AKAROLOJİDE MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve PROTEOMİK UYGULAMALARI

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "AKAROLOJİDE MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve PROTEOMİK UYGULAMALARI"

Transkript

1 AKAROLOJİDE MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve PROTEOMİK UYGULAMALARI Yrd. Doç. Dr. Nabi Alper KUMRAL Uludağ Üniversitesi, Ziraat Fakultesi, Bitki Koruma Bölümü, Görükle, Bursa, 1

2 1. NÜKLOTİDİN TANIMI 2. NÜKLEOTİDİN YAPISI 3. DNA NIN KEŞFİ 4. DNA NIN FİZİKSEL VE KİMYASAL YAPISI 5. KOMOZOM, KROMATİN, HİSTONLAR VE NÜKLEOZOMLAR 6. AMİNOASİTLER 7. KULLANILAN MARKIRLAR 8. ÖZGÜN DNA PARÇALARININ İZOLASYONUNDA KULLANILAN METOTLAR 9. DNA DİZİ ANALİZİ 10.PROTEİN ANALİZİ VE 1,2 VE 3 BOYUTLU JEL ELEKTROFOREZ 11. AKARLARDA MOLEKÜLER BİYOLOJİNİN KULLANIM ALANLARI 12.AKARLARDA MOLEKÜLER BİYOLOJİ ALANINDA BUGÜNE KADAR YAPILAN ÇALIŞMALARIN ÖZETİ 2

3 Moleküler Biyolojinin Temel Kavramları 3

4 Biyomolekül nedir? Biyomolekül, canlılarda yer alan moleküllere verilen isimdir. Bu moleküllerin arasında iri yapılı protein, polisakkarit ve nükleik asitler gibi canlı yaşamı için birinci dereceden önemli olan moleküller yer almaktadır. Biyomoleküller, genel olarak karbon, hidrojen, azot ve oksijen içeren organik bileşiklerden örülü yapılardır. Atomlar birbirlerine kimyasal bağlarla bağlanarak molekülleri ve moleküler yapı bloklarını oluşturur, onlarda hücreleri oluşturur. 4

5 Biyomoleküller nelerdir? 1. Nükleotidler 2. Aminoasitler 3. Karbonhidratlar 4. Yağ asitleri 5

6 Nükleotid nedir? Nükleotidlerin yapısında merkezi durumda bir beş karbonlu şeker (deoksiriboz), şekerin 1 no.lu karbonuna bir azotlu baz ve 5 no.lu karbonuna bir fosfat grubu bağlı bulunur ve bu kimyasal yapıya denir. Eğer fosfat grubu çıkarılırsa geriye kalan yapıya nükleosit (azotlu organik baz+ 5 karbonlu şeker) denir. Genellikle 50 veya daha az sayıda nükleotid içeren polimerler oligonükleotit, daha çok sayıda nükleotit içeren nükleik asitler polinükleotit olarak adlandırılır. 6

7 Nükleotidin hücredeki görevi nedir? 1. Nükleotid polimerlerini oluştururlar. 2. Hücrede biyolojik bilgi nükleotid dili şeklinde nükleotid polimerlerinde depo edilir ve gerektiğinde tümünün veya bir kısmının kopyası çıkarılır. 3. Kimyasal enerjiyi kısa süreli taşırlar. Aktif taşımada ve çeşitli sinyal iletim yollarında iş görürler. 4. Koenzimlerin yapısına katılırlar. 7

8 Nükleotidin Yapısı Nükleotidler taşıdıkları bazın adıyla ve asit karakterde oldukları için asit tanımlamasıyla anılırlar. Nükleotidlerin yapısında bulunan bazlar adenin, guanin, sitozin,urasil ve timin dir. Bunlar pirimidinler ve pürinler olarak ikiye ayrılır. Nükleotidin yapısında bulunan 5 karbonlu şeker (pentoz) riboz ve deoksiriboz olarak iki farklı şekildedir. Fosfatlar ise AMP, ADP, ATP dir. 8

9 DNA polimeri ve RNA arasındaki Farklar Nükleotidler, kovalent 3-5 fosfodiester bağlarıyla bağlanarak DNA ile RNA nın uzun, düz ve dallanmış zincirlerini oluştururlar. Başlangıç ve son uçtaki nükleotitlerin şekerlerine bağlanan fosfat grubunun bağlandığı karbon atomunun numarası zincirlerin yönünü belirler. RNA tek, DNA çift nükleotid zincirinden yapılıdır. DNA polimeri kalıtım materyali olarak daha uygundur. Yani riboz şekerin 2 numaralı karbonunda bulunan hidroksil grubu, RNA nın kolay parçalanabilir olmasına neden olur. DNA da ise bu pozisyonda hidrojen bulunur ve parçalanması zor olur. 9

10 DNA nın keşfi DNA nın biyokimyasal olarak araştırılması ilk kez Fried Miescher tarafından hücre çekirdeği üzerinde sistematik çalışmalar ile gerçekleştirilmiştir. Miescher 1868 yılında sargı bezleri üzerindeki lökositlerin çekirdeğinden nüklein adı verilen fosfor içeren maddeyi elde etmiştir. Bu araştırmacı nükleinin günümüzde DNA olarak bildiğimiz asidik olan ve bazik protein yapısında olan kısımlardan meydana geldiğini bulmuştur. Araştırıcı benzer maddeyi somon balığı sperm hücrelerinde de bulmuştur. DNA nın birincil yapısının anlaşılması 1940 ların sonlarında olmuştur. DNA nın genetik bilgiyi taşıdığına dair ilk kanıtlar 1944 yılında Osward T. Avery, Colin Macleod ve Maclyn McCarty tarafından bulunmuştur. 10

11 DNA nın Fiziksel ve Kimyasal Yapısı Baz sekanslanması ve Çift Sarmal 1953 yılında Watson ve Crick elde edilen tüm bilgileri değerlendirerek DNA yapısının üç boyutlu şeklini önermişlerdir. İki sarmal DNA ipliğinin sağ-el durumundaki çift sarmalını oluşturmak için aynı eksen etrafında sarılmaktadır. Sağ el durumundaki çift sarmal DNA da, sarmalın ekseni sağ el başparmağı ile işaret edilirken sarmalların dönüş yönü sağ el parmakları yönünde olmalıdır.dna sarmalının tam bir döngüsü her 3.4 nm de olup, çapı yaklaşık 2nm dir. Birbirine komşu bazlar arasındaki mesafe 3.4 nm olduğundan her dönüşte toplam 10 nükleotit bulunmaktadır. Bu özellikler DNA nın B-formu modelini oluşturmuştur. 11

12 DNA nın farklı sarmal formları B-DNA, Z-DNA, A-DNA Sarmal tipi Dönüş baz çifti (her bir dönüşte) Baz çifti başına dönüş Sarmal çapı (her baz çifti arasındaki uzaklık) A A B A Z A B-DNA formu fizyolojik koşullar altında en kararlı formudur. A formu sudan yoksun çözeltilerde, sağ el durumundaki çift sarmal yapısıdır. Z formunda GC ve AC ikili nükleotid bakımından zengindir. 12

13 DNA Replikasyonunun Özelliği Genetik materyalin doğru olarak kopyalanması oldukça önemlidir. Replikasyon iki DNA ipliğinin birbirinden ayrılması ve her bir tamamlayıcı ipliğin baz eşleşme kuralları tarafından belirlenen dizilim içinde nükleotitlerin birbirine eklenmesi yoluyla sentezlenmesi aşamalarını içermektedir. Semikonservatif tipte eşleşme gerçekleşir. 13

14 Genetik Kod Genetik kod, mrna boyunca üçlü gruplar halinde bulunan ve protein sentezleme sırasında üretilen aminoasit dizilerinin düzenini belirleyen nükleotid dizileridir. Genetik kod mrna üzerinde her biri bir amino asidi temsil eden üçlü nükleotid grupları içinde okunur. Her bir üçlü nükleotide kodon denir. 14

