T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ"

Transkript

1 T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TÜRKİYE DOĞAL FLORASINDA YETİŞEN Papaver CİNSİ Oxytona SEKSİYONUNA AİT GEN HAVUZUNUN ISSR TEKNİĞİ İLE GENETİK KARAKTERİZASYONU Tuğba GÜRKÖK Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Yrd. Doç. Dr. İskender PARMAKSIZ 2009 Her hakkı saklıdır

2 T.C. GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS TEZİ TÜRKİYE DOĞAL FLORASINDA YETİŞEN Papaver CİNSİ Oxytona SEKSİYONUNA AİT GEN HAVUZUNUN ISSR TEKNİĞİ İLE GENETİK KARAKTERİZASYONU Tuğba GÜRKÖK TOKAT 2009 Her hakkı saklıdır

3 Yrd. Doç. Dr. İskender PARMAKSIZ danışmanlığında, Tuğba GÜRKÖK tarafından hazırlanan bu çalışma 19/ 08 / 2009 tarihinde aşağıdaki jüri tarafından oy birliği ile Biyoloji Anabilim Dalı nda Yüksek Lisans tezi olarak kabul edilmiştir. Başkan: Doç. Dr. Şaban TEKİN İmza: Üye: Doç. Dr. İsa GÖKÇE İmza : Üye: Yrd. Doç. Dr. İskender PARMAKSIZ İmza: Yukarıdaki sonucu onaylarım Prof. Dr. Metin YILDIRIM Enstitü Müdürü

4 TEZ BEYANI Tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu tezin yazılmasında bilimsel ahlak kurallarına uyulduğunu, başkalarının eserlerinden yararlanılması durumunda bilimsel normlara uygun olarak atıfta bulunulduğunu, tezin içerdiği yenilik ve sonuçların başka bir yerden alınmadığını, kullanılan verilerde herhangi bir tahrifat yapılmadığını, tezin herhangi bir kısmının bu üniversite veya başka bir üniversitedeki başka bir tez çalışması olarak sunulmadığını beyan ederim. Tuğba GÜRKÖK

5 ÖZET Yüksek Lisans Tezi TÜRKİYE DOĞAL FLORASINDA YETİŞEN Papaver CİNSİ Oxytona SEKSİYONUNA AİT GEN HAVUZUNUN ISSR TEKNİĞİ İLE GENETİK KARAKTERİZASYONU Tuğba GÜRKÖK Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. İskender Parmaksız Papaver L. cinsi tıbbi öneme sahip alkaloitleri içermesinden dolayı ticari öneme sahiptir. Oxytona seksiyonu içerisinde yer alan Papaver bracteatum (2n=14), P. orientale (2n=28) ve P. pseudo-orientale (2n=42) türleri ülkemiz doğal florasında bulunmaktadır. Oxytona seksiyonu morfin alkaloiti içermemsine karşın kodein, oxymorfin ve oxykodon u da içine alan opiate analjeziklerine dönüşebilen tebain kaynağı olarak kullanılmaktadır. Her ne kadar bu üç türün morfolojik ve biyokimyasal özellikleri belirlense de bu özellikler intersipesifik hibridizasyon ve çevresel faktörlerden etkilendiğinden dolayı birbirlerinden ayrılması oldukça güçtür ve karışıklıklar yaşanmaktadır. Bu karışıklıkların giderilmesinde moleküler metotlardan yararlanılmaktadır. Bu çalışma da üç türe ait farklı bölgelerden toplanmış 180 bitki örneğinde ISSR tekniği ile moleküler karakterizasyon yapılmıştır. 20 ISSR primeri kullanılmıştır. Çalışma sonucunda 180 bitkide polimorfizm oranı %96,97 olup toplam 82 bant oluşturmuş 80 polimorfik bant vermiştir. Ortalama genetik mesafe 0.35, Shannon indeksi 0.50 dir. En az bant sayısı 3 (AT10) en fazla bant sayısı ise 5 (AT19 ve AT3) dir. 2009, 54 sayfa Anahtar Sözcükler: Papaver, Oxytona, P. bracteatum, P. orientale, P. pseudo-orientale, ISSR, genotiplendirme i

6 ABSTRACT Ms Thesis MOLECULAR CHARACTERIZATION OF GENE POOL OF Papaver GENUS Oxytona SECTION GROWN in WILD FLORA OF TURKEY BY ISSR TECHNIQUE Tuğba GÜRKÖK Gaziosmanpaşa University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Asst. Prof. Dr. İskender Parmaksız Genus Papaver L. has a commercial importance for high alkaloid containing. P. bracteatum (2n=14), P. orientale (2n=28), P. Pseudo-orientale (2n=42) species of Oxytona section in Papaver genus were found widely in native flora of Turkey. Although section Oxytona species does not contain morphine alkaloid they are used for the source of tebaine alkaloid which can turn to opiate analgesics like codeine, oxymorphine and oxycodon. Eventhough the morphologic and biochemical traits of 3 species determined, because these traits effected from interspesific hybridizations and environmental conditions, the identification of the plant populations of Oxytona section are located in different regions is in turmoil. To resolve this confusion, some important morphological characters, tebaine content, chromosome number and molecular results were associated. In this study 20 ISSR primers have been studied on 180 populations collected from different regions of Turkey. Total 82 bands were obtained of which 80 were polymorphic. Average genetic distance was found to be 0,35, and Shannon index is 0,50. The least number of bands belonging to primer AT10 is 3 and the highest is 5 belonging to primers AT19 and AT , 54 pages Key words: Papaver, Oxytona, P. bracteatum, P. orientale, P. pseudo-orientale, ISSR, phylogenetic relation. ii

7 TEŞEKKÜR Yüksek lisans yaptığım süre içerisinde çalışmalarımda beni her konuda yönlendiren, destekleyen ve bana gerekli imkan ve koşulları sağlayan, her koşulda yanımda olan Danışman Hocam Yrd. Doç. Dr. İskender PARMAKSIZ a, çalışmalarım süresince maddi ve manevi desteklerini esirgemeyen değerli bölüm başkanımız sayın Prof. Dr. Zekeriya ALTUNER e, bana daima odasının ve laboratuarının kapılarını açık tutan ve beni her konuda destekleyen Doç. Dr. İsa GÖKÇE ye, çalışmalarım sırasında katkılarda bulunan Doç. Dr. Şaban TEKİN e ve manevi desteğini hiç esirgemeyen Yrd. Doç. Dr. İbrahim TÜRKEKUL a, laboratuar çalışmalarımda emekleri geçen değerli arkadaşlarım Gülşen BOZTEPE ye, Elif KAYMAK a ve İsmail BENLİ ye, yardımını esirgemeyen ve sıkıntılarıma katlanan arkadaşım Seval ŞAHİN ve ailesine, son olarak hayatım boyunca benim dertlerimle dertlenen, sevincimle sevinen aileme en içten teşekkürlerimi sunuyorum. Tuğba GÜRKÖK iii

8 İÇİNDEKİLER DİZİNİ Sayfa ÖZET ABSTRACT TEŞEKKÜR İÇİNDEKİLER DİZİNİ SİMGE ve KISALTMALAR DİZİNİ ŞEKİLLER DİZİNİ ÇİZELGELER DİZİNİ i ii iii iv vi viii ix 1. GİRİŞ 1 2. KAYNAK ÖZETLERİ Papaveraceae Familyasının Genel Özellikleri Oxytona seksiyonun Genel Özellikleri Genetik Markörler Genetik Markörlerin Kullanım Alanları Genetik Markör Çeşitleri Morfolojik Markörler Protein markörleri DNA Markörleri Hibridizasyona Dayalı DNA (RFLP) Markörleri PCR a Dayalı DNA Markörleri Mikrosatelitler SSR (Basit Dizi Tekrarları) SAMPL Markörleri ISSR (Basit İç Dizi Tekrarları) iv

9 3. MATERYAL VE YÖNTEM 3.1. Materyal Yöntem Bitki Örneklerinin Laboratuar Çalışmaları İçin Hazırlanması DNA İzolasyonu PCR Uygulaması Çalışmada Kullanılan ISSR Primerleri Elektroforez İşlemi DNA Bantlarının Görüntülenmesi DNA Bantlarının Değerlendirilmesi BULGULAR TARTIŞMA VE SONUÇ Sonuç 46 KAYNAKLAR 48 ÖZGEÇMİŞ 54 v

