GENETİK VE BİYOMÜHENDİSLİK LABORATUVAR-I DENEY FÖYÜ

Transkript

1 T.C. GÜMÜŞHANE ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK VE DOĞA BİLİMLERİ FAKÜLTESİ GENETİK VE BİYOMÜHENDİSLİK BÖLÜMÜ GENETİK VE BİYOMÜHENDİSLİK LABORATUVAR-I DENEY FÖYÜ Öğr. Gör. Uğur KARDİL LABORATUAR SORUMLULARI Arş. Gör. Dr. Şeref AKAY Arş. Gör. Emrah SARIYER Arş. Gör. Kadir GÜL Arş. Gör. Berna GENÇ 1

2 İÇİNDEKİLER Laboratuvarda Uyulması Gereken Kurallar....3 Rapor Yazım Kuralları 4 Genel Laboratuvar Tanıtımı 7 Deney 1: Spektrofotometrik Yöntemlerle Protein Miktarının Belirlenmesi..22 Deney 2: Enzim Aktivitesinin Karakterizasyonu...25 Deney 3: Bitkisel Ekstraksiyon..40 Deney 4: Santrifüj Pompa Deneyi..46 Deney 5: Borulu Sistemlerde Basınç Kayıpları..53 Deney 6: Plazmid DNA İzolasyonu ve Spektral Analizi...57 Deney 7: 7.1. Polimeraz Zincir Reaksiyon Nükleik Asit Elektroforezi Ligasyon Deney 8: Kompetant Hücre Hazırlanması ve Transformasyon..69 Deney 9: Plasmid DNA İzolasyonu 73 Deney 10: Kuraklık Koşulları Altındaki Mısır Bitkisi (Zea Mays) nde Spektrofotometrik Klorofil Pigment Analizi Laboratuvar Deney Yapılış Tarihleri.79 2

3 Laboratuvarda Uyulması Gereken Genel Kurallar 1. Laboratuvara zamanında gelinmelidir, mazeretsiz geç gelen öğrenci deneye alınmayacaktır. Eğer mazereti varsa en geç bir gün önceden ilgili araştırma görevlisine bildirilmesi gerekmektedir. 2. Laboratuvara gelmeden önce yapacağınız laboratuvar çalışmasını dikkatle okuyunuz. 3. Laboratuvara beyaz laboratuvar önlüğü ile geliniz, saçı uzun olan kişilerin düzenli bir şekilde toplamaları mecburidir; kapalı olan öğrencilerin de örtülerinin dağınık olmaması gerekmektedir. (Önlükler koridorda giyilip düğmeleri iliklenmiş şekilde laboratuvara girilmelidir). 4. Diğer laboratuvarları rahatsız etmemek için laboratuvar saatinden önce kapının önünde bekleyip gürültü yapmayınız. 5. Laboratuvarda eldiven, laboratuvar föyü, laboratuvar defteri (çizgisiz) ve yapılacak deneye ait istenilen malzemeler yanınızda bulundurunuz. Aksi halde malzemeyi getirmeyen kişiler grupça derse alınmayacaktır. 6. Her zaman için bençlerin üzerini temiz tutunuz. Laboratuvar çalışmalarından önce ve sonra masaların üzerlerini siliniz. 7. Öğrenciler kullanacakları cihazlar hakkında kendilerine söylenen uyarıları dikkate almalı, bir problem dâhilinde ilgili araştırma görevlisinden yardım istemelidir. 8. Laboratuvarda yüksek sesle konuşmak, cep telefonunu açık konumda tutmak yasaktır. Laboratuvarda çalışırken zamanın faydalı kullanılması önemlidir. Çok acele ederek kötü sonuçlar almak veya tam tersine çok yavaş çalışarak laboratuvar süresinde çalışmayı bitirememek değerlendirmelere yansıyacaktır. Yaptıklarınızı kontrol için zaman bırakınız. 9. Laboratuvarda her hangi bir maddeyi tatmayınız. İçinde kimyasal madde bulunan şişelere yüzünüzü yaklaştırıp, koklamayınız. 10. Meydana gelen kazaları hemen laboratuvar sorumlusuna bildiriniz. Kırılan cam malzemeleri elinizle toplamaya kalkmayınız. 11. Hazır preparatlarla çalışırken preparatı kırmamak için oldukça dikkatli olunuz, aksi takdirde bunu yeniden temin etmek sizin sorumluluğunuzdadır. 12. Gerekli hallerde gözlerinizi korumak için laboratuvar gözlüğü takınız. 13. Laboratuvarda kullanacağınız elektrikli, keskin hareketli parçalı mekanizma ve cihazlara asla müdahale etmeyiniz, çalışma esnasında kurcalamayınız. 14. Laboratuvar atıklarını uygun şekilde size gösterilen özel kaplara koyunuz. 15. Laboratuvar teknik cihaz ve ekipmanlarını, sarf malzemelerini dışarıya çıkarmayınız ve laboratuvar cihazlarını deney haricinde izin almadan ve kullanımlarını öğrenmeden çalıştırmayınız. 16. Laboratuvar uygulamasına gelmeden önce deney okunmalı, yapılacak çalışmalar hakkında diğer kaynaklardan da bilgi edinilmelidir. Her deneyin quizi bir sonraki hafta takip eden deneye başlamadan önce ders saatinde yapılacaktır. Bu sebeple laboratuvar uygulamaları dikkatle takip edilmeli ve deneyin her aşaması kayıt altına alınmalıdır. 3

