PFGE METODU KULLANILARAK Lactococcus garvieae nin GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİNİN ve YAYILIMININ BELİRLENMESİ

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "PFGE METODU KULLANILARAK Lactococcus garvieae nin GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİNİN ve YAYILIMININ BELİRLENMESİ"

Transkript

1 T.C. GIDA TARIM ve HAYVANCILIK BAKANLIĞI Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü PROJE SONUÇ RAPORU PFGE METODU KULLANILARAK Lactococcus nin GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİNİN ve YAYILIMININ BELİRLENMESİ TAGEM/HS/10/09/02/179 Mustafa TÜRE (Proje lideri) Prof. Dr. İlhan ALTINOK (Danışman) Araştırmacılar Dr. Hakan IŞIDAN Hacı SAVAŞ İlyas KUTLU SU ÜRÜNLERİ MERKEZ ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ-TRABZON MART/2012 TRABZON

2 ÖNSÖZ Bu proje çalışması TAGEM desteğinde Su Ürünleri Merkez Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü ve KTÜ Balıkçılık Tek. Müh. Bölümü imkânları ile gerçekleştirilmiştir. İlk defa 2001 yılında ülkemizde izole edilen ve yakın zamanda bölgemizdeki bazı işletmelerde de teşhis edilen (Doğu Karadeniz ve civarı) Lactococcosis etmeni olan L. hızla yayılım gösteren patojenlerden biridir. Bunun için hastalığa neden olan bakterinin moleküler ve genetik profilinin çıkartılarak dağılım ve kaynağının tam olarak belirlenmesi gerekmektedir. Bu araştırmayla mevcut ve elde edilen L. izolatları klasik biyokimyasal testler, API 20 Strep, ERIC-PZR ve PFGE metodu kullanılarak suşlar arası genetik benzerlikler ortaya konmuştur. Türkiye de bulunan L. suşlarının tipleri belirlenmiş ve ilk izolat ile bağlantısı araştırılmıştır. Bu da hastalığın nasıl yayıldığını ortaya çıkarmamıza yardımcı olmuştur. Saha ve laboratuar çalışmalarım sırasında danışmanlığımı üstlenip yardım ve desteğini esirgemeyen değerli hocam Sayın Prof. Dr. İlhan ALTINOK a, örneklemeler esnasında bana yardımcı olan İlyas KUTLU ya çalışmanın başından sonuna kadar desteklerini ve yardımlarını gördüğüm çalışma arkadaşlarım Yrd. Doç. Dr. Erol ÇAPKIN ve Oguzhan EROĞLU na ve projenin gerçekleşmesi için gereken maddi desteği sağlayan SUMAE ve TAGEM e yetkililerine teşekkürlerimi sunarım. Bu çalışmanın, konuyla ilgili olarak daha ileri çalışma yapacak olan araştırmacılara ışık tutmasını dilerim. Mustafa TÜRE Veteriner Hekim I

3 İÇİNDEKİLER Sayfa No ÖNSÖZ... I İÇİNDEKİLER... II ÇİZELGE LİSTESİ... IV ŞEKİLLER LİSTESİ... IV ÖZET... V ABSTRACT... VI 1. GİRİŞ Etken Morfoloji ve Kültür Antijenik Karakter Patojenite ve Hastalığın Klinik Semptomları Epidemiyoloji Teşhis Tedavi Koruma ve Kontrol Bakteriyel Balık Hastalıklarında Moleküler ve Epidemiyolojik Yöntemler Pulsed-Field Gel Elektroforesiz Metodu (PFGE) Enterobacterial Repatitive Intragenic Consensus Element (ERIC-PZR) Polimerize Zincir Reaksiyonu (PZR) Multipleks (Çoklu) PZR Restriksiyon Parça Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP) Çalışmanın Amacı ve Pratik Önemi LİTERATÜR ÖZETİ MATERYAL ve METOT Örnekleme Örneklerin İncelenmesi Bakterilerin Morfolojik Özelliklerinin Belirlenmesi Bakterilerin Biyokimyasal Karakterlerinin Belirlenmesi Biyokimyasal Testlerin Uygulanması Antibiyogram Testi PCR İçin DNA İzolasyonu II

4 3.8. PCR Şartları ve Görüntüleme PFGE Metodu ERIC-PZR Metodu BULGULAR İşletmelerin Genel Durumu Biyokimyasal Test Sonuçları Antibiyotik Duyarlılıkları PZR Sonuçları ERIC-PZR Sonuçları PFGE Sonuçları TARTIŞMA ve SONUÇ Biyokimyasal Test Sonuçları Antibiyotik Dirençleri ERIC-PZR Sonuçlarının Değerlendirilmesi PFGE Sonuçlarının Değerlendirilmesi SONUÇ KAYNAKÇA YÜRÜTÜCÜLERİN ÖZGEÇMİŞİ EL BROŞÜR(LİFLET) ÖRNEĞİ EK: Proje Sonuçlarının Uygulamaya Aktarılması III

5 ÇİZELGE LİSTESİ Sayfa No Tablo 1. L. nin biyokimyasal, kültürel ve fizyolojik karakterizasyonu... 4 Tablo 2. Çalışma süresince belirlenen bölgelerden alınan örneklerin tür ve sayıları Tablo 3. L. suşları, ait oldukları yıllar ve bunların menşeileri Tablo 4. DNA nın yükseltgenme işlemi için belirlenen PZR karışımının bileşenleri ve miktarı Tablo 5. İzole edilen bakteriler ve dokuları Tablo 6. Klasik biyokimyasal ve API 20 Strep sonuçları Tablo 7. L. suşlarının klasik biyokimyasal, Api 20 Strep ve kültürel özellikleri Tablo 8. L. izolatlarının disk difüzyon testine göre antibiyotik duyarlılıkları ŞEKİLLER LİSTESİ Sayfa No Şekil 1. PFGE nin pratik adımlar Şekil 2. L. nin TSA daki görüntüsü Şekil 3. Bazı L. izolatlarının farklı tuzluluk ve sıcaklıklardaki görüntüsü Şekil 4. L. izolatlarına ait biyokimyasal testlerin bazıları Şekil 5. L. izolatları ile gerçekleştirilen API 20 Strep testi Şekil 6. Bir L. suşuna uygulanan antibiyogram testi Şekil 7. PZR testi sonucu bazı L. suşlarının alınan görüntüleri Şekil 8.1. L. suşlarının ERIC-PZR modeli Şekil 8.2. L. suşlarının ERIC-PZR modeli Şekil 9. L. izolatlarının dendogramı Şekil 10. Bazı L. izolatlarının ApaI enzimi ile kesimi sonucu oluşan PFGE modeli Şekil 11. L. suşlarının ApaI enzimi ile kesimi sonrası elde edilen dendogramı IV

6 ÖZET Lactococcus nın izolasyonu amacı ile yaz döneminde farklı işletmelerden örnekleme yapılmış ve 5 tanesinden bu bakteri izole edilmiştir. Bunun yanı sıra yurdun değişik yörelerinden ve İtalya, İspanya, Fransa ve Japonya dan geçmiş yıllarda değişik kaynaklardan izole edilmiş suşlar çalışmaya dahil edilmiştir. PZR işlemi sonucunda L. olduğu anlaşılan tüm suşlara biyotiplendirme amacı ile klasik biyokimyasal testler ve API 20 Strep testi uygulanmıştır. Klasik olarak gerçekleştirdiğimiz testlerde suşlar arasında tam homojenite görülürken API 20 Strep de heterojenite mevcuttur. Genel olarak baktığımızda ATCC referans suşunun API 20 Strep e göre Türkiye den elde edilen izolatlar ile birkaç istisna dışında ortak özellik gösterdiği, buna karşın İtalya, İspanya ve Fransa menşeli balık ve diğer hayvanlardan izole edilen izolatlardan farklı biyokimyasal özelliklere sahip olduğu görülmüştür. L. suşlarının genotiplendirilmesi amacıyla PFGE metodu düzenlenerek kullanılmıştır. ApaI enzimi ile gerçekleştirilen PFGE işlemi sonucunda L. suşları 6 kümede toplanmıştır. Yakın coğrafik alanlardan izole edilen suşların benzer oldukları ve referans suşun İspanya suşları ile benzer olduğu görülmüştür. Yine bu çalışmada diğer bir genetik metot olana ERIC-PZR metodu kullanılmıştır. Benzerlik oranlarını düşük bulunan L. suşları 8 kümede toplanmıştır. API20 Strep, ERIC-PZR ve PFGE sonuçları karşılaştırıldığında birkaç istisna hariç sonuçların benzer olduğu görülmüştür. Disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılan antibiyogram testine göre; suşların, oksitetrasiklin, amoksisilin, tetrasiklin ve florfenikol gibi antibiyotiklere karşı duyarlı oldukları, gentamisin ve sulfametoksazol+trimethoprim gibi antibiyotiklere karşı ise dirençli oldukları saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: L., PFGE, ERIC-PZR, API20 Strep ve antibiyogram. V

