YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER. Dr. Behice Kurtaran Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD

Transkript

1 YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER Dr. Behice Kurtaran Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD

2 Son üç dekatta her yıl yeni patojenler 2

3 3

4 4

5 Yeni veya yeniden önem kazanan patojenlerin oluşmasına katkıda bulunan faktörler : 1. Kültür yöntemlerinde gelişme, mikrobiyolojide kütle spektrometri (MALDI-TOF) ve moleküler tekniklerin kullanımı ile yeni tanısal yöntemlerin geliştirilmesi 2. Sosyodemografik ve çevresel değişikliklerin sonucu olarak insanların patojenlerle daha fazla temas etmesi 3. Özellikle immünkompromize popülasyonu etkileyen daha vürülan mikroplar ve fırsatçı enfeksiyonların ortaya çıkması 5

6 6

7 AEROCOCCUS TÜRLERİ Bu prokaryot yüksek insidansı ve ciddi morbiditesi ile dikkati çekmekte Özellikle A.urinae, 1992 yılında raporlanmış Çok yenilerde göreceli olarak sık görülen bir üriner sistem enfeksiyon etkeni Bu etken daha önceleri streptokok ya da KNS (Gram pozitif hemolitik bakteri) olarak yanlış identifiye edilmiş MALDI-TOF un çoğu modern mikrobiyoloji laboratuvarında kullanımı ile bu bakteriyel türün gerçek patojen olarak identifikasyonu mümkün olmuş 7

8 A.urinae Özellikle altta yatan üriner sistem patolojisi olan yaşlı erkek hastalarda ürosepsis ve enfektif endokardite neden olmakta Bunun dışında osteomyelit ve artrit nedeni A.urinae izolatlarına penisilin ve aminoglikozidlerin sinerjistik etki göstermekte ve bu kombinasyon aerokokkal endokardit tedavisinde sıklıkla kullanılmakta Çoğu Aerococcus izolatı ikinci kuşak kinolonlara dirençli olup, A.urinae sulfametoksazole dirençli 8

9 AEROCOCCUS TÜRLERİ Aynı şekilde Aerococcus sanguinicola da insan kan ve idrarından patojen olarak izole edilmekte Aerokokkal enfeksiyonların prognozu, hastaların ileri yaşı ve komorbiditelerine karşın kötü değil Henüz antibiyotiklerin klinik breakpointleri belirlenmemiş olsa da, aerokokların penisilinler, karbapenem ve vankomisine duyarlı oldukları düşünülmekte 9

10 10

11 Actınotıgnum türleri Daha önceleri Actinobaculum olarak isimlendirilmiş Farkedilmesi, MALDI-TOF ve moleküler amplifikasyon yöntemleri sayesinde olmuş Actinotignum genusu üç tür; Actinotignum schaalii, Actinotignum urinale ve Actinotignum sanguinis Lotte ve arkadaşları özellikle Actinotignum schaalii nin patojenik rolünü tartışmışlar En sık izole edilen tür de bu tür 11

12 Actınotıgnum türleri Bu fakültatif anaerobik Gram-pozitif basil sağlıklı hastaların üriner mikrobiyotasının bir parçası Bu mikroorganizma daha önceleri nadiren tür düzeyinde identifiye edilirken ve kontaminant olduğu düşünülürken üriner sistem kültürlerinden izolasyonunun patojenik rolü tartışılmaya başlamış Özellikle ileri yaştaki erkeklerde ve küçük çocuklarda üriner sistem enfeksiyonu etkeni olarak saptanmakta 12

13 Actınotıgnum türleri Mikroorganizmanın idrarda konvansiyonel kültürden izole edilmemesinin nedeni müşkülpesent üreme özelliğinden Uzun süre inkübasyon gerektirmekte Bu yavaş üreyen bakterinin üremesi için kandan zengin bir besiyeri ve anaerobik ya da %5 CO 2 atmosferde 48 saat inkübe edilmesi gerekmekte MALDI-TOF ise bu mikroorganizmanın rutin identifikasyonuna en uygun yöntem 13

14 Actınotıgnum türleri Bu ajan üriner sistem enfeksiyonları yanı sıra bakteremi ve endokardit gibi ciddi enfeksiyonlara da neden olmakta Cattoir ve arkadaşlarının özetinde Actinotignum un sık kullanılan antibiyotikleri içerecek geniş direnç özelliği, tedavi seçeneklerini kısıtlamakta ve özellikle Actinotignum ilişkili endokarditte bu durumun önem taşıdığı ifade edilmekte Beta laktam antibiyotiklerin iki hafta üzerinde verilmesi en etkili tedavi 14

