Perktas, U., Quintero E. (2013). A wide geographical survey of mitochondrial DNA variation in the great spotted woodpecker complex, Dendrocopos major (Aves: Picidae). Biological Journal of the Linnean Society (ISI, SCI). 108: 173-188. DOI: 10.1111/j.1095-8312.2012.02003.x Başlık: Büyük orman ağaçkakanı Dendrocopos major (Aves: Picidae) da mitokondriyal DNA varyasyonunun geniş bir coğrafyada araştırılması. Özet: Filocoğrafi çalışmaların temel amaçlarından biri, araştırılan herhangi bir grubun ayrıntılı coğrafi örnekleminin elde edilmesi olmalıdır. Bu çalışmada büyük orman ağaçkakanı (Dendrocopos major) tür kompleksinin Kuzey Afrika ve Avrasya popülasyonları [Çin, Japonya, Güney Kafkaslar (Anadolu, Azerbaycan ve İran) örnekleri dahil olmak üzere] üzerine genetik yapı ve popülasyon tarihini ortaya koymak için bugüne kadar yapılmış en kapsamlı coğrafyadaki araştırmayı gerçekleştirdik. Aynı zamanda, şu anda morfoloji ve renklenme desenine göre 14 alt tür içeren büyük orman ağaçkakanı tür kompleksi içindeki tür sınırları da çalışma kapsamında test edilmiştir. Gerçekleştirdiğimiz bu çalışma mitokondriyal genlerden NADH dehidrogenaz altbirim 2 (ND2) üzerine kurgulanmıştır. Bu gen bölgesi için daha önceki literatürlede yayınlanmış verileri kullanmamıza karşın, bu çalışma kapsamındaki yeni haplotipler de müze materyallerinden elde edilmiştir. Elde ettiğimiz veri üzerine analizlerde gen akışını ölçmek için koalesent tabanlı MDIV ve ayrılma zamanlarının hesabı için de Bayes tabanlı BEAST programları kullanılmıştır. ND2 gen bölgesinin 352 baz çiftlik bölgesi için 33 popülasyona ait toplam 155 bireye dayalı örneklem üzerine yapılan analizler türün üreme dağılımı içerisinde anlamlı bir filocoğrafi yapının olduğunu göstermiştir. Sonuçlarımız tür kompleksi içinde dört tane resiprokal monofili gösteren grubun varlığını doğrulamıştır: Çin, Japonya, İran- Azerbaycan ve Avrasya- Kuzey Afrika. Her bir grup içinde ise herhangi bir filocoğrafi yapı görülmemiştir. Koalesent tabanlı gen akışı analizi Çin ve Japonya arasında ve aynı zamanda Japonya ve Avrasya arasında kısıtlı gen akışı olduğunu göstermiştir. Bu çalışma kapsamında gen akışı ve filocoğrafi analiz sonuçları temelinde tür kompleksi içinde en azından dört farklı türün bulunduğunu öneriyoruz. Ayrıca, Avrasya ve Kuzey Afrika grubu hızlı bir popülasyon genişlemesi göstermekte ve bu genişleme deseni ise leading edge expansion- öncü açılımı ile Kuzey Afrika, İber yarımadası ve Kursk bölgesinde bulunduğu öngörülen sığınaklardan gerçekleşmektedir. Türün sergilediği göç davranışı ile hızlı popülasyon genişleme deseni Kuzey Afrika- Avrasya grubu içindeki herhangi bir filocoğrafi yapının olmayışını da açıklayabilir.
