Undergraduate Program in Molecular Biology and Genetics

Transkript

1 Undergraduate Program in Molecular Biology and Genetics (revised program, as of 2015/16-01) First Semester Cr. ECTS Second Semester Cr. ECTS BIO 101 Cellular and Molecular Biology I 3 5 BIO 102 Cellular and Molecular Biology II 3 5 BIO 111 Prelude to Molecular Biology 1 1 BIO 106 Cell Biology Lab 2 3 CHEM 103 General Chemistry I 3 7 CHEM 104 General Chemisty II 3 6 CHEM 109 General Chemistry Lab 1 2 MATH 102 Calculus II 4 6 MATH 101 Calculus I 4 6 PHYS 130* Thermodyn, Waves, Opt&Mod Phy 4 7 PHYS 101* Physics 4 8 HSS HSS Elective 3 4 TOTAL TOTAL Third semester Fourth semester BIO 201 Evolution and Biodiversity 3 3 BIO 252 Genetics 3 6 BIO203/MATH BIO 254 Genetics Lab 3 6 Biostatistics/Statistics**** CHEM 203 Organic Chemistry Lab I 1 3 MATH 201 Matrix Theory 4 5 CHEM 221 Survey of Organic Chemistry 4 5 CMPE Computer Elective*** 3 5 PHYS 201* Physics III 4 6 HIST 106/HUM 102** 3/4 5/6 HIST 105/HUM 101** 3/4 5/6 TK 222 Turkish 2 3 TK 221 Turkish 2 3 TOTAL 20/21 30/31 TOTAL 18/19 30/31 Fifth semester Sixth semester BIO 301 Biochemistry I 4 6 BIO 302 Biochemistry II 4 6 BIO 331 Tech. in Biological Research 3 6 BIO 308 Seminar I 1 2 BIO 333 Biochemisty Lab 3 6 BIO 310 Cellular and Molecular Biology III 4 6 BIO 353 Molecular Genetics 4 5 BIO 322 Research Topics in Molecular Biology 1 2 BIO 355 Molecular Biology Lab. 3 4 BIO 342 Human Physiology 3 6 HTR 311 Ata Pr & Hist. of Turk Rev. 2 3 HSS HSS elective 3 5 HTR 312 Ata Pr & Hist. of Turk Rev. 2 3 TOTAL TOTAL Seventh Semester Eight Semester BIO 403 Scientific Conduct 1 2 BIO Dept. Elective 3 6 BIO 407 Seminar II 2 3 BIO Dept. Elective 3 6 BIO Dept Elective 3 6 HSS HSS Elective 3 5 Comp/Dept Elective 3 7 Unrestricted Elective 3 6 Unrestricted Elective 3 6 Comp/Dept Elective 3 7 Unrestricted Elective 3 6 TOTAL TOTAL TOTAL BU Credits 140/142 TOTAL ECTS: 240/242 *Physics courses are one of the 3 series : Phys 101, Phys 130, Phys 201 Phys 101, Phys 102, Phys 201, Phys 202 Phys 121, Phys 201, Phys 202 **HUM/ HIST electives are any two of HUM 101, HUM 102, HIST 105, HIST 106 courses ***Computer Elective: CMPE 150 or higher- level computer elective courses **** When Bio203 is open, it should be taken instead of Math344

2 Course Equivalents Previous Program Kredi Current Program Kredi Bio 101 General Biology I 3 Bio 101 Cellular and Molecular Biology 3 I Bio 103 General Biology Lab. 1 Bio 106 Cell Biology Lab 2 Bio 241 Cell Biology 4 Bio 102 Cell&Mol. Biol II Bio 106 Cell Biol. Lab. Bio 122 Prelude to Molecular Biology 1 Bio 111 Prelude to Molecular Biology 1 Bio 104 General Biology II 3 Bio 201 Evolution and Biodiversity 3 Math 344 Statistics 3 Bio 203 Biostatistics/Math Bio 252 Genetics 4 Bio 252 Genetics Bio 254 Genetics Lab Bio 301 Biochemistry I 4 Bio 301 Biochemistry I 4 Bio 332 Techniques in Biological 3 Bio 331 Techniques in Biological 3 Research Research Bio 305 Prac. App. in Biochem.&Genetics Bio 306 Prac. App. in Biochem. Techniques 2 2 Bio 333 Biochemistry Lab. Bio 353 Molecular Genetics 4 Bio 353 Molecular Genetics 4 Bio 409 Molecular Biology Lab. I 3 Bio 355 Molecular Biology Lab. 3 Bio 302 Biochemisty II 3 Bio 302 Biochemisty II Bio 308 Seminar I 2 Bio 401 Molecular Biology I 4 Bio 310 Cellular and Molecular Biology 4 III Bio 322 Research Topics in Mol. Biology 1 Bio 402 Molecular Biology II 4 Bio elective 3 Bio 342 Physiology I 4 Bio 342 Human Physiology Bio 403 Scientific Conduct 1 Bio 407 Seminar 1 Bio 407 Seminar II 2 Bio 443 Physiology II 3 Bio elective

