T.C. ANKARA YILDIRIM BEYAZIT ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TRANSLASYONEL TIP ANA BİLİM DALI TRANSLASYONEL TIP DOKTORA PROGRAMI

Transkript

1 T.C. ANKARA YILDIRIM BEYAZIT ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TRANSLASYONEL TIP ANA BİLİM DALI TRANSLASYONEL TIP DOKTORA PROGRAMI Translasyonel Tıp, temel araştırmaların laboratuvarda yapılan keşiflerden çıkarak gerçek klinik uygulamalara doğru ilerlediği bir süreç olarak tanımlanmaktadır. Translasyonel Tıp birçok bilim dalının birarada çalışmasını gerektiren bir alandır ve temel araştırmalar ile klinik araştırmalar arasında bir köprü görevi görür. Klinikte ihtiyaç duyulan alanın belirlenip bu alana yönelik temel çalışmanın planlanması ya da temel çalışması yapılmış bir konunun klinik uygulama alanlarının belirlenmesi ve değerlendirilmesi, iki alanın sürekli iletişimde olmasını ve bilgi transferini gerektirir. Bahsedilen köprünün kurulabilmesi ise rutin analizlerin ötesinde ileri düzey teknolojik cihazların bulunduğu, aktif AR-GE laboratuvarlarının kurulmasını ve devamlılığını gerektirmektedir. Translasyonel Tip Doktora Programı kapsamında tıbbi biyokimya, tıbbi mikrobiyoloji, moleküler biyoloji gibi temel bilimlerin yanısıra tıbbi endokrin ve metabolizma hastalıkları, tıbbi onkoloji gibi klinik bilimler, malzeme mühendisliği, biyomedikal mühendisliği vb. mühendislik alanları yer almaktadır. Programının Amaçları Laboratuvar alanı, en hızlı gelişen alanlardan biridir. Kullanılan cihazların teknolojisinin hızla gelişmesi ve yeni cihazların devreye girmesi; tanı ve tedavide yeni biyobelirteçlerin keşfini beraberinde getirmektedir. Her yıl onlarca biyobelirteç klinikte kullanıma aday belirteçler olarak literatürde yer almaktadır. Ancak zaman içinde bu biyobelirteçlerin çok az bir kısmı rutin klinikte yerini almakta, büyük çoğunluğu ise teorik bilimsel araştırma olarak kalmaktadır. Bu durumun en önemli nedenlerinden biri, temel bilimciler ile klinisyenlerin ortak bakış açısına sahip olamamaları ya da klinikteki ihtiyaç ile temel çalışma alanının birbiri ile örtüşmemesinden kaynaklanmaktadır. 1