7 ABSTRACT In this study, fish were sampled from different fish farms to isolate Lactococcus in summer season between It was isolated five of these samples. In addition to isolated L. strains from different regions of Turkey and different countries such as Italy, Spain, France, and Japan, were studied. All isolates were carryed out classic biochemical and API 20 Strep tests to biotyping which know as L. after PCR. Although a complete homogenity was observed in the strain identified by classical test, partial heterogenity was observed in the API 20 Strep tests. In general, according to the API 20 Strep test, it was found that the ATCC referance strains, showed common features with the isolates obtained from Turkey. However, they had many different biochemical characteristics from the isolates that were isolated from the different animals and sources in İtaly, Spain and France. Method of PFGE was used by arranging to genotyping of the L. isolates. The results of the genomic analysis by PFGE after digestion with ApaI which generated six clusters. It was shown that isolated from close geographical area similar each other and referance strain is similar to Spain isolates. In addition to ERIC-PZR method was used which other method of genotyping. L. strains were grouped in 8 clusters according to their low rate of similarities. When we compared the results of the API20 Strep, PFGE and ERIC-PZR tests, the results are similar except a few strains. According to disc diffusion method, all of strains were sensitive to oxytetracycline, amoxicillin, florfenikol, tetracycline and were resistant to gentamicin and sulfamethoxazole + trimethoprim. Keywords: L., PFGE, ERIC-PCR, API20 Strep and antibiogram. VI

8 1. GİRİŞ Dünyada ilk defa Lactococcus 1974 yılında sarıkuyruk (Seriola quinqueradiata) balığından izole edilmiş (Ksuda vd., 1991) ve neden olduğu hastalık Lactococcosis olarak adlandırılmıştır (Austin ve Austin, 1999). Türkiye de bu bakterinin sebep olduğu hastalık ilk defa 2001 yılında Ege Bölgesi ndeki gökkuşağı alabalığı işletmesinde ortaya çıkmış olup (Diler vd., 2002), 2008 yılı itibariyle birçok bölgeye yayılmıştır. Hastalığa neden olan bakterilerin alt-tiplemesi (subtyping) tür altı veya alt tür düzeyinde tanımlanmasıdır. Alt-tipleme fenotipik ve genotipik tekniklerle yapılmakta olup, türlerin populasyon yapısını, hedef organizmalarla diğer organizmalar arasındaki ilişkinin belirlenmesinde, hedef organizmanın değişime uğradığı basamakların belirlenmesinde ve moleküler epidemiyolojide kullanılmaktadır. Geniş kullanım alanı, yüksek ayırt etme gücü ve çok iyi epidemiyolojik uygulamalarından dolayı PFGE son 20 yıldır bakteriyel patojenlerin alt tiplemelerinde (subtyping) altın standart olarak kullanılmaktadır (Barrett vd., 2006). Özellikle PFGE aynı türe ait bakterilerin tiplenmesinde PZR ve klasik elektroforezde yapılan restriksiyon parça uzunluğu polimorfizmi (RFLP) ne göre yüksek ayırt edici güce sahiptir (Olive ve Bean, 1999). Ancak şu ana kadar akuatik organizmalara zarar veren çok az bakteri (Pseudomonas anguilliseptica, Aeromonas salmonicida, Streptococcus iniae, Vibrio tapetis, Vibrio vulnificus ve Vibrio ordalii) PFGE kullanılarak analiz edilmiştir. Lactococcus garviea izolatlarının genotiplendirilmesinde PFGE nin yanısıra Enterobakteriyal Repetitiv İntragenik Konsensus (ERIC-PZR) metodu da ilk defa denenmiştir. Bu metot bir örnekteki nükleik asidin özel bir primer yardımı ile amplifikasyonu yapılarak kısa zamanda ve yüksek güvenilirlikte gerçekleşebilen genotiplendirmede kullanılan PZR bazlı metottur (Yağcı, 2004). ERIC-PZR Enterobakterilerin genotiplendirilmesinde son günlerde Vibrio parahaemolyticus, Campylobacter, Escherichia coli, Salmonella enterica ve Aeromonas sp. gibi bakteri suşlarının epidemiyolojik araştırmalarında ve genetik araştırmalarının değerlendirilmesinde başarı ile kullanılmıştır (Yingwang vd., 2008). Lactococcus infeksiyonunun işletmelerde meydana getirdiği kayıpların önemine rağmen, farklı bölgelerden izole edilen farklı L. suşları arasında epizootiyolojik ilişki konusunda bilgi yetersizliği vardır. Bu çalışmanın amacı klasik biyokimyasal testler, APİ 20 Strep, PFGE ve ERIC- PZR metotlarını geliştirerek farklı bölgelerden izole edilen L. suşlarını 1

9 karakterize etmek, suşlar arasındaki genetik bağı belirlemektir. Ayrıca aynı yöntemle ülkemiz suşları ile yurt dışından elde edilecek suşlar arasındaki genetik bağ ortaya konmuştur Etken Lactococcosis hastalığına sebep olan etken ilk olarak Japonya da izole edildi (Ksuda vd., 1991). Daha sonra 1988 de İspanya da gökkuşağı alabalığı çiftliklerinde görüldü (Palacios vd., 1993). Sonraki zamanlarda Lactococcosis birçok ülkede yayıldı ve akuatik organizmalarda önemli ekonomik kayıplara yol açtı. Sonraları sırasıyla İtalya da, Güney Afrika da ve Avustralya da gökkuşağı alabalıklarındaki yüksek mortalitenin temel nedeni olarak bulundu (Carson vd., 1993). Lactococcus daha sonraları Tayvan daki dev tatlı su karidesleri (Macrobrachium rosenbergii), tekir balığı (Mullus murmuletus) ve gökkuşağı alabalıklarında ki (Onchorhyncus mykis) salgınlardan sorumlu tutuldu (Chen vd., 2001; Chen, 2002; Chang, 2002). Türkiye den ilk defa 2001 de Ege Bölgesi deki gökkuşağı alabalığı çiftliklerinden izole edildi (Diler vd., 2002). Son günlerde L. gökkuşağı alabalığı çiftliklerinde salgınlar şeklinde İngiltere de (Bark vd., 2001), Portekiz de (Pereira vd., 2004), Fransa da, Balkanlar da, İsrail de (Eyngor vd., 2004), ve Kore de (Baeck vd., 2006) deniz türlerinde bulunmuştur. Lactococcus lactis subsp. lactis, L. lactis subsp. cremoris ve L. insan ve hayvanlarda klinik öneme sahip en önemli türlerdir (Aguirre vd., 1993; Antolı n vd., 2004). Lactococcus cinsi Streptococcecea familyası içerisindedir. Etken Japonya da 1950 nin sonlarına kadar yine bir gram pozitif bakteri olan Streptecoccus olarak isimlendirildi. Gelişen tekniklerle beraber Enterococcus, Lactococcuc, Vogacoccus ve Cornobacterium gibi yeni bakteri genumu içerisinde sınıflandırılsa da 1985 ten sonra Streptococcus lardan ayrıldı (Schleifer vd., 1985 ). Önceleri Enterococcus benzeri olarak tanımlanan bu patojen; biyokimyasal karakterizasyonu, protein profili, 16S rrna sekans analizleri ve DNA hibridizasyon gibi çalışmalar sonucu L. ile Enterococcus serolicidae nin aynı türler (sinonim) olduğu doğrulandı (Domenec vd., 1993; Eldar vd., 1996; Teixeria vd., 1996). Lactococcus nin akuatik türler için konakçı bakımından limiti yoktur Gerek deniz gerekse tatlı sularda yaşayan birçok türde bildirilmiştir (Vendrell vd., 2006). Bu etken aynı zamanda subklinik meme içi enfeksiyonlu ineklerden (Devriese vd., 1999), mastitisli su buffalolarından (Carvalho vd., 1997), kümes hayvanlarının etlerinden (Barakat 2

