KÖPEK GENÇLİK HASTALIĞI VİRUS İZOLASYONU, H PROTEİNİ KODLAYAN GEN BÖLGESİNİN KARAKTERİZASYONU VE SEROEPİDEMİYOLOJİSİ

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "KÖPEK GENÇLİK HASTALIĞI VİRUS İZOLASYONU, H PROTEİNİ KODLAYAN GEN BÖLGESİNİN KARAKTERİZASYONU VE SEROEPİDEMİYOLOJİSİ"

Transkript

1 TÜRKİYE CUMHURİYETİ ANKARA ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ KÖPEK GENÇLİK HASTALIĞI VİRUS İZOLASYONU, H PROTEİNİ KODLAYAN GEN BÖLGESİNİN KARAKTERİZASYONU VE SEROEPİDEMİYOLOJİSİ Elvin ÇALIŞKAN VİROLOJİ ANABİLİM DALI DOKTORA TEZİ DANIŞMAN Prof. Dr. İbrahim BURGU 2007-ANKARA

2 ii Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Viroloji Doktora Programı çerçevesinde yürütülmüş olan bu çalışma, aşağıdaki jüri tarafından Doktora Tezi olarak kabul edilmiştir. Tez Savunma Tarihi: 12/12/2007 Prof. Dr. İbrahim BURGU Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Jüri Başkanı Prof. Dr. Yılmaz AKÇA Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Prof. Dr. Hakan YARDIMCI Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Prof. Dr. Aykut ÖZKUL Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Doç. Dr. Mehmet ÇABALAR Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi

3 iii İÇİNDEKİLER Kabul ve Onay İçindekiler Önsöz Simgeler ve Kısaltmalar Şekiller Çizelgeler Sayfa No ii iii vii viii ix xi 1. GİRİŞ Etiyoloji Viral Proteinler Nükleokapsid Proteini Fosfoprotein Matriks Proteini Füzyon Proteini Hemaglütinin Proteini Polimeraz Proteini Viral Replikasyon Virusun Üretildiği İnvivo ve İnvitro Sistemler Epidemiyoloji Patogenez Patoloji Klinik Bulgular İmmunoloji Tanı Klinik Tanı Virolojik Tanı Virus İzolasyonu Moleküler Tanı Yöntemleri İmmunositokimya Serolojik Tanı Yöntemleri 18

4 iv 1.8. Tedavi Kontrol ve Koruma Modifiye Canlı Aşılar Rekombinant KGH ve DNA Aşıları Maternal Antikorlar Tezin Amacı GEREÇ VE YÖNTEM Gereç Araştırmada Örneklene Hayvanlar Araştırmada Kullanılan Örnekler Virus İzolasyon Materyali Serum Örnekleri Hücre Kültürü Virus Yöntem Çalışmada Kullnılan Örneklerin Hazırlanması Nazal ve Konjunktival Sürüntü Örneklerinin Hazırlanması Gaita Örneklerinin Hazırlanması Lökosit Örneklerinin Hazırlanması Organ Örneklerinin Hazırlanması Serum Örneklerinin Hazırlanması Virus İzolasyonu Viruz İzolasyon Materyallerinin Hazırlanması ve Hücre Kültürüne İnokülasyonu Virusların Efeksiyözite Gücünün Tespiti Virus İzolatlarının İdentifikasyonu Direkt İmmun Floresans Testi Molaküler Genetik İdentifikasyon RNA Ekstraksiyonu Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu PZR Ürünlerinin Agaroz Jel Elektroforez Yöntemi ile Görüntülenmesi 32

5 v PZR Ürünlerinin Saflaştırılması PZR Ürünlerinin Klonlanması Dizin Analizi Dizin Analiz Sonuçlarının Değerlendirilmesi Filogenetik Analiz Serolojik Çalışma Çapraz Virus Nötralizasyon Testi ELISA BULGULAR Örneklenen Hayvanlar Virus İzolasyonu ve İdentifikasyonu Hücre Kültürü İnokülasyonu Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu Direkt İmmun Floresans Testi Virusların Enfeksiyözite Gücü Moleküler Genetik Karakterizasyon Revers Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu Dizin Analizi Filogenetik Analiz Seroojik Çalışma Çapraz Virus Nötralizasyon Testi ELISA ile IgM ve IgG Antikorlarının Tayini TARTIŞMA SONUÇ ve ÖNERİLER 92 ÖZET 94 SUMMARY 95 KAYNAKLAR 96 EKLER 105

6 vi Ek-1 Standart Genetik Kodlar 105 Ek-2 Aminoasitler ve Sembolleri 105 Ek-3 Olgu 10 a ait dizin analizi verileri 106 Ek-4a Olgu 13 e ait dizin analizi verileri 106 Ek-4b Olgu 13 e ait dizin analizi verileri 106 Ek-5a Olgu 14 e ait dizin analizi verileri 107 Ek-5b Olgu 14 e ait dizin analizi verileri 107 Ek-6 Olgu 15 e ait dizin analizi verileri 107 Ek-7 Olgu 23 e ait dizin analizi verileri 108 Ek-8 Olgu 30 a ait dizin analizi verileri 108 Ek-9 Olgu 32 ye ait dizin analizi verileri 109 Ek-10 Olgu 36 ya ait dizin analizi verileri 109 Ek-11 Olgu 37 ye ait dizin analizi verileri 110 Ek-12 Olgu 38 e ait dizin analizi verileri 110 Ek-13 Olgu 39 a ait dizin analizi verileri 111 Ek-14 Olgu 40 a ait dizin analizi verileri 111 Ek-15 Olgu 41 e ait dizin analizi verileri 111 Ek-16 Olgu 42 e ait dizin analizi verileri 112 Ek-17 Olgu 44 e ait dizin analizi verileri 112 Ek-18 Olgu 46 ya ait dizin analizi verileri 113 Ek-19 Olgu 51 e ait dizin analizi verileri 113 ÖZGEÇMİŞ 115

7 vii ÖNSÖZ Köpek Gençlik Hastalığı, tüm dünya da birçok farklı karnivor türü için en önemli viral hastalıklarından biri olarak kabul edilmektedir. Enfeksiyon, yüksek morbidite ve mortalite oranına sahip olup solunum, sindirim ya da merkezi sinir sistemi bulguları ile karakterize ağır bir klinik tablo oluşturur. Hastalıkla mücadelede 1950 ler den itibaren kullanılmaya başlanılan modifiye canlı Köpek Gençlik Hastalığı Virusu aşıları büyük oranda etkili olmuştur. Ancak, birçok ülkede saha viruslarının aşı viruslarından genetik olarak farklılaşmış olduğu bilinmektedir. Son yıllarda yapılan birçok çalışmada Köpek Gençlik Hastalığının insidansının gerek evcil köpeklerde ve gerekse vahşi karnivor türlerinde kayda değer düzeyde arttığı rapor edilmiştir. Günümüzde uygulanan yoğun aşılama programlarına karşın Köpek Gençlik Hastalığı Virusu tüm dünyada aşılanmış ya da aşılanmamış evcil köpek ve vahşi karnivor popülasyonunda sirkülasyonuna devam etmektedir. Bu durum aşı uygulamasında yapılan hatalar sonucunda hayvanda yeterli bağışıklık düzeyinin sağlanamaması ya da aşı ile oluşturulan bağışık yanıttan kaçabilecek kadar farklılaşmış mutant suşların varlığı ile açıklanmaya çalışılmaktadır. Bu çalışmada, Köpek Gençlik Hastalığının günümüzdeki durumu göz önüne alınarak, ülkemizde varolan yerel suşun ve/veya suşların izolasyonu ve H proteini kodlayan gen bölgesini karakterizasyonu ile elde edilen moleküler epidemiyolojik sonuçların diğer Köpek Gençlik Hastalığı Virusları ve aşı suşları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Araştırmada ayrıca sahadan toplanacak kan serum örneklerinde virusa özgü nötralizan antikorların etkinliği ve meydana gelen muhtemel genetik değişimlerin yansımalarının değerlendirilmesi de hedeflenmiştir. Tez çalışmamda yardımlarını esirgemeyen ve Ankara Üniversitesi Viroloji Anabilim Dalı nın tüm olanaklarından faydalanmamı sağlayan Danışman Hocam Sayın Prof. Dr. İbrahim BURGU ya, her konuda olumlu yönlendirmeleri ile benden yardım ve desteklerini esirgemeyen Viroloji Anabilim Dalı Öğretim Üyeleri Sayın Prof. Dr. Yılmaz AKÇA ya, Sayın Prof. Dr. Feray ALKAN a, değerli bilgileri ile bana yön veren Sayın Prof. Dr. Aykut ÖZKUL a, Sayın Doç. Dr. Seval BİLGE DAĞALP e ve tez izleme komitesindeki olumlu katkılarıyla Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi E.m. Prof. Dr. Jale ERDEĞER PARACIKOĞLU na ve Prof. Dr. Hakan YARDIMCI ya, doktora tez çalışmam süresince birlikte çalıştığım tüm Araştırma Görevlisi ve doktora öğrencisi arkadaşlarıma, tez çalışmam için gerekli numunelerin temininde yardımcı olan Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi İç Hastalıkları, Patoloji ve Cerrahi Anabilim Dalı Öğretim Üyelerine, Araştırma Görevlisi ve doktora öğrencisi arkadaşlarıma ve tez çalışmama katkıda bulunan herkese en içten teşekkürlerimi sunarım. Sevgili aileme bana bu güne kadar verdikleri manevi ve maddi tüm desteklerden dolayı, eşim Deniz e tez çalışmamın yazımında varlığı ve desteği için teşekkürü bir borç bilirim.

8 viii SİMGELER VE KISALTMALAR bp :Baz Çifti cdna :Komplementer Deoksiribonükleik Asit CPE :Sitopatolojik Etki datp :Deoksiadenozin Trifosfat dctp :Deoksisitozin Trifosfat ddntp :Dideoksinükleotid Trifosfat DIF :Direkt İmmunfloresans dgtp :Deoksiguanidin Trifosfat DMEM :Dulbecco s Minimal Essential Medium DKID 50 :Doku Kültürü Enfektif Doz 50 DNA :Deoksiribonükleik asit dntp :Deoksinükleotid Trifosfat dttp :Deoksitimidin Trifosfat EDTA :Etilen Diamin Tetraasetik Asit ELISA :Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay FDS :Fötal Dana Serumu H :Hemaglütinin Ig :İmmunglobulin CD :Köpek Gençlik Hastalığı CDV :Köpek Gençlik Hastalığı Virusu M :Molar ml :Mililitre µm :Mikrometre mrna :Mesajcı RNA nm :Nanometre nt :Nükleotit PBS : Phosphate Buffered Saline PZR :Polimeraz Zincir Reaksiyonu RNA :Ribonükleik Asit RT-PZR :Revers Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu TAE :Tris Asetik asit EDTA Vero :Afrika Yeşil Maymun Böbrek Hücresi

9 ix ŞEKİLLER Sayfa No Şekil 2.1. Araştırmada kullanılan primerlerin yerleşimi ve H gen bölgesinin amplifikasyon stratejisi 31 Şekil 3.1.a. Hücre kültüründe virus üremesi sonucunda oluşan dev hücresi 46 Şekil 3.1.b. Dev hücresine ait immunfloresans mikoroskop görüntüsü 46 Şekil 3.1.c. Hücre kontrol 46 Şekil 3.2. İzolatlara ve aşı suşuna ait HF1-HR2 primer çiftleri ile elde edilen DNA ürünlerinin agaroz jel görüntüleri 47 Şekil 3.3. RT-PZR sonucunda çoğaltılan H gen bölgesine ait agaroz jel görüntüleri 49 Şekil 3.4. Aşı suşları ve olgulara ait H geni antijenite profilleri 56 Şekil 3.5. Aşı suşları, izolat 5804/ Han90 a ve olgulara ait aminoasit 58 dizinlerinin karşılaştırılması Şekil 3.6. CDV Onderstepoort ve saha izolatlarına ait H proteinlerinin ikincil yapıları karşılaştırması 60 Şekil 3.6.a. CDV/Ondertespoort suşu H protein ikincil yapısı 60 Şekil 3.6.b. CDV/Olgu 30 H protein ikincil yapısı 61 Şekil 3.6.c. CDV/Olgu 36 H protein ikincil yapısı 62 Şekil 3.6.d. CDV/Olgu 41 H protein ikincil yapısı 63 Şekil 3.6.e. CDV/Olgu 42 H protein ikincil yapısı 64 Şekil 3.6.f. CDV/Olgu 46 H protein ikincil yapısı 65 Şekil 3.6.g. CDV/Olgu 51H protein ikincil yapısı 66 Şekil 3.7. FF1-HR2 primer bölgesinin nükleotit dizinleri bazında izolatlar, diğer CDV ve aşı suşları arasındaki filogenetik ilişki 68 Şekil 3.8. HF1 HR1 primer bölgesinin nükleotid dizinleri bazında izolatlar, diğer CDV ve aşı suşları arasındaki filogenetik ilişki 69 Şekil 3.9. Nükleotid dizinleri bazında, olgulara ait tam uzunluk dizinleri ve aşı suşları arasındaki filogenetik ilişki 70 Şekil Aminoasit dizinleri bazında, olgulara ait tam uzunluk dizinleri ve aşı suşları arasındaki filogenetik ilişki 71

10 x Şekil 3.11.a. Yaş grupları bazında İzolat CDVTurk 5106 ya karşı gelişen nötralizan antikor titre değerleri 76 Şekil 3.11.b. Yaş grupları bazında Onderstepoort suşuna karşı gelişen nötralizan antikor titre değerleri 76

11 xi ÇİZELGELER Sayfa No Çizelge 2.1. Örneklenen hayvanların sağlandıkları yerlere göre dağılımı 21 Çizelge 2.2. Test edilen örnek sayılarına ait detaylı çizelge 22 Çizelge 2.3. İzolasyon mateyallerinin dağılımı 22 Çizelge 2.4. RT-PZR karışımları ve bileşenleri 30 Çizelge 2.5. PZR de kullanılan primer dizinleri yerleşimleri ve elde edilen ürün büyüklükleri 30 Çizelge 2.6. PZR karışımının bileşimi 31 Çizelge 2.7. Ligasyon reaksiyon karışımının bileşimi 33 Çizelge 2.8. Dye Termination Cycle Sequencing (DTCS) kit karışımı 34 Çizelge 2.9. DNA dizinleme reaksiyon karışımı 35 Çizelge 3.1. Çalışmada örneklenen ve pozitiflik tespit edilen hayvan sayıları 38 Çizelge 3.2. Olgulara ait örnekleme tarihi, yaş aşı ve son durum verileri 39 Çizelge 3.3. Enfeksiyonun dört farklı yaş grubundaki dağılımı 41 Çizelge 3.4. Olgularda saptanan klinik bulgular ve farklı klinik örneklere ait sonuçlar 43 Çizelge 3.5. CD pozitif olgulara ait klinik örneklerin, viral nükleik asit varlığı yönünden pozitiflik oranları 45 Çizelge 3.6. İzolatlara ait anamnez bilgileri ve enfektivite değerleri 48 Çizelge 3.7. Olgulardan elde edilen dizinlere ait veriler 51 Çizelge 3.8. Olgulara ve aşı suşlarına ait dizinlerde nükleotid ve amino asit dizin benzerlikleri 54 Çizelge 3.9. Aşı suşları ve saha izolatlarının aminoasit düzeyinde karşılaştırma sonuçları 54 Çizelge Dizinleri Gen Bankası veri tabanından elde edilen ve analizlerde kullanılan CDV suşlarının Gen Bankası kayıt numaraları 57 Çizelge Olgulara ait kan serum örneklerinde iki farklı virusa karşı elde edilen antikor titre değerleri 73

12 xii Çizelge İzolat CDVTurk 5106 ve Onderstepoort suşuna karşı gelişen antikor titre düzeyleri ve pozitif serum sayıları 75 Çizelge Olgulara ait IgM ve IgG ELISA sonuçlarının Onderstepoort suşu ve İzolat CDVTurk 5106 ya ait nötralizan antikor titre düzeyleri ile karşılaştırılması 78

13 1 1. GİRİŞ Canine Distemper (CD) veya Köpek Gençlik Hastalığı olarak da bilinen enfeksiyon, yüksek morbidite ve mortalite oranı ile bir çok evcil ve vahşi karnivor türünde yaygın olarak görülen önemli viral enfeksiyonlar arasında yer alır. Dünya çapında enzootik bir enfeksiyon olan CD uzun bir geçmişe sahiptir. İlk olarak 1906 yılında CD etkeninin bir virus olduğu Carré tarafından tespit edilmiştir (Appel ve Summers, 1999). Ancak, Blancou (2004) tarafından yapılan çalışmada, tarihsel süreç içerisinde Canine Distemper Virusun (CDV) 17. yüzyılda İspanyol kolonileri ile Amerika ve Avrupa ya taşındığı varsayılmaktadır Etiyoloji CDV, Mononegavirales takımı içerisinde bulunan Paramyxoviridae ailesinin, Morbillivirus genusuna ait bir virusdur (Prigle, 1999). Genusun diğer üyeleri ise, Kızamık (MV), Sığır Vebası (RPV) ve Küçük Ruminant Vebası (PPRV) viruslarıdır. Morbillivirus genusu içerisine son yıllarda ortaya çıkan ve karakterizasyonu yapılan Phocid Distemper virus ve Cetacean Morbillivirus da dahil edilmiştir (Barrett, 1999). Virus, konak plazma membranından kök en alan çift katlı lipid bir zarf ile çevrilidir. Elektron mikroskopide (EM), Paramyxoviridae ailesinin tipik yapısal görüntüsüne sahiptir. Virus partikülleri nm çapında pleomorfik yapılar olup, zarf üzerinde bulunan 8-12 nm lik yüzey antijenleri partiküllere saçaklı bir görünüm kazandırır (Chopin ve Compans, 1975). Yaklaşık 18 nm çapında ve 1µm uzunluğundaki Ribonükleoprotein (RNP) kompleksi EM de Paramyxoviridae ailesine ait karakteristik kılçık görüntüsünü verir (Barrett, 1999).

14 2 Takımı oluşturan virusların genetik materyali segmentsiz, tek zincirli, lineer ve negatif polariteli bir RNA molekülüdür. Viral genomun uzunluğu baz çiftidir (bp) (Sidhu ve ark., 1993b). Paramyxoviridae ailesinde genom uzunluğu altının katları olacak şekilde ayarlanmıştır. Altı Kuralı adı verilen bu durum, etkin bir replikasyon için tek bir nükleokapsid proteininin tam olarak 6 nükleotide bağlanması zorunluluğunu ifade eder (Calain ve Roux, 1995; Kolakofsky ve ark., 1998). Viral genomda toplam 6 gen bölgesi bulunmaktadır. Bunlar sırasıyla, Nükleokapsid Proteini (N), Fosfoprotein (P), Matriks Proteini (M), Füzyon Proteini (F), Hemaglütinin Proteini (H) ve Polimeraz Proteini (L) gen bölgeleridir (Abraham ve Banerjee, 1976; Sidhu ve ark., 1993b; Whelan ve ark., 2004). Mononegavirales takımının diğer tüm üyelerinde olduğu gibi, Morbillivirus genusunda sentezlenen tüm RNA molekülleri çıplak halde değil, N proteini ve RNA bağımlı RNA polimeraz (RdRP) tarafından oluşturulan RNP kompleksleri şeklinde bulunur. RdRP ise; L proteini ve kofaktör P proteinini içerir. Genomun, 3 ve 5 uçlarında bulunan, kodlamanın yapılmadığı bölgeler sırasıyla öncü ve artçı bölgeler olarak adlandırılırlar. Bu bölgelerde bulunan ilk 10bp lik dizilim aynıdır. Bu dizinler RdRP bağlanması, öncü kısa RNA parçacığının sentezi (Le+) ve enkapsidasyon gibi çoklu fonksiyonel görevler üstlenirler (Sidhu ve ark., 1993b; Knipe ve Howley, 2001; Whelan ve ark., 2004) Viral Proteinler Nükleokapsid Proteini (N) Öncü dizine komşu olan 1683bp uzunluğundaki ilk gen bölgesinden sentezlenir (Stettler ve Zurbriggen, 1995). Genomdaki konumuna bağlı olarak, N proteini viral yapıda en fazla miktarda bulunan proteindir. Enkapsidasyon ile viral genomun helikal yapısını almasını sağlar ve bu kırılgan yapıyı nükleokapsid kılıf ile RNaz lardan korur. Ayrıca, transkripsiyon ve replikasyon için zorunlu olan RdRP kompleksinin genom ile ilişkide

15 3 olmasını sağlar. Diğer bir görevi ise, viral birleşme sırasında M proteini ile ilişki kurmaktır. Serbest halde bulunan hücre içi N protein yoğunluğu replikasyon ve transkripsiyon arasındaki geçişi sağlar (Blumberg ve Kolakofsky, 1981; Blumberg ve ark., 1981; Knipe ve Howley, 2001) Fosfoprotein (P) Viral genomun 1655bp den oluşan ikinci gen bölgesidir. Diğer gen bölgelerinden farklı olarak polisistroniktir; biri yapısal, diğer ikisi yapısal olmayan 3 farklı protein sentezi yapılır. İlk ve en uzun açık okuma çerçevesinden P proteini, P/V ortak açık okuma çerçevesinden sonra AUG ile başlayan alternatif bir çerçeveden C proteininin mrna sı sentezlenir. P bölgesinin 3. proteini ise, düzeltme bölgesi dizinleri 3 -U n C n -5 olarak kabul edilen belirlenmiş bölgelere, genetik olarak programlanmış bir adet Guanin(G) girişi sonucu V proteininin sentezi gerçekleşir (Haas ve ark., 1995; Nagai ve Kato, 2004). P proteini, RdRP nin yapısına katılır ve L proteini için transaktivatör (kofaktör) görevi görür (Knipe ve Howley, 2001). P proteini, fosforlanarak aktive olur. Hücresel kinazlar tarafından başlatılan bu reaksiyonda, tercih edilen hücresel enzimler genus içerisinde farklılık gösterir. Liu ve ark. (1997), rekombinant P proteini ile yaptıkları çalışmada, CDV nin Kazein Kinaz II ye göre Protein Kinaz לC - yi tercih ettiğini saptamışlardır. Vero ve MDCK gibi duyarlı hücre hatlarında yüksek oranda bulunan bu enzimin, doku tropizmi ve hücrenin duyarlılığında önemli olduğu anlaşılmıştır.