15 Denatürasyon Çift sarmalı kararlı hale getiren kovalent olmayan güçler ve hidrojen bağları, ısı yada denatürant adı verilen bir takım kimyasallarla muamele edilerek bozulabilir. Çift sarmalın iki ipliği, iplikler arasındaki tüm hidrojen bağları kırıldığında tamamen ayrılır. Sarmalların birbirinden ayrılmasına denatürasyon ya da erime denir. DNA ipliklerinin denatürasyonu ph 11.3 üzerinde gerçekleşir. Renatürasyon: İki tamamlayıcı ipliğin tekrar çift sarmal haline dönüşmesine renatürasyon denir. Renatürasyon tamamlayıcı iplikler arasındaki kendine özgü baz eşleşmesine bağlıdır. Reaksiyon iki aşamada gerçekleşir. İlk aşamada, çözelti içindeki tek iplikli DNA lar tesadüfi olarak birbirleri ile karşılaşır. Eğer bunların dizilimi tamamlayıcı ise, iki iplik kısa bir çift sarmal bölgesi oluşturmak için eşleşir. Daha sonra baz eşleşme bölgesi, molekül boyunca fermuar benzeri bir etki ile daha uzun çift sarmal molekülü meydana getirir. 15

16 Komozom, Kromatin, Histonlar ve Nükleozomlar. 16

17 17

18 Aminoasitler Aminoasitler bir amino grubu, bir karboksil grubu ve bir yan zincirden oluşmaktadırlar. Amino asitler birbirlerine peptid bağlarıyla bağlanırlar. 20 aminoasidin birleşmesiyle oligopeptid, 80 ve daha fazla aminoasidin birleşmesiyle polipeptid oluşur.

19 Aminoasitler Polipeptid zincirlerin katlanmasıyla oluşan protein yapıları: birincil,ikincil, üçüncül ve dördüncül yapıdır.

20 Aminoasitler Aminoasitlerin temel görevi proteinleri oluşturmaktır. İkinci görevi ise amino asit dilini oluşturmaktır. Amino asit yan zincir irilikleri, yükleri, şekilleri, hidrofilik veya hidrofobik oluşları ve reaksiyona girme dereceleri bakımından farklıdır. Yan zincirin sudaki çözünürlüğüne göre amino asitler 3 gruba ayrılırlar. 1. Hidrobik aminoasitler: suda ya hiç çözünmezler yada az çözünürler.alanin, valin, lösin gibi. 2. Hidrofilik aminoasitler: bunlar su severler. Arjinin, lizin gibi. 3. Özel aminoasitler: sistein, prolin gibi

21 Proteinler aminoasitlerin zincir halinde birbirlerine bağlanmasından oluşan büyük moleküllü bileşiklerdir.

22 Amino asit: Proteinin temel yapısı NH 3 + Amino grubu R C H COO - Karboksilik asit grubu Zincirin farklı taraflarında bulunan R, 20 farklı aminoasitin özelliklerini belirler. Her proteinin kendisine has özelliklerinin olmasını sağlayan özel amino asit dizilimleri vardır.

23 Bu zincirde bir amino asitin karboksil grubunun bir diğerinin amino grubuna bağlanmasıyla oluşan bağ peptit bağı olarak adlandırılır.

24 Bir karboksilik asit; bir su molekülünün serbest bırakılması ile bir amino grubu olarak yoğunlaşır. R 1 R 2 NH 3 C COO - H + NH 3 + C COO - H + H 2 O H 2 O R 1 R 2 R 3 NH 3 C CO NH C CO NH C CO A H F G Peptid bağı N S T H D Peptid bağı K G S H A Aminoasit dizilimi birincil yapı olarak adlandırılır.

25 Aminoasit dizilimi, bir gende, DNA bazlı dizilim olarak kodlanır. DNA molekülü = G C G C T T A A G C G C C G C G A A T T C G C G DNA bazlı dizilim

26 Gen proteinin kopyası, genom ise hayatın kopyasıdır Genome Protein Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Gen Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein Protein

27 Proteomics ve Protein Tanımlanması

28 Proteinlerin yüksek işlem hacimli yaklaşımlar kullanılarak; geniş ölçekli görüntülenmesi, ifade edilmesi, değişimi ve ilişkilerinin belirlenmesidir.

29 Neden? Belirlenmiş olan genler gen sayısı < protein sayısı Belirlenmiş olan proteinler

30 Amacı Tüm proteinlerin listelenmesi Fonksiyonlarının belirlenmesi Birbirleriyle olan etkileşimlerinin anlaşılması

31 Proteomics Teknolojisi Jel Elektroforez Mass-spectrometre Protein çipleri Maya 2 hibrit metot

32 Akarlarda Kullanılan Genomlar 1- Mitokondriyal DNA Hayvan mtdna sının evülasyon modelleri ve moleküler biyolojisi günümüzde çok iyi anlaşılmıştır. Özellikle iki tane kene türünün tüm mitokondriyal genomu dizilenmiştir. Ayrıca ikinoktalı kırmızıörümceğin mtdna sının restriksiyon haritası karakterize edilmiştir. Böceklerde olduğu gibi akarların mitokondriyal sekansları A+T varlığı açısından çok zengin bulunmuştur. Temel kompozisyondaki değişkenlikler aynı familyanın içinde türler arasında görülebilir. Buda filojenik yapıların ortaya konmasında oldukça önemlidir. Mitokondriyal genomun birçok geni hayvan taksonları arasındaki filogenetik ilişkilerin değerlendirilmesinde artan bir şekilde kullanılmaktadır. Akarlar üzerinde yapılan evülasyon çalışmaların birçoğu mt sitokrom oksidaz subünite I gen (COI) olmasına rağmen keneler üzerinde genellikle ribosomal 16S dir. 32

33 2- Nükleer Ribozomal DNA: Ökaryotlarda ana ribosomal lokuslar 3 genden kodlanmaktadır (18S, 5.8S ve 28S ribozom subüniteleri ) bu genler arasında internal transkrip spacırlar I (ITS1 18s ve 5.8s genleri ve ITS2 5.8s ile 28s genleri arasında bulunur). Bir kromozomun üzerinde ribozomal genlerin yüzlerce kopyası bulunur. Hatta bunlar birden fazla kromozomda da bulunabilirler. Yinelenme kabiliyetleri temelde bir ön çoğalma adımıdır. Korunmuş ribozomal genlerde PCR primerleri tanımlanabilmektedir. Çoğaltılmış fragmentlerin sekansları uzak taksalarda filogenetik olarak karşılaştırma için oldukça yararlıdır. Bu nedenle birbirleri ile yakın ilişkili taksaların ayrılması için ITS bölgeleri oldukça kullanışlıdır. ITS bölgelerinin karakterizasyonu için genellikle daha çok korunmuş genlerdeki (18S, 5.8S ve 28S ) PCR primerleri dizayn edilir. ITS bölgeleri başarılı şekilde çoğaltıldıktan sonra diğer tekniklerle analiz edilir. ITS bölgelerin kopyaları sonucu oluşan ribozomal genler bireyler arasında ve içinde oldukça değişken potansiyele sahiptir. ITS sekanslarında tür içi çeşitlilik birçok kene türünde de ortaya konmuştur. Fitofag akarlarda da çok düşük düzeyde tür içi polimorfizim bu markırlar sayesinde oldukça etkili bir şekilde ortaya konabilmektedir. 33

