MEDİKAL BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ

Transkript

1 MEDİKAL BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ 7 Mart 2020, İstanbul Acıbadem Üniversitesi Medikal Biyoteknoloji Öğrenci Topluluğu KONGRE KİTAPÇIĞI

2 Değerli Bilimseverler, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Medikal Biyoteknoloji Öğrenci Topluluğu olarak 7 Mart 2020 tarihinde birincisini düzenlediğimiz Medikal Biyoteknoloji Kongremizde insanlığın geleceğine yön verecek siz değerli bilimseverleri, güncel bilimsel gelişmelerle buluşturmaktan büyük onur ve mutluluk duymaktayız. Medikal Biyoteknoloji Öğrenci Topluluğumuz (ACUMEDBIOTECH) 2019 yılında kurulmuş olup, topluluğumuzun temel ilkesi; bilimsel ve etik kurallar çerçevesinde, dünyadaki bilimsel araştırma faaliyetlerinden ve proje çalışmalarından bugünden merak ederek yapılacak bilimsel projelerde insanlığın yasam şartlarını ve kalitesini artırarak dünya bilimine katkı sağlamaya teşvik etmektir. Kongremizin gerçekleşmesinde bizlere desteklerini esirgemeyen Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi ne, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Rektör Yardımcısı Prof. Dr. İrfan GÜNEY e ve Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Tanıl KOCAGÖZ e, fikir ve tecrübelerinden faydalanmamızı sağlayan danışma kurulumuza ve ACUGEN ekibine, özverili çalışmalarından dolayı ekip arkadaşlarıma, bilimsel bilgi ve çalışmalarını paylaşarak bizlere yön gösteren konuşmacılarımıza ve bilim kurulumuza, yaptığımız çalışmalarımızı destekleyen sponsorlarımıza teşekkür ederim. Birlikte bilim dolu bir gün geçirmeyi diliyorum. Zehra Hazal SEZER Kongre Başkanı

3 İÇİNDEKİLER Vizyon Misyon 4 Kongre Danışma Kurulu ve Kongre Kurulu 5 Konuşmacılar ve Bilim Kurulu 6 Kongre Akışı 7 Kongre Sponsorları 8 Poster Özetleri 9

4 VİZYON Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Medikal Biyoteknoloji Öğrenci Topluluğu olarak düzenlediğimiz MEDİKAL BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ özgür bir birliktelik şeklinde özgün ve yaratıcı olarak bilimi bir hedef olarak seçmeyi amaçlamaktadır. MİSYON Bilimsel ve etik kurallar ışığında, her türlü bilimsel araştırmalara yön veren hocalarımızla, ulusal ve uluslararası ortak araştırma faaliyetlerinden ve proje çalışmalarından haberdar olarak yapılacak bilimsel çalışmalarda ülkemiz ve insanlığın ihtiyaçlarını öne alarak dünya bilimine katkı sağlamaya teşvik etmektir.

5 KONGRE DANIŞMA KURULU Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Prof. Dr. Vasıf Hasırcı Prof. Dr. Cengiz Yakıcıer Doç. Dr. Günseli Bayram Akçapınar Dr. Öğr. Üyesi Sinem Öktem Okullu Erdoğan Oğuzhan Akyıldız KONGRE DÜZENLEME KURULU Kongre Başkanı Zehra Hazal Sezer Kongre Başkan Yardımcısı Musa Çelik Kongre Sekreteri Cemre Su Turhan Merve Aydın Elif Kılıç Esma Aybakan Cansu Öğe Didem Dost Batuhan Savsar Ecem Eser Sena Atasever Zeynep Ilgın Tozan Cem Taşkın Ayşenur Çiçek Elif Şahkulubey İrem Yön Defne Begüm Değirmenci

