ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ Adı Soyadı: Özer ÇALIŞ Doğum Tarihi: 05. 04. 1971 Öğrenim Durumu: ÖZGEÇMİŞ Derece Bölüm/Program Üniversite Yıl Lisans Bitki Koruma Bölümü Akdeniz Üniversitesi- Türkiye 1993 Y. Lisans School of Biological Sciences University of East Anglia-İngiltere 1997 Doktora/S.Yeterlik/ School of Biological Tıpta Uzmanlık Sciences University of East Anglia-İngiltere 2002 Yüksek Lisans Tez Başlığı (özeti ekte) ve Tez Danışman(lar)ı : Mapping of resistance to the Ascochyta complex pathogens of Pisum sativum. Tez Danışmanı: Dr. Brian G. LEWIS Doktora Tezi/S.Yeterlik Çalışması/Tıpta Uzmanlık Tezi Başlığı (özeti ekte) ve Danışman(lar)ı : Characterisation of RPW8-mediated reistance to powdery mildews of Arabidopsis thaliana. Tez Danışmanı: Prof. Dr. John G. TURNER. Görevler: Görev Unvanı Görev Yeri Yıl Ar.Gör. Ar.Gör. Dr. Arş. Gör. Yard. Doç. Dr. Yard. Doç. Dr. Entomoloji A.B.D., Bitki Koruma Bölümü, Ziraat Fakültesi Akdeniz Üniversitesi Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma Bölümü, Ziraat Fakültesi Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma Bölümü, Ziraat Fakültesi Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma Bölümü, Ziraat Fakültesi Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fitopatoloji A.B.D., Bitki Koruma Bölümü, Ziraat Fakültesi Akdeniz Üniversitesi Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri : 1993-1994 1994-2002 2002-2004 2005-2014 2014-1. Çiğdem (DİNÇ) YAZAR: Arabidopsis thaliana (Fare Kulağı Teresi)'da Konukçu Dışı Dayanıklılık Lokuslarının Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalık Etmeni İçin Araştırılması. Yüksek Lisans Tezi. 2. Şerife TOPKAYA: Domateste Erken Yanıklık Hastalığına Dayanıklılık Sağlayan Genlerin Moleküler Markörler Yardımıyla Genetik Haritalaması Ön Çalışmaları. Yüksek Lisans Tezi.
3. Sevilay SAYĞI: Tokat Domates Üretim Alanlarında Bakteriyel Kanser (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) Hastalığının Yaygınlığı Ve Bu Hastalığa Karşı Domates Genotiplerinin Reaksiyonlarının Belirlenmesi. Yüksek Lisans Tezi. 4. Demet ÇELİK: Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis subp. michiganensis)'na Karşı Dayanıklı Domates Bitkilerinde Genetik Kalıtımın Belirlenmesi. Yüksek Lisans Tezi. 5. Yusuf BAYAN: Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis subp. michiganensis)'na Dayanıklı Ve Hassas Bitkilerde Fenolik Maddelerin Araştırılması. Yüksek Lisans Tezi. 6. Deniz KARABULUT: Bakteriyel kanser ve solgunluk (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis: Cmm) hastalığına dayanıklı ümitvar domates mutantlarında dayanıklılığın moleküler karakterizasyonu. Yüksek lisans tezi. Devam ediyor. Yönetilen Doktora Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları: 1. Demet ÇELİK: Orta Karadeniz Bölgesinde Hale Yanıklığı (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) ile Adi Yaprak Yanıklığı (Xanthomonas axonopodis pv.phaseoli) Etmenlerinin Belirlenmesi ve Fasulye Hatlarının Bu Hastalıklara Karşı Reaksiyonları. Devam Ediyor. Projelerde Yaptığı Görevler : 1. Domateste Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalığına Karşı Dayanıklılık Genlerinin Bulunması. TÜBİTAK Projesi, Proje Yürütücüsü (2004-2007). 2. Orta ve Doğu Karadeniz Bölgesi Doğal Florasındaki Ahududu ve Böğürtlen Genotipleri Arasındaki Biyoçeşitliliğin Morfolojik, Fitokimyasal, Moleküler Belirteçlerle Saptanması ve Gen Kaynaklarının Korunmaya Alınması. TÜBİTAK Projesi, Projede Araştırmacı (2007-2010). 3. Moleküler Biyoteknoloji Ve Gen Mühendisliği Araştırma Merkezi Altyapısının Oluşturulması. DPT Projesi, Projede Araştırmacı (2004-2007). 4. 'Gen-Pro: Bitkisel Genomik Ve Proteomik Ulusal Mükemmeliyet Ağı- Ulusal Gen Kaynaklarımızın Karakterizasyonu Ve Modern Biyoteknoloji Yöntemleri Kullanılarak Değerlendirilmesi Ana Projesi İçerisinde Yeşilırmak Havzasına Uygun Buğday Ve Arpa Çeşitlerinin Moleküler Destekli Seçim Yoluyla Islahı' Konulu Alt Araştırma Projesi. DPT Projesi, Projede Araştırmacı (2004-2008). 5. Tahıllarda mikotoksin üreten Fusarium türlerinin tanımlanması, farklı tahıl türlerinde mikotoksin zearalenone (ZON) miktarının saptanması ve iklim koşullarının ZON oluşumuna etkisinin araştırılması. DPT Projesi, Projede Araştırmacı (2005-2008). 6. Arabidopsis thaliana (Fare Kulağı Teresi)'da Konukçu Dışı Dayanıklılık Lokuslarının Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalık Etmenin Kontrolü İçin Araştırılması. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2006-2008).
