PROF. DR. HAKAN BERMEK

ÖZGEÇMİŞ PROF. DR. HAKAN BERMEK İstanbul Teknik Üniversitesi - Fen- Ebebiyat Fakültesi - Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tel : (212) 285 7301 Fax : (212) 285 72 54 E- mail: bermek@itu.edu.tr www.bio.itu.edu.tr/bermek EĞİTİM Doktora, Biochemistry and Molecular Biology, Center for Biological Resources Recovery, Department of Biochemistry and Molecular Biology, The University of Georgia, Mayıs 1999 Yüksek lisans, Biochemistry and Molecular Biology, Department of Biochemistry and Molecular Biology, The University of Georgia, Temmuz 1995 Lisans, İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Haziran 1990 İŞ DENEYİMİ Prof.Dr. İstanbul Teknik Universitesi, Fen- Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 2012- Doç.Dr. İstanbul Teknik Universitesi, Fen- Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 2005- Part time öğretim üyesi. Yeditepe Üniversitesi, 2011. Part time öğretim üyesi. Özyeğin Üniversitesi, 2011. Konuk öğretim üyesi. Department of Material Science and Engineering, University of Washington, Seattle, USA Temmuz- Ağustos 2005. Konuk öğretim üyesi. Department of Material Science and Engineering, University of Washington, Seattle, USA Ağustos- Eylül 2003. Yard.Doç.Dr. İstanbul Teknik Universitesi, Fen- Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 2000-2005 Araştırma ve Öğretim Görevlisi. Center for Biological Resources Recovery, Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Georgia. 1996-1999. Araştırma Görevlisi. Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Georgia. 1994-1995. İTÜ de üstlenilmiş ve devam eden görevler İTÜ de Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünün kurulması ve geliştirilmesinde aktif görev. İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü başkan yardımcısı 2010- İTÜ Kültür ve Sanat Birliği yönetim kurulu üyesi 2009- İTÜ Beden Eğitimi Bölümü başkan yardımcısı 2009-2010 İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü başkan yardımcısı 2003-2007 İTÜ Moleküler Biyoloji- Biyoteknoloji & Genetik Araştırma Merkezi Yönetim kurulu üyesi 2004- DPT Mühendislikte ileri teknolojiler yüksek lisans ve doktora programı yardımcı yürütücüsü 2003- İTÜ Doğa tarihi eğitim ve araştırma merkezi yönetim kurulu uyesi 2003- Bölüm WEB sorumlusu 1999-2008 Fakülte nakil ve intibak komisyonu üyesi 2008-2009 Fakülte Yönetim kurulu üyesi 2003-2006 Bölüm Erasmus- Sokrates öğrenci değişim programları sorumlusu 2003-2006 Avrupa Kredi Transfer Projesi bölüm koordinatörü 2000-2006 Üniversite afet yönetim komisyonu üyesi 2001-2003 Fakülte Çift Anadal Programı komisyon üyesi ve bölüm sorumlusu 2000-2002 Fakülte tanıtım sorumlusu 1999-2002

UZMANLIK ALANI Biyokimya, biyoteknoloji ve hücre biyolojisinde uzman ve deneyimli. Özel alanlar : Mikrobal yakıt hücreleri Hayvan hücre kültürleri, biyouyumluluk Küf mantarları - enzim saflaştırılması ve karakterizasyonu UV- visible spektrofotometrisi, kromatografi ve elektroforez metodları SPR refraktometresi ve protein- inorganik madde interaksiyonlarının incelenmesi HALEN AKTİF OLAN VEYA TAMAMLANMIŞ ARAŞTIRMA PROJELERİ Yürütücü, Mikrobiyal yakıt hücrelerinde farklı atık suların arıtımı esnasında mikrobiyal kompozisyonun analizi ve enerji verimi. İTÜ- BAP projesi, 2011-, 30000 TL. Yürütücü, Kordon Kanı Mezenkimal Hücrelerinden Damar Mühendisliğinde Kullanılabilmek üzere Damar Cidarı Hücre Farklılaşması. TÜBİTAK hızlı destek projesi. 2010-2011, 25000 TL. Araştırmacı, Amonyağı oksitleyen arke lerin atıksu arıtımındaki rolünün moleküler tekniklerle belirlenmesi. TUBİTAK Projesi. 2008-2011, 355000 YTL. Araştırmacı, Development and characterization of new biocatalysts by rational and random mutagenesis of laccases from different sources. Tubitak projesi, 2007-2010, 250000. Araştırmacı, Novel Sustainable bioprocesses for the European colour industries. 