Non-Invazif Fetal Trizomi Test GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. İçindekiler Tablosu

Transkript

1 İçindekiler Tablosu 1. NIFTY Ürün Girişi İnvazif olmayan Fetal Trizomi (NIFTY) testi Metodoloji Tekil Gebelik için NIFTY Saptama Kapsamı İkiz Gebelik Saptama için NIFTY Saptama Kapsamı NIFTY ve Delesyon/Duplikasyon Sendromu NIFTY Numune Gerekliliği NIFTY numune kabul kriteri NIFTY kit talimatı NIFTY özel numune gerekliliği Özel Numune Kılavuzları Test sonrası Numune Kılavuzu NIFTY Biyoinformatik Metodoloji Giriş NIFTY Biyoinformatik Avantajı Veri analiz bölge seti Fetal Fraksiyon Yayınları FN/FP Yanlış Cinsiyet Tanıma Sonucu işleme Kılavuzu İleri incelemeler içinne tarz numuneler gereklidir? FN/FP vaka Muayene İş akışı FN/FP Vakalarını Muayene Rapor taslağı NIFTY PICC Sigorta Kılavuzu Tanım Zorunluluk Satın alma Poliçesi İtiraz prosedürü Sigorta Periyodu Açıklamalar İstisnalar NIFTY Dezavantajı ve Sınırlama Bildirisi NIFTY Rakipler ile Teknoloji Karşılaştırması NIFTY nin NIPT klinik uygulamaları için en iyi performansı Yeniden numune alma ve Test Başarısızlık Oranı Karşılaştırması Diğer Karşılaştırma FAQ 29 Ek 1 10 gestasyon haftasından daha az numuneler için Taahhüt Taslağı Ek 2 24 gestasyon haftasından daha fazla numuneler için Taahhüt... Taslağı 33 Ek 3 Yanlış Negatif Vaka Araştırma Raporunun Taslağı...35 Ek 4 Yanlış Pozitif Vaka Araştırma Raporunun Taslağı...37

2 1. NIFTY Ürün Girişi 1.1 İnvazif olmayan Fetal Trizomi (NIFTY) testi NIFTY test trizomi 21, 18 ve 13'ü içeren belirli kromozomal anöploidleri gebeliğin 10. haftasından itibaren tarayan oldukça isabetli, invazif olmayan prenatal bir testtir. NIFTY, geleneksel tarama prosedürlerinden anlamlı derecede daha yüksek risk endikasyonu sağlar. > %99 oranında bir duyarlılık ile (112,000 üzerinde gebelikte valide edilmiş) ve trizomi 21, 18 ve 13 için sadece %0.1'lik yanlış pozitif oran ile NIFTY, gerekli olmayan invazif diagnostik (tanı) prosedürleri geçiren kadınların sayısını anlamlı ölçüde düşürmektedir. Daha fazla test bilgisi için ve tarama koşullarının tam listesi için ytest.com/tr olan web sitemizi ziyaret ediniz. 1.2 Metodoloji NIFTY testi, masif paralel sekans yöntemi ile belirli DNA konsantrasyonunda bazı kromozomlardaki küçük değişimlerin ölçülme zorluğunu etkili bir şekilde çözmüştür. Bu da NIFTY testiyle, alınan numuneden hem fetal hem de maternal DNA'nın milyonlarca fragmentinin dizilendiği anlamına gelmektedir. Tüm genom dizileme teknolojisi ve biyoinformatik analizlerde kullanılan 4 farklı data yolu kullanılarak NIFTY testi, genetik bir anormalliğin olup olmadığını doğru bir şekilde tespit edebilmek için tüm genom verilerini analiz edebilir ve test edilen numunedeki kromozomları en uygun referans genomlarla karşılaştırabilmektedir. 1.3 Tekil Gebelik için NIFTY Saptama Kapsamı Test kapsamı Tekil gebelik için, NIFTY test belirli kromozomal anöploidleri kapsar. 1) > %99 oranında bir hassaslık ile T21, T18 ve T13 saptanması (112,000 üzerinde gebelikte valide edilmiştir.) Trizomi T21 T18 T13 TOPLAM Bilinen 112,669 adet Gebelik Sonuçları ile Genel Numune Toplamı TP Hassaslık Seçicilik PPV NPV 720 %99.17 %99.95 %92.19 % %98.24 %99.95 %76.61 % %100 %96.96 %32.84 % %99.02 %99.86 %85.27 % ) Cinsiyet Kromozomu Anöploidleri: Monozomi X (Turner sendromu, XO), XXY (Klinefelter sendromu), XXX, XYY; %95'lik hassaslık ile.

3 Notlar: Tabloda yer alan değerler, 2014 yılı sonu itibariyle dünya çapında prosesten geçirilen yaklaşık 450,000 adetlik toplam numunenin internal verilerine dayanmıştır. 3) Cinsiyet Tanınması (NIFTYChrY%): Dişi veya Erkek; %97 hassaslık ile. i) Yayınlanmış Veriler: Pan X, Zhang C, Li X ve diğerleri, Maternal plazma sekanslama ile invazif olmayan fetal cinsiyet tayini ve Xbağlı hastalık rehberliğinde uygulama. J Matern Fetal Neonatal Med Ocak 20. Test edilen numune Hassaslık Seçicilik ii) Validasyon seti 800 %99.53 %99.20 Performans: Erkek %ChrY iii) Eğitim seti 100 % Dişi %ChrY< Doğruluk %97 %95 GA 9798 Notlar: Verilen tablo 2014 yılı sonu itibariyle dünya çapında prosesten geçirilen yaklaşık 450,000 adetlik toplam numunenin internal verilerine dayanmaktadır. Cinsiyet teşhisi, cinsiyet kromozom hastalıklarının saptanması için kullanılamaz. 4) Diğer kromozomal anomalilerin saptanması: Teknolojinin gelişmesi ve klinik validasyon deneylerinin tamamlanmasıyla NIFTY testin parametre sayısı da genişleyecektir Tekil Gebelik Sonucu Yorumlama Düşük Risk bebeğin anormal sayıda kromozoma sahip olma olasılığının düşük olduğu anlamına gelir. Yüksek Risk bebeğin NIFTY Test panelindeki durumlardan birine sahip olma riskinin artmış olduğu anlamına gelir. NIFTY Test, bir tanı testi değildir. Tıbbi bir durumun bulunup bulunmadığının kesin olarak tespiti için yüksek risk sonuçlarının uygun bir tanı yöntemi ile doğrulanması önerilmektedir. 2

4 1.4 İkiz Gebelikler için NIFTY Saptama Kapsamı Test kapsamı İkiz gebelik için, NIFTY sadece T21, T18 ve T13 saptamasını kapsar ve mevcut tıbbi çalışmalar NIFTY testinin T21, T18, T13 hassaslığının > %99 olduğunu göstermektedir İkiz Gebeliklerde Sonucun Yorumlanması NIFTY Test sonucu, T21,18,13 parametrelerinden herhangi biri için Yüksek Risk olarak verilmiş ise, bu durum iki fetüsten biri veya ikisinin test panelindeki durumlardan birine sahip olma riskinin artmış olduğu anlamına gelir. Fakat sonuç, fetüslerden hangisinin veya her ikisinin de yüksek riskte olduğunu söyleyemez. Yüksek Risk sonucu bir di agnostik sonuç olarak değerlendirilmemelidir. Her iki fetüs için fetal karyotipleme gibi diagnostik prosedürler ile sonuç doğrulanmalıdır. Eğer sonuç Düşük Risk ise, bu durum her iki fetüsün de anormal sayıda kromozoma sahip olma olasılığının düşük olduğu anlamına gelir. IVF ikiz gebeliği ve doğal ikiz gebeliği arasında NIFTY saptama doğruluğunun anlamlı bir farklılığı bulunmamaktadır NIFTY Test İçin İkiz Gebeliğin Sınırlaması ve Notları 1) NIFTY metodolojisi sadece annenin periferik kan akıındaki toplam cffdna'yı saptayabilir, fakat DNA nın hangi fetüsten olduğunu ayırt edemez. 2) NIFTY Test ikizlerin genel durumunu değerlendirebilir fakat hangi fetüsün hangi koşulda olduğunu ayırt edemez. 3) İkiz gebelikte kaybolan ikiz sendromu olduğu durumda (8. Ham lel k haftasından daha kısa sürede meydana gelen), NIFTY numune alma işlemi, gelişimsel durma veya ikizin kaybolma tarihininin ardından 8 hafta geçtikte sonra gerçekleştirilmelidir. Böylece kaybolan fetüsten kalan herhangi cffdna'nın maternal kan akışından çıkması i çin gerekli olan zaman sağlanmış olur. 4) İkiz gebelik bulgusunda NIFTY test sonucu, fetüslerin her birinin farklı katkılarından dolayı etkilenebilir, bu sebeple sonuç pratikteki klinik bulgular ile birlikte değerlendirilmelidir. 1.5 NIFTY Test ile Delesyon/Duplikasyon Sendromlarının Saptanması Şu anda NIFTY test ile (>10Mb) boyutunda fetal mikrodelesyon/duplikasyonlar saptanabilmektedir, fakat valide edilmiş veriler aynı zamanda halen toplanmaya devam ettiği için test tam doğruluk ve hassaslık konularını destekleyememektedir. Metot: Maternal Plazma gerçekleştirilmektedir.(fcaps) Dizilemesinde Fetal Kopyasayısı Analizi Yayınlanmış veriler: Chen S, Lau TK, Zhang C, Xu C, et al. A method for noninvasive detection of fetal large deletions/duplications by low coverage massively parallel sequencing. Prenat Diagn Jun;33(6):

