G:BOX Biyo- Görüntüleme Sistemleri GeneSys Kontrol Yazılımı BAKIM VE KULLANIM KILAVUZU

G:BOX Biyo- Görüntüleme Sistemleri GeneSys Kontrol Yazılımı BAKIM VE KULLANIM KILAVUZU Bu yayının hazırlanmasında tüm olasılıklar dikkate alındığından, Synoptics Limited bulunan herhangi bir yanlışlıktan dolayı hiçbir sorumluluk kabul etmez. Synoptics Limited hem bu yayında hem de ürünlerinde haber vermeden değişiklik yapma hakkını saklı tuttuğunu açıklar. Bu yayının hiçbir kısmı çoğaltılamaz, bir sistemde saklanamaz veya herhangi bir biçimde veya elektronik, mekanik, fotokopi, kayıt veya başka türlü telif hakkı sahibinin izni olmadan herhangi bir yolla aktarılamaz. Synoptics Limited 2011 1

İçindekiler Bölüm 1 - Giriş... 1 1.1 Yazılım Genel... 1 1.2. Donanım ekran... 3 1.3. Karanlık oda ve kamera durumu... 3 Bölüm 2 - Yazılım Yükleme... 4 2.1 Çalışma Koşulları... 4 2.1.1 Minimum sistem gereksinimleri... 4 2.2 Yazılım Yükleme... 4 2.2.1 Donanım bilgilerin yüklenmesi... 4 2.2.2 Hedef bölgenin seçilmesi... 5 2.2.3 Başlat Menüsü Klasörünün Seçilmesi... 6 2.2.4 Aygıt Sürücü Kurulum Sihirbazı... 7 2.2.5 Koruma Yöntemi... 8 2.2.6 Sizin kurulumunuz... 8 2.2.7 Güvenlik kodu... 9 2.2.8 Bir donanım anahtarını kullanarak GeneSys yazılım kurulumu... 10 2.3.Kullanıcı hesaplarını güvenli etkinleştirme... 12 2.4 Donanımını kurma... 12 Bölüm 3 - Otomatik Pozlama... 13 3.1 Örnekleme seçimi... 13 3.1.1 Görüntüleme jel için örnek seçimi ayarlarının örneği...13 3.1.2 Bir leke görüntüleme için örnek seçimi ayarlarının örneği... 14 3.2 Boya Seçimi... 16 3.3 Protokol Seçimi... 17 3.4 Örnek Konumlandırma... 19 3.5 Ekran Yakalama... 22 Bölüm 4. Manuel Yakalama... 27 4.1 Manuel serisi ve Multiplex yakalama ayarları... 31 4.1.1 Seri yakalama ayarları... 31 4.1.2 Multiplex yakalama ayarları... 33 Bölüm 5- Gözat, Düzenleme ve Görüntüleme Ekranları... 39 5.1 Düzenleme Ekranı... 39 5.2 Araçlar bilgi notu... 40 5.3 Görüntü Döndürme... 43 5.4 Görüntü kaynağı... 43 5.5 Doygunluk düğmesi... 43 5.6 Geliştirme araçları... 44 5.7 3D Görünüm... 45 5.8 Resimleri ekranda görüntüleme... 49 5.9.Resimlere ekranda gözatma... 52 2

Bölüm 6- Yapılandırmaları... 53 6.1 Yapılandırmaları kaydetme... 53 6.1.1 Otoyakalama modunda yapılandırmaları kaydetme... 53 6.1.2 Manuel modda yapılandırmaları kaydetme... 54 Bölüm 7- Aktarma, kaydetme ve yazdırma görüntüleri... 55 7.1 Görüntüleri kaydetme... 55 7.1.1 Kaydetme Açıklamaları... 56 7.2 Yazdırma görüntüleri... 56 7.3 GeneTools analiz yazılımı görüntülerini aktarma... 57 Bölüm 8- Teknik Bilgiler... 58 8.1 Teknik Bilgiler... 58 8.2 Teknik Yardım... 58 Sorun giderme... 59 Terimler Sözlüğü 60 EK A... 61 Ek B... 63 Ek C... 65 Ek D... 67 Dizin.. 69 3

Bölüm 1- Giriş GeneSys görüntü yakalama yazılımı size bir uygulama sürücüsü ile birlikte verilir ve çeşitleri bilimsel uygulamaları çalışırken size zaman tasarrufu sağlar. GeneSys yazılımının Otomatik ve Manuel yakalama olmak üzere iki tane çalışma modu vardır. Otomatik çekim modu, uygulamanızın tam olarak ne olduğunu ve jel veya lekenin nasıl hazırlandığını algılardaha sonra sadece bu bilgileri Genesys içine girin (veya kaydedilmiş bir konfigürasyondan bu bilgileri hatırlar) ve sistem geri kalanı devralsın. GeneSys yazılımı örneğin floresan, kemilüminisans ve kemifloresan gibi çeşitli uygulamaların geniş aralıkları ile ilgili verileri içeren geniş bir veri tabanına sahiptir. GeneSys görüntü yakalamak için sistem hazır ayarlama ve sisteminiz için uygun donanım konfigürasyonu (kamera kontrolü, pozlama süresini, hassasiyet ayarı, aydınlatma gereksinimlerini, objektif kontrol ve filtre seçimi) tespit ettikten sonra örneklere ne olacağını yazılım bilir. Manuel çekim modu sistemin her fonksiyonunun tam kontrolünü alabilme olanağını size sunar. 1.1 Yazılım Genel Bakış Ana ekran GeneSys yazılımında kullanılan ana pencerelerden biridir. Bu ekrandan, Otomatik ya da Manuel yakalama, erişim resimlere göz atma ve resimleri görüntüleme gibi işlevlere geniş bir aralıkta ulaşabilirsiniz. Ayrıca kullanıcı yapılandırmaları ana ekranda bulunur ve ek aksesuarların olduğu donanım set- up ekranına erişim bulunur.(şekil 1). Şekil 1 - Ana ekran 4

Otomatik Yakalama Yazılım geniş bir veri tabanı kullanarak donanım yapılandırmanız için en uygun görüntüleme protokolü yapılandırır. Manuel Yakalama Sistemin her fonksiyonu üzerinde kontrol altına almak için size imkan sağlar. Görüntülere Göz Atma Kaydedilen tüm görüntüleri taramak ve USB cihazlardan görüntü yüklemek ve daha önce depolanmış görüntüler üzerinde çalışmak için Görünüm veya Düzenleme özelliği ekranlarına girmek için izin verir. Görüntüleri Kaydedilen veya kaydedilmemiş tüm açılan görüntülere göz atmanızı sağlar. Görüntüler aynı anda doğrudan Görüntü Düzenle ekranına alınır ya da dört resim aynı ekranda görüntüleri kıyaslama ekranında kıyaslanabilir. Kullanıcı Yapılandırmaları Kullanıcı yapılandırmaları sadece bireysel kullanıcılar için ayarlanmış olabilir (kilitli) ya da tüm kullanıcılar için açık yapılabilir. 1.2 Donanım ekranı Bu ekran sahip olunan Transilluminator yazılım ve herhangi bir aksesuar hakkında (örn. dönüştürücü ekranları) bilgilendirmek için kullanılabilir. 1.3. Karanlık oda ve Kamera durumu Bu simge karanlık odanın ve kameranın durumunu gösterir. Karanlık oda veya kamera bağlantısı kırmızı bir çarpı işareti görünecektir. Sadece yenileme düğmesini tıklatın ve bu sistem yeniden gereklidir. (Şekil 2) Şekil 2 - Karanlık Oda ve Kamera durum simgesi 5

Karanlık oda ve kamera bağlandığında yeşil bir doğrulama işareti simgesi kameranın yanında belirecektir. Karanlık oda ve kamera bağlı değilse kırmızı çarpı simgesi belirecektir. Karanlık oda kapısı açık olduğunda simgesi karanlık oda içini göstermek için değişecektir. Kamera durum ikonu size sadece kamera bağlanmasını (Şekil 3d) veya bağlanmış olduğunu (Şekil 3b) veya bağlı olmadığını (Şekil 3c) bildirmez, aynı zamanda kameranın doğru sıcaklıkta olup olmadığını gösterir. Kamera durum simgesi kırmızı ise (Şekil 3a) kamera çok sıcaktır ve soğuması gerekir. Kamerayı soğutmak için GeneSys yazılımı Kamera fanı çalışır ve kamera simgesi siyaha dönene kadar beklemeniz gerekir. a) b) c) d) Şekil 3 - Kamera Durum simgeleri 6