34 Diğer nükleer genler Ekto-5 nükleaz Oktopamin benzeri G-protein reseptörü Elongation (uzama) faktör 1 alfa 34

35 ÖZGÜN DNA PARÇALARININ İZOLASYONU PCR (Polimeraz zincir reaksiyonu) Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction - PCR), DNA içerisinde yer alan, dizisi bilinen iki segment arasındaki özgün bir bölgeyi enzimatik olarak çoğaltmak için uygulanan tepkimelere verilen ortak bir isimdir. Metod basitçe tüp içerisinde nükleik asitlerin uygun koşullarda çoğaltılması esasına dayanır. Bir çeşit "in vitro klonlama" olarak da tanımlanan PCR; 94 C-98 C aralığında gerçekleştirilen denatürasyon, 37 C-65 C aralığında gerçekleştirilen tavlama (annealing) ve 72 C de gerçekleştirilen uzama aşamalarından oluşur ve bu döngülerin belirli sayıda tekrarlanmasına dayanır. PCR yönteminin gelişmesinde en büyük katkıyı Taq Polimeraz enziminin bulunması yapmıştır çünkü bu enzim yüksek sıcaklıklarda dahi dayanabilen tek enzimdir. Bu enzim ilk olarak Yellowstone milli parkında bir kaplıcada yaşayan termofilik bir bakteriden izole edilmiştir.dr. Kary B. Mullis 1980 li yıllarda yaptığı PCR çalışmaları ile 1993 yılında Kimya alanında Nobel ödülü almıştır. 35

36 RAPD (Rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA) RAPD tekniğinde DNA dizilerinin rastgele çoğaltımı için PCR teknikleri kullanır. RAPD yönteminin temel prensibi ilgili olan türe ait genomik DNA üzerinde rastgele seçilmiş, tek bir 8-10 bp oligonükleotidin, düşük bağlanma sıcaklığında tesadüfi olarak bağlanarak PCR ile çoğaltma yapmasıdır. Tekniğin devamında elde edilen çoğaltma ürünü radyoaktif olmayan standart jel elektroforezinde yürütülür ve çoğaltma ürünleri bantlar halinde gözlemlenerek incelenir. Bantların varlığı veya yokluğuyla sonuçlar değerlendirilmektedir. 36

37 DALP (Doğrudan çoğaltılan uzunluk polimorfizmi DALP yöntemi çoklu bant genom DNA kalıpları üretmek için rastgele PCR primerleri kullanımını içerir ve polimorfik bantların dizilimlerini sağlar. Daha sonra PCR-spesifik bantlar tanımlanabilir ve ayrı bölgeler üzerinde çalışılabilir. 37

38 AFLP (Çoğaltılmış parça uzunluğu polimorfizimi) Bu teknik RFLP'den daha hızlı çalışır ve DNA örneklerini çoğaltmak için PCR kullanır. Değişken sayılı bitişik tekrar (VNTR) polimorfizmlerine dayalı aleller ayırdedilir, bunlar poliakrilamit jel elektroforezi ile ayrıştırılır. Bantlar gümüş boyaması ile görülür. Analiz jelde yapıldığı için, çok yüksek sayılı tekrarlar jelin tepesinde sıkışabilirler ve birbirlerinden ayırdedilmeleri zor olabilir. AFLP analizi yüksek oranda otomatikleştirilebilir. Bu yöntemle kişisel DNA örnekleri karşılaştırılarak filogenetik ağaçlar yaratılabilir. Düşük maliyeti, hazırlanma ve çalıştırma kolaylığı gibi nedenlerden dolayı AFLP hâlâ az gelirli ülkelerde yaygın olarak kullanılır. 38

39 RFLP (Restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi ) Restriksiyon endonükleaz enzimlerinin kullanıldığı bu yöntemde, Restriksiyon endonükleazlar, restriksiyon bölgeleri olarak bilinen çift zincirli DNA'nın sadece spesifik baz dizilerini tanımakta ve diziyi bu bölgelerden kesmektedir. RFLP nın aşamaları: Biyolojik materyalden genomik DNA izole edilir, ve bunlar bir RE ile kesilirler, Kesilmiş DNA lar elektroforeze tabi tutulurlar, Polimorfik bölge olup olmadığına bakılır. 39

40 Mikrosatellitler Genom içinde dağılmış 2-6 baz çifti ile tekrar eden kısa DNA baz segmentleridir (yaklaşık 100bp). Daha çok kodlanmayan DNA bölgelerinde bulunmaktadır. Mikrosatellit lokuslar organizmalarda artan sayıda mevcuttur ve allel sıklığı verileri analiz etmek için istatistiksel yöntemler ve bilgisayar programlarının gelişmesine sebebiyet vermiştir. Mikrosatellitlerin popülasyon genetiği çalışmaları için gerçekten mükemmeldir. Mikrosatellik lokus izolasyonu DNA'nın genomik yapısını kapsamaktadır ve mikrosatellittipi tekrarlayan dizisi problar ile taranmaktadır. 40

41 Allozimler: Protein elektroforezi genetik polimorfizm saptanması için etkin bir yöntem olmuştur. Akarlarda enzimatik sistemlerinden esteraz üzerinde çalışılmıştır. 41

42 Proteinlerin doğrudan analizi: Ayrılmış proteinler için yüksek hassasiyetli tekniklerden bazıları 2 boyutlu elektroforez dir, henüz akar ve kenelerde kullanılmamaktadır. 42

43 Teknik Avantajlar Sorunlar Örnekler Filogenetik akrabalıklar (familyalar, cinsler) rdna sekanslanması (genler) Derin filogenezlerin çözümü için uygundur. Birden fazla kopya genler olduğu için PCR için çok hedef vardır. Son zamanlardaki farklılaşmalar için daha az bilgi vermektedir. Black et al., 1997 Klompen et al., 2000 Dobson and Barker, 1999 mtdna sekanslanması Korunmuş bölgeler PCR için primer tasarımı kolaylaştırır. Her hücrede birden fazla kopya olduğu için PCR için çok hedef vardır. Evrimin yüksek oranda olması nedeniyle mutasyonlar tamamlanmamıştır. Navajas et al., 1999 Black and Piesman, 1994 Crosbie et al., 1998 Filogenetik akrabalıklar (türler, populasyonlar) rdna sekanslanması ( ITS) Korunmuş genler arasında bulanan küçük bölgeler PCR primerleri için oldukça kullanışlıdır. Son derece değişkendirler. Sekans dizilemeleri zor olabilir. Anlamsız sekanslar üreten birey içi varyasyonların varlığı tamamlanmamış homogenizasyonu gösterir. Zahler et al., 1995 Fenton et al., 2000 mtdna sekanslanması Anneye ait değişmez kalıtımlardır. Rekombinasyon yoktur. Popülasyon yapısı coğrafi düzeyde tanımlanabilir. Sadece anne soyları izlenebilir. İdeal olarak hem mtdna hem de rdna kullanılır. Anderson and Trueman, 2000 Navajas et al.,

44 Teknik Avantajlar Sorunlar Örnekler Populasyon çalışmaları (popülasyonlar ve bireyler) PCR-RFLPs Diğer tekniklere nazaran pahalı değildir ve basittir. Türlerin teşhisinde kullanılabilir. Düşük varyasyon vardır. Gotoh et al., 1998 Fenton et al., 1995 Microsatellite ler Yüksek miktarda polimorfik Lokuslar kolayca kaydedilir Gen haritalaması için kullanılabilir. İzole etmek zordur ve pahalıdır. Çoğunlukla türe özgü lokuslardır. Delaye et al., 2000 DALPs Ko-dominant markırlardır. Sadece polimorfik lokuslar izole edilebilir. Markırların sayısı sınırsızdır. Ön genetik bilgiye ihtiyaç yoktur. Türe özgü lokuslardır. Perrot-Minnot et al., 2000a Perrot-Minnot et al., 2000b AFLPs Ön genetik bilgiye ihtiyaç yoktur. Markırların sayısı sınırsızdır. Gen haritalaması için kullanılabilir. Heterozigotlar homozigotlardan ayırt edilemez. Weeks et al.,

45 Teknik Avantajlar Sorunlar Örnekler Popülasyon çalışmaları (popülasyon ve bireyler ) RAPDs Diğer tekniklere nazaran pahalı değildir ve basittir. Ön genetik bilgi gerekli değildir. Markırların sayısı sınırsızdır. Heterozigotlar homozigotlardan ayırt edilemez. Tekrarlanabilirlik için büyük dikkat gerekir. Hemandez et al., 1998 de Guzman et al., 1997, 1999 Edwards et al., 1998 Allozimler Pahalı değildir ve basittir. Protokoller birçok enzim tespit edebilmek için kullanılabilir. Düşük varyasyon vardır. Büyük miktarda materyal gerektirir. Küçük hayvanlarda düşük miktarda lokus saptanır. Dunley and Croft, 1994 Kain et al.,

