Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Transkript

1 İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD Tanıtım Rehberi İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi Elazığ yolu 10. Km MALATYA Telefon: 0 (422) Faks: 0 (422) E-posta: molekuler@inonu.edu.tr Bu rehberde, İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı tanıtılmaktadır. Rehberin ilk bölümünde Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarının genel özellikleri, ikinci bölümde ise laboratuvarda çalışılan testler hakkında profesyonel kullanıcılar için bilgi hazırlanmıştır. Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır

2 İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD Tanıtım Rehberi Moleküler mikrobiyolojik tetkikler, klinik tanı ve tedavinin yönlendirilmesinde ve araştırma amaçlı çalışmalarda üst düzey veriler sağlamaktadır. Ancak bu yöntemlerin çalışılabilmesi için üç önemli kriterin sağlanmış olması gereklidir. Bunlar; 1. İyi yetişmiş uzman insan kaynağı, 2. Yüksek maliyet gerektiren teknolojik alt yapının oluşturulmuş olması ve 3. Moleküler mikrobiyolojik analizlerin yapılması süreçlerinin özellikleri göz önüne alınarak belirlenen teknik ve mimari özelliklere sahip olarak inşa edilmiş laboratuvar. İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı, yukarıda belirtilen kriterleri uzun yıllardır sağlamış ve ülkemizdeki en modern moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarının biri durumuna gelmiştir. Sahip olunan bu kaynaklardan klinik tanı amaçlı olarak diğer kamu ve özel sağlık kurumlarının da faydalanması ve araştırma amaçlı olarak bilim insanlarının hizmetine sunulmasının önemli kamu menfaati sağlayacağı düşünülmüştür. Bu amaçla laboratuvarımızda yapılmakta olan moleküler mikrobiyolojik testlerin listesi hazırlanmış ve bu olanaktan faydalanmak isteyen sağlık kuruluşları veya araştırıcılar için testlerin fiyat özellikleri belirtilmiştir.

3 İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı Uluslar Arası Dış Kalite Kontrol Programına Üye Laboratuvar Sektörün Lider Üreticilerinden Sağlanan En Kaliteli Kit ve Sarf Malzemelerin Kullanıldığı Laboratuvar Alanında Uzman, Genç ve Bilimsel Gelişmeleri Takip Eden Dinamik Ekip Misyonumuz Laboratuvarımız, Ülkemizde Moleküler Mikrobiyolojik Analizleri En Doğru, En Hızlı ve En Ekonomik Olarak Gerçekleştiren; Moleküler Tanı Alanında Gelişen Teknolojiyi Rutin Sağlık Hizmeti ve Araştırma Amaçlı Hizmet Talep Eden Taraflara Sunan ve Sadece Sonuç Veren Değil Aynı Zamanda Ülkemizin Bu Alanda İhtiyaç Duyduğu Kalifiye İnsan Gücünü Yetiştiren Lider ve Referans Bir Kamu Birimi Olmayı Hedefler. Vizyonumuz Doğru ve Etkili Moleküler Mikrobiyolojik Analizler ile Hasta Sağlığına ve Ülkemizin Bilimsel Gelişimine Katkıda Bulunmak. Personel 2 Profesör Doktor 1 Uzman Doktor 2 Biyolog 4 Laboratuvar Teknikeri Zamanında Verilen Doğru Sonuç Hayat Kurtarır