Bölüm 2- Yazılım Yükleme 2.1 Çalışma Gereksinimleri 2.1.1 Minimum sistem gereksinimleri GeneSys aşağıdaki İşletim Sistemleri Windows XP Professional SP3 (32 bit sürümü sadece) veya Windows 7 Professional üzerinde çalışabilir. Lütfen Windows işletim sistemlerinin Home sürümleri desteklemediğini unutmayın. Syngene sitesinde FAQs Jel dökümantasyon ve son güncellenen minimum sistem gereksinimleri için analiz bölümüne bakınız. 2.2 Yazılım Kurulumu Bu bölüm GeneSys görüntü yakalama yazılımının kurulumu ile ilgili bilgi sağlar. Yönetici hakları saklı olan bir hesaptan yazılımı yüklemeniz gerekecektir. Montaj aşağıdaki sırayla gerçekleştirilir. 1.Donanım Bilgileri 2.Hedef Bölgeyi Seçme 3.Başlat Menüsü Klasör Seçimi 4. Aygıt Sürücü Yükleme Sihirbazı 5. Koruma Yöntemi 6. Senin Kurulumun 7. Güvenlik kodu 2.2.1. Donanım Bilgi Kurulumu GeneSys CD'yi takın ve set- up programını çalıştırın. 7

Next tıklayın ' Next ' düğmesine tıkladıktan sonra listeden donanımı seçin. Bu örnekte seçilen donanım G:BOX şimdi listeden belirli bir model girdikten sonra ' Next ' tıklayın. 8

2.2.2 Hedef Bölge Seçimi Lütfen Genesys yazılımda yüklü olan istediğiniz klasörü seçiniz. Daha fazla klasör seçenekleri keşfetmek için Gözat'ı seçin. ' Next ' tıklayın. 2.2.3 Başlat Menüsü Klasörü Seçme Lütfen program için kısayollar oluşturmak istediğiniz yeri seçiniz.farklı bir klasör seçmek için Gözat düğmesini tıklatın. ' Next 'yi tıklayın. Yazılım şimdi yüklemeye hazırdır. Kurulum işlemine devam etmek için 'Install' tıklayın. 9

2.2.4 Aygıt Sürücüsü Kurulum Sihirbazı Bu sihirbaz, şimdi bazı cihazlar bilgisayar kurulumunu tamamlamak için gereken yazılım sürücüleri kuracaktır. ' Next 'yi tıklayın. Aygıt Sürücü Yükleme Sihirbazı tamamlamak için 'Son'u tıklayın. 10

2.2.5 Koruma Yöntemi Şimdi bir yazılım anahtarı veya bir donanım anahtarı ile birlikte yazılım lisansı gereklidir. Elinizdeki yazılım lisanslama yöntemini seçtiğiniz zaman ' Next ' tıklayınız. 11

2.2.6 Yazılım Tuşu Kurulumu CD iç kapağında bulabileceğiniz medya tuşunu ve adınızı ve çalışmanızı girin. ' Next ' tıklayın. 2.2.7 Güvenlik Kodu Lütfen Syngene Kurulum masasına bir mesaj gönderin. Kaydedilmiş bir metin dosyası olarak vurgulanan metni yollayın. E- posta yükleme yoluyla installations@syngene.com adresinden veya telefonla: +44 1223 727123 irtibata geçebilirsiniz. 'Next' tıklayın. 12

Kurulumu tamamlamak için güvenlik kodunuzu girerek Syngene yüklemelerine ulaşabilirsiniz. Yazılımın kurulumunu tamamlamak için 'Next tıklayın. 2.2.8.Donanım Anahtarını kullanarak GeneSys Yazılım Kurulumu Bölüm 2.2.5 Koruma Yöntemi bölümüne kadar yazılım medya tuşundan yönergeleri izleyin. N.B. YAZILIM TARAFINDAN SİZE SÖYLENENE KADAR GİRİŞ YAPMAYIN. Listeden Donanım anahtarı seçin ardından 'Next' tıklayın. Eğer USB anahtarı ve Paralel anahtar arasını kullanacaksanız donanım anahtarının türünü seçin. 'Next'yi tıklayın. 13

Şimdi tüm bağlı anahtarları kaldırın ve daha sonra 'Next' tıklayın. Kurulum sihirbazı şimdi bir anahtar yükleme özetini gösterecektir. 'Next' seçin. Donanım güvenlik anahtarını takın ve aşağıda gösterilen iletişim kutusundaki yönergeleri izleyin. 14

Anahtar fonksiyonların düzgün olduğunu hızlı bir şekilde kontrol edebilmek için 'Next' tuşuna basın. Yükleme tamamlandığında, CD- ROM'u çıkarmayı unutmayın. Artık yüklediğiniz Syngene yazılımını kullanabilirsiniz. Donanım anahtarı satın aldığınız tüm seçenekleri içerir ve bu yazılımı kullandığınızda her zaman bağlı olmalıdır. N.B. USB tuşları ile Windows XP ve Windows 7 sistemleri için, normal (imtiyazsız) kullanıcılar tarafından kullanılıyor ise anahtar sırayla olası bir bir yönetici oturumunu açması için USB portuna bağlı olmalıdır. Bu gelecek oturumlarda gerektiği gibi normal kullanıcıların çıkışların arasında anahtarın hareketinin sağlanmasına izin verir. 2.3 Güvenli kullanıcı hesaplarını etkinleştirme Güvenli kullanıcı hesabını etkinleştirmek için Microsoft Windows hesabı günlüğünü kullanmak gerekir. Güvenli kullanıcı hesapları size yazılımın tam işlevselliğini sağlar ama sadece yapılandırma ayarları sizin tarafınızdan kurulanları veya kamusal yapılmış yapılandırmaları gösterecektir. 2.4 Donanımını Kurma İlk kez GeneSys yazılımı kullandığınızda ya da böyle dönüştürücü ekranlar gibi ek aksesuarlar satın aldığınız zaman GeneSys yazılımı bu bilgileri anlatması gerekir. Ana sayfasından 'Kullanılabilir donanım görüntüsü' ikonuna bu bilgi girmek için tıklayın. Bu bilgiler öncelikle uygun düğmeler seçilerek girildikten sonra seçilen öğeler kırmızı olacaktır. Kaydet 'i tıklattığınızdan emin olun. 15

Şekil 4 - Donanım sayfası Bölüm 3- Otomatik Yakalama Otomatik çekim modu temeli yapılandırılmış bir iş akışı oluşturan adımların bir serisidir. İş akışı bir sonraki ekrana taşımak için ekranın sağ alt köşesinde bulunan yeşil hareketli oku kullanarak gezinmek çok kolay. (Şekil 5) Gri durum çubuğu iş akışı oluşturan aşamaları gösterir, simgeler arasında hareket ettirerek seçtiğiniz simgenin iş akışını görebilirsiniz. (Şekil 6) Şekil 5 - Navigasyon oku Şekil 6 - İş Akışı durum çubuğu ilk adım örnek seçimi İş akışının ilk adımı örnek seçimidir. 16

3.1 Örnek Seçimi Örnek seçim ekranı örnek format seçimini size sunar. Bu seçenek Jel, leke veya diğer seçenekler ile numune tipine değinmektedir. N.B. Eğer 'Diğer' seçerseniz, bu sizi doğruca Manuel yakalama ekranına götürecektir. 3.1.1 Bir jel görüntüleme için örnek seçimi ayarları Örnek biçimi olarak Jel seçin. İkinci seçiminiz ise Örnek Tipi- bu, jel üzerine yüklenmiş olan örnek için başvurudur. Protein, DNA veya RNA seçebilirsiniz. (Şekil 7) Eğer DNA seçilirse daha sonra üçüncü seçim Akrilamid veya Agaroz seçenekleri ile Matrix Tip olacaktır.(şekil 7). Şekil 7 - Örnek formatında Jel ile Numune seçim ekranı Numune türü olarak protein seçilirse daha sonra üçüncü seçim Floresan boya veya Görünür leke seçenekleri ile Boya Türüdür. (Şekil 8) Şekil 8- Protein Boya Türü 17