46 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PCR) PCR yaygın olarak tıbbi ve biyolojik araştırma laboratuvarlarında kalıtsal hastalıkların teşhisi, genetik parmak izlerinin tanımlanması, bulaşıcı hastalıkların teşhisi, genlerin klonlanması, babalık testi ve DNA hesaplaması gibi değişik konularda yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. PCR yöntemine dayalı olarak birçok primer olarak adlandırılan başlatıcı DNA teknikleri geliştirilmiştir. Bu başlatıcı DNA'lar belli dizilere sahip ve sentetik olarak üretilebilen moleküllerdir. PCR'a dayalı RAPD, AFLP, SSR ve ISSR gibi genetik markır teknikleri geliştirilmiştir. Bu teknikler birçok bitki ve hayvanda genetik akrabalığın teşhisinde tür içi ve türler arasında kullanılmaktadır. 46

47 Akarlarda DNA ekstraksiyonu Tek bir bireyden toplam DNA nın ekstraksiyonu DNeasy Tissue DNA ekstrasyon Kiti (Qiagen) kullanılarak Hayvan kanı ve hücrelerinden toplam DNA nın saflaştırılması (Spin-Column Protocol) protokolüne göre yapılmaktadır (Kanouh et al., 2010; Tixier et al., 2010). 1. Tek bir akar içeren tüp öncelikle kurutulur. 2. Sonra tüpe 90 mikrolitre liziz tamponu (Tuzlu Fosfat Tamponu), 10 mikrolitre Proteinaz K and 100 mikrolitre tampon AL (Qiagen) eklenir. 3. Sonra tüpler 13,000 rpm de 5dk santrifüj edilir.sonra 100 mikrolitre (%100) alkol eklenir ve 56 C de 16 saat inkübe edilir dk boyunca 8000 rpm de tekrar santrifüj edilir. Daha sonra üstteki sıvı içerik atılır ve alt kısım tutulur. 5. Kolon üzerinde bulunan DNA 250 mikrolitre tampon AW1 (Qiagen) ile 1dk 8,000 rpm de santrifüj edilerek yıkanır. 6. Tekrar üst kısımda birikenler atılır ve ikinci kez yıkama yapılır. 250 mikrolitre tampon AW2 (Qiagen) eklenir ve 13,000 rpm de 3dk santrifüjlenir. 7. Son olarak DNA yı iyice temizlemek için 50mikrolitre ultra saf su eklenir ve 8,000 rpm de 1dk sanrifüj edilir. Aynı işlem ikinci kez tekrarlanır. 8. Ve DNA tüm maddelerden ayrılmış olarak saf şekilde elde edilmiştir. 47

48 Akarlarda DNA nın PCR ile çoğaltılması 1. PCR reaksiyonu 4 µl akar DNA sı, 2.5 µl (1 mm) 10X buffer, 1 µl (1.5 mm) MgCl 2, 0.5 µl (0.05 mm herbir primer için) DNTPs, µl (0.7 µm), µl (0.625 U) Taq Qiagen ve µl su içeren 25-µL lik çözelti içinde yapılmaktadır. 2. Bu karışımdan tüplere konulur. 3. PCR makinesine tüpler yerleştirilir ve programa göre PCR reaksiyonları başlatılır. 4. Sıcaklık döngüsü ITS markırları için: 92 C de 2 dk., 92 C de 15 er saniyelik 35 döngü, 50 C de 45 saniye ve 72 C de 1 dk. ve ardından 72 C de 7 dk. daha olacaktır. 5. Yatay elektroforezde PCR ürünleri %1.5 luk agaroz jel de 0.5 TBE buffer da 20 dk. 135 V. da koşturulmaktadır. 48

49 PCR ve dizileme analizlerinde kullanılan bazı primerler Markır Tür Uzunluk (bp) Referans Primerler Kullanım yeri ITS T. urticae 1200 Ben Ali ve ark (2000) 5 - AGAGGAAGTAAA AGTCGTAACAAG- 3 PCR ve dizileme N. californicus Navajas ve ark. (1999) COI T. urticae 890 Simon ve ark. (1994) 5 - AGAGGAAGTAAA AGTCGTAACAAG GGAGGATTTGGA AATTGATTAGTTC C-3 PCR ve dizileme 49

50 Sıcaklık döngüsü ITS markırları için: 92 C de 2 dk., 92 C de 15 er saniyelik 35 döngü, 50 C de 45 saniye ve 72 C de 1 dk. ve ardından 72 C de 7 dk. daha olacaktır. 50

51 Yatay elektroforezde PCR ürünleri %1.5 luk agaroz jel de 0.5 TBE buffer da 20 dk. 135 V. da koşturulmaktadır. 51

52 NÜKLEİK ASİT ANALİZ TEKNİKLERİ NÜKLEİK ASİTLERİN MOLEKÜLER ANALİZİ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Elektroforez farklı büyüklükte, yükte ya da konformasyonda olan makromolekülleri, özellikle protein ve nükleik asitleri, ayırmak, saflaştırmak ve molekük ağırlıklarını saptamak amacıyla biyokimya ve moleküler biyolojide yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Yüklü moleküller bir elektrik alanına maruz bırakıldığında, yüklerine göre pozitif veya negatif kutba göçer ederler. Elekroforez DNA moleküllerini sadece molekül ağırlığına göre değil, aynı zamanda yapısal ve topolojik özelliklerine göre de ayırır. Elektroforez RNA moleküllerinin ayırmada da kullanılır. Günümüzde en yaygın olarak kullanılan agaroz ve poliakrilamit jel elektroforezidir. 52

53 a) Agaroz Jel Elektroforezi Agaroz ortalama molekül ağırlığı olan doğrusal bir polisakkarittir ve kırmızı bir alg türü olan Agar agar dan izole edilir. Agaroz orta büyüklükte ve büyük DNA moleküllerini ayırmak için en yaygın destek ortamıdır. Agarozun konsantrasyonu ayarlanırken moleküllerin büyüklükleri dikkate alınarak jelde porların büyüklüğü ayarlanır. Jelin konsantrasyonu arttıkça porların çapı küçülür. Küçük DNA parçaları için yüksek, büyük DNA parçaları için düşük agaroz konsantrasyonları kullanılarak nükleik asitlerin en iyi şekilde ayrılmaları sağlanır. Agaroz jeller genellikle floresan bir boya olan etidyum bromür ile boyanır ve UV ışğı altında DNA parçaları görüntülenir. 53

54 54

55 7) DNA DİZİ ANALİZİ Dizi analizi için iki farklı yöntem vardır; 1) Zincir Sonlandırma(chain termination): İngiltere de F. Sanger ve A.R. Coulson tarafından geliştirilmiştir. 2) Kimyasal Yıkılım (chemical degradation): ABD de A.Maxam ve W.Gilbert tarafından geliştirilmiştir. Her iki yöntem birbiriyle neredeyse aynı olmasına rağmen kimyasal yıkılım neredeyse hiç kullanılmamıştır. PCR ürünleri CEQ Dye Terminator Cycle Sequencing ile Quick Start Kit kullanarak sekanslanır (CEQ 2000XL DNA Analysis System, Beckman Coulter). Tüm DNA fragmentleri sekanslanır. Sekanslar GENEIOUS, versiyon programı ile analizlenir (Drummond et al., 2007). 55

