, ) Azizoglu, A.; Yildiz, C. B. J. rganomet.chem. 2012, 715,

13 First-Principles Study on Structural, Electronic, ptic and Elastic Properties of RbH M.. SEÇUK, S. E. GULEBAGA, M. AYCIBI, E. K. DGA, B. ERDIC, H. AKKUS Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 65080, VA, TURKİYE We present first-principles calculations of structural, optic and elastic properties for cubic RbH. The ground-state properties, i.e., the lattice constant and the bulk modulus, are calculated using plane wave pseudopotential method within density functional theory. The first-principles calculations described here are performed with the Wien2k code. The calculated lattice constant, bulk modulus, energy band gap and elastic constants are reported and compared with previous theoretical and experimental calculations. The calculated and experimental results are in a good agreement ). ovakovic, I. Radisavljevic, D. Colognesi, S. stojic and. Ivanovic, J. Phys.: Condens. Matter 19 (2007) ) G.D. Barrera, D. Colognesi, P.C. H. Mitchell, A.J. Ramirez-Cuesta, Chemical Physics 317 (2005) ) Perdew J. P., Burke K. and Ernzerhof M., Phys. Rev. Lett., 1996, 77, ) Monkhorst H. J. and Pack J. D., Phys. Rev. B, 1976, 13,

14 PSTER SUUMLAR 14

15 Çeşitli Bor itrür ano-kafes Yapılarının Endohedral Hidrojen Depolama Kapasitelerinin Yeni Geliştirilen PM7 Metodu ile Hesapsal larak İncelenmesi Armağan KIAL a, Sinan SAYHA a a Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, 35040, İZMİR, TÜRKİYE armagan.kinal@ege.edu.tr Hidrojen, yenilenebilir ve çevre dostu bir enerji kaynağı olması nedeniyle fosil yakıtlara bir alternatif olarak bilimsel ve endüstriyel çevrelerin yoğun olarak ilgisini çekmektedir 1-3. Hidrojenin enerji kaynağı olarak kullanılabilmesinin önündeki en önemli engel depolama problemidir. Klasik yüksek basınçlı tanklarda ya da krayojenik olarak hidrojen depolanması ekonomik olmadığından hidrojen bağlama kapasitesine sahip materyaller önem kazanmaktadır. İlk olarak karbon nano yapılar bu amaç için araştırılmış ancak istenen depolama seviyesine ulaşamadıkları görülmüştür 4,5. Daha sonraki çalışmalar ise hidrojeni daha kuvvetli bağlama kapasiteleri nedeniyle bor nitrür yapıları üzerinde yoğunlaşmıştır 6,7. Bu çalışmada, bor nitrür nano-kafes yapılarının, B m m (m = 12, 24, 36, 48 ve 96), endohedral (içsel) hidrojen depolama kapasiteleri, MPAC 2012 yazılımı 8 içerisinde bulunan yeni geliştirilmiş yarıdeneysel PM7 metodu 9 kullanılarak hesapsal olarak incelendi ve aşağıdaki sonuçlar elde edildi. En küçük iki nano yapı olan B ve B oldukça dar iç boşluklara sahip oldukları için hidrojen depolamaya uygun yapılar değildirler. %4.96 hidrojen depolama yoğunluğuna sahip olan B yapısının, her ne kadar adı geçen iki nano-kafese göre daha iyi bir depolama kapasitesine sahip olsa da, hala istenen kriterlere tam ulaşamamaktadır. Fakat B ve B nano yapılarının hidrojen depolama kapasiteleri sırasıyla kütlece %6.6 ve %10.6 olarak hesaplanmıştır. Bu yüksek depolama kapasitesi nedeniyle, B ve B nano yapılarının oldukça umut vadeden hidrojen depolama materyalleri oldukları düşünülebilir. 1) Hydrogen Energy: Challenges and Prospects (RSC Energy Series), D.A.J. Rand and R.M. Dell, Royal Society of Chemistry; Cambridge, UK, Chapter 5, p 146 (2008). 2) L. Schlapbach and A. Zuttel, ature, 414, 353 (2001). 3) A. Zuttel, A. Remhof, A. Borgschulte and. Friedrichs, Phil. Trans. R. Soc. A., 368, 3329 (2010). 4) G.E. Froudakis, Materialstoday, 14, 325 (2011). 5).G. Chopra, R.J. Luyken, K. Cherrey,V.H. Crespi, M.L. Cohen, S.G. Louie and A. Zettl, Science, 269, 966 (1995). 6) P. Wang, S. rimo, T. Matsushima, H. Fujii, and G. Majer, Appl. Phys. Lett., 80, 318(2002). 7) R. Ma,Y. Bando,H. Zhu,T. Sato,C. Xu and D. Wu, J. Am. Chem. Soc.,124, 7672 (2002). 8) J.J.P. Stewart, J Mol Model., 19, 1 (2013). 9) MPAC2012, James J. P. Stewart, Stewart Computational Chemistry, Colorado Springs, C, USA, (2012). 15

16 1,2,3-TRİAZLKSAZİ ve KAYAŞMIŞ 1,2,3-TRİAZL-δ-LAKT TÜREVLERİİ STERESEÇİCİ SETEZİ ve SETEZ MEKAİZMASII TERİK LARAK İCELEMESİ Ayşegül GÜMÜŞ a, Kudret MERT a,b, Cihangir TAYELİ b, Selçuk GÜMÜŞ a a Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, Van b rta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü, Ankara gumusa@gmail.com 1,2,3-triazolooksazin ve kaynaşmış 1,2,3-triazolo-δ-lakton türevlerinin sentezi kemoenzimatik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Trans-azidosiklohekzanol ovozyme 435 enzimi kullanılarak %99 ee verimle elde edildi. Enantiyomerik olarak zenginleştirilmiş alkole alkin grubu eklendikten sonra, [3+2] intramoleküler halkalanma tepkimesi üzerinden 1,2,3-triazolooksazin türevi başarıyla sentezlendi. Kaynaşmış 1,2,3- triazolo-δ-lakton türevi ise, enantiyomerik olarak zenginleştirilmiş azidoalkolün, dimetilasetilenkarboksilat ile 1,3-dipolar Huisgen katılması tepkimesini takiben gerçekleşen bir siklo katılma tepkimesinin ürünüdür. Kaynaklar 1) 1. (a) R. Huisgen, in 1,3-Dipolar Cycloaddition Chemistry. A. Padwa, Ed., Wiley, ew York, 1984, pp ; (b) R. Huisgen, R. Knorr, L. Moebius, G. Szeimies, Chem. Ber. 1965, 98, ) 2. For some recent general reviews on the synthesis of 1,2,3-triazoles and their applications, see: (a) J.. F. Melo, C. L. Donnici, R. Augusti, V. F. Ferreira, M. C. B. V. de Souza, M. L. G. Ferreira, A. C. Cunha, Quim. ova 2006, 29, 569; (b) V. P. Krivopalov,. P. Shkurko, Russian Chem. Rev. 2005, 74, 339; (c) L. Yet, Prog. Heterocycl. Chem. 2004, 16, 198; (d) A. R. Katritzky, Y. Zhang, S. K. Singh, Heterocycles 2003, 60, 1225 and references therein. 3) 3. (a) T. S. Seo, Z. Li, H. Ruparel, J. Lu, J. rg. Chem. 2003, 68, 609; (b) K. Sivakumar, F. Xie, B. M. Cash, S. Long, H.. Barnhill, rg. Lett. 2004, 6, 4603; (c) A. Dondoni, A. Marra, J. rg. Chem. 2006, 71, 7546; (d) S. Hota, S. Kashyap, J. rg. Chem. 2006, 71, 364 and references cited therein. 4) 4. (a) V. Sovera, A. Bellomo, D. Gonzalez, Tetrahedron Lett. 2011, 52, 430; (b) I. Kumar, C. V. Rode, Chem. Lett. 2007, 5, 592; (c) I. Kumar, S. Rana, C. V. Rode and J. W. Cho, J. anosci. anotech. 2008, 8, 3351; (d) S. Rana, I. Kumar, H. J. Yoo, J. W. Cho, J. anosci. anotech. 2009, 9, 3261; (e) I. Kumar, S. Rana, J. W. Cho, C. V. Rode, J. Tetrahedron: Asymmetry 2010, 21, ) 5. A. Pecunioso, M. Maffeis, C. Marchioro, L. Rossi, B. Tamburini, Tetrahedron: Asymmetry, 1997, 8, ) 6. L. E. verman, L.T.Mendelson, E. J. Jacobsen, J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, ) 7. C. H. Senanayake, Aldrichimica Acta 1998, 31, 3. 16

17 3-BEZİL-4-[3-ETKSİ-4-(2-METİLBEZKSİ)-BEZİLİDEAMİ]-4,5- DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- MLEKÜLÜÜ TERİK SPEKTRAL DEĞERLERİ İLE DEEYSEL DEĞERLERİİ KARŞILAŞTIRILMASI Bahar Bankoğlu, Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Çalışmada, 3-benzil-4-[3-etoksi-4-(2-metilbenzoksi)-benzilidenamino]-4,5-dihidro-1H- 1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri deneysel ve teorik olarak, bağ uzunlukları, bağ açıları, formal yükleri ve dipol momentleri ise teorik olarak bilgisayar CH 3 C CH 2 C 2 H 5 CH H ortamında iki farklı set kullanılarak incelenmiştir. Çalışma için gerekli bileşik 3-benzil-4-amino-4,5- dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 3-etoksi-4-(2- metilbenzoksi)-benzaldehid ile muamelesinden elde edilmiştir. Çalışmada öncelikle, incelenen molekül B3LYP/631G(d) ve HF/631G(d) metoduna göre optimize edilmiştir [1]. ptimize işleminden sonra 1 H- MR ve 13 C-MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. Deneysel ve teorik olarak bulunan değerler δ exp=a+b. δ calc. eşitliğine göre grafiğe geçirilmiştir. Sigmaplot programı kullanılarak a ve b sabitleri regresyon katsayısı ile standart hata değerleri bulunmuştur. İncelenen molekülün aynı yöntemlerle IR absorpsiyon frekansları hesaplanmış, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve her iki metoda göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumları oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] K. Wolinski, J.F. Hilton, P. Pulay, J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] M.H. Jamróz, Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 17

18 3-ETİL-4-[2-(2-METİLBEZKSİ)]-BEZİLİDEAMİ-4,5-DİHİDR-1H- 1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ GIA HESAPLAMALARI Buket Göksu, Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Bu çalışmada, 3-etil-4-[2-(2-metilbenzoksi)]-benzilidenamino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol- 5-on bileşiği B3LYP/631G ve HF/631G temel setleri kullanılarak optimize edilmiştir [1]. Bu işlemden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR kayma değerleri GIA [2] metoduna göre Gaussian G09W paket programı kullanılarak hesaplanmıştır. Deneysel ve teorik olarak bulunan kayma değerleri arasında regresyon analizi yapılarak yöntemlerin doğruluk derecesi bulunmuştur. Çalışmada incelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları aynı temel setler kullanılarak gaz fazında hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır. Elde edilen teorik değerler deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve HF metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açıları, bağ uzunlukları, formal yükleri, dipol momenteleri ve HM-LUM enerjileri de hesaplanmıştır. Çalışma için gerekli 3-etil-4-[2-(2-metilbenzoksi)]-benzilidenamino-4,5-dihidro-1H-1,2,4- triazol-5-on bileşiği 3-etil-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on ile 2-(2-metilbenzoksi)- benzaldehidin reaksiyonundan sentezlenmiştir. C CH 3 CH 3 CH 2 CH H [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 18

19 Aurotiyoglikozun Molekül Geometrisinin Hesapsal Yöntemlerle Belirlenmesi Devran UYSAL a, Şükrü ERİŞ a, Sedat KARABULUT a a Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Ana Bilim Dalı, 10145, BALIKESİR, TÜRKİYE devranuysal@gmail.com Altın kompleksleri uzun zamandır romatoid artrit, kanser ve obezite gibi bir çok hastalığın tedavisinde kullanılmaktadır (Chrysotherapy). Auro tiyoglikoz (Şekil-1) özellikle romatoid artrit tedavisinde kullanılan ilaç etken maddelerden birisi olup moleküler yapısının deneysel olarak bu güne kadar aydınlatılması mümkün olmamıştır. 1-2 Bu yüzden auro tiyoglikozun moleküler yapısının hesapsal olarak belirlenmesi farmakolojik açıdan büyük öneme sahiptir. Şekil-1. Aurotiyoglikoz Bu çalışmada auro tiyoglikozun üç boyutlu geometrisi hesapsal olarak belirlenmiştir. Altı olası izomer tespit edilerek MP2/ g(2d,2p) seviyesinde optimize edilmiştir. ptimize edilen geometrilerin enerjileri MP2/aug-cc-pVDZ, MP2/aug-cc-pVTZ ve MP2/aug-cc-pVQZ seviyelerinde hesaplanmış ve sonsuz büyüklükte temel kümeye (basis set) ekstrapole edilmiştir. Ekstrapolasyon sonucunda elde edilen enerji değerleri coupled cluster hesaplamalrı ile daha da geliştirilmiştir. 1) Traber, K. E.; kamoto, H.; Kurono, C.; Baba, M.; Saliou, C.; Soji, T.; Packer, L.; kamoto, T. International Immunology 1999, 11, ) Patai, S.; Rappoport, Z., The Chemistry f rganic Derivatives f Gold And Silver, John Wiley & Sons. Ltd, Chichester, ew York, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto, An Interscience Publication,