3.1.2 Bir leke görüntüleme için örnek seçimi ayarlanmasının örneklenmesi Örnek biçimi sekmesinden Blot seçin, sonraki görüntülenecek sekme türü leke tipi olacaktır. Kullanıcı Kemilüminisans Blot (kimyasal), Floresan etiketli Blot veya görünür Blot (gözle görülebilir numune) arasında seçim yapar. (Şekil 9) Şekil 9 - örnek format olarak örnek leke seçimi 18

3.2 Boya Seçimi GeneSys yazılımı floresan, kemiluminisans, kemifloresan ve görünür lekelerden çeşitli uygulamaları kapsayan boyaların geniş bir listesini içeren geniş bir veritabanına sahiptir. Görüntülemek boyaların sayısının sınırlaması için birçok yol vardır, size seçmek istediğiniz boya türünün adını arama kutusunu kullanarak yazmanız yollardan biridir. (Şekil 10) Eğer düzenli olarak aynı boyaları kullanıyorsanız 'Sadece son seçim' kutusu kontrol edilmesi tavsiye edilir. (Şekil 10) Şekil 10 Sadece son seçimleri aramak ve seçmek Eğer multiplex çalışmak istiyorsanız o zaman sadece listeden multiplex için istediğiniz boyaları seçin, yazılım tek bir numunede 5 boyaya kadar multiplex sağlar. Seçilen boya (lar) seçilen ürün kutusunda gösterilir. Açık olan tüm butonlar tüm seçili boya (lar) kaldırır. Seçilen tek bir boyayı kaldırmak için daha sonra sağ üst köşedeki üzerindeki kırmızı kareye tıklayın. (Şekil 11) 19

Şekil 11 - Seçilmiş öğeler kutusu 3.3 Protokol seçimi GeneSys yazılımı ticari olarak temin edilebilen boyaların çoğunluğunun eksitasyon ve emisyon eğrilerine dayalı olarak bir numune için en uygun görüntüleme koşullarını hesaplayan geniş bir veri tabanına sahiptir. Genesys varsayılan ayarlar olarak size donanım kurmanız için örneğin en iyi görüntüleme durumunu gösterir. (Şekil 12) Şekil 12 - Protokol seçimi ekranı İsterseniz donanım ile mevcut tüm görüntüleme koşullarını 'daha fazla seçenek' kutusunu seçerek kontrol edebilirsiniz.(şekil 13) 'Sadece UV protokolleri olmadan' göstermek için seçebiliceğiniz örneğinizin zarar görmesini önlemek için mavi ışık kullanarak SYBR Green, SYBR Gold vb. güvenli boyalar kullanarak artan bir trend ile görüntüleme yapabilirsiniz. (Şekil 13) Şekil 13 - Mevcut tüm görüntüleme koşullarının görüntülenmesi 20

Eğer multipleks görüntüleme seçtiyseniz, yazılım seçilen tüm boyaların görüntüleme koşullarını dikkate alarak seçilen boyaların her biri için en iyi görüntüleme koşullarını hesaplayacaktır. Bu minimal geçit ile çoklu boyaların yakalamasına izin verir. (Şekil 14) Şekil 14- Çoklu boyalar için Protokol Seçimi 3.4 Örnek Konumlandırma Örnek konumlandırma ekranı örneğinizi canlı bir görüntü ile gösterir. (Şekil 15) Şekil 15 - Örnek Konumlandırma ekranı 21

Örneğinizin konumunu kontrol etmek ve konumlandırmaya yardımcı olmak kamera açık olduğunda mümkün olabilir, bu canlı olduğunda, bir kafes sistemini görüntülemeyi sağlar. Kafes sistemi düz olduğundan, bir jel veya lekeyi konumlandırmak için yardımcı olur. (Şekil 16) Şekil 16 Açık modda Izgara gösterilmesi Örneği yerleştirdiğiniz zaman kısmen kapıyı açabilir ya da kapatabilirsiniz. Gerekirse filtreyi kaldırmak için seçebilirsiniz. (Şekil 17) Şekil 17 - Örnek Konumlandırma Aydınlatma ve Filtre düğmeleri Ekranda mevcut olan kamera kontrollerini sürdürdüğünüzde, bunlar sisteme bağlı olarak değişecektir. Eğer bir geri bildirim lensi monte edilmiş ise kaydırma çubuğu kontrolleri mevcut olacaktır. (Şekil 18) Şekil 18 - Lens Kontrolleri İris kontrolü ( )irisi örneği açıkça görülebilecek şekilde ayarlar. İrisi açmak ve daha fazla ışığın kamera sensörüne ( ) ulaşmasını sağlamak için kaydırma çubuğunu yukarı kaydırın ve irisi kapatmak için kaydırma çubuğunu aşağı doğru hareket ettirin. Bir geri besleme lens olmadan sistemler için iris ayarlamasında okları kullanın. 22

Maksimum çözünürlük elde etmek için numune yakınlaştırmak amacıyla yakınlaştırma denetimini kullanın. Kuyular odaklanarak ya da bir net görüntü görmek için Odağı ayarlamak için Bir jel kenarında ya da kuyularda odaklama ile net bir görüntü görmek için odak ayarlama N.B., İris ayarında yakınlaştırma ve geri besleme lens olmadan sistemler için okları kullanın. GeneSys yazılımının bir ilgi alanı tanımlamak için izin veren bir AutoExpose Alan işlevi vardır. Soluk bantlar varsa, bu fonksiyon özellikle yararlıdır. Bir autoexpose alanı seçerek bu soluk bantları daha görünür olması bir uzun pozlama ile sağlanacaktır. Ancak, daha belirgin bantlar (koyu) pozlanmış hale gelebilir. Şekil 19 - Autoexpose fonksiyonu GeneSys yazılımı aynı zamanda Nötr alana yeteneğine sahiptir. Nötr alan fonksiyonu düzensiz aydınlatma için doğrulanabilir olan güçlü algoritmalara dayanmaktadır. Bunlar görüntünün düz, hatta arka planda GLP uyumunu koruyarak sonuç verir. Nötr alan onay kutusunu işaretleyin (Şekil 20) daha sonra ekrandaki talimatları izleyin. (Şekil 21) Şekil 20 - Nötr alan düğmesi Örneğin tipine bağlı olarak (UV veya transilluminator'de beyaz ışık) bağlı olarak, aşağıda gösterilen iki alt iletilerinden birini nötr alan için tercih edebilirsiniz. 23

Şekil 21 - Nötr Alan iletişim kutuları ya da 3.5. Ekran yakalama Ekran yakalama (GeneTools gereklidir), kaydetme, yazdırma, görüntüleri düzenleme ve çekilen görüntüyü analiz yeteneği de dahil olmak üzere geniş bir fonksiyon yelpazesi sunar. Yakalanan görüntü Şekil 22'de gösterildiği gibi sağ tarafta mevcut kullanılan protokolün özeti ile ana penceresinde görüntülenir. Şekil 22 - Otomatik ekran yakalama Güncel Protokol kutusu aydınlatma ve kullanılmış filtre kombinasyonu ve pozlama süresini özetlemektedir. (Şekil 23) 24

Şekil 23 - Güncel Protokol özeti Yakalayacağınız görüntünün koyu olmadığından emin olmak için 'Renk yoğunluğu göster butonu ' seçin.(şekil 24) Kaydırma çubukları kaydırmanın her iki ucuna taşındığında sadece koyuluğu gösterecektir. Aşırı maruz kalmış (doygun) Beyaz bantlar kırmızı görünecektir ve aşırı maruz kalan siyah alanları mavide gösterecektir. Bu fonksiyon, eğer bantların seçilen alan dışında doygun olup olmadığını görmek isterseniz,' AutoExpose Alanı Seçimi ' yapıldığı zaman özellikle yararlıdır. Şekil- 24. Doygunluk butonunu göster Histogram aracı resmin içindeki gri ölçek dağılımını göstermek için çok yararlıdır. (Şekil 25) Üretilen gri ölçekler seviyesi pozlama süresine bağlıdır. 65536 gri ölçeğe kadar görüntülenir. (Şekil 26) Şekil 25 - Histogram Aracı Simgesi Şekil 26 - Gri skala seviyelerinin sayısının grafiksel gösterimini yakalama Ekranın sol tarafında bulunan kaydırma çubukları parlaklığını ve görüntü kontrastını ayarlayabilir ve dijital olarak içinde veya dışında büyütmek için kullanılabilir. (Şekil 27) Yukarı ve aşağı kaydırma sekmelerini hareket ettirerek parlaklık ve kontrastı ayarlayın. Dönmek için orijinal ayarları sıfırlama düğmesine tuşuna basın. (yeşil oklar) Yakınlaştırmak için kaydırma çubuğunu (+) işaretine doğru hareket ettirin ve uzaklaştırmak için doğru kaydırma çubuğunu (- ) işaretine doğru hareket ettirin. 25

