Grid İş Gönderme Emrah Akkoyun, emrah@ulakbim.gov.tr Feyza Eryol, feyza@ulakbim.gov.tr
Grid'e İş Gönderme Yöntemleri Konsol Aracılığıyla iş gönderebilirsiniz. Linux işletim sistemlerinden açtığınız terminalden işlerinizi gönderebileceğiniz gibi, Windows gibi işletim sistemlerinde Putty gibi araçlar kullanarak da işlerinizi gönderebilirsiniz. Kullanıcı ara yüzüne ssh ile bağlantı yapılır. Web portalı aracılığıyla işlerinizi gönderebilirsiniz. P- Grade portalı bu araçlardandır.
Kullanıcı Arayüzüne Erişim Kullanıcı arayüzüne ssh ile bağlanın - Terminal, Putty,... - Kullanıcılar: egitim(1-20) - Sunucu: egitim-ui.ulakbim.gov.tr (193.140.99.19) ssh -l egitim20 egitim-ui.ulakbim.gov.tr globus dizininin varlığını kontrol edin ls lar.globus drwxr-xr-x 2 root root 4096 Aug 15 13:57. drwx------ 31 root root 4096 Feb 10 15:32.. -rw-r--r-- 1 root root 5577 Mar 14 2006 usercert.pem -rw------- 1 root root 963 Mar 14 2006 userkey.pem Pratik eğitim için gerekli örnek dosyaları kullanıcı dizininize açın: cd ~ tar -xzvf egitim.tar.gz
Geçici Sertifika Oluşturmak Bir X.509 sertifikası şu bilgileri içerir: Kullanıcı açık anahtarı; Kullanıcı hakkında bilgi; Sertifika otoritesi bilgisi; Geçerlilik süresi; Sertifika otoritesinin imzası Sertifikanızı incelemek için: grid-cert-info Açık Anahtar Subject: C=TR, O=TRGrid, OU=TUBITAK-ULAKBIM, CN=Onur Temizsoylu Issuer: C=TR, O=TRGrid, CN=TR-Grid CA Validity Not Before: Feb 5 10:05:58 2007 GMT Not After : Feb 5 10:05:58 2008 GMT Sertifika Otoritesi İmzası
Çalışabileceğiniz Kaynakları Görüntülemek Herhangi bir sanal organizasyon için o an geçerli çalışabileceğiniz kaynakları görüntülemek için: lcg-infosites --vo <VO> [option(s)] sgdemo sanal organizasyonuna bağlı sitelerde ki hesaplama elemanı(ce) hakkında bilgi almak için: lcg-infosites --vo sgdemo ce sgdemo sanal organizasyonuna bağlı sitelerde ki depolama elemanı(se) hakkında bilgi almak için:: lcg-infosites --vo sgdemo se lcg-infosites --vo sgdemo closese Sorgulanabilecek diğer özellikleri görmek için: lcg-info list-attrs
Proxy Oluşturmak Çalışmak için geçici sertifika oluşturun: voms-proxy-init --voms sgdemo Oluşturduğunuz geçici sertifika hakkında bilgi edinin: voms-proxy-info all Oluşturduğunuz geçici sertifikyı yok etmek için: voms-proxy-destroy
İşinizi Çalıştırmadan Önce Bilmeniz gerekenler: Hangi programlar gönderilecek? Hangi veriye erişilecek, veri program ile birlikte mi gidecek? Herhangi bir işletim sistemi, kütüphane bağımlılığı var mı? Gönderdiğiniz uygulama: Bilinmeyen bir sistemde çalışabilmeli Çalışma dizini dışında yer alacak şekilde sabit olarak belirlenmiş dizinler ve dosyalar içermemelidir.
Grid Dünyasının Dili: JDL Job Description Language (JDL) Condor ClassAd dili standardında geliştirilmiştir. Bir JDL dosyası niteliklerle oluşturulur: <nitelik> = <anahtar>; Nitelikler temel olarak ikiye ayrılabilir: İş nitelikleri: işin kendini tanımlar Kaynak nitelikleri: işe uygun kaynakları bulunmasını sağlar. #, // veya /* yazılabilir. */ ile JDL içine açıklama satırları
JDL Dosyası JDL parçalayıcının(parser) hatasız bir şekilde çözümleme yapması için gerekli nitelikler: Tüm iş tanımlar köşeli parantezler içinde olmalıdır. Örnek: [ <iş tanımı>] Her tanım satırı noktalı virgul ile ayrılmalıdır. JDL boşluk karakteri ve tablara duyarlıdır.
