1 ÖNSÖZ Değerli Araştırmacı, Ekim 2010 tarihinde kurulmuş olan Hücre Ölümü Araştırma Derneğinin (HÖAD) ilk aktivitesinde sizlerle birlikte olmaktan dolayı onur duymaktayız. Hücre ölümü alanında çalışan tüm bilim insanlarının bildiği üzere; gelişim sürecindeki doku homeostazının sağlanmasında, otoimmun hastalıklarda, nörodejenerasyon, ateroskleroz ve kanser gibi pek çok hastalığın temelinde yer alan hücre ölümü ile ilgili bilgi birikimi ve çalışmalar her geçen gün temel ve klinik bilim dallarından gelen katkılar ile artmaktadır. Bugün hücre ölüm mekanizmalarının hastalıklara göre büyük değişkenlik gösterdiği bilinmekte ve her geçen gün bu mekanizmalarda rol alan moleküller tanımlanmaktadır. Bu araştırmaların sonucunda elde edilen veriler ise pek çok hastalığa yönelik sağaltım yaklaşımlarının geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. HÖAD ın öncelikli hedeflerinden birini gerçekleştirmek üzere düzenlenmiş olan bu kursun amacı; hücre ölümü alanında çalışan değerli bilim insanlarından oluşan eğiticilerin kendi deneyim ve bilgi birikimlerini diğer araştırmacılarla paylaşması ve bu alanda çalışanlar arasında ortak bir platform sağlanmasıdır. Bu amaca yönelik olarak kurs programı hücre ölümü araştırmalarında yaygın olarak kullanılan tekniklerin temel prensiplerini ve uygulama örneklerini katılımcılara aktarmak üzere yapılandırılmıştır. Bu bağlamda katılımcılar kursun her gününün sonunda eğiticiler tarafından temel prensipleri ve uygulama aşamaları teorik olarak aktarılmış olan yöntemlere ilişkin soru ve görüşlerini Uzmanı ile Görüşme saatinde paylaşma ve tartışma olanağı bulabilecektir. Düzenleme kurulu olarak dileğimiz; HÖAD ın bu ilk aktivitesinin tüm katılımcılara bilimsel katkı sağlamasının yanı sıra, bu konuda çalışan araştırmacıları bir araya getirmeyi hedefleyen derneğimizin destekleriniz ve önerileriniz ile güçlenmesi ve uluslar arası platforma taşınmasıdır. Saygılarımızla HÖAD Yönetim Kurulu
2 tarafından düzenlenen I. HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ konulu teorik kursun gerçekleştirilmesinde desteği ve katkısı olan tüm resmi kurumlara ve firmalara teşekkür ederiz. HÖAD Yönetim Kurulu
3
4 KODAL MEDİKAL TIBBI MALZEMELER CİHAZLAR TİCARET VE SANAYİ LİMİTED ŞİRKETİ
5 Dokuz Eylül Üniversitesi Matbaası nda Basılmıştır. İZMİR-2011
6
7 Kurs Eğiticileri (Alfabetik sıra) I. HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ TEORİK KURSU Dr. Ahter D. ŞANLIOĞLU Dr. Ayhan BİLİR Dr. Ayten NALBANT Dr. Bünyamin AKGÜL Dr. Devrim GÖZÜAÇIK Dr. Engin ULUKAYA Dr. Hakan AKBULUT Dr. Işıl KURNAZ Dr. Kemal S. KORKMAZ Dr. Melek ÖZTÜRK Dr. Neşe ATABEY Uzm. Biol. Özgür YILMAZER Dr.S.İsmet DELİLOĞLU GÜRHAN Dr. Safiye AKTAŞ Dr. Salih ŞANLIOĞLU Dr. Seda VATANSEVER Akdeniz Üniversitesi Gen ve Hücre Tedavisi Uyg. Ve Araş.Merk. E-posta: ahter@akdeniz.edu.tr İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Histoloji AD. E-posta: bilira@istanbul.edu.tr İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Mol. Biyoloji ve Genetik Bil. E-posta: aytennalbant@iyte.edu.tr İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Mol. Biyoloji ve Genetik Bil E-posta: bunyaminakgul@iyte.edu.tr Sabancı Üniversitesi Yaşam Bilimleri Bölümü E-posta: dgozuacik@sabanciuniv.edu Uludağ Üniversitesi Tıp fakültesi Tıbbi Biyokimya AD: E-posta: eulukaya@uludag.edu.tr Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Medikal Onkoloji AD. E-posta: Hakan.Akbulut@medicine.ankara.edu.tr Yeditepe Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü E-posta: iakurnaz@yeditepe.edu.tr Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü E-posta: ks_korkmaz@yahoo.com İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji AD: E-posta: mozturk@istanbul.edu.tr Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji AD. E-posta: nese.atabey@deu.edu.tr İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Biyoteknoloji ve Biyomühendislik Uygulama ve Araştırma Merkezi E-posta: ozguryilmazer@iyte.edu.tr Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü E-posta: ismetgurhan@yahoo.com Dokuz Eylül Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü E-posta: safiye.aktas@deu.edu.tr Akdeniz Üniversitesi Gen ve Hücre Tedavisi Uyg. Ve Araş.Merk. E-posta: sanlioglu@akdeniz.edu.tr; Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji-Embriyoloji AD.
