Türkiye'de Saptanan HIV-1 CRF06_cpx (Komplex Rekombinant) Subtipinin Moleküler Karakterizasyonu

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Türkiye'de Saptanan HIV-1 CRF06_cpx (Komplex Rekombinant) Subtipinin Moleküler Karakterizasyonu"

Bulut Mehmed Sançar
8 yıl önce
İzleme sayısı:

Merkez Laboratuvarı, PCR Ünitesi, Kocaeli. 2 İzmir Katip Çelebi Üniversitesi, Atatürk Eğt. ve Araşt.

1 Türkiye'de Saptanan HIV-1 CRF06_cpx (Komplex Rekombinant) Subtipinin Moleküler Karakterizasyonu Murat Sayan* 1, Bahar Örmen 2, Nesrin Türker 2 1 Kocaeli Üniversitesi, Araştırma ve Uygulama Hastanesi, Merkez Laboratuvarı, PCR Ünitesi, Kocaeli. 2 İzmir Katip Çelebi Üniversitesi, Atatürk Eğt. ve Araşt. Hast., Enf. Hast. ve Klin. Mikr. Kliniği, İzmir. * İletişim. e-posta: sayanmurat@hotmail.com. Tel:

2 HIV genotip ve subtipleri Genotip Grup Grup M subtip* Grup M subsubtip HIV-1 M,N,O,P A-D, F-H, J-K A1 - A4 F1, F2 HIV-2 Grup M CRF** 50 adet *Önceleri HIV-1 subtipi olarak tanımlanan E ve I, günümüzde CRF içinde yer almaktadır. **CRF: circulating recombinant form. Her CRF, bir referans numarası ve rekombinasyonu oluşturan subtiplerle tanımlanmaktadır. Rekombinasyon üç ya da daha fazla subtip/crf içeriyorsa "complex" anlamında "cpx" tanımlaması yapılmakta ancak subtip kompozisyonu ifade edilmemektedir Semwanga D et al. AIDS Research and Human Retroviruses. 2011, 27: DOI: /aid

Her CRF, bir referans numarası ve rekombinasyonu oluşturan subtiplerle tanımlanmaktadır.

3 Dünya da 33.3 milyon insan HIV-1 ile enfektedir. Yetişkin: 30.8 milyon Kadın: 15.9 milyon 15 yaş altı çocuk: 2.5 milyon Global HIV-1 subtip ve CRF dağılımı UNAIDS,2011.

Tablo 1. Ülkemizde HIV ile enfekte bireylerde filogenetik analize göre HIV-1 subtip dağılımı (1). HIV-1 subtip Hasta, n % B 48 41 CRF 02_AG 25 21.4 F1 18 15.4 CRF 01_AE 10 8.5 CRF 12_BF 6 5.

4 Tablo 1. Ülkemizde HIV ile enfekte bireylerde filogenetik analize göre HIV-1 subtip dağılımı (1). HIV-1 subtip Hasta, n % B CRF 02_AG F CRF 01_AE CRF 12_BF CRF 03_AB G C D A Toplam Ülkemizde ilk HIV-1 CRF olgusu, HBV genotip D/D1 koenfeksiyonu bulunan CRF02_AG olgusu olarak bildirilmiştir (2). İlk CRF08_BC subtipi Trabzon da uzakdoğu seferi yapan bir gemi çalışanında saptandı (3). 1.Sayan M., et al. Japanese Journal Infectious Diseases 2013; (baskıda). 2.Akhan S, Sayan M. HIV and acute HBV infection: First case report from Kocaeli, Turkey. 22nd Conference of the Asian Pacific Association for the Study of the Liver (APASL). February 16-19, 2012.Taipei, Taiwan. 3.Sayan M, et al. First Time Detected HIV-1 Recombinant Strain in Turkey: CRF08_BC. Mikrobiyoloji Bulteni 2013; (baskıda).

İlk CRF08_BC subtipi Trabzon da uzakdoğu seferi yapan bir gemi çalışanında saptandı (3). 1.Sayan M., et al. Japanese Journal Infectious Diseases 2013; (baskıda). 2.Akhan S, Sayan M.