16 Matriks Proteini (M) Viral genomun 3. gen bölgesi olup, 1442bp uzunluğundadır (von Messling ve ark., 2001). Virus birleşmesinde anahtar eleman olarak kabul edilen M proteini, ayrıca virus morfolojisinde, glikoproteinlerin uygun bölgelere yerleştirilmesinde ve tomurcuklanmada çok kritik görevler üstlenir. Bu proteinin kararlılığında ve sentez düzeyinde meydana gelen değişimler, persiste enfeksiyonun gelişim mekanizmaları arasında yer alır (Bellini, 1986; Hirano ve ark., 1993; Cathomen ve ark., 1998) Füzyon Proteini (F) F proteini, viral füzyondan sorumlu proteindir. Enfekte hücre lipoprotein yüzey membranı ile viral lipoprotein zarf arasında veya komşu hücre membranları arasında füzyonu gerçekleştirerek viral RNP kompleksinin sitoplazmaya verilmesini sağlar (Schied ve Choppin, 1974; Diallo, 1990; Evans ve ark., 1990). Füzyon aktivasyonu ph bağımlı olmadığı için enfeksiyon plazma membranında başlar. F proteini membran füzyonu dışında viral replikasyon ve virulenste önemli fonksiyonlara sahiptir (von Messling ve Cattaneo, 2002). Viral enfektivitede ve patogenezde vazgeçilmez olan F proteini, 2205 bp lik F gen bölgesinden, inaktif öncü F 0 proteini şeklinde sentezlenir. Bir seri proteolitik işlem sonucunda füzyon işlemini yapabilecek aktif F proteini oluşur. Etkin bir füzyon işleminde, H ve F proteinleri arasındaki etkileşim F proteininin füzyon işlemi için gerekli uygun yapıyı kazanmasında önemlidir (von Messling ve ark., 2004).

17 Hemaglütinin Proteini (H) H proteini CDV nin diğer yüzey proteinidir ve virusun hücresel reseptörlere tutunmasını sağlar (Haas ve ark.,1997; von Messling ve ark., 2001). CDV de dahil Morbillivirus genusunun hiçbir üyesinde nöroaminidaz aktivitesi yoktur (Diallo, 1990; Morrison ve Portner, 1991). Viral proteinler üzerinde monoklonal antikorlar (Mab) ile yapılan çalışmalar ve genetik analizler H proteininin antijenik olarak en değişken viral protein olduğunu ortaya koymuştur (Kövames ve ark., 1991; Wild ve ark., 1995; Haas ve ark., 1997; Iwatsuki ve ark., 2000; Pardo ve ark., 2005). Bununla birlikte H proteini, nötralizan antikorların önemli bir hedefi olduğu için aminoasit değişimlerinin ve olası antijenik farklılıkların değerlendirilmesi açısından en uygun viral protein olarak kabul edilmektedir (Örvell ve ark., 1990; Jin ve ark., 1998; Haas ve ark., 1999). H proteinini kodlayan gen bölgesinde bp arasında bulunan bir adet açık okuma çerçevesi vardır. Bu bölgeden 607 aminoasit uzunluğundaki H proteini kodlanır (von Messling ve ark., 2001). H proteininin N- ucu kuvvetli hidrofobiktir ve bu bölüm proteinin zarfa bağlanmasını sağlar. Zarfın dışında kalan eksternal glikoprotein kısmı ise 522 aminoasit uzunluğundadır (Knipe ve Howley, 2001). Hücre reseptörünün tanınması ve viral tutunmaya bağlı olarak H proteini viral tropizmin esas belirleyicisidir (Kövamess ve ark., 1991). Viral füzyon aktivitesinde de görev alan H proteininin yüzey yapısındaki oligosakkaritler (N-glikanlar) hücresel reseptörler ile ilişkiyi etkileyebilir. Oligosakkaritler reseptör bağlanmasında belirgin bir değişiklik yapmadan F-H protein kompleksinin füzyon etkinliğini değiştirerek viral yayılımı etkileyebilir (Haas ve ark., 1999; von Messling ve ark., 2001). von Messling ve ark. (2001) farklı viruslara ait F ve H proteinlerine sahip rekombinant viruslarda F ve H proteinleri arasındaki ilişkiyi ve sitopatojenite düzeylerini değerlendirmiş, H proteinini tropizmin ve sitopatojenitenin başlıca belirleyicisi olarak ifade etmişlerdir. Ayrıca füzyon yeteneği ile attenüasyon arasında pozitif bir ilişkinin varlığını ve virusun bu özelliği daha derin dokulara yayılmak için kullandığını da ortaya koymuşlardır.

18 6 H proteini mutasyonlara en açık protein olup, antijenik yapısı genus içerisinde olduğu kadar, suşlar arasında da farklılıklar gösterir. Morbilliviruslar arasında üç boyutlu yapının oluşumunu ve stabilizasyonunu sağlayan sistein ve prolin rezidülerinin pozisyonu iyi korunmuştur. CDV de, morbillivirus genusunun diğer üyelerine oranla daha fazla sayıda potansiyel N- glikozlanma bölgesi bulunur. Bu bölgelerde virusun suşları arasında da belirgin farklılıklar saptanır (Haas ve ark., 1997). Birçok araştırıcı, sahada sirküle eden viruslara ait antijenik yapının belirlenmesinde, H proteininde oluşan değişimlerin saptanmasının önemini vurgulamışlardır (Haas ve ark., 1997; Jin ve ark., 1998; Haas ve ark., 1999; Iwatsuki ve ark., 2000; Martella ve ark., 2006) Polimeraz Proteini (L) L proteini viral RNA bağımlı RNA polimerazdır. Viral RNA dan transkripsiyonu yapılan en son gen bölgesi olduğu için en az miktarda kodlanan proteindir. 1673bp lik gen bölgesinde tek bir açık okuma çerçevesi vardır. Bu gen bölgesinden sentezlenen 246 kda ağırlığında ki L proteini CDV nin en büyük proteinidir (Sidhu ve ark., 1993a; Diallo, 1990). Viral transkripsiyon ve replikasyonunun gerçekleşmesi için gerekli olan RdRP aktivitesini yerine getirir. Polimeraz aktivitesinin yanı sıra, fonksiyonel bir mrna oluşumu için gerekli olan, poliadenilasyon, protein kinaz ve başlıklama işlemi için gerekli diğer enzimatik aktivitelere de sahiptir (Whelan ve ark., 2004) Viral Replikasyon Viral genom, iki farklı RNA sentez işlemi için kalıp görevi görür. Bunlar mrna üretimi için transkripsiyon ve takiben gerçekleşen ( ) polariteli viral genom üretimi için replikasyondur (Blumberg ve Kolakofsky, 1981; Blumberg ve ark., 1981; Knipe ve Howley, 2001; Whelan ve ark., 2004).

19 7 Transkripsiyon işlemi ilk gen bölgesinden direkt olarak başlar. Sentezlenen proteinlerin düzeyleri 3 ucundan 5 ucuna doğru azalır. Protein sentezinde meydana gelen attenüasyonun en önemli sebebi, RdRP bağlanma etkinliğinin 3 ucundan 5 ucuna doğru ilerlerken, her bağlanmada giderek azalmasından kaynaklanmaktadır (Wertz ve ark., 2002; Whelan ve ark., 2004). Genlerin dizilimi ve buna bağlı olarak gerçekleşen sentez düzeyi viral ihtiyaca göre düzenlenmiştir (Wertz ve ark., 2002). Paramyxoviruslarda kabul edilen transkripsiyon, sentezin durdurulduğu gen birleşim bölgeleri sebebiyle, Dur-Başla modeli olarak kabul edilir. Transkripsiyon birbirinden bağımsız farklı gen bölgelerinin mrna sentezi ile sonlanır. Viral mrna nın translasyonu ek bir işlem gerekmeksizin konağın ribozomlarında gerçekleştirilir. Sonuçta, tüm viral proteinler aynı anda sentezlenir (Barr ve ark., 1997; Hwang ve ark., 1998; Whelan ve ark., 2004). Transkripsiyonu takiben replikasyon siklusuna geçilir. Replikasyonda RdRP, genomun 3 ucundan başlayarak, tam uzunluktaki komplementer antigenomu sentezler. İlk aşamada sentezlenen pozitif polariteli antigenomik replikatif aracılarda RNP kompleksi halinde bulunurlar. Bu antigenomik aracı RNA lar tam uzunluk progeni genomlar için kalıp görevi görürler (Whelan ve ark., 2004). Virionların hücre dışına çıkışı plazma membranından tomurcuklanarak veya füzyon ile gerçekleşir. Viral birleşme ve tomurcuklanma bölgesinin seçimi, viral proteinlerin uygun yerleşimine bağlıdır. Bu uygun yerleşim de, bir seri protein-protein, protein-lipit etkileşimini gerektirir. Hücre membranına yerleştirilmiş F ve H proteinlerinin sitoplazmik kuyrukları ile RNP kompleksi arasındaki bu ilişki M proteini tarafından sağlanır. Cathomen ve ark. (1998) yaptığı bir çalışmada, tomurcuklanma bölgesi seçiminde M proteini kadar, F ve H proteinlerinin sitoplazmik kuyruklarında bulunan özgül dizinlerin hedef bölgeye ulaşmada etkili olduğu saptanmıştır.

20 Virusun Üretildiği İnvivo ve İnvitro Sistemler CDV çeşitli hücre hatlarında, embriyolu tavuk yumurtası ve deneme hayvanları olarak da köpek ve gelinciklerde üretilebilmektedir. Morbillivirusların üretilmesinde African Green Monkey Kidney (Vero) en sık kullanılan hücre hatlarıdır (Appel ve Gillespie, 1972). Son yıllarda, hücre hatlarının duyarlılığını arttırmak amacıyla çeşitli modifikasyonlar yapılmıştır. Seki ve ark. (2003) Signaling Lymphocyte Activation Molecules (SLAM) olarak adlandırılan yüzey proteinlerini salgılama yeteneği kazanan Vero-DST hücrelerinin, klinik örneklerden virus izolasyonunda oldukça etkili olduğunu bildirmişlerdir. Lan ve ark., (2005b) farklı CDV suşlarının, Vero ve Vero-DST hücre hatlarındaki çoğalma kinetiklerini karşılaştırmış ve virus izolasyon çalışmalarında olduğu kadar virolojik testlerde de Vero-DST hücre hattının daha başarılı olduğunu belirtmişlerdir. Bunun dışında primer köpek beyin hücresi, gelincik hücre kültürleri, Madine Darby Canine Kidney (MDCK), Hela, BHK-21, Marmoset maymunu B-hücre hattı (B95a) ve köpek lenfosit hücre kültürleri de kullanılır. Engelhardt ve ark. (2005), virulent A75/17 ve vahşi CDV suşlarının, köpek ayak tabanı kerotinositlerinden (CFK) elde edilen primer hücre kültüründe, adaptasyona ihtiyaç duymadan, yüksek düzeyde enfeksiyon oluşturduğunu saptamışlardır. CDV, hücre kültürlerinde çoğalırken iki yol kullanır. Birinci yolda enfekte hücrelerden serbest kalan virionlar ortamdaki diğer hücrelerde enfeksiyonu başlatır. Diğer yol ise, virusun hücreden hücreye geçerek çevresindeki komşu hücreleri enfekte etmesi ve sinsityal hücre oluşumu ile karakterizedir (Fields ve ark., 1994). Virus ile enfekte hücre kültürlerinde belirgin bir CPE oluşumu görülmez. Oluşan değişiklikler vakuolizasyon ile karakterize granüler bir görünüm ve dereceli olarak yuvarlaklaşıp tabandan kalkmış hücreler ile tanımlanır. CPE oluşumu virus suşuna ve hücre hattına göre farklılıklar gösterir (Lednicky ve ark., 2004). Suşlar arasında sinsitya oluşumu ve attenüasyon düzeyleri bakımından farklılıklar bulunur. Attenüasyon ile beraber, sinsitya oluşumunun da belirginleştiği saptanmıştır (von Messling ve ark., 2001).

21 Epidemiyoloji CDV, Carnivora takımında bulunan birçok farklı türü kapsayan geniş bir konak aralığına sahiptir. Duyarlı konak aralığında; Canidae (köpek, tilki, kurt, çakal, vahşi köpekler), Mustelidae (gelincik, vizon, samur, kokarca, porsuk, sansar), Procyonidae (rakun, panda) ailelerinin tüm üyeleri bulunur. Ayrıca ayı (Ursidae) familyası ve sırtlanlar da (Crocuta crocuta) doğal yolla enfekte olabilmektedir (Appel ve Summers, 1995; Barrett, 1999). Daha önce konak aralığına dahil edilmeyen aslan (Panthera leo), kaplan (Panthera tigris), leopar (Panthera pardus) Kuzey Amerika, 1994 Tanzanya salgınları ile konak aralığına dahil edilmiştir (Anderson, 1995). Ayrıca CDV nin son yıllarda deniz memelilerinde ortaya çıkan salgınlarla da ilişkili olduğu saptanmıştır (de Swart ve ark., 1995). Bulaşma ve mortalite türler arasında çok değişkendir, ancak genç hayvanlar, özellikle 4-6 aylık yavrular çok daha duyarlıdır. Maternal antikor almamış yavrular ise en duyarlı grubu oluşturur. CDV konak dışında son derece dayanıksızdır ve süratle inaktive olur. Isı, kurutma etkilerine karşı labildir. Virus eter, alkol, deterjanlar, fenol ve sodyum hidroksit gibi kimyasallar ile kolaylıkla inaktive olur. Virusun labil yapısından dolayı hayvanlar arasındaki yakın temas önemli bir bulaşma yoludur. Enfeksiyonun görülme sıklığı hayvanların toplu olarak tutulduğu barınak ve satış yerlerinde en yüksek düzeyde olur. Enfekte hayvan virusu tüm sekret ve ekskretleri ile saçar. Solunum sekretleri ile damlacık enfeksiyonu CDV nin en önemli bulaşma yoludur (Murphy ve ark., 1999). Appel ve Summers (1999) tarafından yapılan çalışmalarda, CDV ile enfekte annelerden doğan yavrularda transplasental geçiş sonucunda enfeksiyon oluşabileceği saptanmıştır. Morbillivirus genusuna ait tüm viruslar antijenik olarak yakın ilişkilidir. Bu ilişki, virusların tek bir Köken Virus dan orijin alması ile açıklanır (Kövamess ve ark., 1991). CDV serolojik olarak tek tiptir ancak antijenik çeşitliliğe bağlı olarak CDV nin farklı suşları genotipler olarak adlandırılır. Hastalığın şiddeti ve nörotropizmi açısından genotipler arasında belirgin farklılıklar bulunur (Harder ve Osterhaus, 1997). CDV temel olarak 7 adet coğrafi gruba ayrılmıştır. Bu coğrafi genetik varyantlar Aşı, Amerika, Artik,

22 10 Avrupa, Asya1, Asya2 ve Afrika olarak adlandırılmıştır (Harder ve Osterhaus, 1997; Barrett, 1999; Haas ve ark., 1999). Son yıllarda yapılan epidemiyolojik çalışmalar, aşı geçmişi olan hayvanlarda da enfeksiyonun prevalansının artışını ortaya koymuş ve kullanımdaki aşı suşları ile sirkülasyondaki saha virusları arasındaki ilişkinin daha detaylı bir şekilde incelenmesi gereğini doğurmuştur (Haas ve ark., 1997; Haas ve ark., 1999; Iwatsuki ve ark., 2000; Na ve ark., 2001; Özkul ve ark., 2004; Lan ve ark., 2005a; Martella ve ark., 2006) Patogenez İlk enfeksiyon nazofarenksin lenfoid dokularında, takipeden primer çoğalma ise solunum yolu lenf dokusunda/hücrelerinde (T, B hücreleri, dendritik hücreler ve makrofajlar) gerçekleşir (von Messling ve ark., 2003). Takipeden ilk 24 saat içinde lenf yolu ile virus bronşial, farengial ve tonsillar lenf nodüllerine taşınır. Hücre ilişkili virus kan yolu ile kemik iliği, timus, servikal ve mezenteriyal lenf nodüllerine, mide ve barsak lamina propriasındaki makrofajlara taşınır. Virus tüm lenfoid dokularda replikasyonuna devam eder ve buna bağlı olarak genellikle enfeksiyonu takip eden 3. günden başlayarak, yaklaşık 6. günde 2 fazlı ateş yükselmesinin ilk fazı gerçekleşir (Appel ve Summers, 1995). Epiteliotrop karakterdeki virus buralardan enfekte lenfosit ve makrofajlar ile deri, konjunktiva, böbrek, akciğerler, solunum sistemi mukozası, gastrointestinal sistem, karaciğer, genital mukoza, ürogenital sistem ve merkezi sinir sisteminin (MSS) yüzey epitellerine taşınır ve böylece jeneralize enfeksiyon oluşur (Appel ve Summers, 1995; Bertus ve Duprex; 2006). Bu yayılım yüksek ateşle seyreden ikinci viremiyi başlatır (enfeksiyonu izleyen günler). Bu dönemi takiben klinik semptomlar başlar. Klinik semptomların görülmesinden 2-3 gün önce virus saçılımı başlar ve enfeksiyonu takip eden 5-6. haftaya kadar devam eder. En yüksek saçılım düzeyi enfeksiyonu takip eden günler arasında gerçekleşir (Lan ve ark., 2005c).

23 11 Enfeksiyonun 2-3. haftasında oluşan hücresel ve humoral yanıtın hayvanda gelişecek olan CD formunun belirlenmesinde çok büyük önemi vardır. Kuvvetli ve erken gelişen immün yanıt erken dönemde virusu lenfoid dokulardan elimine eder ve subklinik bir enfeksiyon meydana gelir. Ancak hayvan zamanında ve yeterli immün yanıt geliştiremez ise Akut form oluşur. CD de görülen üçüncü grup ise, gecikmiş ya da virusu elimine edemeyecek orta düzeyde immün yanıt geliştiren hayvanlardır. Sonuçta CD nin subakut veya kronik formu oluşur (Appel ve Summers, 1999). Enfeksiyonda reseptör dağılımı ve seçimi patogenez açısından büyük öneme sahiptir (Mrkic ve ark., 1998). Son yıllarda yapılan çalışmalarda hastalığın patogenezinde, immün sistem hücrelerinde bulunan SLAM yüzey proteininin çok büyük bir role sahip olduğu saptanmıştır (Hahm ve ark., 2004). Köpeklere ait SLAM DNA sı da yakın zamanda izole edilmiştir (Tatsuo ve ark., 2001). Ancak, SLAM yayılımı belirli hücre tipleri ile sınırlanmış olduğu için CDV nin özellikle epitel hücrelerinin enfeksiyonunda farklı reseptörleri kullandığı düşünülmektedir (Schineider ve ark., 2000; Tatsuo ve Yanagi, 2002; Nielsen ve ark., 2003; Rima ve ark., 2006). Vireminin ilk fazı yüksek oranda lökosit ilişkilidir ve lenfopeninin başladığı dönem ile örtüşmektedir (Lan ve ark., 2005c). Bu dönemde, tüm lenfoid dokularda virus saptanır. Viral replikasyona bağlı olarak gelişen lenfopeni enfeksiyonu izleyen 3-6. günlerde başlar ve takip eden 2-3. haftaya kadar devam eder. Ancak, virus eliminasyonundan sonra bile lenfoid dokudaki immunite tam olarak sağlanamaz (Appel ve Summers, 1995; Kumagai ve ark., 2004; Lan ve ark., 2005c). Sonuçta, enfeksiyon sırasında ve sonrasında şekillenen immunsupresyon organizmayı sekonder enfeksiyonlara açık hale getirir ve hastalığın seyrini değiştirir (Harder, 1997). Kronik enfeksiyon patogenezinin temeli viral persistenstir (Appel ve Summers, 1999). Virus epitel dokulardakinin aksine litik olmayan bir çoğalma siklusuna geçer. Bu dönemde virusa ait tüm proteinlerin mrna düzeylerinde genel bir azalma vardır. Bu azalmanın yanı sıra gen bölgelerinde mutasyonlar da saptanmıştır (Shineider ve ark., 1995). Ancak, günümüzde persiste enfeksiyonun mekanizması tam olarak anlaşılamamıştır (Bertus ve Duprex, 2006).