10 SİMGE ve KISALTMALAR DİZİNİ Simgeler Açıklama bp Base pair (baz çifti =bç) kb kilo base mm milimolar ng nanogram rpm Revolutions per minute (dakikadaki devir) µg mikrogram µl mikrolitre µm mikromolar UV Ultraviole Kısaltmalar Açıklama AFLP Çoğaltılmış Parça Uzunluğu Polimorfizmi AUZF Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi cdna Komplementer deoksiribonukleik asid The cleaved amplified polymorphic sequence (Kesilip Çoğaltılmış CAPS Polimorfik Diziler) dntp deoksinükleotidtrifosfat DNA deoksiribonükleik asid EDTA Ethilendiamintetraasetik asid ISSR Inter Simple Sequence Repeats (Basit İç Dizi Tekrarları) MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis (Moleküler Evrim Genetik Analizi) PCR Polymerase Chain Reaction (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) PAGE Polyacrilamide Gel Electrophoresis (Poliakrilamid Jel Elektroforezi) POPGENE Population Genetic Analysis (Populasyon Genetik Analizi ) RAPD Randomly Amplified Polymorfic DNA (Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA) RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism (Kesilmiş Parçaların Uzunluk Polimorfizmi) vi

11 RNA SCAR SDS SSR STS Taq TBE TE Tris Ribonukleik Asid Sequence Characterized Amplified Region Markers (Belirlenmiş ve Çogaltılmış Polimorfik Diziler) Sodyumdodesilsülfat Simple Sequence Repeat (Basit Dizi Tekrarı) Sequence target site (Dizisi Etiketlenmiş Bölge) Thermus aquaticus Tris/borat/EDTA (Buffer) Tris/EDTA (Buffer) Tris(hidroksimetil) aminometan vii

12 ŞEKİLLER DİZİNİ Şekil Sayfa Şekil 4.1. ISSR AT3 primerinin %2 agaroz jel görüntüsü 29 Şekil 4.2. ISSR AT10 primerinin %2 agaroz jel görüntüsü 29 Şekil 4.3. ISSR primerlerinin oluşturduğu, filogenetik ilişkiyi gösteren dendogram 30 viii

13 ÇİZELGELER DİZİNİ Çizelge Sayfa Çizelge 2.1. Bazı bitki türlerinde mikrosatelit tabanlı markörlerin uygulanması 16 Çizelge 2.2. Mikrosatelit tabanlı markörlerin temel özelliklerinin bir karşılaştırması 17 Çizelge 3.1. Oxytona seksiyonuna ait Papaver türlerinin toplandıkları bölgeler 24 Çizelge 3.2. PCR mix bileşenlerinin konsantrasyonları ve miktarları 26 Çizelge 3.3. PCR protokolü 26 Çizelge 3.4. Kullanılan primerlerin isimleri ve baz dizileri 27 Çizelge 4.1. Moleküler özelliklerin kromozom sayısı, önemli morfolojik özellikler ve tebain içerikleriyle birlikte gösterilmesi 31 ix

14 1. GİRİŞ Bitkiler yaşam için önemli enerji kaynakları olup, yaşamın devamı için vazgeçilmez öğelerdir. İklim şartlarının değişimi göz önüne alındığında bitki ve hayvan nesillerinin risk altında olduğu gözlenmektedir. Bitki popülasyonlarındaki riskler tüm ekosistemleri etkileyeceğinden bitki gen kaynakları daha da önemli hale gelmektedir. Yüksek bitkilerin genomları, büyük ve kompleks bir organizasyona sahiptir. DNA analizlerinde moleküler metotların kullanımı bu karmaşık genomların incelenmesinde ki yaklaşımlardan biridir. Moleküler markörlerin biyoloji çalışmalarına girmesi genetik çeşitliliğin çalışılması ve türler arasındaki akrabalığın belirlenmesi için yeni fırsatlar sağlar. Moleküler DNA markörlerinin kullanımı, detaylı kromozom haritalanması, genlerin tanımlanması ve klonlanması, yeni bitki kültürlerinin oluşturulmasında oldukça ümit vaat etmektedir. Son yıllarda bitki genom çalışmaları bu alanda devrim niteliğindedir. Bitki genom analizlerinde kullanılan moleküler markörler bu devrimde önemli birer araç haline gelmişlerdir. Taksonomi, filogeni, ekoloji, genetik mühendisliği ve ıslah çalışmalarında rutin olarak uygulanmaktadır. DNA markör terimi bireyler arasındaki genetik çeşitliliğe ait bir terimdir. DNA markör testlerinden basit özelliklerle elde edilen genotip bilgisinin kullanımı oldukça kolaydır. Bu gibi özellikler sıklıkla bir tek gen ve bu özelliğin fenotipini tamamen gösterebilen bir gen tarafından kontrol edilmektedirler. Ülkemiz coğrafik konumu nedeniyle canlı çeşitliliği bakımından oldukça zengindir. Sebebi ise iklim farklılıkları, topografik çeşitlilikler, jeolojik çeşitlilikler, deniz, göl, akarsu gibi değişik su ortamı çeşitlilikleri, yükseklik farklılıkları ve ekolojik farklılıklardır (Atalay 1994; Çelik 2003). Dünyada Papaver cinsine ait yaklaşık 110 türün (Kapoor, 1997) 50 taksonunun ülkemizde bulunduğu bildirilmiştir (Güner ve ark., 2000). Papaver cinsi Oxytona seksiyonu içerisinde yer alan 3 türün (Papaver

15 2 bracteatum, P. pseudo-orientale ve P. orientale) ülkemiz doğal florasında bulunduğu ifade edilmektedir. Bu tez çalışmasının amacı ülkemiz doğal florasındaki değişik bölgelere ait Papaver cinsi Oxytona seksiyonu içerisinde yer alan 3 türe ait toplam 180 tek bitki üzerinde ISSR yöntemiyle genetik karakterizasyon araştırması yapmaktır. Çalışmamız sonucunda elde edilen veriler; Oxytona seksiyonu ile ilgili yapılacak olan daha kapsamlı moleküler çalışmalara ve ülke ekonomisine katkı sağlayacaktır.

16 3 2. KAYNAK ÖZETLERİ 2.1. Papaveraceae Familyasının Genel Özellikleri Papaveraceae familyasına ait türler genellikle Kuzey Yarımkürenin ılıman ve subtropik bölgelerinde yayılış göstermektedir. Bu familyada 28 cins ve yaklaşık 250 tür vardır. Ülkemizde bu familyaya ait 5 cins bulunmaktadır (Seçmen ve ark., 1995) Oxytona Seksiyonun Genel Özellikleri (Syn: Macrantha) Bu seksiyondaki türler çok yıllık kalıcı kazık köklü otsu bitkilerdir. Temel kromozom sayısı n=7 dir (Goldblatt, 1974). Oxytona seksiyonu Papaver cinsine ait olup, çok yıllık türleri içermektedir. Yayılım olarak Orta ve Doğu Türkiye, Kuzey ve Kuzey batı İran, Kafkas ve Trans Kafkas bölgelerinde bulunmaktadır. Bu familyaya ait monograflar Fedde (1909) ve Medwedev (1918) ile başlamış en son Goldblatt (1974) tarafından yapılmıştır. Papaver bracteatum Lindl., Coll. Bot., t. 23 (1821) Syn : P. lasiothrix Fedde. Oxytona seksiyonunun en büyük bitkisidir. Aynı lokalitede her zaman var olan önemli taksonomik özellikleri ile uniformdur. Somatik kromozom sayısı 2n=14 dür (Goldblatt, 1974). Erzurum Kop dağı. Bayburt Aşkale arası m. Kars, Kayseri Erciyes dağı, Sivas, Ulaş, Erzincan Karadağ 1960 m. Van, Çatak, Ağrı, Büyük Ağrı dağı, Niğde, Pertek 2000 m (Cullen, 1965; Golldblatt, 1974). Papaver orientale L., Sp. Pl. 508 (2753). Ic. Bot. Mag., 2: t. 57 (1794). Syn: P. paucifoliatum (Trautv) Fedde; P. orientale var. paucifoliatum Trautv.; P. orientale. var. parviflora Busch.