56 b) Poliakrilamit Jel Elektroforezi Poliakrilamit jeller, vinil polimerizasyonuyla akrilamit monomerlerinin uzun poliakrilamit zincirleri ve genellikle ortama belli miktarda bis olarak bilinen N,N -metilen-bis-akrilamit ilavesiyle çapraz bağlanmalar yaparak oluşur. Akrilamit/bis karışımı polimerleşmeyi katalizleyen amonyum persülfat ile TEMED varlığında polimerleşerek jel yapısı kazanır.çapraz bağlanmalar sonucu oluşan porların büyüklüğü akrilamit ve bis-akrilamitin başlangıç konsantrasyonlarına bağlıdır. Poliakrilamit jel elektroforezi küçük DNA moleküllerini ayırmak için uygundur. Manuel DNA dizi analizi çıkarmak için ve sadece birkaç tekrarlı dizi bakımından farklı olan mikrosatellit DNA moleküllerini ayırmak için kullanışlıdır. Poliakrilamit jeller genellikle gümüş nitrat veya etidyum bromür ile boyanarak nükleik asitlerin görüntülenmesi sağlanır. 56

57 57

58 Jel Elektroforez 1-D Jel Elektroforez 2-D Jel Elektroforez 3-D Jel Elektroforez (görüntüleme)

59 1-D Jel Elektroforez 1) Örnek Hazırlanması Protein Ekstraksiyonu Memeli dokulardan Eritrositlerden Yumuşak bitkisel dokulardan Mayalardan ektraksiyon Bakterilerden ektraksiyon Yağlı dokulardan ektraksiyon Protein Konsantrasyonun Belirlenmesi Warburg-Christian yöntemi Biüret yöntemi Bradford yöntemi Lowry yöntemi

60 DNA, RNA veya Protein moleküllerinin, elektriksel ortamda jel kalıp üzerine ayrıştırılarak aktarılması işlemidir. 60

61 61

62 62

63 Jel Elektroforez Aşamaları Örnek hazırlanması Jel elektroforez Protein emdirimi belirlenmesi Protein

64 PROTEİN EKTRAKSİYONU Tampon çözelti eklenmesi Örneklerin koyulup ezilmesi Örneklerin santrifüjlenmesi Süpernatant çekilmesi

65 PROTEİN KONSANTRASYONU Örneklerin ve standart proteinin(bsa) mikroplakalara yüklenmesi Boya çözeltisinin eklenmesi Elisa reader da boyanın özelliğine göre belirli bir nm de( ) okuma yapılması Toplam protein miktarının belirlenmesi

66 2) Protein Elektroforez PAGE polyacrilamide gel electrophoresis kesiksiz (tek ayırıcı jel) kesikli (yükleme jeli; büyük delikli, ayırma jeli; küçük delikli)

67

68

69

70

71 Jelin Koşturulması

72 Proteinin yürüdüğünü gösteren İzleme boyası

73 Koşturma işlemi Boyama Protein jelinin boyama sonucu görüntüsü

74 Western Emdirimi (Blotting) Elektroforez sonrası jel üzerinde bir takım enzimler ortaya çıksa da çok düşük molekül ağırlıklı(1-5ng) proteinler bu jelin polimer ağı içerisinde gömülü halde bulunurlar. Bu nedenle bu proteinlerin saptanması için ayrı bir yöntem kullanmak gerekmektedir. Pasif emdirim Elektro-emdirim

75 Jeldeki protein bantlarının Islak filtredeki tampon aracılığı İle membran tarafından emilmesi (1-2 gün) Pasif Emdirim

76 Tank Aktarma Sistemi ile Emdirim (Islak Emdirim) 45 dk

77 Yarı Kuru Emdirim

78 Membrana geçirme işlemi Membrandaki boşlukların kapatılması Hedeflenen Proteine özgü antikor

79 2-D Jel Elektroforez 1) Bir örnekteki tüm proteinleri geniş bir skala içerisinde belirlemek 2) Farklılık ortaya koymada(dayanıklı-hassas)

80 Proteinlerin izoelektrik yüküne göre birikimi + ve yük taşıyan aminoasit İzoelektrik noktaları belli amfolit

81

82

83 Myzus persicae Primicarb dirençli ve hassas ırkların karboksilesterazlarının iki boyutlu elektroforezde İncelenmesi * * Kwon et al. 2008

84 Kesilerek Örnek alınması

85 Kesilen kısmın tüpe aktarımı Protease içeren Sıvı aktarımı Sonrasında buharlaşmaya bırakılır ve geriye kuru peptidler kalır

86 Sonrasında buharlaşmaya bırakılır ve geriye kuru peptidler kalır Tamamen kuruduktan sonra içerisine peptid çözücü bir diğer sıvı konulur ve analiz için hazır hale getirilir.

87 Sekans Analiz Teknikleri Mass Spektrofotometre (MS) sekans analizi Edman degredation sekans analizi

88 Mass Spektrofotometre ile Sekans Analiz Teknikleri 1 - Peptid kitle parmakizi metodu [Peptide mass fingerprinting, Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation (Maldi MS)] 2 - Sekans bazlı tanımlama (Sequence based identification, Tandem MS-MS) 3 - Sıvı kromotografi-kütle spektrofotometre (LC-MS) ile sekans analizi

89 LC-MS Spektrofotometre

90 Tüp içerisindeki kürecikler tarafından peptidler uyarılır ve uyarılma derecelerine göre düzenli bir akış olur. Çözülmüş peptid sıvı kromotograf (LC) tüpüne konulur.

91 Peptidler + yükle yüklenir Elektrik yüküyle beraber ağırlığına göre ayrım olur. Bu boşlukta damla buharlaşır. İyonlar yüklü MS e geçer. 2 +, 2 yüklü çubuk Peptidler 1. kısımdan vakum İçerisinde geçer. Bunun yanında gaz moleküller 2. Kısma geçiş yapar. Genellikle Nitrojen ve argon dur.

92 Peptidler 2. kısımdaki gaz ile çarpışırlar. Peptidler kısımlara ayrılırlar ancak Kendilerini oluşturan aminoasitlere ayrılmaz. Yalnızca + yükle yüklü peptid kısımları bu plaka tarafından bir sonraki kısma gönderilir. Yükü olmayanlar direk geçiş yapar.

93 Zamanlayıcı peptid kısımlarının plakadan dedektöre kadar ne kadar sürede ulaştığını hesaplar. Ağırlığı fazla olanlar çabuk ulaşırken, Ağırlığı az olanlar daha geç ulaşacaktır. Yandaki şekilde verilmiş olan pikler peptidin ulaşma zamanı aynı zamanda ağırlığını belirlemektedir.

94 Bu yöntemle birlikte her peptid Bağındaki aminoasitin ağırlığı Belirlenebilmektedir. Bundan sonraki işlemde ise elde edilen veriler bilgisayar ortamında diğer bilinen aminoasit sekansları ile karşılaştırılır ve muhtemel protein belirlenir.

95 Primicarb dayanıklı M. persicae ırkının esteraz sekans analizi

96 Dİğer MS Teknİklerİ

97

98

99 Edman Degradation Aminoasit Sekans Analizi Bir peptid deki aminoasitlerin sekansı için kullanılan bir yöntem Terminal bir amino grubu kullanılarak işlem yapılmaktadır. Peptid deki amino grubu diğer pepttid bağları bozulmadan belirlenmektedir. Phenylisothiocyanate (HPLC de ajan kullanılan kimyasal madde) türevi Phenylthiocarbamoyl türevin aminoasit ile bağlanması Phenylthiohydantoin (PTH)- aminoasit Kromotografi

100 clc Capillary 492 Protein Sequencing System MS yerine Edman degradation kullanılması daha yaygındır. daha fazla peptid belirlenebilmesi (MS: en fazla 20) (ED: en az 30, en fazla 60)

101 Protein Array (Chip) Teknolojisi Farklı amaçlar için kullanılır; Antikor-antijen Protein-protein Protein-küçük moleküller Protein-nükleik asit Protein-lipid interaksiyonlarının belirlenmesinde kullanılır.

102 Yüzeye bilinen bir protein, antikor vb. bağlanır. Belirlenecek örnek yüzeye aktarılır.

103 Maya 2 Hibrit Metodu Mayanın gen transkripsiyonu mekanizmasından yararlanır. Bait; bilinen bir protein Prey; bilinmeyen protein İki proteinin etkileşimi Reporter gen Reporter gen oluşturan hücreler DNA sekans analizi yapılır.