24 Patoloji Enfeksiyona ait makroskobik ve mikroskobik patolojik değişikliklerin başlangıç lezyonları lenfoid dokularda görülür. Enfeksiyonda önemli patolojik bir bulgu ise timus atrofisidir. Mikroskobik lezyonlar nekrotik ağırlıklıdır (Braun, 2003). Morbillivirus enfeksiyonları için tanısal bir belirleyici, enfekte hücrelerde saptanan intranükleer ve intrasitoplazmik inkluzyon cisimcikleridir. Bunlar N proteini ve viral genom birikimi sonucu oluşur ve geç dönem enfeksiyonları için karakteristiktir (Raine ve ark., 1969; Koestner ve Long, 1970; Oglesbee, 1992). Yoshida ve ark. (1999) ile Sato ve ark. (2006) yaptıkları çalışmada N proteinin çekirdeğe girişine olanak veren nükleer lokalizasyon sinyalleri saptanmıştır. Solunum sistemi lezyonları, üst solunum yollarında mukoprulent ve mikroeroziv rhinitis, farengitis, trachitis ve bronchitisdir. Alt solunum yollarında virusa ait karakteristik değişim ise intersitisyel Pnömonidir (Hazıroğlu ve Milli, 1997; Appel ve Summers, 1999; Braun, 2003). Sindirim sistemi yüzey epitellerinde de akut dejeneratif değişiklikler dikkati çeker. İnce barsakta peyer plaklarında belirginleşme ve sulu bir barsak içeriği bulunur (Hazıroğlu ve Milli, 1997; Braun, 2003). Üriner sistemde de diğer dokulara benzer dejeneratif değişiklikler saptanır. İdrar kesesinde saptanan inklüzyon cisimcikleri önemli bir bulgudur (Braun, 2003). Deri virus için diğer bir hedeftir. Epidermis hücrelerinin enfeksiyonu ayak tabanları ve burun ucu bölgelerinde dikkat çekici kalınlaşmalara yol açar (Engelhardt ve ark., 2005). Uzun yıllardır bilinen ve Hard Pad Disease olarak tanımlanan bu enfeksiyona viral persistans sonucu bazal tabaka keratinositlerinde gelişen proliferasyonunun sebep olduğu saptanmıştır, ancak patogenezi hala tam olarak açıklanamamıştır (Summers ve ark., 1984; Engelhardt ve ark., 2005). Kalıcı dişlerin gelişimi sırasında CDV ile enfekte olan genç yavrularda ileriki yaşlarda diş yüzeyinde fokal çöküntü defektleri meydana gelebilir (Appel ve Summers, 1999). Gözlerde en sık görülen patoloji konjunktivitistir. Bunun haricinde keratit, retina dejenerasyonu ve sinir sistemi lezyonlarına bağlı optik nöritis oluşabilir (Vandevelde ve Cachin,1992).

25 13 MSS lezyonları multifokal demiyelinizasyon ile karakterizedir. Oluşan nörolojik bulgular akut, subakut ve kronik döneme göre farklılık gösterir. Akut formda meydana gelen MSS lezyonları şiddetli immunsupresyona bağlı olarak yangısal olmayan demiyelinizasyondur. Lezyonlar viral replikasyona bağlı olarak oluşur (Vandevelde ve Zurbringen, 1995). Gecikmiş immün yanıta bağlı olarak MSS ne ulaşmış olan virus subakut veya kronik persiste enfeksiyonu oluşturur. Karakteristik tablo immün yanıta bağlı doku hasarı sonucu oluşan yangısal demyelinizasyondur. Kronik dönem demiyelinizasyonu oligodendrositlerdeki viral replikasyon ve miyelin hücrelerine karşı oluşan immün yanıta bağlı olarak gelişir (Braun, 2003). Kronik enfeksiyonlarda ileri yaşlarda, ender görülen diğer bir tablo ise Yaşlı Köpek Ensefaliti dir. Subakut veya kronik progresif panencephalitis oluşur. Hastalığa ait lezyonlar MSS ile sınırlıdır (Vandevelde ve Zurbringen, 1995) Klinik Bulgular CD multisistemik bir hastalıktır. Virusun epitel doku affinitesinden dolayı bir çok sistemde enfeksiyon gelişir. Hastalığın süresi ve gelişen klinik bulgular virus suşuna, konağın yaşına, immünite durumuna ve ikincil bakteriyel enfeksiyonların varlığına bağlı olarak değişiklik gösterir. CD de prognoz şüphelidir. Akut sistemik enfeksiyon tablosu gösteren hayvanlarda prognoz kötüdür. Subakut ve kronik enfeksiyonlarda ise gelişen persiste enfeksiyona bağlı olarak prognoz progresif ve şüphelidir (Sherding, 1994; Appel ve Summers, 1995; Lan ve ark., 2005c). Mortalite köpeklerde yaklaşık olarak %50 dir fakat bu oran türler arasında farklılık gösterir. Enfeksiyonda genellikle akut bir hastalık tablosu gelişir. Yaklaşık 3-10 günlük inkübasyon periyodunu takiben bifazik ateşin ilk fazı oluşur. Ateş genelde o C arasında tespit edilir. İkinci ateş fazı ise ciddi lenfopeni ve klinik semptomların başlaması ile aynı zamanda oluşur. Erken enfeksiyon döneminde her zaman lenfopeni ( hücre/ml) ve bazen de trombositopeni saptanır (Murphy ve ark., 1999).

26 14 Klinik semptomlar hastalığın başlangıç döneminde nonspesifik olup, anoreksi, depresyon ve genel durum bozukluğu ile başlar. Hastalıkta oluşan solunum sistemi bulguları sırası ile öksürük, takiben gelişen önce seröz, daha sonra ikincil enfeksiyonlara bağlı mukopurulent, nazal ve oküler akıntıdır. Ayrıca, hayvanların genelinde tonsillit, farenjit, larenjit, bronkopnömoniye bağlı öksürük ve interstisyel pnömoni tablosu da gelişir. Gastrointestinal bulgular ise, sürekli kusma ve diyare ile karakterizedir (Sherding, 1994; Appel ve Summers, 1999; Lan ve ark., 2005c). CD de deri lezyonları da görülür. Akut dönemde özellikle koltuk altları, kasık bölgesinde ve karın altında püstüler dermatit oluşur (Appel ve Summers, 1999). Summers ve ark. (1995), gnobiyotik köpekler üzerinde yaptığı bir çalışmada, hastalığın erken sistemik fazında deneklerin büyük bir çoğunluğunda merkezi sinir sistemi enfeksiyonunun (MSS) geliştiğini saptamışlardır. Hayvanların, yaklaşık %30 unda diğer semptomlar oluşmadan, sadece MSS semptomları görülür (Appel ve Summers, 1999). CD de karakteristik bir belirti ise myoklonustur. Myoklonuslar daha çok geri dönüşümsüzdür. Myoklonustan masseter, temporal ve periorbital kaslar etkilenir. Ekstremite kaslarının etkilendiği durumlarda hayvanda yürüme bozukluğu şekillenir. Bazı durumlarda parezis veya paraliziler görülür. Disoryantasyon ve depresyon gibi kişilik değişiklikleri de görülebilir. Optik nöron lezyonlarına bağlı olarak görme bozukluğu oluşabileceği bildirilmiştir (Vandevelde ve Cachin, 1992; Braund, 2003). Hastalığı atlatan hayvanların çoğunda nervöz tikler, yürüyüş bozukluğu ve / veya istemsiz bacak hareketleri gibi kalıcı MSS hasarı olur (Murphy ve ark., 1999). Yaşlı Köpek Ensefaliti; hastalığın gecikmiş formudur. Altı yaş ve üstü hayvanlarda seyrek görülen progresif seyirli ve kötü prognozlu bir hastalıktır. Kızamık virusunun sebep olduğu komplikasyonlardan biri olan, subakut sklerozan panensefalitin (SSPE) köpeklerde tanımlanan şeklidir (Imagawa ve ark., 1980; Diallo, 1990; Harder, 1997). Oluşan MSS belirtileri dışında sistemik bulgular yoktur (Murphy ve ark., 1999). Canlı aşıların kullanımına bağlı olarak aşılama sonrası gelişen enfeksiyonlar da tanımlanmıştır. Bu enfeksiyonların patogenezi tam olarak anlaşılamamıştır, ancak yetersiz

27 15 attenüe olmuş aşılar, aşılama ile latent virusun aktivasyonu ve immunsuprese hayvanın aşılanması gibi sebeplerden ileri geldiği düşünülmektedir (Appel ve Summers, 1999). Görülen klinik semptomlar ise aşılamadan 2-3 hafta sonra başlar. Anoreksi, hafif ateş gibi nonspesifik semptomların ardından 1-3 gün sonra nörolojik belirtiler oluşur. Prognoz şüphelidir (Braun, 2003). Hard Pad Disease ise kötü bir prognoz ve nörolojik hastalık gelişimi ile ilişkilidir (Appel ve Summers, 1999) İmmünoloji Hastalığın klinik seyrinde hücresel immünite çok önemlidir. Yeterli hücresel immüniteye sahip olmayan hayvanlarda hızlı bir hastalık tablosu gelişir (Appel ve Summers, 1999). CDV enfeksiyonunun akut döneminde immünsupresyon gelişir ve hücresel immünite baskılanır. Enfeksiyondan öncelikle CD4 + ve CD8 + hücreleri etkilenir (Kumagai ve ark., 2004). CDV nin enfekte hayvanlarda lenfosit apoptozunu indüklediği saptanmıştır. Enfeksiyona karşı direnç öncelikle, F ve H proteinlerine karşı oluşmuş serum IgM ve takiben IgG nötralizan antikorları tarafından sağlanır. Virusa özgü IgM ler enfeksiyonun şiddetine ve viral suşa bağlı olarak enfeksiyonu izleyen 6-8. günden 3 aya kadar serumda saptanabilir. Hücresel immün yanıt enfeksiyonu takiben günlerde oluşur ve günlerde dereceli olarak azalmaya başlar. Akut ve subakut enfeksiyon tablosu gelişen hayvanlarda hücre aracılı immün yanıt ya hiç oluşmamıştır ya da geçikmiş bir yanıt mevcuttur. CDV serolojik olarak tek tiptir ve hastalığı atlatan hayvanlar ömür boyu bağışık kalır (Appel ve Summers, 1999; Barrett, 1999). MSS enfeksiyonunda immün yanıt enfeksiyonun formuna göre farklılık gösterir. Yüksek immün yanıt ile hızlı iyileşen hayvanlarda MSS de antikor saptanmaz. Akut ensefalitisde beyin omurilik sıvısında (BOS) interferon bulunurken, nötralizan antikorlar bulunmaz. Subakut ve kronik enfeksiyonlarda MSS de ve BOS da interferon ve nötralizan antikorlar saptanabilir. Enfeksiyonu takiben 1-3 hafta içerisinde iyileşen hayvanların BOS unda saptanan interferon virusun varlığını gösterir. Bu durum, viral persistens için de değerli bir işarettir (Appel ve Summers, 1999).

28 16 Akut enfeksiyonda deride görülen döküntüler serumda antikorların oluştuğu döneme denk gelmektedir. Bu döküntülerin virus ile enfekte hücreler ya da tip IV aşırı duyarlılık reaksiyonuna bağlı komplement aktivasyonu ve eozinofil infiltrasyonu sonucunda meydana gelen immün kompleksler olabileceği üzerinde durulmaktadır (Appel ve Summers, 1999) Tanı Klinik Tanı CD, multisistemik hastalık tablosu geliştiren yavrularda düşünülmesi gereken bir enfeksiyondur. Ancak, sadece sistemik belirtilere dayanılarak tanı koymak zordur. Hastalık tablosu birçok paraziter, bakteriyel ve viral enfeksiyonla benzerlik gösterir. Farklı şekillerde seyreden nörolojik belirtilerde de tanı şüphelidir. Tanıda anamnezin önemi çok büyüktür. Aşılanmamış 2-6 ay yaşlı yavrular, yetersiz aşılama bilgisi olan daha yaşlı köpekler, hastalık belirtilerinin 3 haftadan uzun sürmesi ve tedaviye rağmen progresif bir hastalık tablosu göstermesi gibi bilgiler anamnezde önemlidir (Sherding, 1994) Virolojik Tanı Virolojik tanıda birçok klinik örnek kullanılır. Enfeksiyonun dönemine göre, nazal ve oküler sürüntüler, lökosit ve dışkı yüksek oranda virus içerir (Appel ve Summers, 1999). Elia ve ark. (2006) yaptığı çalışmada idrarda yüksek düzeyde virus varlığı tespit etmişlerdir Nadir olarak BOS da da viral antijen saptanabilmektedir (Vandevelde ve Cachin, 1994).

29 Virus İzolasyonu CDV nin klinik örneklerden izolasyonu, hayvan akut dönemde ise yapılabilmektedir (Barrett, 1999; Lednicky ve ark., 2004). Virus duyarlı hücre kültürlerinde uzun sürede ürer ve belirgin bir CPE saptanamaz (Appel, 1987). Son yıllarda kullanılmaya başlanan ve belirli viral reseptörleri salgılayan hücre kültürleri tanıya yardımcı olmaktadır (Seki ve ark., 2003) Moleküler Tanı Yöntemleri Son yıllarda, hastalığın tanısında kullanılmaya başlanan Reverz Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR), hızlı ve güvenilir bir tanı yöntemidir (Barrett, 1999). Kullanılan bu viral nükleik asit tayini hem canlı hem de ölmüş hayvana ait uygun örneklerde hastalığın formuna, immün yanıta ve viral antijen dağılımına bağlı kalmadan uygulanabilen bir yöntemdir (Frisk ve ark., 1999). Hastalığın ilerleyen dönemlerinde bile RT-PZR az miktarda viral RNA tespitine olanak veren, hızlı ve duyarlı bir yöntem olarak tanımlanmıştır (Lan ve ark., 2005c) İmmünositokimyasal Yöntemler Hastalığın patogenezinde veya tanısında, doku ve hücrelerdeki viral antijen tespiti için kullanılan farklı immünositokimyasal yöntemler vardır. Zubriggen ve ark., (1993), in situ hibridizasyon tekniğini CDV enfeksiyonlarında dokulardaki virus tespitine olanak veren bir yöntem olarak değerlendirmişlerdir. İmmunfloresan testi, dokularda ve hücre kültürlerinde viral antijen tespitine olanak sağlayan diğer bir yöntem olarak tanımlanmıştır (Krakowka, 1989).

30 Serolojik Tanı Yöntemleri CDV yüksek immünojeniteye sahiptir. Bu nedenle yüksek oranda IgM ve IgG salgılanmasına sebep olur. Serolojik testler, hastalığın tanısında ya da aşılama sonrası kontrollerde antikor varlığının ve titresinin belirlenmesinde kullanılır. Konvalesan dönemde özgül IgG varlığının saptanması ya da akut enfeksiyon döneminde saptanan özgül IgM varlığı klinik tanıyı doğrular. Bununla birlikte akut enfeksiyonda, saptanabilir düzeyde antikor üretimi gerçekleşmeden hayvan enfeksiyon sonucu ölebilir. Subakut veya kronik enfeksiyon döneminde hayvanlar aşılı hayvan ile benzer düzeyde antikor titresi gösterebilir (Appel ve Summers, 1999) Tedavi Etkin antiviral bir tedavi olmadığından, destekleyici ve semptomatik tedavi uygulanır. Solunum ve sindirim sistemlerinde oluşan sekonder enfeksiyonlara karşı geniş spektrumlu antibiyotik tedavisi uygulanır. Sekonder enfeksiyonlarda en çok Bordetella bronchiseptica tespit edilir. Şiddetli kusma için antiemetikler kullanılabilir. Diyare ve kusma ile çok su kaybetmiş hayvanlara uygulanacak sıvı tedavisi çok önemlidir (Murphy ve ark, 1999). Destekleyici tedavide anoreksiye karşı iştah arttırmak için B vitamini, MSS deki antioksidanlara bağlı doku hasarına karşı E, C ve A vitaminleri kullanılabilir. Nörolojik tabloda sedatif ve antikonvülüzanlar klinik belirtileri düzeltebilir, ancak iyileştirici etkileri yoktur (Vandevelde ve Cachin, 1994) Kontrol ve Koruma Günümüzde CD nin tek uygulanabilir ve etkili kontrol yöntemi aşı ile immünizasyondur. Modifiye canlı virus aşıları ile sağlanan uzun süreli, aktif immünizasyon yaklaşık son

31 19 40 yıldır hastalığı kontrol altında tutmayı başarmıştır. Kullanılan modifiye canlı aşılar dondurulmuş-kurutulmuş formda ve adenovirus, parvovirus, parainfluenza-2 ve leptospira ile kombine olarak uygulanmaktadır. Kullanılan aşılar liyofilize formda olsa bile virusun ısı hassasiyeti vardır ve kombine aşılarda ısıya karşı en hassas virus CDV dir. Aşının uygulanma yolu ile oluşacak immünizasyon arasında ilişki vardır. Aşıya ait özelliklerin yanı sıra, maternal antikorların varlığı da ilk aşılama sırasında immünizasyon problemlerine sebep olabilir (Chappuis, 1995) Modifiye Canlı Aşılar Birkaç istisna dışında günümüzde kullanılan CD aşıları modifiye hücre kültürleri Convac (Rockborn suşu) veya embriyolu tavuk yumurtası orijinlidir (Onderstepoort suşu). Bunlardan başka gelincikte pasajlanmış modifiye aşılar da yapılmıştır. İki aşı da bir yıldan daha uzun, hatta ömür boyu immünizasyon sağlayabilmektedir. Ancak bu aşıların bazı dezavantajları vardır. Modifiye canlı aşılar geçici immünsupresyon ve trombositopeni oluşturur. Hayvanat bahçesi ve vahşi doğadaki hayvanlarda (evcil köpekler dışında ki hayvanlarda) tehlikeli ve ölümcül enfeksiyona sebep olur. Canlı aşılar ısıya karşı çok duyarlıdır, bu nedenle aşılamanın yapıldığı sıcak iklimlerde sorun oluşturmaktadır (Appel ve Summers, 1999). Kombine aşılarda CDV ve canine adenovirus tip1-2 arasında oluşan ilişki, tek başına CDV ye göre daha fazla immünsupresyon oluşturur (Chappuis, 1995) Rekombinant Aşılar ve DNA Aşıları Modifiye canlı aşılarda görülen dezavantajları, gelişen biyoteknoloji ile üretilen yeni aşı tekniklerini kullanarak ortadan kaldırmak amaçlanmaktadır. Rekombinant ve DNA CDV aşıları, aşı yapımında hayvan orijinli hiçbir madde kullanılmadığı için son derece güvenlidir (Barrett, 1999; Appel ve Summers, 1999). Rekombinant ve DNA CDV aşıları güçlü hücresel immünite oluştursa da modifiye canlı aşılardaki immünite sağlanamaz. Bu aşılar

32 20 gelecekte modifiye canlı aşıların yerini alacak potansiyel aşılardır (Barrett, 1999; Fischer ve ark., 2003) Maternal Antikorlar Maternal antikorlar, erken dönemde hastalıktan korunmada en önemli yoldur. Annenin serumundaki maternal antikorlarının transplasental nakli %3-20 arasındadır. Esas antikor geçişi kolostrum ile alınan antikorların ilk günde ince barsaktan emilimi ile olur. Ancak maternal antikorların ilk aşılama dönemindeki olumsuz etkileri bilinmektedir. Bu sebeple yavrularda uygun aşılama zamanının belirlenmesinde önemlidir (Chappuis, 1995; Appel ve Summers, 1999) Tez Çalışmasının Amacı Bu bilgilerin ışığında bu çalışmada, H proteininin gerek nötralizan antikorlar için birincil hedef olması ve gerekse hücresel invazyondan primer düzeyde sorumlu olması nedeniyle bu proteindeki aminoasit değişimlerinin ve buna bağlı muhtemel antijenik farklılıkların (glikozlanma bölgeleri, proteinin ikincil yapısının ve sistein rezidüleri) araştırılması, saha izolatları ile diğer CDV suşlarının ve aşı suşlarının karşılaştırılması ve sirküle eden virus hakkında yeni bilgilerin ortaya konulması amaçlanmıştır. Ayrıca CD yönünden pozitif olduğu belirlenen olgulardan toplanan kan serum örneklerinde CDV ye özgü nötralizan antikorların varlığının araştırılması ve elde edilecek olan CDV izolatları ile referens suş Onderstepoort arasında çapraz nötralizasyon farklarının incelenerek, nötralizasyon düzeylerinin karşılaştırılması da bu çalışmanın amaçlarındandır.