6. Çerçeve Avrupa Birliği Integrated Project, SME- IP. 2004-146000 Euro Araştırmacı, Anoksik deniz sedimentlerinin mikrobiyal kompozisyonunun ve anaerobik petrol degradasyonu kapasitelerinin belirlenmesi. TUBİTAK projesi. 2006- Araştırmacı, Çamur yaşının nitrifikasyon sistemlerindeki bakteriyel çeşitliliğe ve arıtma sistemi stabilitesine etkisi, (Determination of the effect of sludge age on nitrifying bacterial population dynamics and treatment systems stability) İTÜ Araştırma fonu projesi, 2007-2009, 50000 TL. Danışman, Muhtelif sanayii kollarında kullanılan Asit Sellulaz, alfa amilaz ve katalaz enzimlerinin bakeriyal ve fungal orijinli Bacillus subtilis, Bacillus amiloliquafaciens, Aspergillus oryzae vb. ve bunlara ait alt kültürlerinde sınai ölçek ve verimililikte elde edilme yöntemlerinin araştırılması ve bunların tekstil sanayiine uygulanması. KOSGEB projesi 2002-2004, 42000 USD Araştırmacı, Biyobenzetim Yolu ile Nanoteknolojik Fonksiyonel Malzeme Üretimi, DPT projesi. 2004-2006 445000 YTL. Araştırmacı, Sülfatlı atık suların anaerobik arıtımında etkin olan mikrobiyal türlerin FISH yöntemiyle tanımlanması ve biyogaz üretiminin optimizasyonu. İTÜ Araştırma fonu projesi, 2004-2006, 63000 YTL. Araştırmacı, Fungal Enzymes on the Production of Whitelined Chipboard: Technological and Economical Implications, Eureka Projesi (E! 2484) 2000-2004, 34500 USD. Araştırmacı, Production of swainsonine by immobilized cultures of Metarhizium anisopliae, İTÜ Araştırma fonu projesi, 2001-2004, 12000 TL. Yürütücü, Yeni izole edilmiş bir küf mantarının enzimatik analizi ve karakterizasyonu, İTÜ Araştırma Fonu Projesi, 2001-2003, 9.000 TL İTÜ Malzeme Mühendisliği, Kimya Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Çevre Mühendisliği İÜ Orman Fakültesi AKTİF KOLLABORASYONLAR

University of Washington Material Science and Engineering Oregon State University Wood Science and Engineering HAKEMLİKLER Uluslararası dergi hakemlikleri : Annals of Microbiology Journal of Chemical Technology and biotechnology International biodeterioration and biodegradation Enzyme and Microbial Technology Archives of Microbiology Uluslararası bilimsel araştırma projeleri hakemlikleri : Academy of Finland Russian foundation for Basic Research Biosciences, particularly modeling of biological processes and bioinformatics YAYINLAR 1. Kumru, M., Eren, H., Catal, T., Akarsubaşı, A.T., Bermek, H. (2012) Study of Azo Dye Decolorization and Determination of Cathode Microorganism Profile in Air- Cathode Microbial Fuel Cells. Environmental Technology. 2. Cimenoglu, H., Meydanoglu, O., Baydogan, M., Bermek, H., Huner, P. Kayali, E.S. (2011) Surface Characterization of Thermally Oxidized Ti6Al7Nb Alloy. Metals and Materials International. 17(5):765-770. 3. Catal, T., Fan, Y., Li, K., Bermek, H., Liu, H. (2011) Utilization of Mixed Monosaccharides for Power generation in Microbial Fuel Cells. Journal of chemical technology and biotechnology, 86:570-574. 4. Cil, I., Bermek, H., Atik, C. (2010) Impact of Xylanase Pretreatment on Peroxide Bleaching Stage of Hemp Pulp. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 36(7), 860-862. 5. Catal, T., Bermek, H., Li, K., Liu, H. (2009) Mikrobiyal yakit hucrelerinde disakkaritlerden elektrik uretimi. ITU dergisi/c. 7(1), 123-131. 6. Catal, T., Bermek, H. and Liu, H. (2009) Removal of Selenite from Wastewater Using Microbial Fuel Cells. Biotechnology letters, 31, 1211-1216. 7. Donatan. S., Yazıcı, H., Bermek, H., Sarıkaya, M., Tamerler, C., Ürgen, M. (2009) Physical Elution in Phage Display Selection of Inorganic Binding Peptides, Materials Science and Engineering C., 29:14-19. 