104

105 Akarlarda Yürütülen Moleküler Çalışmalar 105

106 Araştırmalar Moleküler çalışmalar, çevre, iklim, konukçu ve tarımsal uygulamalardan etkilenip etkilenmediği ve populasyonlar arasındaki gen akışları konularının açıklığa kavuşturulmasında kullanılmaktadır. DNA bilgilerini hangi alanlarda kullanabiliriz : 1. Filojeni çalışmalarında 2. Filocoğrafya ve türlerin genetik yapısını incelemede 3. Türlerin tanımlanmasında 4. Yeni coğrafi bölgelerde türlerin ortaya çıkışlarının takip edilmesinde 5. Wolbachia ve üreme uyuşmazlıklarında 106

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

Isozyme lerle moleküler tanımlama tekniği

Isozyme lerle moleküler tanımlama tekniği Uludağ University, Faculty of Agriculture, Plant Protection Department, Bursa, Turkey 3. WORKSHOP IN TAXONOMIC ACAROLOGY 09-10/07/2013, BURSA, Turkey Isozyme lerle moleküler tanımlama tekniği Sunan: Doç.

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

www.demiraylisesi.com

www.demiraylisesi.com YÖNETİCİ MOLEKÜLLER C, H, O, N, P atomlarından meydana gelir. Hücrenin en büyük yapılı molekülüdür. Yönetici moleküller hücreye ait genetik bilgiyi taşır, hayatsal faaliyetleri yönetir, genetik bilginin

Detaylı

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir DNA REPLİKASYONU Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir Hücre yaşam döngüsü G 1, S, G 2, Mitoz,evreleri ile tamamlar.

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ

KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ Karbonun önemi Hücrenin % 70-95ʼ i sudan ibaret olup, geri kalan kısmın çoğu karbon içeren bileşiklerdir. Canlılığı oluşturan organik bileşiklerde karbon atomuna

Detaylı

Proteinlerin Primer & Sekonder Yapıları. Dr. Suat Erdoğan

Proteinlerin Primer & Sekonder Yapıları. Dr. Suat Erdoğan Proteinlerin Primer & Sekonder Yapıları Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Proteinlerin moleküler yapılarını hangi kimyasal güçler belirler? Proteinlerin moleküler yapıları Primer yapı Sekonder yapı α-heliks

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM

1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM 1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM 1 DNA (Deosiribo Nükleik Asit) Kalıtım maddesi hücre çekirdeğinde bulunur. Kalıtım maddesi iğ ipliği (Yumak) şeklinde bir görünümdedir. İğ ipliğindeki kalıtım maddesi

Detaylı

RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında

RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında Bazlar : Nükleik Asitlerin karakteristik Özellikleri DNA RNA Yasin EREN Recep LiMAN Muhsin KONUK Nükleik Asitlerin Yapısı Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında TU T,U ve Sdışında d bazı theobromin, kafein,

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

DNA Dizileme (Sekanslama)

DNA Dizileme (Sekanslama) T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi

Detaylı

TRANSLASYON VE TRANKRİPSİYON

TRANSLASYON VE TRANKRİPSİYON TRANSLASYON VE TRANKRİPSİYON GEN İFADESİ (GEN EKSPRESYONU) Gen ifadesinin düzenlenmesi çeşitli aşamalarda olur: 1) Primer transkriptlerin oluşumu 2) Primer mrna dan matür (olgun) mrna oluşumu 3) mrna nın

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden

Detaylı

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş

Detaylı

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. METABOLİZMA ve ENZİMLER METABOLİZMA Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. A. ÖZÜMLEME (ANABOLİZMA) Metabolizmanın yapım reaksiyonlarıdır. Bu tür olaylara

Detaylı

MERKEZ LABORATUVAR. Moleküler Biyoloji Deneylerinde Sıklıkla Kullanılan Bazı Aletlerin Tanıtımı

MERKEZ LABORATUVAR. Moleküler Biyoloji Deneylerinde Sıklıkla Kullanılan Bazı Aletlerin Tanıtımı MERKEZ LABORATUVAR Moleküler Biyoloji Deneylerinde Sıklıkla Kullanılan Bazı Aletlerin Tanıtımı Yüksek Performans Sıvı Kromatografisi (HPLC) Karbonhidratların, organik asitlerin, vitaminlerin, amino asitlerin

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

Artan bilgi ile birlikte hasta ve ailelerin bilinçlendirilmesi

Artan bilgi ile birlikte hasta ve ailelerin bilinçlendirilmesi Bugün gelinen noktada genetik Artan bilgi ile birlikte hasta ve ailelerin bilinçlendirilmesi «Genetik bilgiden hastaların ve ailelerin yararlanması için tüm sağlık çalışanları insan genetiğinin temelinde

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

Çekirdek 4 bölümden oluşur Çekirdek zarı: karyolemma Kromatin: Chromatin Çekirdekcik: Nucleolus Çekirdek sıvısı: karyolymph

Çekirdek 4 bölümden oluşur Çekirdek zarı: karyolemma Kromatin: Chromatin Çekirdekcik: Nucleolus Çekirdek sıvısı: karyolymph NUKLEUS Bir hücrenin tüm yapılarının ve etkinliklerinin kodlandığı kromozomu Ayrıca, DNA sını dublike edecek ve 3 tip RNA yı ribozomal (rrna), haberci (mrna) ve transfer (trna)-sentezleyecek ve işleyecek

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları. Doç. Dr. Ahmet Özaydın

Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları. Doç. Dr. Ahmet Özaydın Hücre Nükleusu, Nükleus Membranı, Nükleus Porları Doç. Dr. Ahmet Özaydın Nükleus (çekirdek) ökaryotlar ile prokaryotları ayıran temel özelliktir. Çekirdek hem genetik bilginin deposu hem de kontrol merkezidir.

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLER ÜN TE 3

NÜKLEİK ASİTLER ÜN TE 3 NÜKLEİK SİTLER ÜN TE 3 NÜKLEİK SİTLER NÜKLE K S TLER DN (Deoksiribonükleik asit) RN (Ribonükleik asit) Bulundu u Yerler Çekirdek Bulundu u Yerler Çekirdek Mitokondri Ökaryotlarda Mitokondri Kloroplast

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

ayxmaz/biyoloji 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki ana DNAdan yeni DNA molekülleri hangi sonulca üretilir A B C D

ayxmaz/biyoloji 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki ana DNAdan yeni DNA molekülleri hangi sonulca üretilir A B C D 1. DNA replikasyonu.. için gereklidir A) sadece mitoz B) sadece mayoz C) mitoz ve mayoz D) sadece gamet oluşumu E) sadece protein sentezi 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki

Detaylı

Temel Makromoleküller ve Moleküler Biyolojinin Merkezi Doktrini

Temel Makromoleküller ve Moleküler Biyolojinin Merkezi Doktrini Temel Makromoleküller ve Moleküler Biyolojinin Merkezi Doktrini Yaşamın Yedi Temel Direği Makromoleküller Merkezi Doktrin ve Genetik Sınıflandırma Paul Selvin ve Arif Altıntaş ın ders notlarından derlenmiştir.