5 Toplam Pozitif numuneler Vaka 1 Vaka 2 Vaka 3 Vaka 4 Test edilen 1311 Yanlış pozitif 1 Boyut FCAPS sonucu Mb Karyotipleme Hassaslık Seçicilik ~15.86 Mb ve Mb ve 9.01 Mb Del(4) Del(4) (q34.3q35.2, ~10.01 Mb) dup(14) (q24.3!qter, ~28.46 Mb) dup(4) (q ,XN*, del(4) 46,XN*, del(4) (q34.3 q35.2), 46,XN*, der(18) 46,XN* %100 %99.92 Sonuç: >10Mb kromozomal delesyonlar/duplikasyonların saptanması için hassaslık ve seçicilik sırasıyla %100 ve %99.92'dir. **Mb: Milyon Baz Çifti Not: BGI yayınlanmış veri makalesi ile ilişkili olmasına rağmen, buradaki sınırlama toplanmış vakaların daha fazla valide edilmeyi gerektiren hassaslık ve duyarlılık ile çok az klinik validasyon verileri olmasıdır. 4

6 2. NIFTY Numune Gerekliliği 2.1 NIFTY numune kabul kriteri (Daha fazla bilgi için NIFTY Numune Toplama Klavuzunu İnceleyiniz) Numune tipi Plazma Tam kan (EDTA tüp) Tam kan (Streck tüp) Görünüm Hacim Kalite 10 ml. Veriliş Kuru buz 2 ml Numune tüpleri kırılmamış, sızmamış veya kapağı açılmış olmamalıdır. 5 ml. Numune Bilgileri Ciddi hemoliz yoktur Hasta ID, yaş, gestasyon 4 C haftası ağırlık vb. Gereklilikler *Plazma numuneleri geçici olarak 20 C de 7 gün kadar saklanabilir. Daha uzun periyotlar için, 80 C de saklayınız. *Tekrarlayan dondurma / çözme döngülerinden sakınınız. *Plazma oda sıcaklığında saklanmamalıdır. *Yeterli kuru buz kalıntısı ile proses merkezine plazma numunesinin teslim edildiğinden emin olunuz. *Tam kan 4 C de taşınmalıdır, gerekirse sıcaklığı sürdürmek için bir buz paketi kullanınız. *Plazma ayrılması, beyaz kan hücrelerine ve orta tabakadaki diğer hücrelere absorpsiyonu önlemek için numune alma işleminden sonra 8 saat içerisinde 4 C de gerçekleşmelidir. *Numune toplama tarihi ve zamanı açık bir şekilde kaydedilmelidir. *Plazma ayrılması, beyaz kan hücrelerine 635 C ve orta tabakadaki diğer hücrelere absorpsiyonu önlemek için numune almadan 96 saat içerisinde 4 C de gerçekleşmelidir NOT: NIFTY testi için DNA numuneleri kabul edilmemektedir. 5 Reddedilme nedenleri Kuru buz olmaksızın verilme Yetersiz miktarda plazma dondurulmuş olması Ciddi hemoliz Numune hacmi < 1.5 Ml Plazma ayrılması 8 saati aşmış olması Veriliş sıcaklığı Kullanılan yanlış numune tüpü Plazma ayrılması 96 saat limiti aşmış olası Ciddi hemoliz Doğru olmayan numune ambalajı ör. Streck tüpler ziplock torbalarda değildir, buz paketi yoktur. Numune teslim sıcaklığı dışarıda 635 C önerilir.

7 1*Streck Hücreİçermeyen DNA BCT numune tüpü 1* Absorbant torba 1* Biohazard poşet 1* Jel Sargı 1* Folyo zarf 1* Onay ve Test İstek Formunun Hasta Deklarasyonu 1* Taşıma kutusu Şekil 1: NIFTY kitindeki bileşenler Taşıma Prosedürü dhl.com aracılığı ile bir kurye kaydı oluşturulur. Kan numunesi ile Streck hücreiçermeyen BCT numune tüpü üzerine barkod yapıştırılır. Absorbant torba içine tüp yerleştirilir ve sonra torba biohazardpoşetin içine konulur. Jel sargı arasına biohazardpoşet yerleştirilir, sonra folyo zarf içine konulur. BGI iletişim kişisine bilgi dosyasının elektronik versiyonu ile gönderilir. Folyo zarf, tamamlanmış yazılı test istek formu ve hasta onay formu ile birlikte taşıma kutusunun içine yerleştirilir. Kendi kayıtlarınız için kopyalar alınmalıdır. Kurye kargoyu toplar. 2.3 NIFTY Test Kabul Kriterleri NIFTY test, trizomi 21, 18 ve 13'ün tanınması için oldukça yüksek bir doğruluğa sahip olmasına rağmen, bir tanı koyma testi DEĞİLDİR. 'Yanlış pozitif' veya 'yanlış negatif' sonuç ile sonuçlanabilir. Hangi koşulun var olduğunu açık bir şekilde doğrulamak için, amniyosentez gibi bir tanı prosedürü gereklidir. ''YÜKSEK RİSK'' sonucunun her zaman bir diagnostik prosedür ile doğrulanması önerilir. Vakaların bazılarında, test sonuçlarına bağlı olarak izleyen doğrulama testi, maternal kromozomal veya genetik koşulları kapsamayabilir.

8 NUMUNE TİPİ İmmünoterapi Yumurta donörü IVF Bloklama antikor terapisi (gebe kadın eşinin lemfositinin hipodermik enjeksiyonunu aldı) Kan veya diğer kan ürünleri (kırmızı hücre, platelet, kemik iliği vb.) transfüzyonu İkizlerden birinin gelişiminin durması (kaybolan ikiz sendromu) İki fetüsten daha fazla Organ transplantasyonu Kök hücre terapisi Virus veya bakteriyel enfeksiyon ile numune Translokasyon veya diğer kromozomal anormallik ile baba veya anne KABUL EDİLEBİLİR KRİTER (T21, T18 VE T13 TESTİ İÇİN) Kabul edilebilir Kabul edilebilir (taşıyıcı anne veya gebe anneden karyotip analiz raporunun gerekli olduğu not edilir) Kabul edilebilir Son enjeksiyon ve NIFTY numune alma arasında en az 4 hasta boşluk Son transfüzyon ve NIFTY numune alma arasında en az 1 yıl boşluk Gelişimsel durma ve NIFTY numune alma arasında en az 8 hafta. Gelişimsel durma gebeliğin en az 8 hafta öncesinde meydana gelmiş olmalıdır. Red Red Red Red Red ''Yeni Nesil DNA Dizi Analizi Teknolojisi'' ile gerçekleştirilen girişimsel olmayan prenatal tarama testlerinde, yanlış pozitif ve negatiflikleri en aza indirgemek ve hastaya en yüksek düzeyde doğru sonucu verebilmek adına dikkat edilmesi gereken bazı hususlar vardır. Yukarıda bahsi geçen numune kabul kriterleri de bunlardan birkaçı olmakla beraber, testi yaptırmak isteyen kişiler bu konuda mutlaka bilgilendirilmelidir. 2.4 Özel Numune Kılavuzları Numune alma aralığı dışında gestasyonel hafta (hafta 1024). Kan numuneleri 96 saat taşıma limitini aşar. Özel numunenin saptanması gerektiğinde, müşteriler ve hastalar tarafından taahhüt sunulmalıdır. Taslak Ek 1'deki formları inceleyiniz ''1024 haftalık onam formaları eklenecek'' Antikoagülan tedavi verilen numunelerfraksiparin, Kleksan veya Heparin. Düşük moleküler ağırlıklı heparin (LMWH), plasentada oluşabilen gebelik komplikasyonlarına karşın antikoagülan olarak geniş ölçüde kullanılmaktadır. Yayınlanmış bir makalede LMWH ilaç tedavili hamile kadınların, etkilenmeyen kadınlara göre cell free plasma DNA'sında alışılmadık derecede yüksek bir oranda guaninsitozin (GC) içeriğine sahip küçük DNA fragmentlerinin oluştuğunu göstermiştir. Bu yüzden bu yargıdaki NIFTY sonuçlarının doğru yorumlanamayacakları ve hatta yanlış sonuçlar verebileceği yargılarını ortaya çıkmaktadır. Bu sebeple antikoagülan tedavisi gören hastaların NIFTY onam formu üzerine ''Hepar n enjeks yonunun NIFTY test sonucumun başarısızlık r sk n arttırdığı konusunda b lg lend r ld m'' şeklinde onay vermeleri gerekmektedir. Ancak bu beyan ve izin alındıktan sonra numune işleme alınmaktadır. 7