6 KONUŞMACILAR Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Prof. Dr. Rana Sanyal Prof. Dr. Vasıf Hasırcı Prof. Dr. M. Cengiz Yakıcıer Doç. Dr. Umut Şahin Dr. Mürsel Haspulat Dr. Hasan Ersin Zeytin Dr. Ali Rıza Cenk Çelebi Dr. Derya Dilek Kancağı Dr. Sevgi Salman Ünver Dr. Ege Ülgen Aslı Semerci Ömer Taştan Arda Örcen Kübra Yılmaz BİLİM KURULU Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Doç. Dr. Günseli Bayram Akçapınar Dr. Öğr. Üyesi Sinem Öktem Okullu Nesteren Mansur Özen

7 KONGRE AKIŞI Cumartesi 8:45-09:30 Kayıt 10: Poster Sunumu 09:30-10:00 Açılış Programı - Prof. Dr. Tanıl Kocagöz - - Kaynakları Kısıtlı Yörelerde Tüberküloz Tanısı için Yenilikçi Teknolojiler 10:00-10:45 Prof. Dr. Rana Sanyal - Boğaziçi Üniversitesi 10: Ara 11:00-12:30 Biyoteknolojik İlaçlar Oturumu Oturum Başkanı: Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Doç. Dr. Umut Şahin - Prostat Kanseri Tedavisinde Onkoprotein Yıkımına Dayalı Yeni Bir Yöntem Hasan Ersin Zeytin - Biyoteknolojide Yeni İlaç Modaliteleri 12: Öğle Arası 13:30-14:30 Biyomalzeme ve Doku Mühendisliğinde İnnovatif Gelişmeler Oturumu Oturum Başkanı: Kübra Yılmaz Prof. Dr. Vasıf Hasırcı - Biyomalzemeler ve Doku Mühendisliği: Günümüzde Yeni Yönelimler Dr. Ali Rıza Cenk Çelebi - Kornea Doku Mühendisliği: Biyomalzemeler ve Yöntemler 14:30-14:45 Ara 14:45-15:45 Gen ve Hücre Tedavilerinde Güncel Yaklaşımlar Oturumu Oturum Başkanı: Prof. Dr. M. Cengiz Yakıcıer Dr. Ege Ülgen Onkolojide Kişiye Özel Tıp Yaklaşımları Derya Dilek Kancağı, PhD - Dünyada ve Türkiye de Hücre ve Gen Tedavilerinde Son Durum 15:45-16:00 Ara 16:00-17:45 Girişimcilik ve Biyoteknoloji Paneli Moderatör: Dr. Sevgi Salman Ünver Aslı Semerci, Ömer Taştan - Türkiye'de Biyoteknoloji Girişimciliği Dr. Mürsel Haspulat - Tıp ve Girişimcilik ile Tıpta AR/VR 'ın Yeri Arda Örcen - Nanomik Biyoteknoloji ve Yeni Nesil Biyopestisitlerin Üretimi