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ Protein analizleri, fen bilimleri araştırmaları ve farmosötik endüstrisinde önemli bir araç olarak karşımıza çıkar. Protein Analizinin Amaçları: Hastalıkların Kesin Tanısının

Detaylı

ELEMENT VE BİLEŞİKLER

ELEMENT VE BİLEŞİKLER ELEMENT VE BİLEŞİKLER 1- Elementler ve Elementlerin Özellikleri: a) Elementler: Aynı cins atomlardan oluşan, fiziksel ya da kimyasal yollarla kendinden daha basit ve farklı maddelere ayrılamayan saf maddelere

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) Herhangi iki bireyin DNA dizisi %99.9 aynıdır. %0.1 = ~3x10 6 nükleotid farklılığı sağlar. Genetik materyalde varyasyon : Polimorfizm

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ Prof.Dr.Behnan ALPER Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adana DNA İnceleme Teknikleri DNA Jel Elektroforezi RFLP Restriksiyon

Detaylı

Biyokimya ya ya Giriş. Prof. Dr. Arif Altınta

Biyokimya ya ya Giriş. Prof. Dr. Arif Altınta Biyokimya ya ya Giriş Prof. Dr. Arif Altınta ntaş Biyokimya Yunanca canlı anlamındaki bios sözcüğünden köken alır Biyokimya canlı kimyası anlamına gelir Biyokimya canlı varlıkların yapı, oluşum, işlev

Detaylı

Gen Organizasyonu ve Genomların Evrimi

Gen Organizasyonu ve Genomların Evrimi GENETĐK 111-503 Gen Organizasyonu ve Genomların Evrimi Doç. Dr. Hilâl Özdağ 1 RNA nın Kendi Kendini Kopyalayabiliyor Olmalıydı Đlkin zamanlardaki RNA dünyasında RNA moleküllerinin kopyalanması. RNA polimerazlar

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI

TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI Programın Yürütücüsü Programın Kadrolu Öğretim Üyeleri : Prof. Dr. Elif YEŞİLADA : Prof. Dr. Başak KAYHAN Doç. Dr. Yılmaz ÇİĞREMİŞ Doç. Dr.Şengül YÜKSEL Doç. Dr.

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

ORGANĠK BĠLEġĠKLER. 2. ÜNİTE 6. Bölüm

ORGANĠK BĠLEġĠKLER. 2. ÜNİTE 6. Bölüm ORGANĠK BĠLEġĠKLER 2. ÜNİTE 6. Bölüm Organik ve Anorganik BileĢiklerin Ayırt Edilmesi Kimya bilimi temelde organik ve anorganik olmak üzere ikiye ayrılır. * Karbonun oksitleri (CO, CO 2 ) * Karbonatlar

Detaylı

Proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler

Proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler Proteinler Canlılarda miktar olarak en çok bulunan biyomoleküllerdir. Amino asit birimlerinden oluşurlar Yapısal ve işlevsel olabilirler Genlerle aktarılan kalıtsal bilginin ortaya çıktığı moleküllerdir.

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

GENETİK POLİMORFİZMLER. Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER

GENETİK POLİMORFİZMLER. Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER GENETİK POLİMORFİZMLER Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER Genomu bir kitap olarak düşünürsek... (Ridley, 2000) Kromozom olarak adlandırılan 23 bölüm Her bölüm birkaç bin hikayeden oluşur ki bunlar genlerdir.

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

- DeoxyriboNucleic Acid DNA. -tekrar eden nükleotid monomerlerinden oluşan polimer ŞEKERLER. Nükleik aside adını taşıdığı şeker verir.

- DeoxyriboNucleic Acid DNA. -tekrar eden nükleotid monomerlerinden oluşan polimer ŞEKERLER. Nükleik aside adını taşıdığı şeker verir. MOLEKÜLER GENETİK-1 Santral Dogma DNA -transkripsiyon--> RNA -translasyon--> Protein Genetik Materyalin Özellikleri *Replikasyon *Bilgi depolama *Depolanmış bilgiyi ifade etme *Mutasyonlar ile varyasyon

Detaylı

5.111 Ders Özeti #12. Konular: I. Oktet kuralından sapmalar

5.111 Ders Özeti #12. Konular: I. Oktet kuralından sapmalar 5.111 Ders Özeti #12 Bugün için okuma: Bölüm 2.9 (3. Baskıda 2.10), Bölüm 2.10 (3. Baskıda 2.11), Bölüm 2.11 (3. Baskıda 2.12), Bölüm 2.3 (3. Baskıda 2.1), Bölüm 2.12 (3. Baskıda 2.13). Ders #13 için okuma:

Detaylı

Genetik materyal: DNA replikasyonu

Genetik materyal: DNA replikasyonu Genetik materyal: DNA replikasyonu Umut Fahrioglu, PhD MSc DNA Replikasyonu DNA replikasyonu genomların ve içerdikleri genlerin nesilden nesile aktarılmasında çok önemli bir rol oynar. Hücreden hücreye

Detaylı

00220 Gıda Biyokimyası

00220 Gıda Biyokimyası 00220 Gıda Biyokimyası Hazırlayan: Doç.Gökhan DURMAZ 00220 Gıda Biyokimyası-Şubat 2013 1 Bu notların hazırlanmasında aşağıdaki eserlerden yararlanılmıştır; Biyokimya, Engin Gözükara, Nobel Tip Kitabevi,

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç

Detaylı

Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu

Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Dr. Ayşe KALKANCI Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara 24-25 Şubat 2011, İzmir Sunum Planı Teorik

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2 DNA İzolasyonu

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Bitki nüklear, mitokondriyal ve kloroplast DNA'ları *Burada yer alan bugünkü bilgilerimizin çoğu, moleküler evrim mekanizması ve oranları kullanılarak

Detaylı

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama

Detaylı

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler 1 Peptitler amino asitlerden oluşmuş zincirlerdir. İki amino asit molekülü bir amit bağı ile kovalent olarak birbirine bağlandıklarında

Detaylı

Sunum planı. Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar

Sunum planı. Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar Yüksek basınçlı sıvı kromatografi (High- pressure liquid chromatography, HPLC). Kağıt

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13. Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13. Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13 Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com Gen İfadesi

Detaylı

HLA Tiplendirmesinde Yeni Nesil Dizileme. Dr. Türker DUMAN

HLA Tiplendirmesinde Yeni Nesil Dizileme. Dr. Türker DUMAN HLA Tiplendirmesinde Yeni Nesil Dizileme Dr. Türker DUMAN MHC MHC bölgesi Kr. 6p21 de lokalize olan 4 mega baz yaklaşık 220 gen Genomunun en yoğun bölgesidir, genomun büyüklük olarak yaklaşık % 0.1 ine

Detaylı

T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DNA PARMAKİZİ YÜKSEK LİSANS SEMİNERİ. HAZIRLAYAN Bünyamin ATMIŞ

T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DNA PARMAKİZİ YÜKSEK LİSANS SEMİNERİ. HAZIRLAYAN Bünyamin ATMIŞ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DNA PARMAKİZİ YÜKSEK LİSANS SEMİNERİ HAZIRLAYAN Bünyamin ATMIŞ DANIŞMAN Yrd. Doç. Dr. Dilek TURGUT BALIK 1. PARMAKİZİ 2. DNA PARMAKİZİ 3.

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

Rekombinant DNA Teknolojisi-I

Rekombinant DNA Teknolojisi-I BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-I Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2

Detaylı

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler)

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Biyokimya Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Bölüm 1: Biyokimya ve önemi: 1. Biyokimya tanımı, önemi ve boyutsal

Detaylı

Adaptasyon: Canlının yaşama ve üreme şansını artıran çevreye uyumunu sağlayan ve kalıtsal olan özellikleri.