10 vd., 2000), çiğ inek sütünden (Villani vd., 2001), et ürünlerinden (Rantsiou vd., 2005 ) ve kedi ve köpek tonsillerinden (Eldar vd., 1996) de teşhis edilmiştir. Bunlara ilaveten etkenin birkaç vakada özellikle uzak doğuda insandan da izole edilmesi potansiyel zoonoz olabileceği görüşünü güçlendirmektedir. Amerika da insanlardan üriner kanaldan, kandan, deriden ve solunum sisteminden izole edilmiştir (Elliot vd., 1991). Lactococcus, gram pozitif fakültatif anaerobik, hareketsiz, sporsuz, oksidaz ve katalaz negatif, oval kok, çift ya da kısa zincirler oluşturabilen kanlı agarda alfa hemolitik, uygun besi ortamında 4 ila 45 C arasında üreyebilen bir bakteridir. (Ksuda vd., 1991; Prieta vd., 1993; Eldar vd., 1996). Hastalık özellikle su sıcaklığının 16 C üzerine çıktığı yaz aylarında etkili olmakta ve birçok balık türünü etkileyerek çok önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır (Austin ve Austin, 1999). Lactococcus nin tür içi sınıflandırmasında bazı karbonhidratların asidifikasyonu temelinde ve bazı enzimlerin varlığında 13 biyotipi olduğu belirlenmiştir. Bunların 6 sı balıklardan izole edilmiştir. Ayrıca rastgele amplifiye edilmiş polimorfik DNA (RAPD) ve pulse-field gel elektroforesis (PFGE) metodları epidemiyolojik çalışmalar için kullanılmış ve L. nin Japonya ve Avrupa da farklı akuatik suşları karşılaştırılmıştır (Vela vd., 2000; Ravelo vd., 2000; Ravelo vd., 2003). Son zamanlarda farklı coğrafik orijinlerden ve farklı balık türlerinden izole edilen 23 L. suşu geleneksel biyokimyasal testler, minitarize sistem ve 2 farklı besi yeri kullanılarak fenotipik özellikleri bakımından incelenmiş ve sonuçlar suşlar arasında yüksek düzeyde bir homojenitenin varlığını göstermiştir. Bu sonuç epidemiyolojik yetersizlikten dolayı farklı biyotiplerden söz edilemeyeceğini göstermiştir (Ravelo vd., 2001). Geleneksel biyokimyasal testler ve bakteri büyütme testlerinin sonuçlarına göre Lactococcus nin özellikleri Tablo 1 de ki gibidir (Vendrell vd., 2006) Morfoloji ve Kültür Lactococcus hareketsiz, sporsuz, gram pozitif, tek, çift ya da kısa zincirler oluşturabilen kanlı agarda alfa (α) hemoliz özelliğine sahip bir bakteridir. Optimum üreme ısısı 30 C de 24 saattir. Ayrıca Brain heart infizyon agar (BHIA), Triptik Soy Agar (TSA), Triptik Soy Brot (TSB), Bile agar (BA) ve Bile eskulin agar (BEA) gibi zenginleştirilmiş besi yerlerinde üreyebilir (Toranzo vd., 1994). Çalışmalar göstermiştir ki L. 3

11 optimum gelişmesini BHIA da ph 7-8 ve C de gerçekleştirmektedir (Cheng ve Chen, 1996). Tablo 1. L. nin biyokimyasal, kültürel ve fizyolojik karakterizasyonu. Karakter Reaksiyon Karakter Reaksiyon Hücre morfolojisi Oval kok Gram + Arjinin + Motilite - Ornitin - Üreme Lizin - 4 C + Asit üretimi; 20 C + Giliserol - 37 C + Rafinoz - 45 C + Arabinoz - ph Sorbitol + 6.5% NaCl + Mannitol + Hemoliz α Sellobioz + Katalaz - Galaktoz + Oksidaz - D-glukoz + TSI A/A Maltoz + Oksidativ/fermentativ Fermentatif Trehaloz + Nitrat İndirgenmesi - D-mannoz + Sitrat - İnositol - Ure - Lactoz + İndol Üretimi - Riboz değişken Eskulin + Sukroz değişken VP (Voges Prouskar) + Adonitol - H2S üretimi - Gilikojen - Arjinin dihidrolizi + Melibiyoz - PYR (Pirolidonil arilamidaz) + Melezitoz - Alkalin posfataz - Starch - ß -Glukuronidaz değişken Tagatoz değişken Löysin arilamidaz + L-ramnoz - Sodyum hippurat hidroliz - D-ksiloz - Salisin + A/A : TSI medyum asidifikasyonu ve H 2 S üretmez) 1.3. Antijenik Karakter Lam aglütinasyon tekniği yardımı ile L. nin serolojik karakterizasyonu oluşturulmuş ve hücre duvarından KG ve KG + şeklinde iki antijenik tipi olduğu bildirilmiştir (Kitao, 1983). Bakterinin Japonya ve Avrupa kapsüllü suşları ile kapsüllü ve kapsülsüz suşları arasında yüzeysel karbonhidrat yapıları arasında farklılıklar bulunmuştur. (Barnes ve Ellis, 2004). Bu sonuçlar L. yı Avrupa kapsüllü serotipi, Japonya kapsüllü serotipi ve her iki bölgenin kapsülsüz serotipi olarak 3 farklı serotipe ayırmaktadır. Bakterinin patojenitesini belirlemeye yönelik gökkuşağı alabalıklarında yapılan birkaç çalışmada kapsüllü suşların (KG ) kapsülsüz suşlara (KG + ) oranla daha patojen oldukları belirlenmiştir (Barnes vd., 2002). 4

12 1.4. Patojenite ve Hastalığın Klinik Semptomları Lactococcosis hiperakut ve hemorajik septisemi olarak belirtilmiştir (Eldar vd., 1996). Hastalığın gelişimi çevresel faktörlere, su sıcaklığına, suyun mikrobiyel yüküne ve balığın bakım şartlarına bağlı olarak değişmektedir (Prieta vd., 1993). Hastalıkta birçok vakada mortalite oranının %50 nin üzerine çıkması ve balığın büyüme oranının düşmesinden dolayı etken çiftliklerde önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır (Vendrell vd., 2006). Etkenin inkubasyon periyodu çok kısa ve virulensi çok yüksektir. Deneysel enfeksiyonlarda mortalite oranı iki gün içerisinde %100 e kadar çıkabilmektedir (Chen vd., 2001). Lactococcosis iştahsızlık, uyuşukluk, deride kararma ve düzensiz yüzme gibi genel hastalık semptomları şeklinde başlar, dışarıdan baş ve göz çevresinde, anal bölgede ve yüzgeç kaidelerinde kanama, çift yada tek taraflı ekzoptalmus ile kendini gösterir. Ekzoptalmus hastalığı akla getirebilir. Ayrıca karın bölgesinde şişlik ve anüste prolapsus gözlenir (Eldar vd., 1999; Prieta vd., 1993; Muzquiz vd., 1999; Vendrell vd., 2004). Enfeksiyondan dolayı damar endotelinde oluşan lezyonlar iç organların yüzeyinde kanamalara sebep olur. Nekropside periton üzerinde genellikle asidik karakterde sıvı birikir, bu sıvı bazen irinli ya da kanlı da olabilir. Etkilenen balıktaki makroskopik lezyonlar herhangi bir sistemik akut hastalıktaki gibi tipiktir ve yüzme kesesi, karaciğer, beyin, böbrek, barsak, kalp ve periton gibi dokularda değişen düzeyde kanamalar mevcuttur (Prieta vd., 1993; Aizpurua vd., 1999; Austin vd., 1999; Aizpurua vd., 2000; Afonso vd., 2003; Pereira vd., 2004). Histopatolojik olarak oküler alanda iltihaplı hücre birikimi gözlenir. Ayrıca gözlerin ön ve arka bölümlerinde irinli alanlar ve göz içi kas ve yağ dokusunun kanamalı iltihabı gözlenebilir (Eldar vd., 1999; Chang vd., 2002). Etkilenen balıkta genelde meningitis mevcuttur ve beyinde beyin zarlarına ait lezyonlar ve lezyonlu alanlarda eksudat birikimi gözlenebilir (Eldar vd., 1999; Chang vd., 2002). Kalp, böbrekler ve peritonda da da lezyonlar diğer organlarda ki gibidir ve bol fibroblast makrofaj ve lenfosit infiltrasyonu görülebilir (Eldar vd., 1999; Chang vd., 2002) Epidemiyoloji Son zamanlarda L. gökkuşağı alabalığı, sarı kuyruk, tilapya (Oreochromis sp.), Japon yılan balığı (Anguilla japonica), pisi (Paralichthys olivaceous), kefal, kedi balığı, wild wrasse (Coris aygula), siyah kayabalığı (Sebastes schlegeli), kralbalığı 5

