KLİNİK ÖRNEKLERDE GERÇEK ZAMANLI MULTİPLEKS POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU YÖNTEMİYLE AKUT BAKTERİYEL MENENJİT TANISI

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "KLİNİK ÖRNEKLERDE GERÇEK ZAMANLI MULTİPLEKS POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU YÖNTEMİYLE AKUT BAKTERİYEL MENENJİT TANISI"

Berk Okyar
5 yıl önce
İzleme sayısı:

2 KLİNİK ÖRNEKLERDE GERÇEK ZAMANLI MULTİPLEKS POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU YÖNTEMİYLE AKUT BAKTERİYEL MENENJİT TANISI

3 AMAÇ Bu çalışmanın amacı, doğrudan klinik örneklerde hızlı ve güvenilir bir şekilde akut bakteriyel menenjit tanısını koyabilmek ve N. meningitidis serogrup tayini yapabilmek için laboratuvarımızda optimize edilen gerçek zamanlı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (Gz-multipleks PZR) ile beş yıllık periyotta saptanan etkenler ve N.meningitidis serogrup dağılımı hakkında veri sunmaktır.

4 ÖNEM Akut bakteriyel menenjitlerin %80-85 inden S.pneumoniae, N. meningitidis ve H. influenzae tip b sorumludur. Ülkemizde bu etkenlere bağlı bakteriyel menenjitlerin bildirimi zorunlu olup, son yıllarda ülkemizdeki hastalık kontrol programları özellikle bu üç etkene yönelmiştir. Menenjite yol açan etkeni bilmek, alınacak korunma/kontrol önlemelerini belirlemede, tedavi rejiminin seçiminde, hastalığın şiddeti ve seyri hakkında öngörüde bulunabilmede oldukça önemlidir. Bu kapsamda özellikle meningokoksik menenjit tanısının hızla konması hayati öneme sahiptir. Ayrıca toplumdaki N. meningitidis serogruplarının belirlenmesi, uygulanacak olan aşı tipi ve kombinasyonuna karar verilmesi açısından da önem arzeder.

Laboratuvarı nda modifiye edilen şekliyle incelendi.

5 YÖNTEM Optimizasyon BOS örnekleri, Xin Wang M. et al., 2012 de tarif ettiği çalışmanın Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarı nda modifiye edilen şekliyle incelendi. Üç farklı Gz-multipleks PZR testi optimize edildi 95 C de 15 dk. İlk denatürasyonu 94 C de 60 sn. Denatürasyon 60 C de 90 sn Bağlanma X50

6 YÖNTEM Optimizasyon Xin Wang, M. Jordan Theodore, Raydel Mair, et al., Clinical Validation of Multiplex Real-Time PCR Assays for Detection of Bacterial Meningitis Pathogens. J Clin Microbiol March; 50(3): doi: /JCM

7 YÖNTEM Optimizasyon NHS Gz-multipleks PZR testi; Duyarlılığı: 10 2 cfu/ml, Özgüllüğü: %100 Şekil. Neisseria meningitidis duyarlılık çalışması-1: DNA Template olarak kullanılan N. meningitidis suşunun logaritmik dilüsyonları ( cfu/ml).

8 YÖNTEM Optimizasyon BCY Gz-multipleks PZR testi; Duyarlılığı: 10 2 cfu/ml, Özgüllüğü: %100 Şekil. N. meningitidis duyarlılık çalışması-2: DNA Template olarak kullanılan N. meningitidis serogrup B suşunun logaritmik dilüsyonları ( cfu/ml).

9 YÖNTEM Optimizasyon NHS Gz-multipleks PZR testinin BOS smülasyonu; Duyarlılığı: 10 2 cfu/ml, Şekil. N. meningitidis suşunun logaritmik dilüsyonları ( cfu/ml) ve BOS örneği ile yapılan simülasyon çalışması.

10 Tablo 1. Gz-multipleks PZR yönteminin Duyarlılığının Değerlendirilmesi No Dilüsyon oranı DNA Template olarak kullanılan Neisseria meningitidis suşu (cfu/ml) Üreme sonuçları ile Gzmultipleks PZR sonuçlarının karşılaştırılması Üreme (cfu/ml) CT değerleri > , > , > , > , , , , , YÖNTEM Optimizasyon Çalışmanın saptama limiti 10 2 cfu/ml olarak tespit edilmiştir. Sekizinci dilüsyon tüpünden ekstakte edilen ve DNA template olarak kullanılan bakteri konsantrasyonu 40 cfu/ml olup; bu da 1 bakteri/reaksiyon karışımı ([bak]/reak.) olarak hesaplanabilir.