17 4 Kuzey batı İran ve kuzey doğu Türkiye de yayılış gösteren ince narin bitkidir. P. orientale 1800 m nin genelde üzerinde bulunmasına rağmen bazen altında da Türkiye ve İran da bulunabilmektedir. P. bracteatum a göre daha nemli ve sulu alanlarda, açık dağ eğimlerinde ve güneşi az alan kuytularda bulunmaktadır. Somatik kromozom sayısı 2n=28 dir (Golldblatt, 1974). Orta ve Doğu Anadolu, Ağrı, Erzurum, Erzincan, Kars, Kayseri, Sivas, Tunceli ve Van çevresi (Cullen, 1965; Golldblatt, 1974). Papaver pseudo-orientale (Fedde) Medw. Syn: P. intermedium DC.; P. bracteatum var. pseudo-orinale Fedde. Genel olarak İran ve Türkiye nin nemli yerlerinde bulunmaktadır. Literatürde yaygın olduğu bildirilmektedir. Bu tür arazide kendini belirgin bir şekilde göstermektedir. Bitkide diğer iki türe kıyasla değişiklik vardır. Somatik kromozom numarası 2n=42 dir (Golldblatt, 1974). Çoruh, Erzincan, Erzurum, Muş, Ağrı, van, Niğde, Hakkâri çevresinde dağılım göstermektedir (Golldblatt, 1974) Genetik Markörler Kalıtım şekilleri, morfolojik, biyokimyasal ve DNA düzeyinde izlenebilen karakterlere genetik markörler denir. Bu karakterlerin markör (işaret) olarak isimlendirilmesinin nedeni, çalışılan organizmadaki ilgilenilen diğer özelliklerin genetiği hakkında, dolaylı da olsa, bilgi sağlamalarıdır. Moleküler markörler DNA nın aktif bölgelerinden veya herhangi bir genetik kodlama fonksiyonuna sahip olmayan DNA dizilerinden geliştirilebilmektedirler (Yıldırım ve Kandemir, 2001).

18 Genetik Markörlerin Kullanım Alanları a-genetik Haritaların Hazırlanması Genetik markörlerin en önemli kullanım alanı genetik haritaların hazırlanmasıdır. Genetik haritalar bir haritalama popülasyonunda çok sayıda markörün analiz edilerek bağlantı ilişkilerinin bulunması ile hazırlanır (Yıldırım ve Kandemir, 2001). b-genetik Parmak İzi (Fingerprinting) Analizi Parmak izi analizi genetik materyallerin birbiriyle benzerlik veya farklılıklarının saptanması amacını güder. DNA parmak izi terimi, genomik DNA fragmentlerinin elektroforetik ayırımından sonra çok lokuslu problar tarafından oluşturulan ve barkoduna benzeyen DNA fragment örneklerini tanımlamak üzere ilk kez 1985 yılında Alec Jeffrey tarafından ortaya atılmıştır. Ortaya çıkan örnekler, incelenen bireye özgüdür. Son zamanlarda, DNA parmak izini/profilini çıkarma, tek bir lokusu saptamak için kullanılan birkaç sistemin birlikte kullanımını belirtmek üzere ve genomları çeşitli yönlerden araştırmak için çok amaçlı araçlar olarak kullanılmaktadır. Örneğin, genetik çeşitliliğin karakterizasyonu, genom parmak izinin çıkarılması, genom haritalaması, gen lokalizasyonu, genom evriminin analizi, populasyon genetiği, taksonomi, ıslah ve teşhis gibi (Sümer S., 2009). Parmak izi analizinde aynı anda genomun pek çok yerine dair bilgi sağlayan markörler yaygın olarak kullanılmaktadır. Parmak izi analizi ayrıca çeşit teşhisinde de kullanılır (Smith ve Helenjaris, 1996). c-doğrudan Gen Etiketlenmesi Bitki ıslahında kullanılan yeni karakterler çoğu zaman az bilinen genotiplerden gelmektedir. Burada bitki ıslahçısının istediği, bütünüyle tamamlanmış bir genetik

19 6 harita hazırlamadan karakteri etiketleyecek bir markör bulmaktır. Islah çalışmalarının ileri safhalarında veya başka ıslah programlarında, fenotip sınıflarına ayrılması güç olan karakter yerine, kolayca gözlenebilen marköre bakılarak seçim yapılır. Kullanılan markörlerin DNA markörü olması durumunda seçim bitki henüz fide devresinde iken yapılır. İstenen birkaç bitki seçilirken diğerleri atılır (Yıldırım ve Kandemir, 2001). d-genlerin Klonlanması Haritayı temel alan klonlama yöntemi doğal olarak oluşan mutasyonları kullanmaktır. Genetik bağlantı analizi bir genin bir genomun %0,1veya daha az aralıklı bir bölgesinde yerinin belirlenmesinde ve daha sonra geni içeren DNA kısmının fiziksel haritalama yöntemiyle klonlanmasında kullanılmaktadır (Paterson, 1996b). Bu bölgeden çıkarılan diziler, çeşitli yollarla izole edilmekte ve son olarak hedef gen mutant tamamlanması gibi bazı yöntemlerle tanımlanmaktadır. Haritayı temel alan klonlama yöntemi tamamen haritalara bağımlı olan tek yöntem olmasına rağmen, genetik haritalama birçok gen izolasyonu stratejilerinin ana unsurlarından birisidir (Yıldırım ve Kandemir, 2001) Genetik Markör Çeşitleri Morfolojik Markörler Bitki genetik haritalarının oluşturulmasında kullanılan markör sistemlerinden biri olan fenotipik markörler, yaprak veya çiçek morfolojisini etkileyen özellikler ile bitki boyu ve pigment biyosentezi gibi birçok özelliklerdir. Fenotipik markörlere dayalı genetik haritalar "klasik haritalar" olarak isimlendirilmektedir (Koornneef, 1990) Protein Markörleri Morfolojik karakterlerin çevreden etkilenmelerini ortadan kaldırmak için geliştirilen protein markörleri, doğrudan gen ürünleri oldukları için çok önemli üstünlüklere sahiptirler. Eşbaskın (ko-dominant) markör oluşları ve birim başına maliyetlerinin

20 7 düşük olması kullanım alanlarını artırmıştır. Ancak üzerinde çalışılacak lokus sayısının azlığı ve varyasyon oranının düşük oluşu bu tekniğin kullanımını sınırlamaktadır (Parmaksız, 2004) DNA Markörleri DNA markörleri birçok farklı mutasyon sınıflarının bir sonucu olarak ortaya çıkarlar. Bunun en basit örneği iki genotipi birbirinden ayıran tek bir nükleotidin yer değişmesi kadar küçük bir farklılıktır (Paterson, 1996). Tek bir bazın yer değiştirerek bir enzimin kesim noktasını değiştirmesi, DNA parçasının uzunluğunu değiştirerek ilgili gözlem metodunda direkt olarak bir bireyin genotipini temsil eden farklı bir markör ortaya çıkarır. PCR metodunu temel alan gözlemlerde PCR primerinin bağlanacağı bölgedeki bir bazdaki değişiklik de aynı şekilde bir etkiye sahiptir (Yıldırım, 2001). Yüksek yapılı bitkilerin genomları oldukça karmaşık ve büyüktür. Bu genomların DNA analizlerinde moleküler metotların kullanımı farklı yaklaşımlardan biridir. Moleküler DNA markörleri mutasyonları PCR tabanlı tekniklerle belirlenebilen tüm genoma yayılmış polimorfik nükleotid dizileridir. İdeal DNA Markörlerinin Özellikleri : Yüksek oranda polimorfik yapı Kodominant kalıtım (diploid organizmaların homozigot ve heterozigotluğunun saptanması) Genomda sık bulunması Seçici nötral davranış (herhangi bir organizmanın DNA dizisinin çevresel koşullara ya da işletim uygulamalarına karşı nötr olması) Kolay elde edilebilirlik Kolay ve hızlı çalışma Yüksek verim Verilerin laboratuarlar arasında kolaylıkla alıp verilebilmesi