13 (Seriola lalandi) ve dev tatlı su karidesi gibi türlerden hastalığa neden olan etken olarak izole edilmiştir (Chen vd., 2001; Prieta vd., 1993; Kusuda vd., 1991; Lee vd., 2001; Chen vd., 2002; Ravelo vd., 2003; Colorni vd., 2003; Kang vd., 2004; Kawanishi vd., 2005). Gökkuşağı alabalıkları diğer balıklarla karşılaştırıldıklarında en duyarlı ve mortalitenin en yüksek olduğu balık türüdür (Ghittino vd., 1998). Lactococcus ile yapılan patojenite çalışmalarında genç balıklarda (50 g) erişkin balıklara (100 g) oranla akut formun daha uzun süre devam edip mortalitenin daha yüksek olduğu rapor edilmesine rağmen (Muzquiz vd., 1999), son yıllarda gökkuşağı alabalığı çiftliklerinde ki doğal enfeksiyonlarda etken 5 g lık balıktan 1 kg. ve daha büyük balıklara kadar tümünü etkilediği görülmüştür (Diler vd., 2002; Pereira vd., 2004). Su sıcaklığı hastalığın ortaya çıkmasında çok önemlidir, çoğu akut salgınlar su sıcaklıklarının C yi aştığı durumlarda görülmektedir (Prieta vd., 1993; Ghittino vd., 1998). Kötü akuatik çevre, bakım şartları, beslenme ve yetersiz oksijen etkenin yayılmasını ve virulansını artırmaktadır (Fukuda vd., 1997). Bakterinin bir işletmeye girişi ve hastalığı meydana getirmesi farklı yollarla ve farklı kaynaklarla gerçekleşmektedir (Vendrell vd., 2006). Enfekte balıkların çiftliğe transferi en sık görülen infeksiyon kaynağıdır. Asemptomatik taşıyıcılar bakteriyi dışkı yolu ile havuza yayarlar ve böylece sağlıklı balıklar enfekte edilmiş olur. Ayrıca hastalığı geçirmiş balıklar da belirli periyotlarda etkeni yayabilirler (Ghittino vd., 1998). Çiftliklerde ki asemptomatik balıkların varlığı PCR metodu ile belirlenmiş ve çevre durumu bakteri lehine optimum olunca hastalığın ortaya çıktığı saptanmıştır (Cheng vd., 2002). Etken çiftliklerde balık dışında havuz suyundan, çamurdan, sedimentten ve akuatik ekipmanlardan da izole edilmiştir (Kusuda vd., 1991; Kitao vd., 1979). Hastalıkta bulaşma temelde horizontal yolla olmaktadır. Özellikle aynı ortamı paylaşan balıklar arasında yaralı balıkların birbirine teması yada fekal-oral yol ile bulaşma olmaktadır (Afonso vd., 2003). Ayrıca enfekte balık yada diğer gıdaların yem olarak kullanılması ile de etken işletmelere bulaşabilir (Yasunaga vd., 1982 ) Teşhis Hasta balıklarda görülen lezyonlar ve karakteristik semptomlar benzer diğer hastalıklarda da görülebildiği için kesin teşhis için bakteriyel etkenin laboratuar metotları ile tanımlanması gerekmektedir (Vendrell vd., 2006 ). 6

14 Hastalığın görüldüğü yerden ölü yada hasta görünümlü balıklar laboratuara alındıktan sonra, en uygun organlar olan böbrek ve beyinden yada dalak, karaciğer, bağırsak, gözler ve kandan da etken izole edilebilir (Ghittino vd., 1998). Lactococcus yi izole etmek için BHIA, TSA, BA yada Nutrient agar (NA) gibi besi yerleri kullanılmaktadır (Kusuda vd., 1991; Austin vd., 1999) C lik sıcaklık ve 24 saat L. nin gelişmesi için optimum şartlar olduğu gibi balıklarda hastalık yapan diğer birçok bakterinin üremesi engelleneceği için teşhiste önemlidir (Prieta vd., 1993). Etkenin biyokimyasal karakterini ortaya çıkarmak amacıyla klasik biyokimyasal metotlar kullanılabilir. Yine bu amaçla kullanılan API20 Strep, API-rapid ID32 ve API50CH gibi minitarize sistemler aynı zamanda bakterinin fenotipik karakterini ortaya çıkarmaktadır (Ravelo vd., 2001, Cagirgan, 2004). Lactococcus, L. lactis subs. lactis ile sıklıkla karıştırılabilirse de Klindamisin testi ve PZR metodu ile bu iki tür birbirinden ayrılabilmektedir (Elliot vd., 1991; Zlotkin vd., 1998). Lactococcus nin teşhisinde serolojik olarak: lam aglütinasyon testi (Kitao vd., 1982, Eldar vd., 1995) ve florasan antikor tekniği (Kawahara vd., 1987 ) kullanılmaktadır. Son yıllarda geliştirilen PCR protokolü ile dizayn edilen primer setleri yardımıyla 16S rdna sekans analizleri yapılarak L. nin spesifik tür tayini kolayca yapılabilmektedir (Zlotkin vd., 1998; Altinok, 2011). Yine son zamanlarda balıklarda bulunan birden fazla patojeni eş zamanlı olarak tespit için multipleks PCR metodu geliştirilmiştir. Bu teknik hem saf kültürlerden hem de doğal infekte balık dokusundan L. nın dışında birden fazla etkeninde aynı anda tespitine kısa sürede olanak vermektedir (Mata vd., 2004; Altinok, 2011) Tedavi Balıklarda Streptococcus cinsi ve benzeri etkenlerden kaynaklanan infeksiyonlarda tedavi amaçlı eskiden beri antibiyotikler kullanılmaktadır. Ancak bu kimyasalların gelişigüzel kullanımı antibiyotiklere olan direnci arttırmıştır (Robinson vd., 1966; Katao vd., 1982). Bu ilaçların bazılarının in vitro şartlarda L. ye karşı etkili olmalarına rağmen, gerek balıkta ani gelişen iştahsızlık gerekse dirençli suşların oluşmasından dolayı in vivo şartlarda etkisiz oldukları gözlenmiştir (Bercovier vd., 1997). Gökkuşağı alabalıklarında ortaya çıkan Lactococcosis salgınlarında hastalığı kontrol altına almak için çoğunlukla eritromisin, oksitetrasiklin, amoksisilin ve doksasiklin kullanılmaktadır (Munday vd., 1994). Farklı coğrafik orijinli L. suşları ile yapılan çalışmalarda suşların tümünün enrofloksasin ve nitrofurantoin e duyarlı olduğu, oksolinic asit ve 7

15 sulfametoksazol-trimetoprim e ise dirençli olduğu gözlemlenirken eritromisin, cloramfenikol, oksitetrasiklin ve ampisilin e karşı ise sonuçların orijine göre değişken olduğu görülmüştür (Ravelo vd., 2001). Son yıllarda Türkiye de ki salgınlarda L. izolatlarının eritromisin, ofloksasin, ampisilin ve kloramfenikole karşı duyarlı, penisilin ve klindamisine karşı ise dirençli oldukları saptanmıştır (Diler vd., 2002). Kültür ortamında L. ile mücadelede bakteriyofajlar da denenmiş fajların özellikle oral yolla alındıklarında mortaliteyi düşürmede yardımcı oldukları saptanmıştır (Nakai vd., 1999). Yine son yıllarda probiyotiklerin Lactococcosis ve Streptococcosis enfeksiyonlarını lökosit sayısının arttırılması ve fagositik aktivitenin genişlemesi sayesinde engellediği gözlenmiştir (Brunt vd., 2005) Koruma ve Kontrol Öncelikle etkenin bir çiftliğe girişini engellemek için koruyucu önlemler almak gerekir. Balığa elle müdahalenin minimuma indirilmesi, ölü ya da hasta balıkların hemen uzaklaştırılması, erken teşhis, stok yoğunluğunun düşük tutulması, alet ve ekipmanda hijyene dikkat edilmesi ve kaliteli yem kullanımı alınması gereken en önemli tedbirlerdir. Ayrıca tankların periyodik temizliği alet ve ekipmanın formaldehit, kloramin-t, hidrojen peroksit potasyum permanganat gibi dezenfektanlar ile dezenfeksiyonu etkenin yayılmasının engellenmesi için faydalıdır (De Kinkelin vd., 1991; Romalde vd., 2004). Ayrıca etkenin girişini engellemek amacıyla tesise yumurta ve yavru balık girişlerinin kontrol altına alınması ve hastalıktan arındırılmış sağlık sertifikalı yumurtaların alınması gereklidir (De Kinkelin vd., 1991; Romalde vd., 2004). Hastalık çıkışının engellenmesinde fizikokimyasal parametrelerin kontrolü çok önemlidir. Su sıcaklığının 15 C nin üzerine çıkması, amonyum konsantrasyonunun artması ve ardından oksijen doygunluğunun azalması hastalığın ortaya çıkmasını ve şiddetini arttırmaktadır (Fukuda vd., 1997; Hurvitz vd., 1997). Lactococcosisis i kontrol altına almak için duyarlı popülasyon aşılanabilir. Lactococcosis salgınları görülen yerlerden alınan L. izolatları ile inaktive aşılar geliştirilmiştir (Eldar vd., 1995; Eldar vd., 1997). İspanya da balık çiftliklerinde bu tip aşılarla yapılan denemelerde aşılanmış balıklardaki mortalitenin aşılanmamış üstelik eritromisin ile tedavi edilen balıklarda ki mortalite oranına oranla üç kat daha düşük olduğu gözlenmiştir (Prieta vd., 1993). Son yıllarda farklı mineral yağlar ile adjuvantlı 8