20 Schiff Baz Ligantlı ksovanadyum (IV) Komplekslerinin Antidiabetik Aktivitesi Üzerine Elektronik Yapı Etkisinin Teorik larak Araştırılması Duran KARAKAŞ a, Sultan ERKA KARİPER a, Koray SAYI a dkarakas@cumhuriyet.edu.tr a Cumhuriyet Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, SİVAS, TÜRKİYE Özet Kantitatif yapı-aktivite ilişkisi (QSAR) bir homolog serinin biyolojik aktivitesinin yapısal tanımlayıcılara bağlı olarak gösterimidir 1. ksovanadyum (IV) Schiff baz komplekslerinin antidiyabetik etkiye sahip olduğu bilinmekte ve uzun zamandır daha yüksek etkiye sahip komplekslerin sentezi üzerinde çalışılmaktadır 2. Bu çalışmada optimize yapıları aşağıda verilen oksovanadyum (IV) komplekslerinin 3 yapı aktivite ilişkisi araştırılmıştır. Komplekslerin elektronik yapıları B3LYP/LAL2DZ seviyesinde optimize edildi. Hesaplanmış yapısal parametrelerden kompleks (1) ve (2) nin bozuk kare piramidal, kompleks (3), (4) ve (5) in bozuk trigonal bipiramidal geometride olduğu bulundu. Yapı aktivite ilişkisini araştırmak için komplekslerin HM, LUM enerjileri, enerji boşluğu ( E), kimyasal sertlikleri ( ), kimyasal potansiyelleri ( ) ve elektrofilisite indeksleri ( ) hesaplandı. Komplekslerin antidiabetik aktivite sıralamasında elektronik yapılarının önemli bir faktör olduğu bulundu. 1. Parthasarathi R., Subramanian V., Roy D. R., Chattaraj P. K., Bioorg. Med. Chem, 2004, 12, Misra S., Pandeya K. B., Tiwari A. T., Int. J. ut. and Metab., 2012, 4, Cornman R. C., Katherine M., Bush G., Rowley P. S., Boyle P. D., Inorg. Chem., 1997, 36,

21 Platin(II) ksim Kompleksinin 13 C- ve 1 H-MR Spektrumlarının Hesaplamalı Kimya Yöntemleriyle İncelenmesi Duran KARAKAŞ a, Koray SAYI a, Sultan ERKA KARİPER a a Cumhuriyet Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, 58140, SİVAS, TURKİYE drnkarakas@gmail.com, Cis-platin komplekslerinin antikanser özelliklere sahip olduğu bilinmektedir. Cis-platin temelli ilaçların yan etkilerinin olmasından dolayı aynı özelliklere sahip yeni platin kompleksleri sentezlenmiştir. 1 Yeni sentezlenen kompleks türlerinden biri olan oksim platin komplekslerinin de aynı özelliklere sahip olduğu birçok araştırmacı tarafından kanıtlanmıştır. 2 Bu çalışmada 2012 yılında Galanski ve arkadaşları tarafından sentezlenen [PtCl 2 {(Z)- (Me)(H)C=H} 2 ] kompleksi üzerine HF/CEP-31G seviyesinde kuantum kimyasal çalışmalar yapıldı. Sözü edilen kompleksin bu seviyede yapısal parametreleri belirlendi. MR spektrumlarının hesaplanması için GIA metodu kullanılarak aynı seviyede hesaplama yapıldı. Sözü edilen kompleksin MR spektrumlarının yorumlanması için tetrametilsilan (TMS) referans olarak seçildi. Bu referans maddeye göre komplekste bulunan karbon ve hidrojen atomlarının kimyasal kaymaları hesaplandı. Şekil 1. [PtCl 2 {(Z)-(Me)(H)C=H} 2 ] kompleksinin HF/CEP-31G seviyesinde hesaplanmış optimize yapısı 1) Harper B.W., Krause-Heuer A.M., Grant M.P., Manohar M., Garbutcheon-Singh K.B., Aldrich- Wright J.R., Advances in Platinum Chemotherapeutics, Chemistry A European Journal, 2010, 16, ) Yu Y., Domianello S., Legin A.A., Jakupec M.A., Roller A., Kukushkin Y.Y., Galanski M., Keppler, B.K., Inorganic Chemistry, 2012, 51,

22 Physical Properties of Ferroelectric Bi 2 b 5 F Structure D. DURA a, B. ERDIC b, M. AYCIBI b, M.. SECUK b, S. E. GULEBAGA b, E. K. DGA b, H. AKKUS b a Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 65080, VA, TURKİYE b Yüzüncü Yıl Universitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, 65080, VA, TURKİYE drn_dyg@outlook.com, bahattinerdinc@yyu.edu.tr, murataycibin@yyu.edu.tr, nurullahsechuk@gmail.com, sinemerden@gmail.com, ekilit@yahoo.com, physicisthakkus@gmail.com The geometric structural optimization, electronic band structure, total density of states for valance electrons, density of states for phonons, optical, dynamical, and thermodynamical features of ferroelectric Bi 2 b 5 F structure have been investigated by linearized augmented plane wave method using the density functional theory under the generalized gradient approximation and local density approximation in this study. Ground state properties of ferroelectric Bi 2 b 5 F structure are studied. Calculated ground state properties and experimental results are consistent 1,2. The frequency dependent phonon spectra and temperature dependent thermodynamic properties of ferroelectric Bi 2 b 5 F structure are calculated using the harmonic approximation model. 1) McCabe, E. E., Jones, I. P., Zhang, D., Hyatt,. C., and Greaves, C., Crystal structure and electrical characterisation of Bi 2 b 5 F: an Aurivillius oxide fluoride J. Mater. Chem., 17, ) Richard L.., Sandra E. D., Mark T. W., Julian C., Cherryman and Robin K. H., 2005, The structure and oxide/fluoride ordering of the ferroelectrics Bi 2 Ti 4 F 2 and Bi 2 b 5 F. J. Mater. Chem., 15,

23 on-kovalent Katyon-Π Etkileşimlerinin Yoğunluk Fit Edilmiş ptimize rbitalli İkinci Dereceden Möller- Plesset Pertürbasyon Teorisi İle Araştırılması Emine SYDAŞ ve Uğur BZKAYA * * Atatürk Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, 25240, ERZURUM ugur.bozkaya@atauni.edu.tr on-kovalent etkileşimlerin doğasının anlaşılması ve doğru şekilde karakterize edilmesi biyolojiden kimyaya ve malzeme bilimine uzanan pek çok alanda büyük bir öneme sahiptir. Modern kuantum kimyasındaki en ilgi çekici problemlerden birisi non-kovalent etkileşimlerin doğru hesaplanmasıdır. on-kovalent etkileşimlerdeki çalışmaların çoğu kapalı kabuk (closed-shell) sistemler odaklıdır. Açık kabuk (openshell) non-kovalent etkileşimler üzerine geniş kapsamlı çalışmalar nispeten dah az sayıdadır. Açık kabuk kimyasal sistemler, kuantum kimyasal metotlar için kapalı kabuk sistemlere göre zorluk derecesi daha yüksektir. Özellikle spin kontaminasyonu ve simetri kırılması kararsızlıkları, Hartree-Fock ötesi metodların başlıca problemleridir. Böyle durumlarda orbital relaksasyon etkileri önem kazanır. Son zamanlardaki çalışmalarda açık kabuk non-kovalent etkileşimlerin hesaplanmasında orbital relaksasyon etkilerinin çok önemli olduğu gösterilmiştir [1]. Bu çalışmada katyon-π, etkileşimlerinin Yoğunluk Fit Edilmiş ptimize rbitalli İkinci Dereceden Möller-Plesset Pertürbasyon Teorisi ( DF-MP2) [2] metodu ile aug-cc-pvtz ana baz seti ve aug-cc-pvtz-jkfit, aug-cc-pvtz-ri yardımcı baz setleri kullanılarak araştırılmaktadır. Şekil 1. Katyon- Π etkileşim 1) SYDAŞ, E., BZKAYA, U. J. Comput. Chem., 2014, 35, ) BZKAYA, U. J. Chem. Theory Comput., 2014 (submitted). 23

24 Bazı Siklopropeniliden Yapıları Üzerine Teorik Çalışmalar : ICS Hesaplamaları Erdinç PELİT, Cem Burak YILDIZ ve Akın AZİZĞLU Balıkesir Üniversitesi, Fen-Edabiyat Fakültesi, Kimya Bölümü,10145, BALIKESİR, TÜRKİYE pelit.erdinc@gmail.com Karbenler ve grup 14 ağır metal analogları (Si, Ge, Sn ve Pb) olağan dışı yapısal ve elektronik özelliklerinden dolayı kimyagerlerin oldukça ilgisini çekmektedir. 1-6 Siklopropenilidenlerin ağır metal analogları deneysel yöntemler sonucunda kararsız olarak tespit edilmişlerdir. Bu nedenle ilgili bileşikler üzerine yapılan çalışmalar genellikle teorik yöntemler ile gerçekleştirilmektedir. Şekil 1. C 2 HRM Yapısı ve Analogları M: C, Ge, Si R: BF 2, BH 2, Br, CF 3, CH 3, Cl, C, F, H, ph, SCH 3, Si(CH 3 ) 3, SiH 3 Bu çalışmada C 2 HRM yapısı ele alındı ve sübsitüent etkisi teorik yöntemlerle irdelendi (Şekil 1). Hesaplamalar G03W paket programı yardımıyla gerçekleştirildi. 7 Yapılan çalışmada aromatik karakter belirlemede oldukça önemli bir yöntem olan ICS (ucleus-independent Chemical Shift) metodu B3LYP/6-311+G(d,p) teori seviyesi ile kullanıldı. Bu metot ilgili bileşiğin geometrik orta noktasına bir hayalet atom yerleştirilmesi ve ardından yapılan MR hesaplama verilerine dayanmaktadır. Elde edilen sayısal değer negatif ise bileşik aromatik, aksi durumda bileşik anti-aromatik karaktere olduğu söylenmektedir. Sıfıra yakın değerler non-aromatik olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışma Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu tarafından desteklenmiştir. (Proje o: 212T049) 1) Hiang P, Trieber D, Gaspar P P., rganomet., 2003, 22: ) Su M. Chem Phys. Lett., 2003, 374: ) Becerra R, Egorov M P, Krylova I V, et al. Chem. Phys. Lett., 2002, 351: ) Kira M, Ishida S, Iwamota T, et al. J. rganomet. Chem., 2001, 363: ) lah J., Veszpemi T., J. rganomet. Chem., 2003, 686: ) Kassaee M. X., Arshadi S., Vessally E., et al J. rganomet. Chem., 2005, 690: ) M. J. Frisch, et al., Gaussian03W. Revision C.02, Gaussian Inc. :Wallingford, CT,

25 3-METİL-4-(2-BEZKSİ-3-ETKSİBEZİLİDEAMİ)-4,5-DİHİDR- 1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ TERİK GIA HESAPLAMALARI 1 Faruk Kardaş, 2 Haydar Yüksek, 2 Murat Beytur 1 Kafkas Üniversitesi Kars Meslek Yüksekokulu Kars 2 Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars fkardas036@msn.com Bu çalışmada, 3-metil-4-(2-benzoksi-3-etoksibenzilidenamino)-4,5-dihidro-1H- 1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin B3LYP/631G ve HF/631G temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri deneysel [1] ve teorik olarak incelenmiştir. Bu amaçla molekül önce B3LYP/631G ve HF/631G metotlarına göre optimize edilmiştir [2]. Bu işlemden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR kayma değerleri GIA [3] metoduna göre Gaussian G09W paket programı kullanılarak hesaplanmıştır. Deneysel ve teorik olarak bulunan kayma değerleri arasında regresyon analizi yapılarak yöntemlerin doğruluk derecesi bulunmuştur. Çalışmada kullanılan her iki yöntemle incelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları hesaplanmış, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [4]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre UV-vis değerleri ve formal yükleri de hesaplanmıştır. C 2 H 5 C H 3 C CH H Bu çalışma Kafkas Üniversitesi BAP tarafından desteklenmiştir (2011-FEF-31). [1] Kardaş, F., Bazı Yeni Heterohalkalı 1,2,4-Triazol Bileşiklerinin Sentezi ve Bazı Özelliklerinin İncelenmesi, Doktora Tezi, Kafkas Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, [2] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [3] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [4] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 25

26 3-BEZİL-4-3-(3-İTRBEZKSİ)-4-METKSİBEZİLİDEAMİ -4,5- DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ SPEKTRSKPİK ÖZELLİKLERİİ DEEYSEL VE TERİK LARAK İCELEMESİ Fevzi Aytemiz, Haydar Yüksek, Murat Beytur Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Çalışma için gerekli bileşik, 3-benzil-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 3-hidroksi-4-metoksibenzaldehidin trietilamin varlığında m-nitrobenzoil klorürle muamelesinden elde edilen 3-(3-nitrobenzoksi)-4-metoksibenzaldehid ile reaksiyonundan sentezlenmiştir [1]. 3- Benzil-4-3-(3-nitrobenzoksi)-4-metoksibenzilidenamino -4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri teorik olarak bilgisayar ortamında iki farklı set kullanılarak hesaplanmıştır. Çalışmada öncelikle incelenen bileşikler B3LYP/631G ve HF/631G metoduna göre optimize edilmiştir [2]. ptimize işleminden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [3]. Elde edilen verilerin deneysel verilerle uyumlu olduğu görülmüştür. İncelenen molekülün IR absorpsiyon frekansları her iki yöntemle hesaplanmış, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [4]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açıları ve dipol momentleri de teorik olarak bulunmuştur. CH 3 C 2 CH C 6 H 5 CH 2 H [1] Aytemiz, F., 3-Alkil(Aril)-4-[3-(3-nitrobenzoksi)-4-metoksibenzilidenamino]-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol- 5-on Bileşiklerinin Sentezi, Yapılarının Aydınlatılması ve Bazı Özelliklerinin İncelenmesi, Yüksek Lisans Tezi, Kafkas Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, [2] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [3] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [4] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 26