Şekil 27 - Parlaklık ve kontrast ve dijital zoom için kaydırma çubukları Yakalanan görüntü hakkında daha fazla bilgi görüntülemek için görüntü bilgileri simgesini seçin. Açılır pencere seçtiğiniz boya, filtre, ışık kaynağı, iris F numarası, maruz kalma süresi ve görüntü boyutu hakkında bilgi gösterecektir. Görüntü bilgileri düğmesi aynı zamanda siyah ve beyaz seviyeleri aralığı hakkında bilgi sağlar. Ayrıca bant üzerinde fare okunu hareket ettirdiğinizde ve siyah ve beyaz seviyeleri ve XY koordinatları bu kutuda görüntüleyebilirsiniz. (Şekil 28) Şekil 28 - Görüntü Bilgileri Simgesi Çekim tuşu önceden ayarlanmış tüm koşullar kullanılarak yakalanan başka bir görüntü sağlar.(şekil 29) Şekil 29 - Yakala butonu Eğer önceden yakalanan görüntülere göz atmak,görüntülemek ve düzenlemek isterseniz, yakalama düğmesine bastıktan sonra yakalama ekranından gezinebilirsiniz. Çekilen görüntü pozlama süresi simgesini aldığında yeşil yanıp sönecektir. (Şekil 30) Çekilen resme dönmek için yakalama ekranına geri dönecek olan pozlama süresi simgesine sadece basın veya tıklayın. Şekil 30 - Çekim süresi simgesi 26

GeneSys yazılım, herhangi bir zamanda alınabilir ve tekrarlanabilir sistem ayarları içeren (aydınlatma, filtre ve kamera ayarları) mevcut protokolleri ayarlamanızı sağlar. (Şekil 31) Bu tekrarlanabilir iş akışları yapılandırmasıdır, bir yapılandırma kaydetmek için aşağıdaki simgeyi seçin. (Bir yapılandırmanın nasıl kurulacağı hakkında daha fazla bilgi için Bölüm 6 ya bakınız.) Şekil 30 - Yapılandırma Simgesi Ekranın sağ tarafında görüntü havuzu mevcuttur son zamanlarda bu oturumda yakalanan kaydedilmemiş görüntüler ve kaydedilenleri içerir. Kaydedilmemiş olan görüntüler kırmızı dış kenar çizgili görüntüler; yeşil dış kenar çizgili görüntüleri kaydedilmiş görüntüler ve dosya adı mevcut olacaktır. (Şekil 32) Şekil 32 - Kaydedilmiş ve kaydedilmemiş görüntüler Ekran yakalama görüntü havuzundan bir görüntü kaldırmak için, Kapat düğmesini seçin. (Şekil 33) N.B. Bu, her bir görüntü havuzundan görüntüyü kaldıracaktır. Görüntü kaydedilmemiş ise yazılım çıkmadan önce görüntü kaydetmek isteyip istemediğinizi sorar. Şekil 33 - Kapat düğmesi Görüntü havuzu da Çoklu Seçim Modu kutusunu kontrol ederek birden fazla görüntü seçmek için aynı zamanda izin verir. (Şekil 34) Şekil 34 - Çoklu Seçim Modu onay kutusu 27

Seçilen görüntü (ler) daha sonra kaydedilebilir, yazdırılabilir, Görünüm ekranına gönderilebilir.(bölüm 5 kısım 5.8) karşılaştırma için veya ekran düzenleme için (Bölüm 5 kısım 5.1 bakınız) daha da ileri götürmek için bakınız.(şekil 35) Şekil 35 - Kaydet, yazdırma, görüntüleme ve düzenleme resim simgeleri a) Kaydet simgesi b) yazdırma simgesi c) Görüntüleme simgesi d) Düzenleme ekran simgesi Tek görüntülerin analizi için GeneTools gönderilebilir. (Şekil 36) Şekil 36 - GeneTools simgesini gönder 28

Bölüm 4- Manuel Yakalama Manuel yakalama sistemin her fonksiyonunu tam olarak kontrol altına alma yeteneği sunar. Manuel mod daha sıradışı uygulamalar için kullanmak istediğiniz görüntüleme parametrelerini biliyorsanız özellikle yararlıdır. Şekil 37 - Manuel ekran yakalama Öncelikle Manuel yakalama kamera canlı olarak seçilir. Canlı modda Lens kontrolleri mevcuttur. Seçilmesi gereken uygun aydınlatma ve filtre kombinasyonu ile örneğinizi konumlandırabilirsiniz. Hem aydınlatma hem de filtre menülerine sisteminizde mevcut olan açılır menüden ulaşabilirsiniz. (Şekil 38) Şekil 38 - Manuel modda Aydınlatma ve Filtreleri Seçme 29

Kamera canlı olduğunda bu örneğinizin konumunu kontrol etmek ve örneğinizin konumlandırmasına yardımcı olmak için bir kafes görüntülemek mümkündür. Kafes düz olduğundan jel veya lekenin konumuna yardımcı olur. (Şekil 39) Şekil 40 Pozlama Sürelerinin Ayarlanması Otomatik yakalama aslında doygunluğu izin vermeden, örneğin maksimum gri ölçekleri yakalamak için tasarlanmıştır.bu nedenle, bu özellik sayısal verileri ölçmek için idealdir. (Şekil 41) Şekil 41 - Otomatik Çekim düğmesi Çekeceğiniz görüntü doygun olmadığından emin olmak için 'Doygunluk gösterme düğmesi' seçin.(şekil 42) Kaydırma parlaklık /kontrast sürgünün her iki ucuna taşındığında kaydırma çubuğu sadece doygunluğu gösterecektir. Aşırı maruz kalmış (doymuş) beyaz şeritler üzerinde kırmızı ve aşırı maruz kalan siyah alanları mavi gösterecektir. (Şekil 43) Şekil 42 - Doygunluk düğmesini göster Şekil 43 - Bir jelde doygunluğu gösterme görüntüsü Doymuş olan bantlar kırmızı renkli gösterilir. 30

GeneSys yazılımı aynı zamanda Nötr alan yeteneğine sahiptir. Nötr alanı işlevi düzensiz aydınlatma için doğrulanabilir güçlü algoritmalara dayalıdır. Düz bir yüzeyde görüntülenen bu sonuçlar hatta arka planda GLP uyumunu korurken sonuçlanır. Nötr alan için nötr alan onay kutusunu onaylayın (Şekil 44) ve daha sonra aşağıdaki ekrandaki talimatları izleyin. (Şekil 45) Şekil 44 Nötr alan onay kutusu Örneğin tipine bağlı olarak (UV veya transilluminator'de beyaz ışık), nötr alan isterseniz, aşağıda gösterilen iki alt iletilerinden birini alabilirsiniz. ya da Şekil 45 - Nötr Alan Dialog kutuları Dondurmak için (Eğer bir dokunmatik ekran monitörü varsa) görüntüye basın veya yakalama düğmesine tıklatın. (Şekil 46) Görüntü artık canlı değildir. Eğer yakalama iptal etmek isterseniz de, herhangi bir zamanda 'Dur' butonuna basabilirsiniz.(şekil 46) Şekil 46 - Yakalama ve Durdur düğmeleri Piksel gruplaması bundan başka, görüntü edinim hızı açısından bir CCD sensör duyarlılığını arttıran bir süreçtir. Gruplama işlemi piksel kare gruplarını içerir ve bir 'süper' piksel bunları birleştirerek 31

kombine eder. Bunun için gerekli maruz kalma sürelerini azaltma etkisine sahiptir. Bununla birlikte, bu görüntü çözünürlüğü bir azalmaya yol açacaktır. GeneSys yazılım piksel grupları 2x2, 3x3, 4x4, 5x5, 6x6, 8x8 (sistem bağımlı). birleştirmeyi içeren piksel gruplandırma seçenekleri sunmaktadır. Eğer ' Birleştirme Olmasın' seçeneğini gerçekleştirmek isterseniz ve açılan listeden gelen gruplamanın düzeyini seçin. (Şekil 47) Şekil 47 Veri gruplama faktörleri 4.1 Manuel serileri ve multipleks yakalama ayarları Yazılım bir dizi görüntü yakalamak için veya çoklu görüntüleri yakalamak için sistemi yapılandırmak amacıyla bir dizi adımlarla sizi yönlendirir. (Şekil 48) Şekil 48 - Yakalama ayarlama düğmesi 4.1.1 Seri yakalama ayarları Örnek için bir kemilüminisan lekesinin bir dizi yakalamasını gerçekleştirmek için, yakalamak istediğiniz görüntü sayısını seçmeniz gerekir daha sonraki aşamaya geçmek için yeşil oku seçin. (Şekil 49) Şekil 49 Çekimde görüntü sayısını seçerek manuel serisi yakalama Eğer açılır menüden gruplama seviyesini seçmeyi gerçekleştirmek isterseniz.(şekil 47). 32