9 2.4.3 NIFTY saptama için Kanser Numuneleri Bazı yanlış pozitif veya yanlış negatif vakaların maternal metastatik kanserden kaynaklanabileceği hakkında istek ve onay üzerine açık beyanların alınması gerekir, kanser/tümör geçmişi olan hastaların NIFTY onayına ''hepar n enjeks yonunun ben m NIFTY saptama deneyler m n başarısız olma r sk n arttırab leceğ konusunda b lg lend r ld m, fakat ben bu NIFTY test yaptırmayı halen st yorum ve lg l potans yel r skler üstlen yorum' şeklinde yazmaları gerekmektedir. Onay formu üzerine yazılan bu beyan ve imza sonrası, numune işleme alınabilmektedir NIFTY saptama için interferon enjeksiyonu ile numuneler İnterferon; virus, bakteri, parazit gibi ciddi patojenlerin ve ayrıca tümör hücreleri varlığında cevap olarak konak hücreler tarafından üretilen ve serbest bırakılan bir grup sinyal proteinleridir. İnterferonun maternal ve fetal genomiklere etki göstermediğini belirten hiçbir kanıt yoktur ve bu tarz vaka kabul edilebilirdir NIFTY Test İçin IVF İkiz Numune Kabul Kriteri 1) Ultrasonik tarama sonucu bir fetüsün anormalliğini belirtir: Eğer ikizlerin herhangi birinin anormalitesi varsa NIFTY Test ikiz numune için uygun değildir. 2) İmplante edilen 3 embriyo vardır ancak sadece 12 fetüs tutulmuş ve canlıdır: Başarılı bir şekilde tutulan embriyo miktarı 2'den (2 dahil) daha az değilse NIFTY Test ikiz numune için kabul edilebilirdir. 3) Başarılı bir şekilde tutulmuş 2 embriyo vardır fakat 1 fetüs gelişmesi durmuştur: Normal gebelikte kaybolan ikiz numune kriteri ile aynıdır ( Kaybolan ikiz sendromu 8. hamilelik haftasından daha kısa sürede meydana gelir ve NIFTY numune alma ile gelişimsel durma veya ikiz 'kaybolma' tarihininin ardından 8 hafta geçtikten sonra gerçekleştirilir.) 4) Sperm donörü, yumurta donörü veya taşıyıcı anne gebeliklerinde alınan numuneler: Bu fetal numunelerde NIFTY Test için, biyolojik ebeveynlerin karyotipleme raporu gereklidir. NIFTY Test sadece biyolojik ebeveynlerin karyotipleme sonuçları normal olduğunda desteklenecektir. **Yumurta ve sperm donasyonu gebelliklerinde, gebe kadının karyotip analizine ihtiyaç vardır. ( Donör ve babanın karyotip analizi varsa alınabilir ancak mutlaka gerekli değildir.) **Taşıyıcı anne gebeliklerinde; anne, baba ve taşıyıcı annenin her üçünün de karyotip analizine ihtiyaç duyulmaktadır. 2.5 Test Sonrası Numune Kılavuzu Test Sonrası Numune Gönderme İş Akışı NIFTY sonucunu izleyen diagnoz metotları ile (ör. karyotipleme) valide edilebildiğini garanti altına almak ve özel numuneleri izlemek için standart test sonrası prosedür aşağıdaki akış şemasına göre belirlenmiştir. 8

10 NIFTY TEST Gebelik Sonlanması Yüksek Risk Düşük Risk Prenetal Tanı Gebeliğe Devam Karyotip Sonucu Hayır NIFYT İle Eşleşme Evet Ultrasonda Anomali, Gebeliğin Sonlandırılması Ölüm veya Engelli Yenidoğanlar Sağlıklı Yenidoğanlar Plasenta (>25mg) ve fetal doku (>25 mg, beyin, abdominal organlar ve kas dokuları tercih edilir) Genoks klinik laboratuvarında kromozomal anomali testi 9 Postnatal İzleme

11 2.5.2 Test Sonrası Numune Gereklilikleri Test sonrası numuneler için: CVS numune (>25 mg), plasenta (>25mg) ve fetal doku (>25 mg, beyin abdominal organlar ve kas dokuları tercih edilir). Ependorf tüplerde saklayınız ve kuru buz ile taşıyınız. Test Sonrası Numune Tipi CVS numune Numune Gereklikleri Notlar Fetal tarafta 25 mg kirlilik içermeyen koryonik dokular alınır ve steril tüp içerisine numune konulur (plastik tüp öncelikle önerilir), 20 C de saklanır. Amniyotik sıvı 5 ml amniyotik sıvı materyal kan karışmaksızın çekilir ve numune steril tüp içerisine konulur (plastik tüp öncelikle önerilir), 20 C de saklanır. Fetüsten veya yeni doğan bebekten 100 ul çekirdek kan alınır ve steril EDTA tüpüne numune konulur (plastik tip öncelikle önerilir), 20 C de saklanır. > 25 mg Plasenta numune steril Ependorf tüp içerisinde, PBS çözeltisi veya normal salin ile 35 kez yıkanır, 20 C de saklanır. >25 mg numune fetüsün farklı bölümlerinden ayrı ayrı toplanır (beyin, abdominal organlar ve kas dokuları tercih edilir) ve numuneler steril Ependorf tüplerin içerisine konulur, doku 35 kez PBS çözeltisi veya normal salin ile yıkanır, 20 C de saklanır. Başlıca fetal kromozomu doğrulamayı amaçlar ve eğer plasenta mozaiği varsa bunu doğrulayabilir. Başlıca fetal kromozomu doğrulamayı amaçlar. Çekirdek Kan Plasenta Dokusu (Aborsiyon dokusu) Fetal doku (>25 mg beyin, abdominal organlar ve kas dokuları tercih edilir) Başlıca fetal kromozomu doğrulamayı amaçlar. Başlıca plasenta mozaiği olup olmadığını teşhis etmeyi amaçlar. Başlıca fetal kromozomu doğrulamayı amaçlar Taşıma Gereklilikleri Test sonrası numune taşıma kuru buz ile 20 C'de olmalıdır. * Numunenin yeterli miktarda kuru buz içeren kutuda taşındığından emin olunuz. *Numunelerin oda sıcaklığında saklanması kesinlikle yasaktır Notlar NIFTY numune barkodu, hasta yaşı, hamilelik haftası, serolojik tarama sonuçları, karyotipleme sonuçları vb. içeren fakat bunlarla da sınırlı olmayan test sonrası numune bilgilerinden yeterli bilgi sağlayınız. 10