8 KONGRE SPONSORLARI Kurumsal Destekçiler Ana Sponsorlar Platin Sponsor İşbirlikçimiz Ürün Sponsorları

9 POSTER ÖZETLERİ

10 POSTER BAŞLIĞI: Antibakteriyel Ve Analjezik Etkili Aljinat Yara Örtüsü Elif Büşra ZORLU, Cenan ÖZTÜRK, Gülsüm AYDIN ÖZET: Yara iyileşme sürecinde tedavi yöntemi olarak sadece ilacın etkisi değil, aynı zamanda uygun yara örtüsü kullanımının etkin yara tedavisi için önemli bir yeri bulunmaktadır. Alijinat filmleri; biyo-uyumlu ve biyo-bozunabilir doğaları sayesinde modern yara örtülerinde oldukça geniş kullanım alanlarına sahiptir. Alijinat polimer kullanılarak hazırlanan biyoaktif yara örtülerinde hava geçirgenliği yeterli oranda sağlanmış olacak ve ortamdaki nem doğru düzeyde tutulacaktır. Kolay bulunması ve ucuz olması yara örtüleri için avantajlı bir malzemedir. Bu çalışmada üretilen filmler fiziksel, antibakteriyel ve sitotoksik özellikleri açısından karakterize edilmiştir. Aljinat filmlerin yara yüzeyinde rahatlıkla kullanılabilmesi açısından plastikleştiriciler eklenmiştir. Bir plastikleştirici olan gliserol filmlere eklendiğinde esnek ve işlenebilir filmlerin elde edildiği görülmüştür. Farklı oranlarda aljinat, plastikleştirici ve esansiyel yağ eklenmesi ile birlikte esnek, homojen ve antibakteriyel özelliklere sahip film bileşenlerinin optimizasyonu sağlanmıştır. Jel dökme yöntemiyle hazırlanan filmlerin fiziksel yapıları optik mikroskopla, kalınlıkları ise dijital mikrometre ile belirlenmiştir. Ayrıca su içeriği, çözünürlük ve şişme özellikleri test edilmiştir. Elde edilen biyokompozitlerin antibakteriyel özellikleri disk difüzyon yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Bu amaçla iki Gram pozitif (Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis) ve iki Gram negatif (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae) bakteri kullanılmıştır. Hazırladığımız biyoaktif yara örtüsü materyalleri, bünyesinde barındırdığı bitkisel esansiyel yağlar ile hem antibakteriyel etkileri sayesinde kontaminasyon riskini aza indirmiştir. Bu etkiler sonucunda seçilen esansiyel yağın çapraz bağlı alijinat yara örtüsünde birlikte kullanılmasıyla yaranın daha hızlı ve daha sağlıklı iyileşmesi sağlanmıştır.

11 POSTER BAŞLIĞI: Biyomedikal Uygulamalarda Biyofilm Oluşumunu Engelleyecek Protein Bazlı Gümüş Nanoparçacık Sentezi Emine Durukan 1, Banu TAKTAK KARACA 2 Biruni Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği 1 Biruni Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik 2 ÖZET: Nano-biyoteknoloji, biyoloji, tıp, genetik ve malzeme mühendisliği içeren disiplinler arası bir araştırma alanıdır. Çoğunlukla nanoteknoloji ve nanotıp alanında kullanılan nanoparçacıklar, optik ve fizyokimyasal özellikleri nedeniyle biyomedikal alanda geniş yer tutmaktadır. Örneğin gümüş nanoparçacıklar aynı zamanda antimikrobiyal karakter de taşıdıkları için biyofilm oluşturan mikroorganizmalar üzerinde kullanılmaktadır. Pseudomonas aeruginosa gibi biyofilm oluşturan mikroorganizmalar tıbbi mikrobiyoloji açısından büyük endişe kaynağıdır. Bu mikroorganizmalar, tıbbi implantlar, idrar sondaları, kateter vb. gibi yüzeylerde kolaylıkla büyüyebilir ve böylece enfeksiyona neden olabilir. Bu problemi önlemek amacıyla biyomalzeme tasarımında yenilik olarak nanoparçacıkların kullanımı mevcuttur. Son zamanlarda ise nanoparçacıkların yeşil sentez metodolojileri ile sentezlenmesi tercih edilmektedir. Çünkü daha biyouyumlu, ekonomik, fonksiyonel, kontrol edilebilir ve çevresel olarak daha güvenli nanoparçacıklarin sentezi mümkündür. Bu çalışmada biyouyumlu, protein bazlı gümüş nanoparçacık sentezi için yeni bir yeşil sentez metodu geliştirilecek ve sentezlenen nanoparçacık Pseudomonas aeruginosa üzerinde çalışılarak biyofilm metabolizması incelenecektir. Aynı zamanda, gümüş nanoparçacıklara daha etkin bir antimikrobiyal karakter kazandıracak molekül, rekombinant protein ve yeşil sentez metodunda kullanacağımız kenevirden elde edilen Cannabis (kenevir) sulu ekstresidir. Kenevir ekstraktının avantajı, hem yerli hem ekonomik hem de yüksek antibakteriyel ve antitoksik olmasıdır. Burada kenevir ekstraktı indirgen olarak kullanılacaktır. Bunun avantajı ise, biyoimplantların yüzeyine zarar verebilen kimyasal indirgeyicilerin kullanımını azaltması, daha ekonomik ve çevre dostu olmasıdır. Sentez sonunda Dinamik ışık saçılımı methodu (DLS), Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Zeta Potansiyeli Ölçümü ve Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi (FTIR) metotları ile nanoparçacık karakterizasyonu yapılacaktır. Rekombinant protein ise, sentezleyeceğimiz nanoparçacığın işlevselliğini ve stabilitesini arttıracaktır.