8. Liu, H., Yazici, H., Ergun, C., Webster, T.J., Bermek, H. (2008) An in vitro evaluation of the Ca/P ratio for the cytocompatibility of nano- to- micron particulate calcium phosphates for bone regeneration. Acta Biomaterialia, 4, 1472-1479. 9. Catal, T., Xu, S., Li, K., Bermek, H., Liu, H. (2008) Electricity generation from polyalcohols in single- chamber microbial fuel cells. Biosensors and Bioelectronics, 24, 849-854. 10. Catal, T., Fan, Y., Li, K, Bermek, H., Liu, H. (2008) Effects of Furan derivatives and Phenolic Compounds from Lignocellulose Hydrolysates on Electricity Generation in Microbial Fuel Cells. J. Power Sources, 180, 162-166. 11. Seker, U.O.S., Catal, T., Taptık, Y., Tamerler, C., Bermek, H. (2008) Enhanced production of manganese peroxidase by the white rot fungus Bjerkandera adusta using media engineering. Biotech. Biotechnological eq, 22(3), 844-848. 12. Arslan, E., Igdil, C.M., Yazıcı H., Tamerler, C., Bermek, H., Trabzon, L. (2008) Mechanical properties and biocompatibility of plasma- nitrided laser- cut 316L cardiovascular stents. J Mater Sci: Mater Med, 19:2079-2086. 13. Catal T., Li, K., Bermek, H., Liu, H. (2008) Electricity Production from Twelve Monosaccharides Using Microbial Fuel Cells. J. Power Sources. 175, 196-200. 14. Catal T., Liu, H., Bermek, H. Selenium Induces Manganese- dependent Peroxidase Production by the White- rot Fungus Bjerkandera adusta (Willdenow) P. Karsten. Biol. Trace. Elem. Res. 123:211-217 (2008). 15. Atik, C., İmamoğlu, S., Bermek, H. (2006) Impact of xylanase pre- treatment on peroxide bleaching stage of biokraft pulp. Int. Biodet. Biodegradation, 58, 22-26. 16. Yeşiladalı, S.K., Pekin, G., Bermek, H., Arslan- Alaton, İ., Orhon, D., Tamerler, C. (2006) Bioremediation of textile

azo dyes by Trichophyton rubrum LSK- 27 World Journal of Microbiology & Biotechnology, 22:1027-1031. 17. Bermek. H, Gülseren, I., Li, K., Jung, H. and Tamerler, C. (2004) The effect of fungal morphology on ligninolytic enzyme production by a recently isolated wood- degrading fungus Trichophyton rubrum LSK- 27. World Journal of Microbiology and Biotechnology, 20, 345-349. 18. Bermek. H, Yazıcı, H., Öztürk, M.H., Tamerler, C., Jung, H., Li, K., Brown, K.M., Ding, H., Xu, F. (2004) Purification and characterization of a manganese peroxidase from wood- degrading fungus Trichophyton rubrum LSK- 27. Enzyme and Microbial Technology, 35(1), 87-92. 19. Kara, S., Tamerler, C., Bermek, H., Pekcan, O. (2003) Hysteresis during sol- gel and gel- sol phase transitions of k- carrageenan : a photon transmission study. Journal of Bioactive and Compatible Polymers, 18(1), 33-45. 20. Kara, S., Tamerler, C., Bermek, H., Pekcan, O. (2003) Cation effects on sol- gel and gel- sol phase transitions of k- carrageenan water system. International Journal of Biological Macromolecules, 31, 177-185. 21. Bermek, H., Li, K. and Eriksson, K- E.L. Studies on mediators to increase the effect of manganese peroxidase in pulp bleaching. (2002) Biores. Technol., 85(3): 249-252. 22. Bermek, H., Li, K. and Eriksson, K- E.L. Pulp bleaching by manganese peroxidase and xylanase : A synergistic effect. TAPPI J. (2000) 83(10), 69. 23. Bermek, H., Li, K. and Eriksson, K- E. L. (1998) Laccase- less mutants of the white- rot fungus Pycnoporus cinnabarinus cannot delignify kraft pulp. J. Biotechnol. 66:117-124. 24. Bermek, H., Peng, K.C., Angelova, K., Ergul, A. and Puett, J.D. (1996) Endothelin degradation by vascular smooth muscle cells. Regulatory peptides. 66:155-162. KİTAP BÖLÜMLERİ 1. Eriksson, K- E. L., Bermek, H. Lignin, lignocellulose, ligninases. Encyclopedia of Microbiology Third Edition. (Moselio Schaechter, Editor), pp. 373- [384] Oxford: Elsevier, 2009. 