33 21 2. GEREÇ ve YÖNTEM 2.1. GEREÇ Araştırmada Örneklenen Hayvanlar Tez çalışmasında örneklenen hayvanlar, yılları arasında, Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Klinikleri ve Patoloji Anabilim Dalı, özel veteriner klinikleri ve hayvan barınaklarından temin edilmiştir. Örneklemede yüksek ateş, solunum, sindirim ve/veya sinir sistemi enfeksiyonlarına ait bulgular gösteren ya da enfeksiyon riski olan hayvanlar ile birlikte barındırılan hayvanlar kullanıldı. Bu doğrultuda CDV enfeksiyonu ön tanısı konulan çeşitli yaş grubu ve ırktan 157 adet farklı hayvan örneklendi. Örneklerin sağlandıkları yerlere göre dağılımı Çizelge 2.1 de sunulmuştur. Çizelge 2.1. Örneklenen hayvanların sağlandıkları yerlere göre dağılımı. Örneklenen Hayvanların Temini Hayvan Sayısı (Adet) AÜVF Klinikleri 117 AÜVF Patoloji ABD 10 Özel Veteriner Klinikleri 25 Hayvan Barınakları 5

34 Araştırmada Kullanılan Örnekler CDV enfeksiyonu ön tanısı bulunan 157 adet hayvandan, klinik belirtilere uygun olarak, nazal ve konjunktival, rektal sürüntü, lökosit ve/veya gaita örnekleri toplandı. Ayrıca Patoloji Anabilim Dalından sağlanan organ numuneleri de virus varlığı yönünden test edilerek ön seleksiyona tabi tutuldu. Araştırma kapsamında CD viral genom yönünden test edilen örnekler ve serum sayılarına ait detaylı Çizelge 2.2 sunulmuştur. Çizelge 2.2. Test edilen örnek sayılarına ait detaylı çizelge. Örnek Türü Alınan Örnek (Adet) Nasal Sürüntü 143 Konjuktival Sürüntü 138 Gaita/ Rektal Sürüntü 37 Lökosit 130 Organ Homojenatı 26 Serum Virus İzolasyon Materyali Tez çalışması doğrultusunda, virus izolasyonu amacıyla 19 hayvana ait nazal, konjunktival, rektal sürüntü örnekleri ve/veya organ homojenatları izolasyon materyali olarak kullanıldı. Virus izolasyonu amacıyla kullanılan izolasyon materyallerinin dağılımı Çizelge 2.3 de sunulmuştur. Çizelge 2.3. İzolasyon mateyallerinin dağılımı. İzolasyon Materyali Adet Nazal Sürüntü 14 Konjunktival Sürüntü 9 Gaita/ Rektal Sürüntü 2 Organ Homojenatı 6

35 Serum Örnekleri Serolojik testlerde kullanılmak amacıyla, Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Klinikleri, özel veteriner klinikleri ve hayvan barınaklarından sağlanan ve CDV pozitifliği saptanan 47 olguya ait kan serum örneği kullanıldı Hücre Kültürü Virus izolasyonu, titre tespiti ve virus nötralizasyon testi için Viroloji Anabilim Dalı hücre kültürü koleksiyonunda bulunan Vero hücre hattı kullanıldı. Hücre kültürlerinde idame vasat olarak; U/ml Penisilin ve 20 mg/ml Streptomisin ve %10 Fötal Dana Serumu (FDS, Biochrom S-0113, Almanya) içeren Dulbecco s Modified Eagle Medium (DMEM), virus üretme vasatı olarak ise %2 FDS içeren DMEM kullanıldı Virus RT-PZR ve virus nötralizasyon testlerinde referans virus olarak Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Viroloji Anabilim Dalı virus koleksiyonunda bulunan CDV Onderstepoort suşu kullanıldı.

36 YÖNTEM Çalışmada Kullanılan Örneklerin Hazırlanması Nazal ve Konjunktival Sürüntü Örneklerinin Hazırlanması Nazal ve konjunktival sürüntü örnekleri, içerisinde 2ml, U/ml Penisilin ve 20 mg/ml Streptomisin içeren Fosfat Tamponlu Tuz solüsyonu (PBS) bulunan, rayon (selüloz fiber) kaplı ticari swap çubukları (Cultiplast-LP, İtalya) kullanılarak toplandı. Laboratuvarda swap tüpleri karıştırıcı (vorteks) ile karıştırıldıktan sonra tüp içerisindeki sıvı steril tüplere alındı, +4 o C de 3000 rpm de, 20 dakika santrifüj edildi. Santrifüj sonunda, nükleik asit varlığını araştırmak için, 400µl alınarak 1.5 ml lik tüpe aktarıldı. Geriye kalan miktar ise, steril tüpler içerisinde virus izolasyonu amacıyla hücre kültürlerine ekimi yapılıncaya kadar -80 o C de saklandı Gaita Örneklerinin Hazırlanması Gaita örnekleri, U/ml Penisilin ve 20 mg/ml Streptomisin içeren PBS ile 1/10 oranında süspanse edildi, +4 o C de, 3000 rpm de, 20 dakika santrifüj edildikten sonra süpernatant steril bir stok tüpüne alındı. Gaita örneklerinin elde edilemediği durumlarda ise rektal sürüntü örnekleri kullanıldı. Rektal sürüntü örnekleri de bildirilen yönteme göre hazırlandı. Nükleik asit varlığını araştırmak için, 400µl alınarak 1.5 ml lik bir tüpe aktarıldı. Geriye kalan miktar ise, steril tüpler içerisinde virus izolasyonu amacıyla hücre kültürlerine ekimi yapılıncaya kadar -80 o C de saklandı.

37 Lökosit Örneklerinin Hazırlanması EDTA içeren antikoagulanlı tüplere (Vacutainer, Almanya) alınan kan örnekleri 2000 rpm de 10 dakika süre ile santrifüj edildi. Ayrılan lökosit tabakası içerisinde 1ml U/ml Penisilin ve 20 mg/ml Streptomisin içeren PBS bulunan steril bir tüpe aktarıldı ve 2000 rpm de 10 dakika süre ile tekrar santrifüj edilerek lökosit yıkama işlemine tabi tutuldu. Bu işlem 3 defa tekrarlandı. Son yıkamada elde edilen lökosit tabakası 1ml antibiyotikli PBS ve FDS içeren steril stok tüpüne aktarıldı. Nükleik asit varlığını araştırmak için, 400 µl alınarak 1.5ml lik bir tüpe aktarıldı. Geriye kalan miktar ise, steril tüpler içerisinde virus izolasyonu amacıyla hücre kültürlerine ekimi yapılıncaya kadar -80 o C de saklandı Organ Örneklerinin Hazırlanması Organ örneklerinden alınan yaklaşık 1gr doku -20 o C de bir kere dondurulup çözüldükten sonra homojenizatör yardımıyla (Braun, Almanya) parçalandı. Elde edilen homojenizat, +4 o C de, 3000 rpm de, 20 dakika santrifüj edildi. Organ homojenizatları steril stok tüplerine aktarıldı. Nükleik asit varlığını araştırmak için, 400µl alınarak 1.5ml lik bir tüpe aktarıldı. Geriye kalan miktar ise, steril tüpler içerisinde virus izolasyonu amacıyla hücre kültürlerine ekimi yapılıncaya kadar -80 o C de saklandı.

38 Serum Örneklerinin Hazırlanması Silikonlu tüplere (Greiner, Almanya) alınan kan örnekleri pıhtılaşmayı takiben 3000 rpm de 10 dakika süre ile santrifüj edildi. Santrifüj ile ayrılan kan serumu, steril tüplere aktarıldı. Test aşamasına kadar -20 o C de saklandı. Serolojik testlerde kullanılmadan önce serum örnekleri 56 o C de 30 dakika süre ile inaktivasyon işlemine tabi tutuldu Virus İzolasyonu Virus İzolasyon Materyallerinin Hazırlanması ve Hücre Kültürüne İnokülasyonu Virus izolasyonu amacıyla, -80 o C lik derin dondurucuda saklanan ve RT-PZR ile CDV RNA sı tespit edilen örnekler 37 o C lik su banyosunda hızla çözdürüldü. Örnekler 0.22 mikronluk (µm) milipore filtreden (Macherey-Nagel, Almanya) süzüldü. Hazırlanan inokülasyon materyallerinin Vero hücre hatlarına ekimleri yapıldı. Bu amaçla, hücre/ml olacak şekilde, %10 FDS içeren DMEM hücre üretme vasatı ile hazırlanan hücre süspansiyonu hücre kültürü tüplerine (Greiner, Almanya) 1ml hacminde aktarıldı. Hücre kültürü tüpleri 24 saat süreyle 37 o C lik %5 CO 2 li etüvde inkübe edildi. Bir gün sonunda tek katlı hücre üremesi gerçekleşen hücre kültürü tüpleri içerisinde bulunan hücre üretme vasatı döküldü. Tüplere önceden hazırlanan inokülasyon materyalinden 100µl hacminde inoküle edildi. Hücre kültürü tüpleri 1 saat süreyle 37 o C lik etüvde adsorbsiyonlu ekim işlemine tabi tutuldu. Adsorbsiyon süresi sonunda, inokulum dökülmeden tüplere 1ml %2 FDS içeren DMEM konularak 37 o C lik %5 CO 2 li etüve kaldırıldı. Ekimler 6-8 gün süreyle her gün doku kültürü mikroskobu ile CDV sitopatolojik değişiklikleri

39 27 yönünden kontrol edildi. İnkübasyon süresince tüplerin vasatları iki günde bir değiştirildi Virusların Enfeksiyözite Gücünün Tespiti Onderstepoort suşu ve saha izolatlarının log10 tabanına göre sulandırmaları yapıldı. Bu amaçla, hücre/ml olacak şekilde 24 saat önceden hazırlanan ve tek katlı hücre üremesi gerçekleşen 24 gözlü hücre kültürü tabletleri (Greiner, Almanya) kullanıldı. Her sulandırma basamağı için 4 göz ayrıldı. Hazırlanan virus sulandırmalarından tablet gözlerine 200µl hacminde aktarıldı. Virus kontrol için ayrılan gözlere 100µl serumsuz DMEM ve 100µl saf virus, hücre kontrol gözlerine 200µl %10 FSD li DMEM ilave edildi. Tabletler 1 saat süreyle 37 o C lik %5 CO 2 li etüvde adsorbsiyona tabi tutuldu. Süre sonunda gözlerdeki vasat miktarı %2 FDS içeren DMEM ile 1ml ye tamamlandı. Tabletler 37 o C lik %5 CO 2 li etüvde 5-6 gün süre ile inkübasyona bırakıldı. Her gün doku kültürü mikroskobu ile kontrol edildi. İnkübasyon süresi sonunda virusların titresi Spearman-Kaerber (1964) in bildirdiği yönteme göre hesaplandı Virus İzolatlarının İdentifikasyonu Hücre kültürlerinde, sitopatolojik değişiklikler (CPE) saptanan tüpler süre sonunda - 80 o C lik derin dondurucuda donduruldu ve 37 o C lik su banyosunda hızla çözdürüldü. Steril tüplere aktarılan örnekler, +4 o C de, 3000 rpm de, 20 dakika santrifüj edildi. Santrifüj sonunda süpernatant, virus identifikasyonu için kullanıldı. İdentifikasyon işlemi, ve de tanımlanan şekilde, sırası ile Direkt İmmunfloresan Testi ve moleküler genetik yöntemler kullanılarak yapıldı.

40 Direkt İmmunfloresan Testi (DIF) Virusların identifikasyonu amacıyla, izolasyonu yapılan viruslar 24-gözlü hücre kültürü tabletlerinde (Greiner, Almanya) üretildi. 5 günlük inkübasyon süresini takiben, tabletler içerisindeki vasat boşaltılarak, hücreler 1 saat süre ile +4 o C de soğutulmuş %80 lik aseton ile sabitlendi. Süre sonunda % 0,2 Tween 20 ile hazırlanan fenol red içermeyen PBS (W-PBS) ile yıkandı. Tüm gözlere 100µl CDV konjugatı (210-01CDV, VMRD, ABD) konuldu. Tabletler 1 saat süreyle 37 o C de nemli ortamda inkübasyona bırakıldı. Süre sonunda bağlanmayan konjugatların uzaklaştırılması amacıyla W-PBS ile 3 kez yıkama işlemi yapıldı. Tabletler, floresan parıldama yönünden immunfloresan mikroskobu (Nikon Eclipse TS 100, Japonya) ile kontrol edildi Moleküler Genetik İdentifikasyon Virus varlığının tespitinde ve CDV nin H proteini kodlayan gen bölgesinin karakterizasyonunda moleküler virolojik yöntemler kullanıldı RNA Ekstraksiyonu RNA ekstraksiyonunda Chomczynski ve Sacchi (1987) tarafından tanımlanan Asit Guanidin tiyosiyanat-fenol ekstraksiyon metodu kullanıldı. Bu amaçla 400µl klinik örnek ve 400µl solüsyon D (4.2M Guanidin tiyosiyonat, 0.75M Sodyum Sitrat dihidrat, 0.33M N-Lauril sarcosin ve 360µl 2-merkaptoetanol) karışımı 1.5 ml lik tüp içerisinde bir araya getirildi ve karıştırıldı. Karışımın üzerine 300µl asit fenol (ph 4), kloroform-izoamilalkol [Ch/IsoA (49:1)] ve 100µl 3M sodyum asetat (ph 5.2) ilave edildi ve homojen bir karışım elde edilene kadar 15 saniye süre ile karıştırıldı. Tüpler

41 29 masaüstü santrifüjde, oda ısında, rpm de 10 dakika santrifüj edildi. Santrifüj sonunda oluşan 3 fazın en üst fazından 700 µl yeni bir tüpe aktarıldı ve üzerine eşit hacimde -20 o C ye soğutulmuş 2-izopropanol ilave edildi ve karıştırıldı. Nükleik asit presipitasyonu için karışım en az 1 saat süre ile -80 o C de bekletildi. Süre sonunda donmuş olan karışımlar oda ısında eritildikten sonra, rpm de 10 dakika santrifüj edildi. Çöken RNA pelleti, %70 lik etanol ile yıkandı ve 37 o C lik etüvde kurutuldu. Kurutulan pelletler 20 µl deiyonize su (18Mohm/cm) (Applichem, Almanya) ile çözüldü Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) Ekstraksiyon sonunda elde edilen RNA, komplementer DNA (cdna) sentezi için kalıp olarak kullanıldı. Bu amaçla RT-PZR, Özkul ve ark. (2004) tarafından tanımlanan yöntem ile sırasıyla 10µl ve 50µl lik hacimlerde gerçekleştirildi. İki aşamada yapılan cdna sentezi, iki farklı karışımdan oluşan ve birbirini takip eden iki reaksiyon sonucu gerçekleştirildi. Karışım I, 6.5µl lik hacimde hazırlandı ve termal çevirici cihazda (Biometra, Almanya) ikincil RNA yapılarının açılması için, 70 o C de 5 dakikalık ısı döngüsü uygulandı. Cihazdan alınan tüpler buz akülerinde soğutulduktan sonra, karışım I in üzerine karışım II den 3.5µl eklendi ve 25 o C de 5 dakika, 37 o C de 1 saat ve 70 o C de 5 dakika basamaklarından oluşan ısı döngüleri sonunda tek iplikli cdna sentezi gerçekleştirildi. Karışım I ve II nin içerikleri Çizelge 2.4 de sunulmuştur. Takiben DNA nın standart PZR yoluyla çoğaltılması aşamasına geçildi. Olguların tümü, H proteini kodlayan gen bölgesinin karakterizasyonu amacıyla, 2110 nükleotit uzunluğunda, istenilen bölgenin 2 farklı reaksiyon ile sentezini sağlayan FF1-HR2 ve HF1-HR1 primer çiftleri ile RT- PZR ye tabi tutuldu. Araştırmada kullanılan primer dizinleri ve ilgili genler üzerindeki yerleşimleri Çizelge 2.5. ve Şekil 2.1 de sunulmuştur.

42 30 DNA amplifikasyonu için tanımlanan 50 µl lik PZR karışımının bileşimi Çizelge 2.6 da sunulmuştur. Farklı primer setleri ile hazırlanan karışımlara aynı ısı döngüleri uygulandı. Termal çevirici cihazında bulunan karışım tüplerine 94 o C de 4 dakikalık denatürasyon basamağını takiben 56 o C de 45 saniye, 72 o C de 2 dakika ve 94 o C de 30 saniyelik 35 döngüden oluşan çoğaltma basamağı ve 50 o C de 1 dakika, 72 o C de 10 dakikalık son uzama basamağından oluşan ısı döngüleri uygulandı. Çizelge 2.4. RT-PZR karışımları ve bileşenleri. Karışım I Karışım II Bileşenler Miktar (µl) Bileşenler Miktar (µl) RNA Eksraktı 3 5X RT Tampon 2 Hegzamer Primerler 0.5 dntp (10 mm) 1 Deiyonize Su (18 MOhm/cm) 3 MMLV Reverz 0.5 Transkriptaz Toplam Hacim 6.5 Toplam Hacim 3.5 Toplam Reaksiyon Hacmi 10 µl Çizelge 2.5. PZR de kullanılan primer dizinleri, yerleşimleri ve elde edilen ürün büyüklükleri. Primer Kodu Dizin (5 3 ) Bölge (nt) CDV FF1 TCGAAATCCTATGTGAGATCACT 6897 CDV HR2 GTTCTTCTTGTTTCTCAGAGG 8198 CDV HF1 TGTGTGTAGAAGAGAGCACTGT 7962 CDV HR1 AGTTTTTTTATAATGCTAGAGATGGT 9007 Ürün Büyüklüğü (bp)

43 31 Şekil 2.1. Araştırmada kullanılan primerlerin yerleşimi ve H gen bölgesinin amplifikasyon stratejisi. Çizelge 2.6. PZR karışımının bileşimi. PZR Karışımı Bileşen Miktar (µl) Konsantrasyon cdna 3 Taq DNA Polimeraz 0.5 3U 10X Tampon 5 1X MgCl 2 (25mM) mm dntp (10mM) µM Primer F (10pmol) µM Primer R (10 pmol) µM Deiyonize Su (18MOhm/cm) 35.1 Toplam Reaksiyon Hacmi 50 µl

44 PZR Ürünlerinin Agaroz Jel Elektroforez Yöntemi ile Görüntülenmesi Beher içerisinde 0.30gr agaroz (Prona, EU) tartıldı. Üzerine 30ml 0.5X TAE (Tris- Asetik Asit-EDTA) tamponu ilave edildi ve karışım mikrodalga fırında kaynatılarak çözüldü. Jelin O C ye soğuması beklendi ve 0.5µg/ml etidyum bromid (Sigma, ABD) ilave edildi. Hazırlanan % 1 lik agaroz, jel tarağı yerleştirilmiş jel tablasına döküldü. Agarozun donması için 15 dakika beklendi. Taraklar çıkartıldı ve jel tablası elektroforez tankına yerleştirildi. PZR ürünleri, 5 kısım ürün, 1 kısım 6X yükleme boyası (10mM Tris-HCl, %0,03 bromophenol blue, %60 gliserol, 60mM EDTA) oranında karıştırılarak toplam 6µl hacminde jel tarakları yardımı ile açılan gözlere aktarıldı. Ürün büyüklüğünün belirlenebilmesi için, PZR ürünleri ile birlikte 1µl 100 bp lik DNA merdiveni (Fermentas, Litvanya) yüklendi. Jele 8 volt/cm elektrik akımı uygulanarak 30 dakika süreyle DNA ürünlerinin göçü sağlandı. PZR sonucunda oluşan bantlar UV transilliminatör (Vilber Lourmat, Fransa) ve jel dokümantasyon sistemi (Kodak, Gel Logic 100, ABD) yardımı ile görüntülendi PZR Ürünlerinin Saflaştırılması de belirtilen yönteme göre hazırlanan preparatif agaroz jele, 48µl hacminde saflaştırılacak DNA ürünü (40µl PZR ürünü ve 8µl 6X yükleme boyası) ve 5µl DNA (Fermentas, Litvanya) merdiveni yüklendi. Jele 8 volt/cm elektrik akımı uygulanarak 30 dakika süreyle DNA ürünlerinin göçü sağlandı. Süre sonunda, PZR ürünlerine ait bantlar morötesi ışık altında steril bistüri ile jelden kesilerek 1.5 ml lik tüplere konuldu. Elde edilen jel parçaları, ticari kit (DNA Clean/ Extraction Kit, Genemark, Tayvan) kullanılarak silika jel kolon tekniği ile üretici firma tarafından bildirilen prosedüre göre saflaştırma işlemine tabi tutuldu. Buna göre; kesilen jel ile eşit hacimde bağlanma solüsyonu jelin bulunduğu tüpe konuldu. Tüp 60 o C de dakika jel

