ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ

Transkript

1 ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ ÖZGEÇMİŞ Adı Soyadı: KAZIM YALÇIN ARĞA Doğum Tarihi: 19 OCAK 1980 Öğrenim Durumu: Derece Bölüm/Program Üniversite Yıl Lisans Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2001 Y. Lisans Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2002 Doktora Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2007 Doçent Biyomühendislik 2014 Yüksek Lisans Tez Başlığı ve Tez Danışmanı: Yüksek lisans tezi bulunmamaktadır. Doktora Tezi Başlığı (özeti ekte) ve Danışmanı: Systems biology of yeast signal transduction, Danışman: Prof. Kutlu Ö. Ülgen Görevler: Görev Unvanı Görev Yeri Yıl Araştırma Görevlisi Misafir Araştırmacı Yardımcı Doçent Doçent Kimya Mühendisliği Bölümü, Mühendislik Fakültesi, Boğaziçi Üniversitesi Mikrobiyal Biyoteknoloji Araştırma Merkezi, Biocentrum, Danimarka Teknik Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü, Mühendislik Fakültesi, Marmara Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü, Mühendislik Fakültesi, Marmara Üniversitesi halen Yönetilen Doktora Tezleri: Tamamlanan Devam eden Danışman 4 4 Eş-danışman 1-1. Systems biomedicine and pharmacology approaches for drug repositioning to uncover candidate anti-cancer drugs, Beste Çalımlıoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, 2018, Tamamlandı). 2. Systems biology approaches to identify novel biomarkers for diagnosis, prognosis and therapeutics in ovarian cancer, Esra Göv, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2017, Tamamlandı). 3. Systematic and integrative analysis of breast cancer and other associated diseases using transcriptome data and interactome networks, Kübra Karagöz, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 1 / 27

2 4. Using systems based models to uncover the disease network of psoriasis and its association with other autoimmune-related diseases, Tuba Sevimoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 5. Brevibacillus thermoruber as a microbial cell factory, Songül Yıldız, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Eş-danışman, (2017, Tamamlandı). 6. Computational Systems Biology of Human Viral Oncogenesis, Medi Kori, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2017 Devam ediyor). 7. Systems Biomedicine Approaches to Decode Molecular Signatures of Human Pituitary Adenoma, Büşra Aydın, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2017 Devam ediyor). 8. Development of predictive models in analysis of multi-omics data to identify diagnostic and therapeutic systems biomarkers, Ayşegül Çalışkan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2016 Devam ediyor). 9. Acil Durum Afet Yönetimi ve Çalışanlarında İş Güvenliği, Özlem Işık Barsan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Güvenliği A.B.D., Danışman, (2016 Devam ediyor). Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri: Tamamlanan Devam eden Danışman 7 2 Eş-danışman Dynamic mapping of protein interactions in cancer, Gizem Gülfidan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 2. Analysis of dose rate tumour response with a mathematical model in treatment of intracranial metastases with Gamma Knife radiosurgery, Alaattin Fidan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 3. Integrative analysis of functional genomics datasets for infertility-associated woman diseases to identify genomic, proteomic and metabolic biomarkers, Medi Kori, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 4. Investigation of the fructose uptake system in Halomonas smyrnensis AAD6 to design strategies for enhanced levan biosynthesis, Büşra Aydın, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2014, Tamamlandı). 5. Purification and characterization of levansucrase enzyme by Halomonas smyrnensis AAD6, Beste Çalımlıoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2014, Tamamlandı). 6. Bioinformatics based metabolic network reconstruction of levan producing Halomonas smyrnensis AAD6, Tuğba Özer, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2013, Tamamlandı). 7. Whole genome sequencing and genome annotation of levan producing Halomonas smyrnensis AAD6, Elif Söğütcü, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2012, Tamamlandı). 8. Differential co-expression analysis of human cancers to reveal systems biomarkers for diagnostic and therapeutic trials, Meltem Nur Erdöl, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2017 Devam ediyor). 2 / 27

3 9. Analysis of differential interactome in colorectal adenocarcinoma to identify candidate biomarkers and therapeutics, Hande Beklen, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Danışman, (2019 Devam ediyor). Yönetilen Tezsiz Yüksek Lisans Bitirme Tezleri: 1. Şöfor, personellerin ve karayolları ile yapılan yolcu taşıma sisteminin iş sağlığı ve güvenliği açısından incelenmesi, Cüneyt Çalışkan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 2. Plastik ambalaj üretim tesislerinde iş sağlığı ve güvenliği, Sait Berber, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 3. Akaryakıt taşımalarında iş güvenliği, Orhan Ünal, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 4. Ofis ortamında iş güvenliği, Derya Arda, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 5. Fotovoltaik güneş enerji sistemlerinde iş güvenliği uygulamaları, Hamdi Şahin, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 6. Telekomünikasyon sektöründe yüksekte çalışmada iş güvenliği ve önleyici tedbirler, Murat Mutlu Küçük, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 7. Ofislerde iş sağlığı ve güvenliği, Muhittin Ufuk Elveren, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 8. F klavye ve ofis ergonomisi, Celal Aşkın, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 9. Atıksu arıtma tesislerinde kimyasal ve biyolojik risklerin değerlendirilmesi, Hatice Kübra Kayapınar, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 10. Salmonella kaynaklı gıda zehirlenmelerinin riskleri ve isg önlemleri, Ayşe Neva Türkmen, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 11. Sağlık çalışanlarında enfekte kan ve vücut sıvılarına maruziyet riskinin belirlenmesi önleme yöntemleri, Figen Palak, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 12. Türkiye de dökümhanelerde iş sağlığı ve güvenliği, Mert Yılmaz, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 13. Risk değerlendirme yöntemleri, Osman Durmuş, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 14. Risk değerlendirmesinde fine-kinney metodu ve inşaat sektöründe örnek uygulaması, Selman Arslan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2018, Tamamlandı). 15. Solunabilir tozlar ve pnömokonyoz hastalıkları, Elif Kacır, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2017, Tamamlandı). 16. Kişisel koruyucu donanımlar, Mustafa Menekşe, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2017, Tamamlandı). 17. Yapı sektöründe dış cephe uygulamalarında iş sağlığı ve güveliği, Kübra Tekel Aktulun, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2017, Tamamlandı). 18. İnşaatlarda iş güvenliği ve şantiye şefinin hukuki sorumluluğu, Soner Yazıcı, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2017, Tamamlandı). 3 / 27