12 1. NIFTY Biyoinformatik Metodoloji 1.1 Giriş NIFTY test, trizomi 21, 18 ve 13 için fetal riski değerlendirmeyi amaçlanmış invazif olmayan bir prenatal testtir (NIPT). Bu test, maternal plazma içinde hücre içermeyen fetal DNA (cffdna) saptamak için tüm genom sekanslamayı kullanır ve ileri biyoinformatik analizi ile okunan kromozomu analiz eder. Bu ikili hipotez stratejisi ile, NIFTY test ile daha yüksek hassaslık ve seçiciliği elde edebilir. İkili hipotez ile otozomal anöploid saptama Daha yüksek hassaslık ve seçicilik elde etmek için ikili hipotez stratejisi geliştirilmiştir. Hükümsüz /alternatif hipoteze dayalı iki Student's testi gerçekleştirilmiş ve ardından rölatif logaritmik olasılık şans oranını hesaplanmıştır. Hükümsüz ve alternatif hipotezler aşağıda gösterilmektedir. İlk test için: H0 (hükümsüz hipotezi): fetal kromozom öploiddir. H1 (alternatif hipotez): fetal kromozom trizomiktir. İkinci test için: H0 (hükümsüz hipotezi): test fetal kromozom trizomiktir. H1 (alternatif hipotez): test fetal kromozom öploiddir. T ve Lskoru TM Aşağıdaki diyagram, NIFTY test sonucunun grafiksel bir sunumudur. Siyah ile doldurulmuş büyük noktalar test numunesini ifade ederken küçük gri noktacıklar ise kontrol numunelerini ifade eder. Her bir numune için, T ve Lskorları, kromozom 21'den gelen okuma sayılarına dayanarak hesaplanmıştır. Tskoru, normal gebeliklerde beklenen değerdeki sayının standart sapmanın katlarında ayrılma büyüklüğünün istatistiksel bir ölçümüdür. Lskoru, okuma sayısının normal gebeliklerin dağılımına mı ya da etkilenen gebeliklerin dağılımına mı daha yakın olup olmadığını ölçen bir orandır. Bu, numunenin normal popülasyondan gelme ihtimalinin etkilenen popülasyondan gelme ihtimaline bölünmesiyle hesaplanır. Numunenin sonucu ''Düşük Risk Bölgesi'ne düşerse gebeliğin normal olduğu ve düşük risk ibaresi içeren bir rapor verilecektir. Eğer numune ''Yüksek Risk Bölgesi'ne düşerse gebeliğin etkilendiği yüksek riskli bir rapor verilecektir. Nadir de olsa bazen sonuç ''Uyarı Bölgesi'' içinde kalabilir. Etkilenen şeklinde sınıflandırılan ''Uyarı Bölgesi 1'' de bulunan vakalar genellikle mozaiklik veya kısmi trizomi varlığından kaynaklanmaktadır. Bu tür vakalar yüksek risk olarak rapor edilecek ve gerekli yorumlarla desteklenecektir. ''Uyarı Bölgesi 2'' ye düşen vakalar ise muhtemelen yetersiz fetal DNA konsantrasyonundan dolayı etkilenmiş gebeliklerdir. Gebeliğin izin verdiği süre boyunca tekrar kan örneği alımı ve dizileme çalışması yürütülecektir. Aksi takdirde yüksek riskli bir rapor düzenlenecektir. Şekil A'da, vaka numunesi ''Düşük Riskli Bölge''de açıkça yer aldığı için düşük risk raporu verilmiştir. Şekil B'de, vaka numunesi, "Uyarı Bölgesi 1"de olmasından dolayı, bunun bir mozaik Trizomi 21 durumu taşıdığını göstermektedir. 11

13 Kromozom 21 Kromozom 21 Yüksek Risk Bölgesi Uyarı Bölgesi 1 Yüksek Risk Bölgesi Tskoru Tskoru 5 10 Uyarı Bölgesi 1 15 A A Uyarı Bölgesi 2 Düşük Risk Bölgesi Lskoru 5 Uyarı Bölgesi 2 Düşük Risk Bölgesi Lskoru 3.2 NIFTY Biyoinformatik Avantajı 1) Tescilli GC korele T testi: Veri dalgalanmasını azaltır ve analiz doğruluğunu geliştirir. Orijinal GC ile ilişkili T değer validasyonu CG etkisini elimine edebilir ve analiz doğruluğunu arttırarak veri dalgalanmasını düşürür. CV verileri NIFTYGC düzeltmesi sonrası belirli düşüş olduğunu gösterir; bu, doğruluğu ve saptama oranını geliştirebilir. 2) İkili hipotez düşük fetal DNA fraksiyon olasılığını ve yeniden kan numune alınmasını değerlendirir; T değerinin yanı sıra, L değeri pozitif sonuçların olasılığını göstermek için kullanılır, çift hipotez validasyonu fetal fraksiyon numuneleri için oldukça Yanlış Negatif vakaları önleyebilmektedir. Fetal fraksiyon yüksek olduğunda, kırmızı çizgi (Trizomi) yeşil çizgiden (normal sonuç) oldukça uzaktır, kromozom anormalliği hipotez validasyonuna hafif etkiye neden olabilen geniş veri dalgalanması olsa bile kolaylıkla saptanabilir. Fetal fraksiyon düşük olduğunda, kırmızı çizgi yeşil çizgiye çok yakındır, istatistiksel büyüklük normal veri dağılım merkezine daha yakındır ve sonuç olağanlık ile tanımlanır. 12

14 Yoğunluk İstatistiksel büyüklük bu bölgede lokalize olduğunda sonucu onaylamak zordur, genellikle saptamayı tekrar etmemiz gerekir, ör. yeniden numune alma. 1) Eş analiz: Doğruluğu arttırmak için 4 analitik ardışık düzen; pozitif numunelerde CNV bildirin; 2) Büyük veri validasyonu: Büyük klinik uygulama deneyimi ile performans kanıtlanır 3.3 Veri analiz bölge seti KIRMIZI bölge: Yüksek risk sonucu YEŞİL bölge: Düşük risk sonucu GRİ bölge: TAT gecikme raporu veya yeniden numune alma raporu, bu grubun numuneleri ileri veri analizleri gerektirir. Bu GRİ bölge yanlış negatif ve yanlış pozitif oranını uyarı olarak düşük fetal fraksiyon ile karşılaştığında düşürebilir. İstatistiksel Metodoloji Patent NO.: PCT/CN2011/ Fetal Genetik Anomalitenin İnvazif olmayan Saptaması. 13

15 1. Fetal Fraksiyon Yayınları NIFTY test, trizomi 21,18 ve 13 için fetal riski değerlendirmeyi amaçlanmış invazif olmayan bir prenatal testtir (NIPT). Bu test, maternal plazma içinde hücre içermeyen fetal DNA'yı (cffdna) saptamak için tüm genom sekanslamayı kullanır ve ileri biyoinformatik analiz ile okunan kromozomu analiz eder. Fetal DNA fraksiyonu NIPT performansını etkileyen kritik bir faktördür. Bu nedenle, BGI fetal DNA fraksiyonu ile ilişkili yayınlar üzerine özellikle vurgu yapmaktadır ve fetal DNA fraksiyonun kantitasyonu için en iyi uygulamaları geliştirmek üzere çalışmaktadır. BGI'nin metodolojik çalışmalarına göre, NIFTY için geçerli fetal DNA fraksiyon oranı %3.5 veya üzerindedir, bu durum test hassaslığı ve %99 üzerinde bir seçicilik sağlayacaktır (Jiang ve ark., 2012). Fetal fraksiyon, gebelik sırasında maternal kan akışında serbestçe dolaşan hücre serbest fetal DNA'nın (cffdna) bir ölçümüdür. cffdna, plasentadan ve trofoblastlardan kaynaklanır. Fetal DNA fragment halindedir ve maternal kan akışı içerisine plasental mikropartiküllerin dökülmesi ile maternal kan akışı içerisine geçer Çalışmalar, cffdna'nın gebelik progresyonları boyunca artan cffdna miktarları ile birlikte en erken 7 haftalık gestasyonda ilk olarak gözenebildiğini göstermiştir. BGI'nin önceki biyoinformatik çalışmalarında, fetal fraksiyon ölçümü sadece Y kromozom sinyalleri uygun olduğunda yapılabilmiştir. Buna rağmen, BGI'nın araştırma grubu Y kromozom sinyallerinden bağımsız, şu an tüm test deneklerinde doğru fetal fraksiyon ölçümüne de izin veren, yeni ve tek boyut dağıtımbazlı algoritma geliştirmiştir. Güncellenmiş basecall ölçümleri ve daha katı filtre kriteri ile bu algoritma tüm BGI sekanslama platformları üzerinde NIPT ürünlerine uygulanabilir. 124 tekil gebeliği kapsayan raporlanmamış bir çalışma mükemmel performans göstermiştir. Bu çalışmada, erkek fetüslerden oluşan 73 vaka ve dişi fetüslerden oluşan 51 vaka sıralanmıştır ve BGI'nın önceki metodoloji ile fetal fraksiyonu tahmin etmek için yeni algoritmayı birleştirerek analiz edilmiştir. Sonuçlar, bağıl olarak metodolojinin tutarlı ve doğru olduğunu gösteren r2=0.8 çıkmıştır. (Ocak 2016 itibariyle veri güncellenmiştir). 1) 2) 3) 14 Fetal fraksiyon için eşik değer % 3.5'dur. Fetal fraksiyon verileri sadece NIFTY tekil T18, 21, 13 raporları için uygulanabilir olacaktır. Fetal fraksiyon NIFTY ikiz numune saptaması için uygulanabilir değildir.

