Doç.Dr. Didem SUTAY KOCABAŞ

Transkript

1 Doç.Dr. Didem SUTAY KOCABAŞ Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi Mühendislik Fakültesi/Gıda Mühendisliği Bölümü Yunus Emre Yerleşkesi / KARAMAN Telefon: (338) /5008 Belgegeçer:(338) E-posta: [email protected] Web: Eğitim Doktora Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, ANKARA Tez Başlığı: Purification, characterization, crystallization and preliminary X-ray structure determination of Scytalidium thermophilum bifunctional catalase and identification of its catechol oxidase activity Tez Danışmanı: Prof.Dr. Ufuk Bakır Tez Eş-danışmanı: Prof.Dr. Zümrüt B. Ögel Yüksek Lisans Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, ANKARA Tez Başlığı: Isolation, characterization and immobilization of polyphenol oxidases from mulberry (Morus alba) leaf tissues Tez Danışmanı: Prof.Dr. Ufuk Bakır Lisans Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, ANKARA Profesyonel Deneyim 2011-Devam Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği Bölümü, KARAMAN Yrd. Doç. Dr. Ege Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İZMİR Dr. POLİNAS A.Ş. ODTÜ Merkezli Proje Mühendisi, ANKARA Dr. Arçelik A.Ş. Bulaşık Makinesi İşletmesi-Kalite Güvence ve Ar-Ge Mühendisi, ANKARA Arş. Gör. Orta Doğu Teknik Üniversitesi, ANKARA 1

2 Yurtdışı Akademik Deneyim Leeds Üniversitesi (İngiltere) Astbury Centre for Structural Molecular Biology, Institute of Molecular and Cellular Biology (2006) Araştırma Konusu: X-ray crystal structure determination of Scytalidium thermophilum catalase-phenol oxidase Yabancı Diller İngilizce ÜDS: 92.5 TOEFL: 217 Almanca Alman Kültür Bakanlığı- Deutsches Sprachdiplom (Almanca Dil Diploması) KPDS: 67 Verilen Dersler 2

3 İdari Görevler Anabilim Dalı Başkanlığı Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi, Gıda Mühendisliği Bölümü, Gıda Bilimleri Anabilim Dalı Staj Komisyonu Üyeliği Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi, Gıda Mühendisliği Bölümü Danışmanlığında Tamamlanan Yüksek Lisans Tezleri Sevgi Güder Tez başlığı: Scytalidium thermophilum ksilanazının kromatografik yöntemlerle saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu Tezin onay tarihi: Neslihan Özben Tez başlığı: Scytalidium thermophilum'dan ksilanaz üretiminin optimizasyonu, endüstriyel uygulamalar için saflaştırılması ve karakterizasyonu Tezin onay tarihi: Çalışma Alanları Biyoteknoloji Enzim ve Mikrobiyal Teknoloji Protein Saflaştırma ve Karakterizasyonu Protein Kristalografisi Biyopolimerler Görev Aldığı Projeler 1. Lignoselülozik Atıklardan Hemiselüloz Bazlı Antimikrobiyal Biyobozunur Film Üretimi, KMÜ-BAP Projesi (COST-FP1306 aksiyonuna dahil), Proje Yürütücüsü, (2014-Devam etmekte) 2. Aspergillus terreus Ksilanolitik Sisteminin Batık ve Katı Kültürde Tepki Yüzey Metodolojisi ile Üretim Koşullarının Optimizasyonu, Bu Kültürlerde Hücre Dışı Proteinlerinin Karşılaştırmalı Proteomik Analizi ve Ksilanazın Kristalizasyonu, TÜBİTAK-3501-Kariyer Projesi, Araştırmacı, (2013-Devam etmekte) 3. Elma Çeşitlerinin Uçucu Yağ Bileşimleri, Antimikrobiyal ve Antioksidan Aktivitelerinin Taranması ve Elma Ağacı Yapraklarının Ksilanaz Üretiminde Kullanılabilirliğinin İncelenmesi, KMÜ BAP Projesi, Proje Yürütücüsü, (2012- Devam etmekte) 4. Endüstriyel Uygulamalar İçin Scytalidium thermophilum Ksilanazının Tarımsal Atıklar Kullanılarak Üretimi, Saflaştırılması, Karakterizasyonu ve X-Işını Yapı Analizi Amacıyla Kristalizasyonu, TÜBİTAK-3501-Kariyer Projesi, Proje Yürütücüsü, ( ) 5. Biyofilmlerin Gıda Ambalajı Olarak Kullanılması Amacıyla Enzimatik Yollarla Buhar Geçirgenliklerinin Düşürülmesi, Ege Üniversitesi-BAP Projesi, Proje Yürütücüsü, (2011, Tamamlandı) 3