Yazılım size 'bu multiplek mi?' diye soru soracaktır. Bir dizi yakalama ayarının yapılması için yeşil çarpı işaretini seçmeniz gerekir. (Şekil 50) Şekil 50 - Seri yakalama ayarlamada multipleksleme sorusu Yazılım daha sonra Önceki görüntünün içeriğini ekle? sorusunun cevabını isteyecektir. Birlikte görüntüleri ekleme daha uzun bir pozlama verir. Eğer 1 dakikada 3 görüntü yakalarsanız ve onları birbirine eklerseniz son görüntü 3 dakika maruz kalmaya eşdeğer olacaktır. Şekil 51 - Seri yakalama ayarlarında önceki içeriklere ekleme sorusu Uygun aydınlatma, filtre ve pozlama süresini seçin. (Şekil 52) Şekil 52 - Manuel seri yakalama için uygun aydınlatma, filtre ve pozlama süresini seçilmesi Eğer seri görüntülerin birinin aydınlatma, filtre veya pozlama süresini değiştirmek istiyorsanız sonrasında 'Önceki' ile aynıdır kaldırın, yeşil ok tuşuna basın. (Şekil 53) Şekil 53 - Bir önceki işaretleme kutusu ile aynı 33

Görüntüler arasında değişim yapmak için yeşil oka basın. Önce yakalama düğmesine basarak sizi protokolü inceleyebilirsiniz. Yakalama tuşuna basma işlemi bittiğinde. (Şekil 54) Şekil 54 - Manuel seri yakalama gezinme okları ve yakalama düğmesi Çekim tuşuna basıldıktan sonra size Mevcut Protokol gösterilir. Serinin her bir görüntü yakalandığında yeşil bir ok özet kutusundan görünecektir. (Şekil 55) Şekil 55 - Manuel seri yakalama mevcut protokol bilgileri 4.1.2 Multipleks Yakalama ayarları Örnek için bir multiplekslenmiş Western Blot un multipleks yakalamasını gerçekleştirmek için, yakalama için görüntülerin sayılarını seçmeniz gerekecektir.(örn. multipleks boyaların sayısı (Şekil 56), Şekil 56 Yakalama için görüntülerin sayısının manual multipleks seçimi 34

Eğer açılır menüden gruplama seviyesini seçmeyi gerçekleştirmek isterseniz.(şekil 47). Yazılım size 'bu multiplek mi?' diye soru soracaktır. Bir dizi yakalama ayarının yapılması için yeşil çarpı işaretini seçmeniz gerekir. (Şekil 57) Şekil 57 - Seri yakalama ayarlamada multipleksleme sorusu Uygun aydınlatma, filtre ve pozlama süresini seçin. (Şekil 52) Şekil 58 - Manuel seri yakalama için uygun aydınlatma, filtre ve pozlama süresini seçilmesi Eğer seri görüntülerin birinin aydınlatma, filtre veya pozlama süresini değiştirmek istiyorsanız sonrasında 'Önceki' ile aynıdır kaldırın, yeşil ok tuşuna basın. Eğer optimum pozlama süresini sistemde ayarlamak istiyorsanız 'Otomatik' seçtikten sonra çıkın. (Şekil 58) Şekil 59 - Bir önceki işaretleme kutusu ile aynı Görüntüler arasında değişim yapmak için yeşil oka basın. Önce yakalama düğmesine basarak sizi protokolü inceleyebilirsiniz. Yakalama tuşuna basma işlemi bittiğinde. (Şekil 59) Şekil 60 - Manuel seri yakalama gezinme okları ve yakalama düğmesi 35

Çekim tuşuna basıldıktan sonra size Mevcut Protokol gösterilir. Serinin her bir görüntüsü yakalandığında yeşil bir ok özet kutusundan görünecektir. (Şekil 61) Şekil 61 - Manuel seri yakalama mevcut protokol bilgileri Histogram aracı resmin içindeki gri ölçek dağılımını göstermek için çok yararlıdır. (Şekil 62) Üretilen gri ölçekler seviyesi 65536 gri ölçeklere kadar pozlama süresine bağlı olarak görüntülenir. (Şekil 63) Şekil 62 - Manuel Histogram araç düğmesi Şekil 63 Yakalanan gri skala seviyelerinin sayısal olarak grafiksel gösterimi 36

Ekranın sol tarafında bulunan kaydırma çubukları parlaklığını ve görüntü kontrastını ayarlayabilir ve dijital olarak içinde veya dışında büyütmek için kullanılabilir. Yukarı ve aşağı kaydırma sekmelerini hareket ettirerek parlaklık ve kontrastı ayarlayın. (Şekil 64)Dönmek için orijinal ayarları sıfırlama düğmesine tuşuna basın. (yeşil oklar) Yakınlaştırmak için kaydırma çubuğunu (+) işaretine doğru hareket ettirin ve uzaklaştırmak için kaydırma çubuğunu (- ) işaretine doğru hareket ettirin. Şekil 64 - Parlaklık ve kontrast ve dijital zoom için kaydırma çubukları Yakalanan görüntü hakkında daha fazla bilgi görüntülemek için görüntü bilgileri simgesini seçin. Açılır pencere seçtiğiniz boya, filtre, ışık kaynağı, iris F numarası, maruz kalma süresi ve görüntü boyutu hakkında bilgi gösterecektir. Görüntü bilgileri düğmesi aynı zamanda siyah ve beyaz seviyeleri aralığı hakkında bilgi sağlar. Ayrıca bant üzerinde fare okunu hareket ettirdiğinizde ve siyah ve beyaz seviyeleri ve XY koordinatları bu kutuda görüntüleyebilirsiniz. (Şekil 65) Şekil 65 - Görüntü Bilgileri Simgesi GeneSys yazılım, herhangi bir zamanda alınabilir ve tekrarlanabilir sistem ayarları içeren (aydınlatma, filtre ve kamera ayarları) mevcut protokolleri ayarlamanızı sağlar. Bu tekrarlanabilir iş akışları yapılandırmasıdır, bir yapılandırma kaydetmek için aşağıdaki simgeyi seçin. (Bir yapılandırmanın nasıl kurulacağı hakkında daha fazla bilgi için Bölüm 6 ya bakınız.) Şekil 66 - Yapılandırma Simgesi 37

Ekranın sağ tarafında görüntü havuzu mevcuttur son zamanlarda bu oturumda yakalanan kaydedilmemiş görüntüler ve kaydedilenleri içerir. Kaydedilmemiş olan görüntüler kırmızı dış kenar çizgili görüntüler; yeşil dış kenar çizgili görüntüleri kaydedilmiş görüntüler ve dosya adı mevcut olacaktır. (Şekil 67) Şekil 67 - Kaydedilmiş ve kaydedilmemiş görüntüler Ekran yakalama görüntü havuzundan bir görüntü kaldırmak için, Kapat düğmesini seçin. N.B. Bu, her bir görüntü havuzundan görüntüyü kaldıracaktır. Görüntü kaydedilmemiş ise yazılım çıkmadan önce görüntü kaydetmek isteyip istemediğinizi sorar. (Şekil 68) Şekil 68 - Kapat düğmesi Görüntü havuzu da Çoklu Seçim Modu kutusunu kontrol ederek birden fazla görüntü seçmek için aynı zamanda izin verir. (Şekil 69) Şekil 69 - Çoklu Seçim Modu onay kutusu Seçilen görüntü (ler) daha sonra kaydedilebilir, yazdırılabilir, Görünüm ekranına gönderilebilir.(bölüm 5 kısım 5.8) karşılaştırma için veya ekran düzenleme için (Bölüm 5 kısım 5.1 bakınız) daha da ileri götürmek için bakınız.(şekil 70) Şekil 69 - Kaydet, yazdırma, görüntüleme ve düzenleme resim simgeleri a) Kaydet simgesi b) Yazdırma simgesi c) Görüntüleme simgesi d) Düzenleme ekran simgesi 38