12 POSTER BAŞLIĞI: Yeni Baş Ve Boyun Kanseri Biyobelirteci Bulmak İçin Fonksiyonel Gen Zenginleştirme Çalışması Evren Atak 1, Ahmet Melih Öten 2, Şeyma Elbeyoğlu 1, Öykü İrigül Sönmez 3, Aslı Yenenler Kutlu 2 1 Moleküler Biyoloji ve Genetik Departmanı, Biruni Üniversitesi, İstanbul 2 Biyomedikal Mühendisliği Departmanı, Biruni Üniversitesi, İstanbul 3 AYA Ar-Ge Biyoteknoloji Ltd&Şti, İstanbul ÖZET: Baş ve boyun kanseri (BBK), dünyada yüksek mortaliteye sahip en yaygın kanserlerden biridir [1]. Birden çok bölgede bulanabildiği ve çok farklı faktörlerden etkilenebildiği için kompleks bir hastalık olarak tanımlanır. Nazofarenks, larinks, ağız boşluğu, paranazal sinüsler ve burun boşluğunda bu kanser türü bulunabilir [2]. Birçok metot kanseri tespit etmek için kullanılmaktadır fakat bu metotların çoğu pahalı ve yüksek hassasiyette sonuç vermemektedir. Bu nedenle günümüzde biyobelirteçler kanser tanıları için kullanılmakta ve bu alandaki çalışmalar büyük bir hızla devam etmektedir [3]. Bu gelişmelerden ötürü bizde bu çalışmamızda yeni bir potansiyel biyobelirteç bulmayı amaçladık. Bu çalışmada, temel olarak BBK nın metabolik süreçler açısından gelişimi ve evrelendirilmesinde önemli rol oynayan genleri tanımlamak için BBK da fonksiyonel gen zenginleştirmesi yaptık. Literatürde daha önceden gösterildiği gibi; FRMD5, PCMT1, PDGFA, TMC8, YIPF4 ve ZNF324B genleri BBK ile ilişkilendirilmiştir [4]. MiRwalk aracılığıyla, öncelikle FRMD5, PCMT1, PDGFA, TMC8, YIPF4 ve ZNF324B genleri tarafından düzenlenen mirna ları listeledik [5]. Daha sonra, mirna kümeleri tarafından düzenlenen ilgili genleri taradık ve listeledik. Gen havuzumuzu genişleterek çalışmamızın ikinci aşamasına geçtik. Gen listemizi STRING yoluyla gen-gen etkileşim ağı oluşturduk [6]. Böylece oluşturduğumuz çalışmamızı yorumlayabilme ve gen etkileşimlerini anlamlandırabilme şansımız oldu. Son olarak BBK RNAseq verileri, listelediğimiz genleri pathfindr'nin R paketi ile yolak analizini gerçekleştirmek üzere GSE83519 numaralı GEO veri kümesinden aldık. Sonuç olarak, ZNF324B geni tarafından düzenlenen 3 farklı yolak tespit edildi ve bunlar hücre döngüsü yolağı, p53 sinyalleşme yolağı ve endoplazmik retikulumda protein işleme yolağıdır. Bulunan bu yolaklar ile BBK arasındaki güçlü ilişkiler literatürde verilen bilgiler ile kanıtlanmıştır [7,8,9]. Bu veriler bize ZNF324B geninin yeni bir potansiyel biyobelirteç olabileceğini göstermektedir. Gelecekte bu çalışmamızı geliştirerek ZNF324B geni ve bulacağımız diğer potansiyel biyobelirteç genleri BBK alt tipleri ile ilişkilendirip BBK alt tiplerine özgü biyobelirteçler bulma amacındayız. Bu çalışmalarımız, gelecekte baş ve boyun kanseri tanısında kullanılabilecek biyobelirteçleri bulmada ve dolayısıyla kanserin erken tanısında önemli rol oynayacaktır.