JDL Nitelikleri(1) JobType Normal (basit, seri iş), Interactive, MPICH, Checkpointable Executable Çalıştırılacak komut Arguments Komuta verilecek argümanlar StdInput, StdOutput, StdError Standart girdi, çıktı ve hata dosyaları Environment Çevre değişkenleri InputSandbox Kullanıcı arayüzünden çalışacağı siteye gönderilecek dosyalar OutputSandbox İş bitiminde alınacak dosyalar Requirements Gerekli kaynak nitelikleri Rank Bulunan kaynakların sıralanması
JDL Nitelikleri(2) Executable = < string > Çalıştırılacak programı göstermektedir. - Aynı dosya ismi InputSandbox da da belirtilmelidir. Özel karakterler izin verilmez.. (Örnek: Executable = { /opt/sw/sgdemo/test.sh }; ) StdOutput, StdError, StdInput = < string > Çıktı, hata ve giriş dosyaları - Aynı dosya isimleri OutputSandbox da da belirtilmelidir. Bu nitelik, etkileşimli işler için (interactive jobs) gerekli değildir.
JDL Nitelikleri(3) InputSandbox, OutputSandbox = < string string listesi > InputSandbox, çalıştırılacak işin ihtiyacı olan giriş dosyaları - UI (User Interface) den WN (Worker Node) OutputSandbox, Sonuç dosyaları - WN (Worker Node) dan UI (User Interface) InputSandbox da gösterilen dosyaların toplam boyutu 20 MB dan az olmalıdır.
JDL Nitelikleri(4) Job Type Normal (simple, sequential job), Interactive, MPICH, Checkpointable, Checkpointable, Interactive Checkppointable, MPI MPICH ve NodeNumber - RB (Resource Broker) uygun CE leri seçmek için kullanır. Örnek: NodeNumber = 5; Arguments Komut satırı parametreleri vermek için kullanılır. Örnek: Executable = /bin/sh ; Arguments = Merhaba Grid Dünyası ; Environment Çevre ayarları listesini. Örnek: Environment = JAVABIN=/usr/local/java ;)
JDL Nitelikleri(5) Requirements Uygun kaynak koşulları Örnek: Requirements=other.GlueCEUniqueID == adc006.cern.ch:2119/jobmanager-pbs-infinite Rank Requirements niteliğindeki koşullara uygun CE ler sıralanır. Örnek: Rank = other.gluecestatefreecpus;
JDL Nitelikleri(6) InputData Giriş (input) dosyalarını gösteren (LFN) Logical File Name veya (GUID) Global Unique Identifier belirtilir. Örnek: InputData = { lfn:cmstestfile, guid:135b7b23-4a6a-11d7-87e7-9d101f8c8b70 }; ) DataAccessProtocol SE (Storage Element) ulaşmak için kullanılacak protokol ya da protokoller Örnek: DataAccessProtocol = { file, gsiftp }; StorageElement Çıkış (output) dosyalarını tutmak için depolama elemanı
Örnek JDL Dosyası ornek.jdl Executable = "/bin/sh"; Arguments = "HelloWorld.sh"; Stdoutput = "stdoutput.txt"; StdError = "stderror.txt"; InputSandbox = {"HelloWorld.c","HelloWorld.sh"}; OutputSandbox = {"stdoutput.txt","stderror.txt"}; Requirements = (other.gluehostoperatingsystemname == linux"); Rank = other.gluecestatefreecpus;
İş Göndermeden Önce JDL dosyasında yer alan niteliklere göre işin çalışabileceği siteleri görebilirsiniz. glite-job-list-match <job.jdl> İşinizin belli bir sitede çalışması için Requirement satırı ekliyebilirsiniz. Requirements = other.glueceuniqueid == "ce.ulakbim.gov.tr:2119/jobmanager-lcgpbs-sgdemo";