8 E-posta:sedavatansever@yahoo.comse Dr. Semra KOÇTÜRK Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya AD: E-posta: semra.kocturk@deu.edu.tr Dr. Sevda MÜFTÜOĞLU Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji-Embriyoloji AD. E-posta: smuftuog@hacettepe.edu.tr Dr. Şermin GENÇ Dokuz Eylül Üniversitesi Sinir Bilimleri AD. E-posta: sermin.genc@deu.edu.tr Dr. Volkan SEYRANTEPE İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Mol. Biyoloji ve Genetik Bil. E-posta: volkanseyrantepe@iyte.edu.tr Dr. Yusuf BARAN İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Mol. Biyoloji ve Genetik Bil. E-posta: yusufbaran@iyte.edu.tr Dr. Zekiye ALTUN Dokuz Eylül Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü E-posta: zekiye.altun@deu.edu.tr
9 Düzenleme Kurulu Dr. Semra KOÇTÜRK (HÖAD Başkanı) Dr. Kemal S. KORKMAZ (HÖAD Başkan Yardımcısı) Dr. H.Seda VATANSEVER (HÖAD Genel Sekreteri) Dr. Yusuf BARAN (HÖAD Yönetim Kurulu Üyesi) Dr. Zekiye S. ALTUN (HÖAD Saymanı) Bilimsel Sekreter Dr. Seda VATANSEVER Organizasyon Komitesi Dr. Semra KOÇTÜRK (Başkan) Dr. Kemal KORKMAZ (Başkan Yardımcısı) Dr. Seda VATANSEVER (Bilimsel Sekreter) Dr. Yusuf Baran ( Yönetim Kurulu Üyesi) Dr. Zekiye S. ALTUN (Sayman) Dr. Pınar AKAN (DEÜ Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya AD. Dr. Safiye AKTAŞ (DEÜ Onkoloji Enstitüsü) Dr. Şermin GENÇ (DEÜ SBE Sinir Bilimleri AD.) Dr. Özlem G. ÇALAN (DEÜ SBE Sinir Bilimleri AD.) Dr. Elgin Türköz ULUER (CBÜ Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji AD.) Araş.Gör. Aysun ADAN (İYTE Moleküler Biyoloji ve Genetik AD) Araş.Gör. Ayşenur ÇATALER (DEÜ SBE Tıbbi Biyokimya AD.) Araş.Gör. Banu DEVECİ (DEÜ Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya AD.) Araş.Gör.Bilge D. BÜTÜNER (Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bl.) Araş.Gör.Funda UYSAL(DEÜ Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya AD.) Araş.Gör. Melis KARTAL (İYTE Moleküler Biyoloji ve Genetik AD) Araş.Gör. Müjde KIVANÇ (CBÜ, Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji AD) Araş.Gör. Pınar ERÇETİN (DEÜ Onkoloji Enstitüsü) Araş.Gör. Tuna ÖNAL (CBÜ, Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji AD) Araş.Gör. Uğur TÜFEKÇİ (DEÜ SBE Sinir Bilimleri BD.)