Perktaş U., Barrowclough, G. F. & Groth J. G. (2011). Phylogeography and species limits in the green woodpecker complex (Aves: Picidae): multiple Pleistocene refugia and range expansion across Europe and the Near East. Biological Journal of the Linnaean Society (ISI, SCI). 104: 710-723. DOI: 10.1111/j.1095-8312.2011.01750.x Başlık: Yeşil ağaçkakan kompleksinde (Aves: Picidae) filocoğrafya ve tür sınırları: çoklu Pleistosen sığınakları ve Avrupa ile Orta Doğu da dağılım sınırlarının genişlemesi. Özet: Yeşil ağaçkakan tür kompleksi Batı Avrupa dan Kafkaslara ve İran a kadar dağılım gösteren yeşil ağaçkakanı (Picus viridis) ve akraba türü Fas tan Tunus a ve Kuzey Batı Afrika ya kadar uzanan Kuzey Afrika yeşil ağaçkakanını (P. vaillantii) içerir. Orta ve Kuzey Avrupa da yeşil ağaçkakanların birçok habitatı Pleyistosen süresince buz, tundra, step ve diğer uygun olmayan habitat yapılarıyla kaplıydı; bunun sonucu olarak, yeşil ağaçkakan popülasyonları geçtiğimiz 20000 boyunca güncel dağılım alanına ulaşmış olmalılar. Bu çalışmada yeşil ağaçkakanın dağılım alanı içinden aldığımız örneklerden elde ettiğimiz ND2 sekans dizisinin tamamı bu tür kompleksinin evrimsel tarihini ve genetik yapısını ortaya çıkarmak için kullanılmıştır. Analizlere göre üç biyocoğrafi bölgeyle örtüşen ve istatistiksel olarak iyi tanımlanmış üç grup arasında genetik değişkenliğin %89 u dağılım göstermiştir. Kuzey Afrika popülasyonları Avrupa ile kardeş görünümünde iken, Avrupa içinde, İber Yarımadası popülasyonları Avrupa ve Orta Doğu ile kardeş konumundadır. Bu durum buzul sonrasındaki kolonizasyon deseninin İber Yarımadasının doğusunda Balkanlar ya da İtalya da kaldığını göstermektedir. Bu bölgeler arasında da önemli bir ayrım bulunmamıştır. Buna ek olarak, İran popülasyonu genetik olarak Batı Avrupa dan farklı gözükmektedir ve tarihsel olarak da bir izolasyonu göstermekte ve iyi bilinen Balkan sığınağının doğusu ile Kafkasların güneyinde yeni bir Pleyistosen sığınağına işaret etmektedir. Avrupa içinde, kuzey popülasyonları güneydeki popülasyonlardan daha az farklılaştığı için kuzeyin yakın bir zamanda kolonize edildiğini göstermektedir. Avrupa içinde anlamlı düzeyde mesafe yoluyla izolasyon (isolation- by- distance) örüntüsü bulunmuştur. Bu durum da gen akışının kısıtlı olduğunu göstermekte ve özellikle de batı popülasyonları ile Kafkaslar ve İran arasında kısıtlı bir gen akışına işaret etmektedir. Tür kompleksi içinde dört farklı tür olduğunu kabul etmekteyiz.
Perktaş U. & Gosler A. G. (2010). The measurement error revisited: its importance for the analysis of size and shape of birds. Acta Ornithologica (ISI, SCI- EXP). 45: 161-172. DOI: 10.3161/000164510X551309 Başlık: Ölçüm hatasını tekrar değerlendirmek: kuşlarda vücut büyüklüğü ve şekline yönelik analizlerde ölçüm hatasının önemi. Özet: Morfolojik karakterlerdeki ölçüm hatası birçok ornitolojik çalışmada (örneğin, ekomorfoloji, sayısal kalıtılabilirlik çalışmaları, sistematik ve coğrafi varyasyon çalışmaları gibi) önemli bir konudur. Dış morfolojik karakterlerdeki değişkenlik, örneğin kanat ve tarsus uzunluğu, genellikle temel bileşenler analizi (TBA) gibi çok değişkenli istatistiksel analizlerle değerlendirilir. Bu tür istatistikler sıklıkla kuş popülasyonlarındaki vücut büyüklüğü ve şekline ilişkin varyasyonun açıklanmasında tek değişkenli istatistiklere göre çok daha fazla dikkate alınır çünkü çok değişkenli istatistiksel analizler