16 1. Yanlış Pozitif/ Yanlık Negatif Vakalar İçin Olası Sebepler 5.1 Yanlış Negatif Vakalar İçin Olası Sebepler: i. ii. iii. Mozaisizm: cffdna'nın çoğu plasenta kaynaklı hücrelerden gelir. Eğer plasenta normal hücrelerin ve trizomi hücrelerin bir mozaisizmi ise sonuç etkilenecektir. Sonuçlar fetüs ve plasenta numunelerinin karşılaştırılması ile doğrulanabilir. Avrupa'da mozaisizmin neden olduğu 3 yanlış negatif vakasını tespit edilmiştir. Düşük cffdna konsantrasyonu: Daha düşük cffdna konsantrasyonu, ekstra kromozom kopyasının daha zor saptanmasına neden olacaktır. Sonuçlar fetüs ve plasentadan alınan numunelerin karşılaştırılması ile doğrulanabilir. Anne kromozomal delesyonların bir taşıyıcısıdır: Maternal zemin DNA'sından gelen kromozom sinyalinin kaybolması fetüsün ekstra kromozom sinyalini dengeleyebilir. Sonuçlar anneden gelen beyaz hücrelerin karyotiplenmesi ile doğrulanabilir. *Son zamanlardaki araştırma yayınlarına göre, mozaisizm, NIPT de karşılaşılan yanlış negatif vakalar için temel nedendir. Fakat sıklığı sadece %1'dir ve bunların sadece %19'u kromozom 21, 18 ve 13 ile ilişkilidir. 5.2 Yanlış Pozitif Vakalar İçin Olası Sebepler: i. ii. Anne kromozomal duplikasyonların bir taşıyıcısıdır: Maternal zemin DNA'sı test sonucunu etkileyecektir. Sonuçlar anneden gelen beyaz kan hücrelerinin karyotiplenmesi ile doğrulanabilir. Mozaisizm: Çoğu cffdna, plasenta kaynaklı hücre çıkmalarından gelir. Eğer plasenta normal hücrelerin ve trizomi hücrelerinin bir mozaisizmi ise sonuç etkilenecektir. Sonuçlar fetüs ve plasentadan alınan numunelerin karşılaştırılması ile doğrulanabilir. 5.3 Yanlış Cinsiyet Teşhisi: 1) i. NIFTY testin sonucu etkileyebilen ve yanlış cinsiyet saptanmasına neden olabilen birkaç faktör vardır : Kaybolan İkiz Sendromu Kaybolan ikiz, fetüslerden birinin sonradan kaybolması ve resorpsiyonu ile gebeliğin erken aşamasında çoklu fetal gestasyon olarak tanımlanır. İkiz fenomenin kaybolmasının gerçek insidansını tahmin etmek zordur, fakat yapılan çalışmalar çoklu fetal gebeliklerde %5378 arasındaki sıklıkta yaşandığını göstermektedir. İkizlerden biri fark edilmeden kaybolabilir ve bu durum invazif olmayan fetal cinsiyet tayini sonucunu etkileyebilir. Eğer kaybolan fetüsün kalan cffdna'sı halen maternal plazmada var ise ve daha yüksek ChrY% katkıda bulunuyorsa, test sonucu etkilenebilir. Son zamanlarda bazı yanlış pozitiflerin kaybolan ikiz varlığından kaynaklandığı gösterilmiştir. ii. Anormal otozomlar Fetal cinsiyet tayini için metodumuzun %ChrY hesaplamasına dayandığını ele aldığımızda, bu hesaplama içinde normalizasyon için denominatör olarak hizmet veren otozomlar üzerindeki sekanslama sayısının okunmasından dolayı anormal %ChrY eğer anormal otozom varsa oluşabilir. 15

17 i. Seçici düşürme Seçici düşürme (veya çoklu fetal gebelik düşürme veya MFPR), çoklu fetal gebeliğin ikiz veya tekil gebeliğe bir veya daha fazla fetüsün düşürülmesi uygulamasıdır. Bu durumda, cinsiyet tayini yanlış değerlendirilebilir çünkü düşürülen fetüsün %ChrY'si, kalan fetüsün sonucunu doğru bir şekilde yansıtmaz. Halen seçici düşürme sonrası maternal plazmada kalan cffdna hakkında çok fazla belirsizlik vardır. Bundan dolayı, seçici düşürme geçmişi olan gebe anneler için, fetal cinsiyet tayini hata riskine sahip olarak düşünülmüştür. ' ii. Gri alan' yerleştirme Cinsiyet tayini, yüksek saptama gücü ile istatistiksel olasılık modeline dayanmıştır. Nadir durum altında, veriler cinsiyet farklılığının belirsizliğini arttırabilen 'gri alan' da (uyarı alanı) lokalize olacaktır. Cinsiyet saptanmasının yüksek doğruluğunu devam ettirmek için, biz sadece veri kesim değeri üzerinde lokalize olan numuneleri incelemiyoruz, ayrıca FMY(dişi vakalardaki ChrY) uyarı alanında yer alan tek okumaları çıkarmak için dişi vakalardaki ChrY üzerinde haritalanmış sekanslama okumalarını da araştırıyoruz. Verilerimiz FMY uyarı alanında yer alan tek okumaları çıkarmaksızın metot ile kıyaslandığından artmış %99.53 hassaslığı göstermiştir (hassaslık=%98.82). 5.4 Yanlış Negatif/ Yanlış Pozitif Vaka Muayene Rapor taslağı Lütfen Ek 3 ve Ek 4'e bakınız 16

18 1. NIFTY PICC Sigorta Kılavuzu 1.1 Tanım BGI, sigorta çıkarmak ve prim ödemek konusunda poliçe sahibidir. BGI tarafından sağlanan NIFTY testini isteyen her gebe anne (bebek ile birlikte) PICC isimli sigorta firması tarafından sigortalanır. Gerekli olduğu durumlarda sigorta prosedürü devreye girecektir. PICC (Çin Halkının Sigorta Firması) Sağlık Sigortası Firması Ltd.'yi refere eder. Bundan sonra Shenzhen Branch olarak yazılan bu firma sigorta firmasıdır Zorunluluk Bu sigorta aşağıdaki kapsam ile birlikte bir NIFTY testi isteyen sigortalıyla PICC arasındadır Yüksek risk (pozitif) NIFTY Test sonucuna göre test panelinde yer alan parametrelerinden herhangi biri için ('Trizomi 21',Trizomi 18' veya Trizomi 13' 'Gonozomal Anomaliler (XO, XXY, XXX, XYY)'' Delesyon/Dublikasyon sendromları (5p (CriduChat sendromu), 1p36, 2q33.1, PraderWilli/Angelman Sendromu (15q11.2), Jacobsen Sendromu (11q23), DiGeorge Sendromu II (10p14p13), 16p12, Van der Woude Sendromu (1q32.2)) için bir 'Yüksek risk' sonucu verilmiş ise, tanı koyma ( amniyosentez, CVS vb. ) maliyetleri sigorta firması tarafından karşılanmakatadır. Sigorta poliçesine göre tekil gebelik olduğunda maksimum 2500 RMB, ikiz gebelik olduğunda ise maksimum 4000 RMB geri ödeme yapılmaktadır Yanlış negatif NIFTY Test sonucuna göre; Trizomi 21 (Down Sendromu), Trizomi 18 (Edwards Sendromu), Trizomi 13 (Patau Sendromu ) veya Gonozomal Anomalilerden (XO, XXY, XXY, XYY) herhangi biri için ''Düşük risk'' sonucu verilmiş fakat doğumdan sonra veya bir yıl içerisinde bebeğe, herhangi bir kalifiye doktor/pediyatri uzmanı tarafından yukarıda bahsi geçen parametreler için tanı konulmuş olabilir. Bu durumda sigortalı, sigorta poliçesine bağlı olarak tekil veya çoklu gebelik için maksimum 400,000 RMB miktarı ile tazminat talep edebilir Tanı Koyma Olayında ve Canlı Doğum Öncesi Sonlandırmada Yanlış Negatif NIFTY Test sonucuna göre; Trizomi 21 (Down Sendromu), Trizomi 18 (Edwards Sendromu), Trizomi 13 (Patau Sendromu ) veya Gonozomal Anomalilerden (XO, XXY, XXY, XYY) herhangi biri için ''Düşük risk'' sonucu verilmiş fakat kalifiye sağlık bakım profesyoneli tarafından yapılan tanı koyma testleri ile yukarıda bahsi geçen parametreler için doğumdan önce diğer tanı konulmuş ise ve anne adayı gebeliği sonlandırmayı seçmiş olabilir. Bu durumda sigorta poliçesine bağlı olarak hem tekil hem de çoklu gebeler için maksimum 20,000 RMB tutarı ile tazminat talep edebilir. 17