15 Actınotıgnum türleri Özet olarak; Uygun alınmış ve uygun identifikasyon yöntemleri ile değerlendirilmiş idrar örneği kültüründe A. schaalii varlığında, direkt mikroskopide küçük kokkoid basillerin görülmesi, idrar tahlilinde lökositüri ve nitrit negatifliği olması, trimetoprim sülfametoksazol ya da florokinolon ile tedavi başarısızlığı ve tekrarlayan üriner sistem enfeksiyon öyküsü durumunda, bu etkenin patojen olması söz konusudur 15

16 16

17 Clostridium butyricum Bu anaerop, spor oluşturan basil sıklıkla insan ve hayvanların barsaklarında kommensal bir bakteri olarak yaşamakta ve ayrıca çevrede de bulunmakta Non-toksijenik suşları Asya da probiyotik olarak kullanılsa da, diğer suşlar infantlarda botulism ya da preterm yenidoğanlarda nekrotizan enterokolit gibi patolojik durumlarla ilişkilendirilmekte Yani aynı türün içinde intestinal mukozaya antagonist etki gösteren farklı suşlar bulunmakta! Patolojik suşlarda toksin genleri genom sekanslama yöntemi gösterilmiştir Bu suşlarla asemptomatik taşıyıcılık da bildirilmiş 17

18 Borrelıa mayonıı CDC, insanlarda Lyme hastalığına neden olan yeni bir bakteri bildirdi Şimdiye kadar sadece Borrelia burgdorferi nin neden olduğu düşünülen Lyme hastalığına neden olan yeni etken Borrelia mayonii olarak kaydedilmiştir Bu etkenden, Rochester Minesota da Lyme hastalığı şüpheli altı hastanın laboratuvar test sonuçlarına dayanılarak şüphelenilmiştir Genetik testler sonucu şimdilik etkene B.mayonii adı verilmiştir ve etken B.burgdorferi ile benzerlik göstermektedir 18

19 Corynebacterıum ulcerans Gelişmiş ülkelerde giderek önemi artan difteri benzeri hastalık etkeni olarak kabul edilmekte Avrupa da difteri etkeni olarak kabul edilmiştir İnsanlar hariç kedi, köpek, domuz, inek gibi konakları bulunan ve köpekten insana geçen ilk olgusu 2005 te yayınlanan bu etkenin C.diphtheriae dan en önemli farkı, insan dışı konaklarının olması, ortak noktaları ise difteri toksini üretiyor olmalarıdır Toksijenik C.ulcerans bu özelliği ile hayvanlardan insanlara taşınabilen yeni bir patojen olarak kabul edilmektedir 19

20 20

21 21

22 22

23 23

24 Bacillus obstructivus VT Alt solunum yolu hastalıkları öz. KOAH ta problem Patojenin KOAH alevlenmelerindeki rolü araştırılıyor Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip Gelecek araştırmalar alevlenme ile ilişkisini ve farklı hasta gruplarındaki prevalansını ortaya koymaya yönelik olacak 24

25 Kluyvera intestini GT-16 Kanser gelişimine katkıda bulunan intestinal mikroorganizma olarak biliniyor Kanserin gelişimindeki rolü araştırılıyor Genetik analizlerde direnç genleri ve toksin kodlayan genleri tespit edilmiş Gastrointestinal malignitelerdeki rolü gelecek araştırmaların konusu kanserogenisite 25

26 Bacillus sp. VT-712 Duodenal kanserli hastalardaki varlığı, bu mikroorganizmanın kansere gidişte bir rolü olabileceğini düşündürmekte Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip Ek olarak spor oluşturan bir bakteri olup, sporları antibiyotiklere dirençlidir Gastrointestinal hastalıklardaki rolünün araştırılması için daha çok çalışmaya ihtiyaç var Gelecekte farklı kanser hasta grupları ile sağlıklı bireylerde ve mikrobiyota ilişkili hastalıkları olanlarda prevalansı araştırılacaktır 26

27 Acinetobacter sp. VT-511 Gastrik kanserli bir hastanın midesinden izole edilmiş Yeni bir Acinetobacter türü Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip 27

28 Bacilli bacterium VT Duodenal kanserli hastaların barsaklarından izole edilmiş Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip Antibiyotiklere dayanıklı sporlar üretmekte Gelecekte farklı kanser hasta grupları ile sağlıklı bireylerde ve mikrobiyota ilişkili hastalıkları olanlarda prevalansı araştırılacaktır 28