21 8 DNA polimorfizmini değerlendirmek üzere moleküler markörlerin çeşitli tipleri kullanılır. Bunlar genel olarak iki sınıfa ayrılır: a) Hibridizasyon temelli markörler b) PCR temelli markörler a) Hibridizasyon temelli markörlerde DNA profilleri, restriksiyon enzimi ile kesilmiş DNA nın, orijini ya da dizisi bilinen bir DNA fragmenti olan işaretlenmiş bir prob ile hibridizasyonuyla görünür hale gelmektedir. b) PCR temelli markörler, belirli bir DNA dizisinin ya da bölgesinin özgül olarak hazırlanmış ya da rastgele seçilmiş oligonükleotit dizileri (primer) ve ısıya dayanıklı bir DNA polimeraz enzimi yardımı ile in vitro olarak çoğaltılmasını içerir. Çoğaltılmış olan fragmentler elektroforetik olarak ayrılır ve bant örnekleri, boyama ve otoradyografi gibi çeşitli yöntemlerle saptanır Hibridizasyona Dayalı DNA (RFLP) Markörleri Bu markörler çeşitli şekillerde etiketlenmiş bir DNA parçasının (prob DNA) araştırılan bir DNA örneğindeki benzer veya aynı dizilişteki DNA ya melezlenebilmesini baz almaktadır. Bu teknik RFLP analizi ile çok yaygın bir kullanım alanı bulmuştur. RFLP analizi dokulardan izole edilen genomik DNA nın nükleik asit dizilişlerini tanıyan DNA kesim enzimlerince spesifik olarak kesilmesi ve prob DNA nın melezlendiği DNA etrafındaki farklı kesim yapılarının saptanması esasına dayanır. Genomik DNA nın kesimi tipik olarak 4 6 nükleotid tanıyan enzimlerce yapılır. Kesim sonrasında DNA bir jel destek sistemi içinde elektroforeze tabi tutulduğunda taşıdığı negatif yüklerden dolayı pozitif yöne doğru hareket edecektir. DNA nın bu hareketi kütlesinin logaritması ile ters orantılıdır. Kesilen parçalar elektroforez sonucunda jel içinde büyüklüklerine göre sıralanırlar. Bu sıralama sonrası DNA jel ortamdan daha kullanışlı olan naylon filtrelere tek iplik halinde southern transfer metoduyla transfer edilir (Yıldırım ve Kandemir, 2001).

22 PCR a Dayalı DNA Markörleri AFLP (Çoğaltılmış Parça Uzunluğu Polimorfizmi): Restriksiyon enzimleri ile kesilmiş DNA fragmentlarının seçici amplifikasyonu temeline dayanır. Çoklu bantlar, tesadüfî bölgelerde DNA markörleri içeren amplifikasyon reaksiyonunda oluşturulur. DNA analizleri, her örnekten 50 ile 100 bant elde edilecek şekilde sonuçlanır. AFLP analizleri ile heterozigot ve homozigot bireyler arasındaki farklılık tespit edilebilmektedir (Parmaksız, 2004). RAPD (Rastgele Artırılmış Polimofik DNA): RAPD (Rastgele Arttırılmış Polimorfik DNA, Randomly Amplified Polimorphic DNAs) ilk defa 1990 da rastgele seçilmiş primerlerin kullanıldığı ve Polimeraz Zincir Reksiyonu nu (PCR) temel alan bir teknik olarak ortaya çıkmıştır (Williams ve ark., 1990). RAPD yönteminin temel prensibi ilgili olan türe ait genomik DNA üzerinde rastgele seçilmiş, tek bir 9 10 bp oligonükleotidin, düşük bağlanma sıcaklığında tesadüfi olarak bağlanarak PCR ile çoğaltma yapmasıdır. Tekniğin devamında elde edilen çoğaltma ürünü radyoaktif olmayan standart jel elektroforezinde yürütülür ve çoğaltma ürünleri bantlar halinde gözlemlenerek incelenir. Bantların varlığı veya yokluğuyla sonuçlar değerlendirilmektedir (Williams ve ark., 1990; Welsh ve McClelland, 1990). SCAR Markörleri ( Belirlenmiş ve Çoğaltılmış Polimorfik Diziler): Bireysel RAPD parçalarından köken alan PCR tabanlı markörlerdir ancak uzun, özel primerlerin kullanımıyla tanımlanırlar. Spesifik SCAR markörlerini elde etmek için RAPD veya ISSR parçaları jelden kesilir, klonlanır ve dizi analizi yapılır. Dizi analizinden sonra genellikle baz uzunluğundaki parçaların terminal bölgeleri için SCAR primerleri seçilir. Bu markörler marul (Keselsi ve ark. 1993), domates (Deng ve ark. 1997) ve buğday (Laroche ve ark. 2000) da çeşitli hastalıklara karşı direnç genlerinin tanımlanması ve haritalanmasında başarılı bir şekilde kullanılmıştır (Gostimsky ve ark. 2005).

23 10 CAPS Markörleri ( Kesilip Çoğaltılmış Polimorfik Diziler): CAPS metodu STS grubuna aittir. Primerler bilinen bir DNA dizisine bağlı olarak sentezlenirler. CAPS metodu random-replicon metotlar üzerine özellikle ko-dominant kalıtım ve yüksek güvenirlilik avantajlarına sahiptir. Buna ek olarak, CAPS markörlerinin kullanımı genetik ve fiziksel kromozom haritaları arasındaki uygunluğu belirlemeyi mümkün kılar çünkü verilen tipin yerinin fiziksel pozisyonları genetik analizlerinin kullanımından önce genellikle bilinir. Bu metot DNA kalıbının miktarına duyarlı değildir ve ucuzdur (Gostimsky ve ark. 2005). SRAP Markörler (Sequence-related amplified polymorphism): SRAP; patates, pirinç, kıvırcık, kereviz gibi pek çok üründe başarıyla kullanılmış yeni, basit ve güvenilir PCR-tabanlı marker sistemidir( Li ve Quiros,2004). Pek çok yayın SRAP marker sisteminin genetik çeşitlilik analizlerinde,kültürlerin tanımlanmasında ve filogenetik çalışmalarda çok etkili bir araç olduğunu göstermiştir (Ferriol ve ark., 2003). Feriol ve ark. (2003) SRAP markörler tarafından verilen bilginin morfolojik çeşitlilik ve morfotiplerin evrimsel geçmişi ile AFLP markörlerinden daha uygun olduğunu bildirmiştir. SRAP, bitkilerde genetik farklılık çalışmaları için son dönemlerde geliştirilmiş bir moleküler markör sistemidir (Li ve Quiros, 2001). ISSR dan farklı olarak SRAP tekniği primer dizilerinin kendine has dizaynını kullanarak genomdaki kodlanmış dizileri hedefler ve bir kısım ko-dominant markörlerin tanımlanmasında sonuçlanır. SRAP primerleri, 17 veya 18 nükleotid uzunluğundadır. 13 veya 14 bazlık bir öz dizi ve bunun içinde 5 ucunda spesifik olmayan 10 veya 11 nükleotidden oluşur, bu diziyi forward primerde CCGG ve reverse primerde AATT izler (Li ve Quiros, 2001). SRAP markörleri genetik farklılığı belirlemek (Ferriol ve ark., 2003) ve aynı zamanda gen işaretleme ve genom haritalanması (Li ve Quiros, 2001) için kullanışlı bir yöntem olarak tanımlanmıştır.