4 19. Altın madenciliğinde siyanürle zenginleştirme ve iş güvenliği, Samet Karaaslan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2016, Tamamlandı). 20. Kimyasalların depolanmasında alınması gereken önlemler, Tülay Cinbaş, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2016, Tamamlandı). 21. Güvenlik bilgi formlarının iş sağlığı ve güvenliği çalışmalarında kullanımı, Sevgi Tan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2016, Tamamlandı). 22. Araç yakıtları ve yakıtların taşınmasındaki iş güvenliği, Harun Şahin, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2016, Tamamlandı). 23. İş sağlığı ve güvenliği kapsamında iş hijyeni ölçümleri, Ülkü Kurnaz, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 24. Ev ve iş yerlerinde patlamaya sebep olabilecek gazlar, İbrahim Arslan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 25. Entegre yönetim sistemlerinin iş sağlığı ve güvenliği açısından yorumlanması, Arif Özdemir, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 26. Tehlikeli maddelerin taşınması, Gökhan Ardıç, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 27. Tehlikeli kimyasallar ile çalışmalarda alınması gereken güvenlik önlemleri, Kübra İlgün, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 28. Çelik konstrüksiyon imalat-montaj çalışmalarında oluşan rsikler ve alınması gereken önlemler, Sinan Kuzu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 29. Ofis alanlarında iş sağlığı ve iş güvenliği, Serdar Sezen, Sezen Köse Ting, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2015, Tamamlandı). 30. Doğalgaz çevrim santrali projelerinde kaza eğilim analizi, Serdar Hasırcı, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İş Sağlığı ve Güvenliği A.B.D., Danışman, (2014, Tamamlandı). Yönetilen Lisans Bitirme Tezleri 1. Determination of diagnostic and prognostic biomarkers through differential interactome in colorectal cancer, Hande Beklen, Nazan Coşkun, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, Drug repositioning for prostate cancer thorugh drug-pathway associations, Altona Aktaş, Seda Güdücü, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, Druggability analysis for epithelial-stroma crosstalk in ovarian cancer, Hatice Güven, Hilal Girgin, Merve Bolat, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, Repurposing molecular signatures and drugs among various cancer types, E. Ravza Öztürk, Gizem Gülfidan, Zeynep Nalbant, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, Metabolic variability analysis of diseases via human metabolic model, S. Yavuz Uğurlu, Ece İşler, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, Prediction of genomic and proteomic biomarker candidates for personalized medicine, Mediha Bahar Baran, Miray Akbaş, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, / 27

5 7. Prediction of genomic and proteomic biomarkers for type 2 diabetes through integration of functional genomics data with genome scale biological networks, Elif Kılıç, Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Danışman, Tez Jüri Üyelikleri: Doktora Tezleri 1. Investigation of the function and potential crosstalk of Elk-1 and Pea3 proteins in neurons, Başak Kandemir, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji A.B.D., Computational Dynamical Characterization of Human Major Histocompatibility Complex Proteins, Onur Serçinoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Fe(II) ve Fe(III)-seçici potansiyometrik sensörlerin geliştirilmesi ve uygulamaları, Tuğba Özer, Yıldız Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Kombucha daki (Çay mantarı) mikrobiyal kompozisyonun biyoinformatik analizi, Muzaffer Arıkan, İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Moleküler Biyoloji ve Genetik A.B.D., Investigation of the effects of bisphenol A and nonylphenol on the transcriptional profiles of Saccharomyces cerevisiae genome, Ceyhun Bereketoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Biological activities of levan-based polymers: In silico approach, Binnaz Coşkunkan, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., In silico conformational analysis of vancomycin and its complexes, Gülçin Cem Özeral, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Halofilik prokaryotlarda quarum sensing mekanizmasının araştırılması, Salim Süner, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji A.B.D., Network topology and dynamic data analysis in Saccharomyces cerevisiae, Muhammed Erkan Karabekmez, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Process optimization for bioethanol production from agro-industrial wastes, Deniz Köşebent, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Biological activities of levan by Halomonas sp., Hande Kazak, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Hamsi balığının genom düzeyinde doku spesifik transkriptom analizi, Vahap Eldem, İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji A.B.D., Understanding the response of bacteria to plant origin antimicrobial alkaloid (-)- Roemerine using biosystems engineering tools, Nilay Budeyri Gökgöz, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Molecular characterisation and association mapping with morphological data of Colchicum L. species in the flora of Turkey, Abdurrahman Umut Tüyel, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Systems biology of microbial biopolymer production, Özlem Ateş, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., A system based rational approach to improve first and second generation bioethanol production by Saccharomyces cerevisiae, Ceyda Kasavi, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., A system based approach to understand human disorders using Saccharomyces cerevisiae as a model organism, Ayça Cankorur, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., / 27