29 Paenibacillus sp. VT-400/ Streptococcus sp.v-162 Akut lösemili hastaların oral kavitesinden izole edilen ve spor oluşturan yeni bakteri türleri Özellikle immünkompromize hastalarda pnömoni ve diğer fırsatçı enfeksiyonlardan sorumlu Mortaliteyle seyreden dissemine enfeksiyon oluşturma kapasitesine sahip Ağız yıkamak/çalkalamak ile bakteri yükü azalmamaktadır Hematolojik hastalık gibi komorbiditesi olan riskli hastalarda yaşamı tehdit eden enfeksiyonları tetikleyebilen ve patojenik bakteri genetik yapısına sahip olduğu gösterilen mikroorganizmalar 29

30 30

31 31

32 A Dangerous 'Superbug' Fungus Is Spreading Through US Health Care Facilities 32

33 33

34 Candıda aurıs Candida auris ilk defa 2009 yılında Japon bir hastanın dış kulak yolundan izole edilmiş bir Candida türü Sonrasında Kore de bu patojenin etken olduğu 15 otitis media olgusu bildirilmiş Bundan 2 yıl sonra da Güney Kore de 3 fungemi izolatı olarak belirlenmiş Bunu Güney Afrika ve Hindistan olguları izlemiş Geriye dönük bakıldığında C.auris in ilk izolasyonunun 1996 yılında Kore de kandidemili bir pediyatrik cerrahi hastasının kanında ürediği gösterilmiş Fenotip olarak C.haemulonii ye benzeyen, flukonazole dirençli, amfoterisin B ve ekinokandinlere değişken duyarlılığa sahiptir 34

35 Candıda aurıs 2015 yılında CDC, Pakistan da idrardan üreyen ve Saccharomyces olarak adlandırılan patojenin de aslında C.auris olduğunu tespit etmiştir C. auris özetle 2009 dan sonra global olarak ortaya çıkan, invaziv enfeksiyonlara neden olabilen ve çok ilaca dirençli olma özelliği olan bir maya Bu şekilde ortaya çıkışın nedeni net olmamamakla birlikte, yeni ve artan antifungal kullanımı, hayvanlar, insanlar ve çevresel faktörlerin neden olabileceği düşünülmektedir 35

36 C.auris Hindistan!daki yoğun bakım ünitelerinin kandidalarının %5 ini oluşturmakta Burdanda anlaşılacağı gibi yaygınlaşma eğiliminde C.auris in hala nasıl rotaya çıktığı, klonal yayılması, küresel yayılımının devam edip etmeyeceği, bulaş yolları, bulaşın engellenmesi için gerekli olan tedbirler hakkında cevaplanmamış bir çok soru var Bu etken hakkındaki araştırmalar ve direnç mekanizması ile ilgili çalışmalar bu mikrororganizmanın yayılımını durdurma konusunda oldukça yardımcı olacak

37 C.auris son 7 yılda 3 kıtada tespit edildi Muhtemelen bu mikroorganizma çoktan beri o bölgede bulunuyordu ancak tanımlanmamış ya da rapor edilmemiş Muhtemelen yeni bölgelerdede ileride ortaya çıkacak Çoklu ilaç direnci olan ve yüksek mortalite oranlarıyla ilişkili olan C.auris global bir tehdit

38 Bu etkene sekonder ortalama mortalite oranı %60 Hastane içi toplam mortalite oranı ülkelere veya bölgelere göre şu şekilde bildirildi; Pakistan da %52, Hindistan da %44, Güney Afrika da %46, Güney Amerika da %72

39 UDS Bazı fungal enfeksiyonlarda, patojenin nadir olması, in vitro üremeyi sağlamak için özel koşullar gerektirmesi ya da örnekte çeşitli türlerin bir arada olması nedeniyle etken belirlenememekte Ultra-Deep Sequencing (UDS) tanılama yöntemi bu patojenlerin belirlenmesi ve tedavinin yönlendirilmesi adına fayda sağlamakta 39

40 40

41 Basidiobolus meristosporus Bu yöntemle yakın zamanda tanınan bir fungal patojen Bu etkenle gastrointestinal basidiobolomikoz tanımlanmış Histopatolojik inceleme sonrası duyulan şüphe üzerine ve konvansiyonel yöntemlerde tanıya ulaşılamaması nedeniyle UDS dayalı yaklaşımla, hemikolektomi materyalinden etken gösterilmiştir 41

42 42

43