24 Mikrosatelitler Mikrosatelitler hem prokaryot (Gur-Arie, R. ve ark.,) hem ökaryotlarda bulunan tekrarlı DNA dizileridir. Genellikle tekrarlayan 2 6 bp uzunluğunda tüm genoma rast gele dağılmış dizilerdir (türlerde ve kromozomlarda dağılımı çeşitlidir) ve çok korunmuş dizilerce çevrilmiştir (Chambers ve MacAvoy, 2000). Mikrosatelitler hem kodlanan hemde kodlanmayan bölgelerde bulunmasına rağmen bunların frekansı transkribe edilen yerlerde daha yüksektir, özellikle UTR (Untranslated Regions) lerde (Morgante ve ark., 2002, Hongtrakul ve ark.,1998, Panaud ve ark.,1995). Kodlanan ve kodlanmayan bölgelerdeki mikrosatelitlerin dizilişinde değişiklik olabilir. Metzgar ve ark. (2000) 7 ökaryotik hatlar için 3 ve 6 nükleotid tekrarların hem kodlanan hem de kodlanmayan bölgelerde olduğunu, ancak diğer tekrarlı dizilerin frekansı kodlanan bölgelerde kodlanmayan bölgelere göre daha düşük bulmuştur. Bu bulgular, kodlanan ve kodlanmayan mikrosatelit frekanslarından, kodlanan bölgelerdeki çerçeve kayması mutasyonlarına karşı spesifik seleksiyondan doğan farklılıkları ortaya koymaktadır ve nontriplet tekrarlarındaki uzunluk değişimlerinden kaynaklanmaktadır. Morgante ve ark. (2002), mikrosatelitlerin frekansının genom boyutuyla ters orantılı olduğunu ancak tekrarlı olmayan DNA da sabit kaldığını belirtmiştir. Mikrosatelitler tekrarlayan nükleotidlerin kısa serilerini (8 nükleotide kadar) içeren bölgelerde ortaya çıkar. Bu çeşitliliği ortaya çıkaran iki muhtemel mekanizma vardır: DNA replikasyon kaymasını takiben sıra dışı bir mutasyon oranıyla ilişkili olan yüksek etkinlikte bir yanlış eşleşme tamir mekanizması (nesil başına ²). Mikrosatelitler çok basit bir şekilde dizilebilirler, örneğin 2 veya daha fazla tekrarlı dizileri içerir (N1N2..Nx)- veya daha karmaşık bir yapıya, (CA)n(GT)n veya (dcda)n(dg-dt)n, sahip olabilirler. Kusurlu veya bileşik olarak isimlendirilen mikrosatelitler pek çok kez tekrar eden dizilerin arasında boşluklara sahiptir, örneğin (GA)n(N)n(CT)n. Bitkilerdeki en sık mikrosatelitler dinükleotid motiflerden oluşmuştur, genellikle (AT)n ve (GT)n, hayvanlarda ise (AC)n tekrarları yaygındır (Morgante ve ark., 2002, Panaud ve ark., 1995). Trinükleotidler de ise, TAT tekrarları yaygındır. Mikrosatelitlerin bazı çeşitleri belli bitki gruplarına spesifiktir ve daha çok

25 12 bulunur, örneğin CCG/CGG tekrarları diğer tahıl veya dikotiledon bitkilere göre pirinçte daha bol bulunur (Morgante ve Olivieri, 1993). Yıllar önce tekrarlayan DNA çöp DNA olarak isimlendiriliyordu çünkü herhangi bir fonksiyonu olmadığı düşünülüyordu. Bugün ise bitki DNA larındaki mikrosatelitlerin görevleri hala bilinmemesine rağmen araştırmacılar için önemli bir araç haline gelmiştir çünkü bütün canlı organizmaların genomlarında bulunan, yüksek seviyede allelik çeşitlilik, ko-dominant kalıtımı ve genotipleme, haritalama ya da genlerin pozisyonel klonlanmasında kullanılan mükemmel moleküler markörlerdir (Rafalski ve Tingey, 1993) SSR (Basit Dizi Tekrarları): SSR markörleri 1 4 arasında tekrarlanan nükleotid motifleri içerir (Braaten ve ark., 1988, Vergnoud 1989). Bu bölgeler "mikrosatellit" olarak adlandırılır (Litt ve Luty 1989) ve PCR (Saiki ve ark., 1988) da bireysel olarak amplifiye olurlar. (GT) veya n (CT) gibi birbiri arkasına tekrar eden 2 den 10 a kadar tekrarlı olabilen dizinlerdir. n Bitki nükleer DNA sında tekrarlanan basit dizi motiflerinin (örneğin CACACA...) varlığı Delseny ve ark. (1983) tarafından kanıtlanmıştır. Mikrosatelit olarak da adlandırılan basit dizi tekrarlarının, sonradan bitki genomu ve organel genomu içeren çoğu organizmalarda bolca bulunduğu görülmüştür (Lagercrantz ve ark. 1993, Wang ve ark. 1994). Bu diziler, bitki genetiğinin araştırılması için uygun olan genetik varyasyonun büyük bir kaynağını oluşturmaktadır (Tautz ve ark. 1986). SSR metodu, tekrarlanan dizilerin iki yanına bağlanan primerlerin bu bölgeleri PCR la çoğaltması ve agaroz jel, poliakrilamid jel aracılığı ile büyüklüklerine göre ayrılması üzerine kuruludur.

26 SAMPL Markörleri: Diğer bir mikrosattelit tabanlı markör sistemi olan SAMPL AFLP tekniğinin modifiye edilmiş şeklidir [Morgante ve Vogel, 1994, Vos ve ark., 1995]. Genomik DNA nın iki endonükleaz tarafından kesilmesi sonucu oluşan parçaların adaptörlerle bağlanması ve sentetik adaptörlere bağlı olarak tasarlanan primerleri kullanarak preamplifiye edilmesidir. SAMPL analizleri mikrosatelitlerin katlanan dizileriyle ilgili ön bilgi gerektirmediğinden dolayı ve çoklu orana sahip olduğundan dolayı bilinen en etkili moleküler markörlerden biri olarak düşünülmektedir (Vos, 1995). Şimdiye kadar, SAMPL markör sistemleri sadece bir kısım bitki türüne uygulanmıştır örneğin havuç (Vivek ve Simon, 1999), arpa (Bolibok ve Rakoczy-Trojanowska, 2003), buğday (Roy ve ark., 2002), marul (Witsenboer ve ark., 1997), konifer (Paglia ve Morgante, 1998), börülce (De Simone ve ark., 1997). Bu bitkilerde genetik çeşitlilik, genotip tanımlanması, gen işaretlenmesi, bağlantı haritalarını da içeren çalışmalarda başarılı bir şekilde kullanılmıştır (Trojanowska ve Bolıbok, 2004) ISSR Markörler (Basit İç Dizi Tekrarları): Mikrosatelitler genellikle az çok tüm genoma yayılmışlardır. Bununla birlikte, bu dizileri bol miktarda içeren bölgeler bulunmuştur ve SSR hot spots olarak isimlendirilmiştir (Zietkiewicz ve ark., 1994). Böyle bölgeler ISSR markör kaynakları olarak işlev görebilirler (Trojanowska ve Bolıbok, 2004). ISSR teknolojisi ters düzenlenmiş yakın aralıklı mikrosatelitlerin arasındaki bölgelerin ( bç) amplifikasyonuna dayanmaktadır (Zietkiewicz ve ark., 1994). Bu bölgelerin amplifikasyonu için kullanılan bç uzunluğunda tek primerleri içeren çok sayıda basit dizi tekrarları herhangi bir SSR motifi ve 5 veya 3 ucuna bağlanmış tesadüfi seçilmiş nükleotidlere dayanabilir. Ayrıca bağlanmamış primerler de

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) Herhangi iki bireyin DNA dizisi %99.9 aynıdır. %0.1 = ~3x10 6 nükleotid farklılığı sağlar. Genetik materyalde varyasyon : Polimorfizm

Detaylı

Biyoloji Anabilim Dalı Yrd. Doç. Dr. Ġskender PARMAKSIZ 2010 Her hakkı saklıdır

Biyoloji Anabilim Dalı Yrd. Doç. Dr. Ġskender PARMAKSIZ 2010 Her hakkı saklıdır 1 TÜRKĠYE DE TĠCARĠ DEĞERĠ OLAN Papaver somniferum L. ÇEġĠTLERĠNĠN MOLEKÜLER KARAKTERĠZASYONU GülĢen BOZTEPE Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Yrd. Doç. Dr. Ġskender PARMAKSIZ 2010 Her hakkı saklıdır

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

DNA Dizileme (Sekanslama)

DNA Dizileme (Sekanslama) T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi

Detaylı

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Salı 9.00-11.45, D9 Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik Tanımlar: Gen,

Detaylı

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama Biyoteknoloji ve Genetik I HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama Prof. Dr. Hilâl Özdağ T.H. Morgan ve A.H. Sturtevant 1911 Morgan ın soruları: 1. Gen ayrılmasının kaynağı nedir? Janssens ve ark:

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

GENETİK POLİMORFİZMLER. Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER

GENETİK POLİMORFİZMLER. Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER GENETİK POLİMORFİZMLER Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER Genomu bir kitap olarak düşünürsek... (Ridley, 2000) Kromozom olarak adlandırılan 23 bölüm Her bölüm birkaç bin hikayeden oluşur ki bunlar genlerdir.

