ÖZGEÇMĐŞ VE ESERLER LĐSTESĐ

ÖZGEÇMĐŞ VE ESERLER LĐSTESĐ ÖZGEÇMĐŞ Adı Soyadı: Gökmen Altay Doğum Tarihi: 20 Kasım 1978 Öğrenim Durumu: Derece Bölüm/Program Üniversite Yıl Lisans Elektrik Elektronik Karadeniz Teknik Üniversitesi 1999 Y. Lisans Telekomünikasyon ve London South Bank University, 2001 Bilgisayar Ağ Đngiltere Elektrik Elektronik Đstanbul Üniversitesi 2006 Yüksek Lisans Tez Başlığı (özeti ekte) ve Tez Danışman(lar)ı : Investigation of Product Codes and Enhancing Augmented Product Codes, Dr. Jim Pervez Tezi/S.Yeterlik Çalışması/Tıpta Uzmanlık Tezi Başlığı (özeti ekte) ve Danışman(lar)ı : Đteratif Ayrıştırılabilir Blok Kodlar, Prof.Dr. Osman Nuri Uçan Görevler: Görev Unvanı Görev Yeri Yazılım Müh Bromcom Computers, Londra, Đngiltere 2001-2002 Ar.Gör. Bahçeşehir Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi 2002-2004 Öğr.Gör. Bahçeşehir Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi 2004-2006 Yar.Doç. Bahçeşehir Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi 2006-2008 Stanford University, Elektrik, ABD 2007-2008 Queen's University Belfast, Center for Cancer Research and Cell Biology, Đngiltere (UK) University of Cambridge, Onkoloji Bolumu, Yıl 2009 2010 2010-2012 Cambridge Research Institue, Ingiltere Yar.Doç. Bahçeşehir Üniversitesi, Biyomedikal 2012-2013 Doçent Bahçeşehir Üniversitesi, Biyomedikal 2013 - Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri : Mohammed Abdulgani Taha, c3net algorithm using dynemic bayesian network, Computer Engineering, Bahçeşehir Üniversitesi. Başlangıç:22.2.2012/Bitiş:25.4.2013

Yönetilen Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları : Zeyneb Kurt, Association estimation algorithms for gene network inference, Bilgisayar, YTÜ (Prof.Dr. Nizamettin Aydın ile beraber). Başlangıç: Nisan 2012 /Bitiş: Aralık 2013 Projelerde Yaptığı Görevler : Prostat ve göğüs kanseri verilerinin biyoenformatik metodlarla analizi/butunlestirilmesi ile hastalikla iliskili ilac-hedef gen/proteinlerin veya biyomarkerlarin tespiti. University of Cambridge, Cancer Research UK project, Proje Araştırmacısı, 2010-2012. Kanser tedavisi bağlamında genler arası ilişki ağını belirleyecek algoritmaların geliştirilmesi, Queen's University Belfast project, Proje Araştırmacısı, 2009-2010. Askeri savaş alanı haberleşme altyapısını ilerletecek kuram ve algoritmaların geliştirilmesi, Stanford University Army project, Proje Araştırmacısı, 2007-2008. Đdari Görevler : Bölüm Başkan Yrd. Bahçeşehir Üniversitesi Elek-Elektronik Müh. Bölümü 2008-2008 Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler (Açılmışsa, yaz döneminde verilen dersler de tabloya ilave edilecektir): Akademik Yıl Dönem Dersin Adı Haftalık Saati Teorik Uygulama Öğrenci Sayısı 2011-2012 Yaz Microprocessors 3 2 7 Đlkbahar Computational Biology 3 2 7 Microprocessors 3 2 6 Yükesk Lisans (YL) bitirme tezi Capstone project I (Lisans bitirme projesi) 0 1 1 0 1 3 Applied Computational 3 0 4 Biology (YL) Applied Computational 3 0 1 2012-2013 Güz Biology (, Đstanbul Teknik Ü., Bilişim Enstitüsü) Microprocessors 3 2 43 YL bitirme tezi 0 1 1 Capstone project I 0 1 4 Yaz Digital Design 3 2 7 2011-2012 Đlkbahar Int.Elek.Elektronics Eng 3 2 36 Special Topics II: 3 0 4 Bioinformatics (YL) YL bitirme tezi 0 1 1 2011-2012 Güz doktora calışması (Cambridge University, UK)