45 33 tamamen eriyene kadar inkübe edildi. Süre sonunda tüp içerisindeki sıvı kit tarafından sağlanan silikajel içeren tüplere aktarıldı. 1 dakika rpm de santrifüj işlemini takiben tüpler 700µl yıkama solüsyonu ile 2 kez yıkandı. 3-5 dakika tüpler boş olarak rpm de santrifüj edildi. Silikajel yastığının kuruması beklendikten sonra, DNA 30-50µl sulandırma solüsyonu ile sulandırıldı. DNA nın eldesi için tüplere rpm de santrifüj işlemi uygulandı. İşlem sonunda elde edilen DNA çözeltisi klonlama ve dizin analizi işlemlerinde kullanıldı PZR Ürünlerinin Klonlanması Elde edilen RT-PZR amplifikasyon ürünleri, uzun süreli muhafaza için ve sekans analizinde kullanılmak üzere, ptz57r/t içerisine T4 DNA ligaz yardımı ile klonlandı. Bu amaçla Çizelge 2.7 de verilen karışım kullanıldı. 16 o C de gece boyu bekletilen reaksiyon karışımı, kompetent hale getirilen E.coli DH5α hücrelerine transforme edildi. Bu bakteriler Ampisilin (50 µg/ml), X-Gal (5-bromo- 4-chloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside) (100µg/ml) ve IPTG (isopropyl-β-dthiogalactopyranoside) (100 µg/ml) içeren LB (Luria Bertani) agar (IDG, İngiltere) üzerine yayıldı ve 37 o C de 16 saat inkübe edildi. İstenilen DNA yapısını taşıyan plazmidlere sahip koloniler beyazlar arasından seçildi ve sıvı Luria Bertani (LB) besi yerine (IDG, İngiltere) inoküle edilerek plazmid izolasyonu gerçekleştirildi. Çizelge 2.7. Ligasyon reaksiyon karışımının bileşimi. ptz57r/t PZR Ürünü Bileşen Ligasyon Reaksiyon Karışımı Miktar (µl) 1 kısım 3 kısım T4 DNA Ligaz 1µl 10X Tampon PEG 4000 Deiyonize Su 1µl 1µl Toplam hacmi 10 µl ye tamamlayacak miktarda Toplam Reaksiyon Hacmi 10µl

46 Dizin Analizi PZR amplifikasyon ürünlerinden ve klonlanmış örneklerden dizin analizi yapıldı. Analizler Beckman Coulter (ABD) CEQ 8000 Genetik Analiz Sistemi kullanılarak gerçekleştirildi. PZR bileşenlerinden temizlenip saf olarak elde edilmiş DNA örnekleri, aynı firmanın Dye Terminator Cycle Sequencing (DTCS) kiti kullanılarak (Çizelge 2.8) termal çeviricide (Biometra, ABD), 96 o C de 20 saniye, 50 o C de 20 saniye ve 60 o C de 4 dakikalık 30 döngüden oluşan dizin reaksiyonuna sokuldu. Dizinleme reaksiyon karışımı Çizelge 2.9 da sunulmuştur. Reaksiyon ürünleri CEQ 8000 Genetik Analiz Sistem cihazında kapiller elektroforez yöntemi ile analiz edildi. Ham verilerin analizi üretici firma (Beckman- Coulter) tarafından sağlanan yazılım ile gerçekleştirildi. Çizelge 2.8. Dye Termination Cycle Sequencing (DTCS) kit karışımı. Bileşen DTCS Kit Karışımı Miktar (µl) 10X Reaksiyon Tamponu 2 dntp Karışımı 1 ddutp 2 ddgtp 1 ddctp 2 ddatp 2 DNA Polimeraz Enzimi 1 Toplam Hacim 11µl

47 35 Çizelge2.9. DNA dizinleme reaksiyon karışımı. DNA Dizinleme Reaksiyon Karışımı Bileşen Miktar (µl) DNA Kalıbı 1-7 Primer (10pmol) 2 DTCS Karışımı 11 Deiyonize Su Toplam hacmi 20µl ye tamamlayacak miktarda Toplam Reaksiyon Hacmi 20µl Dizin Analizi Sonuçlarının Değerlendirilmesi Elde edilen dizinler NCBI server tarafından sağlanan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) web sayfası kullanılarak Gen Bankası verileri ile karşılaştırıldı. Elde edilen dizinler, genel amaçlı çoklu hizalama programı olan ClusterW yazılımı kullanılarak kendi aralarında, diğer KHGV suşları ve aşı suşları ile karşılaştırıldı. Elde edilen nükleotit dizinlerinin kodladığı amino asit dizinleri Bioedit versiyon 5.7 yazılımı kullanılarak oluşturuldu. Bu amino asit dizinleri temelinde antijenite profilleri, DNAStar Lasergene V.7.0 programında Protean yazılımı kullanılarak gerçekleştirildi. Sonuçlar aşı suşları ile karşılaştırıldı. Aşı suşu Onderstepoort ve izolatlara ait H proteinlerinin amino asit dizinleri bazında yapılan ikincil yapılarına ait tahminler Jones (1999) tarafından tanımlanan PSIPRED ikincil yapı tahmin metodu kullanılarak gerçekleştirildi Filogenetik Analiz Filogenetik analizler, aşı suşları ve sirkülasyondaki diğer CDV suşları ile çalışmada elde edilen saha suşları arasındaki genetik yakınlığın ortaya konulması amacıyla nükleotit ve amino asit dizinleri üzerinden gerçekleştirildi. Filogenetik analizler CLC

48 36 Combined Workbench (CLC BIO, Danimarka) ticari yazılımı kullanılarak elde edildi. Bu amaçla gerek bu araştırmadan elde edilen ve gerekse Gen Bankasından indirilen CDV H geni dizinlerine çoklu karşılaştırma işlemi uygulandı ve dizinler hizalandı. Hizalanan tüm dizinler Neighbourhood Joining analizine tabi tutuldu. Bu işlem gerçekleştirilirken 500 replikasyon ve tesadüfi eşleme yapılarak analiz duyarlılaştırıldı. Bootstraping değerleri harita üzerinde gösterildi Serolojik Çalışma Çapraz Virus Nötralizasyon Testi CDV yönünden pozitif olduğu belirlenen olgulara ait 47 adet kan serumu örneği, saha izolatı CDV Turk5106 ve Onderstepoort suşu ile çapraz nötralizasyon testine tabi tutuldu ve antikor titreleri hesaplandı. Ohashi ve ark.(2001) tarafından bildirilen mikronötralizasyon tekniği kullanıldı. Serum örneklerinin, 1/5 lik sulandırmadan başlayarak 4 basamak iki katlı artan sulandırmaları hazırlandı. Bu amaçla, çok kanallı mikropipet yardımıyla 24 gözlü hücre kültürü tabletlerinin ilk gözlerine 680µl, diğer gözlere 425µl DMEM konuldu. Daha sonra ilk gözlere 170µl serum örneği eklendi. Çok kanallı mikropipet yardımıyla ilk gözlerden alt sıradaki gözlere 425µl hacminde serum sulandırması aktarıldı. Log 2 tabanına göre 1/40 a kadar (1/5, 1/10, 1/20 ve 1/40) serum sulandırmaları hazırlandı. Her iki virus için serum sulandırma işlemi aynı şekilde tekrarlandı. Serum sulandırma işlemini takiben izolat için ayrılmış gözlere 425µl izolat CDV5106, referans virus için ayrılmış gözlere ise aynı oranda Onderstepoort aşı suşu konuldu. Virus kontrol için ayrılan gözlere 425µl DMEM ve 425µl saf virus, hücre kontrol gözlerine ise 850µl %10 FDS li DMEM ilave edildi. Virus nötralizasyonu amacıyla tabletler 37 o C de 1 saat süreyle bekletildi. Süre sonunda, hüc/ml olacak şekilde 24 saat önceden hazırlanan ve monolayer hücre

49 37 üremesi gerçekleşen 24 gözlü hücre kültürü tabletlerine her serum sulandırma basamağı için ikişer göz olacak şekilde 200µl hacminde serum sulandırması-virus karışımı aktarıldı. Tabletler 1 saat süreyle 37 o C lik %5 CO 2 li etüvde adsorbsiyonlu ekim işlemine tabi tutuldu. Süre sonunda Vero hücreleri üzerine %2 FDS içeren DMEM konularak tabletler 37 o C lik %5 CO 2 li etüvde inkübasyona bırakıldı. Her gün doku kültürü mikroskobu ile kontrol edildi. Virus kontrol gözlerinde %100 CPE gözlendiği anda test değerlendirildi ELISA Çalışma kapsamında bulunan 42 adet olguya ait kan serum örneğinde CDV özgü IgM ve IgG antikorlarının varlığının araştırılması amacıyla, ticari ELISA kiti (B.V. European Veterinary Laboratory, Canine Distemper Virus Antibody ELISA IgM / IgG, Hollanda) kullanıldı. Test, üretici firma tarafından bildirilen yönteme göre yapıldı. Tüm serum örnekleri U tabanlı tabletlerde 1:30 oranında sulandırıldı. Pozitif ve negatif kontroller için ise saf ve 1:30 luk sulandırma değerleri kullanıldı. Sulandırma basamağını takiben, ELISA tabletine her örnek için iki göz olacak şekilde 100 er µl aktarıldı. ELISA tableti 1 saat 37 o C de inkübasyona bırakıldı. Süre sonunda yıkanan tablet gözlerine 100µl konjugat ilave edildi ve tablet 1 saat 37 o C de inkübe edildi. İnkübasyonu takiben tablet yıkandı ve tüm gözlere 100 er µl substrat konuldu ve oda ısında dakikalık bekleme süresi sonunda tüm gözlere ilave edilen 50 µl durdurma solüsyonu ile reaksiyon durduruldu. Tabletlerin, ELISA test okuyucusunda (Titertek, Finlandiya) 450nm dalga boyuna sahip filtre kullanılarak absorbans değerleri okundu ve sonuçlar değerlendirildi.

50 38 3. BULGULAR 3.1. Örneklenen Hayvanlar Çalışmada CD klinik ön tanısı ile örneklenen 157 adet hayvana ait örneklerin RT-PZR ile yapılan kontrolleri sonucunda 67 adet hayvana ait örnekte viral nükleik asit saptandı. Anamnez bilgileri ve elde edilen test sonuçları değerlendirilerek pozitiflik tespit edilen hayvanlar arasından 51 adet olgu tez çalışma kapsamına alındı (Çizelge 3.1). Çizelge 3.1. Çalışmada örneklenen ve pozitiflik tespit edilen hayvan sayıları. Örneklenen Toplam Hayvan Sayısı CD Pozitif Hayvan Sayısı Çalışmaya Dahil Edilen Hayvan Sayısı 157 adet 67 adet 51 adet

51 39 Çalışmada kullanılan 51 adet olguya ait anamnez kayıtları incelendi. Olguların örnekleme tarihi, yaş, aşı ve son durumlarına ait veriler Çizelge 3.2. de sunuldu. Çizelge 3.2. Olguların örnekleme tarihleri, yaş, aşı ve son durum verileri. OLGU NO TARİH YAŞ (ay) AŞI DURUMU SON DURUM Olgu 1 18 Mayıs Ö Olgu 2 23 Temmuz Ö Olgu 3 28 Temmuz Ö Olgu 4 31 Temmuz Y Olgu 5 16 Eylül B Olgu 6 17 Ekim Ö Olgu 7 18 Ekim Ö Olgu 8 8 Kasım Ö Olgu 9 9 Kasım B Olgu Kasım Ö Olgu 11* 15 Aralık Y Olgu12 * 15 Aralık Y Olgu Aralık Y Olgu Aralık Ö Olgu Aralık Ö Olgu 16 3 Ocak B Olgu Ocak B Olgu Nisan Ö Olgu 19 4 Mayıs Ö Olgu 20 9 Mayıs 2005(1) 3 - Ö Olgu 21** 9 Mayıs 2005(2) Ö Olgu 22** 9 Mayıs 2005(3) B Olgu Haziran Ö Olgu Haziran Ö Olgu Haziran Ö Olgu 26 7 Ağustos Y Olgu Ağustos Y

52 40 Çizelge 3.2. Devam Olgu Ağustos Ö Olgu 29 3 Ekim Ö Olgu 30 6 Ekim Ö Olgu Ekim Ö Olgu Ekim Ö Olgu Kasım B Olgu Kasım Ö Olgu 35 5 Aralık Y Olgu Aralık Ö Olgu Aralık 2005 B - B Olgu Aralık Ö Olgu Aralık Ö Olgu Aralık Ö Olgu Aralık B Olgu Aralık Ö Olgu 43 3 Ocak B Olgu Ocak B Olgu 45 8 Mart Y Olgu Haziran Ö Olgu Haziran Y Olgu Temmuz Ö Olgu Temmuz Y Olgu 50*** 20 Temmuz Ö Olgu 51*** 20 Temmuz Y - : Aşısız + : Aşılı Ö : Enfeksiyona bağlı ölüm Y : Yaşıyor B : Bilinmiyor *, **, *** : Kardeş

53 41 CD olgularında enfeksiyonun yaş bazında dağılımı, 4 farklı yaş grubu içerisinde değerlendirildi. Değerlendirmede, 0-3 ay yaş grubunda 27 adet olgu (%54), 3-6 ay yaş grubunda 14 adet olgu (%28), 6-12 ay yaş grubunda 7 adet olgu (%16) ve 12 ay üzerinde ise 1 adet olgunun (%2) bulunduğu tespit edildi. Olgu 37 ye ait yaş bilgisine ulaşılamadı. Çizelge 3.3. Enfeksiyonun dört farklı yaş grubundaki dağılımı. Yaş Grubu Olgu Sayısı (Adet) Yüzdesi 0-3 ay 27 % ay 14 % ay 8 %16 12 ay üzeri 1 %2 CD olgularının 30 unun (%73,1) enfeksiyon sonucunda öldüğü ve 11 olgunun (%26,8) sağlığına kavuştuğu tespit edilirken, 10 olgunun ise (%19,4) son durumlarına ait bilgi edinilemedi. Hayvan sahipleri ile yapılan anamnez değerlendirmesinde; 21 olgunun aşılandığı bilgisine ulaşılırken, bu olguların aşılama programların niteliği (tamamlandığı veya tek aşı olduğu) konusunda sağlıklı bilgi edinilemedi (Çizelge 3.2). Bu durumun temel sebepleri olarak; i) Köpekleri satın alan kişilerin, hasta hayvanları bu ticarethanelere iade etmesi, ii) Tedavisi devam eden hayvanların kliniğe terk edilmesi, iii) Kliniğe kayıtlı hayvan sahipleri ile irtibat kurulamaması ve hayvan sahiplerinin yeterli bilgiye sahip olmaması durumları kaydedildi. Enfeksiyon gelişiminde cinsiyete bağlı bir farklılık bulunmadığından, cinsiyetlere ait anamnez bilgileri değerlendirmeye alınmadı.

54 42 Anamnez kayıtlarına dayanarak, olgularda saptanan klinik bulgular değerlendirildiğinde, 15 olguda (%29,4) solunum sistemi, 4 olguda (%7,8) sindirim sistemi ve 2 olguda ise sinir sistemi enfeksiyonunun geliştiği saptandı. Diğer taraftan bazı olgularda, multisistemik enfeksiyonların geliştiği de gözlendi. Değerlendirme sonunda, 15 olguda (%29,4) solunum ve sindirim sistemi, 6 olguda (%11,7) solunum ve sinir sistemi ve 9 olguda (%17,6) ise solunum, sindirim ve sinir sistemi enfeksiyonlarının birlikte seyrettiği tespit edildi. Hayvan sahipleri tarafından, 6 olguda (Olgu 2, 3, 8, 35, 39 ve 50) (%11,7) akut enfeksiyon bulgularına ek olarak klinik bulguların ortaya çıkışından yaklaşık 15 gün önce kısa süreli bir sindirim sistemi enfeksiyonunun oluştuğu belirtildi. Sistemik enfeksiyon bulgularıyla birlikte, döküntü ile karakterize deri lezyonlarının varlığı 12 olguda (%23,5) tespit edildi. Bu grup içerisinden Olgu 28 de ayak tabanları ve burun ucunda hiperkeratoz geliştiği belirlendi (Çizelge 3.4.).

55 43 Çizelge 3.4. Olgularda saptanan klinik bulgular ve farklı klinik örneklere ait sonuçlar. Olgu No Klinik Bulgu NS KS G/RS L O Olgu 1 SY, GIS, MSS Olgu 2 SY, GIS, MSS, DL Olgu 3 SY Olgu 4 SY, GIS Olgu 5 SY Olgu 6 SY + Olgu 7 GIS - + Olgu 8 SY, GIS Olgu 9 SY, DL Olgu 10 SY, MSS Olgu 11 SY, DL Olgu 12 SY, DL Olgu13 SY, DL Olgu 14 SY, GIS Olgu 15 SY, MSS Olgu 16 SY, GIS Olgu 17 SY, MSS Olgu 18 SY,GIS,MSS Olgu 19 SY, GIS Olgu 20 SY, GIS Olgu 21 SY,GIS,MSS Olgu 22 SY, GIS Olgu 23 SY, MSS Olgu 24 MSS Olgu 25 SY, MSS Olgu 26 SY Olgu 27 SY Olgu 28 MSS, DL + + Olgu 29 GIS Olgu 30 SY, GIS Olgu 31 SY, GIS, + + MSS Olgu 32 SY,GIS, SS

56 44 Çizelge 3.4. Devam Olgu 33 SY, GIS Olgu 34 SY, GIS Olgu 35 SY + + Olgu 36 SY, GIS + - Olgu 37 GIS + Olgu 38 SY + Olgu 39 SY, MSS + Olgu 40 SY, GIS - + Olgu 41 SY + + Olgu 42 SY,GIS,MSS + + Olgu 43 SY, DL + + Olgu 44 SY, DL Olgu 45 SY, DL Olgu 46 SY, GIS, DL + + Olgu 47 SY,GIS, SS Olgu 48 SY,GIS,MSS + - Olgu 49 SY, GIS, DL Olgu 50 SY, GIS, DL Olgu 51 GIS SY : Solunum Yolu GIS : Gastrointestinal Sistem MSS :Merkezi Sinir Sistemi DL : Deri Lezyonu NS : Nazal Sürüntü KS : Konjiktival Sürüntü G : Gaita RS : Rektal Sürüntü L : Lökosit O : Organ Homojenatı + : Viral nükleik asit yönünden pozitif - : Viral nükleik asit yönünden negatif

57 45 CD pozitif olgulara ait klinik örneklerin, viral nükleik asit varlığı yönünden pozitiflik oranları karşılaştırıldı. 46 olguya ait nazal sürüntü örneğinden 38 adedinde (%82,6), 42 adet konjunktival sürüntü örneğinden 26 adedinde (%61,9) ve 37 adet lökosit örneğinden 13 adedinde (%35,1) viral nükleik asidi saptandı. Diğer örneklere oranla daha az sayıda örneklenen 14 adet gaita/rektal sürüntü örneğinden 9 adedinin ise pozitif olduğu belirlendi. Olguların tümü klinik örneklere ait veriler üzerinden değerlendirildiği için, organ homojenizatlarında tespit edilen viral nükleik asit varlığı bu noktada değerlendirmeye alınmadı. Değerlendirme sonuçları Çizelge 3.4. ve 3.5.de sunuldu. Çizelge 3.5. CD pozitif olgulara ait klinik örneklerin, viral nükleik asit varlığı yönünden pozitiflik oranları. Örnek Türü Toplam Olgu Adedi Pozitif Olgu Adedi Yüzde (%) Nazal Sürüntü ,2 Konjunktival Sürüntü ,9 Lökosit ,1 Gaita/Rektal sürüntü Virus İzolasyonu ve İdentifikasyonu Hücre Kültürü İnokülasyonu İzolasyon çalışmaları sonunda, Olgu 32, 34 ve 51 e ait sırasıyla organ homojenizatı, nazal ve rektal sürüntü örneklerinden, 5-7 günlük inkübasyon süresi sonunda hücre kültürlerinde meydana gelen dev hücresi oluşumu, hücre yuvarlaklaşması ve lizisi ile karakterize CPE saptandı. Diğer izolasyon materyallerinin hiçbirinde CPE tespit edilemedi. Vero hücre hatlarında saptanan CPE ve hücre kontrole ait görüntüler sırası ile Şekil 3.1.a ve c de sunuldu.