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

Mitokondrial DNA Analiz Paneli FAST-mtDNA Sequencing Kit Mitokondrial DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...

Detaylı

ÖZET. Yüksek Lisans Tezi. Đmge Đ. TOKBAY. Adnan Menderes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Tarla Bitkileri Anabilim Dalı

ÖZET. Yüksek Lisans Tezi. Đmge Đ. TOKBAY. Adnan Menderes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Tarla Bitkileri Anabilim Dalı iii ÖZET Yüksek Lisans Tezi AYDIN EKOLOJĐK KOŞULLARINDA FARKLI EKĐM ZAMANI VE SIRA ARALIĞININ ÇEMEN (Trigonella foenum-graecum L.) ĐN VERĐM VE KALĐTE ÖZELLĐKLERĐNE ETKĐSĐ Đmge Đ. TOKBAY Adnan Menderes

Detaylı

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr

Detaylı

ADIM ADIM YGS LYS Adım EVRİM

ADIM ADIM YGS LYS Adım EVRİM ADIM ADIM YGS LYS 191. Adım EVRİM EVRİM İLE İLGİLİ GÖRÜŞLER Evrim, geçmiş ile gelecekteki canlıların ve olayların yorumlanmasını sağlayarak, bugün dünyada yaşayan canlılar arasındaki akrabalık derecesini

Detaylı

cdna Kitaplık Hazırlanışı

cdna Kitaplık Hazırlanışı cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki

Detaylı

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi

07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ Prof.Dr.Behnan ALPER Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adana DNA İnceleme Teknikleri DNA Jel Elektroforezi RFLP Restriksiyon

Detaylı

YÜKSEKÖĞRETİM KURULU YARDIMCI DOÇENT 01.12.2014. : Sinop Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Sinop

YÜKSEKÖĞRETİM KURULU YARDIMCI DOÇENT 01.12.2014. : Sinop Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Sinop HÜLYA SİPAHİ ÖZGEÇMİŞ YÜKSEKÖĞRETİM KURULU YARDIMCI DOÇENT 01.12.2014 Adres : Sinop Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Sinop Telefon : 3682715516-4206 E-posta Doğum Tarihi : Faks : Kadro

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml

Detaylı

Türkiye Tenthredopsis (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Tür Sınırlarının Barkodlama Yöntemi İle Saptanması

Türkiye Tenthredopsis (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Tür Sınırlarının Barkodlama Yöntemi İle Saptanması Türkiye Tenthredopsis (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Tür Sınırlarının Barkodlama Yöntemi İle Saptanması Sevda HASTAOĞLU ÖRGEN 1, Mahir BUDAK 2, E. Mahir KORKMAZ 2, Hasan H. BAŞIBÜYÜK 3 1 Sivas

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı

Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı Esra CEBECİ Ziraat Yüksek Mühendisi 28.12.2012-28.06.2013 Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü YALOVA Sunu Planı Çalışmanın tanıtımı, Yapılan

Detaylı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5

Detaylı

ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ PAPAVER CİNSİ OXYTONA SEKSİYONUNUN TÜRKİYE DE YETİŞEN

ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ PAPAVER CİNSİ OXYTONA SEKSİYONUNUN TÜRKİYE DE YETİŞEN ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ PAPAVER CİNSİ OXYTONA SEKSİYONUNUN TÜRKİYE DE YETİŞEN TÜRLERİNDE GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİN RAPD MARKÖRLERİ İLE ANALİZİ İskender PARMAKSIZ TARLA BİTKİLERİ

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

BİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK

BİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK 1 BİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK SEQUENCE TAGGED SITES (STSs) EXPRESSED SEQUENCE TAG (ESTs) S. Esin SELÇUK 2006 2 SEQUENCE TAGGED SITES (STSs) STS; genomda 200-300 baz uzunluğundaki kısa bir bölgedir ve

Detaylı

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ Yüşa TÜRKELİ Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. MELEZ POPULASYONUNDA GENETİK HARİTALAMA BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI ADANA, 2010 ÇUKUROVA

Detaylı

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ Bitki Doku Kültürü Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (08.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü

Detaylı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması İ.Ü. CERRAHPAŞA TIP FAKÜLTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması Araş.Gör. Yener KURMAN İSTANBUL

Detaylı

TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ

TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ 1 GİRİŞ Adli olayların aydınlatılmasında biyolojik örneklerin kimliklendirilmesi

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

FISH ve in situ melezleme

FISH ve in situ melezleme FISH ve in situ melezleme In situ melezleme belirli bir mrna nın doku içinde nerede bulunduğunu görmemize yarar. Bu metod inceleyenin ilgilendiği mrna nın normal yerini görmesine olanak sağlar. In situ

Detaylı

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Doç. Dr. Sibel Aylin Uğur İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü-Genetik 13. Ulusal Sinirbilim

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden

Detaylı

GENETİK LABORATUVARI

GENETİK LABORATUVARI GENETİK LABORATUVARI Laboratuvar sorumluları: Prof. Dr. Mehmet TOPAKTAŞ Prof. Dr. Hasan Basri İLA Temel Araştırma Alanımız: Genetik, Sitogenetik, Genotoksikoloji Genetik laboratuvarında günlük hayatta

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara Taksonomik terimler Alem (Kingdom) Bölüm veya şube (divisio, filum)

Detaylı

TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR IRKLARININ GENETİK YAPILARININ KARAKTERİZASYONU

TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR IRKLARININ GENETİK YAPILARININ KARAKTERİZASYONU TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR IRKLARININ GENETİK YAPILARININ KARAKTERİZASYONU DOKTORA TEZİ ZOOTEKNİ ANABİLİM DALI Danışman Yard. Doç. Dr. Ercan KURAR KONYA - 2011 TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM)

MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) MOLEKÜLER BİYOLOJİ DOÇ. DR. MEHMET KARACA (5. BÖLÜM) TRANSKRİPSİYONU (ÖKARYOTİK) STOPLAZMA DNA Transkripsiyon hnrna RNA nın işlenmesi mrna G AAA Eksport G AAA NÜKLEUS TRANSKRİPSİYONU (PROKARYOTİK) Stoplazma

Detaylı

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak BİYOFİZİK 2015 1 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak 2 Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, polimeraz zincir

Detaylı

Moleküler Markörlerin Bitki Islahında Kullanımı

Moleküler Markörlerin Bitki Islahında Kullanımı Bahri Dağdaş Bitkisel Araştırma Dergisi Journal of Bahri Dagdas Crop Research 4 (2):1-12, 2015 ISSN: 2148-3205, www.arastirma.tarim.gov.tr/bahridagdas Derleme Review Moleküler Markörlerin Bitki Islahında

Detaylı

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür

Detaylı

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli FAST-CFTR Sequencing Kit Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...