verinin boyutunu düşürür. Bununla birlikte, temel bileşenler üzerindeki ölçüm hatasının etkisi bu tarz bir veriyle ele alınmamıştır. Burada kuş popülasyonları içinde ve arasındaki analizler için ölçüm hatası önemini değerlendirmek için üç örnek üzerinde durulmuştur. Ayrıca TBA üzerinde ölçüm hatasının etkisi şekil bileşenindeki hata seviyesinin önemine bağlı olarak da tartışılmıştır. Bizim sonuçlarımız korelasyon matrisi yerine kovaryans matrisinin kullanımının vücut büyüklüğüyle ilgili bileşen (PC1) için ölçüm hatasına ilişkin daha güvenli sonuçlar verdiğini göstermiştir. Bununla birlikte, şekil varyasyonunu yansıtan diğer eksenlerde (PC2, PC3 gibi) ölçüm hatası görece yüksek olmuştur. Dolayısıyla, ölçüm hatası vücut büyüklüğü ile ilgili eksene göre şekille ilgili eksen için daha önemli bir konudur. Bu durum az sayıda karakterin kullanıldığı çalışmalarda daha yoğun bir şekilde ortaya çıkabilir. Bizim sonuçlarımız TBA nın örneklem büyüklüğüne daha duyalı olduğunu göstermiştir. Bizim önerimiz, eğer vücut büyüklüğünün ve vücut şeklinin ölçülmesinde ölçüm hatasının düşürülmesi mümkün değilse ve örneklem büyüklüğü küçükse ( 30), temel bileşen skorları kovaryans matrisi kullanılarak türetilmeli, çünkü bunlar daha güvenilir sonuçlar verecek gibi görünmektedir.
Perktaş U. (2011). Ecogeographical variation of body size in Chaffinches Fringilla coelebs. Bird Study (ISI, SCI). 58: 264-277. DOI: 10.1080/00063657.2011.587868 Doktora Tezinden üretilmiştir. Başlık: İspinozlarda (Fringilla coelebs) vücut büyüklüğündeki ekocoğrafi varyasyon. Özet: Kapsam: Vücut büyüklüğündeki anlamlı coğrafi varyasyon Avrasya ve Kuzey Afrika boyunca görülmekte ve bu varyasyonun nedeni Bergmann Kuralı ndan ziyade, Boyce un mevsimsellik hipotezi ile açıklanmaktadır. Amaçlar: Kuşların vücut büyüklüğünü açıklamak için kullanılan ve iyi bilinen dört ekocoğrafi hipotezden (ısının korunumu, Bergmann Kuralı; sıcaklık salınımı, James in Bergmann Kuralı varyasyonu, Rosenzweig in birincil üretim hipotezi, Boyce un mevsimsellik hipotezi) herhangi birinin ispinozların sergilediği varyasyonu açıklayıp açıklamadığı araştırılmıştır. Metotlar: Müze örnekleri ve Türkiye den sis ağları ile yakalanan bireyler temel bileşenler analizinde vücut büyüklüğü bileşenini türetmek için kullanılmıştır. Coğrafi ve iklimsel veriler vücut büyüklüğündeki coğrafi varyasyonu açıklamak için kullanılmıştır. Bu amaç için de enformasyon kumarı yaklaşımı (information- theoretic approach) kullanılmıştır. Sonuçlar: Bergmann Kuralı na zıt bir şekilde Kuzey Afrika daki ispinozlar Avrasya daki ispinozlardan daha büyüktür. Bu örüntü kıta etkisiyle açıklanabilir, çünkü Kuzey Afrika ekolojik ve çevresel değişkenlikler bakımından Avrasya dan farklılık göstermektedir. Bu farklılıklar da popülasyonlar üzerinde seçici etkilere neden olmaktadır. Vücut büyüklüğü iki kıtadaki coğrafi ve iklimsel değişkenlerle ters bir ilişki sergilemiştir ve bu durum da vücut büyüklüğü varyasyonu üzerine kıta etkisini destekler niteliktedir. Birincil üretimin sergilediği değişkenlik İspinozlardaki vücut büyüklüğünü açıklayan en önemli hipotez gibi görünmektedir. Tartışma: Dört ekocoğrafi hipotez arasından Boyce un mevsimsellik hipotezi sonuçlarla en iyi uyuşan hipotez olmuştur. Yani, vücut büyüklüğündeki artış besin bolluğunun mevsimsel olarak sınırlama gösterdiği yerlerde daha fazladır. Bu durum da kaynak sıkıntısına karşı bir tampon olarak değerlendirilebilir.