4 17. Rapor, deney yapıldıktan bir hafta sonra ders saatinden önce ilgili sorumluya teslim edilmelidir. Rapor tesliminde bir haftadan sonraki gecikmelerde rapor değerlendirilmesi yapılmayacaktır. 18. Hazırlanan rapor hiçbir şekilde başka öğrencilerin hazırladığı raporun kopyası şeklinde olmamalıdır. Başka öğrenci raporlarına dayandırıldığı tespit edilen raporlar değerlendirilmeye alınmayacaktır. 19. Quiz ve rapor notları vize ve final sınavının %50 sini (%25 - %25) oluşturacaktır. 20. Genetik ve Biyomühendislik Laboratuvar uygulaması için devam zorunluluğu %80'dır (3 hafta devamsızlık yapan dersten kalır). 21. Genetik ve Biyomühendislik Laboratuvar uygulamasında her deney için rapor yazılması (el yazısı ile) zorunludur. İki rapor teslim etmeyen rapor değerlendirmesinden sıfır alacaktır. 22. Belirtilen güvenlik kurallarına dikkat edilmemesi halinde oluşabilecek maddi hasarlar sorumlu öğrenciden temin edilecektir. RAPOR YAZIM NOKTALARI Laboratuvar derslerinden sonra raporların yazılması (aksi belirtilmediği sürece) zorunludur ve dönem sonunda verilecek olan değerlendirme notunun önemli bir kısmını oluşturmaktadır. Eğer ders sonunda eğitmen raporun nasıl yazılması gerektiği hakkında bilgi vermiş ise bu bilgiler göz önüne alınarak rapor yazılacaktır. Aşağıda normal şartlarda yazılması beklenilen bir raporun kısımları ve bu kısımlarda bulunması gereken bilgiler bulunmaktadır. Raporunuzu hazırlarken; KAPAK İÇİNDEKİLER BAŞLIK 1- Giriş/Amaç Raporun giriş kısmında bir paragraf olacak şekilde amaç belirtilmedir. Yapılan deneyin hipotezi bir-iki cümle ile ifade edilir. Bazı durumlarda giriş kısmına 2-3 cümleyi geçmeyecek şekilde genel bilgi yazılabilir; deney nasıl yapıldı, deneyin bulguları nelerdir ve hangi sonuçlar elde edilmiştir. 2- Literatür Özeti Literatür özetinde deneyin konusu çok kısa bir şekilde genel bilgiler verilmelidir. Literatür özetinde kullanılan kaynaklar MUTLAKA metin içinde numaralandırılarak, Kaynaklar bölümünde belirtilmelidir. Kaynaklar gerek duyulduğunda Deney Sorumlusu tarafından istenebilir. 3- Materyal ve Metot Deneyin yapılması esnasında kullanılmış tüm malzemeler yazılmalıdır. Deneyin yapılmasında izlenilen tüm basamaklar yazılmalıdır. Bu kısmı yazmayı kolaylaştırmak için deneyi yapan birinin olduğunu ve sizin de bu arkadaşı deneyi yapması için yönlendirdiğinizi düşünebilirsiniz. Eğer sizin için daha açıklayıcı ve kolay olacaksa diyagram ya da figür kullanabilirsiniz. NOT: Deneyin yapılışı föydekinin aynısı olmamalıdır. Deneyi yapan kişi deneyin yapılışını kendi anladığı şekilde kendi cümleleriyle yazmalıdır. 4