7. Moleküler Markörleri Kullanarak Domateste Erken Yanıklık Hastalığına Karşı Polimorfizmin Belirlenmesi. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2006-2008). 8. Tokat Domates Üretim Alanlarında Bakteriyel Kanser (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) Hastalığının Yaygınlığı Ve Bu Hastalığa Karşı Domates Genotiplerinin Reaksiyonlarının Belirlenmesi. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2008-2010). 9. Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis subp. michiganensis)'na Karşı Dayanıklı Domates Bitkilerinde Genetik Kalıtımın Belirlenmesi. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2010-2011). 10. Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis subp. michiganensis)'na Dayanıklı Ve Hassas Bitkilerde Fenolik Maddelerin Araştırılması. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2010-2011). 11. Karadeniz Bölgesinde Önemli Fasulye Üretim Alanlarında Hale Yanıklığı (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) ve Adi Yaprak Yanıklığı (Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) Etmenlerinin Belirlenmesi ve Bazı Fasulye Islah Hatlarının Bu Etmenlere Karşı Dayanıklılık Durumlarının Araştırılması. TAGEM Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü, Proje Danışmanı (2013-2015). 12. Kiraz, Vişne Gibi Sert Çekirdekli Meyve Ağaçlarında Görülen Hastalıkların Tanılanması. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2012-2013). 13. Bakteriyel Kanser ve Solgunluk (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis: Cmm) Hastalığına Dayanıklı Ümitvar Domates Mutantlarında Dayanıklılığın Moleküler Karakterizasyonu. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2013-2014). 14. Domates bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına karşı dayanıklı M3-9 ve M3-15 mutant domates bitkisinlerinde haritalama çalışmaları. Kurumsal Bilimsel Araştırma Projesi (BAP), Proje Yürütücüsü (2014-2015). İdari Görevler : Bitki Koruma Bölümü Başkan Yardımcılığı (2005-2008) Bölüm ERASMUS Koordinatörlüğü (2005-2008) Ziraat Fakültesi ERASMUS Koordinatörlüğü (2006-2008) Bologna Eşgüdüm Komisyonu Üyeliği (2011- Devam Ediyor) Gaziosmanpaşa Üniversitesi Bilimsel Araştırma Komisyonu Üyeliği (2011-2012) Bitki Koruma Bölümü Başkan Yardımcılığı (2012- Devam Ediyor)
Bilimsel Kuruluşlara Üyelikler : The European Plant Science Organisation (EPSO) (2007 - Devam Ediyor) Türkiye Fitopatoloji Derneği (2013 Devam Ediyor) International Fund for Animal Welfare (IFAW) (2008 - Devam Ediyor) Ödüller : Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) 2219- Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Bursu ile Institute For Health and Consumer Protection (IHCP), Joint Research Centre (JIC), İtalya'da 'Development and Testing of Analytical Methods for the Molecular Characterisation and Traceability' konusunda 1 (bir) yıl desteklenmiştir. Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler (Açılmışsa, yaz döneminde verilen dersler de tabloya ilave edilecektir): Akademik Yıl 2012-2013 Dönem Güz İlkbahar 2013-2014 Güz Dersin Adı Haftalık Saati Teorik Uygulama Öğrenci Sayısı Bitki Hastalıkları Savaş Yöntem ve İlaçlar 3 0 28 Bakteriyoloji ve Bitki Bakteri Hastalıkları 2 2 30 Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş I 0 2 30 Moleküler Bitki Hastalıkları 3 0 3 Dayanıklılık Genleri ve Protein Mühendisliği 3 0 2 Viroloji ve Bitki Virus Hastalıkları 2 2 30 Biyoteknolojiye Giriş 0 2 26 Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş II 3 0 30 Moleküler Bitki- Mikroorganizma İlişkileri 3 0 2 Moleküler Dayanıklılık Mekanizmaları 3 0 2 Bakteriyoloji ve Bitki Bakteri Hastalıkları 1 2 35 Mesleki İngilizce I 0 2 13 Depo Ürün Hastalık ve Zararlıları 0 2 30 Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş I 2 1 32 Moleküler Bitki Hastalıkları 3 0 6 Bitki Dayanıklılık Mekanizmaları 3 0 4