Tek görüntülerin analizi için GeneTools gönderilebilir. (Şekil 71) Şekil 71 - GeneTools simgesine gönder 39

Bölüm 5- Gözat, Düzenle ve Görünüm Ekranları 5.1 Düzenleme Ekranı Düzenleme Ekranı çoğalan görüntüden çeşitli fonksiyonları size sunar ve yayın amaçlı görüntünün çözünürlüğünü değiştirmek için 3D görünümü sağlar. Şekil 72 - Düzenleme Ekranı Düzenleme ekranı açıklama, geliştirme araçları ve 3D görünüm arasında geçiş sağlayan ekranın sol üst tarafta bulunan 3 düğmeden oluşan bir panele sahiptir. (Şekil 73) Şekil 73 - Düzenleme ekran açıklama, geliştirme ve 3D simgeleri Soldan sağa simgeler açıklama, geliştirme ve 3D vardır. 40

5.2 Ek bilgi araç GeneSys yazılımı ile birlikte mevcut birçok açıklama araçları vardır. Siz Düzenle ekranına girdiğinizde açıklama araçları otomatik olarak görünecektir ve Geliştirme ve 3D araçlarına erişmek için Şekil 73 ten uygun simgeyi seçmek gerekir. Şekil 73 Ek bilgi araçları Bir seçim aracı olarak fare okunu kullanın. Lütfen resme metin eklemek için Abc düğmesini kullanın. Sadece yazmak istediğiniz resmin üzerine tıklayın. Şimdi doğrudan bir görüntü üzerine metin yazabilirsiniz. Metni düzenlemek için, üzerine çift tıklayın. Yazı tipi, boyut ve stil seçimi sağlayan bir pencere görünecektir. (Şekil 75) Metin kutusu tüm açıklama olarak ekranın etrafında sürüklenebilir. Şekil- 75 Abc iletişim kutuları 41

Eğer doldurulmuş bir şekil çizmek istediğiniz zaman bu araç kullanılabilir. Dolgu düğmesine basın ve daha sonra şekil x gösterilen simgeleri çizmek istediğiniz şekli seçin. Dikdörtgenler, daire, serbest şekiller, çizgiler ve oklar çizmek için aşağıda gösterilen uygun simgeyi tıklatın. (Şekil 76) Şekil 76 - Çizim simgeleri Herhangi bir ek açıklama rengi açılır menü kullanılarak değiştirilebilir.(şekil 77) N.B.Siyah ve beyaz termal yazıcıyı kullandığınızda bu netliği beyaz veya siyah ek bilginin kullanılması tavsiye edilir. Şekil 77 - Açılır menü çizgi ve şekilllerin renk seçeneği 42

Açıklamalı nesnelerin tarzı örneğin çizgi kalınlığı ve tarzı açılır menü kullanılarak değiştirilebilir.(şekil 78) Şekil 78 Açılır menüden çizgi kalınlığını seçin. Görüntüler SGD biçiminde olduğunda yapılan herhangi bir ek açıklamalar otomatik olarak kaydedilecektir. Diğer formatlarda kaydederken, açıklamaları kaydedilmiş yapmak için biçim kutusunu kontrol etmelisiniz. Görüntü kaydetme hakkında daha fazla bilgi edinmek için bölüm 7.1. bakınız. Başka bir görüntü üzerine oluşturabileceğiniz ayrı bir dosyada görüntünüz için yaptığınız herhangi bir açıklamayı kaydetmek amacıyla dokunmatik ekrana basın ya da aşağıdaki simgeyi tıklayın. (Şekil 79) Şekil 79 Kaydetme / Yükleme ek bilgi simgesi Simgeyi seçtiğinizde aşağıdaki iletişim kutusu belirecektir. Kaydetme, yükleme veya iptal etmek için seçin. (Şekil 80) 43

Şekil 80 Kaydetme / Yükleme iletişim kutusu 5.3 Görüntü Döndürme Açıklama ve geliştirme araçlarını seçtiğinizde döndürme fonksiyonu mevcuttur. Döndürme işlevini gerçekleştirmek için aşağıdaki simgeyi seçin. (Şekil 81a).Bu düğme seçildikten sonra fare imleci iki oku göstermek için değişecektir. Bu imleç sonrası serbestçe görüntü döndürmek için kullanılabilir (b). Sonuçlandırmak için (Düzeltme)rotasyon butonunu tıklayın (a). Görüntü basımının yönünü sıfırlamak için yeniden başa dönün (c). a) b) c) Şekil 81 - Rotasyon simgeleri a) rotasyon / düzeltme tuşu, b) serbest dönmesine izin imleci okları c) reset düğmesi 5.4 Resim kaynağı Böyle keskinleştirme, düzleştirme ve bir alanda kırpma gibi görüntüde değişimler yapmak isterseniz bu görüntü kaynağında ve görüntüde artık uygulanacaktır. (Şekil 82).Orijinal görüntüye göz atmak için orijinal görüntü düğmesine basın. (Şekil 82a) İşlem görmüş görüntüye geri dönmek için işlenmiş görüntü düğmesine basın.(şekil 82b) a) b) Şekil 82 - Görüntü kaynağı simgeleri a) Orijinal görüntü b) İşlenen görüntü 5.5 Doygunluk düğmesi Doygunluk göstermek için parlaklık /kontrast sürgünün her bir ucunda kaydırma çubuklarını hareket ettirin. Aşırı maruz kalan (doymuş) beyaz şeritleri kırmızı ve aşırı maruz kalan siyah alanları mavi gösterecektir. Şekil 83 - Doygunluk düğmesi 44

GeneSys geliştirme araçlarını sunmaktadır.geliştirme araçlarına erişmek için bu simgeyi seçin. 5.6 Geliştirme araçları Görüntü geliştirme araçları görüntü ekleme, düzeltme, keskinleştirme, döndürme ve kırpma işlemlerini kullanıcıya sağlar. (Şekil 84) Şekil- 84 Görüntü Geliştirme araçları Görüntüye bir keskinleştirici filtre uygulamak için bu simgeyi tıklayın. Bu filtre uygulandığı zaman bant kenarları daha belirgin olması gerekir ama aynı zamanda görüntünün tanecikli görünmesinde bir artış görülebilir. Bir düzeltme filtresini uygulamak için bu simgeyi tıklayın. Görüntüde toz veya kabarcık lekesi olduğunda yararlıdır. Ancak, bu bantların daha keskin görünmesini sağlayacaktır. Tersine çevirme simgesi beyaz bir arka plan ya da tam tersi siyah bantlar vermek için görüntüyü ters çevirecektir. Soluk bantları görmek için çalışırken bu simge özellikle yararlıdır. Leke düzeltme simgesi görüntüden beyaz benekleri veya 'hot piksel' kaldıracaktır. Dikey çevirme dikey düzlemde görüntüyü ayna olacak şekilde çevirecektir. Kabine yanlış yerleştirilmiş örneğinizin olması durumunda yararlıdır. Yatay çevirme yatay düzlemde görüntüyü ayna olacak şekilde çevireceltir. Kabine yanlış yerleştirilmiş örneğinizin olması durumunda yararlıdır. 45

Seç simgesi yakalanan görüntü içinde bir ilgi alanı seçmenize olanak verir. Kırpma simgesi ilgili seçili alanı kırpmayı ve ayrı bir pencerede yapıştırmayı sağlayacak ;seçme ve kırpma işlemleri birlikte kullanıldığında görüntü boyutu azalacaktır. 5.7 3D Görünümü 3D görünüm, kullanıcıya görüntünün 3D görüntüsünü görmeyi sağlayan bir işlevdir, bir jel üzerinde tepeler arasındaki jel kalınlığı ve kontrast ortaya çıkarılmıştır.3d görünümü herhangi bir örnek tipine kullanılabilir. 3D görüntüleyiciyi açmak için bu simgeyi seçin. Şekil 85-3D Görünüm ekranı 46