16 aşılar geliştirilmiş olup bu aşıların aşılamadan sonraki koruma süresi diğer aşılara göre daha uzun olduğu saptanmıştır ( Vendrell vd., 2004, Ghittino vd., 1999). Yine son çalışmalar mineral yağ içermeyen adjuvant aşıların aşılamadan sonra ki koruma süresini arttırdıkları gözlemlenmiştir (Ravelo vd., 2005). Günümüzde Loctococcosis salgınlarının önlenmesinde intraperitonal yol ile yağ adjuvantlı aşılamanın en etkili yöntem olduğu düşünülmektedir (Vendrell vd. 2006). Aşılamanın Lactococcosis ile mücadelede etkin bir yol olduğu düşünülse de aşılamanın başarısı konakçının türüne, uygulama yoluna ve adjuvantın tipine göre değişmektedir. Genel olarak alabalıklarda bu hastalığa karşı yapılan aşılamanın etkinliğinin düşük olduğu ve koruma sürelerinin kısıtlı (3-6 ay) olduğu bildirilmiştir (Afonso vd., 2003) Bakteriyel Balık Hastalıklarında Moleküler ve Epidemiyolojik Yöntemler Son yıllarda moleküler biyolojideki gelişmelerle birlikte patojen balık hastalılarının tespiti ve etkenlerin epidemiyolojisine yönelik çalışmalar yaygın olarak yapılmakta ve bu sayede balık hastalıklarının önlenmesi, antibiyotik direncinin azaltılması gibi konularda önemli adımlar atılabilmektedir (Altinok ve Kurt, 2003) Pulsed-Field Gel Elektroforesiz Metodu Pulsed-field gel elektroforesiz ilk kez Schwartz ve Cantor tarafından tanımlanmıştır (Schwartz vd., 1994). Bu metot genomik DNA nın kesici restriksiyon endonükleaz enzimleri kullanarak PFGE tarafından fragmentlerin ayrılması ve band örneklerinin canlandırılıp yorumlanması esasına dayanır. Geleneksel jel elektroforesiz 50 kilobaza kadar olan DNA fragmentlerini ayrıştırabilirken PFGE fragmentleri 10 megabaz büyüklüğündeki fragmentleri ayrıştırabilir (Mary Elizabeth Kaufmann). PFGE infeksiyon etkeni izolatların karşılaştırılmalarında kullanılan bir metot olup bakteri suşlarının tanımlanmasında nadiren kullanılır. Son yıllarda izolatlar arası benzerlik ya da farklılıkların tespitinde mevcut en tartışmasız ayırıcı metottur. PFGE de temel özellik bir homojen elektrik alanının çoklu elektrot ve farklı voltajlar kullanarak üretilmesidir (Chu vd., 1986 ). Bakteri yoğunluğu ve yaşı, DNA nın kalite ve konsantrasyonu, agaroz konsantrasyonu, yıkama işlemi, kesici enzimin miktarı ve özelliği, bafırın sertliği, voltaj ve pulse zamanı, ve sıcaklık gibi bir çok faktör PFGE deki görüntü kalitesini etkiler (Cooper K., 2000). PFGE metodu ile katı ve sıvı besi yerinde üretilen bakteriler yoğunlukları ayarlandıktan sonra düşük erime ısılı agaroza karıştırılıp küçük 9

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI

SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI SU ÜRÜNLERİ SAĞLIĞI BÖLÜM BAŞKANLIĞI Hacı SAVAŞ-SÜMAE, Su Ürünleri Sağlığı Bölüm Başkanı Su Ürünleri Sağlığı Bölüm Başkanlığı enstitümüz bünyesinde faaliyet gösteren bölümlerden birisidir. 2000 yılı başından

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/12) Akreditasyon Kapsamı

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/12) Akreditasyon Kapsamı Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/12) Deney Laboratuvarı Adresi : Yokuşbaşı Mah. Emin Anter Bulvarı No:43/B BODRUM 48400 MUĞLA / TÜRKİYE Tel : 0252 313 20 06 Faks : 0252 313 20 07 E-Posta : info@akademi-lab.com

Detaylı

GENETİK LABORATUVARI

GENETİK LABORATUVARI GENETİK LABORATUVARI Laboratuvar sorumluları: Prof. Dr. Mehmet TOPAKTAŞ Prof. Dr. Hasan Basri İLA Temel Araştırma Alanımız: Genetik, Sitogenetik, Genotoksikoloji Genetik laboratuvarında günlük hayatta

Detaylı

Hatice YILDIRAN. Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ

Hatice YILDIRAN. Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ Hatice YILDIRAN Gıda Mühendisi BURDUR İL MÜDÜRLÜĞÜ GIDA TAKVİYELERİ Eğitim Yeri Eğitim Konusu : HOLLANDA-TNO : Gıda Takviyeleri Eğitim Süresi : 21 Aralık 2012-20 Mart 2013 Danışman : Dr. Koen VENEMA Eğitim

Detaylı

Kanatlı. Selko-pH Uygulamasının Broylerlerde Canlı Ağırlık ve Yem Tüketimine Etkisi

Kanatlı. Selko-pH Uygulamasının Broylerlerde Canlı Ağırlık ve Yem Tüketimine Etkisi Selko-pH Uygulamasının Broylerlerde Canlı Ağırlık ve Yem Tüketimine Etkisi KONU etkisi İLGİ Tamponlanmış organik asit kombinasyonunun broyler performansına Selko-pH Uygulamasının Broylerlerde Canlı Ağırlık

Detaylı

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ Koliform Bakteri Grubunun Tanımı Koliform grubunu oluşturan bakteriler; tamamı aerobik veya fakültatif anaerobik olan, gram negatif, spor oluşturmayan,

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ Bitki Doku Kültürü Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (08.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü

Detaylı

BALIKLARDA PSEUDOMONAS İNFEKSİYONLARI. Yüksel DURMAZ Uzman Veteriner Hekim

BALIKLARDA PSEUDOMONAS İNFEKSİYONLARI. Yüksel DURMAZ Uzman Veteriner Hekim BALIKLARDA PSEUDOMONAS İNFEKSİYONLARI Yüksel DURMAZ Uzman Veteriner Hekim Pseudomonas ailesi içinde sınıflandırılma yapılmış ve 25 tür kapsadığı görülmüştür. Patojen olan ve olmayan Pseudomonas türleri

Detaylı

GURM (Strangles) (su sakağısı)

GURM (Strangles) (su sakağısı) GURM (Strangles) (su sakağısı) TEK TIRNAKLI ÜST solunum yollarında yangı RETROFARİNJİYAL ve SUBMANDİBULAR lenf yumrularında ABSE oluşumu AKUT, BULAŞICI ETİYOLOJİ Streptococcus equi subspecies equi Gram

Detaylı

2013-2014 ÖĞRETİM YILI LABORATUVAR DERSLERİ BAŞLAMA, BİTİŞ VE SINAV TARİHLERİ

2013-2014 ÖĞRETİM YILI LABORATUVAR DERSLERİ BAŞLAMA, BİTİŞ VE SINAV TARİHLERİ AÇIKÖĞRETİM FAKÜLTESİ UZAKTAN EĞİTİM ÖNLİSANS PROGRAMLARI 2013-2014 ÖĞRETİM YILI LABORATUVAR DERSLERİ KAYIT DUYURUSU ÖNEMLİ UYARILAR LABORATUVAR DERSLERİNE KAYIT İŞLEMLERİ 05-09 MAYIS 2014 TARİHLERİ ARASINDA

Detaylı

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst.