2 Translasyonel Tıp, temel araştırmaların laboratuvarda yapılan keşiflerden çıkarak gerçek klinik uygulamalara doğru ilerlediği bir süreç olarak tanımlanmaktadır. Translasyonel Tıp birçok bilim dalının birarada çalışmasını gerektiren bir alandır ve temel araştırmalar ile klinik araştırmalar arasında bir köprü görevi görür. Klinikte ihtiyaç duyulan alanın belirlenip bu alana yönelik temel çalışmanın planlanması ya da temel çalışması yapılmış bir konunun klinik uygulama alanlarının belirlenmesi ve değerlendirilmesi, iki alanın sürekli iletişimde olmasını ve bilgi transferini gerektirir. Ülkemizde temel bilimler ve klinik bilimler alanında önemli çalışmalara imza atılmakla birlikte, temel ve klinik bilimlerin biraraya gelip ürün ortaya çıkartılması konusunda önemli bir ihtiyaç söz konusudur. Bu alanda oluşturulacak olan yetişmiş insan kaynağı, ülkemizde halen mevcut olan bu önemli boşluğu doldurmayı amaçlamaktadır. Bu programın önemi, alt yapısı kuvvetli, iyi düzeyde İngilizcesi olan fen, veteriner, diş hekimliği, eczacılık ve mühendislik fakülteleri lisans mezunu olup sağlık ya da sağlık ve fen bilimlerinin diğer alanlarında yüksek lisans yapmış, ya da tıp fakültesini bitirmiş, araştırmaya ilgi duyan mezunları doktora eğitimine alarak, ülkemizin translasyonel tıp alanında araştırıcı gereksinimini karşılayacak, üst-düzey, uluslar arası bilimsel düzeye sahip bilim insanlarını ve akademisyenleri yetiştirmektir. Translasyonel Tıp Doktora programı, sağlıkta ve hastalıkta temel moleküler ve hücresel mekanizmaların bütünsel bir perspektifle irdelendiği; temel araştırmalar ve klinik araştırmalar konusunda bütünsel bakış açısı kazandırmayı hedefleyen bir eğitim programı olması amaçlanmaktadır. Program ile, tıp, fen, veteriner, diş hekimliği, eczacılık, mühendislik lisans mezunu öğrencilere temel ve klinik araştırma yöntemleri, translasyonel tıp kavramları, temel bilgiler ile klinik problemleri ilişkilendirme yetisi, deneylerde elde edilen verileri analiz etme, yorumlama ve klinikte kullanım kapasitesini değerlendirme bilgi ve donanımı kazandırılması hedeflenmektedir. Doktora Programında Görev Alan Öğretim Üyeleri Prof.Dr. Ayşe Esin AKTAŞ (Tıbbi Mikrobiyoloji AD Öğretim Üyesi) Prof.Dr. Leyla Didem KOZACI (Tıbbi Biyokimya AD Öğretim Üyesi) Prof.Dr. Reyhan ERSOY (Tıbbi Endokrin ve Met. Hast. BD Öğretim Üyesi) Prof.Dr. Fatma Meriç YILMAZ (Tıbbi Biyokimya AD Öğretim Üyesi) Prof.Dr. Gülsen YILMAZ (Tıbbi Biyokimya AD Öğretim Üyesi) Prof.Dr. Ahmet ÇARHAN (Tıbbi Biyoloji AD Öğretim Üyesi) Doç.Dr. Mehmet Ali Nahit ŞENDUR (Tıbbi Onkoloji BD Öğretim Üyesi) Doç.Dr. Ceylan BAL (Tıbbi Biyokimya AD Öğretim Üyesi) Dr.Öğr. Üyesi Gülsüm TOPATEŞ (Malzeme Müh. AD Öğretim Üyesi) 2

3 Dr.Öğr. Üyesi Fatma DOĞAN GÜZEL (Biyomedikal Müh. AD Öğretim Üyesi) Doktora Ders İçerikleri Doktora programı, tezli yüksek lisans derecesi ile kabul edilmiş öğrenciler için en az yedi ders, seminer, ilgili enstitü anabilim dalının teklifi ve enstitü yönetim kurulu kararı ile belirlenen diğer öğrenim etkinlikleri (makale, konferans, bildiri ve benzerleri), yeterlik sınavı, tez önerisi ve tez çalışması olmak üzere en az 240 AKTS kredisinden oluşur. Zorunlu Dersler KODU DERSİN ADI TEORİK UYG. KRD AKTS TTIP601 Kanıta Dayalı Tıp TTIP602 Metod Geliştirme ve Validasyon/Verifikasyon TTIP603 Doktora Semineri I TTIP604 Doktora Semineri II TTIP627 Bilimsel Araştırma Teknikleri ve Etik SGBE601 Uzmanlık Alan Dersi SGBE606 Tez Çalışması Seçmeli Dersler KODU DERSİN ADI TEORİK UYG. KRD ECTS TTIP605 Bilim ve Sağlık Politikaları TTIP606 İleri Hücre Biyolojisi TTIP607 Biyolojik örnek saklama ve Biyobankalar TTIP608 Biyobelirteçler Ve Kişiye Özel Tıp TTIP609 Oksidatif Stres ve Antioksidan Savunma TTIP610 Biyomalzemeler II TTIP611 Translasyonel Tıpta Deneysel Hayvan Modelleri TTIP612 Moleküler ve Hücresel Biyokimya TTIP613 Biyokimyasal Genetik TTIP614 Biyokimyasal Toksikoloji TTIP615 Metabolik Yolaklar TTIP616 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları TTIP617 Sinyal iletiminin Moleküler Mekanizmaları TTIP618 Hücresel ve Moleküler İmmünoloji TTIP619 Bakteriyoloji TTIP620 Viroloji TTIP621 Parazitoloji TTIP622 Mikoloji TTIP623 Biyokimya Analiz Teknikleri II TTIP624 İleri Hücre ve Doku Kültürü Teknikleri TTIP625 Mikrobiyolojik Teknikler II TTIP626 Biyomedikal Bilimlerde İleri Teknikler TT601 Kanıta Dayalı Tıp 3