58 Şekil 3.1. (a) Hücre kültüründe virus üremesi sonucunda oluşan dev hücresi (x400), (b) Dev hücresine ait immunfloresan mikroskop görüntüsü (x400), (c) Hücre Kontrol (x400). 46

59 Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) Vero hücre hattına yapılan inokülasyonlar sonucunda CPE saptanan 3 olguya ait hücre kültürlerinde HF1-HR2 primer çiftleri kullanılarak yapılan RT-PZR sonucunda, 3 olguda da hedeflenen 236 bp lik DNA ürünü tespit edildi (Şekil 3.2). Bu bulgu ile, 3 olgudan izole edilen viruslar CDV izolatı olarak identifiye edildi ve izolatlar sırası ile CDVTurk 3205, CDVTurk 3405 ve CDVTurk 5106 olarak adlandırıldı. Şekil 3.2. İzolatlara ve aşı suşuna ait HF1-HR2 primer çiftleri ile elde edilen DNA ürünlerinin agaroz jel görüntüleri bp 500 bp 236 bp Hat 1: DNA Merdiveni 100 bp (Fermentas, Litvanya) Hat 2: CDVTurk 3205 Hat 3: CDVTurk 3405 Hat 4: CDVTurk 5106 Hat 5: Onderstepoort Suşu

60 Direkt İmmunfloresan Testi Hücre kültürlerinde, izolatların direkt immunfloresan testi ile yapılan kontrolleri sonunda, izolatlar ile enfekte edilen tüm hücre kültürlerinde immunfloresan bulgusu tespit edildi (Şekil 3.1.b) Virusların Enfeksiyözite Gücü Çalışmada, çapraz nötralizasyon testinde kullanılan CD Onderstepoort suşu ve saha izolatı CDVTurk 5106 nın enfeksiyözite güçleri /0.2ml olarak hesaplandı. 100DKID 50 /0.2ml değerine ulaşmak için viruslar saf olarak kullanıldı. Diğer iki virusun enfeksiyözite güçleri ise 10-2 /0.2 ml olarak hesaplandı. Virus izolasyonlarının gerçekleştirildiği olgulara ait anamnez bilgileri Çizelge 3.6 da sunuldu. Çizelge 3.6. İzolatlara ait anamnez bilgileri ve enfektivite değerleri. İzolat Olgu No Yaş (Ay) Irk İzolasyon Materyali İnfektivite (DKID 50 /0.2ml) CDVTurk 3205 Olgu 32 1 Alman Çoban Organ Homojenizatı Köpeği (Dalak ve Akciğer) CDVTurk 3405 Olgu Kangal Nazal Sürüntü CDVTurk 5106 Olgu 51 3 Kangal Rektal Sürüntü

61 Moleküler Genetik Karakterizasyon Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) H proteini kodlayan gen bölgesinin karakterizasyonu amacıyla araştırmada kullanılan 51 olgunun tümü FF1-HR2 ve HF1-HR1 primer çiftleri ile RT-PZR a tabi tutuldu. Olguların tümünde FF1-HR2 primer çiftleri ile yapılan reaksiyonlardan istenilen bölgeye ait DNA ürünü çoğaltıldı. Diğer primer çifti ile yapılan reaksiyonlar sonucunda ise, 45 olguda (%88,2) hedeflenen ürünler elde edildi. RT-PZR sonucunda çoğaltılan gen bölgelerine ait agaroz jel görüntüleri Şekil 3.3 de sunuldu. 3000bp 1301bp 1045bp 500bp Şekil 3.3. RT-PZR ile çoğaltılan gen bölgelerine ait agaroz jel görüntüleri. Hat 1: DNA Merdiveni bp (Fermentas, Litvanya) Hat 2: Negatif Kontrol Hat 3: Negatif Kontrol Hat 4: Onderstepoort Suşu (FF1-HR2 Primer Çifti) Hat 5: İzolat CDVTurk 5106 (FF1-HR2 Primer Çifti) Hat 6: Onderstepoort Suşu (HF1-HR1 Primer Çifti) Hat 7: İzolat CDVTurk 5106 (HF1-HR1 Primer Çifti)

62 Dizin Analizi Çalışmada 17 olgudan saha viruslarına ait dizinler elde edildi. Bu olgulardan 10 adedi yalnızca nükleotit dizinleri yönünden incelenirken, H gen bölgesi tam uzunluk dizin analizleri gerçekleştirilen 7 olgu nükleotit dizinleri yanı sıra amino asit dizinleri düzeyinde de analiz edinildi. Analizler sonunda olgulardan elde edilen dizinlere ait büyüklük ve genom üzerindeki tahmini lokalizasyonu Çizelge 3.7 de sunuldu. Yapılan analizler sonunda H gen bölgesinin FF1-HR2 primerleri ile elde edilen bölgeye ait nükleotit dizinleri ile aşı suşları arasında %7,3 9,6 arasında değişen oranlarda farklılıklar saptandı. CDVTurkH (AY093674) dizinlerinde ise bu farklılık düzeyinin %0,8-1,9 oranları arasında olduğu belirlendi. İzolatlara ait dizinler arasındaki farklılık düzeyinin ise, %0,1-0,2 arasında olduğu tespit edildi. H gen bölgesinin HF1-HR1 primerleri ile elde edilen bölgeye ait nükleotit dizinleri ile aşı suşlarına ait karşılaştırmada dizinler arasında %9,3 10,5 oranlarında fark olduğu saptanmıştır. İzolatlar ile CDVTurkH dizinleri arasındaki farkın ise %0,8 2,4 oranlarında değiştiği belirlendi. İzolatlar arasındaki farklılık düzeyinin ise %0,1-0,4 arasında değiştiği tespit edildi. Nükleotid dizin verileri yıllara göre incelendiğinde, FF1-HR2 bölgesine ait dizinlerde %7,3-9,6 arasında bir farklılık saptandı. HF1-HR1 bölgesine ait dizinler, FF1-HR2 bölgesine göre daha düşük benzerlik düzeyleri (%89,5 90,7) gösterse de, bu bölgeye ait verilerde de yıllara göre önemli bir farklılık belirlenemedi.

63 51 Çizelge 3.7. Olgulardan elde edilen dizinlere ait veriler. Elde Edilen Dizin Olgu No Pozisyon CDVOnds (D00758) Büyüklüğü (nt) Lokalizasyon Olgu Olgu 13 Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu

64 52 Tam uzunluk dizinleri elde edilen 7 olgunun nükleotid dizinleri bazında aşı virusları (Onderstepoort ve Convac) ile yapılan karşılaştırmada, ATG kodonu (7078bp) ile başlayan ve TGA kodonu (8901.bp) ile sonlanan ve 607 amino asitlik H proteinini kodlayan tek bir açık okuma çerçevesi belirlendi. Bu bölgenin belirlenmesinde 3 farklı başlama kodonu içerisinden, hidrofobik bölgenin kodlanabilmesi için gerekli olan ve Kozak (1986) tarafından ribozomal bağlanma bölgesi olarak tanımlanan A/GXXAUGG dizinine en yakın olan 1. çerçeve bölgesi seçildi. Bu bölgede nükleotid ve amino asit dizinlerinde yapılan incelemelerde, 155 adet nükleotid değişimi saptandı. Saptanan bu değişimlerin amino asit dizinlerindeki yansıması incelendi ve olgulara ait dizinlerin tümünde meydana gelen 60 adet ısrarcı değişiklik tespit edildi. Bu değişimlerin bireysel farklılıklar düzeyinde incelendiğinde ise, toplamda 25 adet değişiklik belirlendi. En yoğun bireysel amino asit değişikliklerinin olgu 30 da gerçekleştiği tespit edildi (Şekil 3.5). Mutasyonlar nedeniyle oluşan amino asit değişikliklerinin yaklaşık amino asitler arasında kalan alanda dikkate değer düzeyde yoğunlaştığı saptandı. Bu bölgede 17 farklı amino asit değişikliği tespit edildi. Bunlardan 11 adedinin tüm izolatlarda aynı olduğu, 6 adet bireysel amino asit değişikliğinin ise, diğer bölgelere kıyasla bu alanda daha fazla miktarda bulunduğu belirlendi (Şekil 3.5). Tam uzunluk dizinlerinin, nükleotid dizinleri düzeyinde karşılaştırmasında olgulardan elde edilen dizinlerin kendi aralarında % 97,6 99,7 oranında benzerlik gösterdiği, bu oranın aşı suşlarında ise % 91,4 92,9 arasında bulunduğu saptandı. Amino asit dizinlerindeki karşılaştırmada benzerlik düzeyi, olgular arasında %95,8-99,8 oranında değişirken, bu oranların aşı suşları ve olgulara ait dizinlerin karşılaştırmasında %87,9 89,6 arasında değiştiği saptandı. Tam uzunluk dizinlerin nükleotid ve amino asit düzeyindeki benzerlikleri Çizelge 3.8 de sunuldu. Elde edilen dizinler üzerinde, protein katlanmasında öneme sahip olduğu bilinen belirli noktalar ve motifler değerlendirildi. Değerlendirme sonunda, olgulara ve aşı suşlarına ait antijenite profillerinin yüksek oranda uyumlu olduğu (Şekil 3.4), H geninin, N-ucunda bulunan tek bir hidrofobik bölgenin (pozisyon 35-55) tüm

65 53 viruslarda korunduğu saptandı. Yine bu bölge içerisinde, aşı suşları ve tüm izolatlar arasında iki amino asit değişimi olduğu (pozisyon 50 ve 51) belirlendi. Potansiyel N- glikozlanma bölgelerine (N-X-S/T) ait dizinlerde yapılan karşılaştırmada da, çeşitli farklıkların olduğu gözlendi. Buna göre, üç glikozlanma bölgesinin (pozisyonlar , , ) her iki aşı suşunda ve saha izolatlarında korunduğu tespit edildi. Onderstepoort suşundan farklı olarak potansiyel bir glikozlanma bölgesinin (pozisyon ) ise Convac ve saha izolatlarında bulunduğu saptandı. İzolatlara ait dizinlerde ilk glikozlanma bölgesinde (pozisyon 19-21) son amino asidin Trioninden (Thr), Serine (Ser) değiştiği ayrıca, aşı suşlarından farklı olarak, saha izolatlarının tümünde yeni iki potansiyel glikozlanma bölgesinin (pozisyon , ) daha varolduğu belirlendi. Protein ikincil yapısının belirlenmesinde önemli olduğu bilinen diğer bölgeler de, Prolin (Pro), Sistein (Cys) ve Glisin (Gly) rezidüleri amino asit değişimleri yönünden kontrol edildi. Oniki sistein rezidüsünün ise tamamının korunduğu saptandı. Prolin rezidülerinin %95 oranında korunduğu ve iki noktada (pozisyon 3 ve 415) farklılaşma bulunduğu, aşı suşlarında var olan 31 Prolin rezidüsüne ek olarak izolatların tümünde 1 yeni Prolin rezidüsünün varlığı (pozisyon 415) belirlendi. Aşı suşlarında bulunan 35 Glisin rezidüsüne ek olarak saha izolatlarında 2 yeni Glisin rezidüsü ve 9 noktada da (pozisyon 29,180, 224,371, 401, 467, 470 ve 530) değişim tespit edildi. H gen bölgesinde, aşı suşları ve saha izolatlarının amino asit düzeyinde karşılaştırılmaları sonucunda belirlenen değişimler Çizelge 3.9 da sunuldu.

66 54 Çizelge 3.8. Olgulara ve aşı suşlarına ait dizinlerde nükleotit ve amino asit dizin benzerlikleri. Benzerlik % si Olgu Olgu30 Olgu36 Olgu39 Olgu41 Olgu42 Olgu46 Olgu51 ONDS CONV Olgu30 96,7 97,3 96,7 96,5 96,7 95,8 87,9 87,9 Olgu36 97,9 99,3 99,0 98,8 99,0 98,1 88,7 88,7 Olgu39 98,1 99,4 99,3 99,1 99,1 98,4 89,8 89,8 Olgu41 97,9 99,3 99,3 99,8 99,6 99,1 89,6 89,6 Olgu42 97,9 99,2 99,1 99,7 99,5 99,0 89,4 89,4 Olgu46 97,9 99,2 99,1 99,7 99,7 98,8 89,2 89,2 Olgu51 97,6 99,0 98,9 99,6 99,5 99,4 89,2 89,2 ONDS 91,7 92,9 92,5 92,4 92,3 92,3 92,3 99,5 CONV 91,5 91,5 91,4 92,2 92,1 92,0 92,0 98,7 * Çizelgenin koyu tonda yazılı üst yarısı amino asit benzerliklerini belirtmektedir. ** Çizelgenin açık tonda yazılı alt yarısı nükleotit benzerliklerini belirtmektedir. Çizelge 3.9. Aşı suşları ve saha izolatlarının amino asit düzeyinde karşılaştırma sonuçları. aa Pozisyonu Convac Onds Olgu 30 Olgu 36 3 Pro Pro Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser 21 Thr Thr Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser 29 Gly Gly Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu 30 His His Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln 50 Leu Met 51 Ala Ala Thr Thr Thr Thr Thr Thr Thr 77 Asp Glu 103 Ile Ile Val Val Val Val Val Val Val 115 Lys Asn 145 Thr Thr Lys Lys Lys Lys Lys Lys Lys 146 Val Val Ile Ile Ile Ile Ile Ile Ile 150 Phe Val 155 Glu Glu Asp Asp Asp Asp Asp Asp Asp 156 Ser Ser Thr Thr Thr Thr Thr Thr Thr 162 Ala Ala Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser 180 Ser Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly 186 His His Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr 197 Lys Lys Ile Arg Arg Arg Arg Arg Arg 212 Arg Arg Lys Lys Lys Lys Lys Lys Lys 216 Val Val Ile Ile Ile Ile Ile Ile Ile 217 Ile Ile Thr Thr Thr Thr Thr Thr Thr Olgu 39 Olgu 41 Olgu 42 Olgu 46 Olgu 51

67 55 Çizelge 3.9. Devam 238 Asp Asp Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr 239 Ile Phe 241 Arg Arg Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly 246 Arg Arg Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu 247 Glu Glu Lys Lys Lys Lys Lys Lys Lys 262 Asp Asp Asn Asn Asn Asn Asn Asn Asn 276 Lys Lys Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu 298 Glu Glu Asp Asp Asp Asp Asp Asp Asp 309 Ser Ser Asn Asn Asn Asn Asn Asn Asn 323 Phe Thr 324 Trp Trp Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly 330 His His Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln 331 Ile Ile Val Val Val Val Val Val Val 342 Met Met Val Val Val Val Val Val Val 343 Lys Lys Glu Glu Glu Glu Glu Glu Val 357 Ser Ala 358 Ile Ile Val Val Val Val Val Val Val 366 Leu Ser 367 Ala Val 376 Gly Gly Asn Asn Asn Asn Asn Asn Asn 389 Met Met Met Val Val Val Val Val Val 391 Asn Ser 393 Ala Ala Thr Thr Thr Thr Thr Thr Thr 401 Arg Arg Arg Gly Gly Gly Gly Gly Gly 415 Ala Ala Pro Pro Pro Pro Pro Pro Pro 417 Val Val Ile Ile Ile Ile Ile Ile Ile 435 Asp Asp Asp Glu Glu Asp Asp Asp Asp 439 Tyr His 440 Tyr His 443 Phe Phe Phe Ser Ser Ser Ser Ser Ser 445 Leu Leu Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser 446 Asn Asn Asp Asp Asp Asp Asp Asp Asp 447 Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser Phe 455 Lys Lys Arg Arg Lys Lys Lys Lys Lys 456* Asp Asp Asn Asn - Asn Asn Asn Asn 459 Ile Ile Val Val - Val Val Val Val 460 Ser Ser Leu Leu - Leu Leu Leu Leu 467 Gly Gly Ser Ser - Asn Asn Asn Asn 470 Asp Asp Gly Gly - Gly Gly Gly Gly 471 Gln Gln Arg Arg - Arg Arg Arg Gln 473 Thr Ser Leu Leu Ile Ile - Ile Ile Ile Ile 487 Ser Ser Arg Ser - Ser Ser Ser Ser 500 Ile Ile Leu Leu - Leu Leu Leu Leu 502 Arg Arg Lys Lys - Lys Lys Lys Lys 506 Ile Ile Thr Thr - Thr Thr Thr Thr 509 Asn Asn His Asn - Asn Asn Asn Asn 510 Ile Ile Leu Leu - Leu Leu Leu Leu 517 Ser Ser Asn Asn - Asn Asn Asn Asn

68 56 Çizelge 3.9. Devam 518 Ile Ile Phe Phe - Phe Phe Phe Phe 530 Ser Ser Gly Gly - Gly Gly Gly Gly 538 Val Val Val Ile - Val Val Val Val 549 Leu Leu Tyr Tyr - Tyr Tyr Tyr Tyr 553 Leu Leu Ile Ile - Ile Ile Ile Ile 572 Asn Asn Asp Asp - Asp Asp Asp Asp 574 Trp Trp Arg Trp - Trp Trp Trp Trp 576 His His Leu His - His His His His 578 Gln Gln Leu Leu - Gln Gln Leu Gln 586 Ala Ala Thr Thr - Thr Thr Thr Thr 605 Ser - Ser Ser - Ser Ser Ser Ser 606 Asn - Lys Lys - Lys Lys Lys Lys 607 Phe - Phe Phe - Phe Phe Phe Phe *: 456. amino asitten itibaren Olgu 39 a ait dizin verileri bulunmamaktadır. Şekil 3.4. Aşı suşları ve olgulara ait H geni antijenite profilleri Ondersepoort Convac Olgu Olgu Olgu Olgu Olgu 46 Olgu Olgu 51

69 57 Çalışmada kullanılan ve Gen Bankasından (NCBI veri tabanı) sağlanan nükleik asit ve amino asit dizinlerine ait GenBankası kayıt numaraları Çizelge 3.10 da sunuldu. Çizelge Dizinleri Gen Bankası veri tabanından elde edilen ve analizlerde kullanılan CDV suşlarını Gen Bankası kayıt numaraları. İzolat Adı Ülke Orijin Kayıt Numarası Oderstepoort ABD Aşı AF378705, D00758 Convac ABD Aşı Z35493 DK91 ABD Köpek Z47761 Dog US89 ABD Köpek Z /Han90 Almanya Köpek X85000 German Dog 404 Almanya Köpek Z77671 German Dog 2544 Almanya Köpek Z77672 German Dog 4513 Almanya Köpek Z77673 Chinese dog Çin Köpek AF Dog Denmark Danimarka Köpek AF Adachi Japonya Köpek AB KG2 Japonya Köpek AB KG3 Japonya Köpek AB YA7 Japonya Köpek AB HA7 Japonya Köpek AB Ueno Japonya Köpek D85753 Hamamatsu Japonya Köpek D85754 Yanaka Japonya Köpek D85755 Dog Japonya Köpek AB KDK-1 Japonya Köpek AB Dog Turk Türkiye Köpek AY Chinese leopard ABD Leopar Z54156 Black leopard A92-6 ABD Leopar Z47763 German Wild Almanya Gelincik X8999 Siberian seal isolate Almanya Fok X84998

70 58 * * * * * * * *: Potansiyel N- Glikozlanma Bölgeleri Şekil 3.5. Aşı suşları, Hannover izolatı 5804/ Han90 a ve olgulara ait amino asit dizinlerinin karşılaştırılması.

71 59 Tam uzunluk dizinlerinde meydana gelen amino asit değişimleri aşı suşu ile karşılaştırmalı olarak, proteinin muhtemel ikincil yapısı düzeyinde değerlendirildi. Özellikle amino asitler arasında bulunan transmebran domain bölgesinde Onderstepoort da dahil tüm saha viruslarının standart ikincil yapıya sahip olduğu ancak, H proteininin sitoplazmik kuyruğunun N-ucunda izolatların tümünde Onderstepoortdan farklı olarak 3 amino asiti içeren tekli sarmal (heliks) bir yapının (pozisyon 28-30) var olduğu tespit edildi. Olguların tümünde 24 amino asitten oluşan (pozisyon ) sarmal yapının aşı suşunda 22 amino asitten oluştuğu ve buna komşu ikinci bir sarmalın meydana geldiği saptandı. Ayrıca olgu 30 hariç olguların tümünde Onderstepoort a ait H proteini yapısında bulunan amino asitlere denk gelen sarmal yapının kaybolduğu ve β-kılıf yapıya dönüştüğü, buna karşın aynı yapının olgu 30 da ise çoklu bir sarmal yapı halini aldığı tespit edildi. Söz konusu proteinin zarf dışında kalan kısmına ait ikincil yapıları karşılaştırıldığında ise, olgu 30 hariç tüm izolatlarda amino asitler arasında ilave bir β-kılıf yapısının oluştuğu belirlendi. Ek olarak olgu 41 de ise amino asitler arasındaki β-kılıf yapısının 1 amino asit boyu daha kısa olduğu saptandı. Onderstepoort ve saha izolatlarına ait H proteinilerinin muhtemel ikincil yapılarına ait veriler Şekil 3.6 da sunuldu.

72 60 Şekil 3.6. CDV Onderstepoort ve saha izolatlarına ait H proteinlerinin ikincil yapıları karşılaştırması. a. CDV/Ondersteeport suşu; b. CDV/Olgu 30; c. CDV/Olgu 36; d. CDV/Olgu 41; e. CDV/Olgu 42; f. CDV/Olgu 46; g. CDV/Olgu 51. Şekillerde Kırmızı daireler saha viruslarına ait H proteinin, CDV/Ondersteeport suşundan farklılıklarını; Mavi daireler ise saha virusları arasında H proteini ikincil yapı farklılıklarını göstermektedir. Şekil 3.6.a. CDV/Ondertespoort suşu H protein ikincil yapısı.