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst. VETERİNER İLAÇ KALINTILARININ ÖNEMİ ve VETERİNER İLAÇ KALINTILARI TEST METOTLARI Beyza AVCI TÜBİTAK -ATAL 8-9 Ekim 2008 İZMİR KALINTI SORUNU? Hayvansal kökenli gıdalarda, hayvan hastalıklarının sağaltımı,

Detaylı

VETERİNER İLAÇ KALINTILARININ ÖNEMİ ve VETERİNER İLAÇ KALINTILARI TEST METOTLARI. Beyza AVCI TÜBİTAK -ATAL 8-9 Ekim 2008 İZMİR

VETERİNER İLAÇ KALINTILARININ ÖNEMİ ve VETERİNER İLAÇ KALINTILARI TEST METOTLARI. Beyza AVCI TÜBİTAK -ATAL 8-9 Ekim 2008 İZMİR VETERİNER İLAÇ KALINTILARININ ÖNEMİ ve VETERİNER İLAÇ KALINTILARI TEST METOTLARI Beyza AVCI TÜBİTAK -ATAL 8-9 Ekim 2008 İZMİR KALINTI SORUNU? Hayvansal kökenli gıdalarda, hayvan hastalıklarının sağaltımı,

Detaylı

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ MOLEKÜLER TANI VE TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Doç.Dr. Aynur KARADENİZLİ Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD, Kocaeli Francisella tularensis Küçük, aerobik, pleomorfik,

Detaylı

M47 MICROGEN STREP MICROGEN

M47 MICROGEN STREP MICROGEN M47 MICROGEN STREP MICROGEN Strep; kültür ortamından Streptococcus Lancefield gruplarının (A, B, C, D, F ve G) tespitini hızlı bir şekilde gerçekleştiren latex slide aglütasyon testidir. İnsanda enfeksiyona

Detaylı

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik

Detaylı

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst.

Bornova Vet.Kont.Arst.Enst. Gıda ve Yemlerde Salmonella Gelişimi imi ve Analiz Metotları Şebnem Ö Budak 08-09 09 Ekim 2008, İzmir Salmonella spp. Salmonella spp., enterobacteriaceae familyası üyesi, fakültatif anaerob, gram negatif,

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü. Doç.Dr.Engin DEVECİ HÜCRE KÜLTÜRÜ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak araştırmacılara kanser, kök hücre, hücre mekaniği çalışmaları gibi konularda hücre

Detaylı

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

VİBRİONACEAE FAMİLYASI. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ D.Ü TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ A.D

VİBRİONACEAE FAMİLYASI. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ D.Ü TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ A.D VİBRİONACEAE FAMİLYASI Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ D.Ü TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ A.D Genel Özellikleri Gram negatif basiller Polar flajellası ile hareketli Sporsuz, kapsülsüz Fakültatif anaerop Fermentatif

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINDA UYULMASI GEREKEN KURALLAR

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINDA UYULMASI GEREKEN KURALLAR MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINDA UYULMASI GEREKEN KURALLAR Kurallar Laboratuvar saatinde geç kalan öğrenciler, eğitim başladıktan sonra laboratuvara alınmayacaktır. Laboratuvarlar devamlılık arzettiği için

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor! Uygulamalı Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları Yaz Dönemi Başlıyor! : DNA izolasyonu, Primer tasarımı, PCR Teknikleri, Agaroz Jel Elektroforezi,

Detaylı

Ġ.Ü. MÜHENDĠSLĠK FAKÜLTESĠ ÇEVRE MÜHENDĠSLĠĞĠ BÖLÜMÜ

Ġ.Ü. MÜHENDĠSLĠK FAKÜLTESĠ ÇEVRE MÜHENDĠSLĠĞĠ BÖLÜMÜ Ġ.Ü. MÜHENDĠSLĠK FAKÜLTESĠ ÇEVRE MÜHENDĠSLĠĞĠ BÖLÜMÜ Çevre Mikrobiyolojisi Dersi Laboratuvar Uygulama 6 BOYAMA TEKNİKLERİ Mikrobiyolojide çeşitli organizmaları ve bunların farklı bölgelerini boyamak için

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR?

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? Prof. Dr. METİN ATAMER Dr. EBRU ŞENEL ANKARA ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ SÜT TEKNOLOJİSİ BÖLÜMÜ Kaliteli süt üretimi için sağlanması gereken koşullar; Sağlıklı inek Özenli

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

Riketsia, Bedsonia, Klamidya ve virüsler canlı ortamlarda ürerler. Canlı ortamlar üç kısma ayrılır.

Riketsia, Bedsonia, Klamidya ve virüsler canlı ortamlarda ürerler. Canlı ortamlar üç kısma ayrılır. MİKRO ORGANİZMALARIN ÜRETİLMESİ İÇİN BESİYERLERİ Mikroorganizmaları izole etmek ve saf kültür olarak üretebilmek için birçok ortamlar geliştirilmiştir (Besiyerleri, vasatlar). Besi yerleri başlıca iki

Detaylı

KLİMALARDA ÜREYEN BAKTERİLERE BİTKİSEL YAĞLARIN ETKİSİ

KLİMALARDA ÜREYEN BAKTERİLERE BİTKİSEL YAĞLARIN ETKİSİ KLİMALARDA ÜREYEN BAKTERİLERE BİTKİSEL YAĞLARIN ETKİSİ Hazırlayan Öğrenciler Fulya MORDOĞAN 7-B Pırıl ALP 7-B Danışman Öğretmen Demet EROL İZMİR, 2012 1 İÇİNDEKİLER 1. Proje özeti...3 2. Projenin amacı...3

Detaylı

KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ

KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ YAYIN TARİHİ 01/07/2011 REVİZYON TAR.-NO 00 BÖLÜM NO 04 STANDART NO 11 DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTÜ 00 Kısıtlı Bildirim : Duyarlılık test sonuçları klinikteki geniş spektrumlu antimikrobik

Detaylı

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları Dr Dilara

Detaylı

ASC (ANDALUZİT, SİLİSYUM KARBÜR) VE AZS (ANDALUZİT, ZİRKON, SİLİSYUM KARBÜR) MALZEMELERİN ALKALİ VE AŞINMA DİRENÇLERİNİN İNCELENMESİ

ASC (ANDALUZİT, SİLİSYUM KARBÜR) VE AZS (ANDALUZİT, ZİRKON, SİLİSYUM KARBÜR) MALZEMELERİN ALKALİ VE AŞINMA DİRENÇLERİNİN İNCELENMESİ ASC (ANDALUZİT, SİLİSYUM KARBÜR) VE AZS (ANDALUZİT, ZİRKON, SİLİSYUM KARBÜR) MALZEMELERİN ALKALİ VE AŞINMA DİRENÇLERİNİN İNCELENMESİ İlyas CAN*, İbrahim BÜYÜKÇAYIR* *Durer Refrakter Malzemeleri San. Ve

Detaylı

Enterohemorajik Escherichia coli nin Gıda Güvenliği Yönünden Önemi

Enterohemorajik Escherichia coli nin Gıda Güvenliği Yönünden Önemi Enterohemorajik Escherichia coli nin Gıda Güvenliği Yönünden Önemi Escherichia coli Enterobacteriaceae familyasında Gram negatif Mezofil E. coli Min.-Maks. Opt. Sıcaklık( o C) 7-45 37 ph değeri 4.4-9.0

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

ALABALIKLARDA GÖRÜLEN STREPTOKKOSİS VAKALARI İLE İLİŞKİLİ BAKTERİYEL PATOJENLERİN MULTİPLEKS POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (mpcr) İLE TANIMLANMASI

ALABALIKLARDA GÖRÜLEN STREPTOKKOSİS VAKALARI İLE İLİŞKİLİ BAKTERİYEL PATOJENLERİN MULTİPLEKS POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (mpcr) İLE TANIMLANMASI T.C. ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ MİK-D-2013-0001 ALABALIKLARDA GÖRÜLEN STREPTOKKOSİS VAKALARI İLE İLİŞKİLİ BAKTERİYEL PATOJENLERİN MULTİPLEKS POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (mpcr)

Detaylı

Bilimsel Projeler. Projenin amacı: Öğrencileri okul tuvaletlerinde mikroorganizmaların bulaşarak hasta olmalarını engellemek,