6 18. An integrated approach to investigate TOR signaling mechanism in Saccharomyces cerevisiae, Elif Dereli, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Investigation of the effect of plasticity on the prediction of genetic interactions and phenotypes in Saccharomyces cerevisiae, Duygu Dikicioğlu, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Development of a systems based modular approach to link complex diseases, Deniz Rende, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Yüksek Lisans Tezleri 1. Black box kinetic modeling of ustilago maydis growth and itaconic acid fermentation in different ph values, Ezgi Tanıl, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji A.B.D., Development of in silico fungal anti-filamentation model with ergosterol pathway in S. cerevisiae, Mustafa Erhan Özer, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji A.B.D., Development of a web-based tool for network analysis of protein structures, Rasim Murat Aydınkal, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Analysis of biochemical pathway with graph based algorithms, Emine Ravza Öztürk, Yıldız Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Spatiotemporal modeling of metabolic networks and quorum sensing in a twospecies biofilm, Furkan Kurtoğlu, Gebze Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Development and scale-down of enzyme analysis methods for high throughput screening of important soil enzymes, Sheyda Shakoory, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji A.B.D., Molecular and computational investigation of intrafamilial transcriptional regulatory network of ETS family transcription factors, Yiğit Koray Babal, Gebze Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Moleküler Biyoloji ve Genetik A.B.D., Application of robust statistics on a crude distillation unit, Sinem Nalbant Kurşun, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Understanding alkaliphilic adaptation of Bacillus marmarensis sp. nov. using omic tools, Fatma Ece Altınışık, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Transcriptional changes in Escherichia coli upon treatment with (-)-Roemerine, Dilara Ayyıldız, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Investigation of sulfate-modified levan polysaccharides and their bioactivity, Ayça Akçay, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Effect of temperature on osmolyte regulation strategy using engineering tools, Hilal Mangaoğlu Yürük, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Functional analysis of the genes in the glucose metabolic network by a systems based modular approach, Okan Yüzüak, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Identification of levansucrase gene in Halomonas sp., Burçak Gökmen, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Exopolysaccharide production by Halomonas strains isolated from Turkey, Hande Kazak, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., / 27

7 16. Reconstruction of protein-protein and domain-domain interaction network of wnt signaling in C. elegans, Muhammed Enes Oruç, Boğaziçi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Doktora Tez İzleme Komitesi Üyelikleri: 1. Metabolic network based analysis of cheese starter cultures as a microbial community, Emrah Özcan, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Devam ediyor. 2. Systems Biology Approach for Quantitative Analysis of Glutathione Metabolism in Non-Conventional Yeasts, Burcu Şirin, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Devam ediyor. 3. Development of a decision making support schema for bioprocess evaluation using parametric and metric relationships in complex process models, Gökhan Zorluoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Devam ediyor. 4. Computational Dynamical Characterization of Human Major Histocompatibility Complex Proteins, Onur Serçinoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Fe(II) ve Fe(III)-seçici potansiyometrik sensörlerin geliştirilmesi ve uygulamaları, Tuğba Özer, Yıldız Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Kombucha daki (Çay mantarı) mikrobiyal kompozisyonun biypinformatik analizi, Muzaffer Arıkan, İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Moleküler Biyoloji ve Genetik A.B.D., Investigation of the effects of bisphenol A and nonylphenol on the transcriptional profiles of Saccharomyces cerevisiae genome, Ceyhun Bereketoğlu, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Biological activities of levan-based polymers: In silico approach, Binnaz Coşkunkan, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., In silico conformational analysis of vancomycin and its complexes, Gülçin Cem Özeral, Yeditepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Biological activities of levan by Halomonas sp., Hande Kazak, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., Systems biology of microbial biopolymer production, Özlem Ateş, Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Mühendisliği A.B.D., Verdiği Lisans ve Lisansüstü Dersler: Biyomühendislik Lisans Programı (İngilizce) 1. BIOE 2011 Bioengineering Principles 2. BIOE 2062 Mathematical Applications in Bioengineering Systems 3. BIOE 3032 Introduction to Systems Biology 4. BIOE 473 Business in a Competitive Environment in Bioengineering 5. BIOE 4097/4098 Bioengineering Project I-II (Graduation Projects) 6. CSE 1021 Scientific Programming 7. STAT 2052 Biostatistics Mühendislik Fakültesi Diğer Lisans Programları (İngilizce) 8. MATH 2055 Differential Equations 9. MATH 2059 Numerical Methods 10. MATH 1002 Calculus II Mühendislik Fakültesi Diğer Lisans Programları (Türkçe) 11. KMM 259 Kimya Mühendisliğinde Nümerik Yöntemler 7 / 27

8 12. KMM 341 Kimyasal Kinetik 13. IST 254 Mühendisler için İstatistik Biyomühendislik Lisansüstü Programları (İngilizce) 14. BIOE 7002 Advanced Bioinformatics 15. BIOE 7055 Biostatistics 16. BIOE 7062 Biological Control Systems 17. BIOE 7073 Mathematical Modelling in Bioengineering Systems 18. BIOE 7086 Systems Biology 19. BIOE 7089 Engineering Medicine 20. BIOE 8047 Biological Networks Theory 21. BIOE 8095 Advanced Topics in Bioengineering I 22. BIOE 618 Functional Genomics 23. BIOE 630 Statistical Bioinformatics 24. BIOE 650 Modern Control Theory Biyoteknoloji Lisansüstü Programları (İngilizce / Gebze Teknik Üniv.) 25. BTEC 562 Bioprocess Engineering İş Güvenliği Lisansüstü Programları 26. IG 7004 Endüstriyel Hijyen ve Toksikoloji 27. IG 7098 Dönem Projesi 28. IG 8007 Endüstriyel Hijyen ve Enstrümentasyon 29. IG 8019 Toksikoloji Projelerde Yaptığı Görevler: Yürütücü Araştırmacı Tamamlanan Devam eden Tamamlanan Devam eden Uluslararası Ulusal (TÜBİTAK) Ulusal (Diğer) Kurumsal System biyolojisi bakışı ile farklı seviyelerde biyolojik moleküller üzerinden prostat kanseri için ilaç repozisyonu uygulamaları : Yürütücü : Ulusal (1001) Destekleyen kuruluş : TÜBİTAK - SBAG : 117S419 : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Devam ediyor 2. Üçlü Negatif Meme Kanseri (TNMK ya da Diğer Bir Adıyla Bazal Tip) Için Prognoz ve Kemosensitivite Biyobelirteçlerin Belirlenmesi, in Vitro ve in Vivo Deneylerle Doğrulanması : Araştırmacı : Uluslararası Destekleyen kuruluş : TÜBİTAK : 117S058 : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Devam ediyor 3. Integration of metabolomics and proteomics for breast cancer diagnosis : Araştırmacı : Uluslararası Destekleyen kuruluş : NIH (Ulusal Sağlık Enstitüsü- ABD) 8 / 27