19 6.2.4 Burada yer alan fakat sınırlı kalınmayan 'diğer tanı koyma testleri': a) b) c) d) Amniyosentez veya perkütan damardan kan alma Umbilikal kord delik numune alma Karyotipleme analizi İn situ hibridizasyon içinde floresans (FISH) 1.1 Satın Alma Poliçesi Sigortanın uygulamaya geçmesini talep eden anne adayı, sigorta evraklarını imzalamalı ve istenilen belgeleri Genoks Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi'ne iletilmelidir. Bir sigorta evrakları ve istenilen belgelerin listesi, Genoks tarafından hastaya iletilecektir. Sigortalı listesi Genoks tarafından aylık olarak BGI'a sunulmalıdır (Son ayın 26'sından bu ayın 25'ine kadar). Belgelerin, PICC isimli sigorta firmasına iletilmesinin ardından süreç başlar ve yaklaşık olarak1,52 ay içerisinde bu süreç tamamlanır. Onay verilmesinin ardından PICC tarafından ödeme gerçekleştirilir. Sigortalı, ID/pasaport numarası ile PICC web sitesinden ( bilgileri elde edebilir

20 6.4 İtiraz prosedürü Klinik/Hasta (Genoks'un bilgilendirilmesi ve gerekli mataryallerin gönderilmesi) Düzeltme için geri bildirim Genoks (Kontrol: 3 iş günü) Materyaller uygun ve eksiksiz mi? Düzeltme için soru sorulur Hayır Evet PICC (Kontrol ve geri ödeme: 2 ay ) Hayır Materyaller uygun ve eksiksiz mi? Evet PICC (Hastanın hesabına havale yapılır) 'Yüksek risk (pozitif)' İtirazı 'Yüksek risk' sonucu BGI NIFTY test tarafından sağlanması halinde, sigortalı yukarıda bölümünde bahsedilen tanı koyma testlerini gerçekleştirebilir. Bu durumda sigortalı gerekli materyalleri hazırlamalıdır: a) b) c) d) e) f) g) h) i) j) Başvuru formu Geçerli ID kart/pasaportun orijinal kopyası BGI tarafından sağlanan test sonucunun orijinal kopyası Bir kalifiye doktor ve hastane tarafından tanı raporu (İngilizcetercüme versiyonu ile birlikte) Tanı masrafının orijinal faturası veya alıcısı Banka hesap bilgileri (uygulanabilir olduğunda) Yetkilendirme Mektubu (PICC tarafından belirtilen ödeme şirketi ile Sigortalı arasında) Tazminat Formu (Alıcı banka bilgileri) Ultrason görüntüleme raporu (eğer ikiz gebelik varsa) Sigortalı tarafından gerekli bulunduğunda itirazı desteklemek için diğer başka materyaller 19

21 *Not: 1) Tüm materyaller BGI'nın işbirliği yaptığı partneri/hastası tarafından imzalanmalı ve kaşelenmelidir. 2) Fon transferleri EUR, USD veya DKK olmalıdır. Spesifik para birimi banka hesap bilgisi sunulduğu zaman belirtilmelidir. EUR, olarak seçilen para birimidir. 3) Geri ödeme, PICC tarafından hastanın hesabına transfer edilir 'Yanlış negatif''in İtirazı (bebeğin doğumu) NIFTY Test sonucuna göre; Trizomi 21 (Down Sendromu), Trizomi 18 (Edwards Sendromu), Trizomi 13 (Patau Sendromu ) veya Gonozomal Anomalilerden (XO, XXY, XXY, XYY) herhangi biri için ''Düşük risk'' sonucu verilmiş fakat doğumdan sonra veya bir yıl içerisinde bebeğe, herhangi bir kalifiye doktor/pediyatri uzmanı tarafından tanı konulmuş olabilir. Sigortalı gerekli materyalleri hazırlamalıdır: a) b) c) d) e) Başvuru formu Geçerli ID kart/pasaportun orijinal kopyası BGI tarafından sağlanan test sonucunun orijinal kopyası Bir kalifiye doktor ve hastane tarafından tanı raporu (İngilizcetercüme versiyonu ile birlikte) Kalifiye doktor ve hastane tarafından doğumun orijinal kopya sertifikası (İngilizcetercüme versiyonu ile birlikte) f) Banka hesap bilgileri (uygulanabilir olduğunda) g) Yetkilendirme Mektubu (PICC tarafından belirtilen ödeme şirketi ile Sigortalı arasında) h) Tazminat Formu (Alıcı banka bilgileri) i) Sigortalı tarafından gerekli bulunduğunda itirazı desteklemek için diğer başka materyaller *Not: 1) Tüm materyaller BGI'nın işbirliği yaptığı partneri/hastası tarafından imzalanmalı ve kaşelenmelidir. 2) Fon transferleri EUR, USD veya DKK olmalıdır. Spesifik para birimi banka hesap bilgisi sunulduğu zaman belirtilmelidir. 3) Geri ödeme, PICC tarafından hastanın hesabına transfer edilir. 20

22 6.4.3 'Yanlış negatif' İtirazı (gebeliğin sonlandırılması) NIFTY Test sonucuna göre; Trizomi 21 (Down Sendromu), Trizomi 18 (Edwards Sendromu), Trizomi 13 (Patau Sendromu ) veya Gonozomal Anomalilerden (XO, XXY, XXY, XYY) herhangi biri için ''Düşük risk'' sonucu verilmiş fakat kalifiye sağlık bakım profesyoneli tarafından yapılan tanı koyma testleri ile yukarıda bahsi geçen parametreler için doğumdan önce diğer tanı konulur ve gebelik sonlandırılabilir. Sigortalı gerekli materyalleri hazırlamalıdır: a) b) c) d) e) Başvuru formu Geçerli ID kart/pasaportun orijinal kopyası BGI tarafından sağlanan test sonucunun orijinal kopyası Bir kalifiye doktor ve hastane tarafından tanı raporu (İngilizcetercüme versiyonu ile birlikte) Kalifiye doktor ve hastane tarafından doğumun orijinal kopya sertifikası (İngilizcetercüme versiyonu ile birlikte) f) Banka hesap bilgileri (uygulanabilir olduğunda) g) Yetki yazısı (BGI taslak sunabilir) h) Sigortalı tarafından gerekli bulunduğunda itirazı desteklemek için diğer başka materyaller *Not: 1) Tüm materyaller BGI'nın işbirliği yaptığı partneri/hastası tarafından imzalanmalı ve kaşelenmelidir. 2) Fon transferleri EUR, USD veya DKK olmalıdır. Spesifik para birimi banka hesap bilgisi sunulduğu zaman belirtilmelidir. EUR, ilk varsayılan olarak seçilen para birimidir. 3) Geri ödeme, PICC tarafından hastanın hesabına transfer edilir PICC/BGI, bu materyallerin alındığı tarihteki ile onaylayacaktır PICC, itiraz tazminatını ele alacaktır Sigorta evraklarının PICC'ye ulaşmasından sonraki 1520 iş günü içerisinde PICC tarafından hastanın hesabına geri ödeme sağlanacaktır. 1.1 Sigorta Periyodu Sigorta, PICC'nin gerekli bilgi aldığı ve BGI'den prim ödemesi aldığı tarihi değerlendirmelidir ve son kullanım tarihi bir (1) yıl sonradır. Tüm sigorta yükümlülüğü, bu bölümde belirtilen terimlere tabi olan, tazminattan sonra sonlandırılmalıdır. 21

23 1.1 Açıklamalar Gerekli materyallerin kabul edilebilirliği, öğretici bir şekilde araştırılmadığı takdirde PICC, yükümlülüğü kendi başına kabul etmeyebilir. Sorumluluk herhangi itiraz ödenebilmesinden önce uygun şekilde doğrulanmış itiraz beyanı ve materyallere başvurması için Sigortalı üzerindedir. Her itiraz veya potansiyel itiraz tektir. Sigortalı, başka materyaller için çok kez istekte bulunma hakkını PICC'nin saklı tuttuğunu anlamalıdır. PICC itiraz tazminatını almayı gerektiğinde kabul edebilir. Hiçbir durumda, bu kılavuz terimlerin herhangi biri veya ilgili poliçe koşulları ile çatışmak için hiçbir amaç gütmez. Bu doküman ve ilgili poliçe arasında uygunsuzluk olduğu durumda, ilgili poliçe terimleri ve koşulları üstün gelmelidir. Poliçe yayınlandıktan sonra, Sigortalı durumların değişmesinden dolayı şimdiye kadar bilgileri muhafaza ettiğinden emin olmalıdır İstisnalar Bu sigorta, herhangi ülke veya uluslararası organizasyonlar tarafından teşhis edilen herhangi terörist, bir terör organizasyon üyesini, narkotikkaçakçılıkta veya nükleer, biyolojik, kimyasal silah kaçakçılığına dahil olan herhangi kişiyi kapsamaz. 22

