RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında

Transkript

1 Bazlar : Nükleik Asitlerin karakteristik Özellikleri DNA RNA Yasin EREN Recep LiMAN Muhsin KONUK Nükleik Asitlerin Yapısı Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında TU T,U ve Sdışında d bazı theobromin, kafein, bitkilerde visin, konvisin teofilin ve kakao gibi gb spongotimidin ve özellikle önemli pürin türevleri de thiamin (Vitamin B 1 ) gibi bulunur. önemli türevleri bulunur. ATP-, NAD-, FAD-, ADPglikoz ve c-amp, c-gmp gibi pürin nükleotidler canlılar için önemlidir. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Guanozin, Sitidin ve Üridin Deoksiribonükleozitler : Deoksiadenozin vs. Nükleotid (Baz + Şeker )+ Fosfat = Nükleosit + Fosfat Glikozidik bağ

2 Nükleositler Alkali ortamda glikozidik bağları kararlıdır. Asidik ortamda pürin glikozidik bağları karasız, pirimidin bağları ğ kararlıdır. Adenozin hariç nükleozitlerin önemli fonksiyonları yoktur. Adenozin lokal bir hormon gibi görev yapar. Kan damarı genişlemesine Düz kas kasılmasına Nörotransmitter salınımına Yağ metabolizmasına katılır. Kl Kalp atışını düzenler. Uyku regülasyonuna katılır. İkili sarmalın dış kısmında şeker-fosfat omurgası, ortasında bazlar bulunur. İpliklerin omurgaları arasında Büyük Oluk Küçük Oluk vardır. İki iplik antiparaleldir. G C 3H bağı ve A=T 2H bağı ğ ile eşleşir. DNA Büyük Oluk Küçük Oluk DNA Formları DNA A-Formu B-Formu Z-Formu Helikal Sağ elli Sağ elli Sol elli Yapı Çap 2,6 2,0 1,8 Baz çifti /dönüş Heliks yükselmesi Büyük Oluk Küçük Oluk ,26 nm 0,34 nm 0,37 nm Dar/Derin Geniş/Derin Dar/Derin Geniş/Yüz eysel Dar/Derin Dar/Derin Glikozilik Anti Anti Anti (pyr) Ayrıca C, D ve E formları bağ Syn (pur) bulunmaktadır. RNA genellikle tek ipliklidir (çift iplikli bazı RNA virüsleri hariç) Yapısında T yerine U, deoksiriboz yerine Riboz bulunması sonucu: DNA dan daha az esnektir. Hidrolize DNA dan daha fazla hassastır. RNA

3 Nükleik Asitlerin Kararlılığı Nükleik asitlerin kararlılığını Hbağları değil, baz çiftleri arasındaki Kümeleşme Etkileşimi i isağlar. Bu etki kibazların hidrofobik olmalarındandır. Tek iplikli yapılarında kümeleşme etkisi çift iplikli yapılarından daha azdır. Asitlerin Etkisi Kuvvetli asitlerde ve C den fazla sıcaklıkta nükleik asitler kendilerini oluşturan baz, şeker ve fosfat gruplarına hidrolize olurlar. Seyreltik asitlerde (ph 3-4) pürin bazlarını şeker halkasına bağlayan glikozit bağlar kırılır. Yine ph 3-4 asitlerde pürini iuzaklaşan şeker k halkası kolayca açılır. Apürinik DNA, OH iyonları tarafından bölünmeye karşı dirençli değildir. Asitlerin Etkisi RNAalkali hidrolizine i karşı duyarlıdır. Alkalilerin Etkisi

4 Alkalilerin Etkisi Alkalilerin Etkisi Alkali etki bazların tautomerik durumunu değiştirir. Nötr ph da bazlar genellikle keto formundadır. ph artışı bazların enolat formlarına kaymalarına neden olur. Sonuçta DNA denatüre olur. Alkalilerin Etkisi Kimyasal Denatürasyon Nötr ph Keto form Enol form Enolat form Üre ve formamit gibi bazı kimyasallar nükleik asitlerin i nötr ph da denatürasyonuna sebep olmaktadır. Bu kimyasalların yüksek konsantrasyonları Hbağlarının kopmasına neden olmaktadır.

5 Nükleik Asitlerin Enzimatik Hidrolizleri RNA Ribonükleazlar DNA Deoksiribonükleazlar Ekzonükleazlar:DNA zincirini ardışık olarak sonlarından keserler. Endonükleazlar:DNA ipliğinin fosfodiester bağlarını ayırır. Vizkosite İnterkalasyon Hücresel DNA çok uzun ve incedir. Aynı zamanda sıkı ve sert bir yapıya sahiptir. DNA bu yapısından dolayı yüksek vizkoziteye sahiptir. Fiziksel iik lkuvvetler ve sonikasyon DNA yı kırabilir. Bunun sonucu olarak vizkozite düşer.

6 Nükleik Asitlerin Spektrofotometrik Özellikleri Nükleik asitlerin UV ışığı absorblamasında en büyük rol bazlara aittir. Şeker-fosfat omurgası bu emme işlemine katkıda bulunmaz. Nükleik asitler 260 nm de maksimum absorbsiyon yaparlar. Nükleik asitlerin spektrofotometrik sonuçları ile miktar tayini i ve saflık değerlendirmeleri ğ di l iyapılabilir. 260 nm deki absorbans, izole edilen DNA lar > ssdna ve RNA > dsdna Nükleik Asitlerin Spektrofotometrik Özellikleri Absorbanstaki bu değişim i dsdna nın ssdna ya göre hipokromik ik olmasından kaynaklanmaktadır. kl k Hipokromisite: Nükleik Asitlerin Spektrofotometrik Özellikleri Nükleik Asitlerin Spektrofotometrik Özellikleri DNA saflığı Saflık belirlemede 260/280 nm sonucuna bakılır. Saf bir DNA 260/280=1.8 olmalıdır. 260/280>1.8 ise RNA kontaminasyonu 260/280< 1.8 ise protein kontaminasyonu s Absorbans RNA dsdna Dalgaboyu

7 Nükleik Asitlerin Termal Özellikleri Nükleik Asitlerin Termal Özellikleri Isıtma, nükleik asitlerin denatürasyonuna sebep olur. Bu denatürasyon, çift ipliğin tek ipliğe dönüşümü sonucundaki absorbans artışı ile tespit edilebilir. dsdna ve RNA nın termal davranışları fark gösterir. Sıcaklıkarttıkça arttıkça RNA nın absorbansında artış gözlenir. Erime, absorbansta b %40 lık kbir artış sağlar. T m DNA nın G+C içeriğine bağlıdır. T m C arasında değişir. Nükleik Asitlerin Termal Özellikleri Nükleik Asitlerin Termal Özellikleri

8 Erime G+C içeriğine bağlıdır Renatürasyon Termal denatürasyon soğutma işlemi ile geri döndürülebilir. Hızlı soğutma tüm bölgelerin renatürasyonunu sağlamaz. Yavaş yavaş soğutma işlemi i komplementer bölgelerin tamamiyle hibridizasyonu ile sonuçlanır.