Detaylı

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Gen Anlatımının Belirlenmesi DNA mikroçalışmaları Makroçalışmaları EST (Expressed sequence tag) Gen anlatımının seri analizi

Detaylı

2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI

2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. BÖLÜM 1. Aşağıdaki tabloda bazı canlı türlerinin kromozom sayıları verilmiştir. Bu tablodaki bilgilere göre, I. İki canlı türünün kromozom sayılarına bakılarak

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Bitki nüklear, mitokondriyal ve kloroplast DNA'ları *Burada yer alan bugünkü bilgilerimizin çoğu, moleküler evrim mekanizması ve oranları kullanılarak

Detaylı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları

Detaylı

FRANSA DA ORTAÖĞRETİM İKİNCİ SINIF DERS KİTAPLARINDA EVRİM

FRANSA DA ORTAÖĞRETİM İKİNCİ SINIF DERS KİTAPLARINDA EVRİM FRANSA DA ORTAÖĞRETİM İKİNCİ SINIF DERS KİTAPLARINDA EVRİM Burcu GÜNGÖR, Sami ÖZGÜR Balıkesir Üniversitesi Necatibey Eğitim OFMA Biyoloji Eğitimi A.B.D Özet Ders kitapları, hem öğretmenlerin hem öğrencilerin

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test Yeni Nesil DNA Dizileme (NGS), İmmünHistoKimya (IHC) ile Hastanızın Kanser Tipinin ve Kemoterapi İlacının Belirlenmesi Kanser Tanı

Detaylı

T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DNA PARMAKİZİ YÜKSEK LİSANS SEMİNERİ. HAZIRLAYAN Bünyamin ATMIŞ

T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DNA PARMAKİZİ YÜKSEK LİSANS SEMİNERİ. HAZIRLAYAN Bünyamin ATMIŞ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DNA PARMAKİZİ YÜKSEK LİSANS SEMİNERİ HAZIRLAYAN Bünyamin ATMIŞ DANIŞMAN Yrd. Doç. Dr. Dilek TURGUT BALIK 1. PARMAKİZİ 2. DNA PARMAKİZİ 3.

Detaylı

TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI

TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI Programın Yürütücüsü Programın Kadrolu Öğretim Üyeleri : Prof. Dr. Elif YEŞİLADA : Prof. Dr. Başak KAYHAN Doç. Dr. Yılmaz ÇİĞREMİŞ Doç. Dr.Şengül YÜKSEL Doç. Dr.

Detaylı

ADIM ADIM YGS- LYS 92. ADIM KALITIM 18 GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÇALIŞMA ALANLARI

ADIM ADIM YGS- LYS 92. ADIM KALITIM 18 GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÇALIŞMA ALANLARI ADIM ADIM YGS- LYS 92. ADIM KALITIM 18 GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÇALIŞMA ALANLARI GENETİK MÜHENDİSLİĞİ Belirli bir amaca yönelik olarak genetik madde üzerinde yapılan çalışmaları içerir. Canlıların

Detaylı

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD β-talaseminin MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ SERPİL ERASLAN, PhD BETA TALASEMİ HEMOGLOBİNOPATİLER Otozomal resesif (globin gen ailesi) Özellikle Çukurova, Akdeniz kıyı şeridi,

Detaylı

DNA TİPLEME YÖNTEMLERİ (SOMATİK STRLOKUSLARI)

DNA TİPLEME YÖNTEMLERİ (SOMATİK STRLOKUSLARI) Adli Biyolojik Incelemeler ve Molekuler Genetik Kursu DNA TİPLEME YÖNTEMLERİ (SOMATİK STRLOKUSLARI) Yrd. Doç. Dr. GÖNÜL FİLOĞLU İ.Ü. ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ KRİMİNAL İDANTİFİKASYONDA DNA TİPLEMESİ Moleküler

Detaylı

α1-antitrypsin quicktype

α1-antitrypsin quicktype attomol α1-antitrypsin quicktype İnsan α-1 antitripsin gen inde M-, Z- and S-alellerin tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! Z-mutasyonun tespiti için 10 sipariş numarası:

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...

Detaylı

AİLESEL AKDENİZ ATEŞİ (AAA-FMF)

AİLESEL AKDENİZ ATEŞİ (AAA-FMF) AİLESEL AKDENİZ ATEŞİ (AAA-FMF) MOLEKÜLER YAKLAŞIMLAR DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ SERPİL ERASLAN, PhD AİLESEL AKDENİZ ATEŞİ Otozomal resesif kalıtım Akdeniz ve Ortadoğu kökenli populasyonlarda

Detaylı

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13. Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13. Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 13 Ökaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/125 Eposta: hilalozdag@gmail.com Gen İfadesi

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir DNA REPLİKASYONU Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir Hücre yaşam döngüsü G 1, S, G 2, Mitoz,evreleri ile tamamlar.

Detaylı

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ YÜKSEK LİSANS TEZİ Meryem Aylin AKYÜZ ANTEPFISTIĞINDA SİİRT X BAĞYOLU F1 POPULASYONU KULLANILARAK SSR MARKÖRLERI İLE GENETİK HARİTALAMA BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

Şeker Pancarı Islahı

Şeker Pancarı Islahı Şeker Pancarı Islahı Şeker pancarı bitkisi 2 yıllık bir bitkidir. Birinci yıl vejetatif gelişme göstererek kök (yumru) ve yapraklarını geliştirir. Birinci yıl üretilen şeker pancarı yumrusu şeker fabrikalarında

Detaylı

HAFTA II Mendel Genetiği

HAFTA II Mendel Genetiği GENETĐK 111-503 HAFTA II Mendel Genetiği Doç. Dr. Hilâl Özdağ 1865 Gregor Mendel kalıtım kurallarının temellerini attı. http://www.dnaftb.org/dnaftb/1/concept/ 1 Seçilen Özellikler Hartl DL, Jones EW,

Detaylı

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU DOKTORA DERS KATALOĞU ERCİYES ÜNİVERSİTESİ GDM 638 Lipid Kimyası Zorunlu DERS SAATİ: 3 Bahar Yrd. Doç. Dr. Hasan YALÇIN KREDİSİ :3 Tel:(352) 4374901 (32731), E-mail: hyalcin@erciyes.edu.tr, Web sayfası

Detaylı

GENETİK VE BİYOTEKNOLOJİ

GENETİK VE BİYOTEKNOLOJİ Editörler Prof.Dr. Cansu Filik İşçen & Yrd.Doç.Dr.M.Bahadır Aktan GENETİK VE BİYOTEKNOLOJİ Yazarlar Prof.Dr. Osman Gülnaz Doç.Dr. Fatih Matyar Doç.Dr. Güldem Dönel Akgül Doç.Dr. Petek Piner Benli Doç.Dr.

Detaylı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod

Detaylı

Serdar BİROĞUL YÜKSEK LİSANS TEZİ (ELEKTRİK EĞİTİMİ) GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ANKARA

Serdar BİROĞUL YÜKSEK LİSANS TEZİ (ELEKTRİK EĞİTİMİ) GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ANKARA i GENETİK ALGORİTMA YAKLAŞIMIYLA ATÖLYE ÇİZELGELEME Serdar BİROĞUL YÜKSEK LİSANS TEZİ (ELEKTRİK EĞİTİMİ) GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ OCAK 2005 ANKARA ii Serdar BİROĞUL tarafından hazırlanan

Detaylı

ADIM ADIM YGS LYS. 91. Adım KALITIM -17 GENETİK VARYASYON MUTASYON MODİFİKASYON ADAPTASYON - REKOMBİNASYON

ADIM ADIM YGS LYS. 91. Adım KALITIM -17 GENETİK VARYASYON MUTASYON MODİFİKASYON ADAPTASYON - REKOMBİNASYON ADIM ADIM YGS LYS 91. Adım KALITIM -17 GENETİK VARYASYON MUTASYON MODİFİKASYON ADAPTASYON - REKOMBİNASYON GENETİK VARYASYON Aynı türün bireyleri arasındaki farklılığa VARYASYON denir. Varyasyonların hepsi

Detaylı

BİYOLOJİ BÖLÜMÜ. http://fened.gop.edu.tr/bolumler/biyoloji/index.asp

BİYOLOJİ BÖLÜMÜ. http://fened.gop.edu.tr/bolumler/biyoloji/index.asp BİYOLOJİ BÖLÜMÜ http://fened.gop.edu.tr/bolumler/biyoloji/index.asp HAKKIMIZDA Bölümümüz, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı nın 26.02.1993 tarihli yazısında belirtilen yürütme kurulunun 25.02.1992 tarihli