4 6. Amerika Şebeke Suyunun Simülasyonu ve Bulaşık Makinesi Ömrü Üzerine Etkileri, TÜBİTAK -TEYDEB Projesi, Proje Yürütücüsü, (Arçelik A.Ş., 2008, Tamamlandı) 7. Fenol Oksidaz Aktivitesi de Bulunan Katalaz Enziminin Scytalidium thermophilum'dan Üretilmesi ve Karakterizasyonu, Orta Doğu Teknik Üniversitesi- BAP Projesi, Araştırmacı, (2007, Tamamlandı) 8. Scytalidium thermophilum fenol oksidazının saflaştırılması ve karakterizasyonu, Orta Doğu Teknik Üniversitesi-BAP Projesi, Araştırmacı, (2006, Tamamlandı) 9. Polifenol oksidaz enziminin Thermomyces lanuginosus küfünden üretim koşullarının optimizasyonu ve ayrıştırılması, TÜBİTAK-MİSAG Projesi, Araştırmacı, (2005, Tamamlandı) Yayın Kurulu Üyeliği Journal of Microbiology Research, Scientific & Academic Publishing (2012-Devam etmekte) Diğer Üyelikler COST-FP1306 Aksiyonunda Management Committee üyeliği (MC-substitute) Biyoteknoloji Derneği üyeliği Yayınlar 1. Sutay Kocabas, D., Guder, S., Ozben, N Purification strategies and properties of a low-molecular weight xylanase and its application in agricultural waste biomass hydrolysis, Journal of Molecular Catalysis B:Enzymatic, 115: Sutay Kocabas D., Tur, E., Kocabas, A Seçilen yerli elma çeşitlerinin karşılaştırmalı fitokimyasal analizi ve elma ağacı yapraklarının ksilanaz üretiminde değerlendirilmesi, GIDA Dergisi, Basım aşamasında. Doi: /gida.GD Sutay Kocabas, D., Ozben, N Co-production of xylanase and xylooligosaccharides from lignocellulosic agricultural wastes, Royal Society of Chemistry Advances, 4: Yuzugullu, Y., Trinh, C.H., Smith, M.A., Pearson, A.R., Phillips, S.E.V., Sutay Kocabas, D., Bakır, U, Ogel, Z.B., McPherson, M.J Structure, recombinant expression and mutagenesis studies of the catalase with oxidase activity from Scytalidium thermophilum, Acta Crystallographica Section D, 69: Sutay Kocabas, D., Bakır, U, Ogel, Z.B Investigation of plant leaf tissues for phenol oxidase production and biochemical characterization of mulberry (Morus alba) leaf phenol oxidases. World Journal of Microbiology and Biotechnology, 27, Kocabas A., Sutay Kocabas, D., Bakır Bolukbasi, U "One-Step purification and characterization of a low molecular weight xylanase from Aspergillus terreus NRRL 1960", Journal of Applied Biological Sciences, 5(2):

5 7. Sutay Kocabas, D., Pearson, A.R., Phillips, S.E.V., Bakir, U., Ogel, Z.B., McPherson, M.J., Trinh, C.H Crystallization and preliminary X-ray analysis of a bifunctional catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum Acta Crystallographica Section F, F65: Sutay Kocabas, D., Bakir, U., Phillips, McPherson, M.J., Ogel, Z.B Purification, characterization and identification of a novel bifunctional catalasephenol oxidase from Scytalidium thermophilum, Applied Microbiology and Biotechnology, 79(3): Ogel Z.B., Yuzugullu Y., Mete S., Bakır U., Kaptan Y., Sutay, D., Demir A.S Production, properties and application in biocatalysis of a novel extracellular alkaline phenol oxidase from the thermophilic fungus Scytalidium thermophilum, Applied Microbiology and Biotechnology, 71(6): Patent TPE Başvurusu: Saç beyazlamasının engellenmesi için kullanılacak çift fonksiyonlu ajan, Dosya no:2014/10261 Ulusal Konferanslar/Çalıştaylar İç Anadolu Bölgesi 2. Tarım ve Gıda Kongresi Nevşehir-Türkiye, Nisan 2015 Poster Sunumu: Yanıt yüzey yöntemi ile zeytin atığı pirinadan hemiselüloz ekstraksiyonun optimizasyonu İç Anadolu Bölgesi 2. Tarım ve Gıda Kongresi Nevşehir-Türkiye, Nisan 2015 Poster Sunumu: Biyobozunur ambalaj malzemesi üretimi amacıyla lignoselülozik atıkların hemiselüloz içeriklerinin taranması 3. Gıda Ar-Ge Proje Pazarı İzmir-Türkiye, Nisan 2015 Poster Sunumu: Tarımsal atıklardan yerli üretim enzimle prebiyotik gıda katkı maddesi üretimi 3. Gıda Ar-Ge Proje Pazarı İzmir-Türkiye, Nisan 2015 Poster Sunumu: Zeytinyağı üretim atığı pirinadan doğada kendiliğinden yok olan gıda ambalaj malzemesi üretimi Selçuk TTO Patent Proje Pazarı Konya-Türkiye, Kasım 2015 Sözlü Sunum: Saç beyazlamasının engellenmesi için kullanılacak çift fonksiyonlu ajan 4. Kimya Ar-Ge Proje Pazarı İstanbul-Türkiye, 1 Kasım 2015 Poster Sunumu: Zeytinyağı endüstrisi atığı pirinadan ksiloz üretimi XI. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi Eskişehir-Türkiye, 2-5 Eylül