13 POSTER BAŞLIĞI: Bakteri Metabolik Aktivitesinin Empedans Ölçümü İle Belirlenmesi İçin Biyosensör Tasarımı Hatice Kübra TURAN ÖZET: Escherichia coli su ve gıda mikrobiyolojisinde en çok karşılaşılan bakterilerdir. Bu nedenle E. Coli nin erken tespiti, izolasyonu ve sayımı için hızlı yöntemlere ihtiyaç vardır. Bakteri hücrelerinin canlılık analizinde metabolik aktivite önemli bir parametredir. Bu nedenle, bakterinin canlı bir şekilde, kısa sürede tespitinin yapılması için analitik metotlara ihtiyaç vardır. Koloni sayım metodu gibi canlı hücreleri tespit eden geleneksel altın standart metotlar oldukça duyarlı olmalarına rağmen maliyetlidir. Bununla birlikte, optik ya da görsel olarak canlı hücrenin analiz edildiği bu metotlar oldukça uzun inkübasyon süreleri gerektirmektedir. Bu çalışmada E. Coli K12 bakterilerinin hızlı, hassas ve özgün bir şekilde tespiti için elektrokimyasal bir yöntem ileri sürülecektir. Elektrokimyasal sensörler, seçicilik ve hassasiyet bakımından, aynı zamanda düşük maliyetli olmalarından dolayı hızlı bir analitik ölçüm sağlarlar. Elektrokimyasal sistemler için empedansa dayalı teknikler, tekrarlanabilir ve güvenilirdir. Bu amaç doğrultusunda mikroelektrot ve 3 boyutlu mikroçip tasarlanacaktır. Tasarlanan mikroçip, grubumuz tarafından geliştirilecek olan osilatör ve voltmetreye dayalı bir biyosensör cihazında kullanılarak bakterinin canlılığı araştırılacaktır. Hedefimiz yüksek hassasiyet ve özgünlük ile bakteri tespit edebilmektir. Altın (Au) ve tungsten (W) içeren mikroelektrot, bakterinin de büyüyebileceği agar ortamında 3-boyutlu mikroçipin temelini oluşturmaktadır. Biyosensör cihazımızın tasarımı empedans ölçüm tekniğine dayalıdır. Empedans ölçüm yöntemiyle, bakterilerin rezonans frekans değerleri tespit edilecektir. Bu yöntem sayesinde eser miktardaki bakterinin hızlı ve doğru tespiti hedeflenmektedir. Yapılacak olan çalışmada, algılama süresi mikroelektrot tasarımından dolayı mevcut empedans ölçüm yöntem raporlarına kıyasla, daha kısa sürede gözlemlenebileceği beklenilmektedir. Bu çalışmanın sonucunda, Bakteri duyarlılığı ve seçiciliğine bağlı olarak nano yapıda elektrokimyasal sensörlerin geliştirilmesine yardımcı olabilir.

