ÖZGEÇMİŞ 1. Adı Soyadı : Barış BİNAY : Istanbul Arel University, Faculty of Science and Letters, 2. Doğum Tarihi :03.04.1979 3. Unvanı :Yrd.Doç.Dr. 4. Öğrenim Durumu : Department of Molecular Biology and Genetics, Tepekent, Büyükçekmece, İstanbul, Turkey. T: +90 212 867 25 00/1049 M: barisbinay@arel.edu.tr Derece Alan Üniversite Yıl Lisans Kimya Ankara Üniversitesi 2002 Yüksek Lisans Moleküler Biyoloji-Genetik Ve Biyoteknoloji İstanbul Teknik Üniversitesi 2005 Doktora Moleküler Biyoloji-Genetik Ve Biyoteknoloji İstanbul Teknik Üniversitesi 2012 5. Akademik Unvanlar Dr. İstanbul Teknik Üniversitesi (2012) Yrd. Doç. Dr. İstanbul Arel Üniversitesi(2013) 6. Yönetilen Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri 6.1. Yüksek Lisans Tezleri 6.2. Doktora Tezleri 7. Yayınlar 7.1. Uluslar arası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler Karagüler N.G., Binay B., Ordu E.B., Clarke A.R., Protein engineering applications of industrially exploitable enzymes: Geobacillus stearothermophilus LDH and Candida methylica FDH. Biochem Soc Trans, 2007 Dec;35(Pt 6):1610-5. Binay B., Karagüler N.G., Attempting to remove the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. Appl. Biochem. Biotechnol, 2007
May-Jun;141(2-3):265-72. Binay B., Shoemark D.K., Sessions R.B., Clarke A.R. and Karaguler N.G., Increasing the substrate specificity of the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling. Biochemical Engineering Journal, 2009,48, 118 123. Binay B., Sessions R. B., Gül-Karagüler N., A double mutant of highly prufied Geobacillus stearothermophilus LDH recognizes mandelic acid as a subsbstrate. Enzyme and Microbial Technology, 2013, 52, 393-399 Binay B., Rowles, I., Malone, K.I., Fotheringham, G.J., Turner, N.J. Ammonia Lyase Biocatalysts: Cloning, Mutagenesis and Screening. Submitted. 7.2. Uluslar arası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler. Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Removing the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. 6 th Protein Stabilization ProtStab2004, 26-29 Sept 2004. Bratislava, Slovakia (Poster). International conference on Barış Binay, Emrah Yelboğa, Nevin Gül Karagüler. Characterisation and inhibition studies of D38R mutant L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus, 1. National Molecular Medicine Congress, 16-19 April 2005, Istanbul, Turkey (Poster). Meray Akkor, Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Arzu Karabay. Relations of microtubules with LDH: clue for neurodegenerative diseases. 31 st FEBS Congress, 24-29 June 2006, FEBS JOURNAL,2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: 241-241. Istanbul, Turkey (Poster). Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Increasing the substrate specificity of bacillus stearothermophillus lactate dehydrogenase by DNA shuffling. 31 st FEBS Congress, 24-29 June 2006, FEBS JOURNAL, 2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: 336-336. Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Richard Sessions. Increasing the substrate specificity of the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling. Accepted by 20th Annual Symposium of The Protein Society & 20th Anniversary Celebration. 5-9 August 2006, San Diego, CA (Poster). Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Changing the substrate specificity of the bsldh. ProtStab2007, Exeter, UK. (Poster). Doluca O., Bıçakçı E., Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Tamerler Behar C., Gül-Karagüler N. Enhancing thermal stability of the cmfdh by cysteine-cysteine bridge. ProtStab2007, Exeter, UK. (Poster). Yelboga E., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Alteration the coenzyme specificity of cm FDH. ProtStab2007, Exeter, UK. (Poster). Binay B., Sezerman O. U., Predict Permissive Sites of Protein for Insertion Domains. International Symposium on Health Informatics and bioinformatics, HIBIT 08, 18-20 May 2008, Istanbul, Turkey(Poster).
Yelboga E., Candan Z., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., and Gül-Karagüler N. Crucial residues in NAD + /NADP+ specificity of Candida methylica FDH. 33 rd FEBS Congress and 11 th IUBMB Conference, 28 June-3 July 2008, FEBS JOURNAL, 2008, Volume: 275 Supplement: 1 Pages: 234-234, Athens, Greece. Doluca O., Bıçakçı E., Kısakesen H.I., Session R.B., Clarke A.R., Tamerler C., Gül-Karagüler N. Effects of cysteine/cysteine engineering on thermal stability of Candida methylica FDH. 33 rd FEBS Congress and 11 th IUBMB Conference, 28 June-3 July 2008, Athens, Greece. Barış Binay, Kemal Şanlı, Emel Ordu, Nevin Gül Karagüler. Application of computational methods to design thermostable Candida methylica FDH. International Enzyme Engineering Symposium- IEES 08-,01-05 October 2008, Kusadasi, Turkey. Binay B., Özboyacı M., Sessions R. B., Gül-Karagüler N. Construction of 246Gly and 240Ala mutant for changing the substrate specificity of the bacillus sterothermophillus Lactate dehydrogenase. ESF Research Conference on Protein Design and Evolution for Biocatalysis, 25-30 October 2008, Saint Feliu de Guixols, Spain. Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Richard Sessions. Introducing malate dehydrogenase based on rational design to the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling. Accepted by 23th Annual Symposium of The Protein Society & 20th Anniversary Celebration. 5-9 August 2006, Boston, USA (Poster). I.Rowles, B. Binay, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner, Ammonia Lyase Biocatalysts: Cloning, Mutagenesis and Screening. 5th International Congress on Biocatalysis 2010 (Biocat2010) August 29 - September 2, 2010 Hamburg, Germany. Binay, B., Rowles, I., Turner, N. J., and Karaguler, N.G. (2012). Protein Engineering Applications for Increasing Substrate Specificity of PAL and LDH Enzymes. 9th International Conference on Protein Stabilization ProtStab2012, 2-5 May 2012, Lisbon, Portugal. 7.3. Yazılan Uluslar arası kitaplar veya kitaplarda bölümler. 7.4. Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler 7.5. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan bildiri kitabında basılan bildiriler Nevin Gül Karagüler, Emel Ordu, Emrah Yelboğa, Gülşah Par, R.B. Session, A.R Clarke. Nanobiyokatalizör geliştirlmesinde Protein Mühendisliği Uygulamaları. İTÜ Nano-Bilim ve Nano- Teknoloji Çalıştayı, 12-13 Şubat 2009, İstanbul, Türkiye. International Non-coding RNAs: Computational Challenges and Applications of Workshop-RNA 08-, 28-30 April 2008, Antalya, Turkey(Participant).