3 Önerilen Program Değişikliğinin Uygulama Esasları Önerilen programın kabul edilmesi ve Güz döneminde yürürlüğe girmesi durumunda birinci dönemlerine başlayan tüm öğrenciler yeni ders programı şablonuna tabi olacaklardır. Önerilen programın kabul edilmesinden önceki dönemlerde başlamış öğrenciler mevcut programlarına göre devam edecek, ancak eski derslerin karşılığı yeni dersler açılıyor ise bunların ikamesi, Fakülte Yönetim Kurulu kararı ile yapılacaktır. Güz 2015 döneminde öğrencileri mağdur etmemek üzere güncel programda mevcut olan Bio 104, Bio241, Bio241 labı ile önerilen program ikinci dönem dersi olan Bio310 dersinin açılması planlanmaktadır. Öğrencilerin ders intibaklarında aşağıdaki uygulama esasları önerilmektedir. Birinci Sınıf Birinci dönem öğrencileri: Doğrudan önerilen program ile başlayabileceklerdir. İkinci dönem öğrencileri (irregular): 2015 Bahar döneminde başlamış olan ve 1. dönem derslerini tamamlamış olan öğrenciler Bio101 ve Bio103 derslerini almış olduklarından, Güz 2015 döneminde bir kereye mahsus olarak tekrar açılacak olan Bio241 ve bu dersin labını alarak başlayacaklar. Bio241 dersi bu öğrencilerin Bio102 ve Bio106(lab) dersleri yerine sayılacaktır. Bu öğrencilerden Bio122 dersinden kalmış olanlar Bio111 dersini alabilecekler. İkinci Sınıf Üçüncü dönem öğrencileri: Bio241 ve bu dersin labını alarak başlayacaklar. Önerilen programda 3. dönem öğrencileri için önerilen Bio201 (Evolution and Biodiversity) dersini bu öğrencilerin alması beklenmemektedir.. Bu öğrenciler zaten almış oldukları Bio104 dersinde Bio201 dersinin içeriğini kapsamış durumdadırlar. 3. dönem öğrencisi olup Bio104 dersinden kalmış olan öğrenciler ise sadece Güz 2015 döneminde bir kez daha açılacak olan Bio104 dersini alabileceklerdir.

4 Dördüncü dönem öğrencileri: Bio 252 dersini alıp kalmış olan öğrencilerin tamamının önerilen programda Bio252 ve Bio254 (lab) derslerini almaları öngörülmektedir. Bio 252 güncel programda 4 kredi iken, önerilen programda Bio 252 (3 kredi) ve Bio 254 (3 kredi) olduğundan bu öğrencilerin 2 kredi fazla ders alması söz konusu olacaktır. Bahar döneminde Bio252 dersini almış ancak dersten başarısız olmuş öğrencilerin sayısı 5'tir. Dersi tekrar etmek isteyecekler de olabileceğini düşünürsek (DD veya DC) alan öğrencilerin sayısı ise 9'dur. Ders ve labların içeriği değiştiği için bu öğrencilerin hem Bio252 hem de Bio254 dersini almaları gerekecektir. Üçüncü Sınıf Beşinci dönem öğrencileri: Bio301, Bio333 (lab), Bio353 ve Bio355 (lab) yeni programda önerilen şekliyle açılan dersleri alacaklardır. Eski programlarındaki Bio305 lab dersi yerine Bio333 labı aldıkları için bir kredi fazlaları olacak, eski programa göre 7. dönem almaları gereken Bio409 labı yerine Bio355 lab dersini alacaklardır. Bu öğrencilerin Bio306 lab dersini almaları istenmeyecektir. Altıncı dönem öğrencileri: Irregular başlayıp veya değişim öğrencisi olduklarından Bio305 labını almış ancak Bio306 labını almamış olan öğrenciler ile Bio 305 lab dersini alıp bu dersten başarısız olan öğrencilerin Bio333 labını almaları istenecektir. Söz konusu bu öğrencilerin 1 kredi fazlası olacaktır. Dördüncü Sınıf ve üzeri Yedinci dönem öğrencileri: Güncel programdaki Bio401 ve Bio407 yerine önerilen program derslerinden Güz 2015 döneminde açılacak olan Bio310, Bio 407 ve Bio403 dersini alacaklardır. Önerilen programdaki yeni Bio407 dersi 2 kredi olduğundan bu öğrencilerin bir kredi fazlası olacaktır. Sekizinci dönem öğrencileri ve sonraki dönemler: Bio402 ve Bio443 dersini almış öğrencilerin bu dersleri Bio seçmeli ders olarak sayılacak. Bio409 dersinden kalan öğrenciler Bio 355 lab dersini alacaklar. Bio 355 lab dersi Güz 2015 döneminde açılacağı için bir mağduriyet söz konusun olmayacaktır.