4 Literatür araştırmasında kullanılacak yöntemler. Tıbbi kararlarda kanıt temeli. Klinik araştırma modelleri. Kanıt piramidi ve kullanımı. Tanı ve tedavide klinik rehberler. TTIP602 Metod Geliştirme Ve Validasyon/Verifikasyon Metod geliştirme basamakları. Metod geçerli kılma ve doğrulama basamakları (Validasyon/Verifikasyon): Doğruluk, tekrarlanabilirlik, doğrusallık, referans aralık analizi, interferanslar. Validasyon/Verifikasyon maaliyet etkinlik boyutu. TTIP627 Bilimsel Araştırma Teknikleri ve Etik Bilimsel yöntemler. Entelektüel özerklik, bütünlük ve etik yargılar. Bilginin olanak ve sınırlamalarını ve toplumdaki rolü. TTIP605 Bilim ve Sağlık Politikaları Türkiye Sağlık Sistemi. Ülkemizde uygulanan sağlık politikaları ve etkileri. Sağlık Sisteminin takibi için yürütülen temel sağlık araştırmaları. Sağlık Alanında bilimsel çalışmalara destek veren kurumlar. TÜSEB. TÜBİTAK. TTIP606 İleri Hücre Biyolojisi Moleküler ve hücresel düzeyde yapı-fonksiyon ilişkilerine genel bir bakış. Temel genetik mekanizmaların önemi; gen ekspresyonunun kontrolü; membran yapısı, nakil ve trafik; hücre işaretleme; hücre adezyonu; hücre bölünmesinin mekaniği; sitoplazmayı destekleyen elemanlar; bütün hücreler için geçerli olan proseslerin moleküler mekanizması; sitoplazmik olaylar; subsellular organellerinin yapısı, fonksiyonu ve biyogenezi. Günümüzde hücre biyolojisi konusunda gerçekleştirilen araştırmalar. TTIP607 Biyolojik Örnek Saklama ve Biyobankalar Örnek alma ve gönderme standartları. Preanalitik varyasyon kaynakları. Biyobankaların gerekliliği ve kullanım alanları. Uluslararası örnek biyobanka modelleri. Biyobankaların yapılanması ve standardizasyon. Biyobanka oluşumundaki yasal ve etik özellikler. Biyobankalarda saklanan örnekler (Doku, vücut sıvısı, DNA, RNA, Protein, Kemik iliği, kan, hücre süspansiyonu, idrar). Uygun doku ve biyolojik örnek ve kontrollerini hazırlama ve saklama yöntemleri. Biyobankalar için uygun, kullanıma açık, güvenli bilgisayar temelli veri kayıtlarının oluşturulması TTIP608 Biyobelirteçler ve Kişiye Özel Tıp 4

5 Biyobelirteç tanımı ve sınıflandırılması. Biyobelirteçlerin fizyolojik ve patolojik durumlarla ile ilişkisi. Biyobelirteçlerin keşfi ve klinik uygulamaya aktarımı. Biyolojik varyasyonlar ve klinik kullanıma etkisi. Hastalıklarda biyobelirteçlerin kullanım spektrumu. Akılcı test seçimi. Diyabetes mellitusda ve obesitede biyobelirteçler. Kanserde biyobelirteçler. Vücut sıvılarında ve dokularda saptanma yöntemleri. Kişiye özgü tıp kavramı ve omik ler. Proteomik, temel ilke ve yöntemler. Metabolomik, temel ilke ve yöntemler. Biyobelirteçlerin belirlenmesinde proteomik çalışmaların rolü. TTIP609 Oksidatif Stres ve Antioksidan Savunma Serbest Radikallerin tanımı ve sınıflandırması. Endojen ve ekzojen serbest radikal kaynakları. Antioksidan sistem. Oksidatif stres. Oksidatif stres ve patofizyolojideki rolü. Oksidatif stres ile ilişkili hastalıklar. TTIP610 Biyomalzemeler II Hücresel, gözenekli ve yoğun biyomalzemelerin üretimi ve karakterizasyonu; amorf biyomalzemelerin üretimi ve karakterizasyonu; biyomalzeme hücre/doku etkileşiminin karakterizasyonu; biyomalzemelere uygulanan yüzey işlemleri; yüzey karakterizasyon teknikleri. TTIP611 Translasyonel Tıpta Deneysel Hayvan Modelleri Biyolojik olayların anlaşılması için yapılan deneylerde, hipotezi bilimsel kurallara göre kurulmuş araştırmalarda ve biyolojik testlerde kullanılan model organizma ve deney hayvanlarda gerçekleştirilecek çalışma yöntemleri. Model Organizma ve deney hayvan biyolojileri, transgenik organizma ve hayvan modeli, transgenik organizma ve hayvan modeli yapımı, farklı hastalıklara yönelik geliştirilen hayvan model örnekleri, İyi Laboratuvar Uygulamalarının Temelleri (OECD GLP Prensipleri), deney hayvanlarında gerçekleştirilen mutajenite, karsinojenite toksisite, biyoyararlanım gibi çalışmalara ait prensipler. TTIP612 Moleküler ve Hücresel Biyokimya Biyomoleküllerin (amino asitler, proteinler, nükleik asitler, karbonhidratlar ve lipidler) sınıflandırılması ve fizyolojik görevleri. Hücresel metabolizma ve enzim fonksiyonlarının düzenlenmesi. Hücresel biyokimyasal yolaklar. Protein sentez ve taşınımı, proteinlerin posttranslasyonel modifikasyonları. Hücre içi yapılar, sitoskeleton. Hücre ölümü tipleri. İnflamasyon ve kanser mekanizmaları. 5