10
11 I. HÜCRE ÖLÜMÜ TEKNİKLERİ TEORİK KURS PROGRAMI 24.11.2011 PERŞEMBE YER 08:30-09:30 Kayıt 09:30 10:00 AÇILIŞ KONUŞMALARI HÖAD Başkanı S.KOÇTÜRK DEÜ Tıp Fakültesi Dekanı T.CANDA DEÜ Rektörü M.FÜZÜN 10:00 10:30 Apoptoza Folklorik Bakış S.EĞRİLMEZ HÜCRE ÖLÜM YOLAKLARI Oturum Başkanları: S.İ. DELİLOĞLU GÜRHAN / A.BİLİR Programlı Hücre Ölüm Tipleri ve Tarihçesi 10:30-10:50 (Temel Bilgi) Hücrenin Kritik Kararı: Yaşamak ya da 10:50-11:10 Ölmek (Temel Bilgi) 11:10-11:30 KAHVE ARASI Oturum Başkanları: K.KORKMAZ/ S.KOÇTÜRK Apoptotik Hücre Ölümü ve Mekanizmaları 11:30-12:00 (Temel Bilgi) M. ÖZTÜRK Y. BARAN A. BİLİR Stand alanı 12:00-12:30 Hücre Ölümüne Yol Açan Sinyal İleti Yolakları (Temel Bilgi) I.KURNAZ 12:30-13:00 Otofaji ve Sinyal Yolakları (Temel Bilgi) D. GÖZÜAÇIK
12 13.00-14.00 ÖĞLE ARASI Balo HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ-I Oturum Başkanları: I.KURNAZ / Y.BARAN Apoptoz Analiz Yöntemleri: Kaspaz Aktivite S.KOÇTÜRK Analizleri 14:00-14:30 Hücre Canlılık Analizleri S. İ.DELİLOĞLU 14:30 15:00 (Temel Bilgi + Uygulama Basmakları) GÜRHAN Mikroskopik yöntemler I: Işık ve Elektron S. MÜFTÜOĞLU 15.00:-15:30 mikroskopisi Mikroskopik yöntemler II: H.S.VATANSEVER 15:30-16:00 Immunohistokimya ve TUNEL 16:00-16:30 KAHVE ARASI Stand Alanı HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ-II Oturum Başkanları: H.S.VATANSEVER / S.MÜFTÜOĞLU Multiplex Sistem Tekniği ile Fosfoprotein 16:30-17:00 Analizi 17:00-17:30 Hücre Ölümü Araştırmalarında Model Organizmaların Kullanımı G. CSANADI V. SEYRANTEPE
13 17:30-18:00 Hücre Ölümünü Anlamada Deneysel Hayvan Modelleri ve Önemi S.AKTAŞ 18:15-19:00 UZMANI ILE GÖRÜŞME 19:00-22:00 KOKTEYL PROLONGE S.KOÇTÜRK İ.D. GÜRHAN S.MÜFTÜOĞLU S.VATANSEVER Ş.GENÇ V.SEYRANTEPE S.AKTAŞ Balo : Grup Masaları Fuaye Alanı
14 25.11.2011 CUMA YER HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ-III Oturum Başkanları: N.ATABEY / B.AKGÜL 09:00-09:30 İmmunoblotting Temel Prensipleri ve Uygulama Aşamaları Ş.GENÇ 09:30-10:00 Otofaji Analiz Yöntemleri ve Uygulama Aşamaları D.GÖZÜAÇIK 10:00-10:30 Hücrenin DNA Hasarına Verdiği Yanıtın İncelenmesi K.KORKMAZ 10:30-11:00 KAHVE ARASI Stand alanı Oturum Başkanları: S.ŞANLIOĞLU / A.NALBANT Apoptotik uyarı tiplerine göre transkripsiyonel N. ATABEY 11:00-11:30 regülasyon 11:30-12:00 Hücre Ölümü Çalışmalarında Gen Aktarım Teknikleri: Y.BARAN 12:00-12:3 0 Baskılayıcı RNAlar: sirna ve mirna B.AKGÜL 12:30-13:00 Hücre Ölümü Sinyal Yolaklarının Mikroarray- QPCR Tekniği ile İncelenmesi A.AYDIN