4 Genel Bilgiler Tarihçe Tıp Fakültemizde moleküler mikrobiyolojik tetkiklerin yapılması 1994 yılına uzanmaktadır. Eski fakülte binasının 1. katında kurulan yaklaşık 30 m 2 lik bir laboratuvarda ilk PCR testleri yapılmaya başlanmış ve daha sonra hastanenin rutin hasta hizmetinde görev almıştır. Turgut Özal Tıp Merkezi nin 1996 yılında tamamlanarak hizmete açılması ile birlikte moleküler mikrobiyoloji laboratuvarı, hastanenin G-blok 3. katındaki yerine taşınmış ve o günden beri aynı yerde çalışmalarına devam etmiştir. Yıllar içinde gelişen moleküler tanı yöntemleri laboratuvarımızda da yerini almış ve aktif olarak rutin klinik tanı ve araştırma amaçlı kullanıma sunulmuştur. Teknik Kapasite Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında günümüzde uygulanmakta olan en son tanı yöntemleri bulunmaktadır. Bunlar; Nükleik Asit Amplifikasyon Yöntemleri: In-house PCR, Real Time PCR, Multipleks PCR Moleküler Tiplendirme Yöntemleri: Ap-PCR, Restriksiyon Fragment analizi, Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE), MLST DNA dizi analizi (DNA sequencing) Kütle Spektrometre: Maldi Tof MS sistemi Bunların dışında, moleküler mikrobiyoloji laboratuvarımız içinde tüberküloz tanı laboratuvarı da bulunmakta olup bu laboratuvar Sağlık Bakanlığı tarafında referans laboratuvar olarak kabul edilmiştir. Tüberküloz laboratuvarında otomatize tüberküloz kültürü, konvansiyonel kültür, aside dirençli boyama yöntemi, tüberküloz ilaç direnci, tüberküloz PCR ve kütle spektrometrik tip tayini işlemleri yapılmaktadır. Yukarıda sayılan yöntemlerin koordine olarak kullanımı ile her türlü klinik örnekte bakteri, virüs ve mantar etkenleri tanımlanabilmektedir.

5 Genel Bilgiler Nükleik Asit Amplifikasyon Yöntemleri In-House PCR ve Nested PCR: Polimerize zincir reaksiyonu tabanlı olarak geliştirilmiş bu yöntemde mikropların DNA veya RNA moleküllerinin spesifik bölgeleri için dizayn edilmiş DNA primeleri kullanılarak mikroorganizmanın genomundaki özel bir bölgenin laboratuvar ortamında çoğaltılması ve elde edilen ürünün agaroz jelde elektroforeze tabi tutularak gösterilmesidir. Bir klinik örnekte veya test edilen numunede hedef etkenin nükleik asidi mevcutsa çoğaltılan bölge spesifik DNA bandı olarak izlenmektedir. Bu testte temel olarak verilen sonuç araştırılan mikrobun örnek içinde olup-olmadığının saptanmasıdır. Real Time PCR: Gelişen teknoloji ile bu işlemler bilgisayar kontrollü ortamlarda yapılmaya başlanmış ve çoğaltılan DNA bölgesi ortamda bulunan boya maddesi ile tepkimeye girerek belli dalga boylarında ışıma sağlamaktadır. Oluşan bu ışıma hassas dedektörler ile algılanarak numerik değerlere dönüştürülmektedir. Bu yöntemde hedef mikrobun örnekte olup olmadığı ile birlikte aynı zamanda mikroorganizmanın örnek içindeki sayısı da (kantitasyon) saptanabilmektedir. Multiplex PCR: Menenjit gibi bazı enfeksiyonlarda, hastalığı yol açan etken spektrumu oldukça dardır. Bu amaçla birden çok etken için hazırlanmış özel DNA primerleri kullanılarak geliştirilmiş PCR yöntemleri mevcuttur. Bu yöntemde, yaklaşık 20 civarında etkene kadar çalışma yapılarak tek seferde bunlardan herhangi biri veya bir kaçı hızla saptanabilmektedir. Moleküler Tiplendirme Yöntemleri AP-PCR: Bakterilerin spesifik DNA bölgeleri için seçilmiş primerlerin kullanılması sonucunda yapılan nükleik amplifikasyon tabanlı bir genetipleme yöntemidir. Böylelikle test edilen etkenin DNA parmak izleri oluşturulmakta ve özellikle hastane salgını gibi durumlarda izolatların genetik yakınlığınmın ortaya konulabilmektedir. RFLP: Bir mikrobun hedef bir DNA bölgesi PCR ile çoğaltıldıktan sonra bu ürün restriksiyon endonükleaz enzimleri ile kesilmekte ve agaroz jelde elektroforez ile ayrıştırılmaktadır. Böylelikle etkenin kimliği tam olarak aydınlatılabilmektedir. Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE): Bu yöntem günümüzde kullanılan genotipleme yöntemleri içinde referans metod durumundadır. Bakteri veya mantarın tüm DNA molekülü restriksiyon enzimleri ile spesifik bölgelerinden kesildiktedn sonra yapılan bir elektroforez uygulamasıdır. Oluşan DNA bantları bir bilgisayar yazılımı ile değerldnirilip test edilen farklı izolatların birbirine olan genetik yakınlıkları saptanmaktadır. Özellikle hastane salgınlarının aydınlatılmasında oldukça önemli veriler sunmaktadır.