27 1-5 -di (tiazol-2-il) glutaramit Molekülünün Sentezi ve Simülasyonu Gühergül ULUÇAM a, Gül Penbe ÖĞRETME b, Şaban AKTAŞ c Şevket Erol KA c a Trakya Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, EDİRE, TÜRKİYE b Trakya Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Anabilim Dalı, EDİRE, TÜRKİYE c Trakya Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, EDİRE, TÜRKİYE gulergul@trakya.edu.tr Tiazol kökenli moleküller ilaç kimyasında inhibitör olarak kullanılırlar 1. Bu çalışmada, tiazol 2-amin ile glutaroil diklorit'in reaksiyonu sonucunda 1-5 -di (tiazol-2-il) glutaramit elde edildi 2. Molekülün yapısı spektral yöntemler ile aydınlatıldı. MR ve IR spektrumları Yoğunluk Fonksiyonları Teorisi ile geometrik optimizasyon sonrası hesaplandı. Deneysel ve teorik sonuçlar karşılaştırılarak molekül yapısı incelendi. Şekil di (tiazol-2-il) glutaramit eldesi 1) Razzaghi-Asl.; Firuzi.; Hemmateenejad B.; Javidnia K.; Edraki.; Miri R., Bioorganic&Medicinal Chemistry, 2013, 21, ) Shockravi A.; Sadeeghpour M.; Zakeri M.; Abouzari-Lotf E.; lyaei A, Phosphorus, Sulfur, and Silicon, 2010, 185,

28 3-FEİL-4-(4-İZPRPİLBEZİLİDEAMİ)-4,5-DİHİDR-1H-1,2,4- TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ DFT VE HF METDLARIA GÖRE TİTREŞİM FREKASLARII TERİK İLE DEEYSEL DEĞERLERİİ KARŞILAŞTIRILMASI VE BAZI TERİK VERİLERİ İCELEMESİ Gül Kotan, Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars 3-Fenil-4-(4-izopropilbenzilidenamino)-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on molekülünün B3LYP/631G(d) ve HF/631G(d) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri deneysel ve teorik olarak incelenmiştir. Bu amaçla molekülün B3LYP/631G(d) ve HF/631G(d) metotlarına göre optimize edilmiştir [1]. Bu işlemden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR kayma değerleri GIA [2] metoduna göre Gaussian G09W programı kullanılarak hesaplanmıştır. Çalışmada kullanılan her iki yöntemle incelenen molekülün IR absorpsiyon frekansları hesaplanmış, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. Bu çalışmada, 3-fenil-4-(4-izopropilbenzilidenamino)-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on molekülünün geometrik yapısı, titreşim frekansları, bağ uzunlukları, bağ açıları, dipol momentleri, formal yükleri ve HM-LUM enerjileri Hartree-Fock (HF) ve yoğunluk fonksiyonu teorisi (DFT) ile 631G(d,p) temel seti kullanılarak hesaplanmıştır. H [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 28

29 Alzheimer Tedavisine Yönelik Akılcı İlaç Tasarımı: Asetilkolinesteraz ve Monoamin ksidaz İnhibitörleri İle QSAR Analizi Harun Türk a, Melek Türker Saçan b, Safiye Sağ Erdem a a Marmara Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 34722, Göztepe, İstanbul b Boğaziçi Üniversitesi, Çevre Bilimleri Enstitüsü, 34342, Bebek, İstanbul haruntrk@gmail.com örodejeneratif hastalıklar, depresyon, Parkinson ve özellikle Alzheimer hastalığı, günümüzde çok yaygın olan ve kesin bir tedavisi olmayan hastalıklardır. Bu nedenle, bu tür hastalıkların tedavileri için yeni etkili ilaçlara ihtiyaç vardır. Alzheimer, protein ağları, enzimler ve reseptörlerle ilişkili, çok fonksiyonlu ve tedavisi zor bir hastalıktır. Alzhemier hastalığında asetilkolin azalması bellek bozukluğu ile ilişkili olduğundan asetilkolinesteraz (AChE) enzimi Alzheimer tedavisinde kullanılan ilaçların hedef enzimidir 1. Bazı monoamin oksidaz (MA) inhibitörleri de Alzheimer ile ilişkilendirilmektedir. Son birkaç yılda, hem AChE hem de MA enzimini inhibe eden çift hedefli (dual target) bileşikler Alzhemier tedavisi açısından yoğun ilgi görmektedir. Diğer yandan, literatürde çift hedefli/çok-hedefli amaca yönelik QSAR çalışmaları çok yenidir ve sayıca çok azdır. Bu çalışmanın 2 ana amacı vardır: 1) Her iki enzimi inhibe etme potansiyeli olan bileşikler ile QSAR modelleri geliştirmek 2) Bu modelleri kullanarak yeni bileşiklerin aktivitelerini tahmin etmek ve etkinliği arttırılmış çift-etkili potansiyel ilaç aktif maddeleri tasarlamak. Bu amaçla, Herzig ve arkadaşlarının 2 67 adet hidroksiaminoindan ve fenetilamin türevleri veri seti olarak kullanılmıştır. Her bileşik için sulu ortamdaki en kararlı konformasyonu Spartan 10 yazılımı ile PM6 yöntemi kullanılarak optimize edildi. Moleküler tanımlayıcılar DRAG 6.0 ile hesaplandı. Deneysel pic 50 değerleri eklenerek oluşturulan veri dosyası QSAR modelleri araştırmak üzere QSARIS 3 yazılımına yüklendi. Veri setindeki bileşikler çalışma ve test seti olarak ayrıldı. Tanımlayıcılar tüm alt grup ve genetik algoritma kullanılarak seçildi. Çoklu lineer regresyon analizi uygulanarak oluşturulan QSAR modellerine ve yapılan iç/dış validasyonlara ait sonuçlar sunumda tartışılacaktır. QSARIS yazılımının lisansını veren P. Gramatica ya teşekkür ederiz. 1) Prinz, M.; Parlar, S. B., Alptüzün, G., Erciyas, V., Fallarero, E., Karlsson, A. Vuorela, D., Holzgrabe, C., Europan Journal of Pharmaceutical Sciences, 2013, 49, ) Herzig, Y.; Sterling, J., Goren, T., Finkelstein,., Lerner, D., Goldenberg, W., Miskolczi, I., Molnar, S., Rantal, F., Tamas, T., Toth, G., Journal of Medicinal Chemistry, 2002, 45, ) Gramatica, P., Cassani, S., Chirico,. Journal of Computational Chemistry, 2014, DI: /jcc

30 3-METİL-4-(5-MERKAPT-1,3,4-TİYADİAZL-2-İL-AMİMETİLEAMİ)- 4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ GAUSSİA 09W PRGRAMII FARKLI SETLERİ İLE HESAPLAA TERİK DEĞERLERİ DEEYSEL DEĞERLERLE KARŞILAŞTIRILMASI Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Bu çalışmada, 3-metil-4-(5-merkapto-1,3,4-tiyadiazol-2-il-aminometilenamino) -4,5- dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin B3LYP/631G(d), B3LYP/631G(d,p), B3LYP/6311G(d), B3LYP/6311G(d,p) ve HF/631G(d), HF/631G(d,p), HF/6311G(d), HF/6311G(d,p) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR, UV-vis ile infrared spektral verileri teorik olarak bilgisayar ortamında incelenmiştir. Çalışmada öncelikle incelenen molekül her set için ayrı ayrı optimize edilmiştir [1]. ptimize işleminden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09 paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. Deneysel ve teorik olarak bulunan değerler δ exp=a+b. δ calc. eşitliğine göre grafiğe geçirilmiştir. Sigmaplot programı kullanılarak a ve b sabitleri regresyon katsayısı ile standart hata değerleri bulunmuştur. Kullanılan farklı setlerle bulunan isotropik kayma değerleri deneysel verilerle karşılaştırılarak hangi setin daha uyumlu olduğu tartışılmıştır. İncelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları gaz fazında hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır. Deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve teorik infrared spektrumları oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. Ayrıca, teorik olarak hesaplanan UV-vis değerleri deneysel verilerle mukayese edilmiştir. Çalışma için gerekli deneysel spektral veriler literatürden alınmıştır [4]. H H S SH [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). [4] Yüksek, H., Gürsoy-Kol, Ö., Preparation and in-vitro antioxidant activities of some novel 3-alkyl(aryl)- 4-(5-mercapto-1,3,4-thiadiazole-2-ylamino-methyleneamino)-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-5-ones, 10th International Symposium on Pharmaceutical Sciences (ISPS-10), Ankara, Book of Abstracts, P-45,

31 Monoamin ksidaz Enziminin örotransmitter Aminleri ksitleme Mekanizmasına Elektron-çekici Grupların Etkisinin İncelenmesi Hazal Engin a, Kübra Çakır a, Vildan Enisoğlu Atalay b, Safiye Sağ Erdem a a Marmara Üniversitesi,Fen Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü, İstanbul b Üsküdar Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, İstanbul hazl_engin@hotmail.com Monoamin ksidaz (MA) serotonin, dopamin, adrenalin ve noradrenalin gibi amin nörotransmitterlerin oksidasyonundan sorumlu önemli bir flavoenzimdir. MA-A ve MA-B nin inhibisyonu bu aminlerin yıkımını engelleyerek antidepresan ve anti-parkinson etkisi sağlar 1. MA katalizleme mekanizması için bugüne kadar birçok mekanizma önerilmiştir. En çok tartışılan polar nükleofilik mekanizma 2-3a ve hidrür transferi mekanizması 3c hakkında çelişkili yorumlar bulunmaktadır. Bu çelişkilere açıklık kazandırmak amacı ile, önceki çalışmalarımızın 3a-d devamı olan bu çalışmada substrat yapısındaki farklılıkların enzim mekanizmasını değiştirip değiştirmediği araştırılmıştır. Bu amaçla, MA substratları olan dopamin, serotonin, fenetilamin, adrenalin ve noradrenalin yapılarında elektron çekici sübstitüentler (X=F, CI, Br) ile modifikasyon yapılmıştır (Şekil1). Semiempirik PM6 yöntemiyle yapılan optimizasyonlara göre doğal substratlar hidrür mekanizmasını tercih etmelerine rağmen, modifiye substratların polar nükleofilik mekanizmayı tercih ettiği görülmüştür. Polar nükleofilik mekanizma ile önerilen ve doğal substratlar ile elde edilemeyen C4a-kovalent ara ürünü optimize edilebilmiştir. Bu sonuçlar MA kataliz mekanizmasının substratın elektronik yapısına hassasiyetini göstermiş olup literatürdeki çelişkili yorumların sebebini ortaya koymuştur. Yapılan bu ön çalışmalara daha kapsamlı DFT hesaplamaları ile devam edilecektir. Şekil 1. Verdiği maddi destekten dolayı TÜBİTAK a çok teşekkür ederiz.(proje o: KBAG-113Z616) 1) De Colibus, L.; Li, M.; Binda, C.; Lustig, A.; Edmondson, D. E.; Mattevi, A. PAS 2005, 102, ) Edmondson, D. E.; Mattevi, A.; Binda, C. Archives of Biochemistry and Biophysics 2007, 464, ) a) Erdem, S. S.; Karahan, Ö.; Yıldız, İ.; Yelekçi, K. rg. Biomol. Chem. 2006, 4, 646. b) Akyüz, M.A.; Erdem, S.S.; Edmondson, D.E. J. eur Transm. 2007, 114, 693. c) Akyüz, M.A.; Erdem, S.S., J eural Transm. 2013, 120, 937. d) Erdem, S.S.; Büyükmenekşe, B. J eural Transm. 2011, 118,

32 GAUSSIA 09W PRGRAMI İLE YEİ 3-p-METKSİBEZİL-4-3-(3- METKSİBEZKSİ)-BEZİLİDEAMİ -4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL- 5- BİLEŞİĞİİ SPEKTRAL VERİLERİİ İCELEMESİ Hilal Medetalibeyoğlu, Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Çalışmada, 3-p-metoksibenzil-4-3-(3-metoksibenzoksi)-benzilidenamino -4,5-dihidro-1H- 1,2,4-triazol-5-on molekülünün B3LYP/6311G ve HF/6311G temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR, UV-vis ile infrared spektral verileri teorik olarak bilgisayar ortamında hesaplanmıştır [1,2]. Elde edilen verilerin deneysel verilerle uyumlu olduğu görülmüştür. Deneysel ve teorik olarak bulunan değerler δ exp=a+b. δ calc. eşitliğine göre grafiğe geçirilmiştir. Sigmaplot programı kullanılarak a ve b sabitleri regresyon katsayısı ile standart hata değerleri bulunmuştur. İncelenen molekülün IR absorpsiyon frekansları her iki yöntemle hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır. Deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ uzunlukları, bağ açıları, formal yükleri, dipol momentleri ve HM-LUM enerjileri de teorik olarak bulunmuştur. Çalışma için gerekli bileşik, 3-benzil-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 3-hidroksi-benzaldehidin trietilamin varlığında 3-metoksibenzoil klorürle muamelesinden elde edilen 3-(3-metoksibenzoksi)benzaldehid ile reaksiyonundan sentezlenmiştir. H 3 C CH 2 CH C H CH 3 [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 32

33 -(4-BRMBEZIL)-ATRAILIK ASIDI DÖME BARIYERII TERİK LARAK İCELEMESi İbrahim ŞE a ve Akın AZİZĞLU a a Balıkesir Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Çağış Kampusü, BALIKESİR, TURKİYE Amit bağı proteinlerin, peptitlerin ve diğer önemli biyolojik moleküllerin yapısında bulunur. Amitlerdeki büyük enerjili C- dönme engelleri amit rezonansının neden olduğu kısmi ikili bağ karakterinden kaynaklanır , ,685 Enerji (Hartree) -3391, , , , , Dihedral açıları ( o ) Şekil 1. -(4-brombenzoil)-antranilik asidin C- dönme engelleri Hesaplamalar yapılırken Gauss-View 3.0 ve Gaussian 03W bilgisayar programları kullanılmıştır. 3 Bu çalışmada, -(4-brombenzoil)-antranilik asidin C- dönme engelleri DFT/B3LYP/6-31+G(d,p) metodu kullanılarak hesaplanmıştır. Şekil1 den de anlaşılacağı üzere, dihedral açısının en düşük değere 20 o de ve en yüksek değere 280 o de sahip olduğu tespit edilmiştir. ot: Çalışmalarımıza finansal desteklerinden dolayı Balıkesir Üniversitesi, BAP birimine ve TÜBİTAK TBAG birimine teşekkür ederiz. 1) Kemnitz, C.R.; Loewen M. J. J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, ) Şen, İ., Bazı Aromatik Bileşiklerinin ve Metal Komplekslerinin Sentezi ve Hesapsal Yöntemlerle İncelenmesi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi, Balıkesir, Şubat ) M.J. Frisch, et al., Gaussian03W. Revision C.02, Gaussian Inc.: Wallingford, CT,