11 YÖNTEM Akreditasyon Klinik örneklerde, N. meningitidis, H. influenzae ve S. pneumoniae (NHS) nın araştırılmasına ve N. meningitidis in serogruplandırılmasına yönelik laboratuvarımızda valide edilerek akredite olunan üç farklı Gz-multipleks PZR testi: 1. NHS Gz-multipleks testi (NHS miks): N. meningitidis, H. influenzae ve S. pneumoniae yı saptamaya 2. BCY Gz-multipleks PZR testi (BCY miks): N. meningitidis serogroup B, C ve Y yi saptamaya yönelik 3. AWX Gz-multipleks testi (AWX miks): N. meningitidis serogrup A, W135 ve X i saptamaya yöneliktir.

12 YÖNTEM Temmuz 2012-Ağustos 2017 tarihleri arasında Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarı na gönderilen akut bakteriyel menenjit şüpheli 205 BOS örneği çalışıldı. Bakteriyel menenjit ön tanılı hastalar her yaş grubundan olup, bunların %25'i (n=49) beş yaş altı çocuklardı. Örneklerin tümü NHS miks ile üç etken açısından araştırıldı. N. meningitidis pozitifliği saptanan örnekler BCY miks ve AWX miks ile serogruplandırıldı.

BULGULAR Tablo. 2012-2017 tarihleri arasında laboratuvarımızda etken saptanan BOS örneklerinin değerlendirilmesi Hasta No Yaş Cins Diğer Geldiği Yer Sonuç CT Değeri Serogruplama 4 N.

13 BULGULAR Tablo tarihleri arasında laboratuvarımızda etken saptanan BOS örneklerinin değerlendirilmesi Hasta No Yaş Cins Diğer Geldiği Yer Sonuç CT Değeri Serogruplama 4 N.meningitidis Pozitif 28,88 B 7 N.meningitidis Pozitif 34,61 NT 8 N.meningitidis Pozitif 28,69 B 9 N.meningitidis Pozitif 40,42 NT 11 N.meningitidis Pozitif 37, E İstanbul N.meningitidis Pozitif 13,23 B E Kırşehir N.meningitidis Pozitif 17,75 W K İstanbul N.meningitidis Pozitif 31,67 B K Suriyeli hasta Ankara N.meningitidis Pozitif 28,81 B E Hastanın 14 gün sonra gönderilen ikinci BOS örneği NEGATİF Adana N.meningitidis Pozitif 19,88 B 31 8 K 29 no'lu hastanın temaslısı Adana N.meningitidis Pozitif 33,30 B 32 Ankara N.meningitidis Pozitif 22,08 B E Adana N.meningitidis Pozitif 30,39 B 40 4 E Ankara N.meningitidis Pozitif 28,41 A 41 4 E Ankara N.meningitidis Pozitif 35,01 NT 44 2 K Ankara N.meningitidis Pozitif B 46 K Trabzon N.meningitidis Pozitif NT E İstanbul N.meningitidis Pozitif 30,97 B 48 E Ex İstanbul N.meningitidis Pozitif 16,79 B E İstanbul S.pneumoniae pozitif 55 3 K Ankara N.meningitidis Pozitif 37,20 B 57 0 E İstanbul N.meningitidis Pozitif 33,56 B K 1 hafta ara ile alınan 2.BOS Kırşehir N.meningitidis Pozitif 31,39 NT örneğinde N. meningitidis negatifleşti 62 9 E İstanbul N.meningitidis Pozitif 18,25 B 65 0 E İstanbul N.meningitidis Pozitif 31,91 B E Askeri Birlik Van N.meningitidis Pozitif 32,22 B 70 0 E Ankara S.pneumoniae pozitif 74 2 E Antalya N.meningitidis Pozitif 35,52 NT 76 7 K İstanbul N.meningitidis Pozitif 26,58 B 77 3 E Antalya S.pneumoniae pozitif 81 2 E Ankara N.meningitidis Pozitif 19,52 B 85 2 E Ankara N.meningitidis Pozitif 32,50 B 88 E Ankara N.meningitidis Pozitif 35,50 B E İstanbul S.pneumoniae pozitif 94 2 E Ex İstanbul N.meningitidis Pozitif 35 B 95 E Ankara N.meningitidis Pozitif 35 B E Ankara S.pneumoniae pozitif K Ankara S.pneumoniae pozitif Tablo tarihleri arasında laboratuvarımızda etken saptanan BOS örneklerinin değerlendirilmesi Hasta No Yaş Cins Diğer Geldiği Yer Sonuç CT Değeri Serogruplama 111 N.meningitidis Pozitif 42,52 NT K Ankara N.meningitidis Pozitif 35,09 NT 116 N.meningitidis Pozitif 39,35 NT E Ankara N.meningitidis Pozitif 29,12 Y E Ankara S.pneumoniae pozitif K Ankara H.influenzae pozitif E Ankara S.pneumoniae pozitif E Gaziantep N.meningitidis Pozitif 30,42 B K İstanbul N.meningitidis Pozitif 34 C K İstanbul N.meningitidis Pozitif 30,4 Y 167 Hastanın iki hafta ara ile alınan 2. BOS örneğinde N.meningitidis yine POZİTİF (CT:36,11) bulunurken, S.pneumoniae saptanmadı. Ankara N.meningitidis ve S.pneumoniae POZİTİF NmCT:23,50- SpCT:35, E Ankara S.pneumoniae pozitif E Bolu S.pneumoniae pozitif K Ankara S.pneumoniae pozitif K Yozgat S.pneumoniae pozitif 33, K Adana S.pneumoniae pozitif E Suriyeli hasta, kliniği meningikoksik menenjit ile uyumlu. Hastanın 2 yaşındaki kardeşi ex. Kardeşinin kliniği benzer ama örnek alınamamış Adana N.meningitidis Pozitif 43,68 NT K İstanbul S.pneumoniae pozitif 36, E Adana S.pneumoniae pozitif 37, K Trabzon S.pneumoniae pozitif 33, K Suriyeli hasta İstanbul N.meningitidis Pozitif 39,95 NT K Adana S.pneumoniae pozitif E Kastamonu N.meningitidis Pozitif 35,57 B E Mersin N.meningitidis Pozitif 38,60 B 200 K Ankara S.pneumoniae pozitif 28, İstanbul S.pneumoniae pozitif 26, E Adana S.pneumoniae pozitif 29, E Hastanın 9 gün ara ile gelen Ankara N.meningitidis Pozitif 31,12 NT ikinci BOS örneğinde sonuç NEGATİF E İstanbul N.meningitidis Pozitif 30,39 B Nm:Serogrup B 67 örnek (%32,7) etken POZİTİF 46 N.meningitidis (1 vakada hem N.meningitidis hem de S.pneumoniae saptandı) 20 S.pneumoniae pozitif 1 H.influenzae pozitif 46 N.meningitidis pozitif 27 serogrup B (%58,7) 2 (%4,3) serogrup Y 1 er serogrup A, C ve W135 (%2,1) 11 NT (%23,9)