6 Genel Bilgiler DNA dizi analizi (DNA sequencing) Bu yöntem, hücrede bulunan DNA molekülünün sahip olduğu baz diziliminin deşifre edilerek okunmasıdır. Böylelikle mikropların en hassas bir şekilde tanımlanması yapıldığı gibi aynı zamanda DNA da oluşan mutasyonların saptanması ve antibiyotik direnç genleri gibi sonradan kazanılan nükleik asit değişiklerinin tespit edilmesi sağlanır. Kütle Spektrometre Maldi Tof MS sistemi: Maldi Tof MS, 2009 yılından itibaren rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında mikroorganizma tanımlama amacıyla kullanılmakta olan yeni bir yöntemdir. Bu yöntemde; bakteri ve mantar hücrelerine ait proteinler iyonize edilip moleküler kütlelerine göre ayrıştırmakta ve elde edilen protein spektrumu ( Dalton) mevcut referans spektrumla karşılaştırılarak test edilen mikroorganizmanın cins ve tür ayrımı yapılmaktadır. Böylelikle, günümüzde yaklaşık 1040 farklı bakteri, maya ve küfün bu sistemle dakikalar içinde tanımlanabildiği gösterilmiş ve bunun için IVD ve CE sertifikasyonları tamamlanmıştır. Yapılan çalışmalarda sistemin cins düzeyinde ayrım gücü %93-100, tür düzeyindeki ayrım gücü ise %85 ila %100arasında bildirilmiştir. Yapılan çalışmalarla bazı üreticiler tarafından Maldi Tof MS sistemine entegre olarak genotipik tiplendirmeye benzer bir şekilde mikroorganizmalar arasındaki yakınlığı gösterebilen yazılımlar üretilmiştir. Böylelikle bir salgın durumunda bakteri veya manatarın salgın suşu olup-olmadığı yine kısa bir süre içinde saptanabilir hale gelmiştir. Bu durum bir salgının henüz başlangıç aşamasında veri sağladığı için bu salgının hemen önenebilmesine olanak tanımaktadır.

7 PCR Tetkikleri Test Listesi süresi Fiyatı Candida PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 100, Chlamydia PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106, Chlamydia trachomatis PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106, CMV PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 120, HBV-DNA, kantitatif Pazartesi-Cuma 48 saat 120, HBV ilaç direnci Pazartesi-Cuma 48 saat 380, HCV genotiplendirme Pazartesi-Cuma 48 saat 118, HCV-RNA, kantitatif Pazartesi-Cuma 48 saat 120, HDV-RNA, kantitatif Pazartesi-Cuma 48 saat 121, Helicobacter PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 100, Hepatit G PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 120, HSV 1/2 PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 166, HIV RNA, kantitatif Pazartesi-Cuma 48 saat 120, Human papilloma virus (HPV) Pazartesi-Cuma 48 saat 70, HPV Tip Tayini Pazartesi-Cuma 48 saat 213, Brucella PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 100, Adenovirüs PCR Pazartesi-Cuma 48 saat BK Virüs PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106, EBV PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106, Parvovirüs B19 PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 100, Rotavirüs PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 166, Aspergillus PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106, Clostridium difficle PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 166, JC Virüs PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106, Legionella PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 80, VZV PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 106,92 NOT: Sağlık Uygulama Tebliği (SUT) hükümlerine göre; bu grup işlemlerde sonucun elde edilmesi için yapılması gereken tüm işlemler fiyata dahildir. Sonuç belgesi ile faturalandırılır. Bu başlık altında yer alan işlemler aksi belirtilmedikçe üçüncü basamak sağlık hizmeti sunucuları veya SUT un (4.2.13) numaralı maddesinin birinci fıkrasında belirtilen ilgili uzmanlar tarafından istenilmesi halinde karşılanır (Yukarıda belirtilen bazı testler SUT tarafından karşılanmamaktadır). Laboratuvarımızda yapılmakta olan PCR tetkikleri Quality Control for Molecular Diagnostic (QCMD), TÜV Nord ISO 9001 ve UKAS Quality Management tarafından dış kalite kontrolü programındadır. Her test internal kalite kontrol işlemine tabi olarak yapılır.