5 Undergraduate Course Descriptions - Catalogue BIO 101 Cellular and Molecular Biology I (3+0+0) 3 ECTS 5 Preview of the cell and evolution theory; the chemistry of life; macromolecules; cells and organelles; membrane structure; transport across membrane; endomembrane system; bioenergetics; enzymes; chemical energy metabolism; aerobic respiration; photosynthesis; cytoskeletal systems. BIO 101 Hücresel ve Moleküler Biyoloji I (3+0+0) 3 AKTS 5 Hücreye ve evrim teorisine genel bakış; canlılığın kimyası; makromoleküller; hücreler ve organeller; zar yapısı; zardan taşıma; iç zar sistemi; biyoenerji; enzimler; kimyasal enerji metabolizması; oksijenli solunum; fotosentez; hücre iskeleti sistemleri. BIO 102 Cellular and Molecular Biology II (3+0+0) 3 ECTS 5 Cellular movement and mobility; cell adhesion; extracellular matrix; electrical and chemical signal transduction; DNA, chromosomes, nucleus; cell cycle, DNA replication, mitosis; sexual reproduction, meiosis, recombination; Mendelian genetics; gene expression; recombinant DNA technology and its applications. BIO 102 Hücresel ve Moleküler Biyoloji II (3+0+0) 3 AKTS 5 Hücresel hareket ve göç; hücre tutunması; hücredışı matris; elektriksel ve kimyasal sinyal iletimi; DNA, kromozomlar,nucleus; hücre döngüsü, DNA replikasyonu, mitoz bölünme; eşeyli üreme, mayoz bölünme, rekombinasyon; Mendel genetiği; gen anlatımı; recombinant DNA teknolojisi ve uygulamaları. BIO 103 General Biology Laboratory (0+0+2) 1 ECTS 2 Introduction to basic laboratory practices and techniques; preparation of solutions and performing relevant calculations; use of the light microscope to examine a variety of prepared slides; dissection of a vertebrate and invertebrate organism. BIO 103 Genel Biyoloji Laboratuvarı (0+0+2) 1 AKTS 2 Temel laboratuvar alıştırmaları ve tekniklerine giriş; solusyon hazırlanması ve ilgili hesapların yapılması; hazır preparatları incelemek üzere ışık mikroskopu kullanımı; vertebra ve invertebra organizmalarının disseksiyonu. BIO 104 General Biology II (3+0+0) 3 ECTS 5 Classification, characteristics and structure of viruses; Kingdoms of Monera, Protista, Fungi, Plantae and Animalia; population and community ecology and ecosystems. BIO 104 Genel Biyoloji II (3+0+0) 3 AKTS 5 Viruslerin sınıflandırması, özellikleri ve yapıları; Monera, Protista, Fungi, Plantae ve Animalia Kingdomları; popülasyon ve kommunite ekolojisi ve ekosistemler