Detaylı

TÜBERKÜLOZ DIŞI MİKOBAKTERİLERİN TANIMLANMASINDA PCR-RFLP VE DNA SEKANS ANALİZİ SONUÇLARININ KARŞILAŞTIRILMASI

TÜBERKÜLOZ DIŞI MİKOBAKTERİLERİN TANIMLANMASINDA PCR-RFLP VE DNA SEKANS ANALİZİ SONUÇLARININ KARŞILAŞTIRILMASI TÜBERKÜLOZ DIŞI MİKOBAKTERİLERİN TANIMLANMASINDA PCR-RFLP VE DNA SEKANS ANALİZİ SONUÇLARININ KARŞILAŞTIRILMASI Uzm. Dr. Özgür APPAK Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D GİRİŞ:

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Enzimler

ayxmaz/biyoloji Enzimler Enzimler 1. Bir enzim substrat ile karıştırılır. 1 dakika süren karıştırılmada,10 de saniyelik aralıklarla oluşan ürün miktarı belirlenir. Bu denemeden elde edilen veriler aşağıda gösterilmiştir: Zaman

Detaylı

RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri

RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri RNA (Ribonükleik Asit) Nükleik asitler, Friedrich Miescher tara2ndan 1869'da keşfedildi. İl=haplı bandajlardan izole edilen bu maddeye nüklein adını

Detaylı

GENETİK MARKÖRLER ve ANALİZ METODLARI

GENETİK MARKÖRLER ve ANALİZ METODLARI GENETİK MARKÖRLER ve ANALİZ METODLARI Markör ü Çalışılan organizmadaki ilgilenilen diğer özelliklerin genetiği hakkında bilgi ü DNA nın aktif bölgelerinden veya herhangi bir genetik kodlama fonksiyonuna

Detaylı

ILIMAN İKLİM MEYVE TÜRLERİNDE ÇEŞİT VE TİPLERİN MOLEKÜLER TEKNİKLERLE KARAKTERİZASYONU

ILIMAN İKLİM MEYVE TÜRLERİNDE ÇEŞİT VE TİPLERİN MOLEKÜLER TEKNİKLERLE KARAKTERİZASYONU ILIMAN İKLİM MEYVE TÜRLERİNDE ÇEŞİT VE TİPLERİN MOLEKÜLER TEKNİKLERLE KARAKTERİZASYONU Meryem YILDIZ ÖCAL Gıda Yüksek Mühendisi Manavgat Gıda Tarım ve Hayvancılık İlçe Müdürlüğü EĞİTİM BİLGİLERİ Eğitim

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Altın Standart Yöntem Olan rdna ITS1/2 Dizi Analizi ile VITEK 2 YEAST ID, API ID 32C ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması D i l a r a Y ı

Detaylı

EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI DÖNEM I. III. KURULDERS PROGRAMI GENETİK BİLGİNİN AKIŞI- DOKUYA GİRİŞ (16 Ocak Mart 2017 )

EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI DÖNEM I. III. KURULDERS PROGRAMI GENETİK BİLGİNİN AKIŞI- DOKUYA GİRİŞ (16 Ocak Mart 2017 ) 2015 2016 EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI DÖNEM I III. KURULDERS PROGRAMI GENETİK BİLGİNİN AKIŞI- DOKUYA GİRİŞ (16 Ocak 2017-10 Mart 2017 ) Dekan Baş Koordinatör Dönem I Koordinatörü Dönem I Koordinatör Yardımcısı

Detaylı

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Prof. Dr. Nedime Serakıncı, Yrd. Doç. Dr. Umut Fahrioğlu Adem Aköl Kalite Konseyi Başkanı Sinan Özyavaş Kalite Koordinatörü

Detaylı

Mutasyon ve Genetik Sürüklenme

Mutasyon ve Genetik Sürüklenme Mutasyon ve Genetik Sürüklenme Bir popülasyondaki alel frekanslarını değiştiren doğal sebepler Doğal seçilim Mutasyon Genetik sürüklenme Kurucu etki (Founder effect) Popülasyon darboğazı, MUTASYON Genel

Detaylı

YAPAY KROMOZOMLAR. cerevisiae. de kurulmuştur. Halkasal. Yapay kromozomlar ilk defa tomurcuklanan maya olan Saccharomyces

YAPAY KROMOZOMLAR. cerevisiae. de kurulmuştur. Halkasal. Yapay kromozomlar ilk defa tomurcuklanan maya olan Saccharomyces YAPAY KROMOZOMLAR Yapay kromozomlar ilk defa tomurcuklanan maya olan Saccharomyces cerevisiae. de kurulmuştur. Halkasal plazmid maya sentromerinden,replikasyon orijininden, seçici bir işaret geninden ve

Detaylı

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİNDE GÜVENLİK GIDA BİYOTEKNOLOJİSİNDE UYGULAMALARI. Neslihan ATLIHAN

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİNDE GÜVENLİK GIDA BİYOTEKNOLOJİSİNDE UYGULAMALARI. Neslihan ATLIHAN GIDA BİYOTEKNOLOJİSİNDE GÜVENLİK GIDA BİYOTEKNOLOJİSİNDE VE GDO UYGULAMALARI GÜVENLİK VE GDO UYGULAMALARI Neslihan ATLIHAN Neslihan ATLIHAN Gıda Yüksek Mühendisi Gıda Yüksek Mühendisi Gıda ve Yem Kontrol

Detaylı

T.C. BALIKESİR ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS TEZİ. Sabiha PARLAK

T.C. BALIKESİR ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS TEZİ. Sabiha PARLAK T.C. BALIKESİR ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI MARMARA BÖLGESİNDE YETİŞTİRİLEN BAZI ZEYTİN (OLEA EUROPAEA L.) KÜLTİVARLARININ MOLEKÜLER SİSTEMATİK ANALİZİ YÜKSEK LİSANS TEZİ

Detaylı

Fen Edebiyat Fak. Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Kütahya 1977

Fen Edebiyat Fak. Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Kütahya 1977 Adı Soyadı Ünvanı Birimi Doğum Yeri Doğum Tarihi BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ İsmail POYRAZ Yrd.Doç.Dr. AKADEMİK ÖZGEÇMİŞ FORMU KİŞİSEL BİLGİLER Fen Edebiyat Fak. Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Detaylı

Protokolü PD S Reaksiyon

Protokolü PD S Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 www.bmlabosis.com İnternal Pozitif

Detaylı

T.C ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ

T.C ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ T.C ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ HAŞHAŞ (Papaver somniferum L.) BİTKİSİNİN VERİMİ VE BAZI ÖZELLİKLERİ ÜZERİNE GİBBERELLİK ASİDİN (GA 3 ) FARKLI DOZ VE UYGULAMA ZAMANLARININ

Detaylı

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır.

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır. Allel: Bir genin seçenekli biçimi Wild Tip: Normal allel. Bireylerin çoğunda bulunan Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda

Detaylı

Mendel Dışı kalıtım. Giriş

Mendel Dışı kalıtım. Giriş Mendel Dışı kalıtım DR. UMUT FAHRİOĞLU, PHD MSC Giriş Bir organizmanın fenotipinin genotipin bakarak tahmin edilebilmesi için birçok farklı faktörün çok iyi anlaşılabilmesi lazım. Mendel kalıtım modellerindeki

Detaylı

Bitki Biyoteknolojisinde Moleküler Markörler. Molecular Markers in Plant Biotechnology

Bitki Biyoteknolojisinde Moleküler Markörler. Molecular Markers in Plant Biotechnology GOÜ, Ziraat Fakültesi Dergisi, 2011, 28(2), 207-214 Bitki Biyoteknolojisinde Moleküler Markörler Ertuğrul FİLİZ 1 İbrahim KOÇ 2 1 Düzce Üniversitesi, Çilimli Meslek Yüksek Okulu, Düzce 2 Gebze Yüksek Teknoloji

Detaylı

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler

Detaylı

Çiftlik hayvanları endüstrisinin yapısı elit Çok yönlü ticari Kantitatif genetik formulleri özeti Temel genetik: Genel öneri: Genellikle iki yönlü tablo kullanılır Sorular sorudaki probleme ilişkin verilen

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

Rekombinant DNA Teknolojisi-I

Rekombinant DNA Teknolojisi-I BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-I Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2

Detaylı