İş Göndermek JDL dosyasında yer alan niteliklere göre işin çalışabileceği siteleri görebilirsiniz. glite-job-list-match <job.jdl> İş göndermek için; glite-job-submit [--vo <VO>] [-o <dosya_ismi>] <job.jdl> --vo Sanal organizasyon, geçici oluşturulurken tanımlandı ise gerek yoktur -o Oluşacak işnumarası bu dosyaya yazılır glite-job-status i <dosya_ismi> (veya işnumarası) -i İş gönderilirken verilen dosya ismi burada kullanılabilir
İş Göndermek glite-job-submit HelloWorld.jdl **** Warning: UI_VOMS_OVERRIDE **** The Virtual Organisation name "dteam" you have specified with the UI conf file will be overriden by the default VO in your proxy credentials: "sgdemo" Selected Virtual Organisation name (from proxy certificate extension): sgdemo Connecting to host wms.ulakbim.gov.tr, port 7772 Logging to host wms.ulakbim.gov.tr, port 9002 *********************************************************************************** ********** JOB SUBMIT OUTCOME The job has been successfully submitted to the Network Server. Use glite-job-status command to check job current status. Your job identifier is: - https://wms.ulakbim.gov.tr:9000/2n33hig63qujxlkghg2m-a JobID *********************************************************************************** **********
Diğer İş Komutları glite-job-cancel <işnumarası> Belirtilen işi iptal eder glite-job-status <işnumarası> İş hakkında bilgi verir glite-job-output <işnumarası> İşin çıktı torbasını getirir glite-job-logging-info <işnumarası> İş hakkında detaylı bilgi verir, hata gidermek için yararlı bir komuttur
İş Durumları
İş Durumları Submitted İş UI makinası aracılığı ile yollandı.
İş Durumları Waiting İş kabul edildi ve WMS sunucusunda beklemede
İş Durumları Ready İş WMS tarafında incelendi ve uygun CE sunucusuna gönderilmek için hazır
İş Durumları Scheduled İş CE sunucusuna gönderildi ve kuyrukta bekliyor
İş Durumları Running İş çalışmaya başladı
Done İş tamamlandı İş Durumları
İş Durumları Cleared İş için Çıktı Torbası UI sunucusuna alındı veya zaman aşımından dolayı silindi
İnteraktif İşler İnteraktif iş, standart girdi, çıktı ve hataları iş gönderilen istemciye yönlendiren iş tipidir: Kullanıcı JobType niteliğini interactive olarak ayarlamalıdır. Bir interaktif iş gönderildiğinde glite-job-submit komutu arka planda bir gölge konsol işi başlatır. Konsolun kullanacağı port, ListenerPort niteliği ile değiştirilebilir. DISPLAY çevre değişkeni düzgün ayarlanmalı veya nogui parametresi kullanılmalıdır. OutputSandbox niteliğini tanımlamaya gerek yoktur. İnteraktif pencereye çıktılar gelecektir.
MPICH İşleri Paralel iş koşturmak için birçok kütüphane vardır. glite orta katmanında MPICH tercih edilmiştir. Kullanıcı JobType niteliğini MPICH olarak ayarlamalı ve NodeNumber niteliği ile gerekli işlemci sayısını ayarlamalıdır. Bir sitede MPICH işi çalışması için sitenin uygun şekilde düzenlenmesi dışında: Sitenin MPICH desteklediğinin işaretlenmesi gerekmektedir. İstenen işlemci miktarı sitedeki mevcut işlemci sayısından az olmalıdır.
MPICH İşleri [ JobType = MPICH"; Executable = "cpi"; NodeNumber = 2; StdOutput = "test.out"; StdError = "test.err"; InputSandbox = {"cpi"}; OutputSandbox = {"test.out","test.err"}; ] NodeNumber işin çalışacağı işlemci sayısını belirtir. İşlemci sayısı arttıkça işin kuyrukta bekleme süresi de artacaktır.
http://www.grid.org.tr http://wiki.grid.org.tr grid-teknik@ulakbim.gov.tr