6 BIO 106 Cell Biology Laboratory (1+0+3) 2 ECTS 3 Scientific report writing; light microscopy, gram staining; preparation of buffers and solutions; spectrophotometric measurements; bacterial growth curve; sterile techniques; extraction of DNA; agarose gel electrophoresis; organelle fractionation and analysis of subcellular fractions; transfection of eukaryotic cells; subcellular localization of proteins using fluorescent tags; mitosis; cell cycle analysis. Corequisite: BIO 102 BIO 106 Hücre Biyolojisi Laboratuvarı (1+0+3) 2 AKTS 3 Bilimsel rapor hazırlama; ışık mikroskobu, gram boyama; solüsyon ve tampon hazırlama, spektrofotometre ölçümleri; bakteriyel büyüme eğrileri, steril çalışma teknikleri; dokudan DNA izolasyonu, agaroz jel elektroforezi; organel kesimlemesi ve incelenmesi; ökaryotik hücre transfeksiyonu; floresan etiket ile protein lokalizasyonu; mitoz bölünme, hücre döngüsü analizi. Eşkoşul: BIO 102 BIO 111 Prelude to Molecular Biology (1+0+0) 1 ECTS 1 Historical development of molecular biology; introduction to current topics in the field such as biotechnology, cloning, and gene therapy. BIO 111 Moleküler Biyolojiye Giriş (1+0+0) 1 AKTS 1 Moleküler biyolojinin tarihsel gelişimi; biyoteknoloji, klonlama ve gen terapisi gibi güncel konulara giriş BIO 121 Introduction to Cell Biology (3+0+0) 3 ECTS 5 Offered for non- biology majors Biochemistry of the cell; cell structure and function; photosynthesis and respiration; cytokinesis; mitosis and meiosis; Mendelian genetics; genes and chromosomes; molecular basis of inheritance; recombinant DNA technology and genetic engineering. BIO 121 Hücre Biyolojisine Giriş (3+0+0) 3 AKTS 5 Biyoloji bölüm dışı öğrenciler için açılır. Hücre biyokimyası; hücre yapısı ve işlevi; fotosentez ve solunum; sitokinez; mitoz ve mayoz bölünme; Mendel genetiği; genler ve kromozomlar; kalıtımın moleküler temeli; recombinant DNA teknolojisi ve genetic mühendisliği. BIO 152 Introduction to Modern Biology (3+0+0) 3 ECTS 5 Offered for non- biology majors Origin and characteristics of life; biological macromolecules; eukaryotic and prokaryotic cell structure; membrane structure and function; cytokinesis, mitosis and meiosis; genes, chromosomes and heredity; homeostatic control mechanisms; nervous system; conscious brain and behavior; sensory system; endocrine system. BIO 152 Modern Biyolojiye Giriş ((3+0+0) 3 AKTS 5 Biyoloji bölüm dışı öğrenciler için açılır. Yaşamın başlangıcı ve özellikleri; biyolojik makromoleküller; ökaryotik ve prokaryotik hücre yapısı; hücre zarının yapısı ve fonksiyonları; hücre bölünmesi; mitoz ve mayoz;

7 genler, kromozomlar ve kalıtım; homeostatik kontrol mekanizmaları; sinir sistemi; bilinç ve davranış; duyum sistemi; endokrin sistemi. BIO 201 Evolution and Biodiversity (3+0+0) 3 ECTS 3 Darwinian perspective of evolution, phylogeny, sources of genetic diversity, natural selection, genetic drift, gene flow, population genetics, species concept, history of life on earth, tree of life, animal, plant and microbial diversity, ecology. BIO 201 Evrim ve Biyolojik Çeşitlilik (3+0+0) 3 AKTS 3 Darwinsel bakış açısıyla evrim, filojeni, genetik çeşitliliğin kaynakları, doğal seçilim, genetik sürüklenme, gen akışı, populasyon genetiği, tür kavramı, yeryüzünde hayatın tarihçesi, hayat ağacı, hayvan, bitki ve mikrobiyal çeşitlilik, ekoloji. BIO 203 Biostatistics (3+0+0) 3 ECTS 5 Measurements; Data analysis and organization; Biological and Statistical variables; Samples and populations; Descriptive statistics: central tendency, dispersion, standard error, confidence limits; Graphical display of data; Concepts of probability; Probability distributions; Hypothesis testing and inference: exact binomial tests, Chi- square tests, goodness of fit tests, Fisher s test, Student s t- test, ANOVA, MANOVA, Kruskal- Wallis test, Rank tests; Regression; Correlation; Contingency tables; Power analysis BIO 203 Biyoistatistik (3+0+0) 3 AKTS 5 Ölçümler; veri analizi ve organizasyonu; biyolojik ve istatistiksel değişkenler;örnekler ve populasyonlar; tanımsal istatistik: merkezi eğilim, serpilme, standart hata, güven limitleri; verilerin grafiksel gösterimi; olasılık, dağılım; hipotez test etme ve çıkarım: binomiyal testler, Ki- kare testi, uyum testleri, Fisher testi, Student t- testi, tekli ve çoklu varyans analizleri (ANOVA, MANOVA), Kruskal- Wallis testi, sıralama testleri; regresyon, korelasyon, çapraz çizelgeler; güç analizi. BIO 252 Genetics (3+0+0) 3 ECTS 6 Genes, genomes and genetic analysis; DNA structure and genetic variation; Mendelian genetics and its applications; chromosomes and sex- chromosome inheritance; genetic linkage; chromosome mapping, human karyotypes, chromosome behavior; extranuclear inheritance, molecular evolution, population genetics. BIO 252 Genetik (3+0+0) 3 AKTS 6 Genler, genomlar ve genetik analiz; DNA yapısı ve genetik varyasyon; Mendel genetiği ve uygulamaları; kromozomlar ve eşey- kromozom kalıtımı; genetik bağlantı; kromozom haritalanması; insan karyotipleri; kromozom davranışı; çekirdek- dışı kalıtım; moleküler evrim; popülasyon genetiği. BIO 254 Genetics Laboratory (Genetik Laboratuvarı) (1+0+4) 3 ECTS 6 Use of restriction enzyme digestion in genetic linkage analysis; Drosophila as a model organism; monohybrid and dihybrid cross; polytene chromosome and karyotype analysis; polygenic inheritance and complex traits; fluorescence in situ hybridization