Görünümü kontrol etmek için aşağıdaki kontrolleri kullanabilirsiniz. Şekil 86-3D Görünüm kontrolleri Görüntünün rotasyonunu döndürmek için mavi okları kullanın ve görüntüyü ekranda yukarı ve aşağı sağa ve sola taşımak için yeşil okları kullanın. Ortadaki düğmeler orijinal konuma sıfırlanmayı sağlar. Gerektiği gibi konumlandırmak için 3D görüntü bir fare ile sürükleyerek ve tıklayarak ayrıca kontrol edilebilir. Sönük bantları görmek için görüntünün gama ayarlaması yapmak için Gamma kaydırıcısını kullanın.(şekil 87) Şekil 87-3D Görünüm gama kaydırıcı Yanlış bir renk boyaması ekleme kontrastı artırabilir. 'Varsayılan' butonunu seçin ve menüden 3D görüntüye uygulamak istediğiniz renk boyamasını seçin. (Şekil 88). Renk boyama düğmesi bir SYBR Green DNA jel için yeşil renk boyama, bir SYBR Gold DNA jel için sarı renk boyama seçmek aynı zamanda farklı boyalar için kullanılabilir. Turuncu, mavi ve kırmızı bir protein jelin gümüş, Coomassie mavi ve SYPRO sırasıyla kırmızı lekeli görünmesini sağlar. Yanlış renk daha iyi soluk bantları göstermek için kullanılabilir. 47

Şekil 88 - Renk Boyama Düzenleme Ekranın sağ tarafında bulunan mevcut Görüntü havuzu Gözat ekranından veya yakalama ekranlardan birinden Düzenle ekranı içine getirilen görüntüleri gösterir. Bu havuzdan herhangi bir görüntüyü kaldırmak için sadece 'Kaldır' düğmesini seçin. Eğer görüntü havuzdan tüm görüntüleri kaldırmak isterseniz 'Tümünü Kaldır' düğmesini seçin. (Şekil 89) Şekil 89 - Resim kaldırma düğmeleri Seçilen görüntü (ler) daha sonra kaydedilebilir, yazdırılabilir, Görünüm ekranına gönderilebilir.(bölüm 5 kısım 5.8) karşılaştırma için veya ekran düzenleme için (Bölüm 5 kısım 5.1 bakınız) daha da ileri götürmek için bakınız.(şekil 90) 48

Şekil 90 - Kaydet, yazdırma, görüntüleme ve düzenleme resim simgeleri a) Kaydet simgesi b) Yazdırma simgesi c) Görüntüleme simgesi d) Düzenleme ekran simgesi Tek görüntülerin analizi için GeneTools gönderilebilir. (Şekil 91) Şekil 71 - GeneTools simgesine gönderme 49

5.8 Ekran Görüntüleri Görüntüler göz atma ekranından getirilen herhangi bir görüntü ya da yakalanan görüntünün kaydedilmiş veya kaydedilmemiş olup olmadığının karşılaştırmasını yapmanızı ve görüntülere göz atmanızı sağlar. (Şekil 92) Şekil 92 - Ekran Görüntüleri Yakınlaştırma kaydırma çubuğu görüntünün boyutunu artırmak veya azaltmak için kullanılır. (Şekil 93) Şekil 93 - Dijital zoom kaydırma çubuğu görüntüleme ekranı 50

Görüntüleri gözat ekranında aynı zamanda dört adete kadar karşılaştırma olanağı sağlar. Görüntüleri karşılaştırmak için sadece büyüteç simgesini seçin ve daha sonra karşılaştırmak istediğiniz görüntüleri vurgulayın.(şekil 94) Şekil 94 Yerleşimi değiştir simgeleri 'Yerleşimi Değiştir' ikonu tıkladıktan sonra aşağıdaki ekran görünecektir. (Şekil 95). Şekil 95 Yerleşimi değiştir ekranı Varsayılan ayarlar aynı derecede değiştirilebilir tüm görüntülerin yakınlaştırma ve parlaklık ve kontrast olarak karşılaştırılan tüm görüntüleri birleştirmek için kullanılır. (Şekil 96) 51

Şekil 96 - Yerleşimi Değiştirme ekranı Yakınlaştırma ve Aralığı kaydırma çubukları Görüntü (ler) yakınlaştırma ayarı için sol taraftaki kaydırma çubuğunu kullanın. Kaydırma çubuğunu yakınlaştırmak için (+) doğru uzaklaştırmak için (- ) doğru hareket ettirin. Parlaklığı ve kontrastı ayarlamak için sağ taraftaki kaydırma çubuğunu kullanın. Yakınlaştırma, parlaklık ve bireysel görüntülerin kontrastını değiştirmek için görüntülerin bağlantısız olması gerekir. Bunu yapmak için, bu başlık altında değiştirmek istediğiniz resmin sayılı simgesini seçin. (Şekil 97) Bağlantılı görüntüler için bağlantılı zincirler simgesini seçin. (Şekil 97) Şekil 97 - Görüntüleri Birleştirme ve Ayırma Seçtiğiniz resim ve karşılaştırdığınız görüntülerin her birinin konumunu anahtar tanımlar. (Şekil 98) Şekil 98 Yerleşimi değiştirme ekranı resim anahtarı Karşılaştırma ekranından çıkmak için yerleşimi değiştirme ekran başlığından sadece büyüteç olmadan simgesini seçin.(şekil 94) 52

5.9 Görüntülere Gözatma Ekranı Gözat görüntüler ekranı zaten bilgisayarınızda kayıtlı dosyaları açmanıza olanak sağlar ve bu USB anahtarları gibi harici cihazlardan dosyaları açmak için dosyaları açmanıza izin verir. Bilgisayarınızdaki klasörleri keşfetmek için ekranın sol tarafını kullanın. Tüm görüntüler tarihe göre organize edilecektir. (Şekil 99) Seçildiğinde yeşil dönecek görüntüler olan minik görüntüleri seçmek için sadece tıklayın veya basın. (dokunmatik ekran) Sonra görüntüleri karşılaştırmak veya düzenlemek için görünüm görüntüleri simgesini seçin. Şekil 99 Gözat ekranı 53

Bölüm 6- Yapılandırmalar GeneSys yazılım spesifik uygulamalar ile tekrarlanabilir uygulamalar için kullanılabilir ve her zaman kolayca erişilebilir, uyarlanabilir ve yeniden kullanılabilir ayarlar için çok çeşitli özel yapılandırmaları mevcuttur. 6.1 Tasarruf Yapılandırmaları 6.1.1 Otomatik Çekim modunda tasarruf yapılandırmaları Aşağıdaki ekranlarda örnek seçimi ile çalışmaların Protokolü, Boya seçimi, Protokol seçimi ve örnek konumlandırma ayarlanır. Yakaladığınız bir görüntüyü aşağıdaki simgeyi seçerek yapılandırma olarak kaydedebilirsiniz. (Şekil 100) Şekil 101 Yapılandırma Simgesi Yapılandırma için bir ad girdiğiniz yerde bir açılır pencere görünecektir. 'Kilitli' ya da 'Herkese Açık Yap' olarak yapılandırmayı kaydetmek için bu simgeyi seçebilirsiniz. Bir 'Kilitli' yapılandırmanın anlamı protokol için herhangi bir ayarlama yapamamanız demektir 'Herkese Açık Yap' anlamı ise diğer kullanıcılar ile yapılandırmaları paylaşmanıza izin verir demektir. (Şekil 101) Şekil- 101 Yapılandırma kutusunu kaydet 54