7.6 Diğer Yayınlar B. Binay, I. Rowles, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner, for mutant PAL enzyme applied to Europe Patent Office by AMRI Global. 8.Projeler 2013-Present Sabancı Üniversitesi, Türkiye. SAN-TEZ Projesi, Tekstil Sanayiine yönelik Katma Değerli Selülaz Enzimi Üretimi, Prof. Dr. O. Uğur Sezerman (Sabancı Üniversitesi). 2009 2010 Manchester Üniversitesi, İngiltere. Fenilalanin liyaz enziminin substrat tanımasının genetik mühendisliği ile değiştirilmesi ve elde edilen mutant enzimin karakterizasyonu ve büyük hacimlerde üretim prosesinin tasarlanması. Danışman: Prof. Dr. N. J. TURNER (Manchester Üniversitesi), (TÜBİTAK-2214 ve İngiltere Biyoteknoloji ve Biyolojik Bilimler Araştırma Merkezi (BBSRC) tarafından desteklendi) 2008-2010 İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Protein mühendisliği ile Laktat dehidrogenaz enzmine mandelik asitin substrat olarak tanıtılması ve mutant enzimin karakterizasyonu. Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R. B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü), 2007-2008 Sabancı Üniversitesi, İstanbul, Türkiye. Endüstriyel öneme sahip enzimlerin tolere eden bölgelerine fonksiyonel peptitler yerleştirerek ikili fonksiyonel hale getirme. Danışman: Doç. Dr. Osman Uğur Sezerman (Sabancı Üniversitesi). 2006-2007 İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. İmmobilize metal afinite kromatografi yöntemiyle laktat dehidrogenaz enziminin saflaştırılmasının iyileştirilmesi ve daha yüksek miktarlarda elde edilmesi, Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) 05-08/2005 Bristol Üniversitesi, İngiltere. Protein mühendisliği ile laktat dehidrogenaz ve format dehidrogenaz enzimlerinin endüstriyel uygulamalar için yeniden tasarlanması ve üretilmesi, Bristol Üniversitesi, İngiltere, Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R.B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü) (DPT tarafından desteklendi) 2004-2008 İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Protein mühendisliği teknikleri kullanılarak laktat dehidrogenaz enziminin substratlarını değiştirme ve mutant enzimin karakterizasyonu. Danışmanlar: Prof. Dr. Tony Clarke, Dr. R. B. Session (Bristol Üniversitesi), Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü). 2005-2008 İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. İlaç sanayisi için enzim bazlı hammadde üretimi (DPT-90188) Danışmanlar: Prof. Dr. Candan Tamerler (İ.T.Ü.), Doç.Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü.) 2003-2004 İ.T.Ü, İstanbul, Türkiye. Laktat dehidrogenaz enziminin yönlendirilmiş mutasyonlarla substrat özgüllüğünün değiştirilmesi ve mutant enzimin karakterizasyonu (TÜBİTAK- TBAG-2249), Danışman: Doç. Dr. Nevin Gül Karagüler (İ.T.Ü.) 2002-2003 YTÜ, İstanbul, Türkiye. Sentetik aşı geliştirme, YTÜ Kimya/Biyokimya Bölümü Yüksek Lisans Projesi (tamamlanamadı), Danışman: Prof. Dr. M. Mustafaev Akdeste (Y.T.Ü) 01-06/2002 Ankara Üniversitesi, Ankara, Türkiye. Gıda endüstrisinde kullanılan lipaz enzimleri, Prof.Dr. Sibel Sungur (Ankara Üniversitesi) 9.İdari Görevler
10.Bilimsel Kuruluşlara Üyelikleri Türk Biyokimya Derneği 11.Ödüller TÜBİTAK_2214 Yurtdışı Doktora Araştırma Bursu (8 ay) Manchester Üniversitesi, Producing unnatural amino acids by novel mutant PAL enzyme, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBRSC) Bursu, İngiltere (4ay) TÜBİTAK Yayın Teşvik Ödülleri ve Kongre Katılım Bursları 12.Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeyindeki dersler Akademik Yıl Dönem Dersin Adı Haftalık Saati Teorik Uygulama 2013-14 Güz Biochemistry.1 4 0 2013-14 Güz Biochemistry Lab.1 0 2 2013-14 Güz Biostatistics 3 0 2013-14 Güz Bioinformatic 3 0 Öğrenci Sayısı * İşaretli dersler, yüksek lisans dersleridir.