8 (FISH); bacterial conjugation and transduction; complementation; candidate gene approach. Corequisite: BIO 252 BIO 254 Genetik Laboratuvarı (Genetics Laboratory) (1+0+4) 3 AKTS 6 Restriksiyon enzim kesimi ile genetik bağlantı analizi; model organizma olarak Drosophila; monohybrid ve dihybrid çaprazlama; politen kromozom ve karyotip analizi; polijenik kalıtım ve kompleks karakterler; fluorescence in situ hybridization (FISH); bakteriyel konjugasyon ve transdüksiyon; komplementasyon; aday gen yaklaşımı. Eşkoşul: BIO 252 BIO 301 Biochemistry I (4+0+0) 4 ECTS 6 Molecules of life; structure and function of proteins; nucleic acids; DNA as genetic material; flow of genetic information; enzymes; membrane structure and dynamics; membrane channels and pumps. BIO 301 Biyokimya I (4+0+0) 4 AKTS 6 Yaşam molekülleri; proteinlerin yapı ve işlevleri; nükleik asitler; genetik materyel olarak DNA; genetik bilginin akışı; enzimler; hücre zarının yapısı ve dinamiği; hücre zarı kanalları ve pompaları. BIO 302 Biochemistry II (4+0+0) 4 ECTS 6 Catabolism and generation of phosphate bond energy; glycolysis; TCA cycle; oxidative phosphorylation; oxidation of fatty acids and oxidative degradation of amino acids; photosynthesis; biosynthesis of carbohydrates, lipids, amino acids and nucleotides. BIO 302 Biyokimya II (4+0+0) 4 AKTS 6 Katabolizma (yıkım) ve fosfat bağı enerjisinin oluşumu; glikoliz; TCA- döngüsü; oksidatif fosforilasyon; yağ asitlerinin oksidasyonu and amino asitlerin oksidatif yıkımı; fotosentez; karbohidratların, lipidlerin, amino- asitlerin ve nükleotidlerin biyosentezi. BIO 308 Seminar I (2+0+0) 1 ECTS 2 Introduction to understanding and interpretation of research articles in the areas of molecular biology and genetics. BIO 308 Seminer I (2+0+0) 1 AKTS 2 Moleküler biyoloji ve genetik alanlarında araştırma makalesi okuma ve yorumlamaya giriş.