34 Bazı Simetrik Schiff Bazların Moleküler ve Elektronik Yapısı İsa SIDIR 1, Yadigar GÜLSEVE SIDIR 1, Halil BERBER 2, Gülşen TÜRKĞLU 2 1 Bitlis Eren Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Fizik Bölümü, 13000, Bitlis, Türkiye 2 Anadolu Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, 26470, Eskişehir, Türkiye isa.sidir@gmail.com,isidir@beu.edu.tr Benzen halkaları ve π-konjuge system arasında imin (CH-) grubu içeren Schiff Bazı bileşikler belirli elektronik özelliklerinden dolayı çeşitli moleküler elektronik aygıt tasarımında kullanılabilmektedir Hidroksibenzaldehit sübstitüenti içeren Schiff Bazı türevleri de özellikle uyarılmış durumda molekül içi proton transferi (ESIPT) özelliğinden dolayı moleküler elektronik aygıt tasarımında önemli yer tutmaktadır 3-4. Bu çalışmada, 2-hidroksibenzaldehit sübstitüenti içeren Schiff Bazı türevlerinin, moleküler elektrostatik potansiyeli (MEP), elektrostatik potansiyeli (ESP), elektron yoğunluğu (ED), atomik yükleri, çözücü kabul yüzeyi (SAS), polarizabilitesi, hiperpolarizabilitesi, yasak enerji aralığı (E LUM -E HM = ΔE), HM ve LUM değerleri B3LYP/6-31G(d,p) yöntemi kullanılarak hesaplandı. Moleküllerin yapı-etki ilişkilerini belirlemek için, elektrofilik indeks, moleküler sertlik ve yumuşaklık, elektronegatiflik, iyonlaşma potansiyeli, elektron afinitesi, moleküler hacim, molar refraktivite ve hacim gibi kuantum kimyasal tanımlayıcılar hesaplandı ve yorumlandı. S1 bileşiğinin diğer bileşiklerden daha aktif olduğu görüldü. S 1 : R 1 =H; S 2 : R 1 =Cl; S 3 : R 2 =H; S 4 : R 2 =Cl; S 5 : R 2 =Br Şekil 1: İncelenen moleküllerin geometrik yapıları 1) Türkoğlu, G.; Berber, H.; Dal, H.; Öğretir, C. Spectro. Acta Part A 2011, 79, ) Jayabrathi, J.; Thanikachalam, V.; Vennila, M.; Jayamoorthy, K. Spectro. Acta Part A 2012, 95, ) Gülseven Sıdır, Y.; Sıdır, İ.; Berber, H.; Türkoğlu, G. Unsubmitted Paper. 4) Alpaslan, Y.B.; Alpaslan, G.; Ağar, A.A.; İskeleli,..; Öztekin, E. J. Mol. Struct. 2011, 995, 58. Teşekkür: Bu çalışma Bitlis Eren Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi tarafından desteklenmiştir. Katkılarından dolayı teşekkür ederim. 34

35 il Red nun Taban Ve Uyarılmış Durumda Dipol Momenti Ve Kuantum Kimyasal Hesaplamaları İsa SIDIR Bitlis Eren Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Fizik Bölümü, 13000, Bitlis, Türkiye il Red nun taban (µ g ) ve uyarılmış (µ e ) durumda dipol momenti dielektrik sabiti ( ) ve kırılma indisinin (n) bir fonksiyonu olarak absorbsiyon ve floresans spektrumlarının solvatokromik kaymaları kullanılarak hesaplandı. µ g Bilot-Kawski 1,2 metodu ile, µ e ise Bilot-Kawski 1,2, Lippert-Mataga 3,4, Bakhshiev 5, Kawski- Chamma-Viallet 6,7 ve Reichardt 8 metotları kullanılarak hesaplandı. Uyarılmış durumda moleküldeki π- elektronlarının delokalizasyonundan dolayı µ g nin µ e den büyük olduğu gözlendi. Molekülün çözücü kabul yüzeyi (SAS), moleküler elektrostatik potansiyeli (MEP), HM, LUM değerleri ve taban durumu dipol momenti µ g DFT yöntemi ile hesaplandı. Teorik olarak hesaplanan µ g değerlerinin deneysel sonuçlarla uyum içinde olduğu gözlendi. Şekil 1: il Red nun yapısal formülü ve taban durumdaki dipol momenti. 1) Bilot, L.; Kawski, A. Z. aturforsch. 1962, 17a, ) Kawski, A. in: J.F. Rabek (Ed.), Progress in photochemistry and photophysics, vol. 5, Boca Raton, USA, CRC Press, 1992, pp ) Lippert, E. Z. aturforsch. 1955, 10a, ) Mataga,.; Kaifu, Y.; Koizumi, M.; Bull. Chem. Soc. Jpn. 1945, ) Bakhshiev,.G. pt. Spektrosk. 1964, 16, ) Kawski, A. Acta Phys. Pol. 1966, ) Chamma, A.; Viallet, P. C.R. Acad. Sci. Paris, Ser. C. 1970, 270, ) Reichardt, C. Chem. Rev. 1994, Teşekkür: Bu çalışma Bitlis Eren Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi tarafından desteklenmiştir. Katkılarından dolayı teşekkür ederim. 35

36 4 Dietilamino 2 {[4 (3 metill 3 fenil siklobütil) thiazol 2 il] hidrazonometil} fenol bileşiğinin proton transfer reaksiyonu ve elektronik yapısının incelenmesi Kadir KARAKAŞ 1, Tuncay KARAKURT 2 1 Yüzüncüyıl Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Van 2 Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Meslek Yüksek kulu Teknik Programlar, E-posta adresi: kadirkarakash@yandex.com ÖZET Sentezi ve IR, UV-Vıs, X-Ray karakterizasyonu yapılan 4 Dietilamino 2 {[4 (3 metill 3 fenil siklobütil) thiazol 2 il] hidrazonometil} fenol bileşiğinin moleküler geometrisi UV-VIS spektrumu, IR, HM-LUM, MEP şeması, fenol imin- keto amin formlarının enerjisi DFT metodu ve 6-31G(d) yöntemi ile hesaplandı[1]. Hesaplanan değerler ile deneysel değerler karşılaştırıldı. Bu hesaplamalar için gaussian 09 paket programı kullanıldı. Kaynaklar [1] M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven et al. Gaussian 03 Revision B.04, Gaussian Inc., Wallingford, CT, (2004). 36

37 Kimyasal Sensör Yapımında Kullanılan Tamoksifen Bileşiğinin Elektronik Yapısının İncelenmesi Kadir KARAKAŞ a, Gülşah SYDA a, Tuncay KARAKURT b Fatih ÇLDUR c a Van Yüzüncüyıl Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, b Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Meslek Yüksek kulu Teknik Programlar, c Erzincan Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Erzincan E-posta adresi: kadirkarakash@yandex.com ÖZET Eczacılık bilimindeki ilerlemeler, her yıl çok sayıda yeni tip tıbbi ilacın ortaya çıkmasına yol açmaktadır. Yeni farmasotiklerin giderek artan sayısı, bu ilaçların hem canlı organizmalarda hem de örneklerde tanımlanması ve tayinlerinin yapılması, acil bir ihtiyaç olarak karşımıza çıkmıştır[1]. Bu çalışmada tamoksifen bileşiğinin teorik olarak SCA taraması, HM-LUM hesaplamaları, müliken yük dağılımı ve dipol moment vektörü hesaplandı. bu çalışma için Gaussian 09 Programı ve baz seti olarak da DFT- B3LYP metodu kullanıldı[2]. Kaynaklar [1] M. Shamsipur, F. Jalali, Anal. Sci. 16 (2000) 549. [2] M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven et al. Gaussian 03 Revision B.04, Gaussian Inc., Wallingford, CT, (2004). 37

38 4-(Benzo[d] [1,3] dioksol -5-ilmetoksi) ftalonitril bileşiğinin deneysel ve teorik değerlerinin karşılaştırılması ve elektronik yapısının incelenmesi Kadir KARAKAŞ a, M. Salih AĞIRTAŞ a, Tuncay KARAKURT b a Yüzüncüyıl Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, 65080, Van b Ahi Evran Üniversitesi Meslek Yüksek kulu Teknik Programlar, Kırşehir E-posta adresi: kadirkarakash@yandex.com 4-(benzo[d] [1,3] dioksol -5-ilmetoksi) ftalonitril bileşiği ftalosiyaninlerin sentezinde başlangıç maddesi olarak kullanılmış ve yapısı spektroskopik tekniklerle aydınlatılmıştır[ 1]. Ftalosiyaninlerin yeni türevlerinin sentezi için başlangıç maddesi önem taşımaktadır[2]. Aşağıdaki şekilde 4-(benzo[d] [1,3] dioksol -5-ilmetoksi) ftalonitrilin geometrik optimize edilmiş yapısı bulunmaktadır. Bu bileşiğin Gaussian 09 programı kullanılarak bazı elektronik hesaplamaları yapılmıştır[3]. Ayrıca deneysel olarak bulunan MR ve IR değerleri ile teorik olarak hesaplanan değerler karşılaştırılmıştır. Kaynaklar [1] M.S. Ağırtaş. Inorg. Chim. Acta., 360, 2499(2007). [2] D. Wöhrle, M. Eskes, K.Shigehara, A.Yamada. Synthesis., 194(1993). [3] M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven et al. Gaussian 03 Revision B.04, Gaussian Inc., Wallingford, CT, (2004). 38

39 Bazı Sülfonamid Türevlerinin Teorik ve Deneysel İncelenmesi; MR, FT-IR Mehmet ARSLA, Şeref KARADEİZ, Ümit ÇAKIR Balıkesir Üniversitesi, Fen-Edabiyat Fakültesi, Kimya Bölümü,10145, BALIKESİR, TÜRKİYE Sülfonamidler, tıbbi bileşiklerin önemli sınıfını oluştururlar ve farmasötik kimyada, çeşitli biyolojik çalışmalarda kullanılmaktadırlar. 1-4 Karbon ile azot arasındaki ikili bağın kimyası bilim ilerledikçe önemli bir rol oynamaktadır. 5 Sülfonamid türevi olan yapılar ilaç aktif maddeler oldukları için kimyagerlerin oldukça ilgisini çekmiştir. Şekil 1. Sülfonamid türevi olan yapılarının DFT optimizasyonu sonrasındaki belirlenen bağ uzunlukları Bu çalışmada, sülfonamid yapıları için deneysel ve teorik olarak MR ve FT-IR değerleri elde edilmiştir. Hesaplama yöntemi olarak B3LYP/6-31+G(d,p) kullanılmıştır. HyperChem paket programı kullanılmıştır. Sonuç olarak, sülfonamid yapısının deneysel ve teorik verilerinin birbiriyle uyumluluğu irdelenmiştir. 1) S.A. Tilles, Southern Med. J. 94, 2001, ) C.G. Slatore, S. Tilles, Immu. Allergy Clin. orth Am. 24, 2004, ) C.C. Brackett, H. Singh, J.H. Block, Pharmacotherapy 24, 2004, ) E. Erogulu, Int. J. Mol. Sci. 9, 2008, ) Z. Guo, R. Xing, S. Liu, H. Yu, P. Wang, C. Li, P. Li, Bioorg. Med. Chem. Lett. 15, 2005,

40 cis-2,3-divinil-1-heterosiklopropan Bileşiklerinin Cope Düzenlenmelerinin Yoğunluk Fonksiyonu Teorisi (DFT) ile İncelenmesi Yılmaz KELGÖKME ve Metin ZRA* rta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 06800, AKARA, TÜRKİYE Cope düzenlenmeleri gerek sentetik gerekse de mekanistik açıdan ilgi çekmiş önemli tepkimeler olup organik kimyada yoğun olarak çalışılmaktadır. Özellikle de cis-1,2-alkenilsiklopropan bileşiklerinin Cope düzenlenmesi sikloheptadienleri ürettiği için yedili halka sentezlerinde önemli bir metot olarak kullanılmaktadır. 1 Benzer olarak cis-2,3-divinil-1-heterosiklopropan türevlerinin Cope düzenlenmeleri de yedili heterosiklik bileşikleri üretmiştir. Bu çalışmada cis-2,3-divinilaziridin (1), cis-2,3-diviniloksiran (1), cis-2,3-divinilfosfiran (1P) ve cis-2,3-diviniltiran (1S) bileşiklerinin Cope düzenlenmeleri teorik olarak DFT [(U)B3LYP/6-31G*] 2 seviyesinde incelenmiş, 3 hesaplanan aktivasyon bariyerleri ve tepkime ekzotermikleri birbirleriyle ve cis-1,2-divinilsiklopropan (1C) düzenlemesinin verileriyle kıyaslanmıştır (Şekil 1). 4 Çalışılan bütün düzenlenmelerin en düşük enerjili endo-kayık yapısındaki geçiş hali üzerinden yürüdüğü tesbit edilmiştir. Hesaplanan aktivasyon bariyerlerinin 1C < 1 < 1 < 1P < 1S şeklinde bir artış gösterdiği ve bunun da referans bileşiklerinin halka gerilimlerinin azalma sırasıyla bir paralellik gösterdiği bulunmuştur (siklopropan > aziridin > oksiran > fosfiran > tiran). Bu düzenlenmelerde tepkime ekzotermiklerinin 1 > 1 > 1C > 1P > 1S şeklinde bir azalma gösterdiği saptanmıştır (Şekil 1). Hesaplanan çekirdekten bağımsız kimyasal kayma (ICS) 5 değerleri geçiş hallerinin (2) aromatik yapıda olduğunu göstermiştir. X X X X C X = CH 2 ; X = H; X = ; S X = S; P X = PH Aktivasyon Bariyeri: 1C < 1 < 1 < 1P < 1S Tepkime Ekzotermigi: 1 > 1 > 1C > 1P > 1S Şekil 1. cis-1,2-divinilsiklopropan ve cis-2,3-divinil-1-heterosiklopropan bileşiklerinin Cope düzenlenmeleri. 1) Hill, R. K. In Comprehensive rganic Synthesis; Trost, B. M., Fleming, I., Paquette, L. A., Eds.; Pergamon Press: xford, 1991; Vol. 5, pp ) (a) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785. (b) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, (c) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, ) Zora, M. J. rg. Chem. 2005, 70, ) Özkan, İ.; Zora, M. J. rg. Chem. 2003, 68, ) Schleyer, P.v. R.; Maerker, C.; Dransfeld, A.; Jiao, H.; Hommes,. J. R. v. E. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118,