2. Bermek, H., Li, K. and Eriksson, K- E. L. (2002) Studies on inactivation and stabilization of manganese peroxidase from Trametes versicolor. Biotechnology in the pulp and paper industry; 8 th ICBPPI Meeting, Progress in Biotechnology Vol. 21 Elsevier Science. Editors: L. Viikari, R. Lantto. 141-149. TAM METiNLi BiLDiRiLER 1. Li, K., Bermek, H. and Eriksson, K- E. L. (1997) A New Technique for Screening of Laccase- Mediators. TAPPI 1997 Biological Sciences Symposium, 349-353. 2. Bermek, H., Li, K. and Eriksson, K- E. L. (2001) Studies on inactivation and stabilization of manganese peroxidase from Trametes versicolor. 8 th International Conference of Biotechnology in the Pulp and Paper Industry, Helsinki, Finland, pp131-133. KONGRE ÖZETLERİ 1. Millana, E., Kumru, M., Akarsubasi, A.T., Bermek, H. Importance of cathode biofilm in textile dye degradation in microbial fuel cells. Abstract book P49. The international conference on enzyme science and technology, October- November 2011, Izmir, Turkey. 2. Ulutas, M.S., Kumru, M., Kurt, H., Bermek, H., Akarsubasi, A.T. Characterization of microbial communities in olive oil wastewater degrading microbial fuel cells. Abstract book P113. The international conference on enzyme science and technology, October- November 2011, Izmir, Turkey.

3. Eren, H., Kumru, M., Catal, T., Akarsubasi, A. T., Bermek, H. Azo dye decolorization and its effect on electricity generation in single- chamber air- cathode microbial fuel cells. (Oral). Pacifichem, 2010. Honolulu, Hawaii. 4. Kumru, M., Eren, H., Catal, T., Bermek, H, Akarsubasi, A. T. Characterization of microbial community of cathode biofilm in single chamber air- cathode microbial fuel cells degrading textile dyes. ISME- 13, 2010, Seattle, USA, P.34. 5. Catal T, Bermek H, Liu H, Simultaneous electricity generation and selenium removal from wastewater using mediator- less microbial fuel cells. The 2nd Microbial Fuel Cell Conference, 10-12 June 2009, P- D- 3, Gwangju, S. Korea. 6. Isiksacan, C., Gunyuz, M., Bermek, H., Huner, P., Baydogan, M., Kayali, E., Cimenoglu H. Micro- arc oxidization of a commercial purity Titanium for biomedical applications. TMS2009 138th annual meeting and exhibition, San Fransisco, CA, USA, 2009, p17. 7. Koyuncu, D., Bermek, H. UV- based random mutagenesis studies on laccase production in Coriolopsis polyzona. The international enzyme engineering symposium, October- 2008, Kusadasi, Turkey. P- 26. 8. San, B., Akarsubasi, A.T., Bermek, H. Production of MnP- less mutants via UV mutagenesis in Bjerkandera adusta (willdenow) P. Karsten. The international enzyme engineering symposium, October- 2008, Kusadasi, Turkey. P- 80. 9. Catal, T., Xu, S., Li, K., Bermek, H., Fan, Y., Liu, H., Generation of electricity from lignocellulosic biomass using microbial fuel cells. Microbial fuel cells first international symposium. May- 2008, PenState, USA. 10. Ince, B., Cetecioglu, Z., Kolukirik, M., Aciksoz, B., Bermek, H., Celikkol, S., Ince, O. (2007) Microbial diversity within the anoxic sediment from a highly polluted bay. 2nd international conference on environmental, industrial and applied microbiology, Seville, Spain.(Oral). Abstract book P223. 11. Tamerler, C., Oren, E.E., Gungormus, M., Fong, H., Sahin, D., Seker, U.O.S., Kacar, T., Cetinel, S., Yazici, H., Bermek, H., Karaguler, NG., Sarikaya, M. (2007) Biomolecular design for bionanotechnology. BMMP- 7, Nagoya, Japan. Abstract book P- 9. 12. Catal, T., Tamerler, C., Bermek, H., (2006) Evaluation of oxidative stress caused by selenium based on lipid peroxidation by the white- rot fungus LSK- 27. Internalional Symposium on Environmental Biocatalysis: From remediation with enzymes to novel green processes. P- 57. Cordoba - Spain. 13. Bermek, H., Catal, T., Tamerler, C. (2006) Efficient immobilization of & increased manganese peroxidase production by the white- rot fungus LSK- 27. 