73 Şekil 3.6.b. CDV/Olgu 30 H protein ikincil yapısı. 61

74 Şekil 3.6.c. CDV/Olgu 36 H protein ikincil yapısı. 62

75 Şekil 3.3. d. CDV/Olgu 41H protein ikincil yapısı. 63

76 Şekil 3.6.e. CDV/Olgu 42 H protein ikincil yapısı. 64

77 Şekil 3.6.f. CDV/Olgu 46 H protein ikincil yapısı. 65

78 Şekil 3.6.g. CDV/Olgu 51H protein ikincil yapısı. 66

DİSTEMPER (KÖPEK GENÇLİK HASTALIĞI) Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı

DİSTEMPER (KÖPEK GENÇLİK HASTALIĞI) Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı DİSTEMPER (KÖPEK GENÇLİK HASTALIĞI) Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı Giriş Tüm dünyada yaygın olan viral bir hastalık Yüksek morbidite ve mortalite oranı Bir çok karnivor türü duyarlı Özellikle

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

VİROLOJİ -I Antiviral İmmunite

VİROLOJİ -I Antiviral İmmunite VİROLOJİ -I Antiviral İmmunite Prof.Dr. Yılmaz Akça Prof.Dr. Feray Alkan Prof.Dr. Aykut Özkul Prof. Dr. Seval Bilge-Dağalp Prof.Dr. M. Taner Karaoğlu Prof.Dr. Tuba Çiğdem Oğuzoğlu DOĞAL SAVUNMA HATLARI-DOĞAL

Detaylı

Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virusu

Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virusu Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virusu Aykut ÖZKUL Ankara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi Viroloji Anabilim Dalı İçerik Tarihçe Sınıflandırma Virion Yapısı Genom Kültivasyon Replikasyon Genetik Stabilite

Detaylı

İMMUNİZASYON. Bir bireye bağışıklık kazandırma! Bireyin yaşı? İmmunolojik olarak erişkin mi? Maternal antikor? Konak antijene duyarlı mı? Sağlıklı mı?

İMMUNİZASYON. Bir bireye bağışıklık kazandırma! Bireyin yaşı? İmmunolojik olarak erişkin mi? Maternal antikor? Konak antijene duyarlı mı? Sağlıklı mı? İMMUNİZASYON Bir bireye bağışıklık kazandırma! Bireyin yaşı? İmmunolojik olarak erişkin mi? Maternal antikor? Konak antijene duyarlı mı? Sağlıklı mı? Canlıya antijen verdikten belli bir süre sonra, o canlıda

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

HIV/AIDS ve Diğer Retrovirus İnfeksiyonları,laboratuvar tanısı ve epidemiyolojisi

HIV/AIDS ve Diğer Retrovirus İnfeksiyonları,laboratuvar tanısı ve epidemiyolojisi HIV/AIDS ve Diğer Retrovirus İnfeksiyonları,laboratuvar tanısı ve epidemiyolojisi Prof Dr Ali Ağaçfidan İstanbul Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı İnsan retrovirusları

Detaylı

HIV ENFEKSİYONUNUN PATOFİZYOLOJİSİ VE DOĞAL SEYRİ

HIV ENFEKSİYONUNUN PATOFİZYOLOJİSİ VE DOĞAL SEYRİ HIV ENFEKSİYONUNUN PATOFİZYOLOJİSİ VE DOĞAL SEYRİ Dr. Hayat Kumbasar Karaosmanoğlu Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Sunum Planı HIV in morfolojik ve

Detaylı

VİRAL ENFEKSİYONLAR VE KORUNMA. Yrd. Doç. Dr. Banu KAŞKATEPE

VİRAL ENFEKSİYONLAR VE KORUNMA. Yrd. Doç. Dr. Banu KAŞKATEPE VİRAL ENFEKSİYONLAR VE KORUNMA Yrd. Doç. Dr. Banu KAŞKATEPE VİRAL HASTALIKLARDA İMMÜNİTE Virüsler konak hücreye girdikten sonra çoğalır ve viral çoğalma belirli bir düzeye ulaştığında hastalık semptomları

Detaylı

HEMAGLÜTİNASYON TESTİ

HEMAGLÜTİNASYON TESTİ HEMAGLÜTİNASYON TESTİ Dersten Sorumlu Öğretim Üyeleri -Prof. Dr. Yılmaz AKÇA -Prof. Dr. Feray ALKAN -Prof. Dr. Seval Bilge DAĞALP -Prof. Dr. Aykut ÖZKUL -Prof. Dr. M. Taner KARAOĞLU -Prof. Dr. T. Çiğdem

Detaylı

Prediktör Testler ve Sıradışı Serolojik Profiller. Dr. Dilara İnan Isparta

Prediktör Testler ve Sıradışı Serolojik Profiller. Dr. Dilara İnan Isparta Prediktör Testler ve Sıradışı Serolojik Profiller Dr. Dilara İnan 04.06.2016 Isparta Hepatit B yüzey antijeni (HBsAg) HBV yüzeyinde bulunan bir proteindir; RIA veya EIA ile saptanır Akut ve kronik HBV

Detaylı

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını

Detaylı

ADIM ADIM YGS LYS Adım DOLAŞIM SİSTEMİ 5 İNSANDA BAĞIŞIKLIK VE VÜCUDUN SAVUNULMASI

ADIM ADIM YGS LYS Adım DOLAŞIM SİSTEMİ 5 İNSANDA BAĞIŞIKLIK VE VÜCUDUN SAVUNULMASI ADIM ADIM YGS LYS 177. Adım DOLAŞIM SİSTEMİ 5 İNSANDA BAĞIŞIKLIK VE VÜCUDUN SAVUNULMASI İNSANDA BAĞIŞIKLIK VE VÜCUDUN SAVUNULMASI Hastalık yapıcı organizmalara karşı vücudun gösterdiği dirence bağışıklık

Detaylı

Hazırlayan: Fadime Kaya Acıbadem Adana Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Hemşiresi Hazırlanma Tarihi:

Hazırlayan: Fadime Kaya Acıbadem Adana Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Hemşiresi Hazırlanma Tarihi: Hazırlayan: Fadime Kaya Acıbadem Adana Hastanesi Enfeksiyon Kontrol Hemşiresi Hazırlanma Tarihi: 30.06.2018 » İnfluenzanın Tanımı» İnfluenza Bulaş Türleri» İnfluenza Nasıl Bulaşır?» Konak Seçimi» Klinik

Detaylı

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI * VİRAL V HEPATİTLERDE TLERDE SEROLOJİK/MOLEK K/MOLEKÜLER LER TESTLER (NE ZAMANHANG HANGİ İNCELEME?) *VİRAL HEPATİTLERDE TLERDE İLAÇ DİRENCİNİN SAPTANMASI *DİAL ALİZ Z HASTALARININ HEPATİT T AÇISINDAN

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK

Detaylı

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür

Detaylı

2009 AFYONKARAHİSAR ÖNSÖZ. Sonsuz saygı, sevgi ve teşekkürlerimi sunmayı borç bilirim.

2009 AFYONKARAHİSAR ÖNSÖZ. Sonsuz saygı, sevgi ve teşekkürlerimi sunmayı borç bilirim. 2009 AFYONKARAHİSAR ÖNSÖZ Bu çalışmada, Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi Ahmet Necdet Sezer Uygulama Araştırma Hastanesi nden ve Zübeyde Hanım Doğum ve Çocuk Hastanesi nden; gastrenteritli çocuklardan

Detaylı

YAVAŞ VİRUS ENFEKSİYONLARI ve PRİON HASTALIKLARI

YAVAŞ VİRUS ENFEKSİYONLARI ve PRİON HASTALIKLARI YAVAŞ VİRUS ENFEKSİYONLARI ve PRİON HASTALIKLARI Doç. Dr. Koray Ergünay Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Özellikler Uzun inkübasyon

Detaylı

Maymun Çiçek Virüsü (Monkeypox) VEYSEL TAHİROĞLU

Maymun Çiçek Virüsü (Monkeypox) VEYSEL TAHİROĞLU Maymun Çiçek Virüsü (Monkeypox) VEYSEL TAHİROĞLU insanlarda ölümcül hastalığa neden olabilir; her ne kadar genellikle çok daha az ciddi olsa da insan çiçek virüsü hastalığına benzer. Maymun çiçek virüsü

Detaylı

15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ

15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ 15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ İyonlaştırıcı radyasyonların biyomoleküllere örneğin nükleik asitler ve proteinlere olan etkisi hakkında yeterli bilgi yoktur. Ancak, nükleik asitlerden

Detaylı

VİROLOJİYE GİRİŞ. Dr. Sibel AK

VİROLOJİYE GİRİŞ. Dr. Sibel AK VİROLOJİYE GİRİŞ Dr. Sibel AK Bugün; Virüs nedir? Virüslerin sınıflandırılması Virüsler nasıl çoğalır? Solunum yoluyla bulaşan viral enfeksiyonlar Gıda ve su kaynaklı viral enfeksiyonlar Cinsel temas yoluyla

Detaylı

8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için

8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için 8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için koruyucu kalkan görevi görmektedir. Protein kendi kendine

Detaylı

KÖPEKLERDE CANINE DISTEMPER VIRUS ENFEKSİYONUNUN ARAŞTIRILMASI

KÖPEKLERDE CANINE DISTEMPER VIRUS ENFEKSİYONUNUN ARAŞTIRILMASI T.C. SELÇUK ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ KÖPEKLERDE CANINE DISTEMPER VIRUS ENFEKSİYONUNUN ARAŞTIRILMASI Ela ESİN DOKTORA TEZİ VİROLOJİ ANABİLİM DALI Danışman Prof.Dr. Sibel YAVRU KONYA-2013

Detaylı

GASTROENTERİT YAPAN VİRUSLAR VE ENFEKSİYON OLUŞTURMA MEKANİZMALARI

GASTROENTERİT YAPAN VİRUSLAR VE ENFEKSİYON OLUŞTURMA MEKANİZMALARI GASTROENTERİT YAPAN VİRUSLAR VE ENFEKSİYON OLUŞTURMA MEKANİZMALARI GASTROENTERİT YAPAN VİRÜSLER Viral gastroenteritler fekal oral yolla bulaşmaları nedeniyle, alt yapı yetersizliği bulunan gelişmekte olan

Detaylı

VİRUSLARIN HÜCRE KÜLTÜRÜNDE ÜRETİLMESİ

VİRUSLARIN HÜCRE KÜLTÜRÜNDE ÜRETİLMESİ VİRUSLARIN HÜCRE KÜLTÜRÜNDE ÜRETİLMESİ Prof.Dr. Yılmaz Akça Prof.Dr. Feray Alkan Prof.Dr. Aykut Özkul Prof.Dr. Seval Bilge-Dağalp Prof.Dr. M. Taner Karaoğlu Prof.Dr. Tuba Çiğdem Oğuzoğlu VİRUSLARIN HÜCRE

Detaylı

Rhabdoviridae. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ

Rhabdoviridae. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Rhabdoviridae Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Sınıflandırma Lyssavirus (rabies virus) Vesiculovirus (vesicular stomatitis virus) Ephemerovirus (bovine ephemeral fever virus) Cytorhabdovirus (lettuce necrotic yellows

Detaylı

7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ

7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ 7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ Başlıklar 1. Prokaryotlar gen ifadesini çevre koşullarına göre düzenler 2. E. Coli de laktoz metabolizması 3. Lac operonu negatif kontrol 4. CAP pozitif kontrol

Detaylı

ADIM ADIM YGS-LYS 55. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-15 VİRÜSLER

ADIM ADIM YGS-LYS 55. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-15 VİRÜSLER ADIM ADIM YGS-LYS 55. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-15 VİRÜSLER Virüsler Hücresel yapı da dahil olmak üzere canlıların ortak özelliklerini göstermeyen canlılardır. Prokaryotlardan daha küçüklerdir.

Detaylı

Yasemin Budama Kılınç1, Rabia Çakır Koç1, Sevim Meşe2, Selim Badur2,3

Yasemin Budama Kılınç1, Rabia Çakır Koç1, Sevim Meşe2, Selim Badur2,3 Yasemin Budama Kılınç1, Rabia Çakır Koç1, Sevim Meşe2, Selim Badur2,3 1 Yıldız Teknik Üniversitesi, Biyomühendislik Bölümü, 34220, İstanbul 2 İstanbul Üniversitesi, İst. Tıp Fak., Mikrobiyoloji ABD, Viroloji

Detaylı

Viral Hepatitler. Hepatit A Virus. Viral Hepatitler- Tarihsel Bakış. Hepatit Tipleri. Hepatit A Klinik Özellikler

Viral Hepatitler. Hepatit A Virus. Viral Hepatitler- Tarihsel Bakış. Hepatit Tipleri. Hepatit A Klinik Özellikler Viral Hepatitler- Tarihsel Bakış Viral Hepatitler İnfeksiyöz Viral hepatitler A NANB E Enterik yolla geçen Dr. Ömer Şentürk Serum B D C F, G, TTV,? diğerleri Parenteral yolla geçen Hepatit Tipleri A B

Detaylı

İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ABD Prof. Dr. Filiz Aydın

İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ABD Prof. Dr. Filiz Aydın İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ABD Prof. Dr. Filiz Aydın Mitokondri, ökaryotik organizmanın farklı bir organeli Şekilleri küremsi veya uzun silindirik Çapları 0.5-1 μm uzunlukları 2-6 μm Sayıları

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma

Detaylı

SOLUNUM SİSTEMİNDE ENFEKSİYON YAPAN VİRUSLAR. Dr. Tuncer ÖZEKİNCİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ Anabilim Dalı

SOLUNUM SİSTEMİNDE ENFEKSİYON YAPAN VİRUSLAR. Dr. Tuncer ÖZEKİNCİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ Anabilim Dalı SOLUNUM SİSTEMİNDE ENFEKSİYON YAPAN VİRUSLAR Dr. Tuncer ÖZEKİNCİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ Anabilim Dalı 1 1. Influenza virus 2. Parainfluenza virus 3. Solunum sinsisyal virus (RSV) 4. Adenovirus 5. Koronavirus

Detaylı

LENFOİD SİSTEM DR GÖKSAL KESKİN ARALIK-2014

LENFOİD SİSTEM DR GÖKSAL KESKİN ARALIK-2014 LENFOİD SİSTEM DR GÖKSAL KESKİN ARALIK-2014 Lenfoid Sistem Lenfositlerin, mononükleer fagositlerin ve diğer yardımcı rol oynayan hücrelerin bulunduğu, yabancı antijenlerin taşınıp yoğunlaştırıldığı, Antijenin

Detaylı

7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ

7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ 7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ Başlıklar 1. Prokaryotlar gen ifadesini çevre koşullarına göre düzenler 2. E. Coli de laktoz metabolizması 3. Lac operonu negatif kontrol 4. CAP pozitif kontrol

Detaylı

ORGANİZMALARDA BAĞIŞIKLIK MEKANİZMALARI

ORGANİZMALARDA BAĞIŞIKLIK MEKANİZMALARI ORGANİZMALARDA BAĞIŞIKLIK MEKANİZMALARI Organizmalarda daha öncede belirtildiği gibi hücresel ve humoral bağışıklık bağışıklık reaksiyonları vardır. Bunlara ilave olarak immünoljik tolerans adı verilen

Detaylı

Su Çiçeği. Suçiçeği Nedir?

Su Çiçeği. Suçiçeği Nedir? Suçiçeği Nedir? Su çiçeği varisella zoster adı verilen bir virüs tarafından meydana getirilen ateşli bir enfeksiyon hastalığıdır. Varisella zoster virüsü havada 1-2 saat canlı kalan ve çok hızlı çoğalan

Detaylı

SAĞLIK ÇALIŞANLARININ ENFEKSİYON RİSKLERİ

SAĞLIK ÇALIŞANLARININ ENFEKSİYON RİSKLERİ SAĞLIK ÇALIŞANLARININ ENFEKSİYON RİSKLERİ Sağlık hizmeti veren, Doktor Ebe Hemşire Diş hekimi Hemşirelik öğrencileri, risk altındadır Bu personelin enfeksiyon açısından izlemi personel sağlığı ve hastane

Detaylı

Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları. Doç. Dr. Ahmet Özaydın

Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları. Doç. Dr. Ahmet Özaydın Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları Doç. Dr. Ahmet Özaydın Nükleus (çekirdek) ökaryotlar ile prokaryotları ayıran temel özelliktir. Çekirdek hem genetik bilginin deposu hem de kontrol merkezidir.

Detaylı

SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı. Hazırlayan. Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim

SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı. Hazırlayan. Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı Hazırlayan Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim Etlik Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü Virolojik Teşhis Laboratuvarı Etken: Etken,

Detaylı

Hepatit B de atipik serolojik profiller HBeAg-antiHBe pozitifliği. Dr. H. Şener Barut Gaziosmanpaşa Üniversitesi Enfeksiyon Hastalıkları ve KM AD

Hepatit B de atipik serolojik profiller HBeAg-antiHBe pozitifliği. Dr. H. Şener Barut Gaziosmanpaşa Üniversitesi Enfeksiyon Hastalıkları ve KM AD Hepatit B de atipik serolojik profiller HBeAg-antiHBe pozitifliği Dr. H. Şener Barut Gaziosmanpaşa Üniversitesi Enfeksiyon Hastalıkları ve KM AD Akut ve kronik HBV enf da seroloji Akut Hep B de HBe Ag,

Detaylı

KENE KAYNAKLI ENSEFALİTLERDE LABORATUVAR TANI

KENE KAYNAKLI ENSEFALİTLERDE LABORATUVAR TANI KENE KAYNAKLI ENSEFALİTLERDE LABORATUVAR TANI Uz. Dr. Yavuz Uyar Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Viroloji Referans ve Araştırma Laboratuarı yavuz.uyar@rshm.gov.tr KENE KAYNAKLI ENSEFALİTLER Viral Tick-borne

Detaylı

TRANSLASYON ve PROTEİNLER

TRANSLASYON ve PROTEİNLER TRANSLASYON ve PROTEİNLER Prof. Dr. Sacide PEHLİVAN 13 Aralık 2016 mrna daki baz sırasının kullanılarak amino asitlerin doğru sıra ile proteini oluşturmasını kapsayan olayların tümüne Translasyon veya

Detaylı

AŞI ve SERUMLAR. Dr. Sibel AK

AŞI ve SERUMLAR. Dr. Sibel AK AŞI ve SERUMLAR Dr. Sibel AK Bugün; Ak#f İmmünizasyon Bakteriyel Aşılar Viral Aşılar Aşı Takvimi Pasif İmmünizasyon Aşı Etkileşimleri Tanımlar İmmünite (Bağışıklık): Konağın, kendisinden farklı yapıya

Detaylı

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF PROJE ÖNERİSİ ADI TUHAF MATERYALLERDEN İZOLE EDİLEN DNA

Detaylı

TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ

TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON Translasyonda nükleik asit kullanılır fakat son ürün bir nükleik asit değil proteindir. Translasyon mekanizması 4 ana bileşenden oluşmaktadır: 1. mrnalar 2. trnalar

Detaylı

Gebelerde Rubella (Kızamıkçık) Yrd.Doç.Dr.Çiğdem Kader

Gebelerde Rubella (Kızamıkçık) Yrd.Doç.Dr.Çiğdem Kader Gebelerde Rubella (Kızamıkçık) Yrd.Doç.Dr.Çiğdem Kader OLGU 1 İkinci çocuğuna hamile 35 yaşında kadın gebeliğinin 6. haftasında beş yaşındaki kız çocuğunun rubella infeksiyonu geçirdiğini öğreniyor. Küçük

Detaylı

VİRAL ENFEKSİYONLAR VE KORUNMA. Yrd. Doç. Dr. Banu KAŞKATEPE

VİRAL ENFEKSİYONLAR VE KORUNMA. Yrd. Doç. Dr. Banu KAŞKATEPE VİRAL ENFEKSİYONLAR VE KORUNMA Yrd. Doç. Dr. Banu KAŞKATEPE MERS-CoV (Middle East Respiratoy Seyndrome- Corona Virus Mers-CoV Öyküsü İlk olgu: v Haziran 2012 Suudi Arabistan v Pnömoni ve akut böbrek yetmezliği-

Detaylı

ÇEKİRDEK EĞİTİM PROGRAMI

ÇEKİRDEK EĞİTİM PROGRAMI ÇEKİRDEK EĞİTİM PROGRAMI Tıp Fakülteleri Mezuniyet Öncesi İmmünoloji Eğitim Programı Önerisi in hücre ve dokuları ilgi hücrelerini isim ve işlevleri ile bilir. Kemik iliği, lenf nodu, ve dalağın anatomisi,

Detaylı

Olgu Sunumu (İmmünyetmezlikli hastada viral enfeksiyonlar) Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Olgu Sunumu (İmmünyetmezlikli hastada viral enfeksiyonlar) Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Olgu Sunumu (İmmünyetmezlikli hastada viral enfeksiyonlar) Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Olgu Dört ay önce eşinden böbrek nakli yapılan 62 yaşındaki

Detaylı

Viral Nükleik Asitler Viral nükleik asitler birbirlerinden son derece farklılık gösteren moleküllerdir. o Bazı viral nükleik asitler RNA, diğerleri DN

Viral Nükleik Asitler Viral nükleik asitler birbirlerinden son derece farklılık gösteren moleküllerdir. o Bazı viral nükleik asitler RNA, diğerleri DN VİRAL REPLİKASYON HAZIRLAYANLAR Bengü GÜL (040559012) Gülcan Öztürk (040559024) Prof. Dr. Figen ERKOÇ Gazi Eğitim Fakültesi Viral Nükleik Asitler Viral nükleik asitler birbirlerinden son derece farklılık

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

Bugün, bu yeni H1N1 alt tipinin oluşturduğu panik, 2000 li yılların başından beri süregelen pandemi beklentisinin bir sonucudur.