41 α,β-alkinil Hidrazon İzomerlerinin Sentezi ve Kararlılıklarının Yoğunluk Fonksiyonu Teorisi (DFT) ile İncelenmesi Arif KIVRAK 1,2 and Metin ZRA 1 * rta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 06800, AKARA, TÜRKİYE Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, 65080, VA, TÜRKİYE zora@metu.edu.tr Alkin grubu içeren hidrazon ve türevleri biyolojik öneme sahip heterosiklik bileşiklerinin sentezi için önemli ara ürünlerdir. Hidrazon ara ürünleri kullanılarak tıbbi öneme sahip birçok pirazol ve indol gibi önemli heterosiklik bileşiklerin sentezi başarıyla gerçekleştirilmiştir. 1 Bu çalışmada proparjil aldehit ve keton bileşiklerinden pirazol türevlerinin sentezi gerçekleştirilmiştir. 2 Önce proparjil aldehit ve ketonlar hidrazinlerle tepkimeye sokularak α,β-alkinil hidrazon bileşikleri hazırlanmış ve daha sonra bu bileşikler I 2 ve CuI ile elektrofilik halkalaşma tepkimelerine sokularak yüksek verimlerle pirazol türevleri sentezlenmiştir. 2 Bu halkalaşma tepkimeleri hidrazon bileşiklerinin Z izomerleri üzerinden gerçekleştiğinden bazı α,β-alkinil hidrazon bileşiklerinin Z ve E izomerlerinin kararlılıkları DFT [B3LYP/6-31G*] 3 seviyesinde araştırılmıştır (Şekil 1). DFT hesaplamalarına göre Z izomerlerinin E izomerlerine göre kcal/mol daha kararlı olduğu ve bununda deneysel çalışmalar ile uyumluluk gösterdiği bulunmuştur. 2a Bu çalışmada ilgili α,β-alkinil hidrazon izomerleri üzerinde yapılan DFT hesaplamalarının detayları sunulacaktır. R 2 R 2 H R 3 R 1 H R3 R 1 Z-izomer E-izomer Şekil 1. α,β-alkinil hidrazon izomerleri. 1) (a) Elguero, J.; Goya, P.; Jagerovic,.; Silva, A. M. S. Targets Heterocycl. Syst. 2002, 6, 52-98; (b) Yet, L. In Comprehensive Heterocyclic Chemistry III; Katritzky, A. R.; Ramsden, C. A.; Scriven, E. F. V.; Taylor, R. J. K.; Joule, J. A., Eds.; Pergamon-Elsevier: xford, 2008; Vol. 4, Chapter 4.01, pp ) (a) Zora, M.; Kivrak, A.; Yazici, C. J. rg. Chem. 2011, 76, 6726; (b) Zora, M.; Kivrak, A. J. rg. Chem., 2011, 76, ) (a) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785. (b) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, (c) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98,

42 -Metilİzatoik Anhidrit Bileşiğinin Yapısal ve Elektronik Özelliklerinin Teorik Yöntemlerle İncelenmesi Uygar ŞİMŞİR a, Muhsin KARAARSLA b, Cem Burak YILDIZ a,b Akın AZİZĞLU b a Balıkesir Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 10100, BALIKESİR, TÜRKİYE a Aksaray Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 68100, AKSARAY, TÜRKİYE uygar_simsir@outlook.com Çeşitli yollarla sentezi gerçekleştirilen izatoik anhidrit bileşiği ilk olarak 1899 yılında Erdmann tarafından antranilik asit üzerinden sentezlenerek günümüzde kullandığımız izatoik anhidrit adını almıştır. 1,2 İzatoik anhidrit bileşiği, 1H-benzo[d][1,3]oxazine-2,4-dion, özellikle organik kimya alanında ilginç bileşiklerin sentezinde sıklıkla kullanılmaktadır. 3 Yakın zamanda grubumuz tarafından yapılan bir çalışmada -Metilİzatoik Anhidrit bileşiği yardımıyla çeşitli makrosiklik bileşiklerin sentezi başarılı bir şekilde gerçekleştirilmiştir. Elde edilen bileşikler ayrıca teorik yöntemlerle incelenmiş ve deneysel verilerle karşılaştırılmıştır. 4 Şekil 1. -Metilİzatoik Anhidrit Bu çalışmamızda, -Metilİzatoik Anhidrit bileşiği, B3LYP/6-311+G(d,p) ve B3LYP/cc-pVTZ teori seviyesinde incelenmiştir. Teorik yöntemler kullanılarak yapılan çalışmada deneysel ve teorik IR spektroskopisi sonuçları karşılaştırılarak, her iki sonuç arasındaki korelasyonlar değerlendirilmiştir. Bunun yanı sıra, bileşiğin geometrik özellikleri, moleküler elektrostatik potansiyel haritaları ve HM-LUM moleküler orbital enerji değerleri de teorik yöntemlerle irdelenmiştir. Bu çalışma Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu tarafından desteklenmiştir. 1) Kolbe, H., Ueber Isatin. Vorläufige Mittheilung, J. Prakt. Chem., 30, (1), 84-87, ) Erdmann, E., Constitution und Verhalten der Isatosäure, Ber. Dutsch. Chem. Ges., 32, (2), , ) Agostinha, M., Matos, R., Miranda, S. M., Morias, F. M. V., Liebman, J. F., Are Isatin and Isatoic Anhydride Antiaromatic and Aromatic Respectively? A Combined Experimental and Theoretical Investigation, rg. Biomol. Chem., 1, , ) Azizoğlu, A., Şen, İ., Yıldız, C. B., "ontemplate synthesis, characterization and theoretical study of tetraazamacrocycles", vid. Univ. Ann. Chem., (23), ,

43 YEİ 3-(3-KLRBEZİL)-4-(3-SİAMİLKSİBEZİLİDEAMİ)-4,5- DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ GAUSSİA PRGRAMI KULLAILARAK SPEKTRSKPİK ÖZELLİKLERİİ İCELEMESİ Murat Beytur, Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on bileşiği 3-(3-klorobenzil)-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 3-sinnamoiloksibenzaldehid ile muamelesinden elde edilmiştir. Çalışmada, Çalışma için gerekli olan 3-(3-klorobenzil)-4- (3-sinnamoiloksibenzilidenamino)-4,5-3-(3-klorobenzil)-4-(3-sinnamoiloksibenzilidenamino)-4,5-dihidro-1H-1,2,4- triazol-5-on molekülü B3LYP/631G(d) ve HF/631G(d) temel setleri kullanılarak optimize edilmiştir [1]. Bu optimize yapıdan yola çıkılarak 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri değerleri GIA [2] metoduna göre Gaussian G09W paket programı kullanılarak gaz fazında hesaplanmıştır. Elde edilen teorik değerler ile deneysel veriler karşılaştırılmış ve uyumlu oldukları regresyon analizi ile görülmüştür. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır ve HF metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. UV-vis değerleri etanollü ortamda deneysel ve teorik olarak hesaplanmış ve mukayese edilmiştir. Ayrıca, moleküle ait bağ açıları, bağ uzunlukları, dipol momentleri, HM-LUM enerjileri ile molekülün toplam enerjisi ve formal yükleri her iki yöntemle de bulunmuştur. Cl H CH 2 =CH C CH CH [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 43

44 3-p-METİLBEZİL-4-(p-FEİLASETKSİBEZİLİDEAMİ)-4,5-DİHİDR- 1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ BAZI SPEKTRSKPİK ÖZELLİKLERİİ GAUSSIA 09W PRGRAMI KULLAILARAK TERİK İCELEMESİ H 3 C 1 Murat Tolga Kayalar, 2 Haydar Yüksek 1 Erzincan Üniversitesi, Eğitim Fakültesi, BÖTE Bölümü Kars 2 Kafkas Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü Kars mtkayalar@hotmail.com CH 2 CH C CH 2 H Bu çalışmada, 3-p-metilbenzil-4- (p-fenilasetoksibenzilidenamino)-4,5- dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin B3LYP/6311G(d) ve HF/6311G(d) temel setleri kullanılarak infrared spektral verileri deneysel [1,2] ve teorik olarak incelenmiştir. Bu amaçla molekül B3LYP/6311G(d) ve HF/6311G(d) metotlarına göre optimize edilmiştir [3]. Çalışmada kullanılan her iki yöntemle incelenen molekülün IR absorpsiyon frekansları hesaplanmış, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [4]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ uzunlukları, bağ açıları, dipol momentleri, formal yükleri, HM-LUM enerjileri ve molekülün toplam enerjisi de hesaplanmıştır. Bu çalışma Kafkas Üniversitesi BAP tarafından desteklenmiştir (2012-FEF-02). [1] Yüksek, H., Gül, H., Manap, S., cak, Z., Şen, H., Bazı Yeni Heterosiklik Schıff Bazlarının Sentezi, Yapılarının Aydınlatılması ve Susuz rtam Titrasyonları, Kimya 2009, XXIII. Ulusal Kimya Kongresi, Sivas, Bildiri Özetleri Kitabı, P 083, [2] Kayalar, M.T., Yüksek, H., GIA nmr calculations of some 3-alkyl(aryl)4-(4-phenylacetoxybenzylidenamino)-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-5-ones: comparison of theoretical and experimental 1H and 13C chemical shifts, 2-nd International Conference on rganic Chemistry: "Advances in Heterocyclic Chemistry", GeoHet-2011, Tbilisi, Georgia, PP 66, [3] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [4] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 44

45 1-ASETİL-3-BEZİL-4-[2-(p-TLUESULFİLKSİ)-BEZİLİDEAMİ]- 4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ BİLGİSAYAR DESTEKLİ TERİK İCELEMESİ 1 Murat Tolga Kayalar, 2 Önder Albayrak, 2 Haydar Yüksek, Çalışmada, 1 Erzincan Üniversitesi Eğitim Fakültesi Böte Bölümü Erzincan 2 Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars mtkayalar@gmail.com 1-asetil-3-benzil-4-[2-(p-toluensulfoniloksi)-benzilidenamino]-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5- on bileşiğinin infrared spektral verileri deneysel ve teorik olarak, bağ açıları, bağ uzunlukları, formal yükleri, homo-lumo enerjileri, dipol momentleri ve enerjileri ise teorik olarak bilgisayar ortamında B3LYP/631G(d,p) ve HF/631G(d,p) setleri kullanılarak incelenmiştir. Çalışma için gerekli deneysel veriler literatürlerden alınmıştır [1,2]. Çalışmada öncelikle incelenen bileşik B3LYP/631G(d,p) ve HF/631G(d,p) metoduna göre optimize edilmiştir [3]. ptimize işleminden sonra infrared spektral verileri Gaussian G03 paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [4]. Yapılan değerlendirme sonucunda her iki yönteminde deneysel sonuçlarla uyumlu olduğu görülmüştür. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [5]. CCH 3 CH 2 CH S CH 3 Kaynaklar [1] Albayrak, Ö., Bazı Yeni 3-Alkil(aril)-4-[2-(p-toluensulfoniloksi)benzilidenamino]-4,5-dihidro-1H- 1,2,4-triazol-5-on Bileşiklerinin Sentezi, Yapılarının Aydınlatılması ve Susuz rtam Titrasyonları, Yüksek Lisans Tezi, Kafkas Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, [2] Kayalar, M.T., Yüksek, H., Albayrak, Ö., Kimya 2011, 25. Uluslararası Katılımlı Ulusal Kimya Kongresi, Erzurum, P 300, [3] M.J.Frisch ve diğerleri, Gaussian G03 Rev. A. C2, Gaussian, Pittsburgh PA, (2003). [4] K. Wolinski, J.F. Hilton, P. Pulay, J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [5] M.H. Jamróz, Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 45

46 VER KASERLİ HASTALARDA AMELİYAT ÖCESİ VE SRASI KADAKİ ESER ELEMET DÜZEYLERİİ (ÇİK, BAKIR, MAGEZYUM, KURŞU, MAGA, KADMİYUM, CBALT VE DEMİR) İCELEMESİ VA Mustafa Bilici 1, uman Çim 2, Halit Demir 1 1 YYÜ Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, Biyokimya Anabilim Dalı, 65080,Van, Türkiye 2 YYÜ Tıp Fakültesi, Kadın Doğum Anabilim Dalı, 65080, Van, Türkiye Çalışmanın Amacı: Bu çalışmada, ver Kanserli Hastalarda Ameliyat Öncesi ve Sonrası Kandaki Eser Element Düzeyleri (Çinko, Bakır, Magnezyum, Kurşun, Mangan, Kadmiyum, Cobalt ve Demir) İncelendi. Materyal ve Yöntem: Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Van Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesinden ver Kanseri teşhisi konulmuş hastalardan alınan serum örneklerinden, ver Kanserli Hastalarda Ameliyat Öncesi ve Sonrası Kandaki Eser Element Düzeyleri (Çinko, Bakır, Magnezyum, Kurşun, Mangan, Kadmiyum, Cobalt ve Demir) Yüzüncü Yıl Üniversitesi Merkezi Araştırma Laboratuarında Atomik Absorbisiyon Spektrofotometrede tayin edildi. Sonuç ve Tartışma: ver Kanserli Hastalarda Ameliyat Öncesi ve Sonrası Kandaki Eser Element Düzeyleri (Çinko, Bakır, Magnezyum, Kurşun, Mangan, Kadmiyum, Cobalt ve Demir) Yüzüncü Yıl Üniversitesi Merkezi Araştırma Laboratuarında Atomik Absorbisiyon Spektrofotometrede tayin edildi. ver Kanserli hastalarda Ameliyat öncesi kandaki serum element düzeyleri (Zn, Cu, Mg, Pb, Mn, Cd, Co ve Fe) ile Ameliyat sonrası (Zn, Cu, Mg, Pb, Mn, Cd, Co ve Fe) element düzeylerine göre farklılıklar bulundu. 46