15 13:00-14:00 ÖĞLE ARASI Balo HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ-IV OturumBaşkanı: H.AKBULUT/E.ULUKAYA 14:00-14:40 Akım Sitometri Çalışma Prensipleri ve Hücre Ölümü Çalışmalarında Kullanımı A. NALBANT 14:40-15:10 Akım Sitometri Uygulamaları (Uygulama Örnekleri) Ö. YILMAZER 15:15-16:00 UZMANI İLE GÖRÜŞME HÜCRE ÖLÜMÜ ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ-IV Ş.GENÇ D.GÖZÜAÇIK K.KORKMAZ Y.BARAN B.AKGÜL NALBANT Ö.YILMAZER Balo : Grup Masaları OturumBaşkanı: H.AKBULUT/E.ULUKAYA 14:00-14:40 Akım Sitometri Çalışma Prensipleri ve Hücre Ölümü Çalışmalarında Kullanımı A. NALBANT 14:40-15:10 Akım Sitometri Uygulamaları (Uygulama Örnekleri) Ö. YILMAZER 15:15-16:00 UZMANI İLE GÖRÜŞME Ş.GENÇ D.GÖZÜAÇIK K.KORKMAZ Y.BARAN B.AKGÜL NALBANT Ö.YILMAZER Balo : Grup Masaları
16 KLİNİK UYGULAMALAR Oturum Başkanları: S. AKTAŞ/ Ş.GENÇ 16:00-16:20 Hücre Ölümü Çalışmalarının Klinik Önemi H. AKBULUT 16:20-16:40 Kanser Tedavisinde Apoptoz İndükleyici Deneysel Yaklasımlar A. D. ŞANLIOĞLU 16:40-17:00 Apoptoz Yoluyla Deneysel Adacık Naklinde Hücresel immun Sistemi Bertaraf Edebilen Yeni Bir Strateji. S. ŞANLIOĞLU 17:00-17:20 Kemoterapötik Duyarlılık Testi : Onkogram E.ULUKAYA 17:20-17:40 Kanser Tedavi Yanıtının İzleminde CK18 Z.ALTUN 17:40-18:00 Geri Bildirimlerin Değerlendirilmesi- Sertifikaların Verilmesi ve Kapanış Töreni HÖAD YÖNETİM KURULU
17 İÇİNDEKİLER SUNUM SAYFA Programlı Hücre Ölüm Tipleri ve Tarihçesi M. ÖZTÜRK 19 Hücrenin Kritik Kararı: Yaşamak ya da Ölmek Y. BARAN 25 Apoptotik Hücre Ölümü ve Mekanizmaları A. BİLİR 29 Hücre Ölümüne Yol Açan Sinyal İleti Yolakları I.KURNAZ 43 Otofaji ve Sinyal Yolakları D. GÖZÜAÇIK 53 Apoptoz Analiz Yöntemleri: Kaspaz Aktivite Analizleri S.KOÇTÜRK 63 Hücre Canlılık Analizleri S.İ.DELİLOĞLU GÜRHAN 81 Mikroskopik yöntemler I: Işık ve Elektron Mikroskopisi S. MÜFTÜOĞLU 85 Mikroskopik yöntemler II: Immunohistokimya ve TUNEL H.S.VATANSEVER 93 Multiplex Sistem Tekniği ile Fosfoprotein Analizi G. CSANADI 111 Hücre Ölümü Araştırmalarında Model Organizmaların Kullanımı V. SEYRANTEPE 113 Hücre Ölümünü Anlamada Deneysel Hayvan Modelleri ve Önemi S.AKTAŞ 117 İmmunoblotting Temel Prensipleri ve Uygulama Aşamaları Ş.GENÇ 121 Otofaji Analiz Yöntemleri ve Uygulama Aşamaları D.GÖZÜAÇIK 129 Hücrenin DNA Hasarına Verdiği Yanıtın İncelenmesi K.KORKMAZ 143 Apoptotik Uyarı Tiplerine Göre Transkripsiyonel Regülasyon N. ATABEY 165 Hücre Ölümü Çalışmalarında Gen Aktarım Teknikleri: Y.BARAN 175
18 Baskılayıcı RNAlar: sirna ve mirna B.AKGÜL 183 Hücre Ölümü Sinyal Yolaklarının Mikroarray-QPCR Tekniği ile İncelenmesi A.AYDIN 193 Akım Sitometri Çalışma Prensipleri ve Hücre Ölümü Çalışmalarında Kullanımı A. NALBANT 217 Akım Sitometri Uygulamaları Ö. YILMAZER 223 Hücre Ölümü Çalışmalarının Klinik Önemi H. AKBULUT 233 Kanser Tedavisinde Apoptoz İndükleyici Deneysel Yaklasımlar A. D. ŞANLIOĞLU 237 Apoptoz Yoluyla Deneysel Adacık Naklinde Hücresel immun Sistemi Bertaraf Edebilen Yeni Bir Strateji. S. ŞANLIOĞLU 247 Kemoterapötik Duyarlılık Testi : Onkogram E.ULUKAYA 257 Kanser Tedavi Yanıtının İzleminde CK18 Z.ALTUN 263