İlkbahar Viroloji ve Bitki Virus Hastalıkları 3 0 2 Fitopatoloji 3 0 1 Mesleki İngilizce II 2 0 9 Biyoteknolojiye Giriş 2 0 26 Bilimsel Çalışma Yazım Sunuş II 4 0 32 Moleküler Bitki- Mikrooorganizma İlişikileri 3 0 3 Bitkilerin Viruslerden Kazanılmış Dayanıklılık Mekanizmaları 3 0 3 ESERLER A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : A1. Calis, O., Saygı, S., Celik, D. (2012). Molecular identification of bacterial canker and bacterial wilt diseases in tomatoes. Bulgarian Journal of Agricultural Science 18:682-688. A2. Çalış, Ö., Bayan, Y., Çelik, D. (2012). Characterization of resistant tomato mutants to bacterial canker disease. African Journal of Biotechnology 11:8070-8075. A3. Çalış, Ö., Topkaya, Ş. (2011). Genetics analysis of resistance to early blight disease in tomato. African Journal of Biotechnology 10:18071-18077. A4. Xiao, S. Y., Calis O, Elaine Patrick, E., Zhang, Z., Charoenwattana, P., Muskett, P., Parker, J., Turner, J.G. (2005). The atypical Resistance gene, RPW8, recruits components of basal defence for powdery mildew resistance in Arabidopsis. Plant Journal 42: 95-110. A5. Xiao, S. Y., Calis, O., Brown, S., Charoenwattana, P., Ratanasut, K., Patrick, E., Holcombe, L., Coleman, M., Jaggard, D. and Turner, J. G. (2002). Characterization of RPW8-Mediated Mildew Resistance in Arabidopsis and Tobacco. In Biology of Plant- Microbe Interactions (eds. Leong, S.A., Allen, C. and. Triplett, E. W.). Volume 3. pp 15-18. International Society for Molecular Plant Microbe Interactions Press. A6. Xiao, S. Y., Ellwood, S., Calis, O., Patrick, E., Li, T., Coleman, M., and Turner, J. G. (2001). Broad-Spectrum Mildew Resistance in Arabidopsis thaliana Mediated by RPW8. Science 291: 118-121. A7. Tunç, İ., Erler, F., Dağlı, F. and Çalış, Ö. (1997). Insecticidal Activity of Acetone Vapours Journal of Stored Product Research 33: 181 185. B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings) basılan bildiriler : B1. Xiao, S. Y., Calis, O., Patrick, E., Brown, S., Charoenwattana, P., Ranasut, K., Jaggard, D., Coleman, M. and Turner, J. G. (2001). RPW8, Functional characterisation of RPW8: a broad spectrum resistance gene from Arabidopsis. 10th International Congress on Molecular Plant Interaction, Wisconsin 2, USA, 10-14 July. B2. Xiao, S.Y., Calis, O., Patick, E., Brown, S. B., Charoenwattana, P., Ratanasut, K., Jaggard, D., Coleman, M., Turner,, J. G. (2001). RPW8, a novel resistance gene locus of
Arabidopsis: Its evolution, signalling, and potential inter-generic utilization. 10th International Congress on Molecular Plant Interaction, Wisconsin 2, USA, 10-14 July. B3. Calis, O., Xiao, S. Y. and Turner, J. G. (2000). Characterisation of RPW8-mediated resistance in Arabidopsis thaliana 6 th International Congress of Plant Molecular Biology, Quebec, Canada, June 18-24. B4. Xiao, S. Y., Ellwood, S., Calis, O., Patrick, E. Li, T., Jaggard, D., Beckett, P., Oliver, R. P, Coleman, M. and Turner, J. G. (2000). Arabidopsis mildew resistance BSPP Presidential Meeting 2000 Plant-pathogen interactions: understanding mechanisms of resistance and pathogenicity for disease control. Wye College, London, England 18-20 December B5 Xiao, S.Y., Ellwood, S., Calis, O., Coleman, M. J., Oliver, R. P., Turner, J. G. (1999). Characterisation of RPW8: A major gene conferring resistance in Arabidopsis to four species of Erysiphe. Molecular Plant-Microbe Interactions 9th International Congress. Amsterdam July 25-30 1999 D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : D1. Çalış, Ö., Sayğı, S., Çelik, D., Bayan, Y. (2013). Domates bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına dayanıklılık ve ters genetik. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 26:5-10. D2. Çalış, Ö., Çekiç, Ç., (2013).Yabani Çilek Genotiplerinde Külleme Hastalık Etmenine Dayanıklılığın Karakterizasyonu. Tarım Bilimleri Araştırma Dergisi 6:146-150. D3. Çalış, Ö., Yazar, Ç. (2011) Fare Kulağı Teresi, Arabidopsis thaliana'da Konukçu Dışı Dayanıklılığın Erken Yanıklık Hastalık Etmeni Alterneria solani'nin Kontrolü İçin Araştırılması. Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 28:179-186. D4. Çalış, Ö. (2011). Bitki Dayanıklılık Genleri ve Proteinleri. Türk Bilimsel Derlemeler Dergisi 4:1-9. D5. Çalış, Ö. ve Çelik, D. (2011). Bakteriyel Benek Hastalık Etmenine (Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000) Karşı Kültür Domateslerinde Hassas ve Dayanıklı Hatların Belirlenmesi. Biyoloji Bilimleri Araştırma Dergisi 4:7-11. D6. Calis, O. (2010). Molecular analysis of GMOs using real-time PCR and importance of these analyses for Turkish Biosafety Regulations. Turkish Journal of Scientific Reviews. 3:81-94. D7. Çalış. Ö. (2004). A novel broad spectrum resistance gene (RPW8) controls powdery mildews. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 17: 9-17. E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler:
E1. Çalış,Ö., Karakaş, H., Özdemir, F., Karabulut, D. (2014). Bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına dayanıklı domates genotiplerinde haritalama çalışmaları. 10. Sebze Tarımı Sempozyumu, 2-4 Eylül, Tekirdağ. E2. Çalış, Ö., Karabulut, D. (2014). Bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) dayanıklı domateslerde dayanıklılığın karakterizasyonu. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, 212, 3-5 Şubat, Antalya. E3. Çalış, Ö., Atalay, E., Çam, H., Kasap, A. (2014). Bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) hassas ve dayanıklı domateslerde ürün kaybının dijital teknolojiyle belirlenmesi. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, 214, 3-5 Şubat, Antalya. E4. Çalış, Ö., Soylu, S., Çekiç, Ç., Karabulut, D. (2014). Yabani ve kültür çileklerinde hastalık yapan külleme etmeninin (Podosphaera aphanis var. aphanis) klasik ve moleküler yöntemlerle tanılanması. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, 232, 3-5 Şubat, Antalya. E5. Çalış, Ö., Yanar, Y., Kara, M., Kara, S., Karabulut, D.(2014). Kiraz ve vişne gibi sert çekirdekli meyve ağaçlarında kurumalara neden olan hastalıkların belirlenmesi. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, 234, 3-5 Şubat, Antalya. E6. Çalış, Ö., Yanar, Y., Kara, S., Kara, M., Karabulut, D., Belgüzar, S. (2013). Kiraz ve vişne ağaçlarında kurumalara neden olan hastalıkların belirlenmesi. Ulusal Tarım Kongresi, 26-29 Ekim, Antalya. E7. Çalış, Ö., Sayğı, S., Çelik, D., Karabulut, D., Kara, M. Karakaş, H. (2013). Bakteriyel kanser hastalığına genetik olarak farklı mutasyonlara sahip dayanıklı domatesler. Türkiye V. Organik Tarım Sempozyumu, 25-27 Eylül, Samsun. E8. Özgen, M., Çekiç, Ç., Saraçoğlu, O., Gündüz, K., Çalış, Ö., Yıldız, K., İslam, A., Kalkışım, Ö., Macit, İ. (2012). Yabani ve kültür böğürtlenlerinin (Rubus fructicosus L.) fitokimyasal içeriklerinin karşılaştırılması. 3-5 Ekim, Antalya, 52. E9. Kara, S., Çalış, Ö., Çekiç, Ç. (2012). Orta Ve Doğu Karadeniz Bölgelerinden Toplanan Ahududu Ve Böğürtlen Genotiplerinin Armut Ateş Yanıklığı (Erwinia amylovora) Hastalığına Olan Reaksiyonlarının Belirlenmesi. IV. Ulusal Üzümsü Meyveler Sempozyumu, 3-5 Ekim, Antalya, E10. Çalış, Ö., Çekiç, Ç. (2012). Yabani Çilek Genotiplerinde Külleme Hastalık Etmenine Dayanıklılığın Karakterizasyonu. Tarım Sempozyumu, 20-23 Nisan, Çankırı. E11. Çalış, Ö., Bayan Y. (2011). Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis Subsp. michiganensis)'na Dayanıklı Ve Hassas Bitkilerdeki Fenolik Maddelerin Belirlenmesi Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran, Kahramanmaraş. E12. Çalış,Ö., Çelik, D. (2011). Domates Bakteriyel Kanser Hastalığı (Clavibacter michiganensis Subp. michiganensis)'na Karşı Dayanıklı Domates Bitkilerinde Genetik Kalıtımın Belirlenmesi. Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran, Kahramanmaraş. E13. Çalış, Ö., Çam, H., Gökçe, A. (2011). Badem İçkurdu ve Beyaz Sineğin Moleküler Tanısı Üzerine Çalışmalar. Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran, Kahramanmaraş.