47 IVESTIGATI F THE TRACE ELEMET (ZIC, CPPER, MAGESIUM, LEAD, MAGAESE, CADMİUM, CBALT AD IR) LEVELS I THE BLD F THE PRE-PERATİVE AD PST PERATİVE PATIETS WITH VARIA CACER. VA Mustafa Bilici 1, uman Çim 2, Halit Demir 1 1 Division of Biochemistry, Department of Chemistry, Faculty of Science, University of Yuzuncu Yil, 65080, Van, Turkey. 2 Department of bstetrics and Gynecology, Faculty of Medicine, University of Yuzuncu Yil, Van, Turkey. Aim of The Study: In this study, levels of the trace element (Zinc, Copper, Magnesium, Lead, Manganese, Cadmium, Cobalt And Iron) in blood of the pre operative and post operative patients with ovarian cancer were analyzed spectrophotometrically Material And Methods: The trace element (Zinc, Copper, Magnesium, Lead, Manganese, Cadmium, Cobalt And Iron) levels in blood of the pre operative and post operative patients diagnosed with ovarian cancer whose blood samples were obtained from Yüzüncü Yıl University Faculty of Medicine and Van Regional training and research hospital after that were measured with atomic absorption spectrophotometry in Yüzüncü Yıl University Central research laboratory Results And Discussion: The trace element (Zinc, Copper, Magnesium, Lead, Manganese, Cadmium, Cobalt And Iron) levels in blood of the pre operative and post operative patients with ovarian cancer were determined with atomic absorption spectrophotometry in Yüzüncü Yıl University Central Research Laboratory. We have found differences in trace element levels in blood of the pre operative and post operative patients with ovarian cancer. 47

48 GAUSSIA 09W PRGRAMI KULLAARAK YEİ 3-METİL-4-(2-ASETKSİ- 3-METKSİ)BEZİLİDEAMİ-4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- MLEKÜLÜÜ DEEYSEL VE TERİK ÖZELLİKLERİİ İCELEMESİ 1 Muzaffer Alkan, 2 Abdurrahman Gürbüz, 3 Haydar Yüksek, 3 Gül Kotan 1 Kafkas Üniversitesi Eğitim Fakültesi İlköğretim Bölümü Kars 2 Kafkas Üniversitesi Atatürk Sağlık Hizmetleri MY Kars 3 Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars muzafferalkan61@gmail.com Çalışmada, 3-metil-4-(2-asetoksi-3-metoksi)benzilidenamino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol- 5-on molekülü B3LYP/6311G(d,p) ve HF/6311G(d,p) temel setleri kullanılarak optimize edilmiştir [1]. Bu işlemden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR kayma değerleri GIA [2] metoduna göre Gaussian 09W paket programı kullanılarak hesaplanmıştır. Deneysel ve teorik olarak bulunan kayma değerleri arasında regresyon analizi yapılmıştır. Deneysel ve teorik olarak bulunan değerler δ exp=a+b. δ calc. eşitliğine göre grafiğe geçirilmiştir. Sigmaplot programı kullanılarak a ve b sabitleri regresyon katsayısı ile standart hata değerleri bulunmuştur. Çalışma için gerekli spekroskopik değerler literatürden alınmıştır [3]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açıları, bağ uzunlukları, HM-LUM enerjileri, formal yükleri, dipol momentleri ve molekülün enerjisi de hesaplanmıştır. H CH C CH 3 CH 3 CH 3 Bu çalışma TUBİTAK tarafından desteklenmiştir (107T633). [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Alkan, M.; Gürbüz, A. Bazı Yeni 1,2,4-Triazol Türevlerinin Sentezi ve Biyolojik Aktivitelerinin İncelenmesi, TUBİTAK Proje (107T633),

49 1-ASETİL-3-METİL-4-[3-(3,5-DİİTRBEZKSİ)-4-METKSİBEZİLİDE- AMİ]-4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ SPEKTRAL ÖZELLİKLERİİ DEEYSEL VE TERİK LARAK İCELEMESİ Muzaffer Polat, Haydar Yüksek, Murat Beytur Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Çalışma için gerekli olan 1-asetil-3-metil-4-[3-(3,5-dinitrobenzoksi)-4- metoksibenzilidenamino]-4,5-dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on [1] bileşiği, 3-metil-4-[3-(3,5- dinitrobenzoksi)-4-metoksibenziliden-amino]-4,5-dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on'un ile muamelesinden sentezlenmiştir. asetik anhidrit Çalışmada, incelenen molekülünün B3LYP/631G(d,p) ve HF/631G(d,p) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri teorik olarak Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2,3]. Deneysel ve teorik olarak bulunan değerler δ exp=a+b. δ calc. eşitliğine göre grafiğe geçirilmiştir. İncelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları her iki yöntemle hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır. Deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [4]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre göre bağ uzunlukları, bağ açıları, formal yükleri, dipol momentleri ve HM-LUM enerjileri de teorik olarak bulunmuştur. H 3 C C CH 3 CH C 2 CH 3 [1] Zafer, Z., 3-Alkil(aril)-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on Bileşiklerinin 3-(3,5-Dinitrobenzoksi)-4- metoksibenzaldehid ile Reaksiyonları, Yüksek Lisans Tezi, Kafkas Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, [2] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [3] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [4] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 2 49

50 1,3-Sübstitüefenilformazanların Yapılarının ve Elektronik Spektrumlarının Kuramsal larak İncelenmesi esrin TKAY a, Habibe TEZCA b a Hacettepe Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, 06800, Beytepe-AKARA, TÜRKİYE b Gazi Üniversitesi, Gazi Eğitim Fakültesi, Kimya Bölümü, 06500, Teknikokullar-AKARA, TÜRKİYE ntokay@hacettepe.edu.tr Karakteristik azohidrazon grubuna sahip olan formazanların kullanım alanı oldukça geniştir. Örneğin: fotokromik ve termokromik malzeme, analitik tepkenler, kompleks oluşumunda ligand olarak ve biyokimyasal işaretleyici olarak kullanılırlar. 1,2 Tümör hücrelerinin belirlenmesinde, kemoterapide ve kanser teşhisinde yararlı olacağı düşünüldüğünden biyokimyasal kullanımları yoğun bir şekilde araştırılmaktadır. Formazanların moleküler yapılarının ve elektronik spektrumlarının araştırmacıların ilgisini çekmektedir. 3,4 rta büyüklükteki moleküllerin yapıların incelenmesinde DFT yöntemi yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Son yıllarda, uyarılmış moleküllerin geometrilerinin ve enerjilerinin hesaplanmasında DFT yönteminin genişletilmişi olan TD_DFT yöntemi kullanılmaktadır. Daha önceki çalışmalarımızda 1- ve 3- monosübstitüefenilformazanlar incelenmiştir. Bu çalışmada, 1,3-disübstitüefenil-5-fenilformazanların yapıları ve elektronik spektrumları incelenmiştir: Şekil 1. İncelenen moleküllerin yapıları PCM-PBE0/6-311G(2d,2p)// PBE0/6-311G(2d,2p) düzeyinde yapılan TD-DFT hesaplamaları ile elde edilen λ eb değerlerinin deneysel değerlerle uyumunun oldukça iyi olduğu bulunmuştur. İncelenen bileşiklerde geçişlerin hemen hemen hepsinin π π* geçişine karşı geldiği saptanmıştır. Bütün 1,3- disübstitüefenil-5-fenilformazanların HM ve LUM diyagramlarının birbirine benzer olduğu, HM nun molekülün temel iskeletine dağılmış halde bulunduğu, buna karşılık LUM nun azohidrazon grubuyla 1-fenil halkasında yoğun olduğu gözlenmiştir. TD-DFT yönteminin formazanların uyarılmış hallerininin öngörülmesinde kullanılabileceği öngörülmektedir. 1) Mattson, A.M. ; Jensen, C..; Dutcher, R.A. Science 1947, 5, ) Steawart, P.S.; Griebe, T.; Srinivasan, R. Appl. Environ. Microbiol. 1994, 60, ) Hegarty, A.F.; Scott, F. L. J. rg. Chem. 1967, 32, ) Tezcan, H. Spectrochimica Acta Part A 2008, 69,

51 CsCaF 3 Bileşiğinin Yapısal, Elektronik ve Fonon Özelliklerinin Teorik larak Hesaplanması ihat Aydın a, Fethi Soyalp a a Yüzüncü Yıl Universitesi, Eğitim Fakültesi, FMA Fizik Eğitimi, 65080, VA, TURKİYE aydinnihat21@mail.com Perovskite kristal yapıya sahip üçlü bileşikler ilginç fiziksel özelliklerinden dolayı uzun zamandan beri araştırma konusu olmuşlardır. Basınç etkisi altında kübik perovskitlerin yapısal, elastik, elektronik, optik ve termal özellikleri rapor edildi 1-2. İlginç fiziksel özellikler göstermesine rağmen şimdiye kadar CsCaF 3 bileşiğinin titreşim özellikleri deneysel veya teorik olarak incelenmediği için bu çalışma yapıldı. Bu çalışmada CsCaF 3 bileşiğinin yapısal, elastik, elektronik ve fonon özellikleri yoğunluk fonksiyonu teorisine dayanan Pseudu-potansiyel metodu kullanılarak Genelleştirilmiş Eğim Yaklaşımı ile hesaplandı. Teorik olarak hesaplanan örgü sabiti kullanılarak Yoğunluk Fonksiyonu Perturbasyon Teorisi yardımıyla fonon dispersiyon eğrileri hesaplandı. Bu çalışmada örgü sabiti a=4.56 Ǻ, Bulk modülü B=51, Elastik sabitleri C 11 =100, C 12 =27, C 44 =28 olarak hesaplandı bu değer deneysel olarak ölçülen Ǻ ile çok iyi uyum içindedir. Şekil 1: CsCaF3 için hesaplanan fonon dispersiyon eğrisi 1. A. V. Chadwick, J. H. Strange, G. A. Ranieri, and M. Terenzi, " Studies of ionic motion in perovskite fluorides ", Solid State Ionics. 1983, 9, B. Ghebouli, M.A. Ghebouli, A. Bouhemadou, M. Fatmi, R. Khenata, D. Rached, T. uahrani, S. Bin-mran, "Theoretical prediction of the structural, elastic, electronic, optical and thermal properties of the cubic perovskites CsXF3 (X ¼ Ca, Sr and Hg) under pressure effect", Solid State Sciences 2012, 14, 903e C. Ridou, M. Rousseau, J. Bouillot and C Vettier, "Anharmonicity in fluoperovskites", Solid State Phys., 1984, 17,

52 YEİ 3-METİL-4-(2-METİLBEZKSİ)BEZİLİDEAMİ-4,5-DİHİDR-1H- 1,2,4-TRİAZL-5- MLEKÜLÜ ÜZERİE TERİK BİR ÇALIŞMA 1 Önder Albayrak, 2 Haydar Yüksek 1 Kafkas Üniversitesi Eğitim Fakültesi İlköğretim Bölümü Kars 2 Kafkas Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü Kars onder_albayrak024@hotmail.com Bu çalışmada, 3-metil-4-(2-metilbenzoksi)benzilidenamino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5- on molekülünün B3LYP/631G(d,p) ve HF/631G(d,p) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C- MR ile infrared spektral verileri deneysel ve teorik olarak, bağ açıları, bağ uzunlukları, formal yükleri, dipol momentleri, HM-LUM enerjileri ise teorik olarak bilgisayar ortamında iki farklı set kullanılarak incelenmiştir. Çalışmada öncelikle incelenen molekül B3LYP/631G(d,p) ve HF/631G(d,p) metoduna göre optimize edilmiştir [1]. ptimize işleminden sonra 1 H-MR ve 13 C- MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. Çalışmada ayrıca, Hartree-Fock (HF) ve yoğunluk fonksiyonu teorisi (DFT) ile 631G(d,p) temel seti kullanılarak hesaplanan titreşim frekans değerleri ile deneysel verilerin uyumlu olduğu görülmüştür. Teorik veriler kullanılarak infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. H CH 3 CH C CH 3 [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 52

53 3-p-KLRBEZİL -4-[2-(P-TLUESULFİLKSİ)- BEZİLİDEAMİ]-4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİ ÜZERİE DEEYSEL VE TERİK BİR ÇALIŞMA 1 Önder Albayrak, 1 Haydar Yüksek, 2 Murat Tolga Kayalar 1 Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars 2 Erzincan Üniversitesi Eğitim Fakültesi Böte Bölümü Erzincan onder_albayrak024@hotmail.com Bu çalışmada, 3-p-klorobenzil-4-[2-(p-toluensulfoniloksi)-benzilidenamino]-4,5-dihidro- 1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin B3LYP/6311G(d) ve HF/6311G(d) temel setleri kullanılarak infrared spektral verileri deneysel ve teorik olarak incelenmiştir. Çalışmada incelenen molekül öncelikle B3LYP/6311G(d) ve HF/6311G(d) metoduna göre optimize edilmiştir [1]. ptimize işleminden sonra gerekli hesaplamalar Gaussian G03 paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. İncelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları her iki yöntemle gaz fazında hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır. Bulunan değerler deneysel verilerle [3,4] mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [5]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre, bağ açıları, bağ uzunlukları, formal yükleri, HM-LUM enerjileri, dipol momentleri ve enerjileri de teorik olarak bilgisayar ortamında aynı setler kullanılarak incelenmiştir. H CI CH 2 CH S CH 3 Kaynaklar [1] M.J.Frisch ve diğerleri, Gaussian G03 Rev. A. C2, Gaussian, Pittsburgh PA, (2003). [2] K. Wolinski, J.F. Hilton, P. Pulay, J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Yüksek, H., Albayrak, Ö., Manap, S., Kimya 2009, XXIII. Ulusal Kimya Kongresi, Sivas, Bildiri Özetleri Kitabı, P 089, [4] Albayrak, Ö., Yüksek, H., Kayalar, M.T., Uluslar arası Katılımlı XII. Ulusal Spektroskopi Kongresi, Antalya, Bildiri Özetleri Kitapçığı, P-66, s 104, [5] M.H. Jamróz, Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 53