14 POSTER BAŞLIĞI: Gen Zenginleştirme Yaklaşımı Kullanılarak Mesane Kanserinde Potansiyel Biyobelirteçlerin Bulunması İçin Ön Çalışma Şeyma ELBEYOĞLU 1, Ahmet Melih ÖTEN 2, Evren ATAK 1, Mete Emir ÖZGÜRSES 1, Öykü İRİGÜL SÖNMEZ 3, Aslı YENENLER 2 1, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Biruni Üniversitesi, İstanbul 2, Biyomedikal Mühendisliği Bölümü, Biruni Üniversitesi, İstanbul 3, AYA Ar-Ge Biyoteknoloji Ltd. Şti, İstanbul ÖZET: Mesane kanseri en yaygın görülen kanser türlerinden biridir. Kompleks hastalık olarak kabul edilen Mesane kanseri prognoz için çok farklı etkilere sahip iki farklı yol boyunca gelişir. Bu iki tür, kas invaziv ve kas invaziv olmayan mesane kanseri olarak adlandırılır. Şu zamana kadar, kanserin kas invaziv olup olmaması göz önünde bulundurularak birçok tedavi yöntemi geliştirilmiştir. Geliştirilen yöntemler ve sağlık alanındaki ilerlemelere rağmen Mesane kanserinin moleküler temeli hakkında çok şey bilinmemektedir; bunu açığa çıkarmak adına mutasyonlar, mrna ve mirna düzeyinde ekspresyon veri analizleri, DNA metilasyonları gibi alanlarda çalışmalar yapılmaktadır. Kanserler hakkında moleküler düzeyde yapılan diğer çalışmalar gibi, bizim amacımız da mesane kanserinde erken teşhis için bir biyobelirteç bulmaktır. Bunun için veri madenciliği ile bulunan, mesane kanserinde dikkate değer etkisi olduğu kanıtlanmış 22 gen üzerinden fonksiyonel gen zenginleştirme yaptık. İlk olarak bu genlerin ilişkili olduğu mirna lara, MirWalk ile ulaştık. Daha sonra bu mirna larla ilişkili diğer genleri bularak, 4 ve daha fazla ortak bulunan genleri listeden ayırdık. Ayırdığımız genler arasında bir ilişki olup olmadığını STRING platformu ile teyit ettik. 33 genden 9 genin 3 farklı küme halinde ilişkili olduğu sonucuna ulaştık. Kanserin arkasındaki mekanizmayı anlamak için, bulduğumuz genlerle ilintili olan yolakları, KEGG ve Reactome platformları ile araştırdık. En çok sonuç alınan yolaklar: HPV infeksiyon, Viral karsinojenez, PI3K-Akt sinyal, Hepatit B ve MAPK sinyal yolakları oldu. mrna ekspresyonu gen analizlerinde sıkça kullanıldığından araştırmamızı daha da genişletmek adına GSE12507 adlı çalışmadan, bulduğumuz genlerin mrna analizini pathfindr ile yaptık. Fold Enrichment değeri 75 ve üzeri çıkan yolakları belirleyip listeledik. Bu çalışmamızın Mesane Kanserinde potansiyel biyobelirteç bulma yönünde ön çalışma olması ve bunun ileriye taşınması, ayrıca içerdiği bilgilerle mirna-gen ilişkili çalışmalara önayak oluşturması hedeflenmektedir.

15 POSTER BAŞLIĞI: Polikistik Over Sendromu İle İlişkili Genlerin Biyoinformatik Analizi Tuba SARAÇ 1, Banu TAKTAK KARACA 1 1 Biruni Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik ÖZET: Polikistik Over Sendromu (PKOS) kadınlarda sıklıkla görülen hormonel bir rahatsızlıktır. Santral sinir sistemi, hipofiz bezi, yumurtalıklar, böbreküstü bezi ve diğer dokularla olan bağının bozulmasından kaynaklanmaktadır. Bunların yanında genetik yatkınlıkta taşımaktadır ve bu yatkınlığı öğrenmenin en kesin yolu biyoinformatik analizdir. PKOS un bilinen kesin bir tedavisi yoktur, hastalık olmadığı için sendromların nelerden kaynaklandığı bulunamamaktadır. Genetik sebeplerden dolayı hastalığın bazı genlerden kaynaklı olabileceği düşünülmektedir. PKOS a sebep olan genleri bulmak için GenBank Overview- NCBI-NIH veri tabanınından uygun olarak seçilen PKOS teşhisi konmuş mrna verilerini kullanarak biyoinformatik analiz verileri değerlendirilmiştir. Genler arasındaki ilişki ve hastalar arasındaki farkı ortaya çıkartabilecek olan geliştirdiğimiz yazılım ile R veri tabanı kullanılmıştır ve analiz için ebayes yöntemi izlenerek PCOS datası değerlendirilmiştir. PKOS hasta ve kontrol modellerinde kıyaslama yöntemi yapılarak ortak veya fark oluşturacak genler analiz edilmiştir. Çalışmamızda PKOS hasta ve kontrol bireylerden oluşan 10 birey vardır. 7 PKOS hastası ile 3 kontrol hasta verisi çalışmaya dahil edilmiştir. İki model için hastalıkla ilişkili olduğu bilinen ve 500 gen ile ısı haritası karşılaştırılması yapılmıştır. Ekspresyon seviyeleri belirlenirken Log-fold change (LogFC) değerleri dikkate alınmıştır. Düşük ekspresyon seviyelerinin belirlenmesinde logfc 2,4, p<0.05; yüksek ekspresyon seviyelerinin belirlenmesinde logfc 2,382, p<0.05 değerleri kriter alınmıştır. Isı haritası analizi sonucunda, bu modellerde fark oluşturan MAP3K8 ve RHOA genleri için gen ekspresyon profillerini değerlendirilmesi ve genler arasındaki ilişkilerin doğrudan ya da dolaylı etkileri ortaya koyulması amaçlanmıştır. Bu sonuçlar ağ yolağı analizine ve logfc değerlerine göre belirlenmiştir. Mitogen-Activated Protein Kinase 8 (MAP3K8) ve Ras Homolog Family Member A (RHOA), çalışmamızda ortak olan baskın genlerdir. PKOS hastalığında bu genler için ayrıntılı literatür taraması yapılmaktadır.