6 Poster Sunumu: Scytalidium thermophilum'dan Ksilanaz Üretiminin İstatistiksel Optimizasyonu, Enzimin Biyokimyasal Karakterizasyonu ve Atık Biyokütleden Ksilooligosakkarit Üretim Potansiyelinin Taranması IV. Ulusal Zeytin Öğrenci Kongresi Konya-Türkiye, Mayıs 2014 Sözlü Sunum: Zeytinyağı Endüstrisi Atığı Pirinadan Ksiloz Üretimi IV. Ulusal Kristalografi Toplantısı (Uluslararası Katılımlı) Diyarbakır-Türkiye, Mayıs 2014 Sözlü Sunum: Crystallization of Scytalidium thermophilum Xylanase by Vapor Diffusion V. Gıda Mühendisliği Öğrenci Kongresi Bolu-Türkiye, Nisan 2014 Poster Sunumu: Zeytinyağı Endüstrisi Atığı Pirinadan Biyobozunur Film Üretimi Poster Sunumu: Evsel Gıda Atıklarının Hemiselüloz Bileşimlerinin Taranması Poster Sunumu: Çay Fabrikası Atıklarının Biyobozunur Film Üretimi İçin Değerlendirilmesi İç Anadolu Bölgesi 1. Tarım ve Gıda Kongresi Niğde-Türkiye, 2-4 Ekim 2013 Poster Sunumu: Karaman İlinde Yetiştirilen Elma Çeşitlerinin Antimikrobiyal Aktivitelerinin Belirlenmesi II. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı) Antalya-Türkiye, Kasım 2012 Poster Sunumu: Scytalidium thermophilum Ksilanazının Saflaştırılması ve Karakterizasyonu XI. Ulusal Gıda Kongresi Hatay-Türkiye, Ekim 2012 Poster Sunumu: Biyofilmlerin Gıda Ambalajı Olarak Kullanılması Amacıyla Enzimatik Yollarla Buhar Geçirgenliklerinin Düşürülmesi XI. Ulusal Gıda Kongresi Hatay-Türkiye, Ekim 2012 Poster Sunumu: Ksilanolitik Enzim Sisteminin Gıda Endüstrisinde Kullanımı IX. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi Ankara-Türkiye, Haziran 2010 Poster Sunumu: Aspergillus terreus NRRL 1960 Ksilanazının Üretimi, Saflaştırılması ve Karakterizasyonu IX. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi Ankara-Türkiye, Haziran 2010 Sözlü Sunum: Çift Aktiviteli Özgün Bir Enzim Olan Scytalidium thermophilum Katalaz-Fenol Oksidazının Üretimi, Saflaştırılması ve Kristal Yapısının Belirlenmesi XVI. Biyoteknoloji Kongresi Antalya-Türkiye, Aralık 2009 Poster Sunumu: Tarımsal atıklar kullanılarak Scytalidium thermophilum ksilanazının üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu XVI. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi Antalya-Türkiye, Aralık 2009 Bildiri: Scytalidium thermophilum un çift aktiviteli özgün katalaz-fenol oksidaz enziminin üretimi, yapısının belirlenmesi ve mutasyonu 6