Bilimsel Projeler. Projenin amacı: Öğrencileri okul tuvaletlerinde mikroorganizmaların bulaşarak hasta olmalarını engellemek, Bilimsel Projeler PROJENİN ADI: Mikroorganizmaları Işınlayalım Öğrenciler: Rumeysa ŞAHİN Okul: Amasya Bilim ve Sanat Merkezi - 2012 Danışman: Hidayet TERECİ www.fencebilim.com Projenin amacı: Öğrencileri

Detaylı

DNA Dizileme (Sekanslama)

DNA Dizileme (Sekanslama) T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi

Detaylı

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara Taksonomik terimler Alem (Kingdom) Bölüm veya şube (divisio, filum)

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

NOCARDIA Türlerinin Laboratuvar Tanısı. Uzm. Dr. Ayten Coşkuner İzmir Eğitim ve Araştırma Hastanesi

NOCARDIA Türlerinin Laboratuvar Tanısı. Uzm. Dr. Ayten Coşkuner İzmir Eğitim ve Araştırma Hastanesi NOCARDIA Türlerinin Laboratuvar Tanısı Uzm. Dr. Ayten Coşkuner İzmir Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nocardia lar aerobik Actinomycetes lerin en önemli türü Aerobik Actinomycetes ler; kısa kok ya da çomak

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

GÖRÜNÜR IŞIĞIN HAVUZ SULARININ DEZENFEKSİYONUNDA ALTERNATİF BİR YÖNTEM OLARAK KULLANILMASI

GÖRÜNÜR IŞIĞIN HAVUZ SULARININ DEZENFEKSİYONUNDA ALTERNATİF BİR YÖNTEM OLARAK KULLANILMASI GÖRÜNÜR IŞIĞIN HAVUZ SULARININ DEZENFEKSİYONUNDA ALTERNATİF BİR YÖNTEM OLARAK KULLANILMASI Hazırlayan Öğrenciler Dila Berfin UÇAN 7-F Ekin Ladin TÜRKMEN 7-F Danışman Öğretmen Melike TURAN İZMİR, 2014 İÇİNDEKİLER

Detaylı

Streptococcus pyogenes'in Etken Olduğu Cerrahi Alan İnfeksiyonu Salgını

Streptococcus pyogenes'in Etken Olduğu Cerrahi Alan İnfeksiyonu Salgını Streptococcus pyogenes'in Etken Olduğu Cerrahi Alan İnfeksiyonu Salgını Yasemin Tezer Tekçe 1, Ayşe Erbay 2, Özlem Ünaldı 3, Hatice Çabadak 1, Süha Şen 1, Rıza Durmaz 3 1 Türkiye Yüksek İhtisas Eğitim

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Spesifik tanı yöntemleri: 1. Direk (kült ltür r ve bakterinin gösterilmesi) g 2. Antikorların n gösterilmesig 1.Standart tüp aglütinasyonu 2.Rose Bengal

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015 Mikrobiyal Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde funguslarda görülen

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Bitki nüklear, mitokondriyal ve kloroplast DNA'ları *Burada yer alan bugünkü bilgilerimizin çoğu, moleküler evrim mekanizması ve oranları kullanılarak

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

Tarım ve hayvancılıkta doğru analiz ve doğru yönlendirme verimi birebir etkiler!

Tarım ve hayvancılıkta doğru analiz ve doğru yönlendirme verimi birebir etkiler! Tarım ve hayvancılıkta doğru analiz ve doğru yönlendirme verimi birebir etkiler! VETERİNER TEŞHİS HİZMETLERİ Hassas ölçümler... Sağlıklı sonuçlar... Akılcı öneriler! 2011 yılında hayata geçirdiğimiz Veteriner

Detaylı

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr

Detaylı

BRUSELLOZUN İNSANLARDA ÖNLENMESİ VE KONTROLÜ

BRUSELLOZUN İNSANLARDA ÖNLENMESİ VE KONTROLÜ BRUSELLOZUN İNSANLARDA ÖNLENMESİ VE KONTROLÜ Prof. Dr. Fatma Ulutan Gazi Üniversitesi Tıp T p Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklar kları Anabilim Dalı BRUSELLOZ KONTROLÜ VE ERADİKASYONU

Detaylı

SOLİT ORGAN TRANSPLANTASYONU ve BK VİRUS ENFEKSİYONLARI Doç. Dr. Derya Mutlu Güçlü immunsupresifler Akut, Kronik rejeksiyon Graft yaşam süresi? Eskiden bilinen veya yeni tanımlanan enfeksiyon etkenleri:

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar

Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop yayınlar Haziran 2015 İletişim adresleri : "Güven Külekçi" gkulekci@istanbul.edu.tr, "Turk Mikrobiyoloji Cemiyeti" tmc@tmc-online.org Anaerop Haber Haziran 2015 sayısının konu başlığı : Yurt içi / yurt dışı anaerop

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Kaynaklar Mikrobiyolojik prosedürleri doğrulama / geçerli kılmaya ilişkin aşağıdaki uluslararası kaynaklar önerilir

Detaylı

Kanatlı. Hindilerde salmonellanın başarıyla azaltılması

Kanatlı. Hindilerde salmonellanın başarıyla azaltılması Hindilerde salmonellanın başarıyla azaltılması KONU İLGİ Hindilerde pozitif salmonella koşullarında Fysal Fit-4 ve Selko-pH uygulamasının ardından kalan salmonella miktarının araştırılması Hindilerde salmonella

Detaylı

Bruselloz. Muhammet TEKİN. Bulaşıcı Hastalıklar Çevre ve Çalışan Sağlığı Şube Müdürü

Bruselloz. Muhammet TEKİN. Bulaşıcı Hastalıklar Çevre ve Çalışan Sağlığı Şube Müdürü Bruselloz Muhammet TEKİN Bulaşıcı Hastalıklar Çevre ve Çalışan Sağlığı Şube Müdürü Bruselloz Esas olarak hayvanların hastalığı olan bulaşıcı bakteriyel bir enfeksiyon hastalığı Hayvanlardan insanlara mikroplu

Detaylı

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria Mikotoksin nedir? Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria belirli nem ve ısı koşullarında oluşturdukları fungal metabolitler En sık karşılaşılan mikotoksinler; o aflatoksinler, o okratoksin, o trikotesen,

Detaylı

KAPLICALARDA ÖNEMLİ BİR SORUN: AMİPLER TÜRKİYE DEN BİR ÖN ÇALIŞMA

KAPLICALARDA ÖNEMLİ BİR SORUN: AMİPLER TÜRKİYE DEN BİR ÖN ÇALIŞMA KAPLICALARDA ÖNEMLİ BİR SORUN: AMİPLER TÜRKİYE DEN BİR ÖN ÇALIŞMA Uzm. Dr. Derya Çamur 1 Prof. Dr. Serpil Değerli 2 Prof. Dr. Songül Acar Vaizoğlu 3 Doç. Dr. Cavit Işık Yavuz 4 Dr. Hüseyin İlter 1 Prof.

Detaylı

Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) Yavrularının İlk Dönemlerde Büyüme Performansı ve Ölüm Oranı Üzerine Tuzluluğun Etkisi

Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) Yavrularının İlk Dönemlerde Büyüme Performansı ve Ölüm Oranı Üzerine Tuzluluğun Etkisi Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) Yavrularının İlk Dönemlerde Büyüme Performansı ve Ölüm Oranı Üzerine Tuzluluğun Etkisi Halim İbrahim ERBAŞ Nadir BAŞÇINAR Mehmet KOCABAŞ Şebnem ATASARAL

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

BLACK QUEEN CELL VİRUS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı

BLACK QUEEN CELL VİRUS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı BLACK QUEEN CELL VİRUS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Viroloji Laboratuarı Giriş Bal arısı(apis Mellifera) yetiştiriciliği Bakteriyel ve paraziter arı hastalıkları İzole edilen 18 arı virusu Black Queen Cell

Detaylı

Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı?

Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı? Yoğun Bakımlarda İnfeksiyon Kontrolü: Haricen Klorheksidin Uygulanmalı mı? Dr. Funda YETKİN İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum Planı Klorheksidin

Detaylı

Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE) Metodu ve Akuatik Organizmalarda Kullanımı

Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE) Metodu ve Akuatik Organizmalarda Kullanımı Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi Dergisi, 9(1): 44-54 (2013) Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE) Metodu ve Akuatik Organizmalarda Kullanımı Mustafa TÜRE 1* İlhan ALTINOK 2 1 Su Ürünleri Merkez Araştırma

Detaylı

GIDALARDA SALMONELLA ARANMASI (RAPIDCHEK SELECT SALMONELLA)

GIDALARDA SALMONELLA ARANMASI (RAPIDCHEK SELECT SALMONELLA) 1. AMAÇ VE KAPSAM Bu talimat gıda örneklerinde Salmonella türlerinin aranmasına yöneliktir. Analiz iki aşamalı selektif zenginleştirme sonrasında protein temelli bir sistem olan Rapidchek Select Salmonella

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

OLGULARLA ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ (GRAM NEGATİF BAKTERİLER) DR. ÇİĞDEM ARABACI OKMEYDANI E.A.H.