9 : - : USD Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Devam ediyor 4. Mikrobiyal biyopolimer üretiminin sistem bazlı optimizasyonu : Yürütücü : Ulusal (3501) Destekleyen kuruluş : TÜBİTAK - MAG : 110M613 : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 5. Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Yaklaşımı Ile Kanser Ilintili Işaretçi Moleküllerin Tespiti Ve Haritalanması : Yürütücü : Ulusal (1002) Destekleyen kuruluş : TÜBİTAK - MAG : 116M014 : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 6. Levan bazlı polimerlerin biyolojik aktivitelerinin in vitro ve in silico incelenmesi : Araştırmacı : Ulusal (1001) Destekleyen kuruluş : TÜBİTAK - MAG : 111M232 : 326,200 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı. 7. Yeni nesil biyoyakıt teknolojileri için ekstremofiller : Araştırmacı : Uluslararası (İkili işbirliği) Destekleyen kuruluş : Dış İşleri Bakanlığı (TÜBİTAK ÇAYDAG) : 111Y295 : 8019 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı. 8. Yaşam bilimleri araştırma ve teknoloji geliştirme merkezi Boğaziçi Üniv. : Araştırmacı : Ulusal Destekleyen kuruluş : DPT : 8,000,000 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 9. Yüksek verimli biyoyakıt üretimi için sistem bazlı in silico model geliştirilmesi ve fabrika hücrelerin akılcı tasarımı : Araştırmacı : Ulusal Destekleyen kuruluş : TÜBİTAK - MAG : 227,740 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 10. Sistem biyolojisi yaklaşımı ile Psoriazis (Sedef hastalığı) ile ilintili biyobelirteç tayini : Yürütücü : Ulusal (B tipi Çok disiplinli) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi 9 / 27

10 Başlama ve Bitiş Tarihleri : FEN-B : TL : , Tamamlandı 11. Agresif ve agresif olmayan papiller tiroid karsinomunda mirna ve mrna ekspresyon profillerinin ve gen mirna ilişkilerinin belirlenip biyolojik ağlarla ilişkilendirilmesi : Araştırmacı : Ulusal Destekleyen kuruluş : Kocaeli Üniversitesi : 60,000 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 12. Biyopolimer üretim mekanizmalarının metabolik ağyapılar ile aydınlatılması : Yürütücü : Kurumsal (A tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-A : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 13. Mayada TOR sinyal iletiminde yeni yolizlerinin tespiti ve araştırılması : Yürütücü : Kurumsal (A tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-A : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı. 14. Ekzopolisakkarit üreten halofilik bakterilerde gen açıklamalarının eldesi ve karşılaştırmalı genomiks : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-YLP : 7413 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 15. Levan üreten Halomonas smyrnensis AAD6 için biyoinformatik temelli metabolik ağyapı oluşturulması : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-YLP : 9735 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 16. Halomonas smyrnensis AAD6T den izole edilen levansukraz enziminin saflaştırılması ve karakterizasyonu : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-YLP : 9999 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı. 10 / 27

11 17. Artırılmış levan biyosentezi stratejileri tasarlamak için Halomonas smyrnensis AAD6T deki fruktoz alımının araştırılması : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-YLP : 9911 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı. 18. Mezenkimal kök hücrelerin over kanser hücre hatları ile etkileşimine sistem biyolojisi yaklaşımı : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-DRP : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 19. Aday kanser karşıtı ilaçların bulunması için sistem biyotıp ve farmakolojisi yaklaşımı ile ilaç repozisyonu : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-DRP : TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 20. Kanserde protein etkileşimlerinin dinamik haritalaması : Yürütücü : Kurumsal (C tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : FEN-C-YLP : 6302 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 21. Biyoproses otomatik kontrol araştırma geliştirme ve eğitim kompleksi : Araştırmacı : Kurumsal (E tipi) Destekleyen kuruluş : Marmara Üniversitesi : 197,775 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı. 22. Sistem biyolojisi yaklaşımı ile maya hücrelerinde glikoz sinyal taşıma ağı oluşturulması ve analizi : Yardımcı Araştırmacı : Kurumsal Destekleyen kuruluş : Boğaziçi Üniversitesi : 9,525 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 23. Endokrin bozucu bileşiklerin Saccharomyces cerevisiae genomunun transkripsiyon profilleri üzerindeki etkilerinin moleküler metotlarla araştırılması : Araştırmacı : Kurumsal Destekleyen kuruluş : Kurumsal (C tipi) : 24,525 TL Başlama ve Bitiş Tarihleri : , Tamamlandı 11 / 27

12 İdari Görevler: 1. Fakülte Yönetim Kurulu Üyesi, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Fakülte Kurulu Üyesi, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Bölüm Başkan Yardımcısı, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, ve 2012 halen. Başkanlık edilen komisyonlar: 4. Engelliler Danışma ve Koordinasyon Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, halen. 5. Mezuniyet Komisyonu, Marmara Üniv. Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik A.B.D., halen. 6. Ders ve Sınav Programları Hazırlanma Süreci Koordinatörü, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Öğrenci faaliyetleri sorumlusu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Komisyon/Kurul üyelikleri: 8. Danışma Kurulu, İstanbul Bilgi Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, 2018 halen. 9. Yayın Teşvik Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Müfredat Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, 2018 halen. 11. Mezuniyet Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, halen. 12. İş Sağlığı ve Güvenliği Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Erasmus Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, halen. 14. İntibak Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, halen. 15. Doktora Yeterlilik Komitesi, Marmara Üniv. Fen Bilimleri Enstitüsü Biyomühendislik Anabilim Dalı, 2009 halen. 16. Doktora Yeterlilik Komitesi, Marmara Üniv. Fen Bilimleri Enstitüsü İş Güvenliği Anabilim Dalı, 2017 halen. 17. Yazılım ve İşletim Sistemi İyileştirme Ekibi,Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Tanıtım Komisyonu, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Öğrenci Kulüpleri danışmanlıkları: 19. Genç TEMA Kulübü, Marmara Üniv. Rektörlüğü, 2014 halen. 20. Biyomühendislik Kulübü, Marmara Üniv. Mühendislik Fakültesi, Bilimsel Kuruluşlara Üyelikler: 1. Avrupa Biyoteknoloji Federasyonu (European Federation of Biotechnology, EFB) 2. Genç Avrupa Biyoteknoloji Ağyapısı (Young European Biotechnology Network) 3. Avrupa Sistem Biyologlar Ağyapısı (European System Biologist Net, EUROSYSBIO) 4. Hücre Ölümü Araştırma Derneği (HÖAD) Bilimsel Dergilerde Editörlük ve Hakemlik: 1. Frontiers in Marine Biotechnology Yardımcı Editör 2. International Journal of Advances in Engineering and Pure Sciences Alan Editörü 3. Turkish Journal of Biology Konuk Editör 12 / 27