14 SONUÇ Gz-multipleks PZR yönteminin NHS ye bağlı akut bakteriyel menenjitin hem direk tanısında hem de N.meningitidis in tiplendirmesinde hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğu görüldü. Hızlı tanı: hastalığın tedavisi ve kontrolü açısından, etkenin serogruplandırılması: korunma/kontrol ve aşı politikaları açısından önem arzetmektedir. Elde edilen sonuçlar, N. meningitidis serogrup B nin ülkemizde yaygınlaştığını gösterirken; bu konuda ulusal düzeyde kapsamlı sürveyans çalışmalarının yapılması gerektiği ortaya çıkmaktadır.

meningitidis in tiplendirmesinde hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğu görüldü.

korunma/kontrol ve aşı politikaları açısından önem arzetmektedir.

15 SONUÇ Gz-multipleks PZR yönteminin NHS ye bağlı akut bakteriyel menenjitin hem direk tanısında hem de N.meningitidis in tiplendirmesinde hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğu görüldü. Hızlı tanı: hastalığın tedavisi ve kontrolü açısından, etkenin serogruplandırılması: korunma/kontrol ve aşı politikaları açısından önem arzetmektedir. Elde edilen sonuçlar, N. meningitidis serogrup B nin ülkemizde yaygınlaştığını gösterirken; bu konuda ulusal düzeyde kapsamlı sürveyans çalışmalarının yapılması gerektiği ortaya çıkmaktadır.

16 N.meningitidis ve S.pneumoniae pozitifliği Kırmızı: Hasta Sarı: NHS PK Mavi: RK

17 BULGULAR Bu süreçte başlıcası; İç Anadolu (n=101) Marmara (n=42) Akdeniz (n=38) Karadeniz (n=11) bölgelerinden olmak üzere toplam 23 ilden merkezimize örnek akışı olmuştur.

Benzer belgeler

Bağışıklama ve Mikrobiyolojik Sürveyans İnvaziv Bakteriyel Etkenler

Bağışıklama ve Mikrobiyolojik Sürveyans İnvaziv Bakteriyel Etkenler Dr. Selin NAR ÖTGÜN Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı 3.Ulusal Klinik Mikrobiyoloji