16 POSTER BAŞLIĞI: Peptit Ve PEG Modifiye Polikarbonat Kopolimerlerinin Nöral Doku Mühendisliğinde Kullanımı Tuğba Firik a, Ufuk Saim Günay b, Gürkan Hızal b, Ümit Hakan Yıldız c, Ahu Arslan Yıldız a A Izmir Institute of Technology, Department of Bioengineering, Izmir, Turkey B Istanbul Technical University, Department of Chemistry, Istanbul, Turkey C Izmir Institute of Technology, Department of Chemistry, Izmir, Turkey ÖZET: Ekstraselüler matriks (ECM), hücrelere fiziksel destek sağlayarak hücrelerin yüzeye tutunmasını, hücre-hücre etkileşimini, hücrenin morfolojisini, proliferasyonunu ve farklılaşmasını sağlayan kompleks bir yapıdır. İn vitro çalışmalarda, ECM i taklit etmek için doğal ya da yapay polimerler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, halka açılma polimerizasyonu ile sentezlenen PC (allil25-ko-akrilat25) polimerini farklı oranlarda PEG (20, 50 ve 80%) ile modifiye ederek döndürmeli kaplama yöntemi kullanılarak yüzey kaplamaları gerçekleştirilmiştir. İn vitro çalışmalarda ise nöroblastoma (SHSY-5Y) ve nöroendokrin (PC12) hücreleri kullanılarak farklı oranlarda PEG ile modifiye edilmiş polimerlere laminin eklenmesiyle elde edilmiş yüzeylerin SHSY-5Y ve PC-12 hücre hatlarının proliferasyonu ve hücre canlılığı Live-Dead canlılık analizi ve MTT analizi ile gösterilmiştir. PC (allil25- koakrilat25)'ın farklı konsantrasyonları (36, 35, 30, 25, 20, 10mg/ml PC(allil25-ko-akrilat25)) kullanılarak gerçekleştirilen hücre uygulamaları sonucunda 30mg/ml PC (allil25-koakrilat25) kullanılarak kaplanan yüzeylerde hücrelerin tutunma özellikleri, morfolojileri ve proliferasyonları net bir şekilde gözlemlenmiştir. Zamana bağlı hücre davranış analizleri 0, 2, 8, 16, 24, 36, 48 ve 72.saat inkübasyonlar için gerçekleştirilmiş olup, hücrelerin özellikle yüzeyde polimerlerin bulunduğu bölgeler etrafında tutunduğu gözlemlendi. Farklı PEG oranlarındaki kopolimerler (20, 50 ve 80% PEG) ile gerçekleştirilen hücre çalışmalarında SHSY-5Y hücreleri 80% PEG ile modifiye edilmiş yüzeylerde en yüksek hücre canlılığını gösterirken, PC-12 hücre hattı %50 PEG ile modifiye edilmiş yüzeylerde yüksek canlılık gösterdi. Sonrasında Laminin ile fonksiyonlandırılmış yüzeylerde %50 PEG içeren ve laminin fonksiyonlandırılmış yüzeylerde her iki hücre hattı için proliferasyonun laminin bulunmayan yüzeylere göre daha yüksek olduğunu gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, PEg ve Laminin ile fonksiyonlandırılmış PC (allil25-ko-akrilat25-peg) kopolimerinin hücre tutunması, hücre proliferasyonu, ve hücre-hücre etkileşimi üzerinde olumlu etkisi belirlenmiş olup, ileriki aşamalarda 3B nörodejeneratif hastalık modellerinin gelişmesinde, hastalık mekanizmalarının aydınlatılmasında ve yeni terapi yöntemlerinin gelişmesinde etkili olabileceği düşünülmektedir.