Perktas, U. & Ayaş Z. (2010) An evaluation on the distribution of the common chaffinch (Fringilla coelebs) in Turkey. Turkish Journal of Zoology (ISI, SCI) 34: 443-452. DOI:10.3906/zoo- 0807-25 Doktora tezinden üretilmiştir. Başlık: İspinozun (Fringilla coelebs) Türkiye deki dağılım deseni üzerine değerlendirme Özet: İspinoz (Fringilla coelebs) Batı Palearktik Bölge de oldukça genel ve yaygın bir ötücü kuş türüdür. Türkiye nin kuzeyindeki, batısındaki ve güneyindeki doğal ormanlık alanlarda üremektedir. Bu çalışmada güncel gözlemsel verilerle bu kuş türünün Türkiye deki dağılımı analiz edilmiştir. İspinoz güneydoğu Türkiye de genellikle üreyen bir kuş türü olarak kabul edilmesine karşın, bu çalışmanın sonuçları ispinozun bu bölgede muhtemelen üremediğini göstermektedir. Bu çalışmada iklimin (sıcaklık, yağış, potansiyel evapotranspirasyon) ve topografyanın etkisi incelenmiştir. Bulgularımız türün varlığının birincil üretimle ilişkili olarak yaz yağışı ve uygun habitat varlığıyla ilişkili olduğunu göstermiştir.
Perktaş U. & Ayaş Z. (2005). Birds of Nallıhan Bird Paradise, Central Antolia, Turkey. Turkish Journal of Zoology, 29(1): 45-59. Başlık: Nallıhan Kuş Cenneti nin (Orta Anadolu, Türkiye) kuşları Özet: Bu çalışma mevsimsel sulak alan özelliği gösteren Nallıhan Kuş Cenneti (Nallıhan- Ankara) nde gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın amacı, Ağustos 2000- Temmuz 2001 tarihleri arasındaki 12 aylık arazi çalışmalarıyla Nallıhan Kuş Cenneti nin avifaunasının saptanmasıdır. Sonuç olarak, 14 takım ve 41 familya içinde yer alan 130 kuş türü çalışma alanında kaydedilmiştir. Bununla beraber, çalışma alanı üreme amacıyla, aktif ve/veya muhtemel üreme özelliğine sahip toplam 41 kuş türü tarafından kullanılmıştır.
Perktas, U. 2004. Breeding shrike populations in Turkey: status in 1998-2003. Biological Letters (ISI), 41(4): 71-75. Başlık: Türkiye de üreyen örümcek kuşu popülasyonları: 1998-2003 arası durum. Özet: Türkiye deki örümcekkuşu popülasyonlarının popülasyon büyüklükleri Avrupa Tehdit Statüleri dikkate alındığında hala bilinmemektedir. Türkiye deki örümcekkuşlarının üreyen türlerinin tamamı kızılsırtlı örümcekkuşu (Lanius collurio), karaalınlı örümcekkuşu (Lanius minor), kızılbaşlı örümcekkuşu (Lanius senator) ve maskeli örümcekkuşu (Lanius nubicus) Avrupa içinde habitat kaybıyla karşı karşıyadırlar. Habitat kaybı bu türleri için detaylı bir şekilde Türkiye içinde değerlendirilmemiştir. Bu çalışmanın sonuçları maskeli örümcekkuşu dışında Türkiye deki örümcekkuşlarının tamamının Türkiye nin tamamında dağılıma sahip olduğunu göstermektedir.