13 4. EBioMedicine - Hakem 5. Scientific Reports Hakem 6. Frontiers in Microbiology Hakem 7. Frontiers in Genetics Hakem 8. Frontiers in Neuroscience Hakem 9. Journal of Bacteriology Hakem 10. Bioinformatics Hakem 11. BMC Bioinformatics Hakem 12. BMC Systems Biology Hakem 13. BMC Genomics Hakem 14. Biotechnology & Bioengineering Hakem 15. OMICS: A Journal of Integrative Biology - Hakem 16. Plos ONE Hakem 17. Genomics - Hakem 18. Journal of Theoretical Biology Hakem 19. Cellular Physiology and Biochemistry Hakem 20. Biology of Reproduction Hakem 21. Turkish Journal of Biology Hakem 22. Archives of Pharmacal Research Hakem Proje Değerlendirmede Hakemlik/İzleyicilik: 1. TÜBİTAK MAG / KBAG / SBAG ( ) 2. INSERM Ulusal Medikal Araştırma Enstitüsü (FRANSA) ( ) 3. Czech Science Foundation (ÇEKYA) (2018) 4. KOSGEB ArGe ve Inovasyon Programları ( ) 5. Boğaziçi Üniversitesi BAP ( ) 6. Adana Bilim ve Teknoloji Üniversitesi BAP ( ) 7. İstanbul Medeniyet Üniversitesi BAP ( ) 8. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi BAP (2019) 9. Marmara Üniversitesi BAPKO ( ) Atama/Yükseltme Değerlendirmelerinde Jüri Üyeliği: 1. Sabancı Üniversitesi 2. Gebze Teknik Üniversitesi 3. İzmir Katip Çelebi Üniversitesi 4. Adana Bilim ve Teknoloji Üniversitesi 5. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Kongre/Çalıştay Düzenleme/Bilimsel Kurulu Üyelikleri: 1. 2nd International Cell Death Research Congress, 1-4 Kasım 2018, İzmir. (Bilimsel Komisyon Üyesi) 2. International Conference on Applied Mathematics, Modelling and Life Sciences (ICAMLS 18), 3-5 Ekim 2018, İstanbul. (Bilimsel Komisyon Üyesi) 3. Workshop on OMIC Technologies and Their Applications, 7-9 Haziran 2017, İstanbul. (Düzenleme Kurulu ve Bilimsel Komisyon Üyesi) 4. Genom Varyasyonları: Uygulama ve Veri Analizi Sempozyumu, Eylül 2014, İstanbul. (Düzenleme Kurulu ve Bilimsel Komisyon Üyesi) Ödüller/Burslar: 1. TÜBİTAK-BAYG Bütünleştirilmiş Doktora Programı Bursu, VAKSA Hacı Ömer Sabancı Vakfı Lisans Öğrenci Bursu, Biyo&NanoTeknoloji Kongresi En İyi Poster Ödülü, Boğaziçi Üniversitesi Vakfı Yayın Teşvik Ödülü, / 27

14 5. Liverpool Üniversitesi Kongre Katılım Bursu, Boğaziçi Üniversitesi Onur Belgesi, 2001 Sertifikalar: 1. İş Sağlığı ve Güvenliği Uzman Eğitici, T.C. Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı, Nisan Biyogüvenlik Uzmanı, Biyogüvenlik Kurulu, 2 Haziran / 27

15 ESERLER LİSTESİ A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler: Yıl Uluslararası makale sayısı Değerlendirme aşamasında A1. Turanlı B, Karagoz K, Bidkhori G, Sinha R, Gatza M, Mardinoglu A, Arga KY. Multiomic data interpretation to repurpose sub-type specific drug candidates for breast cancer. Frontiers in Genetics, değerlendirme aşamasında (Sorumlu yazar). A2. Kori M, Gov E, Arga KY. Differential co-expression network analysis reveals novel network biomarkers in cervical cancer. OMICS: A Journal of Integrative Biology, değerlendirme aşamasında (Sorumlu yazar). A3. Turanlı B, Zhang C, Kim W, Benfeitas R, Uhlen M, Arga KY, Mardinoglu A. Model driven discovery of drug repositioning candidates for prostate cancer treatment. EBioMedicine, değerlendirme aşamasında (Sorumlu yazar). A4. Dereli Eke E, Arga KY, Dikicioglu D, Eraslan S, Erkol E, Celik A, Kirdar B, Di Camillo B. A hypothetical TOR-mediated signaling pathway in response to rapamycin and caffeine in yeast. OMICS: A Journal of Integrative Biology, değerlendirme aşamasında. A5. Moni MA, Turanli B, Mollah NH, Gov E, Faraquee H, Arga KY, Rahman M, Rahman R, Nanda R, Istam T, Zaman T. Network-base approach to identify molecular signatures and therapeutic agents in Alzheimer s disease. Computational Biology and Chemistry, yayına kabul edildi, A6. Rahman MR, Islam T, Gov E, Turanli B, Gulfidan G, Shahjaman M, Banu NA, Mollah NH, Arga KY, Moni MA. Identification of prognostic biomarker signatures and candidate drugs in colorectal cancer: Insights from systems biology analysis. Medicina, 55,20, A7. Kori M and Arga KY. Potential biomarkers and therapeutic targets in cervical cancer: Insights from meta-analysis of transcriptomics data within network biomedicine perspective. Plos ONE, 13(7):e , 2018 (Sorumlu yazar) A8. Turanli B, Grootli M, Boren J, Nielsen J, Uhlen M, Arga KY, Mardinoglu A. Drug repositioning for effective prostate cancer treatment. Frontiers in Physiology, 9:500, A9. Turanli B, Karagoz K, Gulfidan G, Sinha R, Mardinoglu A, Arga KY. A Network- Based Cancer Drug Discovery: From Integrated Multi-Omics Approaches to Precision Medicine. Current Pharmaceutical Design, 24:32, doi: / (Sorumlu yazar) A10. Kambourova M, Radchenkova N, Nicolaus B, Tommonaro G, Poli A, Tokosy Oner E, Yasar Yildizi S, Arga KY. Exopolysaccharides synthesized by thermophilic microorganisms isolated from Bulgarian hot springs. Acta Microbiologica Bulgarica, 34(2):68-76, A11. Islam T, Rahman MR, Gov E, Turanli B, Gulfidan G, Haque MA, Arga KY, Mollah MNH. Drug Targeting and Biomarkers in Head and Neck Cancers: Insights from Systems Biology Analyses. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 22(6): , (Sorumlu yazar) A12. Sevimoglu T, Turanli B, Bereketoglu C, Arga KY, Karadag AS. Systems biomarkers in psoriasis: Integrative evaluation of computational and 15 / 27