6 TTIP613 Biyokimyasal Genetik Genler, protein ve metabolizma arasındaki ilişkiler. Kalıtsal metabolik hastalıklar ve belirli kalıtsal hastalıkların nedenleri. Fizyolojik sıvıların ve dokuların metabolit ve enzimatik analizi. Riskli tarama (doğum öncesi tanı); yenidoğan taraması (presemptomatik hastaların testi); yüksek riskli tarama (semptomatik hastaların test edilmesi); ve postmortem tarama (metabolik otopsi). Yenidoğan tarama programlarında tandem kütle spektrometresi. TIP614 Biyokimyasal Toksikoloji Toksikolojinin genel prensipleri. Zehirli ajanlar; metaller, pestisitler, radyasyon, çözücüler ve uçucular. Toksik madde metabolizması; toksik maddelerin emilmesi, dağılımı ve atılımı, ksenobiyotiklerin biyotransformasyonu ve toksikokinetik. Hedef organ toksisitesi. Toksikoloji uygulamaları. TTIP615 Metabolik Yolaklar Glikoliz, glikoneogenezis, sitrik asit döngüsü, oksidatif fosforilasyon, pentoz fosfat yolu, üre döngüsü, yağ asidi β oksidasyonu. Metabolizma yolları ve bunların etkileşimleri. TTIP616 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları Hücre ve ekstrasellüler matriks, hücre zedelenmesi, ölümü, adaptasyonu ve onarımı. Hastalıklara moleküler açıdan genel bakış. İnflamasyon, şok ve sepsis, hemostaz ve tromboz ve metabolik hastalıklar, immün sistem hastalıklarının etiyopatogenezinde rol oynayan moleküler mekanizmalar. TTIP617 Sinyal iletiminin Moleküler Mekanizmaları Sinyal iletim sistemi, protein-protein etkileşimi, fosforilasyon, G proteinleri ve işlevleri, ikinci haberciler ve iyon kanalları, membran reseptörleri ve görevleri, reseptör aktivasyonu sonucu oluşan değişiklikler. Dışarıdan gelen sinyallerin hücreler tarafından algılanıp biyolojik cevaba dönüşmesi için gerekli sinyal iletimi. Birkaç prototip sinyal iletisi kaskad mekanizmasının kavramsal olarak incelenmesi ve literatürde bulunan önemli araştırmalara değinilerek deneysel yaklaşımların öğretilmesi. TTIP618 Hücresel ve Moleküler İmmünoloji 6