9 BIO 310 Cellular and Molecular Biology III (4+0+0) 4 ECTS 6 Endomembrane system; vesicular transport and sorting; signal transduction (receptors, messengers); cytoskeletal systems and motility; development; stem cells and differentiation; immunology; cancer. Prerequisite: BIO 102 BIO 310 Hücresel ve Moleküler biyoloji III (4+0+0) 4 AKTS 6 Hücre içi zar sistemi; kesecikli taşıma ve ayrıştırma; sinyal iletimi (almaçlar, aracı moleküller); hücre iskeleti sistemleri ve hücre göçü, gen ifadesinin denetim mekanizmaları; gelişim; kök hücreler ve farklılaşma; immunoloji; kanser. Önkoşul: BIO 102 BIO 322 Research Topics in Molecular Biology (1+0+0) 1 ECTS 2 Presentations on the current research projects carried out in the Department. BIO 322 Moleküler Biyolojide Araştırma Alanları (1+0+0) 1 AKTS 2 Bölümde yürütülen güncel araştırma projelerinin sunumu. BIO 331 Techniques in Biological Research (3+0+0) 3 ECTS 6 Light and electron microscopy; spectrophotometric techniques (UV and visible absorption spectroscopy); chromatographic techniques; centrifugation; electrophoresis; enzyme assays; use of radioisotopes in biological research. BIO 331 Biyolojide Araştırma Teknikleri (3+0+0) 3 AKTS 6 Işık ve elektron mikroskopisi; spektrofotometrik teknikler (Ultraviyole ve görünür ışık absorbsiyon spektroskopileri); kromotografik teknikler; santrifugasyon; elektroforez; enzim aktivite ölçümleri; radyoizotopların biyolojik araştırmalarda kullanımı. BIO333 Biochemistry Laboratory (1+0+4) 3 ECTS 6 Determination of pk of amino acids, cell disruption techniques, centrifugation techniques, sucrose gradient centrifugation, dialysis, chromatography techniques, SDS- PAGE electrophoresis; spectrophotometric measurement of protein and nucleic acid concentration; determination of protein amounts by Bradford assay, Western Blotting; thinlayer chromatography; Michaelis Menten kinetics Corequisite: BIO 301 BIO 333 Biyokimya Laboratuvarı (1+0+4) 3 AKTS 6 Amino asitlerde pka ölçümü, hücre parçalama yöntemleri, santrifüjleme yöntemleri, sukroz gradyen santrifüj yöntemi, amonyum sülfat çökeltme yöntemi, diyaliz, kromatografik yöntemler; SDS- PAGE elektroforezi, spektrofotometri ile protein ve nükleik asitlerde miktar ölçümü, Bradford yöntemi ile protein miktar ölçümü, Western blot yöntemi, ince tabaka kromatografisi. Michaelis Menten kinetiği. Eşkoşul: BIO 301

10 BIO 342 Human Physiology (3+0+0) 3 ECTS 6 Homeostatic control mechanisms; nerve cell physiology; central nervous system; peripheral nervous system; muscle physiology; cardiovascular physiology; blood and hematopoiesis; respiration and gas exchange; the kidneys; fluid and electrolyte balance; digestion and absorption of food; metabolism and energy balance; endocrine system; endocrine control of metabolism. BIO 342 İnsan Fizyolojisi (3+0+0) 3 AKTS 6 Homeostatik kontrol mekanizmaları; sinir hücresinin fizyolojisi; perifer sinir sistemi; kas fizyolojisi; kalb damar fizyolojisi; kan hücrelerin oluşumu; solunum ve gaz değişimi; böbrekler, sıvı ve elektrolit dengesi; sindirim ve emilim; metabolizma ve enerji dengesi; endokrin sistemi; metabolizmanın endokrin sistemi ile kontrolü. BIO 353 Molecular Genetics (4+0+0) 4 ECTS 5 Chemistry of the gene; DNA replication and recombination; transcription; translation; mutation; control of gene regulation; transposable elements; genetics of bacteria and phages; gene cloning and manipulation. Prerequisite: BIO 102 BIO 353 Moleküler Genetik (4+0+0) 4 AKTS 5 Genin kimyası; DNA replikasyonu ve rekombinasyon; transkripsiyon; translasyon; mutasyon; gen anlatımının kontrol mekanizmaları; transpozonlar; bakteri ve faj genetiği; gen klonlama ve manipülasyonu. Önkoşul: BIO 102 BIO 355 Molecular Biology Laboratory (1+0+4) 3 ECTS 4 How to use databases; primer design; construction of bacterial growth curves; competant bacterial cell preparation; plasmid DNA isolation; agarose gel electrophoresis; Polymerase Chain Reaction (PCR); purification of plasmid vector and PCR products, digestion with restriction enzymes, ligation, and transformation; screening with colony PCR; transfection of eukaryotic cells with the vector; microscopic visualization of fluorescently tagged proteins; quantitative Real Time PCR and DNA sequencing. Co- Requisite: BIO 353 BIO 355 Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (1+0+4) 3 AKTS 4 Databazların kullanımı; primer tasarımı; bakteri büyüme eğrilerinin oluşturulması; yetkin bakteri hücrelerinin hazırlanması; plazmit DNA sının izolasyonu; agaroz jel elektroforezi; polimeraz zincir reaksiyonu (PZR); vektör plazmit ve PZR ürünlerinin temizlenmesi, restriksiyon enzimleriyle kesilmesi, birleştirilmesi ve bakteri hücrelerine aktarımı; koloni PZR ile tarama; plazmit vektörlerinin ökaryot hücrelere aktarılması; fluoresanla etiketlenmiş proteinlerinin mikroskopta gözlenmesi; kantitatif gerçek zamanlı PZR; DNA dizi analizi. Eşkoşul: BIO 353