16 experimental data at transcript and protein levels. Gene, 647: , (Sorumlu yazar) A13. Aydin B, Ozer T, Toksoy Oner E, Arga KY. The genome-based metabolic systems engineering to boost levan production in a halophilic bacterial model. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 22: , (Sorumlu yazar) A14. Turanli B, Arga KY. Systems biomedicine acts as a driver for the evolution of pharmacology. Ann Pharmacol Pharm, 2(16):1087, (Sorumlu yazar) A15. Gov E, Arga KY. Differential co-expression analysis reveals a novel prognostic gene module in ovarian cancer. Scientific Reports, 7:4996, (Sorumlu yazar) A16. Gov E, Kori M, Arga KY. RNA based ovarian cancer research from a gene to systems biomedicine perspective, Syst Biol Reprod Med., 2:1-20, (Sorumlu yazar) A17. Gov E, Kori M, Arga KY. Multiomics analysis of tumor microenvironment reveals Gata2 and mirna-124-3p as potential novel biomarkers in ovarian cancer, OMICS: A Journal of Integrative Biology, 21(10): , (Sorumlu yazar) A18. Turanli B, Gulfidan G, Arga KY. Transcriptomic-guided drug repositioning supported by a new bioinformatics search tool: GeneXpharma, OMICS: A Journal of Integrative Biology, 21(10): , (Sorumlu yazar) A19. Ayyildiz D, Arga KY. Hypothesis: Are there molecular signatures of Yoga practice in peripheral blood mononuclear cells?, OMICS: A Journal of Integrative Biology, 21(7): , (Sorumlu yazar) A20. Ayyildiz D, Gov E, Arga KY. Ovarian cancer differential interactome and network entropy analysis reveal new candidate biomarkers, OMICS: A Journal of Integrative Biology, 21(5): , (Sorumlu yazar) A21. Ayyildiz D, Arga KY, Avci FG, Altinisik FE, Gurer C, Gulsoy Toplan G, Kazan D, Wozny K, Brügger B, Mertoglu B, Sarıyar Akbulut B. Transcriptomic analysis displays the effect of (-)-roemerine on the motility and nutrient uptake in Escherichia coli. Current Genetics, 63(4): , A22. Bereketoglu C, Arga KY, Eraslan S, Mertoglu B. Genome reprogramming in Saccharomyces cerevisiae upon nonylphenol exposure. Physiological Genomics, 49(10): , A23. Bereketoglu C, Arga KY, Eraslan S, Mertoglu B. Analysis of transcriptional profiles of Saccharomyces cerevisiae exposed to bisphenol A. Current Genetics, 63(2): , A24. Dayan İE, Arga KY, Ulgen K. Multi-omics approach to novel therapeutic targets for cancer and aging related diseases: Role of Sld7 in yeast aging network. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 21(2): , A25. Karagoz K, Lehman H, Stairs D, Sinha R, Arga KY. Proteomic and metabolic signatures of esophageal squamous cell carcinoma. Current Cancer Drug Targets, 16: , (Sorumlu yazar) A26. Kori M, Aydın B, Unal S, Arga KY, Kazan D. Metabolic biomarkers and neurodegeneration: A pathway enrichment analysis of Alzheimer s disease, Parkinson s disease and Amyotrophic leteral sclerosis. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 20(11): , A27. Kori M, Gov E, Arga KY. Molecular Signatures of Ovarian Diseases: Insights from Network Medicine Perspective. Systems Biology in Reproductive Medicine, 62(4): , (Sorumlu yazar) A28. Karagoz K, Sevimoglu T, Arga KY. Integration of multiple biological features yield high condifence human protein interactome. J. Theoretical Biology, 403:85-96, (Sorumlu yazar) A29. Gov E, Arga KY. Integrative cooperation and hierarchical operation of microrna and transcription factor crosstalk in human transcriptional regulatory network. IET Systems Biology, 10(6): , (Sorumlu yazar) 16 / 27