Ayrıca 'Yapılandırmaları Kaydet ' iletişim kutusundan düzenlemek istediğiniz yapılandırmayı seçerek varolan protokolü değiştirebilirsiniz. 6.1.2 Manuel modda Tasarruf Yapılandırmaları Kullanmak istediğiniz aydınlatma ve filtre seçeneklerini seçtikten sonra örneğiniz konumlandırılmıştır böylece yakınlaştırabilir ve odaklamadan sonra görüntünüzü yakalayabilirsiniz. Yakalamadan sonra bir görüntü yapılandırmaları simgesini seçmelisiniz. (Şekil 100) Yapılandırmanız için bir isim girdikten sonra 'Kilitli' veya 'Herkese Açık Yap' yapılandırma seçeneklerinden istediğinizi seçin.(şekil 101) Yapılandırmaların Açılması Ana sayfasından sadece açmak istediğiniz yapılandırmaya basarak veya seçerek kaydedilen yapılandırmaları açabilirsiniz. Bilgisayar size dosyayı (Şekil 102b) açmak veya dosyayı (Şekil 102c) silmek isteyip istemediğiniz seçeneğini seçmenizi sağlayan (Şekil 102a) ayrıntılı seçim sunar. Şekil 102 - Kullanıcı Yapılandırmaları Açılışı a) Genişletilmiş yapılandırma b) Yapılandırma açılışı ve c) Yapılandırmayı sil Yapılandırma açıldıktan sonra size Örnek Konumlandırma ekranı sunulacaktır. 55

Bölüm 7- Görüntüleri aktarma, kaydetme ve yazdırma Deneyleriniz hakkında tüm bilgileri raporlamanızın en iyi yolu arşivlemek veya belgelemektir. Ancak, sunum veya yayın amaçlı sadece jel veya leke resim (ler) aktarabilirsiniz. Bu bölümde, bir görüntünün kaydedilmesi ve çıktısını almanın tüm yolları anlatılmaktadır. 7.1 Görüntüleri Kaydetme GeneSys yazılım ile çekilen görüntüler çeşitli biçimlerde kaydedilebilir. Bir görüntü kaydetmek için Sadece (dokunmatik ekran) tuşuna basın ya da aşağıdaki simge üzerine tıklayın. (Şekil 103) Şekil - 103 Kaydetme simgesi Görüntünüz için bir dosya adı girebileceğiniz bir iletişim kutusu açılacaktır. (Şekil 104) Ayrıca açılır menüden 'türü olarak Kaydet' simgesini kullanın ve bir Syngene Veri (* SGD) TIFF görüntü dosyası (* tif) Windows Bitmap resim dosyası (* bmp) veya JPEG resim dosyası (* jpg) olarak görüntü kaydetmek için seçeneklerden seçebilirsiniz (Şekil 104). 56

Şekil 104 - İletişim kutusu olarak kaydet Şekil - 105 Dosya türünü kaydet Varsayılan uyumlu bir güvenli dosya ve GLP olan Syngene Veri (*. SGD) ayarlanır. Bu dosyalar sadece açılmış veya GeneTools gibi Syngene yazılım paketleri değişmiş olabilir. SGD dosyaları aydınlatma, filtre, pozlama süreleri ve daha birçok karmaşık detayları kamera seri numaras gibi gibi tüm yakalama bilgileri içerir. Bir TIFF olarak (16 bit sıkıştırılmamış veya 8 bit sıkıştırılmış) ham görüntü kaydetmek için seçebilirsiniz.tüm görüntü verilerinin korunması gerektiğinde bu format kullanılır. Bu dosya seçeneği daha büyük bir dosya oluşturur, ancak diğer yazılım paketlerinde görüntü analizi sağlayacaktır. *. bmp ve *. jpg NB formatları arasındaki seçeneğini gösterilen görüntüyü kurtarmak için *. BMP ve *. Jpg formatlarını 8- bit dosya olarak kaydedecektir ve bu nedenle nicel verileri kaybededecektir. Bu format yalnızca, Microsoft Powerpoint veya Microsoft Word gibi sunum veya word işlem yazılımı, görsel bilginin aktarımı için kullanılmalıdır. 7.1.1 Açıklamaları Kaydetme Açıklamalar bir a. sgd dosya biçimi olarak kaydedilebilir. Kaydedilmiş bir görüntüye ek açıklama yapmak için ek açıklama Kaydet / Yükleme düğmesini seçin. ANN dosyası ek açıklama yükleme butonunu kullanır. (Ann. Ek açıklama dosyası) (Şekil 106) Şekil 106 Kaydet / Yükleme Açıklamaları simgesi 7.2 Görüntünün çıktısını alma GeneSys yazılım ile çekilen görüntüler bir termal yazıcı veya başka bir yazıcı kullanarak basılabilir. Bir görüntüyü yazdırmak için (dokunmatik ekran) tuşuna basarak veya aşağıdaki simgeyi (Şekil 107) tıklamanız gerekiyor. 57

Şekil 107 Yazıcı simgesi Bir baskı önizlemesini gösteren bir iletişim kutusu görünecektir.görüntü yazdırmak için yazıcı simgesini seçin. (Şekil 108) Şekil 108 - Baskı Önizleme 7.3 GeneTools analiz yazılımına görüntülerin aktarımı Çeşitli dosya biçimleri GeneTools a Genesys den aktarılabilir. Syngene miktarsal ölçümü sağlamak için sıkıştırılmamış TIFFor. sgd önerir. Yakalanan veya kaydedilmiş görüntüyü aktarmak için sadece düğmeye 'GeneTools içindeki seçilen görüntüler aç' seçeneğini seçin.( Şekil 109). Şekil 109 - GeneTools simgesine Gönder 58

Bölüm 8- Teknik bilgi Lütfen boya / reaktif listede yoksa o zaman support@syngene.com başvurun. 8.1 Teknik Bilgiler GeneSys yazılım donanım kurulum kılavuzu Aşağıdaki teknik bilgileri indirmek için (Bu GeneSys yazılım CD'sinde de mevcuttur) lütfen Syngene internet istesini ziyaret edin. www.syngene.com Hızlı Kullanım Rehberleri G: BOX Otomatik görüntü yakalama floresan aralığı (GeneSys) G: BOX Manuel görüntü yakalama floresan aralığı (GeneSys) G: BOX manuel seri ve multiplex aralığı görüntü yakalama (GeneSys) G: BOX Chemi chemilüminesan görüntü yakalama (GeneSys) Aydınlatma modülleri (Kurulum) 8.2 Teknik Yardım Avrupa Ofisi Beacon House Nuffield Road Cambridge CB4 1TF Büyük Britanya Tel: +44 (0)1223 727123 Fax: +44 (0)1223 727101 Email: support@syngene.com Fax: 301-631- 3977 Email: support@syngene.com Email: support@syngene.com ABD Ofisi 5108 Pegasus court, Suite M Frederick MD 21704 USA Tel: 800-686- 4407 (Toll free) 301-662- 2863 Fax: 301-631- 3977 Email: support@syngene.com 59

PROBLEM NEDENİ ÇÖZÜM Kamera bağlı değil veya yanıt Kamera güç kablosu takılı değil vermiyor. Kamera için yazılım sürücüsü eksik Kurulum kılavuzunda gösterildiği gibi tüm kablolarının bağlı olduğundan emin olun. Kamera sürücüsünü yükleyin. 'Donanım mevcut değil' Listede olmayan Boya Boya adı silinmiş Transilluminator açılmıyor Manuel çekim modunda yakalama ayarlarından çıkma kullanılamıyor Seçtiğiniz boya için doğru filtre veya aydınlatma yok. Donanım ekranda 'donanım listesi' kontrolü Boyanız veritabanında mevcut değil Görüntüye özgü boya donanıma uygun değil Donanım ekranda 'donanım listesi' kontrolü Transilluminator'de anahtarın 'açık' konumunda olduğundan emin olun. Karanlık oda kabininin tamamen kapalı olduğundan emin olun. Transilluminator'de tüpleri kontrol edin. G: BOX üzerindeki yenileme düğmesine basın. Sisteminizi yükseltmek için support@syngene.com ulaşın. Donanım ekranda olabilecek herhangi bir ekstra ışıklar veya filtrelerin programlanması support@syngene.com ulaşın. Sisteminizi yükseltmek için support@syngene.com ulaşın. Donanım ekranda olabilecek herhangi bir ekstra ışıklar veya filtrelerin programlanması Transilluminator açtığınızda daha sonra açılmıyorsa support@syngene.com başvurun. Transilluminator güvenlik nedeniyle dolap kapısı açıldığında olduğunda açılmayacaktır. Tüpler değiştirilmesi gerekebilir. Tekrar yakalama ayarlama düğmesine basın ve yakalamak istediğiniz görüntü sayısı için 1 seçmeniz gerekir. Bu manuel ekrana dönecektir. 60