11 BIO 403 Scientific Conduct (1+0+0) 1 ECTS 2 Responsible conduct of research (RCR): Collaborative Science, Conflicts of interests and commitment; data acquisition, management, sharing and ownership, ethical regulations in research involving human and animal subjects, mentoring; Peer review Publication practices and responsible authorship; research misconduct. BIO 403 Bilimsel Yordam (1+0+0) 1 AKTS 2 Araştırmada sorumluluk: Bilimsel işbirliği, çıkar çatışması ve taahhüt; veri toplama, paylaşım ve mülkiyet; İnsan ve hayvan araştırmalarında etik kurallar; danışmanlık, hakemli yayın pratikleri ve yazar sorumlulukları, araştırmada suistimaller. BIO 407 Seminar II (2+0+0) 2 ECTS 3 Student presentation and discussions of research articles covering various areas of molecular biology and genetics such as development, cancer, genomics. BIO 407 Seminer II (2+0+0) 2 AKTS 3 Öğrencilerin gelişim, kanser, genomik gibi moleküler biyoloji ve genetik alanlarında makale sunum ve tartışmaları. BIO 410 Cancer Biology (3+0+0) 3 ECTS 6 Nature of cancer; oncogenes and tumor suppressor genes; signaling pathways in cancer; dysregulation of cell cycle and apoptosis; steps in tumorigenesis; treatment of cancer. BIO 410 Kanser biyolojisi (3+0+0) 3 AKTS 6 Kanserin oluşumu; kanser tetikleyici genler; kanser baskılayıcı genler; kanserde sinyal iletim yolakları; hücre döngüsünün regulasyonu, bozuklukları ve programlı hücre ölümü; tümör oluşumunun basamakları; kanser tedavisi. BIO 420 Immunology (3+0+0) 3 ECTS 6 Basic concepts in immunology; principles of innate and adaptive immunity; the generation of lymphocyte antigen receptors; development of B and T lymphocytes; antigen presentation; survival and maturation of B and T lymphocytes in peripheral tissues; T cell- mediated immunity; the humoral immune response. BIO 420 İmmünoloji (3+0+0) 3 AKTS 6 İmmünolojinin temel kavramları; doğuştan gelen ve edinilmiş bağışıklık sistem ilkeleri; lenfosit antijen almaçlarının yapılması; B ve T lenfositlerinin gelişimi; antijen sunumu; B ve T lenfositlerinin çevresel dokularda sağkalımı ve olgunlaşması; T hücre- güdümlü bağışıklık; humoral bağışıklık cevabı. Bio 424 Enzyme Catalysis and Kinetics (3+0+0) 3 ECTS 6 Principles of enzyme catalysis; transition state theory; basic equations of enzyme kinetics; steady- state and pre- steady state kinetics; irreversible and reversible enyme inhibition; enzymatic rate constants; rate determining processes; practical methods to determine kinetics and equilibriums; determination of intermediates in enzymatic

12 reactions; usage of binding energy in catalysis; enzyme specificity and accuracy; editing or proofreading mechanisms; cost of accuracy in enzymatic reactions. Bio 424 Enzim Katalizi ve Kinetiği (3+0+0) 3 ECTS 6 Enzim katalizinin prensipleri; transition state teorisi; enzim kinetiğinde yer alan temel formüller; denge ve denge öncesi kinetikleri; geri dönüşümsüz ve dönüşümlü enzim inhibitörleri; enzimatik hız sabitleri; hız belirleyici durumlar; kinetik ve denge ölçümlerinde kullanılan pratik yöntemler; kinetik datanın gösterilmesi; enzimatik tepkimelerde ara ürünlerin belirlenmesi; bağlanma enerjisinin kataliz açısından önemi; enzim özgünlüğü ve doğruluğu; editleme ve hata düzeltme mekanizmaları; enzimatik tepkimelerde doğrululuğun enerji karşılığı. BIO 430 Neuroscience (3+0+0) 3 ECTS 6 Cellular and structural components of the nervous system; electrical signaling in nerve cells; action potential propagation; synaptic transmission; structure and function of ion channels; sensory systems; development of the nervous system; neuronal plasticity; learning and memory; consciousness and behavior; emotions; nervous system disorders. BIO 430 Nörobilim (3+0+0) 3 AKTS 6 Sinir sisteminin hücresel ve yapısal parçaları; sinir hücrelerinde elektriksel sinyal iletimi; aksiyon potensiyalinin ilerlemesi; sinaptik geçiş; iyon kanallarının yapısı ve işlevi; duyu sistemleri; sinir sisteminin gelişimi; sinir hücrelerinde plastisite; öğrenme ve hafıza; farkındalık ve davranış; dugular; sinir sistemi bozuklukları. BIO 440 Genome Biology (3+0+0) 3 ECTS 6 Mapping and sequencing of genomes; history and structure of genomic diversity; genomics of human diversity and disease; genomic technologies; introduction to systems biology BIO 440 Genom Biyolojisi (3+0+0) 3 AKTS 6 Genomların haritalanması ve dizilenmesi; genomik çeşitliliğin tarihi ve yapısı; insan çeşitliği ve hastalıklarına genomik yaklaşımlar; genomik teknolojiler; sistem biyolojisine giriş BIO 450 Bioinformatics (3+0+0) 3 ECTS 6 Hidden Markov models; optimization algorithms; classification clustering algorithms and their application in identification of motives, expression, methylation, microrna and TF regulation mechanisms. BIO 450 Biyoinformatik (3+0+0) 3 AKTS 6 Hidden Markov modelleri; optimizasyon algoritmaları; küme algoritmalarının sınıflandırılması ve motiflerin, anlatımın, metilasyonun, mikrorna ve TF regülasyon mekanizmalarının bulunmasında uygulamaları.