54 YEİ 3-n-PRPİL-4-2-(2-AFTİLSULFİLKSİ)-BEZİLİDEAMİ -4,5- DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ BAZI SPEKTRSKPİK ÖZELLİKLERİİ İCELEMESİ 1 nur Akyıldırım, 2 Haydar Yüksek, 2 Murat Beytur 1 Kafkas Üniversitesi Mühendislik-Mimarlık Fakültesi Kimya Mühendisliği Bölümü Kars 2 Kafkas Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü Kars onurakyildirim@gmail.com Çalışma için gerekli bileşik, 3-n-propil-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin 2-(2-naftilsulfoniloksi)benzaldehid ile muamelesinden sentezlenmiştir. CH 3 CH 2 CH 2 Bu çalışmada, 3-n-propil-4-2-(2-naftilsulfoniloksi)-benzilidenamino -4,5-dihidro-1H-1,2,4- CH triazol-5-on molekülü B3LYP/631G(d) ve HF/631G(d) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri teorik olarak bilgisayar ortamında hesaplanmıştır. Çalışmada öncelikle incelenen molekül B3LYP/631G ve HF/631G metoduna göre optimize edilmiştir [1]. ptimize işleminden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. Elde edilen verilerin deneysel verilerle uyumlu olduğu görülmüştür. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açıları, bağ uzunlukları, dipol momentleri, HM-LUM enerjileri, formal yükleri ve molekülün toplam enerjileri de teorik olarak bulunmuştur. İki yöntemle incelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları gaz fazında hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açılarıda da hesaplanmıştır. H S [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 54

55 Bazı Gerilimli ve Gerilimsiz Halkalı Allenlerin VCD ve MR Spektrumlarının Hesapsal Yöntemlerle İncelenmesi sman Şası, Cem Burak Yıldız, Derya Ateş Sezer ve Akın Azizoğlu Balıkesir Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, 10145, BALIKESİR, TÜRKİYE Gerilimli halkalı allenler, son yıllarda organik ve hesapsal kimyacıların oldukça ilgisini çekmektedir. 1 Gerilimli halkalı allenlerin sentezi ve yakalanması çok zordur. Bu nedenle, halkalı allenler hakkındaki bilgilerimiz yapılan deneysel çalışmaların yanında, hesapsal metodların sonuçlarına da dayanmaktadır. Şekil 1 : Gerilimsiz ve Gerilimli Allen Yapıları Elde edilen teorik sonuçlar, ilgili literatürlerden alınan deneysel değerler ile karşılaştırılmıştır. Gerilimsiz allen bileşiklerinin bağ uzunluğu ve bağ açılarını hesaplamada, BPW91/6-311+G(d,p) yönteminin deneysel sonuçlarla uyumlu olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca gerilimli ve gerilimsiz allenler için MR değerleri DFT ve abinitio yöntemleri kullanılarak hesaplanmıştır. Gerilimsiz allen bileşiklerinde MPW1PW91/6-311+G(d,p) yönteminin deneysel değerlere yakın sonuçlar verdiği tespit edilmiştir. Gerilimli allen bileşiklerinde ise, sadece 1,2-siklononadien bileşiğinin deneysel MR değerleri literatürden bulunabilmiştir. Bu bileşik için de en uygun olan teorik yöntemin MPW1PW91/6-311+G(d,p) olduğu görülmüştür. Ayrıca ilgili allen bileşiklerinin VCD hesaplamaları, B3LYP/6-311+G(d,p) yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Teorik hesaplamalar, GAUSSIA03W programı kullanılarak yapılmıştır. 2 Bu çalışma Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu tarafından desteklenmiştir. (Proje o: 210T113) 1) Azizoglu, A., zen, R., Hokelek, T., Balci, M., Incorporation of An Allene Unit into Alpha-pinene: Generation of The Cyclic Allene 2,7,7- Trimethylbicyclo[4.1.]octa-2,3-diene and Its Dimerization, J. rg. Chem., (2004),69, ) M. J. Frisch, et al., Gaussian03W. Revision C.02, Gaussian Inc. :Wallingford, CT,

56 B3LYP VE HF METDLARI KULLAILARAK 3-ETİL-4-(3- ASETKSİBEZİLİDEAMİ)-4,5-DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ SPEKTRSKPİK ÖZELLİKLERİİ İCELEMESİ Özlem Gürsoy Kol, Haydar Yüksek, Hilal Medetalibeyoğlu Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Bu çalışmada, 3-etil-4-(3-asetoksibenzilidenamino)-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin B3LYP/6311G(d) ve HF/6311G(d) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C- MR ile infrared spektral verileri teorik olarak bilgisayar ortamında hesaplanmıştır. Elde edilen teorik 1 H- MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri deneysel verilerle mukayese edilmiştir. Çalışmada öncelikle incelenen molekül B3LYP/6311G(d) ve HF/6311G(d) metoduna göre optimize edilerek [1] 1 H-MR ve 13 C-MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. Deneysel ve teorik olarak bulunan değerler δ exp=a+b. δ calc. eşitliğine göre grafiğe geçirilmiştir. Sigmaplot programı kullanılarak a ve b sabitleri regresyon katsayısı ile standart hata değerleri bulunmuştur. Çalışma için gerekli deneysel veriler bu kaynaktan alınmıştır [3]. İki yöntemle incelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları hesaplanmış, deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [4]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre dipol momentleri, bağ uzunlukları, bağ açıları, formal yükleri ve HM-LUM enerjileri hesaplanmıştır. H CH Bu çalışma TUBİTAK tarafından desteklenmiştir (107T247). [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Gürsoy-Kol, Ö., Bazı 4.5-Dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on Türevlerinin Sentezi, Yapılarının Aydınlatılması, Antioksidan ve Asitlik Özelliklerinin İncelenmesi, Doktora Tezi, Kafkas Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, [4] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 56

57 PtGa 2 Bileşiğinin Yapısal, Elektronik ve Titreşim Özelliklerinin Teorik larak İncelenmesi Özlem ŞAHİ 1, Fethi SYALP 1 a Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Eğitim Fakültesi, FMA Fizik Eğitimi, 65080, VA, TURKİYE lealaren@hotmail.com Ab-initio pseudo potansiyel metodu kullanılarak PtGa 2 ' nin taban durum özellikleri genelleştirilmiş eğim yaklaşımında incelendi. Örgü sabiti ve hacim modülü hesaplanarak deneysel değerler ile karşılaştırıldı 1. Hesaplanan örgü sabiti kullanılarak PtGa 2 ' nin elektronik bant yapısı hesaplandı ve Angle-Resolved Photoemission sonuçlarıyla 2 uyum içinde olduğu gözlendi. Lineer-tepki teorisi kullanılarak PtGa 2 ' nin fonon dispersiyon eğrisi ve fonon durum yoğunluğu eğrisi hesaplandı. Son olarak PtGa 2 için termodinamik özellikler hesaplandı. Şekil 1. PtGa 2 fonon dispersiyon eğrisi 1) Sinha, M. M.; Kim, J. S., Phonon dispersion in the intermetallic compounds AuGa 2 and PtGa 2. Journal of Alloys and Compounds 365, 49, ) Hsu, L. S.; Guo, G. Y.; Denlınger, J. D.; Allen, J. W., Experimental and theoretıcal studıes of the electronıc structures of AuAl 2 and PtGa 2. Surface Review and Letters, Vol. 9, o. 2, 1251,

58 7-Azaindolizin Türevlerinin Sentezi ve Reaksiyon Mekanizmasının DFT Metodu ile Modellenmesi Özlem Sarı a,b, urettin Mengeş a,c, Safiye Erdem d, Metin Balcı a a rta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Ankara b Ahi Evran Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Kırşehir c Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya, Van d Marmara Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, İstanbul sari.ozlem@metu.edu.tr İndolizinler; indol ile izomerik yapıda olan, 10-π elektron sistemine sahip heterosiklik bileşiklerdir. 1 İndolizin ve azaindolizin iskeletleri birçok doğal bileşik ve alkaloitlerin yapısında bulunmaktadır. 2 Şema 1 7-Azaindolizin türevleri için literatürde farklı sentez yöntemleri mevcut olmasına rağmen, bu tepkimeler için genellikle metal katalizörler kullanılmaktadır. 3 Bu çalışmada metal katalizörler kullanılmadan - alkinil-pirol karbaldehitin, çeşitli amin türevleri ile Cs 2 C 3 eşliğinde reaksiyonu sonucu 7-azaindolizin türevi 3 sentezlenmiştir (Şema 1). Reaksiyon mekanizmasını aydınlatmak için Gaussian 09 programı kullanılarak; reaktant, ara ürün, geçiş konumu ve ürünlerin, gaz fazında DFT(B3LYP)/6-31+G(d,p) yöntemi ile optimizasyonu ve freakans hesapları yapıldı. Gaz fazında optimize olmuş yapılar için, solvent metanolde CPCM (conductor-like polarizable continuum model) yöntemi kullanılarak tek nokta enerji (SPE) hesaplamaları gerçekleştirildi. Potansiyel enerji yüzeyleri oluşturulup, aktivasyon bariyerleri ve reaksiyon enerjileri hesaplandı. 1) Maftei, D.; Zbancioc, G.; Humelnicu I.; Mangalagium I. J. Phys. Chem. A 2013, 117, ) Tisler, M. Pure Appl. Chem. 1980, 52, ) Arcadi, A., Abbiati, A., Rossi, E. J. rganomet. Chem. 2011, 696,

59 Vibrational Spectroscopy Investigation of 2- Trifluoromethyl-10Hbenzo[4,5]-imidazo [1,2-a]pyrimidin-4-one Rukiye Yegin a, Yusuf Sert a,b, *, M. Mahendra c, Fatih Ucun d a Department of Physics, Faculty of Art & Sciences, Bozok University, Yozgat 66100, Turkey b Sorgun Vocational School, Bozok University, Yozgat 66100, Turkey c Department of Studies in Physics, Manasagangotri, University of Mysore, Mysore , India d Department of Physics, Faculty of Art & Sciences, Süleyman Demirel University, Isparta 32100, Turkey rukiye_yegin88@hotmail.com ur ongoing research in the field of synthesis and biological evaluation on the dihydrobenzo[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidin-4-one fused class of molecules have gained much importance, owing to broad spectrum and wide range of interesting biological activities of the benzimidazole and the pyrimidine. In this study, the experimental and theoretical vibrational frequencies of a newly synthesized bioactive agent namely, 2- Trifluoromethyl-10H-benzo[4,5]-imidazo [1,2-a]pyrimidin-4-one (TIP) have been investigated. The experimental FT-IR ( cm -1 ) and Laser-Raman spectra ( cm -1 ) of the molecule in solid phase have been recorded. The theoretical vibrational frequencies and the optimized geometric parameters (bond lengths and bond angles) have been calculated using density functional theory (DFT/B3LYP: Becke, 3-parameter, Lee- Yang-Parr) and M06-2X (the highly parametrized, empirical exchange correlation function) quantum chemical methods with G(d,p) basis set by Gaussian 03 software 1, for the first time. The assignments of the vibrational frequencies have been done by potential energy distribution (PED) analysis using VEDA 4 software. 2 Fig. 1: The Homo-Lumo structure of the title compound. 1) M.J. Frisch, et al., Revision D.01, Gaussian Inc., Inc., Wallingford, ) M.H. Jamróz, Vibrational Energy Distribution Analysis VEDA 4, Warsaw,

60 Binol ve Binol Türevli Moleküllerin Simülasyon Yöntemleri ile Karşılaştırılması Gühergül ULUÇAM a, Şaban AKTAŞ b, Gül Penbe ÖĞRETME c, Şevket Erol KA b a Trakya Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, EDİRE, TÜRKİYE b Trakya Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, EDİRE, TÜRKİYE c Trakya Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Anabilim Dalı, EDİRE, TÜRKİYE sabana@trakya.edu.tr Kimya ve biyolojideki kullanım alanlarının çeşitliliği nedeniyle Binol 1 ve türevleri olan dinaftosülfit 2, dinaftosülfoksit ve dinaftasulfone 3 moleküllerinin ligand yapan bloklar olarak konfigürasyonları simülasyon metotları ile incelendi. Merkez grup geometrik parametrelerinin değişimleri ile birlikte ilk kez sentezlenen dinaftasülfoksit molekülünün hidroksil gruplarının konumlanması deneysel ve teorik MR ve IR spektrumları karşılaştırılarak elde edildi. Farklılaştıran fonksiyonel grupların yapıya kazandırdığı özellikler tartışıldı. Şekil-1 Binol türevli ligandların şematik gösterimi. 1) Rajadurai R.; Padmanahan R., Med.Chem.Res., 2013, 22, ) Rostami E.; Heidaryan D.; Fattahi H.; Shockravi A.; Zarei M.; Rakhshanderu F., Phosphorus, Sulfur, and Silicon, 2009, 184, ) Rostami E.; Shockravi A.; Fattahi H.; Heydarian D.; Minaee S. S.; aghdi S.; Lotf A. E.; Sadeghpour M.; Hosseini H.; Taheri Z.; Ghorbani S.; Javadi A.; Ataei S. M., Phosphorus, Sulfur, and Silicon, 2009, 184,