ESERLER A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : A19. Z. Kurt, N. Aydın, G. ALTAY, "A Comprehensive Comparison of Association Estimators for Gene Network Inference Algorithms", Bioinformatics, 2014, doi: 10.1093/bioinformatics/btu182. A18. G. ALTAY, Z. Kurt, M. Dehmer, F. Emmert Streib, "Netmes: Assessing gene network inference algorithms by ensemble network-based measures", Evolutionary Bioinformatics, 2014:10 1-9. A17. G. ALTAY, Empirically determining the sample size for large-scale gene network inference algorithms", IET Systems Biology, 6(2), p.35-63, 2012. Atıf Sayısı:6 A16. G. ALTAY, Broadcast Multicast Capacity of Network Coding for Random Wireless Networks, IET Communications, 4(12), 2010. A15. G. ALTAY, N. Altay, D. Neal, Global assessment of network inference algorithms based on available literature of gene/protein interactions, Turk J Biol, 37:547-555, 2013. A14. Emmert-Streib F, Glazko GV, ALTAY G and de Matos Simoes R, "Statistical inference and reverse engineering of gene regulatory networks from observational expression data", Frontiers in Genetics 3:8., 2012. Atıf Sayısı:27. A13. G. ALTAY, M. Asim, F. Markowetz, D.E. Neal, Differential C3NET reveals disease networks of direct physical interactions, BMC Bioinformatics, 12(296), 2011. Atıf Sayısı:14. A12. G. ALTAY, F. Emmert-Streib, ''Structural influence of gene networks on their inference: analysis of C3NET'', Biology Direct, 6(31), 2011. (Highly Accessed) Atıf Sayısı:29. A11. G. ALTAY, F. Emmert-Streib, Inferring the conservative causal core of gene regulatory networks, BMC Systems Biology, 4(132), 2010. (Highly Accessed, it was 4 th most accessed paper in a year with 4128 accesses during its first year.) Atıf Sayısı: 54. A10. G. ALTAY, F. Emmert-Streib, Revealing differences in gene network inference algorithms on the network-level by ensemble methods, Bioinformatics, 26(14), 1738-1744, 2010. Atıf Sayısı: 51. A9. F. Emmert-Streib, G. ALTAY, Local network-based measures to assess the inferability of different regulatory networks, IET Systems Biology, 4(4), 277-288, 2010. Atıf Sayısı:18. A8. H. Cam, V. Ozduran, G. ALTAY, O. N. Ucan, "Cooperative communications with multilevel/aes-sd4-cpfsk in wireless sensor networks", Annals of Telecommunications, 2010. A7. C.O. Sakar, G. Demir, O. Kursun, H. Ozdemir, G. ALTAY, S. Yalcin Feature selection for the prediction of tropospheric ozone concentration using a wrapper method, Intelligent Automation and Soft Computing, pp. 403-413, 2011.

A6. A. Sezgin, G. ALTAY and A. Paulraj. Generalized partial feedback based Orthogonal Space-Time Block Coding, IEEE Trans. on Wireless Communication, vol.8, no.6, p.2771-2775, 2009. Atıf Sayısı:8. A5. G. ALTAY, Performance of Systematic Distance-4 Binary Linear Block Codes with Continuous Phase Frequency Shift Keying over MIMO Systems, Wireless Personal Communications, vol.44, No.4, p.403-413, March 2008. Atıf Sayısı:2. A4. Demir, G., ALTAY, G., Sakar, O., Albayrak, S., Yalcin, S., "Prediction and evaluation of tropospheric ozone concentration in Istanbul using artificial neural network modeling according to time parameter", Journal of Scientific & Industrial Research, vol.67, No. 9, p.674-679 September 2008. Atıf Sayısı:11. A3. Ozdemir, H., Demir, G., ALTAY, G., Albayrak, S. and Bayat, C., "Prediction of tropospheric ozone concentration in Istanbul by employing artificial neural network", Environmental Engineering Science, vol.25, no:9, 2008. Atıf Sayısı:9. A2. G. ALTAY, O. N., Ucan, Heuristic Construction of High-Rate Linear Block Codes, International Journal of Electronics and Communications (AEU: Archiv fuer Elektronik und Uebertragungstechnik), 60 (2006) 663-666. Atıf Sayısı:5. A1. G. ALTAY, O. N. Ucan, H. F. Ugurdag, Geometric Augmented Product Codes", IEE Proc. Communications, vol.153, No.5, p. 591-596, October 2006. (Atıflar Google Scholar dan 8Mayıs 2014 tarihinde alınmıştır; yukarıdaki dergi makalelerinin toplam 228 atıfı vardır. Web of Science ta ise bunun yaklaşık yarısı kadar atıf vardır.) B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings) basılan bildiriler : B13. Impacts of the Different Spline Orders on the B-spline Association Estimator, Zeyneb Kurt, Nizamettin Aydin, Gökmen Altay, 13th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE) 2013, November 10-13, Chania, Greece B12. Invited Speaker: Gökmen ALTAY Genome-wide gene network inference and assessing the performance via the literature, Int. Conf. on Applied Informatics for Health and Life Sciences, Istanbul, Turkey, 9-11 Sep. 2013. B11. Zeyneb Kurt, Nizamettin Aydın, Gökmen ALTAY, "Influence of the Copula Transform on the Association Estimators for Gene Network Inference", Int. Conf. on Applied Informatics for Health and Life Sciences, Istanbul, Turkey, 9-11 Sep. 2013. B10. Altay, G., Ucan, O. N., Altay, N., Full-Information Rate Distance-4 Block Codes, the Third International Symposium on Wireless Communications Systems (ISWCS'06), Valencia, Spain, 5-8 September 2006. B9. Altay, G., Ucan, O. N., Altay, N., Yalcin, S., On the Trellis Structures of Geometric Augmented Product Codes, 1st Conference on Adaptive Hardware and Systems (AHS- 2006), Istanbul, Turkey, 15-18 June 2006. B8. Altay, G., Ucan, O. N. Iterative Decoding Performance of Geometric Augmented Product Codes Over AWGN Channel International Conference on Electrical & Electronics Engineering, (ELECO), Bursa, Turkey, December 2005.