E14. Çalış, Ö., Çelik, D., Sayğı, S. (2011). Tokat Domates Üretim Alanlarında Tohum ve Fide Kaynaklı Bakteriyel Kanser Hastalığının Durumu. Türkiye IV Tohumculuk Kongresi 14-17 Haziran, Samsun. E15. Çalış, Ö., Sayğı, S. (2010). Domates Bakteriyel Kanser Hastalığına (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) Dayanıklılığın Moleküler Temeli. I. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, 26-29 Ekim, Antalya. E16. Çalış, Ö., Çelik, D.(2010). Bakteriyel Benek Hastalık Etmenine (Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000) Karşı Kültür Domateslerinde Dayanıklılığın Belirlenmesi I. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, 26-29 Ekim, Antalya. E17. Çekiç, Ç., Özgen, M., Çalış, Ö., Yıldız, K., İslam, A., Kalkışım, Ö., Macit, İ. (2009). Orta ve Doğu Karadeniz Bölgesinden Toplanan Yabani Böğürtlen Genotiplerinin Bazı Pomolojik ve Kimyasal Özelliklerinin Belirlenmesi. III. Ulusal Üzümsü Meyveler Sempozyumu, 10-14 Haziran, Kahramanmaraş. E18. Çalış, Ö., Topkaya, Ş. (2008). Domateste Erken Yanıklık Hastalığına Karşı Dayanıklılık Genlerinin Belirlenmesi. VII. Sebze Tarımı Sempozyumu, 26-29 Ağustos, Yalova. E19. Çalış, Ö., Çekiç, Ç., Topkaya, Ş. (2006). Hastalıklara Dayanıklılık Kaynağı Olarak Yabani Çilek. II. Ulusal Üzümsü Meyveler Sempozyumu s. 378-381, 14-16 Eylül, Tokat. E20. Çekiç, Ç., Çalış, Ö. (2006). Tokat Florasında Doğal Olarak Yetişen Yabani Çilek Tipleri Arasındaki Varyasyonun Moleküler Belirteçlerle Belirlenmesi. II. Ulusal Üzümsü Meyveler Sempozyumu s. 112-115, 14-16 Eylül, Tokat. E21. Çalış, Ö. (2005). Domateste Erken Yanıklık (Alternaria solani) Hastalığına Karşı Dayanıklılık Genlerinin Bulunması ve Dayanıklı Tohum Üretimi. Türkiye II. Tohumculuk Kongresi, 9-11 Kasım, Adana. E22. Çalış, Ö, Çekiç, Ç., Güneş, M. (2003) Bazı Yabancı Çilek Çeşitlerinin Botrytis cinerea (Kurşuni Küf) Hastalığına Karşı Dayanıklılıklarının Belirlenmesi Üzerine Bir Araştırma. Ulusal Kivi ve Üzümsü Meyveler Sempozyumu, s. 277-282, 23-25 Ekim, Ordu. E23. Çekiç, Ç. Çalış, Ö., Güneş, M., Gerçekçioğlu, R. (2003) Bazı Malç Materyallerinin Çilekte Hasat Sonrası Görülen Mantari Hastalıkların Önlenmesi Üzerine Etkisi. Ulusal Kivi ve Üzümsü Meyveler Sempozyumu, s. 221-225, 23-25 Ekim, Ordu. F. Diğer yayınlar : Yüksek Lisans Tez Özeti (İngilizce): Mapping of resistance to the Ascochyta complex pathogens of Pisum sativum L. Three fungal pathogens Phoma medicaginis var. pinodella Jones, Mycosphaerella pinodes Berk & Blox and Ascochyta pisi Lib. cause the Ascochyta complex disease of pea (Pisum sativum). When leaves or stems of four different lines of P. sativum were inoculated with the fungal pathogens, reactions could be distinguished as resistance or susceptibility. Resistant parents produced limited lesions resembling a hypersensitive reaction, but susceptible lines produced brown-black spreading lesions. A fairly clear distinction was observed between JI 15 (resistant) and JI 399 (susceptible) parents. Recombinant inbred
lines (RILs) were created by single seed descent from these lines. The RILs were used to identify resistance gene(s) with two point multiple linkage analysis program. Linkage analysis of stem assays showed that resistance to P. medicaginis var. pinodella was determined by a single resistance gene. This, the Rpm17 gene was linked with an AFLP marker 7B/2- on the VII. chromosome linkage group. When the RILs were tested with two isolates (Mp-1, Mp-3) of M. pinodes, genetic analysis showed that resistance to Mp-1 was identified as monogenic. However, when analyzed with the linkage program, the gene did not give any linkage with available molecular markers. Genetic analysis also showed that more than one gene controls the