5 4- Hesaplamalar ve Sonuçlar (Data veya Veri) Eğer deney sonunda sayısal bir veri elde etmiş iseniz tüm verileri bir veya istediğiniz sayıda tablo kullanarak gösteriniz. 5- Yorum Elde ettiğiniz verilerin ne anlama geldiğini yorumlayınız. Bazen sonuç ve tartışma kısımlarını kombine edebilirsiniz (Sonuç & Tartışma). Rapordaki veri kısmı rakamsal verileri içerirken, Analiz kısmı bu rakamları kullanarak yapacağınız herhangi bir işlemi (hesaplama) içermektedir. Bu kısımda deney esnasında kurmuş olduğunuz hipotezinizin hesaplamalar sonunda kabul olup olmayacağını ispatlarıyla beraber yazmanız beklenmektedir. Eğer hipotezinizi ispat edememişseniz bunun nedenlerinin (hatalar) neler olabileceği konusunda bilgi verilecektir. Hatta deneyin yeniden yapılması durumunda bu hataların tekrarlanmaması için nelere dikkat edilmesi konusunda bilgi vermeniz sizin avantajınıza olacaktır. Raporun en önemli kısımlarından bir tanesi tartışmadır. Deneyin sonunda veri olarak ne elde ettiğinizden çok, elde ettiğiniz sonucu nasıl ifade edildiği önemlidir. 6-Referanslar Eğer rapor yazma esnasında başka kaynaklardan da yaralanmışsanız bu kaynaklar metin içerisinde mutlaka verilmeli ve her kaynak referans kısmına yazılmalıdır. - Deney föyü kaynak olarak KULLANILAMAZ. Kaynak Yazım Formatı: Süreli Yayınlar Yazarın soyadı, İlk ve ikinci adının ilk harfleri, Konu başlığı, Süreli yayının ismi (italik), cilt numarası, sayı numarası, sayfa numaraları, yıl. Ör: Kaplan, H., Hutkins, W. R., Fermentation of Fructooligosaccharides by Lactic Acid Bacteria and Bifidobacteria, Journal of Applied and Environmental Microbiology, 66 (6), , Kitaplar Yazarın soyadı, İlk ve ikinci soyadının ilk harfleri, kitabın başlığı, Baskı sayısı, Basım yeri, Basım evi, basım yılı. Ör: H. C. Fogler, Elements of Chemical Reaction Engineering, 3 rd Edition, New York, Prentice Hall,

6 Tezler Kaplan, H., Fermentation of Fructooligosaccharides by Lactic Acid Bacteria and Bifidobacteria, Ph. D. Thesis, University of Nebraska-Lincoln, Sunumlar Kaplan, H., Hutkins, W. R., Fructooligosaccharides in yogurt: Functional and microbiological properties, IFT Annual Meeting, Vol. 21-3, Chicago, İnternet American Express, Creating an effective business plan, Retrieved April 24, 1999 from the World Wide Web: http//www. Americanexpress. Com (İnternetten alındığı tarih) RAPOR DEĞERLENDİRME Rapor Düzeni Puan Kapak 3 İçindekiler 4 Kaynaklar 5 Sayfa Düzeni 3 Rapor İçeriği Giriş 10 Literatür Özeti 15 Materyal Metot 20 Hesaplamalar ve Sonuçlar 20 Yorum 10 Genel Değerlendirme 10 Toplam 100 6

7 Genetik ve Biyomühendislik Laboratuvarı-1 Deney Takvimi DENEY NO DENEYİN ADI DENEY TARİHİ SORUMLU ÖĞRETİM ELEMANI Genetik ve Biyomühendislik Lab. Uyulması Gereken Kurallar Doç. Dr. İbrahim Turan Genel Laboratuvar Tanıtımı Doç. Dr. İbrahim Turan Deney 1 Deney 2 Spektrofotometrik Yöntemlerle Protein Miktarının Belirlenmesi Enzim Aktivite Tayini Öğr. Gör. Uğur Kardil Dr. Öğr. Üyesi Zeynep Akar Deney 3 Bitkisel Ekstraksiyon Yöntemleri Doç. Dr. İbrahim Turan Deney 4 Santrifüj Pompa Deneyi Prof. Dr. İsmet Sezer Deney 5 Borulu Sistemlerde Basınç Kaybı Deney 6 Deney 7 Plasmid DNA İzolasyonu ve Spektral Analizi PCR 1.2. Nükleik Asit Elektroforezi 1.3. Ligasyon Deney 8 Kompetant Hücre Hazırlama ve Transformasyon Deney 9 Plasmid DNA İzolasyonu Deney 10 Zea Mays Pigment Analizi Dr. Öğr. Üyesi Tuba Acet 7