7 İmmün sistemin hücre ve dokuları, doğal ve adaptif bağışıklığın özellikleri, antijen, antikor yapıları ve görevleri, sitokinlerin immün yanıttaki rolleri, immün yanıtın düzenlenmesi, immün sistem bozuklukları ve bunlara bağlı olarak ortaya çıkan patolojiler, tümör immünoloji. TTIP619 Bakteriyoloji Stafilokoklar. Streptokoklar ve enterokoklar. Neisseria ve Moraxella. Gram pozitif aerop sporlu basiller. Gram pozitif aerop sporsuz basiller. Enterik gram negatif basiller. Salmonella, Shigella, Yersinia. Nonfermenterler ve seyrek gram negatif basiller. HACEK grubu bakteriler, Capnocytophaga türleri. Vibrio, Campylobacter, Helikobacter. Legionella, Bartonella. Pasteurella ve Francisella. Brucella. Mikobakteriler. Aktinomiçesler ve Nocardia. Mycoplasma ve Ureoplasma. Spiroketler ve diğer spiral bakteriler. Rickettsia ve Erlichia. Klamidya. Anaerop bakteriler TTIP620 Viroloji Virusların yapısı ve genel özellikleri. Viral hastalıklarda tanı yöntemleri. Adenovirüsler ve pox grubu virüsler. Herpes virusları. Hepatit virusları. Papovaviruslar. Parvoviruslar. Orthomyxoviruslar. Paramyxoviruslar. Togavirus. Rhabdovirus. Pikornavirusler. Reovirusler, caliciviruslar, astroviruslar. Coronaviruslar ve Noroviruslar. Arboviruslar ve Roboviruslar. HIV. TTIP621 Parazitoloji Parazitlerin Genel Özellikleri. Barsaklarda ve ürogenital sistemde yerleşen protozoonlar. Kan ve doku parazitleri. Sestodlar. Trematodlar. Nematodlar. Fırsatçı parazitler. Tıbbi entomoloji. TTIP622 Mikoloji Mantarların yapısı ve genel özellikleri. Yüzeyel mikozlar ve deri mikozları. Subkutan mikozlar. Sistemik mikozlar. Fırsatçı mikozlar. Mikotoksinler. Antifungaller TTIP623 Biyokimyasal Analiz Teknikleri II Spektral yöntemler (UV, VIS ve IR spektrofotometri, alev fotometri, AAS, ICP-MS, vb.), kromatografik yöntemler (GC-MS, HPLC, LC-MS, vb.), immünokimyasal yöntemler (CMIA, EIA, ELISA, vb.) ve diğer (Homojenizasyon, liyofilizasyon, izolasyon, mineralizasyon, ön konsantrasyon, vb.) yöntemlerdir. TTIP624 İleri Hücre ve Doku Kültürü Teknikleri Hücre klonlama ve spesifik hücre tipinin seçilmesi, hücre klonlamanın amacı ve tanımı, dilüsyonla klonlama, kılcal tüp içerisinde klonlama yöntemleri, seçici ortamlar ve genetik varyantların seçimi, süspansiyon kültürlerde klonlama ve yumuşak agar yöntemi. Hücrelerin 7

8 kromozom kompozisyonunun belirlenmesi in-situ ve FISH yöntemleri, antijenik ve diferansiyasyon belirleyicileri. Transforme hücre kültürleri, hücre karakteristikleri ve kültürde transformasyon çalışmaları, transformasyon genetiği ve kromozomal anomaliler, tümorojenik özellik belirlenmesine yönelik çalışmalar. Transfekte hücre kültürleri, hücre kültüründeki hücrelere gen aktarım yöntemleri, viral vektörler, hücre kültürlerinde mikroenjeksiyon yöntemi, transfekte hücrelerin seçilmesi. TTIP625 Mikrobiyolojik Teknikler II Mikrobiyolojik örneklerin alınması ve transport. Serolojik testler: presipitasyon, aglutinasyon, indirekt hemaglutinasyon, elisa, floresan antikor, radio immuno assay (ria). Viral hastalıklarda tanı yöntemleri: virüsün ya da viral antijenlerin inceleme örneğinde direkt olarak gösterilmesi, virus izolasyonu ve tiplendirilmesi, virolojide serolojik yöntemlerin kullanılması. Parazitlerin mikrobiyolojik tanısında kullanılan yöntemler: dışkı, kan, doku ve vücut sıvılarının direkt ve indirekt incelenmesi. Moleküler yöntemler ve klinik mikrobiyolojide kullanımı TTB626 Biyomedikal Bilimlerde İleri Teknikler Makroakışkan biyosensörler, mikroakışkan biyosensörler, çip teknolojisi sensörleri, ilaç dağıtım sistemleri, tedavi edici cihazlar. 8