17 A30. Sinha I, Karagoz K, Fogle R, Hollenbeak C, Zea A, Arga KY, Stanley A, Hawkes W, Sinha R. Omics of Selenium Biology: A Prospective Study of Plasma Proteome Network Before and After Selenized-Yeast Supplementation in Healthy Men. OMICS: A journal of Integrative Biology, 20(4): , A31. Sevimoglu T, Arga KY. Computational systems biology of psoriasis: Are we ready for the age of omics and systems biomarkers?. OMICS: A journal of Integrative Biology, 19(11): , (Sorumlu yazar) A32. Calimlioglu B, Karagoz K, Sevimoglu T, Kilic E, Gov E, Arga KY. Tissue-Specific Molecular Biomarker Signatures of Type 2 Diabetes: An Integrative Analysis of Transcriptomics and Protein Protein Interaction Data. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 19(9): , (Sorumlu yazar) A33. Gov E, Kenar H, Halbutoğullşarı ZS, Arga KY, Karaöz E. Cardiomyogenic differentiation potential of human lipoaspirate derived stem cells on hyaluronic acid/gelatin plasma gels. Turkish Journal of Biology, 39:1-13, A34. Diken E, Ozer T, Arikan M, Emrence Z, Toksoy Oner E, Ustek D, Arga KY. Genomic analysis reveals the biotechnological and industrial potential of levan producing halophilic extremophile, Halomonas smyrnensis AAD6T. SpringerPlus, 4(1), (Sorumlu yazar) A35. Karagoz K, Sinha R, Arga KY. Triple Negative Breast Cancer: A Multi-omics Network Discovery Strategy for Candidate Targets and Driving Pathways. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 19(2):1-14, (Sorumlu yazar) A36. Yasar Yildiz S, Radchenkoca N, Arga KY, Kambourova M, Toksoy Oner E. Genomic analysis of Brevibacillus thermoruber 423 reveals its biotechnological and industrial potential. Applied Microbiology and Biotechnology, 99(5): , A37. Sarilmiser Kazak H, Ates O, Ozdemir G, Arga KY, Toksoy Oner E. Effective stimulating factors for microbial levan production by Halomonas smyrnensis AAD6T. Journal of Bioscience and Bioengineering, 119(4): , A38. Sevimoglu T, Arga KY. The role of protein interaction networks in systems biomedicine. Computational and Structural Biotechnology Journal, 11(18):22-27, (Sorumlu yazar) A39. Kasavi C, Eraslan S, Arga KY, Toksoy Oner E, Kirdar B. A system based network approach to ethanol tolerance in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, 8:90, A40. Gov E, Arga KY. Systems biology solutions to challenges in marine biotechnology. Front. Mar. Sci., 1:14, (Sorumlu yazar) A41. Gov E, Arga KY. Genetic mutations are characterized by increase in entropy at the transcriptional level. J. Biological Systems, 22(3): , doi: /s (Sorumlu yazar) A42. Dilgimen AS, Arga KY, Erdmann VA, Wittmann-Liebold B, Denizci AA, Kazan D. Comparison of protein expression profiles of novel Halomonas smyrnensis AAD6T and Halomonas salina DSMZ 5928T. Natural Science, 6, , A43. Karagöz K, Arga KY. Assessment of high confidence protein protein interactome in yeast. J. Computational Biology and Chemistry, 45:1-8, (Sorumlu yazar) A44. Ateş Ö, Arga KY, Toksoy Öner E. The stimulatory effect of mannitol on levan biosynthesis: lessons from metabolic systems analysis of Halomonas smyrnensis AAD6. Biotechnology Progress, 29(6): , A45. Yasar Yildiz S, Kambourova M, Arga KY, Toksoy Oner E. Draft genome sequence of exopolysaccharide-producing thermophilic bacterium, Brevibacillus thermoruber strain 423. Genome Announc., 1(5):e , A46. Sogutcu E, Emrence Z, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Toksoy Öner E, Üstek D, Arga KY. Draft genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6. J. Bacteriology, 194(20):5690, (Sorumlu yazar) 17 / 27

18 A47. Ates Ö, Toksoy Öner E, Arga KY. Genome-scale reconstruction of metabolic network for a halophilic extremophile, Chromohalobacter salexigens DSM BMC Systems Biology, 5:12, (Sorumlu yazar) A48. Vanderschuren H, Heinzmann D, Faso C, Stupak M, Arga KY, Hoerzer H, Laizet Y, Leduchowska P, Silva N, Simkova K. A cross-sectional study of biotechnology awareness and teaching in European high schools. New Biotechnology, 27(6): , A49. Tekir SD, Arga KY, Ülgen KÖ. Drug targets for tumorigenesis: Insights from structural analysis of EGFR signaling network, Journal of Biomedical Informatics, 42: , A50. Herrgård MJ, Swainston N, Dobson P, Dunn WB, Arga KY, Arvas M, Blüthgen N, Borger S, Costenoble R, Heinemann M, Hucka M, Le Novère N, Li P, Liebermeister W, Mo ML, Oliveira AP, Petranovic D, Pettifer S, Simeonidis E, Smallbone K, Spasić I, Weichart D, Brent R, Broomhead DS, Westerhoff HV, Kirdar B, Penttilä M, Klipp E, Palsson BØ, Sauer U, Oliver SG, Mendes P, Nielsen J, Kell DB. A consensus yeast metabolic network reconstruction obtained from a community approach to systems biology. Nature Biotechnology, 26(10): , A51. Arga KY, Önsan ZI, Kırdar B, Ülgen KÖ, Nielsen J. Understanding signaling in yeast: insights from network analysis. Biotechnology & Bioengineering, 97(5): A52. Çakır T, Arga KY, Altıntas MM, Ülgen KÖ. Flux analysis of the recombinant Saccharomyces cerevisiae YPB-G utilizing starch for optimum ethanol production. Process Biochemistry, 39: , A53. Arga KY, Çakır T, Pir P, Özer N, Altıntas MM, Ülgen KÖ. Transfer function approach in structured modeling of recombinant yeast utilizing starch. Process Biochemistry, 39: B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings) basılan bildiriler: Yıl Davetli Konuşmacı/ Panelist Sözlü bildiri Poster bildiri B1. Arga KY. Systems Biomarkers in Cancer Diagnosis, Prognosis and Therapy. 2nd International Cell Death Research Congress, 1-4 Kasım 2018, İzmir. (Davetli konuşmacı) B2. Arga KY. Integration of biomolecular networks and omics data in systems biomedicine. Workshop on OMIC Technologies and Their Applications, 7-9 Haziran 2017, İstanbul. (Davetli konuşmacı) B3. Arga KY. Systems-based optimization of levan exopolysaccharide production from an extremophile. CNR Institute of Biomolecular Chemistry, 11 Kasım 2013, Napoli, İtalya. (Davetli konuşmacı, Seminer) B4. Turanli B, Lovric A., Benfeitas R., Bidkhori G., Zhang C., Arga KY, Mardinoglu A. Prostate cancer-specific metabolic model as a tool for drug repositioning. International Conference on Applied Mathematics, Modelling and Life Sciences (ICAMLS 18), 3-5 Ekim 2018, İstanbul, Türkiye (Sözlü sunum) B5. Turanli B, Lovric A., Benfeitas R., Bidkhori G., Zhang C., Arga KY, Mardinoglu A. Model driven discovery of drug targets for effective treatment of prostate cancer. Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2018), 6-10 Temmuz 2018, Chicago, ABD (Sözlü sunum) B6. Rahman MR, Islam T, Gov E, Turanli B, Faruquee HM, Rahman MM, Mollah MNH, Arga KY, Moni MA. Network-based approach to identify molecular signatures and therapeutic agents in Alzheimer s diseases. International Conference on Bioinformatics (INCOB 2018), Eylül 2018, Yeni Delhi, Hindistan (Sözlü sunum). 18 / 27