resistance mechanism to the Mp-3 isolate, pathogenicity test results on the RILs were analyzed with a linkage program and the Rmp3 gene was found to be linked with the AFLP marker 7A/5- on the chromosome III. Linkage group. Finally, pathogenicty tests of RILs were used for three isolates (Bp-1, Bp-2, and Bp-3) of A. pisi. According to the pathogenicity test results of Bp-1, the ratio differed from 1 resistant : 1 susceptible. Genetical analysis showed that more than one resistance gene controls the resistance mechanism. The characterized gene cannot be analyzed with the two point multiple linkage program. Pathogenicity test results of Bp-2 indicated that only one resistance gene controls the resistance mechanism, but linkage analysis did not show linkage with molecular markers. Results of the Bp-3 leaf assays showed that there is only single resistance gene controlling resistance to the pathogen, the results were analyzed with the linkage program and the nominated BP3 gene was linked with the terminal AFLP marker Tps1/11- at the chromosome III linkage group. Yüksek Lisans Tez Özeti (Türkçe): Bezelye'de (Pisum sativum) 'Ascochyta kompleks' patojenlerine dayanıklılığın haritalanması Bezelye'de (Pisum sativum) üç fungal patojen Phoma medicaginis var. pinodella Jones, Mycosphaerella pinodes Berk & Blox and Ascochyta pisi Lib. 'Ascochyta kompleks' adı verilen hastalıkları oluşturmaktadır. Dört farklı Pisum sativum bitkisinin yaprakları ve gövdeleri bu fungal hastalık patojenleri ile inokule edildiğinde dayanıklı ve hassas reaksiyon gösteren bitkiler ayırt edilebilir. Dayanıklı ebeveynler hipersensitif reaksiyona benzeyen sınırlı lezyonlar oluştururken hassas hatlar kahverengi-siyah renkte giderek yayılan lezyonlar oluşturmaktadırlar. Dayanıklı (JI 15) ve hassas (JI 399) ebeveynler arasında fenotipik ayrım kolayca yapılabilmektedir. Bu iki ebeveynden oluşturulan Rekombinant Inbred hatlar (RILs) tek bir tohumun her bir jenerasyonda seçilmesiyle oluşturulmuştur. Oluşturulan RILs bitkileri dayanıklılık gen(ler)ini bulabilmek için iki noktalı multiple linkage analysis programında analiz edilmiştir. Gövde üzerinde yapılan patojenisite testlerinin linkage analiz programındaki sonuçlarına göre bir genin P. medicaginis var. pinodella hastalık etmenine karşı dayanıklılığı sağladığı bulunmuştur. Bu Rpm17 adı verilen dayanıklılık geni VII. kromozom üzerinde bulunan 7B/2 AFLP markörü ile eşleşmiştir. RILs bitkilerinin M. pinodes fungal etmenin iki izolatı (Mp-1, Mp-3) ile testlenmesi sonucunda genetik analizler Mp-1 izolatına karşı monogenik bir geni göstermiştir. Fakat, linkage analiz programı bu genin eşleştiği uygun bir moleküler markörü bulamamıştır. Genetik analizler Mp-3 izolatına karşı birden fazla genin dayanıklılığı kontrol ettiğini ortaya koymuştur. RILs bitkileri ile yapılan patojenisite test sonuçlarının linkage programında analizleri, Rmp3 genin III. kromozom üzerinde bulunan 7A/5- AFLP markörü ile eşleştiğini ortaya koymuştur. Son olarak, RILs bitkileri üç A. pisi izolatı (Bp-1, Bp-2 ve Bp-3) ile patojenisite testlerine tabi tutulmuşlardır. Patojenisite testlerinde Bp-1 izolatına karşı RILs bitkileri 1 dayanıklı: 1 hassas oranından farklı bir oran göstermiş olup genetik analizler birden fazla genin dayanıklılığı kontrol ettiğini ortaya koymuştur. Burada karakterize edilen dayanıklılık geni mevcut iki noktalı multiple linkage analysis programında analiz