8th International Mycological Congress. Cairns, Australia. 14. Catal, T., Tamerler C., Bermek, H. (2006) Selenium induces manganese peroxidase production by the white- rot fungus LSK- 27. 8th International Mycological Congress. Cairns, Australia. 15. Hüner, P., Asımgil, H., Yeşiladalı, K., Bermek, H., Tamerler, C.(2006) Laccase purification from Coriolopsis polyzona MUCL 38443. Oxizymes in Oeiras, 3 rd European meeting in oxizymes. Oeiras, Portugal. Abstract book P72. 16. K.S. Yesiladali, G. Pekin, H. Bermek, I. Arslan- Alaton, D. Orhon, C. Tamerler. Efficient textile dye decolorization by the white- rot fungus Trichophyton rubrum LSK- 27, IBBS- 13, Madrid, Spain. 2005. 17. S. Donatan, H. Yazıcı, H. Bermek, M. Ürgen, C. Tamerler, M. Sarıkaya. A novel approach to selection of inorganic binding polypeptides using ultrasonication. BMMP- 4 sempozyumu, 2004, Japan. 18. S. Donatan, H. Yazici, H. Bermek, M. Urgen, C. Tamerler, M. Sarikaya. Physical Elution approach to selection of inorganic binding polypeptides using ultrasonication via phage display, 2004 Materials Research Society (MRS) Fall Meeting, Boston, USA 19. A. Attar, H. Bermek, C. Tamerler. Degradation of pitch components in recycled chipboard production by fungal lipase. Biotechnology: Back to the future. 10th Netherlands Biotechnology Congress. 2004. 20. Yazıcı, H., Donatan, S., Bermek, H., Urgen, M., Tamerler, C., and Sarıkaya, M. (2004) Mica- binding polypeptides using phage display technique. BIOMED 11. International biomedical science and technology days. p.8. Ankara, TURKEY. 21. Donatan, S., Yazıcı, H., Bermek, H., Urgen, M., Tamerler, C., and Sarıkaya, M. (2004) Physical elution approach to selection of inorganic- binding polypeptides via phage display. BIOMED 11. International biomedical science and technology days. p.13. Ankara, TURKEY. 22. S. Karabulut, H. Bermek, C. Tamerler, M. Sarikaya. Selection of titanium specific sequences by phage display technique. BIOMED 11. International biomedical science and technology days. 2004, Ankara, TURKEY.

23. Öztürk, H., Bermek, H., Güvenilir, Y., Deveci, N., Screening of Alkaline Proteases from Wastewater and Its Characterization, 6th International Conference on Protein Stabilization, 26-29 September 2004, Bratislava, Slovakia. 24. Yeşiladalı, K., Tamerler, C. and Bermek, H. (2003). Biodegradation and biosorption of textile dyes by Trametes versicolor and newly isolated fungus, LSK- 27. Enzymes in the environment, Activity, Ecology & Applications Conference, Praha, Czech Republic. 25. Bermek, H. Deveci, T., Erdogan, M., Pekcan, O, and Tamerler, C. (2002) Biological decolorization of chemically different textile dyes by Funalia trogii. 7 th international Mycological congress. p.325. Oslo Norway. 26. Tamerler, C., Seker, U.O.S, Li, K., Jung, H. and Bermek, H. (2002) Media optimization for manganese peroxidase production by response surface methodology in a newly isolated white- rot fungus Trichophyton rubrum LSK- 27. 7 th international Mycological congress. p.360. Oslo Norway. 27. Bermek, H., Gulseren, I., Jung, H., Li, K. and Tamerler, C. (2002) Effect of oxygen in the production of manganese peroxidase and laccase by a newly isolated white- rot fungus Trichophyton rubrum LSK- 27. 7 th International Mycological Congress. p.325. Oslo Norway. 28. Bermek, H., Li, K. and Eriksson, K- E.L. (1998) Laccase- less mutants of the white- rot fungus Pycnoporus cinnabarinus cannot delignify kraft pulp. American Society for Microbiology 98 th general meeting. Atlanta, GA, USA. p476. 29. Bermek, H., Peng, K.C., Angelova, K., Ergul, A., Narayan, P. and Puett, J.D. (1995) Internalization and degradation of 125 I- Endothelin- 1 by vascular smooth muscle cells (A- 10). The FASEB Journal, Abstracts, 1995. Vol. 9, Number 4.