19 B7. Turanli B, Gulfidan G, Arga KY. Gene expression oriented drug repositioning targets for prostate cancer. Sanko Üniversitesi Tıpta İnovasyon Buluşmaları-3, Mayıs 2017, Gaziantep, Türkiye (Sözlü sunum) B8. Gov E, and Arga KY. Differential co-expression network in ovarian cancer: Prognostic and therapeutic targets. 6. Multidisipliner Kanser Araştırma Kongresi, Ekim 2016, Konya, Türkiye. (Sözlü sunum) B9. Gov E, and Arga KY. Integrant roles of micrornas and transcription factors in ovarian cancer transcriptional regulatory network. Innovation in Medicine Summit-2, 5-7 Mayıs 2016, Gaziantep, Türkiye (sözlü sunum). B10. Aydin B, Arga KY. A glance at smoking effect on preeclamptic placenta with transcriptional regulation approach. The 41. FEBS Congress, 3-8 September 2016, Kuşadası, Türkiye (Sözlü sunum) B11. Sevimoglu T, Arga KY. Transcriptomics reveals association between psoriasis and rheumatoid arthritis, EuroMedLab 2015, Haziran 2015, Paris, Fransa (Sözlü Sunum) B12. Sevimoglu T, Arga KY. Computational prediction of associations between psoriasis, rheumatoid arthritis and osteoarthritis, 16 th European Congress on Biotechnology, Haziran 2014, Edinburgh, Birleşik Krallık (Sözlü Sunum) B13. Turgut D, Coskunkan B, Cem G, Rende D, Arga KY, Bucak S, Baysal N, Oner ET, Ozisik R. Investigation of the adhesion of Levan via Molecular Dynamics simulations. 2nd International Conference on Biological and Biomimetic Adhesives (ICBBA 2014), 6-9 May 2014, Istanbul, Turkey (Sözlü sunum) B14. Turgut D, Coskunkan B, Cem G, Rende D, Arga KY, Bucak S, Baysal N, Oner ET, Ozisik R. Investigation of the structure of levan polysaccharide chains in water via molecular dynamics simulations. American Physical Society (APS 2014) Meeting, 3-7 March 2014, Denver, Colarado, USA (Sözlü sunum) B15. Karagoz K, Arga KY. Combining various heterogeneous biological features to obtain a highly reliable almost complete protein interaction network of yeast. 15th European Congress on Biotechnology (ECB15), September 2012, Istanbul, Turkey; New Biotechnology, 29:S31, 2012 (Sözlü sunum) B16. Kasavi C, Arga KY, Oner ET, Kırdar B. Identification of candidate genes related to ethanol tolerance in Saccharomyces cerevisiae via a systems based modular approach. 15th European Congress on Biotechnology (ECB15), September 2012, Istanbul, Turkey; New Biotechnology, 29:S29, 2012 (Sözlü sunum) B17. Calimlioglu B, Kazak H, Arga KY, Oner ET. Cost-effective production of levan polysaccharide. 15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS 2012), September 2012, Daegu, Korea (Sözlü sunum) B18. Ates O, Arga KY, Oner ET. A metabolic modeling approach to enhance levan production. 9th World Biomaterials Congress (WBC), 1-5 June 2012, Chengdu, China (Sözlü sunum) B19. Kazak H, Söğütcü E, Ates O, Arga KY, Oner ET. Levan by Halomonas sp.: From production to application. 7th International Fructan Symposium (IFS7), 2-6 July 2012, St Jean-le-Thomas, France (Sözlü sunum) B20. Özdemir G, Öner ET, Arga KY. A system-based approach for biopolymer production by an extremophilic bacteria, Halomonas strain CRSS DSM Joint FEBS & Systems X Advanced Lecture Course on Systems Biology: From Molecules to Function, 26 February 4 March 2011, Austria (Sözlü sunum) B21. Ates Ö, Arga KY, Oner ET. Systems Biology Approach for Levan Production by Halomonas sp. 16th European Carbohydrate Symposium (Eurocarb16), July 2011, Sorrento, Naples, Italy (Sözlü sunum). B22. Kazak H, Ates O, Kucukasik F, Arga KY, Öner ET. Levan production by Halomonas sp. Proceedings of the 6th International Conference on Polysaccharides-Glycoscience, , 29 September 1 October 2010, Prague, Czech Republic. (Sözlü sunum) B23. Ates O, Toksoy Oner E, Arga KY. In silico reconstruction of halophilic Chromohalobacter salexigens and analysis of osmoadaptation 19 / 27