OLGULARLA ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ (GRAM NEGATİF BAKTERİLER) DR. ÇİĞDEM ARABACI OKMEYDANI E.A.H. OLGULARLA ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ (GRAM NEGATİF BAKTERİLER) DR. ÇİĞDEM ARABACI OKMEYDANI E.A.H. OLGU 1 65 yaşında, erkek hasta Üroloji polikliniği Başvuru şikayetleri: Üç gün önce başlayan sık

Detaylı

Virüsler Hazırlayan: Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Virüsler Hazırlayan: Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER Virüsler Hazırlayan: Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Virüslere Giriş Virüsler genellikle ökaryotlardan ve prokaryotlardan çok daha küçük moleküllerdir. Genellikle enfeksiyon yeteneği olan

Detaylı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

16S rrna Analizi. Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 16S rrna Analizi Doç. Dr. Zeynep Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunum içeriği Genel bilgi Uygulanışı Kullanım alanları Avantajları Dezavantajları Neden

Detaylı

Nobilis Salenvac T. Salmonella ile mücadelede öldürücü yumruk

Nobilis Salenvac T. Salmonella ile mücadelede öldürücü yumruk Nobilis Salenvac T ile mücadelede öldürücü yumruk Yağ içermeyen adjuvant minimum aşı reaksiyonu, aluminyum hidroksit jel içerir. Yağ içermeyen bu adjuvant güçlü bir bağışıklık cevabını uyarır ve aşı reaksiyonlarını

Detaylı

NORMAL ÖĞRETİM DERS PROGRAMI

NORMAL ÖĞRETİM DERS PROGRAMI NORMAL ÖĞRETİM DERS PROGRAMI 1. Yarıyıl 1. Hafta ( 19.09.2011-23.09.2011 ) Gıda maddelerinin kalite kriterleri Beslenmeyle ilgili genel bilgilerin verilmesi Gıda güvenliği Halk Sağlığı Zoonoz enfeksiyonlarla

Detaylı

Viral gastroenteritlere bağlı salgınlar Türkiye ve Dünyada Güncel Durum

Viral gastroenteritlere bağlı salgınlar Türkiye ve Dünyada Güncel Durum Viral gastroenteritlere bağlı salgınlar Türkiye ve Dünyada Güncel Durum Dr.Gülay KORUKLUOĞLU Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Tanımlar Salgın Belirli bir yer (veya populasyonda) ve zamanda, beklenenin üzerinde

Detaylı

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı Süheyla SÜRÜCÜOĞLU Tüberkülozun etkin kontrolü için; Yayma sonuçları Kültür ve identifikasyon Duyarlılık testleri ; 24 saat ; 21 gün ; 30 günde bildirilmeli CDC, 1995

Detaylı

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit

Detaylı

FEN ve TEKNOLOJİ / GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ. GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ

FEN ve TEKNOLOJİ / GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ. GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ 1 Genetik mühendisliği canlıların kalıtsal özelliklerinin değiştirilerek onlara yeni işlevler kazandırılmasına yönelik araştırmalar yapan bilim dalıdır. Genetik mühendisleri

Detaylı

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ HÜCRE KÜLTÜRÜ ve TEKNOLOJİSİ Doç.Dr. Engin DEVECİ

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ HÜCRE KÜLTÜRÜ ve TEKNOLOJİSİ Doç.Dr. Engin DEVECİ DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ HÜCRE KÜLTÜRÜ ve TEKNOLOJİSİ Doç.Dr. Engin DEVECİ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak

Detaylı

Rumen Kondisyoneri DAHA İYİ BY-PASS PROTEİN ÜRETİMİNİ VE ENERJİ ÇEVRİMİNİ ARTTIRMAK, RUMEN METABOLİZMASINI DÜZENLEMEK İÇİN PRONEL

Rumen Kondisyoneri DAHA İYİ BY-PASS PROTEİN ÜRETİMİNİ VE ENERJİ ÇEVRİMİNİ ARTTIRMAK, RUMEN METABOLİZMASINI DÜZENLEMEK İÇİN PRONEL Rumen Kondisyoneri DAHA İYİ Protein Değerlendirilmesi Enerji Kullanımı Süt Kalitesi Karaciğer Fonksiyonları Döl Verimi Karlılık BY-PASS PROTEİN ÜRETİMİNİ VE ENERJİ ÇEVRİMİNİ ARTTIRMAK, RUMEN METABOLİZMASINI

Detaylı

Asidik suyun özellikleri. Alkali suyun özellikleri. ph > 11 ORP < -800mV Cl içermez. ph < 2,7 ORP < 1100mV Cl derişimi: 10-80 ppm

Asidik suyun özellikleri. Alkali suyun özellikleri. ph > 11 ORP < -800mV Cl içermez. ph < 2,7 ORP < 1100mV Cl derişimi: 10-80 ppm Et Endüstrisinde Elektrolize Yükseltgen Su Uygulaması Cem Okan ÖZER, Birol KILIÇ SÜLEYMAN DEMİREL ÜNİVERSİTESİ GIDA MÜHENDİSLİĞİ Elektrolize yükseltgen su Kontaminasyon=problem Bakteriler otostopçudur.

Detaylı

Kültür Gökkuşağı Alabalıklar (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) ından İzole Edilen Gram-Negatif Bakterilerin Antibiyotik Duyarlılığı

Kültür Gökkuşağı Alabalıklar (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) ından İzole Edilen Gram-Negatif Bakterilerin Antibiyotik Duyarlılığı Biyoloji Bilimleri Araştırma Dergisi 6 (2): 11-15, 2013 ISSN: 1308-3961, E-ISSN: 1308-0261, www.nobel.gen.tr Kültür Gökkuşağı Alabalıklar (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) ından İzole Edilen Gram-Negatif

Detaylı

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI * VİRAL V HEPATİTLERDE TLERDE SEROLOJİK/MOLEK K/MOLEKÜLER LER TESTLER (NE ZAMANHANG HANGİ İNCELEME?) *VİRAL HEPATİTLERDE TLERDE İLAÇ DİRENCİNİN SAPTANMASI *DİAL ALİZ Z HASTALARININ HEPATİT T AÇISINDAN

Detaylı

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011 SİTOMEGALOVİRUS (CMV) Prof. Dr. Seyyâl ROTA Gazi Ü.Tıp Fakültesi LOW SYSTEMIC GANCICLOVIR EXPOSURE AND PREEMPTIVE TREATMENT FAILURE OF CYTOMEGALOVIRUS REACTIVATION IN A TRANSPLANTED CHILD J Popul Ther

Detaylı

SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı. Hazırlayan. Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim

SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı. Hazırlayan. Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim SIĞIRLARIN NODÜLER EKZANTEMİ LUMPY SKIN DISEASE (LSD) Hastalık Kartı Hazırlayan Dr. M. Fatih BARUT Vet. Hekim Etlik Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü Virolojik Teşhis Laboratuvarı Etken: Etken,

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM

7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 7. BÖLÜM MİKROBİYAL GELİŞİM 1 Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde

Detaylı

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama

Detaylı

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE (yalnızca CLSI mı?) Dr.ELViN DiNÇ OKMEYDANI E.A.H ENFEKSİYON HASTALIKLARI VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KLİNİĞİ Antibiyotik tedavisi gerektiren bir enfeksiyonda rolü olan

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

EYLÜL 2010 S0461&S0462

EYLÜL 2010 S0461&S0462 İSTANBUL İL KONTROL LABORATUVAR MÜDÜRLÜĞÜ GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE DIŞ KALİTE DEĞERLENDİRMESİ (EQA=EXTERNAL QUALITY ASSESMENT) SONUÇ RAPORU EYLÜL 2010 S0461&S0462 İstanbul İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü

Detaylı

Biyosidal Ürünlerin Mikrobiyolojik Analizlerinde Karşılaşılan Genel Sorunlar

Biyosidal Ürünlerin Mikrobiyolojik Analizlerinde Karşılaşılan Genel Sorunlar Biyosidal Ürünlerin Mikrobiyolojik Analizlerinde Karşılaşılan Genel Sorunlar Güven Özdemir Ege Üniversitesi Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Bornova, İzmir guven.ozdemir@ege.edu.tr Biyosidal ürünlerin laboratuvar

Detaylı