8 Test Listesi Tüberküloz Tetkikleri süresi Fiyatı Mikobakteri aranması (ARB) direkt mikroskopi Pazartesi-Cuma 48 saat 8, Tüberküloz antibiyogram Pazartesi-Cuma 14 gün 100, Tüberküloz Kültürü (Mikobakteri kültürü) Pazartesi-Cuma 42 gün 100, Tüberküloz tipendirme Pazartesi-Cuma 100, Mikobakteri (PCR) Tüberküloz IGST (Antijene özgü sitotoksik yanıt, tetramer ile) QuantiFERON TB-Gold Test Mycobacterium tiplendirme (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry) Pazartesi-Cuma Pazartesi-Perşembe Pazartesi-Cuma 48 saat 48 saat 24 saat 143, TL Tüberküloz IGST (antijene özgü sitotoksik yanıt, tetramer ile) testi için örnek alım prosedürü ekte tanımlanmıştır. Hastalardan alınan kan numunelerinde prosedürde belirtilen hususlara azami dikkat edilmesi hızlı ve doğru sonuç için kritik önem taşımaktadır. Tüberküloz laboratuvarımız Sağlık Bakanlığı tarafından referans laboratuvar olarak seçilmiştir. Tüberküloz tanı laboratuvarımız dış kalite kontrol programına dahildir. Multiplex PCR Tetkikleri süresi Fiyatı Enterik bakteri paneli Pazartesi-Cuma 48 saat 166, Enteroviral menenjit paneli Pazartesi-Cuma 48 saat 106, Bakteriyel menenjit etkenleri Pazartesi-Cuma 48 saat 166, Atipik pnömoni etkenleri Pazartesi-Cuma 48 saat 166, Solunum yolları bakteriyel etkenleri Pazartesi-Cuma 48 saat 166, Solunum yolları viral etkenleri Pazartesi-Cuma 48 saat 166, Solunum yolu paneli (mikroarray) Pazartesi-Cuma 48 saat 493,14 Yukarıda belirtilen testler dışında talep edilecek multiplex PCR tetkikleri için belirtilen fiyatlar baz alınarak çalışılacak etken sayısına göre fiyat belirlenecektir. Laboratuvarımızda yapılmakta olan PCR tetkikleri Quality Control for Molecular Diagnostic (QCMD), TÜV Nord ISO 9001 ve UKAS Quality Management tarafından dış kalite kontrolü programındadır. Her test internal kalite kontrol işlemine tabi olarak yapılır.

9 Test Listesi Moleküler Epidemiyolojik Testler* süresi Fiyatı AP-PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 166, PFGE (bir suş için) Pazartesi-Cuma 4 gün 50 Kütle spektrometre ile tiplendirme Pazartesi-Cuma 24 saat (tek izolat için) 20 DNA Dizileme Tetkikleri **(Bakteri, virüs ve mantar için) süresi Fiyatı DNA dizi analizi 1 çift Pazartesi-Cuma 7 gün 118, DNA dizi analizi 1-5 çift Pazartesi-Cuma 7 gün 303, DNA dizi analizi 1-10 çift Pazartesi-Cuma 7 gün 539, DNA dizi analizi 1-15 çift Pazartesi-Cuma 7 gün 843, DNA dizi analizi 1-20 çift Pazartesi-Cuma 7 gün 1.180, DNA dizi analizi 21 ve üzeri çift Pazartesi-Cuma 7 gün 1.854,97 Diğer PCR Tetkikleri*** süresi Fiyatı ReverseTranscriptase-PCR Pazartesi-Cuma 48 saat 219, ReverseTranscriptase PCR Multiplex Pazartesi-Cuma 48 saat 370, Real time PCR 1 çift Pazartesi-Cuma 48 saat 151, Real time PCR 1-5 çift Pazartesi-Cuma 48 saat 236, Real time PCR 1-10 çift Pazartesi-Cuma 48 saat 303, Real time PCR 11 ve üzeri çift Pazartesi-Cuma 48 saat 370,99 * Moleküler epidemiyolojik testler iki bakteri veya mantar izolatının genotipik özelliklerini saptayan testlerdir. Özellikle salgın durumlarında bulunan türlerin genetik düzeyde yakınlığını tespit eder. ** DNA dizileme yöntemi, saptanan mikrobun DNA düzeyinde tanımlanması ve özellikle antimikrobiyal ilaç dirençleri gibi DNA üzerindeki mutasyonların ortaya konulması amacıyla kullanılmaktadır. *** Diğer PCR tetkikleri 1. listede belirtilmeyen etkenler için özel olarak uygulanacak testlerdir.