B7. Altay, G., Ucan, O. N., Maximum A Posteriori Decoding of Geometric Product Codes, Trends in the Development of Machinery and Associated Technology (TMT 2005), Antalya, Turkey, 26-30 September, 2005. B6. Altay, G., Yalcin, S., Belief Propagation Decoding of Some Decomposable Linear Block Codes, International Conference on Recent Advances in Space Technologies (RAST), Istanbul, Turkey, July 2005. B5. Altay, G., Aygölü, Ü., New Decomposable Step Product Codes, SCI 2003 ( 7th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics), Florida, USA, July, 2003. B4. Altay, G., Ucan, O. N., Altay, S., Trellis of (9,4,4) Decomposable Code of the a1+x+z a2+x+z a1+a2+x+z Construction, International Twelfth Turkish Symposium on Artificial Intelligence and Neural Networks (TAINN), Çanakkale, Turkey, July 2003. B3. Altay, G., Yalcin, S., Ucan, O. N., Trellis Decoding of Some Decomposable Codes, International Conference on Recent Advances in Space Technologies, (RAST), Istanbul, Turkey, November 2003. B2. Altay, G., Ucan, O. N., Construction and Minimal Trellis for (32,16, 8) Decomposable Code, International Conference on Electrical & Electronics Engineering, (ELECO), Bursa, Turkey, December 2003. B1. Altay, G., Ucan, O. N., BER Performances of Some Distance-8 Decomposable Linear Block Codes, International Conference on Signal Processing (ICSP), Çanakkale, Turkey, Sept. 2003. D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : D1. Altay, G., Geometric Construction Codes of Hamming Distance-8, Journal of Electrical and Electronics Engineering (JEEE), Istanbul University, Volume: 8, Number: 2, Page: 665-669, 2008 D2. Ucan, O. N., Acarer, T., Karacuha, E., Osman, O., Altay, G., Yalcin, S., Performance Of The Systematic Distance-4 Codes Over Fading Channels, Journal of Electrical and Electronics Engineering (JEEE), Istanbul University, Volume: 8, Number: 2, Page: 665-669, 2008. D3. Altay, G., Ucan, O. N., Iterative Decoding of Geometric Augmented Product Codes, Journal of Electrical and Electronics Engineering, Istanbul University, Vol. 5, No. 2, p.1379-1381, 2005. D4. Altay, G., Decomposable SEC-DED codes of Enhanced Augmented Product Code Construction, Journal of Electrical and Electronics Engineering, Istanbul University, Vol. 3, Number: 2, p. 973-976, August 2003. E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler: E1. Altay, G., Ucan, O. N., EAPCC Blok Kodları Đçin Genel Kafes Yapısı Tasarımı, IEEE SĐU 05 Kurultayı, Kayseri, Türkiye, Mayıs 2005.