24 1. 1) 2) 3) 4) 5) 6) 7) 8) ' 9) ' 10) NIFTY Dezavantajı ve Sınırlama Bildirisi NIFTY testinin, trizomi 21,18 ve 13 tanınmasında oldukça doğru olmasına rağmen, NIFTY bir tanı koyma testi DEĞİLDİR ve 'yanlış negatif' veya 'yanlış pozitif' sonuç ile sonuçlanabilir. Yanlış pozitif veya yanlış negatif sonuçların potansiyel kaynakları maternal, fetal ve/veya plasental mozaisizm (gebelikteki kromozomal olarak normal ve anormal hücrelerin karışımları), dengelenmiş veya dengelenmemiş translokasyon, kromozomal inversiyon veya diğer kromozomal anomaliler, maternal metastatik kanser ve düşük fetal fraksiyon içerir fakat bunlarla da sınırlı değildir. Geniş klinik validasyon, Trizomi 21, 18 ve 13 üzerinde NIFTY'nin >%99 olan duyarlılığı ile iyi performansını kanıtlar, fakat saptama kapsamı, mozaik veya translokasyon ile kromozomal yapısal anormaliteyi ÇIKARIR. NIFTY saptama kapsamı anöploidi (kromozomların sayısal anomaliteleri) kapsar, bu durum mozaik veya translokasyon gibi kromozomal yapısal anomalite için uygun DEĞİLDİR (NIFTY Test ile sınırlı çeşitte mozaik veya dengelenmemiş translokasyonu saptayabilmesine rağmen, tam bir doğruluk sağlanamaz.) NIFTY Test ürün broşürlerinde ve bilgilendirilmiş onam formlarında ilgili feragatnameler yer almaktadır. Mozaik ve translokasyonun yayınlarında olduğu gibi, NIFTY metodolojisi hali hazırda mozaik ve translokasyonun doğruluğunu sağlayamaz. Mozaisizm düzeyi yüksek olduğunda (>%40) bazı mozaik durumlar NIFTY Test ile saptanamayabilir. NIFTY dengeli translokasyon saptayamaz; dengelenmemiş translokasyon için, > %95 oranında Down sendromu Trizomi 21 tarafından neden olunur ve nadiren (< %5) kromozomal yapısal anomaliteye ait olan Mozaik ve Robertsonian translokasyon tarafından neden olunur. Robertsonian translokasyonun neden olduğu Trizomi 21, Kromozom 21'in uzun kolunun diğer proksimal sentromer kromozomlara bir dereceye kadar transloke olmasıdır, bu anomalite translokasyon düzeyinin daha yüksek olmasın nedeniyle saptanabilir, fakat testi yaptıran anne adaylarına herhangi bir garanti verilemez. Test tarihinden önce bir yıl içerisinde bir kan transfüzyonu alan hastalar, transplant ameliyatı veya kök hücre tedavisi alan anne adayları NIFTY test için uygun değildir. NIFTY ayrıca, gebeliğin 8. haftasından sonra veya NIFTY test tarihinden önceki 8 hafta içerisinde meydana gelen gelişimsel durma olaran tanımlanan 'kaybolan ikiz sendromu' vakalarındaki numuneleri kabul edemez. Test sonucu, test edilen kromozomların diğer anomalitelerinin ihtimalini elimine etmez ve diğer genetik hastalıklar veya doğum defektleri için test etmez. Yeniden numune Gerekliliği' Bazı az sayıda vakalarda (yaklaşık alınan tüm numunelerin %2.8**'i), sonuç sağlamak için yeterli düzeyde fetal DNA saptanmayabilir. Bu vakalarda, yeni bir test düzenlemek için yeni kan numunesi talep edilir. Yeniden numune alma için ekstra ücret talep edilmez. Sinyal Yok' yeniden numune almamıza rağmen bir sonuç saptanamadığı anlamına gelmektedir. Bu olayın insidansı oldukça düşük olup alınan tüm numuneler içerisinde sadece %0.069**'dur. Bu tarz vakalarda, NIFTY test ücretinin geri ödemesi yapılacaktır. 23

25 8. NIFTY Teknolojisinin Rakipler ile Karşılaştırılması 8.1 NIPT klinik uygulamaları için NIFTY'nin en büyük performansı The New England Journal of Medicine (NEJMC), NIPT klinik uygulamaları için NIFTY'nin performansını onaylayan, uluslararası NIPT laboratuvarları boyunca BGI NIFTY'nin Gerçek Pozitif oranın en yüksek ve yanlış pozitifin en düşük olduğu sonucuna varan DNATemelli İnvazif Olmayan Prenatal Tarama'nın Doğru Tarifi isimli bir rapor yayınlamıştır. Lab (Test Adı) Sequenom (MaterniT21, SafeT21) Ariosa (Harmony) Natera (Panorama) Illumina (Verifi) BGI (NIFTY) Entegre Genetikler (Informaseq) Toplam bilinmeyen Toplam % %44 %9 %14 %16 %17 < %1 %95 %5 Doğru pozitif 98 (%81) 18 (%72) 32 (%80) 35 (%80) 41 (%87) Yalancı pozitif 23 (%19) 7 (%28) 8 (%20) 9 (%20) 6 (%13) 1 (%100) Yeniden numune alma ve Test Hata Oranı Karşılaştırması Deneme Chiu ve ark. BGI Ehrich ve ark. Sequenom 18/467 (3.8) Palomaki ve ark. Sequenom 13/1696 (0.8) Bianci ve ark. Verinata Sparks ve ark. Ariosa Ashoor ve ark. Ariosa Norton ve ark. Ariosa 24 Hata oranı (n(%)) 11/764 (1.4) 16/532 (3.0) 8/338 (2.4) 3/400 (0.8) 148/3228 (4.6) Lau ve ark. BGI Nicolaides ve ark. Ariosa Dan ve ark. BGI 79/ (0.7) Gil ve ark. Ariosa 40/997 (4.0) 0/567 (0.0) 100/2049 (4.9) Hata nedeni Düşük toplam DNA (n= 2), düşük DNA kütüphanesi konsantrasyonu (n=8), düşük eşleşmiş DNA sekans okumaları (n=1) Düşük % fetal DNA (< %4) (n=7), düşük toplam DNA (<556 kopya)(n=7), düşük DNA kütüphanesi konsantrasyonu (n=15), düşük sayıda özgün DNA sekans sayımı (<3 milyon)(n=11); bazıları birden fazla kriterde hata vermiştir Düşük % fetal DNA (< %4) (n=6), diğer QC parametreleri (n=7): düşük DNA kütüphanesi konsantrasyonu ve düşük eşleşmiş DNA sekans okumaları (< 12.5 M) Fetal DNA yok Düşük %fetal DNA (< %3), düşük DNA sekans sayımları, tek çocuk olmayan gebeliğin SNP lerinden kanıt Ampli kasyon ve sekanslama Düşük % fetal DNA (< %4)(n=57), tayin hatası (n=59): %fetal ölçmede yetersizlik, DNA sayımlarında yüksek değişiklik ve hatalı sekanslama Düşük % fetal DNA (< %4)(n=46), tayin hatası (n=54) Ayrım, ekstraksiyon, numune ayrımı ve sekanslama kalitesi: düşük pik DNA kütüphane boyutu, düşük kütüphane konsantrasyonu (< 30 nm) ve düşük eşlenmiş DNA sekansı okumaları (< 2 milyon) Düşük % fetal DNA (< %4), tayin hatası (n=17)