7 XVI. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi Antalya-Türkiye, Aralık 2009 Bildiri: Özgün bir çift aktiviteli enzim: Scytalidium thermophilum un ürettiği katalaz-fenol oksidaz XV. Biyoteknoloji Kongresi Antalya-Türkiye, Ekim 2007 Poster Sunumu: Scytalidium thermophilum çift fonksiyonlu katalazının saflaştırılması, karakterizasyonu ve katekol oksidaz aktivitesinin tanımlanması VII. Kimya Mühendisliği Kongresi Eskişehir-Türkiye, 5-8 Eylül 2006 Poster Sunumu: Scytalidium thermophilum fenol oksidazının saflaştırılması XIV. Biyoteknoloji Kongresi Eskişehir-Türkiye, 31 Ağustos-2 Eylül 2005 Poster Sunumu: Scytalidium thermophilum fenol oksidazlarının üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu XIII. Biyoteknoloji Kongresi Çanakkale-Türkiye, Ağustos 2003 Poster sunumu: Polifenol oksidaz üretimi için kullanımı olmayan bitkisel kaynakların taranması ve enzimin karakterizasyonu Uluslararası Konferanslar/Çalıştaylar COST-FP1306 Workshop on Valorisation of lignocellulosic biomass side streams for sustainable production of chemicals, materials & fuels using low environmental impact technologies Dubrovnik-Hırvatistan, 4-6 Nisan 2016 Sözlü sunum: Optimization of Hemicellulose Extraction Conditions from Olive Waste Pomace for Hemicellulose-Based Biodegradable Film Production International Conference on Engineering and Natural Science (ICENS) Üsküp-Makedonya, Mayıs 2015 Sözlü sunum: Agricultural waste biomass hydrolysis by Scytalidium thermophilum xylanase COST-FP1306 Workshop on Valorisation of lignocellulosic biomass side streams for sustainable production of chemicals, materials & fuels using low environmental impact technologies Belgrad-Sırbistan, 2-5 Şubat 2015 Poster sunumu: Screening of Lignocellulosic Wastes for Hemicellulose-based Biofilm Production COST-FP1306 Workshop on Valorisation of lignocellulosic biomass side streams for sustainable production of chemicals, materials & fuels using low environmental impact technologies Belgrad-Sırbistan, 2-5 Şubat 2015 Poster sunumu: Utilization of Olive Waste Pomace for Xylooligosaccharide Production 15. International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules Hamburg-Almanya, Eylül 2014 Poster Sunumu: Purification, Characterization and Crystallization of Scytalidium thermophilum Xylanase 7

8 III. International Congress of Molecular Biology and Biotechnology Saraybosna-Bosna Hersek, 2-6 Haziran 2014 Sözlü Sunum: Comparative analysis of phytochemical constituents, antioxidant and antimicrobial activity, phenolic and protein content of Karaman-grown apples International Enzymes for Biocatalysis Workshop İstanbul-Türkiye, 3-5 Haziran 2014 Poster Sunumu: Purification strategies of Scytalidium thermophilum xylanase New Horizons in Biocatalysis for Biomaterials Workshop (Biocat-Mat) İzmir- Türkiye, 8-12 Nisan 2014 Sözlü Sunum: Research summary V. Bioengineering Congress İzmir-Türkiye, Haziran 2010 Sözlü Sunum: 'One-step purification and characterization of a low molecular weight xylanase from Aspergillus terreus NRRL 1960 IV. Annual Workshop of COST FP0602 Biotechnological Processing of Lignocellulosic Raw Materials İzmir-Türkiye, Eylül 2010 Poster Sunumu: 'Investigation of Xylanolytic Enzyme System of Aspergillus terreus NRRL 1960 and Biochemical Characterization of its Xylanases International Symposium on Biotechnology: Developments and Trends Ankara-Türkiye, Eylül 2009 Poster Sunumu: Structure studies of CATPO (Catalase-phenol oxidase) XIV. European Congress on Biotechnology Barselona-İspanya, Eylül 2009 Özet: Purification, characterization and identification of a novel bifunctional catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum XII. European Congress on Biotechnology Kopenhag-Danimarka, Ağustos 2005 Poster Sunumu: Production, purification and characterization of Scytalidium thermophilum phenol oxidases V. European Symposium on Biochemical Engineering Science (ESBES) Stuttgart-Almanya, 8-11 Eylül 2004 Poster sunumu: Screening, isolation and characterization of plant based phenol oxidases V. European Symposium on Biochemical Engineering Science (ESBES) Stuttgart-Almanya, 8-11 Eylül 2004 Poster sunumu: Triton X-114 based aqueous two phase extraction of phenoloxidases from Agaricus bisporus 8