61 3-ETİL-4-3-(3,5-DİİTRBEZKSİ)-BEZİLİDEAMİ -4,5-DİHİDR- 1H-1,2,4-TRİAZL-5- BİLEŞİĞİİ BAZI SPEKTRSKPİK ÖZELLİKLERİİ İCELEMESİ Savaş Kara, Özlem Gürsoy-Kol, Haydar Yüksek, Murat Beytur 1 Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars savas-kara_@hotmail.com Bu çalışmada, 3-etil-4-3-(3,5-dinitrobenzoksi)-benzilidenamino -4,5-dihidro-1H- 1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin B3LYP/6311G ve HF/6311G temel setleri kullanılarak [1] 1 H-MR ve 13 C-MR ile infrared spektral verileri teorik olarak bilgisayar ortamında iki farklı set kullanılarak hesaplanmıştır. Çalışmada öncelikle incelenen molekül B3LYP/6311G ve HF/6311G metoduna göre optimize edilmiştir [1]. ptimize işleminden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR isotropik kayma değerleri Gaussian G09W paket programı kullanılarak GIA metoduna göre hesaplanmıştır [2]. Elde edilen verilerin deneysel verilerle [3] uyumlu olduğu görülmüştür. İncelenen molekülün ir absorpsiyon frekansları her iki yöntemle hesaplanmış, deneysel verilerle [3] mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan ir verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [4]. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açıları, formal yükleri, dipol momentleri ve HM-LUM enerjileri de teorik olarak bulunmuştur. H CH 2 CH 3 CH C 2 2 [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Kara, S., Bazı yeni 4-[3-(3,5-dinitrobenzoksi)-benzilidenamino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on türevlerinin sentezi ve bazı özelliklerinin incelenmesi, Yüksek Lisans Tezi, Kafkas Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Kars (2013). [4] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). 61

62 FT-IR, Laser-Raman Spectra of Methyl 4-(trifluoromethyl)-1H-pyrrole- 3-carboxylate-A DFT Approach Sema Keskinoğlu a, Yusuf Sert a,b, *, S. Sreenivasa c, Fatih Ucun d a Department of Physics, Faculty of Art & Sciences, Bozok University, Yozgat 66100, Turkey b Sorgun Vocational School, Bozok University, Yozgat 66100, Turkey c Department of Studies and Research in Chemistry, Tumkur University, Tumkur , Karnataka, India d Department of Physics, Faculty of Art & Sciences, Süleyman Demirel University, Isparta 32100, Turkey semanur556606@gmail.com Pyrrole is one of the most significant heterocyclic structural scaffolds which present in a large number of biologically active compounds with a wide range of applications in pharmacology. Its derivatives play a crucial role as anticoagulant and some of the condensed pyrroles exhibit potential antiviral, antimicrobial, antifungal activity. Pyrrole is the most important representative of the fivemembered aromatic nitrogen heterocycles. Therefore it has frequently been the object of vibrational spectroscopic studies. In this study the experimental and theoretical vibrational frequencies of a newly synthesized anti-tumor and anti-inflammatory agent namely, methyl 4-(trifluoromethyl)-1H-pyrrole-3- carboxylate have been investigated. The experimental FT-IR ( cm -1 ) and Laser-Raman spectra ( cm -1 ) of the molecule in solid phase have been recorded. The theoretical vibrational frequencies and optimized geometric parameters have been calculated using density functional theory (DFT/B3LYP: Becke, 3-parameter, Lee-Yang-Parr and DFT/M06-2X: highly parametrized, empirical exchange correlation function) with G(d, p) basis set by Gaussian 03 software 1, for the first time. The assignments of the vibrational frequencies have been done by potential energy distribution (PED) analysis using VEDA 4 software 2. Fig.1 The overlap of the in-plane n-orbital at the oxygen atom with the anti-bonding orbital (*) of the C- bond in an ester group. 1) M.J. Frisch, et al., Revision D.01, Gaussian Inc., Inc., Wallingford, ) M.H. Jamróz, Vibrational Energy Distribution Analysis VEDA 4, Warsaw,

63 İndol Kondense Pirazin--ksit Halkasının luşturulması ve Reaksiyon Mekanizmasının DFT Yöntemi ile Modellenmesi Serdal KAYA a,b Özlem SARI a,c,, Metin BALCI a a rta Doğu Teknik Üniversitesi, FEF, Kimya Bölümü, Ankara b Giresun Üniversitesi, FEF, Kimya Bölümü, Giresun c Ahi Evran Üniversitesi, FEF, Kimya Bölümü, Kırşehir kserdal@metu.edu.tr Günümüzde karşılaşılan hastalıkların çeşitliliği ve tedavisinde karşılaşılan zorluklar ilaç kimyasının önemini her geçen gün artırmaktadır. Literatürde ilaç özelliği taşıyan biyoaktif moleküller incelendiğinde indol halkasının önemli bir yere sahip olduğu görülmektedir. Ayrıca pirazin ve nitron (-ksit) halkası ihtiva eden bileşiklerin antibakteriyel, antiviral ve psikoterapik ajan gibi önemli özelliklere sahip olduğu literatürde bilinmektedir. [1-3] Bu bilgiler ışığında yapısında indol ve pirazin halkasına sahip bir -oksit bileşiğinin sentezinin önemi ve biyolojik aktiviteye sahip olma potansiyeli açıkça görülmektedir. Şema 1 Yapmış olduğumuz bu çalışmamızda, indol-2-karbaldehitten başlayarak yapısında nitron halkası taşıyan 3-metilpirazino[1,2-a]indol-2-oksit bileşiği sentezlenmiştir (Şema 1). Reaksiyon mekanizmasını aydınlatmak için, DFT(B3LYP)/6-31+G(d,p) yöntemi kullanılarak potansiyel enerji yüzeyleri oluşturulup, aktivasyon bariyerleri ve reaksiyon enerjileri hesaplanmıştır. Kaynaklar 1) Menges,.; Sari,.; Abdullayev, Y.; Erdem, S. S.; Balci, M., J. rg. Chem., 2013, 78, ) Gupta, M., Paul, S., Gupta, R., Eur. J. Med. Chem., 2011, 46, ) Ibrahim, H.; Pantaleo, A.; Turrini, F.; Arese, P.; allet, J.-P.; epveu, F. Med. Chem. Comm., 2011, 2,

64 YEİ 3-METİL-4-[3-METKSİ-4-(2-METİLBEZKSİ)BEZİLİDEAMİ-4,5- DİHİDR-1H-1,2,4-TRİAZL-5- MLEKÜLÜÜ TERİK SPEKTRAL DEĞERLERİİ DEEYSEL DEĞERLERLE KARŞILAŞTIRILMASI Sevda Manap, Haydar Yüksek Kafkas Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü Kars Çalışma için gerekli olan 3-metil-4-[3-metoksi-4-(2-metilbenzoksi)benzilidenamino-4,5- amino-4,5-dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on bileşiğinin dihidro-1h-1,2,4-triazol-5-on bileşiği 3-metil-4-3-metoksi-4-(2-metilbenzoksi)- benzaldehid ile muamelesinden elde edilmiştir. Çalışmada, 3-metil-4-[3-metoksi-4-(2- metilbenzoksi)benzilidenamino-4,5-dihidro-1h- 1,2,4-triazol-5-on molekülü B3LYP/631G(d,p) ve HF/631G(d,p) temel setleri kullanılarak 1 H-MR ve 13 C-MR ile UV-vis verileri deneysel ve teorik olarak incelenmiştir. Bu amaçla molekül B3LYP/631G(d) ve HF/631G(d,p) metotlarına göre optimize edilmiştir [1]. Bu işlemden sonra 1 H-MR ve 13 C-MR kayma değerleri GIA [2] metoduna göre Gaussian G09W paket programı kullanılarak hesaplanmıştır. Deneysel ve teorik olarak bulunan kayma değerleri arasında regresyon analizi yapılarak yöntemlerin doğruluk derecesi bulunmuştur. Ayrıca, molekülün her iki metoda göre bağ açıları, bağ uzunlukları, dipol momentleri, formal yükleri, HM-LUM enerjileri ve molekülün toplam enerjileri de hesaplanmıştır. Molekülün IR absorpsiyon frekansları gaz fazında hesaplanmış, elde edilen değerler uygun uyum faktörleri ile çarpılmıştır deneysel verilerle mukayese edilerek uyumlu oldukları görülmüş ve B3LYP metoduna göre elde edilen veriler kullanılarak teorik infrared spektrumu oluşturulmuştur. Teorik olarak hesaplanan IR verilerinin tanımlanmasında veda4f programından yararlanılmıştır [3]. CH 3 [1] Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R., Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G.A.; akatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H.P.; Izmaylov, A.F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J.L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; akajima, T.; Honda, Y.; Kitao,.; akai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J.A.; Jr.Vreven, T.; Peralta, J.E.; gliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J.J.; Brothers, E.; Kudin,.; Staroverov, V..; Kobayashi, R.; ormand, J., Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J.C.; Iyengar, S.S.; Tomasi J.; Cossi, M.; Rega,.; Millam, J.M.; Klene, M.; Knox, J.E.; Cross J.B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.E.; Yazyev,.; Austin, A.J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; chterski, J.W.; Martin; L.R.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V.G.; Voth, G.A.; Salvador, P.; Dannenberg, J.J.; Dapprich, S.; Daniels A.D.; Farkas,.; Foresman, J.B.; rtiz, J.V.; Cioslowski, J.; and Fox, D.J. Gaussian Inc., Wallingford, CT., [2] Wolinski, K.; Hilton, J.F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc., 112, 512, (1990). [3] Jamróz, M.H. Vibrational Energy Distribution Analysis: VEDA 4 program, Warsaw, (2004). H CH C CH 3 CH 3 64

65 i +2 iyonunun Etilen Glikol Çözeltisindeki Uzun Menzilli Koordinasyonu Gühergül ULUÇAM a, Şevket Erol KA b, Sejda ÖZGÜR c, Şaban AKTAŞ b a Trakya Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü, EDİRE, TÜRKİYE b Trakya Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, EDİRE, TÜRKİYE c Trakya Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Anabilim Dalı, EDİRE, TÜRKİYE erolokan@trakya.edu.tr i +2 iyonunun etilen glikol (EG) çözeltisindeki koordinasyonu izotopik yer değiştirme yöntemiyle ölçülerek Şekil-1'de gösterilen çift dağılımı fonksiyonu elde edilmiştir 1. Bu fonksiyona i iyonlarının EG atomları ile bireysel gausyenleri fit edilerek ilk koordinasyon kabuğunun iki dişli üç EG molekülünden oluştuğu tahmin edilmiştir. Deneydeki istatistik hatalardan dolayı ikinci kabuğun dahil olduğu uzun menzilli koordinasyon bulunamamıştır. Çalışmada ikinci koordinasyon kabuğu moleküler simülasyon yöntemiyle gaz fazında minimize edilerek i iyonunu çift dağılım fonksiyonunun alabileceği biçim tartışılmıştır. Şekil-1 i +2 iyonunun EG çözeltisinde nötron difraksiyonu ile ölçülen çift dağılım fonksiyonu.kesikli çizgiler ilk koordinasyon kabuğunu bulmak için fit edilen gausyenleri göstermektedir. 1) kan S.E.; Salmon P.S.; Champeney D.C.; Petri I.;, MolecularPhy., 1995, 84,

66 A Role of Carbon Doping on Electronic Properties of TaC x 1-x Ternary Alloys S. E. GULEBAGLA, M. AYCIBI, E. K. DGA, M.. SECUK, B. ERDIC, H. AKKUS Yüzüncü Yıl Universitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, 65080, VA, TURKİYE sinemerden@gmail.com, murataycibin@yyu.edu.tr, ekilit@yahoo.com, nurullahsechuk@gmail.com, bahattinerdinc@yyu.edu.tr, physicisthakkus@gmail.com We have investigated theoretical investigations of the electronic structure, and radiation shielding of the TaC x 1-x ternary alloys. The electronic structure for the TaC x 1-x ternary alloys have been calculated by using the generalised gradient approximation of the density functional theory. The calculated the composition-dependent band gap, bowing parameter and three contributions of the bowing parameters of the ternary TaC x 1-x alloys. Furthermore, the Carbon concentration affect strongly. 1) S. Baroni, A. Dal Corso, S. de Gironcoli and P. Giannozzi, ( 2) W. Kohn and L. J. Sham, Phys. Rev., 1965, 140, ) J. P. Perdew, K. Burke, and M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett., 1996,77, ) H. J. Monkhorst and J. D. Pack, Phys. Rev. B., 1976, 13,

67 Aflatoksikol ün Tautomerik Ve Toksikolojik Özelliklerinin Hesapsal larak İncelenmesi Şükrü ERİŞ a, Devran UYSAL a, Sedat KARABULUT a a BalıkesirÜniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümü, Balıkesir, Türkiye sukru.eris@hotmail.com Aflotoksin B1 (AFB1), Aspergillus flavus ve Aspergillus parasiticus mantarları tarafından doğal olarak üretilmektedir. Aflotoksin in kanserojen etkisinin olduğu iyi bilinmektedir. Aflotoksinler arasında en önemli olanı AFB1 dir ve onu sırasıyla G1, B2 ve G2 takip eder. Aflatoksikol (AFL), AFB1 in bir karbonilinin enzimatik veya sentetik olarak indirgenmesiyle elde edilebilir. AFL ün yapısal ve toksikolojik özellikleri henüz çok iyi anlaşılamamıştır. Aflatoksikol ün üç tautomer ve üç stereoizomeri mevcuttur (Şekil 1). Bu izomerlerden hangisinin daha kararlı olduğu ve toksisiteye katkıları henüz aydınlatılamamıştır. 1 Şekil 1. Aflatoksin B1 in Aflatoksikol ile onun izomerleri ve tautomerlerine dönüşümü Bu amaç doğrultusunda AFB1 ve AFL izomerleri B3LYP g(2d,2p) seviyesinde su içerisinde optimize edilmiştir. AFL ün stereoizomerlerinin ve tautomerlerinin bağıl stabilitesi, su içinde hesaplanan standart Gibbs enerjileri karşılaştırılarak incelenmiştir.afb1 ve AFL ün elektrostatik potansiyel haritaları ve HM LUM diyagramları karşılaştırılarak AFL ün toksisitesi tartışılmıştır. 1) Karabulut, S.;Paytakov, G.; Leszczynski, J.J. Sci.FoodAgr.doi: /jsfa