17 POSTER BAŞLIĞI: Polikistik Over Sendromu İle İlişkilendirilmiş Sessiz Mutasyonların Hastalık Etiyolojisi Üzerindeki Etkisi Şuara Şahin1, Meryem Dilara Gümüşgül 1, Hatice Kübra Turan 2, Banu Taktak Karaca 1, Aslı Kutlu 2 1. Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Biruni Üniversitesi, İstanbul 2. Biyomedikal Mühendisliği, Biruni Üniversitesi, İstanbul ÖZET: Polikistik over sendromu (PKOS), üreme çağındaki kadınlarda görülen hormonal bozukluklardan biridir. Kronik yumurtlama bozukluğu ve androjen hormonların artışıyla karakterize edilirken başta infertilite olmak üzere insülin direnci ve tip 2 diyabet gibi hastalıklarla ilişkilidir. Etiyolojisi çok net olmamakla birlikte ailesel geçişlerden dolayı genetik temele dayanmaktadır. Tedavisi, nedenleri, genetik geçişi, ilgili genlerin rolleri ve gen regülasyonu tam olarak aydınlatılmamıştır. Son zamanlardaki çalışmalar sendromda rol oynayan verilerin bir araya getirilerek daha fazla genin açığa çıkartılmasını ve bu genlerin birbirleriyle olan karmaşık ilişkilerinin aydınlatılmasını hedeflemektedir. Böylece sendromun moleküler biyolojisi çözülebilir ve daha etkin ve ucuz tedavi yöntemleri geliştirilebilir. Bu nedenle bu çalışmada PKOS patogeneziyle ilişkili olan INSR (rs ve rs ,insülin reseptörü), FST (rs , follistatin) ve AR (rs6152, androjen reseptörü) genlerindeki tek nükleotit polimorfizimde (SNP=Single Nucleotide Polymorphisim) yer alan sessiz mutasyonun önemini araştırdık. Sessiz mutasyonlarda baz değişikliği olmasına rağmen sentezlenen amino asit değişmezken, protein ekspresyonu bu baz değişiminden olumsuz etkilenerek fonksiyonel aksaklıklara sebep olmaktadır. Sessiz mutasyonun etkilerini değerlendirmek için öncelikle RFMapp aracılığıyla anti-kodon olasılığını hesapladık. Elde ettiğimiz sonuçlar doğrultusunda, bazı SNP lerin ortaya çıkması ile anti-kodon miktarında herhangi bir değişim olmadığını gördük. Ayrıca söz konusu SNP lerin hastalık ile ilişkilendirilmesi mrna seviyesinde açıklanmıştır. Bu sebeple mrna yapılarına ait MFE (minimum serbest enerji) hesabı internet-tabanlı sunucular ile hesaplanarak termodinamik stabilite ile SNP ler arasındaki ilişki ortaya konularak sessiz mutasyonların hastalık ile ilişkisi ortaya konulmuştur. Sonuç olarak; INSR geni üzerinde bulunan rs ve rs polimorfizimlerin uygun anti-kodon miktarında azalmaya sebep olmuştur. AR ve FST genleri üzerinde yer alan rs6152 ve rs polimorfizimlerinin ise mrna-trna kompleksinin termodinamik kararlılığını değiştirerek protein ifadesini olumsuz etkilemiştir.

18 acumedbiotech