Bugün, bu yeni H1N1 alt tipinin oluşturduğu panik, 2000 li yılların başından beri süregelen pandemi beklentisinin bir sonucudur. DOMUZ GRĐBĐ : DOMUZ KAYNAKLI ĐNFLUENZA A H1N1 VĐRUSU (S-OIV) Prof. Dr. A.Dürdal US Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Şubat 2009 tarihinde Meksika

Detaylı

HPV ve Adenoviruslar. Prof. Dr. Ali Ağaçfidan İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji ve Temel İmmünoloji Bilim Dalı

HPV ve Adenoviruslar. Prof. Dr. Ali Ağaçfidan İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji ve Temel İmmünoloji Bilim Dalı HPV ve Adenoviruslar Prof. Dr. Ali Ağaçfidan İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji ve Temel İmmünoloji Bilim Dalı İNSAN PAPİLLOMA VİRUSLARI (HPV) Familya : Papovaviridae Subfamilya

Detaylı

Viral gastroenteritlerin laboratuvar tanısı

Viral gastroenteritlerin laboratuvar tanısı Viral gastroenteritlerin laboratuvar tanısı Dr.Gülay Korukluoğlu Dr.Dilek Yağcı Çağlayık Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Akut gastroenteritler özellikle gelişmekte olan ülkelerde önemli bir mortalite ve morbidite

Detaylı

Dünyada ve Türkiye de İnfluenza Epidemiyolojisi. Dr. Nurbanu Sezak Atatürk EAH Enfeksiyon Hst. ve Kln. Mikrobiyoloji Kliniği Kasım 2015

Dünyada ve Türkiye de İnfluenza Epidemiyolojisi. Dr. Nurbanu Sezak Atatürk EAH Enfeksiyon Hst. ve Kln. Mikrobiyoloji Kliniği Kasım 2015 Dünyada ve Türkiye de İnfluenza Epidemiyolojisi Dr. Nurbanu Sezak Atatürk EAH Enfeksiyon Hst. ve Kln. Mikrobiyoloji Kliniği Kasım 2015 İnfluenza Tip A ve B virusları Akut solunum yolu hastalığı Her yıl

Detaylı

İSTANBUL MEDENİYET ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI

İSTANBUL MEDENİYET ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI İSTANBUL MEDENİYET ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI DERS KODU ve ADI TMİK 001: Vaka Değerlendirme Toplantısı TMİK 002: Makale

Detaylı

Agaroz jel elektroforezi

Agaroz jel elektroforezi MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük

Detaylı

3.BÖLÜM VİRÜS-KONAK HÜCRE İLİŞKİ TİPLERİ

3.BÖLÜM VİRÜS-KONAK HÜCRE İLİŞKİ TİPLERİ 3.BÖLÜM VİRÜS-KONAK HÜCRE İLİŞKİ TİPLERİ Üretken ilişki; Bir virüsün hücreye tutunması,girmesi,replike olması,kendine benzeyen virüs partikülleri(progeni) sentez etmesi ve progeni virüslerin hücreden çıkarak

Detaylı

BİYOKİMYA ANABİLİM DALI LİSANSÜSTÜ DERS PROGRAMI

BİYOKİMYA ANABİLİM DALI LİSANSÜSTÜ DERS PROGRAMI BİYOKİMYA ANABİLİM DALI LİSANSÜSTÜ DERS PROGRAMI SAĞLIK BİLİMLERİ ENSİTÜSÜ İ Yüksek Lisans Programı SZR 101 Bilimsel Araştırma Ders (T+ U) 2+2 3 6 AD SZR 103 Akılcı İlaç Kullanımı 2+0 2 5 Enstitünün Belirlediği

Detaylı

VİROLOJİ-1. Yrd. Doç. Dr. Müjde ERYILMAZ

VİROLOJİ-1. Yrd. Doç. Dr. Müjde ERYILMAZ VİROLOJİ-1 Yrd. Doç. Dr. Müjde ERYILMAZ Virüsler organizmada hastalık yapabilen oldukça küçük enfeksiyon etkenleridir. Yapı bakımından en ilkel hücre tipi olan bakterilerden daha da ilkel yapıda olup,

Detaylı

DANG HUMMASI. Yrd. Doç.Dr. Banu Kaşkatepe

DANG HUMMASI. Yrd. Doç.Dr. Banu Kaşkatepe DANG HUMMASI Yrd. Doç.Dr. Banu Kaşkatepe DANG Dang humması (DH) ve şiddetli formları; dang hemorajik ateşi(dha) ve dang şok sendromu (DSS), uluslararası kamu sağlığıyla ilgili önemli bir sorun. Geçen otuz

Detaylı

GURM (Strangles) (su sakağısı)

GURM (Strangles) (su sakağısı) GURM (Strangles) (su sakağısı) TEK TIRNAKLI ÜST solunum yollarında yangı RETROFARİNJİYAL ve SUBMANDİBULAR lenf yumrularında ABSE oluşumu AKUT, BULAŞICI ETİYOLOJİ Streptococcus equi subspecies equi Gram

Detaylı

İnfluenza virüsünün yol açtığı hastalıkların ve ölümlerin çoğu yıllık grip aşıları ile önlenebiliyor.

İnfluenza virüsünün yol açtığı hastalıkların ve ölümlerin çoğu yıllık grip aşıları ile önlenebiliyor. Her yıl milyonlarca kişiyi etkileyen bir solunum yolu enfeksiyonu olan grip, hastaneye yatışı gerektirecek kadar ağır hastalık tablolarına neden olabiliyor. Grip ve sonrasında gelişen akciğer enfeksiyonları

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

MİTOKONDRİ Doç. Dr. Mehmet GÜVEN

MİTOKONDRİ Doç. Dr. Mehmet GÜVEN MİTOKONDRİ Doç.. Dr. Mehmet GÜVENG Hemen hemen bütün b ökaryotik hücrelerde ve ökaryotik mikroorganizmalarda bulunur. Eritrositlerde, bakterilerde ve yeşil alglerde mitokondri yoktur. Şekilleri (küremsi

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Bitki nüklear, mitokondriyal ve kloroplast DNA'ları *Burada yer alan bugünkü bilgilerimizin çoğu, moleküler evrim mekanizması ve oranları kullanılarak

Detaylı

Dr.Funda Şimşek Çanakkale, Ocak 2015

Dr.Funda Şimşek Çanakkale, Ocak 2015 Dr.Funda Şimşek Çanakkale, Ocak 2015 Sunum Planı Delta virus özellikleri Replikasyon Patoloji- Patogenez Epidemiyoloji Bulaş yolları Risk faktörleri Tarihçe İlk defa 1977 yılında Rizetto tarafından tanımlanmış

Detaylı

HAYVANSAL HÜCRELER VE İŞLEVLERİ. YRD. DOÇ. DR. ASLI SADE MEMİŞOĞLU RESİM İŞ ZEMİN KAT ODA: 111

HAYVANSAL HÜCRELER VE İŞLEVLERİ. YRD. DOÇ. DR. ASLI SADE MEMİŞOĞLU RESİM İŞ ZEMİN KAT ODA: 111 HAYVANSAL HÜCRELER VE İŞLEVLERİ YRD. DOÇ. DR. ASLI SADE MEMİŞOĞLU RESİM İŞ ZEMİN KAT ODA: 111 asli.memisoglu@deu.edu.tr KONULAR HAYVAN HÜCRESİ HAYVAN, BİTKİ, MANTAR, BAKTERİ HÜCRE FARKLARI HÜCRE ORGANELLERİ

Detaylı

1. Sınıf Güz Dönemi I. Hafta Pazartesi Salı Çarşamba Perşembe Cuma Ders Saati

1. Sınıf Güz Dönemi I. Hafta Pazartesi Salı Çarşamba Perşembe Cuma Ders Saati I. Hafta Ders Saati 15.09.2014 16.09.2014 17.09.2014 18.09.2014 19.09.2014 Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi I: Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi I: Makromoleküller (Yrd. Doç. Dr. Mehmet Ataş) Türk Dili

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON

Biyoteknoloji ve Genetik II. Hafta 8 TRANSLASYON Biyoteknoloji ve Genetik II Hafta 8 TRANSLASYON Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com TRANSLASYON Translasyon a. mrna ribozoma

Detaylı

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ KLİNİK Bağışıklık sistemi sağlam kişilerde akut infeksiyon Bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde akut infeksiyon veya

Detaylı

2. Histon olmayan kromozomal proteinler

2. Histon olmayan kromozomal proteinler 12. Hafta: Nükleik Asitler: Nükleik asitlerin yapısal üniteleri, nükleozitler, nükleotidler, inorganik fosfat, nükleotidlerin fonksiyonları, nükleik asitler, polinükleotidler, DNA nın primer ve sekonder

Detaylı

Türkiye'de İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu

Türkiye'de İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu Türkiye'de 2015-2016 İnfluenza Sezonunda Görülen Influenza A(H1N1)pdm09 Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu Dilek Güldemir 1,Ayşe Başak Altaş 1,Fatma Filiz Arı 1,Zekiye Bakkaloğlu 1,Özlem Ünaldı 1,Fatma

Detaylı

Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral

Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Halis Akalın, Nesrin Kebabcı, Bekir Çelebi, Selçuk Kılıç, Mustafa Vural, Ülkü Tırpan, Sibel Yorulmaz Göktaş, Melda Sınırtaş, Güher Göral Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik

Detaylı

Kanatlı İmmunolojisinde Gerçekler

Kanatlı İmmunolojisinde Gerçekler 68 Phibro Hayvan Sağlığı Semineri: Kanatlı İmmunolojisinde Gerçekler Phibro Hayvan Sağlığı, 29 Nisan da Hilton Kozyatağı İstanbul da Kanatlı İmmunolojisinde Gerçekler, IB ve IBD Hastalıklarının Tanı ve

Detaylı

Soğuk algınlığı ve Grip. Dr. Hayati DEMİRASLAN ENFEKSİYON HASTALİKLARI ve KLİNİK MİKROBİYOLOJİ

Soğuk algınlığı ve Grip. Dr. Hayati DEMİRASLAN ENFEKSİYON HASTALİKLARI ve KLİNİK MİKROBİYOLOJİ Soğuk algınlığı ve Grip Dr. Hayati DEMİRASLAN ENFEKSİYON HASTALİKLARI ve KLİNİK MİKROBİYOLOJİ Anlatım planı 1. Giriş 2. Etken 3. Neden önemli 4. Bulaş 5. Klinik 6. Komplikasyonlar 7.Tanı 8. Tedavi 9. Korunma

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

Travmalı hastaya müdahale eden sağlık çalışanları, hasta kanı ve diğer vücut salgıları ile çalışma ortamında karşılaşma riski bulunan diğer sağlık

Travmalı hastaya müdahale eden sağlık çalışanları, hasta kanı ve diğer vücut salgıları ile çalışma ortamında karşılaşma riski bulunan diğer sağlık Doç. Dr. Onur POLAT Travmalı hastaya müdahale eden sağlık çalışanları, hasta kanı ve diğer vücut salgıları ile çalışma ortamında karşılaşma riski bulunan diğer sağlık personeli gibi hastalardan bulaşabilecek

Detaylı

VİROLOJİ - I VİRUSLARIN YAPISI

VİROLOJİ - I VİRUSLARIN YAPISI VİROLOJİ - I VİRUSLARIN YAPISI Prof.Dr. Yılmaz Akça Prof.Dr. Feray Alkan Prof.Dr. Aykut Özkul Prof.Dr. Seval Bilge-Dağalp Prof.Dr. M. Taner Karaoğlu Prof.Dr. Tuba Çiğdem Oğuzoğlu VİRUSLARIN YAPISI Nükleik

Detaylı

ANTRAKS (ŞARBON) septisemik, bulaşıcı, zoonoz

ANTRAKS (ŞARBON) septisemik, bulaşıcı, zoonoz ANTRAKS (ŞARBON) septisemik, bulaşıcı, zoonoz ÖLÜMden hemen önce ya da sonra doğal boşluklardan KAN PIHTILAŞMAMA KOYU RENK alma DALAKta büyüme ÖDEM ETİYOLOJİ Bacillus anthracis Gram pozitif kapsüllü *

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ SORU KAMPI 2015

MİKROBİYOLOJİ SORU KAMPI 2015 Canlıların prokaryot ve ökoaryot olma özelliğini hücre komponentlerinden hangisi belirler? MİKROBİYOLOJİ SORU KAMPI 2015 B. Stoplazmik membran C. Golgi membranı D. Nükleer membran E. Endoplazmik retikulum

Detaylı

Hücre. 1 µm = 0,001 mm (1000 µm = 1 mm)!

Hücre. 1 µm = 0,001 mm (1000 µm = 1 mm)! HÜCRE FİZYOLOJİSİ Hücre Hücre: Tüm canlıların en küçük yapısal ve fonksiyonel ünitesi İnsan vücudunda trilyonlarca hücre bulunur Fare, insan veya filin hücreleri yaklaşık aynı büyüklükte Vücudun büyüklüğü

Detaylı

Virolojik Teşhis Yöntemleri. Viral Partikül Tespiti 8/10/2018. Virüs izolasyonu/identififikasyonu

Virolojik Teşhis Yöntemleri. Viral Partikül Tespiti 8/10/2018. Virüs izolasyonu/identififikasyonu Virolojik Teşhis Yöntemleri Dr.Öğr.Üyesi Engin BERBER Viral partikül tespiti Virüs izolasyonu/identififikasyonu Viral antijen tespiti Virüs spesifik antikor tespiti Viral nükleik asit tespiti 1 2 Elektron

Detaylı

VİROLOJİ VİRUS GENETİĞİ

VİROLOJİ VİRUS GENETİĞİ VİROLOJİ VİRUS GENETİĞİ Giriş İnsan vüruslarının üretilmesi ve incelenmesi doğal konağında zor, hatta imkansızdır. Bu nedenle viruslerin daha ekonomik ve pratik olan laboratuvar hayvanlarında yada hücre

Detaylı

Hümoral İmmün Yanıt ve Antikorlar

Hümoral İmmün Yanıt ve Antikorlar Hümoral İmmün Yanıt ve Antikorlar H. Barbaros ORAL Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi İmmünoloji Anabilim Dalı Edinsel immün sistemin antijenleri bağlamak için kullandığı 3 molekül sınıfı: I.Antikorlar,

Detaylı

DÖNEM 2- I. DERS KURULU AMAÇ VE HEDEFLERİ

DÖNEM 2- I. DERS KURULU AMAÇ VE HEDEFLERİ DÖNEM 2- I. DERS KURULU AMAÇ VE HEDEFLERİ Kan, kalp, dolaşım ve solunum sistemine ait normal yapı ve fonksiyonların öğrenilmesi 1. Kanın bileşenlerini, fiziksel ve fonksiyonel özelliklerini sayar, plazmanın

Detaylı

* Madde bilgisi elektromanyetik sinyaller aracılığı ile hücre çekirdeğindeki DNA sarmalına taşınır ve hafızalanır.

* Madde bilgisi elektromanyetik sinyaller aracılığı ile hücre çekirdeğindeki DNA sarmalına taşınır ve hafızalanır. Sayın meslektaşlarım, Kişisel çalışmalarım sonucu elde ettiğim bazı bilgileri, yararlı olacağını düşünerek sizlerle paylaşmak istiyorum. Çalışmalarımı iki ana başlık halinde sunacağım. MADDE BAĞIMLILIĞI

Detaylı

WEİL-FELİX TESTİ NEDİR NASIL YAPILIR? Weil Felix testi Riketsiyozların tanısında kullanılır.

WEİL-FELİX TESTİ NEDİR NASIL YAPILIR? Weil Felix testi Riketsiyozların tanısında kullanılır. WEİL FELİX TESTİ WEİL-FELİX TESTİ NEDİR NASIL YAPILIR? Weil Felix testi Riketsiyozların tanısında kullanılır. Riketsiyöz tanısında çapraz reaksiyondan faydalanılır bu nedenle riketsiyaların çapraz reaksiyon

Detaylı

BLACK QUEEN CELL VİRUS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı

BLACK QUEEN CELL VİRUS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı BLACK QUEEN CELL VİRUS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı Giriş Bal arısı(apis Mellifera) yetiştiriciliği Bakteriyel ve paraziter arı hastalıkları İzole edilen 18 arı virusu Black Queen Cell

Detaylı

Mycobacterium. Mycobacterium hücre duvarının lipid içeriği oldukça fazladır ve mikolik asit içerir

Mycobacterium. Mycobacterium hücre duvarının lipid içeriği oldukça fazladır ve mikolik asit içerir Mycobacterium Mycobacteriaceae ailesi üyeleri uzun, ince, çomak şekilli, hareketsiz bakterilerdir. Özel ayırt edici boyalarla bir kez boyandıklarında seyreltik asitlerle boyayı vermemeleri yani dekolorize

Detaylı

KUDUZ HASTALIĞINA KARŞI HAVADAN AŞILAMA VE KUDUZ HASTALIĞI İLE MÜCADELE

KUDUZ HASTALIĞINA KARŞI HAVADAN AŞILAMA VE KUDUZ HASTALIĞI İLE MÜCADELE KUDUZ HASTALIĞINA KARŞI HAVADAN AŞILAMA VE KUDUZ HASTALIĞI İLE MÜCADELE KUDUZ HASTALIĞI; İnsan ve tüm sıcak kanlı hayvanlarda Merkezi sinir sistemini etkileyerek ölüme neden olan, önlenebilir bulaşıcı

Detaylı

b. Amaç: Bakterilerin patojenitesine karşı konakçının nasıl cevap verdiği ve savunma mekanizmaları ile ilgili genel bilgi öğretilmesi amaçlanmıştır.

b. Amaç: Bakterilerin patojenitesine karşı konakçının nasıl cevap verdiği ve savunma mekanizmaları ile ilgili genel bilgi öğretilmesi amaçlanmıştır. İMMÜNOLOJİİ I-DERS TANIMLARI 1- Tanım: Konakçı savunma mekanizmalarının öğretilmesi. b. Amaç: Bakterilerin patojenitesine karşı konakçının nasıl cevap verdiği ve savunma mekanizmaları ile ilgili genel

Detaylı

Hücrede Genetik Bilgi Akışı

Hücrede Genetik Bilgi Akışı Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması DNA nın tam olarak kopyalanması ve hücre bölünmesiyle yeni kuşak hücrelere aktarılması 2) Genetik bilginin çevrimi Hücre içerisinde bilginin DNA dan RNA

Detaylı

T Lenfositleri. Dr. Göksal Keskin

T Lenfositleri. Dr. Göksal Keskin T Lenfositleri Dr. Göksal Keskin Lenfositlerin ortak özellikleri-1 Kazanılmış bağışıklık sisteminin en önemli elemanlarıdır Spesifite özellikleri var Bellekleri var Primer lenfoid organlarda üretilirler

Detaylı

HBV HIV HCV VİROLOJİK ÖZELLİKLERİN KARŞILAŞTIRILMASI. Dr. Sinem AKÇALI Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Girne, 2013

HBV HIV HCV VİROLOJİK ÖZELLİKLERİN KARŞILAŞTIRILMASI. Dr. Sinem AKÇALI Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Girne, 2013 HBV HIV HCV VİROLOJİK ÖZELLİKLERİN KARŞILAŞTIRILMASI Dr. Sinem AKÇALI Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Girne, 2013 sunum planı Giriş Taksonomi Viryon/genom Replikasyon Karşılaştırma

Detaylı

HIV ENFEKSİYONUNUN İMMÜNOLOJİ LABORATUARINDA TAKİBİ

HIV ENFEKSİYONUNUN İMMÜNOLOJİ LABORATUARINDA TAKİBİ HIV ENFEKSİYONUNUN İMMÜNOLOJİ LABORATUARINDA TAKİBİ Doç. Dr. Gülderen Yanıkkaya Demirel Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi İmmunoloji Anabilim Dalı Bşk Yeditepe Universitesi Hastanesi, Doku Tipleme Laboratuvarı

Detaylı