5 Sub-subtip A1 CRF01_AE CRF03_AB CRF02_AG Sub-subtip F1 CRF12_BF Subtip B

6 HIV-1 CRF subtiplerin 12'si cpx dir. Dolaşımdaki HIV-1 subtipleri giderek karmaşık bir hal almaktadır. HIV-1 CRF cpx subtiplerinin coğrafik dağılım, tipi ve kompozisyonuna bakıldığında; Yunanistan ve Kıbrıs'da CRF04_cpx (A, G, H, K, U) Orta/Batı Afrika ve Estonya'da CRF06_cpx (A, G, J, K) Orta/Batı Afrika'da CRF09_cpx (A, G, U) Orta Afrika'da CRF11_cpx (A, G, J, CRF01_AE) ve CRF13_cpx (A, G, J, U, CRF01_AE, CRF11_cpx) Küba ve Orta Afrika'da CRF18_cpx (A1, F, G, H, K, U) ve CRF19_cpx (A1, D, G) Suudi Arabistan ve Orta Afrika'da CRF25_cpx (A, G, U) Kongo'da CRF27_cpx (A, E, G, H, J, K, U) Kamerun'da CRF36_cpx (A, G, CRF01_AE, CRF02_AG) Kamerun ve Mozambik'de CRF37_cpx (A, G, CRF01_AE, CRF02_AG, U) Gambia'da CRF49_cpx (A, C, J, K, U) Hemelaar J. The origin and diversity of the HIV-1 pandemic. Trends Mol Med 2011; 25(5):

Afrika'da CRF09_cpx (A, G, U) Orta Afrika'da CRF11_cpx (A, G, J, CRF01_AE) ve CRF13_cpx (A, G, J, U, CRF01_AE, CRF11_cpx) Küba ve Orta Afrika'da CRF18_cpx (A1, F, G, H, K, U) ve CRF19_cpx (A1, D, G)

7 Olgu, yılları arasında Suudi Arabistan da çalışma amaçlı bulunmuş ve o dönemde aralarında Afrika kökenlilerin de bulunduğu farklı partnerlerle korunmasız, heteroseksüel ilişki tanımlamaktadır. Erkek hasta 39 yaş Oral kandidoz ve zona nedeni ile hastaneye başvurmuş. CD4 : 21 hücre/mm3 HIV-1 RNA: k/ml Koenfeksiyon yok Çiftçilikle uğraşan hastada damar içi ilaç kullanımı, kan/kan ürünü transfüzyonu ve organ/doku nakli öyküsü bulunmuyor. CDC klinik evre; B3 Kadın hasta 37 yaş CD4: 122 hücre/mm3 HIV-1 RNA: 68 k/ml Koenfeksiyon yok Servikal LAP (sağda) CDC klinik evre; A3 European AIDS Clinical Society (EACS) Guidelines, v6, October

CD4 : 21 hücre/mm3 HIV-1 RNA: 56380 k/ml Koenfeksiyon yok Çiftçilikle uğraşan hastada damar içi ilaç kullanımı, kan/kan ürünü transfüzyonu ve organ/doku nakli öyküsü

8 HIV-1 pol geni sekanslanma HIV-1 pol geni sekanslamada, The French ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Direnç Grubu'nun PCR ve sekanslama algoritmasından yararlanıldı ( Ters transkriptaz domaini (kodon ): son ürün;573 bp. Proteaz domaini (kodon 1-99): son ürün; 507 bp PCR ürünleri ABI PRISM 310 platformunda DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing Kit (Amersham Pharmacia Biotech Inc., ABD) kullanılarak sekanslandı. Elektroferogramlar Vector NTI v5.1 (InforMax, Invitrogen, ABD) programı aracılığıyla elde edildi.

Proteaz domaini (kodon 1-99): son ürün; 507 bp PCR ürünleri ABI PRISM 310 platformunda DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing Kit

9 HIV-1 subtip CRF06_cpx suşlarının filogenetik (UPGMA yöntemi ile) analizi. Filogenetik ağaç HIV-1 pol geni proteaz domaini kullanılarak CLC Sequence Viewer (CLC bio A/S, Aarhus, Danimarka) programında oluşturuldu ve bootstrap değeri 1000 olarak alındı. Ağaç oluşturulurken kullanılan referans diziler GenBank'tan ( sağlandı. Referans HIV izolatlarının GenBank erişim numaraları; JQ282154, AY372169, HQ585339, DQ009512, GQ926668, JF929176, HQ541915, JN673694, AY359520, HQ542802, JQ585511, DQ166435, FN995656, JN215195, HQ ve HQ HIV-1 subtipleme

1 (CLC bio A/S, Aarhus, Danimarka) programında oluşturuldu ve bootstrap değeri 1000 olarak alındı.