edilememektedir. Bp-2 izolatı ile yapılan patojenisite test sonuçları bir dayanıklılık genin dayanıklılık mekanizmasını kontrol ettiğini göstermektedir. Fakat linkage programı bu dayanıklılık geninin moleküler markörler ile eşleştirememiştir. Bp-3 izolatı ile yapılan yaprak testleri sonucunda bu hastalık patojenine karşı bir genin dayanıklılığı kontrol ettiği bulunmuştur. Linkage programı ile yapılan analizler sonucunda BP3 adı verilen genin III. kromozomun uç kısmı üzerinde Tps1/11- AFLP markörü ile eşleştiği bulunmuştur. Doktora Tez Özeti (İngilizce): Characterisation of RPW8-mediated resistance to powdery mildews of Arabidopsis thaliana The RESISTANCE TO POWDERY MILDEW 8 gene (RPW8) is a novel type of R-gene from Arabidopsis thaliana ecotype Ms-0, which encodes a small, probable membrane associated protein with a possible coiled-coil domain (Xiao et al., 2001). The predicted RPW8 protein is therefore completely different from the products of other R-genes. This raises the question whether RPW8-mediated resistance is different from that regulated by other R-genes. The research described here contributes addresses this question by characterisation of the RPW8 phenotype. Plant disease resistance (R) genes govern the recognition of specific pathogens and activate subsequent defense responses. The recently cloned RPW8 gene controls resistance to powdery mildew pathogens. To characterise RPW8 specificity, a range of pathogens was examined for virulence on A. thaliana Col-0 containing the RPW8 transgene. All the tested Erysiphe pathogens were avirulent on the RPW8 resistant plants showing the RPW8 gene was a broad-spectrum powdery mildew resistance gene. The RPW8 transgenic plants were susceptible to other pathogens tested, including downy mildew fungus Peronospora paratica Noco2, bacterial pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato, and viral pathogen Cauliflower mosaic virus. To establish the genetic variation in virulence toward A. thaliana of the powdery mildew isolates/species tested, they were also screened for virulence on a range of ecotypes of this plant. These tests revealed that there was a possible gene-for-gene interaction between Arabidopsis accessions and powdery mildew races. The resistance conferred by RPW8 gene was associated with a hypersensitive response (HR). This was characterised by timing of hydrogen peroxide (H 2 O 2 ) accumulation in plant epidermal cells penetrated by the pathogen. The powdery mildew attacked cells accumulated H 2 O 2 producing rapid cell death. The RPW8 resistance mechanism was also associated with accumulation of transcript for pathogenesis-related proteins PR-1, PR-2 and PR-5. The induction of PR genes was significantly increased from 2 day post inoculation (DPI) to 5 DPI. The accumulation of the PR proteins was an important step to characterise the RPW8-mediated resistance. To test whether RPW8 uses similar defence signal cascade to that used by other R-genes, previously isolated mutations were introduced by crossing into RPW8 plants. The plants, homozygous for both RPW8 transgene and mutation, were inoculated in pathogenicity tests showing that the RPW8 gene required absolutely EDS1, PAD4, EDS5 genes through a salicylic acid dependent signalling pathway and partial NPR1 gene function for powdery mildew resistance. Absence of these components in RPW8-mediated mechanism resulted in susceptibility. RPW8 did not require NDR1 or PBS3 genes or the jasmonic acid signalling pathway for resistance. The results revealed that the RPW8 induced resistance through a signal pathway similar to that used by TIR-NBS-LRR R genes. To identify other required genes for RPW8 resistance, RPW8 seeds were mutagenised with EMS and screened for mutants susceptible to E. cichoracearum UCSC1. The screening identified 14 candidate mutants in 5 complementation groups. One of the mutants, P8-1 was mapped on chromosome 3 with nga6 SSLP marker. Further complementation tests revealed that the mapped mutant was an allele of PAD4.