Adaptasyon: Canlının yaşama ve üreme şansını artıran çevreye uyumunu sağlayan ve kalıtsal olan özellikleri. Hazırlayan: Gökçe Ok /Köprü Adaptasyon: Canlının yaşama ve üreme şansını artıran çevreye uyumunu sağlayan ve kalıtsal olan özellikleri. Adenin: Adenintimin protein çiftinin bir azotlu bir bileşeni. Alel:

Detaylı

DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ

DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER DNA Düzenlenmesi İnsan DNA sı ile yapılan ilk çalışmalar için yani çalışma yöntemi geliştirilmesi için yaklaşık 1 milyon dolar

Detaylı

FEN ve TEKNOLOJİ / GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ. GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ

FEN ve TEKNOLOJİ / GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ. GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ 1 Genetik mühendisliği canlıların kalıtsal özelliklerinin değiştirilerek onlara yeni işlevler kazandırılmasına yönelik araştırmalar yapan bilim dalıdır. Genetik mühendisleri

Detaylı

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3

Detaylı

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama Biyoteknoloji ve Genetik I HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama Prof. Dr. Hilâl Özdağ T.H. Morgan ve A.H. Sturtevant 1911 Morgan ın soruları: 1. Gen ayrılmasının kaynağı nedir? Janssens ve ark:

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ

ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ Genetik mühendisliği gelişmeden önce insanlar yapay seçilim yoluyla istenen özelliklerin yavru canlılarda görülmesini sağlamışlardır. Örneğin seçici üretim

Detaylı

1-GİRİ 1.1- BİYOKİMYANIN TANIMI VE KONUSU.-

1-GİRİ 1.1- BİYOKİMYANIN TANIMI VE KONUSU.- 1-GİRİ 1.1- BİYOKİMYANIN TANIMI VE KONUSU.- Biyokimya sözcüğü biyolojik kimya (=yaşam kimyası) teriminin kısaltılmış şeklidir. Daha eskilerde, fizyolojik kimya terimi kullanılmıştır. Gerçekten de Biyokimya

Detaylı

Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi

Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi Gen Đfadesi, tespiti ve ölçülmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ Eposta: ozdag@medicine.ankara.edu.tr Tel: 2225826/202 Ders Notları Đçin: http://bteml.biotek.ankara.edu.tr/wiki/index.php/ana_sayfa adresinden Genombilimde

Detaylı

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst.

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst. Yemlerde Amino asitler ve B Grubu Vitaminlerinin Önemi ve Test Metotları Süreyya ÖZCAN Besin Öğeleri Canlının yaşamını devam ettirmesi için gerekli olan kimyasal element veya bileşiklerdir. Hücrelerin

Detaylı

Yemlerde Amino asitler ve B Grubu Vitaminlerinin Önemi ve Test Metotları. Süreyya ÖZCAN

Yemlerde Amino asitler ve B Grubu Vitaminlerinin Önemi ve Test Metotları. Süreyya ÖZCAN Yemlerde Amino asitler ve B Grubu Vitaminlerinin Önemi ve Test Metotları Süreyya ÖZCAN Besin Öğeleri Canlının yaşamını devam ettirmesi için gerekli olan kimyasal element veya bileşiklerdir. Hücrelerin

Detaylı

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Evrimsel açıdan genlerin çoğaltılmasının önemi ilk defa Haldane (1932) ve Muller (1935 ) tarafından önerildi ve tanımlandı. *Evrimsel açıdan bir genin

Detaylı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Doç. Dr. Işın N. Geren Yrd. Doç. Dr. Turgay Çakmak Yrd. Doç. Dr. Filiz Kısaayak Çollak Uzman Zeynep N. Koytak Araş. Gör. Fatma Sağır Araş. Gör. Kuaybe Yücebilgili (ÖYP)

Detaylı

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Doç. Dr. Sibel Aylin Uğur İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü-Genetik 13. Ulusal Sinirbilim

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (07.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (07.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (07.03.2014) 1 4. Haftanın Ders İçeriği Biyoteknoloji de Moleküller ph kavramı ve ölçümü

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Boğaziçi Üniversitesi

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Boğaziçi Üniversitesi BİYOLOJİDEKİ TEKNOLOJİK GELİŞMELER VE ÖNCELİKLERİMİZ Dr. Aslı Tolun Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Boğaziçi Üniversitesi KLONLAMA / KOPYALAMA Tanım Yöntem Amaç: Kopya birey yaratma Kök hücre oluşturma

Detaylı

GENETİK LABORATUVARI

GENETİK LABORATUVARI GENETİK LABORATUVARI Laboratuvar sorumluları: Prof. Dr. Mehmet TOPAKTAŞ Prof. Dr. Hasan Basri İLA Temel Araştırma Alanımız: Genetik, Sitogenetik, Genotoksikoloji Genetik laboratuvarında günlük hayatta

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması İ.Ü. CERRAHPAŞA TIP FAKÜLTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması Araş.Gör. Yener KURMAN İSTANBUL

Detaylı

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur.

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur. Enerji Dönüşümleri Enerji Enerji; bir maddeyi taşıma veya değiştirme kapasitesi anlamına gelir. Enerji : Enerji bir formdan diğerine dönüştürülebilir. Kimyasal enerji ;moleküllerinin kimyasal bağlarının

Detaylı

Doç. Dr. Tijen Talas-Oğraş. TÜBĐTAK - Marmara Araştırma Merkezi Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsü

Doç. Dr. Tijen Talas-Oğraş. TÜBĐTAK - Marmara Araştırma Merkezi Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsü Bitki Biyoteknolojisi ve Açılımları YIBO-2009 Doç. Dr. Tijen Talas-Oğraş TÜBĐTAK - Marmara Araştırma Merkezi Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsü BĐYOTEKNOLOJĐ Biyoteknoloji; ürün oluşumu için biyolojik

Detaylı

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI 1-Primer Yapı (1 o ) 2-Sekonder Yapı (2 o ) -Alfa heliks -Beta kırmalı tabaka -Beta bendler (kıvrım, dirsek) -Tesadüfi

Detaylı

BMM 101 BİYOMEDİKAL MÜHENDİSLİĞİNE GİRİŞ BİYONANOTEKNOLOJİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK

BMM 101 BİYOMEDİKAL MÜHENDİSLİĞİNE GİRİŞ BİYONANOTEKNOLOJİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK BMM 101 BİYOMEDİKAL MÜHENDİSLİĞİNE GİRİŞ Doç. Dr. Birsen Can Demirdöğen BİYONANOTEKNOLOJİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK İnsan fizyolojisi biyomedikal mühendisliğini diğer mühendislik formlarından ayıran

Detaylı

DNA ONARIMI VE MUTASYON. Merve Tuzlakoğlu Öztürk Bakteri genetiği dersi Sunum-2 18.11.2005

DNA ONARIMI VE MUTASYON. Merve Tuzlakoğlu Öztürk Bakteri genetiği dersi Sunum-2 18.11.2005 DNA ONARIMI VE MUTASYON Merve Tuzlakoğlu Öztürk Bakteri genetiği dersi Sunum-2 18.11.2005 *DNA nın dölden döle değişmeden aktarımı için 2 süreç önemlidir: DNA ONARIMI 1. Replikasyon sürecinin doğru yapılması

Detaylı

YÜKSEK İHTİSAS ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I 2015-2016 MOLEKÜLDEN HÜCREYE DERS KURULU- I. (12 Ekim - 20 Kasım 2015) ZORUNLU DERSLER

YÜKSEK İHTİSAS ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I 2015-2016 MOLEKÜLDEN HÜCREYE DERS KURULU- I. (12 Ekim - 20 Kasım 2015) ZORUNLU DERSLER YÜKSEK İHTİSAS ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I 2015-2016 MOLEKÜLDEN HÜCREYE DERS KURULU- I (12 Ekim - 20 Kasım 2015) DERSLER TEORİK PRATİK TOPLAM Tıbbi Biyoloji ve Genetik 30 4X2 34 Tıbbi Biyokimya

Detaylı

ANADOLU ÜNİVERSİTESİ ECZACILIK FAKÜLTESİ FARMASÖTİK KİMYA ANABİLİMDALI GENEL KİMYA II DERS NOTLARI (ORGANİK KİMYAYA GİRİŞ)

ANADOLU ÜNİVERSİTESİ ECZACILIK FAKÜLTESİ FARMASÖTİK KİMYA ANABİLİMDALI GENEL KİMYA II DERS NOTLARI (ORGANİK KİMYAYA GİRİŞ) ANADOLU ÜNİVERSİTESİ ECZACILIK FAKÜLTESİ FARMASÖTİK KİMYA ANABİLİMDALI GENEL KİMYA II DERS NOTLARI (ORGANİK KİMYAYA GİRİŞ) Hazırlayan: Doç. Dr. Yusuf ÖZKAY 1. Organik bileşik kavramının tarihsel gelişimi

Detaylı