10 REGA programı farklı olarak referans setlerinde HIV-1 grup M subtipleri dışında rekombinant referans sekanslar(crf01_ae, CRF02_AG, CRF03_AB, CRF04_cpx, CRF05_DF, CRF06_cpx, CRF07_BC, CRF08_BC, CRF10_CD, CRF11_cpx, CRF12_BF, CRF13_cpx ve CRF14_BG) kullanmakta ve filogenetik metodlar aracılığı ile rekombinasyon analizi yapılabilmektedir (hizalama; Clustalw programı ile, sekans formatlama; Readseq programı ile, analizin 1. ve 2. basamaklarında filogenetik anlamlandırma; PAUP programı ile ve analizin 4. basamağında olasılıkların haritalandırılması TreePuzzle programı ile). HIV-1 rekombinasyon analizi

aracılığı ile rekombinasyon analizi yapılabilmektedir (hizalama; Clustalw programı ile, sekans formatlama; Readseq programı ile, analizin 1. ve 2.

11 HIV-1 Subtype Recombination Analysis Sequence name: Erkek hasta Bootscan cluster support: 0.524

12 Tablo 1. HIV-1 subtip CRF06_cpx saptanan hastalarda antiretroviral direnç ve mutasyonları. Hasta Erkek Kadın Antiretroviral direnç ve mutasyonlar a HIV-1 RT domaini HIV-1 proteaz domaini NRTI NNRTI PI Mutasyon Direnç durumu Mutasyon Direnç durumu Mutasyon Direnç durumu K219N Saptanmadı lamivudin; duyarlı abakavir; zayıf dirençli zidovudin; zayıf dirençli stavudin; zayıf dirençli didanozin; zayıf dirençli emtristabin; duyarlı tenofovir; zayıf dirençli lamivudin; duyarlı abakavir; duyarlı zidovudin; duyarlı stavudin; duyarlı didanozin; duyarlı emtristabin; duyarlı tenofovir; duyarlı Saptanmadı Saptanmadı efavirenz; duyarlı etravirin; duyarlı nevirapin; duyarlı rilpivirin; duyarlı efavirenz; duyarlı etravirin; duyarlı nevirapin; duyarlı rilpivirin; duyarlı L10I + L33F L10I + L33F atazanavir; duyarlı fosamprenavir/r; zayıf dirençli darunavir; duyarlı indinavir; duyarlı lopinavir; duyarlı nelfinavir; zayıf dirençli sakinavir; duyarlı tipranavir; duyarlı atazanavir; duyarlı fosamprenavir/r; zayıf dirençli darunavir; duyarlı indinavir; duyarlı lopinavir; duyarlı nelfinavir; zayıf dirençli sakinavir; duyarlı tipranavir; duyarlı a RT; ters transkriptaz, NRTI: nükleozid ters transkriptaz inhibitörleri, NNRTI; non-nükleozid ters transkriptaz inhibitörleri, PI; proteaz inhibitörleri. Antiretroviral ilaç duyarlılıkları HIVdb-Stanford Üniversitesi genotipik direnç değerlendirme algoritmasına göre yapıldı. HIV-1 ilaç direnci analizi

lamivudin; duyarlı abakavir; zayıf dirençli zidovudin; zayıf dirençli stavudin; zayıf dirençli didanozin; zayıf dirençli emtristabin; duyarlı tenofovir; zayıf dirençli lamivudin; duyarlı abakavir;

13 İlk kez 2002 yılında tanımlanan HIV-1 CRF06_cpx subtipi global ölçekte dolaşımda bulunmaktadır. CRF06_cpx subtipi sıklıkla Batı/Orta Afrika (Mali, Senegal, Burkina Faso, Nijer, Gana, Fildişi Sahili ve Nijerya) ve Estonya'dan bildirilmekle birlikte son yıllarda Fransa, İtalya, İspanya, Portekiz ve Avustralya'dan olgular bildirildi. Montavon C, et al. CRF06-cpx: a new circulating recombinant form of HIV-1 in West Africa involving subtypes A, G, K, and J. J Acquir Immune Defic Syndr. 2002;29(5):

Estonya'dan bildirilmekle birlikte son yıllarda Fransa, İtalya, İspanya, Portekiz ve Avustralya'dan olgular bildirildi.

14 HIV-1 SUBTIP ÇALıŞMANıN ÖNEMI? Global ölçekte artış gösteren HIV-1 CRF'lerin izlenmesi aşı geliştirme çabaları için önemli olabilir. HIV-1'in ülkemize giriş ve yayılma yollarını anlamak ve enfeksiyonlarını kontrol edebilmek için HIV-1 subtipleme çalışmalarına gereksinim bulunmaktadır.

15 Soru Cevap

Benzer belgeler

Türkiye deki HIV Genotip Dağılımı ve İlaç Direnci Durumu

Türkiye deki HIV Genotip Dağılımı ve İlaç Direnci Durumu Doç.Dr.Murat Sayan Merkez Laboratuvarı PCR Birim Sorumlusu Öğretim Üyesi HIV/AIDS Sempozyumu 26-27 Kasım 2011 Antakya HIV genotipleme ve subtiplemede