Doktora Tez Özeti (Türkçe): Arabidopsis thaliana bitkisinde külleme hastalığına dayanıklılığı sağlayan RPW8 genin karakterizasyonu KÜLLEME 8 DAYANIKLILIK geni (RPW8) yeni bir tip dayanıklılık (R) geni olup Arabidopsis thaliana Ms-0 ekotipinde bulunmuştur. Bu RPW8 geni küçük, membrana bağlı bir coiled-coil bölgesi içeren protein yapısı kodlamaktadır (Xiao ve ark., 2001). Tahmin edilen RPW8 proteini diğer R genlerinin kodladıkları protein ürünlerinden tamamen farklı oluğu anlaşılmaktadır. Bu ise RPW8 genin sağladığı dayanıklılığın diğer R genlerinin oluşturduğu dayanıklılıktan farkını ortaya koyma zorunluluğunu ortaya çıkarmaktadır. Bu araştırma RPW8 fenotipinin karakterizasyonunu ve yukarıda çıkan soruları cevaplamak için gerçekleştirilmiştir. Bitki hastalıklarına dayanıklılık (R) genleri spesifik olarak patojenleri tanımlamakta olup bunlara karşı uygun savunma cevapları oluşturmaktadırlar. Yeni klonlanan RPW8 geni külleme hastalığı etmenlerine karşı dayanıklılığı kontrol etmektedir. RPW8 genini karakterize etmek için virulent külleme etmenleri RPW8 transgeni içeren Col-0 ekotipleri üzerinde test edilmişlerdir. Test edilen tüm avirulent Erysiphe patojenleri RPW8 geni içeren bitkiler üzerinde hastalık oluşturmamakta ve RPW8 dayanıklılık geni genişspektrumlu olarak külleme hastalıklarına dayanıklılık sağlamaktadır. RPW8 transgenik bitkiler diğer patojenlere karşı hassaslık göstermektedir. RPW8 transgenik bitkilerin hassas olduğu patojenlere mildiyö hastalık etmeni fungal Peronospora paratica Noco2, bakteriyel etmen Pseudomonas syringae pv. tomato ve viral etmen cauliflower mosaic virus sayılabilir. Genetik olarak varyasyonu ortaya koyabilmek için A. thaliana bitkileri ile külleme hastalık etmeni tür/izolatları test edilmiş olup ecotipler üzerinde virulent olan küllemeler araştırılmıştır. Bu testler Arabidopsis bitkileri ile külleme hastalık ırkları arasındaki mümkün olan gen-için-gen ilişkilerini ortaya koymuştur. RPW8 geninin kontrol ettiği dayanıklılık hipersensitif response (HR) ile birlikte bulunmuştur. Bu durum patojenin epidermal hücrelere penetrasyonu ile aynı zamanda bu hücrelerde hidrojen peroksit (H 2 O 2 ) oluşumunun gerçekleşmesiyle karakterize edilmiştir. Külleme etmenin saldırdığı hücrelerde oluşan H 2 O 2 hücrelerin aniden ölmesinen neden olmuştur. RPW8 dayanıklılık mekanizması aynı zamanda patojene özelleşmiş proteinlerin (pathogenesis-related (PR) proteins), PR-1, PR-2 ve PR-5 miktarlarının artmasına neden olmaktadır. Nitekim PR genlerinin oluşturdukları protein miktarlarında inokulasyondan 2 gün sonra (DPI) ile 5 DPI sonrasında çok büyük miktarda artış bulunmuştur. Bu PR proteinlerinin miktarındaki artış, RPW8 geni tarafından kontrol edilen dayanıklılık mekanizmasının aydınlatılmasında önemli bir basamaktır. RPW8 genin diğer R genleri tarafından kontrol edilen benzer savunma mekanizmalarının izlemiş olduğu sinyal yolunu ortaya çıkarabilmek için daha önce izole edilen mutantlar RPW8 geni içeren bitkilerle melezlenmiştir. Oluşturulan bu bitkiler, hem RPW8 trasgenini içermekte hem de mutasyonu homozigot olarak taşımaktadırlar. Bu bitkilerde yapılan patojenisite testleri, RPW8 genin EDS1, PAD4, EDS5 genleri ve salisilik aside bağlı bir sinyal yolunu izlediği ve NPR1 genini kısmen ihtiyaç duyarak külleme hastalığına karşı dayanıklılığı sağladığı ortaya konmuştur. Bu genlerin RPW8 geni içerisinde bulunmadığı durumlarda bitkilerde hastalık görülmüştür. RPW8 geni NDR1 yada PBS3 genlerini yada jasmonik asidi dayanıklılık mekanizmasının oluşturulmasında ihtiyaç duymamaktadır. Bu sonuçlar RPW8 genin TIR-NBS-LRR dayanıklılık genlerinin izlemiş olduğu bir sinyal yolunu takip ettiğini göstermektedir. RPW8 genin dayanıklılık mekanizmasında ihtiyaç duyduğu diğer genleri ortaya çıkarabilmek için RPW8 geni içeren tohumlar EMS ile mutasyona uğratılarak E. cichoracearum UCSC1 patojenine hassas olan mutantlar taranmıştır. Taramalar sonucunda 14 hassas bitki adayı 5 farklı grup içinde toplanmıştır. Bu mutantlar içinden seçilen P8-1 mutantı 3. kromozom üzerinde olan nga6 SSLP markörü ile yeri haritalanmıştır. Yapılan detaylı araştırmalar bu mutantın PAD4 genin bir alleli olduğunu ortaya koymuştur.