26 8.3 Diğer Karşılaştırma Diğer Firma BGI Ürün Adı NIFTY Teknoloji MPS WGS + çoklu Fetal fraksiyon EVET (%3.5) EVET (metilasyontemelli) HAYIR Yumurta donörü Triploidi Kan Hacmi Başlangıç testi TAT Çağrı yok oranı Veri Miktarı İkiz Duplikasyon/ delesyon Hassasiyet 21 (has) Seçicilik 21 (seç) 18 EVET HAYIR 10 ml 10 w 7 10 gün %0.07 6M Evet Evet EVET HAYIR 20 ml 10 w 5 gün % M Evet Evet EVET HAYIR 10 ml 10 w < 4 gün % M Evet Evet %99.65 %99.66 %100 %99.99 %99.1 (210/212) %99.9 (59/59) %91.7 (11/12) %99.9 (1484) Sequenom Verinata MaterniT Verifi GENOME Materni T21 Plus VisibiliT MPS MPS WGS + zskoru WGS + NCVs 13 %99.98 has > %95 %99.9 (90/90) %97.4 (37/38) %87.5 (14/16) %99.8 (409/410) %99.7 %99.6 (1683/1688) (461/463) %99 (1672/1688) %99.9 (485/485) %95 (19/20) seç Diğer Cinsiyet Kromozom Anöploidlik Doğruluk Cinsiyet has %95 seç has (XX) seç Cinsiyet has (XY) seç %99.2 Doğruluk %99.4 (373/377) %99.5 (421/423) %99.5 (421/423) %99.2 (374/377) CLIA CAP CLIA CAP XO Sertifikasyon ISO/I EC17 %99.98 Ariosa Lifecodexx Harmoni prenatal test PrenaTest Natera Panorama Prenatal Test T MPS qpcr temelli SNPtemelli NGS HedeflenmiĢ rmps SNP + PS algoritması EVET (%4) EVET EVET (%3.5) chr112 (Genotipleme üzerinde SNP Metodu) yerleri EVET EVET HAYIR HAYIR HAYIR EVET 20 ml 20 ml 20 ml 10 w 9w 9w 3 gün 4 7 çalıģma 4 7 gün %2 % M 6.7M Evet EVET Evet Evet HAYIR Evet > %99 > %98 %80 (8/10) > %99.9 %97.6 %100 %100 > %99.90 > %99.9 > %99.90 > %99.9 > %99.90 %99 (483/488) %95 %97.6 (243/249) %99.2 (257/259) %99.1 (227/229) %98.9 (276/279) CLIA CAP Doğruluk %99 CLIA CE > %99 (83/83) > %99 (27/27) > %99 (13/13) > %99.9 (1108/1108) > %99.9 (1164/1164) > %99.9 (1180/1180) %92 (11/12) > %99 (1179/1180) > %99 (469/469) > %99 (533/533) > %99 (533/533) > %99 (469/469) 25

27 9. SIK SORULAN SORULAR 1) Neden DiGeorge 1 sendromunu tespit edemiyorsunuz? NIFTY ile DiGeorge 1 testi henüz valide edilmemiştir. Farklı firmalar, farklı figürler ve performans göstermektedir, bu durumda testin henüz çok fazla stabil olmadığını destekler. BGI, en çok testin kalitesine önem verir. Servisin düşük kalitesi göz önünde bulundurulması, klinik problemlere ve genetik rehberlik zorluğuna neden olmaktadır, performansın tam olarak değerlendirilmesinden sonra DiGeorge 1 sendromu da NIFTY Test parametresine eklenecektir. 2) Neden yeniden numune almak için beklemem gerekiyor? Raporunuzun gecikme nedeni, arkaplan olarak kullanılan maternal DNA (sizin DNA'nız) çok güçlü iken, kanınızdaki fetal DNA'nın bağıl olarak daha düşük olmasıdır. Fetüsün kromozom anöploid hastalıklarından (trizomi 21 veya trizomi 18 ya da trizomi 13) etkilenebilme veya etkilenmeme durumunu değerlendirmek için plazmanızdaki fetal DNA'yı tespit etmemiz gerekir, fetal DNA'nın düşük konsantrasyonda olması neticesinde raporlama yapılamazç Düşük fetal DNA konsantrasyonu çoklu nedenlerden dolayı oluşabilir. Bilimsel rapor esas alındığında, maternal kandaki fetal DNA konsantrasyonu, gebe kadınlar arasında farklıdır. Fakat normal şartlar altında fetal DNA miktarı gestasyonel hafta ile birlikte artmaktadır. 3) Yakın zamanda immünoterapi/ allojenik kan transfüzyon veya kan ürünleri aldım, NIFTY testini alabilir miyim? Eğer alamazsam, ne kadar beklemem gerekir? Bunun için üzgünüz fakat size NIFTY testimizi almamanızı önerebiliriz. İmmünoterapi/ allojenik kan transfüzyonu veya kan ürünleri, vücudunuza eksojen DNA girişine neden olacaktır. Biz sizin kanınızdaki DNA'yı esas alarak bu testi gerçekleştirdiğimiz için bu durum NIFTY Test sonucunu etkileyebilir. İmmünoterapi/ allojenik kan transfüzyonu veya kan ürünleri ile NIFTY testinin uygulanması arasındaki uygun boşluk en az 1 sene olmalıdır. 4) Gestasyonel haftam 24'den daha fazla, NIFTY testini alabilir miyim? 10 haftadan sonra bütün numuneleri kabul ediyoruz. Buna rağmen, NIFTY için önerdiğimiz en iyi tarama penceresi 1024 haftadır. Eğer gestasyon haftası 10 haftadan daha az ise, genelde fetal DNA konsantrasyonu gestasyon haftası ile birlikte arttığından, sonuç alabilmemiz için kanınızda yeterince fetal DNA bulunmayabilir. 24 haftadan fazla veya 10 haftadan az gebelik haftasına sahip olan anne adayları NIFTY Test yaptırmak isterse mutlaka ayrı bir onam formu imzalamalıdır. 5) Kan numunesi almak için kullanılan tüp neden vakumlu değil? Tüp içerisindeki küçük damlacıklar nedir? Kan numune alma tüpü içerisinde su damlası yoktur. Sizin gördüğünüz damlacıklar antikoagülandır. Her bir kan alma tüpü, hemoglutinasyonu önlemek için antikoagülan içerir. Farklı tüpler içerisindeki antikoagülan miktarı değişebilir fakat bu sonuçları etkilemeyecektir. 26

28 6) Neden sonucu ilk testimde alamıyorum? Neden yeniden kan vermem gerekiyor? Yeniden kan vermenize ihtiyaç duymamızın nedeni numunenizdeki fetal DNA konsantrasyonunun, bizim testi yapabilmemiz ve sonuç verebilmemiz için çok düşük olmasıdır. Her gebe kadındaki fetal DNA miktarı değişiklik gösterir, genel olarak, bu gestasyon yaşı ile birlikte artacaktır. Yeniden numune alınması sizin Down sendromu için yüksek riskte olduğunuz anlamına gelmez, dolayısı ile bu konuda endişelenmenize gerek yoktur. Biz yeniden numune alma işlemi için herhangi bir ücret almıyoruz. 7) Risk indeksi nedir? Risk indeksi için nasıl istekte bulunabilirim? BGI, gebe kadınlara risk indeksi sağlayacaktır; bu indeks eşik ile açıklanabilir. Açıklama: Risk indeksinin kritik değeri 1/20'dir. Eğer fetüs kromozom 21 trizomi risk indeksi 1/20'ye eşit veya 1/20'den daha fazla ise fetüs trizomi 21 sendromuna sahip olmak için yüksek riske sahip olabilir; diğer şekilde eğer risk indeksi 1/20'den daha az ise fetüsün trizomi 21 sendromuna sahip olma olasılığı oldukça düşük olabilir. 8) NIFTY raporu diğer doktorlar ve diğer hastaneler tarafından bilinmekte mi? NIFTY Test sonucunuz yalnız sizinle ve gebeliğinizi takip eden doktorunuz paylaşılmaktadır. Talebiniz doğrultusunda 2. Bir hekim ile de paylaşılabilir. 9) NIFTY test raporu bir tanı raporu mudur yoksa bir tarama raporu mudur? Bu rapor gebeliğin sonlandırılması için klinik temel olarak kullanılabilir mi? NIFTY test raporu bir tarama raporudur fakat doğruluğu, günümüzdeki seroloji taramalarından çok daha yüksektir. Bu, gebeliğin sonlandırılması için klinik temel olarak direk kullanılamaz. Eğer test sonucu yüksek riskli ise, biz bu gebe kadına doktor kılavuzluğunda daha ileri prenatal tanılar gerçekleştirmesi için öneride bulunabiliriz. 10) Eğer NIFTY test sonucum düşük riskli ise, bu bütün kromozomlarımın iyi olduğu anlamına mı gelir? NIFTY teknolojisi sadece kromozom anomalilerine odaklanır. Biz, en yaygın kromozom anomali hastalığı olan kromozom 21 trizomisini tespit etmeyi taahhüt ederiz, fakat kromozom 13 ve 18 için bir taahhüdümüz yoktur. Fakat biz tüm kromozomlarınızın normal olduğunu garanti edemeyiz. 11) Sonuç sürem söz verdiği zamanı aşıyor. Bunun nedeni nedir? Sorunuz için teşekkür ederiz. Sonucu size zamanında veremediğimiz için özür dilemek zorundayız, Bizim ortalama sonuç verme süremiz 10 iş günü +2 gündür. Eğer her şey sorunsuz bir şekilde ilerlerse, sonucunuzu belirtilen süre içerisinde alabilirsiniz. Fakat eğer yeniden analizler ya da yeniden numune alma gerekli ise ek çalışma gününe ihtiyaç olabilir (yeniden analizler: 4 iş gün; Yeniden numune alma: kanı tekrar verdiğiniz güne bağlıdır) 27