13 BIO 460 Developmental Biology (3+0+0) 3 ECTS 6 Patterns of development; life cycles of model organisms and experimental techniques; morphogenesis; germ cells and fertilization; cell differentiation and stem cells; organogenesis; development of the nervous system; growth and post- embryonic development; regeneration; evolution BIO 460 Gelişim Biyolojisi (3+0+0) 3 ECTS 6 Gelişim örüntüleri; model organizmaların yaşam döngüleri ve deneysel teknikler; morfogenez; germ hücreleri ve döllenme; hücre farklılaşması ve kök hücreleri; organogenez; sinir sisteminin gelişimi; büyüme ve postembriyonik gelişim; rejenerasyon; evrim. BIO 470 Genetic Disorders (3+0+0) 3 ECTS 6 Genetic basis of inherited disorders; identification and characterization of novel genes; multifactorial disorders; molecular diagnosis; gene therapy BIO 470 Genetik Hastalıklar (3+0+0) 3 AKTS 6 Kalıtsal hastalıkların genetik temeli; özgün genlerin belirlenmesi ve tanımlanması; çok faktörlü hastalıklar; moleküler tanı; gen terapisi. Bio 475 Plant Molecular Biology and Genetics (3+0+0) 3 ECTS 6 Structures of nuclear and cytoplasmic genomes; gene transfer techniques; gene expression and regulation in flowering plant development; transgenic plants and their use in biotechnology. Bio 475 (3+0+0) Bitki Moleküler Biyolojisi ve Genetiği (3+0+0) 3 AKTS 6 Nükleer ve sitoplazmik genomların yapısı; gen transfer teknikleri; çiçekli bitkilerin gelişiminde genetik anlatım ve düzenlenm; transgenik bitkiler ve biyoteknolojide kullanımları. BIO 478 Applied Microbiology and Biotechnology (3+0+0) 3 ECTS 6 Diversity of microorganisms and their activities; interaction of microorganisms with their microbial environment; use of microorganisms in biotechnology. BIO 478 Uygulamalı Mikrobiyoloji ve Biyoteknoloji (3+0+0) 3 AKTS 6 Mikroorganizmaların ve aktivitelerinin çeşitliliği; çevre ile etkileşimleri; mikroorganizmaların biyoteknolojide kullanımı. BIO 491 Special Project I (1+0+5) 3 ECTS 6 Designed for individual students to carry out laboratory research projects under the supervision of a faculty member. A final presentation of the work is required. BIO 491 Özel Proje I (1+0+5) 3 AKTS 6 Öğrencinin bir öğretim üyesi gözetiminde laboratuvar projesi yapması için tasarlanmıştır. Dönem sonunda çalışmanın sunumu gerekmektedir.

14 BIO 492 Special Project II (1+0+5) 3 ECTS 6 Designed for individual students to carry out laboratory research projects under the supervision of a faculty member. A final presentation of the work is required. BIO 492 Özel Proje II (1+0+5) 3 AKTS 6 Öğrencinin bir öğretim üyesi gözetiminde laboratuvar projesi yapması için tasarlanmıştır. Dönem sonunda çalışmanın sunumu gerekmektedir. BIO and BIO Special Topics in Molecular Biology and Genetics (3+0+0) 3 ECTS 6 BIO and BIO Moleküler Biyoloji ve Genetikte Özel Konular (3+0+0) 3 AKTS 6